CC BY
90
DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-43-51
УДК 616.932:614.4
А.к. носков, В.д. кругликов, Э.А. москвитина, Е.В. монахова, д.А. левченко, Е.Г. янович, А.с. Водопьянов, р.В. Писанов, н.Б. непомнящая, м.и. ежовя, о.а. Подойницына
характеристика эпидемиологической ситуации по холере в мире и в российской федерации в 2020 г. и прогноз на 2021 г.
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт», Ростов-на-Дону, Российская Федерация
цель работы - на основе данных мониторинга и анализа заболеваемости в мире за период 2011-2020 гг. дать оценку эпидемиологической ситуации по холере в 2020 г. и прогноз на 2021 г. За период с 2011 по 2020 год в 97 странах мира зарегистрировано 4413988 случаев холеры с общей тенденцией к снижению заболеваемости (коэффициент достоверности аппроксимации R2 - 0,5705). Однако в связи с продолжением эпидемических проявлений холеры в эндемичных странах Азии, Африки и Америки эпидемиологическая ситуация по холере на этих континентах в 2020 г. характеризовалась как неблагополучная. отмечено появление среди эпидемически опасных штаммов Vibrio cholerae О1 новой, «постгаитянской» линии. В 2020 г. на территории РФ эпидемически опасных штаммов V. cholerae О1, О139 от людей не выделено. Из объектов окружающей среды изолировано 25 нетокси-генных штаммов V. cholerae О1 El Tor, восемь из которых (ctxA-, tcpA+), по данным ПЦР-INDEL-типирования и SNP-анализа сиквенсов, принадлежали к клональному комплексу. Результаты анализа биологических свойств и филогенетических связей между выделенными нетоксигенными штаммами являются основой для оценки эпидемиологической ситуации по холере в России в 2020 г. как стабильной и аналогичного прогноза ее развития в 2021 г. При этом нельзя исключить вероятность завоза этой инфекции из эндемичных стран и необходимость проведения комплекса дифференцированных противоэпидемических (профилактических) мероприятий в рамках государственного санитарно-эпидемиологического надзора с целью локализации и ликвидации завозного очага и недопущения распространения инфекции.
Ключевые слова: холера, эпидемиологическая ситуация, V. cholerae О1, эпидемически опасные штаммы, гено-типирование, филогенетические связи, эпидемическая стабильность, прогноз.
Корреспондирующий автор: Кругликов Владимир Дмитриевич, e-mail: plague@aaanet.ru.
Для цитирования: Носков А.К., Кругликов В.Д., Москвитина Э.А., Монахова Е.В., Левченко Д.А., Янович Е.Г, Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Непомнящая Н.Б., Ежова М.И., Подойницына О.А. Характеристика эпидемиологической ситуации по холере в мире и в Российской Федерации в 2020 г и прогноз на 2021 г Проблемы особо опасных инфекций. 2021; 1:43-51. DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-43-51
Поступила 05.02.2021. Принята к публ. 09.03.2021.
A.K. Noskov, V.D. Kruglikov, E.A. Moskvitina, E.V. Monakhova, D.A. Levchenko, E.G. Yanovich, A.S. Vodop'yanov, R.V. Pisanov, N.B. Nepomnyashchaya, M.I. Ezhova, O.A. Podoinitsyna
Characteristics of the Epidemiological situation on Cholera in the World and in the Russian Federation in 2020 and Forecast for 2021
Rostov-on-Don Research Anti-Plague Institute, Rostov-on-Don, Russian Federation
Abstract. Aim of the work - to assess the epidemiological situation on cholera in 2020 and to make a forecast for 2021 based on the monitoring data and analysis of morbidity around the world for the period of 2011-2020. During the period between 2011 and 2020, 4 413 988 cases of cholera were recorded in 97 countries of the world with a general trend towards a decrease in the incidence (coefficient of accuracy of approximation R2 - 0.5705). However, due to the continuing epidemic manifestations of cholera in the endemic countries of Asia, Africa and America, the epidemiological situation on cholera on these continents was characterized as unfavorable in 2020. The emergence of a new "post-Haitian" lineage was observed among epidemically hazardous strains of Vibrio cholerae O1. In 2020, no epidemically dangerous strains of V. cholerae O1, O139 were isolated from humans on the territory of the Russian Federation. 25 non-toxigenic V. cholerae O1 El Tor strains were isolated from environmental objects, eight out of which (ctxA-, tcpA+), according to PCR-INDEL typing and SNP analysis of sequences, belonged to the clonal complex. The results of the analysis of biological properties and phylogenetic relations between the isolated non-toxigenic strains provided the basis for considering the epidemiological situation on cholera in Russia in 2020 as a stable one and a similar forecast of its development in 2021. At the same time, the possibility of importation of this infection from endemic countries cannot be ruled out, as well as the need to carry out a complex of differentiated anti-epidemic (preventive) measures within the framework of the state sanitary-epidemiological surveillance in order to localize and eliminate the imported focus and avoid the spread of the infection.
Key words: cholera, epidemiological situation, V. cholerae O1, epidemically hazardous strains, genotyping, phyloge-netic relations, epidemic stability, prognosis.
Conflict of interest: The authors declare no conflict of interest.
Corresponding author: Vladimir D. Kruglikov, e-mail: plague@aaanet.ru.
Citation: Noskov A.K., Kruglikov V.D., Moskvitina E.A., Monakhova E.V., Levchenko D.A., Yanovich E.G., Vodop'yanov A.S., Pisanov R.V., Nepomnyashchaya N.B., Ezhova M.I., Podoinitsyna O.A. Characteristics of the Epidemiological Situation on Cholera in the World and in the Russian Federation in 2020 and Forecast for 2021. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2021; 1:43-51. (In Russian). DOI: 10.21055/0370-1069-2021-1-43-51
Received 05.02.2021. Accepted 09.03.2021.
Noskov A.K., ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0550-2221 Kruglikov V.D., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6540-2778 Moskvitina E.A., ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5020-1466 Monakhova E.V., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9216-7777 Levchenko D.A., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5073-2918 Yanovich E.G., ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7571-7848
В современных условиях анализ заболеваемости холерой и составление прогноза развития эпидемического процесса в мире и в отдельных странах является актуальной задачей для установления потенциальных рисков формирования эпидемических очагов болезни в Российской Федерации (РФ) и определения достаточного комплекса мероприятий, направленных на раннее выявление больного (носителя), локализацию и ликвидацию эпидемического очага.
В ряде стран Африки и Азии усложнению оценки реальной ситуации по холере также способствует начавшаяся в 2020 г. пандемия COVID-19 [1]. Кроме того, в ряде сообщений может говориться о числе случаев «острой водянистой диареи», и остается неясным, какая их часть приходится на заболевания холерой [2, 3]. Более того, мониторинг холеры определенно указывает на то, что данная проблема остается достаточно острой в Африке, Азии и Америке (Гаити) и практически отсутствует в странах Океании (Австралии и Новой Зеландии) и Европы, где регистрировались единичные завозные спорадические случаи без распространения инфекции [4].
Цель работы - на основе данных мониторинга и анализа заболеваемости в мире за период 20112020 гг. дать оценку эпидемиологической ситуации по холере в 2020 г. и прогноз на 2021 г.
оценку эпидемиологической ситуации по холере (2011-2020 гг.) и прогноз ее развития в 2021 г. осуществляли с использованием официальных сведений: Weekly Epidemiological Record of WHO; интернет-ресурсов (ProMED-mail post, ECDC, UNICEF и других); данных Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Использованы сведения из проблемно-ориентированных баз данных «Холера Эль-Тор. Эпидемиологический анализ заболеваемости в мире», «Холера Эль-Тор. Мир. Административные территории». Анализ данных о выделении холерных вибрионов о1, о139 серогрупп из поверхностных водоемов в России базировался на донесениях управлений Роспотребнадзора по субъектам РФ, базе данных «Холерные вибрионы. Россия» и характеристиках биологических свойств и филогенетических связей между штаммами, изолированными на территории России. Статистическая обработка результатов исследований проводилась с использованием методов, используемых в эпидемиологии [5], и включала методы, заложенные в программы проблемно-ориентированных баз данных, а также компьютерную программу StatSoft STATISTICA 6.1.478 Russian.
Анализ заболеваемости в мире за период 2011-2020 гг. В период с 2011 по 2020 год отмечено
Vodop'yanov A.S., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9056-3231 Pisanov R.V., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7178-8021 Nepomnyashchaya N.B., ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0868-6791 Ezhova M.I., ORCID: https://orcid.org/0000-0003-4254-3313 Podoinitsyna O.A., ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9996-4189
4413988 случаев холеры в 97 странах мира: в Азии -в 30 странах, Африке - 37, Америке - 14, Европе - 13 и в Австралии и Океании - 3. Наибольший удельный вес зарегистрированных случаев холеры приходился на Азию - 61,5 % (2713560 случаев). В Африке он составил 23,3 % (1029654), в Америке - 15,2 % (669028), Австралии и Океании - 0,04 % (1560), в Европе - 0,004 % (186) [6-13]. Выявлена общая тенденция к снижению заболеваемости с прогнозом на один год (коэффициент достоверности аппроксимации R2 - 0,5705) (рис. 1).
По результатам анализа установлено превышение среднего многолетнего показателя заболеваемости (равного 7,3 0/0000) в 2011 г. (показатель -9,8 0/0000), в 2017 г. (20,3 %000) и в 2019 г. (15,3 0/ счет крупномасштабных эпидемий в Гаити (2011 г.), в Йемене (2017 и 2019 гг.), а также крупных вспышек болезни в других странах Азии и Африки.
проведенное углубленное исследование показало, что в Азии в динамике заболеваемости холерой (2011-2020 гг.) также наблюдалась тенденция к снижению. Вместе с тем одна из интенсивных эпидемий холеры в Йемене, начавшаяся в 2016 г., продолжалась и в 2020 г. на основании данной оценки эпидемиологическая ситуация по холере в Йемене продолжает оставаться напряженной с неблагоприятным прогнозом на 2021 г. [14, 15]. На Африканском континенте также выявлена тенденция к снижению заболеваемости. В 2020 г. поступили сведения о 63170 случаях холеры из 13 стран Африки (ДРК - 18616, Мозамбик - 16638, Эфиопия - 16601, Камерун -
Годы Years
Рис. 1. Динамика заболеваемости холерой в мире с полиномиальной линией тренда. 2011-2020 гг.
Примечание: * - определено с использованием базы данных «Холера Эль-Тор. Эпидемиологический анализ заболеваемости в мире».
Fig. 1. The dynamics of cholera morbidity in the world with a polynomial trend line. 2011-2020
Note: * - determined using the database "Cholera El Tor. Epidemiological analysis of morbidity in the world"
1952 и др.). Летальность составила 1,39 %. Кроме того, в 2020 г. в Республике Гаити зарегистрировано 48 случаев с подозрением на холеру. Активизации эпидемического процесса способствовали ЧС политического, социального, техногенного и природного характера. Кроме того, недостаточно развитая инфраструктура водоснабжения и водоотведения, дефицит доброкачественной воды, низкий уровень санитарии способствовали распространению инфекции и реализации соответствующих путей и факторов передачи возбудителя [16-23].
Межгосударственные завозы холеры были зарегистрированы в странах Африки: в Уганду и Замбию из ДРК, в Замбию из Мозамбика, в Кению из Эфиопии. Кроме того, в 2018 г. сообщалось о случае завоза холеры в Казахстан (в г. Алматы из Индии, 2017 г.) с регистрацией пяти больных, а в 2020 г. -в Нидерланды из Африки. Внутригосударственные завозы болезни, свидетельствующие о распространении инфекции в пределах одной страны, отмечались в Азии (Йемен) [24-27]. Следовательно, потенциальный эпидемиологический риск, связанный с завозом и возможным распространением, продолжает оставаться реальным для стран любого континента.
В последнее десятилетие эпидемические проявления холеры были обусловлены Vibrio cholerae 01 биовара Эль Тор, сероваров Огава и Инаба, продуцирующими холерный токсин классического типа и содержащими в основном аллели гена B-субъединицы холерного токсина ctxB1, ctxB7 и другие [28-37]. Отмечены случаи холеры, обусловленные V. cholerae O1 классического биовара в Иране (2012-2013 гг.) и Индии (2012-2014 гг.), а также выделение возбудителя из поверхностных водоемов в Бангладеш. Случаи холеры, обусловленные V. cholerae 0139, зафиксированы в Китае, Нигерии и Индонезии [38, 39].
Особенности свойств эпидемически опасных штаммов, циркулирующих в мире. Начиная с 2010 г. доминирующую роль в этиологии холеры заняли так называемые «гаитянские» штаммы, отличающиеся от «предгаитянских» геновариантов по структуре гена ctxB, а именно присутствием нового аллеля ctxB7 с дополнительной миссенс-мутацией, приведшей к замене His/Asn в белке в позиции 20, которая, согласно данным Naha et al. (2020), вносит существенный вклад в повышение уровня токсино-продукции, тогда как «предгаитянские» штаммы содержали классический аллель ctxB1 [40]. Остальные маркеры эпидемического потенциала (аллель структурной единицы токсин-корегулируемых пилей адгезии tpACIRS101, аллель гена rtxA4 с null-мутацией, приводящей к утрате биологической активности цитотоксина-актиномодулятора MARTX, и наличие протяженной делеции в острове пандемичности VSP-II - vsp-IP0495-0512) у представителей обоих вариантов совпадали [40-42]. «Гаитянские» штаммы, вероятно, имеют индийское происхождение, они широко распространились в странах Азии, а в 2010 г. были завезены в РФ. Установлено, что в 2011 г. эти
штаммы обусловили эпидемические проявления холеры на Украине [43-45].
Биоинформационный анализ доступных полногеномных сиквенсов эпидемических штаммов показал, что в мире наметилась тенденция к вытеснению «гаитянской» линии новой, «постгаитянской». Ее представители отличаются наличием делеции 60 пар нуклеотидов в проксимальном участке гена rtxA4, в дополнение к характерной для «гаитянских» штаммов пиП-мутации в дистальном участке; этот аллель мы обозначили как rtxA4a. По всей видимости, они также возникли в Индии в 2012 г., а в последующие годы (2013-2018) все доступные для анализа индийские изоляты обладали только таким генотипом, как и штаммы, выделенные во время эпидемических осложнений в Уганде (2014, 2016), Танзании (2015), Кении (2015, 2016, 2017), Йемене (2016, 2017), Ираке (2017), Бангладеш, Китае и Зимбабве (2018). Два таких штамма были завезены из Индии в Москву в 2012 и 2014 гг. [41, 43].
Анализ геномов штаммов седьмой пандемии холеры позволил выявить в их эволюции 13 линий дифференциации, обозначенных Т1-Т13, последовательно сменяющих друг друга. «Гаитянские» штаммы относятся к линии т12, тогда как вызвавшие в течение последних лет эпидемические осложнения, в том числе крупные эпидемии в Танзании (2015), Кении (2015-2017) и Йемене (2016-2017), образовали линию Т13 [37, 46, 47]. Вероятно, аллель rtxA4a является дополнительным маркером данной линии, хотя это предположение нуждается в дальнейшей проверке, поскольку в базах NCBI представлено пока ограниченное число сиквенсов недавних изоля-тов, а сиквенсы штаммов, выделенных после 2018 г., отсутствуют.
замещение одних линий другими происходит постепенно. Так, в Гаити до 2012 г. продолжали выделяться «гаитянские» штаммы с rtxA4, а в Иране (2012-2015), Ираке (2015), Демократической Республике Конго (2015) и Судане (2017) - штаммы, содержащие аллель ctxB1 [41]. Полученные данные свидетельствуют о необходимости проведения биоинформационного анализа полногеномных сиквен-сов новых эпидемических штаммов по мере их появления в NCBI, а в случае выделения токсигенных штаммов в нашей стране - включения их в такой анализ.
Анализ эпидемиологической ситуации по холере в Российской Федерации в 2020 г. и прогноз на 2021 г. Наряду с характеристикой циркулирующих в мире возбудителей холеры, учитывались условия, которые могут способствовать распространению инфекции в россии в случае ее завоза, а также фено- и генотипические характеристики штаммов V. chole-rae 01, выделяемых из объектов окружающей среды (оос) в течение текущего года, что в совокупности определяет прогноз по холере на будущий год. Кроме того, необходимо принимать во внимание, что с 2020 г. на территории страны введен ряд ограничи-
тельных мероприятий, обусловленных эпидемиологическими осложнениями по новой коронавирусной инфекции.
В 2020 г. на территории РФ эпидемически опасных штаммов V. с^1ете 01, 0139 от людей не выделено. В Челябинской области зарегистрировано два случая выделения культур V. с^1егае поп01/ поп0139 от двух больных (внекишечная локализация). Из объектов окружающей среды изолировано 25 нетоксигенных штаммов V. с^1егае 01. Штаммы V. сЫ1егае 0139 не обнаружены. Следовательно, анализ биологических свойств и филогенетических связей между нетоксигенными штаммами, выделенными из 00с в субъектах рФ, является базисной основой для оценки эпидемиологической ситуации по холере в 2020 г. и прогноза ее развития в 2021 г.
В семи субъектах РФ выделены 25 штаммов V. сЫ1егае 01. Из них: в Ростовской области - 9 штаммов, Удмуртской Республике - 7, Забайкальском крае - 4, Иркутской области - 3, Республике Татарстан - 2, Приморском крае - 1, Республике Бурятия - 1.
Данные об обнаружении V. сЫ1егае 01 в 2020 г. по точкам отбора проб сопоставимы с показателями предшествующих лет (рис. 2).
Наибольший удельный вес штаммов, изолированных с 2018 по 2020 год, определен в местах неорганизованного рекреационного водопользования - 55 (61,8 %) штаммов; в то время как в местах организованного рекреационного водопользования -17 (19,1 %), в местах сброса хозяйственно-бытовых сточных вод - 15 (16,8 %), в зонах санитарной охраны поверхностных водоемов, используемых для централизованного питьевого водоснабжения, и в точках по санитарно-гигиеническим и эпидемиологическим показаниям - по 1 штамму (по 1,1 %).
по результатам идентификации 25 штаммов холерных вибрионов 01 установлено, что культуры типичны по родовым и видовым признакам и относятся к V. сЫ1егае 01 Е1 Тог.
Результаты серологических исследований показали, что наиболее высокий процент выделенных культур V. сЫ1егае 01 Е1 Тог принадлежал к серова-ру Инаба - 15 штаммов (60,0 %), 0гава - 9 (36,0 %), к R-варианту - 1 штамм (4,0 %). По результатам ПЦР-анализа все штаммы отнесены к эпидемически не опасным (не содержали ген ^А): 8 штаммов (Ростовская область) имели ген ¿срА (сХА-, ¿срА+), а остальные штаммы имели характеристику ^А-, ¿срА-. Для выявления особенностей нетоксигенных штаммов холерных вибрионов проведено ПЦР-генотипирование по наличию/отсутствию 14 генов-мишеней штаммов V. с^1егае 01. 0бнаружено пять ПЦР-генотипов штаммов холерных вибрионов 01, выделенных из 00с на территориях России. Установлено, что наибольшее количество нетокси-генных культур холерных вибрионов 01 вошло в генотип А3 - 13 штаммов (52,0 %). Штаммы холерного вибриона, выделенные в 2020 г. в Ростовской области, распределились между двумя генотипами - А1 и А2, которые встречались у штаммов, изолированных в других регионах России в предшествующие годы [48]. В Иркутской области и Забайкальском крае штаммы V. с^1егае 01 имели генотипы А3 и А5, а также А3 и А4 соответственно. На остальных территориях изолированные штаммы относились к генотипу А3.
По результатам INDEL-типирования (рис. 3) штаммов V. с^1егае 01 с определением схожих с ними, выделенных в разное время на различных территориях, установлено, что все штаммы распределились между 32 генотипами, составившими 12 кластеров [49, 50].
Рис. 2. Удельный вес V. cholerae Ol, выделенных из поверхностных водоемов в различных точках отбора проб. Россия, 20182020 гг.
Fig. 2. Specific gravity of V. cholerae Ol isolated from surface water bodies at various sampling points. Russia, 2018-2020
Рис. 3. Дендрограмма, построенная по результатам кластерного анализа
Fig. 3. Dendrogram based on the results of cluster analysis
Показана взаимосвязь между генотипами и местом изоляции штаммов, четкая приуроченность ряда генотипов к определенным регионам (рис. 4). Отмечены факты повторного выделения одного и того же генотипа на протяжении нескольких лет. Так, в 2020 г. на территории забайкальского и Приморского краев, Иркутской области, Удмуртской республики, республик Бурятия и Татарстан выделялись штаммы, принадлежащие к генотипу В3. Штаммы указанного генотипа выделялись ранее: в Республике
Татарстан - в 2016 г., в Иркутской области - в 2015 и 2017 гг., в Забайкальском крае - практически ежегодно, кроме 2018 г. Изолировано два штамма генотипа С1, являющихся R-вариантом V. cholerae 01, из одной и той же точки (г. Иркутск, р. Ушаковка) с промежутком в два года (2018 и 2020 гг.).
Эти данные свидетельствуют в пользу длительной персистенции отдельных клонов V. cholerae 01. Однако в ряде субъектов РФ наблюдалось кратковременное выделение штаммов одного генотипа. Так,
Рис. 4. Взаимосвязь между INDEL-гено-типом и местом выделения штаммов V. cholerae 01
Fig. 4. Relations between the INDEL-genotype and the site of isolation of V. cholerae O1 strains
в 2018 г. в Кировской области выделен штамм с генотипом B3; в Липецкой - в 2019 г. с генотипом B2; в Республике Крым, несмотря на повторные выделения (в 2016 и 2019 гг.), изолированные культуры обнаружены в разных точках и принадлежали к разным генотипам - С4 и B5; в Свердловской области культуры генотипа B2 изолированы в 2016 и 2017 гг., что предполагает случайную контаминацию водных объектов при отсутствии благоприятных условий для персистенции холерных вибрионов.
Штаммы, выделенные в 2020 г. в Ростовской области (г. Ростов-на-Дону), распределились между тремя генотипами (А1, G1 и E3). Генотип Е3 - в 2016 г. встречался в Хабаровском крае и Республике Коми. Штаммы 01 с генотипом G1 были ранее (2015 г.) изолированы в Краснодарском крае и Челябинской области. Штаммы с генотипом А1 выделены однократно в течение эпидемиологического сезона. следовательно, в данном случае можно судить о наличии условий для сохранения и о вероятном заносе нетоксигенных штаммов (ctxA-, tcpA+).
Оценка филогенетических связей между неток-сигенными штаммами, выделенными из оос, проведена с использованием SNP-анализа сиквенсов шести (2020 г.) изолятов V. cholerae O1 El Tor. Для сравнения в анализ включены геномы, ранее полученные и депонированные в NCBI (рис. 5) [51, 52].
Проведенный анализ показал, что штамм V. cholerae 01 № 111 оказался близким штаммам, представителям клонального комплекса, получившим необычно широкое распространение в водоемах г. Сочи в 2015 г., а штаммы № 3-20 - штамму из Калмыкии (2014 г.). Четыре штамма 2020 г. по результатам анализа составили отдельный кластер, что свидетельствует об их принадлежности к клональ-ному комплексу. Эти данные совпадают с резуль-
Рис. 5. Дендрограмма, построенная на основе распределения SNP в геномах нетоксигенных штаммов V. cholerae, выделенных из ООС, согласно предложенной ранее схеме
Fig. 5. Dendrogram based on the distribution of SNPs in the genomes of non-toxigenic V. cholerae strains isolated from ambient environment objects according to the previously proposed scheme
татами ПЦР-типирования, а разделение SNP на два INDEL-генотипа, по-видимому, объясняется большей разрешающей способностью INDEL-типирования и отражает изменчивость в пределах клонального комплекса, что вполне естественно для водных нетоксигенных штаммов V. cholerae 01. Штаммы, выделенные в предшествующие годы, также группировались в кластеры, включающие изоляты разных лет и мест выделения. На наш взгляд, это может свидетельствовать в пользу длительной персистенции отдельных клонов и возможности их заносов на другие территории.
Эпидемиологическая ситуация по холере в странах Азии, Африки и Северной Америки (Гаити) в 2020 г. характеризовалась как неблагополучная с неблагоприятным прогнозом на 2021 г. Учитывая риски продолжения эпидемических проявлений холеры в эндемичных странах, межконтинентальные, межгосударственные и трансграничные завозы, и несмотря на общую тенденцию снижения динамики заболеваемости за десятилетний период (2011-2020 гг.), не исключаются завозы инфекции в другие страны, в том числе в отдельные субъекты РФ.
Ежегодное выделение из 00С в России не-токсигенных штаммов, среди которых встречались V. cholerae 01 ctxA-, tcpA+, свидетельствует о наличии условий их персистенции в водоемах, а также риска возникновения спорадических случаев и локальных вспышек острых кишечных инфекций вследствие наличия ряда факторов патогенности у нетоксигенных штаммов [53, 54].
Таким образом, на территории России в 2020 г., на фоне введения действенных мер в связи с пандемией COVID-19, обеспечено поддержание стабильной эпидемиологиче ской ситуации по холере. Анализ результатов мониторинговых исследований, выявивший отсутствие завозов холеры из эндемичных стран и выделения токсигенных штаммов V. cholerae 01, 0139 от людей и из водных объектов окружающей среды, а также оценка филогенетических связей нетоксигенных штаммов V. cholerae 01, изолированных из 00с в субъектах РФ, позволяет прогнозировать стабильность эпидемиологической обстановки по холере в нашей стране на 2021 г. Однако нельзя исключить вероятность завоза этой болезни из эндемичных стран, что предполагает в рамках государственного санитарно-эпидемиологического надзора за холерой проведение дифференцированного комплекса противоэпидемических (профилактических) мероприятий с целью локализации и ликвидации завозного очага холеры и недопущения распространения инфекции.
Конфликт интересов. Авторы подтверждают отсутствие конфликта финансовых/нефинансовых интересов, связанных с написанием статьи.
Список литературы
1. Outbreak update - Cholera in Somalia, 27 September 2020. WHO's Eastern Mediterranean Region. [Электронный ресурс]. URL: http://www.emro.who.int/pandemic-epidemic-diseases/chol-
era/outbreak-update-cholera-in-somalia-27-september-2020.html (дата обращения 08.10.2020).
2. Lopez A.L., Dutta S., Qadri F., Sovann L., Pandey B.D., Bin Hamzah W.M., Memon I., Iamsirithaworn S., Dang D.A., Chowdhury F., Heng S., Kanungo S., Mogasale V., Sultan A., Ylade M. Cholera in selected countries in Asia. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A18-A24. DOI: 10.1016/j.vaccine.2019.07.035.
3. Deen J., Mengel M.A., Clemens J.D. Epidemiology of cholera. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A31-A40. DOI: 10.1016/j. vaccine.2019.07.078.
4. Москвитина Э.А., Янович Е.Г., К-уриленко М.Л., Кругликов В.Д., Титова С.В., Левченко Д.А., Водопьянов А.С., Лопатин А.А., Иванова С.М., Мишанькин Б.М., Кривенко А.С., Анисимова Г.Б., Носков А.К. Холера: мониторинг эпидемиологической обстановки в мире и
на 2020 г. Проблемы особо опасных инфекций. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-38-47.
5. Савилов Е.Д., Мамонтова Л.М., Астафьев В.А., Жданова С.Н. Применение статистических методов в эпидемиологическом анализе. М.: МЕДпресс-информ; 2004. 112 с.
6. Cholera, 2012. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2013; 88(31):321-26. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2013/ wer8831.pdf?ua=1 (дата обращения 04.08.2013).
7. Cholera, 2013. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2014; 89(31):345-356. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2014/ wer8931.pdf?ua=1 (дата обращения 04.08.2014).
8. Cholera, 2014. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2015; 90(40):517-529. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/wer/2015/ wer9040.pdf?ua=1 (дата обращения 05.10.2015).
9. Cholera, 2015. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2016; 91(38):433-440. [Электронный ресурс].URL: https://apps.who.int/iris/bit-stream/handle/10665/250142/WER9138.pdi?sequence=1 (дата обращения 26.09.2016).
10. Cholera, 2016. Wklj Epidem. Rec. WHO. 2017; 92(36):521-536. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/258910/WER9236.pdf?sequence= 1 (дата обращения 11.09.2017).
11. Cholera, 2017. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2018; 93(38):489-497. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/f0665/274654/WER9338.pdf?ua=f (дата обращения 24.09.2018).
12. Cholera, 2018. Wklj Epidem. Rec. WHO. 2019; 94(48):561-580. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. lnt/iris/bitstream/handle/f0665/274654/wER9448.pdf?ua=f (дата обращения 01.12.2019).
13. Cholera, 2019. Wklj Epidem. Rec. WHO. 2020; 95(37):441-448. [Электронный ресурс]. URL: https://apps.who. int/iris/bitstream/handle/10665/334241/WER9537-eng-fre.pdf?ua=1 (дата обращения 12.09.2020).
14. Daily Press Briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 - Syria & Yemen. [Электронный ^ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/yemen/ daily-press-briefing-office-spokesperson-secretary-general-13-janu-ary-2020-syria-yemen (дата обращения 14.01.2021).
15. Cholera, diarrhea & dysentery update (02): Africa, Asia. Archive Number: 20200503.7289037. [Электронный ресурс]. URL: http://www.promedmail.org (дата обращения 12.05.2020).
16. Cameroun: Rapport de situation, 8 oct. 2020. OCHA. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/camer-oon/cameroun-repport-de-situation-8-oct-2020 (дата обращения 09.10.2020).
17. Mozambique Key Message Update. 2020-09-30. FEWS NET. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/mo-zambique/mozambique-key-message-update-drought-and-conflict-drive-atypically-early-start (дата обращения 01.10.2020).
18. UNICEF Democratic Republic of the Congo Humanitarian Situation Report. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb. int/report/democratic-republic-congo/unicef-democratic-repub-lic-congo-humanitarian-situation-report-no-0 (дата обращения 18.02.2020).
19. PRO/FR Cholera, fatal - Mozambique: (North). [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/ (дата обращения 72.08.2020).
20. PRO/EAFR> Cholera - Nigeria: (Ebonyi) fatal. Archive Number: 20200428.7275177 [Электронный ресурс]. URL: https:// promedmail.org/promed-post/?id=7275177 (дата обращения 28.04.2020).
21. PRO/SOAS> Cholera - Bangladesh: mass vaccination. Archive Number: 20200223.7011771. [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/promed-post/?id=7011771 (дата обращения 27.02.2020).
22. PRO/EDR> Cholera, diarrhea & dysentery update (02): Africa, WHO. Archive Number: 20210108.8081251. [Электронный ресурс]. URL: https://promedmail.org/promed-post/?id=8081251 (дата обращения 11.01.2021).
23. UNICEF Burundi Humanitarian Situation Report No. 2 - Reporting Period: 01 January to 30 June 2020. UNICEF. [Электронный ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/burundi/ unicef-burundi-humanitarian-situation-report-no-2-reporting-peri-
od-01-january-30-june (дата обращения 21.07.2020).
24. Сагиев 3.A., Мусагалиева P.C., Абдирасилова A.A., Аязбаев Т.З., Кльбаева М.М., Молдагасимова А.Б., Жунусова А.С., Утепова И.Б., Бегимбаева Э.Ж., Избанова УА., Омашева Г.М., Турлиев З.С., Иманбекова Ж.Ж., Ниязбеков Н.Ш. О завозных случаях холеры в город Алматы в 2017 г., Казахстан. Проблемы особо опасных инфекций. 2018; 3:83-7. DOI: 10.21055/0370-1069-2018-3-83-87^
25. Mwaba J., Debes A.K., Shea P., Mukonka V Chewe O., Chisenga C., Simuyandi M., Kwenda G., Sack D., Chilengi R., Ali M. Identification of cholera hotspots in Zambia: А spatiotemporal analysis of cholera data from 2008 to 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008227. DOI: 10.1371/journal.pntd.0008227.
26. Daily Press Briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 - Syria & Yemen. [Электронный Ресурс]. URL: https://reliefweb.int/report/yemen/ daily-press-briefing-office-spokesperson-secretary-general-13-janu-ary-2020-syria-yemen (дата обращения 14.01.2021).
27. Cholera - Togo. Emergencies preparedness, response. WHO. [Электронный ресурс]. URL: https://www.who.int/csr/don/04-january-2021-cholera-togo/en/ (дата обращения 10.01.2021).
28. Dixit S.M., Johura F.-T., Manandhar S., Sadique A., Rajbhandari R.M., Mannan S.B., Rashid M.-U., Islam S., Karmacharya D., Watanabe H., Sack R.B., Cravioto A., Alam M. Cholera outbreaks (2012) in three districts of Nepal reveal clonal transmission of multi-drug resistant Vibrio cholerae O1. BMC Infect. Dis. 2014; 14:392. DOI: 10.1186/1471-2334-14-392.
29. Naha A., Chowdhury G., Ghosh-Banerjee J., Senoh M., Takahashi T., Ley B., Thriemer K., Deen J., Seidlein L.V., Ali S.M., Khatib A., Ramamurthy T Nandy R.K., Nair G.B., Takeda Y., Mukhopadhyay A.K. Molecular characterization of high-level-cholera-toxin-producing El Tor variant Vibrio cholerae strains in the Zanzibar Archipelago of Tanzania. J. Clin. Microbiol. 2013; 51(3):1040-5. DOI: 10J128/JCM.03162-12.
30. Rebaudet S., Mengel M.A., Koivogui L., Moore S Mutreja A., Kande Y., Yattara O., Sarr Keita V., Njanpop-Lafourcade B.-M., Fournier P.-E., Garnotel E., Keita S., Piarroux R. Deciphering the origin of the 2012 cholera epidemic in Guinea by integration epidemiological and molecular analyses. PLoS Negl. Trop. Dis. 2014; 8(6):e2898. DOI: 10.1371/journaljpntd.0002898.
31. Roobthaisong A., Okada K., Htun N., Aung W. W., Wongboot W., Kamjumphol W., Han A.A., Yi Y., Hamada S. Molecular epidemiology of cholera outbreaks during the rainy season in Mandalay, Myanmar. Am J. Trop. Med. Hyg. 2017; 97(5):1323-8. DOI: 10.4269/ ajtmh.17-0296.
32. Irenge L.M., Ambroise J., Mitangala P.N., Bearzatto B., Kabangwa R.K.S., Durant J.-F., Gala J.-L. Genomic analysis of pathogenic isolates of Vibrio cholerae from Eastern Democratic Republic of the Congo (2014-2017). PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0007642. DOI: 10.1371/journal.pntd.0007642.
33. Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I., Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI: 10.1128/ mBio.03339-19.
34. Al-Sa'ady A.T., Baqer K.A., Al-Salim Z.K.S. Molecular detection and phylogenetic analysis of Vibrio cholerae genotypes in Hillah, Iraq. New Microbes. New Infect. 2020; 7(37):100739. DOI: 10.1016/j.nmni.2020.100739.
35. Li F., Pans B., Yan H., Lu X., Li J., Zhou H., Cui Z., Zhao L., Mahemut, Huo D., Kan B., Jia L. Investigation of an imported cholera case in China with whole genome sequencing. Infect. Genet. Evol. 2020; 84:104362. DOI: 10.1016/J.MEEGID.2020.104362.
36. Maniam G., Nguyen E.N., Milton J.S. Acquisition of cholera within the United States. J. Investig. Med. High Impact Case Rep. 2020; 8:2324709620904204. DOI: 10.1177/2324709620904204.
37. Weill F-X., Domman D., Njamkepo E., Almesbahi A.A., Naji M., Nasher S.S., Rakesh A., Abdullah M.A., Sharma N.C., Kariuki S., Pourshafie M.R., Rauzier J., Abubakar A., Carter J.Y., Wamala J.F., Seguin C., Bouchier C., Malliavin T., Bakhshi B., Abulmaali H.H.N., Kumar D., Njoroge S.M., Malik M.R., Kiiru J., Luquero F.J., Azman A.S., Ramamurthy T., Thomson N.R. Quilici M.-L. Genomic insights into the 2016-2017 cholera epidemic in Yemen. Nature. 2019; 565(7738):230-3. DOI: 10.1038/S41586-018-0818-3
38. Zhang P., Zhou H., Diao B., Li F., Du P., Li J., Kan B., Morris J.G., Wang D. A molecular surveillance reveals prevalence of Vibrio cholerae O139 isolates in China from 1993 to 2012. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(4):1146-52. DOI: 10.1128/JCM.03354-13.
39. Osawa K., Shigemura K., Kitagawa К., Kuntaman K., Mertaniasih N.M., Setyarini W., Arizandy D., Rahadjo D., Osawa R., Shirakawa T., Fujisawa M. Difference of phenotype and genotype between human and environmental: isolated Vibrio cholerae in Surabaya, Indonesia. India. J. Microbiol. 2020; 60(2):230-8. DOI: 10.1007/s12088-020-00861-y.
40. Naha A., Mandal R.S., Samanta P., Saha R.N., Shaw S., Ghosh A., Chatterjee N.S., Dutta P., Okamoto K., Dutta S., Mukhopadhyay A.K. Deciphering the possible role of ctxB7 allele on
higher production of cholera toxin by Haitian variant Vibrio cholerae Ol. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008128. DOI: 10.1371/ journal.pntd.0008128.
41. Monakhova E.V., Ghosh A., Mutreja A., Weill F.-X., Ramamurthy T. Endemic Cholera in India and Imported Cholera in Russia: What is Common? Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 3:17-26. (Англ. яз.). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-1726.
42. Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12. DOI: 10.1128/mBio.00624-12.
43. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Kermanov A.V., Kruglikov V.D., Vodop'ianov A.S., Pisanov R.V Chemisova O.S., Mazrukho A.B., Titova S.V., Shipulin G.A. Draft genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor isolates collected in the Russian Federation from imported cholera cases. Genome Announc. 2014; 2(4):e00624-14. DOI: 10.1128/genomeA.00624-14.
44. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Deviatkin A.A., Kruglikov V.D., Vodop'ianov A.S., Pisanov R.V., Mazrukho A.B., Titova S.V., Maleev V.V., Shipulin G.A. Travel-associated Vibrio cholerae O1 El Tor, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(11):2006-8. DOI: 10.3201/eid2211.151727.
45. Smirnova N.I., Krasnov Y.M., Agafonova E.Y., Shchelkanova E.Y., Alkhova Z.V., Kutyrev V.V. Whole-genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor strains isolated in Ukraine (2011) and Russia (2014). Genome Announc. 2017; 5(8):e01640-16. DOI: 10.1128/genomeA.01640-16.
46. Bwire G., Sack D.A., Almeida M., Li S., Voeglein J.B., Debes A.K Kagirita A., Buyinza A.W., Orach C.G Stine O.C. Molecular characterization of Vibrio cholerae responsible for cholera epidemics in Uganda by PCR, MLVA and WGS. PLoS Negl. Trop. Dis. 2018; 12(6):e0006492. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006492.
47. Houmnanou Y.M.G., Leekitcharoenphon P., Kudirkiene E., Mdegela R.H., Hendriksen R.S., Olsen J.E., Dalsgaard A. Genomic insights into Vibrio cholerae O1 responsible for cholera epidemics in Tanzania between 1993 and 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(12):e0007934. DOI: 10.1371/journal.pntd.0007934.
48. Крутиков В.Д., Левченко Д.А., Водопьянов A.C., Непомнящая Н.Б. ПЦР-генотипирование нетоксигенных штаммов холерных вибрионов как один из подходов их актуализации в плане эпидназора за холерой. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы.
epidem.2018.2.28-35.
49. Водопьянов A.C., Писанов Р.В., Водопьянов C.O., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Кругликов В.Д., Титова C.B. Молекулярная эпидемиология Vibrio cholerae - разработка алгоритма анализа данных полногеномного секвенирования. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2016; 21(3):146-52. DOI: 10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152.
50. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731-9. DOI: 10.1093/ molbev/msr121.
51. Смирнова Н.И., Крицкий A.A., Альхова Ж.В., Агафонова Е.Ю., Щелканова Е.Ю., Баданин Д.В., Кутырев В.В. Вариабельность генома островов патогенности нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae O1 биовара Эль Тор. Генетика. 2020; 56(9):1018-33. DOI: 10.31857/S0016675820080147.
52. Агафонова Е.Ю., Смирнова Н.И., Альхова Ж.В., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф., Лозовский Ю.В., Кутырев В.В. Нетоксигенные штаммы Vibrio cholerae биовара Эль Тор, выделенные на территории россии: молекулярно-генетические особенности и патогенные свойства. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2019; 2:13-24. DOI: 10.36233/03729311-2019-2-13-24.
53. Islam A., Labbate M., Djordjevic S.P., Alam M., Darling A., Melvold J., Holmes A.J., Johura F.T., Cravioto A., Charles I.G., Stokes H.W. Indigenous Vibrio cholerae strains from a non-endemic region are pathogenic. Open Biol. 2013; 3(2):120181. DOI: 10.1098/ rsob.120181.
54. Pérez-Reytor D., Jana V., Pavez L., Navarrete P., Garcia K. Accessory toxins of Vibrio pathogens and their role in epithelial disruption during infection. Front. Microbiol. 2018; 9:2248. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02248.
References
1. Update on the cholera outbreak in Somalia, 27 September 2020. WHO-Eastern Mediterranean Region. (Cited: October 08, 2020). [Internet]. Available from: http://www.emro.who.int/pandem-ic-epidemic-diseases/cholera/outbreak-update-cholera-in-somalia-27-september-2020.html.
2. Lopez A.L., Dutta S., Qadri F., Sovann L., Pandey B.D., Bin Hamzah W.M., Memon I., Iamsirithaworn S., Dang D.A., Chowdhury F., Heng S., Kanungo S., Mogasale V., Sultan A., Ylade M. Cholera in selected countries in Asia. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A18-A24.
DOI: 10.1016/j.vaccine.2019.07.035.
3. Deen J., Mengel M.A., Clemens J.D. Epidemiology of cholera. Vaccine. 2020; 38(Suppl. 1):A31-A40. DOI: 10.1016/j. vaccine.2019.07.078.
4. Moskvitina E.A., Yanovich E.G., Kurilenko M.L., Kruglikov V.D., Titova S.V., Levchenko D.A., Vodop'yanov A.S., Lopatin A.A., Ivanova S.M., Mishan'kin B.M., Krivenko A.S., Anisimova G.B., Noskov A.K. [Cholera: Monitoring of Epidemiological Situation around the World and in Russia (2010-2019). Forecast for 2020]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; 2:38-47. (In Russian). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-38-47.
5. Savilov E.D., Mamontova L.M Astaf'ev V.A., Zhdanova S.N. [Application of Statistical Methods in Epidemiological AnalysisT.Moscow: "MEDpress-inform"; 2004. 112 p.
6. Cholera, 2012. Wkly Epidem. Rec. WHO. 20f3; 88(31):321-326. (Cited: August 04, 2013). [Internet]. Available from: https:// wwwwho.int/wer/2013/wer8831.pdf?ua=1.
7. Cholera, 2013. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2014; 89(31):345-356. (Cited: August 04, 2013). [Internet]. Available from: https:// www.who.int/wer/2014/wer8931.pdf?ua=1.
8. Cholera, 2014. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2015; 90(40):517-529. (Cited: October 05, 2015). [Internet]. Available from: https:// www.who.int/wer/2015/wer9040.pdf?ua=1.
9. Cholera, 2015. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2016; 91(38):433-440. (Cited: September 26, 2016). [Internet]. Available from: https:// apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/250142/WER9138. pdf?sequence=1.
10. Cholera, 2016. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2017; 92(36):521-536. (Cited: September 11, 2017). [Internet]. Available from: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/258910/ WER9236.pdf?sequence=1.
11. Cholera, 2017. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2018; 93(38):489-497. (Cited: September 24, 2018). [Internet]. Available from: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/274654/ WER9338.pdf?ua=1.
12. Cholera, 2018. Wkly Epidem. Rec. WHO. 2019; 94(48):561-580. (Cited: December 01, 2019). [Internet]. Available from: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/274654/ WER9448.pdf?ua=1.
13. Cholera, 2019. Wkly Epidem. Rec. KTO. 2020; 95(37): 441-448. (Cited: September 12, 2020). [Internet]. Available from: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/334241/WER9537-eng-fre.pdf?ua=1.
14. Daily press briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 - Syria and Yemen. (Cited: January 14, 2021). [Internet]. Available from: https://reliefweb.int/ report/yemen/daily-press briefing-office-PressSecretary-Secretary-General-13-January-2020-Syria-Yemen.
15. Cholera, diarrhea and dysentery update (02): Africa, Asia. Archive number: 20200503.7289037. (Cited: May 12, 2020). [Internet]. Available from: http://www.promedmail.org.
16. Cameroun: Rapport de situation, October 8, 2020. OCHA. [Internet]. (Cited: October 09, 2020). Available from: https://relief-web.int/report/cameroon/cameroun-repport-de-situation-8-oct-2020.
17. Mozambique Key Message Update. 2020-09-30. FEWS NET. (Cited: October 01, 2020). [Internet]. Available from: https:// reliefweb.int/report/mozambique/mozambique-key-message-up-date-drought-and-conflict-drive-atypically-early-start.
18. UNICEF Democratic Republic of the Congo Humanitarian Situation Report. (Cited: FebruaTy18, 2020). [Internet]. Available from: https://reliefweb.int/report/democratic-republic-congo/unicef-democratic-republic-congo-humanitarian-situation-report-no-0.
19. PRO / FR Cholera, deadly-Mozambique: (North). (Cited: August 22, 2020). [Internet]. Available from: https://promedmail. org/.
20. PRO / EAFR> Cholera-Nigeria: (Ebonyi) fatal. Archive number: 20200428.7275177. (Cited: April 28, 2020). JInternet]. Available from: https://promedmail.org/promed-post/?id=7275177.
21. PRO / SOAS > Cholera-Bangladesh: mass vaccination. Archive number: 20200223.7011771. (Cited: February 27, 2020). [Internet]. Available from: https://promedmail.org/promed-post/?id=7011771.
22. PRO / EDR> Update on cholera, diarrhea and dysentery (02): Africa, WHO. Archive number: 20210108.8081251. (Cited: January 11 2021). [Internet]. Available from: https://promedmail. org/promed-post/?id=8081251.
23. UNICEF Report on the humanitarian situation in Burundi No. 2 - Reporting Period: 01 January to 30 June 2020. UNICEF. (Cited: July 21, 2020). [Internet]. Available from: https://reliefweb. int/report/burundi/unicef-burundi-humanitarian-situation-report-no-2-reporting-period-01-january-30-june.
24. Sagiev Z.A., Musagalieva R.S., Abdirasilova A.A., Ayazbayev TZ., Kul'bayeva M.M., Moldagasimova.A.B., Zhunusova A.S., Utepova I.B., Begimbaeva E.Zh., Izbanova U.A., Omasheva G.M., Turliev Z.S., Imanbekova Zh.Zh., Niyazbekov N.Sh. [About imported cases of cholera in the city of Almaty in 2017, Kazakhstan]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2018; 3:83-7. DOI: 10.21055/0370-1069-
2018-3-83-87
25. Mwaba J., Debes A.K., Shea P., Mukonka V Chewe O., Chisenga C., Simuyandi M., Kwenda G., Sack D., Chilengi R., Ali M. Identification of cholera hotspots in Zambia: A spatiotemporal analysis of cholera data from 2008 to 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008227. DOI: 10.1371/journalpntd.0008227.
26. Daily press briefing by the Office of the Spokesperson for the Secretary-General, 13 January 2020 - Syria and Yemen. (Cited: January 14, 2021). [Internet]. Available from: https://reliefweb.int/ report/yemen/daily-press-briefing-office-spokesperson-secretary-general-13-january-2020-syria-yemen.
27. Cholera-Togo. Emergency preparedness and response. WHO. (Cited: January 10, 2021). [Internet]. Available from: https:// www.who.int/csr/don/04-january-2021-cholera-togo/en/.
28. Dixit S.M., Johura F.-T., Manandhar S., Sadique A., Rajbhandari R.M., Mannan S.B., Rashid M.-U., Islam S., Karmacharya D., Watanabe H., Sack R.B., Cravioto A., Alam M. Cholera outbreaks (2012) in three districts of Nepal reveal clonal transmission of multi-drug resistant Vibrio cholerae O1. BMC Infect. Dis. 2014; 14:392. DOI: 10.1186/1471-2334-14-392.
29. Naha A., Chowdhury G., Ghosh-Banerjee J., Senoh M., Takahashi T., Ley B., Thriemer K., Deen J., Seidlein L.V., Ali S.M., Khatib A., Ramamurthy T., Nandy R.K., Nair G.B., Takeda Y., Mukhopadhyay A.K. Molecular characterization of high-level-cholera-toxin-producing El Tor variant Vibrio cholerae strains in the Zanzibar Archipelago of Tanzania. J. Clin. Microbiol. 2013; 51(3):1040-5. DOI: 10.1128/JCM.03162-12.
30. Rebaudet S., Mengel M.A., Koivogui L., Moore S Mutreja A., Kande Y., Yattara O., Sarr Keita V., Njanpop-Lafourcade B.-M., Fournier P.-E., Garnotel E., Keita S., Piarroux R. Deciphering the origin of the 2012 cholera epidemic in Guinea by integration epi-demiological and molecular analyses. PLoS Negl. Trop. Dis. 2014; 8(6):e2898. DOI: 10.1371/journalpntd.0002898.
31. Roobthaisong A., Okada K., Htun N., Aung W. W., Wongboot W., Kamjumphol W., Han A.A., Yi Y., Hamada S. Molecular epidemiology of cholera outbreaks during the rainy season in Mandalay, Myanmar. Am J. Trop. Med. Hyg. 2017; 97(5):1323-8. DOI: 10.4269/ ajtmh.17-0296.
32. Irenge L.M., Ambroise J., Mitangala P.N., Bearzatto B., Kabangwa R.K.S., Durant J.-F., Gala J.-L. Genomic analysis of pathogenic isolates of Vibrio cholerae from Eastern Democratic Republic of the Congo (2014-2017). PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0007642. DOI: 10.1371/journalpntd.0007642.
33. Baddam R., Sarker N., Ahmed D., Mazumder R., Abdullah A., Morshed R., Hussain A., Begum S., Shahrin L., Khan A.I. Islam M.S., Ahmed T., Alam M., Clemens J.D., Ahmed N. Genome dynamics of Vibrio cholerae isolates linked to seasonal outbreaks of cholera in Dhaka, Bangladesh. mBio. 2020; 11(1):e03339-19. DOI: 10.1128/ mBio.03339-19.
34. Al-Sa'ady A.T., Baqer K.A., Al-Salim Z.K.S. Molecular detection and phylogenetic analysis of Vibrio cholerae genotypes in Hillah, Iraq. New Microbes. New Infect. 2020; 7(37):100739. DOI: 10.1016/j.nmni.2020.100739.
35. Li F., Pang B., Yan H., Lu X., Li J., Zhou H., Cui Z., Zhao L., Mahemut, Huo D., Kan B., Jia L. Investigation of an imported cholera case in China with whole genome sequencing. Infect. Genet. Evol. 2020; 84:104362. DOI: 10.1016/J.MEEGID.2020.104362.
36. Maniam G., Nguyen E.N., Milton J.S. Acquisition of cholera within the United States. J. Investig. Med. High impact Case Rep. 2020; 8:2324709620904204. DOI: 10.1177/2324709620904204.
37. Weill F-X., Domman D., Njamkepo E., Almesbahi A.A., Naji M., Nasher S.S., Rakesh A., Abdullah M.A., Sharma N.C., Kariuki S., Pourshafie M.R., Rauzier J., Abubakar A., Carter J.Y., Wamala J.F., Seguin C., Bouchier C., Malliavin T., Bakhshi B., Abulmaali H.H.N., Kumar D., Njoroge S.M., Malik M.R., Kiiru J., Luquero F.J., Azman A.S., Ramamurthy T., Thomson N.R. Quilici M.-L. Genomic insights into the 2016-2017 cholera epidemic in Yemen. Nature. 2019; 565(7738):230-3. DOI: 10.1038/S41586-018-0818-3.
38. Zhang P., Zhou H., Diao B., Li F., Du P., Li J., Kan B., Morris J.G., Wang D. A molecular surveillance reveals prevalence of Vibrio cholerae O139 isolates in China from 1993 to 2012. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(4):1146-52. DOI: 10.1128/JCM.03354-13.
39. Osawa K., Shigemura K., Kitagawa K., Kuntaman K., Mertaniasih N.M., Setyarini W., Arizandy D., Rahadjo D., Osawa R., Shirakawa T., Fujisawa M. Difference of phenotype and genotype between human and environmental: isolated Vibrio cholerae in Surabaya, Indonesia. India. J. Microbiol. 2020; 60(2):230-8. DOI: 10.1007/s12088-020-00861-y.
40. Naha A., Mandal R.S., Samanta P., Saha R.N., Shaw S., Ghosh A., Chatterjee N.S., Dutta P., Okamoto K., Dutta S., Mukhopadhyay A.K. Deciphering the possible role of ctxB7 allele on higher production of cholera toxin by Haitian variant Vibrio cholerae O1. PLoS Negl. Trop. Dis. 2020; 14(4):e0008128. DOI: 10.1371/ journal.pntd.0008128.
41. Monakhova E.V., Ghosh A., Mutreja A., Weill F.-X., Ramamurthy T. Endemic Cholera in India and Imported Cholera
in Russia: What is Common? Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; 3:17-26. (In English). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-3-17-26.
42. Dolores J., Satchell K.J.F. Analysis of Vibrio cholerae genome sequences reveals unique rtxA variants in environmental strains and an rtxA null-mutation in recent altered El Tor isolates. mBio. 2013; 4(2):e00624-12. DOI: 10.1128/mBio.00624-12.
43. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Kermanov A.V., Kruglikov V.D., Vodop'ianov A.S., Pisanov R.V Chemisova O.S., Mazrukho A.B., Titova S.V., Shipulin G.A. Draft genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor isolates collected in the Russian Federation from imported cholera cases. Genome Announc. 2014; 2(4):e00624-14. DOI: 10.1128/genomeA.00624-14.
44. Kuleshov K.V., Vodop'ianov S.O., Dedkov V.G., Markelov M.L., Deviatkin A.A., Kruglikov V.D., Vodop'ianov A.S., Pisanov R.V., Mazrukho A.B., Titova S.V., Maleev V.V., Shipulin G.A. Travel-associated Vibrio cholerae O1 El Tor, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2016; 22(11):2006-8. DOI: 10.3201/eid2211.151727.
45. Smirnova N.I., Krasnov Y.M., Agafonova E.Y., Shchelkanova E.Y., Alkhova Z.V., Kutyrev VV. .Whole- genome sequencing of Vibrio cholerae O1 El Tor strains isolated in Ukraine (2011) and Russia (2014). Genome Announc. 2017; 5(8):e01640-16. DOI: 10.1128/genomeA.01640-16.
46. Bwire G., Sack D.A., Almeida M., Li S., Voeglein J.B., Debes A.K., Kagirita A., Buyinza A.W., Orach C.G., Stine O.C. Molecular characterization of Vibrio cholerae responsible for cholera epidemics in Uganda by PCR, MLVA and WGS. PLoS Negl. Trop. Dis. 2018; 12(6):e0006492. DOI: 10.1371/journal.pntd.0006492.
47. Houmnanou Y.M.G., LeekitcharoenphonR, Kudirkiene E., Mdegela R.H., Hendriksen R.S., Olsen J.E Dalsgaard A. Genomic insights into Vibrio cholerae O1 responsible for cholera epidemics in Tanzania between 1993 and 2017. PLoS Negl. Trop. Dis. 2019; 13(12):e0007934. DOI: 10.1371/journal.pntd.0007934.
48. Kruglikov V.D., Levchenko D.A., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B. [PCR-genotyping of non-toxigenic strains of Vibrio cholerae as one of the approaches to their actualization in terms of cholera surveillance]. Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni. Aktual 'nye Voprosy [Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items]. 2018; 2:28-35. DOI: 10.f8565/epidem.2018.228-35.
49. Vodop'yanov A.S., Pisanov R.V., Vodop'yanov S.O., Mishan'kin B7N., Oleynikov I.P., Kruglikov V.D., Titova S.V. [Molecular epidemiology of Vibrio cholerae - development of an algorithm for analyzing full-genome sequencing data]. Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni. [Epidemiology and Infectious Diseases]. 2016; 3:146-52. DOI: 10.18821/1560-9529-2016-21-3-146-152.
50. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 2011; 28(10):2731-9. DOI: 10.1093/ molbev/msr121.
51. Smirnova N.I., Kritsky A.A., Al'khova Zh.V., Agafonova E.Yu., Shchelkanova E.Yu., Badanin D.V., Kutyrev V.V. [Genome variability of the islands of pathogenicity of non-toxigenic strains of Vibrio cholerae O1 biovar El Tor]. Genetika [Genetics]. 2020; 56(9):1018-33. DOI: 10.31857/S0016675820080147.
52. Agafonova E.Yu., Smirnova N.I., Al'khova Zh.V., Krasnov Ya.M., Livanova L.F., Lozovsky Yu.V., Kutyrev V.V. [Non-toxigenic strains of Vibrio cholerae of the El Tor biovar isolated on the territory of Russia: molecular anilgenetic features and pathogenic properties]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2019; 2:13-24. DOI: 10.36233/0372-9311-2019-2-13-24.
53. Islam A., Labbate M., Djordjevic S.P., Alam M., Darling A., Melvold J., Holmes A.J., Johura F.T., Cravioto A., Charles I.G., Stokes H.W. Indigenous Vibrio cholerae strains from a non-endemic region are pathogenic. Open Biol. 2013; 3(2):120181. DOI: 10.1098/ rsob.120181.
54. Pérez-Reytor D., Jana V., Pavez L., Navarrete P., Garcia K. Accessory toxins of Vibrio pathogens and their role in epithelial disruption during infection. Front. Microbiol. 2018; 9:2248. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02248.
Authors:
Noskov A.K., Kruglikov V.D., Moskvitina E.A., Monakhova E.V., Levchenko D.A., Yanovich E.G., Vodop'yanov A.S., Pisanov R.V., Nepomnyashchaya N.B., Ezhova M.I., Podoinitsyna O.A. Rostov-on-Don Research Anti-Plague Institute. 117/40, M. Gor'kogo St., Rostov-on-Don, 344002, Russian Federation. E-mail: plague@aaanet.ru.
об авторах:
Носков А.К., Кругликов В.Д., Москвитина Э.А., Монахова Е.В., Левченко ДА., Янович Е.Г., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Непомнящая Н.Б., Ежова М.И., Подойницына О.А. Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт. Российская Федерация, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40. E-mail: plague@aaanet.ru.
