CC BY
31ЖУРНАЛ МИКРОБИОЛОГИИ, ЭПИДЕМИОЛОГИИ И ИММУНОБИОЛОГИИ. 2022; 99(3)
DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-231
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ Научная статья
https://doi.org/10.36233/0372-9311-231
Щ Check for updates
Результаты полногеномного секвенирования бактерий Acinetobacter baumannii, изолированных от пациентов стационаров северных регионов Тюменской области
Катаева Л.В.1Н, Колотова О.Н.1, Степанова Т.Ф.1, Кисличкина А.А.2, Шишкина Л.А.2, Мухина Т.Н.2
Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии Роспотребнадзора, Тюмень, Россия;
2Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, Оболенск, Россия
Аннотация
Введение. Важной задачей нозокомиального инфекционного контроля является установление генетического родства группы изолятов, поиск источника, повлекшего возникновение инфекции. Наиболее распространённым возбудителем инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, является Acinetobаcter baumannii.
Цель. Оценить результаты полногеномного секвенирования бактерий A. baumannii, изолированных из клинических образцов пациентов, находящихся на стационарном лечении в двух медицинских организациях северных регионов Тюменской области.
Материалы и методы. Исследовано 9 изолятов A. baumannii, выделенных из клинического материала пациентов. Бактериальные культуры идентифицировали с помощью масс-спектрометрии, проводили полногеномное секвенирование, мультилокусное сиквенс-типирование, поиск маркеров антибиотикорезистент-ности и генов, связанных с вирулентностью.
Результаты. Исследованные штаммы принадлежат к сиквенс-типам ST2 и ST187 и относятся к международному клональному комплексу СС2. У всех изолятов A. baumannii обнаружены гены бета-лактамаз, гены резистентности к аминогликозидам, группе М^-антибиотиков (макролиды, линкосамиды и стрептограми-ны) и тетрациклинам, кластер генов, связанных с вирулентностью (отвечающих за синтез ацинетобактина и связывания железа, поверхностный антиген 1 и порин).
Заключение. Изоляты A. baumannii, выделенные из клинического материала пациентов медицинской организации № 1, согласно анализу однонуклеотидного полиморфизма, относятся преимущественно к одному штамму бактерий. Изоляты A. baumannii, выделенные из клинического материала пациентов медицинской организации № 2, являются близкородственными. Способность различать клинические изоляты A. baumannii на уровне нескольких однонуклеотидных полиморфизмов в геноме позволит улучшить выявление источника инфекции, а данные полногеномного секвенирования могут способствовать рациональному назначению антибиотикотерапии и коррекции дезинфекционных и антисептических мероприятий.
Ключевые слова: Acinetobacter baumannii, клинические изоляты, полногеномное секвенирование, гены резистентности, сиквенс-типы
Этическое утверждение. Исследование проводилось при добровольном информированном согласии пациентов. Протокол исследования одобрен Этическим комитетом Тюменского НИИ краевой инфекционной патологии Роспотребнадзора (протокол № 1 от 20.09.2021).
Источник финансирования. Исследование выполнено при поддержке бюджетного финансирования в рамках НИР № АААА-А16-116022610092-8.
Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.
Для цитирования: Катаева Л.В., Колотова О.Н., Степанова Т.Ф., Кисличкина А.А., Шишкина Л.А., Мухина Т.Н. Результаты полногеномного секвенирования бактерий Acinetobacter baumannii, изолированных от пациентов стационаров северных регионов Тюменской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(3):343-352. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-231
© Коллектив авторов, 2022
ORIGINAL RESEARCHES
Original article
https://doi.org/10.36233/0372-9311-231
Whole genome sequencing of Acinetobacter baumannii strains isolated from hospital patients in the northern territories of the Tyumen region
Lyubov V. Kataeva1BI, Olga N. Kolotova1, Tatiana F. Stepanova1, Angelina A. Kislichkina2, Lydia A. Shishkina2, Tatiana N. Mukhina2
Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia;
2State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia
Abstract
Introduction. is to The analysis of the genetic relatedness of isolates aiming to find the source of infection is an important task of nosocomial infection control. The most common causative agent of healthcare-associated infections is Acinetobacter baumannii.
Objective. To evaluate the results of whole genome sequencing of A. baumannii bacteria isolated from clinical samples of patients undergoing inpatient treatment in the northern territories of the Tyumen region. Materials and methods. Nine isolates of A. baumannii from the clinical material of patients were studied. Bacterial cultures were identified by mass spectrometry. Whole genome sequencing, multilocus sequence typing and search for markers of antibiotic resistance were performed.
Results. The studied strains belonged to sequence types ST2 and ST187, and to the international clonal complex CC2. All A. baumannii isolates were found to have beta-lactamase genes, as well as genes for resistance to aminoglycosides, to the MLS group of antibiotics, and to tetracyclines. The presence of a cluster of genes associated with virulence was detected: those responsible for the synthesis of acinetobactin and iron binding, surface antigen 1 and porin.
Conclusion. Based on data of a single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, A. baumannii isolates from the clinical material of patients of healthcare institution #1 belong mainly to one bacterial strain. Isolates of A. baumannii from the clinical material of patients of healthcare institution #2 are closely related. The ability to distinguish clinical isolates of A. baumannii at the level of several SNPs per genome will improve the identification of the source of infection, and whole genome sequencing data can contribute to the rational prescription of antibiotic therapy and the correction of disinfection and antiseptic measures.
Keywords: Acinetobacter baumannii, clinical strains, whole genome sequencing, resistance genes, sequence types
Ethics approval. The study was conducted with the informed consent of the patients. The research protocol was approved by the Ethics Committee of the Tyumen Region Infection Pathology Research Institute (protocol No. 1, September 20, 2021).
Funding source. The study was supported by budget financing within the framework of research work No. AAA-A-A16-116022610092-8.
Conflict of interest. The authors declare no apparent or potential conflicts of interest related to the publication of this article.
For citation: Kataeva L.V., Kolotova O.N., Stepanova T.F., Kislichkina A.A., Shishkina L.A., Mukhina T.N. Whole genome sequencing of Acinetobacter baumannii strains isolated from hospital patients in the northern territories of the Tyumen region. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2022;99(3):343-352. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-231
Введение
Важной задачей клинической микробиологии являются идентификация бактериальных изолятов и выявление взаимосвязей между ними. Для этих целей используют широкий спектр фенотипических и генотипических тестов [1, 2]. С помощью этих методов внутри клинически значимых видов бактерий выделяют клональные линии — группы близкородственных бактерий, имеющих общего предка и распространяющихся на региональном или глобальном уровнях [3, 4]. Целью нозокомиального
инфекционного контроля является установление генетического родства группы изолятов, повлекших возникновение внутрибольничной вспышки, поиск источника, а результаты определения характеристик изолятов можно использовать для предотвращения постоянных путей передачи [5-8].
Род Лсгпе(оЬас(ег включает сложную и гетерогенную группу бактерий, многие из которых способны вызывать оппортунистические инфекции. Среди широкого спектра возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП),
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
наиболее распространённым видом являются Acinetobacter ЬаытаппИ [9]. Бактерии А. ЬаытаппИ являются возбудителями пневмонии, бактериемии, хирургических раневых инфекций, инфекций мочевых путей и др. [2, 5, 10-12]. Согласно списку Всемирной организации здравоохранения, А. Ьаытаппп входит в число шести самых опасных бактерий для населения развитых стран (ESKAPE-патогенов) [13, 14].
Источником и резервуаром инфекции А. Ьаытаппп служат инфицированные и больные люди, контаминированные предметы окружающей среды [15]. Распространение бактерий осуществляется воздушно-капельным, контактно-бытовым, гематогенным путями. А. ЬаытаппИ имеет разветвлённую клональную популяционную структуру, однако всемирное распространение имеют лишь несколько генетических линий, обычно ассоциированных с высокой резистентностью к антибиотикам [16, 17]. Инфекции, вызванные бактериями А. ЬаытаппИ, значительно увеличивают продолжительность пребывания пациентов в стационаре, а множественная лекарственная устойчивость часто является причиной неблагоприятных клинических исходов [18-23].
В течение многих лет типирование изолятов А. ЬаытаппИ при определении источника ИСМП было основано на определении отдельных участков генома [15, 24]. В настоящее время в рутинной практике для исследования структуры популяции при выявлении колонизированных пациентов используется полногеномное секвенирование (WGS) [17]. Однако в молекулярной эпидемиологии для
А. ЬаытаппИ нет стандартизированного определения «бактериальный клон» [25]. У этих бактерий даже в естественной среде в большинстве бактериальных геномов происходит накопление мутаций, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) могут накапливаться со скоростью 2-10 в год. В исследовании, посвящённом определению источника ИСМП, вызванных А. ЬаытаппИ, продемонстрирована минимальная генетическая диверсификация между изоля-тами — не более 5 SNP, причём некоторые не приобретали ни одного SNP в течение почти года. В другом исследовании был определён порог в 2,5 SNP, отличающих одного возбудителя инфекции от другого. Для установления факта нескольких случаев ИСМП необходимо доказать, что отдельные случаи инфекции вызваны одним штаммом, а не разными штаммами из одной клональной группы [8, 25], что возможно только с помощью определения полной последовательности генома этиологического агента.
Цель исследования — оценить результаты WGS бактерий А. ЬаытаппИ, изолированных из клинических образцов пациентов, находящихся на стационарном лечении в северных регионах Тюменской области.
Материалы и методы
Исследовано 9 изолятов А. ЬаытаппИ, выделенных из клинического материала пациентов, получавших лечение в клинических стационарах севера Тюменской области (медицинские организации (МО)-1 и -2). Штаммы депонированы в Государственной коллекции патогенных микроорганиз-
Таблица 1. Характеристика изолятов A. baumannii Table 1. Characteristics of A. baumannii isolates
№ No. Название штамма Strain name Источник выделения Isolation source Отделение Unit № в коллекции «ГКПМ-Оболенск» No. in GKPM-Obolensk collection Дата выделения Isolation date МО Medical organization (MO)
1 A baumannii 4489 Мокрота Sputum Реанимация Intensive Care Unit B-8564 22.08.2017 MO-1
2 A baumannii 4533 Мокрота Sputum Реанимация Intensive Care Unit B-8565 24.08.2017 MO-1
3 A baumannii 4534 Раневое отделяемое Wound discharge Хирургия Surgery B-8566 24.08.2017 MO-1
4 A baumannii 4586 Мокрота Sputum Реанимация Intensive Care Unit B-8567 25.08.2017 MO-1
5 A baumannii 4407 Мокрота Sputum Реанимация Intensive Care Unit B-8563 17.08.2017 MO-1
6 A baumannii 4554 Мокрота Sputum Реанимация Intensive Care Unit B-8560 24.08.2017 MO-1
7 A baumannii 5720 Раневое отделяемое Wound discharge Хирургия Surgery B-8561 21.07.2017 MO-2
8 A baumannii 5824 Раневое отделяемое Wound discharge Хирургия Surgery B-8568 26.07.2017 MO-2
9 A baumannii 6306 Мокрота Sputum Неврология Neurology B-8569 10.08.2017 MO-2
ORIGINAL RESEARCHES
Таблица 2. Данные WGS изолятов A. baumannii
Table 2. Data of Whole Genome Sequencing of A. baumannii isolates
Название штамма Strain name Номер доступа в GenBank GenBank accession no. SRR Размер генома, п.н. Genome size, bp Количество контигов Number of contigs Количество генов Number of genes
4489 VBXL00000000.1 SRR8881950 3 677 288 62 3587
4533 VBXM00000000.1 SRR8881951 3 678 290 60 3588
4534 VBXN00000000.1 SRR8881952 3 678 563 59 3585
4586 VBXO00000000.1 SRR8881953 3 678 714 58 3585
4407 VBXK00000000.1 SRR8881949 3 678 109 61 3589
4554 VBXI00000000.1 SRR8881947 3 661 409 93 3577
5720 VBXJ00000000.1 SRR8881948 4005 515 87 3939
5824 VBXP00000000.1 SRR8881944 4 006 170 78 3943
6306 VBXQ00000000.1 SRR8881945 3 940 559 128 3874
мов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск», их характеристика представлена в табл. 1.
Идентификацию бактериальных культур осуществляли с помощью масс-спектрометра «MALDI-TOF Biotyper» («Bruker Daltonik GmbH»). Для этого проводили экстракцию белков посредством последовательной обработки бактериальной взвеси этиловым спиртом, 70% муравьиной кислотой с последующим добавлением ацетонитрила. В качестве вещества, обеспечивающего процессы десорбции и ионизации посредством поглощения лазерного излучения, использовали MALDI-ма-трицу (насыщенный водный раствор а-циано-4-ги-дроксикоричной кислоты, содержащий 50% ацето-нитрила и 2,5% трифторуксусной кислоты). Анализ проводили в автоматическом режиме. Показатель подобия варьировал от 2,44 до 2,536, что соответствует высокому уровню видовой идентификации. Проведенные исследования позволяют заключить, что исследуемые культуры были идентифицированы как A. baumannii с высокой степенью достоверности и не содержали примеси других бактериальных культур.
WGS осуществлено на платформе «Illumina MiSeq» с использованием наборов «Nextera DNA Library Preparation Kit» и «MiSeq Reagent Kits v3 (600-Cycle Kit)» согласно рекомендациям производителя. Короткие нуклеотидные прочтения (риды), полученные в результате секвенирования, размещены в базе данных NCBI SRA. Риды были собраны в контиги при помощи программы «Unicycler v0.4.7» и размещены в базе данных NCBI Genome. Номера доступов приведены в табл. 2.
Мультилокусное сиквенс-типирование проводили по схеме, разработанной в Институте Пастера («Пастеровская схема» включает 7 генов «домашнего хозяйства» — cpn60, fusA, gltA, pyrG, recA, rplB, rpoB), с использованием сервера MLST 2.01.
'URL: https://cge.cbs.dtu.dk/services/MLST
Маркеры антибиотикорезистентности и гены, связанные с вирулентностью, определяли с помощью сервера ResFinder 3.02. Проверяли наличие основных генов, связанных с резистентностью к фторхинолонам, фосфомицинам, аминогликозидам, бета-лактамам, MLS-антибиотикам, фениколам, сульфонамидам, тетрациклинам, колистину, фузи-довой кислоте, триметоприму, рифампицину. Результаты верифицировали в программе «Mauve»3 и BLAST Nucleotide collection (nr/nt)4.
Филогенетическое исследование осуществляли в программе «Wombac 2.0»5, которая позволяет находить коровые SNP в нуклеотидных последовательностях и производить выравнивание этих полиморфизмов. В работе использовали полногеномные последовательности 27 штаммов A. baumannii, представителей разных клональных линий, депонированных в базе данных NCBI Genome. Для построения филогенетического дерева использовали программу «SplitsTree4»6. Попарное сравнение геномов проводили, используя контиги и короткие нуклеотидные прочтения (риды), полученные в результате секвенирования каждого штамма в программе «Wombac 2.0».
Картирование сборок геномов проводили в программе «MAUVE»7, картирование коротких нуклеотидных прочтений (ридов), полученных в результате секвенирования, на сборки геномов — в программе «Lasergene»8.
Для оценки резистентности к антимикробным препаратам бактериальную суспензию готовили по стандартной методике с оптической плотностью 0,5 по Мак-Фарланду. Резистентность к антимикроб-
2URL: https://cge.cbs.dtu.dk/services/resfinder
3URL: http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve
4URL: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov
5URL: http://www.bioinformatics.net.au/software.wombac.shtml
6URL: http://www.splitstree.org
7URL: http://darlinglab.org/mauve/mauve.html
8URL: https://www.dnastar.com/software/genomics
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ным препаратам определяли диско-диффузионным методом на среде Мюллер-Хинтон («HiMedia»), результаты анализировали в соответствии с действующими нормативными документами9. В исследование взяты диски с левофлоксацином, амикацином, цефепимом, имипенемом, меропенемом и ко-три-максозолом (ООО «НИЦФ», Россия).
Результаты
Результаты определения сиквенс-типов бактерий A. baumannii показали, что все изоляты, выделенные в МО-1, имели профиль cpn60-2, fusA-2, gltA-2, pyrG-2, recA-2, rplB-2, rpoB-2 и отнесены к сиквенс-типу ST2. Два изолята: A. baumannii 5720 и A. baumannii 6306, выделенные в МО-2, имели такой же профиль. Профиль A. baumannii 5824 отличался от вышеперечисленных одним аллелем — rpoB-43 — и отнесён к сиквенс-типу ST187. Аллель rpoB-2 отличается от аллеля rpoB-43 только на один нуклеотид. Исследованные штаммы сиквенс-типов ST2 и ST187 относятся к международному клональ-ному комплексу CC2. Клональный комплекс CC2 отвечает за большинство случаев ИСМП, вызванных A. baumannii [26, 27].
Результаты исследования маркеров резистентности к антимикробным препаратам представлены в табл. 3. У всех изолятов обнаружены гены бета-лак-тамаз blaOXA-23, blaOXA-66 и blaADC-73, которые имеют 100% нуклеотидную гомологию с соответствующими генами из базы данных NCBI Genbank (blaOXA-23 — AY795964, bla-oxa-66 — AY750909, adc73 — KP881233). У изолятов, выделенных в МО-2, детектирован ген blaTEM-1D (100% гомология с геном blaTEM-1D — AF188200). Определены также гены резистентности к аминогликозидам: у всех изолятов присутствуют ген armA (AY220558), отвечающий за рибосомальное метилирование, гены aph(3')-Ib (AF024602) и aph(6)-Id (M28829), кодирующие ферменты, модифицирующие амино-гликозидные антибиотики путем фосфорилирова-ния их гидроксильных групп в присутствии АТФ в качестве ко-фактора. Дополнительно у бактерий A. baumannii, выделенных в МО-2, присутствовали гены aph(3)-Ia (X62115) и aph(3)-VIa (X07753), также кодирующие ферменты резистентности. Все изоляты содержали гены mph(E), msr(E) и tet(B), ассоциированные с резистентностью к эритромицину, стрептограмину В и тетрациклину соответственно.
Полученные данные WGS о наличии генов резистентности к антимикробным препаратам амика-цину, цефепиму, имепенему и меропенему подтвер-
9Клинические рекомендации «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам». Версия — 2018-03. URL: https://www.antibiotic.ru/files/321/clrec-dsma2018.pdf; МУК 4.2.1890-04 МУК 4.2.1890-04 «Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам». URL: https://docs.cntd.ru/document/1200038583
ждаются результатами диско-диффузионного метода. У всех изолятов определена также резистентность к левофлоксацину и ко-тримаксозолу, в то время как генов резистентности к ним не обнаружено.
Наличие кластеров генов, связанных с вирулентностью, детектировано у всех изолятов A. bau-mannii: BauABCDE и BasCD, отвечающих за синтез ацинетобактина и связывания железа, а также гены surA1 (поверхностный антиген 1), omp33-36 (по-рин).
На основании анализа SNP в геномах 27 штаммов представителей разных клональных линий A. baumannii и 9 исследуемых изолятов было построено филогенетическое дерево (рисунок).
Детекция SNP учитывалась в последовательностях генома, присутствующих во всех исследуемых изолятах. При построении дендрограммы использован статистический метод NJ. Анализ ден-дрограммы позволяет заключить, что изоляты, выделенные в МО-1 и МО-2, филогенетически близки штаммам эпидемического клонального комплекса СС2. Количество SNP в коровых геномах различных клональных линий было около 19,0-22,5 тыс., а внутри клонального комплекса СС2 варьировалось от 3289 до 0. Изоляты, выделенные в МО-1, образовали одну ветвь с близкородственным штаммом AC29, выделенным от человека в Малайзии в 2011 г.
Попарное сравнение штамма AC29 выявило разницу в 14 SNP между изолятами 4489, 4533, 4534, 4586, 4407 и в 15 SNP — с 4554. Сравнение изолятов 4489, 4533, 4534, 4586 и 4407 не выявило ни одного SNP, что свидетельствует о принадлежности их к одному штамму, изолят 4554 отличался от них на 1 SNP.
Изоляты бактерий A. baumannii, выделенные в МО-2, образовали отдельную ветвь. Попарное сравнение этих изолятов с изолятами, выделенными в МО-1, и штаммом AC29 детектировало от 980 до 990 SNP. Отличие изолята 5720 от изолятов 5824 и 6306 составило 51 SNP и 37 SNP соответственно, между изолятами 5824 и 6306 — 30 SNP. Штамм бактерий A. baumannii 5720, содержащий маркеры резистентности к антимикробным препаратам: аминогликозидам (aph(3'')-Ib; aph(6)-ld; aph(3')-Ia; aph(3')-Via; armA), бета-лактамам (blaOXA-23, blaOXA-66, bla ADC-73, blaTEM-ID), MLS-анти-биотикам (mrs, mph), сульфонамиду (sul2), тетрациклину (tet(B)), взят в основу изобретения10.
Известно, что бактерии A. baumannii относительно часто характеризуются горизонтальным переносом генов. Поэтому для определения генетической идентичности изолятов необходимо сравни-
10Патент РФ на изобретение № 2711922 «Мультирезистентный штамм бактерий Acinetobacter baumannii для стандартизации оценки эффективности разрабатываемых антимикробных препаратов и дезинфицирующих средств», 23.01.2020.
ORIGINAL RESEARCHES
Таблица 3. Сиквенс-типы и маркеры антибиотикорезистентности изолятов A. baumannii Table 3. Sequence type and markers of antibiotic resistance of A. baumannii isolates
Лекарственная устойчивость и соответствующие гены Drug resistance and corresponding genes
МО Номер изолята Isolate name Сиквенс-тип Sequence type Р-лактамазы расширенного спектра P-lactamases extended spectrum аминогликозиды aminoglycosides макролиды-линкоза-миды-стрептограмин В macrolide-Nncosamide-streptogramin B тетрациклины Tetracyclines
МО-1 4489 4533 4534 4586 4407 4554 ST2 ST2 ST2 ST2 ST2 ST2 blaOXA-23 blaOXA-66 bla ADC-73 aph(3")-Ib aph(6)-Id armA msr mph tet(B)
МО-2 5720 5824 6306 ST2 ST187 ST2 blaOXA-23 blaOXA-66 bla ADC-73 blaTEM-1D aph(3")-Ib aph(6)-Id aph(3)-Ia aph(3)-VIa armA msr mph tet(B)
вать не только коровый, но и дополнительный геном. Использование только количественной оценки SNP геномов может привести к неправильным выводам вследствие наличия различных участков дополнительного генома.
Для изолятов А. Ьаитаппи, выделенных в МО-1, выполнено отдельное попарное сравнение коротких нуклеотидных прочтений (ридов) со сборками кон-тигов для исключения ошибок. Сравнение показа-
ло, что у данных изолятов отсутствуют отличия в последовательности ДНК размером в 1 нуклеотид. Для определения наличия индивидуальных ну-клеотидных последовательностей, которые могут присутствовать в одном или нескольких штаммах, выполнялось картирование сборок геномов и картирование ридов на сборке геномов в программе «Lasergene». При выполнении этой работы дополнительных участков генома не выявлено.
Филогенетическое древо геномов A. baumannii, построенное на основании SNP в коровых геномах. Phylogenetic tree of A. baumannii genomes constructed on the basis of SNPs in the core genomes.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Для изолятов, выделенных в МО-2, также выполнено отдельное попарное сравнение коротких нуклеотидных прочтений (ридов) со сборками контигов для исключения ошибок. Отличие изоля-та 5720 от изолятов 5824 и 6306 составило 63 и 43 SNP соответственно, между изолятами 5824 и 6306 детектировано 22 SNP. У изолятов бактерий 5720 и 5824 выявлены 2 участка генома, отсутствующие у 6306, размером 13 и 20 т.п.н.
Обсуждение
Молекулярно-генетический анализ геномов изолятов A. baumannii, выделенных из клинического материала пациентов, получавших лечение в клинических стационарах севера Тюменской области, показал их принадлежность к клональному комплексу СС2, отвечающему за большинство случаев ИСМП. Циркуляция штаммов этого клональ-ного комплекса, являющегося самым крупным и наиболее широко распространённым, выявлена в 34 странах на 5 континентах, в том числе во многих европейских странах [17].
Мультилокусное сиквенс-типирование является распространённым молекулярно-биологическим методом, широко используемым для определения клональных линий штаммов А. baumannii при расследовании случаев инфекции, в том числе ИСМП. WGS даёт дополнительное понимание эволюционного процесса внутри группы изолятов, потенциальной вирулентности и антибиотикорезистентно-сти. Анализ SNP генома обеспечивает определение корреляции между эпидемиологически связанными изолятами. По данным WGS можно провести дискриминацию близкородственных штаммов и верифицировать их как клоны одного штамма или установить их индивидуальность.
Исходя из полученных данных, изоляты A. bau-mannii, выделенные из клинического материала пациентов МО-1, можно отнести к одному штамму, т.к. попарное сравнение не выявило ни одного SNP, а при картировании геномов не обнаружено индивидуальных участков генома. Изоляты A. baumannii, выделенные из клинического материала пациентов МО-2, являются близкородственными и отличаются друг от друга более 20 SNP, изолят 5824 относится к другому сиквенс-типу. У изолята 6306 отсутствуют 2 участка генома, имеющиеся у изолятов 5720 и 5824.
Несмотря на то, что все исследованные изоля-ты относятся к одному клональному комплексу и одному сиквенс-типу (кроме 5824), штаммы A. bau-mannii образуют две отдельные филогенетические линии, отличающиеся на 980 до 990 SNP.
Проведение WGS для определения источника ИСМП бактериальной этиологии становится всё более доступным, но для правильной оценки количества SNP при определении дистанции между геномами необходимо учитывать несколько нюан-
сов. Поскольку в процессе сборки de novo отфильтровывается большинство неспецифических и некачественных единичных прочтений, могут быть ошибки, такие как пропуск некоторых участков или погрешности в повторяющихся геномных областях, различающихся небольшим количеством SNP. Для предотвращения искажения результатов необходимо верифицировать результаты не только сравнения сборок генома, но и «сырых ридов». Учитывая характерные для штаммов A. baumannii горизонтальный перенос генов и подверженность генетической рекомбинации [28], необходимо разделять эти перестройки генома с вероятными «потерями» участков нуклеотидной последовательности в результате некорректной сборки или низкого покрытия генома, полученного в результате WGS.
WGS обладает достаточным потенциалом для подтверждения близкородственных бактериальных штаммов. Способность различать клинические изоляты A. baumannii на уровне нескольких SNP в геноме позволит улучшить выявление источника инфекции, путей и факторов его передачи, а также выявить ранее неопознанных колонизированных пациентов или персонал. Данные WGS могут способствовать рациональному назначению антибио-тикотерапии, коррекции дезинфекционных и антисептических процедур.
СПИСОК ИСТОЧНИКОВ
1. Янович Ю.А., Рачина С.А., Сухорукова М.В., Савочки-на Ю.А., Вацик М.В., Петров А.А. Нозокомиальная пневмония у взрослых: структура возбудителей и новые возможности этиологической диагностики. Фарматека. 2019; 26(5): 39-46. https://doi.org/10.18565/pharmateca.2019.5.39-46
2. Costa D.M., Johani K., Melo D.S., Lopes L.K.O., Lopes Lima L.K.O., Tipple A.F.V., et al. Biofilm contamination of high-touched surfaces in intensive care units: epidemiology and potential impacts. Lett. Appl. Microbiol. 2019; 68(4): 269-76. https://doi.org/10.1111/lam.13127
3. Чеботарь И.В., Лазарева А.В., Масалов Я.К., Михайлович В.М., Маянский Н.А. Acinetobacter: микробиологические, патогенетические и резистентные свойства. Вестник Российской академии медицинских наук. 2014; 69(9-10): 39-50. https://doi.org/10.15690/vramn.v69i9-10.1130
4. Oliveira R.A., Mancero J.M.P., Faria D.F., Poveda V.B. A retrospective cohort study of risk factors for surgical site infection following liver transplantation. Prog. Transplant. 2019; 29(2): 144-9. https://doi.org/10.1177/1526924819835831
5. Тапальский Д.В., Бонда Н.А. Acinetobacter baumannii: распространенность, спектр и динамика антибиотикорези-стентности, чувствительность к комбинациям антибиотиков. Журнал Гродненского государственного медицинского университета. 2018; 16(3): 286-91. https://doi.org/10.25298/2221-8985-201816-3-286-291
6. Брусина Е.Б., Зуева Л.П., Ковалишена О.В., Стасенко В.Л., Фельдблюм И.В., Брико Н.И. и др. Инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи: современная доктрина профилактики. Часть 2. Основные положения. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018; 17(6): 4-10. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2018-17-4-10
7. Lemos E.V., de la Hoz F.P., Einarson T.R., McGhan W.F., Quevedo E., Castañeda C., et al. Carbapenem resistance and
ORIGINAL RESEARCHES
mortality in patients with Acinetobacter baumannii infection: systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(5): 416-23. https://doi.org/10.1111/1469-0691.12363
8. Tomczyk S., Zanichelli V., Grayson M.L., Twyman A., Abbas M., Pires D., et al. Control of carbapenem-resistant Enterobac-teriaceae, Acinetobacter baumannii, and Pseudomonas aeruginosa in healthcare facilities: a systematic review and reanalysis of quasi-experimental studies. Clin. Infect. Dis. 2019; 68(5): 873-84. https://doi.org/10.1093/cid/ciy752
9. Cheng V.C.C., Wong S.C., Chen J.H.K., So S.Y.C., Wong S.C.Y., Ho P.L., et al. Control of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii in Hong Kong: role of environmental surveillance in communal areas after a hospital outbreak. Am. J. Infect. Control. 2018; 46(1): 60-6. https://doi.org/10.1016/j.ajic.2017.07.010
10. Лавриненко А.В. Вирулентный Acinetobacter baumannii. Медицина и экология. 2019; (3): 24-9.
11. Kim S.Y., Park J.S., Hong Y.J., Kim T.S., Hong K., Song K.H., et al. Microarray-based nucleic acid assay and MALDI-TOF MS analysis for the detection of gram-negative bacteria in direct blood cultures. Am. J. Clin. Pathol. 2019; 151(2): 143-53. https://doi.org/10.1093/ajcp/aqy118
12. Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Антибио-тикорезистентность возбудителей гнойно-септических инфекций в многопрофильном стационаре. Проблемы медицинской микологии. 2018; 20(1): 40-8. https://doi.org/10.15989/2220-9619-2018-1-99-84
13. Boucher H.W., Talbot G.H., Bradley J.S., Edwards J.E., Gilbert D., Rice L.B., et al. Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin. Infect. Dis. 2009; 48(1): 1-12. https://doi.org/10.1086/595011
14. Leao A.C., Menezes P.R., Oliveira M.S., Levin A.S. Acinetobacter spp. are associated with a higher mortality in intensive care patients with bacteremia: a survival analysis. BMC Infect. Dis. 2016; 16: 386. https://doi.org/10.1186/s12879-016-1695-8
15. Elkhatib W.F., Khalil M.A.F., Ashour H.M. Integrons and antiseptic resistance genes mediate resistance of Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa isolates from intensive care unit patients with wound infections. Curr. Mol. Med. 2019; 19(4): 286-93.
https://doi.org/10.2174/1566524019666190321113008
16. Скурихина Ю.Е., Туркутюков В.Б. Микробиологические и молекулярно-генетические аспекты антибиотикорезистент-ности Pseudomonas aeruginosa и Acinetobacter baumannii. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 18(6): 34-8. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2019-18-6-34-38
17. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Тимохова А.В., Шек Е.А. и др. Антибиоти-корезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 20112012 гг. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014; 16(4): 266-72. https://doi.org/10.36488/ cmac.2019.2.147-159
18. Melsen W.G., Rovers M.M., Koeman M., Bonten M.J. Estimating the attributable mortality of ventilator-associated pneumonia from randomized prevention studies. Crit. Care Med. 2011; 39(12): 2736-42.
https://doi.org/10.1097/CCM.0b013e3182281f33
19. Kalil A.C., Metersky M.L., Klompas M., Muscedere J., Sweeney D.A., Palmer L.B., et al. Management of adults with hospital-acquired and ventilator-associated pneumonia: 2016 clinical practice guidelines by the infectious diseases society of America and the American thoracic society. Clin. Inf. Dis. 2016; 63(5): e61-e111. https://doi.org/10.1093/cid/ciw353
20. Barbier F., Andremont A., Wolff M., Bouadma L. Hospital-acquired pneumonia and ventilator-associated pneumonia: recent advances in epidemiology and management. Curr. Opin. Pulm. Med. 2013; 19(3): 216-28. https://doi.org/10.1097/mcp.0b013e32835f27be
21. Дмитриева Н.В., Эйдельштейн М.В., Агинова В.В., Григорьевская З.В., Петухова И.Н., Терещенко И.В. и др. Инфекции, вызванные Acinetobacter baumannii, у онкологических больных. Сибирский онкологический журнал. 2019; 18(3): 26-33. https://doi.org/10.21294/1814-4861-2019-18-3-26-33
22. Munier A.L., Biard L., Legrand M., Rousseau C., Lafaurie M., Donay J.L., et al. Incidence, risk factors and outcome of multi-drug resistant Acinetobacter baumannii nosocomial infections during an outbreak in a burn unit. Int. J. Infect. Dis. 2019; 79: 179-84. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2018.11.371
23. Zhou H., Yao Y., Zhu B., Ren D., Yang Q., Fu Y., et al. Risk factors for acquisition and mortality of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii bacteremia: A retrospective study from a Chinese hospital. Medicine (Baltimore). 2019; 98(13): e14937. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000014937
24. Amudhan M.S., Sekar U., Kamalanathan A., Balaraman S. BlaIMP and blaVIM mediated carbapenem resistance in Pseudomonas and Acinetobacter species in India. J. Infect. Dev. Ctries. 2012; 6(11): 959-62. https://doi.org/10.3855/jidc.2268
25. Vijayakumar S., Veeraraghavan B., Pragasam A.K., Baktha-vachalam Y.D. Genotyping of Acinetobacter baumannii in nosocomial outbreak and surveillance. Methods Mol. Biol. 2019; 1946: 17-22. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9118-1_2
26. Nemec A., Dijkshoorn L., Reijden T.J. Long-term predominance of two pan-European clones among multi-resistant Acinetobacter baumannii strains in the Czech Republic. J. Med. Microbiol. 2004; 53(Pt. 2): 147-53. https://doi.org/10.1099/jmm.0.05445-0
27. Van Dessel Н., Dijkshoorn L., van der Reijden Т., Bakker N., Paauw A., van den Broek P., et al. Identification of a new geographically widespread multiresistant Acinetobacter baumannii clone from European hospitals. Res. Microbiol. 2004; 155(2): 105-12. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2003.10.003
28. Хрульнова С.А., Коробова А.Г., Федорова А.В., Фролова И.Н., Клясова Г.А. Изменение клонального состава карбапенем-нечувствительных изолятов Acinetobacter bau-mannii, выделенных из крови больных опухолями системы крови. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2020; 38(3): 120-7. https://doi.org/10.17116/molgen202038031120
REFERENCES
1. Yanovich Yu.A., Rachina S.A., Sukhorukova M.V., Savochki-na Yu.A., Vatsik M.V., Petrov A.A. Hospital-acquired pneumonia in adults: the structure of pathogens and new features of etiological diagnosis. Farmateka. 2019; 26(5): 39-46. https://doi.org/10.18565/pharmateca.2019.5.39-46 (in Russian)
2. Costa D.M., Johani K., Melo D.S., Lopes L.K.O., Lopes Lima L.K.O., Tipple A.F.V., et al. Biofilm contamination of high-touched surfaces in intensive care units: epidemiology and potential impacts. Lett. Appl. Microbiol. 2019; 68(4): 269-76. https://doi.org/10.1111/lam.13127
3. Chebotar' I.V., Lazareva A.V., Masalov Ya.K., Mikhaylo-vich V.M., Mayanskiy N.A. Acinetobacter: microbiological, pathogenetic and resistant properties. Vestnik Rossiyskoy aka-demii meditsinskikh nauk. 2014; 69(9-10): 39-50. https://doi.org/10.15690/vramn.v69i9-10.1130 (in Russian)
4. Oliveira R.A., Mancero J.M.P., Faria D.F., Poveda V.B. A retrospective cohort study of risk factors for surgical site infection following liver transplantation. Prog. Transplant. 2019; 29(2): 144-9. https://doi.org/10.1177/1526924819835831
5. Tapal'skiy D.V., Bonda N.A. Acinetobacter baumannii: prevalence, spectrum and dynamics of antimicrobial resistance, susceptibility to antibiotic combinations. Zhurnal Grodnensko-go gosudarstvennogo meditsinskogo universiteta. 2018; 16(3): 286-91. https://doi.org/10.25298/2221-8985-201816-3-286-291 (in Russian)
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
6. Brusina E.B., Zueva L.P., Kovalishena O.V., Stasenko V.L., Fel'dblyum I.V., Briko N.I., et al. Healthcare-associated infections: modern doctrine of prophylaxis. Part II. Basic concept. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika. 2018; 17(6): 4-10. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2018-17-4-10 (in Russian)
7. Lemos E.V., de la Hoz F.P., Einarson T.R., McGhan W.F., Que-vedo E., Castañeda C., et al. Carbapenem resistance and mortality in patients with Acinetobacter baumannii infection: systematic review and meta-analysis. Clin. Microbiol. Infect. 2014; 20(5): 416-23. https://doi.org/10.1111/1469-0691.12363
8. Tomczyk S., Zanichelli V., Grayson M.L., Twyman A., Abbas M., Pires D., et al. Control of carbapenem-resistant En-terobacteriaceae, Acinetobacter baumannii, and Pseudomonas aeruginosa in healthcare facilities: a systematic review and re-analysis of quasi-experimental studies. Clin. Infect. Dis. 2019; 68(5): 873-84. https://doi.org/10.1093/cid/ciy752
9. Cheng V.C.C., Wong S.C., Chen J.H.K., So S.Y.C., Wong S.C.Y., Ho P.L., et al. Control of multidrug-resistant Acinetobacter bau-mannii in Hong Kong: role of environmental surveillance in communal areas after a hospital outbreak. Am. J. Infect. Control. 2018; 46(1): 60-6. https://doi.org/10.1016/j.ajic.2017.07.010
10. Lavrinenko A.V. Virulent Acinetobacter baumannii. Meditsina i ekologiya. 2019; (3): 24-9. (in Russian)
11. Kim S.Y., Park J.S., Hong Y.J., Kim T.S., Hong K., Song K.H., et al. Microarray-based nucleic acid assay and MALDI-TOF MS analysis for the detection of gram-negative bacteria in direct blood cultures. Am. J. Clin. Pathol. 2019; 151(2): 143-53. https://doi.org/10.1093/ajcp/aqy118
12. Kozlova N.S., Barantsevich N.E., Barantsevich E.P. Antibioti-coresistance in agents of nosocomial infections in a multidisci-plinary medical centre. Problemy meditsinskoy mikologii. 2018; 20(1): 40-8.
https://doi.org/10.15989/2220-9619-2018-1-99-84 (in Russian)
13. Boucher H.W., Talbot G.H., Bradley J.S., Edwards J.E., Gilbert D., Rice L.B., et al. Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clin. Infect. Dis. 2009; 48(1): 1-12. https://doi.org/10.1086/595011
14. Leäo A.C., Menezes P.R., Oliveira M.S., Levin A.S. Acinetobacter spp. are associated with a higher mortality in intensive care patients with bacteremia: a survival analysis. BMC Infect. Dis. 2016; 16: 386. https://doi.org/10.1186/s12879-016-1695-8
15. Elkhatib W.F., Khalil M.A.F., Ashour H.M. Integrons and antiseptic resistance genes mediate resistance of Acinetobacter bau-mannii and Pseudomonas aeruginosa isolates from intensive care unit patients with wound infections. Curr. Mol. Med. 2019; 19(4): 286-93. https://doi.org/10.2174/1566524019666190321113008
16. Skurikhina Yu.E., Turkutyukov V.B. Microbiological and molecular genetic aspects of antibiotic resistance of Рseudo-monas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. Epidemi-ologiya i vaktsinoprofilaktika. 2019; 18(6): 34-8. https://doi. org/10.31631/2073-3046-2019-18-6-34-38 (in Russian)
17. Sukhorukova M.V., Eydel'shteyn M.V., Skleenova E.Yu., Iv-anchik N.V., Timokhova A.V., Shek E.A., et al. Antimicrobial resistance of nosocomial Acinetobacter spp. isolates in Russia: results of national multicenter surveillance study "Marathon" 2011-2012. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya. 2014; 16(4): 266-72. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.2.147-159 (in Russian)
Информация об авторах
Катаева Любовь Владимировнан — д.м.н., в.н.с., зав. бактериологической лабораторией Тюменского НИИ краевой инфекционной патологии, Тюмень, Россия, info@tniikip.rospotrebnadzor.ru, https://orcid ^/0000-0001-9966-8454
Колотова Ольга Николаевна — м.н.с. бактериологической лаборатории Тюменского НИИ краевой инфекционной патологии, Тюмень, Россия, https://orcid.org/0000-0002-0798-5549
18. Melsen W.G., Rovers M.M., Koeman M., Bonten M.J. Estimating the attributable mortality of ventilator-associated pneumonia from randomized prevention studies. Crit. Care Med. 2011; 39(12): 2736-42.
https://doi.org/10.1097/CCM.0b013e3182281f33
19. Kalil A.C., Metersky M.L., Klompas M., Muscedere J., Sweeney D.A., Palmer L.B., et al. Management of adults with hospital-acquired and ventilator-associated pneumonia: 2016 clinical practice guidelines by the infectious diseases society of America and the American thoracic society. Clin. Inf. Dis. 2016; 63(5): e61-e111. https://doi.org/10.1093/cid/ciw353
20. Barbier F., Andremont A., Wolff M., Bouadma L. Hospital-acquired pneumonia and ventilator-associated pneumonia: recent advances in epidemiology and management. Curr. Opin. Pulm. Med. 2013; 19(3): 216-28. https://doi.org/10.1097/ mcp.0b013e32835f27be
21. Dmitrieva N.V., Eydel'shteyn M.V., Aginova V.V., Grigor'ev-skaya Z.V., Petukhova I.N., Tereshchenko I.V., et al. Infections caused by Acinetobacter baumannii in cancer patients. Sibirskiy onkologicheskiy zhurnal. 2019; 18(3): 26-33. https://doi.org/10.21294/1814-4861-2019-18-3-26-33
(in Russian)
22. Munier A.L., Biard L., Legrand M., Rousseau C., Lafaurie M., Donay J.L., et al. Incidence, risk factors and outcome of multi-drug resistant Acinetobacter baumannii nosocomial infections during an outbreak in a burn unit. Int. J. Infect. Dis. 2019; 79: 179-84. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2018.11.371
23. Zhou H., Yao Y., Zhu B., Ren D., Yang Q., Fu Y., et al. Risk factors for acquisition and mortality of multidrug-resistant Acine-tobacter baumannii bacteremia: A retrospective study from a Chinese hospital. Medicine (Baltimore). 2019; 98(13): e14937. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000014937
24. Amudhan M.S., Sekar U., Kamalanathan A., Balaraman S. BlaIMP and blaVIM mediated carbapenem resistance in Pseudomonas and Acinetobacter species in India. J. Infect. Dev. Ctries. 2012; 6(11): 959-62. https://doi.org/10.3855/jidc.2268
25. Vijayakumar S., Veeraraghavan B., Pragasam A.K., Baktha-vachalam Y.D. Genotyping of Acinetobacter baumannii in nosocomial outbreak and surveillance. Methods Mol. Biol. 2019; 1946: 17-22. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9118-1_2
26. Nemec A., Dijkshoorn L., Reijden T.J. Long-term predominance of two pan-European clones among multi-resistant Acine-tobacter baumannii strains in the Czech Republic. J. Med. Mi-crobiol. 2004; 53(Pt. 2): 147-53. https://doi.org/10.1099/jmm.0.05445-0
27. Van Dessel Н., Dijkshoorn L., van der Reijden Т., Bakker N., Paauw A., van den Broek P., et al. Identification of a new geographically widespread multiresistant Acinetobacter baumannii clone from European hospitals. Res. Microbiol. 2004; 155(2): 105-12. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2003.10.003
28. Khrul'nova S.A., Korobova A.G., Fedorova A.V., Frolova I.N., Klyasova G.A. Change in the clonal structure of carbapenem not susceptible Acinetobacter baumannii isolated from the blood culture of patients with hematological malignancies. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. 2020; 38(3): 120-7.
https://doi.org/10.17116/molgen202038031120 (in Russian)
Information about the authors
Lyubov V. KataevaH — D. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Bacteriological laboratory, Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia, in-fo@tniikip.rospotrebnadzor.ru, https://orcid.org/0000-0001-9966-8454
Olga N. Kolotova — junior researcher, Bacteriological laboratory, Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia, https://orcid.org/0000-0002-0798-5549
ORIGINAL RESEARCHES
Степанова Татьяна Федоровна — д.м.н., профессор, директор Тюменского НИИ краевой инфекционной патологии, Тюмень, Россия,_https://orcid.org/0000-0002-6289-6274 Кисличкина Ангелина Александровна — к.б.н., с.н.с. отдела коллекционных культур ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск, Россия, https://orcid.org/0000-0001-8389-2494
Шишкина Лидия Александровна — к.б.н., м.н.с. отдела коллекционных культур ФБУН ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск, Россия, https://orcid.org/0000-0001-8615-1907
Мухина Татьяна Николаевна — к.б.н., с.н.с. отдела коллекционных культур ФБУН ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск, Россия, https://orcid.org/0000-0001-5829-0512
Участие авторов. Все авторы внесли существенный вклад в проведение поисково-аналитической работы и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию до публикации.
Статья поступила в редакцию 28.03.2022; принята к публикации 20.06.2022; опубликована 30.06.2022
Tatyana F. Stepanova — D. Sci. (Med.), Professor, Director, Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia, https://orcid.org/0000-0002-6289-6274
Angelina A. Kislichkina — Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Department of collection cultures, State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia, https://orcid.org/0000-0001-8389-2494
Lidia A. Shishkina — Cand. Sci. (Biol.), junior researcher, Department of collection cultures, State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia, https://orcid.org/0000-0001-8615-1907
Tatyana N. Mukhina — Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Department of collection cultures, State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia, https://orcid.org/0000-0001-5829-0512
Author contribution. All authors made a substantial contribution to the conception of the work, acquisition, analysis, interpretation of data for the work, drafting and revising the work, final approval of the version to be published.
The article was submitted 28.03.2022; accepted for publication 20.06.2022;
published 30.06.2022
