CC BY
599УДК: 616.98-036-07-08:578.834.11. DOI: 10.37279/2224-6444-2020-10-3-69-81
КОРОНАВИРУСЫ (ТАКСОНОМИЯ, СТРУКТУРА ВИРУСА)
Хайтович А. Б.
Кафедра микробиологии, вирусологии и иммунологии, Медицинская академия имени
С. И. Георгиевского ФГАОУ ВО «Крымский федеральный университет имени В. И. Вернадского», 295051,
бульвар Ленина, 5/7, Симферополь, Россия
Для корреспонденции: Хайтович Александр Борисович, доктор медицинских наук, профессор кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии, е-mail: khaytovych@rambler.ru
For correspondence: Aleksandr B. Khaitovich, MD, Professor of the Department of Microbiology, Virusology and Immunology, Medical Academy named after S. I. Georgievsky of Vernadsky CFU, Simferopol, Russia. E-mail: khaytovych@rambler.ru
Information about author:
Khaitovich A. B., http://orcid.org/0000-0001-9126-1182
РЕЗЮМЕ
Обзор посвящен малоизвестной и недостаточно изученной до последнего времени таксономической группе вирусов - коронавирусов. В публикации приводятся определения: «коронавирусы» и «коронавирусная инфекция». Обсуждаются вопросы современной таксономии коронавирусов и ее становление от открытия первого коронавируса до появления последнего пандемического вида - SARS-CoV-2. Описываются современные результаты изучения морфологии, строения и структуры вирусной клетки у коронавирусов, особенностей у различных представителей, вызывающих заболевания у людей и имеющие медицинской значение. Указывается на различия в строении и структуре вирусов разных видов и предлагается условно разделить на «особо опасные» и «банальные» группы коронавирусов. Для анализа вирусологических проблем использованы современные литературные источники, мнение международных организаций, статьи в ведущих мировых медицинских и биологических журналах. В последующих публикациях тема коронавирусов и коронавирусной инфекции будет продолжена.
Ключевые слова: коронавирус, таксономия, морфология, структура CORONAVIRUS (TAXONOMY, VIRUS STRUCTURE)
Khaitovich A. B.
Medical Academy named after S. I. Georgievsky of Vernadsky CFU, Simferopol, Russia
SUMMARY
The review is devoted to the little-known and insufficiently studied until recently taxonomic group of viruses - coro-naviruses. The publication provides definitions: «coronaviruses» and «coronavirus infection». The issues of modern taxonomy of coronaviruses and its development from the discovery of the first coronavirus to the emergence of the last pandemic species - SARS-CoV-2 are discussed. The modern results of studying the morphology, structure and structure of the viral cell in coronaviruses, the characteristics of various representatives that cause diseases in humans and are of medical importance are described. The differences in the structure and structure of viruses of different types are pointed out and it is proposed to conditionally divide into «especially dangerous» and «banal» groups of coronaviruses. To analyze virological problems, modern literary sources, the opinion of international organizations, articles in the world's leading medical and biological journals were used. In subsequent publications, the topic of coronaviruses and coronavirus infection will be continued.
Key words: coronavirus, taxonomy, morphology, structure
Коронавирусы - это группа вирусов (более 40 видов), из которых в настоящее время 7 видов имеют медицинское значение; являются при-родно-очаговыми инфекциями; вызывают патологические процессы у человека инфекционной этиологии; протекают клинически разнообразно с мультисистемной патологией и с разной степенью тяжести; развиваются эпидемиологические процессы среди человеческой популяции; разные виды коронавирусов имеют не одинаковый характер распространения и инфицирования среди людей: некоторые виды относят к группе
спорадических инфекций, другие виды обладают способностью к эпидемическому, и даже -пандемическому распространению; по действующим Международным медико-санитарным правилам (2005) некоторые виды коронавирусов вызывают инфекционные процессы, при которых необходимо вводить «чрезвычайные ситуации в области общественного здравоохранения, имеющих международное значение» и должны быть оценены как «случаи болезней, которые являются необычными и могут оказать серьезное воздействие на здоровье населения» [1].
Коронавирусные инфекции - это группа инфекционных заболеваний животных и у людей (зоонозы и антропозоонозы); вызываются вирусами, относящиеся к определенной таксономической группе; способны вызывать патологические процессы разнообразного клинического течения и разной степени тяжести, от бессимптомных и легких форм до крайне тяжелых форм; некоторые инфекционные заболевания вызывают эпидемические и пандемические процессы.
Название вируса связано с их электронно-микроскопической характеристикой (рисунок 1), когда была описана их форма, которая напоминала корону (пепломеры создают вокруг оболочки вирионов выраженное зубчатое обрамление подобное короне). По электронной микроскопии все вирусы одинаковы, хотя и вызывают разную клиническую патологию и тяжесть заболевания, а также имеют особенности в строении вирусов и геномов [2].
Таксономическое положение коронавирусов.
Впервые коронавирус выделен Schalk A.F., Hawn M.C. (1931 г.), который вызывал «новое респираторное заболевание» у цыплят и был идентифицирован как вирус инфекционного бронхита (Infectious bronchitis virus - IBV), в настоящее время носит название коронавирус птиц (Avian Coronavirus - ACoV) [3]. В последующие годы и десятилетия было открыто множество различных по происхождению видов коронавирусов (HCoV), выделенных от млекопитающих и птиц, но только в 1968 г. они объединились в группу Coronavirus [4]. В каталогах Международного комитета по таксономии вирусов (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) группа коронавирусов появились в 1971 г., когда были объединены в отдельный род, а в 1976 г. - таксономический ранг повысился до семейства [5, 6].
Дальнейшее совершенствование классификации коронавирусов происходила на основании описанных белков у вирусов и их строения. В 1996 г. на Х Международном вирусологическом
Рисунок 1. Криоэлектронная микроскопия коро-навируса [2].
конгрессе была предложена таксономическая группа - отряд, названный Nidovirales (от лат. nidos - гнездо), поскольку экспрессия генома у вирусов включает синтез 3'-котерминальных вложенных субгеномных мРНК [7].
К концу ХХ века в научных вирусологических кругах сложилось мнение о роли HCoV в ветеринарной патологии, слабо связанной с патологией человека. Однако начало XXI века изменило эти представления, поскольку стали выявлять новые вирусы, не только вызывающие заболевания у различных млекопитающих и птиц, но и у людей в виде эпидемических проявлений [8].
В 1965 г. впервые у людей обнаружен коронавирус HCoV229E - human Coronavirus, вызывающий заболевание - коронавирус человека 229Е [9].
В 1966 г. у людей выделили коронавирус HCoVОС43 - human Coronavirus ОС43, который является этиологическим фактором болезни -коронавирус человека ОС43. Заболевания, вызванные обоими вирусами, в основном, протекали с легкими клиническими проявлениями по типу острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) [10, 11, 12].
В Южном Китае (2002 г.) появились неизвестные заболевания, вызывающие, атипичную пневмонию, которая в дальнейшем распространилась в разные страны и на разные континенты, а затем вызвала эпидемию. Специальные вирусологические и молекулярно-генетиче-ские исследования установили этиологическую причину заболевания, которое было связано с неизвестным коронавирусом SARS-CoV (от англ. severe acute respiratory syndrome-related Coronavirus - SARS Coronavirus), вызывающий заболевание - тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС) [13, 14].
Голландские ученые (2004 г.) при исследовании материала, забранного от человека с клиникой ОРВИ, выделили неизвестный коронавирус HCoV-NL-63 (от англ. sample number 63 from Netherlands - human Coronavirus NL63), вызывающий заболевание - коронавирус человека NL63 [15-17].
Сотрудники Гонконгского университета позднее (2005 г.) обнаружили в материале от больного с клиническими проявлениями двухсторонней пневмонии другой новый коронавирус - HCoV HKU1 (от англ. Hong Kong University с номером 1 - human Coronavirus HKU1), вызывающий заболевание - коронавирус человека HKU1 [18]. Заболевания, вызванные обоими вирусами, в основном, клинически протекали подобно болезням, ранее описанные в легкой форме, сопровождающимися симптомами ОРВИ, но иногда эти виды вызывали заболевания клинически
протекающие как тяжелый синдром атипичной пневмонии [18].
В Саудовской Аравии (г. Джидда, 2012 г.) при исследовании назофоренгиального смыва, взятого от мужчины с ОРВИ, выделен новый вирус MERS-CoV (от англ. middle east respiratory syndrome Coronavirus - MERS-CoV Coronavirus), вызывающий клинически ближневосточный респираторный синдром (БВРС) и обладавший способностью к эпидемическому распространению в мире [19].
В г. Ухань (провинция Хубэй, Китай, 8 декабря 2019 г.) официально был зарегистрирован первый случай заболевания человека, вызванный неизвестным возбудителем [20].
31 декабря 2019 г. из средств массовой информации стало известно, что городская комиссия здравоохранения представила первый официальный отчет в Министерство здравоохранения (Пекин, Китай) о появлении на территории города заболеваний, которые регистрировалась как атипичная пневмония неясной этиологии [21].
7 января 2020 г. был идентифицирован новый вирус, относящийся к семейству Coronaviridae, и получивший временное название 2019-nCoV (от англ. - novel Coronavirus 2019) [22].
10 января 2020 г. Genbank впервые опубликован полный геном первого штамма вируса 2019-nCoV (Wuhan-Hu-1 под номером MN908947, RefCeq NC_045512) [23, 24].
30 января 2020 г., при большом количестве инфицированных людей и летальных случаев заболевания, вначале в г. Ухань, а затем на других территориях Китая, и в некоторых близко расположенных странах Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила происходящую вспышку, вызванную вирусом 2019-nCoV, чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, имеющее международное значение [25].
12 февраля 2020 г. ВОЗ присвоило заболеваниям, вызывающимся вирусом 2019-nCoV, новое название - COVID-19 (от англ. TOronavirus disease - 2019) и определило его положение в Международной классификации болезней, присвоив коды [26]. По результатам изучения нескольких сотен геномов коронавирусов штаммов 2019-nCoV, обнаруженных в ходе протекавшего эпидемического процесса в мире, ICTV приняло решение о переименовании вируса 2019-nCoV в вирус SARS-CoV-2 (от англ. - severe acute respiratory syndrome 2 - SARS Coronavirus 2), вызывающего коронавирусную инфекцию COVID-19 [26, 27].
11 марта 2020 г. в связи с расширением географического масштаба распространения эпидемии и заболеваний, зарегистрированных на
большинстве континентов и почти во всех странах мира, вызванной SARS-CoV-2, ВОЗ объявила эпидемию COVID-19 - пандемией COVID-19 [28, 29, 30].
К концу первого десятилетия XXI века начала оформляться современная классификация коронавирусов: образовался род Coronavirus в составе семейства Coronaviridae, и подсемейства Orthocoronavirinae. Разделение на более низкие таксономические категории: роды, под-роды, виды произошло позднее после детального изучения вирусов и их клеточных рецепторов, которые не были связанны с их различиями у видов биологических объектов (люди, млекопитающие, птицы) [31, 32, 33].
Изучение клеточных рецепторов у различных коронавирусов, в том числе играющих роль в патологии человека показало, что выявляются некоторые особенности.
Коронавирусы первой группы использовали в качестве клеточного рецептора N-аминопептидазу (aminopeptidase-N - APN), известного как кластер дифференцировки CD13 (англ. cluster of differentiation, cluster designation - CD). CD получил название в соответствии с номенклатурой дифференцировоч-ных антигенов лейкоцитов человека и является рецепторами между взаимодействующими вирусами и клетками-хозяина. Группа разделялась на две подгруппы из-за различий в структуре 3' концевого набора генов. Подгруппа 1a, в которую входили вирусы млекопитающих и птиц, не отличались между собой. Подгруппа 1b включала как коронавирусы играющие роль в патологии человека (HCoV-229E, HCoV-NL63), так и вызывающие патологию у животных, птиц, когда в геноме находилась дополнительная рамка считывания для одного или двух неструктурных белков между генами S и E [8, 33 - 39].
Коронавирусы второй группы подразделялись на 2А, 2В, 2С подгруппы. Вирусы 2А подгруппы включали два разных клеточных рецептора: в первую - молекулу клеточной адгезии, ассоциированную с раково-эмбриональным антигеном 1 типа (carcinoembryonic antigenrelated cell adhesion molecule 1 - CEACAM1), являющийся маркером CD66a; во вторую - молекулу N-ацетил^-О-ацетилнейроминовой кислоты (N-acetyl-9-O-acetylneuraminic acid -N^neu9Ac), включающую вирус, вызывающий заболевания у людей HCoV-HKU1. Специфичность этой классификационной группы определялась наличием гликопротеина гемагглюти-нин-эстеразы, аффинной к сиалозидам. Вирусы 2В подгруппы специфически связывалась с ангиотензинпревращающим ферментом 2 типа (angiotensinconverting enzyme 2 - АСЕ 2) и до-
полнительно их объединяла близость по концевым генам RdRp, Hel, N. В эту подгруппу входили вирусы, также вызывающие заболевания у людей HCoV-NL-63, SARS-CoV, SARS-CoV-2. Вирусы подгруппы 2С обладали рецептором -дипептидипептидаза 4 типа (dipeptidyl peptidase 4 - DPP4), которая являлась маркером CD26 и определялась у вируса MERS-CoV, имеющим медицинское значение [8, 33 - 39].
Вирусы третьей группы объединила ко-ронавирусы специфичные к а2'-3' сиалози-дам - полисахаридам, терминированной сиа-ловой или N-ацетилнейроминовой кислотой (N-acetylneuraminic acid N^neuA^, связанной с моносахаридом а2'-3' связью, в которую входили коронавирусы млекопитающих и птиц, и. не входили коронавирусы вызывающие патологию у человека. Группа дифференцировалась на три подгруппы вирусов из-за различий в структуре 3' концевого набора генов. Подгруппа 3A включала вирусы, которые содержали рамки считывания для двух неструктурных белков; подгруппа 3B - содержала вирус и имела рамки считывания для трех неструктурных белков; подгруппа 3С, в которую входили вирусы обладающие рамкой считывания для более трех неструктурных белков между генами S и E [8, 33 - 39].
Сложившаяся таксономическая структура коронавирусов оказалась мозаичной, что потребовало изменения в классификации в сторону повышения ранга таксонов. Предложение реализовалось в IX Таксономическом каталоге ICTV (2011 г.): род Coronavirus перешел в категорию подсемейства Coronaviridae. Вместо рода Coronavirus описано четыре новых рода, обозначенные буквами латинского алфавита: первый род - Alphacoronavirus (1 группа), второй род - Betacoronavirus (2 группа), третий род -Gammacoronavirus (3 группа с подгруппами 3А и 3В), четвертый род - Deltacoronavirus (3 группа с подгруппой 3С) [40].
В 2018 г. таксономические структуры коро-навирусов подверглась еще двум существенным изменениям. Во-первых, введена новая таксономическая категория у коронавирусов - подрод и проведена математическая оценка некоторых рангов (подрод, род, семейство). В основу разделения на подроды и другие таксономические категории, было положено выделение филогенетических дистанций (сумма различий по совокупности признаков между двумя узлами филогенетичсекого дерева, измеренная вдоль соединяющих их ребер), построенная на основе изучения полноценных геномов. Оценка указанных таксономических категорий, установила критерии размеров для коронавирусов: для под-рода - 0,186, рода - 0,789, подсемейства - 1,586,
но в дальнейшем предполагаются возможные изменения в зависимости от числа изученных коронавирусов [41]. Во-вторых, произошла замена двух подсемейств на одно, которое получило название Orthocoronavirinae. Исследователями установлено, что подсемейство связано с крылатыми животными, являющиеся резервуаром коронавирусов: рукокрылые - для родов Alphacoronavirus и Betacoronavirus, птицы - для родов Gammacoronavirus и Deltacoronavirus. Это является результатом расширения у коронави-русов спектра резервуара хозяев, вследствие их широкой экологической пластичности и позволило некоторым HCoV вызывать заболевания у людей и показать их эпидемиологическое значение [8, 33, 38].
Результаты генетического, филогенетического, фенотипического и эволюционного анализов геномов различных штаммов HCoV были взяты из двух баз данных Genbank и Глобальной инициативы по обмену данными о гриппе (Global Initiative on Sharing All Influenza Data - GISAID), куда вносились данные по геномам HCoV. Эти материалы использовались учеными разных стран для построения современной классификации HCoV, в том числе имеющих медицинское значение (таблица 1) [38, 42, 43].
Современная таксономическая классификация коронавирусов состоит из таксономических групп: царство - Ribovirus, порядок - Nidovirales, подпорядок - Cornidovirinae, семейство -Coronavirus, подсемейство - Orthocoronavirinae, роды - Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus, Deltacoronavirus. Для определения таксономического построения внутри-родовой классификации использовались результаты филогенетического изучения геномов (рисунок 2) [44].
В род Alphacoronavirus входят 2 подрода, в каждый входит по одному виду коронавиру-сов, имеющие медицинское значение: подрод Davinalovirus включает вид HCoV229E, подрод Setracovirus - вид HCoVNL63.
В род Betacoronavirus входят 5 видов коро-навирусов, имеющих медицинское значение, которые разделены на 3 подрода: в подрод Embecovirus входят два вида HCoV HKU1, HCoV ОС43; подрод Merbecoronavirus включает один вид MERS-CoV; подрод Sarbecovirus содержит два вида: SARS-CoV и SARS-CoV-2.
Кроме видов HCoV, выделенных от людей, в эти роды Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus, Deltacoronavirus входят и другие виды HCoV. Видовые названия HCoV, которые не вызывали заболевания у людей, получили от видовых названий тех млекопитающих и птиц, от которых изолированы (кошек,
Рисунок 2. Филогенетическое дерево родства ко-ронавирусов, в том числе имеющие медицинское значение [44]. Условные обозначения: красным цветом обозначены виды НСоУ, которые вызывают заболевания у людей: темно-красным цветом - группа особо опасных НСоУ, ярко-красным цветом -группа видов НСоУ, которые относятся к «банальной» группе инфекций.
собак, свиней, хорьков, норок, летучих мышей разных видов, мышей, крыс, крупного рогатого скота, кроликов, китайских хорьковых барсуков, пальмовых циветт, нетопырей, косолапых кожанов, ночных крыланов, кур, индюков, фазанов, озерных чаек, белух, уток, гусей, голубей, соловьев, леопардов, камышниц, сорочьих славок, астрильд) [8, 38, 39, 40].
Эпидемическое распространение в человеческой популяции получили вирусы 8ЛЯ8-СоУ, МЕЯ8-СоУ, 8ЛЯ8-СоУ-2, которые вызвали крупные эпидемии, а 8ЛЯ8-СоУ-2 и пандемию. Для заболеваний, вызванных этими коронавирусами, характерны некоторые особенности, которые позволяют их отнести к группе особо опасных вирусов. Их отличительные способности определяются рецепторной специфичностью к а2'-3' сиалозидам, подобной у некоторых вирусов гриппа А, определяющих способность проникать в нижние отделы респираторного тракта [45, 46, 47] и вызывать тяжелые инфекционные заболевания у людей, эпидемии и пандемии, что указывает на их определенную опасность для окружающих (вирусы относятся ко 2 группе патогенности микроорганизмов, работа с которыми требует набора биосдерживающих мер предосторожности, необходимой для работы с опасными биологическими агентами с уровнем биологической безопасности - BSL-3) [48]. Вирусы 8АЯ8-СоУ, МЕЯЯ-СоУ и 8Л№-СоУ-2 - генетически разнородные, вызывают разные заболевания: вирус БЛЯБ-СоУ - ТОРС (2002 г.);
вирус МЕЯБ-СоУ - БВРС (2012 г.); вирус 8ЛЯ8-СоУ-2 - COVID-19.
Другие вирусы семейства Сотпаутпае, подсемейства Orthocoronavirmae: НСоУ229Е, НСоУ Ж63, НСоУНКП1, НСоУОС43 вызывают заболевания у людей, но они отличаются по спектру клинических проявлений и по степени тяжести, а некоторые имеют отличия в морфологии вируса, и этим отличаются от группы особо опасных коронавирусов. Все четыре коронавируса распространены глобально во всем мире и вызывают от 15 до 30% случаев заболеваний у людей в структуре заболеваемости ОРВИ. Инфицированные лица не обладают высокой степенью контагиозности, как при особо опасных HCoV; подавляющее число заболеваний протекает в виде легких форм; редко регистрируются тяжелые клинические проявления при поражении нижних дыхательных путей у детей, у пожилых людей и пациентов с ослабленным иммунитетом. Приведенные аргументы позволяют этих представителей объединить в другую группу, отличающуюся от группы особо опасных коро-навирусов.
Морфология и структура коронавирусов.
Все коронавирусы, независимо от того, какая тяжести течение заболевания; каковы клинические симптомы; какая степень эпидемиологической опасности существует для окружающих; обладают одинаковыми морфологическими свойствами и структурой, хотя некоторые отличия существуют у некоторых видов (рисунок 3) [46 -50].
Рисунок 3. Схема коронавирусов [49].
Условные обозначения: Spike glucoprotein (S) — спайковый гликопротеин, Envelope small membrane protein (E) - оболочечный малый мембранный протеин, Membrane protein (M) -мембранный протеин, Hemogglutinin-esterase (HE) - гемагглютинин-эстераза, Nucleoprotein (N) - нуклеопротеин, Genomic RNA - геном РНК. (http://ruleof6ix.fieldofscience.com/2012/09/a-new-coronavirusshould-you-care.html)
Таблица 1
Современная таксономия коронавирусов, имеющих медицинское значение
Таксономическая категория Латинское название Штамм прототип Источник выделения GenbankID
Царство Ribovirus
Порядок Nidovirales
Подпорядок Cornidovirinae
Семейство Coronavirus
Подсемейство Orthocoronavirinae
Род Alphacoronavirus
Подрод Davinalovirus
Вид HCoV-229 Inf-1 Homo sapiens NC002645
Подрод Setracovirus
Вид HCoV-NL-63 Amsterdam 1 Homo sapiens AY567987
Род Betacoronavirus
Подрод Embecovirus
Вид HCoV-HKUl HKU1 Homo sapiens NC006577
Вид Betacoronavirus (HCoV-OC-43) HCoV-OC-43/ ATCC Homo sapiens AY391777
Подрод Merbecoronavirus
Вид MERS-CoV Jeddan/ Camel Camelus dromedarius KF917527
Подрод Sarbecovirus
Вид SARS-CoV GDOI Homo sapiens AY278489
Вид SARS-CoV-2 Wuhan-flu-1 Homo sapiens NC045512
Род Gammacoronavirus
Род Deltacoronavirus
Вирионы НСоУ сферической формы в диаметре от 80 до 229 нм, самые крупные среди РНК-вирусов. РНК, которая имеет спиральную симметрию, располагается внутри нуклепротеи-на ^-белка) и обе структуры вместе формируют нуклеокапсид (60 - 70 kDa). На наружной поверхности нуклеокапсида находится суперкап-сидная оболочка сложного строения (бислойная липидная оболочка), под которой располагаются четыре или пять структурных белков, которые формируют внешний слой коронавируса и защищают РНК, находящеюся внутри. Структурные белки определяют не только структуру вируса, но и принимают участие в репликации новых вирусных частиц, в сборке и выходе из клетки хозяина новых копий вируса [51 - 56].
^белок (50 - 60 kDa) по химической структуре является фосфорилированным белком и защищает РНК-вирус, сохраняя его в устойчивом состоянии внутри вирусной оболочки, при этом большое количество белков соединяются друг с
другом в длинную спираль, обертываясь и наматываясь на РНК [51-54, 56, 57].
S-белок (150 - 220 kDa), располагается на поверхности билипидной оболочки вируса в виде булавоподобных отростков, поэтому называется спайковый белок (от англ. spikes - шип), что придает вирусу неповторимую форму короны. S-белок по химической структуре - гликопро-теин, создающий тримеры в виде пепломеров, формирующие «зубцы короны» длиной 10-25 нм, эти протеины коронавирусов определили название таксономической группы вирусов и обеспечивают проникновение вируса в соматическую клетку. Часть шипа может расширяться и присоединяется к разным белкам у разных видов, которые присутствует на клетках дыхательных путей и в клетках других органов и тканей разных систем человека, т.е. определяют адгезию и внедрение вируса в клетку. Вероятно, произошедшая некоторое время назад мутация или несколько мутаций, повлияло на эволюцию
вируса, что создало условия для перехода его от рукокрылых на человека и определило возможность шипам плотно связываться с клетками человека [51-53, 55-58].
М-белок (23 - 25 kDa) - мембранный, структурный белок HCoV, находится немного глубже спайкового белка, ближе к нуклеокапсиду, является трансмембранным белком, по химической структуре гликопротеин. M-белок является частью внешней оболочки вируса и обеспечивает форму вириона [51-53]. Исследования, проведенные с помощью криоэлектронной микроскопии и томографии, показали, что существуют две функционально отличные формы М-белка коронавируса. На большинстве вирусных частиц M-белок находятся плотно упакованный по краю, а у некоторых характеризуются как размытый, который не вступает в контакт с РНК. Общую форму, плотно упакованную по краю, назвали M LONG , а короткую размытую - M COMPACT. Вирусные шипы находились как на M LONG, так и на M COMPACT, но отсутствовали на мембранах вируса без M-белка. Две формы М-белка представляли разные конформации одной и той же пептидной цепи. Эндодомены М-белка самостоятельно собирались в олигоди-мерные комплексы при 37 °С, при этом формировалась выпуклая, жесткая вирусная оболочка, которую назвали M LONG. M LONG, стабилизировался белками S, N и E. М-белок - это димер-ный белок, который контролирует размер частиц и эффективность сборки [54, 56, 57, 59].
Е-белок (9 - 12 kDa) оболочечный структурный белок примыкает к нуклеокапсиду, который выявляется только среди вирусов подсемейства Orthocoronavirinae. E-белок помогает сформировать маслянистый пузырек вируса и выполнить функции, находясь уже внутри инфицированной клетки. Пентамеры белка Е формируют ионные каналы и представляют собой важный фактор патогенности HCoV (пентамеров в оболочке нескольких копий на вирион). Е-белок встроен в оболочку, может соединяться с белками, помогающие регулировать гены, активно изменять паттерн активации собственных генов человека и участвовать в сборке вириона и выходе вири-она за пределы клетки [51-53, 55-58].
У некоторых коронавирусов (HCoV-OC43 и HCoV-HKU1) находится еще дополнительно поверхностный гемагглютинин-эстераза (НЕбелок, 9 - 12 kDa), по химической структуре гликопротеин. Вирусы, обладающие НЕ-белком, имеют гемагглютинирующую и эстеразную активности, которые используют в качестве механизма вторжения в соматическую клетку, помогают в прикреплении и разрушении определенных рецепторов сиаловой кислоты, кото-
рые находятся на поверхности клетки - хозяина. НЕ-белок представляет собой димер трансмембранного белка, состоящий из двух мономеров, где каждый состоит из трех доменов. Эти три области являются связывающими доменами: слияние мембран, эстеразы и рецепторов. У всех особо опасных вирусов SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2 белок НЕ отсутствует [8, 33, 40, 51, 57-59].
Все структуры вирусной клетки детерминированы генами вируса, которые имеют некоторые отличия у разных вирусов, и определяют процесс изменчивости вирусов и репликацию.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В настоящее время с использованием новых методов лабораторных исследований и вычислительных технологий сформировалась современная таксономическая структура коронави-русов, изучение которой происходит уже более 80 лет. Новые подходы в изучении и обработке полученных результатов позволили быстро изучить филогенетическое родство различных вирусов, в том числе и коронавирусов, которые впервые были описаны в XXI веке и позволили создать современную таксономию коронавиру-сов. Из почти 40 видов коронавирусов известных в настоящее время, только 7 вирусов имеют медицинское значение. Анализ литературных источников таксономического положения, морфологических свойств, структуры разных видов коронавирусов показал, что среди 7 видов коронавирусов, имеющие медицинское значение следует выделить 2 группы коронавирусов: группу особо опасных коронавирусов человека (SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2); группу «банальных» коронавирусов человека (HCoV 229E, HCoVNL63, HCoVHKU1, HCoV ОС43). Обращает на себя внимание необходимость проведения мониторинговых исследований изучения биологического разнообразия корона-вирусов. Эти исследования должны включать изучение структур вирусной клетки у корона-вирусов, независимо от вида хозяев обитания и это позволит выявить те изменения в его структурах, влияющие на эволюционный дрейфовый процесс конкретного вида HCoV, что, вероятно, приводит к изменению места обитания с рукокрылых или птиц на человека.
ЛИТЕРАТУРА
1. ВОЗ Международные медико-санитарные правила (2005г.) третье издание. Швейцария: Отдел печати ВОЗ. 2013.
2. Neuman B.W., Adair B.D., Yoshioka C., Quispe J.D., Kuhn G.O.P., Milligan R.A., Yeager M., Buchmeier M.J. Supramolecular architecture of severe
acute respiratory syndrome Coronavirus revealed by electron cryomicroscopy. J. Virol. 2006;80(16):7918-7928. doi: 10.1128/JVI.00645-06.
3. Schalk A.F., Hawn M.C. An apparently new respiratory disease of baby chicks. J. Am. Vet. Med. Assoc. 1931;78:19.
4. Almeida J.D., Berry D.M., Cunningham C.H., Hamre D., Hofstad M.S., Mallucci L., Mcintosh K., Tyrrell D.A.J. Virology: Coronaviruses. Nature. 1968;220:650. doi: 10.1038/220650b0.
5. Classification and nomenclature of viruses. First report of the International committee on nomenclature of viruses. Ed. Wildy P. Basel: Karger. 1971.
6. Classification and nomenclature of viruses. Second report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Ed. Fenner F. Basel: Karger. 1976.
7. Pringle C.R. Virus taxonomy 1996 - a bulletin from the Xth International Congress of Virology in Jerusalem. Arch. Virol. 1996;141(11):2251-2256. doi:10.1007/bf01718231.
8. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г., Акимкин В.Г., Малеев ВВ.
История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae). Инфекция и иммунитет. 2020;10(2):221-246. doi:10.15789/2220-7619-HOI-1412.
9. Tyrrell D.A., Bynoe M.L. Cultivation of a novel type of common-cold virus in organ cultures. Br. Med. J. 1965;1:1467-1470. doi: 10.1136/ bmj.1.5448.1467.
10. Hamre D., Procknow J.J. A new virus isolated from the human respiratory tract. Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1966;121:190-193. doi:10.3181/00379727-121-30734.
11. Bruckova M., McIntosh K., Kapikian A.Z., Chanock R.M. The adaptation of two human coronavirus strains (OC38 and OC43) to growth in cell monolayers. Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1970;135(2):431-435. doi:10.3181/00379727-135-35068.
12. Callow K.A., Parry H.F., Sergeant M., Tyrrell D.A. The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. Epidemiol. Infect. 1990;105:435-446. doi: 10.1017/s0950268800048019.
13. Li W., Shi Z., Yu M., Ren W., Smith C., Epstein J.H., Wang H., Crameri G., Hu Z., Zhang H., Zhang J., McEachern J., Field H., Daszak P., Eaton B.T., Zhang S., Wang L.F. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science. 2005;310:676-679. doi: 10.1126/science.1118391.
14. Чучалин А.Г. Тяжелый острый респираторный синдром. Архив патологии. 2004;3:5-11.
15. Van der Hoek L., Pyrc K., Jebbink M.F., Vermeulen-Oost W., Berkhout R.J., Wolthers
K.C., Wertheim-van Dillen P.M., Kaandorp J., Spaargaren J., Berkhout B. Identication of a new human coronavirus. Nat. Med. 2004;10:368-373. doi:10.1038/nm1024.
16. Fouchier R.A., Hartwig N.G., Bestebroer T.M., Niemeyer B., de Jong J.C., Simon J.H., Osterhaus A.D. A previously undescribed coronavirus associated with respiratory disease in humans. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004;101:6212-6216. doi: 10.1073/pnas.0400762101.
17. Lednicky J.A., Waltzek T.B., McGeehan E., Loeb J.C., Hamilton S.B., Luetke M.C. Isolation and genetic characterization of human coronavirus NL63 in primary human renal proximal tubular epithelial cells obtained from a commercial supplier, and confirmation of its replication in two different types of human primary kidney cells. Virol. J. 2013;10:213. doi: 10.1186/1743-422X-10-213.
18. Woo P.C., Lau S.K., Chu C.M., Chan K.H., Tsoi H.W., Huang Y., Wong B.H., Poon R.W., Cai J.J., Luk W.K., Poon L.L.,Wong S.S., Guan Y., Peiris J.S., Yuen K.Y. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia. J. Virol. 2005;79:884-895. doi: 10.1128/ JVI.79.2.884-895.2005.
19. Zaki A.M., Van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia. N. Engl. J. Med. 2012;367 (19):1814-1820. doi: 10.1056/NEJMoa1211721.
20. Ryu S., Chun B.C. An interim review of the epidemiological characteristics of 2019 novel coronavirus. Epid. Health. 2020 Feb 6;42:e2020006. doi:10.4178/epih.e2020006.
21. Пресс К. Анатомия коронавируса. Что мы узнали о Covid-19 за полгода? ВВС, Русская служба https://www.bbc.com/russian/extra/ VLvX2tAh3r/anatomy-of-a-pandemic russian.
22. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., Hu Y., Tao ZW., Tian JH., Pei Y.Y., Yuan ML., Zhang Y.L., Dai F.H., Liu Y., Wang Q.M., Zheng J.J., Xu L., Holmes E.C., Zhang Y.Z. A new coronavirus associated with human respiratory diseasein China. Nature. 2020. 03 Feb; 579 (7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3.
23. Chen Y., Liu Q., Guo D. Emerging coronaviruses: Genome structure, replication, and pathogenesis. J. Med. Virol. 2020;92(4):418-423. doi: 10.1002/jmv.25681.
24. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report1 (21 January 2020). URL: https://www. who.int/docs/default-source/coronaviruse/
situation-reports/ 20200121-sitrep-1-2019 cov. pdf?sfvrsn=20a99c10_4.
25. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report10 (30 January 2020). URL: https://www.who.int/docs/ default-source/coronaviruse/situation-reports/ 20200130-sitrep-10-ncov.pdf?sfVrsn=d0b2e480_2.
26. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report11 (31 January 2020). URL: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200131-sitrep-11-ncov.pdf?sfvrsn=de7c0f7_4.
27. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report22 (11 February 2020). URL: https://www.who.int/docs/ default-source/coronaviruse/situation-reports/ 20200211-sitrep-22-ncov.pdf?sfvrsn=fb6d49b1_2.
28. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report51 (11 March 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200 3 1 1-sitrep-5 1-covid-19. pdf?sfvrsn=1ba62e57_10.
29. Park W.B., Kwon N.J., Choi S.J., Kang C.K., Choe P.G., Kim J.Y., Yun J., Lee G.W., Seong M.W., Kim N.J., Seo J.S., Oh M.D. Virus isolation from the first patient with SARS-CoV-2 in Korea. J. Korean Med. Sci. 2020;35(7): e84. doi: 10.3346/ jkms.2020.35.e84.
30. Wilson M.E., Chen L.H. Travelers give wings to novel coronavirus (2019-nCoV). J. Travel. Med., 27 Mar, 2020:27(2): taaa015. doi:10.1093/ jtm/taaa015.
31. Медицинская вирусология. Под ред. Д.К. Львова. М.: МИА; 2008.
32. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. Fauguet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselberger U., Ball L.A. Elsevier Academic Press, 2005.
33. Руководство по вирусологии: Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. Под
ред. академика РАН Д.К. Львова. М.: ООО «Издательство «Медицинское информационное агентство»;2013.
34. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? Тихоокеанский медицинский журнал. 2015;60(2):94-98.
35. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности. Лечащий врач. 2013;10: 49-54.
36. Chuck C.P., Chow H.F., Wan D.C.C., Wong K.B. Profiling of substrate specificities of 3C-like proteases from group 1, 2a, 2b, and 3 coronaviruses. PLoS One. 2011;6(11): e27228-e27228. doi:10.1371/journal.pone.0027228.
37. Dijkman R., Jebbink M.F., Wilbrink B., Pyrc K., Zaaijer H.L., Minor P.D., Franklin S., Berkhout B., Thiel V., van der Hoek L. Human coronavirus 229E encodes a single ORF4 protein between the spike and the envelope genes. Virol. J. 2006;3:106. doi:10.1186/1743-422X-3-106.
38. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Elsevier Academic Press; 2011.
39. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lai K.K., Huang Y., Lee P., Luk G.S., Dyrting K.C., Chan K.H., Yuen K.Y. Comparative analysis of complete genome sequences of three avian coronaviruses reveals a novel group 3c coronavirus. J. Virol. 2009;83(2):908-917. doi: 10.1128/JVI.01977-08.
40. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Elsevier Academic Press; 2011;1338.
41. Ziebuhr J., Baric R.S., Baker S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A., Haagmans B.L., Neuman B.W., Perlman S., Poon L.L.M., Sola I., Gorbalenya A.E. Reorganization of the family Coronaviridae into two families, Coronaviridae (including the current subfamily Coronavirinae and the new subfamily Letovirinae) and the new family Tobaniviridae (accommodating the current subfamily Torovirinae and three other subfamilies), revision of the genus rank structure and introduction of a new subgenus rank. Proposal 2017.013S (08.08.2018) for International Committee on Taxonomy of Viruses. https://ictv. global/proposal/2017.Nidovirales/.
42. Fung T.S., Liu D.X. Human Coronavirus: Host-Pathogen Infection. Annual Review of Microbiology. 2019;73:529-557. doi:10.1146/ annurev-micro-020518-115759
43. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) New MSL including all taxonomy updates since the 2018b release Updates approved during EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35) For more information see: https://ictv.global.
44. Маджидов Т.И., Куракин Г.Ф. Компьютерные технологии против коронавиру-са: первые результаты. Природа.2020;3:3-15. doi:10.7868/ S0032874X20030011.
45. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Грипп: история, клиника, патогенез Лечащий врач. 2011;10:33-38.
46. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press. 2015;452.
47. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Prilipov A.G., Vlasov N.A., Fedyakina I.T., Deryabin P.G., Alkhovsky S.V., Zaberezhny A.D.,Suares D. Evolution of HPAI H5N1 virus in natural ecosystems of Northern Eurasia (2005-2008). Avian Dis. 2010;54:483-495. doi: 10.1637/8893-042509-Review 1.
48. Временные методические рекомендации. Профилактика, диагностика и лечение нвой инфекции (COVID-19). Версия 7. Министерство здравоохранения Российской Федерации. 6 июня 2020.
49. Смирнов В.С., Зарубаев В.В., Петленко С.В. Биология возбудителей и контроль гриппа и ОРВИ. — СПб.: Гиппократ; 2020.
50. Korsman S.N.J., Gert U. van Zyl, Nutt L., Andersson M.I., Preiser W.. Human coronaviruses. Virology. 2012;94-95; doi:10.1016 / B978-0-443-07367-0.00040-9.
51. Corum J., Zimmer C. Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome. The New York Times. April 3.2020;(17).
52. Стасевич К. Жизнь и устройство коро-навирусов Наука и жизнь. 2020;4:8-15. https:// www.nkj.ru/archive/articles/38461.
53. Graham R.L., Baric R.S. Minireview Recombination, Reservoirs, and the Modular Spike: Mechanisms of Coronavirus Cross-Species Transmission. Journal of Virology. 7 Apr. 2010; 84(7):3134-3146. doi:10.1128/JVI.01394-09.
54. Masters PS, Kuo L, Ye R, Hurst K. R., Koetzner C.A., Hsue B. Genetic and molecular biological analysis of protein-protein interactions in coronavirus assembly. Adv. Exp. Med. Biol. 2006;581:163-173. doi:10.1007 / 978-0-387-33012-9_29.
55. Siu Y.L., Teoh K.T., Lo J., Kien C., F., Escriou N., Tsao S. W., Nicholls J. M., Altmeyer R., J Peiris. S. M., Bruzzone R., Nal B. The M, E, and N structural proteins of the severe acute respiratory syndrome coronavirus are required for efficient assembly, trafficking, and release of viruslike particles. J. Virol. 2008; 82:11318 doi: 10.1128/ JVI.01052-08.
56. McIntosh K, Peiris JSM. Coronaviruses. In: Clinical Virology, 3rd ed., Richman DD, Whitley RJ, Hayden FG (Eds), ASM Press, Washington, DC 2009:1155.
57. Peiris J.S.M. Section II. The Agents. Part B: RNA Viruses. Coronavirus. In the book: Richman
D.D., Whitley R.J., Hayden F.G., - editors. 4rd ed., Clinical virology. Washington, ASM Press, 2017;1243-1265.
58. Enjuanes L., Smerdou C., Castilla J., Antón I. M., Torres J. M., Sola I., Golvano J., Sánchez J. M., Pintado B. Development of protection against coronavirus induced diseases. A review. Adv Exp Med Biol. 1995; 380:197-211. doi: 10.1007/978-1-4615-1899-0_34.
59. Neuman B.W., Kiss G., Kunding A. H. David Bhella, M Fazil Baksh, Stephen Connelly, Ben Droese, Joseph P Klaus, Shinji Makino, Stanley G Sawicki, Stuart G Siddell, Dimitrios G Stamou, Ian A Wilson, Peter Kuhn, Michael J Buchmeieret al. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology J. struct. Biol. 2011;174(1):11-22. doi: 10.1016/j. jsb.2010.11.021.
REFERENCES
1. World Health Organization International Health regulations (2005) third edition. Switzerland. WHO Press. 2013.
2. Neuman B.W., Adair B.D., Yoshioka C., Quispe J.D., Kuhn G.O.P., Milligan R.A., Yeager M., Buchmeier M.J. Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy. J. Virol. 2006;80(16):7918-7928. doi:10.1128/JVI.00645-06.
3. Schalk A.F., Hawn M.C. An apparently new respiratory disease of baby chicks. J. Am. Vet. Med. Assoc. 1931;78:19.
4. Almeida J.D., Berry D.M., Cunningham C.H., Hamre D., Hofstad M.S., Mallucci L., McIntosh K., Tyrrell D.A.J. Virology: Coronaviruses. Nature. 1968;220:650. doi: 10.1038/220650b0.
5. Classification and nomenclature of viruses. First report of the International committee on nomenclature of viruses. Ed. Wildy P. Basel: Karger. 1971.
6. Classification and nomenclature of viruses. Second report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Ed. Fenner F. Basel: Karger. 1976; 115.
7. Pringle C.R. Virus taxonomy 1996 - a bulletin from the Xth International Congress of Virology in Jerusalem. Arch. Virol. 1996;141(11):2251-2256. doi:10.1007/bf01718231.
8. Shchelkanov M.Yu., Popova A.Yu., Dedkov V.G., Akimkin V.G., Maleev V.V. Study history and current classification of coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae) Infection and immunity. 2020;10(2):221-246. doi:10.15789/2220-7619-HOI-1412.
9. Tyrrell D.A., Bynoe M.L. Cultivation of a novel type of common-cold virus in organ cultures.
Br. Med. J. 1965;1:1467-1470. doi:10.1136/ bmj.1.5448.1467.
10. Hamre D., Procknow J.J. A new virus isolated from the human respiratory tract. Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1966;121:190-193. doi:10.3181/00379727-121-30734.
11. Bruckova M., Mcintosh K., Kapikian A.Z., Chanock R.M. The adaptation of two human coronavirus strains (OC38 and OC43) to growth in cell monolayers. Proc. Soc. Exp. Biol. Med. 1970;135(2):431-435. doi: 10.3181/00379727-13535068.
12. Callow K.A., Parry H.F., Sergeant M., Tyrrell D.A. The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. Epidemiol. Infect. 1990;105:435-446. doi: 10.1017/s0950268800048019.
13. Li W., Shi Z., Yu M., Ren W., Smith C., Epstein J.H., Wang H., Crameri G., Hu Z., Zhang H., Zhang J., McEachern J., Field H., Daszak P., Eaton B.T., Zhang S., Wang L.F. Bats are natural reservoirs of SARS-like coronaviruses. Science. 2005;310:676-679. doi: 10.1126/science.1118391.
14. Chuchalin A.G. Severe acute respiratory syndrome. Pathology Archive. 2004;3:5-11.
15. Van der Hoek L., Pyrc K., Jebbink M.F., Vermeulen-Oost W., Berkhout R.J., Wolthers K.C., Wertheim-van Dillen P.M., Kaandorp J., Spaargaren J., Berkhout B. Identication of a new human coronavirus. Nat. Med. 2004;10:368-373. doi:10.1038/nm1024.
16. Fouchier R.A., Hartwig N.G., Bestebroer T.M., Niemeyer B., de Jong J.C., Simon J.H., Osterhaus A.D. A previously undescribed coronavirus associated with respiratory disease in humans. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004;101:6212-6216. doi:10.1073/pnas.0400762101.
17. Lednicky J.A., Waltzek T.B., McGeehan E., Loeb J.C., Hamilton S.B., Luetke M.C. Isolation and genetic characterization of human coronavirus NL63 in primary human renal proximal tubular epithelial cells obtained from a commercial supplier, and confirmation of its replication in two different types of human primary kidney cells. Virol. J. 2013;10:213. doi:: 10.1186/1743-422X-10-213.
18. Woo P.C., Lau S.K., Chu C.M., Chan K.H., Tsoi H.W., Huang Y., Wong B.H., Poon R.W., Cai J.J., Luk W.K., Poon L.L.,Wong S.S., Guan Y., Peiris J.S., Yuen K.Y. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia. J. Virol. 2005;79:884-895. doi: 10.1128/ JVI.79.2.884-895.2005.
19. Zaki A.M., Van Boheemen S., Bestebroer T.M., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in
Saudi Arabia. N. Engl. J. Med. 2012;367 (19):1814-1820. doi: 10.1056/NEJMoa1211721.
20. Ryu S., Chun B.C. An interim review of the epidemiological characteristics of 2019 novel coronavirus. Epid. Health. 2020 Feb 6;42:e2020006. doi:10.4178/epih.e2020006.
21. Press K. Anatomy of the coronavirus. What have we learned about Covid-19 in six months? BBC, Russian Service https://www.bbc.com/ russian/extra/VLvX2tAh3r/anatomy-of-pandemic (russian).
22. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., Hu Y., Tao ZW., Tian J.H., Pei Y.Y., Yuan ML., Zhang Y.L., Dai F.H., Liu Y., Wang Q.M., Zheng J.J., Xu L., Holmes E.C., Zhang Y.Z. A new coronavirus associated with human respiratory diseasein China. Nature. 2020. 03 Feb; 579 (7798):265-269. doi:10.1038/s41586-020-2008-3.
23. Chen Y., Liu Q., Guo D. Emerging coronaviruses: Genome structure, replication, and pathogenesis. J. Med. Virol. 2020;92(4):418-423. doi:10.1002/jmv.25681.
24. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report1 (21 January 2020). URL: https://www. who.int/docs/default-source/coronaviruse/ situation-reports/ 20200121-sitrep-1-2019 cov. pdf?sfvrsn=20a99c10_4.
25. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report10 (30 January 2020). URL: https://www.who.int/docs/ default-source/coronaviruse/situation-reports/ 20200130-sitrep-10-ncov.pdf?sfvrsn=d0b2e480_2.
26. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report - 11(31 January 2020). https://www.who.int/docs/default-source/ coronaviruse/situation-reports/20200131-sitrep-11-ncov.pdf?sfvrsn=de7c0f7_4
27. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report 22 (11 February 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/ 20200211-sitrep-22-ncov.pdf?sfvrsn=fb6d49b1_2.
28. World Health Organization. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation Report51 (11 March 2020). URL: https://www.who.int/ docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/2020 03 1 1-sitrep-5 1-covid-1 9 . pdf?sfvrsn=1ba62e57_10
29. Park W.B., Kwon N.J., Choi S.J., Kang C.K., Choe P.G., Kim J.Y., Yun J., Lee G.W., Seong M.W., Kim N.J., Seo J.S., Oh M.D.Virus isolation from the first patient with SARS-CoV-2 in Korea. J. Korean Med. Sci. 2020;35(7): e84. doi:10.3346/ jkms.2020.35.e84.
30. Wilson M.E., Chen L.H. Travelers give wings to novel Coronavirus (2019-nCoV). J. Travel. Med., 27 Mar 2020:27(2): taaa015. doi:10.1093/ jtm/taaa015.
31. Medical virology. Ed. D.K. Lviv M .: MIA; 2008.
32. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. Fauguet C.M., Mayo M.A., Maniloff J., Desselberger U., Ball L.A. Elsevier Academic Press, 2005.
33. Guide to Virology: Viruses and viral infections of humans and animals. Undered. Academician of RAS D.K. Lviv M.: Publishing House Medical Information Agency LLC; 2013.
34. Shchelkanov M.Yu., Ananyev V.Yu., Kuznetsov VV, Shumatov VB Middle Eastern respiratory syndrome: when does the smoldering focus break out? / Pacific Medical Journal. 2015;60(2):94-98.
35. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Human Coronaviruses (Nidovirales, Coronaviridae): increased level of epidemic danger. Attending doctor. 2013; 10: S. 49-54.
36. Chuck C.P., Chow H.F., Wan D.C.C., Wong K.B. Profiling of substrate specificities of 3C-like proteases from group 1, 2a, 2b, and 3 coronaviruses. PLoS One. 2011;6(11): e27228-e27228. doi:10.1371/journal.pone.0027228.
37. Dijkman R., Jebbink M.F., Wilbrink B., Pyrc K., Zaaijer H.L., Minor P.D., Franklin S., Berkhout B., Thiel V., van der Hoek L. Human coronavirus 229E encodes a single ORF4 protein between the spike and the envelope genes. Virol. J. 2006;3:106. doi:10.1186/1743-422X-3-106.
38. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Elsevier Academic Press; 2011.
39. Woo P.C., Lau S.K., Lam C.S., Lai K.K., Huang Y., Lee P., Luk G.S., Dyrting K.C., Chan K.H., Yuen K.Y. Comparative analysis of complete genome sequences of three avian coronaviruses reveals a novel group 3c coronavirus. J. Virol. 2009;83(2):908-917. doi: 10.1128/JVI.01977-08.
40. Virus Taxonomy. Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Eds. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J. Elsevier Academic Press; 2011.
41. Ziebuhr J., Baric R.S., Baker S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A., Haagmans B.L., Neuman B.W., Perlman S., Poon L.L.M., Sola I., Gorbalenya A.E. Reorganization of the family Coronaviridae into two families, Coronaviridae
(including the current subfamily Coronavirinae and the new subfamily Letovirinae) and the new family Tobaniviridae (accommodating the current subfamily Torovirinae and three other subfamilies), revision of the genus rank structure and introduction of a new subgenus rank. Proposal 2017.013S (08.08.2018) for International Committee on Taxonomy of Viruses. https://ictv. global/proposal/2017.Nidovirales/.
42. Fung T.S., Liu D.X. Human Coronavirus: Host-Pathogen Infection. Annual Review of Microbiology. 2019;73:529-557. doi:10.1146/ annurev-micro-020518-115759
43. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) New MSL including all taxonomy updates since the 2018b release Updates approved during EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35) For more information see: https://ictv.global.
44. Majidov T.I., Kurakin G.F. Computer technology against coronavirus: first results. Nature. 2020; 3: 3-15. doi:10.7868 / S0032874X20030011.
45. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Influenza: history, clinic, pathogenesis. The attending physician. 2011;10:33-38.
46. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press. 2015.
47. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Prilipov A.G., Vlasov N.A., Fedyakina I.T., Deryabin P.G., Alkhovsky S.V., Zaberezhny A.D.,Suares D. Evolution of HPAI H5N1 virus in natural ecosystems of Northern Eurasia (2005-2008). Avian Dis. 2010;54:483-495. doi: 10.1637/8893-042509-Review.1.
48. Temporary guidelines. Prevention, diagnosis and treatment of your infection (COVID-19). Version 7. Ministry of Health of the Russian Federation. June 6, 2020; 166.
49. Smirnov V.S., Zarubaev V.V., Petlenko S.V. Pathology biology and control of influenza and SARS. - St. Petersburg: Hippocrates; 2020; 336.
50. Korsman S.N.J., Gert U. van Zyl, Nutt L., Andersson M.I., Preiser W.. Human coronaviruses. Virology. 2012;94-95; doi:10.1016 / B978-0-443-07367-0.00040-9.
51. Corum J., Zimmer C. Bad News Wrapped in Protein: Inside the Coronavirus Genome. The New York Times. April 3.2020,(17).
52. Stasevich K. Life and device of coronaviruses Science and life. 2020;4:8-15. https:// www.nkj.ru/archive/articles/38461.
53. Graham R.L., Baric R.S. Minireview Recombination, Reservoirs, and the Modular Spike: Mechanisms of Coronavirus Cross-Species
Transmission. Journal of Virology. 7 Apr. 2010; 84(7):3134-3146. doi:10.1128/JVI.01394-09.
54. Masters PS, Kuo L, Ye R, Hurst K. R., Koetzner C.A., Hsue B. Genetic and molecular biological analysis of protein-protein interactions in coronavirus assembly. Adv. Exp. Med. Biol. 2006;581:163-173. doi:10.1007/978-0-387-33012-9_29.
55. Siu Y.L., Teoh K.T., Lo J., Kien C., F., Escriou N., Tsao S. W., Nicholls J. M., Altmeyer R., J Peiris. S. M., Bruzzone R., Nal B. The M, E, and N structural proteins of the severe acute respiratory syndrome coronavirus are required for efficient assembly, trafficking, and release of virus-like particles. J. Virol. 2008; 82:11318. doi:10.1128/JVI.01052-08.
56. Mcintosh K, Peiris JSM. Coronaviruses. In: Clinical Virology, 3rd ed., Richman DD, Whitley RJ, Hayden FG (Eds), ASM Press, Washington, DC 2009:1155.
57. Peiris J.S.M. Section II. The Agents. Part B: RNA Viruses. Coronavirus. In the book: Richman D.D., Whitley R.J., Hayden F.G., - editors. 4rd ed., Clinical virology. Washington, ASM Press, 2017;1243-1265.
5 8. Enjuanes L., Smerdou C., Castilla J., Antón I. M., Torres J. M., Sola I., Golvano J., Sánchez J. M., Pintado B. Development of protection against coronavirus induced diseases. A review. Adv Exp Med Biol. 1995;380:197-211. doi:10.1007/978-1-4615-1899-0_34.
59. Neuman B.W., Kiss G., Kunding A. H. David Bhella, M Fazil Baksh, Stephen Connelly, Ben Droese, Joseph P Klaus, Shinji Makino, Stanley G Sawicki, Stuart G Siddell, Dimitrios G Stamou, Ian A Wilson, Peter Kuhn, Michael J Buchmeieret al. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology J. struct. Biol. 2011; 174, (1): 11-22. doi: 10.1016/j.jsb.2010.11.021.
