CC BY
104
УДК 504.064.36:574.21 +504.062:639.2.03(571.55)
ОПРЕДЕЛЕНИЕ ИНДИКАТОРНЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ ДЛЯ МОНИТОРИНГА ИНФЕКЦИОННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ РЫБ НА ПРИМЕРЕ PERCA FLUVIATILIS (ОЗЕРО АРАХЛЕЙ, ЗАБАЙКАЛЬСКИЙ КРАЙ)
© 2010 Е В. Суханова1, Е В. Дзюба1, Н.Н. Деникина1, И.Е. Михеев2, Е.Б. Матюгина2,
Н.Л. Белькова1,3
1 Лимнологический институт СО РАН, г. Иркутск 2 Институт природных ресурсов, экологии и криологии СО РАН, г. Чита 3 Иркутский государственный университет
Поступила в редакцию 29.04.2010
Многие микроорганизмы-возбудители инфекционных заболеваний рыб являются широко распространенными представителями микробиоценоза воды в естественных водоемах. Проявление их патогенно-сти для рыб связано с изменениями ряда параметров среды обитания и характеристик состояния рыбного населения. Молекулярно-генетические методы на основе полимеразной цепной реакции позволяют корректно определять состав микрофлоры, вызывающей и сопутствующей инфекционным заболеваниям рыб. Проведена молекулярно-генетическая идентификация инфекционных агентов, ставших причиной «аэромоноза» в популяции окуня Perca fluviatilis озера Арахлей (Забайкальский край) в 2009 году. Детектированы генотипы бактерий родов Aeromonas и Flavobacterium, а также представителей рода Saprolegnia, подтверждена комплексная этиология заболевания окуня. Предложены виды ключевых индикаторных микроорганизмов для мониторинга состояния среды обитания и инфекционных заболеваний рыб в озерах Забайкалья.
Ключевые слова: мониторинг бактериальных инфекций, индикаторные микроорганизмы, молекулярно-генетическая идентификация
Известно, что возникновение массовых инфекционных заболеваний в популяциях рыб является сложным процессом и требует наличия ряда взаимосвязанных звеньев: патогенного возбудителя, восприимчивого хозяина и конкретных условий окружающей среды, способствующих развитию эпизоотического процесса. Часто именно изменение факторов внешней среды служит «пусковым механизмом» эпизоотий [25]. Для оценки социального ущерба от изменения экологического состояния водоемов одной из ключевых групп являются сообщества водных микроорганизмов, а проведение мониторинга с использованием современных молекулярно-генетических методов оказывается перспективным и актуальным [6].
Суханова Елена Викторовна, аспирантка. Е-mail: [email protected]
Дзюба Елена Владимировна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник. E-mail: [email protected] Деникина Наталья Николаевна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник. E-mail: [email protected]
Михеев Игорь Евгеньевич, кандидат географических наук, старший научный сотрудник. E-mail: [email protected] Матюгина Евгения Борисовна, кандидат биологических наук, научный сотрудник. E-mail: [email protected] Белькова Наталья Леонидовна, кандидат биологических наук, доцент, старший научный сотрудник. E-mail: [email protected]
Характеристика конкретной экологической ситуации. Озеро Арахлей располагается на юге Витимского плоскогорья и принадлежит бассейну оз. Байкал. По уровню продукции органического вещества относится к мезотрофным водоемам [3]. В период с начала 90-х гг. в озере отмечены следующие изменения: значительное сокращение общей площади распространения водной растительности, ограничивающейся глубинами распространения нителлы до 6,0 м [1]; смена у юго-восточного берега формации мхов на чистую формацию зеленой нитчатой водоросли Cladophora aegagropila [9, 13]. Существенные изменения произошли и в зообентоцено-зах: сокращение зоны обитания фитофильных беспозвоночных и увеличение пелофильных [8, 11, 12]. Изменения структуры биоценозов озера Арахлей необходимо рассматривать в комплексе показателей, одним из которых является эвтро-фирование, вызванное природными и антропогенными факторами.
В арахлейской популяции окуня Perca fluviatilis в 2008 г. наблюдалась максимальная биомасса за последние 20 лет [14], а уже в 2009 г. отмечена вспышка аэромоноза окуня [15]. Региональной Госветслужбой Забайкальского края проведены соответствующие экспертизы рыб с подозрением на аэромоноз (ГУ «Забайкальская
краевая ветеринарная лаборатория» экспертизы от 07.04.2009 № 6897/329-334, от 23.04.2009 № 16992/380-386, от 25.03.2009 г. № 115 ФГУЗ «Читинская противочумная станция»).
Сведения о бактериальных инфекциях окуня ограничены, хотя ранее сообщалось о различных микроорганизмах, ассоциированных с этим видом [32, 38 и др.]. В целом инфекционные болезни рыб в естественных условиях регистрируются относительно редко, возможно, по причине быстрой гибели и природной утилизации больных особей [5]. Наиболее часто возбудителями инфекций являются патогенные штаммы бактерий, относящиеся к родам Aeromonas, Cytophaga, Pseudomonas, Vibrio и др. [4]. При этом один и тот же возбудитель может вызывать отличающиеся друг от друга патологические изменения у разных видов рыб и при разных условиях. Для некоторых изолированных штаммов отмечена избирательная патоген-ность по отношению к определенным видам рыб [33]. Каждый из штаммов может являться причиной заболевания самостоятельно, в ассоциациях друг с другом или другими микроорганизмами [5]. В свою очередь бактерии родов Aeromonas и Pseudomonas способствуют возникновению сходных клинических признаков заболеваний у многих видов рыб.
Ввиду комплексной этиологии инфекционных поражений внешних покровов рыб проведение идентификации микроорганизмов связано с рядом трудностей: 1) возбудители инфекций часто относятся к нормальной микрофлоре водных сообществ и патогенные виды могут успешно «маскироваться» сапрофитными формами этого же или близкого по физиолого-биохимическим свойствам рода; 2) для отдельных патогенных микроорганизмов доказана способность переходить в некультивируемое, но жизнеспособное состояние, при этом клетки сохраняют вирулентность; 3) для культивирования некоторых бактерий требуется значительное время. Определение и идентификация таких микроорганизмов возможно только молеку-лярно-генетическими методами на основе поли-меразной цепной реакции (ПЦР). В последнее время показано, что метод является более чувствительным и эффективным, причем использование мультиплексных ПЦР позволяет одновременно детектировать несколько целевых агентов [20, 32, 37]. Прямой анализ маркерных фрагментов геномов позволяет избегать проблем культивирования и неспецифической детекции, а также корректно и быстро выявлять целевые группы микроорганизмов в пробах биологического материала.
Микроорганизмы, вызывающие язвенные поражения внешних покровов рыб, являются широко распространенными и присутствуют в воде в обычном природном окружении. В нормальных условиях водные животные обладают
достаточной устойчивостью к заболеваниям. При изменении экологической ситуации в водоемах возникает риск развития бактериальных инфекций гидробионтов, поэтому определение ключевых индикаторных видов региональных патогенных агентов и разработка современных методов проведения их мониторинга является актуальной и важной научной задачей.
Цели настоящего исследования - моле-кулярно-генетическая идентификация микроорганизмов, вызвавших эпизоотию в популяции окуня озера Арахлей и определение ключевых индикаторных видов микроорганизмов для мониторинга состояния среды обитания гидробионтов.
Материалы и методы. В августе 2009 г. из озера Арахлей взяты 10 экз. окуня с язвенными проявлениями на внешних покровах. Рыб отлавливали жаберными сетями (ячея 12-70 мм). Соскобы с внешних покровов рыб фиксировали лизирующим раствором (наборы РИБО-сорб, ДНК-сорб, «АмплиСенс», Москва), проводили выделение ДНК по модифицированной методике, ПЦР - на консервативных бактериальных праймерах [2]. Для лигирования брали суммарные ампликоны и использовали набор GeneJET™ PCR Cloning Kit (Fermentas) и CaCh-компетентные клетки Escherichia coli (штамм XL-1) [36]. Анализировали все выросшие колонии. Определение нуклеотидных последовательностей осуществляли на приборе ABI 3130xl (Genetic Analyzer, США) в Межинститутском центре секвенирования ДНК (г. Новосибирск). Для сравнительного и филогенетического анализа данных, полученных нами и зарегистрированных в международной базе EMBL банка, использовали пакеты программ FASTA (http://www.ebi.ac.uk/fasta33), ClustalW и Mega v3.1.
Результаты и обсуждение. Доля рыб с язвенными поражениями в августе 2009 г. составляла около 50% от общего улова окуня. У рыб наблюдались кровоточащие язвы диаметром 0,61,5 см и ерошение чешуи по всему внешнему покрову. Молекулярно-генетический анализ со-скобов внешних покровов больных рыб выявил представителей родов Aeromonas (2 генотипа), Flavobacterium (1) и Saprolegnia (1), имеющих сходство с патогенными и условно патогенными микроорганизмами.
Представители рода Aeromonas являются широко распространенными эвригалинными эвритермными бактериями. Многие виды патогенны для позвоночных животных. Заболевания рыб, вызванные Aeromonas spp., в аквакультуре характеризуются высокой летальностью. Наиболее полно изучен «фурункулез» - системная болезнь лососевых рыб, вызываемая Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida [16]. Другие подвиды A. salmonicida вызывают системные и язвенные болезни у многих промысловых видов рыб [24]. Мезофильные аэромонады (A.
hydrophila, A. caviae и A. sobria), чаще всего поражают тепловодных прудовых рыб [35]. Клинические симптомы болезни представлены поражениями внешних покровов в хронических состояниях и септицемию (форма сепсиса, при которой наличие патогенных микроорганизмов в крови не сопровождается образованием очагов гнойного воспаления) в случаях острого заболевания.
Ранее заболевание и гибель окуня, вызванные бактериями рода Aeromonas, описаны в
1979 г. в альпийском озере во Франции [33]. От рыб с геморрагическими и язвенными клиническими симптомами был изолирован штамм A. hydrophila, патогенный для окуня и непатогенный для карпа и форели. Патогенный A. sobria явился причиной язвенной болезни окуня в ак-вакультуре [23]. В Швейцарии заболевания рыб, вызванные первичным инфекционным агентом A. sobria привели к значительным потерям европейского окуня P. fluviatilis в естественных водоемах [38].
81
t Aeromonas salmonicida subsp. sahn от cida CECT 894 (AY987751) - Aeromonas salmonicida subsp. реейпоlytica DSM 12609 '(AFI 34065) Клон Y я 1-6
-Aerom oms salm ome ida subsp. smitkia CCM 4 1 03 (AJ009859)
i A errom onas sal m omei da su bsp. masoucida JCM7873 (ABO 27542) Aerotnonas salmonicida subsp. ackromogenes NCIMB 11 101 (X60407) Aeromonas sobria NCIMB 12065т (X60412)
Aeronomas ßuvsalis С ЕСТ 740 1T (FJ230078)
f.
Aeromonas aüosaccharopkila CECT41991 (339232) i Aeromonas hydropMa CCM 7232T (DQ207728) Aeromonas kydropMa subsp. ranae LMG 19707т (AM26215 1) - Aeromonas trota ATCC 4 96 57т (X 60415) Aeromonas aquariorwn MDC47T (EU 08 5 557) Aeromonas hydrophila subsp. dhakensis LMG 19562T (AJ508765) Aeromonas ichthiosmia DSM 6393T (X71120) Клон Y я 1-3
Aeromonas veronii bv. veronii ATCC 35624 (X60414) Aerom onas schuhertii ATCC 4 370 01 (Xö 041 6)
-Aeromonas simiae IBS 56874T (AJ53682 1)
-Aeromonas sharmana GPTSA-6T (DQ01 3306)
ч
0.005
Рис. Бескорневое филогенетическое древо типовых штаммов Aeromonas и последовательностей, полученных из язвенных проявлений на внешних покровах окуня, построенное методом объединения ближайших соседей с использованием пакета программ Mega v3.1. Масштаб соответствует 5 заменам
на 1000 п.н. Цифрой указана бутстреп поддержка ветвления кластера типового штамма Aeromonas veronii, рассчитанная по 100 репликам. В скобках указаны номера последовательностей типовых штаммов в базе данных; последовательности, полученные в данной работе, выделены жирным шрифтом.
Мы определили 2 генотипа, имеющие среди ближайших родственников филогенетически удаленные патогенные штаммы аэромонад (см. рис.). Клон Ya1-6 близок A. salmonicida, т.к. его последовательность формирует общий кластер с последовательностями типовых штаммов Aeromonas этого вида, не смотря на отличия в консервативной области 730-752 п.н. (по 16S рДНК A. salmonicida subsp. pectinolytica DSM 12609T, AF134065). Это широко известные патогенные для рыб штаммы, которые вызывают системные и язвенные болезни у многих промысловых видов рыб. Последовательность Ya1-3 кластеризуется с типовыми штаммами Aeromonas
ichthiosmia DSM 6393T (X71120) и Aeromonas veronii bv. veronii ATCC 35624T (X60414). Эти штаммы признаны конспецифичными на основе полученных ранее молекулярных данных: филогенетического анализа по гену малой субъединицы РНК [17], ДНК-ДНК гибридизации [27] и результатов AFLP анализа [26]. Штамм A. veronii bv. veronii может вызывать геморрагическую септицемию у различных видов рыб [34]. Таким образом, полученные генотипы принадлежат видам аэромонад, мониторинг которых необходимо проводить регулярно для оценки состояния среды обитания водных организмов.
Представители рода Flavobacterium - известные этиологические агенты заболеваний «rainbow trout fry syndrome» (RTFS) и «bacterial cold water disease» (BCWD), вызывающие гибель лососевых Salmonidae [18] и аювых Plecoglossus altivelis [39] рыб в аквакультуре. F. psychrophilum первоначально определен как типичный патоген лососевидных рыб: заболевшие и мертвые рыбы в естественных условиях обитания являются источником распространения и заражения через водную среду обитания. В последнее время этот вид был выделен из воды, водорослей, экскрементов и органического детрита прудовых хозяйств. Кроме того, он отмечен у больных рыб как в аквакультуре: сазана Cypri-nus carpio, линя Tinca tinca, обыкновенного карася Carassius carassius, так и в природных популяциях речного угря Anguilla anguilla, закко Zacco platypus и лососевых [32]. Таким образом, существует несколько известных потенциальных резервуаров этой инфекции. Ранее F. psychrophilum культивировали [32] и определяли в ПЦР [28] у окуня в естественных водоемах, но предполагалось, что он является лишь носителем инфекции, т.к. на рыбах не регистрировали патологических проявлений. Активное развитие технологий культивирования окуня в некоторых странах послужило причиной возникновения пристального внимания к этому виду и его потенциальным патогенам. Появились сообщения о выделении и идентификации F. psychrophilum, связанного с некрозом тканей в области рта и со смертностью окуня в условиях аквакультуры [31]. Полученный нами генотип на проанализированном фрагменте гена 16S рРНК полностью совпадает с последовательностями разных штаммов F. psychrophilum. Следовательно, в данном контексте этот вид следует рассматривать как индикаторный и требующий дальнейшей разработки методов его определения и мониторинга.
Семейство Saprolegniaceae (Oomycetes)
включает широко распространенные микроскопические водные грибы, которые обычно ведут сапрофитный образ жизни на растениях и животном дебрисе [30]. Представители некоторых видов могут также быть патогенными для растений [29], рыб [21, 40] и ракообразных [22]. Большинство этих видов, принадлежащих родам Achlya, Dictyuchus и Saprolegnia, являются этиологическими агентами микозов рыб. Они являются условно-патогенными организмами, которые вызывают заболевание «сапролегниоз». Заболевание широко распространено в случаях слишком высокой плотности рыбного населения [19]. Сапролегниоз часто сопутствует ряду инфекций и инвазий, осложняя их у травмированных или ослабленных особей. При этом наиболее опасными являются представители комплекса видов S. diclina-S. parasitica, для которых
характерно образование вторичных кист и косвенное прорастание в здоровые ткани пораженных рыб. Нам удалось определить генотип, на исследованном участке не отличающийся от S. parasitica, что свидетельствует о существовании потенциальной угрозы массового поражения всего рыбного населения озера Арахлей и позволяет отнести этот вид к индикаторным микроорганизмам.
Следует отметить, что ранее гибель окуня с симптомами аэромоноза наблюдали и в других водоемах этого региона. Так, в 2004 г. в озере Шакша (Ивано-Арахлейские озера) в уловах были отмечены особи со схожими проявлениями на внешних покровах. Аналогичная ситуация в последние годы сложилась и в водоемах Республики Бурятия. В 2002-2003 гг. вспышка аэ-ромоноза зарегистрирована в озерах Еравно-Харгинской системы, в 2004 г. - в озере Гусином. Гибель окуня с похожими клиническими проявлениями описана в Чивыркуйском заливе озера Байкал и в Братском водохранилище [7, 10]. Очевидно, что возбудители аэромо-ноза присутствует в большинстве водоемов, а наличие или отсутствие гибели рыб и ее масштабы зависят в основном от факторов окружающей среды, влияющих на резистентность организма рыб, и сопутствующей микрофлоры. Мы определили комплексную этиологию этого заболевания и считаем, что все три агента Aero-monas, Flavobacterium и Saprolegnia являются ключевыми видами индикаторных микроорганизмов для мониторинга состояния среды обитания и инфекционных заболеваний рыб в озерах Забайкалья и республики Бурятия, основанного на современных, быстрых и эффективных методах.
Работа выполнена в рамках программы РАН № 26, подпрограммы 1, проект 26.13.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ:
1. Базарова, Б.Б. Структура и продуктивность растительности водных экосистем Восточного Забайкалья (на примере бассейна реки Хилок). Ав-тореф. дисс. канд. биол. наук. Улан-Удэ, 2003. -18 с.
2. Белькова, Н.Л. Введение в молекулярную экологию микроорганизмов: Учебно-методическое пособие / Н.Л. Белькова, А.М. Андреева. - Ярославль: Изд-во ООО «Принтхаус», 2009. - 91 с.
3. Бондарева, Е.И. Первичная продукция Ивано-Арахлейских озер / Е.И. Бондарева, Б.А. Шишкин // Зап. Заб. фил. Геогр. общ-ва СССР. - Чита, 1972. - Вып. 80. - С. 42-62.
4. Васильков, Г.В. Болезни рыб: Справочник. Под ред. В.С. Осетрова. 2-е изд. / Г.В. Васильков, Л.И. Грищенко, В.Г. Енгашев и др. - М.: Агро-промиздат, 1989. - 288 с.
5. Гаевская, А.В. Паразиты и болезни морских и океанических рыб в природных и искусственных условиях. - Севастополь: ЭКОСИ-Гидрофизика, 2004. - 237 с.
6. Дзюба, Е.В. Современные подходы и методология экологического мониторинга в условиях водоема и в аквакультуре / Е.В. Дзюба, Н.Л. Белькова, Н.В. Деникина и др. // Известия Самарского научного центра РАН. - 2009. - Т. 11, № 1. - С. 466-471.
7. Елизов, В. И. Аэромоноз в регионе Байкала // Биоразнообразие экосистем Внутренней Азии: Тез. Всеросс. конф. с межд. уч. - Улан-Удэ: БНЦ СО РАН, 2006. - Т. 2. - С. 151-154.
8. Итигилова, М.Ц. Современное состояние зоо-бентоса озера Арахлей (Забайкалье) / М.Ц. Итигилова, П.В. Матафонов // Проблемы воды и водных ресурсов на рубеже третьего тысячелетия: Материалы межд. конф. - Томск: Изд-во НТЛ, 2000. - С. 548-550.
9. Куклин, А.П. Фитопланктон, водоросли обрастаний и первичная продукция органического вещества // Ивано-Арахлейский заказник: природно-ресурсный потенциал. Чита: Поиск, 2002. - С. 80-84.
10. Купчинский, А.Б. Состояние ихтиофауны водохранилищ Ангары / А.Б. Купчинский, Е.С. Куп-чинская // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2006. -Т. 48, № 2. - С. 56-61.
11. Матафонов, П.В. Зообентос / П.В. Матафонов, Д.В., Матафонов // Ландшафтное и биологическое разнообразие бассейна реки Хилок: Опыт изучение и управления. - Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2002а. - С. 110-116.
12. Матафонов, П.В. Зообентос озера Арахлей / П.В. Матафонов, Д.В. Матафонов // Ивано-Арахлейский заказник: природно-ресурсный потенциал территории. - Чита: Поиск, 2002б. - С. 89-96.
13. Матафонов, П.В. Сообщества зообентоса водоросли Cladophora aegagropila в озере Арахлей / П.В. Матафонов, Д.В. Матафонов, А.П. Куклин // Озера холодных регионов: Материалы межд. конф. Ч. 2 - Якутск: изд-во Якутского ун-та, 2000. - С. 127-136.
14. Михеев, И.Е. Факторы риска для популяции окуня Perca fluviatilis (озеро Арахлей, Забайкальский край) / И.Е. Михеев, Е.Б. Матюгина // В печати.
15. Михеев, И.Е. Новые факторы риска для рыбных ресурсов в бассейне Верхнего Амура (Забайкалье) // Третьи Дружининские чтения: Комплексные исследования в бассейне реки Амур: Мат. науч. конф. - Хабаровск: ДВО РАН, 2009. - кн. 2.
- С. 225-228.
16. Austin, B. Progress in understanding the fish pathogen Aeromonas salmonicida // Trends in Biotechnology. - 1997. - V. 15. - P. 131-134.
17. Collins, M.D. Aeromonas enteropelogenes and Aeromonas ichthiosmia are identical to Aeromonas trota and Aeromonas veronii, respectively, as revealed by small-subunit rRNA sequence analysis / M.D. Collins, A.J. Martinez-Murcia, J. Cai // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1993. - V. 43. - P. 855-856.
18. Dalsgaard, I. Virulence mechanisms in Cytophaga psychrophila and other Cytophaga-like bacteria pathogenic for fish // Annu. Rev. Fish. Dis. - 1993.
- V. 1. - P. 127-144.
19. De Kinkelin, P. Précis de pathologie des poissons / P. De Kinkelin, C. Michel, P. Ghittino // Institut Na-
tional de la Recherche Agronomique - OIE, Paris, 1985. - 348 pp.
20. Del Cerro, A. Simultaneous detection of Aeromonas salmonicida, Flavobacterium psychrophilum, and Yersinia ruckeri, three major fish pathogens, by multiplex PCR / D. del Cerro, I. Marquez, J.A. Guijarro // Appl. Environ. Microbiol. - 2002. - V. 68. - P. 5177-5180.
21. Denis, A. Saprolegniales de poissons. Epidémiolo-gie, thérapie, biotaxonomie // Thèse. Université Sciences et Techniques du Languedoc, Montpellier, 1985. - 136 pp.
22. Dieguez-Uribeondo, J. Adaptation to parasitism of some animal pathogenic Saprolegniaceae. Universi-tatis Upsaliensis, Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology, 1995. - 83. ISBN 91-554-3527-0. -122 p.
23. Goldschmidt-Clermont, E. Identification of bacteria from the normal flora of perch, Perca fluviatilis L., and evaluation of their inhibitory potential towards Aeromonas species / E. Goldschmidt-Clermont, T. Wahli, J. Frey, S.E. Burr // J. Fish Dis. - 2008. - V. 31. - P. 353-359.
24. Gudmundsdottir, B.K. Infections by atypical strains of the bacterium Aeromonas salmonicida // Icel. Agr. Sci. - 1998. - V. 12. - P. 61-72.
25. Hastein, T. Bacterial vaccines for fish - an update of the current situation worldwide / T. Hastein, R. Gudding, O. Evensen // Dev. Biol. - 2005. - V. 121.
- P. 55-74.
26. Huys, G. High-resolution genotypic analysis of the genus Aeromonas by AFLP fingerprinting / G. Huys, R. Coopman, P. Janssen, K. Kersters // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1996 - V. 46. - P. 572-580.
27. Huys, G. New DNA-DNA hybridization and pheno-typic data on the species Aeromonas ichthiosmia and Aeromonas allosaccharophila: A. ichthiosmia Schubert et al. 1990 is a later synonym of A. veronii Hickman-Brenner et al. 1987 / G. Huys, P. Kampfer, J. Swings // Syst. Appl. Microbiol. - 2001. - V. 24. -P. 177-182.
28. Izumi, S. Detection and identification of Flavobacte-rium psychrophilum from gill washings and benthic diatoms by PCR-based sequencing analysis / S. Izumi, H. Fujii, F. Aranishi // J. Fish Dis. - 2005. -V. 28. - P. 559-564.
29. Larsson, M. Pathogenicity, morphology and isozyme variability among isolates of Aphanomyces spp. from weeds and various crop plants // Mycol. Res. -1994. - V. 98. - P. 231-240.
30. Liu, C. On the ecology of the Saprolegniaceae / C. Liu, P.A. Volz // Phytologica. - 1976. - V. 34. - P. 209-230.
31. Lonnstrom, L.-G. Flavobacterium psychrophilum associated with mortality of farmed perch, Perca fluviatilis L. / L.-G. Lonnstrom, M.L. Hoffren, T. Wiklund // J. Fish Dis. - 2008. - V. 31. - P. 793-797.
32. Madetoja, J. Occurrence of Flavobacterium psy-chrophilum in fish-farming environments / J. Made-toja, I. Dalsgaard, T. Wiklund // Dis. Aquatic Organ.
- 2002. - V. 52. - P. 109-118.
33. Michel, C. A bacterial disease of perch (Perca fluviatilis L.) in an alpine lake: isolation and preliminary study of the causative organism // J. Wildl. Dis. -1981. - V. 17. - P. 505-510.
34. Rahman, M. Identification and characterization of pathogenic Aeromonas veronii Biovar Sobria associated with epizootic ulcerative syndrome in fish in Bangladesh / M. Rahman, P. Colque-Navarro, I. Kühn et al. // Appl. Environ. Microbiol. - 2002, V. 68. - P. 650-655.
35. Roberts, R.J. Mycotic aspects of epizootic ulcerative syndrome (EUS) of Asian fishes / R.J. Roberts, L.G. Willoughby, S. Chinabut // J. Fish Dis. - 1993. - V. 16. - P. 169-183.
36. Sambrook, J. Molecular Coning. A laboratory Manual. Vol. 2 / J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis. - Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. - 345 pp.
37. Tiirola, M. Diagnosis of flavobacteriosis by direct amplification of rRNA genes / M. Tiirola, E.T. Val-tonen, P. Rintamaki-Kinnunen, M.S. Kulomaa // Dis. Aquatic Organ. - 2002. - V. 51. - P. 93-100.
38. Wahli, T. Aeromonas sobria, a causative agent of disease in farmed perch, Perca fluviatilis L. / T. Wahli, S.E. Burr, D. Pugovkin et ak. // J. Fish Dis. -2005. - V. 28. - P. 141-150.
39. Wakabayashi, H. A study on serotyping of Cyto-phaga psychrophila isolated from fishes in Japan / H. Wakabayashi, T. Toyama, T. Iida // Fish Pathol. -1994. - V. 29. - P. 101-104.
40. Willoughby, L.G. Saprolegnias of salmonid fish in Windermere: a critical analysis // J. Fish Dis. - 1978. - V. 1. - P. 51-67.
DEFINITION OF INDICATING MICROORGANISMS FOR MONITORING FISHES INFECTIOUS DISEASES ON THE EXAMPLE OF PERCA FLUVIATILIS (LAKE ARAHLEY, ZABAIKALSKIY KRAY)
© 2010 E.V. Suhanova1, E.V. Dzyuba1, N.N. Denikina1, I.E. Miheev2, E.B. Matyugina2,
N.L. Belkova1,3
1 Limnological Institute of SB RAS, Irkutsk 2 Institute of Natural Resources, Ecology and Cryology of SB RAS, Chita 3 Irkutsk State University
Many microorganisms-activators of fishes infectious diseases are eurysynusic representatives of water microbiocenosis in natural reservoirs. Exhibiting of their disease-inciting power for fishes is connected with changes of some parameters of inhabitancy and characteristics of the fish population state. Molecular-genetic methods on the basis of polymerase chain reaction allow to determine correctly a compound of microflora causing and accompanying infectious diseases of fishes. Molecular-genetic identification of the contagious agents who have become the reason of «aeromonosis» in the population of perch Perca fluviatilis in lake Arahley (Zabaikalskiy Kray) in 2009 is lead. Genotypes of bacteria of genuses Aeromonas and Flavobacterium are detected, and also representatives of genus Saprolegnia, is confirmed complex etiology of perch diseases. Kinds of main indicatory microorganisms for monitoring the state of inhabitancy and infectious diseases of fishes in lakes of Zabaikalye are offered.
Key words: bacterial infections monitoring, indicating microorganisms, molecular-genetic identification
Vera Sukhanova, Post-graduate Student. Е-mail: [email protected] Elena Dzyuba, Candidate of Biology, Senior Research Fellow. E-mail: [email protected]
Nataliya Denilina, Candidate of Biology, Senior Research Fellow. E-mail: [email protected]
Igor Miheev, Candidate of Geography, Senior Research Fellow. E-mail: [email protected]
Evgeniya Matyugina, Candidate of Biology, Research Fellow. E-mail: [email protected]
Nataliya Belkova, Candidate of Biology, Senior Research Fellow. E-mail: [email protected]
