CC BY
39
russian clinical laboratory diagnostics. 2016; 61(6) doi 10.18821/0869-2084-2016-61-6-375-379
direct protein profiling method to identify and type N. gonorrhoeae. Vestnik dermatologii i venerologii. 2006; (5): 25—9. (in Russian)
3. Telesmanich N.R., Agafonova V.V., Chemisova O.S., Chayka I.A., Vodop'yanov O.S., Vodop'yanov A.S. et al. Proteomic mass spectrometry analysis and typing of strains of Vibrio cholerae, allocated on the territory of the Russian Federation in 2010—2012. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2014; (2): 97—9. (in Russian)
4. Pribil P., Fenselau C. Characterization of Enterobacteria using MAL-DI-TOF mass spectrometry. Anal. Chem. 2005; 77 (18): 6092—5.
5. Gapon M.N. The local indicators of nonspecific resistance with dys-biosis of the colon. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immuno-biologii. 2010; (5): 53—7. (in Russian)
6. Gritsenko V.A., Bukharin O.V. Ecological and medical aspects of symbiosis of Escherichia coli and person. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2000; (3): 93—9. (in Russian)
7. Telesmanich N.R., Agafonova V.V., Chayka I.A., Seina S.O., Chemisova O.S., Goncharenko E.V. et al. MALDI mass-spectrometric analysis for typing and intraspecies differentiation of cholera vibrios on the base of construction of the reference library of proteomic profiles.
microbiology
Meditsinskiy vestnik Yuga Rossii. 2014; (2): 88—91. (in Russian)
8. Telesmanich N.R., Chayka S.O., Vodyanitskaya S.Yu., Chemisova O.S., Chayka I.A. The application of mass spectrometry technique MALDI-TOF for inter-specific differentiation of closely related species. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2014; 59 (8): 27—8. (in Russian)
9. Vodyanitskaya S.Yu., Telesmanich N.R., Chayka S.O., Chayka I.A., Ivanova N.G. MALDI-TOF proteomic analysis in the study of shipping ballast waters in sea ports of Rostov regions. Zhizn' bez opasnostey. Zdorov'e. Profilaktika. Dolgoletie. 2014; 9 (4): 82—9. (in Russian)
10. Rodina E., Vorobieva N., Kurilova S., Mikulovich J., Vainonen J., Aro E.M. et al. Identification of new protein complexes of Escherichia coli inorganic pyrophosphatase using pull-down assay. Biochimie. 2011; 93 (9): 1576—83.
11. Ternovskaya L.N., Gapon M.N., Khishtova N.S., Solov'eva E.I., Balitskaya L.L. The peculiarities of the large intestines microbiocenosis in people with the dysfunctional disorders of the biliary canal. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2009; (3): 89—92. (in Russian)
Received 30.06.15
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2016 УДК 579.843.1.082.1:543.42.062
Телесманич Н.Р.1, Чайка С.О.1, 2, Чайка И.А.1, 2, Гончаренко Е.В.2, Ломов Ю.М.1
МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ MALDI-TOF В ИДЕНТИФИКАЦИИ И ТИПИРОВАНИИ ШТАММОВ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ
1ГБОУ ВПО Ростовский государственный медицинский университет Минздрава РФ, кафедра общей и клинической биохимии № 1, Ростов-на-Дону, 344022, Российская Федерация; 2 ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, 344002, Ростов-на-Дону, Российская Федерация
На основе созданной нами базы данных «Белковые профили масс-спектров представителей вида Vibrio cholerae для программы MALDI Biotyper» проведено типирование штаммов холерных вибрионов, выделенных на территории Российской Федерации в 2010—2012 гг., а также проведен анализ степени сходств и отличий константных рибосомальных белков. По результатам MALDI-TOF масс-спектрометрии изучаемые штаммы V. cholerae были разделены на 2 четких кластера. В один кластер вошли все эпидемически опасные штаммы, выделенные от людей, приехавших в Москву из Индии в 2010—2012 гг., во второй — атоксигенные вибрионы, не относящиеся к серогруппам O1 / O139, выделенные в 2011 г. у жителей г. Таганрога. Анализ основных спектров всей коллекции позволил нам идентифицировать таксон — специфические компоненты, отличающие штаммы V. cholerae не O1 / не O139 от штаммов V. cholerae El Тог. Таким образом, созданная нами база данных протеомных портретов V. cholerae позволяет проводить идентификацию, изучение и типирование возбудителей холеры и других представителей вида V. cholerae, определяя их филогенетическое родство, что чрезвычайно полезно для установления происхождения штаммов, выделенных из объектов окружающей среды, и эпидемиологической расшифровки вспышек заболевания.
Ключевые слова: Vibrio cholera; MALDI-TOF масс-спектрометрия; протеомный анализ.
Для цитирования: Телесманич Н.Р., Чайка С.О., Чайка И.А., Гончаренко Е.В., Ломов Ю.М. Масс-спектрометрический анализ MALDI-TOF в идентификации и типировании штаммов холерных вибрионов. Клиническая лабораторная диагностика. 2016; 61 (6): 375-379. DOI 10.18821/0869-2084-2016-6-375-379
Telesmanitch N.R.1, ChaikaS.0.12, ChaikaI.A.12, Goncharenko E.V.2, Lomov Yu.M.1
THE MASS-SPECTROMETRIC ANALYSIS OF MALDI-TOF IN IDENTIFICATION AND TYPING OF STRAINS OF COMMA BACILLUS
1The Rostovskii state medical university of Minzdrav of Russia, 344022 Rostov-on-Don, Russiaж; 2The Rostovskii anti-plague institute of Rospotrebnadzor, 344002 Rostov-on-Don, Russia
The data base "Protein profiles of mass-specters of representatives of species of Vibrio cholerae for program MALDI Biotyper" was used to implement typing of strains of comma bacillus isolated at the territory of the Russian Federation in 2010-2012. Also, analysis of degree of .similarity and differences among constant ribosomal proteins was implemented. According the results of MALDI-TOF mass-spectrometry strains of V.cholerae were grouped in two distinct clusters. The first cluster included all epidemically dangerous strains isolated from people arrived in Moscow from India 2010-2012. The second cluster included atoxigenic vibrio with no relation to serogroups O1/O139 isolated from residents of Taganrog in 2011. The analysis of main
Для корреспонденции: Телесманич Наталья Робертовна, д-р биол. наук, проф. каф. общей и клинической биохимии № 1, Ростовский медицинский университет Минздрава России, е-таП: [email protected]
микробиология
specters of all collection permitted to identify taxon - specific components distinguishing .strains of non-Ol/non-O139 from .strains of V.cholerae El Tor. Hence, the developed data base of proteom portraits of V.cholerae permits identifying, studying and to typing of agents of cholera and other representatives of V.cholerae species detecting their phylogenetic affinity that is ultimately useful for establishing origin of strains isolatedfrom objects of environment and epidemiological decoding of episodes of disease.
Keywords: Vibrio cholerae; MALDI-TOF mass-spectrometry; proteom analysis.
For citation: Telesmanitch N.R., Chaika S.O., Chaika I.A., Goncharenko E.V., Lomov Yu.M. The mass-spectrometric analysis ofMALDI-TOF in identification and typing of strains of comma bacillus. Klinicheskaya Laboratornaya Diagnostika (Russian Clinical Laboratory Diagnostics) 2016; 61 (6): 375-379. (in Russ.) DOI: 10.18821/0869-2084-2016-61-6-375-379
For correspondence: Telesmanitch N.R., doctor of biological sciences, chir of general and clinical biochemistry №1. e-mail: [email protected]
Conflict of interests. The authors declare absence of conflict of interests. Financing. The study had no sponsor support
Received 11.08.2015 Accepted 15.12.2015
Введение. На современном этапе развития молекулярно-биологических методов и внедрения высокотехнологичного оборудования в область биологии и медицины в арсенале специалистов появляются новые методологические подходы, позволяющие получать высокоинформативные результаты в совокупности с быстротой и упрощением постановки анализа. В распоряжении специалистов на сегодняшний день имеются различные модификации масс-спектрометрических приборов, позволяющих решать задачи протеомных исследований. Достаточно распространенным подходом является метод времяпролетной масс-спектрометрии на базе матрично-активированной лазерной десорбции/ионизации (matrix assisted laser desorption / ionization — time of flight, MALDI-TOF). Прямое белковое профилирование с помощью MAL-DI-TOF масс-спектрометрии рассматривается в качестве альтернативного подхода, способного заменить или дополнить некоторые этапы классической микробиологии, из которых состоит схема лабораторной диагностики любого микроорганизма (бактериологические, серологические, биохимические методы, ПЦР-диагностику) [1-4]. Как научное изучение протеома микроорганизма, так и лабораторная масс-спектрометрическая белковая диагностика основаны на детекции массовых сигналов, поступающих от биомаркеров, которые являются специфическими на уровне рода, вида или подгруппы микроорганизма. Клетки каждого вида микроорганизма имеют свой набор рибосомальных белков, и профиль их масс уникален, как отпечатки пальцев для человека [5, 6]. Единичные спектры белковых молекул, которые составляют профиль белковых масс микроорганизма, считываются прибором, компьютерная программа суммирует их и сравнивает с профилями белковых масс, находящихся в базе. Идентификация микроорганизмов на приборе MALDI-TOF фирмы Bruker Daltonics проводится с помощью программы Biotyper: она содержит референсные белковые профили 5000 видов бактерий и грибов, но в ней отсутствуют профили возбудителей особо опасных инфекций. Отмечено, что внесение в коммерческую базу нескольких штаммов Vibrio cholerae позволяет проводить идентификацию возбудителей холеры
[7]. Однако внутривидовое типирование, установление филогенетического родства и происхождения штаммов холерных вибрионов, появление которых на территории Российской Федерации носит заносной характер, невозможны без расширенной библиотеки спектров рибосомальных белков представителей вида V. с^1егае. В связи с этим нами создана база данных «Белковые профили масс-спектров представителей вида V. Ло1егае для программы МАЬ01 Вю-1урег» (Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2013620585 от 29.04.2013 г). База данных создана на основе уникальной коллекции паспортизированных штаммов холерных вибрионов ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, который с 1973 г является ведущим по проблеме «Холера и патогенные для человека вибрионы», а с 2008 г. — референс-центром по мониторингу холерных вибрионов. На протяжении нескольких десятков лет проблема завоза возбудителя холеры на территорию Российской Федерации не перестает быть актуальной [8-10]. В период с 2010 по 2012 г. на
Рис. 1. Филогенетическое родство штаммов холерных вибрионов, выделенных в 2010—2012 гг., установленное с помощью МАЬВ1-ТОР масс-спектрометрии.
Russian clinical laboratory diagnostics. 2016; 61(6)
doi 10.18821/0869-2084-2016-61-6-375-379
microbiology
Рис. 2. Сравнение суммарных масс-спектров представителей вида Vibrio cholerae.
а — V.cholerae — не О1/не О139Р-19261 (г. Таганрог, 2011 г.); б — V cholerae El Tor 19243 (г. Москва, 2012 г.); в — V cholerae El Tor 19242 (г. Москва, 2012 г.).
По оси абсцисс — значение масс-заряда (m/z); по оси ординат — интенсивность пика.
территории Российской Федерации было зарегистрировано 4 случая заболевания холерой, из них 3 — в 2010 г и 1 — в 2012 г.; все заболевшие прибыли в г Москву из Индии. Один токсигенный штамм V. Ло1егае Е1 Тог изолирован из акватории порта г. Таганрог в 2011 г. в период вспышки холеры на
MSP Peak List культуры Vibrio cholerae non 01/0139 19261
MSP Peak List культуры Vibrio cholerae e/tor 19243
MSP Peak List культуры Vibrio cholerae e/for 19242
VtM>cMM*non01nor01391S2S1 T*ov*ogll tu»ct«-(70P**i)
rtW . ми»м 82(310 350
вш 3» 627710 10 30
я»;« 210 630220 1 10
312*00 31» 00 240 3» ИМ 50 3 30 es» оо ix
316800 170
671280 2 80
3251» 200 672860 7 20
33» 40 260 674320 150
3«» 110 678500 120
395430 1» 7124 30 3 40
3*100 740 7161 40 2150
3631 30 250
зжсо 120
37« 10 110
37(530 260
383*10 1»
401280 110
4025» 1700
404$ 70 1»
417820 270
4278» 1660
43» 40 120
» 43S320 V «w« 840
10000
438760 1080
4407 70 4»
442340 8»
444700 240
4448» 220
44(380 360
4481 80 160
45(1 80 1 »
468710 310
474(80 5»
476850 1»
433710 508200 120 270
$107 20 470
5123» 2100
5183» 200
5434 70 1»
6128» 110
614820 240
6165 40 770
Vèno dicta» «fcr 01 13243Мокои12Ытс£»(51 Puki)
■Л M < ишът 626310 350
3064 20 330 6278» 25 20
311380 310 630340 370
313660 830 645540 660
y 316880 300 671280 340
V 220330 4390 672840 340
3224 50 450 7123 70 520
336570 $00 716310 36 ОО
3377 10 320 7210» 4»
3551 80 (10 835720 МО
358150 1610 885760 340
360850 360 337270 660
363370 340 343260 1120
3717 20 S10 3526» 340
3767 70 330 1027200 390
334210 320 14958» 410
4026 70 2100
4178 30 810
4278 20 2630
j 435310 800
V 436840 10000
438730 1130
4407 00 430
442460 1050
4462 60 350
4630 00 780
4746 60 300
4398 50 310
508330 530
510720 860
V 5124 60 40 40
5157 20 370
518450 370
6128 30 370
616680 2020
618800 380
WIM i
I V:. -
311400 3174(0 313810
на» 320240 им го к?530 336330 137780 «1790 343400 343370 ЗИ010 ROO 10 303330 374* 30 3785 30 3775(0 3333 30 402540
У 4177«) 477000
У 473310 430700 430500 442530 4430 00 4561 10 «К 30 474050 475330 4077 70
512230 5157 30 516230 520380 528230 543350 012050
И4~4|<га /
1730 V 4С0
730 .
1770 i/
Рис. 3. Масс-пик листы представителей вида Vibrio cholerae.
а — масс-пик лист V. cholerae не 01 / не О139 Р-19261 (г. Таганрог, 2011 г.); б — масс-пик лист V. cholerae El Tor 19243 (г. Москва, 2012 г.); в — масс-пик лист V. cholerae El Tor 19242 (г. Москва, 2012 г.).
1-й, 3-й столбцы — молекулярные массы (m/z) представителя от меньшего значения к больше' му; 2-й, 4-й столбцы — интенсивности пиков (%), соответствующие молекулярным массам. На масс-пик листах отмечены молекулярные массы с интенсивностью больше 40%.
Украине. Также от больных гастроэнтеритом за 2010—2012 гг. выделено 7 штаммов V. cholerae не О1 / не О139 серогрупп (4 штамма — в 2011 и 2012 гг. в г. Таганроге, 3 штамма — в 2012 г. в г. Астрахани).
В связи с этим целью работы стало использование созданной нами авторской базы данных масс-спектров для типирования штаммов холерных вибрионов, выделенных на территории Российской Федерации в 2010—2012 гг., на основе степени сходств и отличий константных рибосомальных белков.
Материал и методы. В исследование были взяты штаммы V. cholerae El Tor 19187, 19187/2, 19188, 19191 (ctx + tcp +), выделенные от людей, прилетевших в Москву из Индии в 2010 г, и V. cholerae El Tor 19242, 19243 (ctx + tcp +) — в 2012 г; токсигенный штамм, выделенный из акватории порта Таганрог в 2011 году, — V. cholerae El Tor Р-19241 (ctx+tcp +); штаммы V. cholerae P-19260, Р-19261 не 01 / не О139 серогрупп (ctx-tcp-), выделенные от людей в г. Таганроге в 2011 г В качестве контроля были взяты выделенные от людей ctx- tcp- штаммы V. cholerae Р-18959 (г Таганрог, 2007 г) и 19019 (г. Астрахань, 2007 г) не 01 / не О139 серогрупп.
Подготовка чистых культур холерных вибрионов проводилась с учетом требований биологической безопасности. Все образцы проходили процедуру экстракции трифторуксусной кислотой (80% TFA) для создания репрезентативных спектров, а также с целью обеззараживания культур холерных вибрионов. Экстракцию проводили в 50 мкл 80% TFA, в которую бактериологической петлей вносили 10 колоний образца для получения достаточного количества рибосомальных белков. Смесь оставляли на 30 мин при комнатной температуре, затем добавляли 150 мкл бидистиллированной воды и 200 мкл ацетонитрила. Смесь встряхивали на вортексе, центрифугировали при 12 000— 13 000 об/мин в течение 2 мин.
Полученный супернатант проверяли при помощи высевов на специфическую стерильность. После проведенных этапов экстракции белков рост холерных вибрионов не наблюдался. Супернатант в количестве 0,5 мкл наносили на ячейку чипа, и после полного высыхания наслаивали 0,5 мкл раствора матрицы (а-циано-4 гидроксикоричная кислота в 50% ацетонитрила и 2,5% три-фторуксусной кислоты). В программе Flex control проводили обстрел в ручном режиме, регистрировали 70 спектров с каждой ячейки с образцом. С помощью программы MALDI Biotyper 3.0 открывали сохраненные спектры, образцам (паттернам) присваивали номер и паспортные данные, характеризующие вид, биовар, серологическую группу, наличие генов токсинобразования и год выделения.
Результаты и обсуждение. Вид V. cholerae обладает достаточно широким фенотипиче-ским и генотипическим разнообразием, что диктует необходимость изучения закономерностей синтеза константных рибосомальных белков у представителей внутри вида на репрезентативной коллекции штаммов. Научные данные о возможностях внутривидовой дифференциации V. cholerae с помощью масс-спектрометрического анализа, типирования эпидемических штаммов V. cholerae на основе рибосомальных белков и существования расширенной библиотеки масс-спектров холерных вибрионов в литературе отсутствуют.
whcLOl.WTtniWPOPwta)
6148 40 016430 618630 6263 30 627670 629050
6354 00 6453 (Ю 671230 672800 712450 710070 710360 721050 740090 7369 80 80)840 835480 005740 311301 936680 94SO 00 952090
1496( 70
29 80 5040 1390
1460 3170 1080
микробиология
Vbriochetwaenon01non013919260 Tapanogll hunctoc-tTOPwk«)
3065 20 308120 3114.00 312а00 3168.80 3203.60 3226.80 3252.60 3271.70 3314.50 3377.10 3415.40 3549.90 358210 Э62200 364а 30 3694.10 3763.80 3832.70
400080 4026.70 405080 407130 4155.20 417&10 4212.40 4221.60 4265.80 4279.70 432810
Т7
Яю
4407.70 4424.40 444990 446560 450090 4617.10 4687.90 4747.40 4764.10 499830 508120 5107.20 5124.40 518590 548530 549850 561800
61 баю
627820 6297.30 645540 672840 7097.60 7129.70 716120 7194.10 72Ю30
10272.00 1496550
2.90 6.90 1.20 2.90 0.90 1.30 2.20 4.10
200 280 12» 250 3.10 2.60 2.20 5.20 590 1.00 гго г4о
0.90 240 1150 280 220 200 1.20 240 6.20 200
VlbrlocholiiM поп01поп013Э 19260 Tag*nrog11 hum е4х-
nrU
"П ■tj-r-j
to
rt|rct)
436a 50
Рис. 4. Масс-спектрометрический белковый профиль штамма V. cholerae не OI / не О139 Р-19260 ctx-tcp- (г. Таганрог, 2011 г.).
а — масс-пик лист; 1-й, 3-й столбцы — молекулярные массы (m/z) представителя от меньшего значения к большему; 2-й, 4-й столбцы — интенсивности пиков (%), соответствующие молекулярным массам. б — основной масс-спектр.
По оси абсцисс — значение масс-заряда (m/z); по оси ординат — интенсивность пика (%).
Рис. 5. Масс-спектрометрический белковый профиль штамма V. cholerae не O1 / не О139 Р-19241 ctx + tcp + (г. Таганрог, 2011 г.).
а — масс-пик лист. 1-й, 3-й столбцы — молекулярные массы (m/z) представителя от меньшего значения к большему; 2-й, 4-й столбцы — интенсивности пиков (%), соответствующие молекулярным массам.
б — основной масс-спектр. По оси абсцисс — значение масс-заряда (m/z); по оси ординат — интенсивность пика (%).
Созданная нами авторская база данных холерных вибрионов имеет на сегодняшний день библиотеку профилей 110 штаммов. База представляет собой репрезентативную коллекцию масс-спектров, позволяющих анализировать сходства и отличия представителей V. Ло1егае на основании выявленных таксон-специфических белковых компонентов, характерных для биоваров, серологических групп и токсигенности [11, 12], что позволяет строить дендрограм-
мы и устанавливать степень родства интересующих штаммов. Из дендрограммы (рис. 1) видно, что изучаемая нами выборка штаммов разделилась на 2 четких кластера. В нижний кластер 2 вошли все эпидемически опасные штаммы, выделенные от людей, приехавших в Москву из Индии в 2010 г. (4 штамма от 3 человек) и в 2012 г. (2 штамма от 1 человека). Эффективность типирования подтверждается тем, что токсигенный штамм V. cholerae El Tor Р-19241, выделенный в 2011 г из воды порта г. Таганрог, занял место в этой группе, что свидетельствует о его индийском происхождении.
Верхний кластер 1 представлен атоксиген-ными вибрионами не 01 / не О139 серогрупп, выделенными от людей в 2011 г. в г Таганроге. В этот кластер удивительным образом попал один из штаммов V. cholerae El Tor 19243, выделенный от больного, прилетевшего из Индии в 2012 г., в то время как второй штамм V. cholerae El Tor 19242 от того же человека был отнесен к кластеру 2 «индийских штаммов». Оба штамма — 19242 и 19243 — были идентифицированы бактериологическим методом и в режиме масс-спектрометрического анализа как V. cholerae El Tor ctx + с показателем Score 2.579.
Мы попытались найти причину такого расхождения и воспользовались непосредственно протеомными портретами созданной нами коллекции. Из рис. 2 видно, что интенсивность минорных пиков с соотношением масса/заряд (m/z) 4500-10 000 Да у штамма V. cholerae El Tor 19243 ближе к интенсивности минорных пиков с m/z 4500-10 000 Да суммарных спектров штаммов V. cholerae не o1 / не О139 (г. Таганрог, 2011 г.), чем к спектру V. cholerae El Tor 19242 (г. Москва, 2013 г.) в том же диапазоне m/z.
Масс-спектр, состоящий из пиков разной интенсивности, является графическим отображением масс-пик листа (MSP Peak List) созданной нами базы, который представляет собой таблицу всех молекулярных масс профиля (рис. 3).
Согласно данным масс-пик листов, штамм V. cholerae не 01 / не О139 Р-19261 (человек, г. Таганрог, 2011) имеет один пик с интенсивностью 100% с m/z 4367,40 Да, V. cholerae El Tor 19243 (человек, г Москва, 2012) имеет такой же пик 4367,40 Да (интенсивность 100%) и еще только один — близкий по интенсивности (43,9%) с m/z 3203,30 Да. Вместе с тем второй штамм V. cholerae El Tor 19242 от того же человека имеет целых 6 пиков с интенсивностью выше 40% и один пик (100%) с иным m/z — 4278,60 Да, что и определяет расхождения в дендрограммах двух штаммов от одного человека, не являющихся идентичными.
Анализ основных спектров всей коллекции позволил нам идентифицировать таксон-специфические компоненты, отличающие штаммы V. cholerae не 01 / не О139 от штаммов V. cholerae El Тог. Нами определено, что представители возбудителя холеры o1 серогруппы имеют в среднем 5 пиков с интенсивностью 40—100% в диапазоне m/z 4000, 4400, 5000, 6000, 7000 Да и интенсивный пик (100% >) с m/z 3202 Да,
russian clinical laboratory diagnostics. 2016; 61(6) doi 10.18821/0869-2084-2016-61-6-375-379
в то время как V. cholerae не Ol / не О139 — один-два мажорных пика в диапазоне m/z 4000—4500 Да, где m/z самого интенсивного пика (100% >) имеет другую молекулярную массу, чем у El Тог вибрионов (рис. 4 и 5), что и определяет протеомную дифференциацию этих двух подвидов.
Заключение. Таким образом, созданная нами база данных протеомных портретов V. cholerae позволяет проводить идентификацию, изучение и типирование возбудителей холеры и других представителей V. cholerae, определяя их возможное происхождение и филогенетическое родство, что в дальнейшем чрезвычайно полезно для установления происхождения штаммов, выделенных из объектов окружающей среды, и эпидемиологической расшифровки вспышек заболевания.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки.
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
ЛИТЕРАТУРА (п.п. 3—6 см. REFERENCES)
1. Кубанова А.А., Говорун В.М., Ильина Е.Н., Верещагин В.А., Фриго Н.В., Припутневич Т.В. Первый опыт применения метода прямого белкового профилирования для идентификации и типирования N. gonorrhoeae. Вестник дерматологии и венерологии. 2006; (5): 25—9.
2. Маянский Н.А., Калакуцкая А.Н., Мотузова О.В., Ломинадзе Г.Г., Крыясановская О.А., Катосова Л.К. MALDI-TOF масс-спектрометрия в рутинной работе микробиологической лаборатории. Вопросы диагностики в педиатрии. 2011; 3 (5): 20—5.
7. Афанасьев M.B., Миронова Л.В., Басов Е.А., Остяк А.С., Куликалова Е.С., Урбанович Л.Я. и др. MALDI-TOF масс-спектрометрический анализ в ускоренной идентификации микроорганизмов рода Vibrio. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; (3): 22—9.
8. Ломов Ю.М. Особенности эпидемических осложнений при холере на современном этапе. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2010; (2): 7—11.
9. Телесманич Н.Р., Ломов Ю.М. Лабораторная диагностика холеры (анализ и перспективы совершенствования). Клиническая лабораторная диагностика. 2009; (11): 51—5.
10. Водяницкая С.Ю., Телесманич Н.Р., Чайка С.О., Чайка И.А., Иванова Н.Г. MALDI-TOF протеомный анализ в исследовании судовых балластных вод в портах Ростовской области. Жизнь без опасностей. Здоровье. Профилактика. Долголетие. 2014; 9 (4): 82—9.
11. Телесманич Н.Р., Агафонова В.В., Чайка И.А., Сеина С.О., Чеми-сова О.С., Гончаренко Е.В. и др. MALDI масс-спектрометрический анализ в типировании и внутривидовой дифференциации холерных вибрионов на основе создания референс-библиотеки протеомных профилей. Медицинский Вестник Юга России. 2014; (2): 88—91.
12. Телесманич Н.Р., Чайка С.О., Водяницкая С.Ю., Чемисова О.С., Чайка И.А. Применение масс-спектрометрического метода MALDI-TOF для межвидовой дифференциации близкородственных вибрионов. Клиническая лабораторная диагностика. 2014; 59 (8): 27—28, 37—38.
Поступила 11.08.15
microbiology
REFERENCES
1. Kubanova A.A., Govorun V.M., Il'ina E.N., Vereshchagin V.A., Frigo N.V., Priputnevich T.V. The first experience of direct protein profiling for identification and typing of N. gonorrhoeae. Vestnik der-matologii i venerologii. 2006; (5): 25—9. (in Russian)
2. Mayanskiy N.A., Kalakutskaya A.N., Motuzova O.V., Lominadze G.G., Kryyasanovskaya O.A., Katosova L.K. MALDI-TOF mass-spectrometry in routine work of microbiological laboratory. Voprosy diagnostiki vpediatrii. 2011; 3 (5): 20—5. (in Russian)
3. Chen J.H., Ho P.L., Kwan G.S., She K.K., Siu G.K., Cheng V.C. et al. Direct bacterial identification in positive blood cultures by use of two commercial matrix- assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry systems. J. Clin. Microbiol. 2013; 51 (6): 1733—9.
4. Van Belkum A., Durand G., Peyret M., Chatellier S., Zambardi G., Schrenzel J. et al. Rapid clinical bacteriology and its future impact. Ann. Lab. Med. 2013; 33 (1): 14—27.
5. Benagli C., Demarta A., Caminada A., Ziegler D., Petrini O., Tonolla M. A rapid MALDI-TOF MS identification database at genospe-cies level for clinical and environmental Aeromonas strains. PLoS One. 2012; 7 (10). Available at: http://www.plosone.Org/article/ info:doi/10.1371/ioumal.pone.0048441.
6. Wang J., Zhou N., Xu В., Hao H., Kang L., Zheng Y. et al. Identification and cluster analysis of Streptococcus pyogenes by MALDI-TOF mass spectrometry. PLoS One. 2012; 7 (11). Available at: http://www.plosone.Org/article/info:doi/10.1371/ioumal. pone.0047152.
7. Afanas'ev M.B., Mironova L.V., Basov E.A., Ostyak A.S., Kulika-lova E.S., Urbanovich L.Ya. et al. MALDI-TOF mass-spectrometric analysis in the accelerated identification of the Vibrio Genus Microorganisms. Molekulyarnaya genetika, mikrobiologiya i virusologiya. 2014; (3): 22—9. (in Russian)
8. Lomov Yu.M. The specific features of epidemic complications in cholera at the present-day stage. Epidemiologiya i infektsionnyie bolezni. 2010; (2): 7—11. (in Russian)
9. Telesmanich N.R., Lomov Yu.M. Laboratory diagnosis of cholera: analysis and prospects for improvement. Klinicheskaya laborator-naya diagnostika. 2009; (11): 51—5. (in Russian)
10. Vodyanitskaya S.Yu., Telesmanich N.R., Chayka S.O., Chayka I.A., Ivanova N.G. MALDI-TOF proteomic analysis in the study of shipping ballast waters in sea ports of Rostov region. Zhizn ' bez opas-nostey. Zdorov'e. Profilaktika. Dolgoletie. 2014; 9 (4): 82—9. (in Russian)
11. Telesmanich N.R., Agafonova V.V., Chayka I.A., Seina S.O., Chemisova O.S., Goncharenko E.V. et al. MALDI mass-spectro-metric analysis for typing and intraspecies differentiation of cholera vibrios on the base of construction of the reference library of proteomic profiles. Meditsinskiy Vestnik Yuga Rossii. 2014; (2): 88—91. (in Russian)
12. Telesmanich N.R., Chayka S.O., Vodyanitskaya S.Yu., Chemisova O.S., Chayka I.A. The application of mass spectrometry technique MALDI-TOF for inter-specific differentiation of closely-related Vibrio. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2014; 59 (8): 27— 28, 37—38. (in Russian)
