Научная статья на тему 'Секвенирование и филогенетический анализ p- и H-генов штаммов вируса чумы плотоядных, выделенных на территории Республики Казахстан'

Секвенирование и филогенетический анализ p- и H-генов штаммов вируса чумы плотоядных, выделенных на территории Республики Казахстан Текст научной статьи по специальности «Ветеринарные науки»

CC BY
176
38
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
ВИРУС ЧУМЫ ПЛОТОЯДНЫХ / CANINE DISTEMPER VIRUS / СЕКВЕНИРОВАНИЕ / SEQUENCING / ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ / PHYLOGENETIC ANALYSIS

Аннотация научной статьи по ветеринарным наукам, автор научной работы — Орынбаев Мухит Бармакулы, Белоусов Вячеслав Юрьевич, Султанкулова Куляйсан Турлыбаевна, Строчков Виталий Михайлович, Керимбаев Аслан Амангельдиевич

Проведено секвенирование участков Ри H-генов штаммов вируса чумы плотоядных, выделенных на территории Республики Казахстан от каспийского тюленя, норки, и изолята, выделенного от собаки. С помощью сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей Р-гена казахстанских штаммов и изолята вируса чумы плотоядных с данными GenBank установлена их принадлежность к роду Morbillivirus, виду Canine Distemper virus. Изученные штаммы и изолят имели идентичность между собой по данному гену 99-100 %. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей Н-гена казахстанских вирусов чумы плотоядных с данными GenBank показал, что изолят «Dog-2007», выделенный от собаки, и штамм «Phoca Caspian 2007», выделенный от Каспийских тюленей, имеют идентичность по данному гену 99,9 %. С помощью филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей Ри Н-генов установлено, что казахстанский штамм «Phoca Caspian 2007» и изолят «Dog-2007» относятся к группе так называемых «старых» и вакцинных штаммов вируса.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по ветеринарным наукам , автор научной работы — Орынбаев Мухит Бармакулы, Белоусов Вячеслав Юрьевич, Султанкулова Куляйсан Турлыбаевна, Строчков Виталий Михайлович, Керимбаев Аслан Амангельдиевич

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Sequencing and Phylogenetic Analysis of P and H Genes of the Canine Distemper Virus Strains Isolated in Kazakhstan

Regions of Pand H-genes of the canine distemper virus strains isolated from a Caspian seal and mink as well as of a virus isolated from a dog on the territory of the Republic of Kazakhstan were sequenced. Comparative analysis of the P-gene nucleotide sequences of Kazakhstani strains and of the canine distemper virus isolate versus GenBank data has shown them to be members of Morbillivirus genus, Canine Distemper Virus species. The strains and the isolate under study appeared to have 99-100% identity of this gene. Comparative analysis of the H-gene nucleotide sequences of Kazakhstani canine distemper viruses versus GenBank data has shown 99.9 % identity of this gene in Dog-2007 virus isolated from a dog and in Phoca Caspian 2007 strain isolated from Caspian seals. Phylogenetic analysis of Pand H-genes nucleotide sequences allowed referring Phoca Caspian 2007 strain and Dog-2007 isolate to the group of so called old and vaccinal strains of the canine distemper virus.

Текст научной работы на тему «Секвенирование и филогенетический анализ p- и H-генов штаммов вируса чумы плотоядных, выделенных на территории Республики Казахстан»

УДК 578.5:578.831.2:577.212.3

Ключевые слова: вирус чумы плотоядных, секвенирование, филогенетический анализ

Key words: canine distemper virus, sequencing, phylogenetic analysis

Орынбаев М. Б., Белоусов В. Ю., Султанкулова К. Т., Строчков В. М., Керимбаев А. А.

СЕКВЕНИРОВАНИЕ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИй АНАЛИЗ P- И H-ГЕНОВ ШТАММОВ ВИРУСА ЧУМЫ ПЛОТОЯДНЫХ, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РЕСПУБЛИКИ КАЗАХСТАН

SEQUENCING AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF P AND H GENES OF THE CANINE DISTEMPER VIRUS STRAINS ISOLATED IN KAZAKHSTAN

Научно-исследовательский институт проблем биологической безопасности, пгт. Гвардейский, Республика Казахстан Адрес: 080409, Казахстан, Жамбылская обл., Кордайский район, п. г. т. Гвардейский

Research Institute for Biological Safety Problems, Gvardeiskiy, Kazakhstan Address: 080409, Republic of Kazakhstan, Zhambylskaya oblast, Kordayskiy rayon, Gvardeiskiy

Орынбаев Мухит Бармакулы, к. в. н., зав. лаб. «Мониторинг бактериальных и вирусных инфекций»

Orynbayev Mukhit B., Ph.D. in Veterinary Science, Head of the Laboratory for Monitoring of Bacterial and Viral Infections Белоусов Вячеслав Юрьевич, к. б. н., ст. науч. сотр. лаб. «Мониторинг бактериальных и вирусных инфекций» Beloussov Vyacheslav Yu., Ph.D. in Biological Science, Senior Researcher of the Laboratory for Monitoring of Bacterial and Viral Infections Султанкулова Куляйсан Турлыбаевна, к. б. н., ст. науч. сотр. лаб. «Молекулярная биология и генная инженерия вирусов» Sultankulova Kulyaisan T., Ph.D. in Biological Science, Senior Researcher of the Laboratory for Molecular Biology and Genetic Engineering of Viruses Строчков Виталий Михайлович, науч. сотр. лаб. «Молекулярная биология и генная инженерия вирусов» Strochkov Vitaliy M., Researcher of the Laboratory for Molecular Biology and Genetic Engineering of Viruses Керимбаев Аслан Амангельдиевич, мл. науч. сотр. лаб. «Мониторинг бактериальных и вирусных инфекций» Kerimbayev Aslan A., Junior Researcher of the Laboratory for Monitoring of Bacterial and Viral Infections

Аннотация. Проведено секвенирование участков Р- и H-генов штаммов вируса чумы плотоядных, выделенных на территории Республики Казахстан от каспийского тюленя, норки, и изолята, выделенного от собаки. С помощью сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей Р-гена казахстанских штаммов и изолята вируса чумы плотоядных с данными GenBank установлена их принадлежность к роду Morbillivirus, виду Canine Distemper virus. Изученные штаммы и изолят имели идентичность между собой по данному гену 99-100 %. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей Н-гена казахстанских вирусов чумы плотоядных с данными GenBank показал, что изолят «Dog-2007», выделенный от собаки, и штамм «Phoca Caspian 2007», выделенный от Каспийских тюленей, имеют идентичность по данному гену 99,9 %. С помощью филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей Р- и Н-генов установлено, что казахстанский штамм «Phoca Caspian 2007» и изолят «Dog-2007» относятся к группе так называемых «старых» и вакцинных штаммов вируса. Summary. Regions of P- and H-genes of the canine distemper virus strains isolated from a Caspian seal and mink as well as of a virus isolated from a dog on the territory of the Republic of Kazakhstan were sequenced. Comparative analysis of the P-gene nucleotide sequences of Kazakhstani strains and of the canine distemper virus isolate versus GenBank data has shown them to be members of Morbillivirus genus, Canine Distemper Virus species. The strains and the isolate under study appeared to have 99-100% identity of this gene. Comparative analysis of the H-gene nucleotide sequences of Kazakhstani canine distemper viruses versus GenBank data has shown 99.9 % identity of this gene in "Dog-2007" virus isolated from a dog and in "Phoca Caspian 2007" strain isolated from Caspian seals. Phylogenetic analysis of P-and H-genes nucleotide sequences allowed referring "Phoca Caspian 2007" strain and "Dog-2007" isolate to the group of so called "old" and vaccinal strains of the canine distemper virus.

Введение

Чума плотоядных (ЧП) - высоко контагиозное вирусное заболевание, поражающее многие виды семейства плотоядных [1, 12]. Вирус ЧП является РНК содержащим и относится к роду Morbillivirus семейства Paramyxoviridae [3, 8-10].

На территории Республики Казахстан ЧП встречается повсеместно. Анализ литературы показывает, что данное заболевание в стране в разные годы регистрировали среди собак различных пород, норок, тхорзоф-редок, песцов, лис и тюленей. В этом плане для нас представляло интерес выяснить про-

исхождение штаммов и изолята вируса ЧП, выделенных в разные годы от различных видов животных, с помощью секвенирования и филогенетического анализа их генов.

Секвенирование и последующий сравнительный и филогенетический анализ нукле-отидных и предсказанных аминокислотных последовательностей генов фосфопротеина (Р) и гемагглютинина (Н) вируса ЧП в настоящее время широко используется для характеристики вакцинных штаммов и новых полевых изолятов [6, 12]. При этом Р-ген вируса является наиболее консервативным внутри рода и позволяет установить видовую принадлежность [5], а Н-ген, влияющий на тропизм и цитопатогенность вируса [11], является высоко изменчивым [4], что позволяет проводить штаммовую дифференциацию.

Материалы и методы

Вирусы

В экспериментах использовали вирусы ЧП:

- штамм «Phoca/Caspian/2007», выделенный от павших тюленей с побережья Каспийского моря в 2007 г.;

- штамм «^шЫу», выделенный от павших норок во время эпизоотии чумы в Шу-ском зверохозяйстве Жамбылской области в 1989 г.;

- изолят «Dog-2007», выделенный от больной собаки в г. Алматы в 2007 г.

Праймеры

Для секвенирования участков Р- и Н-генов использовали специфические праймеры [6], указанные в таблице 1. Синтез праймеров осуществляли на синтезаторе олигонуклео-

тидов Expedite 8909, Applied Biosystems, согласно протоколам, прилагающимся к прибору.

Выделение РНК

РНК вируса ЧП из инфицированной культуры клеток выделяли с помощью набора QIAmp Viral RNA Mini Kit фирмы Qiagen в соответствии с инструкцией производителя.

Проведение ОТ-ПЦР

ОТ-ПЦР для обнаружения вируса ЧП проводили с помощью набора One-Step RT-PCR фирмы Qiagen и специфических праймеров Uppl и Upp2, представленных в таблице 1.

Продукты амплификации анализировали электрофорезом в 2,0%-м агарозном геле, содержащем 1 мкг/мл бромистого этидия, в ТВЕ буфере. Выявление полос в геле проводили на УФ-трансиллюминаторе. Гель фотографировали с помощью цифровой документирующей системы Digi-Doc it system UVP, обработку полученных данных проводили c помощью компьютерной программы LabWork 4.0.

Нуклеотидные последовательности из GenBank

В экспериментах использовали следующие нуклеотидные последовательности Р-гена вирусов рода Morbillivirus из Genbank: вирус чумы КРС штамм «Kabete O» (X98291), вирус ЧМЖЖ изолят «Turkey 2000» (AJ849636), вирус кори штамм «Ichinose-B95a» (AB016162), морбилливирус дельфинов (AJ608288); вирус ЧП штаммы: Yanaka (AB028914), Jujo (AB028916), Hamamatsu (AB028915) Ondestepoort (AF305419), Rockborn (AF181446), SnyderHill (AY28648l),

Таблица 1.

Праймеры, используемые для проведения ОТ-ПЦР и секвенирования

Р- и Н-генов вируса ЧП [6]

Ген Праймер Последовательность (5'-3') Позиция на геноме

Р Upp1 ATGTTTATGATCACAGCGGT 2132-2149

Р Upp2 ATTGGGTTGCACCACTTGTC 2560-2541

Н CDVff1 TCGAAATCCTATGTGAGATCACT 6897-6919

Н CDVhf1 TGTGTGTAGAAGAGAGCACTGT 7962-7983

Н CDV-HS1 AACTTAGGGCTCAGGTAGTCC 7054-7074

Н CDV-HforD GACACTGGCTTCCTTGTGTGTAG 7948-7970

Н CDV-Hr2 GTTCTTCTTGTTTCTCAGAGG 8198-8178

Н CDV-HS2 ATGCTGGAGATGGTTTAATTCAATCG 8994-8969

Bulgariandog (AF259549), 5804 (AY386315), 01-2689 (AY286488), 01-2690 (AY264266), 01-2663 (AY288308) 01-2676 (AY288309), Ac96I (AB212959), P94S (AB212960), S124C (AB212961) и vaccine strain (AB212962).

В экспериментах также использовали нуклеотидные последовательности Н-гена вируса ЧП из Genbank: Onderstepoort (AF378705), Convac (Z35493), SnyderHill (AF259552), Yanaka (D85755), Ueno (D85753), Hamamatsu (D85754), KDK1 (AB025271), Tanuki (AB016776), Dog98-002 (AB025270), Dog5B (AY297453), DogHM-3 (AB040767), Dog26D (AB040766), Dog5VD (AY297454), DogTaiwan (AY378091), 5804 (AY386315), DogisolateADen (AF478543), DogisolateCDen (AF478547), Dog Denmark (Z47761), US89 (Z47764), 01-2689 (AY649446), 01-2676 (AY498692), 01-2690 (AY465925), 00-2601 (AY443350) A75-17 (AF164967), Ac96I (AB212963), P94S (AB212964), S124C (AB212965) и vaccine strain (AB212966).

Секвенирование и анализ нуклеотидных последовательностей

Подготовку проб для секвенирования проводили по методу Ausubel et al. [2].

Реакцию секвенирования осуществляли по методу Сенжера с помощью набора BigDye® Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, США) согласно рекомендациям производителя.

Секвенирование ДНК проводили на генетическом анализаторе ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, США) согласно протоколам производителя. Расшифровку электрофореграмм осуществляли программой Sequencing Analysis Software (Applied Biosystems, США).

Сборку и множественное выравнивание нуклеотидных последовательностей продуктов амплификации проводили с помощью приложений ContigExpress и AlignX (алгоритм ClustalW) пакета прикладных программ Vector NTI Suite 9 (Informax inc., США).

Поиск гомологичных последовательностей в базе GenBank проводили с помощью программы BLAST. Построение филогенетических деревьев и анализ соответствия ну-клеотидных последовательностей проводили с помощью программы BioEdit version 7.0.0.

Результаты исследований ОТ-ПЦР

Для идентификации штаммов «Phoca/ Caspian/2007», «Shuskiy» и изолята «Dog-2007» ЧП и наработки ПЦР-продуктов для секвенирования проводили ПЦР с прайме-рами Uppl и Upp2, характеристики которых указаны в таблице 1. Для проведения ОТ-ПЦР использовали РНК указанных трех штаммов.

Результаты экспериментов, представленные на рисунке 1, показали, что специфический продукт размером 428 пар нуклеотидов (п.н.) нарабатывается во всех трех пробах.

Полученные ПЦР продукты выделяли из геля и в дальнейшем использовали для секвенирования ДНК.

Рис. 1. Результаты ОТ-ПЦР для обнаружения вируса ЧП со специфическими праймерами на Р ген - ирр1 и ирр2 [6]. 1 - РНК штамма «РИоса/Са8р1ап/2007» вируса ЧП; 2 - РНК штамма «^ИшЫу» вируса ЧП; 3 - РНК изолята «Dog-2007» вируса ЧП; М - маркер ДНК.

Секвенирование и филогенетический анализ Р-гена

Для установления филогенетического родства штаммов вируса ЧП, выделенных на территории Республики Казахстан, со штаммами вируса, выделенных в других странах, было проведено секвенирование и сравнительный анализ фрагмента Р-гена. Участок Р-гена казахстанских штаммов вируса ЧП сравнивали с аналогичными последовательностями штаммов вируса, взятых из базы данных GenBank.

Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей Р-гена штаммов и изолята вируса ЧП, показанный на рисунке 2, позволил установить, что казахстанские штаммы и изолят вируса ЧП идентичны между собой и штаммами «CDV-3» и «SшderHШ» по данному гену на 99,8-100 % (табл. 2). Штамм «PhocaSiЫrica», выделенный от Байкальских тюленей, был идентичен каспийскому штамму лишь на 95,5 %.

Сравнительный анализ нуклеотид-ных последовательностей Р-гена штаммов и изолятов вируса ЧП позволил построить филогенетическое дерево, на котором они формировали пять групп в зависимости от их происхождения (рис. 3): вакцинные

Рис. 2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента Р-гена (398 п.н.) штаммов и изолята вируса ЧП. Точки обозначают идентичность. PhocaCaspian - штамм «Phoca/Caspian/2007», СИиМ1пк - штамм «Shuskiy».

Рис. 3. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей Р-гена штаммов и изолятов вируса ЧП. PhocaCaspian - штамм «Phoca/Caspian/2007», - штамм «Shuskiy».

и классические штаммы вируса ЧП (Vaccine); штаммы вируса ЧП, выделенные на территории США (USA); Европейские штаммы вируса ЧП (Europe); Азиатские штаммы вируса ЧП (Asia-1 и Asia-2), согласно Lan et al. [6, 7].

Как видно из рисунка 3, отдельную группу формировали штаммы «Phoca/Caspian/2007», «Shuskiy» и изолят «Dog-2007», выделенные на территории Казахстана, а также вакцинные штаммы «Distemink» и «CDV-3». Дан-

Рис. 4. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента Н-гена (1344 п.н.) штаммов «Phoca/Caspian/2007» (PhocaCaspian), «СБУ-3» и изолята «Dog-2007» вируса ЧП. Точки обозначают идентичность.

Рис. 5. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента Н-гена штаммов и изо-лятов вируса ЧП. PhocaCaspian - штамм «Phoca/ Caspian/2007».

ная группа была наиболее близка к вакцинным и классическим штаммам вируса ЧП. Также отдельную ветвь формировал штамм «PhocaSiberica», выделенный от Байкальских тюленей, но наиболее близок он был к Азиатским штаммам вируса.

Секвенированные нуклеотидные последовательности участков Р-гена штаммов «Phoca/Caspian/2007», «^шЫу» и изолята «Dog-2007» были размещены в GenBank под номерами ЕШ94261, Еи597632 и Еи888880, соответственно.

Секвенирование и филогенетический анализ ^гена

Секвенирование нуклеотидных последовательностей Н-гена штамма «Phoca/ Caspian/2007» и изолята «Dog-2007» вируса ЧП размером 1344 н.п. проводили с использованием специфических праймеров [6], указанных в таблице 1.

Сравнительный и филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей Н-гена проводили на основании данных по секвенированию и используя аналогичные последовательности из базы данных GenBank. Результаты сравнительного и фи-

логенетического анализа представлены в таблице 3 и на рисунках 4, 5.

Полученные результаты позволили установить, что идентичность нуклеотидных последовательностей участка Н-гена штаммов и изолятов вируса ЧП находится в диапазоне 86,00-99,93 %. При этом наиболее близкими являются штамм и изолят вируса, выделенные на территории Казахстана («Phoca/ Caspian/2007» и «Dog-2007») и вакцинный штамм «CDV-3» - 99,48 и 99,55 %, соответственно. Казахстанские штамм «Phoca/ Caspian/2007» и изолят «Dog-2007» были идентичны друг другу на 99,93 %.

При построении филогенетического дерева штаммы вируса ЧП, как и в случае с Р-геном, формировали пять групп в зависимости от их происхождения (рис. 5): вакцинные и классические штаммы вируса ЧП (Vaccine); штаммы вируса ЧП, выделенные на территории США (USA); Европейские штаммы вируса ЧП (Europe); Азиатские штаммы вируса ЧП (Asia-1 и Asia-2), согласно Lan et al. [6, 7].

Как видно из рисунка 5, штамм «Phoca/ Caspian/2007» и изолят «Dog-2007», выде-

Таблица 2.

Идентичность (%) нуклеотидных последовательностей Р-гена штаммов и изолята вируса ЧП

Штамм CDV-3 Shuskiy Dog-2007 Phoca/ Caspian/2007 PhocaSibirica SniderHill

CDV-3 100,0 100,0 99,8 100,0 95,5 99,5

Shuskiy 100,0 99,8 100,0 95,5 99,5

Dog-2007 100,0 99,8 95,5 99,8

Phoca/Caspian/2007 100,0 95,5 99,5

PhocaSibirica 100,0 95,5

SniderHill 100,0

Таблица 3.

Идентичность (%) нуклеотидных последовательностей Н-гена штаммов и изолята вируса ЧП

Штамм Phoca Caspian 2007 Dog-2007 CDV-3 PhocaSibirica SnyderHill

Phoca Caspian 2007 100,00 99,93 99,48 91,55 99,56

Dog-2007 100,00 99,55 91,54 99,55

CDV-3 100,00 91,53 99,54

PhocaSibirica 100,00 91,53

SnyderHill 100,00

ленные на территории Казахстана, на филогенетическом дереве наиболее близко располагались к вакцинным штаммам «CDV-3» и «SnyderHill» и входили в группу вакцинных и классических штаммов вируса ЧП (Vaccine).

Секвенированные нуклеотидные последовательности Н-гена штамма «Phoca/ Caspian/2007» и изолята «Dog-2007» были размещены в GenBank под номерами FJ477089.1 и FJ477090.1, соответственно.

Обсуждение результатов

Согласно данным литературы, чувствительным к вирусу ЧП является широкий круг хозяев, а именно: собаки, норки, енотовидные собаки, еноты, хорьки, лисицы, львы, ягуары, панды, а также нерпы и тюлени [1, 4].

Нами проведено секвенирование и филогенетический анализ Р- и Н-генов штаммов и изолята вируса ЧП, выделенных на территории Республики Казахстан. Изолят «Dog-2007» был выделен от собаки в 2007 году в г. Алматы. Штамм «Shuskiy» выделен от норки в 1989 году в Шуйском районе Жамбылской области. Штамм «Phoca/ Caspian/2007» выделен от тюленя во время эпизоотии на Каспийском море в 2007 году.

Для идентификации вируса ЧП была проведена ОТ-ПЦР со специфическими прайме-рами к Р-гену - Upp1 и Upp2. Данные прай-меры позволили получить специфические продукты реакции размером 428 п.н. для всех трех казахстанских штаммов вируса ЧП. Последующее секвенирование ПЦР-продуктов и сравнительный анализ нукле-отидных последовательностей позволил установить, что данные штаммы вируса принадлежат семейству Paramyxoviridae, роду Morbillivirus, виду Canine Distemper virus.

Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей Р-гена также позволил установить высокий генетический консерватизм данного гена у изученных казахстанских штаммов вируса ЧП. Штамм «Phoca/ Caspian/2007» был идентичен по данному гену на 100 и 99,8 % штаммам «Shuskiy» и изоляту «Dog-2007», соответственно. Штаммы «Shuskiy» и изолят «Dog-2007»

были идентичны между собой по данному гену на 99,8 %.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

Идентичность штаммов «Phoca/ Caspian/2007» и «PhocaSibirica», выделенных от тюленей в разное время в Каспийском море и озере Байкал, соответственно, составляла всего 95,5 %, что говорит о том, что эпизоотии среди данных животных были вызваны разными штаммами вируса.

При проведении филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей Р-гена казахстанских вирусов ЧП и данными GenBank, установлено, что штаммы «Phoca/ Caspian/2007», «Shuskiy» и изолят «Dog-2007» наиболее близки ветви, формируемой вакцинными и классическими штаммами вируса.

В настоящее время известно, что за прикрепление вируса ЧП к клетке-мишени ответственен поверхностный белок - ге-магглютинин (Н). Данный белок отвечает за патогенные и иммуногенные свойства вируса и отвечает за круг хозяев, восприимчивых к вирусу. В работе Lan et al. [6, 7] показано, что филогенетический анализ Н-гена вируса ЧП позволяет проводить дифференциацию штаммов и изолятов вируса и разделять их в зависимости от их географического происхождения.

Секвенирование и сравнительный анализ Н-гена казахстанского штамма «Phoca/ Caspian/2007» и изолята «Dog-2007» вируса ЧП показал, что идентичность нукле-отидных последовательностей между собой составляла 99,93 % и 86,00-99,56 % с последовательностями из GeneBank. Наибольшую идентичность изолят «Dog-2007» и штамм «Phoca/Caspian/2007» имели к штаммам «SnyderHill» и «CDV-3»: 99,5599,56 % и 99,55-99,48 %, соответственно. Как и в случае с Р-геном, показан высокий консерватизм Н-гена, изученного казахстанского штамма и изолята вируса ЧП.

Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей Н-гена позволил установить, что штамм «Phoca/Caspian/2007» и изолят «Dog-2007» относятся к группе вакцинных и классических штаммов вируса ЧП, к которому также относятся вакцинные штаммы «CDV-3», «Onderstepoort», «Convac», «Lederle» и классический штамм

«Snyder Hill». Данные штаммы в работе Zhao et al. [12] были отнесены к генотипу «Амери-ка-1». Ранее считалось, что данный генотип уже не встречается, однако, как показывает автор, циркулирующие в настоящее время во Вьетнаме изоляты вируса ЧП, также как и казахстанские штаммы, принадлежат генотипу «Америка-1» (группа вакцинных и классических штаммов).

Заключение

Таким образом, результаты проведенных исследований позволили установить, что среди плотоядных (тюлени, собаки и норки) на территории Республики Казахстан циркулируют штаммы вируса ЧП, генетически близкие между собой, несмотря на то, что выделены из разных мест и в разное время. Данные штаммы относятся к генотипу «Америка-1» (группа вакцинных и классических штаммов), и, как показали недавние исследования, изоляты данного генотипа также циркулируют среди животных во Вьетнаме.

Вирус ЧП, вызвавший эпизоотию в популяции Каспийских тюленей весной 2007 года, филогенетически близок к вирусам, циркулирующим среди собак и пушных зверей на территории Республики Казахстан, и отличается от вирусов, циркулирующих в других популяциях ластоногих, в том числе и от вируса, вызвавшего эпизоотию на Байкале.

На основании вышеизложенного можно предположить, что эпизоотия чумы в популяции Каспийских тюленей весной 2007 года была вызвана вирусом, циркулирующим на территории Республики Казахстан среди диких и домашних плотоядных животных.

Список литературы

1. Appel, M. J. G. Pathogenicity of morbilliviruses for terrestrial carnivores / M. J. G. Appel and B. A. Summers // Veterinary Microbiology. - 1995. - V 44. - P. 187-191.

2. Ausubel, F. M. Short protocols in molecular biology / F. M. Ausubel // Wiley USA. - 1992. - P. 721-737.

3. Barrett, T. Dolphin and porpoise morbilliviruses are genetically distinct from phocine distemper virus / T. Barrett, I. K. G. Visser, L. Mamaev, L. Goatley, M.

F. van Bressem, A. D. Osterhaust // Virology. - 1993. -V. 193. - P. 1010-1012.

4. Blixenkrone-Miller, M. Antigenic relationship between wild-type isolates of morbilliviruses from different carnivores / M. Blixenkrone-Müller, V. Svansson, M. Appel, J. Krogsrud, P. Have, C. Orvell // Arch. Virol. - 1992. - V. 123. - P. 279-294.

5. Carpenter, M. A. Genetic characterization of canine distemper virus in Serengeti carnivores / M. A. Carpenter, M. J. G. Appel, M. E. Roelke Parker, L. Munson, H. Hofer, M. East, S. J. O'Brien // Vet. Immunol. Immunopathol. -1998. - V 65. - P. 259-266.

6. Lan, N. T. Comparative analyses of canine distemper viral isolates from clinical cases of canine distemper in vaccinated dogs / N. T. Lan, R. Yamaguchi,

A. Inomata, Y. Furuya, K. Uchida, S. Sugano, S. Tateyama // Veterinary Microbiology. - 2006. -V. 115. - Issues 1-3. - P. 32-42.

7. Lan, N. T. Pathogenesis and phylogenetic analyses of canine distemper virus strain 007Lm, a new isolate in dogs / N. T. Lan, R. Yamaguchi, Y. Furuya // Veterinary Microbiology. - 2005. - V. 110. - P. 197-207.

8. Mamaev, L. V. Canine distemper virus in Lake Baikal seals (Phoca sibirica) / L. V. Mamaev, I. K. G. Visser, S. I. Belikov, N. N. Denikina, T. Harder, L. Goatley,

B. Rima, B. Edginton, A. D. Osterhaus, T. Barrett // The Veterinary Record. - 1996. - V. 138. - P. 437-439.

9. Osterhaus, A. D. M. E. Morbillivirus infections in European seals before 1988 / A. D. M. E. Osterhaus, J. Groen, F. G. C. M. UytdeHaag, I. K. G. Visser, E. J. Vedder, J. Crowther, C. J. Bostock // The Veterinary Record. - 1989. - V. 125. - P. 326.

10. Visser, I. K. G. Morbillivirus infections in aquatic mammals / I. K. G. Visser, M. F. Bressem, T. Barrett, A. D. M. E. Osterhaus // Veterinary Research. - 1993. -V. 24. - P. 169-178.

11. von Messling, V. The hemagglutinin of canine distemper virus determines tropism and cytopathogenicity / V. von Messling, G. Zimmer,

G. Herrler, L. Haas, R. Cattaneo // J. Virol. - 2001. -V. 75. - P. 6418-6427.

12. Zhao, J. Phylogenetic analysis of the haemagglutinin gene of canine distemper virus strains detected from breeding foxes, raccoon dogs and minks in China / J. Zhao, X. Yan, X. Chai // Veterinary Microbiology. - 2010. -V. 140. - Issues 1-2. - P. 34-42.

Рецензируемый журнал фундаментальных и прикладных исследований «Актуальные вопросы ветеринарной биологии»

в сети Интернет: http://www.invetbio.spb.ru/journal/vp_main.htm

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.