Научная статья на тему 'Comprehensive analyses of white handed gibbon chromosomes enables access to 92 evolutionary conserved breakpoints compared to the human genome'

Comprehensive analyses of white handed gibbon chromosomes enables access to 92 evolutionary conserved breakpoints compared to the human genome Текст научной статьи по специальности «Биотехнологии в медицине»

CC BY
45
12
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биотехнологиям в медицине , автор научной работы — Weise A., Kosyakova N., Voigt M., Aust N., Mrasek K.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «Comprehensive analyses of white handed gibbon chromosomes enables access to 92 evolutionary conserved breakpoints compared to the human genome»

ИННОВАЦИОННЫЕ ТЕХНОЛОГИИ В ПЕДИАТРИИ И ДЕТСКОЙ ХИРУРГИИ

Chronic myeloid leukemia (CML) is a myeloproliferative disorder characterized by the presence of a derivative chromosome 22 [der(22)] also called Philadelphia chromosome (Ph). The latter is a product of the reciprocal translocation t(9;22)(q34.1;q11.2). During CML progression 60-80% of the cases acquire additional genetic changes. Even though partial chromosome 9 loss is reported in advanced phase-CML, a del(9)(p23p11.1) as sole additional abnormality was not yet seen. A complete cytogenetic and molecular cytogenetic analysis, molecular biology methods such as reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), and immunophenotype confirmed the present case to be a CML in blast crisis (BC). It revealed a del(9)(p23p11.1) as sole abnormality besides Ph translocation, which leads to monoallely of tumor suppressor gene CDKN2A (cyclin-dependent kinase inhibitor 2A) pre Imatinib mesylate (IM) treatment. The final karyptype was 46,XY,t(9;22) (q34;q11.2)[11]/46,XY,t(9;22)(q34;q11.2),del(9) (p23p11.1)[9]. The patient did not demonstrate a good response to imatinib treatment. Thus impairment of CDK-N2A gene may be a new adverse prognostic factor in CML. This work was supported by the AECS.

COMPREHENSIVE ANALYSES OF WHITE HANDED GIBBON CHROMOSOMES ENABLES ACCESS TO 92 EVOLUTIONARY CONSERVED BREAKPOINTS COMPARED TO THE HUMAN GENOME

Weise A.1, Kosyakova N.1, Voigt M.1, Aust N.1, Mrasek K.1, Lohmer S.1, Rubtsov N.2, Karamysheva T.2, Trifonov V.3,4, HardekopfD.5, Pekova S.5, Wilhelm K.1, Liehr T.1, Fan X.1 'Jena University Hospital, Friedrich Schiller University, Institute of Human Genetics, Jena, Germany 2Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk, Russia institute of Molecular and Cellular Biology SB RAS, Russia

"Novosibirsk State University, Novosibirsk, Russia 5Chambon Laboratory for Molecular Diagnostics (member of the Synlab Czech Laboratory Group) Prague, Czech Republic

Gibbon species (Hylobatidae) impress with an unusually high number of numerical and structural chromosomal changes within the family itself as well as compared to other Hominoidea including humans. In former studies applying molecular cytogenetic methods 87 evolutionary conserved breakpoints (ECBs) were reported in the white handed gibbon (Hylobates lar, HLA) with respect to the human genome. To analyze those ECBs in more detail and also to achieve a better understanding of the fast karyotype evolution in Hylobatidae, molecular data for these regions is indispensably necessary. In the present study we obtained whole chromosome specific probes by microdissection of all 21 HLA autosomes, and applied them for array-comparative genomic hybridization; also for selected regions locus-specific DNA probes were used for further molecular cytogenetic characterization. Thus, we could map 5 yet unreported ECBs with respect to the human genome. Additionally in 26 of the 87 previously reported ECBs the present approach enabled a more precise breakpoint map-

ping. Interestingly, a preferred localization of evolutionary conserved breakpoints within segmental duplications, copy number variant regions and fragile sites was observed. This work was supported, in part by DLR RUS 09/008 and the China Scholarship Council.

ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ХОРИОНА ПРИ НЕРАЗВИВАЮЩЕЙСЯ БЕРЕМЕННОСТИ

Богатырева Е.П., Шиповскова Е.Е.

Волгоградский Областной перинатальный центр №2,

г. Волгоград

Самопроизвольное прерывание беременности обусловлено хромосомными аномалиями, генными мутациями, наследственной предрасположенностью. Целью данного исследования являлось исследование хромосомных аномалий плода при неразвивающей беременности. Материалом для анализа служили клетки 90 самопроизвольно прерванных беременностей сроком до 11 недель. Обследование проводилось цитогенетическим методом. Метафазные пластины получали из клеток цитотрофобласта ворсинчатого хориона прямым методом с последующим окрашиванием QFH/AcD. При анализе выявлена патология в 54 случаях, что составляет 60%, из них 52% плодов женского и 48% мужского пола. Доминирующим типом хромосомных нарушений были численные аномалии

- анеуплоидия и полиплоидия. Их доля составила 93%. Чаще всего выявлялась трисомия хромосомы 16: 13 случаев (24%). Средний возраст женщин с данной патологией плода составлял 32 года. Среди остальных хромосом, задействованных в трисомиях, были 22, 14, 15 по 2 случая; 2, 3, 6, 8, 11, 13, 18 по одному случаю (всего 24%) и 5 случаев (9%) составляли трисомии нескольких хромосом. Средний возраст женщин в этой группе 38,7 лет. На долю анеуплоидий по половым хромосомам пришлось около 20% (11 случаев). В 7 случаях это был кариотип 45,Х; в одном — мозаичный кариотип 45,Х/46,ХХ; в двух — кариотип 45,X/46,XY; в одном

— 47,XXY/46,XY. Средний возраст женщин с такой патологией составлял 26,0 лет. Полиплоидия (трипло-идия) встречалась в 15% (8 случаев). Средний возраст женщин в этой группе был 30 лет. Частота структурных аномалий составила около 7% (4 случая). В одном случае у плода был кариотип 46,XY,t(4;18)(q23;p11.3), в трех случаях — 45,X,t(3;10)(q22;p15)pat; 46,XY,inv(2) (p11.2q12),rob(13;14)(q10;q10),+ 14/45,XY,inv(2) (p11.2q12),der(13;14) (q10;q10); 46,XX,add(11)(q25). В трех случаях носителями сбалансированных перестроек оказались мужчины, причем в случае робертсонов-ской транслокации супруги не были ее носителями, но мужчина оказался носителем инверсии хромосомы 2. Ограничением цитогенетического анализа хориона неразвивающейся беременности является низкая ми-тотическая активность клеток цитотрофобласта: возможно, вследствие того, что фактическая гибель плода произошла за 1-2 недели до взятия материала. В ряде случаев митозов бывает недостаточно, чтобы выявить мозаичный клон, как нормальный, так и патологиче-

РОССИЙСКИЙ ВЕСТНИКПЕРИНАТОЛОГИИ И ПЕДИАТРИИ, 4, 2015

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.