CC BY
30
Материалы II Национального конгресса бактериологов
Инфекция и иммунитет
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ СОВРЕМЕННЫХ МЕТОДОВ ИДЕНТИФИКАЦИИ БАКТЕРИЙ В ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ГОСУДАРСТВЕННОЙ КОЛЛЕКЦИИ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ И КЛЕТОЧНЫХ КУЛЬТУР (ГКПМ-ОБОЛЕНСК)
А.Г. Богун, А.А. Кисличкина, Е.В. Галкина, Н.В. Майская, В.И. Соломенцев, Т.Н. Мухина, И.Г. Шемякин
ФБУНГНЦприкладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область
ГКПМ-Оболенск является одной из трех Государственных коллекций патогенных микроорганизмов, функционирующих в учреждениях Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Основная функция коллекции заключается в сборе, хранении и изучении штаммов микроорганизмов I—IV групп патогенности. Отдельным видом деятельности является предоставление тестовых штаммов. Коллекция осуществляет депонирование по трем категориям — хранение, депонирование для целей национальной патентной процедуры и ответственное хранение.
При депонировании и выдаче штаммов необходимо осуществлять проверку соответствия заявляемых и реальных свойств депонированных культур. Для этих целей в ГКПМ-Оболенск используются современные технологии идентификации микроорганизмов. Мультилокусный анализ вариабельных тандемных повторов (MLVA), анализ единичных полиморфизмов (SNP-типирование) являются моле-кулярно-генетическими методами, обладающими высокой воспроизводимостью, низкой стоимостью, и позволяют осуществлять дифференциацию близкородственных штаммов. Другой распространенный метод — мультилокусное сиквенс-типирова-ние (MLST) отличается более высокой стоимостью проведения исследований. Например, стоимость прямых затрат для проведения мультилокусного сиквенс-типирования штаммов патогенных E. coli по 15 генам (aspC, clpX, fadD, icdA, lysP, mdh, uidA, arcA, aroE, cyaA, dnaG, grpE, mtlD, mutS, rpoS) в настоящее время превышает 10 000 рублей.
Система MALDI-Biotyper, основанная на использовании времяпролетной масс-спектрометрии является основным физико-химическим методом идентификации микроорганизмов. Особенностью данного метода являются универсальность проводимой процедуры, относительная простота, малое время проведения анализа, а также низкая стоимость одного исследования.
Наиболее информативным методом идентификации патогенных бактерий является полногеномное секвенирование (WGS). ГКПМ-Оболенск проводит исследования на оборудовании Ion Torrent PGM, MiSeq и FLX+. Благодаря высокой производительности и возможностям мультиплексирования образцов стоимость полногеномного секвенирования одного штамма бактерий в настоящее время составляет 30 000 рублей. WGS позволяет получить информацию обо всех генах микроорганизма — факторах вирулентности, филогенетически информативных признаках, маркерах лекарственной устойчивости. Полученный архив ридов в формате FASTQ может быть использован для проведения дальнейших биоинформационных исследований.
