CC BY
43
Профили экспрессии и метилирования генов при светлоклеточной карциноме почки
Брага Э.А.1, 2 • Жинжило Т.А.3 • Колпаков А.В.4 • Михайленко Д.С.2, 5 • Кушлинский Н.Е.6
Брага Элеонора Александровна - д-р
биол. наук, профессор, заведующая лабораторией патогеномики и транскриптомики1, 2 Жинжило Татьяна Анатольевна -врач клинической лабораторной диагностики3
Колпаков Андрей Владимирович -
заведующий отделением урологии4 Михайленко Дмитрий Сергеевич -
канд. мед. наук, вед. науч. сотр., отдел патологической анатомии с группой молекулярной генетики2, 5 Кушлинский Николай Евгеньевич -д-р мед. наук, профессор, член-корреспондент РАН, заведующий кафедрой клинической биохимии и лабораторной диагностики6 И 115478, Москва, Каширское шоссе, 24, Российская Федерация. Тел.: +7 (499) 324 11 69. E-mail: biochimia@mtu-net.ru
Рак почки - часто встречающееся онкологическое заболевание мочеполовой системы, самой распространенной формой которого является светлоклеточ-ная карцинома. В большинстве случаев диагностика заболевания и оценка его прогноза основываются на данных инструментальных методов обследования. Между тем остается актуальным поиск и характеристика новых молекулярных маркеров рака почки. В основе канцерогенеза рака почки лежат молеку-лярно-генетические нарушения, сопровождающиеся изменением экспрессии генов, однако диагностические панели экспрессионных маркеров опухолей почек в рутинной клинической практике пока не имеют широкого использования. В обзоре представлены результаты исследований последних лет в области экспрессионных генетических маркеров рака почки
с целью формирования прогностических тест-систем. Применение методологии ЫоА-микрочипов позволило идентифицировать множество новых генов, связанных с патогенезом заболевания. Выявлена связь изменений уровня экспрессии и метилирования генов хромосомы 3 с прогрессией рака почки и мета-стазированием. На основе этих данных предложена диагностическая система маркеров рака почки по идентификации профилей экспрессии, метилирования, а также новых генов, что представляет актуальную задачу современной онкоурологии.
Ключевые слова: рак почки, светлоклеточная карцинома, экспрессия генов, метилирование Срв-островков
doi: 10.18786/2072-0505-2016-44-5-546-557
1 ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии»; 125315, г. Москва, ул. Балтийская, 8, Российская Федерация
2 ФГБНУ «Медико-генетический научный центр; 115478, г. Москва, ул. Москворечье, 1, Российская Федерация
3 ФГАУ «Лечебно-реабилитационный центр» Минздрава России; 125367, г. Москва, Иваньковское шоссе, 3, Российская Федерация
4 ГБУЗ «Тамбовская областная клиническая больница им. В.Д. Бабенко»; 392000, г. Тамбов, ул. Московская, 29, Российская Федерация
5 НИИ урологии и интервенционной радиологии им. Н.А. Лопаткина - филиал ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский радиологический центр» Минздрава России; 105425, г. Москва, ул. 3-я Парковая, 51/1, Российская Федерация
6 ГБОУ ВПО Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И. Евдокимова Минздрава России; 127473, г. Москва, ул. Делегатская, 20-1, Российская Федерация
В общей структуре онкологических заболеваний в России злокачественные новообразования почек относятся к числу наиболее частых опухолей. Среди мужчин в возрасте от 30 до 59 лет рак почки занимает 4-е место после рака легкого, кожи и желудка [1]. Около 95% всех случаев рака почки представлены почечно-клеточными
карциномами, остальные 5% - опухолями почечной лоханки и мочеточника. Ежегодно в мире регистрируется 270 тысяч новых случаев почеч-но-клеточной карциномы и 116 тысяч смертей от этого заболевания, что позволяет отнести его к одной из важнейших проблем онкоурологии.
Известно, что почечно-клеточная карцинома представляет гетерогенную группу опухолей
эпителия почечных канальцев. Выделяют следующие ее морфологические типы: светлоклеточ-ную (75% всех случаев почечно-клеточной карциномы), папиллярную (15%) и хромофобную (5%) карциномы, а также редкие формы и некласси-фицируемые варианты (суммарно около 5%). Из редких форм назовем карциномы, обусловленные транслокацией хромосомы Хр11, ассоциированные с нейробластомой, муцинозную, тубулярную и веретеноклеточную карциномы [2, 3].
Особенности светлоклеточного рака почки
Светлоклеточная карцинома (СКК) - солидная, реже ацинарная, морфологическая форма рака почки с хорошо развитой сетью кровеносных сосудов и характерными клетками с прозрачной или эозинофильной цитоплазмой [4]. Известно, что СКК представляет собой новообразование, достигающее больших размеров, с эпицентром опухолевого роста в корковом слое, откуда и начинается экспансивный рост со смещением нормальной паренхимы почки к периферии и формированием псевдокапсулы [5, 6].
Иммуногистохимический профиль СКК почки характеризуется повышенной экспрессией цитокератина САМ5.2, виментина (VIM), CD10, EMA (эпителиального мембранного антигена), транскрипционных факторов PAX8/PAX2, RCC (специфичного антигена СКК). Вместе с тем в СКК снижена или отсутствует экспрессия цитокератина (СК) 7, а-метилацил-коэнзим А-рацемазы (AMACR), катепсина К, CK19, c-kit, Е-кадгерина [7-9].
Для большинства спорадических, как и наследственных форм СКК почки характерны деле-ции короткого плеча хромосомы 3, где расположен ген VHL (регион 3p25). Сочетание мутации в одном из аллелей гена с соматической мутацией/протяженной делецией или гиперметилированием CpG-островка промоторной области во втором аллеле приводит к инактивации гена VHL [7, 10, 11]. VHL - опухолевый супрессор, функционирующий в составе внутриклеточного мульти-протеинового комплекса Е3-убиквитинлигазы, осуществляющей деградацию индуцируемого гипоксией транскрипционного фактора (HIF). В норме VHL препятствует активации ряда генов, в том числе VEGFA, PDGFB, TGFA, SLC2A1, ответственных за пролиферацию и ангиогенез [12]. Помимо мутаций в гене VHL описаны и другие распространенные мутации при СКК почек, локализующиеся в генах PBRM1 и BAP1 (45 и 12% соответственно) [13].
Хирургическое удаление опухоли в виде резекции почки или нефрэктомии представляет собой основной метод лечения местнораспространен-ного рака почки. Лечение метастатических форм рака почки осложнено низкой эффективностью стандартной химиотерапии и иммунотерапии интерлейкином (IL) 2. В этих случаях применяют целенаправленные таргетные препараты, показавшие свою эффективность по результатам клинических исследований [14]. В настоящее время применяют несколько препаратов, одобренных Управлением по контролю за качеством пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (Food and Drug Administration - FDA) для лечения рака почки, в том числе бевацизумаб, пазопаниб, сунитиниб, сорафениб. Отмечено, что использование неоадъювантной терапии в сочетании с хирургическим удалением опухоли снижает риск возникновения местного рецидива заболевания. Несмотря на это, в 25-30% наблюдений отмечают развитие резистентности опухоли к проводимой терапии [15, 16]. При этом с прогрессией СКК могут быть связаны изменения экспрессионного профиля в опухолевых клетках.
Профиль экспрессии генов при светлоклеточном раке почки
Исследование механизмов резистентности к противоопухолевым препаратам на новом уровне стало возможно только с помощью современных молекулярно-генетических технологий, в том числе ДНК- и РНК-анализа на микрочипах.
Использование метода РНК-микрочипов позволяет анализировать экспрессию тысячи генов одновременно независимо от типа опухоли (рисунок). С помощью такого анализа можно выявить новые гены и сети взаимодействий между ними. Обнаруженные при этом опухолевые маркеры могут быть использованы в диагностике на разных этапах развития заболевания, оценки прогноза СКК, а также стать потенциальными «генами-мишенями» для таргетной терапии этой категории больных (например, ген VEGFA играет ключевую роль в ангиогенезе и ускоренной васкуляризации злокачественной опухоли). Используя результаты анализа РНК-микрочипов, исследователи охарактеризовали несколько групп генов, дифференциально экспрессирующихся на разных этапах прогрессии почечно-клеточной карциномы. В зависимости от степени дифференцировки по шкале Фурмана выделяют высокодифференци-рованные (G1-2) и низкодифференцированные (G3-4) опухоли. Известно, что градация по шкале Фурмана коррелирует с метастазированием
Секвенирование транскриптома
• точная, высокочувствительная оценка экспрессии альтернативных транскриптов, химерных онкогенов, ранее неохарактеризованных методом EST, вариантов сплайсинга
Экспрессионные микрочипы высокой плотности
• перекрывает почти все охарактеризованные гены
• дешевле, чем технологии высокопроизводительного секвенирования (ЫвБ)
Поисковые
(непредвзятый анализ транскриптов)
Методы анализа
Прикладные
(изучение экспрессии определенных генов)
Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в реальном времени
• «золотой стандарт» молекулярно-генетической диагностики
• недорогой
• обладает высокой чувствительностью
• требуется малое количество исходного материала
Микрочипы для анализа групп генов
• одновременное исследование тысяч образцов
• оценка профиля экспрессии опухолевой ткани
• целенаправленное исследование экспрессии генов, вовлеченных
в канцерогенез
Методы изучения экспрессии генов; EST - Expressed Sequence Tags, NGS - Next Generation Sequencing
и 5-летней выживаемостью больных раком почки [17]. Установлено, что уровни экспрессии генов трансмембранного протеина 45А (TMEM45A) и белка аквапорина 9 (AQP9), ассоциированных с резистентностью к химиотерапии, значительно различаются в клинических группах: Gl-2/нор-ма - увеличены в 3 раза, G3-4/норма - увеличены в 10 раз. Аналогичные соотношения в опухолевых и нормальных тканях были показаны для экспрессии генов LOX и CXCL1 (ассоциированы с метастазированием), HIF1A, SFRP1, TNF, VIM [18]. Последние четыре играют важную роль в клеточной пролиферации, дифференциров-ке и прогрессировании опухолевого процесса. Сравнение профилей экспрессии местнораспро-страненных и метастазирующих СКК почки позволило идентифицировать общую группу генов с измененной экспрессией. Среди них отмечены гиперэкспрессирующиеся гены IL-8, белка теплового шока 70 (HSP70) [19].
Установлено, что метастазирование почеч-но-клеточной карциномы зачастую ассоциировано с частичной реактивацией эмбриональных программ развития ткани, а также эпители-ально-мезенхимальной трансформацией [20]. В ее процессе полностью дифференцированные клетки теряют полярность, способность к клеточной адгезии, формируя инвазивный мезенхимальный фенотип [21]. Экспрессия генов в клеточных линиях с эпителиально-мезен-химальной трансформацией характеризуется значительным подавлением функций генов, ответственных за развитие нормальной почечной паренхимы (GATA3, TFCP2L1, TFAP2B, DMRT2), и одновременной гиперэкспрессией VIM, фибро-нектина (FN1), трансформирующего фактора роста в (TGFB1), N-кадгерина (CDH2) [22]. По всей видимости, разработка прогностических систем экспрессионных маркеров, отвечающих определенным задачам (оценка дифференцировки, прогноза заболевания и подбор таргетной терапии), приведет к повышению эффективности лечения СКК и улучшению показателей общей и безрецидивной выживаемости этих больных.
Прогностическая значимость дифференциально экспрессирующихся генов при светлоклеточном раке почки
Опубликованы данные сравнительного исследования профилей экспрессии генов в нормальных и опухолевых тканях почки при СКК. Благодаря этому выделен и охарактеризован достаточно большой перечень генов, играющих ключевую роль в канцерогенезе этого типа рака почки. Регулируя процессы клеточного метаболизма, передачу трансдукционных сигналов в ядро и являясь компонентами цитоскелета, эти гены и их белковые продукты формируют злокачественный фенотип опухолевых клеток. Среди самых часто упоминаемых - гены, вовлеченные в процессы эпителиально-мезенхимальной трансформации, ангиогенеза и кодирующие молекулы клеточной адгезии (таблица). Большинство работ посвящены суррогатному маркеру СКК карбоангидразе 9-го типа (CA9) - трансмембранному протеину, члену семейства карбоангидраз. Катализируя обратимую реакцию гидратации CO2, он регулирует процессы клеточной пролиферации, адгезии и кислотно-основного состояния ткани. В ткани нефрона здорового человека экспрессируются четыре типа карбоангидраз (95% из них представлены СА2, CA4). Показано, что CA9 не экспресси-руется в ткани нормальной почечной паренхимы, хромофобных почечно-клеточных карцином
и в доброкачественных опухолях почки, что характеризует его как специфичный диагностический и прогностический маркер СКК почки [23]. Экспрессия CA9 контролируется комплексом транскрипционных факторов, главный из которых HIF-1a стимулирует клеточный рост и выживание в условиях гипоксии. Активация HIF-1a приводит к гиперэкспрессии CA9 и других генов, ответственных за ангиогенез (VEGFA, PDGFB и других) [24]. Ретроспективный анализ материала больных СКК выявил гиперэкспрессию мРНК CA9 в 97% наблюдений, при этом отмечена тенденция к ее уменьшению со снижением степени дифференцировки опухоли от G1 к G4 [25]. Эти данные коррелируют с результатами иммуно-гистохимических исследований, где экспрессия CA9 выявлена почти во всех случаях [26].
Среди больных раком почки, отвечающих на терапию IL-2, у большинства (78%) обнаружен высокий уровень экспрессии CA9 [27]. При исследовании циркулирующих опухолевых клеток (так называемая жидкостная биопсия - новое перспективное направление в лабораторной диагностике) выявлен положительный уровень экспрессии CA9 в 33% (24 из 74) случаев рака почки, при этом в 75% из этих наблюдений была СКК [28]. Обнаружение эпитопов на поверхности молекулы CA9, к которым моноклональные антитела mAbG250 имеют высокое сродство, нашло применение в диагностике. В частности, использование таких антител у больных раком почки при проведении позитронно-эмиссионной томографии в сочетании с компьютерной томографией значительно увеличило детектирующую способность метода как в отношении местнорас-пространенных, так и метастазирующих форм почечно-клеточной карциномы [29]. Таким образом, большое количество экспериментальных данных свидетельствует о специфичности CA9 как молекулярного маркера СКК почки.
Показано, что эпителиально-мезенхимальная трансформация приводит к совокупности изменений в эпителиальных клетках и к экспрессии в них мезенхимальных маркеров. Так, показано, что экспрессия белка VIM - главного компонента внутриклеточного цитоскелета - значительно увеличивается в ходе эпителиально-мезенхи-мальной трансформации при СКК. На ранних стадиях дифференцировки VIM представлен во всех мезенхимальных клетках, но в ходе онтогенеза в эпителии он замещается другими типами микрофиламентов. При этом экспрессия VIM растет со стадией заболевания и снижением степени дифференцировки опухоли. Экспрессия
Экспрессия генов, ассоциированная с клиническими характеристиками светлоклеточной карциномы почки
Ген
Функция в клетке
Ассоциации при СКК
Молекулы клеточной адгезии CXCL1 Хемоаттрактант нейтрофилов
MCAM
FNl
Молекула клеточной адгезии, специфичная для эндотелия
Клеточная адгезия и миграция, участвует в PI3K-AKT сигнальном пути
Факторы роста и их рецепторы
GATAS
Фактор эмбрионального миелоэритропоэза
TFAP2B Фактор эмбриогенеза
VEGFR1 Рецептор фактора роста эндотелия
сосудов
VEGFR2 Медиатор УЕвР-индуцированной
пролиферации и роста эндотелия сосудов
Ассоциирован с метастазированием
Увеличение экспрессии коррелирует с метастазированием
Ассоциирован с агрессивным опухолевым ростом
Снижение экспрессии при опухолевой трансформации
Подавление экспрессии в ходе канцерогенеза
Специфичен для СКК, предиктивный маркер эффективности терапии
Ассоциирован с ответом на терапию антиангиогенными препаратами
Прочие белки с опухоль-специфичной гиперэкспрессией
AQP9 Трансмембранный белок водных
каналов, представлен на эритроцитах и эпителии почечных канальцев
VIM Маркер мезенхимальных клеток
CA9 Фермент гидратации СО2
Резистентность к химиотерапии
Специфичен для СКК, коррелирует со стадией и прогнозом
Специфичный маркер СКК
СКК - светлоклеточная карцинома
VIM значительно выше в группе пациентов с метастатическими поражениями регионарных лимфатических узлов по сравнению с местнораспро-страненными формами рака почки [20]. Кроме того, оценка уровня экспрессии VIM играет важную роль в дифференциальной диагностике гистологического варианта почечно-клеточной карциномы, поскольку маркер экспрессирует-ся в 87% случаев СКК и не выявляется в хромо-фобном варианте рака почки [30]. По некоторым данным, высокий уровень экспрессии VIM ассоциирован с укорочением времени опухолевой прогрессии (длительность безрецидивного периода), а следовательно, и с неблагоприятным прогнозом [31].
Поскольку метастазирование почечно-кле-точной карциномы тесно связано с процессом
эпителиально-мезенхимальной трансформации, потерю адгезивной способности клеток считают одним из основных событий канцерогенеза. Именно поэтому пристальный интерес у исследователей вызывает изучение клинической значимости экспрессии молекул клеточной адгезии. Молекула МСАМ (также известна как СБ146, МиС18, Р1Н12-антиген) - трансмембранный белок иммуноглобулинового семейства, экс-прессирующийся во всех типах эндотелиаль-ных клеток. Впервые этот белок был охарактеризован при исследовании меланом как маркер, ассоциированный с агрессивным опухолевым ростом и метастазированием [32]. Изначально МСАМ рассматривали только как молекулу эн-дотелиальной клеточной адгезии. В настоящее время установлено, что МСАМ также представляет собой трансмембранный сигнальный рецептор ангиогенеза опухолевых тканей [33]. Известно, что МСАМ является ко-рецептором для УБОБВ.2, а их взаимодействие вызывает каскад реакций, приводящих к васкуляризации ткани. Возникающий в результате такого взаимодействия трансдукционный сигнал может быть заблокирован при помощи анти-МСАМ моноклональных антител (АА98), тогда как их комбинация с моноклональными антителами к УБОБВ. (бевацизумаб) увеличивает эффективность схем лечения комбинированной химиотерапии, особенно у больных почечно-клеточной карциномой с резистентностью к тирозинкиназ-ным ингибиторам УБОБВ. [32]. Высокий уровень экспрессии гена MCAM специфичен для СКК почки, что свидетельствует о его клинической значимости при прогнозировании исхода заболевания и назначении таргетной терапии [34, 35].
Фактор роста эндотелия сосудов (УБОБ), структурно относящийся к семейству факторов роста РБОБ/УБОБ, играет центральную роль в процессах регуляции ангиогенеза. Изоформу УБОБ-А рассматривают как основной фактор ангиогенеза, который связывается с тирозинки-назными рецепторами УБОБВ.1 (БББ1) и УБОБВ.2 (КОЯ/ББК1) и активирует транскрипционный фактор БТ8 в эндотелиальных клетках (ключевой транскрипционный фактор ремоделирования внеклеточного матрикса в процессе ангиогенеза) [36, 37]. Известно, что сигнальный путь УБОБ-УБОБЯ - центральное звено процесса васкуля-ризации как нормальных, так и патологически измененных тканей [36]. УБОБВ.2 - главный медиатор УБОБ-опосредованной миграции клеток эндотелия - способствует увеличению проницаемости сосудистой стенки. Исследование профиля
экспрессии тирозинкиназных рецепторов в ткани СКК почки выявило гиперэкспрессию гена VEGFR1 по сравнению с нормальной тканью [38]. Вместе с тем повышенная экспрессия гена VEGFR1 находится в обратной корреляционной связи с ответом на лечение препаратами моно-клональных антител к УБОБЯ (бевацизумаб) [39, 40]. Показано, что экспрессия фосфорилирован-ного (активированного) УБОБЯ2 в опухолевой строме может быть использована в качестве пре-диктивного иммуногистохимического маркера эффективности анти-УБОБВ. терапии [41]. Стало быть, ключевые гены и кодируемые ими факторы (рецепторы) ангиогенеза могут иметь клиническое прогностическое значение при СКК.
Новые гены светлоклеточного рака почки, экспрессия которых подавляется метилированием, и их роль в диагностике и прогнозе заболевания
Экспрессия значительной части опухолеассоци-ированных генов, особенно онкосупрессорных, регулируется посредством метилирования про-моторных СрО-островков. Гиперметилирование СрО-островков, ассоциированных с гена-ми-онкосупрессорами, может приводить к их инактивации с последующей злокачественной трансформацией клетки [42]. Вследствие этого гиперметилирование этих участков в опухолях может служить признаком для отбора новых он-косупрессорных генов. Для идентификации новых генов, ассоциированных с развитием СКК, использованы геномные №э11-микрочипы, разработанные в Каролинском институте (Швеция), которые выявляют гены, подверженные метилированию и/или делециям [43, 44].
Принцип конструкции и применения ИоН-микрочипов
Геномные №э11-микрочипы основаны на способности рестрикционной эндонуклеазы N011 узнавать и расщеплять только неметилированный мотив 5'-ОСООССОС-3', часто встречающийся в СрО-островках, локализованных в промотор-ных областях значительной части генов. Высокая чувствительность и специфичность метода гибридизации достигается применением N011-репрезентативной пробы, которая представляет собой геномные фрагменты ДНК, фланкирующие ^11-сайты. Готовят ^11-пробы к каждому исследуемому образцу тотальной ДНК опухоли и гистологически неизмененной парной ткани. Только малая фракция (0,05-0,1%) геномной ДНК входит в состав ^Н-пробы, обогащенной
CpG-динуклеотидами, и используется для сравнительной гибридизации [43]. Пониженные гибридизационные сигналы ДНК опухоли по сравнению с ДНК нормы указывают на метилирование и/или делецию фрагментов опухолевой ДНК, соответствующих NotI-сайтам, которые использовали при конструировании NotI-микрочипов. Повышенные сигналы после гибридизации показывают амплификацию и/или деметилирование в соответствующих фрагментах опухолевой ДНК. Технология NotI-микрочипов впервые описана в работах [43-45]. Применение этой методологии к анализу короткого плеча хромосомы 3 (3p) - области экстремально частых делеций в опухолях - помогло идентифицировать множество новых генов, связанных с патогенезом эпителиальных опухолей легкого, яичников и шейки матки, почки [46-48]. Аналогичное исследование по оценке частоты эпигенетических и генетических изменений в генах хромосомы 3 проведено в опухолях больных СКК с целью изучения механизма образования и развития СКК и определения новых генов и маркеров, ассоциированных с СКК [49-51].
Анализ частоты метилирования/делеций в генах хромосомы 3 в опухолях больных светлоклеточной карциномой с применением NotI-микрочипов
Анализ результатов сравнительной гибридизации ДНК 23 парных (опухоль/норма) образцов СКК на NotI-микрочипах, содержащих 180 NotI-связующих клонов, представляющих фрагменты 188 генов хромосомы 3 человека, показал, что с наибольшей частотой выявляются метилирова-ние/делеции, а амплификации и деметилирова-ние наблюдаются в единичных случаях [49-51].
С применением статистического анализа определено 19 NotI-сайтов, перекрывающих 22 гена, с частотой метилирования и/или делеций в интервале 17-57%. Среди генов, подверженных метилированию и/или де-лециям в опухолях больных СКК с высокой частотой, только 2 были известны ранее - VHL и RBSP3 (CTDSPL). Для большей части генов ранее не было известно об их нарушениях при канцерогенезе почки, среди них LRRN1, GORASP1, FGD5, PLCL2. Частота метилирования и/или делеций 5 генов (NKIRAS1, LRRN1, LRRC3B, RBSP3 (CTDSPL), VHL) в опухолях СКК, согласно результатам гибридизации на NotI-микрочипах, достигала 30-57%. Частое метилирование генов LRRN1, LRRC3B, RBSP3 (CTDSPL), VHL в опухолях больных СКК подтверждено
методом бисульфитного секвенирования и ме-тилспецифичной полимеразной цепной реакции. Например, метилирование промоторного CpG-островка RBSP3 (CTDSPL) выявлено в большинстве секвенированных клонов [50, 51]. Эти результаты согласуются с данными других авторов. Так, делеции в гене NKIRAS1 отмечены ранее в работе [52]. Метилирование и делеции в гене VHL - частое событие в опухолях больных СКК [53]. Однако эпигенетическая регуляция генов LRRN1, GORASP1, FGD5, PLCL2 показана впервые при СКК с применением технологии сравнительной гибридизации ДНК на NotI-микрочипах [50, 51].
С помощью количественного анализа содержания мРНК показано подавление экспрессии шести (LRRN1, GORASP1, FOXP1, FGD5, PLCL2, ALDH1L1) из 8 генов (LRRN1, GORASP1, IQSEC1, FOXP1, GNAI2, FGD5, PLCL2, ALDH1L1) с высокой частотой метилирования и/или делеций в опухолях больных СКК. Снижение уровня мРНК у этих 6 генов выявлено в 20-92% опухолей почки. Наиболее высокую частоту и степень снижения уровня мРНК наблюдали для LRRN1 и ALDH1L1 (53% с 6-кратным снижением и 92% с 5-кратным снижением). Подавление экспрессии гена NKIRAS1 показано в 75% (9 из 12) опухолей больных СКК в работе [52] и 62% (24 из 38) - в исследовании [54].
Сравнение частоты метилирования и/или делеций и изменений уровня мРНК продемонстрировало соответствие данных, полученных этими методами, для генов LRRN1, GORASP1, FOXP1 и FGD5. Частоты подавления экспрессии и частоты метилирования и/или делеций были близки. Почти во всех случаях (85%, 17 из 20) с метилированием и/или делециями выявлено снижение уровня мРНК [50]. Таким образом, у генов LRRN1, GORASP1, FOXP1 и FGD5 метилирование и/или делеции, предположительно, представляют основной механизм их инактивации при СКК. Уровень мРНК генов PLCL2 и ALDH1L1 снижался значимо более часто, чем наблюдали метилирование и/или делеции, что указывает на существование других механизмов инактивации данных генов, кроме делеций и метилирования, например, посредством мРНК.
Вместе с тем степень снижения мРНК ALDH1L1 и FGD5 была значимо выше в образцах больных СКК на более поздней стадии (III против I/II, p = 0,03; p < 0,06) [50].
Шестнадцать из 19 NotI-сайтов хромосомы 3 с высокой частотой метилирования и/или де-леций в СКК оказались локализованными на ее
коротком плече (3р), что неудивительно, так как именно это плечо подвержено частым делециям и транслокациям в солидных опухолях, особенно при СКК. По-видимому, генетическая и эпигенетическая дестабилизация генов 3р представляет общий механизм в развитии злокачественных эпителиальных опухолей.
Следует отметить, что белки, кодируемые генами, идентифицированными в этих работах, задействованы в сигнальных путях и биологических процессах, часто нарушаемых в карциномах: РШСКББ2 - в ШОТ-пути; БРНВ1 - в БрЫп-БрЬЯ-пути; УНБ и ООВ.А8Р1 - в регуляции апоптоза; СТБ8РБ (В.В8Р3) - в регуляции клеточного цикла; GNAI2 - в трансмембранной сигнальной системе; БОБ5 - в регуляции актинового цитоскеле-та; NKIRAS1 - регулятор активности ОТкарраВ; БОХР1 - транскрипционный фактор, участвующий в ткань-специфической экспрессии*. Однако для части генов LRRN1, LRRC3B и C3orf77 функции их белков еще не известны - это вновь открытые гены, связанные с развитием СКК [50]. Опухолеподавляющая активность гена LRRC3B уже показана на клеточных линиях рака почки КЯС/У [55].
Гиперметилирование генов NKIRAS1, LRRN1, LRRC3B, RBSP3(CTDSPL) и VHL, обнаруженное с помощью №э11-микрочипов, подтверждено би-сульфитным секвенированием. Однако гиперметилирование не исключает гемизиготные деле-ции. Данные о гиперметилировании и снижении экспрессии генов 3р конкордантны работам, описывающим гемизиготные делеции на 3р [56, 57]. Например, частые делеции гена ABHD5 в СКК впервые показаны в работе [57].
Идентификация молекулярных маркеров для диагностики и прогноза злокачественных новообразований - важная задача современной молекулярной онкологии [58, 59]. Изменение метилирования - одно из ранних событий в процессе опухолевой трансформации, и биомаркеры на основе метилирования генов наиболее эффективны для скрининга карцином на ранней стадии [60-62]. Потенциал клинического использования биомаркеров СКК, основанных на метилировании ДНК, показан во многих публикациях (см., например, [63-65]), но разработка универсального набора таких маркеров с высокой чувствительностью и специфичностью остается актуальной проблемой [60].
На основании анализа гибридизации на геномных №э11-микрочипах предложено более 20 генов-биомаркеров, перспективных для раннего выявления и оценки прогноза СКК
(RASSF1A, RARbeta2, SEMA3B, HYAL1, HYAL2, RBSP3 (CTDSPL), NPRL2, RHOA, NKIRAS1, USP4, ITGA9, LRRN1, LRRC3B, ACY1, CHL1, GORASP1/ TTC21A, VHL, FOXP1, FGD5, PLCL2, ALDH1L1). Ранее из них был известен только ген VHL. Предложен набор 6 маркеров: NKIRAS1/RPL15, LRRN1, LRRC3B, RBSP3 (CTDSPL), GORASP1/ TTC21A и VHL, позволяющий выявлять СКК на всех стадиях, включая I стадию [50, 52]. Если метилирование и/или делеции будут выявлены в 2 или более маркерах, образец следует считать СКК. Чувствительность этой системы на исследуемой выборке образцов составила 78%, специфичность - 96% и точность - 87%. Среди генов, подверженных метилированию и/или делециям в опухолях больных СКК с высокой частотой, только 2 были известны ранее - VHL и RBSP3 (CTDSPL). Для большей части генов ранее не было информации об их нарушениях при канцерогенезе почки, среди них LRRN1, GORASP1, FGD5, PLCL2 [50, 52].
Заключение
В течение последних 10 лет накоплен большой объем экспериментальных и клинических данных о молекулярно-генетических и экспрес-сионных нарушениях при СКК. Молекулярно-генетические события лежат в основе процессов опухолевой трансформации и неразрывно связаны с изменением профиля экспрессии генов. Описаны высокоспецифичные маркеры СКК - CA9, VIM и MCAM, не экспрессирующи-еся в нормальной паренхиме почки. Кроме того, показано, что гены MCAM, VEGFR1 и VEGFR2 играют ключевую роль в процессе ангиогенеза в СКК и чувствительности к таргетным препаратам.
С применением сравнительной гибридизации на геномных NotI-микрочипах и последующего анализа метилирования и экспрессии генов хромосомы 3 при СКК идентифицировано множество новых кандидатов на роль супрессоров опухолевого роста: LRRN1, LRRC3B, GORASP1/ TTC21A, FOXP1, FGD5, PLCL2, ALDH1L1, а также получено подтверждение для известных ранее онкосупрессоров VHL, RBSP3 (CTDSPL). Следует отметить, что белки, кодируемые генами, идентифицированными в рассмотренных нами работах, задействованы в сигнальных путях
_ и биологических процессах, часто нарушаемых
* "DAVID'; 2014, в карциномах. Однако для ряда генов - LRRN1,
http://david.abcc.ncifcrf. LRRC3B и C3orf77 - функции их белков еще не
gov.;
"Genecards" 2014 известны, поскольку это вновь открытые гены,
http://genecards.org. связанные с развитием СКК. На основании
анализа гибридизации на геномных №оЙ-микрочипах предложено более 20 генов-биомаркеров, перспективных для выявления и оценки прогноза СКК. Набор из 6 маркеров (NKIRAS1/ RPL15, LRRN1, LRRC3B, RBSP3 (CTDSPL), GORASP1/TTC21A, VHL) предложен для раннего выявления больных СКК по тестированию биопсий. Для прогноза заболевания наиболее перспективны гены FGD5, ALDH1L1, SEMA3B, NPRL2 и RBSP3, для которых показана значимая
корреляция снижения уровня мРНК с прогрессией СКК.
Таким образом, на основе этих данных предложена диагностическая система маркеров рака почки по идентификации профилей экспрессии, метилирования, а также новых генов, что представляет актуальную задачу современной онко-урологии и может стать дополнительным инструментом для оптимизации таргетной терапии СКК и оценки прогноза заболевания. ф
Литература
1. Каприн АД, Старинский ВВ, Петрова ГВ, ред. Злокачественные новообразования в России в 2014 году (заболеваемость и смертность). М.: Издательство МНИОИ им. П.А. Герцена; 2016. 250 с.
2. Linehan WM. Genetic basis of kidney cancer: role of genomics for the development of disease-based therapeutics. Genome Res. 2012;22(11):2089-100. doi: 10.1101/ gr.131110.111.
3. Muglia VF, Prando A. Renal cell carcinoma: histological classification and correlation with imaging findings. Radiol Bras. 2015;48(3):166-74. doi: 10.1590/0100-3984.2013.1927.
4. Williamson SR, Gupta NS, Eble JN, Rogers CG, Michalowski S, Zhang S, Wang M, Grignon DJ, Cheng L. Clear cell renal cell carcinoma with borderline features of clear cell papillary renal cell carcinoma: combined morphologic, im-munohistochemical, and cytogenetic analysis. Am J Surg Pathol. 2015;39(11 ):1502-10. doi: 10.1097/PAS.0000000000000514.
5. Bata P, Tarnoki DL, Tarnoki AD, Novak PK, Gyeb-nar J, Kekesi D, Szendroi A, Fejer B, Szasz AM, Nyirady P, Karlinger K, Berczi V. Transitional cell and clear cell renal carcinoma: differentiation of distinct histological types with multiphase CT. Acta Radiol. 2014;55(9):1112-9. doi: 10.1177/0284185113510493.
6. Delahunt B, Cheville JC, Martignoni G, Humphrey PA, Magi-Galluzzi C, McKenney J, Egevad L, Algaba F, Moch H, Grignon DJ, Mon-tironi R, Srigley JR; Members of the ISUP Renal Tumor Panel. The International Society of Uro-logical Pathology (ISUP) grading system for renal cell carcinoma and other prognostic parameters. Am J Surg Pathol. 2013;37(10):1490-504. doi: 10.1097/PAS.0b013e318299f0fb.
7. Strobel O, Buchler MW. Pancreatic metastases from tumors in the urogenital tract. Gastrointest Tumors. 2015;2(2):75-82. doi: 10.1159/000431045.
8. Truong LD, Shen SS. Immunohistochemical diagnosis of renal neoplasms. Arch Pathol Lab Med. 2011 ;135( 1 ):92-109. doi: 10.1043/2010-0478-RAR.1.
9. Bonsib SM, Bhalodia A. Renal neoplasms: an update on immunohistochemical and histochemi-cal features. Connection. 2010;14:178-85.
10. Ross H, Martignoni G, Argani P. Renal cell carcinoma with clear cell and papillary features. Arch Pathol Lab Med. 2012;136(4):391-9. doi: 10.5858/arpa.2011-0479-RA.
11. Gomy I, Silva WA Jr. Molecular pathogenesis of renal cell carcinoma: a review. In: Amato R, editor. Emerging research and treatments in renal cell carcinoma. Rijeka: InTech; 2012 [Internet]. Available from: http://www.intechopen.com/ books/emerging-research-and-treatments-in-renal-cell-carcinoma/molecular-pathogene-sis-of-renal-cell-carcinoma-a-review.
12. Cho E, Adami HO, Lindblad P. Epidemiology of renal cell cancer. Hematol Oncol Clin North Am. 2011;25(4):651-65. doi: 10.1016/j. hoc.2011.04.002.
13. Kapur P, Christie A, Raman JD, Then MT, Nuhn P, Buchner A, Bastian P, Seitz C, Shariat SF, Bensalah K, Rioux-Leclercq N, Xie XJ, Lotan Y, Margulis V, Brugarolas J. BAP1 immunohisto-chemistry predicts outcomes in a multi-institutional cohort with clear cell renal cell carcinoma. J Urol. 2014;191(3):603-10. doi: 10.1016/j. juro.2013.09.041.
14. Diamond E, Riches J, Faltas B, Tagawa ST, Nanus DM. Immunologics and chemothera-peutics for renal cell carcinoma. Semin Intervent Radiol. 2014;31 (1 ):91 —7. doi: 10.1055/s-0033-1363848.
15. Miyazaki A, Miyake H, Fujisawa M. Molecular mechanism mediating cytotoxic activity of axitinib in sunitinib-resistant human renal cell carcinoma cells. Clin Transl Oncol. 2016;18(9): 893-900. doi: 10.1007/s12094-015-1457-x.
16. Azam F, Mehta S, Harris AL. Mechanisms of resistance to antiangiogenesis therapy. Eur J Cancer. 2010;46(8):1323-32. doi: 10.1016/j. ejca.2010.02.020.
17. Qayyum T, McArdle P, Orange C, Seywright M, Horgan P, Oades G, Aitchison M, Edwards J. Reclassification of the Fuhrman grading system in renal cell carcinoma - does it make a difference? Springerplus. 2013;2:378. doi: 10.1186/2193-1801-2-378.
18. Thibodeau BJ, Fulton M, Fortier LE, Geddes TJ, Pruetz BL, Ahmed S, Banes-Berceli A, Zhang PL, Wilson GD, Hafron J. Characterization of clear cell renal cell carcinoma by gene expression
profiling. Urol Oncol. 2016;34(4):168.e1-9. doi: 10.1016/j.urolonc.2015.11.001.
19. Dall'Oglio MF, Coelho RF, Leite KR, Sousa-Canav-ez JM, Oliveira PS, Srougi M. Gene expression profile of renal cell carcinoma clear cell type. Int Braz J Urol. 2010;36(4):410-8. doi: 10.1590/ S1677-55382010000400004.
20. He H, Magi-Galluzzi C. Epithelial-to-mesen-chymal transition in renal neoplasms. Adv Anat Pathol. 2014;21(3):174-80. doi: 10.1097/ PAP.0000000000000018.
21. Piva F, Giulietti M, Santoni M, Occhipinti G, Scarpelli M, Lopez-Beltran A, Cheng L, Princi-pato G, Montironi R. Epithelial to mesenchymal transition in renal cell carcinoma: implications for cancer therapy. Mol Diagn Ther. 2016;20(2): 111-7. doi: 10.1007/s40291-016-0192-5.
22. Tun HW, Marlow LA, von Roemeling CA, Cooper SJ, Kreinest P, Wu K, Luxon BA, Sinha M, Anastasiadis PZ, Copland JA. Pathway signature and cellular differentiation in clear cell renal cell carcinoma. PLoS One. 2010;5(5):e10696. doi: 10.1371/journal.pone.0010696.
23. Luong-Player A, Liu H, Wang HL, Lin F. Immunohistochemical reevaluation of carbonic an-hydrase IX (CA IX) expression in tumors and normal tissues. Am J Clin Pathol. 2014;141(2): 219-25. doi: 10.1309/AJCPVJDS28KNYZLD.
24. Mahon BP, Pinard MA, McKenna R. Targeting carbonic anhydrase IX activity and expression. Molecules. 2015;20(2):2323-48. doi: 10.3390/ molecules20022323.
25. Tostain J, Li G, Gentil-Perret A, Gigante M. Carbonic anhydrase 9 in clear cell renal cell carcinoma: a marker for diagnosis, prognosis and treatment. Eur J Cancer. 2010;46(18):3141-8. doi: 10.1016/j.ejca.2010.07.020.
26. Donato DP, Johnson MT, Yang XJ, Zynger DL. Expression of carbonic anhydrase IX in genitourinary and adrenal tumours. Histopathol-ogy. 2011;59(6):1229-39. doi: 10.1111/j.1365-2559.2011.04074.x.
27. Gieling RG, Williams KJ. Carbonic anhydrase IX as a target for metastatic disease. Bioorg Med Chem. 2013;21 (6):1470-6. doi: 10.1016/j. bmc.2012.09.062.
28. Takacova M, Bartosova M, Skvarkova L, Zatovi-cova M, Vidlickova I, Csaderova L, Barathova M, Breza J Jr, Bujdak P, Pastorek J, Breza J Sr, Pas-
torekova S. Carbonic anhydrase IX is a clinically significant tissue and serum biomarker associated with renal cell carcinoma. Oncol Lett. 2013;5(1):191-7.doi: 10.3892/ol.2012.1001.
29. Sitohy B, Nagy JA, Dvorak HF. Anti-VEGF/VEGFR therapy for cancer: reassessing the target. Cancer Res. 2012;72(8):1909-14. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-11-3406.
30. Zhao W, Tian B, Wu C, Peng Y, Wang H, Gu WL, Gao FH. DOG1, cyclin D1, CK7, CD117 and vimentin are useful immunohistochemical markers in distinguishing chromophobe renal cell carcinoma from clear cell renal cell carcinoma and renal oncocytoma. Pathol Res Pract. 2015;211(4):303-7. doi: 10.1016/j. prp.2014.12.014.
31. Chen D, Gassenmaier M, Maruschke M, Riesenberg R, Pohla H, Stief CG, Zimmermann W, Buchner A. Expression and prognostic significance of a comprehensive epithelial-mesen-chymal transition gene set in renal cell carcinoma. J Urol. 2014;191(2):479-86. doi: 10.1016/j. juro.2013.08.052.
32. Jiang T, Zhuang J, Duan H, Luo Y, Zeng Q, Fan K, Yan H, Lu D, Ye Z, Hao J, Feng J, Yang D, Yan X. CD146 is a coreceptor for VEGFR-2 in tumor angiogenesis. Blood. 2012;120(11):2330-9. doi: 10.1182/blood-2012-01-406108.
33. Vohr HW, editor. Encyclopedia of immunotoxi-cology. Berlin: Springer; 2015. p. 151-8.
34. Feng G, Fang F, Liu C, Zhang F, Huang H, Pu C. CD146 gene expression in clear cell renal cell carcinoma: a potential marker for prediction of early recurrence after nephrectomy. Int Urol Nephrol. 2012;44(6):1663-9. doi: 10.1007/ s11255-012-0255-4.
35. Wragg JW, Finnity JP, Anderson JA, Ferguson HJ, Porfiri E, Bhatt RI, Murray PG, Heath VL, Bick-nell R. MCAM and LAMA4 are highly enriched in tumor blood vessels of renal cell carcinoma and predict patient outcome. Cancer Res. 2016;76(8):2314-26. doi: 10.1158/0008-5472. CAN-15-1364.
36. Shibuya M. Involvement of Flt-1 (VEGF recep-tor-1) in cancer and preeclampsia. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2011;87(4):167-78. doi: http://doi.org/10.2183/pjab.87.167.
37. Shibuya M. Vascular endothelial growth factor and its receptor system: physiological functions in angiogenesis and pathological roles in various diseases. J Biochem. 2013;153(1):13-9. doi: 10.1093/jb/mvs136.
38. Behbahani TE, Thierse C, Baumann C, Holl D, Bastian PJ, von Ruecker A, Müller SC, Ellinger J, Hauser S. Tyrosine kinase expression profile in clear cell renal cell carcinoma. World J Urol. 2012;30(4):559-65. doi: 10.1007/s00345-011-0767-z.
39. Lambrechts D, Claes B, Delmar P, Reumers J, Mazzone M, Yesilyurt BT, Devlieger R, Vers-lype C, Tejpar S, Wildiers H, de Haas S, Carme-liet P, Scherer SJ, Van Cutsem E. VEGF pathway genetic variants as biomarkers of treatment
outcome with bevacizumab: an analysis of data from the AViTA and AVOREN randomised trials. Lancet Oncol. 2012;13(7):724-33. doi: 10.1016/ S1470-2045(12)70231-0.
40. Dornbusch J, Walter M, Gottschalk A, Oba-je A, Junker K, Ohlmann CH, Meinhardt M, Zacharis A, Zastrow S, Schoffer O, Grimm MO, Klug SJ, Wirth MP, Fuessel S. Evaluation of polymorphisms in angiogenesis-related genes as predictive and prognostic markers for suni-tinib-treated metastatic renal cell carcinoma patients. J Cancer Res Clin Oncol. 2016;142(6): 1171-82. doi: 10.1007/s00432-016-2137-0.
41. del Puerto-Nevado L, Rojo F, Zazo S, Car-amés C, Rubio G, Vega R, Chamizo C, Casado V, Martínez-Useros J, Rincón R, Rodrí-guez-Remírez M, Borrero-Palacios A, Cristóbal I, Madoz-Gúrpide J, Aguilera O, García-Foncillas J. Active angiogenesis in metastatic renal cell carcinoma predicts clinical benefit to suni-tinib-based therapy. Br J Cancer. 2014;110(11): 2700-7. doi: 10.1038/bjc.2014.225.
42. Jones PA, Baylin SB. The epigenomics of cancer. Cell. 2007;128(4):683-92. doi: 10.1016/j. cell.2007.01.029.
43. Kashuba VI, Gizatullin RZ, Protopopov AI, Li J, Vorobieva NV, Fedorova L, Zabarovska VI, Mu-ravenko OV, Kost-Alimova M, Domninsky DA, Kiss C, Allikmets R, Zakharyev VM, Braga EA, Sumegi J, Lerman M, Wahlestedt C, Zele-nin AV, Sheer D, Winberg G, Grafodatsky A, Kisselev LL, Klein G, Zabarovsky ER. Analysis of NotI linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries. Gene. 1999;239(2): 259-71. doi: http://dx.doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00411-4.
44. Li J, Protopopov A, Wang F, Senchenko V, Petus-hkov V, Vorontsova O, Petrenko L, Zabarovska V, Muravenko O, Braga E, Kisselev L, Lerman MI, Kashuba V, Klein G, Ernberg I, Wahlestedt C, Zabarovsky ER. NotI subtraction and NotI-spe-cific microarrays to detect copy number and methylation changes in whole genomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2002;99(16):10724-9. doi: 10.1073/pnas.132271699.
45. Zabarovsky ER, Senchenko V, Loginov V. Positional cloning of tumor suppressor genes from 3p21.3 involved in major human cancers. In: Columbus F, editor. Horizons in cancer research. New York: Nova Science Publishers, Inc.; 2011. Vol. 42. N 4. p. 103-27.
46. Dmitriev AA, Kashuba VI, Haraldson K, Senchen-ko VN, Pavlova TV, Kudryavtseva AV, Aned-chenko EA, Krasnov GS, Pronina IV, Loginov VI, Kondratieva TT, Kazubskaya TP, Braga EA, Yena-mandra SP, Ignatjev I, Ernberg I, Klein G, Ler-man MI, Zabarovsky ER. Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with No-tI-microarrays. Epigenetics. 2012;7(5):502-13. doi: 10.4161/epi.19801.
47. Kashuba V, Dmitriev AA, Krasnov GS, Pavlova T, Ignatjev I, Gordiyuk VV, Gerashchenko AV, Braga EA, Yenamandra SP, Lerman M, Senchen-
ko VN, Zabarovsky E. NotI microarrays: novel epigenetic markers for early detection and prognosis of high grade serous ovarian cancer. Int J Mol Sci. 2012;13(10):13352-77. doi: 10.3390/ijms131013352.
48. Senchenko VN, Kisseljova NP, Ivanova TA, Dmitriev AA, Krasnov GS, Kudryavtseva AV, Panasen-ko GV, Tsitrin EB, Lerman MI, Kisseljov FL, Kashuba VI, Zabarovsky ER. Novel tumor suppressor candidates on chromosome 3 revealed by No-tI-microarrays in cervical cancer. Epigenetics. 2013;8(4):409-20. doi: 10.4161 /epi.24233.
49. Zabarovsky ER, Braga EA, Loginov V. Novel methylation-dependent markers/tumor suppressor genes involved in the development of renal cell cancer. In: Columbus F, editor. Horizons in cancer research. New York: Nova Science Publishers, Inc.; 2011. Vol. 42. N 5. p. 129-52.
50. Dmitriev AA, Rudenko EE, Kudryavtseva AV, Krasnov GS, Gordiyuk VV, Melnikova NV, Stakhovsky EO, Kononenko OA, Pavlova LS, Kondratieva TT, Alekseev BY, Braga EA, Senchenko VN, Kashuba VI. Epigenetic alterations of chromosome 3 revealed by No-tI-microarrays in clear cell renal cell carcinoma. Biomed Res Int. 2014;2014:735292. doi: 10.1155/2014/735292.
51. Брага ЭА, Ходырев ДС, Логинов ВИ, Пронина ИВ, Сенченко ВН, Дмитриев АА, Кубати-ев АА, Кушлинский НЕ. Роль метилирования в регуляции экспрессии генов хромосомы 3 и генов микроРНК при светлоклеточном по-чечноклеточном раке. Генетика. 2015;51 (6): 668-84. doi: 10.7868/S0016675815050021.
52. Gerashchenko GV, Bogatyrova OO, Rudenko EE, Kondratov AG, Gordiyuk VV, Zgonnyk YM, Vo-zianov OF, Pavlova TV, Zabarovsky ER, Ryn-ditch AV, Kashuba VI. Genetic and epigenetic changes of NKIRAS1 gene in human renal cell carcinomas. Exp Oncol. 2010;32(2):71-5.
53. Rydzanicz M, Wrzesinski T, Bluyssen HA, We-soty J. Genomics and epigenomics of clear cell renal cell carcinoma: recent developments and potential applications. Cancer Lett. 2013;341(2): 111-26. doi: 10.1016/j.canlet.2013.08.006.
54. Пронина ИВ. Изменение уровней экспрессии генов из критичных районов хромосомы 3 человека в эпителиальных опухолях разных локализаций. Дис. ... канд. биол. наук. М.: ФГУП «ГосНИИгенетика»; 2010. 150 с.
55. Haraldson K, Kashuba VI, Dmitriev AA, Senchenko VN, Kudryavtseva AV, Pavlova TV, Braga EA, Pronina IV, Kondratov AG, Rynditch AV, Lerman MI, Zabarovsky ER. LRRC3B gene is frequently epigenetically inactivated in several epithelial malignancies and inhibits cell growth and replication. Biochimie. 2012;94(5):1151-7. doi: 10.1016/j.biochi.2012.01.019.
56. Singh RB, Amare Kadam PS. Investigation of tumor suppressor genes apart from VHL on 3p by deletion mapping in sporadic clear cell renal cell carcinoma (cRCC). Urol Oncol. 2013;31(7): 1333-42. doi: 10.1016/j.urolonc.2011.08.012.
57. Gatto F, Nookaew I, Nielsen J. Chromosome 3p loss of heterozygosity is associated with a unique metabolic network in clear cell renal carcinoma. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(9):E866-75. doi: 10.1073/pnas.1319196111.
58. Gordiyuk VV, Kondratov AG, Gerashchenko GV, Kashuba VI. Novel epigenetic markers of early epithelial tumor growth and prognosis. Bio-polym Cell. 2013;29(3):215-20. Available from: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00081B.
59. Jain S, Wojdacz TK, Su YH. Challenges for the application of DNA methylation biomarkers in molecular diagnostic testing for cancer. Expert Rev Mol Diagn. 2013;13(3):283-94. doi: 10.1586/erm.13.9.
References
1. Kaprin AD, Starinskiy VV, Petrova GV, editors. Zlokachestvennye novoobrazovaniya v Ros-sii v 2014 godu (zabolevaemost' i smertnost') [Malignancies in Russia in 2014 (morbidity and mortality)]. Moscow: Izdatel'stvo MNIOI im. P.A. Gertsena; 2016. 250 p. (in Russian).
2. Linehan WM. Genetic basis of kidney cancer: role of genomics for the development of disease-based therapeutics. Genome Res. 2012;22(11):2089-100. doi: 10.1101/ gr.131110.111.
3. Muglia VF, Prando A. Renal cell carcinoma: his-tological classification and correlation with imaging findings. Radiol Bras. 2015;48(3):166-74. doi: 10.1590/0100-3984.2013.1927.
4. Williamson SR, Gupta NS, Eble JN, Rogers CG, Michalowski S, Zhang S, Wang M, Grignon DJ, Cheng L. Clear cell renal cell carcinoma with borderline features of clear cell papillary renal cell carcinoma: combined morphologic, im-munohistochemical, and cytogenetic analysis. Am J Surg Pathol. 2015;39(11):1502-10. doi: 10.1097/PAS.0000000000000514.
5. Bata P, Tarnoki DL, Tarnoki AD, Novak PK, Gyeb-nar J, Kekesi D, Szendroi A, Fejer B, Szasz AM, Nyirady P, Karlinger K, Berczi V. Transitional cell and clear cell renal carcinoma: differentiation of distinct histological types with multiphase CT. Acta Radiol. 2014;55(9):1112-9. doi: 10.1177/0284185113510493.
6. Delahunt B, Cheville JC, Martignoni G, Humphrey PA, Magi-Galluzzi C, McKenney J, Egevad L, Algaba F, Moch H, Grignon DJ, Mon-tironi R, Srigley JR; Members of the ISUP Renal Tumor Panel. The International Society of Uro-logical Pathology (ISUP) grading system for renal cell carcinoma and other prognostic parameters. Am J Surg Pathol. 2013;37(10):1490-504. doi: 10.1097/PAS.0b013e318299f0fb.
7. Strobel O, Büchler MW. Pancreatic metastases from tumors in the urogenital tract. Gastrointest Tumors. 2015;2(2):75-82. doi: 10.1159/000431045.
8. Truong LD, Shen SS. Immunohistochemical diagnosis of renal neoplasms. Arch Pathol Lab
60. Jerónimo C, Henrique R. Epigenetic biomarkers in urological tumors: a systematic review. Cancer Lett. 2014;342(2):264-74. doi: 10.1016/j.can-let.2011.12.026.
61. Palmisano WA, Divine KK, Saccomanno G, Gil-liland FD, Baylin SB, Herman JG, Belinsky SA. Predicting lung cancer by detecting aberrant promoter methylation in sputum. Cancer Res. 2000;60(21 ):5954-8.
62. Mikeska T, Bock C, Do H, Dobrovic A. DNA meth-ylation biomarkers in cancer: progress towards clinical implementation. Expert Rev Mol Diagn. 2012;12(5):473-87. doi: 10.1586/erm.12.45.
63. Hoque MO, Begum S, Topaloglu O, Jeronimo C, Mambo E, Westra WH, Califano JA, Sidransky D.
Med. 2011 ;135(1 ):92-109. doi: 10.1043/2010-0478-RAR.1.
9. Bonsib SM, Bhalodia A. Renal neoplasms: an update on immunohistochemical and his-tochemical features. Connection 2010;14: 178-85.
10. Ross H, Martignoni G, Argani P. Renal cell carcinoma with clear cell and papillary features. Arch Pathol Lab Med. 2012;136(4):391-9. doi: 10.5858/arpa.2011-0479-RA.
11. Gomy I, Silva WA Jr. Molecular pathogenesis of renal cell carcinoma: a review. In: Amato R, editor. Emerging research and treatments in renal cell carcinoma. Rijeka: InTech; 2012 [Internet]. Available from: http:// www.intechopen.com/books/emerging-re-search-and-treatments-inrenal-cell-car-cinoma/molecular-pathogenesis-of-re-nal-cell-carcinoma-a-review.
12. Cho E, Adami HO, Lindblad P. Epidemiology of renal cell cancer. Hematol Oncol Clin North Am. 2011;25(4):651-65. doi: 10.1016/j. hoc.2011.04.002.
13. Kapur P, Christie A, Raman JD, Then MT, Nuhn P, Buchner A, Bastian P, Seitz C, Shariat SF, Bensalah K, Rioux-Leclercq N, Xie XJ, Lotan Y, Margulis V, Brugarolas J. BAP1 immunohisto-chemistry predicts outcomes in a multi-institutional cohort with clear cell renal cell carcinoma. J Urol. 2014;191(3):603-10. doi: 10.1016/j. juro.2013.09.041.
14. Diamond E, Riches J, Faltas B, Tagawa ST, Nanus DM. Immunologics and chemothera-peutics for renal cell carcinoma. Semin Intervent Radiol. 2014;31 (1 ):91 -7. doi: 10.1055/s-0033-1363848.
15. Miyazaki A, Miyake H, Fujisawa M. Molecular mechanism mediating cytotoxic activity of axitinib in sunitinib-resistant human renal cell carcinoma cells. Clin Transl Oncol. 2016;18(9): 893-900. doi: 10.1007/s12094-015-1457-x.
16. Azam F, Mehta S, Harris AL. Mechanisms of resistance to antiangiogenesis therapy. Eur J Cancer. 2010;46(8):1323-32. doi: 10.1016/j. ejca.2010.02.020.
Quantitative detection of promoter hypermeth-ylation of multiple genes in the tumor, urine, and serum DNA of patients with renal cancer. Cancer Res. 2004;64(15):5511 -7.
64. Gonzalgo ML, Yegnasubramanian S, Yan G, Rogers CG, Nicol TL, Nelson WG, Pavlovich CP. Molecular profiling and classification of sporadic renal cell carcinoma by quantitative methylation analysis. Clin Cancer Res. 2004;10(21):7276-83.
65. I banez de Caceres I, Dulaimi E, Hoffman AM, Al-Saleem T, Uzzo RG, Cairns P. Identification of novel target genes by an epigenetic reactivation screen of renal cancer. Cancer Res. 2006;66( 10):5021 -8. doi: 10.1158/0008-5472. CAN-05-3365.
17. Qayyum T, McArdle P, Orange C, Seywright M, Horgan P, Oades G, Aitchison M, Edwards J. Reclassification of the Fuhrman grading system in renal cell carcinoma - does it make a difference? Springerplus. 2013;2:378. doi: 10.1186/2193-1801-2-378.
18. Thibodeau BJ, Fulton M, Fortier LE, Geddes TJ, Pruetz BL, Ahmed S, Banes-Berceli A, Zhang PL, Wilson GD, Hafron J. Characterization of clear cell renal cell carcinoma by gene expression profiling. Urol Oncol. 2016;34(4):168.e1-9. doi: 10.1016/j.urolonc.2015.11.001.
19. Dall'Oglio MF, Coelho RF, Leite KR, Sousa-Ca-navez JM, Oliveira PS, Srougi M. Gene expression profile of renal cell carcinoma clear cell type. Int Braz J Urol. 2010;36(4):410-8. doi: 10.1590/S1677-55382010000400004.
20. He H, Magi-Galluzzi C. Epithelial-to-mesen-chymal transition in renal neoplasms. Adv Anat Pathol. 2014;21(3):174-80. doi: 10.1097/ PAP.0000000000000018.
21. Piva F, Giulietti M, Santoni M, Occhipinti G, Scarpelli M, Lopez-Beltran A, Cheng L, Princi-pato G, Montironi R. Epithelial to mesenchymal transition in renal cell carcinoma: implications for cancer therapy. Mol Diagn Ther. 2016;20(2): 111-7. doi: 10.1007/s40291-016-0192-5.
22. Tun HW, Marlow LA, von Roemeling CA, Cooper SJ, Kreinest P, Wu K, Luxon BA, Sinha M, An-astasiadis PZ, Copland JA. Pathway signature and cellular differentiation in clear cell renal cell carcinoma. PLoS One. 2010;5(5):e10696. doi: 10.1371/journal.pone.0010696.
23. Luong-Player A, Liu H, Wang HL, Lin F. Immu-nohistochemical reevaluation of carbonic an-hydrase IX (CA IX) expression in tumors and normal tissues. Am J Clin Pathol. 2014;141(2): 219-25. doi: 10.1309/AJCPVJDS28KNYZLD.
24. Mahon BP, Pinard MA, McKenna R. Targeting carbonic anhydrase IX activity and expression. Molecules. 2015;20(2):2323-48. doi: 10.3390/ molecules20022323.
25. Tostain J, Li G, Gentil-Perret A, Gigante M. Carbonic anhydrase 9 in clear cell renal cell carcinoma: a marker for diagnosis, prognosis and
treatment. Eur J Cancer. 2010;46(18):3141-8. doi: 10.1016/j.ejca.2010.07.020.
26. Donato DP, Johnson MT, Yang XJ, Zynger DL. Expression of carbonic anhydrase IX in genitourinary and adrenal tumours. Histopathol-ogy. 2011;59(6):1229-39. doi: 10.1111/j.1365-2559.2011.04074.x.
27. Gieling RG, Williams KJ. Carbonic anhydrase IX as a target for metastatic disease. Bioorg Med Chem. 2013;21 (6):1470-6. doi: 10.1016/j. bmc.2012.09.062.
28. Takacova M, Bartosova M, Skvarkova L, Zatovi-cova M, Vidlickova I, Csaderova L, Barathova M, Breza J Jr, Bujdak P, Pastorek J, Breza J Sr, Pas-torekova S. Carbonic anhydrase IX is a clinically significant tissue and serum biomarker associated with renal cell carcinoma. Oncol Lett. 2013;5(1 ):191 -7. doi: 10.3892/ol.2012.1001.
29. Sitohy B, Nagy JA, Dvorak HF. Anti-VEGF/ VEGFR therapy for cancer: reassessing the target. Cancer Res. 2012;72(8):1909-14. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-11-3406.
30. Zhao W, Tian B, Wu C, Peng Y, Wang H, Gu WL, Gao FH. DOG1, cyclin D1, CK7, CD117 and vimentin are useful immunohistochemical markers in distinguishing chromophobe renal cell carcinoma from clear cell renal cell carcinoma and renal oncocytoma. Pathol Res Pract. 2015;211(4):303-7. doi: 10.1016/j. prp.2014.12.014.
31. Chen D, Gassenmaier M, Maruschke M, Riesenberg R, Pohla H, Stief CG, Zimmermann W, Buchner A. Expression and prognostic significance of a comprehensive epithelial-mesen-chymal transition gene set in renal cell carcinoma. J Urol. 2014;191(2):479-86. doi: 10.1016/j. juro.2013.08.052.
32. Jiang T, Zhuang J, Duan H, Luo Y, Zeng Q, Fan K, Yan H, Lu D, Ye Z, Hao J, Feng J, Yang D, Yan X. CD146 is a coreceptor for VEGFR-2 in tumor an-giogenesis. Blood. 2012;120(11):2330-9. doi: 10.1182/blood-2012-01-406108.
33. Vohr HW, editor. Encyclopedia of immunotoxi-cology. Berlin: Springer; 2015. p. 151-8.
34. Feng G, Fang F, Liu C, Zhang F, Huang H, Pu C. CD146 gene expression in clear cell renal cell carcinoma: a potential marker for prediction of early recurrence after nephrectomy. Int Urol Nephrol. 2012;44(6):1663-9. doi: 10.1007/ s11255-012-0255-4.
35. Wragg JW, Finnity JP, Anderson JA, Ferguson HJ, Porfiri E, Bhatt RI, Murray PG, Heath VL, Bicknell R. MCAM and LAMA4 are highly enriched in tumor blood vessels of renal cell carcinoma and predict patient outcome. Cancer Res. 2016;76(8):2314-26. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-15-1364.
36. Shibuya M. Involvement of Flt-1 (VEGF recep-tor-1) in cancer and preeclampsia. Proc Jpn Acad Ser B Phys Biol Sci. 2011;87(4):167-78. doi: http://doi.org/10.2183/pjab.87.167.
37. Shibuya M. Vascular endothelial growth factor and its receptor system: physiological func-
tions in angiogenesis and pathological roles in various diseases. J Biochem. 2013;153(1):13-9. doi: 10.1093/jb/mvs136.
38. Behbahani TE, Thierse C, Baumann C, Holl D, Bastian PJ, von Ruecker A, Müller SC, Ellinger J, Hauser S. Tyrosine kinase expression profile in clear cell renal cell carcinoma. World J Urol. 2012;30(4):559-65. doi: 10.1007/s00345-011-0767-z.
39. Lambrechts D, Claes B, Delmar P, Reumers J, Mazzone M, Yesilyurt BT, Devlieger R, Vers-lype C, Tejpar S, Wildiers H, de Haas S, Carmel-iet P, Scherer SJ, Van Cutsem E. VEGF pathway genetic variants as biomarkers of treatment outcome with bevacizumab: an analysis of data from the AViTA and AVOREN randomised trials. Lancet Oncol. 2012;13(7):724-33. doi: 10.1016/S1470-2045(12)70231-0.
40. Dornbusch J, Walter M, Gottschalk A, Oba-je A, Junker K, Ohlmann CH, Meinhardt M, Zacharis A, Zastrow S, Schoffer O, Grimm MO, Klug SJ, Wirth MP, Fuessel S. Evaluation of polymorphisms in angiogenesis-related genes as predictive and prognostic markers for suni-tinib-treated metastatic renal cell carcinoma patients. J Cancer Res Clin Oncol. 2016;142(6): 1171-82. doi: 10.1007/s00432-016-2137-0.
41. del Puerto-Nevado L, Rojo F, Zazo S, Car-amés C, Rubio G, Vega R, Chamizo C, Casado V, MartÍnez-Useros J, Rincón R, RodrÍ-guez-RemÍrez M, Borrero-Palacios A, Cristóbal I, Madoz-Gúrpide J, Aguilera O, GarcÍa-Foncil-las J. Active angiogenesis in metastatic renal cell carcinoma predicts clinical benefit to suni-tinib-based therapy. Br J Cancer. 2014;110(11): 2700-7. doi: 10.1038/bjc.2014.225.
42. Jones PA, Baylin SB. The epigenomics of cancer. Cell. 2007;128(4):683-92. doi: 10.1016/j. cell.2007.01.029.
43. Kashuba VI, Gizatullin RZ, Protopopov AI, Li J, Vorobieva NV, Fedorova L, Zabarovska VI, Mu-ravenko OV, Kost-Alimova M, Domninsky DA, Kiss C, Allikmets R, Zakharyev VM, Braga EA, Sumegi J, Lerman M, Wahlestedt C, Zelenin AV, Sheer D, Winberg G, Grafodatsky A, Kisselev LL, Klein G, Zabarovsky ER. Analysis of NotI linking clones isolated from human chromosome 3 specific libraries. Gene. 1999;239(2): 259-71. doi: http://dx.doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00411-4.
44. Li J, Protopopov A, Wang F, Senchenko V, Pe-tushkov V, Vorontsova O, Petrenko L, Zabarovs-ka V, Muravenko O, Braga E, Kisselev L, Lerman MI, Kashuba V, Klein G, Ernberg I, Wah-lestedt C, Zabarovsky ER. NotI subtraction and NotI-specific microarrays to detect copy number and methylation changes in whole genomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2002;99(16): 10724-9. doi: 10.1073/pnas.132271699.
45. Zabarovsky ER, Senchenko V, Loginov V. Positional cloning of tumor suppressor genes from 3p21.3 involved in major human cancers. In: Columbus F, editor. Horizons in cancer re-
search. New York: Nova Science Publishers, Inc.; 2011. Vol. 42. N 4. p. 103-27.
46. Dmitriev AA, Kashuba VI, Haraldson K, Senchenko VN, Pavlova TV, Kudryavtseva AV, Anedchenko EA, Krasnov GS, Pronina IV, Loginov VI, Kondratieva TT, Kazubskaya TP, Braga EA, Yenamandra SP, Ignatjev I, Ernberg I, Klein G, Lerman MI, Zabarovsky ER. Genetic and epigenetic analysis of non-small cell lung cancer with NotI-microarrays. Epigenetics. 2012;7(5): 502-13. doi: 10.4161/epi.19801.
47. Kashuba V, Dmitriev AA, Krasnov GS, Pavlova T, Ignatjev I, Gordiyuk VV, Gerashchenko AV, Braga EA, Yenamandra SP, Lerman M, Senchenko VN, Zabarovsky E. NotI microarrays: novel epigenetic markers for early detection and prognosis of high grade serous ovarian cancer. Int J Mol Sci. 2012;13(10):13352-77. doi: 10.3390/ijms131013352.
48. Senchenko VN, Kisseljova NP, Ivanova TA, Dmitriev AA, Krasnov GS, Kudryavtseva AV, Panasenko GV, Tsitrin EB, Lerman MI, Kissel-jov FL, Kashuba VI, Zabarovsky ER. Novel tumor suppressor candidates on chromosome 3 revealed by NotI-microarrays in cervical cancer. Epigenetics. 2013;8(4):409-20. doi: 10.4161/epi.24233.
49. Zabarovsky ER, Braga EA, Loginov V. Novel methylation-dependent markers/tumor suppressor genes involved in the development of renal cell cancer. In: Columbus F, editor. Horizons in cancer research. New York: Nova Science Publishers, Inc.; 2011. Vol. 42. N 5. p. 129-52.
50. Dmitriev AA, Rudenko EE, Kudryavtseva AV, Krasnov GS, Gordiyuk VV, Melnikova NV, Stakhovsky EO, Kononenko OA, Pavlova LS, Kondratieva TT, Alekseev BY, Braga EA, Senchenko VN, Kashuba VI. Epigenetic alterations of chromosome 3 revealed by No-tI-microarrays in clear cell renal cell carcinoma. Biomed Res Int. 2014;2014:735292. doi: 10.1155/2014/735292.
51. Braga EA, Khodyrev DS, Loginov VI, Pronina IV, Senchenko VN, Dmitriev AA, Kubatiev AA, Kushlinskiy NE. Rol' metilirovaniya v reguly-atsii ekspressii genov khromosomy 3 i genov mikroRNK pri svetlokletochnom pochech-nokletochnom rake [Methylation regulation of expression of chromosome 3 genes and microRNA in clear cell renal cell carcinomas]. Genetika [Russian Journal of Genetics]. 2015;51 (6):668-84 (in Russian). doi: 10.7868/ S0016675815050021.
52. Gerashchenko GV, Bogatyrova OO, Ruden-ko EE, Kondratov AG, Gordiyuk VV, Zgonnyk YM, Vozianov OF, Pavlova TV, Zabarovsky ER, Ryn-ditch AV, Kashuba VI. Genetic and epigenetic changes of NKIRAS1 gene in human renal cell carcinomas. Exp Oncol. 2010;32(2):71-5.
53. Rydzanicz M, Wrzesinski T, Bluyssen HA, We-soty J. Genomics and epigenomics of clear cell renal cell carcinoma: recent develop-
ments and potential applications. Cancer Lett. 2013;341(2):111-26. doi: 10.1016/j.can-let.2013.08.006.
54. Pronina IV. Izmenenie urovney ekspressii genov iz kritichnykh rayonov khromosomy 3 cheloveka v epitelial'nykh opukholyakh raz-nykh lokalizatsiy [Changing the levels of gene expression of the critical areas of human chromosome 3 in epithelial tumors of different localizations] [Dissertation]. Moscow: FGUP "GosNIIgenetika"; 2010. 150 p. (in Russian).
55. Haraldson K, Kashuba VI, Dmitriev AA, Senchenko VN, Kudryavtseva AV, Pavlova TV, Braga EA, Pronina IV, Kondratov AG, Ryn-ditch AV, Lerman MI, Zabarovsky ER. LRRC3B gene is frequently epigenetically inactivated in several epithelial malignancies and inhibits cell growth and replication. Biochimie. 2012;94(5): 1151-7. doi: 10.1016/j.biochi.2012.01.019.
56. Singh RB, Amare Kadam PS. Investigation of tumor suppressor genes apart from VHL on 3p by deletion mapping in sporadic clear cell renal cell carcinoma (cRCC). Urol Oncol. 2013;31(7): 1333-42. doi: 10.1016/j.urolonc.2011.08.012.
Renal cancer (RC) is a common malignancy of the genitourinary system. Clear cell renal cell carcinoma is the most common histological type of RC. In most cases diagnosis and prognosis of clear cell renal cell carcinoma are based on the results of instrumental tests, while search for novel molecular RC markers and their characterization remain relevant. Molecular genetic abnormalities accompanied with changes in gene expression underly the RC carcinogenesis; however, diagnostic panels of the expression markers of RC are still not widely used. This review represents the results of recent research in the area of gene expression markers of RC aimed to elaborate prognostic test systems.
57. Gatto F, Nookaew I, Nielsen J. Chromosome 3p loss of heterozygosity is associated with a unique metabolic network in clear cell renal carcinoma. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(9):E866-75. doi: 10.1073/ pnas.1319196111.
58. Gordiyuk V V, Kondratov AG, Gerashchenko GV, Kashuba VI. Novel epigenetic markers of early epithelial tumor growth and prognosis. Bio-polym Cell. 2013; 29(3):215-20. Available from: http://dx.doi.org/10.7124/bc.00081B.
59. Jain S, Wojdacz TK, Su YH. Challenges for the application of DNA methylation biomarkers in molecular diagnostic testing for cancer. Expert Rev Mol Diagn. 2013;13(3):283-94. doi: 10.1586/erm.13.9.
60. Jerónimo C, Henrique R. Epigenetic bio-markers in urological tumors: a systematic review. Cancer Lett. 2014;342(2):264-74. doi: 10.1016/j.canlet.2011.12.026.
61. Palmisano WA, Divine KK, Saccomanno G, Gil-liland FD, Baylin SB, Herman JG, Belinsky SA. Predicting lung cancer by detecting aberrant
Application of the NotI-microarray methodology allowed for identification of many novel genes associated with RC pathogenesis. The relationship of alterations of expression level and methylation of chromosome 3 genes with RC progression and metastasis has been shown. Based on this data, a diagnostic marker system for RC have been proposed with identification of expression and methylation profiles and novel markers, that is an urgent problem in modern urologic oncology.
Key words: renal cancer, clear cell renal carcinoma, gene expression, CpG-islands methylation
doi: 10.18786/2072-0505-2016-44-5-546-557
promoter methylation in sputum. Cancer Res. 2000;60(21 ):5954-8.
62. Mikeska T, Bock C, Do H, Dobrovic A. DNA methylation biomarkers in cancer: progress towards clinical implementation. Expert Rev Mol Diagn. 2012;12(5):473-87. doi: 10.1586/ erm.12.45.
63. Hoque MO, Begum S, Topaloglu O, Jeronimo C, Mambo E, Westra WH, Califano JA, Sidransky D. Quantitative detection of promoter hyper-methylation of multiple genes in the tumor, urine, and serum DNA of patients with renal cancer. Cancer Res. 2004;64(15):5511-7.
64. Gonzalgo ML, Yegnasubramanian S, Yan G, Rogers CG, Nicol TL, Nelson WG, Pavlov-ich CP. Molecular profiling and classification of sporadic renal cell carcinoma by quantitative methylation analysis. Clin Cancer Res. 2004;10(21 ):7276-83.
65. Ibanez de Caceres I, Dulaimi E, Hoffman AM, Al-Saleem T, Uzzo RG, Cairns P. Identification of novel target genes by an epigenetic reactivation screen of renal cancer. Cancer Res. 2006;66( 10):5021 -8. doi: 10.1158/0008-5472. CAN-05-3365.
Braga Eleonora A. - PhD, Doctor of Biol. Sci., Professor, Head of Laboratory of Genomics and Transcriptomics1, 2
Zhinzhilo Tat'yana A. - MD, Specialist in Clinical Laboratory Diagnostics3
Kolpakov Andrey V. - MD, Head of Department of Urology4
Mikhaylenko Dmitry S. - MD, PhD, Leading Research Fellow, Department of Pathology Anatomy with the Molecular Genetic Group2, 5 Kushlinskii Nikolay E. - MD, PhD, Professor, Member-Correspondent of Russian Academy of Sciences, Head of Chair of Clinical Chemistry and Laboratory Diagnostics6
* 24 Kashirskoe shosse, Moscow, 115478, Russian Federation. Tel.: +7 (499) 324 11 69. E-mail: biochimia@mtu-net.ru
1 Institute of General Pathology and Pathophysiology; 8 Baltiyskaya ul., Moscow, 125315, Russian Federation
2 Research Centre of Medical Genetics;
1 Moskvorech'e ul., Moscow, 115478, Russian Federation
3 Medical and Rehabilitation Center; 3 Ivan'kovskoe shosse, Moscow, 125367, Russian Federation
4 V.D. Babenko Tambov Regional Clinical Hospital; 29 Moskovskaya ul., Tambov, 392000, Russian Federation
5 N.A. Lopatkin Research Institute of Urology and Interventional Radiology - branch of the National Medical Research Radiological Center; 51/1 3-ya Parkovaya ul., Moscow, 105425, Russian Federation
6 Moscow State University of Medicine and Dentistry named after A.I. Evdokimov; 20-1 Delegatskaya ul., Moscow, 127473, Russian Federation
Expression profiles and methylation genes in clear cell renal carcinoma
Braga E.A.1, 2 • Zhinzhilo T.A.3 • Kolpakov A.V.4 ■ Mikhaylenko D.S.2, 5 • Kushlinskii N.E.6
