CC BY
31
РАБОТЫ К СТОЛЕТИЮ ОМСКОГО НИИ ПРИРОДНО-ОЧАГОВЫХ ИНФЕКЦИЙ
УДК 061.62:616.9-036.21
Рудаков Н.В., Пеньевская Н.А., Полещук Е.М., Рудакова С.А., Якименко В.В., Старостина О.Ю., Тюменцев А.Т., Шпынов С.Н., Сидоров Г.Н., Березкина Г.В., Штрек С.В.
ФБУН «Омский НИИприродно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора, Россия, г. Омск
ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИИ ОМСКОГО НИИ ПРИРОДНО-ОЧАГОВЫХ ИНФЕКЦИИ ЗА 2011-2020 гг.
В работе представлены в краткой форме основные результаты научных исследований Омского НИИ природно-очаговых инфекций Роспотребнадзора за последние 10 лет. Подводя итоги работы к столетию института в 2021 году, необходимо отметить, что на базе института функционируют три федеральные референс-центра (по бешенству, риккетсиозам и боррелиозам), Сибирский федеральный окружной центр СПИД, проблемная комиссия ученого совета Роспотребнадзора «Профилактика инфекций, передаваемых членистоногими», референс-центр по новой коронавирусной инфекции. В статье представлены основные итоги работы референс-центров, а также других направлений научно-исследовательской работы института (по арбовирусным инфекциям, паразитарным и протозоозным заболеваниям, зоонозным и микст-инфекциям и инвазиям). Многие исследования носят приоритетный характер и опубликованы в ведущих отечественных и зарубежных изданиях, использованы при составлении санитарных правил, информационно-аналитических бюллетеней, методических указаний и рекомендаций, различных информационных материалов. На базе института создан музей арахноэнтомологии, оригинальные рабочие коллекции микроорганизмов, проводится большая работа по депонированию штаммов микроорганизмов и их нуклеотидных последовательностей, их патентованию. Результаты исследований института за последние 10 лет представлены в разрезе основных нозологических и экологических групп.
Ключевые слова: природно-очаговые инфекции, бешенство, арбовирусы, риккетсии, ВИЧ-инфекция, COVID-19, паразитарные болезни, токсоплазмоз, геноварианты, эпидемиология, лабораторная диагностика, прогнозирование, профилактика.
Rudakov N.V., Pen'evskaya N.A., Poleshchuk E.M., Rudakova S.A., Yakimenko V.V., Starostina O.Yu., Tyumentsev A.T., Shpynov S.N., Sidorov G.N., Berezkina G.V., Shtrek S.V.
FBIS Omsk Research Institute of Natural Focal Infections of Rospotrebnadzor, Omsk, Russia
THE MAIN RESULTS OF THE OMSK RESEARCH INSTITUTE OF NATURAL FOCAL INFECTIONS OVER 2011-2020
© РудаковН.В., ПеньевскаяН.А., ПолещукЕ.М., Рудакова С.А., ЯкименкоВ.В., Старостина О.Ю., Тюменцев А.Т.,
Шпынов С.Н., Сидоров Г.Н., Березкина Г.В., Штрек С.В., 2021
The paper presents in a concise form the main results of scientific research of the Omsk Research Institute of Natural Focal Infections of Rospotrebnadzor over the past 10 years. Summing up the work for the centenary of the institute, celebrated in 2021, it should be noted that on the basis of the institute there are three federal reference centers (for rabies, rickettsioses and borreliosis), the Siberian Federal District AIDS Center, the problem commission of the Academic Council of the Federal Service "Prevention of Infections, transmitted by arthropods", a reference center for a new coronavirus infection. The article presents the main results of the work of the reference centers, as well as other areas of research work of the institute (on arbovirus infections, parasitic and protozoal diseases, mixed infections and invasions). Many studies are of a priority nature and have been published in leading domestic and foreign publications, used in the preparation of sanitary rules, information and analytical bulletins, guidelines and recommendations, and various information materials. On the basis of the institute, a museum of arachnoentomology was created, original working collections of microorganisms, a lot of work is being done on depositing strains of microorganisms and their nucleotide sequences, and patenting them. The results of the Institute's research over the past 10 years are presented in the context of the main nosological and ecological groups.
Keywords: natural focal infections, rabies, arboviruses, rickettsiae, HIV infection, COVID-19, parasitic diseases, toxoplasmosis, genovariants, epidemiology, laboratory diagnostics, prognosis, prevention.
Бешенство
Описаны и изучены девять природно-очаговых регионов бешенства на территории России, выявлены их эколого-вирусологи-ческие и эпидемиологические особенности.
Определены параметры плотности населения, абсолютной численности популяций и подвижности основных хозяев вируса, определяющих активность очагов инфекции в северной Евразии. Охарактеризованы пространственное распределение, биоценотические связи, половозрастной состав и другие особенности экологии популяций резервуарных хозяев рабического возбудителя.
Охарактеризованы особенности и динамика эпизоотического и эпидемического процессов бешенства в Западной и Восточной Сибири и на территории всей России. Предложено прогнозирование этих процессов во времени и в пространстве. Определены факторы эпидемиологического неблагополучия субъектов России по бешенству.
Выполнено районирование территорий по степени риска заражения бешенством на уровне субъектов России в динамике (1991, 2006, 2011, 2018 гг.).
Изучено изменение роли млекопитающих в заражении людей бешенством на исторической территории Московского княжества, Русского царства, Российской империи, СССР и современной России за ХУ1-ХХ1 века.
Охарактеризовано антигенное и генетическое разнообразие вируса бешенства. В России и на сопредельных территориях установлена циркуляция 6 дискретных фило-групп возбудителя. Установлено время существования предков у каждой филогруппы, определены временные интервалы основных эволюционных событий, показана согласо-
ванность эволюционных событий с эпизоото-логическими данными, установлено отсутствие долговременной циркуляции отдельных геновариантов, указывающее на нестабильность вирусной популяции. Расшифрованы причины повторной активизации эпизоотий на юге Сибири и Дальнего Востока.
Доказана роль рукокрылых в резервации лиссавирусов в Евразии. Подтверждена эпидемиологическая роль этих животных для территории России. Впервые идентифицированы новые виды лиссавирусов Араван, Худжанд, Иркут, Западно-Кавказский лиссавирус. Сформирована уникальная коллекция полевых изо-лятов рабического возбудителя от разных видов животных и человека.
Разработана и успешно протестирована Real-time ПЦР-тест система с видовыми прай-мерами для диагностики лиссавируса бешенства. Проведена оценка перспективности использования отечественных ПЦР тест-систем для диагностики бешенства у животных и человека (в том числе прижизненно). Наиболее значимые публикации по направлению за последние годы приведены в библиографическом списке [1, 5, 16-18, 29, 33-35, 38].
Риккетсиозы
Получены новые данные о географическом распространении а-протеобактерий в различных ландшафтных подзонах Западной Сибири и других территорий. Проведена дифференциация очаговых территорий с ранжированием эпидемиологических зон при изучении эпидемического процесса сибирского клещевого тифа. Установлен новый очаг клещевого риккетсиоза в Омской области, ранее считавшейся неэндемичной по этой инфекции.
Впервые в РФ описан случай смешанной инфекции, вызванной R. sibirica и «Candidatus R. tarasevichiae», который закончился летальным исходом.
Разработан алгоритм лабораторной диагностики клещевых риккетсиозов, позволяющий осуществлять раннюю дифференциальную диагностику клещевых трансмиссивных инфекций.
Установлено наличие антител к возбудителям бактериальных зоонозных инфекций у обследованных контингентов в сочетании с антителами к возбудителям токсокароза и (или) токсоплазмоза при комплексном ретроспективном серо-эпидемиологическом скри-нинговом исследовании среди различных групп населения Омска и Омской области.
Во Всероссийский музей риккетсиаль-ных культур ГУНИИЭМ им. Н.Ф. Гамалеи депонировано 45 штаммов риккетсий и 3 штамма уреаплазм, изолированных сотрудниками лаборатории. Получены 11 патентов на изобретения и 3 патента на промышленные образцы. В международной базе данных GeneBank депонированы 24 нуклеотидные последовательности риккетсий и 3 - бартонелл.
В результате совместных российско-французских исследований выявлено и описано 2 новых вида риккетсий - Rickettsia tarasevichiae и R. raoultii. Выделены на культуре клеток и клещевых моделях уникальные штаммы риккетсий новых генотипов.
В результате исследований доказаны:
- гетерогенность риккетсий в природных очагах по иммунобиологическим и моле-кулярно-биологическим свойствам, в т.ч. одновременная циркуляция нескольких видов патогенных риккетсий;
- общность патогенетических и клинических характеристик клещевых риккетсиозов;
- циркуляция в очагах «массовых» видов R. raoultii (Dermacentor) и R. tarasevichiae (Ixodes), их возможная роль в создании популя-ционного иммунитета и патологии населения.
Дальнейшее развитие получила концепция о риккетсиях-предшественниках, роли риккетсий в эволюции эукариотических клеток. Важнейшие публикации последнего периода отражены в библиографическом списке [19-22, 23-26, 41, 42].
Боррелиозы
Получены новые данные о геновидовом
спектре возбудителей иксодовых клещевых боррелиозов и генетическом разнообразии боррелий, циркулирующих в природных очагах Западной Сибири. Заболеваемость ИКБ в Западной Сибири связана с двумя основными геновидами боррелий - B. garinii и B. afzelii и их сочетаниями.
Установлено широкое распространение в Западно-Сибирском регионе сочетанных природных очагов трансмиссивных инфекций, обусловленное общностью переносчика - клещей I. persulcatus. Результаты исследований впервые позволили оценить различия в структуре и функционировании природных очагов клещевых инфекций в различных ландшафтных зонах. Клещи рода Dermacentor имеют значение в заражении населения преимущественно возбудителями клещевых рик-кетсиозов.
Установлено участие клещей рода Dermacentor в инфицировании населения возбудителями ИКБ, экспериментально доказана возможность трансфазовой и трансовариаль-ной передачи боррелий у клещей D. reticulatus. Среднемноголетняя инфицированность борре-лиями клещей D. reticulatus по данным ПЦР составляет 1,14 %. Нуклеотидные последовательности ДНК боррелий, полученные при исследовании двух клещей D. reticulatus в 2004 г. депонированы в GenBank как Borrelia sp. (AY540051, AY540052). В 2019 г. при сравнение этих нуклеотидных последовательностей с последовательностями, представленными в базе GenBank, с помощью поисковой системы BLAST получены данные о более чем 95 % гомологии с Borrelia spielmanii (AF497994.1, JX910054.1, JX448322.1).
На основании комплекса современных лабораторных методов расширены представления об этиологической структуре заболеваемости клещевыми трансмиссивными инфекциями (КТИ) в Западной Сибири. Основная роль в формировании заболеваемости КТИ принадлежит возбудителям КЭ и ИКБ. Впервые верифицированы случаи ГАЧ и МЭЧ, установлена высокая частота микст-инфицирования населения возбудителями ГАЧ и ИКБ и низкая встречаемость ГАЧ как самостоятельного заболевания.
Разработан двухэтапный алгоритм лабораторной диагностики иксодовых клещевых боррелиозов с применением комплекса иммунологических (ИФА, иммуноблот) и молеку-
лярно-биологических (ПЦР) методов исследования с целью проведения ранней дифференциальной диагностики и назначения этиотроп-ной терапии, учитывающий возможность реализации риска микст-инфицирования.
Усовершенствован дифференцированный подход к профилактике различных КТИ, что позволило оценить степень эпидемической опасности очаговых территорий и оптимизировать тактику экстренных профилактических мероприятий. Разработана программа эпидемиологического надзора за КТИ на основе использования более эффективных методов мониторинга возбудителей клещевых инфекций на территориях с различным уровнем заболеваемости этими инфекциями.
Полученные в результате секвенирова-ния межгенного спейсера 5S-23S и поверхностного белка OspA 45 нуклеотидных последовательностей (НП) депонированы в международной базе данных GenBank. Изучение геновидового состава боррелий в иксодо-вых клещах в природных очагах юга Западной Сибири показало наличие, как минимум, пяти геновидов патогенных боррелий ф. garinii, B. afzelii, B. bavariensis, B. spielmanii и B. мiyamotoi). Частота выявления B. garinii и B. afzelii у клещей различных видов (I. persulcatus и I. pavlovskiy) не имеет значимых отличий. Отмечается более частая встречаемость В. gariшi по сравнению с B. afzelii. Уровни инфицированности клещей I. per-sulcatus боррелиями В. miyamotoi существенно ниже (в 3,5 раза), чем геновидами B. garinii и B. afzelii. Наиболее значимые публикации по разделу представлены в библиографии [8, 11-15, 27, 28].
Арбовирусные инфекции
В последнее десятилетие совместно с коллегами из СО РАН проведен комплекс полевых и лабораторных экспериментов с возбудителями клещевых инфекций и их хозяевами и переносчиками, что позволило получить приоритетные данные федерального и мирового уровней о геновидовом составе возбудителей и характере паразито-хозяинных взаимоотношений.
Вирус лихорадки Западного Нила (ЛЗН)
Впервые изучен механизм формирования очагов и ЛЗН на юге Западной Сибири. Установлено, что вирус на территории регио-
на (Новосибирская и Омская области) представлен двумя генотипами - 1 (субгенотип а) и 2. Вирус формирует локальные эпизоотически активные очаги в пределах колониальных поселений птиц при участии птиц и членистоногих убежищного комплекса (гамазовых и /или иксодовых клещей), где успешно переживает зимний период и, при благоприятных условиях бесснежного сезона, может выноситься за пределы колонии птиц. Второй вариант - формирование псевдоочагов - в результате питания нимф таежного клеща на инфицированных птицах с последующей трансфазовой передачей вируса имаго (регулярный вариант реализации эпидемической активности ЛЗН в регионе).
Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ)
Расширено представлений о генетическом разнообразии ВКЭ в природных очагах не территории Западной Сибири и Алтая. Показано более широкое распространение европейского субтипа ВКЭ на Алтае и равнинной части Западной Сибири.
Показано изменение геновидового состава ВКЭ на правобережном Приобье Новосибирской области (Салаир и предгорья) в сторону доминирования сибирского субтипа (доминирование геноварианта Васильченко).
Определены области содоминирования минорного в Западной Сибири варианта Сиб-вКЭ - «Балтийская линия» - на территориях Тюменской и Омской областей (на фоне циркуляции на западе и в центральной части региона доминирующего варианта Сиб-вКЭ - «За-усаев»). К геноварианту Сиб-ВКЭ «Заусаев» относятся и выявленные у I. apronophorus и I. persulcatus РНК-изоляты ВКЭ.
Впервые показана трансовариальная передача этого варианта ВКЭ у I. apronophorus. В эксперименте показана различная эффективность трансмиссивного заражения и тран-совариальной и трансфазовой передачи вируса у иксодовых клещей с разным типом паразитизма минорных для Западной Сибири вариантов вируса клещевого энцефалита (ДВ-ВКЭ и Сиб-ВКЭ балтийской линии).
При изучении изменчивости генома вируса клещевого энцефалита и других флави-вирусов показаны различия в использовании синонимичных кодонов различными флави-вирусами, различными генотипами ВКЭ, различными геновариантами ВКЭ.
Возбудители клещевых микст-инфекций
В ходе совместных с ИХБФМ СО РАН исследований впервые показана сочетанная циркуляция с использованием одних видов членистоногих переносчиков и теплокровных позвоночных широкого комплекса возбудителей клещевых инфекций с различным уровнем организации. Установлена сочетанная циркуляция комплекса возбудителей бактериальных (Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia muris, Borrelia burgdorferi sensu lato (B. gariniiu B. afzelii), Borrelia miyamotoi, Candidatus Rickettsia tarasevichiae, Candidatus Neoehrlichia mikurensis, Candidatus R. uralica, Rickettsia helvetica, Babesia microti (Munich и US-type) и вирусных (вирус клещевого энцефалита и вирус Кемерово) инфекций в лесной зоне Западной Сибири. Показаны различия в эффективности трансфазовой передачи разных геновидов и геновариантов возбудителей разными видами и разными фазами развития иксодовых клещей. В эксперименте оценена длительность персистенции Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia muris, Borrelia burgdorferi sensu lato, Borrelia miyamotoi, Babesia microti в организме теплокровных -грызунов из числа видов основных прокор-мителей переносчиков и регионе.
Изменение эпизоотической активности природных очагов ГЛПС, ассоциированных с хантавирусами генотипов Пуумала (сибирский геновариант) и Добрава/Белград (сибирский геновариант) в Зауралье
В зауральской части западного фрагмента ареала возбудителей ГЛПС наблюдается снижение эпизоотической активности природных очагов, ассоциированных с сибирскими геновариантами вирусов Пуумала и Добрава/Белград, что выражается в снижении доли инфицированных и иммунных особей специфических хозяев. Изменение соотношения иммунных и инфицированных животных вероятно является результатом изменение сезонных сроков эпизоотической активности очагов. В библиографическом списке представлены основные публикации [1, 31, 32, 36, 37, 39, 40].
Паразитарные, протозойные и зоонозные болезни
Проанализирована современная эпидемиологическая ситуация по токсокарозу в РФ. Установлен значительный разброс значений
показателя заболеваемости токсокарозом даже на территориях, расположенных в сходных физико-географических зонах, что в определенной мере зависит от внедрения методов лабораторной диагностики.
Установлено широкое распространение микроорганизмов рода Babesia в пределах подтаежной зоны, северной и южной лесостепи юга Западной Сибири. Зараженность бабезиями мелких млекопитающих составляет от 5,5 до 32,1 % в разных ландшафтных зонах. ДНК потенциально опасной для человека B. microti выявлена у 2,8 - 10,0 % зверьков. Циркуляция в природных очагах возбудителей бабезиоза человека тесно связана с клещами рода Ixodes, которые являются их биологическим хозяевами и переносчиками. ДНК B. microti обнаружена в как в преимагинальных стадиях, так и имаго клещах I. persulcatus.
Результаты обследования мышевидных грызунов (Muridae, Cricitidae: Arvicolinae) в различных ландшафтных зонах и подзонах юга Западной Сибири (подтайга, северная и южная лесостепь, степь) показали, что данная группа мелких млекопитающих является не только промежуточным хозяином для аль-веококка, но и резервуарным хозяином для возбудителей «новых» инфекций (бабезии, бартонеллы). Этот феномен обеспечивает возможность функционирования сопряженных очагов на данной территории, создавая условия для одновременного заражения при-родно-очаговыми гельминтозами, протозо-озами и бактериальными инфекциями.
Проанализирована современная эпидемиологическая и эпизоотологическая ситуация по эхинококкозам в РФ в разрезе федеральных округов. Предложены современные методические подходы для повышения эффективности эпидемиологического, эпизо-отологического и экологического мониторинга за эхинококкозами.
Дана оценка функционального состояния очагов актуальных гельминтозов и прото-зоозов на юге Западной Сибири и проявлений их эпидемического процесса. Результаты серо-эпидемиологических наблюдений показали, что в сельских районах Омской области, расположенных в гипер- и мезоэндемичных по описторхозу зонах, сохраняется высокий риск заражения. Кроме того, отмечено нарастание риска заражения возбудителем описторхоза на
территориях, отнесенных ранее к территории со спорадической заболеваемостью. Серологические показатели пораженности описторхо-зом в этих районах увеличились в среднем в 3 раза за последние 15 лет.
Установлено, что современная эпидемиологическая ситуация по токсокарозу в Омской области характеризуется резким ростом доли серопозитивных лиц как среди детей, так и среди взрослого населения в сравнении с 1999-2003 гг. Доля серопозитивных по отношению к токсокарозному антигену лиц увеличивается с возрастом, достигая максимальных значений к 10-15 годам, как среди городских, так и среди сельских жителей. По результатам исследования сельские районы Омской области отнесены к территории с высоким риском заражения токсокарами, г. Омск - к территории среднего риска заражения.
Совместно с ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора разработаны праймеры и зонды для выявления ДНК Opisthorchis felineus, Metorchis bilis, Echinococcus granulosus, Echinococcus multilocularis. Разработанные праймеры и зонды показали хорошую диагностическую чувствительность и могут служить основой для создания диагностических систем в формате ПЦР в реальном времени.
Проведена оценка риска формирования у населения микст-паразитозов и микст пара-зитозов- бактериальных зоонозов с учетом видового разнообразия возбудителей на юге Западной Сибири (на примере Омской области). Установлено, что в сельских районах Омской области существует высокий риск одновременного заражения возбудителями токсокаро-за и токсоплазмоза. В районах, расположенных в пределах долины р. Иртыш, существует риск формирования у населения микст-паразитозов с участием возбудителя опи-сторхоза, нарастающий к северным прибрежным районам области.
Впервые на модели Омской области доказано существование антропургических очагов дирофиляриоза с циркуляцией возбудителя Dirofilaria repens в данной климатической зоне. Продемонстрирована эффективность метода ПЦР для мониторинга в очагах дирофилярио-зов, альвеококкоза. Установлены доминирующие виды кровососущих комаров - переносчиков возбудителей дирофиляриоза на территории города и рекреационной зоны.
Нуклеотидные последовательности, полученные при анализе генетических маркеров Echinococcus multilocularis, Dirofilaria repens депонированы в базу данных GenBank.
Установлены современные особенности эпидемиологической ситуации в отношении токсоплазмоза на отдельных территориях Сибирского ФО, выражающиеся в высоких показателях зараженности (до 70,5 %) жителей сельских поселений юга Западной Сибири (Омская область) и низкого уровня зараженности лиц, проживающих на территории Республики Тыва (3,5 %).
Выявлен риск заражения работников промышленного животноводства Омской области возбудителями бруцеллёза и лихорадки Ку. Разработаны алгоритмы обследования пациентов с подозрением на гельминтозы и групп риска заражения зоонозными инфекциями и инвазиями [7, 30].
ВИЧ-инфекция
Получены новые данные по эпидемиологии ВИЧ-инфекции в региональном аспекте. В рамках дозорного эпидемиологического надзора проведены биоповеденческие исследования в различных уязвимых группах населения, что позволило дать оценку распространенности ВИЧ среди их представителей и подготовить рекомендации по включению актуальных мероприятий в профилактические региональные программы на территории округа. Проведен анализ эпидемиологической ситуации по сочетанной патологии ВИЧ-инфекции, туберкулеза и наркомании в Сибирском федеральном округе, даны оценки риска заболевания туберкулезом лиц с ВИЧ-инфекцией. Впервые проведено изучение эпидемиологической роли трудовых мигрантов в развитии ВИЧ-инфекции в Сибири.
Впервые проведен анализ отчетно-учетных форм по перинатальной профилактике ВИЧ-инфекции и смертности ВИЧ-инфицированных в Сибирском федеральном округе, проведена оценка эффективности перинатальной профилактики передачи ВИЧ от матери ребенку и риск реализации ВИЧ-инфекции у детей. Изучены структура умерших, наличие вторичных заболеваний, превалирующие стадии ВИЧ-инфекции при жизни для определения причин смертности. Показана необходимость разработки мер по раннему выявлению ВИЧ-позитивных, их диспансеризации,
своевременному назначению антивирусной терапии и активной работе с пациентами по повышению приверженности лечению, с целью снижения показателей летальности среди ВИЧ-инфицированных больных.
Выявлены основные закономерности распространения в территориальном и временном аспектах в регионах СФО различных субтипов и мутаций резистентности ВИЧ среди пациентов, получающих антиретровирус-ную терапию и относящихся к группам риска, обоснованы алгоритмы молекулярно-генетического мониторинга ВИЧ. Наиболее цитируемые работы по данному направлению представлены в списке литературы [6, 10].
Новая коронавирусная инфекция
В связи с пандемией COVID-19 с января 2020 г. институт в числе первых 14 центров в Российской Федерации по лабораторной диагностике новой инфекции включился в практическую и научно-исследовательскую работу
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК
1. Антипова М.Г., Винарский М.В., Давыдова А.А., Евженко К.С., Ефремов А.Н. [и др.] Красная книга Омской области: Правительство Омской области; Омский государственный педагогический университет. Омск, 2015. (2-е изд-е, перераб. и доп.).
2. Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Лазарев И.И. Эпидемический потенциал СОУГО-19 в Омской области и оценка возможного влияния противоэпидемических мероприятий // Фундаментальная и клиническая медицина. 2020. Т. 5. № 3. С. 8-17.
3. Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Лазарев И.И., Михайлова О.А., Федоров А.С., Пнев-ский Ю.А. Эпидемический потенциал СОУГО-19 в Омской области на фоне противоэпидемических мероприятий // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 3. С. 36-42.
4. Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Михайлова О.А., Федоров А.С., Санников А.В., Никитин С.В. Геоинформационные системы как инструмент изучения неравномерности распределения случаев СОУГО-19 в городских условиях // Фундаментальная и клиническая медицина. 2021. № 2. С.16-23.
5. Девяткин А.А., Лукашев А.Н., Полещук Е.М., Ткачёв С.Е., Дедков В.Г., Сидоров Г.Н., Щелка-нов М.Ю., Галкина И.В., Карганова Г.Г., Гаврило М.В., Шипулин Г.А. Молекулярная эпидемиология вируса бешенства на территории Российской Федерации // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2017. Т. 16. № 1 (92). С. 39-42.
6. Довгополюк Е.С., Левахина Л.И., Пузырё-ва Л.В., Мордык А.В., Тюменцев А.Т., Сафонов А.Д. Распространенность и исходы случаев сочетания туберкулеза и ВИЧ-инфекции на территории Си-
по этой проблеме, включая помощь учреждениям здравоохранения Омской области и других территорий Западной Сибири (Кемеровская, Томская области). В институте проводятся диагностические, эпидемиологические, вирусологические, иммунологические, молекулярно-биологические (включая секве-нирование) исследования на COVID-19, большой объем противоэпидемической и аналитической работы. Ряд сотрудников награжден орденом Пирогова и медалью Луки Крымского, грамотами и благодарностями различного уровня. Наиболее значимые публикации представлены в библиографическом списке [2-4].
На базе института функционируют три федеральные референс центра (по бешенству, риккетсиозам и боррелиозам), Сибирский федеральный окружной центр СПИД, проблемная комиссия ученого совета Роспотребнадзо-ра «Профилактика инфекций, передаваемых членистоногими», референс-центр по новой коронавирусной инфекции.
REFERENCES
1. Antipova M.G., Vinarskij M.V., Davy-dova A.A., Evzhenko K.S., Efremov A.N. [i dr.] Krasnaya kniga Omskoj oblasti: Pravitel'stvo Omskoj oblasti; Omskij gosudarstvennyj pedagogicheskij universitet. Omsk, 2015. (2-e izd-e, pererab. i dop.).
2. Bloh A.I., Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V., Lazarev I.I. Epidemicheskij potencial COVID-19 v Omskoj oblasti i ocenka vozmozhnogo vliyaniya protivoepidemicheskih meropriyatij // Fundamental'naya i klinicheskaya medicina. 2020. T. 5. № 3. S. 8-17.
3. Bloh A.I., Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V., Lazarev I.I., Mihajlova O.A., Fedorov A.S., Pnevskij Yu.A. Epidemicheskij potencial COVID-19 v Omskoj oblasti na fone protivo-epidemicheskih meropriyatij // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2020. № 3. S. 36-42.
4. Bloh A.I., Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V., Mihajlova O.A., Fedorov A.S., Sannikov A.V., Nikitin S.V. Geoinformacionnye siste-my kak instrument izucheniya neravnomernosti raspredeleniya sluchaev COVID-19 v gorodskih usloviyah // Fundamental'naya i klinicheskaya medicina. 2021. № 2. S.16-23.
5. Devyatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Tkachyov S.E., Dedkov V.G., Sidorov G.N., Shchelkanov M.YU., Galkina I.V., Karganova G.G., Gavrilo M.V., Shipulin G.A. Molekulyarnaya epidemiologiya virusa beshenstva na territorii Rossijskoj Federacii // Epidemiologiya i vakcinoprofilaktika. 2017. T. 16. № 1 (92). S. 39-42.
6. Dovgopolyuk E.S., Levahina L.I., Puzyryo-va L.V., Mordyk A.V., Tyumencev A.T., Safo-nov A.D. Rasprostranennost' i iskhody sluchaev sochetaniya tuberkuleza i VICH-infekcii na ter-ritorii Sibirskogo federal'nogo okruga za period s 2010 po 2014 g od //
бирского федерального округа за период с 2010 по 2014 год // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т. 8. № 1. С. 89-93.
7. Ерениев С.И., Демченко В.Г., Плотникова О.В., Сафонов А.Д., Рудаков Н.В., Гордиенко Л.Н., Пономарева О.Г., Тархов А.Е. Санитарно-гигиенические и клинико-иммунологические аспекты профессионального бруцеллеза в современных условиях: монография, СПб., 2014.
8. Ефимова А.Р., Рудакова С.А., Дроздова О.М., Рудаков Н.В., Якименко В.В. Видовой состав переносчиков клещевых инфекций в Кемеровской области // Фундаментальная и клиническая медицина. 2017. Т. 2. № 2. С. 6-13.
9. Злобин В.И., Рудаков Н.В., Малов И.В. Клещевые трансмиссивные инфекции. М. : Наука, 2015.
10. Калачева Г.А., Пасечник О.А., Левахина Л.И., Матущенко Е.В. Эпидемические проявления ВИЧ-инфекции на территории Сибирского федерального округа: описательное исследование // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2015. Т. 7. № 3. С. 110-117.
11. Пеньевская Н.А. Оценка эффективности этиотропной профилактики инфекций, передающихся иксодовыми клещами: проблемы теории и практики. Омск, 2010.
12. Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В. Эффективность применения препаратов иммуноглобулина для постэкспозиционной профилактики клещевого энцефалита в России (обзор полувекового опыта) // Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2010. № 1. С. 53-59.
13. Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Рудакова С.А. Проблемные аспекты оценки эпидемиологической эффективности вакцинопрофилактики клещевого энцефалита // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018. Т. 17. № 5 (102). С. 78-88.
14. Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В. Оценка эффективности этиотропной профилактики инфекций, передающихся иксодовыми клещами: систематизация понятий и методологические особенности // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018. Т. 17. № 6 (103). С. 48-56.
15. Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В. Оценка эффективности профилактики клещевых трансмиссивных инфекций: проблемы теории и практики / Омский НИИ природно-очаговых инфекций. Омск, 2020.
16. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Грибенча С.В. Итоги изучения антигенного и генетического разнообразия вируса бешенства в популяциях наземных млекопитающих России // Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58. № 3. С. 9-16.
17. Полещук Е.М., Броневец А.Д., Сидоров Г.Н. Современные особенности эпидемиологии бешенства в России // Инфекционные болезни. 2016. Т. 14. № 1. С. 29-36.
18. Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Нашатырева Д.Н., Градобоева Е.А., Пакскина Н.Д., Попова И.В. Бешенство в Российской Федерации : Информ.-аналит. бюл. Омск, 2019.
VICH-infekciya i immunosupressii. 2016. T. 8. № 1. S. 89-93.
7. Ereniev S.I., Demchenko V.G., Plotni-kova
0.V., Safonov A.D., Rudakov N.V., Gordienko L.N., Ponomareva O.G., Tarhov A.E. Sanitar-no-gigienicheskie i kliniko-immunologicheskie aspekty professional'nogo brucelleza v sovremennyh usloviyah: monografiya, SPb., 2014.
8. Efimova A.R., Rudakova S.A., Drozdo-va O.M., Rudakov N.V., YAkimenko V.V. Vidovoj so-stav perenoschikov kleshchevyh infekcij v Kemerovskoj oblasti // Fundamental'naya i klinicheskaya medicina. 2017. T. 2. № 2. S. 6-13.
9. Zlobin V.I., Rudakov N.V., Malov I.V. Klesh-chevye transmissivnye infekcii. M. : Nauka, 2015.
10. Kalacheva G.A., Pasechnik O.A., Levahina L.I., Matushchenko E.V. Epidemicheskie pro-yavleniya VICH-infekcii na territorii Sibir-skogo federal'nogo okruga: opisatel'noe issledovanie // VICH-infekciya i immunosupressii. 2015. T. 7. № 3. S. 110-117.
11. Pen'evskaya N.A. Ocenka effektivnosti etio-tropnoj profilaktiki infekcij, peredayu-shchihsya iksodo-vymi kleshchami: problemy teorii i praktiki. Omsk, 2010.
12. Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V. Effek-tivnost' primeneniya preparatov immunoglobulina dlya postekspozicionnoj profilaktiki kleshchevogo encefalita v Rossii (obzor poluvekovogo opyta) // Medicinskaya parazitologiya i parazitarnye bolezni. 2010. № 1. S. 53-59.
13. Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V., Rudakova S.A. Problemnye aspekty ocenki epide-miologicheskoj effektivnosti vakcinoprofilaktiki kleshchevogo ence-falita // Epidemiologiya i vakcinoprofilaktika. 2018. T. 17. № 5 (102). S. 78-88.
14. Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V. Ocenka effektivnosti etiotropnoj profilaktiki in-fekcij, peredayushchihsya iksodovymi kleshchami: sistema-tizaciya ponyatij i metodologicheskie osobennosti // Epi-demiologiya i vakcinoprofilaktika. 2018. T. 17. № 6 (103). S. 48-56.
15. Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V. Ocenka effektivnosti profilaktiki kleshchevyh trans-missivnyh infekcij: problemy teorii i praktiki / Omskij NII prirodno-ochagovyh infekcij. Omsk, 2020.
16. Poleshchuk E.M., Sidorov G.N., Griben-cha S.V. Itogi izucheniya antigennogo i genetiche-skogo raznoobraziya virusa beshenstva v populya-ciyah nazemnyh mlekopitayushchih Rossii // Voprosy viruso-logii. 2013. T. 58. № 3. S. 9-16.
17. Poleshchuk E.M., Bronevec A.D., Sidorov G.N. Sovremennye osobennosti epidemiologii beshenstva v Rossii // Infekcionnye bolezni. 2016. T. 14. № 1. S. 29-36.
18. Poleshchuk E.M., Sidorov G.N., Nashatyreva D.N., Gradoboeva E.A., Pakskina N.D., Popova I.V. Beshenstvo v Rossijskoj Federacii : Inform.-analit. byul. Omsk, 2019.
19. Rudakov N.V., Shpynov S.N., Samojlenko
1.E., Yastrebov V.K., Obert A.S., Kurepina N.Yu. Rikketsii i rikketsiozy gruppy kleshchevoj pyatnistoj li-horadki v Sibiri. Omsk, 2012.
19. Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Самойленко И.Е., Ястребов В.К., Оберт А.С., Курепина Н.Ю. Рик-кетсии и риккетсиозы группы клещевой пятнистой лихорадки в Сибири. Омск, 2012.
20. Рудаков Н.В., Ястребов В.К., Рудакова С.А. Трансмиссивные клещевые инфекции в Российской Федерации // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2015. № 27 (27). С. 6-9.
21. Рудаков Н.В., Самойленко И.Е., Кумпан Л.В. Алгоритмы выявления риккетсий и лабораторной диагностики риккетсиозов группы клещевой пятнистой лихорадки в России // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015. Т. 14. № 2 (81). С. 6-9.
22. Рудаков Н.В., Самойленко И.Е., Решетникова Т.А. Проблемы лабораторной диагностики рик-кетсиозов группы клещевой пятнистой лихорадки в России // Клиническая лабораторная диагностика. 2015. Т. 60. № 1. С. 50-52.
23. Рудаков Н.В., Савельев Д.А., Андаев Е.И., Балахонов С.В., Крига А.С., Вайтович М.А., Летюшев А.Н., Щучинов Л.В., Щучинова Л.Д., Щербатов А.Ф., Кутькина Н.В., Старченкова Т.Е. Дифференциация энднмичных территорий по риску инфицирования населения возбудителями клещевых трансмиссивных инфекций как основа тактики их профилактики // Национальные приоритеты России. 2017. № 4 (26). С. 60-67.
24. Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Транквилев-ский Д.В., Пакскина Н.Д., Савельев Д.А., Самойленко И.Е., Решетникова Т.А., Кумпан Л.В., Пеньевская Н.А. Особенности эпидемической ситуации по сибирскому клещевому тифу и другим клещевым риккетсиозам в Российской Федерации, прогноз на 2019 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2019. № 1. С. 89-97.
25. Рудаков Н.В., Пеньевская Н.А., Савельев Д.А., Рудакова С.А., Штрек С.В., Андаев Е.И., Балахонов С.В. Дифференциация эндемичных территорий по уровням заболеваемости клещевыми трансмиссивными инфекциями как основа выбора стратегии и тактики профилактики // Здоровье населения и среда обитания. 2019. № 12 (321). С. 56-61.
26. Рудаков Н.В., Шпынов С.Н., Пеньевская Н.А., Блох А.И., Решетникова Т.А., Самойленко И.Е., Кумпан Л.В., Штрек С.В., Савельев Д.А., Абрамова Н.В., Транквилевский Д.В. Особенности эпидемической ситуации по клещевым риккетсиозам в Российской Федерации в 2010-2020 гг. и прогноз на 2021 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2021. № 1. С. 73-80.
27. Рудакова С.А., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Пакскина Н.Д., Савельев Д.А., Блох А.И. Интенсивность и тенденции развития эпидемического процесса иксодовых клещевых боррелиозов в Российской Федерации в 2002-2018 гг. и прогноз на 2019 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2019. № 2. С. 22-29.
28. Рудакова С.А., Теслова О.Е., Канешова Н.Е., Штрек С.В., Якименко В.В., Пеньевская Н.А. Геновидовое разнообразие боррелий в иксодовых клещах на территории юга Западной Сибири // Проблемы особо опасных инфекций. 2019. № 4. С. 92-96.
29. Сидоров Г.Н., Полещук Е.М., Сидорова Д.Г. Источники заражения людей бешенством в России за последние 5 веков // Здоровье населения и среда
20. Rudakov N.V., YAstrebov V.K., Rudako-va S.A. Transmissivnye kleshchevye infekcii v Rossijskoj Federacii // Dal'nevostochnyj zhurnal infekcionnoj patologii. 2015. № 27 (27). S. 6-9.
21. Rudakov N.V., Samojlenko I.E., Kumpan L.V. Algoritmy vyyavleniya rikketsij i la-boratornoj diagnostiki rikketsiozov gruppy kleshchevoj pyatnistoj lihoradki v Rossii // Epidemiologiya i vakcinoprofilakti-ka. 2015. T. 14. № 2 (81). S. 6-9.
22. Rudakov N.V., Samojlenko I.E., Re-shetnikova T.A. Problemy laboratornoj diagnostiki rikketsiozov gruppy kleshchevoj pyatnistoj lihoradki v Rossii // Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2015. T. 60. № 1. S. 50-52.
23. Rudakov N.V., Savel'ev D.A., Andaev E.I., Balahonov S.V., Kriga A.S., Vajtovich M.A., Letyushev A.N., Shchuchinov L.V., Shchuchinova L.D., Shcherbatov A.F., Kut'kina N.V., Starchenkova T.E. Differenciaciya endnmichnyh territorij po risku in-ficirovaniya naseleniya vozbuditelyami kleshchevyh transmissivnyh infekcij kak osnova taktiki ih profilakti-ki // Nacional'nye prioritety Rossii. 2017. № 4 (26). S. 60-67.
24. Rudakov N.V., Shpynov S.N., Trankvi-levskij D.V., Pakskina N.D., Savel'ev D.A., Samojlenko I.E., Reshetnikova T.A., Kumpan L.V., Pen'evskaya N.A. Osobennosti epidemicheskoj situacii po sibirskomu kleshchevomu tifu i dru-gim kleshchevym rikketsiozam v Rossijskoj Fede-racii, prognoz na 2019 g. // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2019. № 1. S. 89-97.
25. Rudakov N.V., Pen'evskaya N.A., Save-l'ev D.A., Rudakova S.A., Shtrek S.V., Andaev E.I., Balahonov S.V. Differenciaciya ende-michnyh territorij po urovnyam zabolevaemosti kleshchevymi transmis-sivnymi infekciyami kak osnova vybora strategii i taktiki profilak-tiki // Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2019. № 12 (321). S. 56-61.
26. Rudakov N.V., Shpynov S.N., Pen'evskaya N.A., Bloh A.I., Reshetnikova T.A., Samojlenko I.E., Kumpan L.V., Shtrek S.V., Savel'ev D.A., Abramova N.V., Trankvilevskij D.V. Oso-bennosti epidemicheskoj situacii po kleshchevym rikketsiozam v Rossijskoj Federacii v 2010-2020 gg. i prognoz na 2021 g. // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2021. № 1. S. 73-80.
27. Rudakova S.A., Pen'evskaya N.A., Rudakov N.V., Pakskina N.D., Savel'ev D.A., Bloh A.I. Inten-sivnost' i tendencii razvitiya epi-demicheskogo processa iksodovyh kleshchevyh borreliozov v Rossijskoj Federacii v 2002-2018 gg. i prognoz na 2019 g. // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2019. № 2. S. 22-29.
28. Rudakova S.A., Teslova O.E., Kaneshova N.E., Shtrek S.V., Yakimenko V.V., Pen'evskaya N.A. Genovidovoe raznoobrazie borrelij v i ksodovyh klesh-chah na territorii yuga Zapadnoj Sibiri // Problemy osobo opasnyh infekcij. 2019. № 4. S. 92-96.
29. Sidorov G.N., Poleshchuk E.M., Sidoro-va D.G. Istochniki zarazheniya lyudej beshenstvom v Rossii za poslednie 5 v ekov // Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2016. № 11 (284). S. 22-26.
30. Starostina O.Yu., Berezina E.S., Ro-manova S.N. Toksokaroz: sovremennoe sostoyanie problemy v
обитания. 2016. № 11 (284). С. 22-26.
30. Старостина О.Ю., Березина Е.С., Романова С.Н. Токсокароз: современное состояние проблемы в Российской Федерации. Сообщение 1: риск заражения населения токсокарозом на территории России // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015. Т. 14. № 2 (81). С. 13-18.
31. Якименко В.В., Малькова М.Г., Шпынов С.Н. Иксодовые клещи Западной Сибири: фауна, экология, основные методы исследования / Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; ФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций». Омск, 2013.
32. Dedkov V.G., Gridneva K.A., Bekova M.V., Shipulin G.A., Markelov M.L., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.I., Pogodina V.V., Yakimenko V.V. Prevalence of Kemerovo virus in Ixodid ticks from the Russian Federation // Ticks and Tick-borne Diseases. 2014. Т. 5. № 6. С. 651-655.
33. Dedkov V.G., Deviatkin A.A., Kuleshov K.V., Safonova M.V., Shipulin G.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Drexler J.F. Retrospective diagnosis of two rabies cases in human by high throughput sequencing. Journal of Clinical Virology. 2016. Т. 78. С. 74-81.
34. Dedkov V.G., Safonova M.V., Blinova E.A., Simonova E.G., Shipulin G.A., Deviatkin A.A., Poleshchuk Е.М., Sidorov G.N., Shchelkanov M.Y. Development and evaluation of a RT-QPCR assay for fast and sensitive rabies diagnosis. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2018. Т. 90. № 1. С. 18-25.
35. Devyatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Dedkov V.G., Tkachev S.E., Sidorov G.N., Karganova G.G., Galkina I.V., Shchelkanov M.Yu., Shipulin G.A. The phylodynamics of the rabies virus in the russian federation. PLoS ONE. 2017. Т. 12. № 2. С. e0171855.
36. Igolkina Y.P., Rar V.A., Tikunov A.Y., Epikhina T.I., Tikunova N.V., Yakimenko V.V., Malkova M.G., Tancev A.K. Genetic variability of Rickettsia spp. in Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia, Russia: identification of a new Can-didatus Rickettsia species. Infection, Genetics and Evolution. 2015. Т. 34. С. 88-93.
37. Karan L.S., Platonov A.E., Ciccozzi M., Presti A.L., Cella E., Rezza G., Yakimenko V.V., Zehender G. The deduced evolution history of Omsk hemorrhagic fever virus. Journal of Medical Virology. 2014. Т. 86. № 7. С. 1181-1187.
38. Poleshchuk E.M., Deviatkin A.A., Dedkov V.G., Shipulin G.A., Sidorov G.N., Ochkasova J.V., Hodjakova I.A., Schukina I.A., Savel'ev S.I., Golenskih A.G. Complete genome sequences of four virulent rabies virus strains isolated from rabid animals in Russia. Genome Announcements. 2013. Т. 1. № 3. С. e00140-13.
39. Rar V.A., Epikhina T.I., Tikunova N.V., Yakimenko V.V., Malkova M.G., Tancev A.K., Bondarenko E.I., Ivanov M.K. Genetic variability of Anaplasma phago-cytophilum in ticks and voles from Ixodes persulca-tus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia, Russia. Ticks and Tick-borne Diseases. 2014. Т. 5. № 6. С. 854-863.
Rossijskoj Federacii. Soobshchenie 1: risk zarazheniya naseleniya toksokarozom na territorii Rossii // Epidemi-ologiya i vakcinoprofilaktika. 2015. T. 14. № 2 (81). S. 13-18.
31. Yakimenko V.V., Mal'kova M.G., Shpy-nov S.N. Iksodovye kleshchi Zapadnoj Sibiri: fauna, ekologiya, osnovnye metody issledovaniya / Feder-al'naya sluzhba po nadzoru v sfere zashchity prav po-trebitelej i blagopoluchiya cheloveka; FBUN «Omskij nauchno-issledovatel'skij institut prirodno-ochagovyh infekcij». Omsk, 2013.
32. Dedkov V.G., Gridneva K.A., Bekova M.V., Shipulin G.A., Markelov M.L., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.I., Pogodina V.V., Yakimenko V.V. Prevalence of Kemerovo virus in Ixodid ticks from the Russian Federation // Ticks and Tick-borne Diseases. 2014. Т. 5. № 6. С. 651-655.
33. Dedkov V.G., Deviatkin A.A., Kuleshov K.V., Safonova M.V., Shipulin G.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Drexler J.F. Retrospective diagnosis of two rabies cases in human by high throughput sequencing. Journal of Clinical Virology. 2016. Т. 78. С. 74-81.
34. Dedkov V.G., Safonova M.V., Blinova E.A., Simonova E.G., Shipulin G.A., Deviatkin A.A., Poleshchuk Е.М., Sidorov G.N., Shchelkanov M.Y. Development and evaluation of a RT-QPCR assay for fast and sensitive rabies diagnosis. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2018. Т. 90. № 1. С. 18-25.
35. Devyatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Dedkov V.G., Tkachev S.E., Sidorov G.N., Karganova G.G., Galkina I.V., Shchelkanov M.Yu., Shipulin G.A. The phylodynamics of the rabies virus in the russian federation. PLoS ONE. 2017. Т. 12. № 2. С. e0171855.
36. Igolkina Y.P., Rar V.A., Tikunov A.Y., Epikhina T.I., Tikunova N.V., Yakimenko V.V., Malkova M.G., Tancev A.K. Genetic variability of Rickettsia spp. in Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia, Russia: identification of a new Can-didatus Rickettsia species. Infection, Genetics and Evolution. 2015. Т. 34. С. 88-93.
37. Karan L.S., Platonov A.E., Ciccozzi M., Presti A.L., Cella E., Rezza G., Yakimenko V.V., Zehender G. The deduced evolution history of Omsk hemorrhagic fever virus. Journal of Medical Virology. 2014. Т. 86. № 7. С. 1181-1187.
38. Poleshchuk E.M., Deviatkin A.A., Dedkov V.G., Shipulin G.A., Sidorov G.N., Ochkasova J.V., Hodjakova I.A., Schukina I.A., Savel'ev S.I., Golenskih A.G. Complete genome sequences of four virulent rabies virus strains isolated from rabid animals in Russia. Genome Announcements. 2013. Т. 1. № 3. С. e00140-13.
39. Rar V.A., Epikhina T.I., Tikunova N.V., Yakimenko V.V., Malkova M.G., Tancev A.K., Bondarenko E.I., Ivanov M.K. Genetic variability of Anaplasma phagocytophilum in ticks and voles from Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric areas from Western Siberia, Russia. Ticks and Tick-borne Diseases. 2014. Т. 5. № 6. С. 854-863.
40. Rar V., Yakimenko V., Makenov M., Tikunov A., Epikhina T., Tancev A., Bobrova O., Tikunova N. High prevalence of Babesia microti
40. Rar V., Yakimenko V., Makenov M., Tikunov A., Epikhina T., Tancev A., Bobrova O., Tikunova N. High prevalence of Babesia microti 'Munich' type in small mammals from an Ixodes persulcatus/Ixodes trianguliceps sympatric area in the Omsk region, Russia. Parasitology Research. 2016. T. 115. C. 3619.
41. Rudakov N., Samoylenko I., Shtrek S., Igolki-na Y., Rar V., Zhirakovskaia E. [et al.]. A fatal case of tick-borne rickettsiosis caused by mixed Rickettsia sibirica subsp. sibirica and "Candidatus Rickettsia tarasevichiae" infection in Russia. Ticks Tick Borne Dis. 2019; 10:101278. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2019.101278.
42. Shpynov S., Pozdnichenko N., Gumenuk A. Approach for classification and taxonomy within Rickett-siaceae based on the formal order analysis. Microbes and Infection. 2015. T. 17. № 11-12. C. 839-844.
'Munich' type in small mammals from an Ixodes persul-catus/Ixodes trianguliceps sympatric area in the Omsk region, Russia. Parasitology Research. 2016. T. 115. C. 3619.
41. Rudakov N., Samoylenko I., Shtrek S., Ig-olkina Y., Rar V., Zhirakovskaia E. [et al.]. A fatal case of tick-borne rickettsiosis caused by mixed Rickettsia sibirica subsp. sibirica and "Candidatus Rickettsia tarasevichiae" infection in Russia. Ticks Tick Borne Dis. 2019; 10:101278.
https://doi.org/10.10167j.ttbdis.2019.101278.
42. Shpynov S., Pozdnichenko N., Gumenuk A. Approach for classification and taxonomy within Rickett-siaceae based on the formal order analysis. Microbes and Infection. 2015. T. 17. № 11-12. C. 839-844.
Рудаков Николай Викторович - доктор медицинских наук профессор, директор института; e-mail: rickettsia@mail.ru; Пеньевская Наталья Александровна - доктор медицинских наук, заместитель директора по научной работе; Полещук Елена Михайловна - кандидат биологических наук, заведующий лабораторией экологии и эпидемиологии бешенства; Рудакова Светлана Анатольевна - доктор медицинских наук, заведующий лабораторией молекулярной диагностики с группой клещевых боррелиозов; Якименко Валерий Викторович - доктор биологических наук, заведующий лабораторией арбовирусных инфекций; Старостина Ольга Юрьевна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник группы паразитарных болезней; Тю-менцев Александр Тимофеевич - кандидат медицинских наук, руководитель Сибирского федерального окружного центра по профилактике и борьбе со СПИД; Шпынов Станислав Николаевич - доктор медицинских наук, главный научный сотрудник лаборатории зоонозных инфекций с группой клещевых риккетсиозов; Сидоров Геннадий Николаевич - доктор биологических наук, профессор, главный научный сотрудник лаборатории экологии и эпидемиологии бешенства; Березкина Галина Владимировна - кандидат медицинских наук, ведущий научный сотрудник лаборатории зоонозных инфекций с группой клещевых риккетсиозов; Штрек Сергей Владимирович - кандидат медицинских наук, заведующий лабораторией зоонозных инфекций отдела с группой клещевых риккетсиозов; ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребна-дзора.
УДК 616.98:578.833.2:57.08:061.62 Якименко В.В.
ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора, г. Омск, Россия
НАПРАВЛЕНИЯ И ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ ЛАБОРАТОРИИ АРБОВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ ОТДЕЛА ПОВИ ФБУН «ОМСКИЙ НИИ ПРИРОДНО-ОЧАГОВЫХ ИНФЕКЦИЙ» РОСПОТРЕБНАДЗОРА ЗА ПЕРИОД 2010-2020 гг.
В данном сообщении приводится характеристика направлений исследования и сформулированы основные результаты коллектива лаборатории арбовирусных инфекций Омского НИИ природно-очаговых инфекций за последние десять лет. Часть исследований осуществлялась в рамках сотрудничества с научно-исследовательскими организациями Роспотребнадзора (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, г. Москва), РАН
© Якименко В.В., 2021
