Репликация данных полногеномных анализов ассоциации с болезнью Паркинсона в Республике Башкортостан Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

Вестник Челябинского государственного университета. 2013. № 7 (298).

Биология. Вып. 2. С. 42-43.

К. В. Путенихина, И. М. Хидиятова, Г. Н. Ахмадеева, Э. К. Хуснутдинова

РЕПЛИКАЦИЯ ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНЫХ АНАЛИЗОВ АССОЦИАЦИИ С БОЛЕЗНЬЮ ПАРКИНСОНА В РЕСПУБЛИКЕ БАШКОРТОСТАН

В рамках репликативных популяционных исследований по результатам полногеномных анализов ассоциации с болезнью Паркинсона (БП) в трёх этнических группах населения Республики Башкортостан — русских, татар и башкир,— проведено изучение полиморфизма локусов ^11012, ^2942168, ^393152 и ^1724425 МАРТ-региона, охватывающего 286 306 п. н. Установлена популяционная гетерогенность распределения частот их генотипов и аллелей. По локусу ^110112 ассоциация с БП подтверждена в популяции русских, по локусам ^2942168, ^393152 и ^1724425 — в популяции татар.

В популяции башкир ассоциации полиморфных вариантов исследованных локусов с БП не выявлены.

Ключевые слова: болезнь Паркинсона, генетические маркеры, популяция, этнические группы.

Введение. В большинстве случаев болезнь Паркинсона носит спорадический характер и имеет многофакторную природу с определённой генетической предрасположенностью [1]. По данным Genomewide association (GWAs), наиболее значимые уровни ассоциации (р < 1 • 10-19; р < 1 40-26) с болезнью Паркинсона (БП) были получены для ряда локусов, принадлежащих 4-й (4q22.1) и 17-й (17q21.31) хромосомам, где кан-дидатными для развития БП являются соответственно ген альфа-синуклеина (SNCA) и ген белка tau, ассоциированного с микротрубочками аксонов (MAPT) [2].

Материалы и методы. Репликация результатов GWAs с БП в трёх этнических группах населения Республики Башкортостан проведена на основе коллекции ДНК 550 больных (русских — 215, татар — 243, башкир — 90) и 622 контрольных индивидов (русских — 190, татар — 338, башкир — 94). Данное исследование включало анализ четырёх полиморфных локусов MAPT-региона, охватывающего 286 306 п. н.,— rs11012, rs2942168, rs393152 и rs1724425, для которых ассоциации с БП были установлены также и в результате мета-анализа, проведённого после GWAs.

Результаты и обсуждение. В результате проведённого исследования установлено, что во всех этнических группах, как контрольной выборки, так и больных, распределение частот генотипов данных SNP-локусов соответствует распределению Харди — Вайнберга (р > 0,05). По локусу rs11012 статистически значимые ассоциации с БП установлены только для популяции русских: маркерами риска развития заболевания являются генотип *G*A (р = 0,06; х2 = 6,38; OR = 2,09; CI = 1,17-3,74) и аллель *A (р = 0,007; х2 = 7,72; OR =

2,12; СІ = 1,24-3,65), протективными маркерами

— генотип *G*G (р = 0,005; х2 = 8,54; OR = 0,43; СІ = 0,24-0,76) и аллель *0 (р = 0,007; х2 = 7,72; OR = 0,47; СІ = 0,27-0,81). Однако этот результат противоречит данным GWA, согласно которому для европейцев аллель *А является протектив-ным для развития БП [3].

По трём локусам — ^2942168, ^393152 и ^1724425 — ассоциация с БП среди исследованных нами этнических групп установлена только для татар: по локусу ге2942168 маркерами риска развития заболевания являются генотип *С*С (р = 0,01; х2 = 6,67; OR = 1,75; СІ = 1,14-2,7) и аллель *С (р = 0,02; х2 = 5,56; OR = 1,60; СІ = 1,08-2,38), протективными маркерми — генотип *С*Т (р = 0,01; х2 = 7,07; OR = 0,55; СІ = 0,35-0,86) и аллель *Т (р = 0,02; х2 = 5,56; OR = 0,62; СІ = 0,42-0,93); по локусу ^393152 маркеры риска развития БП

— генотип *Т*Т (р = 0,001; х2 = 11,44; OR = 2,06; СІ = 1,34-3,15) и аллель *Т (р = 0,01; х2 = 11,20; OR = 1,92; СІ = 1,3-2,38), протективные маркеры — генотип *С*Т (р = 0,002; х2 = 9,97; OR = 0,50; СІ = 0,32-0,77) и аллель *С (р = 0,001; х2 = 11,20; OR = 0,52; СІ = 0,35-0,76); по локусу ге1724425 маркеры риска развития БП — генотип *С*С (р = 0,01; х2 = 7,05; OR = 1,57; СІ = 1,12-2,19) и аллель *С (р = 0,049; х2 = 4,10; OR = 1,3; СІ = 1,01-1,68); протективные маркеры — генотип *С*Т (р = 0,01; х2 = 6,92; OR = 0,64; СІ = 0,46-0,89) и аллель *Т (р =

0,049; х2 = 4,11; OR = 0,77; СІ = 0,60-0,99). (По данным трём локусам полученные нами результаты согласуются с данными GWAs.)

Для популяции башкир, в генофонде которых значительную долю составляет монголоидный компонент, ассоциации полиморфных вариантов исследованных локусов с БП не выявлены.

Выводы и заключения. Таким образом, ассоциации полиморфных вариантов гена МАРТ с болезнью Паркинсона отличаются в разных популяциях и не всегда согласуются с данными GWAs, что подтверждает необходимость проведения репликации данных GWAs в различных этнических группах. Полиморфные варианты генов, для которых подтверждена ассоциация с заболеванием в конкретных этнических группах, могут считаться для них генетическими маркерами риска развития или протективными маркерами в отношении исследуемого заболевания.

Список литературы

1. Иллариошкин, С. Н. ДНК-диагностика и медико-генетическое консультирование в неврологии / С. Н. Иллариошкин, И. А. Иванова-Смоленская, Е. Д. Маркова. М. : Миа, 2002. 272 с.

2. OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man [Электронный ресурс]. URL: http://www.ncbi.nlm. nih.gov/omim

3. Pankratz, N. Genomewide association study for susceptibility genes contributing to familial Parkinson disease / N. Pankratz, J. B. Wilk, J. C. Latourelle, A. L. DeStefano, C. Halter [et al.] // Hum. Genet. 2009. Vol. 124. P. 593-605.