Биоинформационная детекция сайтов рекомбинации в геномных структурах штаммов генотипа 2 вируса гепатита с

Джиоев Юрий Павлович; Зелинская Надежда Евгеньевна; Парамонов Алексей Игоревич; Степаненко Лилия Александровна; Малов Сергей Игоревич; Колбасеева Ольга Владимировна; Шмидт Надежда Васильевна; Злобин Владимир Игоревич

substitutions in the control region of mitochondrial DNA in 23. Wu X.B., Na R.H., Wei S.S., et al. Distribution of tick-

humans and chimpanzees // Mol Biol Evol. - 1993. - Vol. 10. №3. borne diseases in China // Parasit Vectors. - 2013. - Vol. 23. №6. - P.512-526. - Р.119.

Информация об авторах:

Киселёв Дмитрий Олегович - аспирант; Джиоев Юрий Павлович - ведущий научный сотрудник, руководитель лаборатории, к.б.н.; Парамонов Алексей Игоревич - младший научный сотрудник; Букин Юрий Сергеевич - старший научный сотрудник, к.б.н.; Козлова Ирина Валерьевна - старший научный сотрудник, заведующий лабораторией, д.м.н.; Ткачев Сергей

Евгеньевич - научный сотрудник; Борисенко Андрей Юрьевич - аспирант; Сунцова Ольга Владимировна - старший научный сотрудник, к.б.н.; Дорощенко Елена Константиновна - старший научный сотрудник, к.б.н.; Лисак Оксана Васильевна - младший научный сотрудник; Ляпунов Александр Викторович - старший научный сотрудник, к.б.н.; Злобин Владимир Игоревич - академик РАН, д.м.н., профессор, заведующий кафедрой.

Information About the Authors:

Kiselev Dmitry - graduate student; Dzhioev Yuri - leading researcher, PhD; Paramonov Alexei - junior researcher; Bukin Yuri -senior researcher; Kozlova Irina - senior researcher, DM; Tkachev Sergey - scientific; Borisenko Andrei - graduate student; Suntsova Olga - senior researcher, PhD; Doroshchenko Elena - senior researcher PhD; Lisak Oksana - junior researcher; Lyapunov Alexander - senior researcher, PhD; Zlobin Vladimir - academician RAS, рrofessor, DM.

биоинформационная детекция сайтов рекомбинации в геномных структурах штаммов генотипа 2 вируса гепатита с

Юрий Павлович Джиоев1,2, Надежда Евгеньевна Зелинская1, Алексей Игоревич Парамонов2, Лилия Александровна Степаненко1, Сергей Игоревич Малов1, Ольга Владимировна Колбасеева1, Надежда Васильевна Шмидт1, Владимир Игоревич Злобин1 ('Иркутский государственный медицинский университет, ректор - д.м.н., проф. И.В. Малов, НИИ Биомедицинских технологий, директор - д.м.н., проф. академик РАН В.И. Злобин; 2Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск, и.о. директора - д.м.н., Л.В. Рычкова)

Резюме. В кодируемой части полных геномов 26 штаммов генотипа 2 вируса гепатита С впервые посредством комплекса биоинформационных программ RDP выявлена группа из 10 штаммов-рекомбинантов, в которых зафиксированы 11 сайтов рекомбинации. Для выявленных рекомбинантов определены родительские штаммы, от которых они могли быть получены. Большая часть выявленных сайтов рекомбинации приходится на область структурных генов C, E1 и E2 и на область неструктурных генов NS5a и NS5b. В одном штамме выявлен уникальный сайт рекомбинации в высоко консервативном гене NS3. По результатам исследования определены «горячие точки» рекомбинации в штаммах генотипа 2 вируса гепатита С.

Ключевые слова: вирус гепатита С, штаммы генотипа 2 вируса гепатита С, программные методы RDP, сайты рекомбинации, «горячие точки» рекомбинации.

BIOINFORMATIC DETECTION OF RECOMBINATION SITES IN THE GENOMIC STRUCTURE OF THE GENOTYpE 2 STRAINS OF HEpATITIS C vIRUS

Y.P. Dzhioev1,2, N.E. Zielinskaya1, A.I. Paramonov2, L.A. Stepanenko1, S.I. Malov1, O.V. Kolbaseeva1, N.V. Schmidt1, V.I. Zlobin1 ('Irkutsk State Medical University, Russia; 2Scientific Center for Problems of Family Health and

Human Reproduction, Irkutsk, Russia)

Summary. In the encoded part of the complete genomes of 26 strains of genotype 2 HCV for the first time through a set of bioinformatics programs RDP there has been identified a group of 10 recombinant strains, in which 11 sites of recombination have been recorded. To identify recombinants there parent strains, from which they can be obtained, have been identify. Most of the identified sites of recombination occur in the region of the structural genes - C, E1 and E2 and the area of nonstructural genes - NS5a and NS5b. In one strain a unique recombination site has been revealed in the highly conserved gene NS3. The study identified "hot spots" of recombination in the strains of the genotype 2 HCV.

Key words: hepatitis C virus, genotype 2 strains of hepatitis C virus software methods RDP, recombination sites, "hot spots" of recombination.

Вирус гепатита С (ВГС) является одним из наиболее динамично эволюционирующих патогенов среди вирусов. Он был открыт в 1989 г. и отнесен к семейству Flaviviridae, роду Hepacivirus [12]. Актуальность проблемы ВГС обусловлена повсеместным распространением, тяжестью течения вызываемого им заболевания, высокой частотой неблагоприятных исходов инфекции, активным вовлечением в эпидемический процесс лиц репродуктивного и трудоспособного возраста. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) более 170 миллионов человек в мире инфицированы ВГС, а около 130 миллионов имеют хроническую инфекцию гепатита С (ГС), из которых от 350 000 до 500 000 человек умирают каждый год [34]. При этом у значительного числа тех, кто хронически инфицирован ВГС, развивается цирроз или рак печени, а лечение является успешным только для 50-90%

больных. До сих пор не создана вакцина против гепатита С [4,13,34]. В России доля инфицированных ВГС людей достигает почти 3%, прогнозируется дальнейший рост обнаружения хронически инфицированных лиц до 2015-2020 гг. и увеличение смертности от осложнений ХГС [2,3,4,5].

Учитывая чрезвычайную сложность структуры эпидемического процесса и многофакторность его развития, закономерности течения этой инфекции в полной мере не раскрыты до настоящего времени. На течение инфекционного процесса ГС в постоянно изменяющихся социальных и экологических условиях большое влияние оказывает значительная генетическая гетерогенность вируса [1,2,3]. Современная классификация ВГС включает 7 генотипов и 67 субтипов, у 21 полного генома вируса субтипы не определены [30]. Долгое время генетическое разнообразие ВГС связывали только с

высокой частотой мутационной изменчивости и не учитывали другой фундаментальный механизм изменчивости - ре-комбинационный, считая его несвойственным для данного вируса, и полагали, что образующиеся рекомбинанты будут «нежизнеспособными» [3]. Таким образом, вопрос о наличии механизмов рекомбинации у ВГС до сих пор остается открытым, несмотря на то, что рекомбинация отмечена во всех группах ДНК-содержащих и у многих РНК-содержащих вирусов [6,15,24], в том числе и у ряда представителей рода Flavivirus [7,17,31,33].

Исходя из этого, основной целью данной работы являлось получение новой информации о возможности рекомби-национных процессов у штаммов вируса гепатита С, которую определяли на примере штаммов генотипа 2 посредством высокочувствительных биоинформационных программных методов, ориентированных на выявление рекомбинацион-ных событий в геномных структурах вирусов.

Материалы и методы

Были использованы кодируемые части полных геномов 26 штаммов генотипа 2 ВГС из международной базы данных Gen Bank, имеющихся в ней на данный момент. Геномные последовательности были выровнены программой Clustal W с использованием штрафа за открытие делеции 15 и штрафа за продолжение 6,66 [32].

Компьютерные программные методы. Определение положения сайтов рекомбинации производили с помощью 7 программных методов, реализованных в пакете программ RDP v 4.14: 1) RDP (Recombination detection program) [8]; 2) Geneconw (Statistical Tests for Detecting Gene Conversion) [16]; 3) BootScan (Bootstap based detection of

recombination breakpoints) [22]; 4) Chimaera (Maximum mismatch chi-square) [23]; 5) 3Seq (Method for Inferring Mosaic Structure in

Sequence Triplets) [29]; 6) SiScan (Sister-scanning) [26], 7) Maxchi (Maximum chi-square) [27].

Достигаемый уровень значимости был принят за 0,05. Для пакета программ RDP были установлены следующие общие настройки: «последовательности линейные, коррекция Бонефолли, не требуется филогенетического подтверждения, отшлифовывать точки рекомбинации, показывать все события». В ходе работы с программами применяли следующие настройки: «RDP - внешние и внутренние ссылки, размер окна 30; Geneconw, g-scale = 1; BootScan - длина окна 200, шаг 20, использовать UPGMA дерево, число повторов бутстрепа 100; MaxChi - заданный размер окна, 70 вариабельных сайтов на окно, не использовать пропуски; Chimaera - заданный размер окна, 70 вариабельных сайтов на окно». Все прочие настройки выставлены по умолчанию. Для проведения статистической поддержки полученных результатов был использован метод Phi-тестирования [9,10]. Phi-тест точно определяет, произошла ли рекомбинация или нет в той или иной выравненной последовательности, позволяет различать периодические мутации и рекомбинации в вирусных геномах.

Филогенетическая сеть и тест попарной гомоплазии. Филогенетическое предположение присутствия рекомбина-

ций было получено с использованием программы Splits Treev 4.1 [19], методом Neighbor-net [11]. Метод Neighbor-net отображает конфликтующие филогенетические сигналы в виде циклов внутри неукорененного дерева [19,20].

Статистический тест проводили с помощью метода Conduct Phi Test for Recombinations из программной системы Splits Tree 4 тест [9]. Хотя для получения данных о филогенетических несовместимостях мы использовали расстояния Джукса-Кантора, с исключением делеции и неинформативных для парсимонии сайтов, похожие результаты получают с использованием и других параметров [21].

Результаты и обсуждение

Проведен биоинформационный поиск рекомбинацион-ных сайтов в кодируемой части геномов 26 штаммов генотипа 2 ВГС посредством программных методов, позволяющих картировать, определять частоты и оценивать их значимость. Для этого было использовано 7 программных методов из пакета программ RDP v. 4.14. Учитывали только те выявленные сайты, в которых значимость фиксации сигналов рекомбинации была меньше 0,005. Также, для повышения значимости результатов в конечном итоге учитывали результаты анализа объединением всех программ RDP в суммарный блок, что позволяло увеличить мощность отбора данными методами. Дополнительным статистическим тестом для оценки значимости в исследуемой выборке сайтов рекомбинации использовали метод Phi-тестирования. Проведя такой отбор выявленных сайтов рекомбинации через суммарный блок программ RDP, было окончательно определено 10 штаммов-рекомбинантов генотипа 2 ВГС, представленных в таблице 1.

Показаны позиции сайтов рекомбинации, программы их зафиксировавшие и степень значимости каждого сайта. Программой РЫ-тестирования оценена значимость выявленных рекомбинантов в исследуемой выборке значением р=0,000001. Девять штаммов из 10 принадлежат субтипу 2а генотипа 2, а штамм JX227967 относится к субтипу 2т. В ре-комбинантных штаммах зафиксировано 11 сайтов рекомбинации, причем в штамме AB690460 с очень высокой значимостью определены два сайта в близких позициях - 101-2739 и 101-3313. Размер полученных сайтов рекомбинации колеблется в диапазоне от 31 до 3212 нуклеотидов.

В рамках исследования структур выявленных сайтов рекомбинации был проведен поиск родительских штаммов, от которых могли произойти полученные рекомбинанты. Эти результаты представлены в таблице 2, где также показаны размеры сайтов рекомбинации, год выделения данного ре-комбинанта, его субтип и страна, где он был выявлен.

Для каждого штамма-рекомбинанта установлены два

Таблица 1

Выявленные штаммы-рекомбинанты, их сайты рекомбинации в геномах штаммов генотипа 2 ВГС

и степень значимости их детекции

Программы Сайты и их размеры Штаммы- рекомбинанты, субтипы Программы, фиксирующие сайты рекомбинации Оценка значимости, Av. P-value

7407-7809 402 JX227967, 2m SiScan 6,91 x 10-05

1292-1641 349 AB047639, 2a SiScan 1,09 x 10-08

8556-9356 800 AF169004, 2a RDP, Geneconw, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan 2,14 x 10-"2 -3,85 x 10-10

6698-8748 1050 AF169003, 2a Chimaera, SiScan 5,83 x 10-03 -1,32 x 10-17

Суммарный 4044-4171 127 AB690461, 2a RDP, BootScan 4,27 x Ю-"3 -5,83 x 10-M

блок программ 101-2739 2638 AB690460, 2a Geneconw, BootScan, 3Seq 2,29 x 10-°' -4,23 x 10-68

101-3313 3212 RDP, Geneconw, BootScan, MaxChi, Chimaera, SiScan, 3Seq 4,65 x 10-45 -2,49 x 10-158

8182-8933 751 AF238485, 2a Chimaera, SiScan 5,83 x 10-03 -1,32 x 10-17

1430-1461 31 AF238483, 2a Geneconw 9,45 x 10-04

6869-7322 453 AF238482, 2a Chimaera 7,11 x 10-03

8228-8933 705 AF238481, 2a Chimaera, SiScan 5,82 x 10-03 -1,32 x 10-17

Родительские штаммы рекомбинантов генотипа 2 вируса гепатита С

Таблица 2 ми в геномах ВГС, где установлена наибольшая частота мутационных замен, что подтверждает гипотезу о том, что рекомбинации чаще происходят на участках геномов с высокой мутационной активностью. Исходя из этого, сайты рекомбинации, выявленные в выше указанных участках структурных и неструктурных генов генотипа 2 ВГС можно считать «горячими точками» рекомбинации.

Представленные результаты биоинформационного поиска и анализа рекомбинационных событий в геномных структурах генотипа 2 ВГС характеризуют неоднородность и сложность выявленных рекомбинационных процессов. Несмотря на то, что ВГС относительно других флавиви-русов является эволюционно достаточно «молодым», его генетическое разнообразие формируют представители 7 генотипов и неПримечание: Маж. род. - мажорный родитель; Мин. род. - минорный родитель; unkn. -unknown; скольких десятков субтипов [3°].

И в этом процессе одним из его основных инструментов является рекомбинация, позволившая сформировать многообразие биологических, экологических и генетических свойств ВГС. Несмотря на малый объем исследуемых штаммов генотипа 2, у них показана достаточно высокая значимость наличия потенциальных сайтов рекомбинации.

Рекомбинанты, субтипы Позиции сайтов Родительские штаммы рекомбинантов, субтипы Год выделения Страна выделения

JX227967, 2m 7407-7809 Маж. род. АВ690460 (80,1%), 2а, Яп. Мин. род. ипкп. ^227966, 2с, Анг. 2013 Canada

AB047639, 2a 1292-1641 Маж. род. ипкп. АР177036, 2а, Яп. Мин. род. АР169003 (88,8%), 2а, Яп. 2005 Japan

AF169004, 2a 8556-9356 Маж. род. АР238484 (93,9%), 2а, Яп. Мин. род. АР169003 (99,7%), 2а, Яп. 2007 Japan

AF169003, 2a 6698-8748 Маж. род.АР238483 (92,5%), 2а, Яп. Мин. род. АВ690461 (88,0%), 2а, Яп. 2007 Japan

AB690461, 2a 4044-4171 Маж. род.АВ690460 (94,9%), 2а, Яп. Мин. род. АР169002 (95,3%), 2а, Яп. 2012 Japan

AB690460,2a 101-2739 Маж. род.АВ047639 (89,0%), 2а, Яп. Мин. род. ЫС_009823(100%),2а, Яп. 2012 Japan

101-3313 Маж. род.АВ690461 (98,6%), 2а, Яп. Мин. род. ЫС_009823(97,6%),2а, Яп

AF238485, 2a 8182-8933 Маж. род. АР238483, 2а, Яп. Мин. род. АВ690461 (93,1%), 2а, Яп. 2007 Japan

AF238483,2a 1430-1461 Маж. род.АР169004 (93,2%), 2а, Яп. Мин. род. ипкп. ^227966 (68,8%), 2с, Анг. 2007 Japan

AF238482,2a 6869-7322 Маж. род. АР238481, 2а, Яп. Мин. род. АР238483 (94,8%), 2а, Яп. 2007 Japan

AF238481, 2а 8228-8933 Маж. род. АР238483, 2а, Яп. Мин. род. АВ690461 (94,8%), 2а, Яп. 2007 Japan

Яп. - Япония; Анг. - Англия.

родителя, один из которых является мажорным - наиболее вероятным, которому мог принадлежать полученный сайт, и минорный - менее вероятный родитель. При этом программы ЯЭР также указывают на неизвестных (икпошп) мажорных и минорных родителей, предположительно выделяя штаммы, от которых вероятно они могли произойти. 9 из 10 штаммов-рекомбинантов выделены от больных, проживающих в Японии, причем в разные годы, а 1 рекомбинант выявлен в Канаде. У рекомбинанта из Канады сайт рекомбинации не встречается в рекомбинантах, выявленных в Японии, но родительские штаммы циркулируют в Японии (ЛВ690460) и также в Англии (1X227966). Интересным является факт, что у трех штаммов-рекомбинантов - ЛF169003, ЛF23848 и ЛF238481 общими родительскими штаммами являются мажорный ЛБ238483 и минорный ЛВ690461. При этом соответствующие им сайты рекомбинации расположены в разных позициях геномов этих рекомбинантов, в неструктурных генах №5а и N851). Сайт рекомбинанта ЛF169003 находится на стыке этих двух генов, а для рекомбинантов ЛF23848 и ЛF238481 эти позиции выявлены в гене N851. Еще у двух штаммов-рекомбинантов похожие позиции в этих двух генах - для реком-бинанта ЛF169004 сайт выявлен в гене N851, а для ЛF238482 - на стыке генов №5а и N851. Как видим, все выявленные рекомбинанты являются следствием гомологичных рекомбинационных процессов в рамках генотипа 2. Однако, субтипы 8 рекомбинантов совпадают с субтипами родительских штаммов, а у 2 рекомбинантов (¡Х227967 и ЛF238483) родители относятся к разным субтипам. У рекомбинанта ¡Х227967 установлен субтип 2т, а у родителей - 2а и 2с, что можно объяснить неточной диагностикой типовой принадлежности, о чем сами авторы утверждают в своей работе [25].

Структурная схема расположения сайтов рекомбинации в геномных последовательностях штаммов-рекомбинантов представлена на рисунке 1.

Здесь четко прослеживается позиционная предрасположенность выявленных сайтов рекомбинации в структурных и неструктурных генах генотипа 2 ВГС. В структурной области сайты расположены в генах С, Е1 и Е2 и на их стыках, а в неструктурной - занимают позиции в генах №5а и N851. В рекомбинанте ЛВ690461 выявлен уникальный сайт с позицией в гене N83, который является очень консервативным геном, отвечающим за кодирование фермента протеазы, участвующей в репликации вируса. Наличие сайтов в указанных генах совпадает (кроме сайта 4044-4171 в гене N83) с участка-

7407-7809

1

АВ0Ш39 1292-1641

M

AF169004 35 56-9356

AF169003 6698-8748

M

AB690461 4044-4171

AB690460 1 I -

1

M

■ 101-2739

AF238485 8182-8933

AF 236483 1 43 0-1461

I

6869-7322

8228-8933

Рис. 1. Схема расположения позиции сайтов рекомбинации в штаммах-рекомбинантах генотипа 2 вируса гепатита С, выявленных суммарным блоком программ.

Интерес к роли рекомбинации в формировании адаптационных и патогенных свойств вирусов возрастает и ее значение для формирования патогенного потенциала ВГС только начинает осознаваться. Любая информация о таких событиях должна сопоставляться с подобными же процессами у других родственных флавивирусов, чтобы выявить закономерности их подчиненности общей эволюционной и адаптационной стратегии. Это необходимо учитывать, так как большое разнообразие генотипов и субтипов ВГС и близкое генетическое родство с другими высоко патогенными флавивирусами опосредованно и комплексно создают ресурсную базу рекомбинационных потенций ВГС, что может влиять на формирование патогенетической стратегии ВГС. В данной работе представлены только результаты рекомби-

национных событий для геномов генотипа 2 вне их связи с подобными же событиями у других генотипов ВГС. Поэтому, полученные предварительные результаты дают обоснование и необходимость продолжения более широкого поиска и анализа сайтов рекомбинации у ВГС. Это способствовало бы получению комплексной информации о механизмах изменчивости ВГС и послужило бы выявлению таргетных участков в структурах геномов для целевой лекарственной терапии.

Таким образом, впервые выявлена группа из 10 штаммов-рекомбинантов генотипа 2 ВГС, в которых зафиксированы 11 потенциальных сайтов рекомбинации. Выявлен реком-бинант, у которого зафиксированы два сайта рекомбинации. Для рекомбинантов установлены родительские штаммы, от которых они могли быть получены. В геноме рекомбинанта с двумя сайтами каждый сайт был получен от разных родителей. Большая часть сайтов рекомбинации приходится на

область структурных генов С, Е1 и Е2 и на область неструктурных генов №5а и №5Ь. Выявлен уникальный сайт рекомбинации в высоко консервативном гене N83. По результатам исследования определены «горячие точки» рекомбинации в штаммах генотипа 2 ВГС.

Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Прозрачность исследования. Исследование не имело спонсорской поддержки. Исследователи несут полную ответственность за предоставление окончательной версии рукописи в печать.

Декларация о финансовых и иных взаимодействиях. Все авторы принимали участие в разработке концепции и дизайна исследования и в написании рукописи. Окончательная версия рукописи была одобрена всеми авторами.

Работа поступила в редакцию: 23.02.2015 г.

литература

1. Быстрова Т.Н., Михайлова Ю.В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса гепатита С // медиаль.

- 2014. - №2 (12). - С.88-102.

2. Емельянова А.Н., Витковский Ю.А. Генетический полиморфизм IL-10 И CRP у больных с циррозом печени вирусной этиологии // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). -2013. - Т. 119. №4. - С.39-41.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

3. Калинина О.В. Молекулярно-генетические механизмы эволюции вируса гепатита С: Автореф. дис. ... д-ра биол. наук. - М, 2013. - 46 с.

4. Мукомолов С.Л., Лавакова И.А., Сулягина Л.Г. и др. Современная эпидемиология гепатита С в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2012. - Т. 12. №6 - С.21-25.

5. Чистякова М.В., Говорин А.В., Радаева Е.В. и др. Кардиогемодинамические нарушения у больных с хроническими гепатитами // Сибирский медицинский журнал (Иркутск). - 2012. - Т. 108. №1. - С.51-54.

6. Becher P., Tautz N. RNA recombination in pestiviruses -cellular RNA sequences in viral genomes highlight the role of host factors for viral persistence and lethal disease // RNA Biology. 2011. - Vol. 8. №2. - P.216-224.

7. Bertrand Y., T^el M., Elvдng A., et al. First dating of a recombination event in mammalian tick-borne flaviviruses // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. №2 - P.e31981.

8. BoniM.F., Posada D., Feldman M.W. An exact nonparametric method for inferring mosaic structure in sequence triplets // Genetics. - 2007. - Vol. 176. №2. - P. 1035-1047.

9. Bruen T.C., Philippe H., Bryant D. A simple and robust statistical test for detecting the presence of recombination // Genetics. - 2006. - Vol. 172. №4. - P.2665-2681.

10. Bruen T.C., Poss M. Recombination in feline immunodeficiency virus genomes from naturally infected cougars // Virology. - 2007. - Vol. 364. №2. - P.362-370.

11. Bryant D., Moulton V. Neighbor-Net: An agglomerative method for the construction of phylogenetic networks // Mol Biol Evol. - 2004. - Vol. 21. №2. - P.255-265.

12. Choo Q.L., Kuo G., Weiner A.J., et al. Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome // Science. - 1989. - Vol. 244. №4902. - P.359-362.

13. European Association for Study of Liver. EASL Clinical Practice Guidelines: Management of hepatitis C virus infection // J Hepatol. - 2014. - Vol. 60. №2. - P.392-420.

14. Galli A., Bukh J. Comparative analysis of the molecular mechanisms of recombination in hepatitis C virus // Trends Microbiol. - 2014 - Vol. 22. №6. - P.354-364.

15. Gallei A., Pankraz A., Thiel H.J., Becher P. RNA recombination in vivo in the absence of viral replication // J Virol.

- 2004. - Vol. 78. №12. - P.6271-6281.

16. Gibbs M.J., Armstrong J.S., Gibbs A.J. Sister-Scanning: a Monte Carlo procedure for assessing signals in recombinant sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. №7. - P.573-582.

17. Gonzalez-Candelas F., Lypez-Labrador F.X., Bracho M.A. Recombination in hepatitis C virus // Viruses. - 2011. - Vol. 3. №10. - P.2006-2024.

18. Grebely J., Dore G.J. What is killing people with hepatitis C virus infection // Semin Liver Dis. - 2011. - Vol. 31. №4. - P.331-339.

19. Huson D.H., Bryant D. Application of phylogenetic networks in evolutionary studies // Mol Biol Evol. - 2006. - Vol. 23. №2. - P.254-267.

20. Huson D..H, Scornavacca C. A survey of combinatorial methods for phylogenetic networks // Genome Biol Evol. - 2011.

- Vol. 3. №1. - P.23-35.

21. Jukes T.H., Cantor C.R. Evolution of Protein Molecules. -New York: Academic Press, 1969. - P.21-132.

22. Martin D., Rybicki E. RDP: detection of recombination amongst aligned sequences // Bioinformatics. - 2000. - Vol. 16. №6. - P.562-563.

23. Martin D.P., Posada D., Crandall K.A., Williamson C. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2005. - Vol. 21. №1. - P.98-102.

24. Martin D.P., Biagini P., Lefeuvre P., et al. Recombination in eukaryotic single stranded DNA viruses // Viruses. - 2011. - Vol. 3. №9. - P.1699-1738.

25. Newman R.M., Kuntzen T., Weiner B., et al. Whole genome pyrosequencing of rare hepatitis C virus genotypes enhances subtype classification and identification of naturally occurring drug resistance variants // J Infect Dis. - 2013 - Vol. 208. №1. -P.17-31.

26. Padidam M., Sawyer S., Fauquet C.M. Possible emergence of new geminiviruses by frequent recombination // Virology. -1999. - Vol. 265. №2. - P.218-225.

27. Posada D., Crandall K.A. Evaluation of methods for detecting recombination from DNA sequences: Computer simulations // P Natl Acad Sci.USA. - 2001. - Vol. 98. №24. -P.13757-13762.

28. Sentandreu V., Jimünez-Hernóndez N., Torres-Puente M., et al. Evidence of recombination in intrapatient populations of hepatitis C virus // PLoS One. - 2008. -Vol. 3. №9. - P.e3239.

29. Smith M.J. Analyzing the mosaic structure of genes // J Mol. Evol. - 1992. - Vol. 34. №2. - P.126-129.

30. Smith D.B., Bukh J., Kuiken C., et al. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource // Hepatology. -2014. - Vol. 59. №1. - P.318-327.

31. Taucher C., Berger A., Mandl C.W. A trans-complementing recombination trap demonstrates a low propensity of flaviviruses for intermolecular recombination // J Virol. - 2010. - Vol. 84. №1.

- P.599-611.

32. Thompson J.D., Higgins D.G., Gibson T.J. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice // Nucl Acids Res. - 1994. -Vol. 22.№22. - P.4673-4680.

33. Twiddy S.S., Holmes E.C. The extent of homologous recombination in members of the genus Flavivirus // Journal of General Virology. - 2003. - Vol. 84. №2. - P.429-440.

34. World Health Organization. - Geneva, 2014. - Fact sheet № 164.

REFERENCES

1. Bystrova T.N., Mikhaylova Yu.V. The molecular and genetic 2. Emelyanova A.N., Antonovich V.Y. Polymorphism of genes

characteristic of a virus of hepatitis C // MEDIAE - 2014. - №2 IL-10 and CRP in patients with cirrosis ofviral etiology // Sibirskij (12). - P.88-102. (in Russian) Medicinskij Zurnal (Irkutsk). - 2013. - Vol. 119. №4. - P.39-41.

(in Russian)

3. Kalinina O. Hepatitis C virus evolution molecular-genetic mechanism: Doctoral thesis abstract. - M., 2013. - P.46. (in Russian)

4. Mukomolov S.L., Levakova I.A., Sulyagina L.G., et al. Current epidemiology of hepatitis C in russia // Epidemiologia I infektsionnye bolezni. Aktual'nye voprosy. - 2012. - Vol. 12. №6

- P.21-25. (in Russian)

5. Chistjakova M.V., Govorin A.V., Radaeva E.V., et al. Cardiohemodynamic disturbances in patients with chronic hepatites // Sibirskij Medicinskij Zurnal (Irkutsk). - 2012. - Vol. 108. №1. - P.51-54. (in Russian)

6. Becher P., Tautz N. RNA recombination in pestiviruses -cellular RNA sequences in viral genomes highlight the role of host factors for viral persistence and lethal disease // RNA Biology. -2011. - Vol. 8. №2. - P.216-224.

7. Bertrand Y., T^el M., Elvdng A., et al. First dating of a recombination event in mammalian tick-borne flaviviruses // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. №2 - P.e31981.

8. Boni M.F., Posada D., Feldman M.W. An exact nonparametric method for inferring mosaic structure in sequence triplets // Genetics. - 2007. - Vol. 176. №2. - P. 1035-1047.