CC BY
40
2014, Т. 4, № 1
Материалы научно-практической конференции «От эпидемиологии к диагностике актуальных инфекций...»
Скрининг штаммов H. pylori на вирулентный ген cagA был проведен с помощью ПЦР. Реакция ПЦР была выполнена с праймерами Lage (1995) 5'-AATACACCAACGCCTCCAAG-3' и 5'-TTGTTG-CCGCTTTTGCTCTC-3' в общем объеме 20 мкл. Программа ПЦР амплификации включала длительную денатурацию 95°С в течение 5 мин; 30 циклов: 95°С — 30 с, 55°С — 30 с, 72°С — 40 с; заключительная элонгация 7 мин при 72°С, ПЦР программа была выполнена с применением ампли-фикатора GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems). Фракционировали фрагменты cagA гена методом электрофореза в 1% агарозном геле.
В результате проведенной нами работы был ам-плифицирован специфический фрагмент вирулентного cagA+ гена H. pylori молекулярной массой около 400 п.н. в биоптатах 8 из 16 больных с язвенными поражениями желудка, гастритом и язвой 12-перстной кишки.
РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ НОСИТЕЛЬСТВА S. PNEUMONIAE В ДЕТСКИХ ОРГАНИЗОВАННЫХ КОЛЛЕКТИВАХ ГОРОДА ИРКУТСКА
О.И. Боброва, О.Г. Карноухова, Л.А. Степаненко, Г.Ю. Коган, В.И. Злобин
ГБОУ ВПО Иркутский государственный медицинский университет МЗ РФ
Цель исследования — изучение распространенности носительства S. pneumoniae в детских организованных коллективах города Иркутска. Всего обследовано 118 детей в возрасте от 2 до 5 лет. Из них 53,4% — девочки и 46,6% — мальчики. Дополнительно проведено анкетирование детей по индивидуальной разработанной схеме с применением «Методических рекомендаций по комплексной оценке состояния здоровья детей и подростков при массовых врачебных осмотрах» [М., 1982 (МЗ СССР)]. Дети разделены на 4 группы здоровья и обследованы на носительство S. pneumoniae. Забор материала производили с задней стенки носоглотки тампоном COPAN 482CE, транспортировался в среде обогащения и засевали по методу Гоeлда на чашки Петри с 5—10% кровяно-сывороточным агаром. Посевы инкубировали при 37°С 24 часа. Идентификацию микроорганизмов проводили по морфологическим, тинкториальным, куль-туральным свойствам и чувствительности к оптохину и литическому действию желчи. Среди обследованных детей, процент носительства пневмококка колебался от 6,8 до 18,7. Наибольшая частота носительства (11,9%) наблюдалась среди детей 2 группы здоровья.
ИДЕНТИФИКАЦИЯ БАКТЕРИЙ РОДА YERSINIA МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ
Е.А. Богумильчик1, М.В. Афанасьев2, М.Б. Ярыгина2, Е.А. Воскресенская1, Г.Я. Ценева1
1ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург;
2 ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора
Разнообразие представителей рода Yersinia, близкородственных Y. enterocolitica (YE-like), затрудняет идентификацию по фенотипическим признакам, и их часто определяют как Y. enterocolitica вследствие недостаточного количества коммерческих тестов. В последние годы метод масс-спектрометрии (MS)
все шире внедряется для идентификации микроорганизмов, в том числе иерсиний. Для изучения коллекции 1110 штаммов иерсиний использовали MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics, Германия). У изученных штаммов, по значению Score Value (SV) установлена таксономическая принадлежность.
По итогам проведенных исследований показана высокая дифференцирующая способность MS для определения принадлежности к роду Yersinia (100% штаммов), видам Y. pseudotuberculosis — 327 штаммов (100%) и Y. enterocolitica — 563 штамма (99,8%). Методом MS среди группы представителей, ранее отнесенных к Y. enterocolitica, выявлено 57 штаммов (9,5%), относящихся к YE-like видам. При исследовании 219 представителей YE-like отмечена достоверная идентификация до вида (SV > 2,3) только для 30,9% штаммов вида Y. kristensenii, 14,8% — Y. intermedia, 11,1% — Y. frederiksenii. Для ряда штаммов с неоднозначными результатами по MS проводили реиденти-фикацию с использованием дополнительных тестов в соответствии с современными данными о биохимической активности иерсиний и подтверждали видовую принадлежность по последовательности участка гена 16S рРНК. Идентификация методом MS иерсиний близкородственных Y. enterocolitica видов осложняется тем, что в более чем 70% случаев, наиболее соответствующим масс-спектру исследуемого штамма по значению SV, является референтный масс-спектр штаммов Y. enterocolitica базы MALDI Biotyper 3.0. Тем не менее, метод MS позволил выявить три штамма вида Y. aleksiciae (подтверждено по последовательности гена 16S рРНК), не имеющих отличий от Y. kristensenii по известным биохимическим свойствам.
Быстрый и относительно дешевый метод MS может быть рекомендован в качестве экспресс метода для установления принадлежности к роду Yersinia, видам Y. pseudotuberculosis и Y. enterocolitica. Сочетанное использование метода MS и постановки необходимых биохимических тестов, позволяет повысить эффективность внутриродовой дифференциации бактерий рода Yersinia.
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ В ДЕЯТЕЛЬНОСТИ КОЛЛЕКЦИЙ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ
А.Г. Богун, А.А. Кисличкина, Н.В. Майская, Л.А. Кадникова, Д.В. Русанова, С.А. Благодатских
ФБУНГНЦприкладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область
В деятельности коллекций патогенных микроорганизмов важно иметь уверенность, что депонируемые штаммы правильно идентифицированы и охарактеризованы авторами, а в процессе хранения не происходит изменения их свойств. Биохимические и культурально-морфологические исследования часто не обеспечивают эффективную дифференциацию. Большое разнообразие микроорганизмов, находящихся на хранении не позволяет иметь весь набор специфических методов, поскольку требует значительных материальных затрат.
В ГКПМ-Оболенск, созданной на базе ФБУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора, депонировано более 10 000 штаммов. Деятельность коллекции связана с предоставлением стандартных образцов, патентному депонированию, гарантийному хранению штам-
Материалы научно-практической конференции «От эпидемиологии к диагностике актуальных инфекций...»
Инфекция и иммунитет
мов бактерий и грибов I—IV групп патогенности, а также бактериофагов. Комплекс MALDI-Biotyper позволяет проводить родовую и видовую идентификацию микроорганизмов с единичной колонии менее чем за 1 час. При недостоверной идентификации может использоваться анализ последовательности гена 16SrRNA на системе ABI 3500. Для дополнительной идентификации используются: полимеразная цепная реакция (выявление генов токсинов, анализ делеций и инсерций), CRISPR-анализ, анализ ПДРФ, анализы MLVA и MLST. Для многих бактерий существуют базы данных, позволяющие проводить эффективное сравнение изученных признаков. Недостатком дополнительных методов идентификации является необходимость использования наборов реактивов, ориентированных на анализ только одного вида микроорганизма.
Полногеномное секвенирование наиболее информативно для дифференциации штаммов. В ГКПМ-Оболенск используются секвенаторы Ion Torrent и FLX 454, которые позволяют анализировать 1— 10 бактериальных геномов за один раунд секвени-рования, причем микроорганизмы могут принадлежать к различным таксономическим группам. Анализ генома микроорганизма занимает 2—5 дней после выделения культуры. Количество секвениро-ванных геномов, размещенных в интернете, постоянно увеличивается и уже превышает число штаммов, включенных в традиционные базы данных (MLST, CRISPR, MLVA). Все это позволяет предположить, что в ближайшее время в качестве основного метода молекулярно-генетического типирования будет применяться полногеномный анализ.
РИСКИ, СВЯЗАННЫЕ С ЕЖЕГОДНОЙ ПРИВИВКОЙ ДЕТЕЙ СУБЪЕДИНИЧНОЙ АДЪЮВАНТНОЙ ВАКЦИНОЙ «ГРИППОЛ»
Е.Ю. Боравлева, А.С. Гамбарян
ФГБУ Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова РАМН, Москва
В России осенью 2009 г. миллионы школьников были привиты адъювантной вакциной «Гриппол плюс», содержащей антиген вышедшего из циркуляции H1N1 вируса. Такая вакцинация была, по меньшей мере, бесполезна. Пандемический вирус 2009 г. инфицировал привитых старыми вакцинами с такой же частотой, что и непривитых (Pelat et al., 2011).
В целях разработки стратегии вакцинации с учетом риска новых пандемий нами было проведено сравнение протективности вакцин разных типов. В эксперименте на мышах мы сравнивали цельнови-рионные инактивированные вакцины, расщепленные вакцины с адъювантами различной природы и без них, а также экспериментальные живые вакцины. Изучалась способность вакцин разных типов защищать от специфического и гетеросубтипического контрольного заражения (высокопатогенным H5N1 и пандемическим H1N1).
Было показано, что предварительное инфицирование непатогенным вирусом гриппа (холодоадап-тированной живой вакциной, человеческим вирусом либо вирусом диких птиц) обеспечивает высокий уровень защиты от гетеросубтипического контрольного заражения высокопатогенным H5N1 вирусом, в то время как иммунизация инактивированными вакцинами практически совершенно бесполезна
в этом отношении. А после иммунизации субъединичной вакциной «Гриппол» с полиоксидонием и контрольного заражения гетеросубтипическим вирусом мы обнаруживали эффект более тяжелого хода болезни и/или ускоренной гибели по сравнению с непривитыми животными.
Примеры перекрестной защиты живыми противогриппозными вакцинами описаны в литературе (Рекстин и др., 2005; Kreijtz et al., 2007; Jang et al., 2013; Sun et al., 2011; Chen et al., 2011). Также показана неэффективность, в подобном случае, инактивирован-ной вакцины (Красильников и др., 2010; Pelat et al., 2011; Hillaire et al., 2011).
Из вышеизложенного следует, что при принятии решения о вакцинации от гриппа надо принимать в расчет не только соотношение потенциальных рисков и защиты от эпидемических штаммов, но и возможные риски в случае появления нового пандемического вируса. В последнем случае привитые живыми вакцинами будут частично защищены, а привитые субъединичной вакциной с полиоксидонием (или без него) окажутся в более опасном положении, чем непривитые.
Работа поддержана грантом РФФИ 14-04-00547А.
ОЦЕНКА УГРОЗ КОЛОНИЗАЦИИ ПАЦИЕНТОВ АКУШЕРСКИХ СТАЦИОНАРОВ РЕЗИДЕНТНЫМИ ШТАММАМИ С ВЫСОКОЙ УСТОЙЧИВОСТЬЮ КАНТИБИОТИКАМ
А.А. Вакарина, А.С. Корначев, Л.В. Катаева
ФБУН Тюменский НИИ краевой инфекционной патологии Роспотребнадзора
Результативность системы биологической безопасности родильных домов оценивается ее способностью к минимизации угроз формирования и распространения в среди пациентов резидентных штаммов с высокой устойчивостью к антибиотикам (РШ). Эти угрозы обеспечиваются разными факторами.
Целью нашей работы являлось изучение влияние докорма на распространение РШ среди новорожденных в роддомах. В качестве объектов исследования выступали два роддома г. Тюмени, которые, начиная с 2005 г., в своей работе использовали технологию родовспоможения, ориентированную на участие семьи (РОУС), для медицинской помощи женщинам с физиологической беременностью с 36 недель без соматической патологии. Ключевым различием акушерских стационаров являлся характер вскармливания новорожденных. В основу исследования, положен еженедельный микробиологический мониторинг микрофлоры, колонизирующей здоровых новорожденных и родильниц, и ежеквартальный отбор смывов для оценки уровней контаминации объектов производственной среды РШ. В период с 2011—2013 гг. исследовано 4180 мазков, взятых со слизистых конъюнктивы, носа, зева, прямой кишки и кожи пупочного остатка у 928 детей и с молочных желез и рук 727 женщин в послеродовом периоде. Кроме того, отобран 1821 смыв на микробиологическую обсемененность поверхностей в стационарах. Выделено 8483 штамма, из них у 5319 определена чувствительность к десяти индикаторным антибиотикам и исчислен индекс полирезистентности (ИПР). Статистическая обработка выполнена лицензионным программным обеспечением SPSS версия 14.0, с использованием диаграмм рассеивания и карт Шухарта.
