CC BY
108
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ №3, 2012
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2012 УДК 579.842.23:579.253].083.1:577.2.08
М. Е. Платонов1, В. В. Евсеева1, Т. Э. Светоч1, Д. В. Ефременко2, И. В. Кузнецова2, С. В. Дентовская1, А. Н. Куличенко2, А. П. Анисимов1
фитогеография полевочьих штаммов YERSINIA PESTIS из природных
очагов КАВКАЗА И ЗАКАВКАЗьЯ
Тосударственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии, Оболенск; 2ФГУЗ «Ставропольский научно-
исследовательский противочумный институт»
С помощью молекулярного типирования проведен сравнительный анализ 57 штаммов Y. pestis subsp. microtus bv. caucasica. Полученные результаты свидетельствуют о наличии в составе этого биовара трех независимых филогенетических групп и указывают на целесообразность выделения Ленинаканского горного мезоочага из состава Закавказского высокогорного в самостоятельный очаг, а также включения части Приараксинского низкогорного очага в статусе мезоочага наряду с Присеванским горным и Зангезуро-Карабахским горным мезоочагами в состав Закавказского высокогорного очага чумы. Показано, что штаммы, циркулирующие в Восточно-Кавказском высокогорном очаге чумы, являются наиболее древней ветвью биовара caucasica, а возможно, и всего филогенетического дерева Y. pestis. Ключевые слова: MLVA25-типирование, CRISPR-типи-рование, VNTR, lcrV, aspA,Yersiniapestis, филогеография
Природные очаги чумы полевочьего типа Закавказский высокогорный (включающий мезоочаги Ле-нинаканский горный (04), Присеванский горный (05) и Зангезуро-Карабахский горный (06)) и Восточно-Кавказский высокогорный (39) были открыты в 1958 и 1977 г. соответственно. Особенности фенотипов циркулирующих там полевочьих штаммов Y pestis позволили выделить их в подвид caucasica. Кроме того, аналогичные штаммы чумного микроба выделяют на территории Приараксинского низкогорного очага песчаночьего типа (07), граничащего с Закавказским высокогорным [4]. Относительно недавно китайские, французские и российские ученые [3, 12] предложили объединить штаммы Y. pestis неосновных подвидов (altaica, caucasica, hissarica, ulegeica, talassica, xilingolensis, ginghaiensis и angola) в составе нового подвида microtus, придав им статус биоваров. Предложенную терминологию уже используют в работах немецких, монгольских и французских исследователей [11]. В рамках настоящей работы мы будем применять этот вариант внутривидовой классификации возбудителя чумы.
В основу фенотипических методов дифференциации возбудителя чумы положены способность ферментировать различные субстраты, питательные потребности и вирулентность для различных видов животных. Хотя фенотипические методы и позволяют различать подвиды и биовары Y. pestis, с их помощью невозможно проводить типирование на уровне штаммов. К тому же нестабильность проявления фенотипических признаков, их зависимость от условий эксперимента, а также наличие атипичных штаммов существенно затрудняют интерпретацию результатов [1]. В связи с этим в последнее время решающую роль в типировании чумного микроба играют молекулярно-биологические методы [13]. С помощью специальных компьютерных программ ре-
зультаты генотипирования штаммов одного вида можно представить в виде филогенетического древа, причем кластеры близких генотипов у многих видов имеют четкую географическую локализацию [8]. Ранее мы использовали VNTR-типирование по 25 локусам (MLVA25) для изучения многообразия штаммов Y. pestis из природных очагов чумы на территории Китая с привлечением незначительного количества штаммов, циркулирующих в природных очагах СНГ [12]. Биовар caucasica был представлен в цитируемой работе всего лишь 7 штаммами из Закавказского высокогорного очага.
В настоящей публикации описано MLVA25-типи-рование набора из 57 штаммов Y. pestis, выделенных в природных очагах полевочьего типа Кавказа и Закавказья. Кроме того, проведено CRISPR-типирование исследованных штаммов, определены нуклеотидные последовательности генов aspA и lcrV, а также оценено географическое распределение выявленных филогенетических групп и предложено деление энзоотич-ных территорий на очаги в соответствии с филогео-графическими данными.
Материалы и методы
Бактериальные штаммы. В работе использовали 57 штаммов Y. pestis subsp. microtus bv. caucasica: 14 штаммов из Ленинаканского горного, 7 - из Присеванского горного, 9 - из Зангезуро-Карабахского горного, 9 - из Приараксинского низкогорного и 18 - из Восточно-Кавказского высокогорного очагов чумы, а также 2 штамма Y. pestis subsp. pestis bv. mediaevalis из Приараксинского низкогорного очага чумы. Штаммы были выделены в 1958-1996 гг. Бактерии выращивали на агаре Хоттингера с добавлением 1 % гемолизированной крови в течение 48 ч при температуре 28 °С. Геномную ДНК выделяли в соответствии с методическими указаниями МУ 1.3.1794-03 "Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I—II групп патогенности".
Молекулярное титрование. Последовательности прайме-ров, условия проведения полимеразно-цепной реакции (ПЦР), учет результатов МТУА25-типирования [12], CRISPR-типирования [10], а также секвенирование генов lcrV [7] и aspA [9] детально описаны ранее. Опубликованные полногеномные последовательности штаммов Y. pestis Pestoides F и Yersinia pseudotuberculosis IP32953 (номера доступа в GenBank/EMBL/ DDBJ: AF167309 и NC_006153.2 соответственно) использовали для молекулярного типирования in silico.
Анализ результатов. Полученные результаты вносили в базу данных программы Bionumerics 5.1. Для построения ден-дрограмм применяли метод Neighbor-Joining с категорическим коэффициентом (в качестве корневого вида использовали штамм Y. pseudotuberculosis IP32953). Наименования и номера природных очагов чумы указаны в соответствии с [4, 6].
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
Результаты и обсуждение
Исследованные нами с помощью MLVA25-ram-рования штаммы Y. pestis bv. caucasica, выделенные в Кавказском регионе, формировали единый генетический кластер (см. рисунок), сохраняющий свою автономность и на дендрограмме, которая включает данные о MLVA25-ramx более 600 изолятов, относящихся к различным внутривидовым группам чумного микроба [3]. Увеличение количества изолятов из природных очагов чумы 04-07 с 7, описанных в нашей предыдущей публикации [12], до 39 и включение в исследование 18 штаммов из очага 39 позволили выявить в составе кластера bv. caucasica три независимые ветви (клональные кластеры - clonal clusters): сс39, сс4 и сс5-7) (см. рисунок), соответствующие природным очагам 39 (Дагестан), 04 (Армения и Грузия) и группе очагов 05-07 (Азербайджан и Армения). Распределение штаммов по клональным кластерам и входящим в их состав подкластерам не зависело от времени выделения культур Y pestis в природных очагах. Все изоляты из очагов 04 и 39 вошли только в состав соответствующих автономных и относительно гомогенных клональных кластеров сс4 (популяция 0.РЕ2Ь, по данным Morelli G. и соавт. [14]) и сс39 (SNP-типирование штаммов этой группы пока никто не проводил), что может свидетельствовать о стабилизации биоценоти-ческих связей между популяциями теплокровных животных, переносчиков и возбудителей-паразитов и отсутствии заноса на эти территории штаммов Ypestis из других природных очагов чумы. Клональный кластер сс5-7 (популяция 0.PE2a, по данным G. Morelli и соавт. [14]) более гетерогенен - в его состав вошли изоляты из двух мезоочагов 05 и 06 (в составе Закавказского высокогорного природного очага чумы) и прилегающей территории очага 07. Вероятно, во время вспышек численности теплокровных носителей из очагов 05, 06 и 07 их экологические ниши перекрываются, и тогда происходит занос штаммов на соседние территории.
Для проверки достоверности кластеризации и суб-типирования изучаемых изолятов в составе кластера методом MLVA25 использовали оценку полиморфизма нуклеотидных последовательностей генов aspA и lcrV.
Известно, что в отличие от Y. pseudotuberculosis для аминокислотной последовательности аспартазы штаммов Y. pestis subsp. pestis характерна замена Val363 ^ Leu363 (GTG ^ TTG), а для 7 исследованных ранее штаммов Y. pestis subsp. microtus bv. caucasica из неуказанных в публикациях природных очагов - Val363 ^ Ser363 (GTG TCG) [2, 9]. Проведенное нами секвени-рование гена aspA из 56 изолятов, выделенных во всех природных очагах, где циркулируют штаммы биовара caucasica, и анализ нуклеотидной последовательности гена aspA из штамма Pestoides F, подтвердили наличие замены GTG ^ TCG и позволило предположить, что она произошла до момента выделения Y pestis subsp. microtus bv. caucasica в самостоятельный генетический кластер, так как свойственна всем трем филогенетическим группам в составе указанного биовара.
Известно, что для полевочьих штаммов характерен полиморфизм аминокислотной последовательности V антигена [7]. Проведенное нами секвенирование гена lcrV из 18 штаммов, выделенных в очаге 39, и 14 штаммов из очага 04 показало, что все исследованные представители этих филогенетических групп синтези-
руют V антиген типа D (Lys18, Lys72, Cys273 и Ser324-Gly325-Lys326), характерный для штаммов основного подвида (см. рисунок). В то же время у 38 из 39 исследованных штаммов из группы очагов 05-07 выявлен тип Е аминокислотной последовательности V антигена (Lys18, Lys72, Cys273 и Arg324), а у одного, С-582, - тип С (Asn18, Arg72, Ser273 и Arg324). Принимая во внимание тот факт что, что V антиген D типа наиболее близок по аминокислотной последовательности к аналогичному белку прародителя Y pestis, Y. pseudotuberculosis, а общее отличие от классического типа D для типов Е и С, замена трех С-концевых аминокислот (Ser324-Gly325-Lys326) на одну (Arg324) является результатом вызванной двумя прямыми повторами (ATGACACG) делеции 3-го конца гена lcrV протяженностью 16 пар нуклеотидных оснований [5, 15], можно предположить, что наиболее молодой ветвью биовара caucasica является филогенетическая группа, общая для Присеванского горного (05), Зангезуро-Карабахского горного (06) и среднегорной степной части Приараксинского низкогорного (07) природного очага чумы, а наиболее древней - популяция штаммов, циркулирующих в Восточно-Кавказском высокогорном очаге (39), и дивергировавшая, по данным MLVA25-типирования от клональных кластеров сс4 и сс5-7 до момента разделения последних.
Суммируя полученные на первых этапах исследования результаты, можно отметить, что MLVA25-типирование в сочетании с секвенированием генов lcrV и aspA позволило выявить в составе кластера bv. caucasica три ветви, соответствующие популяциям Y. pestis, циркулирующим в природных очагах 39 (Дагестан, наиболее древняя), 04 (Армения и Грузия) и группе очагов 05-07 (Азербайджан и Армения, наиболее молодая). Полученные данные свидетельствуют о том, что мезоочаги 05, 06 и прилегающую к ним часть очага 07 действительно можно рассматривать как единый природный очаг чумы - Закавказский высокогорный, а Ленинаканскому горному очагу необходимо предоставить статус самостоятельного, однако для окончательного решения об изменении статуса последнего необходимо верифицировать результаты MLVA25-типирования и определения нуклеотидной последовательности гена lcrV другими методами молекулярного типирования (SNP-, CRISPR-типирования и др.).
Корректность деления штаммов bv. caucasica на клональные кластеры сс4, сс5-7 и сс39 дополнительно проверяли с помощью CRISPR-типирования, включающего в анализ более 130 маркеров - спейсеров [10]. Как видно из рисунка, профили спейсеров, характерные для исследованных штаммов, полностью подтвердили кластеризацию, проведенную с помощью MLVA25-типирования. Профили спейсеров локуса YPa позволили выделить 4 клональных кластера: сс4, сс5-7, сс39 и штаммы Y. pestis subsp. pestis bv. mediaevalis из очага чумы 07. Профили спейсеров локуса YPb совпадали только у бактерий из клональных кластеров сс4 и сс5-7. Профили спейсеров локуса YPc обеспечивали разделение всех исследованных штаммов лишь на две группы: клональные кластеры сс4 и сс5-7, Y. pestis subsp. pestis bv. mediaevalis и кластер cc39.
В кластере сс5-7 штамм 1146 стоит особняком. По данным MLVA25-типирования он входит в состав, но не кластеризуется с другими подкластерами группы
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ГЕНЕТИКА, МИКРОБИОЛОГИЯ И ВИРУСОЛОГИЯ №3, 2012
MLVA25
о | ■ ■ .Т. ..
с
if
■гГ
л
t [I
■|Г
г
гГ
S strain F ssp bv V
С-254 07 Р tried D
С-253 07 Р med D
С-538 39 М cau D
С-ЕЗТ 39 М cau D
С-539 39 м can D
С-540 39 м cau D
С-669 39 м cau D
С-676 39 м cau D
С-535 39 м cau D
С-715 39 м cau D
С-716 39 м cau О
C-S75 39 м cau D
С-709 39 м cau D
С-741 39 м cau D
С-671 39 м cau D
С-744 39 м cau D
С-676 39 м cau D
С-712 39 м cau О
С-370 39 м cau D
С-717 39 м cau D
С-564 04 м cau D
С-346 04 м cau D
С-376 04 м cau D
С-111 04 м cau D
С-ЭЗ 04 м cau D
С-346 04 м cau D
С-519 04 м cau D
С-512 04 м cau D
С-586 04 м cau D
С-566 04 м cau D
С-5Э0 04 м cau D
С-591 04 м cau D
С-593 04 м cau D
С-Е94 04 м cau О
1146 06 м cau E
с-еэ 06 м cau E
C-S66 05 м cau E
C-514 05 м cau E
C-S63 05 м cau E
С-664 05 м cau E
C-ES2 05 м cau С
- С-77 05 м cau Ё
С-291 07 м cau E
С-661 06 м cau E
C-S62 06 м cau E
С-686 07 м cau E
С-359 05 м cau E
С-646 07 м cau E
С-647 07 м cau E
С-103 06 м cau E
С-67 06 м cau E
С-68 06 м cau E
С-78 06 м cau E
С-585 07 м cau E
@ Pestoides F 06 м cau E
1630 Р- 07 м cau E
С-233 07 м cau E
С-234 07 м cau E
С-235 07 м cau E
@ IP 32953 FR Pstb Pstb
YPa
а1-э2-аЗ а1-а2-аЗ а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-з1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-з1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-з1-а2-аЗ-э1-а£-аЗ-а1-а2-аЗ-э1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-з1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-з1-а2-аЗ-э1-а£-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-э1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-э1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-а1-а2-аЗ-
а13
а13
а13
а13
а13
а13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a13
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5<
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-ab-
a4-a5-
a4-a5-
a4-ab-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
-a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a4-a5-
a13-a14
a13-a14
a13-a14
-a13-a14
a13-a14
a13-a14
-a13-a14
a13-a14
a13-a14
-a13-a14
a13-a14
a13-a14
-a13-a14
-a13-a14
a13-aei
a13
-a13
a13
a13
«13
a13
a13
«13
«13
a13
a13
a13
«13
a13
«13
a13
a13
-a13
«13
a13
a13
«13
a13
a13
YPb
Ы-Ь2
Ы -Ь2-
0
о
о
о
о
Ы-Ь9
о о о о о о о о о о о о
Ы-Ь9 ы-ьэ
Ы-Ь9-Ы-Ь9-ы-ьэ-
Ы-ЬЭ-Ы-Ь9-Ы-ЬЭ-Ы-ЬЭ Ы-ЬЭ Ь1-ЬЭ
ы-ьэ-
Ы-Ь9-Ы-Ь9-Ы-ЬЭ-Ы-Ь9 Ы-Ь9-Ы-ЬЭ-Ь9-Ь2-Ь9-Ь2-Ы-Ь9-
ы-ьэ-ы-ьэ ы-ьэ-ы-ьэ-
Ь9-Ь2-Ы-Ь9-ы-ьэ-ы-ьэ Ы-Ь9-
ы-ьэ-ы-ьэ ы-ьэ-ы-ьэ-ы-ьэ-ы-ьэ-ы-ьэ-ы-ьэ-
Ы-Ь9-
YPc
Ь3-Ь4' Ь3-Ь4'
'-Ь2-Ы 0-Ы1-Ы2
Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ь11-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-М2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ь2-ЫО-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ь2-ЫО-Ы1-М2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ь11-Ы2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ь10-Ы 1-Ы2 Ы0-Ы1-Ы2 Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ь12 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы 1-Ы2 Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-М2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ь11-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-ЫО-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2 Ь2-Ы0-Ы1-Ы2
с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ"\ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ с2-сЗ/ с2-сЗ-с5-с6 > c2-c3-c5-t6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 c2-c3-c5-i;e с2-сЗ-с5-с6 с2-сЭ-с5-с6 С2-СЗ-С5-С6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-е6 С2-СЗ-С5-С6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 J с2-сЗ-с5-с6 \ c2-c3-c5-t;6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-сЪ с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 С2-СЗ-С5-С6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 С2-СЗ-С5-С6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-оЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 02-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 е2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6 с2-сЗ-с5-с6
сс39
сс4
сс5-7
NJ-дендрограмма М!ЛА25-типов штаммов Y. pestis bv. caucasica.
Strain - название штамма; @ - штамм генотипирован in silico; F - номер природного очага; ssp - подвид (P - pestis, M - microtus); bv - биовар (med — mediaevalis, cau - caucasica); Л type - тип Л антигена [6]; YPa (a1-a2-a3 и т. п.), YPb (b1-b2-b3 и т. п.) и YPc (c1-c2-c3 и т. п.) - названия (профили
спейсеров) локусов CRISPR [10].
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
сс5-7 и имеет уникальный профиль спейсеров ло-куса YPa (к набору спейсеров а1-а2-а3-а4-а5 добавлен спейсер а81, выявленный к настоящему времени только у данного штамма). Следует отметить, что использованную в нашей работе линию штамма более 30 лет применяли в качестве тест-культуры для выявления продукции пестицина [1, 4, 6], подвергая ее постоянным пересевам на искусственных питательных средах. В то же время остальные исследованные нами штаммы получены из коллекций микроорганизмов противочумных институтов, где они в ходе хранения подвергались минимальному количеству пересевов и, соответственно, наиболее близки к исходным природным изолятам.
Таким образом, результаты использования MLVA25- и CRISPR-типирования в сочетании с оценкой полиморфизма генов aspА и ¡с^ свидетельствуют о том, что штаммы К pestis, циркулирующие в Восточно-Кавказском высокогорном очаге, являются наиболее древней ветвью биовара caucasica, а возможно, и всего филогенетического дерева К pestis. На наш взгляд, полученные результаты являются достаточным основанием для выделения Ленинаканского горного мезоочага из состава Закавказского высокогорного в самостоятельный, а также включения части Приараксинского низкогорного очага в статусе ме-зоочага наряду с Присеванским горным и Зангезуро-Карабахским горным мезоочагами в состав Закавказского высокогорного очага.
Работа выполнена по Государственным контрактам № 53-Д от 29.06.2010 г. и № 61-Д от 22.07.2011 г. в рамках Федеральной целевой программы "Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации (2009-2013 годы)" при частичной поддержке гранта РФФИ № 08-04-00405-а.
Сведения об авторах:
Платонов Михаил Евгеньевич - канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаб. микробиологии чумы отдела особо опасных инфекций ФБУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора; [email protected].
Евсеева Вера Васильевна - мл. науч. сотр. лаб. микробиологии чумы отдела особо опасных инфекций ФБУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора; е-таПлПЪ@оЬо1еп8к.о^.
Светоч Татьяна Эдуардовна - канд. биол. наук, научн. сотр. лаб. микробиологии чумы отдела особо опасных инфекций ФБУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора; е-таП:Мо@оЬо1ешк.о^.
Ефременко Дмитрий Витальевич - канд. мед. наук, зав. лаб. индикации особо опасных инфекций ФКУЗ Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора; е-таП:1аЫМю@таП.ги.
Кузнецова Ирина Владимировна - научн. сотр. лаб. индикации особо опасных инфекций ФКУЗ Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора; е-таП:1аЫМю@таЛ.ги.
Дентовская Светлана Владимировна - канд. мед. наук, зав. лаб. микробиологии чумы отдела особо опасных инфекций ФБУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора; e-mail:[email protected].
Куличенко Александр Николаевич - д-р мед. наук, проф., директор ФКУЗ Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора; e-mail:[email protected].
Анисимов Андрей Павлович - д-р мед. наук., проф., зам. дир. ФБУН Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора;e-mail:[email protected].
ЛИТЕРАТУРА
1. Апарин Г. П., ГолубинскийЕ. П. Микробиология чумы: Руководство. - Иркутск, 1989.
2. Ерошенко Г. А., Одинокое Г. Н., Краснов Я. М. и др. // Пробл. особо опасных инфекций. - 2009. - Вып. 99. - С. 52-54.
3. Платонов М. Е. Молекулярно-генетическое изучение разнообразия и микроэволюции Yersiniapestis: Автореф. дис. ... канд. мед. наук. - Оболенск, 2010.
4. Природные очаги чумы Кавказа, Прикаспия, Средней Азии и Сибири / Под ред. Г. Г. Онищенко, В. В. Кутырева, - М., 2004.
5. Adair D. M, Worsham P. L., Hill K. K. et al. // J. Clin. Microbiol. -2000. - Vol. 38. - P. 1516-1519.
6. Anisimov A. P., Lindler L. E., Pier G. B. // Clin. Microbiol. Rev. -2004. - Vol. 17. - P. 434-464.
7. Anisimov A. P., Dentovskaya S. V, Panfertsev E. A. et al. // Infect. Genet. Evol. - 2010. - Vol. 10. - P. 137-145.
8. Avise J. C, Arnold J., Ball R. et al. // Annu. Rev. Ecol. Syst. - 1987. - Vol. 18. - P. 489-522.
9. Bearden S. W., Sexton C., Pare J. et al. // Microbiology. - 2009. -Vol. 155. - P. 198-209.
10. Cui Y., Li Y., George O. et al. // PLoS ONE. - 2008. - Vol. 3. - P. e2652.
11. KieferD., Dalantai G., Damdindorj T. et al. // Vector Borne Zoonotic Dis. - 2011. - Oct 24. - doi:10.1089/vbz.2011.0748.
12. Li Y., Cui Y., Hauck Y. et al. // PLoS ONE. - 2009. - Vol. 4. - P. e6000.
13. LidlerL. E. // J. AOAC Int. - 2009. - Vol. 92. - P. 1174-1183.
14. Morelli G., Song Y., Mazzoni C. J. et al. // Nat. Genet. - 2010. - Vol. 42. - P. 1140-1143.
15. ZhouD., TongZ., Song Y. et al. // J. Bacteriol. - 2004. - Vol. 186. - P. 5147-5152.
Поступила 13.01.12
THE PHYLOGEOGRAPHY OF THE YERSINIA PESTIS VOLE STRAINS ISOLATED FROM THE NATURAL FOCI OF CAUCASIAN REGION
M. E. Platonov1, V. V. Evseeva1, T. E. Svetoch1, D. V. Efremenko2, I. V. Kuznetsova2, S. V. Dentovskaya1, A. N. Kulichenko2, and A. P. Anisimov1
1 State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia; 2 Federal State Public Health Institute "Stavropol Research Antiplague Institute", Stavropol, Russia
57 Y. pestis bv. caucasica strains were assayed using molecular typing. The results of these assays indicated the presence within this biovar of the three separate clonal clusters and necessity of detachment of the Leninakan mountain mesofocus (subfocus) from the structure of Transcaucasian-highland focus into self-supporting one, as well as inclusion of a part of the Pre-Araks low-mountain natural plague focus in the capacity of the subfocus along with Pre-Sevan mountain and Zanzegur-Karabakh mountain subfoci into the structure of Transcaucasian-highland focus. It was shown that the strains circulating in the East-Caucasian highland plague focus were the most ancient branch of bv. caucasica or even of the entire Y. pestis phylogenetic tree.
Key words: MLVA25-typing, CRISPR-typing, VNTR, lcrV, aspA, Yersinia pestis, phylogeography
