CC BY
28
MLVA-типирование штаммов Vibrio choleraе El Tor, выделенных на территории Забайкальского края в период седьмой пандемии
А.С. Пономарева1 ([email protected]), Л.В.Миронова1, Ж.Ю. Хунхеева1, А.Б. Мошкин2, С.В. Балахонов1
1 ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора
2 ФКУЗ «Читинская противочумная станция» Роспотребнадзора
Резюме
Проведено MLVA-типирование (мультилокусный анализ вариабельных тандемных повторов - MLVA - multiple locus variable-number tandem repeats analysis) по 5 локусам вариабельных тандемных повторов 135 штаммов Vibrio choleras El Tor, выделенных с 1973 по 2016 год на территории Забайкальского края. Определено, что исследуемые штаммы относятся к 56 MLVA генотипам, входящим в состав четырех кластерных комплексов. В основании каждого кластера лежат MLVA-типы, имеющие наибольшее число однолокусных вариантов (SLV, single locus variant). Анализ закономерностей распространения показал, что первичное появление штаммов с новыми не характерными для территории генотипами в 70-е, 80-е, 90-е годы прошлого столетия происходит в сточных водах с последующим обнаружением данных генотипов, в основном, в р. Ингода и оз. Кенон. Начиная с 2005 года на территории Забайкальского края доминируют штаммы, впервые выделенные из р. Борзя и оз. Харанор и обнаруживаемые в разное время в этих водоемах и реках Ингода, Кенон, Аргунь. Обнаружение групп изолятов с идентичным или сходным MLVA-профилем, входящих в кластерные комплексы, свидетельствует об их длительном сохранении в отдельных экологических нишах, при этом в процессе адаптации аллельные профили штаммов подвергаются незначительной трансформации по наиболее вариабельным локусам. Идентификация V. choleraе El Tor с существенно отличающейся от доминирующих клонов структурой локусов вариабельных тандемных повторов может служить доказательством их заносного происхождения. Ключевые слова: Vibrio cholerae, эпидемиологическое благополучие, аллельный профиль, популяционная структура, MLVA-типирование
MLVA-typing of Vibrio choleraе El Tor Strains Isolated in Transbaikal Territory during the Seventh Pandemic
A.S. Ponomareva1 ([email protected]), L.V. Mironova1, Zh.Yu. Khunkheeva1, A.B. Moshkin2, S.V. Balakhonov1
1 Federal Budgetary Healthcare Facility «Irkutsk Antiplague Research Institute» of Federal Service of Surveillance on Consumer1 Rights Protection and Human Wellbeing
2 Federal Budgetary Healthcare Facility «Chita Antiplague Station» of Federal Service of Surveillance on Consumer1 Rights Protection and Human Wellbeing
Abstract
Cholera remains a topical infection in the world, which determines the high risk of importation of the pathogen on the territory of the Russian Federation. MLVA-typing of 135 strains at 5 tandem repeats loci was carried outin order to study the clonal-population structure of the isolated from 1973 to 2016 on the Transbaikal territory V. cholerae. Analysis of the distribution patterns showed that the primary emergence of strains with new atypical for the territory genotypes in 1970s, 1980s, 1990s, occurred in sewage waters with the subsequent detection of the given genotypes generally in Ingoda river and Kenon lake. The strains firstly isolated from Borzya river and Haranor lake and found out at various times in Ingoda river and Kenon lake, Chita, Argun rivers, Haranor lake and Borzya river have been dominating since 2005 in Transbaikal territory. Finding groups of isolates with identical or similar MLVA-profile appeared in cluster complexes evidence of their long-term preservation in specific ecological niches, strains' allelic profiles undergo minor transformation on the most variable loci in the process of adaptation. Identification of V. cholerae El Tor that variable tandem repeat loci structure materially differs from those of the dominant clones may serve as proof of their invasive origin. Key words: vibrio cholerae, epidemiological well-being, allelic profile, population structure, MLVA-typing.
Введение
Холера остается актуальной инфекцией в мире, что связано с существованием истинных и вторичных эндемичных очагов в странах Азии, Африки, Америки. Интенсивная миграция населения, локальные военные конфликты, развитие туризма способствуют выносу холеры из эндемичных стран
с развитием в ряде случаев беспрецедентных по масштабам эпидемических осложнений на ранее свободных от холеры территориях [1].
Забайкальский край находится на стыке миграционных потоков Азиатско-Тихоокеанской миграционной системы, на юге граничит с Монголией и Китаем, на севере - с Иркутской областью
и Республикой Саха (Якутия), на западе - с Республикой Бурятия, на востоке - с Амурской областью [2]. Учитывая пограничное положение региона, существует риск завоза холеры, что определяет актуальность мониторинга вибриофлоры водных экосистем края, направленного на получение оперативной информации о присутствии в них опасного патогена. При этом молекулярно-гене-тическое типирование с одновременным определением эпидзначимости изолированных штаммов имеет ключевое значение для определения источника и направлений распространения патогена на территории и принятия своевременных мер ограничительного характера. Метод мультилокус-ного анализа вариабельных тандемных повторов (MLVA), широко применяемый в молекулярной эпидемиологии и филогенетическом анализе, способен решить ряд задач, заключающихся в изучении генетического разнообразия изолятов, их клоновой принадлежности и географической приуроченности и является одним из часто применяемых подходов к молекулярному типированию микроорганизмов [3 - 8]. Метод показал высокую эффективность при исследовании штаммов, выделенных в разные годы седьмой пандемии на территории РФ, с определением источника и путей распространения [9 - 12].
Цель работы - изучение клонально-популяци-онной структурированности V. cholerae El Tor в водоемах Забайкальского края.
Материалы и методы
Исследовано 135 штаммов V. cholerae О1 El Tor, изолированных на территории Забайкальского края с 1973 по 2016 год (рис. 1), среди которых 116 изолятов относятся к сероварианту Инаба, 17 - Огава, 1 - Гикошима, так же включен один штамм V. cholerae R-варианта. Все штаммы хранились в МЖК Иркутского научно-исследовательского противочумного института в лиофилизи-рованном состоянии. Дополнительно исследовано 15 штаммов, хранящихся на полужидком агаре с ежегодным пересевом. Все изоляты охарактеризованы по комплексу культурально-морфологи-ческих и серологических свойств. Генетическая паспортизация штаммов V. cholerae El Tor проведена по генам основных факторов патогенно-сти (ctxA, tcpAelt), генам принадлежности к серо-группе (wbeT, wbf) и видоспецифическим генам (hlyA, toxR), наличию коньюгативного элемента SXT (sulfamethoxazole и trimethoprim), ассоциированного с резистентностью к некоторым антибиотикам и, в том числе, к сульфаметоксазолу и триметоприму; часть штаммов (n = 40) исследована на наличие
Рисунок 1.
генов островов пандемичности (tnp0183, pro490) [13, 14]. Мишенями для MLVA-типирования выбраны пять локусов вариабельных тандемных повторов VcA(VCA0171), VcB(VCA0283), VcC(VC0147), VcD(VC0437), VcG(VC1650), содержащих от 6 до 9 нуклеотидов Анализируемые повторы локализованы на обеих хромосомах референсного штамма V. cholerae El Tor N 16961 (табл. 1)
Амплификация проведена со специфическими праймерами [15], меченными флюоресцентными красителями (FAM, R6G, TAMRA, ROX), по следующей программе: стартовая денатурация 95 °С -2 мин; 30 циклов - денатурация 94 °С - 35 сек, отжиг праймеров 56 - 61 °С - 25 сек, элонгация 72 °С - 35 сек. Ампликоны разделены путем капиллярного электрофореза на ДНК анализаторе ABIPrismD 3130 GeneticAnalyzer (Applied Biosystems 1пс,США). Размеры ампликонов определены в программе Gene Mapper v.3.0. Число тандемных повторов исследуемых штаммов рассчитано по формуле, включающей размер ампликона и определенное путем прямого секвенирования числа повторов маркерного штамма:
R = Rc+(Mx-Mc)/u ,
где Rc- число повторов маркерного контрольного штамма; Mx - размер ампликона исследуемого штамма; Мс - размер ампликона маркерного (контрольного штамма); u - число нуклеотидов в повторе. Число повторов маркерного штамма (V. cholerae И-1300 El Tor, Южно-Сахалинск, 1999 г.) по исследуемым локусам VcA_VcB_VcC_ VcD_VcG составило, соответственно, 7_21_9_7_8.
Биоинформационный анализ результатов MLVA-типирования осуществляли с помощью программного обеспечения Bionumerics, v. 6.01 (AppliedMaths, Бельгия) по алгоритмам UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic
Mean, метод попарного внутригруппового невзве-шенного среднего) и MST (Minimum Spanning Tree, минимальное остовное дерево) для категориальных данных. Для численной оценки вариабельности локусов использовался индекс аллельного полиморфизма (h) [16]. Оценку дискриминирующей способности метода проводили по индексу Ханте-ра-Гастона (HGDI) [6].
Результаты и обсуждение
В Забайкальском крае мониторинг вибриофло-ры водных объектов проводится с 40-х годов прошлого столетия. Стационарные точки отбора проб расположены на реках Ингода, Чита, Борзя, Онон, Турга, Киранка, Кяхтинка, Чикой, Газимур, Урулюн-гуй, пограничных реках Аргунь, озерах Кенон, Ха-ранор, Бугутур, Цаган-Нор, Арей, Арахлей, Тасей, Ножей, Бальзино, Халанда, ключе Кулажда [17]. В настоящее время насчитывается 58 стационарных точек отбора проб воды и ила на наличие холерного вибриона из поверхностных водоёмов Забайкальского края (см. рис. 1).
Выделение штаммов V. cholerae О1 El Tor, начиная с 1973 года за редким исключением происходит ежегодно. Изолировано более четырехсот штаммов, из них 84% относятся к серовару Ина-ба,14% - Огава, 2% - Гикошима, кроме того выделено 5 штаммов R-варианта.
Культуры имеют свойства, характерные для не-токсигенных штаммов V. cholerae El Tor. Каждый изолят содержит один или два видоспецифических гена (hlyA или toxR). Ген принадлежности к О1 се-рогруппе (wbeT) обнаружен у 132 штаммов. Все исследованные вибрионы не содержат основных детерминант патогенности (гены ctxA, tcpA). Открытым остается вопрос о происхождении данных штаммов и их клоновой взаимосвязи.
Анализ генотипа штаммов по числу повторов в каждом из пяти локусов вариабельных тандем-
Таблица 1.
Структура вариабельных тандемных повторов и последовательности праймеров
Исследуемый локус Флюоресцентная метка Нуклеотидная последовательность повтора Позиция в геноме Праймер Последовательности праймеров
VcA (VCA0171) VC4 FAM TGCTGT 187459-188196 VcAF TCTTCTTGCGCTTCTTGACC
VcAR TCATCAAGATGCACGACACA
VcB (VCA0283) LAV6 R6G ACCAGA 303639-304322 VcBF GCCTCCTCAGAAGTTGAGAATC
VcB R CCGATGAACTCTCTGAACTGG
VcC (VC0147) VC1 R6G AACAGA 136806-137459 VcC F CGGAAACTGCGTTAACAGAAA
VcC R CTTTAAGCGCGCAAAGAAAC
VcD (VC0437) VC9 ROX GACCCTA 466811-467459 VcD F ATTTAA AAGCCCTGCCGTTTG
VcD R GAACGTAGATCCCAGAAAACAATC
VcG (VC1650) VC5 ROX GATAATCCA 17782101778872 VcG F AATTACTGGGTGAACGCTATAACA
VcG R CTAACTGAGTGACCGCATTGG
ных повторов позволил сформировать MLVA-профиль, включающий от 0 до 27 повторов по каждому локусу. Индексы аллельного разнообразия Симпсона (Simpson>s Index of Diversity) для исследуемой выборки составили для локуса VcA -0,9092, VcB - 0, VcC - 0,8699, VcD - 0,0998, VcG - 0,0516. Таким образом, у исследуемых штаммов V. cholerae максимально вариабельны локу-сы VcA и VcC и менее вариабельны локусы VcD, VcG, что согласуется с данными исследователей, объясняющих меньшую вариабельность локусов VcD, VcG расположением на большей, эволюци-онно более древней, хромосоме, но вместе с тем, локус VcC, находящийся также на большой хромосоме, показал высокую вариабельность, практически наравне с локусом VcA, что связано с принадлежностью штаммов к экологическим изо-лятам, проявляющим, как правило, высокую вариабельность по локусам VcA и VcC [18, 19]. Ни один исследуемый штамм не содержит повторов по локусу VcB, характерному в основном для эпидемически опасных (ctx+, tcpA+) и потенциально
эпидемически опасных (ctx-, tcpA+) штаммов [20]. Дискриминирующая способность метода MLVA для всей выборки штаммов высокая - индекс Ханте-ра-Гастона составил 0,988.
Кластерный анализ 135 штаммов V. cholerae El Tor с помощью алгоритма UPGMA выявил 56 MLVA-генотипов, 28 из них представлены одним изолятом, 28 - включают от двух до 15 штаммов. Наиболее крупные группы с идентичными MLVA-генотипами образованы штаммами, выделенными в 1974 - 1975 годах из рек Ингода, Жи-рейка, Сестреница и оз. Кенон (n = 15); в 1978 -1979 годах - из рек Аргунь, Ингода, Чита, а также сточных вод (n = 10); в 2006 - 2008 годах - из р. Борзя и оз. Харанор (n = 8); в 2009 - 2016 годах - из рек Чита, Борзя и оз. Кенон (n = 10), в 2016 году - из р. Борзя (n = 6).
На древе, построенном с помощью MST алгоритма, MLVA-генотипы распределены на кластерные комплексы (рис. 2, 3). В основании комплексов находятся генотипы штаммов, имеющие наибольшее число однолокусных вариантов (SLV).
Рисунок 2.
Дендрограмма, построенная по алгоритму MST (minimum spanning tree) с использованием программы Bionumerics, v 6.01, на основе MLVA - типирования по пяти локусам тандемных повторов
Рисунок 3.
Дендрограмма, построенная по алгоритму MST (minimum spanning tree) с использованием программы Bionumerics, v 6.01, на основе MLVA - типирования по пяти локусам тандемных повторов. Распределение серовариантов по кластерам
ляции вибрио-
Примечание: нов. I, II, III, IV,
Примечание: Буквами обозначены места изоляции вибрионов. I, II, III, IV, V - обозначения кластеров.
Примечание: Штаммы V. cholerae El Tor I-1363, I-1139, I-1029, I-856, I-1162, I-1175, I-1479, I-1174 - не вошли в состав кластеров.
Изоляты, выделенные в 1978 году из сточных вод п. Досатуй, Приаргунского района и в 1974 году из воды р. Ингода (генотип 20_0_12_3_2), находятся в основании крупного кластерного комплекса I, образованного 40 штаммами, выделенными с 1973 по 1983 год из р. Ингода, оз. Кенон, сточных вод, а так же рек Чита, Сестреница, Жирейка, Ар-гунь и бачков поезда «Пекин-Москва».
Кластерный комплекс II представлен пятью штаммами одного аллельного профиля 17_0_12_3_2, выделенными в 1978, 1982 и 2005, 2009, 2012 годах. Данный комплекс находится на стыке двух крупных кластерных комплексов I и III. Одной из особенностей штаммов, входящих в этот немногочисленный кластер, является принадлежность к различным серогруппам при наличии одного MLVA-генотипа: три изолята 1978, 1982 и 2012 годов, выделенные из сточных вод и рек Ингода и Борзя, отнесены к сероварианту Инаба, изоляты 2005 и 2009 годов, выделенные из рек Бозя и Чита - к Огава. Другая особенность - это достаточно большой промежуток времени между выделением штаммов одного и того же MLVA-генотипа, составивший 34 года (1978 и 2012 гг.), что, скорее всего, связано совпадением генотипов, так как в результате длительной циркуляции штаммов в объектах окружающей среды возможны изменения в наиболее вариабельных локусах тандемных повторов [21].
Кластерный комплекс III наиболее обширный по количеству штаммов, включает в себя 54 изолята с 23 генотипами, 5 из которых дают начало подкластерам, из них в отдельный кластерный комплекс IV выделена группа штаммов с наибольшим числом однолокусных вариантов. В основании кластерного комплекса III находятся штаммы с генотипом 17_0_11_3_2, выделенные из рек Ингода и Борзя в 2015, 2016 годах. Однолокусные варианты данного генотипа выделялись в 1984, 1990 годах из рек Аргунь, Кия (22_0_11_3_2), в 1991 году из рек Чита, Ингода (14_0_11_3_2), в 1998 году из оз. Кенон (27_0_11_3_2), далее штаммы с генотипом Х_0_11_3_2 выделяются в 2004 году из оз. Кенон (21_0_11_3_2) и с 2009 по 2016 год из рек Борзя, Чита и оз. Кенон (16_0_11_3_2, 15_0_11_3_2).
При анализе кластерного комплекса IV, сформированного из штаммов, выделенных из р. Бор-зя, озер Харанор и Кенон с генотипом Х_0_10_3_2, установлено, что впервые штаммы с числом повторов 11_0_10_3_2, изолированы из воды и ила р. Борзя в 2006 году и продолжали выделяться до 2008 года. Появление генотипов, с измененным числом повторов по локусу VcA - 8_0_10_3_2 и 15_0_10_3_2 происходит через четыре года (2012 г.) в р. Борзя и оз. Харанор, в первом случае наблюдается редукция (уменьшение), а во втором дупликация (увеличение)повторов в локусе. Появление новых генотипов в пределах кластера происходит в 2013 году(14_0_10_3_2; 16_0_10_3_2
и 17_0_10_3_2) и 2015 г. (4_0_10_3_2), данные штаммы, помимо р. Борзи, начинают выделяться из оз. Кенон, изменения касаются также только локуса VcA.
Анализируя закономерности распространения следует отметить, что первичное появление штаммов новых, не характерных для территории генотипов в 70-е, 80-е, 90-е годы прошлого столетия ,обнаружено в сточных водах с последующей изоляцией данных генотипов в основном из р. Ингода и оз. Кенон. Начиная с 2005 года на территории Забайкальского края доминируют штаммы, впервые выделенные из р. Борзя и оз. Харанор и обнаруживаемые в разное время из проб воды и ила рек Ингода, Чита, Аргунь, Борзя, а также озер Кенон и Харанор.
Выявлены штаммы, не вошедшие ни в один из кластерных комплексов, так как они отличаются от штаммов, входящих в состав кластерных комплексов по двум и более локусам. Такие, кло-нально не связанные изоляты, выделялись из сточных вод, ила и воды р. Ингода (1978, 1981, 1992, 1993, 2002, 2011 гг.), из воды озер Камышовое (1991 г.) и Кенон (1993 г.) и из ила сточных вод полей фильтрации в г. Борзя (1991 г.). Можно предположить, что обнаружение изолятов со значительными отличиями в MLVA-профиле связано с их заносом извне, а не с генетическими перестройками персистирующих в водоемах края вибрионов.
Интересен факт обнаружения у штаммов, выделенных из воды оз. Камышовое (1991 г.) и ила сточных вод п. Домна (1993 г.), не входящих в кластерные комплексы, гена интегразы коньюга-тивного элемента SXT (intSXT), способного к переносу генов антибиотикорезистентности. Так же элемент SXT был обнаружен у штамма, выделенного в 1982 году из сточных вод аэропорта, перед сбросом в р. Ингоду. MLVA-профиль данного штамма (17_0_12_3_2) совпадает с профилем штаммов, выделенных 1978 и 2009 годах из рек Ингода и Чита. По литературным данным, в эндемичных районах впервые SXT элемент обнаружен у штаммов 1978 - 1984 годов [22, 23].
У трех штаммов, два из которых не входят в кластерные комплексы, обнаружен ген tnpO183, находящийся в составе острова пандемичности (VSP-I, Vibrio seventh pandemic island), и характерного в основном для токсигенных штаммов [12]. Присутствие в геноме изолятов SXT и фрагментов острова пандемичности может служить дополнительным маркером указанной группы штаммов. Сопоставление MLVA-генотипов и принадлежности штаммов к сероварианту показало, что изоляты V. cholerae разных серовариантов равномерно распределены по всему дереву, однако в основаниях всех клоно-вых комплексов находятся штаммы сероварианта Инаба, а штаммы, не вошедшие в клоновые комплексы, в большинстве случаев относятся к сероварианту Огава. Штамм V. cholerae R-вариант так-
Таблица 2
Сравнение MLVA-генотипов штаммов хранящихся на 0,3%ПЖА и в лиофилизированном состоянии
№ штамма Год выделения Условия хранения VcA VcB VcC VcD VcG
Количество повторов по каждому локусу
И-Ю63 1982 в лиофилизированном состоянии 9 G 12 3 2
И-Ю63 на полужидком агаре 9 G 11 3 2
^1GB9 1983 в лиофилизированном состоянии 15 G B 3 2
^1GB9 на полужидком агаре 16 G 9 3 2
И-Ю92 1983 в лиофилизированном состоянии 1G G 14 3 2
И-Ю92 на полужидком агаре 14 G 15 3 2
И-Ю93 1984 в лиофилизированном состоянии 17 G 9 3 2
И-Ю93 на полужидком агаре 16 G 6 3 2
И-1162 1992 в лиофилизированном состоянии 12 G 17 3 2
И-1162 на полужидком агаре 12 G 17 3 2
И-1413 2006 в лиофилизированном состоянии 11 G 1G 3 2
И-1413 на полужидком агаре 11 G 1G 3 2
И-1427 2008 в лиофилизированном состоянии 11 G 1G 3 2
И-1427 на полужидком агаре 11 G 11 3 2
же находится за пределами клоновых комплексов (см. рис. 3). Выявлено три случая принадлежности к идентичным MLVA-генотипам (17_0_13_3_2; 20_0_8_3_2, 15_0_10_3_2) штаммов как серова-рианта Инаба, так и Огава. В двух случаях между выделением V. cholerae El Tor одного и того же MLVA-генотипа и относящихся к разным серова-риантам, лежат значительные временные промежутки равные 34 и 20 годам, что, скорее всего, связано с совпадением генотипов, но в тоже время не исключена и возможность сероконверсии. В третьем случае штаммы с идентичным генотипом и разных серовариантов выделены в один и тот же год в территориально близких точках (оз. Харанор и р. Борзя), что так же позволяет предположить возможность сероконверсии. По литературным данным, варианты данного перехода от одного се-ротипа к другому и наоборот, возможны, как в лабораторных условиях, так и в естественной среде обитания вибриона [18, 24, 25].
В рамках работы исследована стабильность локусов при различных условиях хранения. Проведено сравнение числа повторов по локусам у 15 штаммов, полученных из МЖК, хранящихся в лиофилизированном состоянии и тех же штаммов, хранящихся на 0,3% полужидком агаре (ПЖА) с ежегодным пересевом. Определено изменение в локусах VcA и VcC на 1, 2 или 3 повтора при ста-
бильном числе повторов по локусам VcD и VcG у штаммов, хранящихся на ПЖА более 20 лет. Штаммы, хранящиеся на ПЖА 8 и 10 лет, отличались только в одном случае на один повтор от лиофиль-но-высушенных штаммов, у остальных изолятов изменений в аллельном профиле не обнаружено (табл. 2).
Наблюдается заметная стабильность локусов VcD и VcG как среди штаммов, входящих в кло-нальные комплексы, так и среди штаммов, подвергнутых большому числу пересевов и хранению на ПЖА. Все штаммы с уникальным числом повторов по локусам VcD и VcG относятся к V. cholerae El Tor, не вошедшим в кластерные комплексы.
Выводы
1. В поверхностных водоемах Забайкальского края установлена гетерогенность популяции V. cholerae El Tor по структуре локусов вариабельных тандемных повторов.
2. Обнаружение групп изолятов с идентичным или сходным MLVA-профилем, входящих в кластерные комплексы, свидетельствует об их длительном сохранении в отдельных экологических нишах, при этом в процессе адаптации аллельные профили штаммов подвергаются незначительной трасформации по наиболее вариабельным локусам.
3. Идентификация V. cholerae El Tor с существенно ров может служить доказательством их занос-отличающейся от доминирующих клонов струк- ного происхождения. Ш
турой локусов вариабельных тандемных повто-
Литература
1. Онищенко Г.Г., Москвитина Э.А., Кругликов В.Д., Титова С.В., Адаменко О.Л., Водопьянов А.С. и др. Эпидемиологический надзор за холерой в России в период седьмой пандемии. Вестник РАМН. 2015; 70 (2): 249 - 256.
2. Козыкина Н.В. Китайская миграция в Забайкальском крае: состояние и тенденции развития: Автореф. дис. ... канд. полит. наук. Москва; 2011.
3. Danin-Poleg Y., Cohen L.A., Gancz H., Broza Y.Y., Goldshmidt H., Malul E. et al. Vibrio cholerae Strain Typing and Phylogeny Study Based on Simple Sequence Repeats J. Clin. Microbiol. 2007; 45 (3): 736 - 746.
4. Zhou H., Cui Z., Diao B., Zhang C., Pang B., Zhang L. et al. A three-loci variable number of tandem repeats analysis for molecular subtyping of Vibrio cholerae 01 and O139. Foodborne Pathog. Dis. 2013; 10(8): 723 - 730.
5. Stine 0. C., and Morris J. G. Circulation and transmission of clones of Vibrio cholerae during cholera outbreaks. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2014; 379: 181 - 193.
6. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988; 26 (11): 2465 - 246.
7. Moore S., Miwanda B., Sadji A.Y., Thefenne H., Jeddi F., Rebaudet S., et al. (2015) Relationship between Distinct African Cholera Epidemics Revealed via MLVA Haplotyping of 337 Vibrio choleras Isolates. PLoS Negl. Trop. Dis. 2015; 9 (6): e0003817.
8. Bhowmick, T.S., Das, M. and Sarkar, B.L. Evaluation of VcA VNTR as a strain-typing and phylogeny study method of Vibrio cholerae strains. Epidemiology and Infection. 2010; 138 (11): 1637 - 1649.
9. Кульшань Т.А., Краснов Я.М., Лозовский Ю.В., Смирнова Н.И. Молекулярное типирование методом MLVA типичных и генетически измененных природных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль-Тор. Проблемы особо опасных инфекций. 2012; 114: 39 - 43.
10. Балахонов С.В., Кожевникова А.С., Куликалова Е.С., Марамович А.С., Бренева Н.В., Ганин В.С. и др. Молекулярно-генетические особенности штаммов холерного вибриона, выделенных на территории Сибири и Дальнего Востока во время VII пандемии. Журн. инфек. патол. 2009; 16 (3): 9 - 16.
11. Хунхеева Ж.Ю., Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Пономарева А.С., Урбанович Л.Я., Хоменко Т.В. и др. MLVA-типирование в анализе структуры популяции штаммов V. cholerae, циркулирующих на территории Приморского края в период эпидемиологического благополучия. Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2014; 1 (95): 84 - 89.
12. Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М., Водопьянов С.О., Романова Л.В., Черепахина И.Я. и др. Мультилокусное VNTR-генотипирование культур холерных вибрионов, выделенных в г. Казань во время вспышки холеры летом 2001 г. Журн. микробиол. 2003; 611 - 615.
13. Dziejman M., Balon E., Boyd D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease . Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002; 99 (3): 1556 - 1561.
14. Hochhut B, Lotfi Y, Mazel D, Faruque SM, Woodgate R, Waldor MK. Molecular Analysis of Antibiotic Resistance Gene Clusters in Vibrio cholera 0139 and 01 SXT Constins. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2001; 45(11): 2991 - 3000.
15. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин М.Б., Сучков И.Ю. Вариабельные тандемные повторы, выявленные при компьютерном анализе генома Vibrio cholerae. Биотехнология. 2001; 6: 85 - 88.
16. Selander R.K., Caugant D.A., Ochman H., Musser J.M., Gilmour M.N., Whittam T.S. et al. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics. Applied and Environmental Microbiology. 1986; 51 (5): 873 - 884.
17. Юзвик Л.Н. Результаты многолетнего мониторинга холеры в Забайкалье. В кн: Вопросы эпидемиологии и профилактики особо опасных и природно-очаговых инфекционных заболеваний: Сб. научных статей. Чита: Экспресс-издательство; 2013: 46 - 50.
18. Kendall E.A., Chowdhury F., Begum Y., Khan A.I., Li S., Thierer J.H. et al. Relatedness of Vibrio cholerae 01/0139 isolates from patients and their household contacts, determined by Multilocus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis. Journal of Bacteriology. 2010; 192 (17): 4367 - 4376.
19. Ghosh R., Nair G.B., Tang L., Morris J.G., Sharma N.C., Ballal M. et al. Epidemiological study of Vibrio cholerae using variable number of tandem repeats. FEMS Microbiol Lett. 2008; 288: 196 - 201.
20. Choi SY Lee JH, Jeon YS, Lee HR, Kim EJ, Ansaruzzaman M, et al. Multilocus variable-number tandem repeat analysis of Vibrio cholerae 01 El Tor strains harbouring classical toxin B. J. Med. Microbiol. 2010; 59 (Pt 7): 763 - 769.
21. Миронова Л.В., Хунхеева Ж.Ю., Басов Е.А., Пономарева А.С., Миткеева С.К., С.В. Балахонов. Анализ стабильности генотипа Vibrio cholerae в условиях низкой температуры и дефицита питательных веществ. Проблемы особо опасных инфекций. 2016; 3: 52 - 56.
22. Mohapatra S.S., Mantri C.K., Mohapatra H., Colwell R.R., Singh D.V. Analysis of clonally related environmental Vibrio cholerae 01 El Tor isolated before 1992 from Varanasi, India reveals origin of SXT-ICEs belonging to 0139 and 01 serogroups. Environ Microbiol. Rep. 2010; 2 (1): 50 - 57.
23. Mutreja A., Kim D.W., Thomson N.R., Connor T.R., Lee J.H., Kariuki S. et al. Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic Nature. 2011; 477: 462 - 466.
24. Stroeher U.H., Karageorgos L.E., Morona R., Manning P.A. Serotype conversion in Vibrio cholerae 01. Proc Natl Acad Sci USA. 1992; 89 (7): 2566 - 2570.
25. Марамович А.С., Ганин В.С., Осауленко О.В. Состав популяции холерных вибрионов по серологическим вариантам. Эпидемиология и профилактика ООИ в МНР и СССР Матер, междунар. конф. работн. учреждений ООИ МНР и противочум. учрежд. СССР Улан-Батор; 1982: 152 - 155.
References
1. 0nishchenko G.G., Moskvitina E.A., Kruglikov V.D., Titov S.V., Adamenko 0.L., Vodop'yanov A.S. et al. Surveillance of cholera in Russia during the seventh pandemic. Vestnik RAMN [Annals of the Russian Academy of Medical Sciences]. 2015; 70 (2): 249 - 256 (in Russian).
2. Kozykina N.V. Chinese migration in the Trans-Baikal Region: state and development trends: PhD of polit. sci. diss. Moscow; 2011 (in Russian).
3. Danin-Poleg Y., Cohen L.A., Gancz H., Broza Y.Y., Goldshmidt H., Malul E. et al. Vibrio cholerae Strain Typing and Phylogeny Study Based on Simple Sequence Repeats J. Clin. Microbiol. 2007; 45 (3): 736 - 746.
4. Zhou H., Cui Z., Diao B., Zhang C., Pang B., Zhang L. et al. A three-loci variable number of tandem repeats analysis for molecular subtyping of Vibrio cholerae 01 and 0139. Foodborne Pathog. Dis. 2013; 10(8): 723 - 730.
5. Stine 0.C., Morris J.G. Circulation and transmission of clones of Vibrio cholerae during cholera outbreaks. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2014; 379: 181 - 193.
6. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity. J. Clin. Microbiol. 1988; 26 (11): 2465 - 246.
7. Moore S., Miwanda B., Sadji A.Y., Thefenne H., Jeddi F., Rebaudet S., et al. (2015) Relationship between Distinct African Cholera Epidemics Revealed via MLVA Haplotyping of 337 Vibrio cholea Isolates. PLoS Negl Trop Dis. 2015; 9(6): e0003817.
8. Bhowmick T.S., Das M., Sarkar B.L. Evaluation of VcA VNTR as a strain-typing and phylogeny study method of Vibrio cholerae strains. Epidemiology and Infection. 2010; 138 (11): 1637 - 1649.
9. Kulshan T.A., Krasnov J.M., Lozovskiy Y.V., Smirnov N.I. Molecular typing by MLVA typical natural and genetically modified strains of Vibrio cholerae El Tor biovar. Plague. 2012; 114: 39 - 43 (in Russian).
10. Balakhonov S.V., Kozhevnikova A.S., Kulikalova E.S., Maramovich A.S., Breneva N.V., Ganin V.S. et al. Molecular genetic characteristics of strains of Vibrio cholerae isolated in Siberia and the Far East during the pandemic VII. Zhurnal infectionnoy patologii. [Journal of Infectious Diseases]. 2009; 16 (3): 9 - 16 (in Russian).
11. Hunheeva Zh.Yu., Mironova L.V., Afanasyev M.V., Ponomareva A.S., Urbanowich, L.J., Khomenko T.V. et al. MLVA-typing of strains in the population structure analysis of V. cholerae, circulating in the Primorye Territory in the period of epidemiological welfare. Bulletin ESSC SB RAMS. Bulleten' Vostochno Sibirskogo Nauchnogo Centra Sibirskogo 0tdelenia Rossyskoi Akademii Medicinskih nauk. [Bulletin of the East Siberian Scientific Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of Medical Sciences]. 2014; 1 (95): 84 - 89 (in Russian).
12. Mishankin B.N., Vodop'yanov A.S., Lomov Y.M., Vodop'yanov S.0., Romanova L.V., Cherepahina I.J. et al. Multilocus VNTR-genotyping cultures of V. cholerae isolated in Kazan during an outbreak of cholera in the summer of 2001. Zhurnal Mikribiologii. [Journal of Microbiology]. 2003; 611 - 15 (in Russian).
13. Dziejman M., Balon E., Boyd D., Fraser C.M., Heidelberg J.F., Mekalanos J.J. Comparative genomic analysis of Vibrio cholerae: genes that correlate with cholera endemic and pandemic disease . Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002; 99 (3): 1556 - 1561.
14. Hochhut B., Lotfi Y., Mazel D., Faruque S.M., Woodgate R., Waldor M.K. Molecular Analysis of Antibiotic Resistance Gene Clusters in Vibrio cholera 0139 and 01 SXT Constins. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2001; 45 (11): 2991 - 3000.
15. Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Mishankin M.B., Suchkov I.Y. Variable tandem repeats identified by computer analysis of the genome of Vibrio cholerae. Biotehnologya. [Biotechnology]. 2001; 6: 85 - 88 (in Russian).
16. Selander R.K., Caugant D.A., Ochman H., Musser J.M., Gilmour M.N., Whittam T.S. et al. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics. Applied and Environmental Microbiology. 1986; 51 (5): 873 - 884.
17. Yuzvik L.N. The results of long-term monitoring of cholera in the Trans-Baikal region. In: Epidemiology and prevention of extremely dangerous and natural focal infectious diseases: Coll. scientific articles. Chita: Express Publishing; 2013: 46 - 50 (in Russian).
18. Kendall E.A., Chowdhury F., Begum Y., Khan A.I., Li S., Thierer J.H. et al. Relatedness of Vibrio cholerae O1/O139 isolates from patients and their household contacts, determined by Multilocus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis. Journal of Bacteriology. 2010; 192 (17): 4367 - 4376.
19. Ghosh R., Nair G.B., Tang L., Morris J.G., Sharma N.C., Ballal M. et al. Epidemiological study of Vibrio cholerae using variable number of tandem repeats. FEMS Microbiol. Lett. 2008; 288: 196 - 201.
20. Choi S.Y., Lee J.H., Jeon Y.S., Lee H.R., Kim E.J., Ansaruzzaman M. et al. Multilocus variable-number tandem repeat analysis of Vibrio cholerae 01 El Tor strains harbouring classical toxin B. J. Med. Microbiol. 2010; 59 (Pt 7): 763 - 9.
21. Mironova L.V., Hunheeva Z.Y., Basov E.A., Ponomareva A.S., Mitkeeva S.K., Balakhonov S.V. Stability analysis of the genotype of Vibrio cholerae in the environment of low temperature and nutrient deficiency. Problemi Osobo Opasnih Infekcy. [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2016; 3: 52 - 56 (in Russian).
22. Mohapatra S.S., Mantri C.K., Mohapatra H., Colwell R.R., Singh D.V. Analysis of clonally related environmental Vibrio cholerae 01 El Tor isolated before 1992 from Varanasi, India reveals origin of SXT-ICEs belonging to 0139 and 01 serogroups. Environ Microbiol. Rep. 2010; 2 (1): 50 - 57.
23. Mutreja A., Kim D.W., Thomson N.R., Connor T.R., Lee J.H., Kariuki S. et al. Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic Nature. 2011; 477: 462 - 466.
24. Stroeher U.H., Karageorgos L.E., Morona R., Manning PA. Serotype conversion in Vibrio cholerae 01. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1992; 89 (7): 2566 - 2570.
25. Maramovich A.S., Ganin V.S., 0saulenko 0.V. The composition of the population of V. cholerae for serological variants. Epidemiology and Prevention particularly dangerous infections in the MPR and the USSR. Matererialy international conference of workers of establishments of PDI and Mongolia protivochum. established. The USSR. Ulaanbaatar; 1982: 152 - 155 (in Russian).
ИНФОРМАЦИЯ РОСПОТРЕБНАДЗОРА
О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2016 году: Государственный доклад (Извлечения. Начало на стр. 17. Продолжение на стр. 64)
Работа по реализации мероприятий по поддержанию свободного от полиомиелита статуса страны в 2016 году осуществлялась в соответствии с обновленным Национальным планом действий по поддержанию свободного от полиомиелита статуса Российской Федерации на 2016 - 2018 годы.
Следуя рекомендациям ВОЗ, в соответствии с резолюцией Всемирной ассамблеи здравоохранения WHA 68.3 в РФ в апреле 2016 года осуществлен переход с трехвалентной оральной полиовакцины (тОПВ) на бивалентную оральную полиовакцину (бОПВ) против 1-го и 3-го типов полиовируса.
В Российской Федерации зарегистрирована и применяется отечественная бОПВ, завершена регистрация моновалентной оральной полиомиелитной вакцины типа 2, ведутся разработки отечественной инактивированной полиомиелитной вакцины (ИПВ).
По итогам 2016 года, как и в течение последних трех лет, в целом по стране достигнуты требуемые показатели своевременности вакцинации и ревакцинации детей (не менее 95%) против полиомиелита в декретированных возрастах, что подтверждается данными серологического мониторинга коллективного иммунитета, проводимого в стране ежегодно. При этом остаются территории, не достигшие данного показателя в возрасте: 12 месяцев - 5 субъектов Российской Федерации (Ненецкий АО, Республика Крым, Ханты-Мансийский АО, Чувашская, Чеченская Республики), 24 месяцев - 9 субъектов (Республика Крым, Ненецкий АО, Чувашская Республика, Ханты-Мансийский АО, Свердловская область, Чеченская Республика, Псковская область, Алтайский край, Республика Карелия), 14 лет - 2 субъекта (Московская и Курганская области).
Несмотря на высокие показатели своевременности иммунизации, в Российской Федерации за
последние 5 лет ежегодно растет число детей в возрасте до 5 лет, уязвимых к полиовирусной инфекции (получившие менее 3 доз полиовакцины). В 2016 году этот показатель составил 2,3% от состоящих на учете. Данная неблагоприятная тенденция может быть связана, прежде всего, с отказами родителей от иммунизации детей.
Кроме того, сохраняется проблема несоблюдения медицинскими работниками санитарного законодательства в области профилактики вакцино-ассоциированного паралитического полиомиелита (ВАПП), что увеличивает риск возникновения заболевания. Так, в 2016 году в результате нарушения действующих нормативных правовых и методических документов по части профилактики ВАПП зарегистрирован 1 случай острого паралитического полиомиелита, ассоциированного с вакциной у реципиента в Архангельской области.
В целом по стране ежегодно основные показатели чувствительности и качества эпидемиологического надзора за острыми вялыми параличами (ОВП) (показатель заболеваемости ОВП, своевременность выявления случаев ОВП и проведения эпидемиологического расследования, адекватность отбора проб и полнота вирусологических исследований и др.) соответствуют регламентированным нормативным правовым и методическим документам Российской Федерации с учетом рекомендаций ВОЗ.
Вместе с тем в ряде субъектов данные показатели не достигнуты регламентируемых значений, что в конечном итоге отражается на сроках и качестве противоэпидемических (профилактических) мероприятий. Кроме того, в последние 3 года выявлены факты пропуска медицинскими работниками полиовирусной инфекции.
