CC BY
173. Смирнова Н. И., Заднова С. П., Шашкова А. В. и др. Вариабельность генома измененных вариантов Vibrio cholerae биовара Эль-Тор, изолированных на территории России в современный период. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2011, 3: 11-18.
4. Altschul S. F, Gish W, Miller W et al. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 1990, 215: 403-410.
5. Binnewies T. T., Motro Y., Hallin P. F. et al. Ten years of bacterial genome sequencing: comparative-genomics-based discoveries. Funct. Integr. Genomics. 2006, 6: 165-185.
6. Chin C. S., Sorenson J., Harris J. B. et al. The origin of the Haitian cholera outbreak strain. N. Engl. J. Med. 2011, 364: 33-42.
7. Chun J., Grim C. J., Hasan N. A. et al. Comparative genomics reveals mechanism for short-term and long-term clonal transitions in pandemic Vibrio cholerae. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009, 106: 15442-15447.
8. Dasgupta A., Banerjee R., Das S. et al. Evolutionary perspective on the origin of Haitian cholera outbreak strain. J. Biomol. Struct. Dyn. 2012, 30: 338-346.
9. Delcher A. L., Harmon D., Kasif S. et al. Improved microbial gene identification with GLIMMER. Nucleic Acids Res. 1999, 27: 4636-4641.
10. Edgar R. C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004, 32: 1792-1797.
11. Hasan N. A., Choi S. Y, Eppinger M. et al. Genomic diversity of 2010 Haitian cholera outbreak strains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012, 109: E2010- E2017.
12. Li L., Stoeckert C. J., Jr., Roos D. S. OrthoMCL: identification of ortholog groups for eukaryotic genomes. Genome Res. 2003, 13: 2178-2189.
13. Reimer A. R., Van Domselaar G., Stroika S. et al. Comparative genomics of Vibrio cholerae from Haiti, Asia, and Africa. Emerg. Infect. Dis. 2011, 17: 2113-2121.
14. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011, 28: 2731-2739.
15. Yamasaki S., Shimizu T., Hoshino K. et al. The genes responsible for O-antigen synthesis of Vibrio cholerae O139 are closely related to those of Vibrio cholerae O22. Gene. 1999, 237: 321-332.
Поступила 18.06.13
Контактная информация: Кулешов Константин Валерьевич, к.б.н.,
111123, Москва, ул. Новогиреевская, 3А, р.т. (495)974-96-46 (доб. 2205)
ЭПИДЕМИОЛОГИЯ
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
Г.Г. Онищенко, Е.Б. Ежлова, Ю.В. Демина, А.Л. Мельникова, В.Ю. Смоленский
МЕРЫ ПО СОВЕРШЕНСТВОВАНИЮ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО НАДЗОРА ЗА ИНДИКАЦИЕЙ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Москва
Существующая система индикации биологических патогенов в нашей стране позволяет осуществлять действенный мониторинг за эпидемиологической обстановкой, своевременно выявлять возбудителей инфекционных и паразитарных болезней в материале от людей и из проб окружающей среды, проводить их детальную идентификацию и принимать соответствующие меры по обеспечению биологической безопасности Российской Федерации.
Журн. микробиол., 2013, № 6 С. 20—30
G.G.Onischenko, E.B.Ezhlova, Yu.V.Demina, A.L.Melnikova, V.Yu.Smolensky
MEANS TO IMPROVEMENT OF EPIDEMIOLOGIC CONTROL OF INDICATION OF CAUSATIVE AGENTS OF INFECTIOUS DISEASES
Federal Service of Surveillance for Protection of Consumers Rights and Human Welfare, Moscow, Russia
The system of indication ofbiological pathogens that exists in our country allows to implement efficacious monitoring of epidemiologic situation, timely detect causative agents of infectious and parasitic diseases in material from humans and environmental samples, conduct their detailed identification and take appropriate means to ensure biosafety of the Russian Federation.
Zh. Mikrobiol. (Moscow), 2013, No. 6, P. 20-30
В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 16.05.2010 № 303 «О разграничении полномочий федеральных органов исполнительной власти в области обеспечения биологической и химической безопасности Российской Федерации» Роспотребнадзор осуществляет контроль за реализацией государственной политики в области обеспечения биологической и химической безопасности страны, организует и проводит мониторинг опасных для человека природных биологических агентов и химических веществ, а также вызываемых ими заболеваний с целью принятия экстренных санитарно-противоэпидемических мер.
Совершенствование системы индикации биологических патогенов, а также оптимизация ранней диагностики инфекционных заболеваний и проведения мониторинговых исследований окружающей среды является одним из важнейших направлений деятельности службы.
В рамках саммита «Группы восьми» в Санкт-Петербурге в 2006 году по инициативе России лидерами крупнейших мировых держав принято отдельное заявление о необходимости наращивать международные усилия по борьбе с эпидемиями на глобальном и региональном уровне, в том числе путем интенсификации научных исследований и разработок новых средств диагностики и профилактики инфекций. Впоследствии Россия включила данный вопрос в повестку дня Шанхайской организации сотрудничества.
В соответствии с решениями правительства Роспотребнадзор оказывает помощь нуждающимся странам в борьбе с полиомиелитом, тропическими болезнями, гриппом, ВИЧ/ СПИД, туберкулезом и малярией по укреплению глобальной системы предупреждения и борьбы с последствиями стихийных бедствий (модернизация российских СПЭБ) и другими инфекциями путем безвозмездного содействия в укреплении лабораторной сети, подготовки кадров, поставки вакцин и тест-систем российского производства, а также оказания организационно-методической помощи. Также в соответствии с решениями «Группы восьми» российское правительство выделило 1 млрд рублей для научных учреждений Роспотребнадзора и РАМН, которые принимали участие в международной инициативе по разработке вакцины против ВИЧ-инфекции.
Совокупный объем средств, выделенных Россией на участие в международных программах помощи, в 2006 — 2011 годах превысил полмиллиарда долларов США.
В рамках реализации распоряжения Правительства Российской Федерации по осуществлению мер по профилактике тропических болезней проводится разработка препаратов для диагностики и профилактики холеры, других кишечных инфекций, лихорадки Денге, гельминтозов и других тропических болезней, поставка современных тест-систем, а также комплектов лабораторного оборудования, в том числе референс-ПЦР лабораторий, в Республики Кыргызстан, Таджикистан, Узбекистан и Беларусь, а также обучение специалистов на базе институтов Роспотребнадзора.
Начата работа по оказанию практической помощи, включая поставку наборов реагентов для ПЦР-диагностики инфекционных заболеваний, Социалистической Республике Вьетнам, включая российско-вьетнамский тропический центр. Меморандум о сотрудничестве в области борьбы с тропическими болезнями с Министерством здравоохранения СРВ подписан 30 января 2012 года.
В целях реализации распоряжения Правительства Российской Федерации в течение 2010 — 2012 гг. осуществлялась поставка поливакцины, материально-техническая поддержка лабораторий по диагностике полиомиелита и ЭВИ странам СНГ (Азербайджан, Беларусь, Кыргызстан, Узбекистан, Армения), а также укрепление функционирующей на базе НИИПиВЭ им. М.П. Чумакова Национальной лаборатории и референс-лаборатории ВОЗ по диагностике полиомиелита.
В 2006 — 2009 гг. проведено укрепление вирусологических лабораторий в странах СНГ, приняты меры по созданию референс-лаборатории ВОЗ по гриппу птиц и в перспективе — Сотрудничающего центра ВОЗ по гриппу на базе ГНЦ ВБ «Вектор».
В рамках распоряжения правительства осуществляется оказание материально-технической поддержки лабораторий по диагностике инфекционных болезней на территории республик Абхазии и Южной Осетии с подготовкой специалистов.
Роспотребнадзором и подведомственными НИО в целях оказания помощи заключены двусторонние международные соглашения, меморандумы с министерствами здравоохранения и научными учреждениями стран СНГ, ЕС, Германии, Вьетнама, КНР, Монголии, Республик Абхазия, Южная Осетия.
Планируются подписание Меморандума о взаимопонимании между Роспотребнадзо-ром и ЕРБ ВОЗ и между Роспотребнадзором и Европейскими центрами по контролю и профилактике заболеваний.
Разрабатываются соответствующие проекты помощи странам Восточной Европы и Центральной Азии в сфере элиминации кори и краснухи, борьбы с ВИЧ/СПИД, ИППП и гепатитами.
На базе российского Национального научно-методического центра по надзору за корью и краснухой с 2003 г. функционирует Региональная референс-лаборатория ВОЗ по кори/ краснухе для стран СНГ, организованы лабораторно-диагностические исследования на корь образцов материала из стран СНГ, проводится регулярная подготовка специалистов стран СНГ по актуальным вопросам Программы ликвидации кори/краснухи, что позволило создать и укрепить на пространстве СНГ высокопрофессиональную лабораторную сеть по кори/краснухе, работающую едиными методами по единому протоколу.
Сотрудничество по вопросам профилактики и борьбы с корью с другими странами — КНР и Монголией (в рамках ШОС) осуществляется на основе двусторонней договоренности (протоколов, соглашений и пр.), но требует расширения и совершенствования в целях повышения регионального потенциала по надзору за инфекционными болезнями на пространстве ШОС.
Региональная референс-лаборатория ВОЗ также сотрудничает с СДС (США, Атланта) и Глобальной лабораторной сетью (ВОЗ, Женева) по вопросам обмена информацией об актуальных генотипах вируса кори в разных регионах мира, нередко являющихся «завозными» на территории Российской Федерации.
За период реализации Программы 22 вируса кори передано в коллекцию международной специализированной лаборатории кори и краснухи ВОЗ (США, СДС), информация о 89 генотипах вирусов кори и краснухи была передана в Генбанк национального центра биотехнологической информации в Бетезде (США).
НИО Роспотребнадзора эпидемиологического профиля, обладающими материально-технической базой для проведения широкого спектра исследований и разработок с использованием микроорганизмов I — II групп патогенности, значительным научным и кадровым потенциалом осуществляются фундаментальные исследования и прикладные научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы в области эпидемиологии, микробиологии, иммунологии, биотехнологии и биобезопасности, в том числе направленные на совершенствование эпидемиологического надзора и индикации и лабораторной диагностики возбудителей особо опасных инфекций, конструирование и внедрение в практику иммуно- и генодиагностических тест-систем нового поколения и других средств лабораторной диагностики особо опасных инфекций.
Роспотребнадзор в рамках ФЦП «Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации (на 2009 — 2014 годы)» осуществляет координацию научных исследований по разделу биологической безопасности. В том числе, программой предусмотрена разработка не менее 15 средств индикации и идентификации опасных биологических агентов вирусной и бактериальной этиологии, 2 приборов, основанных на
использовании технологий биосенсоров и хроматографических методик для неспецифической и специфической индикации микроорганизмов. В реализации указанной ФЦП принимают участие как основные исполнители ГНЦ ПМБ, ГНЦ ВБ «Вектор», РосНИПЧИ «Микроб», ЦНИИЭ.
В 2011 году учреждения науки Роспотребнадзора приступили к выполнению отраслевой научно-исследовательской программы на период 2011 — 2015 годов «Научные исследования и разработки с целью обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия и снижения инфекционной заболеваемости в Российской Федерации», в которой принимают участие ряд научных и образовательных учреждений РАМН, Минздрава России и других ведомств.
За последние годы получен ряд приоритетных научных результатов, разрабатываются и внедряются в практику инновационные диагностические и профилактические препараты, подготовлено значительное число нормативно-методических и информационно-методических документов, в том числе по эпидемиологии, профилактике и лабораторной диагностике опасных инфекционных заболеваний, по индикации и идентификации возбудителей особо опасных, новых и «возвращающихся» инфекций, по биологической безопасности, созданы и совершенствуются компьютерные программы и базы данных.
Разработаны, зарегистрированы и внедряются в производство инновационные медицинские иммунобиологические препараты для диагностики и специфической профилактики инфекционных заболеваний. Отрабатываются современные технологии получения прототипов вакцин нового поколения для профилактики чумы, туляремии, сибирской язвы, других зоонозных и трансмиссивных инфекций.
Проводится поэтапная замена ПЦР тест-систем с электрофоретическим учетом результатов на тест-системы с учетом результатов в режиме реального времени в оснащении лабораторий различного уровня.
Созданы унифицированные электронные каталоги патогенных микроорганизмов, электронные каталоги геномных портретов бактерий и вирусов из фондов Государственных коллекций патогенных микроорганизмов Роспотребнадзора.
Текущая объективная эпидемиологическая обстановка в России и в мире, стратегические решения, принятые политическим руководством страны, а также опыт проведения фундаментальных и прикладных исследований и разработок в НИО Роспотребнадзора, в том числе совместно с академическими институтами, позволяет определить наиболее важные задачи проведения научных исследований и разработок по проблемам борьбы с инфекционными заболеваниями, санитарной охраны территории Российской Федерации и обеспечения биологической безопасности на период до 2020 года, в числе которых:
♦ дальнейшее развитие и совершенствование правовой, нормативной и методической базы обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, включая разработку и внедрение в практику технических регламентов, гармонизацию санитарно-гигиенических требований с международными нормативными документами;
♦ научное обеспечение мероприятий по адаптации к функционированию в рамках Таможенного союза, развития ЕврАзЭС, присоединения России к ВТО, а также гармонизация с международными стандартами, руководствами «Кодекс Алиментариус»;
♦ разработка современных технологий по созданию ускоренных, специфичных и чувствительных методов лабораторной диагностики в соответствии с принципами надлежащей лабораторной практики;
♦ проведение научно-исследовательских работ, направленных на противодействие ВИЧ/ СПИД, туберкулезу и малярии на национальном и глобальном уровне;
♦ систематический мониторинг опасных биологических факторов;
♦ разработка методов и средств своевременного выявления угрозы, оценки опасности и выработки предложений в области обеспечения биологической безопасности и ликвидации последствий;
♦ разработка и внедрение информационных и прогнозо-аналитических систем, в том числе геоинформационных систем, для выявления закономерностей в области обеспечения биологической безопасности;
♦ подготовка высококвалифицированных специалистов в области диагностики и профилактики инфекционных заболеваний и др.
В целях модернизации лабораторной и производственной базы учреждений службы в рамках реализации ФЦП осуществляется строительство и реконструкция объектов НИО Роспотребнадзора.
В период с 2009 по 2011 гг. завершено строительство 7 объектов 6 институтов (Тюменский НИИКИП, ГНЦ ПМБ, Ростовский НИПЧИ, РосНИПЧИ «Микроб», ГНЦ ВБ «Вектор»).
В 2012 году введены 13 объектов в 8 учреждениях: Ставропольский НИПЧИ, Нижегородский НИИЭМ, Хабаровский НИИЭМ, Волгоградский НИПЧИ, ГНЦ ПМБ, ГНЦ ВБ «Вектор», Хабаровский НИИЭМ, Ростовский НИИМП, РосНИПЧИ «Микроб».
За последние годы построены 3 новых научных центра Роспотребнадзора — в Тюмени, Ставрополе и Хабаровске.
Модернизация научных лабораторий Тюменского НИИ краевой инфекционной патологии привела к повышению эффективности выполняемых научных работ и развитию новых направлений исследований. Уже в ближайшие годы институт способен стать головным учреждением страны по проблемам эпидемиологии, диагностики и профилактики паразитарных заболеваний.
Кроме того, очевиден потенциал учреждения в реализации международных программ как на двусторонней основе, так и во взаимодействии с многосторонними организациями, прежде всего с ВОЗ.
В результате завершения строительства нового корпуса Хабаровского НИИЭМ, оснащенного современным научным и технологическим оборудованием, институт будет готов к повышению эффективности научных исследований с целью обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия и снижения инфекционной заболеваемости в Дальневосточном регионе Российской Федерации.
Ввод лабораторного корпуса Ставропольского НИПЧИ позволит развить вирусологическое направление за счет внедрения культуральных методов детекции вирусов, электронной микроскопии, полногеномного секвенирования. Будет усовершенствована система молекулярного типирования и паспортизации коллекционных и свежевыделенных штаммов возбудителей инфекционных болезней бактериальной и вирусной природы, в том числе с применением методов на основе сиквенса ДНК и протеомного анализа. Планируется разработка новых систем детекции и характеристики ПБА, идентификации и расшифровки новых белков, причастных к основным и дополнительным факторам патогенности, иммуногенности возбудителей ООИ с целью совершенствования средств профилактики (вакцины) и лечения (поиск перспективных мишеней для действия лекарственных средств). Будут продолжены разработки новых систем индикации ПБА с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии и систем адресной доставки биологически активных веществ на основе ниосомальных наноконтейнеров с целью создания новых средств антибиотикотерапии и ДНК-вакцин. Значительное расширение диагностических возможностей позволит осуществлять мониторинг актуальных для северокавказского региона инфекционных болезней, в том числе особо опасных.
В связи с изложенным, Роспотребнадзором изданы приказы по созданию региональных центров по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней на базе Ставропольского НИПЧИ, где будут сосредоточены исследования по СевероКавказскому и Южному федеральным округам, и Хабаровского НИИ эпидемиологии и микробиологии — по Дальнему Востоку.
С учетом модернизируемой материально-технической базы и специфики научных исследований научных учреждений Роспотребнадзора необходимо оптимизировать организационную структуру сети региональных и референс-центров по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней с региональным закреплением субъектов Российской Федерации.
Приказом Роспотребнадзора «О мерах по совершенствованию мониторинга за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней» в Российской Федерации создана многоуровневая система лабораторной диагностики, предусматривающая проведение исследований на территориальном, региональном и центральном уровне и представляющая собой единую сеть лабораторной индикации Российской Федерации с включением центров гигиены и эпидемиологии, противочумных учреждений и научно-исследовательских организаций.
Вместе с тем, региональные центры, созданные на базе Центров гигиены и эпидемиологии, не в полной мере выполняют функцию головных в регионе; по оснащению и кадровому составу практически не отличаются от остальных центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации. В сложных по этиологической расшифровке очагах практическая и методическая помощь оказывается, как правило, научным учреждением, на базе которого расположен соответствующий референс-центр, или национальным центром верификации.
Активно участвуют в работе по оказанию практической и методической помощи при ликвидации эпидемических очагов референс-центры по мониторингу за возбудителями полиомиелита (Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П.Чумакова), кори и краснухи (Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н.Габричевского), сальмонеллеза, гепатита (ЦНИИЭ), иерсиниоза (Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера), сибирской язвы (Ставропольский НИПЧИ), холеры (Ростовский НИПЧИ), природно-очаговых болезней (Иркутский НИПЧИ Сибири и Дальнего Востока).
В связи с эпидемическим неблагополучием в Европе в 2011 г., когда регистрировалась вспышка заболеваний, вызванных группой энтерогеморрагических кишечных палочек, ГНЦ ПМБ и ЦНИИЭ оперативно разработаны диагностические препараты, методические пособия и обучены специалисты.
Вместе с тем, остается ряд вопросов по организации лабораторных исследований на современном уровне. Так, в референс-центре по мониторингу за возбудителями острых кишечных инфекций, инфекций верхних и нижних дыхательных путей (ЦНИИЭ), лихорадки Западного Нила (Волгоградский НИПЧИ) по-прежнему не проводились исследования культуральными методами. В итоге материал для углубленных лабораторных исследований и установления причинно-следственной связи формирования очагов направляется в другие научные учреждения.
В настоящее время все центры гигиены и эпидемиологии в субъектах и на железнодорожном транспорте имеют оборудование для проведения молекулярно-генетических исследований и могут проводить исследования на ПЦР-оборудовании в режиме «реального времени», 66 (78,6%) центров имеют дополнительные приборы для проведения ПЦР в режиме «реального времени».
Вместе с тем, остается потребность лабораторий ЦГиЭ в обновлении оборудования для проведения ускоренной лабораторной диагностики, в первую очередь, для молекулярно-генетических исследований. Также необходимо шире внедрять в практику и более углубленные методы, такие как секвенирование.
Центры индикации на базе противочумных учреждений Роспотребнадзора также доо-снащены 198 единицами лабораторного оборудования.
Анализ оснащенности центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации лабораторным оборудованием показал, что для ускоренной и экспресс-диагностики инфекционных заболеваний наиболее широко используются иммунофер-ментные (автоматические и полуавтоматические) анализаторы, ПЦР с гибридизационной детекцией в режиме «реального времени», новейшее оборудование для автоматической экстракции нуклеиновых кислот.
Менее активно используется оборудование для люминесцентной микроскопии. Люминесцентная микроскопия в лабораторной практике широко используется при серологической диагностике ГЛПС. Использование люминесцентной микроскопии для индикации ПБА лимитируется недостаточным качеством люминесцирующих сывороток.
Использование в лабораторной практике автоматических (полуавтоматических) микробиологических анализаторов ограничено необходимостью закупки дорогостоящих расходных материалов.
Комплексы для идентификации микроорганизмов на базе время-пролетного масс-спектрометра имеются только в 2 Центрах гигиены и эпидемиологии (в г. Санкт-Петербург и Краснодарском крае). Использование данного оборудования для индикации ПБА бактериальной природы является перспективным, так как анализаторы данного типа позволяют провести индикацию и идентификацию ПБА в течение одной минуты после внесения образца в рабочую зону прибора. Фактором, препятствующим широкому применению данного оборудования, является его высокая стоимость.
Из врачей ЦГиЭ Роспотребнадзора высшую квалификационную категорию имеют
40,9% специалистов, первую — 14,3%, вторую — 6,23%, сертификат специалиста — 84,48%.
Укомплектованность врачебных должностей в центрах гигиены и эпидемиологии в 2011 г. составила 95,8%, специалистов с высшим медицинским образованием — 96,2%, среднего медперсонала — 97,6%. Наибольшая укомплектованность — по должностям врачей-лаборантов (96,9%), наименьшая — по должностям врачей-паразитологов (77,2%).
В противочумных учреждениях уровень обеспеченности кадрами в категории врач-бактериолог, врач-вирусолог составляет 76 — 78%, что примерно на 10% ниже аналогичной обеспеченности такими специалистами в ЦГиЭ.
Анализ структурного соотношения лабораторий микробиологического профиля центров гигиены и эпидемиологии свидетельствует, что 78,1% составляют бактериологические лаборатории, 6,0% — вирусологические, 8,2% — паразитологические, 5,1% — лаборатории особо опасных инфекций, 0,8% — лаборатории молекулярно-генетических исследований. Исследования на I группу патогенности проводятся только на базе противочумных учреждений — 12 станций и 5 институтов.
В структуре исследований, проведенных бактериологическими лабораториями ЦГиЭ в 2007 — 2011 гг., наблюдается снижение доли санитарно-бактериологических с 71 до 66,7% и серологических исследований и увеличение бактериологических исследований материала от людей с 27,2 до 29,9%. В 2011 г. бактериологическими лабораториями центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации выполнено 34,7 млн исследований, что на 10,5% меньше, чем в 2010 г.
Объем лабораторных исследований на особо опасные инфекционные болезни за последние 3 года увеличился на 42,5% и составил в 2011 году более 1 млн исследований (2,15% от общего числа исследований, выполняемых микробиологическими лабораториями центров гигиены и эпидемиологии). В структуре исследований по диагностике особо опасных и природно-очаговых инфекций в 2011 г. преобладали бактериологические исследования объектов окружающей среды (37,4%), серологические исследования материала от людей (32,4%) и молекулярно-биологические с объектов окружающей среды (14,3%). В целом, число исследований с объектов окружающей среды превысило преобладающее в предыдущие годы количество исследований от людей и составило 62,9%.
При обеспечении функций по контролю и надзору выполнено 45,8% исследований, что в 2,1 раза превышает средний показатель по всем лабораториям микробиологического профиля (21,8%). В Костромской, Амурской, Новосибирской областях, республиках Адыгея, Кабардино-Балкарской, в Забайкальском крае на бюджетной основе выполняется 90 — 100% исследований; в нескольких территориях — от 11 до 20%.
Вместе с тем, в центрах гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации и на железнодорожном транспорте отсутствуют лаборатории, проводящие исследования на особо опасные инфекции: Ненецкий автономный округ, Республики Адыгея, Дагестан, Ингушетия, Карачаево-Черкесская, Чеченская, Ханты-Мансийский, Ямало-Ненецкий АО, Республики Алтай, Тыва, Хакассия, Хабаровский край, Еврейская, Чукотский АО, на железнодорожном транспорте.
Спектр основных лабораторных исследований, выполняемых центрами гигиены и эпидемиологии на особо опасные и природно-очаговые инфекции, включает определение маркеров 20 видов возбудителей инфекционных болезней, актуальных для Российской Федерации: бактериальной природы — холера, сибирская язва, туляремия, бруцеллез, листериоз, легионеллез, летоспироз, псевдотуберкулез, иерсиниозы; вирусной этиологии — ГЛПС, клещевой энцефалит, Крымская-Конго геморрагическая лихорадка, японский энцефалит, лихорадка Западного Нила; риккетсиозной этиологии — эпидемический сыпной тиф, лихорадка Ку, клещевой сыпной тиф, анаплазмоз, эрлихиоз; боррелиозной этиологии — иксодовый клещевой боррелиоз.
Спектр лабораторных исследований на инфекционные заболевания возрастает с каждым годом, повышается их качество за счет применения более специфичных и чувствительных методов лабораторной диагностики, таких как молекулярно-генетические и иммунофер-ментные.
В 2011 году проведено санитарно-паразитологических исследований объектов окружающей среды, пищевых продуктов и биологического материала более 9,5 млн; уменьшилось по сравнению с 2007 г. на 37,2%. Последние годы отмечается тенденция сокраще-
ния удельного веса санитарно-паразитологических исследований, выполненных в рамках надзора - с 25,3% в 2007 г. до 18,6% в 2011 г.
Структура санитарно-паразитологических исследований в 2011 г. в сравнении с 2010 г. несколько изменилась, удельный вес серологических исследований увеличился на 3,5%, объектов окружающей среды и пищевых продуктов — на 1,2%, при этом удельный вес биологического материала уменьшился на 3,7%. Однако основную долю, как и в предыдущие годы, продолжают составлять паразитологические исследования биологического материала. В 2011 г. обследованы более 4 млн человек, из них с подозрением на заболевание — 5,2%, по эпидпоказаниям — 2,6%, с профилактической целью — 92,2% (в основном, декретированные контингенты, оформляющиеся на работу и периодические медицинские осмотры). Обследования лиц группы риска не проводятся вообще.
Диагностику вирусных инфекций проводят 82 вирусологические лаборатории ЦГиЭ в 73 субъектах Российской Федерации. Вирусологическими лабораториями в 2011г. выполнено около 3,5 млн исследований, из них 85 497 (2,5%) вирусологических, 2 776 476 (79,4%) серологических, 630 669 (18,1 %) молекулярно-биологических.
Общее количество исследований в 2011 году по сравнению с 2010 г. увеличилось на 378 801 (10,8%), в первую очередь, за счет более активного использования молекулярно-биологических методов — по сравнению с 2010 г. на 15,7%.
Доля исследований, выполненных вирусологическими лабораториями при обеспечении функций по контролю и надзору, составила в целом по стране 41,8%.
Из общего числа вирусологических исследований доля исследований материала от людей составила 74,8%, с объектов окружающей среды — 25,2%.
Последние годы все более широко используется метод полимеразной цепной реакции по двум направлениям: для исследований питьевой воды, воды открытых водоемов, сточных вод, песка, смывов, пищевых продуктов, членистоногих и мелких млекопитающих и для диагностики инфекционных заболеваний II — IV групп патогенности.
Всего в 2011 году проведено более 1,1 млн. исследований методом ПЦР, что на 37,7% выше, чем в 2010 г. Доля исследований материала от людей в 2011 г. составила 68,5%, с объектов окружающей среды — 31,5%.
Увеличение объемов исследований ПЦР отмечается за счет исследования членистоногих и материала от людей на вирусные инфекции. Питьевая вода, вода открытых водоемов, сточные воды исследовались методом ПЦР на энтеровирусы. Продовольственное сырье и пищевые продукты исследовались на наличие трансгенных вставок растительного и микробного происхождения. Грызуны и членистоногие — на туляремию, клещевой энцефалит.
Таким образом, последние годы с учетом использования современного парка лабораторного оборудования в ЦГиЭ в структуре исследований отмечается снижение объемов бактериологических, санитарно-бактериологических и серологических, сани-тарно-паразитологических и рост объемов исследований на особо опасные и природно-очаговые инфекционные болезни и молекулярно-генетических исследований.
Наиболее актуальными на современном этапе являются вопросы обеспечения биологической безопасности, в том числе безопасности производства и поставок продуктов питания, в особенности в контексте вступления России в ВТО.
В связи с этим, повышается значимость мониторинговых исследований продуктов питания. Число биопатогенов, которые могут вызывать заболевания людей, животных и поражать сельскохозяйственные продовольственные культуры, сегодня превышает 3,5 тысячи.
Бесконтрольное использование новых технологий, медикаментов, пестицидов при выращивании растений и содержании сельскохозяйственных животных уже привело к образованию новых высокоустойчивых к антибактериальным препаратам штаммов бактерий, которые способны привести к формированию стойких эпидемических очагов с тяжелым клиническим течением заболеваний. Так, в период с апреля по июль 2011 г. на территории Европы был зарегистрирован эпидемический подъем заболеваемости, вызванный энтерогеморрагической кишечной палочкой Escherichia coli 0104-Н4, которая представляет собой высокоустойчивый к антибиотикам реассортант с энтероаггрегатив-ными вариантами кишечной палочки.
Несовершенство систем эпидемиологического надзора и контроля в странах, являю-
щихся торговыми партнерами России, а также нормы ВТО, нацеленные, прежде всего, на либерализацию международной торговли порой в ущерб вопросам охраны здоровья, диктуют необходимость совершенствования мероприятий по контролю за импортируемыми продуктами питания с целью недопущения попадания на российский рынок опасной для здоровья населения продукции.
В целях совершенствования контроля за безопасностью продукции, поступающей на рынки России и ЕС, Роспотребнадзор участвует в Системе Европейской комиссии быстрого уведомления по качеству и безопасности продуктов питания и кормов (RASFF). По каждому случаю в управления Роспотребнадзора по субъектам Российской Федерации направляются письма о принятии необходимых мер по проверке и изъятию из оборота пищевых продуктов, опасных для здоровья человека.
В том числе, за 2012 г. в Роспотребнадзор поступило 11 уведомлений о выявлении недоброкачественной пищевой продукции на территории Российской Федерации и ЕС.
Роспотребнадзор является контактным пунктом Международной сети органов по безопасности пищевых продуктов ВОЗ (ИНФОСАН) — глобальной сетью для оказания помощи государствам-членам в преодолении инцидентов в области международной безопасности пищевых продуктов и чрезвычайных ситуаций, возникающих в результате природной, непреднамеренной или преднамеренной контаминации.
Вместе с тем, в сравнении с 2010 г. отмечается уменьшение количества санитарно-бактериологических исследований, проведенных лабораториями Роспотребнадзора (в целом на 10,6%). Удельный вес исследований пищевых продуктов в 2011 г. составил 25,8%, что практически соответствует уровню 2010 г.
Процент проб пищевых продуктов, не отвечающих гигиеническим нормативам по микробиологическим показателям, составил по Российской Федерации 5,0% (в 2010 г.
— 4,9%). Наибольший удельный вес нестандартных проб выявлен в Республиках Хакассия
— 9,5%, Саха (Якутия) — 12,9%; Ненецком автономном округе — 14,4%, Томской области
— 9,6%. Из 2,1% проб пищевых продуктов и продовольственного сырья, не отвечающих гигиеническим нормативам, были выделены сальмонеллы разных групп (Брянская область
— 13,6%, Белгородская область — 8,8%, Липецкая область — 7,8%, Омская область — 7,2%, Челябинская область — 4,9%); в 0,2% проб — Listeria monocytogenes (Московская область
— 3,0%, Ульяновская — 2,5%, Новгородская область — 1,4%, г. Санкт-Петербург — 1,5%, Пермский край — 1,5%).
В последние годы отмечается улучшение этиологической расшифровки очагов инфекционных болезней.
Вместе с тем, из числа 115 иммунодиагностических препаратов и ПЦР тест-систем, используемых для лабораторной диагностики возбудителей особо опасных инфекций (чума, холера, сибирская язва, туляремия и бруцеллез), только 65 (56,5%) имеют регистрационные удостоверения государственного образца.
Большое количество тест-систем, предназначенных для ДНК-типирования и характеристики выявленных ПБА по таксономическим признакам и эпидзначимости, находятся на стадии разработки или адаптации к работе с биологическим материалом, что исключает возможность их широкого применения в практике лабораторных учреждений.
Вместе с тем, по данным референс-центра по мониторингу за возбудителями ОКИ (ЦНИИЭ) анализ полученных результатов за 2011 г. свидетельствует о случаях нерегла-ментированного применения диагностикумов, предназначенных для работы с клиническим материалом, на образцах из объектов окружающей среды. Часто в очагах инфекционных болезней одновременно применяют бактериологический, серологический и молекулярно-генетический методы, что не всегда рационально и не оправдывает затраченных средств.
Все лаборатории аккредитованы на соответствие требованиям стандарта ГОСТ ИСО/ МЭК 17 025 «Общие требования к компетентности испытательных и калибровочных лабораторий».
В рамках программы аккредитации 67 испытательных лабораторных центров (ИЛЦ) Центров гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации участвуют в межлабораторных сравнительных испытаниях, спектр проводимых лабораторных исследований которых включает идентификацию бактерий рода Vibrio, идентификацию и диффе-
ренциальную диагностику Bacillus anthracis, идентификацию бактерий родов Francisella и Brucella, определение антител к возбудителям бруцеллеза и туляремии. Вместе с тем, только 35 ИЛЦ имеют свидетельства об участии в межлабораторных сравнительных испытаниях.
Одним из важнейших вопросов по уровню развития индикационной базы остается вопрос о коллекционной деятельности.
Ранее было принято постановление правительства о мерах по сохранению и рациональному использованию коллекций микроорганизмов, которое определило коллекции патогенных микроорганизмов, имеющих в активе ПБА I группы патогенности. Постановление Правительства Российской Федерации от 2011 г. определило перечень 9 государственных коллекций, но при этом не отменило постановления 1996 г. и не определило положения о коллекционной деятельности с выделением целевого финансирования.
Роспотребнадзором издан приказ «Об организации деятельности государственных коллекций патогенных микроорганизмов, функционирующих на базе научно-исследовательских учреждений Роспотребнадзора» с введением типового положения о государственной коллекции (2012 г.).
На базе РосНИПЧИ «Микроб» функционирует Государственная коллекция патогенных бактерий, на базе ГНЦ вирусологии и биотехнологии «Вектор» — Государственная коллекция патогенных вирусов, в том числе I — II групп патогенности, на базе ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии — Государственная коллекция патогенных микроорганизмов и клеточных культур.
Музей живых культур Ставропольского НИПЧИ специализируется на хранении бактериальных культур возбудителей ООИ из природных очагов, коллекционный центр Волгоградского НИПЧИ обеспечивает сохранение представительной коллекции штаммов возбудителей чумы, бруцеллеза, сибирской язвы и других возбудителей особо опасных инфекций, являющейся одной из лучших в Европе на сегодняшний день.
В настоящее время Государственные коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур на базе научных учреждений Роспотребнадзора оснащены современными приборами и оборудованием.
На международном уровне Европейским комитетом по стандартизации принят документ Международный Стандарт по управлению лабораторными биорисками в микробиологических лабораториях, который на сегодняшний день является единственным общепринятым рекомендованным стандартом и может применяться в международной практике. С ориентировкой на этот Стандарт проводятся все оценочные визиты международных организаций, в том числе в Сотрудничающие центры по ортопоксвирусам, один из которых функционирует на базе ГНЦ ВБ «Вектор».
Таким образом, существующая система индикации биологических патогенов в Российской Федерации позволяет осуществлять действенный мониторинг за эпидемиологической обстановкой, своевременно выявлять возбудителей инфекционных и паразитарных болезней в материале от людей и из проб окружающей среды, проводить их детальную идентификацию и принимать соответствующие меры по обеспечению биологической безопасности Российской Федерации.
Инвестиции в материально-техническую базу научных организаций Роспотребнадзора в последние годы обеспечили развитие инфраструктуры, повышение уровня биобезопасности, улучшение оснащения современным оборудованием, что позволило расширить спектр и повысить эффективность научных исследований, ориентированных на обеспечение деятельности органов и организаций Роспотребнадзора, разработать и внедрить в практику значительное число современных отечественных препаратов для лабораторной диагностики, профилактики и лечения инфекционных и паразитарных заболеваний.
Основными направлениями работы по совершенствованию эпиднадзора в части индикации возбудителей инфекционных болезней в целях обеспечения биологической безопасности являются:
1. Дальнейшее расширение международного взаимодействия и укрепление роли Российской Федерации на пространстве Восточной Европы и Центральной Азии в целях обеспечения биологической безопасности Российской Федерации.
2. Развитие научного потенциала НИО Роспотребнадзора по проблемам борьбы с инфекционными заболеваниями, санитарной охраны территории Российской Федерации и
обеспечению биологической безопасности на период до 2020 г., определяемого с учетом текущей и прогнозируемой эпидемиологической обстановки в России и в мире, стратегических решений, принятых политическим руководством страны, а также опыта проведения фундаментальных и прикладных исследований и разработок в НИО Роспотребнадзора.
3. Перспективное продолжение исследований в рамках ФЦП «Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации» до 2020 г.
4. Оптимизация организационной структуры региональных и референс-центров по мониторингу за возбудителями инфекционных болезней в целях обеспечения эпиднад-зора с региональным закреплением субъектов Российской Федерации с учетом модернизируемой материально-технической базы и специфики научных исследований научных учреждений.
5. Системная подготовка кадрового состава специалистов учреждений Роспотребнад-зора на принципиально новой основе с учетом возникающей биологической угрозы и внедрения в практику новых индикационных технологий.
6. Регулярное обновление оборудования учреждений и организаций службы, внедрение в практику новых индикационных технологий для качественной и количественной оценки наличия возбудителей или токсинов в пробах (ПЦР, белковые и ДНК-биочипы, им-мунохроматография, иммуносуспензионные методы, секвенирование).
7. Совершенствование мероприятий по контролю за объектами окружающей среды на основе анализа складывающейся эпидситуации и возникающего риска.
8. Законодательное и нормативно-правовое закрепление коллекционной деятельности. Совершенствование нормативной базы, разработка порядка внешнего контроля качества исследований.
9. Завершение разработок отечественных диагностикумов и тест-систем (в первую очередь, для возбудителей опасных инфекционных болезней), своевременная регистрация препаратов.
Поступила 13.02.13
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2013
А.Б.Жебрун, Л.Б.Куляшова, К.Д.Ермоленко, А.В.Закревская
РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ ГЕРПЕСВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ У ДЕТЕЙ И ВЗРОСЛЫХ В С.-ПЕТЕРБУРГЕ ПО ДАННЫМ СЕРОЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО ИССЛЕДОВАНИЯ
НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург
Цель. Комплексное исследование серопозитивности взрослых лиц и детей к вирусам герпеса человека (ВГЧ) шести типов. Материалы и методы. Обследованы 2322 человека (1000 взрослых доноров и 1322 детей 1 — 17-летнего возраста), жителей Санкт-Петербурга. Методами иммуноферментного анализа исследована серопозитивность к вирусам герпеса человека 1, 2, 4, 5, 6 и 8 типов. Результаты. Выявлена большая доля лиц, серопозитив-ных по отношению к цитомегаловирусу (ЦМВ) и вирусам простого герпеса (ВПГ), а также высокая частота одновременного наличия антител к разным типам вируса герпеса человека (ВГЧ). Обнаружена четкая тенденция увеличения с возрастом частоты обнаружения антител к большинству ВГЧ. Наиболее резкое увеличение серопозитивности отмечается в группе детей 12 — 17 лет к ВПГ, ВГЧ-8, ЦМВ, вирусу Эпштейна-Барр (ЭБВ), что, вероятно, связано с активацией полового пути передачи. Доля серопозитивных в этой возрастной группе была равна: к ВПГ- 65%, ВГЧ-6 — 13%, ВГЧ-8 — 3,3%, ЦМВ — 80%, ЭБВ — 61,7% против 74,8%; 68,4%; 2,7%; 80,9%; 41,8% у доноров соответственно. Заключение. Необходимы дальнейшие исследования по определению временного тренда инфицированности населения, связи серопозитивности с частотой манифестных форм инфекции, серопозитивности групп риска.
Журн. микробиол., 2013, № 6, С. 30—36
