CC BY
116
Микробиология
Диагностика пневмококковых инфекций респираторного тракта
А.З. Зарипова, Р.И. Валиева, Л.Т. Баязитова, М.В. Целищева
Часто регистрируемой формой пневмококковых заболеваний являются внебольничные пневмонии, представляющие серьезную проблему для здравоохранения во всем мире. По данным литературы, этиологию внебольнич-ной пневмонии представляется возможным установить не более чем в 50% случаев. Диагностика, как правило, базируется на клинических данных, а лабораторное подтверждение пневмококковой этиологии заболевания проводится редко. В статье изложены основные методы классической микробиологической идентификации Streptococcus pneumoniae и современные способы молекулярно-генетической диагностики пневмококковых инфекций. Использование адекватных методов микробиологической диагностики позволит повысить результативность установления этиологии пневмококковых заболеваний и своевременно проводить этиотропное лечение. Ключевые слова: пневмококковые инфекции, микробиологическая диагностика, внебольничная пневмония, идентификация, Streptococcus pneumoniae.
Введение
Пневмококковые инфекции - одна из сложных проблем современного здравоохранения во многих странах мира [1]. Исследователи отмечают, что распространенность Streptococcus pneumoniae при пневмококкассоциированных заболеваниях зависит от региона, клинических проявлений, возраста больных [2, 3]. Наиболее серьезными проявлениями пневмококковых инфекций являются инвазивные формы [4, 5]. Часто регистрируемой формой пневмококковых заболеваний являются внебольничные пневмонии, которые представляют серьезную проблему для здравоохранения во всем мире, будучи одной из ведущих причин заболеваемости, госпитализации и летальности [6].
Альбина Зуфаровна Зарипова - мл. науч. сотр. лаборатории микробиологии ФБУН "Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии" Роспотребнадзора.
Рита Илнуровна Валиева - мл. науч. сотр. лаборатории микробиологии ФБУН "Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии" Роспотребнадзора, ассистент кафедры микробиологии ФГБОУ ВО "Казанский государственный медицинский университет" МЗ РФ.
Лира Табрисовна Баязитова - канд. мед. наук, зав. лабораторией микробиологии ФБУН "Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии" Роспотребнадзора, доцент кафедры микробиологии ФГБОУ ВО "Казанский государственный медицинский университет" МЗ РФ. Маргарита Владимировна Целищева - студентка VI курса ФГБОУ ВО "Казанский государственный медицинский университет" МЗ РФ.
Контактная информация: Зарипова Альбина Зуфаровна, [email protected]
Наиболее тяжелое течение внебольничной пневмонии наблюдается у пациентов пожилого возраста, особенно при наличии сопутствующих заболеваний (хроническая обструктивная болезнь легких, сердечно-сосудистые заболевания, сахарный диабет, заболевания почек и печени, онкогематологические заболевания, алкоголизм и др.) [7]. У пациентов с внебольничной пневмонией старше 65 лет летальность выше в 3-5 раз в сравнении с пациентами молодого возраста [7, 8]. Доказана взаимосвязь пневмококковой инфекции с курением и лечением системными или ингаляционными глюкокортикостероидами [8, 9]. По данным российских исследователей, S. pneumoniae высевается у 25-35% пациентов с внебольничными пневмониями и у 3-5% пациентов с нозокомиальными пневмониями [9]. Согласно данным исследования, проведенного в Германии, пневмококк является причиной вне-больничной пневмонии у 32% пациентов [10]. Исследователи из США отметили, что пневмококк занимает 2-е место (после риновирусов) по распространенности - 18,5% случаев [11]. Такой разброс в показателях распространенности S. pneumoniae при внебольничной пневмонии может объясняться трудностями при получении адекватных образцов из нижних отделов дыхательных путей, различиями в чувствительности диагностических тестов, использованием антибиотиков до проведения диагностики.
Пневмококк признается основным возбудителем, вызывающим до 50% случаев вторичных бактериальных пневмоний во время пандемии
гриппа, и служит одной из ведущих причин смертности в период высокой заболеваемости гриппом. Вирулентные факторы возбудителя гриппа способствуют развитию воспалительного процесса: нейраминидаза, разрушая сиаловые кислоты, облегчает адгезию пневмококков к клеткам эпителия бронхов [12, 13]. Результаты исследований, проведенных в разных странах, свидетельствуют о том, что >80% наиболее тяжелых инвазивных случаев болезни обусловлено 20 се-ротипами пневмококка, а 13 серотипов вызывают 70-75% заболеваний [13, 14]. Повышенной устойчивостью к основным антибактериальным препаратам обладают пневмококки серогрупп 23, 19 и 6 [15]. Наиболее часто инвазивные инфекции у детей до 5 лет вызывают представители серогрупп 4, 6, 9, 14, 18, 19, 23, в остальных возрастных группах преобладающими являются серогруппы 4, 6, 9, 12, 14, 19, 23 [16]. По мнению ряда авторов, существует зависимость между тяжестью пневмонии и серотипом пневмококка. Так, согласно зарубежным исследованиям, к группе с высоким инвазивным потенциалом относят серотипы 1, 5, 7F, к группе с низким потенциалом - 3, 6А, 6В, 8, 19F, 23F [14]. Эти данные отличаются от результатов российских исследований: неосложненные формы пневмонии чаще вызываются пневмококками серогрупп 15, 18, 21, 23, 34, 37, 42, а осложненные формы - пневмококками серогрупп 1, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 14, 19 [17]. Российскими исследователями показано, что у детей наиболее часто пневмонию вызывают серотипы 3, 14, 9V/A, а у взрослых - серотипы 3, 19F, 6А/В/С [17]. В последние годы отмечается возрастание численности нетипичных и инкапсулированных штаммов пневмококков, которые длительное время считались авирулентными, но теперь появились доказательства их патогенетической роли в развитии различных форм пневмококковых инфекций [18, 19]. Наиболее эффективным методом предупреждения пневмококковой инфекции признана вакцинация [20]. Согласно позиции Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), вакцинация -единственный способ существенно повлиять на заболеваемость и смертность от пневмококковой инфекции, добиться снижения уровня антибио-тикорезистентности [20].
Официальная регистрация случаев внеболь-ничной пневмонии в Республике Татарстан проводится с 2012 г., ежегодно в республике регистрируется от 12000 до 17000 случаев. Однако показатели заболеваемости внебольничной пневмонией не отражают истинного положения дел, так как ограничены сведения о распространенности нетяжелых клинических форм, что связано с поздней диагностикой и гиподиагностикой
(скрытые под маской острого респираторного заболевания или острой респираторной инфекции нетяжелые клинические формы, попытки самолечения). Например, по данным официальной статистики, в 2016 г. в Республике Татарстан показатель заболеваемости внебольничной пневмонией составил 337,4 на 100 тыс. населения, что в сравнении с 2015 г. ниже на 2,2%. Доля заболевших детей составила 35,4%. Среди детей наиболее высокий показатель заболеваемости отмечался в возрастных группах 0-2 года (1174,6 на 100 тыс. населения этой группы) и 3-6 лет (808,9). Из числа заболевших культуральное обследование проведено 49,5% пациентов, при этом этиология пневмонии верифицирована в 17,6% случаев заболевания.
При анализе этиологической структуры заболевания количество случаев внебольничной пневмонии, вызванной бактериями, составило 17,5% от числа зарегистрированных, среди них доля пневмоний, вызванных пневмококком, составила 23% от общего числа лаборатор-но подтвержденных случаев. Таким образом, S. pneumoniae является одним из ведущих этиологических агентов внебольничной пневмонии в Республике Татарстан [21]. По данным литературы, этиологию внебольничной пневмонии представляется возможным установить не более чем в 50% случаев. Диагностика, как правило, базируется на клинических данных, а лабораторное подтверждение пневмококковой этиологии заболевания, как правило, проводится при менингите и бактериемии. Необходимо отметить, что существует проблема гиподиагностики заболеваний, вызванных S. pneumoniae, что служит причиной нерегулярного учета заболеваний пневмококковой этиологии.
Особенности микробиологической диагностики пневмококковых инфекций
Streptococcus pneumoniae - это условно-патогенный микроорганизм, отнесенный к IV группе патогенности, он является комменсальной микрофлорой, компонентом нормомикробиоценоза носоглотки. Самым значимым фактором пато-генности пневмококков является капсула поли-сахаридной природы [22]. Благодаря наличию полисахаридной капсулы клетки пневмококков защищены от фагоцитоза. Предполагают, что в отсутствие антител к капсульным антигенам альвеолярные макрофаги почти неспособны захватывать и уничтожать пневмококков.
Бактериологический метод признан "золотым стандартом" для подтверждения этиологической роли S. pneumoniae. На результативность бакте-
Рис. 1. Характер роста муко-идной M-формы S. pneumoniae на Columbia agar base c добавлением 5% бараньей крови(левый сектор).
риологического исследования влияют следующие факторы [23]: 1) забор биоматериала должен проводиться до начала анти мик робной терапии; даже однократный прием антибиотиков, хи мио те ра-певтических средств, бактериофагов существенно снижает результативность исследования;
2) доставка биоматериала (респираторного образца) в микробиологическую лабораторию должна осуществляться незамедлительно и с соблюдением соответствующих условий хранения и доставки;
3) отсутствие у пациента продуктивного кашля затрудняет сбор мокроты. Для оценки качества мокроты и пригодности ее для дальнейшего исследования проводят бактериоскопию мазка, окрашенного по Граму. Диагностический критерий качественной мокроты - наличие более 25 сегментоядерных лейкоцитов и не более 10 эпителиальных клеток в поле зрения при просмотре как минимум 20 полей зрения (под увеличением х100). При несоответствии указанным критериям качественной мокроты дальнейшее микробиологическое исследование биоматериала нецелесообразно в связи с возможной контаминацией микрофлорой ротовой полости;
4) продолжительность бактериологического исследования по классической схеме (определение возбудителя возможно через 48-72 ч с момента получения биологического материала);
5) в связи с генетическим родством пневмококка с оральными зеленящими стрептококками и увеличением численности атипичных штаммов (некапсулированных, нетипируемых) необходимы дополнительные методы для дифференциальной диагностики S. pneumoniae.
Для диагностики внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии в качестве биоматериала в реальной практике чаще используются свободно отделяемая мокрота, индуцированная мокрота, трахеальный аспират и венозная кровь для культурального исследования.
Для получения предварительной информации проводится микроскопическое исследование. При микроскопии пневмококки имеют ланцетовидную форму или вид "пламени свечи", располагаются попарно (диплококки), имеют капсулу (80-90% штаммов). Пневмококки из жидких пи-
тательных сред в поле зрения расположены в виде цепочек средней длины. Комбинированным методом микроскопии вкупе с серологической диагностикой является реакция ^йфельда (феномен набухания капсулы) с пневмококковой антисывороткой Omni (SSI Omni serum, Statens Serum Institut). Метод базируется на способности капсулы увеличиваться в объеме в присутствии гомологичной антисыворотки. Резкое увеличение капсул пневмококков расценивается как положительный результат. При отрицательном результате капсулы едва заметны. Реакция ^йфельда специфична и не дает положительного результата с другими капсульными бактериями, однако с ее помощью невозможно обнаружить некапсульные или нетипичные варианты S. pneumoniae.
Бактериологическая диагностика
Для бактериологической диагностики применяют культивирование пневмококков на плотных питательных средах - Columbia agar base (Conda, Испания) c добавлением б% бараньей крови (применение человеческой крови влияет на результат исследования). Посевы инкубируются в СО2-инкубаторе l6-24 ч (для стимуляции роста). Фенотипическую идентификацию S. pneumoniae проводят на основании морфологических, культу-ральных данных. Для дифференциальной диагностики используют оптохиновый тест, лизис в присутствии солей желчи. Для серологической диагностики применяют реакцию латекс-агглютинации. ^ плотных питательных средах пневмококк образует мелкие (l-2 мм в диаметре) округлые блестящие бесцветные колонии с ровным краем, мягкой консистенции, которые в большинстве случаев через 24 ч инкубации имеют сферическую форму с уплощенным центром, образующимся в результате аутолиза (шероховатая R-форма). ^ поверхности кровьсодержащей питательной среды вокруг колонии характерно образование зоны a-гемолиза (зеленящий стрептококк). Вирулентные капсульные штаммы пневмококка растут в виде капель росы (мукоидная M-форма) (рис. l). У авирулентных штаммов колонии гладкие, компактные, точечные (S-форма) [24].
Для роста S. pneumoniae на жидких питательных средах характерно диффузное помутнение бульона без образования пленки. Для вирулентных штаммов характерен рост в виде нежного хлопьевидного осадка ("комочек ваты"), авиру-лентные формы характеризуются придонно-при-стеночным ростом. H в последнее время наметилась тенденция к увеличению численности опто-хинорезистентных штаммов и так называемых "нетипичных" изолятов [25]. По данным исследователей, от пациентов с острым средним отитом
(n = 6), бактериемией (n = 6) и пневмонией (n = 1) выделены "нетипичные" штаммы S. pneumoniae, которые были идентифицированы как пневмококки на основании MLST-типирования (MLST -multilocus sequence typing (мультилокусное сек-венирование-типирование)). По результатам тщательного фенотипического и генотипиче-ского изучения, среди нетипичных пневмококков были: 1) изоляты, у которых отсутствовал ген капсулообразования; 2) изоляты, у которых имелся ген капсулообразования, но фенотипиче-ски они были бескапсульными; 3) изоляты, фе-нотипически очень похожие на S. pneumoniae, но генотипически отнесенные к близкородственным видам Streptococcus - Streptococcus oralis и Streptococcus mitis [26].
Биохимическая активность пневмококков следующая: они разлагают глюкозу, лактозу, мальтозу, сахарозу и не ферментируют маннит, салицин и сорбит, в отличие от других зеленящих форм стрептококков не обладают способностью к росту при температуре 45°С [27]. Видовой характеристикой S. pneumoniae является способность ферментировать инулин. Для обнаружения антигена пневмококка в крови или ликворе применяется реакция латекс-агглютинации, но из-за наличия перекрестных реакций с антигенами других зеленящих стрептококков этот тест обладает низкой специфичностью [28]. Высокая стоимость тестирования и невысокая чувствительность определения антигена в биоматериале ограничивают возможности использования этого метода в клинической практике. Реже проводятся реакции встречного иммуноэлектрофореза, иммунофлюо-ресцентный и иммуноферментный анализы из-за высокой стоимости, трудоемкости и относительно невысокой чувствительности и специфичности.
Экспресс-тесты
Информативными методами диагностики пневмококковых инфекций являются экспресс-тесты идентификации S. pneumoniae. Из неин-вазивных методов диагностики иммунохромато-графический тест на выявление С-полисахарида S. pneumoniae является одним из наиболее перспективных [29]. По данным исследователей, чувствительность и специфичность твердофазного иммуноферментного анализа и реакции латекс-агглютинации при исследовании мокроты составили: чувствительность - 95 и 86% соответственно и специфичность - 94% для обоих методов [24]. Также применяется иммунохро-матографический тест BinaxNOW (Binax Inc., США) - экспресс-тест для обнаружения антигена S. pneumoniae в ликворе (тест для экспресс-диагностики пневмококкового менингита) и моче.
Мультиплексный иммуноаналитический анализ (система Luminex, США) и анализ с моноклональ-ными антителами позволяют определять серотип пневмококка [30]. Данная система характеризуется высокими чувствительностью (79-97%) и специфичностью (99-100%).
Молекулярно-генетическое типирование
В связи с высокой чувствительностью, возможностью проведения анализа после начала антибактериальной химиотерапии, быстротой получения результата в лабораторной диагностике применяют полимеразную цепную реакцию (ПЦР). В мокроте при применении ПЦР пневмококк обнаруживали в 79% случаев, при использовании микробиологического исследования - лишь в 25%. В крови частота обнаружения S.pneumoniae методом ПЦР составила 25% [31].
С целью идентификации S. pneumoniae при помощи ПЦР применяются методы обнаружения генов ply (синтез пневмолизина), LytA (синтез аутолизина), psaA (синтез капсулы), cpsA (синтез поверхностного протеина А, фактора адгезии). За рубежом ПЦР-исследование пнев-молизинов и аутолизинов S. pneumoniae применяется нечасто в связи с недостаточно высокой чувствительностью: 82% для аутолизина и 89% для пневмолизина.
Преимуществом ПЦР-диагностики является возможность исследовать и исходный биоматериал от пациентов, и выделенные бактериальные изоляты. Метод базируется на детекции последовательностей локуса cps, ответственного за продукцию капсульных полисахаридов. Образование полисахаридов капсулы осуществляется wzy-зависимым и синтетазазависимым путями [32]. При ПЦР-диагностике проводится выявление генов wzy, wzx, wzg (cpsA), galU, wciP, wcwL, wcrG, wciL, wcwV, wcrH, ответственных за синтез полипептидной цепи пневмококковой капсулы. Серотипирование S. pneumoniae также проводится методом мультиплексной ПЦР [31]. В руководстве ВОЗ по лабораторной диагностике менингитов (2011) предложены методы ПЦР-серотипирования S. pneumoniae с учетом серотипов, характерных для географического региона. Исследователями было показано, что результаты серотипирования S. pneumoniae классическими и молекулярными методами сопоставимы [33].
Мультилокусное секвенирование-типирование
В современной диагностике пневмококковых инфекций важное место занимает MLST, по-
Рис. 2. Определение чувствительности S. pneumoniae к ß-лактамным препаратам [37]. ДДМ - дискодиф-фузионный метод. * Во всех случаях требуется определение МПК бензилпенициллина, но нельзя откладывать сообщение результата "резистентный" при менингите. ** При менингите необходимо определить МПК препарата, использование которого планируется для терапии.
зволяющее изучать популяционные структуры циркулирующих в регионе пневмококков. Метод MLST основан на анализе нуклеотидных последовательностей генов, мало подверженных селективному прессингу внешних факторов. Изоляты, идентичные по нуклеотидным последовательностям этих генов, объединены в сик-венс-типы. Группы изолятов, различающиеся по 1 нуклеотидной замене, объединены в кло-нальные комплексы. В базе данных PubMLST содержится информация о 40 000 изолятах S. pneumoniae.
В последние годы в мире распространено несколько сотен генетических линий пневмококков [34]. В настоящее время исследовано несколько тысяч генетически не связанных изоля-тов. Результаты MLST позволяют анализировать генетические механизмы разнообразия пневмококковых популяций. Как правило, для штаммов, относящихся к одной генетической линии
(сиквенс-типу или клональному комплексу), характерен определенный серотип. Но вследствие горизонтального генетического обмена бактериальная клетка может приобрести ген, кодирующий синтез капсульных полисахаридов, нехарактерных для данной генетической линии, -так называемое "переключение серотипов". Исследователи предполагают, что вакцинация может способствовать увеличению частоты эпизодов "переключения" генетических линий с вакцинных на невакцинные [35].
Профиль антибиотикочувствительности
Широкое и бесконтрольное применение населением антибактериальных препаратов до обращения за медицинской помощью приводит к возрастанию антибиотикорезистентности клинических изолятов S. pneumoniae [36]. Для проведения адекватной антипневмококковой терапии необходимо определить профиль чувстви-
тельности выделенного клинического изолята к антимикробным препаратам.
Согласно клиническим рекомендациям "Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Версия-2018-03", чувствительность к ß-лактамным препаратам определяется на основании скрининга с использованием диска оксациллина 1 мкг. Для изоля-тов, нечувствительных к оксациллину, необходимо определять минимальную подавляющую концентрацию (МПК) к бензилпенициллину. Интерпретацию полученных результатов исследования профиля антибиотикочувствительности к ß-лактамным препаратам проводят по схеме (рис. 2) [37].
Для оценки МПК антимикробного препарата используют метод серийных разведений или Е-тесты (полоски с градиентом концентрации антимикробного препарата). Чувствительными к пенициллину считают изоляты с МПК <0,6 мкг/мл, нечувствительными - штаммы с МПК >0,06 мкг/мл. Профиль антибиотикочувст-вительности изолятов к антимикробным препаратам (макролидам, фторхинолонам) изучают при помощи дискодиффузионного метода.
В соответствии с современными подходами к эмпирической терапии пациентов с пневмококковыми инфекциями при выборе антибиотика и его дозы следует учитывать локальные данные по антибиотикорезистентности возбудителей [37]. Данные по резистентности штаммов пневмококка к антибактериальным препаратам позволяют прогнозировать появление и распространение резистентных штаммов на конкретной территории и могут использоваться для разработки этиотропного лечения пневмококковых инфекций.
Заключение
Учитывая тот факт, что S. pneumoniae - патоген с высокоизменчивым геномом, для которого характерно разнообразие серотипов, наличие капсулированных и некапсулированных вариантов, для организации эффективного эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями необходимо проведение исследований, позволяющих отслеживать свойства циркулирующих штаммов на конкретной территории.
Для повышения результативности лабораторной диагностики пневмококковой инфекции необходимо выполнять требования к отбору клинического материала, стандартизации методов культивирования, оценке вирулентных свойств и профиля резистентности к антимикробным препаратам в соответствии с едиными стандартами выполнения лабораторных исследований.
Список литературы
1. Лобзин Ю.В., Сидоренко С.В., Харит С.М., Беланов С.С., Волкова М.О., Гостев В.В., Алексеенко С.И., Петрова С.И., Сергеева Е.В., Королева И.С., Орлов А.В., Фролова Е.Я. Се-ротипы Streptococcus pneumoniae, вызывающих ведущие нозологические формы пневмококковых инфекций. Журнал инфектологии 2013;5(4):35-41.
2. Jonson HL, Deloria-Knoll M, Levine OS, Stoszek SK, Freiman-is Hance L, Reithinger R, Muenz LR, O'Brien KL. Systematic evaluation of serotypes causing invasive pneumoccocal disease among children under five: the pneumoccocal global serotype project. PLoS Medicine 2010 0ct;7(10). pii: e1000348.
3. Pletz MW, von Baum H, van der Linden M, Rohde G, Schütte H, Suttorp N, Welte T. The burden of pneumococcal pneumonia - experience of the German competence network CAPNETZ. Pneumologie 2012 Aug;66(8):470-5.
4. Брико Н.И. Бремя пневмококковых инфекций и направления совершенствования эпидемиологического надзора в России. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы 2013;6:4-9.
5. Королева И.С., Белошицкий Г.В., Миронов К.О. Серотипо-вая характеристика пневмококков, выделенных от больных пневмококковым менингитом. Вопросы современной педиатрии 2012;11(4):122-7.
6. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Методические указания МУЗ 3.1.2.3047-13. Эпидемиологический надзор за вне-больничными пневмониями. М., 2013. 19 с.
7. Bonten MJM, Huijts SM, Bolkenbaas M, Webber C, Patterson S, Gault S, van Werkhoven CH, van Deursen AMM, Sanders EAM, Verheij TJM, Patton M, McDonough A, Moradogh-li-Haftvani A, Smith H, Mellelieu T, Pride MW, Crowther G, Schmoele-Thoma B, Scott DA, Jansen KU, Lobatto R, Oost-erman B, Visser N, Caspers E, Smorenburg A, Emini EA, Gruber WC, Grobbee DE. Polysaccharide ranjugate vaccine against pneumococcal pneumonia in adults. The New England Journal of Medicine 2015 Mar;372:1114-25.
8. Falkenhorst G, Remschmidt C, Harder T, Wichmann O, Glodny S, Hummers-Pradier E, Ledig T, Bogdan C. Background paper to the updated pneumococcal vaccination recommendation for older adults in Germany. Bundesgesundheitsblatt-Gesundheitsforschung-Gesundheitsschutz 2016 Dec;59(12):1623-57.
9. Мартынова А.В., Балабанова Л.А., Чулакова О.А., Шепа-рев А.А. Микробиологические аспекты молекулярно-эпи-демиологического мониторинга штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у пациентов пожилого возраста с внебольничными пневмониями. Вестник новых медицинских технологий 2014;21(3):69-71.
10. Reinert R, Vergison A. Streptococcus pneumoniae incidence in western Europe. The Lancet. Infectious Diseases 2007 Apr;7(4):240-2.
11. Руководство по клинической иммунологии в респираторной медицине. Под ред. Костинова М.П., Чучалина А.Г. Изд. 2-е, доп. М.: МДВ; 2018. 304 с.
12. Huijts SM, van Werkhoven CH, Bolkenbaas M, Grobbee DE, Bonten MJM. Post-hoc analysis of a randomized controlled trial: diabetes mellitus modifies the efficacy of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine in elderly. Vaccine 2017 Aug;35(34):4444-9.
13. Hanage WP, Bishop CJ, Huang SS, Stevenson AE, Pelton SI, Lipsitch M, Finkelstein JA. Carried pneumococci in Massachusetts children: the contribution of clonal expansion and serotype switch. The Pediatric Infectious Disease Journal 2011 Apr;30(4):302-8.
14. Simell B, Auranen K, Käyhty H, Goldblatt D, Dagan R, O'Brien K; Pneumococcal Carriage Group. The fundamental link between pneumococcal carriage and disease. Expert Reviews of Vaccines 2012 Jul;11(7):841-55.
15. Feikin DR, Kagucia EW, Loo JD, Link-Gelles R, Puhan MA, Cherian T, Levine OS, Whitney CG, O'Brien KL, Moore MR; Serotype Replacement Study Group. Serotype-specific chang-
es in invasive pneumococcal disease after pneumococcal conjugate vaccine introduction: a pooled analysis of multiple surveillance sites. PLoS Medicine 2013;10(9):e1001517.
16. Союз педиатров России; Национальная ассоциация специалистов по контролю инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (НП "НАСКИ"). Вакцинопрофилак-тика пневмококковой инфекции. Федеральные клинические рекомендации. М., 2015. 22 с.
17. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Методические рекомендации МР 3.3.1.0027-11. Эпидемиология и вакцинопрофи-лактика инфекции, вызываемой Streptococcus pneumoniae. М., 2011. 27 с.
18. Kapatai G, Sheppard CL, Al-Shahib A, Litt DJ, Underwood AP, Harrison TG, Fry NK. Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline. PeerJ 2016 Sep;4:e2477.
19. Park IH, Kim KH, Andrade AL, Briles DE, McDaniel LS, Nahm MH. Nontypeable pneumococci can be divided into multiple cps types, including one type expressing the novel gene pspK. MBio 2012 Apr;3(3). pii: e00035-12.
20. Sierra AI, Lopez P, Zapata MA, Vanegas B, Castrejon MM, Deantonio R, Hausdorff WP, Colindres RE. Non-typeable Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumoniae as primary causes of acute otitis media in colombian children: a prospective study. BMC Infectious Disease 2011;5(1):4-11.
21. Баязитова Л.Т., Тюпкина О.Ф., Чазова Т.А., Тюрин Ю.А., Исаева Г.Ш., Зарипова А.З., Патяшина М.А., Авдонина Л.Г., Юзлибаева Л.Р. Внебольничные пневмонии пневмококковой этиологии и микробиологические аспекты на-зофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae у детей в Республике Татарстан. Инфекция и иммунитет 2017;7(3):271-8.
22. Keller LE, Robinson DA, McDaniel LS. Nonencapsulated Streptococcus pneumoniae: emergence and pathogenesis. MBio 2016 Mar 22;7(2):e01792.
23. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Методические указания МУК 4.2.3115-13. Лабораторная диагностика внебольнич-ных пневмоний. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора; 2013. 39 c.
24. World Health Organization; Center for Disease Control and Prevention. WH0/IVB.11.09. Laboratory methods for the diagnosis of meningitis caused by Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae. WHO manual, 2nd ed. Geneva, Switzerland: WHO Press; 2011. 323 p.
25. Ing J, Mason EO, Kaplan SL, Lamberth LB, Revell PA, Luna RA, Hulten KG. Characterization of nontypeable and atypical Streptococcus pneumoniae pediatric isolates from 1994 to 2010. Journal of Clinical Microbiology 2012 Apr;50(4):1326-30.
26. Hirst RA, Kadioglu A, O'Callaghan C, Andrew PW. The role of pneumolysin in pneumococcal pneumonia and meningitis. Clinical & Experimental Immunology 2004 Nov;138(2):195-201.
27. Маянский А.Н., Чеботарь И.В., Лазарева А.В., Маян-ский Н.А. Пневмококковые биопленки. Молекулярная генетика, микробиология, вирусология 2015;3:16-22.
28. Molinos L, Zalacain R, Menendez R, Reyes S, Capelastegui A, Cilloniz C, Rajas O, Borderias L, Martin-Villasclaras JJ, Bello S, Alfageme I, Rodriguez de Castro F, Rello J, Ruiz-Man-zano J, Gabarrus A, Musher DM, Torres A. Sensitivity, specificity, and positivity predictors of the pneumococcal urinary antigen test in community-acquired pneumonia. Annals of the American Thoracic Society 2015 Oct;12(10):1482-9.
29. Боронина Л.Г., Саматова Е.В. Результаты типирования капсулы штаммов Streptococcus pneumoniae методом мультиплексной полимеразной реакции (МПР), выделенных у детей на Среднем Урале. В сб.: Молекулярная диагностика 2014. Сборник трудов VIII всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Молекулярная диагностика 2014", Москва, 18-20 марта 2014. В 2-х т. Т. I. М.: МБА; 2014: 412-3.
30. Pride MW, Huijts SM, Wu K, Souza V, Passador S, Tinder C, Song E, Elfassy A, McNeil L, Menton R, French R, Callahan J, Webber C, Gruber WC, Bonten MJ, Jansen KU. Validation of an immunodiagnostic assay for detection of 13 Streptococcus pneumoniae serotype-specific polysaccharides in human urine. Clinical and Vaccine Immunology 2012 Aug;19(8):1131-41.
31. Pai R, Gertz RE, Beall B. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates. Journal of Clinical Microbiology 2006 Jan;44(1):124-31.
32. Jauneikaite E, Tocheva AS, Jefferies JM, Gladstone RA, Faust SN, Christodoulides M, Hibberd ML, Clarke SC. Current methods for capsular typing of Streptococcus pneumoniae. Journal of Microbiological Methods 2015 Jun;113:41-9.
33. Sheppard CL, Harrison TG, Smith MD, George RC. Development of a sensitive, multiplexed immunoassay using xMAP beads for detection of serotype-specific Streptococcus pneumo-niae antigen in urine samples. Journal of Medical Microbiology 2011 Jan;60(Pt 1):49-55.
34. Elberse K, Witteveen S, van der Heide H, van de Pol I, Schot C, van der Ende A, Berbers G, Schouls L. Sequence diversity within the capsular genes of Streptococcus pneumoniae sero-group 6 and 19. PLoS One 2011;6(9):e25018.
35. Varghese R, Jayaraman R, Veeraraghavan B. Current challenges in the accurate identification of Streptococcus pneumo-niae and its serogroups/serotypes in the vaccine era. Journal of Microbiological Methods 2017 Oct;141:48-54.
36. Козлов Р.С., Сивая О.В., Кречикова О.И., Иванчик Н.В.; Группа исследователей проекта "ПеГАС". Динамика резистентности Streptococcus pneumoniae к антибиотикам в России за период 1999-2009 гг. (Результаты многоцентрового проспективного исследования ПеГАС). Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия 2010;12(4):329-41.
37. Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии. Определение чувст вительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации. Версия-2018-03. Доступно по: http://www.antibiotic.ru/minzdrav/files/ docs/clrec-dsma2018.pdf Ссылка активна на 20.12.2018.
Diagnosis of Pneumococcal Infections of the Respiratory Tract
A.Z. Zaripova, R.I. Valieva, L.T. Bayazitova, and M.V. Tselischeva
Community-acquired pneumonia is a frequently reported form of pneumococcal diseases and is a major public health problem worldwide. According to the literature, the etiology of community-acquired pneumonia can be established in no more than 50% of cases. Diagnosis is usually based on clinical data and laboratory confirmation of pneumococcal etiology of the disease is rare. The article describes the main methods of classical microbiological identification of Streptococcus pneumoniae and modern methods of molecular genetic diagnosis of pneumococcal infections. Adequate methods of microbiological diagnosis will improve the efficacy of establishing the etiology of pneumococcal diseases and their etiotropic treatment.
Key words: pneumococcal infections, microbiological diagnosis, community-acquired pneumonia, identification,
Strep to coccus pneumoniae.
