CC BY
54
ЭКОЛОГИЯ ЖИВОТНЫХ
Экология животных / Ecology of animals Оригинальная статья / Original article УДК 598.2 - 578.4
DOI: 10.18470/1992-1098-2016-4-56-65
ЭКОЛОГИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ДИКИХ ПТИЦ - ЕСТЕСТВЕННОГО РЕЗЕРВУАРА ВИРУСА ГРИППА А НА ЮГЕ ЗАПАДНОЙ СИБИРИ
12Кирилл А. Шаршов*, 12Синьсинь Ли, 3Александр К. Юрлов,12Александр М. Шестопалов
1 Научно-исследовательский институт экспериментальной и клинической медицины, Новосибирск, Россия, [email protected] Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия 3Институт Систематики и экологии животных СО РАН,
Новосибирск, Россия
Резюме. Цель. Изучить экологическое разнообразие диких птиц на территории Сибири, являющихся переносчиками вируса гриппа А. Методы. Биологический материал в виде клоакальных смывов и фрагментов кишечника от диких мигрирующих птиц был собран в период 2007-2014 гг. Вирус был наработан в аллантоис-ной полости развивающихся куриных эмбрионов. Наличие вируса определяли в реакции гемагглютинации, а первичную идентификацию и субтипирование вируса гриппа подтверждали методом обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (ОТ-ПЦР). Результаты. Было собрано и исследовано 2300 проб, полученных от диких мигрирующих птиц 8 отрядов. Вирус гриппа выявлен у 185 птиц из трех отрядов. Основную роль в циркуляции ВГА на территории юга Западной Сибири играют представители семейства Утиных (Anatidae) отряда Гусеобразных (Anseriformes), а именно виды - чирок-свистунок (Anas crecca), чирок-трескунок (Anas querquedula), и широконоска (Anas clypeata). В период с 2007 г. по 2014 г. процент вирусоно-сительства у гусеобразных птиц варьировал от 5.6 до 20%. Для отряда ржанкообразных был характерен более низкий проценты выделения вируса, составляющий не более 1.4%. Заключение. Дикие мигрирующие птицы отрядов гусеобразные (Anseriformes) и Ржанкообразные (Charadriiformes) являются основным резервуаром вируса гриппа А на юге западной Сибири. Территория юга Западной Сибири играет ключевую роль в персистенции вирусов гриппа птиц, их эволюции и географическом распространении. Ключевые слова: вирус гриппа А, дикие птицы, водный и околоводный комплекс, экология, миграции, распространение, наблюдение.
Формат цитирования: Шаршов К.А., Синьсинь Ли, Юрлов А.К., Шестопалов А.М. Экологическое разнообразие диких птиц - естественного резервуара вируса гриппа А на юге Западной Сибири // Юг России: экология, развитие. 2016. Т.11, N4. C.56-65. DOI: 10.18470/1992-1098-2016-4-56-65
ECOLOGICAL DIVERSITY OF WILD BIRDS - NATURAL RESERVOIR OF INFLUENZA A VIRUSES IN THE SOUTH OF WESTERN SIBERIA
12Kirill A. Sharshov*, 12Xinxin Li, Alexander K. Yurlov, 12Alexander M. Shestopalov
Research Institute of Experimental and Clinical Medicine, Novosibirsk, Russia, [email protected] 2Novosibirsk state University, Novosibirsk, Russia 3Institute of systematic and ecology of animals SB RAS,
Novosibirsk, Russia
Abstract. The aim is to explore the ecological diversity of wild birds in Siberia, which are carriers of the Avian Influenza Virus (AIV). Methods. Biological material in the form of cloacal swabs and intestinal fragments from wild migratory birds were collected in the period 2007-2014 years. The virus has been gained in the allantoic cavity of developing chicken embryos. The presence of virus was determined in hemagglutination and primary identification and subtyping of influenza virus was confirmed by RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction). Results. It was collected and investigated 2300 samples obtained from wild migratory birds 8 Orders. The influenza virus was detected in 185 birds of the three groups. The main role in the circulation of the AIV in the south of Western Siberia, playing members of the family Anatidae Order Anseriformes, namely species - Teal (Anas crecca), garganey (Anas querquedula), and shoveler (Anas clypeata). In the period from 2007 to 2014, the percentage of virus infection in waterfowl ranged from 5.6 to 20%. Order Charadriiformes was characterized by a lower percentage of virus isolation, of not more than 1.4%. Conclusion. Wild migratory waterfowl orders Anseriformes and Charadriiformes are the main reservoir of AIV in the south of Western Siberia. The area south of Western Siberia plays a key role in the persistence of avian influenza viruses, their evolution and geographical distribution.
Keywords: Influenza A virus, wild birds, water and wetland complex, ecology, migration, distribution, surveillance.
For citation: Sharshov K.A., Xinxin Li, Yurlov A.K., Shestopalov A.M. Ecological diversity of wild birds - natural reservoir of influenza A viruses in the south of Western Siberia. South of Russia: ecology, development. 2016, vol. 11, no. 4, pp. 56-65. (In Russian) DOI: 10.18470/1992-1098-2016-4-56-65
Заболевание животных и человека, называемое гриппом, вызывают представители семейства ортомиксовирусов: вирусы гриппа родов А, В и С. Из них только вирус гриппа А (ВГА) имеет широкий круг хозяев, в основном водоплавающих птиц. Вирусы гриппа А также были выделены у свиней, лошадей, собак, различных видов грызунов, некоторых видов морских млекопитающих, кошек, норок, а также людей [1]. Разнообразие вирусов гриппа сохраняется в популяциях диких птиц, их природном резервуаре [2, 3]. Птицы отрядов гусеобразные и ржанко-образные играют основную роль в циркуляции вируса гриппа в природе. Важность этого факта определяется еще и тем, что все они являются дальними мигрантами, а некоторые виды способны преодолевать расстояния до нескольких тысяч километров и переносить вирус на большие расстояния [4].
Жизненный цикл птиц принадлежащих к этим отрядам тесно связан с водоемами на которых во время миграций может скапливаться огромное количество птиц из различных регионов. Это приводит к активному обмену вирусами гриппа, его реассортации, возникновению новых вариантов их дальнейшему распространению. Инфицирование гриппом птиц имеет сезонный характер, пик инфекции, как правило, приходится на позднюю осень [5]. Данный факт, вероятно, связан с тем что осенью в популяции птиц большое количество молодых особей, у ко-
торых еще нет иммунитета к различным вариантам вируса гриппа. Важным является прямое или косвенное взаимодействие диких водоплавающих птиц с домашней птицей. Как правило, это может приводить к передаче вирусов гриппа, и в случае патогенных вирусов вызывать вспышки заболевания у домашних птиц [6]. Сезонные миграции диких птиц способствуют распространению различных вариантов вируса гриппа А в отдаленные географические регионы и обеспечивают их долговременное присутствие во многих экосистемах, что определяет важность и необходимость эпи-зоотологического мониторинга вируса гриппа птиц в естественных условиях.
Вероятнее всего, вода является оптимальной средой для сохранения и передачи вирусов гриппа птиц в природе, что объясняет широкое распространение этого патогена среди водоплавающих птиц. Вирус способен сохранять инфекционность в пресной воде до 4 дней при 22 °С, более 30 дней при 0 °С и длительный период во льду или замершей почве [7]. Вероятно, инфицированные птицы выделяют вирус в окружающую среду с фекалиями. Вирионы попадают в холодную воду и почву, а затем сохраняются в течение всей зимы. Весной, после возвращения, птицы контактируют с растаявшей водой и почвой и вновь инфицируются [8].
На севере России располагаются главные места гнездования многих мигрирующих птиц отрядов гусеобразных и ржанко-образных. Особую важность представляет территория Западно-Сибирской равнины [912]. На юге Западной Сибири расположено огромное количество рек и озер, находящихся на путях миграции птиц и являющихся гнездовыми ареалами большого числа видов, экологически связанных с водоемами. Самое крупное из озер этого региона -озеро Чаны - известно как место наибольшего скопления птиц во время миграционных остановок [13]. Территорию юга Западной Сибири пересекают несколько крупных миграционных путей: центрально-азиатский, западно-азиатский-восточноафриканский и
восточноазиатский-австралийский перелетные пути, объединяя популяции птиц, зимующих в различных регионах мира - Европе, Африке, на Ближнем Востоке, в Средней Азии, Индии, Юго-Восточной Азии, Австралии, Океании. Это способствует широкому распространению различных вариантов вируса гриппа. В связи с этим мониторинг и изучение экологии вируса гриппа А у птиц на Юге Западной Сибири, является важной и интересной научной задачей позволяющей понять причины большого генетического разнообразия вируса гриппа типа А и исследовать распространение данного патогена на территории всей Евразии [1415].
МАТЕРИАЛ И МЕТ
В нашем исследовании мониторинга ВГА систематически проводился на юге Западной Сибири. Сбор клоакальных смывов производился у отстреленных или отловленных в сети диких птиц в периоды весенней и осенней миграций. Мазки брали сухими тампонами и помещали в пронумерованные пробирки со стерильной средой для транспортировки. Приготовленную среду фасовали по 1 мл в стерильные 2-миллилитровые пластиковые пробирки. Все манипуляции со средой (смешивание компонентов и фасование) проводили в стерильных условиях. Пробирки со средой хранили при +4°С или при комнатной температуре не более 2 дней; при необходимости более длительного хранения - при температуре -20°С. Собранный материал до анализа хранили в жидком азоте или в низкотемпературной морозильной камере при температуре не выше -70°С.
Выделение изолятов вируса гриппа А. Выделение изолятов ВГА из клоакальных смывов птиц проводился на развивающихся куриных эмбрионах (РКЭ) путем проведения трех последовательных пассажей согласно методике ВОЗ [16]. После каждого пассажа нужно тестировать на присутствие гемагглютинирующей активности в реакции гемагглютинации.
Реакции гемагглютинации. В 96-луночном микропланшете готовили последовательные двукратные разведения тестируемой а.ж. фосфатно-солевым буфером. Конечный объем разведенной а.ж. в каждой
лунке составлял 50 мкл. Затем в каждую лунку вносили по 50 мкл суспензии эритроцитов, смесь перемешивали пипетированием и инкубировали без перемешивания при +4°С в течение 30 мин. О наличие гемагглю-тинирующих агентов в образце а.ж. судили по равномерному оседанию осадка эритроцитов на дне лунки (по т.н. оседанию эритроцитов в виде "зонтика"). В этом случае РГА считали положительной. Последнюю лунку в ряду двоичных разведений а.ж., где РГА все еще была положительна, принимали за конечную точку титрования. Разведение а.ж., соответствующее конечной точке титрования, обозначали как "титр вируса в РГА" (выражается дробным числом, например: 1/2, 1/4, 1/8 и т.д.). Количество ВГА, содержащееся в лунке, соответствующей конечной точке титрования, принимали за 1 гемагглютинирующую единицу (ГАЕ). Для использования вируссодержащей а.ж. в реакции торможения гемагглютининации ее разводили таким образом, чтобы в 25 мкл жидкости содержалось 4 ГАЕ вируса.
ПЦР амплификация и сиквенс. Вирусная РНК была выделена из аллантоисной жидкости с помощью набора SV Total RNA Isolation System (Promega Corporation, USA). Для обратной транскрипции были использованы универсальные праймеры Uni12 и AMV-reverse Transcriptase (Fermentas, Lithuania). Для ПЦР были использованы праймеры, специфичные к каждому гену. Ампликоны выделяли с помощью набора QIA quick gel extraction kit (Qiagen, USA).
Выделение РНК, реакцию обратной транскрипции, амплификацию, очистку продуктов амплификации проводили в соответ-
ствии с протоколами производителя. Для субтипирования использовали праймеры, описанные ранее [17].
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Исследование биологического разнообразия ВГА у диких птиц на территории юга Западной Сибири было проведено в период 2007-2014 гг. Ежегодно в период весенней и осенней миграции диких птиц осуществлялись экспедиционные выезды с целью сбора биологического материала.
Всего было собрано 2300 образцов от диких птиц 8 отрядов: гусеобразные, ржан-кообразные, воробьинообразные, аистооб-разные, журавлеобразные, поганкообразные, пеликанообразные, хищные птицы.
Основное количество образцов было собрано от птиц трех отрядов - гусеобразные (Anseriformes), ржанкообразные (Charadriiformes) и воробьинообразные
(Passeriformes). Процент образцов от представителей отряда гусеобразные составил более 70 % от общего количества. Это связано с преимущественным сбором образцов у птиц водного и околоводного экологического комплекса, поскольку из литературы известна основная роль в циркуляции ВГА данного отряда. Наибольшее количество исследованных птиц относится к отряду гусеобразные и в основном представлено видами диких уток, такими как чирок-трескунок, чирок-свистунок, нырок красно-головый, кряква, серая утка и широконоска.
Видовая характеристика выборки отряда гусеобразные и количество исследованных образцов представлены в таблице 1.
Таблица1
Видовая характеристика и количество исследованных диких птиц юга Западной Сибири
Table 1
Characteristic of species and number of sampled wild birds in the south
of Western Siberia
Вид / Species 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 Итого Total
Чирок-трескунок / Garganey teal (Anas querquedula) 90 79 36 52 48 2 16 52 375
Чирок-свистунок / Common teal (Anas crecca) 89 74 29 34 41 25 27 34 353
Красноголовый нырок / Common pochard (Aythya ferina) 65 29 30 38 81 16 24 35 318
Кряква / Mallard (Anas platyrhynchos) 57 24 17 16 27 16 41 29 227
Серая утка / Gadwall (Anas strepera) 37 25 23 22 10 9 27 18 171
Широконоска / Northern shoveler (Anas clypeata) 33 30 6 8 16 8 16 42 159
Шилохвость / Pintail (Anas acuta) 3 15 0 4 2 2 3 8 37
Хохлатая чернеть / Tufted duck (Aythya fuligula) 2 3 1 0 4 2 3 4 19
Свиязь / European wigeon (Anas penelope) 5 0 0 4 0 0 0 0 9
Гоголь / Common goldeneye (Bucephala clangula) 0 0 0 3 2 0 0 4 9
Луток / Magpie diver (Mergellus albellus) 4 0 0 0 0 0 0 2 6
Савка I White-headed duck (Oxyura leucocephala) о о о о i о о i 2
Итого I Total 385 279 i42 i8i 232 8о i57 229 i685
Данные виды птиц являются наиболее распространенными на территории южной Сибири и мигрируют в данный регион с целью гнездования. Считается, что данные виды птиц являются основным природным резервуаром ВГА.
Из собранного от гусеобразных материала было выделено 185 изолятов вируса гриппа А. Среди птиц отряда гусеобразные, от которых был выделен ВГА, доминируют следующие виды: чирок-трескунок, чирок-свистунок, широконоска.
Чирок-свистунок является одним из наиболее распространенных видов птиц отряда гусеобразные на территории юга Западной Сибири. Местами зимовки является территория Западной Европы, Средиземноморья и Каспия. В ходе мониторинга вируса гриппа на территории России от птицы вида чирок-свистунок были выделены различные штаммы, принадлежащие нескольким субтипам вируса гриппа:ШШ, Н2Ш, Н3К8, Ы4Ш, Ы5Ш, Ы8М, Ы8М, Ы15Ы4 [18-26].
Птицы отряда ржанкообразные также представлены значительным количеством обследованных особей. Общее количество исследованных птиц данного отряда 556.
Наиболее распространенными обследованными нами видами явились чайка сизая, чайка озерная, чайка серебристая, относящиеся к семейству чайковых. На их долю приходится 65.55% особей данного отряда. Также значительное количество обследованных видов птиц проходятся на семейство бекасовые (кулики, чибис, турухтан, веретенник большой, кроншнеп) и составляет 21.04% от общего количеств особей отряда ржанкообразные. Количество остальных видов отряда является незначительным, однако изучение вирусоносительсва данных видов является важным аспектов в определении круга хозяев ВГА.
Результаты нашей работы показывают, что основную роль в поддержании циркуляции ВГА в естественной среде вносят птицы водно-болотной группы, а именно птицы отряда гусеобразные. Нами был проведен сравнительный анализ числа носителей вируса гриппа А в популяциях диких птиц на исследуемой территории в период 2007-2014 гг. В период с 2007 г. по 2014 г. процент ви-русоносительства у гусеобразных птиц варьировал от 5.6 до 20 (табл. 2).
Таблица 2
Выделение вируса гриппа от птиц отряда гусеобразные в 2007-2014 годах
Table 2
Isolation of Avian influenza viruses from birds of Order Anseriformes
in 2007-2014 years
Год / Year 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014
Процент выделения
(%) 15.6 8.2 7.7 5.6 6 20 7 14.8 Isolation rate (%)
Для отряда ржанкообразных характерны более низкие проценты выделения вируса. В нашей работе вирусоносительство птиц данного отряда в среднем составило 1.4%. По литературным данным процент выделения ВГА от ржанкообразных варьируется от 0.51% до 10.07% [27-28].
У лысухи (Fúlica atra), единственного исследованного представителя отряда жу-
равлеобразных процент выделения составил 2.6%.
Результаты показали, что в 2007, 2012 и 2014 годах выявлен наибольший процент вирусоносительства у гусеобразных. Это может быть связано с климатическими условиями. В частности, наибольшее значение для гусеобразных имеют водные условия (гидрологический режим водоемов, сезонная засушливость и т.д.). Для трансмиссии ВГА
eo
важны также сроки миграций в каждом конкретном году, что влияет на плотность индивидуумов мигрирующих птиц в местах скоплений. В определенных местообитаниях с весны до осени периодически наблюдаются массовые скопления птиц. У ряда видов на время гнездования создаются моновидовые и поливидовые колонии, численность которых достигает нескольких тысяч особей. В послегнездовые периоды и при пролете образуются локальные скопления с включением до 50 видов птиц и общей численностью более 20 тысяч особей одновременно. При массовых скоплениях возникают контакты птиц разных видов и популяций, что создает благоприятные условия для распространения различных вирусных и инфекционных заболеваний [1, 2, 6, 8, 13].
Филогенетический анализ M гена всех выделенных в данной работе штаммов ВГА показал принадлежность вирусов к классическим вирусам гриппа птиц (Avian-like viruses). Можно условно выделить две основные группы - вирусы гриппа птиц Евразийской линии (Евразийская клада) и вирусы гриппа чаек. Относительно периода выделения, все вирусы на дендрограмме М гена располагаются хаотично, что свидетельствует о персистенции различных вариантов М гена в популяции диких птиц юга Западной Сибири. Из полученных данных филогенетического анализа можно судить о
том, что на территории юга Западной Сибири среди диких птиц отрядов гусеобразные, аистообразные, журавлеобразные и ржанко-образные циркулируют вирусы гриппа классической «птичьей» генетической линии (Avian-like viruses). Чайки хорошо известны как один из основных резервуаров низкопатогенных вариантов вируса гриппа А, хотя механизмы передачи и поддержания определенных субтипов вируса в популяциях чаек остаются до конца неясными. Несмотря на то, что большинство существующих субтипов было выделено от чаек, два субтипа гемагглютининов (H13 и H16) редко выделяются от других групп птиц и существующие данные многочисленных наблюдений предполагают, что эти два субтипа поддерживаются в природе в основном в популяциях чайковых птиц [29]. В последнее время было показано что, вирусы чаек имеют специфический генный пул, и обнаруживают довольно часто явление реассортации геномов [30-31].
Территория юга Западной Сибири располагается в центре Евразийского континента и пересекается тремя основными перелетными путями диких птиц, объединяя миграционные потоки птиц Европы, Африки, Азии и Океании [13]. Особенности климата данной региона создают благоприятные условия для длительного сохранения вируса в почве и воде [32-34].
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Таким образом, территория юга Западной Сибири играет важную роль в перси-стенции вирусов гриппа птиц, их эволюции и географическом распространении. Результаты данного исследования указывают на необходимость дальнейшего мониторинга
вирусов гриппа среди диких птиц различных таксономических и экологических групп на этой территории, что позволит в будущем получать целые данные о разнообразии вирусных гриппах, их эволюции и географическом распространении.
Благодарности: Работа поддержана Министерством образования и науки РФ в рамках федеральной целевой программы (проект # кРМЕП61315Х0045).
Acknowledgements: The study is supported by the Ministry of Education and Science of the Russian Federation (project # RFMEFI61315X0045).
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИИСПИСОК
1.Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers T.M., Kawaoka Y. Evolution and Ecology of Influenza A Viruses // Microbiological Reviews. 1992, Vol. 56(1), pp. 152-179.
2.Neumann G., Kawaoka Y. Host range restriction and pathogenicity in the context of influenza pandemic // Emerging infectious diseases. 2006, vol. 12, no. 6, pp.
881-886. DOI: 10.3201/eid1206.051336 3.Stallknecht D.E. Host range of avian influenza virus in free-living birds // Veterinary research communications. 1988, no. 12, pp. 25-41.
4.Ерохов С.Н. Белокрылая крачка // Птицы СССР. Чайковые. 1988. N34. С. 85-97.
5.Dowell S.F. Seasonal variation in host susceptibility
and cycles of certain infectious diseases // Emerging infectious diseases. 2001, vol. 7, no. 3. pp. 369-374. DOI: 10.3201/eid0703.017301
6.Downie J.C. The ecology of influenza Isolation of type A influenza viruses from Australian pelagic birds // The Australian journal of experimental biology and medical science. 1977, no. 55, pp. 35-43.
7.Rogers S.O., Starmer W.T., Castello J.D. Recycling of pathogenic microbes through survival in ice // Medical hypotheses. 2004, vol. 63, iss. 5. pp. 773-777. DOI: 10.1016/j.mehy.2004.04.004
8.Marchenko V.Yu., Alekseev A.Yu., Tserennorov D., Yurlov A.K., Susloparov I.M., Sharshov K.A., Ilyinykh F.A., Zolotykh S.I., Abmed D., Otgonbaatar D., Shestopalov A.M. Results of the influenza virus surveillance in wild birds in Western part of Mongolia // Asian Pacific Journal of Tropical Medicine. 2010, vol. 3, iss. 2, pp. 90-93.
9.Gilbert M., Chaitaweesub P., Parakamawongsa T., Premashthira S., Tiensin T., Kalpravidh W., Wagner H., Slingenbergh J. Free-grazing ducks and highly pathogenic avian influenza, Thailand // Emerging infectious diseases. 2006, vol. 12, no. 2, pp. 227-234. DOI: 10.3201/eid1202.050640
10.Шаршов К.А., Золотых С.И., Федоров Е.Г., Иванов И.В., Друзяка А.В., Шестопалов А.М., Нетесов С.В. Результаты мониторинга вируса гриппа среди синантропных птиц в эпизоотический и постэпизоотический периоды на юге Западной Сибири // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2007. N4. С. 53-56. 11.Sharshov K., Romanovskaya A., Uzhachenko R., Durymanov A., Zaykovskaya A., Kurskaya O., Ilinykh P., Silko N., Kulak M., Alekseev A., Zolotykh S., Shestopalov A., Drozdov I. Genetic and biological characterization of avian influenza H5N1 viruses isolated from wild birds and poultry in Western Siberia // Archives of Virology. 2010, vol. 155, iss. 7. pp. 11451150. DOI: 10.1007/s00705-010-0676-2
12.Донченко A.C., Юшков Ю.Г., Марченко В.Ю., Шаршов К.А., Алексеев А.Ю., Ильиных Ф.А., Савченко И.А., Карпова Н.В., Савченко А.П., Шестопалов А.М. Результаты мониторинга вируса гриппа среди диких птиц на территории Красноярского края (2008 г.) // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки. 2010. N7. С. 61-67.
13.Veen J., Yurlov A.K., Delany S.N., Mihantiev A.I., Selivanova M.A., Boere G.C. An atlas of movements of Southwest Siberian waterbirds. Wageningen the Netherlands: Wetlands International. 2005, 60 p. 14.Зайковская А.В., Сайфутдинова С.Г., Марченко В.Ю., Шаршов К.А., Дурыманов А.Г., Золотых С.И., Шматова Л.В., Демчин П.М., Юшков Ю.Г., Донченко А.С., Недужко В.А., Шестопалов А.М. Исключение этиологического значения вируса гриппа при массовой гибели диких птиц в Красноярском крае // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки.
2011. N1. С. 88-93.
15.Шаршов К.А., Дурыманов А.Г., Романовская А.А., Зайковская А.В., Марченко В.Ю., Силко Н.Ю., Ильиных Ф.А., Суслопаров И.М., Алексеев А.Ю., Шестопалов A.M. Молекулярно-биологические и антигенные особенности штаммов высокопатогенного вируса гриппа H5N1-субтипа, выделенных на юге Сибири в 2005-2009 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011. N5. С. 40-43.
16.The National Training Courseon Animal Influenza Diagnosisand Surveillance. Text. Harbin, China (May 20-26, 2001). Harbin. p. 79.
17.Hoffmann E., Stech J., Guan Y., Webster R.G., Perez D.R. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses // Archives of Virology. 2001, vol. 146, iss. 12. pp. 2275-2289. DOI: 10.1007/s007050170002
18.Sivay M.V., Baranovich T., Marchenko V.Y., Sharshov K.A., Govorkova E.A., Shestopalov A.M., Webby R.J. Influenza A (H15N4) Virus Isolation in Western Siberia. Russia // Journal of Virology. 2013, vol. 87, no. 6. pp. 3578-3582. doi: 10.1128/JVI.02521-12 19.Sivay M.V., Sharshov K.A., Pantin J.M., Muzyka V.V., Shestopalov A.M. Avian Influenza Virus with Hemagglutinin-Neuraminidase Combination H8N8, Isolated in Russia // Genome Announc. 2014, vol. 2, no. 3, pp. 5-14. DOI: 10.1128/genomeA.00545-14.
20.Mariya V.S., Nikita Y.S., Sharshov K.A., Prorokudin A.V., Laixing Li, Min YangYang, Sheng Caoao, Shestopalov A.M. The role of wild goose (Anser) populations of Russia and the Tibet Plateau in the spread of the avian influenza virus // Chinese Birds.
2011, no. 2, pp. 140-146.
21.Марченко В.Ю., Шаршов К.А., Силко Н.Ю., Суслопаров И.М., Дурыманов А.Г., Зайковская А.В., Алексеев А.Ю., Смоловская О.В., Стефаненко А.П., Малкова Е.М., Шестопалов А.М. Характеристика вируса гриппа субтипа Н5Ж, выделенного во время вспышки среди диких птиц в России (РеспубликаТува) в 2010 г. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2011. N4. С. 36-40.
22.Marchenko V.Y., Alekseev A.Y., Sharshov K.A., Petrov V.N., Silko N.Y., Susloparov I.M., Tserennorov D., Otgonbaatar D., Savchenko I.A., Shestopalov A.M. Ecology of Influenza Virus in Wild Bird Populations in Central Asia // Avian Diseases. 2012, vol. 56, no.1, pp. 234-237.
23.Донченко А.С., Юшков Ю.Г., Сивай М.В., Шаршов К.А., Шестопалов А.М., Гуляева М.А. Генотипирование вирусов гриппа А, выделенных от диких птиц на юге Западной Сибири в 2011г. // Сибирский вестник сельскохозяйственной науки.
2012, no. 6, С. 84-89.
24.Шаршов К.А., Марченко В.Ю., Юрлов А.К., Шестопалов А.М. Экология и эволюция
высокопатогенного вируса гриппа H5N1 в России (2005-2012 гг.) // Бюллетень Восточно-Сибирского Научного Центра СО РАМН. 2012. N5-1(87). С. 393396.
25.Марченко В.Ю., Шаршов К.А., Шестопалов А.М. Экология вируса гриппа в популяциях диких птиц Центральной Азии // Бюллетень ВосточноСибирского Научного Центра СО РАМН. 2012. N5-1(87). С. 271-275.
26.Сайфутдинова С.Г., Шаршов К.А., Герасимов Ю.Н., Шестопалов А.М. Экология вируса гриппа у чаек Дальнего Востока России // Бюллетень Восточно-Сибирского Научного Центра СО РАМН. 2012. N5-1(87). С. 316-318.
27.Germundsson A., Madslien K.I., Hjortaas M.J., Handeland K., Jonassen C.M. Prevalence and subtypes of influenza A viruses in wild waterfowl in Norway 20062007 // Acta Vet Scand. 2010, no. 28, pp. 52-28. DOI: 10.1186/1751-0147-52-28
28.Hurt A.C., Hansbro P.M., Selleck P., Olsen B., Minton C., Hampson A.W., Barr I.G. Isolation of avian influenza viruses from two different transhemispheric migratory shorebird species in Australia // Archives of Virology. 2006, no. 151, pp. 2301-2309. DOI: 10.1007/s00705-006-0784-1
29.Fouchier R.A., Munster V., Wallensten A., Bestebroer T.M., Herfst S., Smith D., Rimmelzwaan G.F., Olsen B., Osterhaus A.D. Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls // Journal of Virology. 2005, vol. 79, no. 5. pp. 2814-2822. doi:
10.1128/JVI.79.5.2814-2822.2005 30.Sharshov K., Sivay M., Liu D., Pantin J. M., Marchenko V., Durymanov A., Alekseev A., Damdindorj T., Gao G.F., Swayne D.E., Shestopalov A. Molecular characterization and phylogenetics of areassortant H13N8 influenza virusis olated from gullsin Mongolia. VirusGenes. 2014, no. 49, pp. 37-49.
31.Шаршов К.А., Сивай М.В., Марченко В.Ю., Алексеев А.Ю., Лайсинг Ли, Шестопалов А.М., Шкурупий В.А. Оценка патогенного потенциала вируса гриппа A/H13N8, выделенного от серебристой чайки (Larusargentatus) // Вестник Новосибирского государственного университета. Серия: Биология, клиническая медицина. 2014. Т.12. N2. С. 5-11.
32.Сивай М.В., Юрлов А.К., Друзяка А.В., Шаршов К.А., Шестопалов А.М. Уникальные варианты вируса гриппа юга Западной Сибири // Бюллетень ВосточноСибирского Научного Центра СО РАМН. 2012. N5-1(87). С. 319-322.
33.Sivay M.V., Sayfutdinova S.G., Sharshov K.A., Alekseev A.Y., Yurlov A.K., Runstadler J., Shestopalov A.M. Surveillance of influenza A virus in wild birds in the Asian portion of Russia in 2008 // Avian Dis. 2012, no. 56, pp. 56-63.
34.De Marco M.A., Delogu M., Sivay M., Sharshov K., Yurlov A., Cotti C., Shestopalov A. Virological evaluation of avian influenza virus persistence in natural and anthropic ecosystems of Western Siberia (Novosibirsk Region, Summer 2012) // PLOS ONE. 2014, vol. 9, iss. 6, e100859. DOI: 10.1371/journal.pone.0100859
1. Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers T.M., Kawaoka Y. Evolution and Ecology of Influenza A Viruses. Microbiological Reviews. 1992, Vol. 56(1), pp. 152-179.
2. Neumann G., Kawaoka Y. Host range restriction and pathogenicity in the context of influenza pandemic. Emerging infectious diseases. 2006, vol. 12, no. 6, pp. 881-886. DOI: 10.3201/eid1206.051336
3. Stallknecht D.E. Host range of avian influenza virus in free-living birds. Veterinary research communications. 1988, no. 12, pp. 25-41.
4. Erokhov S.N. White-winged tern. Ptitsy SSSR. Chaikovye [Birds of the USSR. Gulls]. 1988. no. 34. pp. 85-97. (In Russian)
5. Dowell S.F. Seasonal variation in host susceptibility and cycles of certain infectious diseases. Emerging infectious diseases. 2001, vol. 7, no. 3. pp. 369-374. DOI: 10.3201/eid0703.017301
6. Downie J.C. The ecology of influenza Isolation of type A influenza viruses from Australian pelagic birds. The Australian journal of experimental biology and medical science. 1977, no. 55, pp. 35-43.
7. Rogers S.O., Starmer W.T., Castello J.D. Recycling of pathogenic microbes through survival in ice. Medical
hypotheses. 2004, vol. 63, iss. 5. pp. 773-777. DOI: 10.1016/j.mehy.2004.04.004
8. Marchenko V.Yu., Alekseev A.Yu., Tserennorov D., Yurlov A.K., Susloparov I.M., Sharshov K.A., Ilyinykh F.A., Zolotykh S.I., Abmed D., Otgonbaatar D., Shestopalov A.M. Results of the influenza virus surveillance in wild birds in Western part of Mongolia. Asian Pacific Journal of Tropical Medicine. 2010, vol. 3, iss. 2, pp. 90-93.
9. Gilbert M., Chaitaweesub P., Parakamawongsa T., Premashthira S., Tiensin T., Kalpravidh W., Wagner H., Slingenbergh J. Free-grazing ducks and highly pathogenic avian influenza, Thailand. Emerging infectious diseases. 2006, vol. 12, no. 2, pp. 227-234. DOI: 10.3201/eid1202.050640
10. Sharshov K.A., Zolotykh S.I., Fedorov E.G., Ivanov I.V., Druziaka A.V., Shestopalov A.M., Netesov S.V. Results of surveillance for avian influenza virus in synanthropic birds during epizootic and postepizootic periods on the south of West Siberia. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2007, no.4. pp. 53-56. (In Russian)
11. Sharshov K., Romanovskaya A., Uzhachenko R.,
Durymanov A., Zaykovskaya A., Kurskaya O., Ilinykh P., Silko N., Kulak M., Alekseev A., Zolotykh S., Shestopalov A., Drozdov I. Genetic and biological characterization of avian influenza H5N1 viruses isolated from wild birds and poultry in Western Siberia. Archives of Virology. 2010, vol. 155, iss. 7. pp. 1145-1150. DOI: 10.1007/s00705-010-0676-2
12. Donchenko A.C., Yushkov G.Yu., Marchenko V.Yu., Sharshov K.A., Alekseev A.Yu., Ilyin A.F., Savchenko I.A., Karpova N.V., Savchenko A.P., Shestopalov A.M. Results of influenza virus surveillance in wild birds in Krasnoyarsk territory (2008). Sibirskii vestnik selskohozyaistvennoi nauki [Siberian herald of agricultural science]. 2010, no. 7, pp. 61-67. (In Russian)
13. Veen J., Yurlov A.K., Delany S.N., Mihantiev A.I., Selivanova M.A., Boere G.C. An atlas of movements of Southwest Siberian waterbirds. Wageningen the Netherlands: Wetlands International. 2005, 60 p.
14. Zaykovskaya A.V., Saifutdinova S.G., Marchenko V.Yu., Sharshov K.A., Durymanov A.G., Zolotykh S.I., Shmatova L.V., Demchyn P.M., Yushkov Yu.G., Donchenko A.S., Neduzhko V.A., Shestopalov A.M. Elimination of influenza A virus in mass mortality of wild birds in Krasnoyarsk territory. Sibirskii vestnik selskohozyaistvennoi nauki [Siberian herald of agricultural science]. 2011, no. 1, pp. 88-93. (In Russian)
15. Sharshov K.A., Durymanov A.G., Romanovskaya A.A., Zaikovskaya A.V., Marchenko V.Yu., Silko N.Yu., Ilinykh F.A., Susloparov I.M., Alekseev A.Yu., Shestopalov A.M. Molecular-biological and antigenic features of H5N1 subtype highly pathogenic influenza virus strains isolated in southern Siberia in 2005-2009. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii [Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology]. 2011, no. 5, pp. 40-43. (In Russian)
16. The National Training Courseon Animal Influenza Diagnosisand Surveillance. Text. Harbin, China (May 2026, 2001). Harbin. p.79.
17. Hoffmann E., Stech J., Guan Y., Webster R.G., Perez D.R. Universal primer set for the full-length amplification of all influenza A viruses. Archives of Virology. 2001, vol. 146, iss. 12. pp. 2275-2289. DOI: 10.1007/s007050170002
18. Sivay M.V., Baranovich T., Marchenko V.Y., Sharshov K.A., Govorkova E.A., Shestopalov A.M., Webby R.J. Influenza A (H15N4) Virus Isolation in Western Siberia. Russia. Journal of Virology. 2013, vol. 87, no. 6. pp. 3578-3582. doi: 10.1128/JVI.02521-12
19. Sivay M.V., Sharshov K.A., Pantin J.M., Muzyka V.V., Shestopalov A.M. Avian Influenza Virus with Hemagglutinin-Neuraminidase Combination H8N8, Isolated in Russia. Genome Announc. 2014, vol. 2, no. 3, pp. 5-14. DOI: 10.1128/genomeA.00545-14.
20. Mariya V.S., Nikita Y.S., Sharshov K.A., Prorokudin A.V., Laixing Li, Min YangYang, Sheng Caoao, Shestopalov A.M. The role of wild goose (Anser) populations of Russia and the Tibet Plateau in the spread
of the avian influenza virus. Chinese Birds. 2011, no. 2, pp. 140-146.
21. Marchenko V.Y., Sharshov K.A., Silko N.Y., Susloparov I.M., Durymanov A.G., Zaikovskaya A.V., Alekseev A.Y., Smolovskaya O.V., Stefanenko A.P., Malkova E.M., Shestopalov A.M. Characterization of the H5N1 influenza virus isolated during an outbreak among wild birds in Russia (Tuva Republic) in 2010. Moleculyarnaya genetica, mikrobiologia i virusologia [Molecular Genetics, Microbiology and Virology]. 2011, no. 4, pp. 36-40. (In Russian)
22. Marchenko V.Y., Alekseev A.Y., Sharshov K.A., Petrov V.N., Silko N.Y., Susloparov I.M., Tserennorov D., Otgonbaatar D., Savchenko I.A., Shestopalov A.M. Ecology of Influenza Virus in Wild Bird Populations in Central Asia. Avian Diseases. 2012, vol. 56, no.1, pp. 234237.
23. Donchenko A.S., Yushkov Yu.G., Sivay M.V., Sharshov K.A., Shestopalov A.M., Gulyaeva M.A. Genotyping of influenza A viruses isolated from wild birds in the South of Western Siberia in 2011. Sibirskii vestnik selskohozyaistvennoi nauki [Siberian herald of agricultural science]. 2012, no. 6, pp. 84-89. (In Russian)
24. Sharshov K.A., Marchenko V.Yu., Yurlov A.K., Shestopalov A.M. Ecology and evolution of highly pathogenic avian influenza H5N1 in Russia (2005-2012). Bulleten Vostochno-Sibirskogo nauchnogo centra SO RAMN [Bulletin of the East Siberian Scientific Center SB RAMS]. 2012, no. 5-1(87), pp. 393-396. (In Russian)
25. Marchenko V.Yu., Sharshov K.A., Shestopalov A.M. Ecology of influenza virus in wild bird populations in Central Asia. Bulleten Vostochno-Sibirskogo nauchnogo centra SO RAMN [Bulletin of the East Siberian Scientific Center SB RAMS]. 2012, no. 5-1(87), pp. 271-275. (In Russian)
26. Sayfutdinova S.G., Sharshov K.A., Gerasimov Yu.N., Shestopalov A.M. Ecology of influenza a viruses, isolated from gulls of the Russian Far East. Bulleten Vostochno-Sibirskogo nauchnogo centra SO RAMN [Bulletin of the East Siberian Scientific Center SB RAMS]. 2012, no. 5-1(87), pp. 316-318. (In Russian)
27. Germundsson A., Madslien K.I., Hjortaas M.J., Handeland K., Jonassen C.M. Prevalence and subtypes of influenza A viruses in wild waterfowl in Norway 20062007. Acta Vet Scand. 2010, no.28, pp.52-28. DOI: 10.1186/1751-0147-52-28
28. Hurt A.C., Hansbro P.M., Selleck P., Olsen B., Minton C., Hampson A.W., Barr I.G. Isolation of avian influenza viruses from two different transhemispheric migratory shorebird species in Australia. Archives of Virology. 2006, no. 151, pp. 2301-2309. DOI: 10.1007/s00705-006-0784-1
29. Fouchier R.A., Munster V., Wallensten A., Bestebroer T.M., Herfst S., Smith D., Rimmelzwaan G.F., Olsen B., Osterhaus A.D. Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls. Journal of Virology. 2005, vol.
79, no. 5. pp. 2814-2822. doi: 10.1128/JVI.79.5.2814- 32. Sivay M.V., Yurlov A.K., Druzyaka A.V., Sharshov
2822.2005 K.A., Shestopalov A.M. Rare influenza virus subtypes
30. Sharshov K., Sivay M., Liu D., Pantin J. M., isolated from birds of the south of Western Siberia. Marchenko V., Durymanov A., Alekseev A., Damdindorj Bulleten Vostochno-Sibirskogo nauchnogo centra SO T., Gao G.F., Swayne D.E., Shestopalov A. Molecular RAMN [Bulletin of the East Siberian Scientific Center SB characterization and phylogenetics of areassortant H13N8 RAMS]. 2012, no. 5-1(87), pp. 319-322. (In Russian) influenza virusis olated from gullsin Mongolia. VirusGenes. 33. Sivay M.V., Sayfutdinova S.G., Sharshov K.A., 2014, no. 49, pp. 37-49. Alekseev A.Y., Yurlov A.K., Runstadler J., Shestopalov
31. Sharshov K.A., Sivay M.V., Marchenko V.Yu., A.M. Surveillance of influenza A virus in wild birds in the Alekseev A.Yu., Laixing Li, Shestopalov A.M., Shkurupiy Asian portion of Russia in 2008. Avian Dis. 2012, no. 56, V.A. Pathogenic potential assessment of avian H13N8 pp. 56-63.
influenza virus, isolated from herring gull (Larus 34. De Marco M.A., Delogu M., Sivay M., Sharshov K.,
Argentatus). Vestnik Novosibirskogo gosudarstvennogo Yurlov A., Cotti C., Shestopalov A. Virological evaluation
universiteta. Seria: Biologia, klinicheskaya medicyna of avian influenza virus persistence in natural and
[Bulletin of Novosibirsk State University. Series: Biology, anthropic ecosystems of Western Siberia (Novosibirsk
clinical medicine]. 2014, vol. 12, no. 2, pp. 5-11. (In Region, Summer 2012). PLOS ONE. 2014, vol. 9, iss. 6,
Russian) e100859. DOI: 10.1371/journal.pone.0100859
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ Принадлежность к организации Кирилл А. Шаршов* - к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории экспериментального моделирования и патогенеза инфекционных заболеваний, Научно-исследовательский институт экспериментальной и клинической медицины, ул. Тимакова, 2, г. Новосибирск, 630117, Россия, e-mail: [email protected]. Синьсинь Ли - магистрант, Новосибирский национальный исследовательский государственный Университет, г. Новосибирск, Россия. Александр К. Юрлов - к.б.н., ведущий научный сотрудник, руководитель группы экологии птиц, Институт систематики и экологии животных СО РАН, г. Новосибирск, Россия.
Александр М. Шестопалов - профессор, доктор биологических наук, заведующий лабораторией экспериментального моделирования и патогенеза инфекционных заболеваний, Научно-исследовательский институт экспериментальной и клинической медицины; Новосибирский национальный исследовательский государственный Университет, г. Новосибирск, Россия.
Критерии авторства Кирилл А. Шаршов, Синьсинь Ли и Александр Юрлов собирали биологический материал. Кирилл А. Шаршов проводил наработку изолятов вируса, субтипирование и анализ совместно с Синьсинь Ли, вели вирусологические работы по выявлению изолятов, проводили постановку тестов РТГА, анализировали полученные данные, Александр К. Юрлов и Александр М. Шестопалов корректировали рукопись до подачи в редакцию. Все авторы в равной степени участвовали в этой работе. Авторы в равных долях имеют отношение к написанию рукописи и одинаково несут ответственность за плагиат.
Конфликт интересов Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов. Поступила в редакцию 29.03.2016 Принята в печать 19.04.2016
AUTHORS INFORMATION Affiliations
Kirill A. Sharshov* - PhD, Senior researcher of the laboratory of experimental modeling and pathogenesis of infectious diseases, Research Institute of Experimental and Clinical Medicine, Timakova Str. 2, Novosibirsk, 630117, Russia, e-mail: [email protected].
Xinxin Li - master student, Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia.
Alexander K. Yurlov - PhD in Biological sciences, Leading researcher, Head of the Research group of birds ecology, Institute of systematic and ecology of animals SB RAS, Novosibirsk, Russia. Alexander M. Shestopalov - professor, Doctor of biological sciences, Head of the laboratory of experimental modeling and pathogenesis of infectious diseases, Research Institute of Experimental and Clinical Medicine; Novosibirsk state University, Novosibirsk, Russia.
Contribution
Kirill A. Sharshov, Xinxin Li and Alexander Yurlov collected biological material. Kirill A. Sharshov spent time between virus isolates, subtyping and analysis in conjunction with Li Xinxin, led virological work to identify isolates conducted staging tests HI, analyzed the data, Alexander K. Yurlov and Alexander M. Shestopalov corrected manuscript prior to submission to the editor. All authors have been equally involved in this research. Authors are equally responsible for the manuscript and for avoiding the plagiarism.
Conflict of interest
The authors declare no conflict of interest. Received 29.03.2016 Accepted for publication 19.04.2016
