CC BY
81
© Е. В. Шипицына 1, ОЦЕНКА МЕТОДОВ АМПЛИФИКАЦИИ
Е. А. Золотоверхая 1, НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ
А. Н. Григорьев 1, О. С. Рыжкова 1, ТРИХОМОНИАЗА
К. В. Шалепо 1, О. А. Ломакина 2,
Е. П. Протасова 2, С. Ю. Романцева 2,
Е. М. Тангатарова 2,
И. В. Литвиненко 2, Т. С. Смирнова 2,
А. М. Савичева1
1 НИИ акушерства и гинекологии
им. Д. О. Отта СЗО РАМН, Санкт-Петербург
2 Городской кожно-венерологический диспансер, Санкт-Петербург
УДК: 616.9-07
■ Целью данного исследования было оценить тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), разработанные и используемые в нашей стране для диагностики трихомониаза,
а также охарактеризовать чувствительность и специфичность традиционных методов диагностики трихомониаза -микроскопического и культурального. Всего было обследовано 70 пациентов, относящихся к группе высокого риска инфицирования, из них 55 женщин и15 мужчин. Все клинические материалы от 70 пациентов были проанализированы на наличие ДНК/РНК Trichomonas vaginalis с использованием всех оцениваемых МАНК (n=6). Культуральные и микроскопические исследования образцов клинического материала на трихомонады были проведены у 31 и 63 пациентов, соответственно. T. vaginalis были выявлены у 30 женщин (54,5%) и троих мужчин (20%). Проведенное нами исследование методов диагностики три-хомониаза, используемых в нашей стране, показало, что и микроскопический и культуральный методы, которые традиционно используются для диагностики трихомониаза, имеют достаточно низкую чувствительность. В то же время, МАНК российского производства показали, в целом, высокую чувствительность и специфичность, и можно полагать, что их включение в протоколы диагностики трихомониаза значительно повысило бы эффективность выявления данного заболевания.
■ Ключевые слова: Trichomonas vaginalis; методы амплификации нуклеиновых кислот; микроскопическое исследование; культуральное исследование.
Предисловие
В 2010 году в лаборатории микробиологии сертифициров-на интегрированная система управления качеством научно-исследовательской и диагностической деятельности. Эта система соответствует требованиям одновременно двух стандартов: ГОСТ Р ИСО 9001-2008 «Системы менеджмента качества. Требования» и ГОСТ Р ИСО 15189-2006 «Лаборатории медицинские. Частные требования к качеству и компетентности».
Это логическое завершение многолетней работы коллектива лаборатории. С 1998 года лаборатория сотрудничает с Восточно-Европейским комитетом и с Уппсальским университетом (Швеция) в области совершенствования диагностики инфекций репродуктивного тракта. В результате произошло знакомство с организацией работы лучших лабораторий Европы, в том числе с технологическими процессами управления качеством лабораторных исследований на преаналити-ческом, аналитическом и постаналитическом этапе. В лаборатории были внедрены наиболее результативные европейские методы организации лабораторной службы. В сотрудничестве с кафедрой клинической лабораторной диагностики СПбГМУ им. акад. И. П. Павлова было написано и опубликовано методическое пособие «Руководство по качеству» для медицинских лабораторий.
Помимо использования опыта западных коллег, лаборатория самостоятельно продвинулась в разработке и внедрении системы менеджмента качества. Это уникальный опыт даже в рамках европейского сообщества. Система управления лабораторией построена на требованиях одновременно двух стандартов — 9001 и 15189, т. к. лаборатория, помимо лечебно-диагностической деятельности, активно участвует в проведении научно-исследовательской работы в институте.
Объединение научно-исследовательской и диагностической деятельности позволило лаборатории впервые в стране получить сертификат соответствия сразу двум стандартам: ГОСТ Р ИСО 9001-2008 и ГОСТ Р ИСО 15189-2006: деятельность медицинской лаборатории и деятельность в области научно-исследовательских разработок. Этот сертификат выдан Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии, а лаборатория включена в Российский Регистр систем менеджмента.
Итоговая интегрированная система менеджмента позволила лаборатории стать лидером в области микробиологической диагностики репро-дуктивно значимых инфекций. Качество исследований, выполненных в лаборатории микробиологии, соответствует международным стандартам. Задачи, решаемые в лаборатории, фактически соответствуют задачам референс-лаборатории в области диагностики инфекций репродуктивного тракта. Проведенная в лаборатории валидация отечественных тест-систем для ПЦР диагностики, позволяет выбирать лучших поставщиков.
Введение
Согласно официальной статистике, трихомо-ниаз относится к числу самых распространенных инфекций, передаваемых половым путем (ИППП). По оценкам ВОЗ, в 2005 году в мире было зарегистрировано около 250 млн. случаев трихомониаза, в том числе в странах Европы -24,5 млн. [18].
Возбудителем трихомониаза является простейшее Trichomonas vaginalis. У женщин инфекция, вызванная T. vaginalis, ассоциируется с вагинитом, цервицитом, уретритом, воспалительными заболеваниями органов малого таза и неблагоприятными исходами беременности. У мужчин трихомонады могут вызывать уретрит [17]. У части женщин и в большинстве случаев у мужчин заболевание протекает бессимптомно. Доказано, что наличие трихомониаза ассоциировано с повышенной восприимчивостью к ВИЧ-инфекции [11].
Диагностика трихомониаза традиционно основывается на микроскопическом исследовании нативного препарата и культуральном исследовании — методах, суть которых заключается в выявлении живых трихомонад с характерной подвижностью. В нашей стране диагностика трихомо-ниаза осуществляется преимущественно методом микроскопического исследования окрашенных препаратов (в основном метиленовым синим и по методу Грама), эффективность которого невысока [9], и только в ограниченном числе учреждений используются более эффективные методы выявления трихомонад, такие как микроскопические исследования нативных препаратов влагалищного отделяемого, а также культуральные исследования с использованием высокочувствительных коммерческих сред, таких как InPouch™ TV [9]. В последнее время в некоторых муниципальных, федеральных и частных лабораториях для диагностики трихомониаза в нашей стране стали применять методы амплификации нуклеиновых кислот (МАНК), однако, исследований по оценке их диагностических характеристик до настояще-
го времени не проводилось. Между тем, оценка и валидация внедряемых тестов представляет собой важнейший и обязательный элемент обеспечения качества лабораторной диагностики, без которого установление достоверного диагноза и сопоставимость результатов диагностики, выполненных в разных лабораториях, невозможны.
Цель исследования
Оценить тесты на основе МАНК, разработанные и используемые в нашей стране для диагностики инфекций, вызываемых T. vaginalis, а также охарактеризовать чувствительность и специфичность традиционных методов диагностики трихомониаза — микроскопического и культурального.
материалы и методы
Оцениваемые методы амплификации нуклеиновых кислот
Оценивались следующие тесты: полимераз-ная цепная реакция (ПЦР) с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени, разработанные в ЗАО «ДНК-технология», Москва (ПЦР-эф-Дт и ПЦР-рв-Дт), ПЦР с электрофорезной детекцией производства ООО «Литех», Москва (ПЦР-эф-Л), ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени, разработанные в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва (ПЦР-эф-ИЭ и ПЦР-рв-ИЭ), а также тест, разработанный в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, на основе метода NASBA (nucleic acid sequence based amplification) в реальном времени с использованием базовых реагентов производства bioMérieux (Франция). Выделение ДНК, реакцию амплификации, анализ и интерпретацию результатов указанных МАНК проводили в лаборатории микробиологии НИИ АГ им. Д. О. Отта СЗО РАМН в соответствии с инструкциями производителей тестов. В качестве референтного МАНК использовали ПЦР в реальном времени, разработанную Caliendo A. M. с соавторами [13].
Пациенты и клинические образцы
Клинические материалы для исследования на трихомонады (вагинальное отделяемое у женщин и отделяемое уретры у мужчин) были получены у посетителей венерологических отделений городского кожно-венерологического диспансера, обратившихся к врачу с жалобами на выделения из половых путей, зуд, жжение, дизурию, диспареу-нию и/или после полового контакта с партнером, у которого был установлен диагноз трихомониа-за. Критериями для включения в исследование
являлись клинические признаки трихомониаза (гиперемия и отечность слизистой оболочки вульвы, влагалища, гнойные выделения из влагалища, точечные кровоизлияния на слизистой влагалищной части шейки матки у женщин и выделения из уретры у мужчин) и/или наличие полового партнера с установленным диагнозом трихомониаза. Кроме образцов клинического материала от пациентов группы высокого риска инфицирования для оценки специфичности оцениваемых тестов дополнительно было исследовано 30 урогени-тальных проб от пациентов молодежного центра Ювента, у которых не была обнаружена ДНК T. vaginalis при исследовании референтной ПЦР.
Микроскопические и культуральные исследования
Для микроскопического исследования клинические материалы, помещенные на предметные стекла, окрашивали метиленовым синим и по Граму и анализировали согласно стандартным протоколам. Для культуральной диагностики использовали жидкую питательную среду для выделения трихомонад (Омск, Россия), исследование проводили в соответствии с инструкцией производителя.
Интерпретация результатов и оценка диагностических характеристик методов
Результат исследования клинического материала считали истинно положительным для выявления T. vaginalis, если он был положительным при следующих условиях:
1) при исследовании культуральным методом;
2) при исследовании референтной ПЦР и, по меньшей мере, одним из оцениваемых МАНК;
3) при исследовании как минимум двумя из оцениваемых МАНК, имеющими разные генетические мишени.
Диагностическую чувствительность и специфичность методов, а также частоту выявления трихомонад определяли только для пациентов «высокого риска»; при расчете диагностических характеристик микроскопического метода результаты, интерпретированные как сомнительные, не учитывались. Расчет диагностических характеристик производили по отношению к истинно положительным пробам путем построения таблиц сопряженности 2^2.
Определение пределов детекции ПЦР тестов
Предел детекции ПЦР тестов определяли с использованием серийных 10-кратных разведений количественного стандарта Trichomonas vaginalis ATCC® 30001D (ATCC, Манассас, США). Для
этого в предварительных экспериментах для каждого ПЦР теста определяли концентрации возбудителя, близкие к пределу детекции (две минимальные концентрации, дающие положительные результаты, и одну максимальную концентрацию, дающую отрицательный результат), затем по 10 образцов каждого из этих трех разведений тестировали с использованием анализируемой ПЦР. Эксперимент повторяли еще 2 раза в разные дни. Пределом детекции считали минимальную концентрацию возбудителя, давшую не менее 95 % положительных результатов (как минимум 29 из 30 образцов данного разведения) [6].
Результаты
Всего было обследовано 70 пациентов, отнесенных к группе высокого риска инфицирования, из них 55 женщин в возрасте от 15 до 66 лет (средний возраст 33,3 года) и 15 мужчин в возрасте от 18 до 57 лет (средний возраст 38,5 лет). Подавляющее большинство женщин (53 из 55, 96,4 %) имели клинические признаки трихомо-надной инфекции, и только две женщины не имели клинических признаков заболевания и были включены в исследование как имевшие полового партнера с установленным диагнозом трихомо-ниаза. В противоположность этому, только 46,7 % мужчин (7 из 15) имели клинические признаки трихомонадной инфекции, остальные были включены в исследование как имевшие полового партнера с трихомониазом. Все клинические материалы от 70 пациентов были проанализированы на наличие ДНК/РНК T. vaginalis с использованием МАНК. Культуральные и микроскопические исследования клинических материалов на трихо-монады были проведены для 63 и 31 пациентов, соответственно. Результаты анализа всех клинических материалов культуральным, микроскопическим методами и шестью МАНК представлены в таблице 1.
T. vaginalis были выявлены у 30 женщин (54,5 %) и троих мужчин (20 %). Для 21 пробы были получены идентичные результаты при тестировании всеми методами (5 положительных и 16 отрицательных). Диагностические характеристики всех методов представлены в таблице 2. Из 11 истинно положительных проб, для которых были известны результаты культурального исследования, только 6 проб были положительными в культуре (чувствительность 54,5 %). Специфичность культурального метода равнялась 100 %, т. е. все 20 истинно отрицательных проб, для которых были известны результаты культурального исследования, дали отрицательные результаты в культуре. Из 63 проб, которые были исследованы микроскопическим методом, для 10 проб были
ЖУРНАЛЪ АКУШЕРСТВА иЖЕНСКИХЪ БОЛЪЗНЕЙ ТО М LX ВЫ ПУСК 2/2011 ISSN 1684-0461 ■
Таблица 1
Результаты исследования клинических проб на Trichomonas vaginalis с использованием разных методов
Кулыуральное исследование Микроскопическое исследование окрашенного препарата Методы амплификации нуклеиновых кислот Интерпретация результата Число пациентов
ПЦР-эф-Дт ПЦР-рв-Дт ПЦР-эф-Л ПЦР-эф-ИЭ ПЦР-рв-ИЭ NASBA
+ + + + + + + + + 5
+ + + + - + + + + 1
- + + + + + + + + 3
Нд + + + + + + + + 17
Нд - + + - + + + + 1
- - + + + + + + + 1
Нд - + + + + + + + 2
Нд Нд + + + + + + + 2
- Сомнительный + + + + + + + 1
- Сомнительный - - - - - - - 4
Нд Сомнительный - - - - - - - 5
Нд Нд - - - - - - - 5
Нд - - - - - - - - 7
- - - - - - - - - 16
ПЦР-эф-Дт и ПЦР-рв-Дт — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени, соответственно, разработанные в ЗАО «ДНК-технология», Москва; ПЦР-эф-Л — ПЦР с электрофорезной детекцией производства ООО «Литех», Москва; ПЦР-эф-ИЭ и ПЦР-рв-ИЭ — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени марки Амплисенс, разработанные в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва; NASBA — метод амплификации нуклеиновых кислот (nucleic acid sequence-based amplification) в реальном времени производства ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии на основе базовых реагентов BioMerieux (Франция); Нд — нет данных
Таблица 2
Чувствительность и специфичность методов выявления Trichomonas vaginalis*
Чувствительность % (количество проб, положительных данным методом/ количество истинно положительных проб) Специфичность % (количество проб, отрицательных данным методом/ количество истинно отрицательных проб)
Культуральное исследование 54,5 (6/11) 100 (20/20)
Микроскопическое исследование 86,7 (26/30) 100 (23/23)
Методы амплификации нуклеиновых кислот ПЦР-эф-Дт 100 (33/33) 100 (37/37)
ПЦР-рв-Дт 100 (33/33) 100 (37/37)
ПЦР-эф-Л 93,9 (31/33) 100 (37/37)
ПЦР-эф-ИЭ 100 (33/33) 100 (37/37)
ПЦР-рв-ИЭ 100 (33/33) 100 (37/37)
NASBA 100 (33/33) 100 (37/37)
*Оценивались на выборке пациентов «высокого риска», а именно, пациентов с клиническими признаками трихомониаза и/или имевших партнера с трихомониазом (частота выявления трихомонад 47,1 %); ПЦР-эф-Дт и ПЦР-рв-Дт — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени, разработанные в ЗАО «ДНК-технология», Москва; ПЦР-эф-Л — ПЦР с электрофорезной детекцией производства ООО «Литех», Москва; ПЦР-эф-ИЭ и ПЦР-рв-ИЭ — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени марки Амплисенс, разработанные в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва; NASBA — метод амплификации нуклеиновых кислот (nucleic acid sequence based amplification) в реальном времени производства ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии на основе базовых реагентов BioMerieux (Франция)
получены «сомнительные» результаты, поэтому чувствительность и специфичность оценивали только для 53 проб. С помощью микроскопического исследования было выявлено 26 из 30 истинно
положительных проб (чувствительность 86,7 %); специфичность микроскопии равнялась 100 %. При исследовании проб с помощью МАНК для двух истинно положительных образцов (одного
Таблица 3
Определение пределов детекции тестов на основе полимеразной цепной реакции (П11Р) для выявления ДНК Trichomonas vaginalis
Концентрация ДНК T. vaginalis (копий/мл) Количество положительных результатов, полученных при тестировании 10-кратных разведений ДНК T. vaginalis*
ПЦР-эф-Дт ПЦР-рв-Дт ПЦР-эф-Л ПЦР-эф-ИЭ ПЦР-рв-ИЭ
День 1 День 2 День 3 День 1 День 2 День 3 День 1 День 2 День 3 День 1 День 2 День 3 День 1 День 2 День 3
104 10 10 10
103 10 10 10
102 10 10 10 10 10 10 0 0 0 10 10 10
101 6 8 7 9 5 6 10 10 10 10 10 9
100 2 1 2 5 1 6 7 3 4 10 10 8
10-1 5 4 0
*Использовали количественный стандарт Trichomonas vaginalis ATCC® 30001D (ATCC, Манассас, США), жирным шрифтом выделены разведения, соответствующие пределу детекции теста; ПЦР-эф-Дт и ПЦР-рв-Дт — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени, разработанные в ЗАО «ДНК-технология», Москва; ПЦР-эф-Л — ПЦР с электрофорезной детекцией производства ООО «Литех», Москва; ПЦР-эф-ИЭ и ПЦР-рв-ИЭ — ПЦР с электрофорезной детекцией и ПЦР в реальном времени марки Амплисенс, разработанные в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва
образца вагинального отделяемого и одного образца из уретры) были получены отрицательные результаты с использованием ПЦР теста производства компании Литех. Таким образом, чувствительность ПЦР теста производства компании Литех равнялась 93,9 %. Чувствительность всех остальных МАНК составила 100 %. Ни один из 6 тестов не дал ложноположительных результатов (специфичность 100 %). При дополнительном исследовании 30 отрицательных проб всеми 6 тестами также не было получено ни одного ложно-положительного результата.
Результаты определения пределов детекции ПЦР тестов представлены в таблице 3. Самый низкий предел детекции (т. е. самую высокую аналитическую чувствительность) имели тесты производства ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии — 10 копий/мл для обоих форматов ПЦР). ПЦР тесты производства ЗАО «ДНК-технология» выявляли ДНК T. vaginalis в концентрации 102 копий/мл, ПЦР тест производства ООО «Литех» — 103 копий/мл.
Обсуждение
Быстрая и точная диагностика трихомониа-за важна для своевременного лечения и предотвращения распространения этого заболевания. Во всем мире микроскопическое исследование нативных препаратов — наиболее распространенный метод диагностики трихомониаза у женщин. Это быстрый и недорогой метод, но чувствительность его относительно невысока, хотя и превышает чувствительность микроскопического исследования окрашенного препарата. Культуральный метод обладает высокой чувствительностью, однако его недостатками являются
высокая стоимость (при использовании высокочувствительных коммерческих сред) и длительность (3-7 дней). В многочисленных международных исследованиях было показано, что тесты на основе МАНК, такие как коммерческий тест на основе транскрипционно-опосредованной амплификации APTIMA Trichomonas vaginalis (GenProbe) [12] и так называемые «in house» («домашние») ПЦР тесты [1, 3, 4, 5, 7, 8, 10, 13, 14, 15, 16] значительно превосходят по чувствительности оба традиционных метода выявления трихомо-над. МАНК могут обеспечить быструю и точную диагностику трихомониаза, как у женщин, так и у мужчин, в связи с чем в последние годы в некоторых странах их стали включать в протоколы диагностики трихомониаза [2].
Полученные нами результаты свидетельствуют о том, что лабораторная диагностика трихомо-ниаза в Санкт-Петербурге требует значительных улучшений; при этом необходимо иметь в виду, что ситуация в Санкт-Петербурге может отражать общее состояние данной проблемы во всех регионах России. Серьезным ограничением нашего исследования является то, что оно было проведено на группе пациентов «высокого риска» инфицирования ИППП, с частотой выявления трихомонад около 50 %, поэтому интерпретация результатов требует достаточной осторожности, особенно в отношении традиционных методов диагностики трихомониаза. Так, чувствительность микроскопического метода в нашем исследовании составила 86,7 %, что является относительно высоким показателем для микроскопического исследования окрашенного препарата; очевидно, что ожидать такого же показателя для других популяций не приходится. В 16 % случаев (10 из 63) результат
микроскопического исследования был «сомнительный», и если бы «сомнительные» результаты были интерпретированы как отрицательные, тогда чувствительность микроскопического исследования была 83,9 %, а специфичность равнялась бы 100 %. Если же «сомнительные» результаты были бы интерпретированы как положительные, тогда чувствительность микроскопического метода равнялась бы 87,1 %, однако специфичность была бы неприемлемо низкой — 71,9 %. Таким образом, такой высокий процент «сомнительных» результатов делает диагностику трихомониаза, основанную только на микроскопическом исследовании окрашенного препарата, ненадежной. Культуральный метод диагностики показал неожиданно низкую для популяции «высокого риска» чувствительность (54,5 %), что может быть обусловлено недостаточно высоким качеством используемых питательных сред. Все оцениваемые МАНК показали высокую чувствительность (93,9-100 %) и 100 % специфичность. Несмотря на то, что в последнее время в нашей стране для диагностики трихомо-ниаза стали широко применяться тесты на основе МАНК, из-за несовершенства действующей в России нормативно-правовой базы, положительные результаты МАНК не могут являться основанием для установления диагноза трихомониаза. Полученные нами данные позволяют полагать, что их включение в протоколы диагностики трихомо-ниаза значительно повысило бы эффективность выявления данного заболевания.
Несмотря на то, что МАНК обладают рядом преимуществ, таких как высокая чувствительность, специфичность и быстрота, эти методы не лишены недостатков, основным из которых является риск ложноположительных результатов в результате контаминации. Поэтому использование только одного МАНК для диагностики трихомониаза без подтверждения может вызывать некоторые опасения, особенно в случае слабоположительного результата. В такой ситуации одним из решений этой проблемы является подтверждение результатов МАНК с помощью другого МАНК.
Недавно в нашей стране в ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора была разработана новая тест-система на основе технологии NASBA — «Амплисенс Trichomonas vaginalis Риботест». В данном методе реализован принципиально иной по сравнению с ПЦР способ амплификации, а в качестве мишени в данном тесте используется рибосомальная РНК возбудителя. Указанные различия методов при высокой чувствительности и специфичности позволяют рассматривать метод NASBA как в качестве альтернативы методу ПЦР, так и в качестве адекватного подтверждающего метода.
Таким образом, проведенное нами исследование методов диагностики трихомониаза, используемых в России, показало, что и микроскопический и культуральный методы, которые долгое время являлись регламентированными методами диагностики трихомониаза, имеют достаточно низкую чувствительность. МАНК российского производства показали, в целом, высокую чувствительность и специфичность, однако необходима всесторонняя оценка данных тестов, на большой выборке, включающей также пациентов, у которых нет клинических проявлений заболевания, в сравнении с международно-признанными тестами.
Литература
1. 18S ribosomal DNA-based PCR for diagnosis of Trichomonas vaginalis / Mayta H. [et al.] // J. Clin. Microbiol. — 2000. — Vol. 38. — P. 2683-2687.
2. Clinical Effectiveness Group, British Association for Sexual Health and HIV (BASHH). United Kingdom national guideline on the management of Trichomonas vaginalis. — London, 2007. — 8 p.
3. Comparison of a TaqMan-based real-time polymerase chain reaction with conventional tests for the detection of Trichomonas vaginalis / Pillay A. [et al.] // Sex Transm. Infect. — 2007. — Vol. 83. — P. 126-129.
4. Development and validation of a PCR-based enzyme-linked immunosorbent assay with urine for use in clinical research settings to detect Trichomonas vaginalis in women / Kaydos S. C. [et al.] // J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40. — P. 89-95.
5. Diagnosis of Trichomonas vaginalis infection by PCR using vaginal swab samples / Madico G. [et al.] // J. Clin. Microbiol. — 1998. — Vol. 36. — P. 3205-3210.
6. Hughes J. P., Totten P. Estimating the accuracy of polymerase chain reaction-based tests using endpoint dilution // Biometrics. — 2003. — Vol. 59, N 3. — P. 505-511.
7. Improved diagnosis of Trichomonas vaginalis infection by PCR using vaginal swabs and urine specimens compared to diagnosis by wet mount microscopy, culture, and fluorescent staining / van Der Schee C. [et al.] // J. Clin. Microbiol. — 1999. — Vol. 37. — P. 4127-4130.
8. Jordan J. A., Lowery D., Trucco M. TaqMan-based detection of Trichomonas vaginalis DNA from female genital specimens // J. Clin. Microbiol. — 2001. — Vol. 39. — P. 3819-3822.
9. Laboratory diagnostics for non-viral sexually transmitted infections in St. Petersburg, Russia: current situation and hallmarks for improvements / Domeika M. [et al.] // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. — 2008. — Vol. 22. — P. 1094-1100.
10. Lawing L. F., Hedges S. R., Schwebke J. R. Detection of trichomonosis in vaginal and urine specimens from women by culture and PCR // J. Clin. Microbiol. — 2000. — Vol. 38. — P. 3585-3588.
11. Non-ulcerative sexually transmitted diseases as risk factors for HIV-l transmission in women: results from a cohort study / Laga M. [et al.] // AIDS. — 1993. — Vol. 7. — P. 95-102.
12. Nye M. B, Schwebke J. R, Body B. A. Comparison of APTIMA Trichomonas vaginalis transcription-mediated amplification to wet mount microscopy, culture, and polymerase chain reaction for diagnosis of trichomoniasis in men and women // Am. J. Obstet. Gynecol. — 2009. — Vol. 200. — P. 188-195.
13. Real-time PCR improves detection of Trichomonas vaginalis infection compared with culture using self-collected vaginal swabs / Caliendo A. M. [et al.] // Infect. Dis. Obstet. Gynecol. — 2005. — Vol. 13. — P. 145-150.
14. Real-time PCRs for detection of Trichomonas vaginalis beta-tubu-lin and 18S rRNA genes in female genital specimens / Simpson P. [et al.] // J. Med. Microbiol. — 2007. — Vol. 56. — P. 772-777.
15. Trichomonas vaginalis detection using real-time TaqMan PCR / Schirm J. [et al.] // J. Microbiol. Methods. — 2007. — Vol. 68. — P. 243-247.
16. Trichomonas vaginalis: repeated DNA target for highly sensitive and specific polymerase chain reaction diagnosis / Kengne P. [et al.] // Cell Mol. Biol. — 1994. — Vol. 40. — P. 819-831.
17. Trichomoniasis: clinical manifestations, diagnosis and management / Swygard H. [et al.] // Sex. Transm. Infect. — 2004. — Vol. 80. — P. 91-95.
18. World Health Organization (WHO) 2005 global estimates of the incidence and prevalence of sexually transmitted infections (STIs) / Schmid G. [et al.] // 18th International Society for Sexually Transmitted Disease Research conference (IS-STDR), London, 28 June to 1 July 2009. — London, 2009.
Статья представлена Э. К. Айламазяном, НИИ акушерства и гинекологии им. Д. О. Отта СЗО РАМН,
Санкт-Петербург
■ Адреса авторов для переписки-
Шипицына Елена Васильевна — старший научный сотрудник лаборатории микробиологии, кандидат биологических наук.
Золотоверхая Екатерина Андреевна — старший научный сотрудник лаборатории микробиологии, кандидат биологических наук.
Григорьев Алексей Николаевич — научный сотрудник лаборатории микробиологии.
Рыжкова Ольга Сергеевна — научный сотрудник лаборатории микробиологии.
Шалепо Кира Валентиновна — старший научный сотрудник лаборатории микробиологии, кандидат биологических наук.
Савичева Алевтина Михайловна — заведующая лабораторией микробиологии, доктор медицинских наук, профессор.
НИИ акушерства и гинекологии им. Д.О. Отта СЗО РАМН. 199034, Санкт-Петербург, Менделеевская л., д. 3. E-mail: [email protected].
Ломакина Ольга Александровна — дерматовенеролог.
Протасова Елена Петровна — дерматовенеролог.
Романцева Светлана Юрьевна — дерматовенеролог.
Тангатарова Елена Михайловна — заведующая диспансерным отделением.
Литвиненко Ирина Викторовна — заведующая клинико-диагностической лабораторией.
Смирнова Татьяна Сергеевна — главный врач, кандидат медицинских наук.
ГУЗ «Городской кожно-венерологический диспансер». 192102, Санкт-Петербург, наб. реки Волковки, д.3. E-mail: [email protected].
EVALUATION OF NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TESTS FOR DIAGNOSIS OF TRICHOMONIASIS
Shipitsyna E. V., Zolotoverkhaya E. A., Grigoryev A. N., Ryzhkova O. S., Shalepo K. V., Lomakina O. A., Protasova E. P., Romantseva S. Y., Tangatarova E. M., Litvinenko I. V., Smirnova T. S., Savicheva A. M.
■ Summary: The aim of this study was to assess nucleic acid amplification tests (NAATs) developed and used in Russia for diagnosis of trichomoniasis, as well as to characterize the sensitivity and specificity of conventional methods for diagnosis of trichomoniasis, namely, microscopy and culture. In total, 70 patients, 55 females and 15 males, who were at high risk of trichomoniasis, were included. All clinical samples were investigated for DNA/RNA of Trichomonas vaginalis using all NAATs under evaluation (n = 6). Culture and microscopy investigations were performed for 31 and 63 patients, respectively. T. vaginalis were detected in 30 women (54,5 %) and three men (20 %). Our results indicate that microscopy and culture, which are the methods recommended for routine diagnosis of trichomoniasis in this country, have relatively low sensitivity. The investigated NAATs displayed in general very good sensitivity and specificity, which suggests that including NAATs in the protocols of laboratory diagnosis of trichomoniasis would significantly improve its quality.
■ Key words: Trichomonas vaginalis; nucleic acid amplification tests; microscopy; culture.
Shipitsyna ElenaVasilyevna — Senior Researcher, Laboratory of Microbiology, PhD.
Zolotoverkhaya Ekaterina Andreyevna — Senior Researcher, Laboratory of Microbiology, PhD.
Grigoryev Alexey Nikolayevitch — Researcher, Laboratory of Microbiology.
Ryzhkova Olga Sergeyevna — Researcher, Laboratory of Microbiology.
Shalepo KiraValentinivna — Senior Researcher, Laboratory of Microbiology, PhD.
Savicheva Alevtina Mikhaylovna — Head of the Laboratory of Microbiology, MD, Professor.
D.O. Ott Research Institute of Obstetrics and Gynaecology, RAMS. 199034 St. Petersburg, 3 Mendeleyevskaya Line. E-mail: [email protected].
Lomakina Olga Alexandrovna — Dermatovenereologist. Protasova Elena Petrovna — Dermatovenereologist. Romantseva Svetlana Yuryevna — Dermatovenereologist. Tangatarova Elena Mikhaylovna — Head of the Outpatient Department.
Litvinenko Irina Viktorovna — Head of the Clinical Diagnostics Laboratory.
Smirnova Tatyana Sergeyevna — Head of the City Dermato-venerological Dispensary, MD.
City Dermato-venerological Dispensary, St. Petersburg, Russia. 192102, St. Petersburg, Reki Volkovki nab. 3. E-mail: [email protected].
