CC BY
35
DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-98-107
УДК 616.98:579.842.23(597)
к.А. никифоров1, л.м. куклева1, Ж.В. Альхова1, Е.Г. оглодин1, м.А. макашова1, Е.А. нарышкина1,
н.П. Гусева1, Г.А. ерошенко1, Dang Hong Chien2, Lyong Thi Mo3, Vo Viet Kyong2, В.В. кутырев1
филогЕния и иСториКо-гЕогрАфичЕСКий АнАлиз штАммов YERSINIA PESTIS
из вьетнама
'ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб», Саратов, Российская Федерация;
2Российско-Вьетнамский Тропический научно-исследовательский и технологический центр, Ханой, Вьетнам; 3Российско-Вьетнамский Тропический научно-исследовательский и технологический центр (Южное отделение), Хо Ши Мин, Вьетнам
цель работы - выявление молекулярно-генетических особенностей, полногеномное секвенирование и филогенетический анализ штаммов Yersinia pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962-1989 гг. материалы и методы. Проведено изучение свойств 50 штаммов Y pestis, полногеномное секвенирование 18 и фрагментное секвенирование 32 штаммов из Вьетнама. Филогенетический анализ выполнен по данным полногеномного SNP-анализа на основе 1391 выявленного SNP. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0. Построение филогенетического дерева проводили с использованием алгоритма Maximum Likelihood. результаты и обсуждение. Определено наличие нескольких филогенетических ветвей и популяций Y pestis, соответствующих географическому и историческому распространению штаммов. Основная часть штаммов из Вьетнама относится к ветви, обозначенной нами 1.ORI2v. Два штамма составляют отдельную ветвь вместе со штаммом из Индии линии 1.ORI2, еще один штамм 55-801 Saigon располагается обособленно среди штаммов линии 1.ORI1. На основании полученных данных и литературных источников можно предположить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз: в город Нячанг в 1898 г. морским путем, в северные провинции страны - в 1908 г. Вторая волна распространения штаммов Y pestis по территории Вьетнама началась с 60-х годов XX в. с появлением штаммов из природного очага чумы в провинции Юньнань в Китае.
Ключевые слова: чума, популяционная структура, филогения, восточный биовар, Вьетнам.
Корреспондирующий автор: Никифоров Константин Алексеевич, e-mail: rusrapi@microbe.ru.
Для цитирования: Никифоров К.А., Куклева Л.М., Альхова Ж.В., Оглодин Е.Г., Макашова М.А., Нарышкина Е.А., Гусева Н.П., Ерошенко ГА., Dang Hong Chien, Lyong Thi Mo, Vo Viet Kyong, Кутырев В.В. Филогения и историко-географический анализ штаммов Yersinia pestis из Вьетнама. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; 2:98-107. DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-98-107
Поступила 29.01.20. Принята к публ. 27.02.20.
K.A. Nikiforov1, L.M. Kukleva1, Zh.V. Al'khova1, E.G. Oglodin1, M.A. Makashova1, E.A. Naryshkina1, N.P. Guseva1, G.A. Eroshenko1, Dang Hong Chien2, Lyong Thi Mo3, Vo Viet Kyong2, V.V. Kutyrev1
Phylogeny and Historical-Geographical Analysis of Yersinia pestis Strains from Vietnam
'Russian Research Anti-Plague Institute "Microbe", Saratov, Russian Federation; 2Russian-Vietnamese Tropical Research and Technology Center, Hanoi, Vietnam; 3Russian-Vietnamese Tropical Research and Technology Center (Southern Branch), Ho Chi Minh, Vietnam
Abstract. Objective of the work was to identify molecular-genetic peculiarities, to conduct whole genome sequencing and phylogenetic analysis of Yersinia pestis strains isolated in Vietnam between 1962 and 1989. Materials and methods. We have studied the properties of 50 Y. pestis strains, carried out whole genome sequencing of 18 and fragment sequencing of 32 strains from Vietnam. Phylogenetic analysis was performed on the basis of whole genome SNP-analysis by 1391 identified SNPs. Whole genome SNP-analysis and search for marker SNPs were conducted applying Wombac 2.0 software package. Phylogenetic diagram construction was done using Maximum Likelihood algorithm. Results and discussion. Several phylogenetic branches and Y. pestis populations coinciding with geographical and historical dissemination of the strains have been distinguished. The major part of the strains from Vietnam falls under the branch designated by us as 1.ORI2v. Two strains form a separate branch together with the strain from India belonging to 1.ORI2 line, one more strain, 55-801 Saigon, is set among the strains of 1.ORI1 line. Based on the data obtained and evidence from the literature sources it can be assumed that introduction of plague into Vietnam occurred through several waves: Nha Trang city in 1898, by sea; north provinces of the country - 1908. The second wave of Y. pestis dissemination across the territory of Vietnam began in 1960s with the emergence of the strains from the natural plague focus in Yunnan province, China.
Key words: plague, population structure, phylogeny, oriental biovar, Vietnam.
Conflict of interest: The authors declare no conflict of interest.
Corresponding author: Konstantin A. Nikiforov, e-mail: rusrapi@microbe.ru.
Citation: Nikiforov K.A., Kukleva L.M., Al'khova Zh.V., Oglodin E.G., Makashova M.A., Naryshkina E.A., Guseva N.P., Eroshenko G.A., Dang Hong Chien, Lyong Thi Mo, Vo Viet Kyong, Kutyrev V.V. Phylogeny and Historical-Geographical Analysis of Yersinia pestis Strains from Vietnam. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii[Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2020; 2:98-107. (In Russian). DOI: 10.21055/0370-1069-2020-2-98-107
Received 29.01.20. Accepted 27.02.20.
Бактерия Yersinia pestis - возбудитель особо Штаммы основного подвида возбудителя Y pestis опасной инфекционной зоонозной болезни - чумы. subspecies pestis делят на три биовара - античный,
средневековый и восточный. Эти штаммы высоко вирулентны и имеют высокую эпидемическую значимость. Последняя, третья, пандемия чумы началась в провинции Юньнань в Китае в 1855 г. и была вызвана восточным биоваром (генетическое обозначение 1.0М) Y. pestis. В дальнейшем пандемия распространилась на территории нескольких континентов с возникновением трех ветвей эволюции восточного биовара: 1.0М1, 1.0Ы2 и 1.0М3 [1, 2]. Штаммы 1.0М1 укоренились в США. Штаммы 1.0М2 получили распространение в Европе, Южной Америке, Африке и Юго-Восточной Азии. Третья линия - 1.0М3, закрепилась на о. Мадагаскар [3]. В настоящее время штаммы восточного биовара циркулируют преимущественно на мадагаскаре, в северной Америке и Юго-Восточной Азии. В частности, вспышка легочной чумы на о. мадагаскар в 2017 г., где зарегистрировано около 2417 случаев, 209 смертей (летальность 8,6 %), вызвана штаммами восточного биовара (https://www.afro.who.int/health-Шр^/р^ие/р^ие-оШЬгеак^йиайоп-героГз).
Впервые во Вьетнам чума проникла, по-видимому, морским путем с синантропными крысами с территории Китая. Первоначально болезнь поразила прибрежный г. Нячанг в 1898 г., а затем начала захватывать прибрежные территории и распространилась вглубь страны [4, 5]. К 1943 г. чума достигла плато тай Нгуен в центре Вьетнама [6], а затем поразила крупные города, в частности Хошимин, Далат, Камрань и Фантхьет. Вспышки чумы во Вьетнаме регистрировали с некоторыми перерывами с 1898 по 2002 год [4]. Сформировавшиеся очаги были антропогенными, действовали в населенных пунктах. территории, используемые для сельского хозяйства рядом с населенными пунктами, стали местом, где был возможен перенос возбудителя блохами из популяции синантропных крыс диким млекопитающим [7]. Основная часть случаев заражения чумой произошла в южном Вьетнаме. В северных провинциях заболеваемость чумой отмечали лишь с 1908 по 1922 год, с изначальным обнаружением чумы в г. Ханой в 1908 г. [8]. К особенностям чумы во Вьетнаме следует отнести то, что болезнь проявлялась в виде кратковременных вспышек и спорадических случаев, подавляющее большинство которых относилось к бубонной форме чумы. Последние случаи зарегистрированы во Вьетнаме в 1997-2002 гг. За это время произошло 472 случая заражения человека чумой. После 2003 г. заражений чумой не зарегистрировано.
Сведения о штаммах Т pestis, выделенных во Вьетнаме, ограничены. Известно, что они относятся к восточному биовару, филогенетической ветви 1.0М. отличительным признаком восточного биовара является наличие делеции размером 93 п.н. в гене glpD, вследствие чего штаммы не способны ферментировать глицерин [9]. Однако в литературе встречается информация о выделении на территории Вьетнама штаммов, ферментирующих глицерин [4, 10].
Молекулярно-генетические особенности штаммов Y. pestis из Вьетнама остаются недостаточно исследованными. Показано, что они имеют типичный набор плазмид, но у некоторых изолятов обнаружены дополнительные криптические плазмиды [11, 12]. A. Guiyole et al. в 1994 г. установили существование двух разных риботипов у штаммов из Вьетнама [13]. И.Ю. Сучков и соавт. в 2003 г. методом мультилокус-ного анализа вариабельности числа тандемных повторов выявили среди них 16 MLVA генотипов [14].
Ранее нами показано, что штаммы Y pestis, полученные на территории Вьетнама, относятся к отдельному кластеру, входящему в филогенетическую ветвь 1.ORI2. Этот кластер мы обозначили как 1.ORI2v [15]. Штаммы, образующие этот кластер, выделены в разных частях страны: на восточном побережье (города Камрань и Нячанг), в расположенной рядом с ним провинции Донгнай, в г. Хошимин и провинции Лонган, а также на плато Тай Нгуен. Установлено, что эти штаммы родственны штаммам 1.ORI2 из китайской провинции Юньнань, что согласуется с литературными сведениями о заносе чумы во Вьетнам морским путем из этой провинции Китая [3]. Один штамм - Y pestis КМ761, выделенный в провинции Донгнай в 1971 г., вошел в другой кластер линии 1.ORI2 вместе со штаммом
Y pestis India 195 (Индия, 1898 г.), что предполагает занос штамма КМ761 во Вьетнам морским путем из Индии. Кластер, образованный двумя штаммами
Y pestis КМ761 и India 195, мы условно обозначили как 1.ORI2vi (в связи с обособленным расположением кластера на дендрограмме).
Для этих двух кластеров 1.ORI2v и 1.ORI2vi найдены маркерные SNPs (в позиции 260529 и 1192040 - для ветви 1.ORI2vi, в позиции 2133712 -для ветви 1.ORI2v) и рассчитаны праймеры для выявления этих SNPs методом ПЦР с последующим секвенированием полученных ПЦР-фрагментов [15]. с их помощью показано, что большинство штаммов, выделенных на территории Вьетнама за период 1964-1988 гг., принадлежали к филогенетическому кластеру 1.ORI2v.
Следует отметить, что полногеномные последовательности штаммов Y pestis из Вьетнама до сих пор не представлены в международных базах данных, что значительно усложняет филогеографиче-ский анализ этой группы штаммов.
Цель этой работы - полногеномное секвениро-вание и филогенетический анализ штаммов Y pestis, выделенных во Вьетнаме в период 1962-1989 гг.
Материалы и методы
Штаммы, изучениекультурально-морфологи-ческих и биохимических свойств. Все использованные в работе штаммы Y pestis получены из Государственной коллекции патогенных бактерий РосНИПЧИ «Микроб». Культивирование штаммов, изучение культурально-морфологических и биохи-
мических свойств штаммов, а также признаков, ассоциируемых с вирулентностью возбудителя чумы (пигментсорбция, зависимость от ионов Ca2+ при 37 °С), проводили в соответствии с методами лабораторной диагностики возбудителя чумы [16]. Плазмидный состав определяли по методу C. Kado, S. Liu [17].
Полногеномное секвенирование, поиск SNPs, филогенетический анализ, построение дендро-грамм. Полногеномное секвенирование штаммов Y pestis проводили в системе Ion PGM (Life technologies). Обработку данных секвенирования и сборку генома de novo выполняли с использованием программ Ion Torrent Suite software 4.2 и Newbler gsAssembler 2.6. Последовательности ридов собирали в геномы, покрытие которых по геному референсного штамма СО92 (номер доступа в GenBank NC_003143.1) составило не менее 95 % с 48-кратным прочтением.
Филогенетический анализ и построение ден-дрограммы осуществляли на основе обнаружения коровых SNPs в полногеномных последовательностях штаммов Y pestis. Полногеномный SNP-анализ и поиск маркерных SNPs выполняли с помощью программы Wombac 2.0 на базе операционной системы BioLinux 8.0. Построение филогенетического дерева с использованием алгоритма Maximum Likelihood проводили в программе PhyML 3.1. Визуализацию результатов построения выполняли в программе FigTree 1.4.3.
Поиск ДНК-мишеней, конструирование прай-меров, проведение ПЦР. Поиск ДНК-мишеней -SNPs, маркерных для отдельных кластеров штаммов, проводили, анализируя коровые SNPs с применением программы Mega 6.0 (http://www.megasoftware. net/). Оценку специфичности найденных SNPs осуществляли с использованием алгоритма BLAST по базе данных полногеномных последовательностей штаммов Y. pestis из базы данных NCBI GenBank. Расчет праймеров выполняли помощью программы Vector NTI 10 (http://www.thermofisher.com).
Проведение фрагментного секвенирования. Ампликоны, полученные в ПЦР на матрице ДНК исследуемых штаммов Y pestis, секвенировали на генетическом анализаторе Applied Biosystems 3500xL (Thermo Fisher Scientific Inc., США). Анализ последовательностей выполняли при помощи программы MEGA 6.0 и алгоритма BLAST на основе нуклео-тидных последовательностей из базы данных NCBI GenBank.
Результаты и обсуждение
Культурально-морфологические и биохимические свойства штаммов. в работе использовано 50 штаммов Y pestis, выделенных на территории Вьетнама в период с 1962 по 1989 год. При исследовании их биохимических свойств установлено, что они не ферментируют рамнозу и глицерин, но способны к редукции нитратов и ферментации арабинозы и
по этим признакам относятся к восточному биовару основного подвида Y pestis. Все изученные штаммы из Вьетнама характеризуются зависимостью роста от ионов кальция при 37 °С и способностью синтезировать пестицин (кроме штамма 78054). Также все штаммы формировали пигментированные колонии на среде с гемином. Эти данные свидетельствуют в пользу вирулентности исследованных штаммов. Исключение составили Y pestis Р-13229 и Y pestis 78054, которые, вероятно, утратили признаки каль-цийзависимости и пестициногенности в процессе хранения.
У всех взятых в исследование штаммов из Вьетнама методом ПЦР обнаружено наличие маркерной делеции в 93 п.н. в гене glpD глицерол-3-фосфатдегидрогеназы, что подтверждает их принадлежность к восточному биовару. плазмидный состав большинства штаммов оказался типичным. Они содержали три резидентные плазмиды - pFra, pCad и pPst. Исключение составил штамм Y pestis КМ761, не имеющий плазмиды pFra, а также штаммы Р-13229 и 78054, у которых не было плазмиды pCad. У штамма 78054 также не имелось плазмиды pPst. отсутствие плазмид у этих штаммов соотносилось с отсутствием у них фенотипических признаков, кодируемых этими репликонами.
Популяционная структура штаммов Y. pestis из Вьетнама. Для анализа популяционной структуры и филогенетических связей штаммов Y. pestis, выделенных на территории Вьетнама, использованы полногеномные последовательности 18 штаммов, секвенированных в РосНИПЧИ «Микроб», и 22 генома штаммов Y. pestis разных филогенетических линий из международной базы данных NCBI GenBank.
В результате проведения полногеномного SNP-анализа найден 1391 коровый полиморфный нуклео-тид, с использованием которого проведено построение дендрограммы Maximum Likelihood (рис. 1). На этой дендрограмме штаммы, выделенные на территории Вьетнама в разные годы, вошли в разные ветви эволюции восточного биовара. Большинство штаммов, выделенных во Вьетнаме, вошли в ветвь 1.ORI2v, представленную штаммами из различных провинций Вьетнама, что согласуется с ранее полученными нами данными [15]. Два штамма расположились на дендрограмме за пределами этой ветви. один из них - Y. pestis км761 (провинция Донгнай, 1971 г.), составил отдельный кластер 1.ORI2vi вместе со штаммом India 195 (Индия, 1898 г.). Еще один штамм - Y. pestis 55-801 Saigon, выделенный на территории г. Хошимин в 1955 г., составил на дендро-грамме восточного биовара отдельную ветвь 1.ORI1. Мы обозначили эту ветвь как 1.ORI1v. Ранее для ветвей 1.ORI2v и 1.ORI2vi нами найдены маркерные SNPs (мишени 1.ORI2v и 1.ORI2vi/1, 1.ORI2vi/2) [15] (табл. 1). В данной работе они использованы для исследования еще 19 штаммов из разных районов Вьетнама методом фрагментного секвенирования
Рис. 1. Филогенетический анализ штаммов Yersiniapestis, выделенных на территории Вьетнама в 1962-1989 гг., по данным анализа 1391 корового SNPs в полногеномных последовательностях 40 штаммов разных филогенетических ветвей: A - дендрограмма Maximum Likelihood, программа PhyML 3.1, модель HKY85. B - фрагмент дендрограммы с кластером 1.ORI2v
Fig. 1. Phylogenetic analysis of Yersinia pestis strains isolated in the territory of Vietnam between 1962 and 1989, based on the data from investigation of 1392 core SNPs in whole genome sequences of 40 strains of different phylogenetic branches: A - Maximum Likelihood Dendrogram, PhyML 3.1 software, model HKY85. B - fragment of the Dendrogram depicting 1.ORI2v cluster
ампликонов, полученных на матрице ДНК изучаемых штаммов (табл. 2).
В результате установлено, что штамм КМ762, выделенный в 1981 г. в провинции Донгнай, обладает SNPs 1.ORI2vi/1 и 1.ORI2vi/2 (G^A в позиции 260529 гена YPO0258 и G^A в позиции 1192040 гена YPO1051 по геному референсного штамма СО92), характерными для ветви 1.ORI2vi. Эта ветвь образована штаммами Y. pestis КМ761 и India 195 и не имеет SNP, специфичного для ветви 1.ORI2v (G^A в позиции 2133712 rerf YPO1896). Оставшиеся 18 штаммов, изученные методом фрагментного секве-нирования, содержат SNP, специфичный для ветви 1.ORI2v, и принадлежат к этой ветви.
Как показано на дендрограмме, вьетнамские штаммы ветви 1.ORI2v в свою очередь разделились с формированием двух субветвей, представленных группами штаммов (1.ORI2v1, 1.ORI2v2,3,4) и нескольких субветвей (1.0RI2v5-10), образованных единичными штаммами. Нами проведен поиск SNPs, специфичных для субветвей штаммов, принадлежащих к ветви 1.ORI2v, для выяснения пространственно-временных закономерностей распространения штаммов Y. pestis на территории Вьетнама. Установлено, что ветвь 1.ORI2v1, образованная штаммами Р-13226, Р-13272 и Р-13242, обладает специфической заменой нуклеотида G^A в позиции 2896910 в гене YPO2577 (табл. 1). На этот локус рассчитаны праймеры (табл. 2) и для 31 штам-
ма получены ампликоны, которые в дальнейшем сек-венировали. В результате установлено наличие этой нуклеотидной замены у штаммов Р-13227, Р-13228 и Р-13234. Все три штамма, как и штамм Р-13226, выделены в г. Камрань в 1985-1986 гг. Таким образом, эта ветвь представлена преимущественно штаммами, выделенными на территории портовых городов Камрань и Нячанг в 1985-1987 гг. Оба города расположены на восточном побережье Вьетнама на расстоянии 45 км друг от друга. Исключение составил штамм Р-13272, выделенный на территории плато Тай Нгуен в 1986 г., который был, по-видимому, занесен на эту территорию.
Следующая ветвь, представленная группой из семи штаммов, получила обозначение 1.0Ы2у2,3,4 и состоит из трех кластеров. Для штаммов этой ветви установлено наличие характерной мутации -замены G^A в позиции 2592628 в гене YPO2305. Методом фрагментного секвенирования выявлено наличие этой мутации в геномах девяти штаммов Y. pestis 190, 190В, 215, 79052, С.373, С.562, КМ715, КМ753, Р-14713 (табл. 3). Все эти штаммы выделены в 1981-1982 гг. в г. Хошимин и провинции Донгнай. Это говорит о том, что в то время на этой территории существовала популяция штаммов 1.0Ы2у2,3,4, которая в дальнейшем иррадиировала на территорию г. Нячанг и плато Тай Нгуен, образовав кластеры 1.0Ы2у2, 1.0Ы2у3 и 1.0Ы2у4. Кроме того, в субветвь 1.0Ы2у2,3,4 входит штамм 78054,
Таблица 1 / Table 1
Перечень SNPs, специфичных для ветвей штаммов Y. pestis, выделенных на территории Вьетнама List of SNPs specific for the branches of Y. pestis strains isolated in the territory of Vietnam
Позиция от начала генома* Position from the head of the genome* Мутация Mutation Ген Gene Функция гена Function of the gene Ветвь Y. pestis, у которой присутствует мутация Y pestis branch that has mutation
2133712 G^A YPO1896 Pseudogene 1.ORI2v
260529 G^A YPO0258 Type-III secretion protein 1.ORI2vi
1192040 G^A YPO1051 Zinc metallopeptidase RseP 1.ORI2vi
2896910 G^A YPO2577 Aldehyde dehydrogenase 1.ORI2v1
1723761 C^T YPO1516 Hypothetical protein 1.ORI2v2
3296601 TWG YPO2949 Hypothetical protein 1.ORI2v2
1707224 G^A YPO1503-YPO1504** - 1.ORI2v3
3974099 C^T YPO3559-sspB** - 1.ORI2v4
3087850 C^T mnmC 5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase 1.ORI2v5
3875199 G^A YPO3469 Sugar ABC transporter ATP-binding protein 1.ORI2v5
1865245 T^G YPO1639 Hypothetical protein 1.ORI2v6
2839029 C^T menF Menaquinone-specific isochorismate synthase 1.ORI2v6
2128697 G^T YPO1890 GntR family transcriptional regulator 1.ORI2v3, 1.ORI2v4
3409393 C^A YPO3050 Hypothetical protein 1.ORI2v3, 1.ORI2v4
2592628 G^A YPO2305 Hypothetical protein 1.ORI2v2, 1.ORI2v3, 1.ORI2v4
623437 T^C uxaC Glucuronate isomerase 1.ORI2v7
2956447 C^T glnS Glutaminyl-tRNA synthetase 1.ORI2v7
3968300 C^T gltB Glutamate synthase subunit alpha 1.ORI2v7
2418621 C^T YPO2149 Hypothetical protein 1.ORI2v8
3074669 C^T fadL Long-chain fatty acid outer membrane transporter 1.ORI2v8
129253 G^C glpR DNA-binding transcriptional repressor GlpR 1.ORI2v9
441176 A^G YPO0421 Multi-drug efflux protein 1.ORI2v9
83657 A^G cpxR DNA-binding transcriptional regulator CpxR 1.0RI2V10
883030 C^T cheD Methyl-accepting chemotaxis protein 1.0RI2V10
4189423 A^G nudC NADH pyrophosphatase 1.0RI2V10
*Указана позиция по геному референсного штамма Y. pestis CO92 (номер доступа в NCBI Genbank № NC_003143.1). **Указано межгенное пространство.
*Position is given based on the genome of the reference Y pestis strain CO92 (access No to NCBI GenBank NC_003143.1).
**Intergenic space is indicated.
выделенный на территории г. Фантхьет в 1978 г. Этот город располагается по направлению предполагаемого пути распространения штаммов ветви 1.ORI2v2,3,4 из провинции Лонган через г. Хошимин в Нячанг (рис. 2).
Первый кластер 1.ORI2v2 образован штаммами КМ751 и 154, выделенными в провинциях Лонган и Донгнай в 1978 и 1981 гг. соответственно. Он имеет шесть специфических маркерных SNPs, два из которых (C^T в позиции 1723761 в гене YPO1516 и T^G в позиции 3296601 в гене YPO2949) выбраны нами для расчета праймеров (табл. 1, 2). В ПЦР с использованием этих праймеров получены ампли-коны на матрице ДНК 31 штамма из Вьетнама. В результате секвенирования образованных ампликонов установлено, что ни один из 31 штамма не имел в своем геноме этих специфических замен нуклеоти-дов. Таким образом, этот кластер представлен только двумя штаммами - КМ751 и 154, выделенными на территории провинций, граничащих с крупным г. Хошимин (Лонган с юго-запада, Донг Най с востока). Возможно, штаммы этой группы распространи-
лись с территории провинции Лонган на территорию провинции донгнай.
для поиска принадлежности штаммов к субветви 1.0Ы2у3,4 ветви 1.0М2у2,3,4 найдены две специфические нуклеотидные замены, расположенные в позиции 2128697 гена ТР01890 и в позиции 3409393 гена ТР03050. В результате проведенного анализа установлено наличие первой замены в геноме штаммов КМ753 (г. Хошимин, 1979 г.) и Р-14713 (г. Нячанг, 1988 г.), а второй замены - у штаммов КМ753, Р-14713 и 79052 (г. Хошимин, 1979 г.). Таким образом, субветвь 1.0Ы2у3,4 берет свое начало из г. Хошимин, откуда она в дальнейшем иррадиирова-ла в г. Нячанг (рис. 2).
Кластер 1.0Ы2у3 образован штаммами Р-13229 и Р-14714, выделенными в 1985 и 1989 гг. в г. Нячанг. эта ветвь обладает одной специфической заменой нуклеотида G^■A в позиции 1707224 в межгенном пространстве ТР01503-ТР01504. Однако среди 31 изученного штамма ни один не обладал таким характерным SNP. В итоге этот кластер представлен только двумя штаммами, выделенными в разных провин-
Таблица 2 / Table 2
Последовательности праймеров, использованных в работе Sequences of primers utilized for the study
Название мишени Target name Филогенетическая ветвь, у которой присутствует маркерный SNP Phylogenetic branch that has marker SNP Последовательность праймеров Primer sequence
1.ORI2v 1.ORI2v 1.ORI2v-S - CCATCGGGTTGTGGCAAA 1.ORI2v-AS - AACACCATCGCCACACCA
1.ORI2vi/1 1.ORI2vi 1.ORI2vi/1-S - GGATTAATGGTGCACAGC 1.ORI2vi/1-AS - GCCATACCAATAAAGGGA
1.ORI2vi/2 1.ORI2vi 1.ORI2vi/2-S - TACTCTGGAGCCTGGCTGCGTT 1.ORI2vi/2-AS - ACACGGACACCACAGCGC
1.ORI2v1 1.ORI2v1 1.ORI2v1-S - GTTGCGGCAACAGTGTCA 1.ORI2v1-AS - TTGTTGTGCCGCCGTGAT
1.ORI2v2/1 1.ORI2v2 1.ORI2v2/1-S - TCTCTTCGGCAAAACGGG 1.ORI2v2/1-AS - ATATGCGGCTGATTGGTCAC
1.ORI2v2/2 1.ORI2v2 1.ORI2v2/2-S - CCAACAGCGTCAAGCGGT 1.ORI2v2/2-AS - TCTCGCACCTCTATAAGCCG
1.ORI2v3 1.ORI2v3 1.ORI2v3-S - TTTGAAGGAACGCGGTGC 1.ORI2v3-AS - TGCCTGCCTATCTGTTACGG
1.ORI2v4 1.ORI2v4 1.ORI2v4-S - CCGCCCTGAAGAGATAGAGC 1.ORI2v4-AS - GCGTTGAGCAGGATGATGACA
1.ORI2v5/1 1.ORI2v5 1.ORI2v5/1-S - CAGAATCTCGGCCACCAAT 1.ORI2v5/1-AS - CTGCAACACTGGCTCAATATCA
1.ORI2v5/2 1.ORI2v5 1.ORI2v5/2-S - CGCCCTCTTGTACCACCG 1.ORI2v5/2-AS - ATCGTGGTCCTGCGTGAAG
1.ORI2v6/1 1.ORI2v6 1.ORI2v6/1-S - TGTGTTGGCAGTTGGGCG 1.ORI2v6/1-AS - TCAGGCAGCAGAACGCGAGT
1.ORI2v6/2 1.ORI2v6 1.ORI2v6/2-S - TCTGTTAGTTGCCCGAATACCA 1.ORI2v6/2-AS - GCTCAGACTCACTTTCCTCAAT
1.ORI2v3,4/1 1.ORI2v3, 1.ORI2v4 1.ORI2v34/1-S - AGTCGCGATCACAGCCAA 1.ORI2v34/1-AS - CAGCATCAGTAAGACGGGTTCA
1.ORI2v3,4/2 1.ORI2v3, 1.ORI2v4 1.ORI2v34/2-S - CAGGAAGAGTGGTTAATGCCG 1.ORI2v34/2-AS - CGAGCGACATCACAAAATAGGA
1.ORI2v2,3,4 1.ORI2v2, 1.ORI2v3, 1.ORI2v4 1.ORI2v2,3,4-S - GGTTTCTTCCGTAGCCAA 1.ORI2v2,3,4-AS - TCCGGGCTTTGTACGAGA
1.ORI2v7/1 1.ORI2v7 1.ORI2v7/1-S - TCTGCGCCACCACAAAGC 1.ORI2v7/1-As - ACTTTACAACCGTGGGCG
1.ORI2v7/2 1.ORI2v7 1.ORI2v7/2-S - TATGCGGTTATGTTTGTTGCG 1.ORI2v7/2-As - AGATTTTGCATGGCCGAT
1.ORI2v7/3 1.ORI2v7 1.ORI2v7/3-S - CAAACTGATTACCTGTGCCTCG 1.ORI2v7/3-As - ATACGGGTGGCGGCTTTT
1.ORI2v8/1 1.ORI2v8 1.ORI2v8/1-S - TGGAATAGCCTCACGACG 1.ORI2v8/1-As - CGGGTGATGTGCAATGGA
1.ORI2v8/2 1.ORI2v8 1.ORI2v8/2-S - AGCAATACCGACATCAACAGAG 1.ORI2v8/2-As - GTATTGCGTTAGGGACCACC
1.ORI2v9/1 1.ORI2v9 1.ORI2v9/1-S - CGCCTTTTCTTCCGACCA 1.ORI2v9/1-As - GCAAACCATTCGGCGTGA
1.ORI2v9/2 1.ORI2v9 1.ORI2v9/2-S - TGCGCAGGTGATGGTCCG 1.ORI2v9/2-As - ATAATCGCCTGTTCCGCCTGGG
1.0RI2V10/1 1.0RI2V10 1.0RI2V10/1-S - GCACCATCAGCACTAGCA 1.ORI2v10/1-As - TCTGGGGAAACGATTGACC
1.0RI2V10/2 1.0RI2V10 1.0RI2V10/2-S - CGCAATCATCCAACGGGT 1.ORI2v10/2-As - TCTTTGACGTGCCTATCCAG
1.0RI2V10/3 1.0RI2V10 1.0RI2V10/3-S - ATTCCGTCCGGCTGGCAT 1.ORI2v10/3-As - TGGTGAATGGCAAGGGCA
циях с крупными портовыми городами.
Штаммы Р-13273, Р-14716, выделенные в 1986 и 1988 гг. от людей на территории Тай Нгуен и г. Винь, образовали кластер 1.0М2у4. Для этого кластера выявлен один маркерный полиморфный нуклеотид, представляющий собой замену С^Т в межгенном пространстве YPO3559-sspB в позиции 3974099. Из 31 изученного штамма ни один не обладал таким характерным SNP. Очевидно, эта линия эволюции циркулировала на территории плато Тай Нгуен и была
занесена на территорию провинции Нгеан.
Остальные субветви, также входящие в ветвь 1.0Ы2у, представлены одиночными штаммами. Субветвь 1.0Ы2у5 образовал штамм С.453, выделенный в 1981 г. в г. хошимин. Для этой субветви найдены два локуса, содержащих специфические SNPs: замена С^Т в гене тптС в позиции 3087850 и замена G^■A в гене YPO3469 в позиции 3875199. Обнаружено наличие обеих специфических для субветви 1.0М2у5 замен нуклеотидов у штамма Т pestis
Таблица 3 / Table 3
Штаммы Y. pestis из Вьетнама, использованные в работе Y. pestis strains from Vietnam, used in the work
Штамм / Strains Очаг, регион выделения / Focus, area of isolation Год, источник выделения / Year, source
Р-14713 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1988 г., н/д / 1988, no data
190 10 р-н г. Хошимин / 10th district, Ho Chi Minh 1981 г., от R. rattus
КМ753 5 р-н г. Хошимин / 5th district, Ho Chi Minh 1979 г., от человека / human
79052 11 р-н г. Хошимин / 11th district, Ho Chi Minh 1979 г., от человека / human
C.373 Колхоз Кам Дуонг, провинция Донгнай / Collective farm Cam Duong, Dong Nai province 1982 г., от S. murinus
190В Колхоз Кам Дуонг II / Collective farm Cam Duong II 1982 г., от человека / human
215 Куби II, провинция Донгнай / Kubi II, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
Р-13227 Камрань, провинция Кханьхоа / Cam Ranh, Khanh Hoa province 1985 г, от человека / human
Р-13228 Камрань, провинция Кханьхоа / Cam Ranh, Khanh Hoa province 1987 г., от R. exulans
Р-13234 Камрань, провинция Кханьхоа / Cam Ranh, Khanh Hoa province 1986 г., от человека / human
296E Деревня Онг, провинция Донгнай / Ong village, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
RN-69 Провинция Донгнай / Dong Nai province 1981 г., от R. norvegicus
Р-14719 5 р-н г. Хошимин / 5th district, Ho Chi Minh 1988 г., от человека / human
Saigon 64-1198 Хошимин / Ho Chi Minh 1964 г., н/д / no data
Р-13223 Провинция Кханьхоа / Khanh Hoa province 1985 г., от R. exulans
Р-13270 Хошимин / Ho Chi Minh 1987 г., от блохи / flea
Р-14720 Хошимин / Ho Chi Minh 1989 г., от человека / human
Р-13250 Хошимин / Ho Chi Minh 1987 г., от человека / human
129 6 р-н г. Хошимин / 6th district, Ho Chi Minh 1981 г., от человека / human
1328 Saigon Хошимин / Ho Chi Minh 1968 г., н/д / no data
XC 84 Провинция Донгнай / Dong Nai province 1981 г., от блохи X. cheopis / flea
C.562 Куби II, провинция Донгнай / Kubi II, Dong Nai province 1981 г., от S. murinus
124 Dalat Далат, провинция Ламдонг / Dalat, Lamdong province 1967 г., н/д / no data
Nhatraung 64/307 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1964 г., н/д / no data
Nhatraung 64/300 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1964 г., н/д / no data
65/2 Nhatraung Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1965 г., н/д / no data
Nhatraung 65/63 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1965 г., н/д / no data
КМ 762 Деревня Онг, провинция Донгнай / Ong village, Dong Nai province 1981 г., от S. murinus
КМ 715 Куби II, провинция Донгнай / Kubi II, Dong Nai province 1981 г., от R. exulans
164A Деревня Онг, провинция Донгнай / Ong village, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
203 Р-н Тан Бинь, провинция Донгнай / Tan Binh area, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
371 Деревня Онг, провинция Донгнай / Ong village, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
140 Dalat Далат, провинция Ламдонг / Dalat, Lamdong province 1967 г., н/д / no data
78046 Далат, провинция Ламдонг / Dalat, Lamdong province 1977 г., от человека/ human
Saigon Nhatraung 62/3 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1962 г., н/д / no data
Saigon 64-1122 Хошимин / Ho Chi Minh 1964 г., н/д / no data
Р-14709 Хошимин / Ho Chi Minh 1988 г., от R. exulans
Р-13272 Плато Тай Нгуен / Plateau Thai Nguyen 1986 г., отM. musculus
Р-13226 Камрань, провинция Кханьхоа / Cam Ranh, Khanh Hoa province 1985 г., от человека / human
Р-13242 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1987 г., от человека / human
C.453 6 р-н г. Хошимин / 6th district, Ho Chi Minh 1981 г., от R. exulans
154 Деревня Онг, провинция Донгнай / Ong village, Dong Nai province 1981 г., от человека / human
КМ751 Провинция Лонган / Longan province 1978 г., от человека / human
78054 Провинция Биньтхуан / Binh Thuan province 1978 г., от человека / human
Р-13229 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1985 г., от R. exulans
Р-14714 Нячанг, провинция Кханьхоа / Nha Trang, Khanh Hoa province 1988 г., от R. rattus
Р-13273 Плато Тай Нгуен / Plateau Thai Nguyen 1986 г., от человека / human
Р-14716 Винь, провинция Нгеан / Vinh, Nghe An province 1988 г., от человека / human
55-801 Saigon Хошимин / Ho Chi Minh 1955 г., н/д / no data
КМ761 Провинция Донгнай / Dong Nai province 1981 г., от R. rattus
Примечание: н/д - нет данных об источнике выделения штаммов.
Note: no data - no available data on the source of isolation.
Рис. 2. Карта расположения и предполагаемого распространения штаммов Y. pestis различных генетических субветвей во Вьетнаме в 1962-1989 гг. Стрелками обозначено предполагаемое направление распространения штаммов субветви 1.ORI2v2,3,4
Fig. 2. The map of location and perceived dissemination of Y. pestis strains of various genetic sub-branches in Vietnam, 1962-1989. The arrows indicate the alleged direction of the spread of 1.ORI2v2,3,4 sub-branch strains
129 (г. Хошимин, 1981 г.) и штаммов, изолированных в провинции Донгнай - 164А (1981 г.), 203 (1981 г.), 296Е (1981 г.), 371 (1981 г.). Таким образом, этот кластер представлен пятью штаммами, выделенными на территории крупного г. хошимин и в расположенной восточнее провинции Донгнай (рис. 2).
Штамм 78046 образовал субветвь 1.0Ы2у6. Он выделен в 1977 г. в г. Далат. Для этой субветви найдены две специфические замены нуклеотидов: T^■G в гене ТР01639 в позиции 1865245 и замена С^Т в гене menF в позиции 2839029. Эти замены не обнаружены ни у одного из исследованных штаммов. Скорее всего, эта субветвь была распространена в провинции Ламдонг до 1981 г., а в дальнейшем ее сменили субветви 1.0Ы2у234 и 1.0Ы2у9.
Штамм Р-14709, выделенный от больного в 1988 г. в одном из районов г. хошимин, составил отдельную субветвь 1.0Ы2у7, для которой нами найдены 3 маркерные SNPs, расположенные в позициях 623437, 2956447 и 3968300 (гены ихаС, glnS и gltB) и являющиеся заменами Т^С, С^Т и С^Т соответственно. В результате проведенного анализа обнаружено наличие этих маркерных замен нуклеотидов у штаммов Р-13250, Р-13270, Р-14719 и Р-14720, выделенных в нескольких кварталах г. Хошимин в 19871989 гг. Таким образом, эти штаммы также вошли в субветвь 1.0М2у7, которая состоит из хронологически более молодых штаммов, чем штаммы субветвей 1.0М2у6 и 1.0Ы2у234, циркулировавшие на территории Хошимина ранее в 1977 г. и 1985-1887 гг. со-
ответственно.
Штамм Saigon 64-1122, выделенный в г. Хошимине в 1964 г., также образовал отдельную субветвь 1.ORI2v8, для которой обнаружены две маркерные мутации в позициях 2418621 и 3074669 (гены YPO2149 и fadL) - замены С^Т. В результате анализа ни у одного штамма не выявлено наличие этих маркерных мутаций в структуре генома, что, видимо, указывает на то, что эта субветвь не получила широкого распространения.
Отдельная субветвь 1.ORI2v9 включает штамм Y pestis 140 Dalat, выделенный в провинции Ламдонг. Для нее обнаружены два маркерных полиморфных локуса в позициях 129253 и 441176 (гены glpR и YPO0421) замены G^C и A^G соответственно. Нами установлено, что эти специфические маркеры есть у еще двух штаммов - Y pestis 124 Dalat и RN-69, выделенных на территории провинции ламдонг в 1981-1982 гг. Таким образом, эта субветвь представлена тремя штаммами из одной провинции.
Штамм Saigon Nhatraung 62/3, выделенный в 1962 г. в г. Нячанг, образовал на дендрограмме субветвь 1.0RI2v10, для которой выявлены три маркерных полиморфных локуса в позициях 83657, 883030 и 4189423 (в генах cpxR, cheD и nudC) - замены A^G, С^Т и C^G соответственно. В дальнейшем ни одна из этих трех маркерных мутаций не обнаружена у других штаммов и, по-видимому, штаммы этой субветви не получили широкого распространения на этой и других территориях Вьетнама.
таким образом, на основании проведенного анализа 50 штаммов Y pestis, выделенных во Вьетнаме в период с 1955 по 1989 год, для 18 из которых проведено полногеномное секвенирование, а 32 исследованы методом фрагментного секвенирования, определена их популяционная структура. Установлено, что штаммы, выделенные на территории Вьетнама, формируют несколько филогенетических ветвей: основная часть штаммов образует ветвь 1.ORI2v, два штамма вместе со штаммом из Индии в составе линии 1.ORI2 образуют отдельную ветвь 1.ORI2vi, еще один штамм - 55-801 Saigon - располагается обособленно в составе 1.ORI1.
Ветвь 1.ORI2v состоит из десяти субветвей 1.ÜRI2v1-10 (рис. 2), отличающихся местом и временем выделения образующих их штаммов. Штаммы из некоторых ветвей не получили широкого распространения и встречались в определенных географических регионах Вьетнама. так, на территории провинции Ламдонг с административным центром г. Далат установлена циркуляция двух субветвей - 1.ORI2v6 (1977 г.) и 1.ORI2v7 (1981-1982 гг.), представленных одним и пятью штаммами соответственно. Также обнаружена субветвь 1.ORI2v1, распространенная в г. Камрань в 1985-1987 гг. и состоящая из шести штаммов. В городе Нячанг выявлена циркуляция двух субветвей: более старой 1.ORI2v10 (один штамм, 1962 г.) и более молодой 1.ORI2v3 (два штамма, 1985-1989 гг.). В г. Хошимин выявлена циркуляция четырех субветвей в разные временные промежутки: 1.ORI2v5 (1981 г.) - 6 штаммов, 1.ORI2v7 (1988 г.) - 5, 1.ORI2v8 (1964 г.) - 1, 1.ORI2v2,3,4 (1981-1982 гг.) - 16.
Следует отметить филогенетическое родство субветвей 1.ORI2v2, 1.ORI2v3 и 1.ORI2v4. Ветвь 1.ORI2v2,3,4 берет свое начало в провинции Лонган (1978-1981 гг.) и столице провинции Биньтхуан г. Фантхьет (1978 г.), в дальнейшем получает распространение в г. Хошимин (1981-1982 гг.), после чего иррадиирует в столицу провинции Кханьхоа г. Нячанг (1985-1989 гг.), а затем - на плато Тай Нгуен (1986-1988 гг.), после чего заносится на территорию провинции Нгеан (1988 г.).
На основании полученных данных можно предположить, что проникновение чумы во Вьетнам происходило несколько раз путем передачи инфекции синантропными крысами, занесенными кораблями с территории Китая, и сухопутным путем из близлежащего очага чумы на территории провинции Юньнань. Кроме того, два вьетнамских штамма кластеризуются вместе с индийским, что говорит о заносе в 1981 г. с территории индии, скорее всего, морским путем.
Первоначально чума проникла в прибрежный город Нячанг в 1898 г. из Гонконга морским путем, а затем начала охватывать прибрежные территории вплоть до самой южной части страны. В северные провинции чума занесена в 1908 г., изначально поразив г. Ханой. Позже заболевание достигло не толь-
ко границы с Камбоджей, но и регистрировалось в центральной части Вьетнама. В результате к 1943 г. чума проникла на плато Тай Нгуен, а затем в крупные города - Хошимин, далат, Камрань и Фантхьет.
Следующая волна распространения штаммов началась с 60-х годов XX в. с появлением во Вьетнаме штаммов из природного очага чумы на территории провинции Юньнань. Об этом свидетельствуют данные по филогенетическому родству выделенных в 1962-1989 гг. штаммов, кластеризующихся со штаммами из провинции Юньнань в Китае в составе линии 1.0Ы2, образуя отдельную от китайских штаммов ветвь, состоящую из ряда субветвей.
Кластеризация штаммов, выделенных в разные временные промежутки, внутри ветви 1.0Ы2у по субветвям 1.0Ы2у1,2,3,4, по-видимому, связана с адаптацией к климатическим условиям южной части страны. В то же время вспышки в начале XX в. в северной части Вьетнама указывают на возможность распространения и адаптации возбудителя чумы в других климатических условиях.
Конфликт интересов. Авторы подтверждают отсутствие конфликта финансовых/нефинансовых интересов, связанных с написанием статьи.
Список литературы
1. Cavanaugh D.C., Dangerfield H.G., Hunter D.H., Joy R.J., Marshall Jr J.D., Quy D.V., Vivona S., Winter P.E. Some observations on the current plague outbreak in the Republic of Vietnam. Amer. J. Public. Health. 1968; 58(4):42-52. DOI: 10.2105/ajph.58.4.742.
2. Velimirovic B. Investigations on the epidemiology and control of plague in South Vietnam. Part I, II. Zentralbl. Bakteriol. Orig.
A. 1974; 228(4):482-532. PMID: 4155202.
3. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140-3. DOI: 10.1038/ng.705.
4. Касьян А.Ф., Дао СуанВинь, Бобров А.Г. Характеристика некоторых биологических свойств штаммов возбудителя чумы, циркулирующих во Вьетнаме. В кн.: Корзун Л.П., редактор. Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.: ГЕОС; 2003. С. 96-8.
5. Слудский А.А., Ли Тхи Ви Хыонг, Касьян А.Ф. Данг Туан Дат, Матросов А.Н., Дао Суан Винь, Майоров Н.В., Сунцов
B.В. Современная эпидемическая активность антропогенных очагов чумы на плато Тайнгуен. В кн.: Корзун Л.П., редактор. Экологические и эпизоотологические аспекты чумы во Вьетнаме. М.: ГЕОС; 2003. С. 10-2.
6. Pham H., Dang D., Minh N.N.T., Nguyen N.D., Nguyen T. V. Correlates of environmental factors and human plague: an ecological study in Vietnam. Intern. J. Epidemiol. 2009; 38(6):1634-41. DOI: 10.1093/ije/dyp244.
7. Сунцов /нцова Н.И., Матросов А.Н., Кузнецов А.А., Данг Туан Дат, Лыонг Тхи Мо, Слудский А.А., Куклев Е.В., Тарасов М.А., Касьян И.А., Майоров Н.В., Астахова Т.С. Антропоургические очаги чумы во Вьетнаме: прошлое и настоящее. Проблемы особо опасных инфекций. 2014; 4:29-35. DOI: 10.21055/0370-1069-2014-4-29-35.
8. Акиев А.К., Варшавский С.Н., Козакевич В.П. Природная очаговость чумы в Юго-Восточной Азии (Вьетнам). В кн.: Солдаткин И.С., редактор. Эпидемиология и профилактика чумы и холеры. Саратов; 1983. С. 43-52.
9. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M. Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansam B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184(4):1019-27. DOI: 10.1128/jb.184.4.1019-1027.2002.
10. Куклев Е.В., Куклева Л.М., До Тхунг. Характеристика штаммов чумного микроба, выделенных на плато ТайНгуйен (Вьетнам) в 1990 году. В сб. работ: Тропцентр-91. М.: ЮНИФИР;
1992. С. 253-5.
11. Филиппов A.A., Солодовников Н.С., Куклева Л.М., Проценко O.A. Изучение плазмидного состава штаммов возбудителя чумы из разных природных очагов. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1992; 69(3):10-3.
12. Шведун Г.П., Савостина Е.П., Можаров О.Т., Плотников О.П. Плазмидный спектр штаммов чумного микроба из Вьетнама. В кн.: Актуальные проблемы профилактики особо опасных и природно-очаговых инфекционных болезней. Саратов; 1994. С. 173.
13. Guiyoule A., Grimont F., Iteman I. Grimont P.A., Lefevre M., Carniel E. Plague pandemics investigated by ribotyping of Yersinia pestis strains. J. Clin. Microbiol. 1994; 32(3):634-41. PMID: 8195371. PMCID: PMC263099.
14. Сучков И.Ю., Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Арутюнов Ю.И., Шишияну М.В., Мишанькин Б.Н. VNTR-генотипы в коллекции природных штаммов Yersinia pestis из республики Вьетнам. В кн.: Современные технологии в диагностике особо опасных инфекционных болезней. Саратов; 2003. С. 177-80.
15. Куклева Л.М., Никифоров К.А., Альхова Ж.В., Романов Н.И., Носов Н.Ю., Фадеева А.В., Малахаева А.Н., Шарапова Н.А., Девдариани З.Л., Попов Ю.А., Ерошенко Г.А. Молекулярно-генетические и фенотипические особенности штаммов возбудителя чумы, выделенных во Вьетнаме. Проблемы особо опасных инфекций. 2017; 4:45-9. DOI: 10.21055/0370-1069-2017-4-45-49.
16. Онищенко Г.Г., Кутырев В.В., редакторы. Лабораторная диагностика особо опасных инфекционных болезней. Практическое руководство. М.: ЗАО «Шико»; 2013. 560 с.
17. Kado C., Liu S. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmids. J. Bacteriol. 1981; 145(3):365-73. PMID: 7009583. PMCID: PMC217141.
References
1. Cavanaugh D.C., Dangerfield H.G., Hunter D.H., Joy R.J., Marshall Jr J.D., Quy D.V., Vivona S., Winter P.E. Some observations on the current plague outbreak in the Republic of Vietnam. Amer. J. Public. Health. 1968; 58(4):42-52. DOI: 10.2105/ajph.58.4.742.
2. Velimirovic B. Investigations on the epidemiology and control of plague in South Vietnam. Part I, II. Zentralbl. Bakteriol. Orig. A. 1974; 228(4):482-532. PMID: 4155202.
3. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M., Feldkamp M., Kusecek B., Vogler A.J., Li Y., Cui Y., Thomson N.R., Jombart T., Leblois R., Lichtner P., Rahalison L., Petersen J.M., Balloux F., Keim P., Wirth T., Ravel J., Yang R., Carniel E., Achtman M. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42(12):1140—3. DOI: 10.1038/ng.705.
4. Kas'yan A.F., Dao Suan Vinn, Bobrov A.G. [Characteristics of certain biological properties of plague agent strains circulating in Vietnam]. In: Korzun L.P., editor. [Ecological and Epizootiological Aspects of Plague in Vietnam]. M: "GEOS"; 2003. P. 96-8.
5. Sludsky A.A., Li Thi Vi Khyong, Kas'yan A.F., Dang Tuan Dat, Matrosov A.N., Dao Suan Vinn, Mayorov N.V., Suntsov V.V. [Current epidemic activity of anthropogenic plague foci on the Plateau Thai Nguyen]. In: Korzun L.P., editor. [Ecological and Epizootiological Aspects of Plague in Vietnam]. M: 'GEOS"; 2003. P. 10-2.
6. Pham H., Dang D., Minh N.N.T., Nguyen N.D., Nguyen T. V. Correlates of environmental factors and human plague: an ecological study in Vietnam. Intern. J. Epidemiol. 2009; 38(6):1634-41. DOI: 10.1093/ije/dyp244.
7. Suntsov V. V., Suntsova N.I., Matrosov A.N., Kuznetsov A.A., Dang Tuan Dat, Lyong Thi Mo, Sludsky A.A., Kouklev E.V., Tarasov M.A., Kas'yan I.A., Mayorov N.V., Astakhova T.S. [Anthropourgic foci of plague in Vietnam: past and present]. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2014; (4):29-35. DOI: 10.21055/0370-1069-2014-4-29-35.
8. Akiev A.K., Varshavsky S.N., Kozakevich V.P. [Natural focality of plague in South-Eastern Asia (Vietnam)]. In: Soldatkin
I.S., editor. [Epidemiology and Prophylaxis of Plague and Cholera]. Saratov; 1983. P. 43-52.
9. Motin V.L., Georgescu A.M., Elliott J.M. Hu P., Worsham P.L., Ott L.L., Slezak T.R., Sokhansam B.A., Regala W.M., Brubaker R.R., Garcia E. Genetic variability of Yersinia pestis isolates as predicted by PCR-based IS100 genotyping and analysis of structural genes encoding glycerol-3-phosphate dehydrogenase (glpD). J. Bacteriol. 2002; 184(4):10f9-27. DOI: 10.1128/jb.184.4.1019-1027.2002.
10. Kouklev E.V., Kukleva L.M., Do Thuong [Characteristics of plague microbe strains isolated on the Plateau Thai Nguyen (Vietnam) in 1990]. In the Collection of Works: [Tropical Center-91]. M.: "UNIFIR"; 1992. P. 253-55.
11. Filippov A.A., Solodovnikov N.S., Kukleva L.M., Protsenko O.A. [Studies of plasmid composition of plague agent strains from different natural foci]. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 1992; 69(3):10-3.
12. Shvedun G.P., Savostina E.P., Mozharov O.T., Plotnikov O.P. [Plasmid specter of plague microbe strains from Vietnam]. In: [Relevant Issues of Prevention of Particularly Dangerous and Natural-Focal Infectious Diseases]. Saratov; 1994. P. 173.
13. Guiyoule A., Grimont F., Iteman I. Grimont P.A., Lefevre M., Carniel E. Plague pandemics investigated by ribotyping of Yersinia pestis strains. J. Clin. Microbiol. 1994; 32(3):634-41. PMID: 8195371. PMCID: PMC263099.
14. Suchkov I.Yu., Vodop'yanov A.S., Vodop'yanov S.O., Arutyunov Yu.I., Shishiyanu M.V., Mishan'kin B.N. VNTR-genotypes in the collection of natural Yersinia pestis strains from the Republic of Vietnam. In: [Modern Technologies in Diagnostics of Particularly Dangerous Infectious Diseases]. Saratov 2003. P. 17780.
15. Kukleva L.M., Nikiforov K.A., Al'khova Z.V., Romanov N.I., Nosov N.Y., Fadeeva A.V., Malakhaeva A.N., Sharapova N.A., Devdariani Z.L., Popov Y.A., Eroshenko G.A. Molecular-genetic and phenotypic peculiarities of plague agent strains isolated in Vietnam. Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]. 2017; 4:45-49. DOI: 10.21055/0370-10692017-4-45-49.
16. Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., editors. Laboratory Diagnostics of Particularly Dangerous Infectious Diseases. Practice Guidelines. M.: CJSC "Shiko" 2013: 560 p.
17. Kado C., Liu S. Rapid procedure for detection and isolation of large and small plasmids. J. Bacteriol. 1981; 145(3):365-73. PMID: 7009583. PMCID: PMC217141.
Authors:
Nikiforov K.A., Kukleva L.M., Al'khova Zh.V, Oglodin E.G., Makashova M.A., Naryshkina E.A., Guseva N.P., Eroshenko G.A., Kutyrev V.V. Russian Research Anti-Plague Institute "Microbe". 46, Universitetskaya St., Saratov, 410005, Russian Federation. E-mail: rusrapi@microbe.ru.
Dang Hong Chien, Vo Viet Kyong. Russian-Vietnamese Tropical Research and Technology Center. Hanoi, Vietnam.
Lyong Thi Mo. Russian-Vietnamese Tropical Research and Technology Center (Southern Branch). Ho Chi Minh, Vietnam.
об авторах:
Никифоров К.А., Куклева Л.М., Альхова Ж.В., Оглодин Е.Г., Макашова М.А., Нарышкина Е.А., Гусева Н.П., Ерошенко Г.А., Кутырев В.В. Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб». Российская Федерация, 410005, Саратов, ул. Университетская, 46. E-mail: rusrapi@microbe.ru.
Dang Hong Chien, Vo Viet Kyong. Российско-Вьетнамский Тропический научно-исследовательский и технологический центр. Вьетнам, Ханой, СРВ 63 Нгуен Ван Хуен, Кау Зяй.
Lyong Thi Mo. Российско-Вьетнамский Тропический научно-исследовательский и технологический центр (Южное отделение). Вьетнам, Хо Ши Мин, 3, ул. 3/2, район 10.
