CC BY
30
Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017; 22(5)
DOI: http://dx.doi.org/10.18821/1560-9529-2017-22-5-248-253_
оригинальная статья
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2017 УДК 578.833.28:578.5].083.2
Вакалова Е.В.1, Волынкина АС.2, Котенев Е.С.2, КуликоваЛ.Н.3, Викторова Н.В.1
детекция и генетическая характеристика рнк-изолятов вируса крымской-конго геморрагической лихорадки, выделенных из
клещей HYALOMMA MARGINATUM В АСТрАХАнСКоЙ оБЛАСТи (2016 г.)
1ФКУЗ «Астраханская противочумная станция» Роспотребнадзора, 414000, Астраханская область, r. Астрахань, Россия, Кубанская улица, д. 3;
2ФГУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, 355035, Ставропольский край, г. Ставрополь, Россия, ул. Советская, д. 13-15;
3 ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Астраханской области» Роспотребнадзора, 414024, Астраханская область, г. Астрахань, Россия, ул. Николая Островского, д. 122/89
По данным обследования методом ОТ-ПЦР 1746 экземпляров клещей H. marginatum, собранных в Астраханской области, их зараженность вирусом ККГЛ составила 1,5%, что сопоставимо с результатами более ранних исследований, выполненных в разные годы в Астраханской и Ростовской областях и свидетельствующих о таких показателях виру-софорности как 0,1; 0,9; 2,4; 0,6; 0,9 и 2,3% (4, 5, 6, 7). В результате секвенирования фрагментов генома (четырнадцати из 26 изолятов РНК) установлена их принадлежность к генотипу «Европа-1». Семь изолятов из 14 относятся к субтипу Va «Ставрополь—Ростов—Астрахань», два представляют реассортантный генетический вариант S-Vc; M-Vb; L-Va.
Ключевые слова: вирус ККГЛ, зараженность клещей, метод ОТ-ПЦР, секвенирование генома, таксономия.
Для цитирования: Вакалова Е.В., Волынкина А.С., Котенев Е.С., Куликова Л.Н. Викторова Н.В. Детекция и генетическая характеристика РНК-изолятов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, выделенных из клещей Hyalomma marginatum в Астраханской области (2016 г.). Эпидемиология и инфекционные болезни. 2017; 22(5) 248-253. DOI: http://dx.doi. org/10.1882/1560-9529-2017-22-5-248-253
VakalovaE.V.1, VolynkinaA.S.2, KotenevE.S.2, KulikovaL.N.3, ViktorovaN.V.1
DETECTION AND GENETIC CHARACTERISTICS OF RNA ISOLATES OF CRIMEAN-CONGO HAEMORRHAGIC FEVER VIRUS FROM THE HYALOMMA MARGINATUM TICKS COLLECTED IN THE ASTRAKHAN REGION (2016) 'Astrakhan anti-plague .station of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare, 3, Kubanskaya Street, 414000 Astrakhan, Russia;
2Stavropol Scientific Research Anti-Plague Institute of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare, 13-15, Sovetskaya Str., 355035 Stavropol, Russia;
3 The center of hygiene and epidemiology for the Astrakhan region of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare, 122/89, Nikolaya Ostrovskogo Str., Astrakhan region, 414024Astrakhan, Russia
1,746 specimens of H. marginatum ticks collected in the Astrakhan region were examined by RT-PCR, their infection rate with CCHF virus amounted to 1.5%. This is comparable with results of earlier studies performed in different years in the Astrakhan and Rostov regions and testified to such indices of viral resistance as 0.1; 0.9; 2.4; 0.6; 0.9 and 2.3%. As a result ofsequencing of fragments of the genome (fourteen of the 26 isolates of RNA, they refer to the genotype «Europe-1.» Seven out of 14 isolates belong to the subtype Va «Stavropol—Rostov—Astrakhan», two represent the reassortant genetic variant S-Vc; M-Vb; L-Va.
Keywords: CCHF virus; carriage of virus; RT-PCR; genome sequences.
For citation: Vakalova E.V., Volynkina A.S., Kotenev E.S., Kulikova L.N., Viktorova N.V. Detection and genetic characteristics of RNA isolates of Crimean-Congo Haemorrhagic Fever virus from the Hyalomma marginatum ticks collected in the Astrakhan region (2016). Epidemiologiya i Infektsionnye Bolezni. Epidemiology and infectious diseases (Russian Journal). 2017; 22(5): 248-253. (In Russ.). DOI: http://dx.doi.org/10.1882/1560-9529-2017-22-5-248-253
For correspondence: Elena V Vakalova, MD, the physician of the bacteriological laboratory of the Astrakhan anti-plague station of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare Russia. E-mail: e.vakalova@yandex.ru
Conflict of interest. The authors declare no conflict of interest.
Acknowledgement. The study had no sponsorship.
Received 12.07.2017 Accepted 22.11.2017
Список иксодовых клещей (Ixodidae) — переносчиков вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки (ККГЛ) — насчитывает около 30
Для корреспонденции: Вакалова Елена Владимировна, врач бактериологической лаборатории с группой ПЦР-диагностики и вирусологической группой ФКУЗ «Астраханская противочумная станция» Роспотребнадзора, E-mail: e.vakalova@yandex.ru
видов и подвидов, относящихся к 6 родам. Во всех эндемичных регионах основное значение в передаче вируса имеют взрослые особи клещей рода Hyalomma: в европейских очагах — главным образом Hyalomma marginatum. В период с 2005 по 2016 гг. сотрудниками отдела особо опасных инфекций Центра эпидемиологии и гигиены в Астраханской области с крупного рогатого скота
было собрано 8512 экземпляров имаго иксодовых клещей 11 видов: Hyalomma marginatum (51,3%), H. supense (43,6%), Dermacenter niveus (2,2%), H. anatolicum (0,9%), Boophilus annulatus (0,8%), Rhi-picephaluspumilio (0,5%), D. marginatus (0,4%), Rh. rossicus (0,3%), Haemaphisalis punctata (0,1%), H. detritum (0,01%) и H. asiaticum (0,002%). Видовой состав клещей, снятых в те же годы с людей, насчитывал 19 видов, включая Rh. pumilio — 1262 особи (57,9%), H. marginatum — 4327 (19,9%), Rh. sanguineus — 1898 (8,7%), D. niveus — 1499 (6,9%), Rh. turanicus — 507 (2,3%), Rh. rossicus
— 388 (1,8%), I. ricinus — 322 (1,5%), H. detritum
— 89 (0,4%), D. marginatum — 43 (0,2%), H. asiaticum — 23 (0,1%), Haem.punctata — 21 (0,1%), B. annulatus — 19 (0,1%). H. dromedarii, H. detritum, H. aegyptium, Rh. schulzei, D. reticulatus были представлены единичными экземплярами в количестве от 0,004 до 0,02%. В предыдущих публикациях, посвящённых изучению фауны иксодовых клещей в Астраханской области, упоминались единичные находки Ixodes crenulatus, Haem. impessum и Boo-philis calcaratus [1, 2].
В 1967—1969 гг. методом заражения новорожденных белых мышей в Астраханской области было обследовано 817 экземпляров имаго H. marginatum и выделен 1 (0,1%) штамм вируса [3]. Среди 1076 клещей этого вида, снятых в 2006—2010 гг. после присасывания с людей, 10 экземпляров (0,9%) содержали РНК вируса КГЛ. Из 10 человек, покусанных инфицированными клещами, в трёх случаях на основании клинических данных и результатов обследования их сывороток в ОТ-ПЦР, ИФА-IgM и ИФА-IgG был поставлен диагноз КГЛ. У двух других наблюдались острые лихорадочные заболевания, но их обследование методами ОТ-ПЦР и ИФА не проводилось, поэтому связь этих случаев с вирусом КГЛ достоверно не установлена. По этим данным расчётные показатели инфицирования покусанных лиц, выраженного в развитии симптомов заболевания КГЛ, составили 0,3—0,4% [4]. По данным А.В. Топоркова и соавт. [5], при обследовании методом ОТ-ПЦР 207 пулов клещей, собранных в 4 районах Астраханской области, РНК вируса ККГЛ была обнаружена в 5 пробах (2,4%).
В Ростовской области из 1429 особей клещей трех видов было изолировано 14 (1,0%) штаммов: 4 (0,3%) из H. marginatum, 9 (0.6%) из Rhipicepha-lus rossicus и 1 (0,1%) из Dermacentor marginatus. Среди 295 суспензий иксодовых клещей (28 537 экземпляров) методом ИФА антиген вируса ККГЛ был выявлен в 33 (1,1%) пробах. Вирусофорность H. marginatum и Rh. rossicus, снятых с КРС, составила соответственно 2,3 и 1,5%, D. marginatus H. marginatum, Rh. rossicus собранных на «флаг» — соответственно 0,9, 0,8 и 0,6%. В 66,7% случаев
ORIGINAL ARTIcLE
положительные результаты ИФА были подтверждены в ОТ-ПЦР [6].
С.В. Серегин и соавт. [7], на основании результатов множественного выравнивания нуклеотид-ных и выведенных аминокислотных последовательностей S-сегмента РНК, установили высокую степень гомологии трёх российских штаммов вируса ККГЛ и штамма из Болгарии (различия не превышали 1,25%). Ростовский штамм TI28044 оказался наиболее близким прототипному астраханскому штамму «Дроздов»: отличия в нуклео-тидных и аминокислотных последовательностях составили 1,4/0,8%, нуклеотидные различия в кодирующей части S-сегмента между этими штаммами равнялись 1,2%. Различий между штаммом TI28044 и ставропольским штаммом HU12923 в нуклеотидных и аминокислотных последовательностях кодирующей части составили 1,5/0,8%. Полученные данные позволили авторам установить принадлежность исследованных штаммов к 1-й генетической группе вируса ККГЛ и сделать вывод об однородности популяции штаммов, циркулирующих в эндемичных регионах России на протяжении, как минимум, нескольких десятилетий.
Результаты филогенетического анализа L-сег-мента в целом совпали с данными анализа малого сегмента. Характеристика последовательностей M-сегмента не представляет возможности четкой кластеризации российских штаммов по географическому принципу, так как у некоторых изолятов наблюдается переход из одной генетической группы в другую, что вероятно связано с реассортаци-ей в средних геномах РНК.
По данным Л.С. Карань и соавт. [8] уровень гомологии нуклеотидных последовательностей фрагмента S-сегмента РНК российских штаммов, штаммов из эндемичных стран южной Европы и Турции находится в пределах 94,3—100%. Среди них выделяются 2 кластера: 1-й содержит последовательности РНК, изолированные в Астраханской области, Ставропольском крае и частично в Ростовской области; 2-й — образцы из Волгоградской области и часть из других эндемичных регионов России. Изоляты из Косово, Албании и Турции обладают высоким уровнем гомологии и отличаются от болгарского штамма V-42.
При анализе аминокислотных последовательностей фрагмента нуклеопротеина образуются 3 группы изолятов: 1-я включает все южнороссийские образцы (за исключением группы А-6 астраханских штаммов из клещей), 2-я — штамм M-42 из Болгарии, 3-я — группа А. Изо-ляты вируса ККГЛ, выделенные в разные годы в Ростовской области, не отличаются от штаммов волгоградской и астраханско-ставропольской группы. Штаммы своеобразной астраханской группы А и астраханско-ставропольской группы
оригинальная статья
циркулируют одновременно на одних и тех же территориях.
А.С. Волынкина и соавт. [9], в результате обследования методом ОТ-ПЦР 1300 пулов иксодовых клещей, собранных в 2012—2014 гг. в южном регионе Европейской части России, определили следующие показатели их заражённости вирусом ККГЛ: Hyalomma marginatum — 3,7%, H. scupense - 0,7%, Rhipicephalus rossicus — 0,3%, Boophilus annulatus — (0,1%). РНК-изоляты вируса ККГЛ были получены из 50-и ПЦР-позитивных проб H.marginatum, H. scupense, а также 225 проб сывороток крови больных ККГЛ. При частичном сек-венировании S-, M- и L-сегментов РНК было установлено, что большинство из изолятов (270; 98,2%) относятся к генетической группе «Европа-1» (v), подразделяющуюся на 3 подгруппы: «Ставро-поль—Ростов—Астрахань-1» (Va), близкий штамму STV/29223 и кластеру «Волгоград—Ростов— Ставрополь» (Vb), а также ростовскому штамму R0S/TI/28044 и кластеру «Астрахань-2» (Vc) (KF496920, KF496921). Один изолят из сыворотки крови больного человека отнесён в группу «Африка» близкую штамму SPU415/85, а четыре, выделенные из H.marginatum, отличались от всех ранее охарактеризованных штаммов и сформировали новую группу «Kalmykia» (VIII).
При сравнении полноразмерных геномов штаммов вируса ККГЛ, выделенных от больных в 1967 г. («Дроздов», Астрахань, «Кашманов», Ростов-на-Дону) и четырех штаммов, изолированных от больных людей в 2013 г., А.С. Климентовым и со-авт. [10] установлена высокая степень их идентичности (98.5%) по S- и L-сегментам, что указывает на низкую эволюционную скорость накопления замен у вируса ККГЛ. При анализе последовательностей открытых рамок считывания M-сегментов идентичность новых астраханских штаммов со штаммом «Дроздов» составила около 98%, но всего 94% со штаммом «Кашманов» из Ростовской области, что сравнимо с генетическими дистанциями от штаммов из Турции и Косово. Эти результаты указывают на существование двух отдельных вариантов M-сегмента РНК внутри российской филогенетической группы вируса ККГЛ, которые могли возникнуть в результате реассортации.
Настоящая работа посвящена изучению заражённости клещей Hyalomma marginatum, вирусом ККЛ и генотипированию РНК-изолятов штаммов вируса ККГЛ, циркулирующего в Астраханской области.
Материалы и методы
В 2016 г. ФКУЗ «Астраханской противочумной станции (ПЧС)» методом ОТ-ПЦР на наличие РНК вируса ККГЛ было обследовано 1746 экземпляров (171 пул) имаго клещей H. marginatum, снятых с
крупного рогатого скота и объединённых в пулы по видам, полу, месту и времени сбора. Пулы голодных или полунапитавшихся клещей состояли из 10 экземпляров, напитавшихся особей обследовали индивидуально. Для обследования методом ПЦР пул клещей помещали в микроцентрифужную пробирку типа Эппендорф, добавляли 1 мл 70% этанола, встряхивали на вортексе, затем центрифугировали в течение 3—5 сек при 5000 об/мин на центрифуге MiniSpin («Eppendorf», Германия) после чего жидкость удаляли с помощью вакуумного отсасывателя. Затем в пробирку добавляли 1 мл 0,15 М раствора хлорида натрия, встряхивали на вортексе, снова центрифугировали и удаляли отмывочную жидкость. Для приготовления клещевых суспензий использовали стерильные охлаждённые фарфоровые ступки и пестики. В случае гомогенизации напитавшегося клеща, его предварительно прокалывали стерильной одноразовой иглой в нескольких местах для выхода крови. Индивидуальные пробы клещей растирали в 700 мкл или в 1—1,5 мл (если гомогенизировали пул клещей или напитавшегося клеща) охлажденного физиологического раствора хлорида натрия. Полученную суспензию центрифугировали 1 мин при 10 000 об/мин и отбирали 50 мкл надосадоч-ной жидкости для выделения РНК.
Выделение РНК вируса ККГЛ из суспензии клещей проводили с использованием комплекта реагентов «Рибо-преп» (производства ООО «Ин-терЛаб Сервис», Россия) в соответствии с инструкцией производителя.
Проведение обратной транскрипции и ПЦР-амплификации с гибридизационно-флуорес-центной детекцией в режиме реального времени, анализ и учет результатов осуществляли на ам-плификаторе Rotor-Gene 6000 (Corbett Research, Австралия) с использованием набора реагентов «Ампли Сенс® CCHFV-FL» для выявления РНК вируса ККГЛ в биологическом материале (производства ООО «Интерлабсервис», Россия).
В Ставропольском ПЧИ индикацию вируса ККГЛ в РНК-позитивных суспензиях клещей Hyalomma marginatum, полученных из Астраханской ПЧС, осуществляли методом ПЦР с использованием аналогичного набора реагентов для выявления РНК вируса ККГЛ «АмплиСенс® CCHFV-FL» (ООО «Интерлабсервис», Россия). Экстракцию РНК из образцов клинического и полевого материала и получение комплементарной ДНК производили с помощью наборов реагентов «РИБО-преп» и «РЕВЕРТА-1-100» (ООО «Интерлабсервис», Россия).
Генетическую идентификацию вируса ККЛ проводили методом секвенирования трёх участков генома вируса: фрагментов 115—652 кодирующей области малого (S) сегмента генома (538 п.о),
ORIGINAL ARTIcLE
фрагмента 4620—5075 кодирующей области среднего (M) сегмента генома (435 п.о.) и фрагмента 105—541 кодирующей области большого (L-) сегмента генома (437 п.о.) с последующим филогенетическим анализом (позиции фрагментов приводятся по полноразмерным последовательностям S-, M-, и L-сегментов штамма ROS/HUVLV-100, GenBank DQ206447, DQ206448, AY995166, соответственно).
Нуклеотидные последовательности фрагментов генома изолятов вируса ККГЛ, полученные в данной работе, сравнивали с имеющимися последовательностями штаммов вируса, полученными из базы данных GenBank. Анализ уровня генетического родства и построение филогенетических деревьев проводили в программе Mega 5.05 с использованием метода Neigboor joining, по алгоритму Kimura-2, статистическую достоверность топологии филогенетических деревьев проверяли с помощью Bootstrap-анализа, вычисления проводили для 1000 повторов. Генотип/субтип изолятов вируса ККГЛ определяли на основании сравнения кластеровой позиции изолята при проведении филогенетического анализа по фрагментам 3 сегментов (S-, M- и L-) генома вируса.
Результаты и обсуждение
Все 26 суспензий H. marginatum клещей (№№ 1—26), положительных на РНК вируса ККГЛ в Астраханской ПЧС, оказались позитивными при обследовании методом ОТ-ПЦР в Референс-центре по мониторингу ККГЛ в Ставропольском ПЧИ. Были установлены нуклеотидные последовательности участков генома 14 изолятов РНК, (№№ 2, 3, 4, 11, 13, 14, 15, 16, 20, 21, 23, 24, 25, 26) — фрагментов кодирующей области S-сегмента (538 п.н., 179 aa) M-сегмента (435 п.н., 145 aa) и L-сегмента (147 п.н., 147 aa). Секвенированные последовательности были использованы для проведения филогенетического анализа.
Выполнить секвенирование фрагментов S-, M- и L- сегментов генома 12 изолятов вируса ККГЛ, выявленных в суспензиях клещей (№№ 1, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12 17, 18, 19, 22) не удалось вследствие низкой вирусной нагрузки в образцах.
Филогенетический анализ по фрагментам S-, M- и L-сегментов генома вируса показал, что исследуемые образцы кластеризуются с ранее охарактеризованными образцами субтипов Va — «Ставрополь— Ростов—Астрахань-1» (типовой штамм STV/29233), Vb — «Волгоград—Ростов— Ставрополь» (типовой штамм R0S/T128044) и Vc (типовой изолят 5185-ASTR/HU-2011) генотипа «Европа-1» (V), характерного для
территории юга России. Генотип/субтип изолятов вируса ККГЛ, определяли на основании сравнения кластеровой позиции изолята при проведении филогенетического анализа по фрагментам 3 сегментов М- и Ь-) генома вируса (см. таблицу).
При проведении филогенетического анализа было установлено, что изоляты РНК вируса ККГЛ, выявленные в двух образцах суспензий клещей № 16, 26, по S-сегменту входят в подгруппу Vc «Астрахань-2», по М-сегменту — в подгруппу \Ъ «Волгоград—Ростов—Ставрополь», по Ь-сегменту — в подгруппу Уа «Ставрополь— Ростов—Астрахань» и относятся к «реассортант-ному» генетическому варианту ^-Ус; М-УЪ; Ь-Уа;) генотипа «Европа-1».
Для 6 изолятов вируса ККГЛ, выявленных в 5 пробах суспензий клещей №№ 2, 11, 20, 21, 24 не удалось секвенировать нуклеотидную последовательность фрагментов всех сегментов генома. Нуклеотидные последовательности фрагмента S-сегмента изолятов в пределах субтипа Ус, оказались практически идентичными, обнаружена лишь 1 нуклеотидная замена между изолятами этого субтипа. Изоляты, формирующие субтип Ус на филогенетическом дереве по фрагменту S сегмента, при анализе по фрагменту М-сегмента входили в группу УЬ, при анализе по фрагменту Ь-сегмента — в группу Уа. Средние различия нуклеотидных последовательностей фрагмента М-сегмента в пределах группы УЬ составили 1,4 %, (диапазон 0,5—2,3 %), нуклеотидные различия изолятов 16-ASTR/TI-2016 и 26-ASTR/TI-2016 от остальных штаммов субтипа УЬ — составили 1,6—2,3 %. Средние различия нуклеотидной после-
Результаты генетического типирования изолятов РНК вируса ККГЛ в суспензиях клещей H. marginatum из Астраханской области.
Номер Административ- Сегменты РНК Генотип (субтип)
образца ный район S M L
2
3
4 11
13
14
15
16 20 21
23
24
25
26
Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Красноярский Камызякский Камызякский Камызякский Приволжский
Va Va Va Vc Va Va Va Vc Vc Va Va Va Va Vc
Va Va
Va Va Va Vb
Va
Va Vb
Va Европа-1:
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1:
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1: S-Vc; M-Vb; L-Va;
- Европа-1:
Va Европа-1:
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1:
Va Европа-1: S-Va; M-Va; L-Va;
Va Европа-1: S-Vc; M-Vb; L-Va;
оригинальная статья
довательности фрагмента L-сегмента в пределах субтипа Va составили 0,9 % (диапазон 0—1,8 %), нуклеотидные различия изолятов 11-ASTR/TI-2016, 16-ASTR/TI-2016 и 26-ASTR/TI-2016 от остальных штаммов субтипа Va — составили 0,5—1,8 %.
Средниеразличиянуклеотидныхпоследователь-ностей в пределах субтипа Va составили по фрагменту S-сегмента — 1,1 % (диапазон — 0—2,2 %). по фрагменту M-сегмента — 1,6 % (диапазон — 0—2,3 %), по фрагменту L-сегмента — 0,9 % (диапазон 0—1,8 %). Различия нуклеотидных последовательностей между изолятами субтипов Va и Vc по фрагменту S-сегмента составили 4,5 %, (диапазон 3,3—4,5 %), между изолятами субтипов Va и Vb по фрагменту M-сегмента — 5,7 % (диапазон 4,6—6,4 %).
Анализ выведенной аминокислотной последовательности фрагмента кодирующей области S-сегмента позволил выявить 4 аминокислотные замены между изолятами субтипов Va и Vc. Аминокислотных различий между изолятами субтипов Va и Vb не выявлено. Различия выведенной аминокислотной последовательности фрагмента кодирующей области M-сегмента между изолятами субтипов Va и Vb составили 3,4—6,9 % (5—10 аминокислотных замен). Изоляты 16-ASTR/TI-2016 и 26-ASTR/TI-2016 от остальных штаммов субтипа Vb по аминокислотной последовательности фрагмента M-сегмента отличались на 1,37— 3,4 % (3—5 аминокислотных замен).
Аминокислотных различий между изолятами субтипов Va и Vb при анализе выведенной аминокислотной последовательности фрагмента кодирующей области L-сегмента не обнаружено. Среди изолятов субтипа Va выявлены единичные аминокислотные замены. Уникальные аминокислотные замены, отличающих изоляты 11-ASTR/ TI-2016, 16-ASTR/TI-2016 и 26-ASTR/TI-2016 от других изолятов субтипа Va, отсутствовали.
Заключение
По данным обследования методом ОТ-ПЦР 1746 экземпляров клещей H. marginatum, собранных в Астраханской области, их зараженность вирусом ККГЛ составила 1,5%, что сопоставимо с результатами более ранних исследований, выполненных в разные годы в Астраханской и Ростовской областях и свидетельствующих о таких показателях вирусофорности как 0,1; 0,9; 2,4; 0,6; 0,9 и 2,3% (4, 5, 6, 7). В результате секвенирования фрагментов генома (четырнадцати из 26 изолятов РНК установлена их принадлежность к генотипу «Европа-1». Семь изолятов из 14 относятся к субтипу Va «Ставрополь—Ростов—Астрахань», два представляют реассортантный генетический вариант S-Vc; M-Vb; L-Va.
Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
ЛИТЕРАТУРА
1. Зимина Ю.В., Бируля Н.Б., Березин В.В. и соавт. Материалы зоолого-паразитологической характеристики крымской геморрагической лихорадки в Астраханской области. Труды Института полиомиелита и вирусных энцефалитов. М.: 1965; 7: 288—395.
2. Зимина Ю.В., Куликова Л.Н., Салько В.Н., Ковтунов А.И. Иксодовые клещи в Астраханской области, их роль в формировании природных очагов и передаче арбовирусов человеку. Вопросы риккетсиологии и вирусологии (Сборник научных трудов), Астрахань—Москва: 1996; 58—62.
3. Бутенко А.М. Крымская-Конго геморрагическая лихорадка. В кн. Эволюция инфекционных болезней в России в XX веке, М.: Медицина; 2003: 365—76.
4. Путилина Н.Г., Мальков П.М., Куликова Л.Н. и соавт. Детекция РНК вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки в клещах Hyalomma marginatum, снятых с покусанных людей. Вопросы вирусологии, 2012; 3: 37—40.
5. Топорков А.В., Кабин В.В., Тарасов М.А. и соавт. Организационно-методические аспекты обследования сочетанных очагов особоопасных арбовирусных и бактериальных инфекций (на примере Среднего и Нижнего Поволжья). В сб.: Арбовирусы и арбовирусные инфекции. Материалы расширенного пленума проблемной комиссии «Арбовирусы» и научно-практической конференции «Арбовирусы и арбовирусные инфекции». Астрахань, 17—20 октября 2006 г. М.; 2007: 147—9, Издательство «Гриф и К»
6. Москвитина Э.А., Водяницкая С.Ю., Ломов Ю.А. и соавт. Современное состояние природного очага крымской геморрагической лихорадки в Ростовской области. В сб.: «Арбовирусы и арбовирусные инфекции. Материалы расширенного пленума проблемной комиссии «Арбовирусы» и научно-практической конференции «Арбовирусы и арбовирусные инфекции», Астрахань, 17—20 октября 2006 г. М.: 2007; 128—32. Издательство «Гриф и К»; Тула.
7. Серегин С.В., Петрова И.Д., Вышемирский О.И. и соавт. Изучение генетической вариабильности штаммов вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, циркулирующих в России и странах Средней Азии. В сб.: Арбовирусы и арбовирусные инфекции. Материалы расширенного пленума проблемной комиссии «Арбовирусы» и научно-практической конференции «Арбовирусы и арбовирусные инфекции», Астрахань, 17—20 октября 2006 г. М.; 2007: 52—6. Издательство «Гриф и К»; Тула.
8. Карань Л.С., Платонов А.Е., Смирнова С.Е. и соавт. Генетические исследования при Крымской геморрагической лихорадке: от диагностики до молекулярной эпидемиологии. Материалы расширенного пленума проблемной комиссии «Арбовирусы» и научно-практической конференции «Арбовирусы и арбовирусные инфекции», Астрахань, 17—20 октября 2006 г. М.; 2007: 57—61, Издательство «Гриф и К»; Тула.
9. Volynkina A.S., Kotenov E.S., Lisitskaya V.V. Genetic analysis of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in the South of Russia. Ls,Internetional Conference on Crimean-Congo hemorrhagic fever, 13—14 February 2015, Thessaloniki, Greece. Abstracts, 10.
10. Klimentov A.S., Butenko A.M., Larichev V.F. et al. Genetic diversity of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Russia. 1s'Internetional Conference on Crimean-Congo.
ORIGINAL ARTICLE
REFERENCES
1. Zimina Yu.V., Birulya N.B., Berezin V.V. et al. Data on zoological and parasitological investigation of Crimean haemorragic fever in Astrakhan region. In: Endemical viral infection. Transaction of Chumakov Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitides. [Materialy zoologo-parazitologicheskoy kharakteristiki krym-skoy gemorragicheskoy likhoradki v Astrakhanskoy oblasti. Trudy Institutapoliomielita i virusnykh encefalitov]. Moscow:1965; 7: 288—395. (in Russian)
2. Zimina Yu.V., Kulikova L.N., Sal'ko V.N., Kovtunov A.I. Ixodi-dae ticks in Astrakhan region, their role in formation of natural foci and transmission of arboviruses to human being. In: Problems of rickettsiology and virology. [Iksodovye kleshchi v As-trakhanskoy oblasti, ikh rol' v formirovanii prirodnykh ochagov i peredache arbovirusov cheloveku. Voprosy rikketsiologii i vi-rusologii (Sbornik nauchnykh trudov)]. Astrakhan'—Moscow: 1996; 58—62. (in Russian)
3. Butenko AM. Crimean-Congo hemorrhagic fever. In: Evolution of Infectious Diseases in Rusia in the XX Century. [Krymskaya-Kongo gemorragicheskaya likhoradka. V kn.: Evolyutsiya infekt-sionnykh bolezney v Rossii vXXveke]. Moscow: 2003; 365—76. (in Russian)
4. Putilina N.G., Mal'kov P.M., Kulikova L.N. et al. Detection of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus RNA in the Hyalom-ma marginatum ticks from bitten people. Problemy virusologii. 2012; (3): 37—40. (in Russian)
5. Toporkov A.V., Kabin V.V., Tarasov M.A. et al. Organizational and methodological aspects investigation of foci of hazardous arboviral and bacterial infections. In: Arboviruses and arbo-viral infections. Materials of the scientific conference, Astrakhan', 17—20 October, 2006. [Organizatsionno-metodicheskie aspekty obsledovaniya sochetannykh ochagov osoboopasnykh arbovirusnykh i bakterial'nykh infektsiy (na primere Srednego i Nizhnego Povolzh'ya) V sbornike: Arbovirusy i arbovirusnye infektsii. Materialy rasshirennogo plenuma problemnoy komissii «Arbovirusy» i nauchno-prakticheskoy konferentsii «Arbovirusy i arbovirusnye infektsii», Astrahan', 17—20 oktyabrya 2006 g.] Moscow: 2007; 147—9. (in Russian)
6. Moskvitina Ye.A., Vodyanitskaya S.Yu., Lomov Yu.A. et al. Current status of Crimean hemorragic fever focus in Rostov region. In: Arboviruses and arboviral infections. Materials of the scientific conference, Astrakhan, 17—20 October. [Sovremennoe sostoyanie prirodnogo ochaga krymskoy gemorragicheskoy lik-horadki v Rostovskoy oblasti. V sbornike: Arbovirusy i arbovi-rusnye infektsii. Materialy rasshirennogo plenuma problemnoy komissii «Arbovirusy» i nauchno-prakticheskoy konferentsii «Arbovirusy i arbovirusnye infektsii», Astrahan', 17—20 oktyabrya 2006 g.]. Moscow: 2007; 128—32. (in Russian)
7. Seregin S.V., Petrova I.D., Vyshemirskiy O.I. et al. Study of genetical variability of Crimean-Congo virus strains circulated in the Russia and Middle Asiatic states. In: Arboviruses and arboviral infections. Materials of the scientific conference, Astrakhan, 17—20 October 2006 g. [Izuchenie geneticheskoy variabil'nosti shtammov virusa Krymskoy-Kongo gemor-ragichesko lihoradki, cirkuliruyushchikh v Rossii i stranakh Sredney Azii. V sbornike: Arbovirusy i arbovirusnye infektsii. Materialy rasshirennogo plenuma problemnoy komissii «Arbovirusy» i nauchno-prakticheskoy konferentsii «Arbovirusy i arbovirusnye infektsii», Astrahan', 17—20 oktyabrya 2006 g.] Moscow; 2007; 52—6, Izdatel'stvo «Grif i K»; Tula. (in Russian)
8. Karan' L.S., Platonov A.E., Smirnova S.E. et al. Genetical investigation on Crimean hemorragic fever: from diagnosis to molecular epidemiology. In: Arboviruses and arboviral infections. Materials of the scientific conference, Astrakhan, 17—20 October, 2006. [Geneticheskie issledovaniya pri Krymskoy gemorragicheskoy lihoradke: ot diagnostiki do molekulyarnoy ehpidemiologii. In: Materialy rasshirennogo plenuma prob-lemnoy komissii «Arbovirusy» i nauchno-prakticheskoy konfer-entsii «Arbovirusy i arbovirusnye infektsii», Astrahan', 17—20 oktyabrya 2006 g]. Moscow; 2007: 57—61. Izdatel'stvo «Grif i K»; Tula. (in Russian)
9. Volynkina A.S., Kotenov E.S., Lisitskaya V.V. Genetic analysis of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in the South of Russia. 1stInternational Conference on Crimean-Congo hemorrhagic fever, 13—14 February 2015, Thessaloniki, Greece .Abstracts.
10. Klimentov A.S., Butenko A.M., Larichev V.F. et al. Genetic diversity of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus in Russia. 1stInternetional Conference on Crimean-Congo.
Поступила 12.07.2017 Принята в печать 22.11.2017
Сведения об авторах:
Волынкина Анна Сергеевна, науч. сотр. лаб. природно-очаговых инфекций ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, E-mail: volyn444@mail. ru; Котенев Егор Сергеевич, канд. биол. наук, зав. лаб. природно-очаговых инфекций ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора; E-mail: egor_ kotenev@mail.ru; Куликова Любовь Николаевна, энтомолог ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии» в Астраханской области»; Викторова Наталья Викторовна, зоолог-паразитолог ФКУЗ «Астраханская противочумная станция» Роспотребнадзора.
