CC BY
56
Р 53022.-2008 при нормальном распределении РИ должен быть рассчитан по формуле Х±1,96 SD [7, 8]. Выводы
1. РИ агрегации тромбоцитов составили с пептидом, активирующим рецептор тромбина, 815,2-1498,4 AU/мин, с арахидоновой кислотой - 660-1341 AU/мин, с аденозинди-фосфорной кислотой - 598-1120 AU/мин.
2. Установленные интервалы агрегации тромбоцитов могут быть использованы в качестве референсных в клинико-диагностической лаборатории ФГБУ «Федеральный центр сердечно-сосудистой хирургии» (Астрахань), так как они разработаны с учетом всех особенностей формирования ре-ференсных групп и стандартизацией всех этапов лабораторных исследований.
3. Приведенные нами интервалы агрегации тромбоцитов могут быть использованы как референсные в лабораториях Астраханской области при работе на аналогичных аналитических системах (автоматическом агрегометре Multiplate).
ЛИТЕРАТУРА (пп. 3, 8, 10-12 см. REFERENCES)
1. Баркаган З.С., Момот А.П. Диагностика и контролируемая терапия нарушений гемостаза. М.: Ньюдиамед; 2008.
2. Чарная М.А., Морозов Ю.А. Современные антиагрегантные препараты и их применение в клинике (обзор литературы). Кардиология и сердечно-сосудистая хирургия. 2009; 1: 34-40.
4. Вавилова Т.В. Гемостазиология в клинической практике: пособие для врачей. СПб.: Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. акад. И.П. Павлова; 2005.
5. Долгов В.В., Свирин В.П. Лабораторная диагностика нарушений гемостаза. Тверь: Триада; 2005.
6. Казакова М.С., Луговская С.А., Долгов В.В. Референсные значения показателей общего анализа крови взрослого работающего населения. Клиническая лабораторная диагностика. 2012; 5: 43-9.
7. ГОСТ Р 53022.3-2008. Технологии лабораторные клинические. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Правила оценки информативности лабораторных тестов. М.: ФГУП «Стандартинформ»; 2009.
9. Кишкун А.А. Руководство по лабораторным методам диагностики. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2007.
Поступила 01.08.15
REFERENCES
1. Barkagan Z.S., Momot A.P. Diagnostics and Controlled Therapy of Violations of a Hemostasis [Diagnostika i kontroliruemaya terapiya narusheniy gemostaza]. Moscow: N'yudiamed; 2008. (in Russian)
2. Charnaya M.A., Morozov Yu.A. Modern antiagregantny preparations and their application in clinic (the review of literature). Kardiologiya i serdechno-sosudistaya khirurgiya. 2009; 1: 34-40. (in Russian)
3. Siller J.M., Haberl K., Prillinger K., Panzer S., Lang I., Jilma B. The effect of antiplatet drugs clopidogrel and aspirin is less immediately after stent implantation. Thromb. Res. 2009; 123 (6): 874-80.
4. Vavilova T.V. Haemostasiologiya in Clinical Practice: a Grant for Doctors. [Gemostaziologiya v klinicheskoy praktike: posobie dlya vrachey]. St. Petersburg: Sankt-Peterburgskiy gosudarstvennyy meditsinskiy universitet im. akad. I.P. Pavlova; 2005. (in Russian)
5. Dolgov V.V., Svirin V.P. Laboratory Diagnostics of Violations of an Haemostasis. [Laboratornaya diagnostika narusheniy gemostaza]. Tver': Triada; 2005. (in Russian)
6. Kazakova M.S., Lugovskaya S.A., Dolgov V.V. Reference interval of indicators of the total blood analysis of the adult working population. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2012; 5: 43-9. (in Russian)
7. State Standard P 53022.3-2008. Technologies the laboratory clinical. Requirements to quality of clinical laboratory trials. Rules of an assessment of informational content of laboratory tests. Moscow: Federal State Unitary Enterprise Standartinform; 2009. (in Russian)
8. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Defining, Establishing, and Verifying Reference Intervals in the Clinical Laboratory, Approved Guideline - Third Edition. Wayne: CLSI; 2008: C28A3E.
9. Kishkun A.A. Guide to Laboratory Methods of Diagnostics [Rukovodstvo po laboratornym metodam diagnostiki]. Moscow: GEOTAR - Media; 2007. (in Russian)
10. Valarche V., Desconclois C., Boutekedjiret T., Dreyfus M., Proulle V. Multiplate whole blood impedance aggregometry: a new tool for von Willebrand disease. J. Thromb. Haemost. 2011; 9 (8): 1645-7.
11. Toth O., Calatzis A., Penz S., Losonczy H., Siess W. Multiple electrode aggregometry: A new device to measure platelet aggregation in whole blood. Thromb. Haemost. 2006; 96 (6): 781-8.
12. Johnson A., Dovlatova N., Heptinstall S. Multiple electrode aggregometry and P2Y (12) antagonists. Thromb. Haemost. 2008; 99 (6): 1127-9.
Received 01.08.15
микробиология
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2016 УДК 616.9-022-078.33
Антонов В.А., Викторов Д.В.
о совершенствовании средств иммунодиагностики инфекционных
болезней. проблемы диагностики iN ViVO и iN ViTRO
ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, 400131, Волгоград, Россия
В статье обсуждается ряд проблемных вопросов разработки эффективных средств иммунодиагностики инфекционных заболеваний бактериальной и микотической этиологии, связанных с подходами к выбору адекватных диагностических мишеней.
Ключевые слова: иммунодиагностика; инфекционные болезни; фазовые вариации.
Для цитирования: Клиническая лабораторная диагностика. 2016; 61 (1): 48-51.
Для корреспонденции: Антонов Валерий Алексеевич, vari2@sprint-v.com.ru For correspondence: Antonov V.A. vari2@sprint-v.com.ru
Antonov V.A., ViktorovD.V.
ON DEVELOPMENT OF TOOLS OF IMMUNE DIAGNOSTIC OF INFECTIOUS DISEASES: PROBLEMS OF DIAGNOSTIC IN VIVO AND IN VITRO
The Volgogradskii anti-plague research institute of Rospotrebnadzor, 400131 Volgograd, Russia
The article considers a number ofproblematic issues concerning development of effective means of immune diagnostic ofinfectious diseases of bacterial and mycotic etiology related to approaches of choosing appropriate diagnostic targets.
Keywords: immune diagnostic; infectious diseases; pha.se variations
Citation: Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika. 2016; 61 (1): 48-51. (in Russ.)
Аналитическая достоверность определяет качество лабораторных исследований. Не касаясь вопросов интерпретации и оценок достоверности результатов диагностических тестов, в данной статье мы хотели отразить лишь один из аспектов преаналитического этапа лабораторной диагностики инфекционных заболеваний.
Выбор адекватных диагностических мишеней остается одной из ключевых проблем конструирования средств иммунодиагностики инфекционных заболеваний. В идеале, диагностический тест, направленный на выявление специфических антигенов, должен идентифицировать штаммы (изо-ляты) того или иного возбудителя независимо от условий их культивирования, количества генераций, индивидуальных морфологических особенностей и различий в источниках полученных проб. Что касается иммуноаналитических средств, предназначенных для определения уровня (титра) специфических антител, то и они должны обладать «видоспецифич-ностью» - регистрировать уровень иммунного ответа именно к определенному возбудителю и не обладать перекрестной реактивностью.
Способность генерировать структурное разнообразие поверхностных молекул является особенностью многих микробных патогенов, что, в свою очередь, способствует колонизации ими новых экологических ниш, адаптации к изменению условий окружающей среды, а также выживанию в конкурентных отношениях с другими организмами и защите от действия различных антимикробных соединений.
Общеизвестны факты изменения различных фенотипи-ческих свойств, а также снижения вирулентности штаммов патогенных микроорганизмов при их длительном культивировании на искусственных питательных средах. Известен и противоположный эффект - увеличение вирулентности микробов при пассажах in vivo. Многими авторами показан более высокий уровень геномных и фенотипических изменений, обнаруживаемых при пассажах микроорганизмов in vivo, в сравнении с культивированием in vitro [10, 26, 31]. Технологии изучения экспрессии генов микроорганизмов в различных экологических нишах, в том числе in vivo, достаточно полно представлены [25]. Факторы, влияющие на дифференциальную экспрессию генов, опосредующую фазовую и антигенную вариабельность микроорганизмов, чрезвычайно разнообразны [8, 13, 14, 24, 26, 27].
Фазовыми вариациями называются обратимые переключения экспрессии поверхностных биополимеров микробной клетки (белков или полисахаридов), которые происходят с гораздо большей скоростью, чем средняя скорость мутаций в геноме. Как правило, подобные модификации сопровождаются изменениями антигенной структуры микроорганизмов (антигенные фазовые вариации), что позволяет им избегать воздействия иммунной системы организма, например, мимикрируя под его собственные антигены [31].
Считалось, что фазовые и антигенные вариации, носят случайный характер. В последнее время накопилось достаточно информации, свидетельствующей о том, что ведущая роль в контроле данных процессов принадлежит факторам внешней среды. Предположительно это более значимо для бактериальных видов с широкой экологической пластичностью и неклональной структурой популяций, например, возбудителя мелиоидоза [11, 29], однако и у высококлональных,
генетически мономорфных видов, таких как Yersinia pestis [5], Burkholderia mallei [6, 11], Salmonella enterica serovar Typhi [15], Bacillus anthracis [32], патогенных микобактерий - Mycobacterium leprae [19], Mycobacterium ulcerans [9], Mycobacterium tuberculosis complex [30], фазовые и антигенные вариации в значительной мере формируют адаптационный потенциал вида, а сопровождающие их изменения поверхностных клеточных структур имеют принципиальное диагностическое значение.
Весьма интересны в этом отношении фазовые изменения возбудителей особо опасных микозов, вызывающих системные инфекционные заболевания (гистоплазмоз, бластомикоз, кокцидиоидомикоз, паракокцидиоидомикоз). Эти возбудители принадлежат к группе диморфных грибов, находящихся во внешней среде в мицелиальной форме, а в организме человека и животных - в тканевой или дрожжеподобной [4]. Естественно, что антигенная структура (и соответствующие эпитопы, к которым вырабатываются специфические антитела) у данных микромицетов будет отличаться в зависимости от фазового состояния. Известно, что поверхностные биополимеры микромицетов, в том числе и возбудителей глубоких микозов, являются слабыми иммуногенами. Как следствие, антитела при соответствующих инфекциях вырабатываются в низких титрах, а детекция их уровня имеет диагностическое значение лишь вне эндемических регионов. Методы серодиагностики глубоких микозов, основанные на обнаружении антигенов, в ряде случаев могут быть более информативными, чем методы, использующие обнаружение антител. Наличие общих антигенов у различных таксономических групп микромицетов также определяет сложность серологической диагностики микозов. Ложноположительные результаты серологических реакций возможны при миконосительстве и у здоровых людей, сенсибилизированных антигенами грибов, тогда как отрицательные результаты тестов могут наблюдаться у иммунодефицитных больных даже на фоне протекающего инвазивного микоза [3, 4, 16, 23].
Относительно низкая чувствительность и специфичность стандартно используемых в диагностике опасных микозов иммунодиагностических тестов обусловлена и комплексом причин технологического характера - в большинстве случаев разработанные диагностические средства основаны на использовании антигенных комплексов ультразвуковых дез-интегратов клеток, либо частично очищенных антигенов ми-целиальной фазы [16]. По этой причине в настоящее время многие исследователи сконцентрировали свое внимание на получении иммунодоминантных антигенов паразитарной фазы (тканевых или дрожжеподобных форм) данных микро-мицетов с целью создания иммунодиагностических препаратов [3, 4].
Аналогичные проблемы наблюдаются и в области разработки средств серологической диагностики инфекций, вызываемых бактериями. У многих грамотрицательных микроорганизмов, для которых основным специфическим антигеном является липополисахарид (ЛПС), антигенные фазовые вариации затрагивают в первую очередь именно этот бактериальный биополимер.
Сравнительное изучение специфичности антител в сыворотках крови людей после туляремийной инфекции и иммунизации живой туляремийной вакциной продемонстрировало,
что сыворотки больных ей содержат иммуноглобулины, специфичные как антигенным эпитопам ЛПС F. tularensis, так и эпи-топам ЛПС F tularensis subsp. novicida, что обусловлено фазовыми вариациями антигенной структуры ЛПС туляремийного микроба в организме относительно резистентных хозяев и появлением в структуре ЛПС F. tularensis антигенных эпитопов, характерных для ЛПС слабопатогенного подвида [1, 2]. Именно живые микробы F. tularensis и F. novicida-like вызывают в организме более выраженный ЛПС-специфический антительный ответ, тогда как инактивированные клетки франциселл индуцируют in vivo образование анти-ЛПС-иммуноглобулинов в 8-16 раз меньших титрах [1]. На сегодняшний день идентифицированы гены туляремийного микроба (flmF2 и flmK), ответственные за модификации липидной части ЛПС при фазовых вариациях. Снижение уровня экспрессии данных детерминант при длительном культивировании in vitro может приводить к образованию вариантов F. tularensis со сниженной иммуноген-ностью ЛПС [28].
Происходящие в процессе внутриклеточного паразити-рования фазовые вариации L. pneumophila сопровождаются антигенными изменениями, вызываемыми структурными модификациями ЛПС [18]. N-метилирование антигенных эпитопов липополисахарида легионелл в процессе фазовой изменчивости существенным образом сказывается на эффективности детекции клеток возбудителя с использованием ЛПС-специфичных моноклональных антител [2].
Локус vlsE Borrelia burgdorferi, кодирующий липопро-теин - основной иммуноген клеточной поверхности возбудителя Лайм-боррелиоза, является другим примером системы детерминации фазовой антигенной вариабельности [22]. Многочисленные рекомбинационные события между активным локусом vlsE и его нефункциональными копиями, наблюдающиеся в ходе инфекционного процесса, приводят к генерации новых аллелей гена и, как следствие, продукции поверхностного липопротеина с измененной эпитопной структурой, тогда как при культивировании in vitro рекомбинационная активность vlsE практически не регистрируется. Безуспешными оказались попытки индуцировать рекомбинацию vlsE гена у боррелий ex vivo, также не удалось обнаружить фазовые антигенные вариации боррелий при культивировании in vitro в течение 28-84 дней, при разведении в организме переносчиков инфекции и при трансплантации возбудителя в камерах для диализа в организм хозяина [33].
При создании иммунодиагностических препаратов ориентируются на два критерия - специфичность и чувствительность. При этом чувствительность современных иммунодиагностических тест-систем начинается от концентрации 104 микробных клеток на 1 мл (м.к./мл). В различных инструкциях по их применению приводятся несколько более высокие цифры, вплоть до 102 м.к./мл, однако в лабораторной практике такие цифры попадают или в пограничные значения, или не встречаются вовсе, т. е. полученные результаты не соответствуют заявленным в технической документации производителя. Если специфичность - качественный показатель диагностической тест-системы, отражающей особенность в отношении рода, вида, штамма, клона микроорганизма, то чувствительность - ее количественная характеристика, которая прежде всего зависит от количества специфических антигенных эпитопов, выявляемых антителами в анализируемой пробе.
Некоторый положительный эффект в отношении повышения чувствительности иммунодиагностического теста может дать предварительная дезинтеграция анализируемого материала. При использовании моноклональных антител, направленных на выявление ЛПС B. mallei, более эффективно выявлялись лизированные клетки возбудителя сапа в сравнении с интактными, не исключено, что данный эффект обусловлен «деэкранизацией» специфических эпитопов ЛПС при лизисе клеток [34].
Более многообещающей в плане повышения чувстви-
тельности и специфичности, на наш взгляд, является стратегия разработки средств иммунодиагностики, основанная на выборе в качестве диагностических мишеней биополимеров микроорганизма, экспрессирующихся в ходе инфекционного процесса.
Анализ эффективности различных иммунодиагностических тест-систем для обнаружения B. pseudomallei и B. mallei, проводимый специалистами Референс-центра по мониторингу за возбудителями сапа и мелиоидоза на базе ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, демонстрирует, например, что чувствительность препаратов для выявления патогенных буркхольдерий методом флуоресцирующих антител увеличивается после пассажа исследуемых бактериальных культур in vivo.
Технологии направленного выбора потенциальных кан-дидатных биополимеров бактериальных клеток для создания иммунодиагностических систем и конструирования компонентных средств иммунопрофилактики в настоящее время с успехом развиваются применительно к ряду бактерий. Следует упомянуть работы по идентификации протектив-ных, иммунодоминантных поверхностных белков Neisseria meningitidis и ряда других патогенных грамотрицательных бактерий [7, 20]. Эти современные методологии скрининга потенциальных диагностических мишеней включают в себя этапы биоинформационного in silico поиска биополимеров требуемой специфичности, их экспериментальной верификации методами транскриптомики и протеомики, клонирования их кодирующих последовательностей и получения рекомбинантных продуктов, удобных для быстрого и безопасного накопления целевых биомолекул-мишеней высокой степени очистки. Исследования такого рода стали возможны лишь при условии наличия достаточных сведений о генетической структуре того или иного вида бактерий и данных секвенирования его генома.
Анализ дифференциально экспрессирующихся последовательностей геномов патогенных микроорганизмов в условиях культивирования на искусственных питательных средах и при паразитировании в организме хозяина также является эффективным инструментом скрининга потенциальных диагностических мишеней. Например, при анализе экспрессии генов B. mallei выявлены группы генов с пониженной и повышенной экспрессией in vivo. Гены с повышенной экспрессией in vivo (более 300) детерминировали функции инфицирования и выживания в хозяине (усвоения и транспорта железа, резистентности к токсинам, анаэробного дыхания, капсулообразования, гемолиза, секреторного аппарата III типа и ряд других) [17].
Не менее эффективен методологический подход, основанный на технологии InMAD (In vivo Microbial Antigen Discovery) - генерации библиотек антител к бактериальным антигенам, обнаруживаемым в сыворотке крови инфицированных животных. С использованием данного подхода идентифицированы многочисленные видоспецифические антигены B. pseudomallei и F. tularensis (протеины, капсульные полисахариды, липополисахариды) [21].
По нашему мнению, необходимость изменения алгоритмов создания иммунодиагностических препаратов для выявления микроорганизмов в пробах клинического материала (антительные диагностикумы) или маркеров инфекции (антигенные диагностикумы) вполне очевидна и определяется существенными количественными и качественными различиями в экспрессии антигенов многими патогенами in vivo и in vitro. Логично предположить, что использование в качестве диагностических мишеней биополимеров микроорганизмов, преимущественно экс-прессирующихся in vivo, в ходе инфекционного процесса позволит существенным образом увеличить чувствительность иммунодиагностических средств, направленных на выявление возбудителей (либо специфических антител) в клиническом материале.
ЛИТЕРАТУРА (пп. 5-34 см. REFERENCES)
1. Аронова Н.В., Павлович Н.В. Фазовые вариации липополисаха-рида Francisella tularensis при инфекции и иммунизации человека. Журнал микробиологии эпидемиологии и иммунобиологии. 2005; 4: 8-12.
2. Книрель Ю.А. Российско-немецкий семинар по липополисаха-ридам бактериальных патогенов человека. Вестник Российского фонда фундаментальных исследований. 2003; 1: 1-6.
3. Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., ред. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. М.: Шико; 2009.
4. Малеев В.В., ред. Особо опасные микозы. Волгоград: Волга-Паблишер; 2013.
Поступила 20.11.15
REFERENCES
1. Aronova N.V., Pavlovich N.V. Phase variation LPS Francisella tularensis infection and immunization with the man. Zhurnal mikrobi-ologii, epidemiologii i immunobiologii. 2005; 4: 8-12. (in Russian)
2. Knirel' Yu.A. Russian-German workshop on lipopolysaccharide bacterial human pathogens. Vestnik Rossiyskogo fonda fundamental'nykh issledovaniy. 2003; 1: 1-6. (in Russian)
3. Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., eds. Laboratory Diagnosis of Infectious Diseases: A Practical Guide. [Laboratornaya diagnos-tika opasnykh infektsionnykh bolezney: Prakticheskoe rukovodstvo]. Moscow: Shiko; 2009. (in Russian)
4. Maleev V.V., ed. Particularly Dangerous Fungal Infections. [Osobo opasnye mikozy]. Volgograd: Volga-Pablisher; 2013. (in Russian)
5. Achtman M., Zurth K., Morelli G., Torrea G., Guiyoule A., Carniel E. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999; 96 (24): 14 043-8.
6. Antonov V., Tkachenko G., Altukhova V., Savchenko S., Zinchenko O., Viktorov D. et al. Molecular identification and typing of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei: when is enough enough? Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2008; 102 (Suppl. 1): S134-9.
7. Davies M.N., Flower D.R. Harnessing bioinformatics to discover new vaccines. Drug Discov. Today. 2007; 12 (9-10): 389-95.
8. Deitsch К., Lukehart S., Stringer J. Common strategies for antigenic variation by bacterial, fungal and protozoan pathogens. Nat. Rev. Mi-crobiol. 2009; 7: 493-503.
9. Demangel C., Stinear T., Cole S. Buruli ulcer: reductive evolution enhances pathogenicity of Mycobacterium ulcerans. Nat. Rev. Microbiol. 2009; 7: 50-60.
10. Forche A., Magee P., Selmecki A., Berman J., May G. Evolution in Candida albicans populations during a single passage through a mouse host. Genetics. 2009; 182 (3): 799-811.
11. Godoy D., Randle G., Simpson A.J., Aanensen D.M., Pitt T.L., Kinoshita R. et al. Multilocus sequence typing and evolutionary relationships among the causative agents of melioidosis and glanders, Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei. J. Clin. Microbiol. 2003; 41 (5): 2068-79.
12. Harrison O.B., Robertson B.D., Faust S.N., Jepson M.A., Goldin R.D., Levin M. et al. Analysis of pathogen-host cell interactions in purpura fulminans: expression of capsule, type IV pili, and PorA by Neisseria meningitidis in vivo. Infect. Immun. 2002; 70 (9): 5193201.
13. Hayden H., Lim R., Brittnacher M., Sims E., Ramage E., Fong C. et al. Evolution of Burkholderia pseudomallei in recurrent melioidosis. PLoS One. 2012; 7 (5): e36507.
14. Hogardt M., Heesemann J. Adaptation of Pseudomonas aeruginosa during persistence in the cystic fibrosis lung. Int. J. Med. Microbiol. 2010; 300 (8): 557-62.
15. Holt K.E., Parkhill J., Mazzoni C.J., Roumagnac P., Weill F.X., Goodhead I. et al. Highthroughput sequencing provides insights into
genome variation and evolution in Salmonella Typhi. Nat. Genet. 2008; 40 (8): 987-93.
16. Huppert M., Adler J.P., Rice E.N., Sun S.N. Common antigens among systemic disease fungi analyzed by two-dimensional immunoelectrophoresis. Infect. Immun. 1979; 23 (2): 479-85.
17. Kim H.S., Schell M.A., Yu Y., Ulrich R.L., Sarria S.H., Nierman W.C. et al. Bacterial genome adaptation to niches: divergence of the potential virulence genes in three Burkholderia species of different survival strategies. BMC Genomics. 2005; 6: 174.
18. Lüneberg E., Zähringer U., Knirel Y., Steinmann D., Hartmann M., Steinmetz I. et al. Phase-variable expression of lipopolysaccharide contributes to the virulence of Legionella pneumophila. J. Exp. Med. 1998; 188 (1): 49-60.
19. Monot M., Honore N., Garnier T., Araoz R., Coppee J.Y., Lacroix C. et al. On the origin of leprosy. Science. 2005; 308 (5724): 1040-2.
20. Mora M., Donati C., Medini D., Covacci A., Rappuoli R. Microbial genomes and vaccine design: refinements to the classical reverse vaccinology approach. Curr. Opin. Microbiol. 2006; 9: 532-6.
21. Nuti D.E., Crump R.B., Handayani F., Chantratita N., Peacock S.J., Bowen R. et al. Identification of circulating bacterial antigens by in vivo microbial antigen discovery. MBio. 2011; 2 (4): e00136-11.
22. Ohnishi J., Schneider B., Messer W., Piesman J., de Silva A. M. Genetic variation at the vlsE locus of Borrelia burgdorferi within ticks and mice over the course of a single transmission cycle. J. Bacteriol. 2003; 185 (15): 4432-41.
23. Pappagianis D. Serologic studies in coccidioidomycosis. Semin. Respir. Infect. 2001; 16 (4): 242-50.
24. Hornstra H., Limmathurotsakul D., Max T., Sarovich D., Vogler A. et al. Within-host evolution of Burkholderia pseudomallei in four cases of acute melioidosis. PLoSPathog. 2010; 6 (1): e1000725.
25. Rediers H., Rainey P.B., Vanderleyden J., De Mot R. Unraveling the secret lives of bacteria: use of in vivo expression technology and differential fluorescence induction promoter traps as tools for exploring niche-specific gne expression. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005; 69 (2): 217-61.
26. Romero C., Deshazer D., Feldblyum T., Ravel J., Woods D., Kim H. et al. Genome sequence alterations detected upon passage of Burkholderia mallei ATCC 23344 in culture and in mammalian hosts. BMC Genomics. 2006; 7: 228.
27. Smith E., Buckley D., Wu Z., Saenphimmachak C., Hoffman L., D'Argenio D. et al. Genetic adaptation by Pseudomonas aeruginosa to the airways of cystic fibrosis patients. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006; 103 (22): 8487-92.
28. Soni S., Ernst R.K., Muszynski A., Mohapatra N.P., Perry M.B., Vinogradov E. et al. Francisella tularensis blue-gray phase variation involves structural modifications of lipopolysaccharide O-antigen, core and lipid A and affects intramacrophage survival and vaccine efficacy. Front. microbiol. 2010; 1: 129.
29. Spratt B.G. Exploring the concept of clonality in bacteria. Methods Mol. Biol. 2004; 266: 323-52.
30. Sreevatsan S., Pan X., Stockbauer K.E., Connell N.D., Kreiswirth B.N., Whittam T.S. et al. Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates evolutionarily recent global dissemination. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997; 94 (18): 9869-74.
31. Van der Woude M.W., Baumler A.J. Phase and antigenic variation in bacteria. Clin. Microbiol. Rev. 2004; 17 (3): 581-611.
32. Van Ert M.N., Easterday W.R., Huynh L.Y., Okinaka R.T., Hugh-Jones M.E., Ravel J. et al. Global genetic population structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2007; 2 (5): e461.
33. Zhang J.R., Norris S.J. Kinetics and in vivo induction of genetic variation of vlsE in Borrelia burgdorferi. Infect. Immun. 1998; 66 (8): 3689-97.
34. Zhang S., Feng S.H., Li B., Kim H.Y., Rodriguez J., Tsai S. et al. In Vitro and In Vivo studies of monoclonal antibodies with prominent bactericidal activity against Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei. Clin. Vaccine Immunol. 2011; 18 (5): 825-34.
