CC BY
76
иммунология № 5, 2015
молекулярная иммунология и иммуногенетика
© коллектив авторов, 2015
удк 615.371:578.828.6]-092:612.017.1.064].012
Москалейчик Ф.Ф.1-2, Лага В.Ю.1, Тургиев А.С.1, Корнилаева Г.В.1-2, Гринкина С.Д.1-2, Дельгадо Е.3, Вега И.3, Фернандес-Гарсия А.3, Перес-Альварес Л.3, Пронин А.Ю.4, Жернов Ю.В12, Томсон М.М.3, Бобкова М.Р.1, Гинцбург А.Л.1, Черешнев В.А.5, Хаитов Р.М.2, Карамов Э.В12
молекулярная эпидемиология и выбор прототипных штаммов вИЧ-1 с целью конструирования кандидатных отечественных анти-вич-вакцин
1ФгБУ «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России, 123098, г Москва; 2ФГБУ "ГНЦ Институт иммунологии" ФМБА России, 115478, г Москва; Национальный центр микробиологии, Институт Салуда Карлоса III, Махадаонда, г Мадрид, Испания; 4ГУЗ МО «Московский областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и ИЗ», 129110, г Москва; 5Институт иммунологии и физиологии УрО РАН, 620049, г Екатеринбург
Статья посвящена исследованию распространения вируса ВИЧ-1 в странах бывшего Советского Союза. Получен срез эпидемии в московском регионе: исследованы биологические и генетические свойства циркулирующих в настоящее время форм вируса. Впервые добыт полногеномный сиквенс рекомбинанта CRF02_AG, циркулирующего в России. Филогенетический анализ показал, что страны бывшего СССР представляют собой единое эпидемиологическое пространство, причем генетический профиль эпидемии определяется главным образом двумя наиболее мощными волнами экспансии вируса. Обе волны начались с локальных вспышек заражений в среде потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) (г. Одесса, 1995 г, субтип A, и г. Ташкент, 1998 г, CRF02_AG) с последующим быстрым распространением по странам бывшего СССР и различным географически разобщенным регионам России. В настоящее время происходит углубление эпидемии с прогрессирующим захватом гетеросексуальной группы риска заражения, а также с возникновением новых рекомбинантов между субтипом A и CRF02_AG. Существенное значение имеют также две минорных волны эпидемии с центрами в г Николаев (1996 г., субтип B, клада IDU-B) и в г Калининград (1996 г, CRF03_AB). Таким образом, при подборе прототипных штаммов ВИЧ-1 в качестве источника эпитопов для конструирования отечественных анти-ВИЧ-вакцин необходимо использовать по меньшей мере штаммы субтипа A и CRF02_AG. Причем предпочтение следует отдавать отечественным изолятам, поскольку генетическое разнообразие в пределах отечественных кластеров A-FSU и AG-FSU существенно ниже, чем в родительских африканских кластерах A1 и CRF02_AG.
Ключевые слова: анти-ВИЧ-вакцина; эпитоп; иммуногенетика; молекулярная эпидемиология.
Для цитирования: Иммунология. 2015; 36 (5): 268-275.
Moskaleychyuk F.F.1,2, Laga V.Yu.1, Turgiev A.S.1, Kornilaeva G.V.1,2, Grinkina S.D.1,2, Delgado E.3, Vega I.3, Fernandez-Garcia A.3, Perez-AlvarezL.3, Pronin A.Yu.4, Zhernov Yu.V.1,2, Thomson M.M.3, BobkovaM.R.1, Gintsburg A.L.1, Chereshnev V.A.5, KhaitovR.M.2, KaramovE.V12
MOLECULAR EPIDEMIOLOGY AND THE CHOICE OF THE PROTOTYPE STRAINS OF HIV-1 WITH THE AIM OF DESIGNING A DOMESTIC CANDIDATE ANTI-HIV VACCINES
'"Federal research center of epidemiology and Microbiology named honorary academician N.F. Gamaleya" Ministry of health of Russia, 123098, Moscow, Russia; 2"Institute of immunology" FMBA of Russia, 115478, Moscow, Russia; 3National center of Microbiology, Instituto Salud Carlos III, Majadahonda, Madrid, Spain; 4"Moscow regional Center for prevention and control of AIDS", 129110, Moscow, Russia; 5 Institute of immunology and physiology UB RAS, Russia, 620049, Yekaterinburg The article is devoted to the spread of HIV-1 in countries of the former Soviet Union. The resulting slice of the epidemic in the Moscow region: the biological and genetic properties of the currently circulating forms of the virus. First produced full-genome sequence of the recombinant CRF02_AG circulating in Russia. Phylogenetic analysis showed that the countries of the former USSR represent a single space epidemiological, and genetic profile of the epidemic is mainly determined by the two most powerful waves of expansion of the virus. Both waves began with local outbreaks of infections among injecting drug users (IDUs) (Odessa, 1995, subtype A, and Tashkent, 1998, CRF02_AG), followed by a rapid spread across the countries of the former USSR and various geographically disparate regions of Russia. Currently, there is a widening epidemic with progressive seizure of heterosexual risk of infection and emergence of new recombinants between subtype A and CRF02_AG. Essential are also two minor wave of the epidemic with centers in Nikolaev (1996, subtype B clade IDU-B) and in Kaliningrad (1996, CRF03_AB). Thus, the selection of the prototype strains of HIV-1 as a source of epitopes for the design of domestic anti-HIV vaccines must be used at least strains of subtype A and CRF02_AG. Moreover, preference should be given to domestic isolates, as genetic diversity within domestic clusters A-FSU and AG-FSU is significantly lower than in African parent clusters A1 and CRF02_AG.
Keywords: anti-HIV vaccine; epitope; immunogenetics; molecular epidemiology
citation: Immunologiya. 2015; 36 (5): 268-275.
Для корреспонденции: Москалейчик Федор Феликсович: fedor.mosckaleychick@gmail.com For correspondence: Moskaleychik Fedor Feliksovich: fedor.mosckaleychick@gmail.com
Введение
Наиболее перспективным направлением для разработки эффективных анти-ВИЧ-вакцин является создание рекомбинантных векторных конструкций, полученных на основе генно-инженерных манипуляций [1]. В результате экспрессии генов, встроенных в вектор, образуются химерные протеины, содержащие аминокислотные последовательности, гомологичные антигенным детерминантам вируса ВИЧ (эпитопам). Векторы используют для наработки целевых химерных протеинов в клетках бактерий, дрожжей или клеточных линий млекопитающих, а также для экспрессии целевых генов непосредственно в организме человека [1].
Наличие в химерных протеинах доменов, гомологичных антигенным детерминантам вируса ВИЧ (эпитопам), призвано стимулировать синтез антител, способных распознавать вирусные белки, которые обычно представлены на поверхности вирионов и зараженных клеток, а также могут стимулировать Т-клеточный ответ. Для протектив-ной защиты требуются согласованные действия нейтрализующих антител и Т-киллеров. Индукция этих эффекторов путем иммунизации - трудная задача, так как компоненты вакцин, индуцирующих антитела и Т-лимфоциты, требуют отдельной разработки. В настоящее время оптимальным считается комбинация вирусных векторов на основе рекомбинантнызх аденовирусов, цитомегаловирусов или поксвирусов и тримеризованных Епу-специфических белков [2].
Однако высокая изменчивость вируса ВИЧ обеспечивает существенные различия между гомологичными эпитопами разных субтипов даже в консервативных областях генома. Таким образом, вакцина, разработанная на основе эпитопов некоторого вирусного изолята, будучи эффективной против родственных вирусов, может оказаться малоэффективной против вирусов иных субтипов или циркулирующих реком-бинантных форм (ЦРФ). Более того, умеренная элиминация вирусных частиц и/или зараженных клеток под действием иммунного ответа, спровоцированного неподходящей вакциной, может привести к ускоренной эволюции целевых эпитопов. Поэтому важно использовать вакцины, разработанные на основе гомологичных эпитопов родственных изолятов.
Таким образом, при разработке отечественной анти-ВИЧ вакцины следует учитывать генетическую структуру эпидемии, использовать эпитопы по возможности всех субтипов и ЦРФ, имеющих эпидемиологическое значение в России и сопредельных странах. Субтипическое происхождение вакцин следует учитывать при доклинических и клинических испытаниях. В частности, при анализе иммуногенности вакцины желательно проводить перекрестные тесты ИФА с целью определения иммуногенности вакцин разного происхождения к целевым белкам вируса ВИЧ разных субтипов/ЦРФ [3].
На стадии клинических испытаний профилактических вакцин предпочтение следует отдавать комбинированным вакцинам, разработанным на основе эпитопов наиболее эпидемиологически значимых субтипов/ЦРФ.
Материалы и методы
Образцы плазмы были собраны с информированного согласия пациентов московского региона. Выявление факторов риска, возможных мест заражения, а также эпидемиологических связей с другими ВИЧ-инфицированными лицами проводили на основе опроса пациентов. Кроме того, регистрировали возраст, пол пациента, дату забора клинического материала, дату постановки диагноза «ВИЧ-инфекция» (таблица). Пациенты не получали специфической антиретрови-русной терапии.
Для получения клинических изолятов выделяли МПК из крови пациентов с ранней ВИЧ-инфекцией (до 12 месяцев). Изоляция вируса из донорских лимфоцитов осуществлялась согласно рекомендации ВОЗ. МПК ВИЧ-инфицированных пациентов сокультивировали с МПК здоровых доноров. Био-
логическую активность вирусных стоков оценивали путем титрования TCID50, используя стандартную методику, рекомендованную ВОЗ.
Для изучения репликативной активности изолята заражали клетки МТ-4, CEMSS, U937, полученные из коллекции Национальных институтов здоровья (NIH, США) и МПК здоровых доноров вирусным стоком. Для сравнения хода инфекции эти же клеточные линии инфицировали 3-мя референс-штаммами
™ (ВИЧ-1/111Б и ВИЧ~1/вш - су<5тип а ВИЧ-1/и8апаа455 - субтип А). Опыт длился 10 суток, в течение которых проводился визуальный контроль и измерение накопления антигенов p24.
Для определения тропизма к ко-рецепторам использовались трансгенные клеточные линии U373CD4CXCR4 и U373CD4CCR5 (NIH, США), к которым добавляли вирус. Определяли p24 с помощью ИФА. Образование синцити-ев наблюдали визуально с помощью микроскопа в клетках МТ-2. За синцитий принимали образования, чей диаметр превышал в три раза диаметр нормальной клетки.
Выделение РНК из плазмы проводили с помощью автоматической системы NuclliSENS® miniMAG platform (bioMérieux) в соответствии с инструкцией производителя. Последовательности генома ВИЧ-1 получали in house путем прямого секвенирования амплифицированных фрагментов полного генома.
Секвенирование полученных ампликонов проводили с использованием автоматического секвенатора (ABI Prism 3130, Applied Biosystems, США). Полученные нуклеотидные последовательности обрабатывали с применением программы BioEdit v.7.0.5.3. Филогенетический анализ выполняли с использованием программы MEGA 5.1. Подбор генетических последовательностей ВИЧ-1 для группы сравнения проводили с использованием генетической базы данных Лос-Аламосской национальной лаборатории (ЛАНЛ), США: http://www.hiv.lanl.gov/.
Работу по определению подтипа/ЦРФ вируса по исследуемым областям генома проводили с применением on-line программы COMET v0.5 (http://comet.retrovirology.lu/).
Результаты и обсуждение
Были изолированы вирусы из 13 проб от лиц с ранней стадией развития ВИЧ-инфекции без терапевтического вмешательства (см. таблицу), возрастной диапазон - от 18 до 36 лет, средний возраст - 25 лет. Далее было проведено сокультивирование МПК от инфицированных пациентов с МПК здоровых пациентов в соотношении 1:3. Во время сокультивирования отбирали пробы для ИФА на наличие p24.
Только в 4 образцах (СК-6, СК-7, СК-8 и СК-10) было отмечено повышение концентрации антигена ВИЧ-1, что свидетельствовало о наличии вирусной репродукции. При проведении второго пассажа высокая репродуктивная активность была обнаружена только для одного образца СК-8. Таким образом, как показывают наши исследования, большинство штаммов, изолируемых от ранних сероконвертеров, относятся к S/l фенотипу. При этом 69,2% вовсе не обладают способностью заражать МПК; 23,1% проявляют репликатив-ную активность только в первом пассаже и 7,7% могут представлять промежуточную форму между R/h и S/l фенотипом. Это согласуется с многочисленными данными литературы, свидетельствующими о том, что высоко репродуктивные штаммы обычно изолируются от больных с продвинутой стадией болезни, тогда как у бессимптомных больных в превалируют вирусы со слабой репликативной способностью.
Сравнительное изучение репродуктивной активности изолята ВИЧ-1/СК-8 и референс-штаммов ВИЧ-1 ВИЧ-1/ ,ВИЧ-1/Вш (субтип В) и ВИЧ-1/^т()а 455 (субтип А) показало, что МПК являются наиболее чувствительными клетками для инфицирования референс-штаммами ВИЧ-1/ ,ВИЧ-1/Вш, а также клиническим изолятом ВИЧ-1/СК8. Таким образом, все референс-штаммы ВИЧ-1 (за исключением ВИЧ-1/^т(1а 455) эффективно реплицируются в донорских МПК. Высокая степень репродукции
Таблица 1
Первичные изоляты вИЧ-1 от ранних сероконвертеров
Код пациента Дата рождения, дд.мм.гггг. Пол Срок инфицирования, мм.гг. Дата взятия крови Путь передачи Секвенированные последовательности Субтип (ЦРФ)
СК-001 25.04.1980 ж 12.07 31.07.08 гетеросексуальный Pr-Rt1, V32 A1
СК-002 05.07.1985 ж 04-06.08 31.07.08 » Pr-Rt, V3 A1
СК-003 18.01.1990 ж 03-06. 08 07.08.08 » Pr-Rt, V3 A1
СК-004 28.11.1979 ж 11.07-03.08 25.08.08 »
СК-005 01.05.1982 ж 05-06.08 03.09.08 » Pr-Rt, Env, Full3 02_AG
СК-006 12.01.1987 ж 09.07-01.08 05.09.08 » Pr-Rt, Env, V3, Full A1
СК-007 25.03.1987 ж 12.07 15.09.08 » Pr-Rt, V3 A1
СК-008 11.11.1984 ж 04.08-07.09 10.10.08 » Gag A1
СК-009 19.05.1979 ж 06.08-07.09 17.10.08 » Pr-Rt, V3 A1
СК-010 13.03.1972 м 07.08 24.10.08 » Pr-Rt, V3 02_AG
СК-011 23.08.1989 ж 09-10.08 12.12.08 »
СК-012 17.08.1979 ж 06-07.08 12.12.08 »
СК-013 09.07.1982 м 07-08.08 19.12.08 гомосексуальный Pr-Rt, V3 B
Примечание. 1 - Последовательность > 1000 п.н., включает ген протеазы и начальную часть обратной транскриптазы; 2 - последовательность > 500 п.н., включает полностью V3-петлю;3 - включает почти весь геном вируса: ок. 9000 п.н.
референс-штаммов ВИЧ-1/_ ,ВИЧ-1/0 и ВИЧ-1/,, , .„ наг; т J HIB ' Bru Uganda 455
блюдалась в клеточных линиях CEMSS, MT4, U937.
Что касается клинических изолятов, выделенных от пациентов Москвы и Московской области, то ВИЧ-1/СК-8 хорошо реплицируется в донорских МПК и Т-клеточной линии МТ4, эффективность размножения в CEMSS и моноцитар-ной клеточной линии U937 оказалась достаточно низкой.
Таким образом, на основании данных по изучению способности вируса реплицироваться в МПК и различных Т- и М-клеточных линиях, с учетом максимального значения р24 и времени его накопления, было сделано следующее заключение: референс-штаммы ВИЧ-1/ и ВИЧ-1/Вш относятся к группе rapid/high, тогда как ВИЧ-1/ 8, обнаруживший неспособность размножатся в клетках CEMSS и U937, относится к типу slow/low.
При определении тропизма к монослойным клеточным линиям астроцитарного происхождения U373 CD5X4 и U373 CD4CCR5, первичный изолят проявил себя как R5\ Х4-вариант (двойной тропизм).
Секвенировано два десятка генетических последовательностей, из них два полногеномных сиквенса (см. табл. 1). Преобладают носители субтипа A1 (FSU-кластер, 70%), обнаружены также носители рекомбинантной формы CRF02_ AG (20%) и субтипа B (10%).
По итогам анализа последовательностей V3-петли в on-line программе geno2pheno все вирусы оказались R5-тропными (для изолята СК-8, проявившего двойной тропизм R5\X4 в эксперименте, сиквенс V3-петли не получен).
Впервые получен полногеномный сиквенс рекомбинан-та CRF02-AG, циркулирующего в России (пациент СК-5), другой полногеномный сиквенс, полученный в настоящей работе (пациент СК-6), относится к подтипу A1. Для второго носителя CRF02-AG, пациента СК-10, получены частичные сиквенсы гена pol (1382 п.н.), и гена env, включая V3-петлю (625 п н.) (см. таблицу).
В генетической базе данных ЛАНЛ депонировано 6556 последовательностей ВИЧ-1 из стран бывшего Советского Союза, в том числе 80 полногеномных сиквенсов: субтипа A1 - 43, субтипа B - 13, CRF02_AG и CRF03_AB - по 3, субтипов C и F1 и CRF06_cpx - по 1, а также новые рекомбинан-ты между A1 и CRF02_AG (циркулирующий рекомбинант CRF63_02A1 и уникальные/неклассифицированные).
На рис. 1 представлено филогенетическое дерево, полученное на основе полногеномных сиквенсов ВИЧ-1 из стран бывшего Советского Союза, рекомбинанты CRF03_AB,
CRF06_cpx и новые рекомбинанты исключены. Для полноты филогенетического анализа добавлены полногеномные сиквенсы каждого из известных субтипов (а также CRF02_AG) из других регионов: выбирались случайно не менее чем по два сиквенса для каждого субтипа, для A1 - с учетом более тонкой филогенетической структуры, выявленной в недавнее время [4-6].
Наиболее многочисленный кластер, представленный 50 полногеномными сиквенсами (включая новый СК-6), на рис. 1 свернут, его внутренняя структура представлена на рис. 2. Этот кластер близкородственных вирусов получил название A1-FSU [7, 8] (FSU - Formerly Soviet Union), в ряде работ именуется IDU-A [9-11] (IDU = Injective Drug Users), его многочисленность связана со вспышкой заражений в портовом городе Одессе в 1995 г. в среде потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) [12] с последующим лавинообразным распространением в среде ПИН Украины [8], России [13], Беларуси [14] и других стран бывшего Советского Союза [15]. В настоящее время доли инъекционного и гетеросексуального путей передачи становятся сопоставимыми [15], в московском регионе гетеросексуальный путь преобладает (см. табл. 1), в связи с чем наименование A1-FSU представляется предпочтительным.
Вирусы, принадлежащие к кластеру A1-FSU, представляют наибольший интерес в качестве источника антигенных детерминант (эпитопов) при построении рекомбинантных анти-ВИЧ вакцин, эффективных на территории стран бывшего Советского Союза.
Кластер A1-FSU имеет матрешечную структуру (см. рис. 2): каждый субкластер на следующем уровне иерархии распадается на один многочисленный (более половины всех последовательностей) и несколько равноудаленных минорных кластеров и/или внекластерных последовательностей. Более того, матрешечная структура оказывается еще более рельефной при проведении филогенетического анализа на основе последовательностей гена env (почти 700 сиквенсов, филогенетическое дерево не приводится).
Такого рода структура, по всей видимости, отражает характер распространения инфекции на протяжении ПИН-этапа развития эпидемии: последовательность отдельных событий множественных заражений в группах ПИН, совместно пользующихся одним шприцем. Гетеросексуальный путь передачи, будучи более равномерным и медленным, не мог существенным образом деформировать структуру кластера, сформировавшуюся на стадии ПИН-этапа.
0.1
84(76)
0.210^/100
A-FSU (50)
^ A5.RU.2000.23833. RU00051 .EF545108 A5.IT.2002.29928.60000. EU861977 A3.SN.1996.9763.DDJ360.AY521630 A3.SN.2001.9762.DDI579.AY521629 A3.SN.2001.9764.DDJ369.AY521631 _ A1 .UG.2007.51710.р191084. JX236669 A1 .RW.2007.51709.pR880F. JX236678 A1 .RW.2007.51712.pR463F. JX236677 A1.UG.2007.50803. p9004SDM.JX236676 A1 .UG.2007.51693.p191845. JX236671
A5
A3
A1-main
-A2.CD.1997.4713.97CDKTB48.AF286238 " A2.CY.1994.4715.94CY017 41 .AF286237
]A2
A1
A4.CD.1997.4909.97CD_KCC2.AM000053
A4.CD.2002.16753.02CD_KTB035.AM000055_ 02_AG.FR.-.10004.DJ263.AB485634
02_AG.GH.1997.24045.97GH-AG1.AB049811 02 .AG.LR.-.15369.POC44951 .AB485636 — ♦ 02_AG.RU.2008.-.S_K_005
" V02_AG.UZ.2002.4751.02UZ693.AY829204 CQ|,
1M 02AG.UZ.2002.4753.02UZ710.AY829207 A<j-|-5>U <> 02 AG.UZ.2002.4759.02UZ0683.AY829214 _ G.GH.2003.13758.GHN J175.AB231893
" G.KE.1993.10019.HH8793.AB485662
~ J.CM.2004.-.04CMU11421.GU237072 — J.SE.1993.597.SE9280_7887.AF082394 H.CF.1990.94.056.AF005496
-H.GB.2000.32606.00GBAC4001.FJ711703 _
-<> C.GE.2003.11374.03GEMZ033.DQ207941
-C.ZA.1998.899.TV001.AY162223
-C.BW.1996.615.96BW06.AF290028
-C.IN.2003.24107.D24.EF469243
1]G jh.
IA4
CRF02 AG
M
73(90;
991-
te
- F1.BR. 1990.4569.BZ163.AB485656
— Fl.RO.1996.10132.BCI_R07.AB485658 J
-О F1 .RU.2008.34293.D88 845.GQ290462
-F2.CM.2010.51291 .DEMF210CM001 .JX140672
F1
76(73;
100"
482
-F2.CM.2010.51301 .DEMF210CM007.JX140673
-K.CD.1997.56366.97ZR-EQTB11 .AJ249235 u
— K.CM.1996.313.96CM-MP535.AJ249239 J 14 -D.UG.2007.51707.p191882.JX236673 n
— D .UG.2007.51711.p191647. JX236670 J U
-MB.RU.2004.4621.04RU128005. AY682547 1
-ОB.RU.2010.53199.10RU6629. JX500707 J
-<> B.UA.2001.13327.01 UAKV252.DQ823363 О B.UA.2001.15803.01 UAKV259.DQ823364
- О B.GE.2003.15535.03GEMZ010.DQ207942 О B.UA.2001.13326.01 UAKV167.DQ823362 О BJ3E.1998.11225.98GEMZ003.DQ207943 1
-V>B.RiJ.2011.69788.11RU21n.JX500708 J
-yV B.RU.2009.53208.09RU4457.JX500709
—---V^ B.GE.2003.11375.03GEMZ004.DQ207940
— V B.RU.2004.4647.04RU129005.AY751406 " B.CN.1999.35919.plwj.GUI77863
]f2 j
1001-
ЁЁЗ
74(93> 1001—
" B.FR.1983.19535.HXB2-LAI-IIIB-BRU.K03455 - B.US.1982J1189.5048_82.AY835759
B.RU.2004.14402.04RU139089.AY751407
-^ B.RU.2004.19254.04RU139095.AY819715
N.CM.1995.588.YBF30_patent.FB675251 M — N.CM.1997.8462.YBF106.AJ271370 J N
O.CM.-.3801 .pCM02_3.AY618998 q
O.CM.1991.67.MVP5180.L20571 P.CM.2006.37382.U14788.HQ179987 "" P.FR.2009.32783.RBF168.GU111555
JP
Рис. 1. Филогенетическое дерево вируса ВИЧ-1, включены все полногеномные сиквенсы из стран бывшего СССР.
Метод минимальной эволюции, 3-параметрическая модель Тамуры-Неи, параметр Г-распределения принят равным а = 0,3, число бутстрэп-повторов 10 000. Показаны бутстрэп-уровни не менее 70% (в скобках приведены значения IB-теста, значения > 98% опущены). Наиболее длинные ветви (в основании дерева) прерваны, для прерванных ветвей даны генетические расстояния между узлами. Клада A-FSU (IDU-A) свернута. Код каждой последовательности составлен следующим образом (разделено точками): субтип/субсубтип, двухбуквенный код страны происхождения (стандарт ISO 3166), год, авторское наименование сиквенса, индивидуальный номер последовательности в базе данных ЛАНЛ (accession number). Сиквенсы из стран бывшего СССР маркированы белым ромбом, новые сиквенсы - черным ромбом.
Матрешечную структуру кластера A1-FSU желательно учитывать при подборе прототипных штаммов вируса ВИЧ-1 в качестве источника антигенных детерминант для кандидат-ных отечественных анти-ВИЧ вакцин. Предпочтение следует отдавать вирусам, принадлежащим к наиболее крупным кластерам, с учетом географии распространения кластера.
Кластер A1-FSU является эволюционно обособленным. В базе данных ЛАНЛ обнаруживается лишь два родственных полногеномных сиквенса (см. рис. 1): российский 4^и00051" и сиквенс "60 000", полученный в 2002 г. в Италии от 25-летнего ВИЧ-инфицированного мужчины-иммигранта из столицы Республики Гвинея г. Конакри [6]. На основании срока пребывания мужчины в Италии на момент диагноза (2 мес) и клинической картины инфекционного процесса авторы сделали вывод о том, что заражение, скорее всего, произошло на родине.
Кластер A1-FSU с присоединенными к нему вышеуказанными двумя сиквенсами образует одну из пяти четко обособленных ветвей в пределах субтипа A (рис. 1), которая вполне может претендовать на статус самостоятельного субсубтипа A5 наряду с открытыми ранее субсубтипами A2 [1б], A3 [4] и A4 [5]. Общепринятым в настоящее время является только выделение субсубтипа A2, в то время как вирусы субсубти-пов A3, A4 и A5 классифицируются on-line системами определения субтипов и базой данных ЛАНЛ как A1. С целью большей определенности мы обозначили основную ветвь A1 как A1-main (см. рис. 1).
Указанные 5 ветвей обнаруживались и прежде [6]. Наши исследования показали, что данная филогенетическая структура имеет фундаментальное значение. Если вовлечь в анализ все 200 почти полногеномных сиквенсов вируса ВИЧ-1 субтипа A, депонированных в базе ЛАНЛ, кластер A1-main
0.01
UZ.2002.4750.02112652. АУ829203 . и2.2002.4757.02и20672.АУ829212 <> 1)2.2002.14415.021)2694. АУ829205 О 112.2002.4752.02112698. АУ829206 0.112.2002.4754.021)2740. АУ829208
-<> 1)2.2002.4755.021120659.АУ829209
— О К2.2002.22028.02К2У112300425.ЕР589041 — ОРи.2002.49544.Ри01029.и0292892 О 1*Ц.2003.4775.03Ри20_06_13.АУ500393
О К2.2002.22026.02К2РА\/300497.ЕР589039 О К2.2002.22027.02К2Уи2300413.ЕР589040 _ О Р1).2008.49361 .13иА001 .^292893
Ояи.2005.36941.Ки_560_1125_иА.и0292895 -О Ки.2008.49366.КиА007.и0292894
О Ри.2010.53201.10РУ6617. иХ500696
- О 1311.2010.53200.101^6792.^500695
- CY.2007.CY213.^683763 -CY.2008.CY231.JF683780
- О Ри.2007.36947.1гки1зк_5.и0292891
-♦Ри.2008.-.8_К_005
-<> Р1).2008.50804.РокА1 (^^864679
- о ки.2006.36932.ии_915_1038.и0292898
99 Г"
гсе
- CY.2006.CY173^388951 -<> BY.1997.562.97BL006.AF193275
- ф UA.2000.4716.98иА0116.АР413987
- О иА.2001.13328.01 иА0010.00823365
-О иА.2001.13661.01 иА01М121.00823358
-вЕ.1999/11228.99СЕМ2011.00207944
-<> ВД.2008.49360.ОЕМА108Ки004.КР716492
- О Ри.2011 .-.11 Риб950.иХ500694 О иА.2001.13329.01 иАСЮ35.00823366
— OK2.2002.22030.02K2PAV300480.EF589043
— О К2.2002.22031.02K2PAV300502.EF589044
-<гК2.2002.22029.02К2КАР300435.ЕР589042
-О и2.2002.4756.02и20663^829210
-О иА.2001.13321.01 иА01Ч139.00823357
-- ф иА.2001.13330.01 иА0089.00823367
— о иа.2001.13325.01 иаку254.00823361 -о иа.2001.13323.01 иАРо!293.00823359
— О иА.2001.13322.01 иАРо1294.00823356 -О УА.2001.13324.01 иАРо!303.00823360
О Ри.2006.36930.Ри_915_1035. и0292897
941~
Ё
- о ру .2006.49545.ри_8р_в_049.и0292900 -- о 1*и.2006.36934.1*и_915_1041.и0292899
— о 2006.36940. рш_915_1016. и0292896 су2005^021 ^388892
- CY.2006.CY171.Ри388950
- CY.2005.CY057.FJ388906
-<> ВД.2008.49362.ОЕМА1081*и003.КР716491
- CY.2009.CY255.JF683798
Рис. 2. Внутренняя структура клады A-FSU (IDU-A), свернутой на рис. 1.
Показаны значения 1В-теста не менее 80%. Все обозначения идентичны обозначениям на рис. 1, в кодах последовательностей опущен субсубтип ввиду идентичности для всех по следовательно стей.
получает 98%-ную бутстреп-поддержку, кластеры А2-А5 -100%-ную (филогенетическое дерево не приводится).
При этом эволюционные соотношения между 5-ю основными кластерами остаются весьма неопределенными, даже если исключить из анализа 4 внекластерных сиквенса (вероятные рекомбинанты). Более-менее надежно группируются вместе три клады: А1-шат, А3 и А5. Причем эта картина воспроизводится для разных участков генома, при разных аутгруппах, и при довольно широком варьировании параметров эволюционной модели. Таким образом, объединение этих трех кластеров в рамках старой классификации (в качестве А1 в широком смысле) можно считать вполне допустимым (см. рис. 1). В то же время положение кластера А4 остается неустойчивым: он может группироваться либо с А2, либо с кладой А1 в широком смысле, как правило, с низкой бутстрэп-поддержкой.
Эволюционное расхождение между выделенными нами 5-ю субсубтипами субтипа А весьма велико. Генетические расстояния между современными последовательностями разных субсубтипов субтипа А сопоставимы с расстояниями между последовательностями субтипов В и Э или субсубтипов и Б2.
Наибольшее внутригрупповое разнообразие характерно для субсубтипа А1-шат, который является наиболее многочисленным и представлен в базе данных ЛАНЛ 136-ю почти полногеномными сиквенсами. Он распространен преимущественно в четырех странах Восточной Африки: Кении, Танзании, Уганде и Руанде. Подавляющее большинство внеаф-риканских вирусов субтипа А, за исключением вирусов стран бывшего СССР, также приходится на А1-шат (29 полногеномных сиквенсов из 32, депонированных в базе ЛАНЛ).
Напротив, субсубтипы А2, А3 и А4 являются редкими
и представлены лишь тремя полногеномными сиквенсами каждый. Что касается субсубтипа А5, то он обнаруживается за пределами стран бывшего СССР (помимо вышеупомянутой единственной последовательности "60 000" гвинейского происхождения) только на Кипре. Все 7 кипрских носителей отсеквенированных вирусов - граждане стран бывшего СССР или их половые партнеры: гражданка Латвии ("СУ213", ГО 40257) и ее половой партнер ("СУ231", ГО 40238), гражданка Украины ("СУ173", ГО 29318), трое граждан Грузии ("СУ021", "СУ057" и "СУ255", ГО 32517, 29282 и 40259) и половой партнер ("СУ171", ГО 29308) гражданки Грузии ("СУ169", ГО 29296), для которой не был получен полногеномный сиквенс вируса [17-19]. Таким образом, в данном случае мы имеем дело с продолжением Б8и-волны эпидемии, выплеснувшейся на Кипр.
Еще более рельефная картина обнаруживается при проведении филогенетического анализа на основе последовательностей гена епу. Это наиболее широко представленная непрерывная кодирующая область вирусного генома: в генетической базе данных ЛАНЛ депонировано 1174 полногеномных и частичных сиквенсов вирусов ВИЧ-1 субтипа А, содержащих полную последовательность гена епу. Подавляющее большинство частичных сиквенсов обогатило кластеры А1-шат и А5, причем все частичные сиквенсы, попавшие в А5, оказались в кластере А1-Б8и (ГОи-А), а географически - из стран бывшего СССР. К ветвям А2, А3 и А4 (филогенетическое дерево не приводится) присоединились лишь считанные сиквенсы.
Таким образом, в истории распространения вируса ВИЧ-1 субтипа А можно выделить, по крайней мере, две масштабные эпидемиологи- ческие волны. Первая, восточноафриканская,
обусловлена распространением вирусов субсубтипа А1-шат. Распространение шло в течение многих десятилетий в разных направлениях с преобладанием, по всей видимости, полового пути передачи инфекции. В результате четыре основных страны "ядра" А-эпидемии (Кения, Танзания, Уганда и Руанда) не образуют самостоятельных кластеров, исходный очаг эпидемии определить затруднительно.
Распространение А-эпидемии за пределы Африки также обусловлено главным образом субсубтипом А1-шат, причем оно носит ярко выраженный диффузный характер: множественные независимые заносы инфекции. Девять независимых заносов в страны Евросоюза обнаруживаются при филогенетическом анализе полногеномных сиквенсов. Анализ последовательностей гена епу удваивает это число. Реальное число заносов может быть на порядки больше, а география распространения субсубтипа А1-шат должна включать, по меньшей мере, те страны, которые активно принимают (или принимали) на своей территории африканских мигрантов.
Особое место в этой картине занимает Кипр, где обнаруживается 3 независимых заноса вирусов субсубтипа А1-шат, причем один из них привел к значимой вспышке заражений (представлена в базе ЛАНЛ 17-ю полногеномными сиквенса-ми от разных пациентов) с последующими заносами инфекции в Испанию (пациент "Х2110", ГО 35967) и Австралию (пациент "1044", ГО 16550).
Таким образом, восточноафриканский субсубтип А1-шат является превалирующим в А-эпидемии как на африканском континенте, так и в развитых странах Европы. Остальные субсубтипы не приобрели сопоставимого эпидемиологического значения ни в Африке, ни в Европе.
Вторая волна А-эпидемии (Б8и-волна) связана с лавинообразным распространением вирусов ВИЧ-1 субсубтипа
A5 по территории стран бывшего СССР. Быстрота и широкий географический охват эпидемии обеспечивались за счет распространения инфекции в среде ПИН, дальнейшее углубление эпидемии по мере насыщения популяции ПИН шло главным образом гетеросексуальным путем. Этой катастрофической волне эпидемии, по всей видимости, предшествовало многолетнее медленное распространение инфекции половым путем [10].
Определить африканский источник инфекции в настоящее время затруднительно. Можно предположить, что первичный занос произошел из Гвинеи в период тесного экономического сотрудничества этой страны с СССР (до середины 1980-х годов), поскольку единственный полногеномный сиквенс «60 000» субсубтипа A5 за пределами стран бывшего СССР и Кипра имеет гвинейское происхождение. Однако пациент "60 000" (ID 29928) перенес на родине 2 сеанса переливания крови в 1998 г, которые могли послужить источником инфекции [6], географическое происхождение крови неизвестно.
В то же время Гвинея представлена в генетической базе ЛАНЛ весьма скудно: всего 92 коротких сиквенса, из которых лишь три относятся к субтипу A: частичные сиквенсы консервативного гена pol длиной 600 п.н., покрывающих область 2610—3209. Эти последовательности оказались родственными сенегальским A3, но не A5.
В настоящее время обнаружены лишь 4 короткие последовательности африканского происхождения, родственные A5 [10] (в скобках Asseccion number по ЛАНЛ, длина): частичные сиквенсы кодирующих последовательностей инте-гразы (AY661764, 288 п.н.) и Env-C2V3 (AY675601, 533 п.н.) вирусного изолята «01CD106» 2001 г. [20], p24 (AJ404249, 622 п.н.) и Env-C2V3 (AJ404041, 567 п.н.) вирусного изолята «KFE326» 1997 г. [21]. Оба изолята из Демократической Республики Конго (ДРК), оба представлены двумя широко разнесенными вдоль вирусного генома последовательностями, каждая из которых хорошо кластеризуется в пределах A5 вне кластера A-FSU (IDU-A) [10]. Таким образом, вероятность конвергентного стохастического сходства вышеперечисленных коротких последовательностей с A5 исчезающе мала: оба вирусных изолята, по всей видимости, принадлежат суб-субтипу A5 (хотя нельзя исключить их рекомбинантное происхождение).
Тем не менее, мы не можем трактовать данное сходство как указание на ДРК в качестве источника первичного заноса вируса ВИЧ-1 субтипа A на территорию стран бывшего СССР. В настоящее время мы можем лишь приблизительно очертить макрорегион наиболее вероятного происхождения: Центральная и Западная Африка, включая страны, скудно представленные в базе данных ЛАНЛ. Вирус субсубтипа A5, по всей вероятности, на родине встречается редко и не имеет существенного эпидемиологического значения.
Таким образом, мы можем констатировать, что две наиболее мощные волны A-эпидемии - 1) африканская с диффузным проникновением в страны Евросоюза (преобладает субсубтип A1-main) и 2) FSU-волна (представлена исключительно субсубтипом A5),- в настоящее время практически не пересекаются. Единственная точка географического соприкосновения двух волн - это Кипр.
Ввиду существенного эволюционного расхождения между A5 и A1-main (а также с другими африканскими субсубтипами A2, A3 и A4) использование зарубежных штаммов вируса ВИЧ-1 субтипа A в качестве источника эпитопов для конструирования отечественных анти-ВИЧ вакцин представляется нецелесообразным. В части высоко консервативных эпитопов, сохраняющихся неизменными для разных субсубтипов субтипа A, зарубежные штаммы не имеют никакого преимущества над отечественными. В части умеренно консервативных и высокоизменчивых эпитопов, зарубежные штаммы заведомо проигрывают отечественным.
При конструировании отечественной вакцины следует также тщательно оценивать уровень изменчивости целевых эпитопов в пределах отечественной ветви субсубтипа A5. Для
консервативных эпитопов, не проявляющих существенной изменчивости в пределах А5 (или хотя бы в пределах кластера А-Р8Ц), допустимо использовать единичный штамм, для изменчивых эпитопов желательно использовать несколько штаммов из разных филогенетических ветвей А5.
Те же самые принципы могут быть распространены на подбор прототипных штаммов иных субтипов/ЦРФ, имеющих существенное эпидемиологическое значение на территории России и сопредельных стран. В настоящее время наиболее угрожающе выглядит стремительное распространение рекомбинанта CRF02_AG. Эта новая AG-волна эпидемии началась со вспышки заражений в среде ПИН Ташкента на рубеже столетий [22] и быстро охватила большинство стран бывшего СССР и географически удаленные регионы России (Санкт-Петербург, Москва, Южная Сибирь, Дальний Восток). Повышенная патогенность рекомбинанта CRF02-AG (в сравнении с вирусами ВИЧ-1 субтипа А) [23] может способствовать его ускоренному распространению.
История развития мировой AG-эпидемии сходна с историей развития А-эпидемии. В данном случае мы также можем выделить две основные волны. Первая африканская волна с преобладанием, по всей видимости, полового пути передачи инфекции. Ее наиболее вероятный центр - Камерун (где наблюдается наибольшее генетическое разнообразие вирусов CRF02_AG). Однако распространение шло разнонаправлено, в результате чего страны "ядра" AG-эпидемии (Камерун, Нигерия и Гана) не образуют самостоятельных кластеров. Распространение AG-эпидемии за пределы Африки (в страны Евросоюза, США и Южную Корею) носит ярко выраженный диффузный характер: множественные независимые заносы инфекции.
Вторая FSU-волна AG-эпидемии связана с заносом вируса CRF02_AG в среду ПИН Ташкента [22] с последующим стремительным распространением по территории стран бывшего СССР. В настоящее время идет углубление AG-эпидемии с вовлечением в нее других групп риска: преимущественно лиц, практикующих незащищенные гетеросексуальные половые контакты.
При этом африканская и FSU-волны AG-эпидемии географически нигде не пересекаются. Последовательности вирусов CRF02_AG из стран бывшего СССР образуют четко выраженный самостоятельный кластер AG-FSU (см. рис. 1), причем не удается с достаточной надежностью обнаружить родственные африканские последовательности: источник первичного заноса на территорию стран бывшего СССР остается невыясненным, сама фила AG-FSU кластеризуется вблизи корня общемирового дерева последовательностей CRF02_AG, ее объединение с другими последовательностями в пределах клады CRF02_AG ненадежно (с низкой бутстрэп-поддержкой) и неустойчиво (чувствительно к варьированию параметров эволюционной модели и анализируемой области генома).
С другой стороны, две волны эпидемии ВИЧ-1 в странах бывшего СССР ^-волна и AG-волна) сильно пересекаются как географически, так и в части охвата групп риска (ПИН- и гетеросексуальный пути передачи). В результате возникают рекомбинанты между A5 и CRF02_AG: уникальные рекомбинанты [22] и новая циркулирующая форма CRF63_02A1, обнаруженная впервые в Новосибирске [24, 25] и распространившаяся по городам Дальнего Востока [26], а также двойные рекомбинанты между A5 и CRF63_02A1 [26].
Широкое географическое распространение и высокое эпидемиологическое значение CRF02_AG на территории России и сопредельных стран требует привлечения также отечественных штаммов AG-FSU в качестве источника эпи-топов для отечественных анти-ВИЧ вакцин. Использование зарубежных штаммов CRF02_AG нецелесообразно ввиду глубокого эволюционного расхождения молодого кластера AG-FSU с африканскими линиями.
В то же время рекомбинантные формы наследуют эпито-
пы предковых форм (за исключением редких случаев, когда точка рекомбинации приходится на сам целевой эпитоп). Поэтому при подборе прототипных штаммов на первых порах мы можем ограничиться штаммами из A-FSU и AG-FSU, анализируя изменчивость целевых эпитопов лишь в пределах указанных групп. Для умеренно консервативных эпитопов такой подход обеспечит адекватное покрытие изменчивости даже с учетом рекомбинантов. Однако если целевые эпито-пы проявляют достаточно высокую изменчивость, следует привлечь также штаммы нового рекомбинанта CRF63_02A1, который уже приобрел существенное эпидемиологическое значение [24, 25].
Вирусы A-FSU и AG-FSU преобладают среди ПИН- и гетеросексуальной групп риска заражения. Изменчивость в пределах кластеров A-FSU и AG-FSU гораздо ниже общемировой изменчивости в пределах субтипа A и cRF02_AG, что существенно упрощает подбор прототипных штаммов для конструирования отечественных анти-ВИЧ вакцин, направленных против указанных 2-х волн эпидемии.
Третья по значимости волна эпидемии связана со вспышкой заражений вирусом субтипа B в среде ПИН портового города Николаева в 1995-96 гг. (кластер IDU-B) [9]. Указанный кластер в настоящее время не представлен ни одним полногеномным сиквенсом. Филогенетический анализ частичных сиквенсов показал, что вирусы клады IDU-B имеют также существенное эпидемиологическое значение в Киеве [27], обнаружены заносы в Санкт-Петербург и в Тамбов [9].
В целом IDU-B-волна эпидемии существенно уступает A- и AG-волнам на территории стран бывшего СССР как географически, так и по числу зараженных. Однако IDU-B-волна довольно рано вошла в соприкосновение с A-волной, в результате чего стали возникать рекомбинанты. В частности именно кластер IDU-B является предковым по отношению к B-последовательностям рекомбинанта CRF03_AB [9], а также вероятным предком других A/B рекомбинантов [27]. Ре-комбинант CRF03_AB приобрел в настоящее время весьма существенное эпидемиологическое значение в странах бывшего СССР, особенно в России, Беларуси и Литве.
Суммируя вышесказанное, можно отметить, что страны бывшего СССР в части распространения ВИЧ-инфекции представляют из себя эпидемиологическое единство, будучи в значительной мере изолированы от стран других регионов. Наибольший интерес в качестве источников эпитопов для отечественных анти-ВИЧ вакцин представляют вирусные штаммы из следующих четырех филогенетических групп (в порядке убывания значимости): A-FSU (IDU-A), AG-FSU, cRF03_AB и IDU-B. Состав такого рода комплексной вакцины может варьироваться в зависимости от региона и/или группы риска.
Эпидемиологическое единство и замкнутость макрорегиона стран бывшего СССР нарушается лишь в части МСМ-группы риска передачи инфекции. На долю МСМ-пути передачи приходится всего лишь несколько процентов от общего числа заражений. В то же время МСМ-эпидемия развивается параллельно и независимо, почти не пересекаясь с вышеперечисленными четырьмя волнами эпидемии, для которых характерны ПИН-, гетеросексуальный и вертикальный пути передачи.
Генетический профиль МСМ-эпидемии в странах бывшего СССР повторяет генетический профиль евроатлантиче-ской эпидемии ВИЧ-1: подавляющее преобладание вирусов субтипа B с высоким уровнем генетического разнообразия в пределах самого субтипа, т. е. МСМ-эпидемия имеет явно выраженный диффузный характер: множественные независимые заносы. Филогенетический анализ даже немногочисленных полногеномных сиквенсов субтипа B из стран бывшего СССР (13 шт.) уже позволяет говорить как минимум о 7-8 независимых заносах неродственных вирусов субтипа B (см. рис. 1).
Это существенно усложняет подбор прототипных штаммов для конструирования отечественных анти-ВИЧ вакцин, профилактическое действие которых призвано охватывать
МСМ-группу риска. Изменчивость целевых эпитопов желательно оценивать не только по генетическим последовательностям вирусов субтипа B из России и сопредельных стран, но и по последовательностям из Западной Европы и США. Причем использование зарубежных штаммов субтипа B в качестве источника эпитопов может оказаться вполне оправданным, поскольку обеспечит более полное покрытие их изменчивости.
Работа выполнена в рамках Седьмой Научной Программы (FP7) проекта European Research Infrastructures for Poverty Related Diseases (EURIPRED), Project ID 312661. Исследование выполнено при финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 15-54-04001 Бел_мол_а.
ЛИТЕРАТУРА
1. Карамов Э.В., Сидорович И.Г., Хаитов Р.М. Новая вакцино-логия: вакцины против ВИЧ/СПИДа. М.: ООО "Медицинское информационное агентство"; 2008.
3. Хаитов Р.М., Решетников А.В., Сидорович И.Г., Карамов Э.В., Гудима Г.О. Клинические испытания первой отечественной анти-ВИЧ/СПИД-вакцины. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2009. 11. Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Гришечкин А.Е., Лага В.Ю., Саламов Г.Г. и др. Генетические варианты ВИЧ-1 в азиатской части России. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 28-35. 15. Карамов Э.В., Гашникова Н.М., Дроздов И.Г., Онищенко Г.Г. Мониторинг ВИЧ-инфекции в Евразии. Атлас вирусов им-мунодефецита человека. Новосибирск: ЦЭРИС; 2009. 25. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф., Никонорова Ю.В., Унагае-ва Н.В., Лаптева Т.А. Свойства изолятов CRF02_AG ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии, 2011; 3: 38-43.
Поступила 29.06.15
REFERENCES
1. Karamov E.V., Sidorovich I.G., Khaitov R.M. New vaccinology: vaccines against HIV/AIDS. [Novaya vaktsinologiya: vaktsiny protiv VICh/SPIDa]. Moscow: OOO "Meditsinskoe informatsionnoe agentstvo"; 2008.
2. Clutton G., Carpov A., Parks C.L., Dean H.J., Montefiori D.C., Hanke T. Optimizing parallel induction of HIV type 1-specific antibody and T-cell responses by multicomponent subunit vaccines. AIDS. 2014; 28 (17): 2495-504.
3. Khaitov R.M., Reshetnikov A.V., Sidorovich I.G., Karamov E.V., Gudima G.O. Clinical testing of the anti-HIV/AIDS vaccine. [Klinicheskie ispytaniya pervoy otechestvennoy anti-VICh/ SPID-vaktsiny]. Moscow: GEOTAR-Media; 2009.
4. Meloni S.T., Kim B., Sankale J.L., Hamel D.J., Tovanabutra S., Mboup S. et al. Distinct human immunodeficiency virus type 1 subtype A virus circulating in West Africa: sub-subtype A3. J. Virol. 2004; 78 (22): 12 438-45.
5. Vidal N., Mulanga C., Bazepeo S.E., Lepira F., Delaporte E., Peeters M. Identification and molecular characterization of subsubtype A4 in central Africa. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2006; 22 (2): 182-7.
6. Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D. et al. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2008; 24 (10): 1319-25.
7. Fernandez-Garcia A., Revilla A., Vazquez-de Parga E., Vinogradova A., Rakhmanova A., Karamov E. et al. The analysis of near full-length genome sequences of HIV type 1 subtype A viruses from Russia supports the monophyly of major intrasubtype clusters. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2012; 28 (10): 1340-3.
8. Novitsky V. A., Montano M.A., Essex M. Molecular epidemiology of an HIV-1 subtype A subcluster among injection drug users in the Southern Ukraine. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998; 14 (12): 1079-85.
9. Nabatov A.A., Kravchenko O.N., Lyulchuk M.G., Shcherbinskaya
A.M., Lukashov V.V. Simultaneous introduction of HIV type 1 subtype A and B viruses into injecting drug users in southern Ukraine at the beginning of the epidemic in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2002; 18 (12): 891-5.
10. Thomson M.M., de Parga E.V., Vinogradova A., Sierra M., Yakovlev A., Rakhmanova A. et al. New insights into the origin of the HIV type 1 subtype A epidemic in former Soviet Union's countries derived from sequence analyses of preepidemically transmitted viruses. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2007; 23 (12): 1599-604.
11. Kazennova E. V., Vasil'ev A. V., Lapovok I. A. Grishechkin A. E., Laga, V. Yu., Salamov G. G., et al. Genetic variants of HIV-1 in the Asian part of Russia. Voprosy virusologii. 2013; 58 (4): 28-35.
12. Hamers F.F. HIV infection in Ukraine (1987-96). Rev. Epidemiol. Sante Publique. 2000; 48 Suppl 1: 1S3-1S15.
13. Bobkov A., Cheingsong-Popov R., Selimova L., Ladnaya N., Kazennova E., Kravchenko A. et al. An HIV type 1 epidemic among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1997; 13 (14): 1195-201.
14. Lukashov V.V., Karamov E.V., Eremin V.F., Titov L.P., Goudsmit J. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998; 14 (14): 1299-303.
15. Karamov E.V., Gashnikova N.M. Drozdov I.G., Onishchenko G.G. Monitoring of HIV infection in Eurasia. Atlas of virus immunodeficita person. [Monitoring VICh-infektsii v Evrazii. Atlas virusov immunodefetsita cheloveka]. Novosibirsk: CERIS; 2009.
16. Gao F., Vidal N., Li Y., Trask S.A., Chen Y., Kostrikis L.G. et al. Evidence of two distinct subsubtypes within the HIV-1 subtype A radiation. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2001; 17 (8): 675-88.
17. Kousiappa I., Van De Vijver D.A., Kostrikis L.G. Near full-length genetic analysis of HIV sequences derived from Cyprus: evidence of a highly polyphyletic and evolving infection. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2009; 25 (8): 727-40.
18. Kousiappa I., van de Vijver D.A., Demetriades I., Kostrikis L.G. Genetic analysis of HIV type 1 strains from newly infected untreated patients in cyprus: high genetic diversity and low prevalence of drug resistance. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2009; 25 (1): 23-35.
19. Kousiappa I., Achilleos C., Hezka J., Lazarou Y., Othonos K., Demetriades I. et al. Molecular characterization of HIV type 1 strains from newly diagnosed patients in Cyprus (2007-2009) recovers multiple clades including unique recombinant strains and lack of transmitted drug resistance. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2011; 27 (11): 1183-99.
20. Kita K., Ndembi N., Ekwalanga M., Ido E., Kazadi R., Bikandou B. et al. Genetic diversity of HIV type 1 in Likasi, southeast of the Democratic Republic of Congo. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2004; 20 (12): 1352-7.
21. Vidal N., Peeters M., Mulanga-Kabeya C., Nzilambi N., Robertson D., Ilunga W. et al. Unprecedented degree of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) group M genetic diversity in the Democratic Republic of Congo suggests that the HIV-1 pandemic originated in Central Africa. J. Virol. 2000; 74 (22): 10 498-507.
22. Carr J.K., Nadai Y., Eyzaguirre L., Saad M.D., Khakimov M.M., Yakubov S.K., et al. Outbreak of a West African recombinant of HIV-1 in Tashkent, Uzbekistan. J. Acquir Immune Defic. Syndr. 2005; 39 (5): 570-5.
23. Palm A.A., Esbjornsson J., Mansson F., Kvist A., Isberg P.E., Biague A. et al. Faster progression to AIDS and AIDS-related death among seroincident individuals infected with recombinant HIV-1 A3/CRF02_AG compared with sub-subtype A3. J. Infect Dis. 2014; 209 (5): 721-8.
24. Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol. 2012; 157 (12): 2335-41.
25. Gashnikova N. M. Safronov P. F., Nikonorova Yu. V., Una-gaeva N. V., Lapteva T. A. Properties of CRF02_AG isolates of HIV-1 circulating in the territory of the Novosibirsk region. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunologii. 2011; 3: 38-43.
26. Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A. et al. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014: 742-52.
27. Saad M.D., Shcherbinskaya A.M., Nadai Y., Kruglov Y.V., An-tonenko S.V., Lyullchuk M.G. et al. Molecular epidemiology of HIV Type 1 in Ukraine: birthplace of an epidemic. AIDS Res Hum Retroviruses. 2006; 22 (8): 709-14.
Received 29.06.15
