CC BY
37ORIGINAL RESEARCHES
Научная статья
https://doi.org/10.36233/0372-9311-107
Микробиота нижних дыхательных путей при внебольничных пневмониях, в том числе ассоциированных c SARS-CoV-2
Катаева Л.В.Н, Вакарина А.А., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б.
Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии, Тюмень, Россия
Аннотация
Введение. Многие аспекты патогенеза и патоморфологии коронавирусной пневмонии нуждаются во всестороннем комплексном изучении с использованием современных методов диагностики. Цель исследования — изучение микробиоты нижних дыхательных путей при внебольничных пневмониях (ВБП), ассоциированных c SARS-CoV-2, оценка антибиотико- и фагорезистентности циркулирующих штаммов микроорганизмов.
Материалы и методы. Проведён анализ биопроб от 486 пациентов, находящихся на стационарном лечении в 5 моногоспиталях Тюмени и Тюменской области с диагнозом ВБП средней и тяжёлой степени. Почти в 90% случаев пациенты получали оксигенотерапию, около 8% больных были подключены к аппаратам искусственной вентиляции лёгких. Посев клинического материала осуществлялся на протяжении 6 мес (с апреля по октябрь 2020 г). Идентификацию выделенных штаммов бактерий выполняли методом масс-спектрометрии. У обнаруженных изолятов определяли резистентность к антимикробным препаратам и бактериофагам.
Результаты. В микробиоте нижних дыхательных путей пациентов с диагнозом «ВБП, ассоциированная с SARS-CoV-2» превалировали грамположительные кокки, преимущественно условно-патогенные микроорганизмы рода Streptococcus и грибы рода Candida. При этом бактерии семейства Enterobacteriaceae и неферментирующие грамотрицательные бактерии встречались реже, чем у пациентов без COVID-19. В структуре патогенов лидирующее положение занимали бактерии Klebsiella pneumoniae и Acinetobac-ter spp.Анализ чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам показал наиболее высокую резистентность у штаммов Acinetobacter spp., Enterococcus spp., коагулазонегативных Staphylococcus spp. Установлено, что в группе пациентов с ВБП, ассоциированной с SARS-CoV-2, шансы встретить штаммы Streptococcus spp. с высокой устойчивостью к антибиотикам в 1,5 раза выше, а с учётом 95% доверительного интервала величина этого показателя колебалась в пределах 1,1-2,1 раза. Вывод. Полученные данные свидетельствуют о том, что микробиота нижних дыхательных путей при ВБП, ассоциированных c SARS-CoV-2, представлена преимущественно бактериями рода Streptococcus, обладающими высоким уровнем резистентности к антимикробным препаратам.
Ключевые слова: антибиотикорезистентность, внебольничная пневмония, COVID-19, SARS-CoV-2, штаммы бактерий, мокрота, промывные воды бронхов, бронхоальвеолярный лаваж
Этическое утверждение. Исследование проводилось при добровольном информированном согласии пациентов. Протокол исследования одобрен Этическим комитетом Тюменского научно-исследовательского института краевой инфекционной патологии (протокол № 2 от 20.03.2020).
Источник финансирования. Авторы заявляют об отсутствии внешнего финансирования при проведении исследования.
Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.
Для цитирования: Катаева Л.В., Вакарина А.А., Степанова Т.Ф., Степанова К.Б. Микробиота нижних дыхательных путей при внебольничных пневмониях, в том числе ассоциированных c SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021;98(5):528-537. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-107
Original article
https://doi.org/10.36233/0372-9311-107
Microbiota of the lower respiratory tract in community-acquired pneumonia, including cases associated with SARS-CoV-2
Lyubov V. Kataeva^, Arina A. Vakarina, Tatiana F. Stepanova, Kseniya B. Stepanova
Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia
Щ Check for updates
© Коллектив авторов, 2021
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Abstract
Introduction. Many aspects of the pathogenesis and pathomorphology of pneumonia associated with novel coronavirus require a comprehensive study using modern diagnostic methods.
The aim of the study was to study the microbiota of the lower respiratory tract in community-acquired pneumonia associated with SARS-CoV-2, to assess the antibiotic and phage resistance of circulating strains of microorganisms. Materials and methods. The analysis of biosamples from 486 patients undergoing inpatient treatment in five mono-hospitals in Tyumen and Tyumen region with a diagnosis of moderate and severe community-acquired pneumonia was carried out. In almost 90% of cases patients received oxygen therapy, about 8% of patients were connected to ventilators. The inoculation of the cultures with clinical samples was carried out for six months (from April to October 2020). The isolated bacterial strains were identified by mass spectrometry. The resistance to antimicrobial drugs and bacteriophages was assessed for identified isolated.
Results. Gram-positive cocci, mainly opportunistic microorganisms of the genus Streptococcus and Candida fungi predominated in the microbiota of the lower respiratory tract of patients diagnosed with community-acquired pneumonia associated with SARS-CoV-2. At the same time, bacteria of the Enterobacteriaceae family and non-fermenting gram-negative bacteria were less common compared to patients without coronavirus infection. In the structure of pathogens, the leading position was occupied by the bacteria K. pneumoniae and Acinetobacter spp. The analysis of the sensitivity of microorganisms to antimicrobial drugs showed the highest resistance rates in strains of Acinetobacter spp., Enterococcus spp., Coagulase-negative Staphylococcus. It has been established that in the group of patients with community-acquired pneumonia associated with SARS-CoV-2, the risk of infection with Streptococcus spp. with high level of antibiotic resistance was 1.5 times higher, and taking into account the 95% confidence interval, the value of this indicator ranged from 1.1 to 2.1 times. Conclusion. The data obtained indicate that the microbiota of the lower respiratory tract in community-acquired pneumonia associated with SARS-CoV-2 is represented mainly by bacteria of the genus Streptococcus, which have a high level of resistance to antimicrobial drugs.
Keywords: antibiotic resistance, community-acquired pneumonia, SARS-CoV-2, bacterial strains, sputum, bronchial lavage water, bronchoalveolar lavage
Ethics approval. The study was conducted with the informed consent of the patients. The research protocol was approved by the Ethics Committe of the Tyumen Region Infection Pathology Research Institute (protocol No. 2, 20.03.2020).
Funding source. This study was not supported by any external sources of funding.
Conflict of interest. The authors declare no apparent or potential conflicts of interest related to the publication of this article.
For citation: Kataeva L.V., Vakarina A.A., Stepanova T.F., Stepanova K.B. Microbiota of the lower respiratory tract in community-acquired pneumonia, including cases associated with SARS-CoV-2. Journal of microbiology, epidemiology andimmunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2021;98(5):528-537. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-107
Введение
Микробиота лёгких функционирует в здоровой лёгочной ткани и оказывает влияние на иммунный ответ при физиологических и патологических состояниях. Незначительная численность микрофлоры лёгких затрудняет выделение, культивирование и идентификацию функциональных микробов. Тем не менее низкая биомасса не подрывает её потенциальную роль в формировании местного иммунитета лёгких [1].
Постоянство лёгочного микробиома определяется балансом 3 факторов: поступлением микробов в респираторные пути в процессе вдыхания; удалением микробов из дыхательных путей с кашлем; коэффициентом колонизации микробов. Местные условия в лёгких во время болезни резко меняются, запуская механизм избирательного размножения бактерий. Признанный феномен бактериальной колонизации на поздних стадиях заболеваний лёгких объясняет преимущественный рост видов бактерий, адаптированных к конкретным условиям. Установлена и экспериментально подтверждена распространённость субклинических микроаспи-раций фарингеальных секретов у здоровых людей.
Показано, что структура микробиома лёгких более сходна с микробиомом ротоглоточной слизи, чем носоглоточной. Имеются доказательства того, что бактериальные сообщества нижних дыхательных путей (НДП) могут играть определённую роль в патогенезе и прогрессировании интерстициальных болезней лёгких.
Установлено, что микробиом здоровых лёгких представлен бактериями Bacteroidetes и Firmicutes. Наиболее часто бронхиальное дерево колонизируют бактерии рода Pseudomoms, Streptococcus, Prevotella, Fusobacterium, Veillonella, Megasphaera и Sphingomonas. Изучение взаимодействия вирусов и бактерий в лёгких на уровне сообщества ещё находится в начале пути [2].
Внебольничные пневмонии (ВБП) являются серьёзной проблемой инфекционной патологии человека и одной из ведущих причин смерти [3]. По данным литературы, этиология ВБП установлена в 88,5% случаев методом ПЦР. Ведущими возбудителями указаны S. pneumoniae и Haemophilus influenzae, которые были выявлены в 86,3 и 41,2% случаев соответственно. В число актуальных патогенов ВБП вошли Mycoplasma pneumoniae (23,6%),
ORIGINAL RESEARCHES
Adenovirus (14,9%). Chlamydophila pneumoniae обнаруживается значительно реже (6,7%) [4]. Несмотря на то что в популяции 1-6% населения являются носителями Klebsiella pneumoniae, локализованной в носоглотке, и 5-38% — в кишечнике, у госпитализированных пациентов носительство K. pneumoniae составляет 23% [5]. Указывается, что представители группы Enterobacteriaceae (K. pneumoniae) являются маркёром прогностически неблагоприятного течения процесса в лёгких [6]. Информация по возбудителям бактериальных пневмоний свидетельствует о полимикробной этиологии и сочетании большого числа ассоциаций микроорганизмов и вирусов [4, 7].
На сегодняшний день пандемия COVID-19 по праву считается главной чрезвычайной ситуацией в области здравоохранения за столетие. У значительной части пациентов развивается пневмония, требующая госпитализации или прогрессирующая до манифестации респираторных осложнений [8]. SARS-CoV-2 становится исключительно опасным, если вторичная бактериальная пневмония поражает пациента с COVID-19 в качестве осложнения. Существенную часть тяжёлых течений инфекции и смертности, связанных с коронавирусом в России в марте-мае 2020 г., можно отнести на счёт вторичной бактериальной пневмонии и, в гораздо меньшей степени, сопутствующих вирусных инфекций [9].
Анализ результатов лабораторных исследований пациентов с ВБП, ассоциированными с COVID-19, представленных в научных изданиях указывает на различную частоту присоединения вторичных инфекций (0-54%) [3, 10-13]. В зарегистрированных осложнениях, обусловленных сопутствующими коинфекциями, этиологические агенты включали M. pneumoniae, Legionella pneumophila, S. pneumoniae и K. pneumoniae. По данным М.В. Стуловой и соавт., к наиболее часто встречающимся бактериальным возбудителям относятся S. pneumoniae (70%), S. agalactiae (10%), S. pneumoniae в ассоциации с Staphylococcus aureus (6,6%) и Pseudomonas aeruginosa (13,3%) [8]. В исследованиях Е. Sharifipour и соавт. у пациентов с COVID-19 в 90% случаев идентифицированы бактерии Acinetobacter baumannii и в 10% — S. aureus, все штаммы A. baumannii оказались устойчивыми к антибиотикам [14]. По результатам изучения ми-кробиоты пациентов в Ростовской области наиболее частым этиологическим агентом ВБП бактериальной природы явились бактерии рода Streptococcus. В исследовании N. Chen и соавт. только 4% госпитализируемых имели сопутствующие грибковые инфекции, представленные Candida albicans и C. glabrata [15]. Следует отметить, что идентификация патогенов является сложной задачей в странах с низким и средним уровнем доходов, поскольку отсутствуют легкодоступные и рентабельные клини-
ческие или биологические маркёры, которые могли бы эффективно различать бактериальные и вирусные инфекции [10].
Остаются нерешёнными вопросы о синергиче-ских взаимодействиях между вирусом SARS-CoV-2 и некоторыми сопутствующими бактериями, о влиянии на тяжесть заболевания коинфекций, вызванных устойчивыми к антибиотикам бактериями [16]. В числе механизмов взаимодействия коинфицирую-щих агентов особое внимание уделяется влиянию вирусов на токсинообразование бактерий, а бактерий — на инфекционность вирусов. Коинфицирую-щие микроорганизмы способствуют сочетанному преодолению ими эпителиального барьера, могут взаимовыгодно модифицировать функции клеток иммунной системы и способствовать ускользанию этих патогенов от иммунного ответа. Показано, что разнообразие бактериально-вирусных взаимодействий при коинфицировании не только вызывает необходимость новых подходов к их своевременному распознаванию и контролю, но и порождает новые биотехнологии и стратегии борьбы с коинфициро-ванием, развитию которых во всём мире уделяется огромное внимание [17].
В настоящее время распространение антибио-тикорезистентности приняло глобальный характер [16, 18]. Известно, что большинству госпитализированных пациентов с COVID-19 назначение антибактериальных препаратов проводится эмпирически [11, 12]. Это обеспечивает формирование и распространение антибиотикорезистентных штаммов [18-21]. Необходимо помнить, что основой рациональной антибиотикотерапии является региональная или локальная особенность резистентности бактериальных агентов [16, 18]. Инфекции, вызванные устойчивыми штаммами, чаще требуют госпитализации и увеличивают продолжительность пребывания в стационаре, ухудшают прогноз для пациента по сравнению с заболеваниями, обусловленными чувствительными микроорганизмами, результатом чего является более высокий показатель летальности [22, 23]. Рациональная антибактериальная терапия невозможна без современных знаний этиологической структуры заболевания, анти-биотико- и фагочувствительности возбудителя.
Целью исследования явилось изучение микробного консорциума НДП при ВБП, ассоциированных с SARS-CoV-2, оценка антибиотико- и фагорезистентности циркулирующих штаммов микроорганизмов.
Материалы и методы
Материалом для исследования послужила мокрота, промывные воды бронхов, бронхоальвеоляр-ный лаваж 486 пациентов, находящихся на стационарном лечении в 5 моногоспиталях Тюмени и Тюменской области с подтверждённым диагнозом
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
ВБП средней и тяжёлой степени и давших информированное добровольное согласие на проведение исследования. Из них у 282 человек подтверждено наличие SARS-CoV-2. Почти в 90% случаев пациенты получали оксигенотерапию, около 8% больных были подключены к аппаратам искусственной вентиляции лёгких.
Отбор и транспортировка биологического материала для лабораторного исследования проводились в соответствии с требованиями законодательства РФ в отношении возбудителей инфекционных заболеваний человека I—II групп патогенности1. Посев клинических проб осуществлялся на протяжении 6 мес (с апреля по октябрь 2020 г.). Штаммы выделяли общепринятыми методами в соответствии с Приказом № 535 «Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений»2. Отобранные бактерии идентифицировали по прямому белковому профилированию с помощью времяпролетной масс-спектрометрии c программным обеспечением «Maldi BioTyper 3.0». Уровень достоверности выше 2,0 свидетельствовал о точном определении вида микроорганизма. Для каждого исследованного штамма бактерий приводилась ссылка на National Center for Biotechnology Information.
Резистентность к антимикробным препаратам определяли диско-диффузионным методом на среде Мюллера-Хинтона («HiMedia»), результаты анализировали в соответствии с действующими нормативными документами3.
Чувствительность Streptococcus spp. (157 культур) оценивали к ампициллину, амоксициллин/ клавулановой кислоте, клиндамицину, цефотакси-му, левофлоксацину, азитромицину. Бактерии рода Staphylococcus (46 штаммов) исследовали на устойчивость к ингибиторзащищённому ампициллину, офлоксацину, ципрофлоксацину, левофлоксацину, имипенему, меропенему, цефокситину, клиндами-цину, азитромицину, амикацину. У штаммов бактерии рода Enterococcus (22 штаммов) определя-
1 СП 3.1.3597-20 «Профилактика новой коронавирусной инфекции (ТОУГО-19)». М., 2020; МР 4.2.0114-16 «Методические рекомендации. Лабораторная диагностика внебольнич-ной пневмонии пневмококковой этиологии». М., 2016; МУК 4.2.3115-13» «Методические указания. Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний». М., 2014.
2 Приказ Министерства здравоохранения СССР от 22.04.1985 № 535 «Об унификации бактериологических (микробиологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений».
3 Клинические рекомендации «Определение чувствительно-
сти микроорганизмов к антимикробным препаратам». М.,
2017; МУК 4.2.1890-04 «Определение чувствительности ми-
кроорганизмов к антибактериальным препаратам». М., 2004.
ли антибиотикограмму с использованием дисков с ампициллином, амоксициллин/сульбактамом, амоксициллин/клавулановой кислотой, ципрофлок-сацином, левофлоксацином, имипенемом, меропе-немом, гентамицином, ванкомицином. Проводилась интерпретация зон задержки роста изолятов неферментирующих грамотрицательных бактерий (74 штаммов) и бактерий семейства Enterobacte-riaceae (95 культур микроорганизмов) под воздействием ампициллина, амоксициллин/клавулановой кислоты, амикацина, ципрофлоксацина, меропене-ма, имипенема, цефотаксима, цефепима, цефтази-дима, цефоперазон/сульбактама, ко-тримоксазола.
В соответствии с клиническими рекомендациями4 изучена чувствительность 30 штаммов K. pneumoniae к двум коммерческим бактериофагам (АО НПО «Микроген»): бактериофаг клебсиелл пневмонии очищенный (П261, выпуск 1118) и сек-стафаг (П11, выпуск 0219).
На сухую поверхность среды Мюллера-Хин-тона наносили культуру микроорганизма в концентрации 1,5 х 108 КОЕ/мл и с помощью шпателя равномерно распределяли на поверхности питательной среды. Через несколько минут после подсыхания инокулята, не касаясь поверхности агара, капали исследуемые бактериофаги. Чашки инкубировали в термостате при 37°С в течение 24 ч.
Литическую активность фага оценивали по пятибалльной шкале (по количеству «крестов»):
• «-» — отсутствие литической активности;
• «+» — низкая активность;
• «++» — образование зоны лизиса с большим количеством колоний вторичного роста бактерий;
• «+++» — зона лизиса с единичными колониями вторичного роста;
• «++++» — прозрачная зона лизиса без колоний вторичного роста.
Статистическую обработку результатов исследования осуществляли с использованием программного обеспечения «Statist^ v.22» («IBM SPSS»), предназначенного для научных работ. Если значения ^-критерия были менее 0,05, а доверительные интервалы разности средних не содержали внутри себя 0, то гипотеза об их равенстве отвергалась и с достоверностью 95% можно было утверждать, что исследуемые группы различались по величине оцениваемого явления.
Результаты и обсуждение
У 282 (58%) пациентов с диагнозом ВБП с помощью ПЦР выявлен вирус SARS-CoV-2. Практически у десятой части пациентов, вне зависимости
4 Федеральные клинические (методические) рекомендации «Рациональное применение бактериофагов в лечебной и противоэпидемической практике». М., 2014.
ORIGINAL RESEARCHES
от наличия SARS-CoV-2, условно-патогенные бактерии в биоматериале не были обнаружены (SARS-CoV-2 обнаружен — 10,6%, SARS-CoV-2 не обнаружен — 12,3%).
В ходе бактериологического исследования в биопробах пациентов с положительными тестами на РНК SARC-CoV-2 выделено и изучено 430 штаммов микроорганизма, с отрицательными результатами — 297 культур. Безусловно, при сборе мокроты происходит её контаминация бактериями носоглоточной слизи (верхних дыхательных путей), поэтому при статистической обработке результатов учитывался диагностически значимый для мокроты титр количества микроорганизмов. В структуре бактерий превалировали грамположительные кокки, в основном они представлены родом Streptococcus и грибами рода Candida. Подавляющее большинство культур микроорганизмов рода Streptococcus spp. относились к сапрофитной микрофлоре слизистой верхних дыхательных путей, из условно-патогенных стрептококков был изолирован S. pneumoniae только у 5 пациентов с лабораторно подтверждённым COVID-19. По результатам идентификации клинических штаммов грибов рода Candida особое место заняли C. albicans (80%), кроме того, были выделены C. kefyr, C. glabrata, C. dubliniensis, C. tropicalis, C. krusei.
Сравнительная характеристика микробиоценоза мокроты, промывных вод бронхов и альвеолярного лаважа больных с ВБП в зависимости от лабораторного подтверждения SARC-^V-2 представлена в табл. 1.
При оценке частоты встречаемости различных групп микроорганизмов было установлено, что шансы обнаружения грамположительных микро-
организмов были выше при наличии у пациентов в пробах РНК SARC-CoV-2 (p < 0,001). Шанс выявления неферментирующих грамотрицательных бактерий и бактерий семейства Enterobacteriaceae у данной категории обследованных оказался ниже, чем у пациентов с отрицательными результатами ПЦР-исследования на коронавирусную инфекцию (p = 0,040 и p = 0,012) соответственно. При сравнении частоты встречаемости других бактерий в зависимости от наличия SARC-CoV-2 статистически значимые различия отсутствовали.
В табл. 2 показаны данные об основной структуре потенциальных возбудителей ВБП, выделенных из биоматериала пациентов. Лидирующие место из семейства Enterobacteriaceae занимают бактерии K. pneumoniae. Большая часть нефермен-тирующих грамотрицательных бактерий представлена штаммами Acinetobacter spp.
Наибольшие уровни резистентности выявлены у штаммов Acinetobacter spp., Enterococcus spp. и коагулазонегативных Staphylococcus spp. (96,9, 75,8 и 75,4% соответственно), изолированных от пациентов с наличием вируса SARS-CoV-2. При этом у больных без лабораторного подтверждения SARS-CoV-2 наибольшая устойчивость бактерий зафиксирована у Acinetobacter spp., коагулазонегативных Staphylococcus spp. и K. pneumoniae (92,3, 74,2 и 70% соответственно; табл. 3).
При сравнении показателей устойчивости микрофлоры в зависимости от наличия у пациентов SARS-CoV-2 с помощью расчёта шансов установлена статистически подтверждённая разница по антибиотикорезистентности штаммов в группе не-ферментирующих грамотрицательных бактерий и
Таблица 1. Результаты сравнения частоты обнаружения микроорганизмов в биопробах пациентов в зависимости от выявления SARC-CoV-2
Table 1. Results of comparison of the frequency of detection of microorganisms in biological samples of patients depending on the detection of SARC-CoV-2
SARS-CoV-2
Бактерии Bacteria обнаружен / detected (n = 430) не обнаружен / not detected (n = 297) P % (95% ДИ) % (95% Cl)
абс. / abs % абс. / abs %
Грамположительные бактерии (Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Enterococcus spp.) Gram-positive bacteria (Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Enterococcus spp.) 156 36,3 69 23,2 <0,001* 1,88 (1,34-2,62)
Бактерии семейства Enterobacteriaceae Bacteria of the family Enterobacteriaceae 47 10,9 48 16,2 0,040* 1,56 (1,01-2,42)
Неферментирующие грамотрицательные бактерии Non-fermenting gram-negative bacteria 38 8,8 44 14,8 0,012* 1,79 (1,12-1,66)
Грибы рода Candida Candida fungi 160 37,2 112 37,7 0,891 0,97 (0,72-1,32)
Прочие Others 29 6,7 24 8,1 0,496 0,82 (0,46-1,44)
Примечание. *Статистически значимые различия. Note. *Statistically significant differences.
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Таблица 2. Видовой состав микроорганизмов, обнаруженных в содержимом НДП пациентов с диагнозом ВБП
Table 2. Species composition of microorganisms found in the contents of the lower respiratory tract of patients diagnosed with community-acquired pneumonia
Частота выявления SARS-CoV-2 / SARS-CoV-2 detection frequency
Виды бактерий Types of bacteria обнаружен / detected не обнаружен / not detected
абс. / аЬБ % абс. / аЬБ %
Бактерии семейства Enterobacteriaceae Bacteria of the family Enterobacteriaceae
Klebsiella pneumoniae
Escherichia coli
Enterobacter spp.
Proteus mirabilis
Прочие (единичные) Other (single)
Pseudomonas spp.
Acinetobacter spp.
Stenotrophomonas maltophilia
Прочие (единичные) Other (single cases)
Staphylococcus aureus
Staphylococcus spp., кроме S. aureus Staphylococcus spp., except S. aureus
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus spp., кроме S. pneumoniae Streptococcus spp., except S. pneumoniae
Enterococcus spp.
20 7 12 З 5
42,55 14,89 25,53 6,38 10,64
Грамотрицательные неферментирующие бактерии Non-fermenting gram-negative bacteria
1o 16 5 7
26,32 42,11 13,16 18,42
Грамположительные бактерии Gram-positive bacteria
1o 20
5
107 14
6,41 12,82
3,21 68,59
8,97
30 7 6 2 3
11 28 4 1
9 7
2
43
62,50 14,58 12,50 4,17 6,25
25,00 63,64 9,09 2,27
13,04 10,14
2,90 62,32
11,59
8
бактерий семейства Enterobacteriaceae, а также у представителей рода Streptococcus spp. и у изолятов S. aureus.
Статистический анализ выявил, что в группе пациентов с ВБП, ассоциированными с SARS-CoV-2, шансы встретить резистентные штаммы Streptococcus spp. в 1,5 раза выше, а с учётом 95% доверительного интервала величина этого показателя составила 1,1-2,1 раза.
У пациентов с отрицательным ПЦР-тестом на COVID-19 шансы обнаружить антибиотико-резистентные штаммы выше в группе нефер-ментирующих грамотрицательных бактерий за счёт Pseudomonas spp., среди штаммов семейства Enterobacteriaceae — за счёт K. pneumoniae. Также зафиксирован более высокий уровень устойчивых штаммов S. aureus у данной категории пациентов.
Данные о резистентности грамположитель-ных и грамотрицательных бактерий в зависимости от вида антимикробного препарата представлены в табл. 4 и табл. 5.
Группа бактерий Streptococcus spp. представлена преимущественно следующими видами: S. mitis,
S. parasanguinis, S. vestibularis, S. salivarius, S. oralis, которые проявляли набольший уровень устойчивости к антимикробным препаратам пенициллиново-го ряда. Все указанные бактерии признаны доминирующей флорой слизистых оболочек верхних дыхательных путей, обеспечивающей нормобиоценоз у здоровых людей. Штаммы S. pneumoniae, изолированные от пациентов с подтверждённым COVID-19, отличались резистентностью к азитромицину. Среди бактерий рода Staphylococcus обнаружены S. aureus, S. haemolyticus, S. warneri, чаще демонстрирующие резистентность к пенициллиновой группе и азитро-мицину. Выявлены 2 штамма S. aureus, которые чувствительны только к амикацину. Штаммы бактерий рода Enterococcus представлены преимущественно видом E. faecium, отличались множественной резистентностью, исключение составил ванкомицин.
Бактерии семейства Enterobacteriaceae показывают высокий уровень толерантности к пени-циллинам, что связано с природной устойчивостью штаммов K. pneumoniae, а также к цефалоспоринам III поколения, при этом цефалоспорины IV поколения демонстрировали максимальную чувствитель-
ORIGINAL RESEARCHES
Таблица 3. Антибиотикорезистентность бактерий, изолированных из биоматериала пациентов с ВБП
Table 3. Antibiotic resistance of bacteria isolated from the biosamples of patients with community-acquired pneumonia
SARS-CoV-2
Бактерии Bacteria обнаружен / detected (n = 299) не обнаружен / not detected (n = 242) p % (95% ДИ) % (95% CI)
абс. / аbs % абс. / аbs %
Неферментирующие грамотрицательные бактерии Non-fermenting gram-negative bacteria 31 67,5 43 78,6 0,011* 1,8 (1,14-2,76)
Acinetobacter spp. 16 96,9 28 92,3 0,131 2,6 (1,39-9,37)
Pseudomonas spp. 10 30,9 11 49,3 0,027* 2,2 (1,09-4,35)
Бактерии семейства Enterobacteriaceae Bacteria of the family Enterobacteriaceae 47 31 48 48,4 <0,001* 2,1 (1,52-2,87)
Escherichia coli 7 25 7 32,7 0,377 1,5 (1,59-3,37)
Klebsiella pneumoniae 20 41,9 30 69,9 <0,001* 3,2 (2,04-5,1)
Enterobacter spp. 12 15,8 6 8,1 0,259 2,1 (1,78-8,05)
Грамположительные кокки: Gram-positive cocci:
Enterococcus spp. 14 75,8 8 66,7 0,174 1,6 (1,22-3,01)
Staphylococcus aureus 10 16,7 9 29,0 0,036* 2,0 (1,04-4,02)
Staphylococcus spp., кроме S. aureus Staphylococcus spp., except S. aureus 20 75,4 7 74,2 0,854 1,1 (1,78-2,01)
Streptococcus spp.
112
51,2
45
41,0
0,019*
1,5 (1,07-2,13)
Примечание. *Статистически значимые различия. Note. *Statistically significant differences.
ность. Для лечения пневмоний, вызванных нефер-ментирующими грамотрицательными бактериями, оптимально применять цефтазидим и цефопера-зон/сульбактам. Практически все штаммы Serratia marcescens были чувствительны к ко-тримоксазолу, что является особенностью данной культуры.
Проведено исследование чувствительности 30 штаммов K. pneumoniae, выделенных от пациентов с ВБП, ассоциированной с SARS-CoV-2, к двум коммерческим бактериофагам (бактериофаг клебсиелл пневмонии очищенный и сектафаг) методом Spot-test. Выявлен один клинический штамм K. pneumoniae, проявляющий чувствительность к вышеуказанным бактериофагам. Концентрацию фаговых частиц определяли методом агаровых слоёв по Грациа [24]. Титр бактериофагов составлял 108 БОЕ/ мл. Таким образом, решение вопроса о необходимости расширения банка бактериофагов к наиболее значимым возбудителям бактериальных инфекций требует дальнейших углублённых исследований.
Выводы
1. В структуре микробиоты НДП пациентов при ВБП средней и тяжёлой степени, ассоциированной с SARS-CoV-2, преобладала грамположительная кокковая флора, представленная в основном бактериями рода Streptococcus, достоверно отличающимися большей резистентностью к антибиотикам.
2. Микробиом отделяемого НДП пациентов с ВБП средней и тяжёлой степени при отсутствии подтверждения наличия SARS-CoV-2 характеризовался более частым обнаружением грамотрица-тельных бактерий: семейства Enterobacteriaceae (K. pneumoniae) и неферментирующих грамотрица-тельных бактерий (Acinetobacter spp.).
3. Высокая антибиотикорезистентность грам-положительных изолятов, вне зависимости от наличия коронавируса, регистрировалась преимущественно к пенициллиновой группе антимикробных препаратов.
4. Грамотрицательные изоляты семейства Enterobacteriaceae характеризуются резистентностью к пенициллиновой группе антимикробных препаратов и цефалоспоринам III поколения; не-ферментирующие грамотрицательные бактерии — множественной лекарственной устойчивостью.
5. Исследованные штаммы K. pneumoniae показали высокую резистентность к коммерческим бактериофагам.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Yang D., Xing Y., Song X., Qian Y. The impact of lung micro-biota dysbiosis on inflammation. Immunology. 2020; 159(2): 156-66. https://doi.org/10.1111/imm.13139
2. Похиленко В.Д. Как микробиом легких борется с бактериальной и вирусной инфекцией. Чебоксары; 2020. https://doi.org/10.21661/a-723
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Таблица 4. Антибиотикорезистентность грамположительных изолятов от пациентов с ВБП, %
Table 4. Antibiotic resistance of gram-positive bacteria isolates from patients diagnosed with community-acquired pneumonia, %
Антибиотики Antibiotics Streptococcus spp. Staphylococcus spp. Enterococcus spp.
COVID-19 (+) COVID-19 (-) COVID-19 (+) COVID-19 (-) COVID-19 (+) COVID-19 (-)
Ампициллин / Ampicillin 79,6 70,7 - - 86,7 75
Ампициллин/сульбактам Ampicillin/sulbactam - - 75 63,6 - -
Амоксициллин/клавулановая кислота Amoxicillin/clavulanic acid 79,6 70,7 75 63,6 85,7 71,4
Амоксициллин/сульбактам Amoxicillin/sulbactam - - - - 1GG 71,4
Офлоксацин / Ofloxacin - - 54,2 41,7
Ципрофлоксацин Ciprofloxacin - - 57,7 41,7 85,7 75
Левофлоксацин Levofloxacin 17,4 14,5 54,2 41,7 83,3 75
Имипенем / Imipenem - - 55,6 46,2 1GG 1GG
Меропенем / Meropenem - - 46,7 46,2 1GG 1GG
Цефокситин / Cefoxitin - - 62,0 60,0 - -
Цефотаксим / Cefotaxime 46,9 28,2 - - - -
Клиндамицин / Clindamycin 16,1 13,3 46,7 46,7 - -
Азитромицин / Azithromycin 15,3 9,6 70 62,5 - -
Амикацин / Amikacin - - 6,7 18,8 - -
Гентамицин / Gentamicin - - - - 60 75
Ванкомицин / Vancomycin - - - - G G
Таблица 5. Антибиотикорезистентность грамотрицательных изолятов от пациентов с ВБП, %
Table 5. Antibiotic resistance of gram-negative bacteria isolates from patients diagnosed with community-acquired pneumonia, %
Антибиотики Antibiotics Семейство Enterobacteriaceae Bacteria family Enterobacteriaceae Klebsiella pneumoniae Неферментирующие грамотрицательные бактерии Non-fermenting gram-negative bacteria Acinetobacter spp.
COVID-19 (+) COVID-19 (-) COVID-19 (+) COVID-19 (-) COVID-19 (+) COVID-19 (-) COVID-19 (+) COVID-19 (-)
Ампициллин / Ampicillin 80 77,8 - - - - - -
Амоксициллин/ клавулановая кислота Amoxicillin/clavulanic acid 69,2 80 76,5 84,6
Амикацин / Amikacin 20 36,5 31,6 56,7 69,2 74,4 93,8 85,7
Ципрофлоксацин Ciprofloxacin 35,5 54,9 57,9 79,3 73,1 82,1 1GG 96,4
Имипенем / Imipenem 15,2 40,4 25 66,7 73,1 79,5 1GG 92,9
Меропенем / Meropenem 17,4 38,5 3G 66,7 76,9 79,5 1GG 92,9
Цефепим / Cefepim 12,5 G - - 73,1 82,1 1GG 92,9
Цефотаксим / Cefotaxime 48,4 72,5 50 80 - - - -
Цефтазидим / Ceftazidime - - - - 33,3 54,5 - -
Цефоперазон/сульбактам Cefoperazone/sulbactam 20 3G 23,1 60 22,2 50,0 - -
Ко-тримоксазол / Co-trimoxazole - - - - G 25 - -
БЛРС / ESBL 41,2 42,9 33,3 37,5 - - - -
3. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Чемисова О.С. и др. Особенности этиологии внебольничных пневмоний, ассоциированных с COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (4): 99-105. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-4-99-105
4. Бруснигина Н.Ф., Мазепа В.Н., Самохина Л.П., Чернев-ская О.М., Орлова К.А., Сперанская Е.В. и др. Этиологическая структура внебольничной пневмонии. Медицинский альманах. 2009; (2): 118-21.
5. Фесенко О.В., Швайко С.Н. Пневмонии, вызванные Klebsiella pneumoniae (фридлендеровские пневмонии). Практическая пульмонология. 2019; (1): 22-31.
6. Молчанова О.В., Хамидулина А.И., Щенников Э.Л., Иванова О.А., Шмыленко В.А. Этиологическая структура внебольничной пневмонии у больных с факторами риска неблагоприятного течения заболевания. Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2008; (12): 59-62.
7. Розанова С.М., Шилова В.П., Перевалова Е.Ю., Шевелева Л.В., Кругова К.В., Беикин Я.Б. и др. Микробиологическая диагностика вентилятор-ассоциированной пневмонии: практический опыт работы. Уральский медицинский журнал. 2008; 13(53): 64-7.
8. Стулова М.В., Кудряшева И.А., Полунина О.С., Черено-ва Л.П., Аршба Т.Е., Лисина О.А. и др. Сравнительный клинико-лабораторный анализ COVID-19 ассоциированной пневмонии с внебольничной пневмонией бактериальной этиологии. Современные проблемы науки и образования. 2020; (3): 134.
https://doi.org/10.17513/spno.29905
9. Sharov K.S. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections. J. Glob. Health. 2020; 10(2): 020504.
https://doi.org/10.7189/jogh.10.-020504
10. Lucien M.A.B., Canarie M.F., Kilgore P.E., Jean-Denis G., Fenelon N., Pierre M., et al. Antibiotics and antimicrobial resistance in the COVID-19 era: Perspective from resource-limited settings. Int. J. Infect. Dis. 2021; 104: 250-4. https://doi.org/10.1016/jijid.2020.12.087
11. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2): 266-75. https://doi.org/10.1016/jjinf2020.05.046
12. Lai C.C., Wang C.Y., Hsueh P.R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J. Microbiol. Immunol. Infect. 2020; 53(4): 505-12. https://doi.org/10.1016/jjmii.2020.05.013
13. Getahun H., Smith I., Trivedi K., Paulin S., Balkhy H.H. Tackling antimicrobial resistance in the COVID-19 pandemic. Bull. World Health Organ. 2020; 98(7): 442-A. https://doi.org/10.2471/BLT.20.268573
14. Sharifipour E., Shams S., Esmkhani M., Khodadadi J., Fotouhi-Ardakani R., Koohpaei A., et al. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract in COVID-19 patients admitted to ICU. BMC Infect. Dis. 2020; 20(1): 646. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05374-z
15. Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J., Gong F., Han Y., et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395(10223): 507-513. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30211-7.
16. Vaillancourt M., Jorth P. The unrecognized threat of secondary bacterial infections with COVID-19. mBio. 2020; 11(4): e01806-2. https://doi.org/10.1128/mBio.01806-20
17. Балмасова И.П., Малова Е.С., Сепиашвили Р.И. Вирус-но-бактериальные коинфекции как глобальная проблема современной медицины. Иммунология. Инфекционная патология. 2018; 22(1): 29-42. https://doi.org/10.22363/2313-0245-2018-22-1-29-42
ORIGINAL RESEARCHES
18. Холодок Г.Н. Лекарственная резистентность клинических изолятов возбудителей пневмоний у детей Приамурья. Здоровье. Медицинская экология. Наука. 2009; (2): 38-40.
19. Cantón R., Gijón D., Ruiz-Garbajosa P. Antimicrobial resistance in ICUs: an update in the light of the COVID-19 pandemic. Curr. Opin. Crit. Care. 2020; 26(5): 433-41. https://doi.org/10.1097/MCC.0000000000000755.
20. Mahmoudi H. Bacterial co-infections and antibiotic resistance in patients with COVID-19. GMS Hyg. Infect. Control. 2020; 15: 35. https://doi.org/10.3205/dgkh000370
21. Ko K.S. Antibiotic-resistant clones in Gram-negative pathogens: presence of global clones in Korea. J. Microbiol. 2019; 57(3): 195-202. https://doi.org/10.1007/s12275-019-8491-2
22. Савенкова М.С. Макролиды: современные исследования и показания к назначению «нового» кларитромицина. Детские инфекции. 2012; 11(1): 37-43.
23. Цыганко Д.В., Бердникова Н.Г. Исследование микробиологических особенностей инфекций нижних дыхательных путей в стационаре. Национальная ассоциация ученых. 2015; (6-3): 36-9.
24. Васильев Д.А., Феоктистова Н.А., Алешкин А.В., Золотухин С.Н., Мастиленко А.В., Киселева И.А. и др. Разработка биотехнологических параметров создания бактериофа-говых биопрепаратов для деконтаминации микрофлоры, вызывающей порчу пищевого сырья животного происхождения и мясных, рыбных, молочных продуктов (биопроцес-синг). Ульяновск; 2019.
REFERENCES
1. Yang D., Xing Y., Song X., Qian Y. The impact of lung micro-biota dysbiosis on inflammation. Immunology. 2020; 159(2): 156-66. https://doi.org/10.1111/imm.13139
2. Pokhilenko V.D. How the Lung Microbiome Fights Bacterial and Viral Infection [Kak mikrobiom legkikh boretsya s bakteri-al'noy i virusnoy infektsiey]. Cheboksary; 2020. https://doi.org/10.21661/a-723 (in Russian)
3. Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Noskov A.K., Kovalev E.V., Chemisova O.S., et al. Features of etiology of community-acquired pneumonia associated with COVID-19. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2020; (4): 99-105. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-4-99-105 (in Russian)
4. Brusnigina N.F., Mazepa V.N., Samokhina L.P., Chernevs-kaya O.M., Orlova K.A., Speranskaya E.V., et al. Etiological structure of community-acquired pneumonia. Meditsinskiy al'manakh. 2009; (2): 118-21. (in Russian)
5. Fesenko O.V., Shvayko S.N. Pneumonia caused by Klebsiella pneumoniae (Friedlander's pneumonia). Prakticheskaya pul'monologiya. 2019; (1): 22-31. (in Russian)
6. Molchanova O.V., Khamidulina A.I., Shchennikov E.L., Ivanova O.A., Shmylenko V.A. Etiological structure of nonhospital pneumonia for patients with risk factors with unfavourable disease process. Dal'nevostochnyy zhurnal infektsionnoypatologii. 2008; (12): 59-62. (in Russian)
7. Rozanova S.M., Shilova V.P., Perevalova E.Yu., Shevele-va L.V., Krugova K.V., Beikin Ya.B., et al. Microbiological diagnostics of ventilator-associated pneumonia: practical experience. Ural'skiy meditsinskiy zhurnal. 2008; 13(53): 64-7. (in Russian)
8. Stulova M.V., Kudryasheva I.A., Polunina O.S., Chereno-va L.P., Arshba T.E., Lisina O.A., et al. Comparative clinical and laboratory analysis of COVID-19 associated pneumonia with community-acquired pneumonia, bacterial etiology. Sovre-mennye problemy nauki i obrazovaniya. 2020; (3): 134. https://doi.org/10.17513/spno.29905 (in Russian)
9. Sharov K.S. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March-May 2020: Secondary bacterial pneumonia and viral co-infections. J. Glob. Health. 2020; 10(2): 020504. https://doi.org/10.7189/jogh.10.-020504
ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
10. Lucien M.A.B., Canarie M.F., Kilgore P.E., Jean-Denis G., Fénélon N., Pierre M., et al. Antibiotics and antimicrobial resistance in the COVID-19 era: Perspective from resource-limited settings. Int. J. Infect. Dis. 2021; 104: 250-4. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.12.087
11. Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people withCOVID-19: a systematic review and meta-analysis. J. Infect. 2020; 81(2): 266-75. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.046
12. Lai C.C., Wang C.Y., Hsueh P.R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J. Microbiol. Immunol. Infect. 2020; 53(4): 505-12.
https://doi.org/10.1016/j.jmii.2020.05.013
13. Getahun H., Smith I., Trivedi K., Paulin S., Balkhy H.H. Tackling antimicrobial resistance in the COVID-19 pandemic. Bull. WorldHealth Organ. 2020; 98(7): 442-A. https://doi.org/10.2471/BLT.20.268573
14. Sharifipour E., Shams S., Esmkhani M., Khodadadi J., Fo-touhi-Ardakani R., Koohpaei A., et al. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract in COVID-19 patients admitted to ICU. BMC Infect. Dis. 2020; 20(1): 646. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05374-z
15. Vaillancourt M., Jorth P. The unrecognized threat of secondary bacterial infections with COVID-19. mBio. 2020; 11(4): e01806-2. https://doi.org/10.1128/mBio.01806-20
16. Chen N., Zhou M., Dong X., Qu J., Gong F., Han Y., et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020; 395(10223): 507-513. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30211-7.
17. Balmasova I.P., Malova E.S., Sepiashvili R.I. Viral and bacterial coinfection as a global problem of modern medicine. Immu-
nologiya. Infektsionnayapatologiya. 2018; 22(1): 29-42. https://doi.org/10.22363/2313-0245-2018-22-1-29-42 (in Russian)
18. Kholodok G.N. Drag resistant clinical isolates agent of pneumoniae in children Amur-river region. Zdorov'e. Meditsinskaya ekologiya. Nauka. 2009; (2): 38-40. (in Russian)
19. Cantón R., Gijón D., Ruiz-Garbajosa P. Antimicrobial resistance in ICUs: an update in the light of the COVID-19 pandemic. Curr. Opin. Crit. Care. 2020; 26(5): 433-41. https://doi.org/10.1097/MCC.0000000000000755.
20. Mahmoudi H. Bacterial co-infections and antibiotic resistance in patients with COVID-19. GMS Hyg. Infect. Control. 2020; 15: 35. https://doi.org/10.3205/dgkh000370
21. Ko K.S. Antibiotic-resistant clones in Gram-negative pathogens: presence of global clones in Korea. J. Microbiol. 2019; 57(3): 195-202. https://doi.org/10.1007/s12275-019-8491-2
22. Savenkova M.S. Macroudes: current research and indication for the appointment of a "new" clarithromycin. Detskie infektsii. 2012; 11(1): 37-43. (in Russian)
23. Tsyganko D.V., Berdnikova N.G. The study of the microbiological features of the lower respiratory tract infections in the hospital. Natsional'naya assotsiatsiya uchenykh. 2015; (6-3): 36-9. (in Russian)
24. Vasil'ev D.A., Feoktistova N.A., Aleshkin A.V., Zolotukh-in S.N., Mastilenko A.V., Kiseleva I.A., et al. Development of Biotechnological Parameters for the Creation of Bacteriophage Biological Products for Decontamination of Microflora that Causes Spoilage of Food Raw Materials of Animal Origin and Meat, Fish, Dairy Products (Bioprocessing) [Razrabotka biotekhnologicheskikh parametrov sozdaniya bakteriofagovykh biopreparatov dlya dekontaminatsii mikroflory, vyzyvayush-chey porchu pishchevogo syr'ya zhivotnogo proiskhozhdeniya i myasnykh, rybnykh, molochnykh produktov (bioprotsessing)]. Ul'yanovsk; 2019. (in Russian)
Информация об авторах
Катаева Любовь Владимировнам — к.м.н., в.н.с., зав. бактериологической лабораторией ТНИИКИП, Тюмень, Россия, kataevalv@tniikip.rospotrebnadzor.ru, https://orcid.org/0000-0001-9966-8454
Вакарина Арина Александровна — м.н.с. бактериологической лаборатории ТНИИКИП, Тюмень, Россия, https://orcid.org/0000-0002-3112-4722
Степанова Татьяна Федоровна — д.м.н., проф., директор ТНИИКИП, Тюмень, Россия, https://orcid.org/0000-0002-6289-6274
Степанова Ксения Борисовна — к.м.н., в.н.с., зав. клиническим отделением ТНИИКИП, Тюмень, Россия, https://orcid.org/0000-0002-5420-0919.
Участие авторов. Все авторы внесли существенный вклад в проведение поисково-аналитической работы и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию до публикации.
Статья поступила в редакцию 04.05.2021; принята к публикации 27.07.2021; опубликована 25.10.2021
Information about the authors
Lyubov V. KataevaM — Cand. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Bacteriological laboratory, Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia, kataevalv@tniikip.rospotrebnadzor.ru, https://orcid.org/0000-0001-9966-8454
Arina A. Vakarina — junior researcher, Bacteriological laboratory,
Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen,
Russia, https://orcid.org/0000-0002-3112-4722
Tatiana F. Stepanova — D. Sci. (Med.), Professor, Director, Tyumen
Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia,
https://orcid.org/0000-0002-6289-6274.
Kseniya B. Stepanova — Cand. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Clinical department, Tyumen Region Infection Pathology Research Institute, Tyumen, Russia, https://orcid.org/0000-0002-5420-0919
Author contribution. All authors made a substantial contribution to the conception of the work, acquisition, analysis, interpretation of data for the work, drafting and revising the work, final approval of the version to be published.
The article was submitted 04.05.2021; accepted for publication 27.07.2021;
published 25.10.2021
