Научная статья на тему 'Мультилокусное секвенирование токсигенных штаммов Corynebacterium diphtheriae, выделенных в России в 2002 - 2012 гг'

Мультилокусное секвенирование токсигенных штаммов Corynebacterium diphtheriae, выделенных в России в 2002 - 2012 гг Текст научной статьи по специальности «Ветеринарные науки»

CC BY
42
13
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE / СЕКВЕНИРОВАНИЕ / МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ ДНК / SEQUENCING / MULTILOCUS DNA SEQUENCING

Аннотация научной статьи по ветеринарным наукам, автор научной работы — Борисова О.Ю., Мазурова И.К., Чагина И.А., Пименова А.С., Донских Е.Е.

Цель. Характеристика современных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России, с помощью мультилокусного секвенирования ДНК (MLST). Материалы и методы. Изучено 28 токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России в 2002-2012 гг. и присланных в референс-центр по дифтерии и коклюшу МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского. Генотипирование штаммов С. diphtheriae с помощью MLST проводили на основе секвенирования фрагментов генов atpA, dnaE, dnaK, fusA, leuA, odhA и rpoB. Идентификацию аллелей и ST осуществляли согласно EMBL/GenBank и PubMLST, для кластерного анализа использовали eBurst подход. Результаты. С помощью MLST охарактеризованы современные токсигенные штаммы C.diphtheriae, выделенные в России в 2002-2012 гг. Идентифицировано 8 генотипов (ST41, ST5, ST8, ST28, ST25, ST44, ST-new1 и ST-new2), доминирующими среди которых были три ST8, ST28 и ST-new1. Большинство токсигенных штаммов принадлежат к биовару gravis и ST8. Среди штаммов биовара mitis отмечается большая гетерогенность по принадлежности к ST, но с преимущественным преобладанием штаммов ST28. Заключение. Использование MLST позволило охарактеризовать современную циркулирующую популяцию токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России, и показало перспективность применения этого метода для характеристики популяции возбудителя дифтерии и выявления эпидемически значимых штаммов, а также сопоставления их с генетической структурой зарубежных штаммов.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по ветеринарным наукам , автор научной работы — Борисова О.Ю., Мазурова И.К., Чагина И.А., Пименова А.С., Донских Е.Е.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

MULTILOCUS SEQUENCING OF CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE STRAINS ISOLATED IN RUSSIA IN 2002 - 2012

Aim. Characterization of contemporary С. diphtheriae strains isolated in Russia by using multilocus DNA sequencing (MLST). Materials and methods. 28 toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia in 2002-2012 and sent to diphtheria and pertussis reference center of Gabrichevsky Research Institute of Epidemiology and Microbiology were studied. С. diphtheriae strain genotyp-ing was performed by using MLST based on atpA, dnaE, dnaK, fusA, leuA, odhA and rpoB gene fragments. Identification of alleles and ST was carried out according to EMBL/GenBank and PubMLST, eBurst approach was used for cluster analysis. Results. By using MLST contemporary toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia in 2002-2012 were characterized. 8 genotypes (ST41, ST5, ST8, ST28, ST25, ST44, ST-new1 and ST-new2) were identified, 3 among them were dominating ST8, ST28 and ST-new1. Most of the toxigenic strains belong to biovar gravis and ST8. Among biovar mitis strains a higher heterogeneity by ST membership was noted, but with prevalence of ST28 strains. Conclusion. Use of MLST allowed to characterize contemporary circulating population of toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia and showed perspective of application of this method for characterization of diphtheria causative agent population and detection of epidemically significant strains, as well as juxtaposing of them with genetic structure of foreign strains.

Текст научной работы на тему «Мультилокусное секвенирование токсигенных штаммов Corynebacterium diphtheriae, выделенных в России в 2002 - 2012 гг»

МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ

© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013

О.Ю.Борисова1, И.К.Мазурова1, И.А.Чагина1, А.С.Пименова1, Е.Е.Донских2, В.А.Алешкин1

МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ ТОКСИГЕННЫХ ШТАММОВ CORYNE-BACTERIUM DIPHTHERIAE, ВЫДЕЛЕННЫХ В РОССИИ В 2002 - 2012 ГГ.

Московский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского, 2Российский научно-исследовательский медицинский университет им. Н.И.Пирогова, Москва

Цель. Характеристика современных штаммов Cdiphtheriae, выделенных в России, с помощью мультилокусного секвенирования ДНК (MLST). Материалы и методы. Изучено 28 токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России в 2002 — 2012 гг. и присланных в референс-центр по дифтерии и коклюшу МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского. Генотипирование штаммов С. diphtheriae с помощью MLST проводили на основе секве-нирования фрагментов генов atpA, dnaE, dnaK , fusA, leuA, odhA и rpoB. Идентификацию аллелей и ST осуществляли согласно EMBL/GenBank и PubMLST, для кластерного анализа использовали eBurst подход. Результаты. С помощью MLST охарактеризованы современные токсигенные штаммы C.diphtheriae, выделенные в России в 2002 — 2012 гг. Идентифицировано 8 генотипов (ST41, ST5, ST8, ST28, ST25, ST44, ST-new1 и ST-new2), доминирующими среди которых были три — ST8, ST28 и ST-new1. Большинство токсигенных штаммов принадлежат к биовару gravis и ST8. Среди штаммов биовара mitis отмечается большая гетерогенность по принадлежности к ST, но с преимущественным преобладанием штаммов ST28. Заключение. Использование MLST позволило охарактеризовать современную циркулирующую популяцию токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России, и показало перспективность применения этого метода для характеристики популяции возбудителя дифтерии и выявления эпидемически значимых штаммов, а также сопоставления их с генетической структурой зарубежных штаммов.

Журн. микробиол., 2013, № 4, С. 17—23

Ключевые слова: Corynebacterium diphtheriae, секвенирование, мультилокусное секвени-рование ДНК

O.Yu.Borisova1, I.K.Mazurova1, I.A.Chagina1, A.S.Pimenova1, E.E.Donskikh2, V.A.Aleshkin1

MULTILOCUS SEQUENCING OF CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE STRAINS ISOLATED IN RUSSIA IN 2002 - 2012

1Gabrichevsky Research Institute of Epidemiology and Microbiology, 2Pirogov Russian Research Medical University, Moscow, Russia

Aim. Characterization of contemporary С. diphtheriae strains isolated in Russia by using mul-tilocus DNA sequencing (MLST). Materials and methods. 28 toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia in 2002-2012 and sent to diphtheria and pertussis reference center of Gabrichevsky Research Institute of Epidemiology and Microbiology were studied. С. diphtheriae strain genotyp-ing was performed by using MLST based on atpA, dnaE, dnaK, fusA, leuA, odhA and rpoB gene fragments. Identification of alleles and ST was carried out according to EMBL/GenBank and PubMLST, eBurst approach was used for cluster analysis. Results. By using MLST contemporary toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia in 2002 — 2012 were characterized. 8 genotypes (ST41, ST5, ST8, ST28, ST25, ST44, ST-new1 and ST-new2) were identified, 3 among them were

2. ЖМЭИ 4 № 5185

17

dominating — ST8, ST28 and ST-new1. Most of the toxigenic strains belong to biovar gravis and ST8. Among biovar mitis strains a higher heterogeneity by ST membership was noted, but with prevalence of ST28 strains. Conclusion. Use of MLST allowed to characterize contemporary circulating population of toxigenic C. diphtheriae strains isolated in Russia and showed perspective of application of this method for characterization of diphtheria causative agent population and detection of epidemically significant strains, as well as juxtaposing of them with genetic structure of foreign strains.

Zh. Mikrobiol. (Moscow), 2013, No. 4, P. 17—23

Key words: Corynebacterium diphtheriae, sequencing, multilocus DNA sequencing ВВЕДЕНИЕ

Дифтерия в России до середины XX века занимала одно из ведущих мест среди четырех капельных инфекций (коклюш, дифтерия, корь, скарлатина). Массовая иммунизация населения, введенная в конце 1950-х годов, позволила достигнуть высокого уровня антитоксического иммунитета и обеспечить значительное (более чем в 5000 раз) снижение заболеваемости дифтерией и смертности от нее. В последние десятилетия в целом в мире на фоне высокого уровня охвата профилактическими прививками отмечается выраженная тенденция к снижению заболеваемости дифтерией, и в настоящее время заболеваемость регистрируется на спорадическом уровне — от 0 до 6 случаев (всего в 2000 — 2009 гг. в Европейском регионе зарегистрировано 53 случая дифтерии) [15, 16].

В России в последней трети ушедшего века отмечены два эпидемических подъема заболеваемости дифтерией: I (1977 — 1989 гг.) и II — 12 лет (1990 — 2001 гг.), когда заболели свыше 118 тыс. человек и умерли свыше 3,2 тыс. Причиной подъема заболеваемости явилось накопление неиммунных лиц среди населения, чему способствовал низкий уровень охвата профилактическими прививками детей и взрослых. Усугубило эпидемиологическую обстановку ухудшение социально-бытовых условий жизни значительной части населения страны и увеличение миграции населения, особенно с территорий, неблагоприятных по заболеваемости дифтерией. В 1995 г. рост заболеваемости прекратился, а с 1996 г. начался период снижения с различными по годам темпами снижения заболеваемости (от 1,5 до 3,9 раза). В течение первого десятилетия нынешнего столетия заболеваемость дифтерией на территории России остается на спорадическом уровне с ежегодным снижением числа заболевших. За последние 10 лет (2001 — 2010 гг.) показатели заболеваемости снизились в 63 раза (с 0,63 до 0,01 на 100 тыс. населения) [6, 7].

Однако несмотря на очевидные успехи проводимой в течение 50 лет массовой иммунизации населения, актуальность проблемы дифтерии в условиях спорадической заболеваемости сохраняется. Эпидемический процесс дифтерийной инфекции поддерживается наличием скрытых источников инфекции и когорты лиц, восприимчивых к инфекции, заболеваемостью среди привитых, продолжающейся регистрацией тяжелых форм, в ряде случаев заканчивающихся летальным исходом, а также бактерионосительством [5 — 7]. Поддержанию эпидемического процесса дифтерии и невозможность эрадикации ее возбудителя как биологического вида с помощью существующих средств вакцинопрофилактики способствует то, что иммунизация не привела к ослаблению вирулентных свойств возбудителя и высокая гетерогенность вида C.diphtheriae по ряду биологических свойств (биохимических, токсигенных, антигенных, генетических) способствует формированию популяции со сложной клональной структурой, что облегчает адаптацию возбудителя к постоянно меняющимся условиям существования [1 — 5].

В последнее время одним из перспективных методов молекулярно-

генетического типирования патогенных микроорганизмов является метод MLST — multilocus sequence typing [13], который модифицирован для целого ряда возбудителей инфекционных заболеваний. Метод обладает высокой дискриминирующей способностью, позволяет выявлять генетические различия и оценивать клональный состав циркулирующих популяций возбудителей. Огромным преимуществом MLST является то, что результаты исследований публикуются в общедоступной базе данных (http://mlst.net/), что дает возможность проведения точного генетического типирования вновь выделенных штаммов, позволяет сопоставить полученные данные и проводить филогенетический анализ в популяции штаммов возбудителя. Цель исследования — характеристика штаммов Qdiphtheriae, выделенных в России в 2002 — 2012 гг., c помощью мультилокусно-го секвенирования ДНК.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

В работе изучено 28 токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России в 2002 — 2012 гг. и присланных в референс-центр по дифтерии и коклюшу МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского. Из них — 20 штаммов биовара gravis и 8 штаммов биовара mitis. В исследование также включены производственный вакцинный штамм Qdiphtheriae PW8 из коллекции Научного центра экспертизы средств медицинского применения (ГИСК им. Л.А. Тарасевича) и токсигенный контрольный штамм C.diphtheriae биовара gravis № 665 из коллекции МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского. Изучение штаммов С. diphtheriae проводили согласно [8]. Исследуемый материал засевали на кровяно-теллуритовую среду, токсигенные свойства оценивали в реакции преципитации в геле. У выделенных культур определяли цистиназную, уреазную, сахаролитическую и нитратредуктазную активность. Биовар устанавливали путем изучения амилазной активности (способность разлагать крахмал). Генотипирование штаммов С. diphtheriae с помощью MLST проводили согласно [9] с последующей модификацией на основе секвенирования фрагментов генов — atpA (ATP- synthase alpha chain), dnaE (DNA polymerase III alpha subunit), dnaK (chaperone protein), fusA (elongation factor G), leuA (2-isopropylmalate synthase), odhA (2-oxoglutarate dehydrogenase Е1 and Е2 components) и rpoB (DNA-direct RNA polymerase beta chain). Идентификацию аллелей осуществляли согласно международной базе данных EMBL/GenBank (http://www. ncbi.nlm.nih.gov/entrez) и международной базе данных MLST — PubMLST (http:// pubmlst.org/). Для кластерного анализа использовали программу построения дерева минимальных расстояний на основе аллельных профилей с помощью eBurst version 3 (http://eburst.mlst.net/).

РЕЗУЛЬТАТЫ

Среди изученных токсигенных штаммов С. diphtheriaе, выделенных в России в 2002 — 2012 гг., большинство (71,4 %) по-прежнему принадлежит к биовару gravis. Нами у 28 токсигенных штаммов С.diphtheriaе проведено секвенирование фрагментов семи генов, являющихся генами «домашнего хозяйства» (housekeeping genes) — atpA, dnaE, dnaK, fusA, leuA, odhA и rpoB с последующей идентификацией аллельного профиля каждого штамма. Среди изученных штаммов С. diphtheriaе при секвенировании гена atpA выявлено 4 варианта последовательности нуклеотидов, которые соответствовали в базе данных генотипов EMBL/ GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez) одному из четырех аллелей этого гена — atpA2, atpA3, atpA5 или atpA14 аллелю; 5 вариантов последовательности нуклеотидов гена dnaE, которые соответствовали одному из пяти аллелей — dnaE2, dnaE4, dnaE5, dnaE6 или dnaE9 аллелю; 6 вариантов последовательности нуклеотидов гена dnaK, которые соответствовали одному из шести аллелей — dnaK3,

dnaK4, dnaK6, dnaK7, dnaK22 или dnaK23 аллелю; 5 вариантов последовательности нуклеотидов гена fusA, которые соответствовали одному из пяти аллелей — fusA1, fusA4, fusA5, fusA6 или fusA13 аллелю; 3 варианта последовательности нуклеотидов гена leuA, которые соответствовали одному из трех аллелей — leuA2, leuA3 или leuA6 аллелю; два варианта последовательности нуклеотидов гена odhA, которые соответствовали одному из двух аллелей — odhA3 или odhA14 аллелю; 5 вариантов последовательности нуклеотидов гена rpoB, которые соответствовали одному из пяти аллелей — rpoB2, rpoB3, rpoB5, rpoB6 или rpoB8 аллелю. В соответствии с полученными при секвенировании данными для каждого штамма составлены аллельные профили, представляющие собой перечисление номеров аллелей в порядке — atpA, dnaE, dnaK, fusA, leuA, odhA и rpoB и определяющие его сиквенс-тип (ST — sequence type). Все изученные штаммы С. diphtheriaе были разделены на 8 генотипов (ST) — ST41, ST5, ST8, ST28, ST25, ST44 и два новых ST-new1, ST-new2. Из них, согласно [9], ST41 соответствовал 2-9-22-13-3-3-3 аллельный профиль, ST5 — 2-4-4-1-3-3-5 профиль, ST8 — 3-5-6-5-3-3-6 профиль, ST28 — 2-9-3-13-3-3-3 профиль, ST25 — 5-6-7-6-6-3-8 профиль, ST44 — 14-2-234-2-14-2 профиль. Доминирующими были три сиквенс-типа — ST8, ST28 и ST-new1. Tак, среди изученных современных штаммов Qdiphtheriae 50,0% штаммов входили в группу ST8; 5 (17,9%) штаммов принадлежали к ST28; 4 (14,9%) штамма — к ST-new1; 2 (7,1%) штамма — к ST5 и по одному штамму — к ST41, ST25 и ST-new2. Производственный вакцинный штамм Qdiphtheriae PW8 характеризовался ST44, штаммов с таким сиквенс-типом среди современных штаммов С. diphtheriae нами не было обнаружено. К ST25 принадлежал и контрольный ток-сигенный штамм C.diphtheriae биовара gravis № 665, выделенный еще в 1960-е годы. Кроме того, 5 современных токсигенных штаммов С. diphtheriaе принадлежали к двум новым ST, которые ранее не были зарегистрированы в базе данных MLST.

При анализе принадлежности штаммов С. diphtheriae разных биоваров к сиквенс-типам оказалось, что для большинства (70,0%) штаммов биовара gravis характерным был ST8, в то время как штаммы С. diphtheriaе биовара mitis более гетерогенны по аллельным профилям и принадлежали к трем сиквенс-типам — ST41, ST28 и ST5, из которых большинство штаммов биовара mitis были ST28. Интересным является то, что среди штаммов С. diphtheriaе биовара gravis не зарегистрированы ST5 и ST28, а среди штаммов биовара mitis — ST8, т.е. можно предположить, что данные сиквенс-типы являются характерными для этих био-варов.

Для оценки филогенетических взаимоотношений между изученными штаммами С. diphtheriaе и уточнения времени их дивергенции использованы методы определения эволюционных дистанций, основанные на сравнении нуклеотидных последовательностей гомологичных генов. Анализ полученных данных и визуа-

Диаграмма филогенетических взаимоотношений токсигенных штаммов C.diphtheriae, построенная с помощью eBurst анализа

I-

0.001

лизацию филогенетических отношений осуществляли путем построения дендро-граммы с помощью eBurst version 3 (http://eburst.mlst.net/) (рис.). Кластерный анализ токсигенных штаммов С. diphtheriaе показал клональную структуру популяции возбудителя дифтерии. Видно, что все изученные штаммы разделились на два клональных комплекса. Все современные токсигенные штаммы С. diphtheriaе оказались объединенными в один клональный комплекс (ST5, ST8, ST-new1, ST-new2, ST28 и ST41). Второй клональный комплекс включил в себя контрольный токсигенный штамм С. diphtheriaе № 665, выделенный в 1960-е годы, и производственный вакцинный штамм PW8. В первом клональном комплексе наиболее раннее в эволюционном отношении происхождение имеют штаммы С. diphtheriaе ST28 и ST41, а наиболее позднее — ST8 и ST5, ST-new1 и ST-new2, которые ранее не были зарегистрированы, заняли промежуточное положение.

ОБСУЖДЕНИЕ

Методы типирования микроорганизмов должны обладать высокой дискриминирующей способностью, воспроизводимостью, чувствительностью и универсальностью. Ограничением для использования традиционных типирующих методов для С. diphtheriaе, таких как серотипирование, бактериоцинтипирование и фаготипирование, явилось развитие молекулярно-генетических методов исследования. Риботипирование было первым универсальным методом молекулярно-генетического типирования С. diphtheriaе, его золотым стандартом [10, 11]. Риботипирование основано на использовании зондов, содержащих гены 16S и 23S рРНК. По общности генов рРНК штаммы микроорганизмов объединяют в группы — риботипы. Было идентифицировано более чем 86 риботипов, вошедших в международную базу данных риботипов и определенных согласно географическому выделению штамма С. diphtheriaе [11]. На территории России в результате многолетних наблюдений за штаммами С. diphtheriaе, проводимых в Федеральной референс-лаборатории диагностики дифтерийной инфекции МНИИЭМ им. Г.Н.Габричевского, зарегистрирован 31 риботип (23 риботипа среди токсигенных штаммов и 20 риботипов среди нетоксигенных штаммов С. diphtheriaе) [1 — 5]. Показано, что популяция C.diphtheriae гетерогенна по фенотипическим и гено-типическим характеристикам. Прослежена динамика циркуляции штаммов С. diphtheriaе разных риботипов втечение эпидемического процесса дифтерийной инфекции и установлено, что в период, предшествующий высокому уровню заболеваемости дифтерией, происходит перестройка гетерогенной популяции с увеличением в популяции удельного веса штаммов определенного биовара и риботипа. Однако данный метод не позволяет оценить популяционную структуру и эволюционные взаимоотношения между циркулирующими штаммами С. diphtheriaе, и, кроме того, метод трудоемок и зависит от стандартизованности исследований, использования различного оборудования и реагентов [9, 15].

Мультилокусное секвенирование ДНК (MLST) — это удобный, универсальный и эффективный метод, позволяющий охарактеризовать штаммы микроорганизмов при проведении эпидемиологических исследований (маркирования), изучении популяционной биологии, патогенности и эволюции бактерий. Данный метод основан на вариациях нуклеотидных последовательностей нескольких локусов (house-keeping) генов или их фрагментов. Международная база данных MLST постоянно обновляется в реальном времени на web-сайте в Internet, что дает возможность быстро и достоверно провести сравнение генетических профилей исследуемых штаммов с генетическими профилями штаммов, выделенных в различных странах мира. Схема проведения MLST для C.diphtheriae была разработана Bolt F. et al. [9]. В настоящее время в мире зарегистрировано 79 ST, объеди-

ненных в 11 клональных комлексов. Из них два клональных комплекса, включающих четыре сиквенс-типа — ST8, ST12, ST52 и ST66, связывают с подъемом заболеваемости дифтерией в 1990-х годах, т.е. они имеют наибольшую эпидемиологическую значимость. При анализе данных, полученных при изучении токси-генных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России в 2002 — 2012 гг., видно, что 50,0% токсигенных штаммов принадлежат к биовару gravis и сиквенс-типу ST8. Данный биовар по-прежнему является доминирующим среди токсигенных штаммов не только в России, но и в 61,0% случаев в других странах мира [15, 16]. Среди штаммов биовара mitis отмечается большая гетерогенность по принадлежности к сиквенс-типам, но с преимущественным преобладанием штаммов ST28. Интересно, что в эволюционном отношении более раннее происхождение имеют штаммы С. diphtheriaе ST28 и ST41. Tакие же штаммы биовара mitis были зарегистрированы в 1990-е годы в Киргизстане.

Аналогичные исследования с помощью метода MLST проведены в Польше и Франции, где охарактеризованы нетоксигенные штаммы C.diphtheriae [12]. Идентифицировано 11 ST, из них большинство штаммов объединены в три сиквенс-типа — ST8, ST82 и ST130. Все современные штаммы C.diphtheriae, выделенные в Польше, принадлежали к биовару gravis и ST8, однако были нетокси-генными. Поэтому можно предположить, что данный сиквенс-тип является характерным для штаммов C.diphtheriae биовара gravis и, согласно международной номеклатуре [9], принадлежит к клональному комплексу, вызвавшему эпидемический подъем в 1990-х годах. Среди нетоксигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных во Франции, зарегистрировано 10 сиквенс-типов с преимуществом ST130 и ST82. Из них большинство штаммов биовара mitis относились к ST130, а биовара gravis — к ST82. Аналогичные исследования проведены по генотипиро-ванию нетоксигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в Бразилии [14], идентифицировано 6 ST, и выявлен штамм ST128, который также был зарегистрирован и во Франции.

Tаким образом, использование MLST позволило охарактеризовать современную циркулирующую популяцию токсигенных штаммов C.diphtheriae, выделенных в России, и показало перспективность применения этого метода для характеристики популяции возбудителя дифтерии и выявления эпидемически значимых штаммов (клональных комплексов). Кластерный и филогенетический анализ результатов MLST продемонстрировал высокий адаптационный потенциал штаммов возбудителя дифтерии. Дальнейшее применение MLST для генотипирования штаммов C.diphtheriae позволит проследить взаимосвязь между штаммами, циркулирующими на разных территориях страны, сопоставить их с генетической структурой зарубежных штаммов, а также понять механизмы изменчивости возбудителя дифтерии.

ЛИТЕРАТУРА

1. Комбарова С.Ю., Мазурова И.К., Мельников В.Г. и др. Генетическая структура штаммов Corynebacterium diphtheriae, выделенных в России при разной интенсивности эпидемического процесса дифтерии. Журн. микробиол. 2001, 3: 3-8.

2. Комбарова С.Ю. Микробиологический молекулярно-генетический мониторинг возбудителя дифтерийной инфекции. Автореф. дис. д-ра биол. наук, 2007.

3. Комбарова С.Ю., Борисова О.Ю., Мельников В.Г. и др. Наблюдение за циркуляцией штаммов C.diphtheriae, различающихся по признаку токсигенности. Медицинский альманах. 2009, 2 (7): 108-111.

4. Мазурова И.К. Комплексная система лабораторной диагностики и наблюдения за возбудителем дифтерии. Автореф. дисс. д-ра мед. наук, 1993.

5. Мазурова И.К., Комбарова С.Ю., Борисова О.Ю. и др. Мониторинг возбудителя дифтерийной инфекции. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2009, 3 (46): 17-22.

6. Максимова Н.М., Маркина С.С., Яцковский К.А. и др. Развитие эпидемического про-

цесса дифтерии в России в условиях высокого уровня специфического иммунитета. Медицинский альманах. 2009, 2 (7): 105-108.

7. Максимова Н.М., Маркина С.С., Яцковский К.А. и др. Дифтерия в России в 2005 — 2009 годах. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2010, 3 (52): 31-36.

8. Мазурова И.К., Мельников В.Г., Комбарова С.Ю. и др. Методические указания. МУ 4.2.698-98 «Лабораторная диагностика дифтерийной инфекции». М., Интэрсэн, 1998.

9. Bolt F., Cassiday P., Tondella M. et al. Multilocus sequence typing identifies evidence for recombination and two distinct lineages of C.diphtheriae. J. Clin. Microbiol. 2010, 48 (11): 4177-4185.

10. Grimont F., Grimont P. Ribosomal ribonucleic acid gene restriction patterns as potential taxonomic tools. Ann. Inst. Pasteur Microbiol. 1986, 137 В (2): 165-175.

11. Grimont P., Grimont F., Efstraiou A. et al. International nomenclature for C.diphtheriae ri-botypes.Res. Microbiol. 2004, 153 (3): 162-166.

12. Fafour E., Badell E., Zasada A. et al. Characterization and comparison of invasive C.diphtheriae isolates from France and Poland. J. Clin. Microbiol. 2012, 50 (1): 173-175.

13. Maiden M., Bygraves J., Feil E. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proc. Natl. Acad. Sci. 1998, 95 (6): 3140-3145.

14. Viguetti S., Pacheco L., Santos L. et al. Multilocus sequence types of invasive C. diphtheria isolated in the Rio de Janeiro urban area. Brazil. J. Epidemiol. Infect. 2011, 53:1-4.

15. Zakikhany K., Efstratiou A. Diphtheria in Europe: current problems and new challenges. Future Microbiol. 2012, 7 (5): 595-607.

16. Wagner K., White J., Lucenko I. et al. Diphtheria in postepidemic period, Europe, 2000 — 2009. J. Emerg. Infect. Dis. 2012, 18 (2): 217-225.

Поступила 12.02.13

Контактная информация: Борисова Ольга Юрьевна, д.м.н.,

125212, Москва, ул. Адмирала Макарова, 10, р.т. (495)459-21-46

ЭПИДЕМИОЛОГИЯ

© Г.ГОНИЩЕНКО, Е.Б.ЕЖЛОВА, 2013 Г.Г.Онищенко, Е.Б.Ежлова

ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ НАДЗОР И ПРОФИЛАКТИКА ГЕМОРРАГИЧЕСКОЙ ЛИХОРАДКИ С ПОЧЕЧНЫМ СИНДРОМОМ В РФ

Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Москва

Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом (ГЛПС) остается актуальной природно-очаговой нетрансмиссивной инфекцией, составляя более 90% в структуре всех геморрагических лихорадок, регистрируемых на территории Российской Федерации. В целом в многолетней динамике заболеваемости ГЛПС в России отмечается выраженная тенденция к росту со средним приростом заболеваемости 1,7% ежегодно, что связано как с улучшением клинической и лабораторной диагностики, так и с объективным ростом заболеваемости. В настоящее время создана нормативная методическая база для организации эпидемиологического надзора и профилактики ГЛПС в Российской Федерации.

Журн. микробиол., 2013, № 4, С. 23—32

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.