Исследование ассоциации аллельного полиморфизма второго интрона гена FGFR2 с раком молочной железы в Западно-Сибирском регионе России Текст научной статьи по специальности «Фундаментальная медицина»

ИССЛЕДОВАНИЕ АССОЦИАЦИИ АЛЛЕЛЬНОГО ПОЛИМОРФИЗМА ВТОРОГО ИНТРОНА ГЕНА FGFR2 С РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ В ЗАПАДНО-СИБИРСКОМ РЕГИОНЕ РОССИИ

Ю.А. Билтуева1,5, Н.А. Зарубина2, В.Д. Петрова2, И.А. Селезнева2, Т.В. Синкина2, Ю.Н. Димитриа-ди2, С.А. Терехова2, А.Ф. Лазарев2, Ю.С. Аульченко3,4, У.А. Боярских1, М.Л. Филипенко1

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, г. Новосибирск1 Алтайский филиал Российского онкологического научного центра им. Н.Н. Блохина РАМН, г. Барнаул2 Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск3 Медицинский центр «Эразмус», г. Роттердам, Нидерланды4 Новосибирский государственный университет5

Актуальность. В 2007 г. были опубликованы результаты двух независимых исследований, в ходе которых на основании данных полногеномного скрининга были определены несколько полиморфных локусов, ассоциированных с риском заболевания РМЖ. В результате обоих исследований в числе локусов, показавших наибольшую ассоциацию с РМЖ, был идентифицирован интрон 2 гена FGFR2. В работе Easton с соавт. наибольшую ассоциацию показали два SNP, rs2981582 и rs7895676. При помощи методов статистического моделирования был идентифицирован SNP rs7895676, как наиболее сильно ассоциированный с РМЖ.

Известно, что различные популяции отличаются друг от друга по частотам аллелей и величинам неравновесия по сцеплению. В связи с этим анализ различных популяций в некоторых случаях позволяет более точно картировать функциональный полиморфизм гена, обусловливающий наличие ассоциации локуса с заболеванием. Таким образом, дополнительное исследование ассоциации полиморфизма гена FGFR2 в разнообразных популяциях является актуальной задачей.

Материал и методы. В данной работе мы исследовали ассоциацию с РМЖ семи SNP, включая rs2981582 и rs7895676, среди женщин, проживающих в Западно-Сибирском регионе России (исследуемая группа - 766 чел., контрольная - 665 чел.). Генотипирование проводилось

методами ПДРФ, аллельспецифичной амплификации в режиме Real-time и Real-time ПЦР с конкурирующими зондами TaqManTM. Все этапы статистического анализа были выполнены при помощи пакетов статистики (GenABEL, genetics, haplo.stats, rmeta) для R language (version 2.6.0, http://www.r-project.org).

Результаты. Частоты аллелей и величины неравновесия по сцеплению в рассматриваемой популяции отличались от представленных для европейской и азиатской популяций. Статистически значимую ассоциацию с РМЖ в нашей работе показали три SNP: rs7895676[T] (OR=1.28 [1.12-1.43], p=1.7x10-3), rs2981582[T] (OR=1.46 [1.30-1.62], p=2x10-6) и rs3135718[G] (OR=1.43 [1.27-1.58], p=6x10-6). Последние два в исследуемой популяции находились в сильном неравновесии по сцеплению друг с другом (r2=0.95).

Анализ максимального правдоподобия показал, что модель, включающая rs7895676, описывает ассоциацию статистически значимо хуже (p<0.001), чем модели, включавшие rs2981582 или rs3135718. Основываясь на проведенном анализе, мы сделали вывод, что в исследуемой популяции SNP rs7895676, вероятно, не является вариантом, ответственным за ассоциацию. Полученные результаты совпадают с гипотезой о том, что действительно функциональный вариант расположен между rs7895676 и rs2981582/ rs3135718.

СИБИРСКИЙ ОНКОЛОГИЧЕСКИЙ ЖУРНАЛ. 2009. Приложение № 1