CC BY
33
Серия «Биология. Экология» 2011. Т. 4, № 1. С. 14-24 Онлайн-доступ к журналу: http://isu. ru/izvestia
И З В Е С Т И Я
Иркутского
государственного
университета
УДК 616-008.87-07.097.931
Ассоциации видов и генов патогенности бактерий рода Enterococcus, выделенных из разных биотопов у жителей г. Иркутска
1 12 1 2 3
С. М. Попкова , А. С. Волокитина ’ , Ю. П. Джиоев , П. А. Медведева ’ ,
2 1 11 Л. С. Козлова , У. М. Немченко , Н. М. Шабанова , Е. И. Иванова ,
1 1 2 3
A. И. Пилуева , Е. Б. Ракова , П. М. Куркутова , А. А. Приставка ,
B. П. Саловарова3, Г. В. Юринова3
1 Институт эпидемиологии и микробиологии, Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН, Иркутск
2 Институт педиатрии, Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека СО РАМН, Иркутск
3 Иркутский государственный университет, Иркутск E-mail: [email protected]
Аннотация. Впервые проведён анализ ассоциаций генов патогенности и видов энтерококков, выделенных из разных биотопов людей, проживающих в г. Иркутске. Установлено, что из двух медицински значимых видов энтерококков (E. faecalis и E. faecium) превалирует E. faecium. Больший потенциал патогенности сосредоточен в E. faecalis. Из анализируемых генов патогенности, кодирующих белки адгезии (asal) и цитолизина (cylA), в исследуемой выборке культур, микробиологически типированных как род энтерококков, чаще фиксировался первый. Сочетаемость исследуемых видов с другими нетипируемыми нами видами энтерококков для каждого изучаемого биотопа (кишечный, вагинальный, носоглоточный) имела оригинальные отличия с наиболее полным спектром видов и их ассоциаций в кишечном. Исследуемые гены патогенности чаще встречались в образцах культур, изолированных от мужской части выборки. От возраста проявление изучаемых генов патогенности не зависело.
Ключевые слова: энтерококки, полимеразная цепная реакция, ассоциации видов энтерококков, ассоциации генов патогенности энтерококков, биотопы.
Введение
Бактерии рода Enterococcus являются одними из важнейших представителей микробиоценоза кишечника человека и часто могут быть причиной энтерококковой инфекции. В других биотопах эти микроорганизмы встречаются реже и, полагают, причиной заболевания быть не могут, либо становятся чрезвычайно редко [1]. Эта группа микроорганизмов интересна тем, что её представителей в норме обнаруживают во всех отделах пищеварительного тракта здоровых людей разного возраста.
Они играют важную роль в обеспечении колонизационной резистентности слизистых, в формировании и поддержании иммунитета, в нормальном пищеварении, в витаминообразо-вании и многих других жизненно важных процессах [2; 3]. В то же время они являются представителями группы условно-патогенных бактерий, способных вызывать аутоинфекцию, а при накоплении в окружающей среде - приводить к экзогенному инфицированию [4; 5].
Энтерококки видов E. faecalis и E. faecium чаще всего выделяются из клинического материала (80-90 % и 5-10 % соответственно) и при снижении резистентности организма нередко могут вызывать серьёзные гнойновоспалительные заболевания (эндокардиты, менингиты) [6; 8; 9]. Ключевым критерием при дифференцировке полезных для человека представителей рода Enterococcus от патогенных является наличие или отсутствие у штамма набора генов патогенности [10]. Поэтому для разграничения потенциально опасных и полезных штаммов необходим анализ их генетического профиля [1].
Культуры энтерококков в работе исследовались с помощью стандартного метода ПЦР на наличие двух медицински значимых видов -E. faecium и E. faecalis, а также определялись два гена патогенности (I II) - ген поверхностных белков, адгезинов (asal) [12] и ген, кодирующий синтез факторов вирулентности - цитолизинов (оу1А) [11; 13]. Большинство иссле-
дователей полагают, что именно данные гены наиболее важны для развития энтерококкового инфекционного процесса [2; 14]. Исходя из вышеизложенного, целью данного исследования являлось определение ассоциаций видов и генов патогенности бактерий рода Enterococcus, выделенных из разных биотопов людей, проживающих в г. Иркутске.
Материалы и методы
В работе исследованы 93 образца культур представителей рода Enterococcus, выделенных из копрологических проб (47), гинекологических мазков (12), мазков из носоглотки (31), грудного молока (2), раны (1). Материал забирался в течение 2010 г. у лиц, проживающих в г. Иркутске и проходивших обследование в Центре дисбактериозов НЦ ПЗСРЧ СО РАМН.
Выделение чистой культуры и идентификация бактерий рода Enterococcus из клинического материала (копрологическая проба, мазок) проводились бактериологическим методом. Первичный посев осуществлялся с использованием кровяного агара и селективной коммерческой среды - энтерококкагара (Россия, Оболенск). После изучения культуральных свойств и микроскопии производились откол колоний и биохимическое тестирование для определения родовой принадлежности с использованием следующих идентификационных тестов: гемолиз, тест с 6,5%-ным NaCl, ПИР -тест, гидролиз эскулина в присутствии желчи, рост при 45 °С [7]. Видовая диагностика энтерококков, а именно принадлежность их к наиболее распространённым и клинически значимым видам, E. faecium и E. faecalis, проводилась с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). В выделенных культурах энте-
рококков генетически выявлялись либо два вида энтерококков (E. faecium и E. faecalis), либо при отсутствии данных двух видов - другие, не идентифицированные нами виды, En-terococcus spp.
Для изучения видовой гетерогенности энтерококков, выделенных у индивидуума и бактериологически идентифицированных как Enterococcus spp., готовился образец смешанной культуры (далее - «образец») для дальнейшей генетической диагностики видов-ассоциантов. Выращенные на селективной среде колонии En-terococcus spp. собирались бакпетлёй и суспензировались в 25 мкл дистиллированной воды.
Выделение суммарной ДНК бактерий осуществляли методом кипячения [13]. Для этого в пробирку Эппендорфа вносили 25 мкл дистиллированной воды, в которой суспензировали откол с колонии клеток Enterococcus. Пробирку помещали в термостат на 5 мин при температуре 95 °C. Амплификацию проводили с использованием коммерческого набора Am-pliSens-200-1 (Россия, ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора). Реакционную смесь доводили до объёма 15 мкл, которая включала: 3 мкл 5*ПЦР буфера, 0,3 мкл dNTPmix, 1,5 мкл MgSO4, 8,2 мкл H2O MilliQ, по 1 мкл F-R-праймеров,
0,05 мкл Taq-полимеразы. ПЦР проводили с четырьмя парами бактериальных праймеров: две пары - видовые на E. faecium и E. faecalis (специфические к данным видам праймеры на основе гена 16S рибосомного ДНК), две пары, позволяющие выявлять гены патогенности Enterococcus. Характеристика и структура данных праймеров взята из литературных источников (табл. 1) [5].
Таблица 1
Характеристики праймеров, используемых в работе [5]
Виды, гены Последовательности ДНК праймеров (5’-3’) Размер ампликона (п. н.)
Enterococcus faecium F TTG AGG CAG ACC AGA TTG ACG 658
R TAT GAC AGC GAC TCC GAT TCC
Enterococcus faecalis F TCA AGT ACA GTT AGT CTT TAT TAG 941
R ACG ATT CAA AGC TAA CTG AAT CAG T
asaI F CCAGCCAACT ATGGCGGAATC 529
R CCTGTCGCAAGATCGACTGTA
cylA F ACTCGGGGATTGATAGGC 688
R GCTGCT AAAGCTGCGCTT
Термическая программа цикла амплификации проводилась на амплификаторе (Applied Biosystems 2720 Thermal Cycler) и определялась методом подбора оптимального режима реакции амплификации для всех пар праймеров. После оптимизации режима амплификации ПЦР со всеми парами праймеров проводили в условиях: 95 °C - 2 мин; далее 35 циклов в режимах 95 °C - 20 с, 55 °C - 20 с, 72 °C - 30 с; затем 72 °C - 5 мин. ПЦР-продукты амплификации анализировали в 1%-ном агарозном геле в 0,5 хТА буфере, содержащем: 4 мкг/мл бромистого этидия, 5 мкг/мл маркера молекулярной массы (использовали O’RangeRuler 100 bp DNA Ladder или O’RangeRuler 200 bp DnA Ladder, производства «Fermentas»). В качестве отрицательного контроля использовали реакционную смесь, не содержащую ДНК. Режим электрофореза: 120 В, 50 мА, 30-50 мин. Результаты визуализировали в ультрафиолетовом свете и документировали с помощью програмА
1 2 3 4 5 6 7 М 9 10 11 12 13 14 15
мы inVCR на трансиллюминаторе UVT 1 bi-okom. Статистическую обработку результатов ПЦР -анализа осуществляли методом двухфакторного дисперсионного анализа без повторения, при уровне значимости p < 0,05. Все расчёты проводились с использованием программы MS Excel.
Результаты
По всем исследуемым видам энтерококков и генам патогенности результаты ПЦР-анализа идентифицированных ДНК-фрагментов представлены в виде электрофореграмм (рис. 1). Из 93 образцов культур Enterococcus, исследованных в ПЦР, только 30 (32,3 %) оказались положительными на наличие исследуемых видов (E. faecium, E. faecalis), а 63 образца их не содержали (67,7 %) (рис. 2). Были генетически идентифицированы два вида: E. faecium, который встречался чаще (22 образца, 23,6 %), чем E. faecalis (8 образцов, 8,6 %).
Б
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 М12131415 16171819 20
1 2 3 4 5 6 7 М 9 10 11 12 13 14 15
1 2 3 4 5 6 7 8 9 М11 12 1314151617181920
1 2 3 4 5 6 7 8 9 К 11 12 М 1415
1 2 3 4 5 6 К К 9 10 11 М 13 14 15
В
1 2 3 4 5 М 6 7 8 9 10 К
Г
1 2 3 4 5 6 7 8 9 М 11121314 151617181920
1 2 3 4 5 6 7 М 9 10 11 12 13 14 15
12 3 4 5 М 6 7 8 9 10 11 К
о
к
9
2
5
О
и
9
2
5
Рис. 1. Электрофореграмма результатов ПЦР-анализа: А - видовое типирование E. faecium; Б - видовое типирование E. faecalis; В - типирование генов патогенности, кодирующих синтез факторов вирулентности -цитолизинов (cylA); Г - с праймерами на гены поверхностных белков - адгезинов (asa1). M - маркер молекулярной массы; К - отрицательный контроль
100 % -
90 % -
80 %
70 %
60 %
50 % -
40 %
30 %
20 %
10 %
0 %
8,6
5,4
23,6
67,7
□ Е. faecalis
■ Присутствуют оба вида
■ Е. faecium
□ отсутствуют оба вида
Рис. 2. Распределение видов (%) Е. faecium и К. faecalis и их ассоциаций в исследуемой выборке
□ ген цитолизина (су1А)
■ присутствуют оба гена
■ ген адгезина
(аБа1)
□ отсутствуют оба гена
Рис. 3. Распределение генов патогенности и их ассоциаций в исследуемой выборке
А
Б
ПЛк
Рис. 4. А - Распределение генов патогенности у вида Е. faecium, Б - у вида Е. faecalis: I аа1), ■ - ген цитолизина (су1А), СИ - отсутствуют оба гена
- ген адгезина
При этом одновременно оба вида сочетались редко (в 5 случаях, 5,4 %) (см. рис. 2). В исследуемой выборке превалировали образцы, не содержащие генов патогенности (67 образцов, 72 %). Ген, кодирующий адгезины ^а1), встречался чаще (15 образцов, 16,1 %), чем ген, кодирующий цитолизины (су1А) (11 образцов, 11,8 %), одновременно оба гена сочетались в только 5 образцах (5,4 % случаев) (рис. 3). Распределение генов патогенности по видам было следующим. В шести образцах культур (27,3 %), содержащих Е. /авсшш, определялись гены патогенности, кодирующие синтез поверхностных белков адгезинов, в трёх образцах (13,6 %) - гены, кодирующие цитолизины. В тринадцати образцах (59,1 %) исследуемые гены не выявлялись (рис. 4, А).
Образцы с Е. faecalis содержали гены патогенности, кодирующие синтез поверхностных белков адгезинов в четырёх случаях (50 %), кодирующие цитолизины - в одном (12,5 %), оба гена отсутствовали в трёх образцах культур (37,5 %) (рис. 4, Б). В общей сложности штаммы Е. faecalis значительно чаще (5 из 8 выделенных культур, в 62,5 % случаев) обладали генами патогенности, чем Е. faecium (9 из 22 культур, 40,9 %). Среди остальных, неидентифицируемых нами видов энтерококков (ЕМегососсш 8рр.), выявляемость изучаемых генов патогенности составляла 17,5 % (11 образцов из 63).
Распределение частот проявления генов патогенности зависело от пола: оба гена чаще встречались в выборке от мужской части ис-
следуемых (р < 0,05). От возраста проявление изучаемых генов патогенности не зависело.
Наиболее типичным биотопом для энтерококков является желудочно-кишечный тракт, однако известны случаи выделения этих микроорганизмов из других битопов организма человека. В связи с этим для нас представлял интерес анализ полученных результатов в соответствии со всеми биотопами выделения (рис. 5-7). Как видим, наибольшее разнообразие ассоциаций изучаемых видов наблюдалось в кишечном тракте (см. рис. 5). Более половины образцов культур энтерококка были представлены Г faecium (60 %), около 30 % -Г. faecalis, в 21 % образцов присутствовала ассоциация двух генетически типируемых видов. В трети образцов энтерококков, выделенных из копрологических биопроб, присутствовали энтерококки других, не идентифицируемых нами видов, т. е. Enterococcus 8рр.
В носоглотке в подавляющем большинстве мазков присутствовали штаммы либо Г. fae-стт (85 %), либо, хотя и достаточно редко, -Г. faecalis (11 %, см. рис. 6). Других видов энтерококков в данном биотопе не обнаружено.
Видовая палитра энтерококков, опредёлен-ных в мазках из мочеполового тракта женщин, представляла в какой-то степени зеркальное отображение таковой носоглотки. В вагинальном биотопе отсутствовали определяемые нами два «медицински значимых» вида, но присутствовали другие нетипируемые нами виды энтерококков (см. рис. 7).
70
60
50
40
30
20
10
0
60
30 30 ■ Виды
21
Г
!+!!
Только
другие
Рис. 5. Структура ассоциаций видов и удельный вес генов патогенности (ГП) энтерококков, выделенных из кишечного биотопа. Обозначения к рисункам 4-6: По оси абсцисс - виды энтерококков по отдельности и в ассоциациях: I - Е. /аесіиш; II - Е. /аесаііі", І+ІІ - Е. /аесіиш+Е. /аесаііі", только другие (не идентифицированные), по оси ординат - % выявленных видов из образцов
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
85
I Виды Общие ГП
11
I
0
1+11
Только другие
Рис. 6. Структура ассоциаций видов и удельный вес генов патогенности энтерококков, выделенных из
носоглотки
120
100
100
80
60
40
I Виды Общие ГП
20
0
I
1+11
Только другие
Рис. 7. Структура ассоциаций видов и удельный вес генов патогенности (ГП) энтерококков, выделен-
ных из вагинального биотопа
Удельный вес генов патогенности, определяемых по видам, в кишечном биотопе был сопоставим как для штаммов Г /австт, так и Г faecalis: ГП присутствовали примерно в каждой пятой выделенной культуре. Однако при ассоциативном видовом статусе общий патогенный потенциал был более весомым, поскольку ГП, присутствуя хотя бы в одном из ассоциантов, регистрировались практически во всех исследуемых образцах. ГП отсутствовали только в каждом пятом из них, где имелась ассоциация двух видов. Во всех остальных образцах, где присутствовали неидентифицируе-мые виды энтерококков, ГП регистрировались.
В носоглоточном биотопе ГП определялись в половине образцов, где присутствовал Е. fae-стт и во всех, где определялся Е. faecalis. В вагинальном биотопе, при отсутствии двух ге-
нетически определяемых нами видов, присутствие какого-либо представителя ГП идентифицировалось в каждом образце посева (мазке).
Обсуждение
Известно, что нарастание случаев инфекционных процессов, обусловленных условнопатогенными микроорганизмами (УПМ), в том числе и энтерококками, в первую очередь связывают с увеличением числа лиц, имеющих иммунодефицитное состояние. Следовательно, учитывая усиливающееся клиническое значение энтерококков, в особенности видов Е. fae-стт и Е. faecalis, как возбудителей гнойновоспалительных инфекций человека, представляются важными как идентификация возбудителя, так и возможность отличить его от энтерококков - компонентов нормального микро-
биоценоза или пищевых продуктов (пробиотиков, синбиотиков) [15]. Важно отметить, что ещё десятилетие назад основную долю выделенных от человека энтерококков составляли Е. faecalis (80-90 %) и всего 5-10 % приходилось на долю Е. faecium [1; 2]. В настоящее время ситуация изменяется с точностью до наоборот. Так, по нашим данным, из двух видов лидером по частоте выделяемости определялся Е. faecium (23,6 % по сравнению с Е. faecalis -8,6 %). Хотя результаты исследований, проведенных в 2008 г. на материалах от населения ряда областей северо-западного региона России (Московской, Ленинградской и Тверской) [5], подтверждают превалирование штаммов Е. faecalis над Е. faecium (62,4 % и 37,6 % соответственно), однако по их данным уже отмечается тенденция выравнивания соотношения данных видов энтерококков в кишечной микробиоте населения. Как видим, результаты наших исследований уже свидетельствуют о смене лидерства, причем, с большим преимуществом в пользу Е. faecium (23,6 % по сравнению с Е. faecalis - 8,6 %). Соотношение же частот выявляемости определяемых нами генов патогенности в двух видах также различалось при сравнении с результатами работы [5], где эти маркеры определялись у Е. faecalis в 2,1 раза чаще (62,5 %) по сравнению Е. faecium (27,3 %). По нашим данным, это соотношение было равно 1,53 (Е. faecalis - 62,5 %, Е. faecium -40,9 %). Подобное соотношение получилось, как видим, за счёт увеличения доли выявляе-мости в Е. faecium исследуемых генов патогенности. В ряде работ [5; 15] ДНК также реагировала с праймерами на оба вида энтерококков, что указывает на возможную их ассоциацию. Определяемые нами гены патогенности в 3 раза чаще идентифицировались в двух изучаемых видах (Е. faecium, Е. faecalis) по сравнению с остальными, неидентифицируемыми в данном исследовании видами энтерококков.
Таким образом, исходя из полученных нами результатов, с одной стороны, подтверждаются существующие данные других исследователей о большем потенциале патогенности у этих видов, с другой - наблюдается смена лидерства среди этих двух медицински значимых видов энтерококков.
Анализ материала в соответствии с биотопом выделения представляет интерес с точки зрения выявления патогенетической значимости идентифицируемого вида для конкретного биотопа, поскольку далеко не все представители видов энтерококков имеют медицинское
значение в развитии локальной инфекции. Поэтому на практике необходимо учитывать не только родовую и видовую принадлежность выделенного микроорганизма, но и патогенный потенциал штамма (например, принадлежность к определенному патогенному варианту), локализацию его в организме и степень обсеменённости им клинического материала. В связи с этим приведённые данные о частоте обнаружения бактериальных видов в различных биотопах организма человека, их ассоциаций и, главное, патогенном потенциале представляют интерес с точки зрения механизма взаимоформирования как общего потенциала патогенности микроэкологического статуса организма, так и его локального сосредоточения. Данные о присутствии в вагинальном биотопе генов патогенности в неидентифици-руемых в данном исследовании видах энтерококков согласуются с результатами генетического анализа штаммов из копрологических образцов, где в 30 % случаев также определялись аналогичные виды, в каждом из которых присутствовали исследуемые ГП. Таким образом, прослеживается микроэкологическая
взаимосвязь двух тесно связанных биотопов -кишечного и вагинального. Подтверждением данного наблюдения могут быть исследования, в которых отмечают, что микроэкологический дисбаланс вагинального биотопа следует за таковым кишечного [6].
Полученные пока на небольшом объёме материалов результаты ставят дополнительные вопросы. Так, если присутствие фекальных энтерококков в носоглоточном биотопе расценивать как «случайный занос» из кишечника, почему они обладают большим потенциалом патогенности по сравнению с таковым в кишечнике? Не связана ли смена лидерства Е. faecalis в пользу Е. faecium с более широким использованием последнего в пищевой промышленности, особенно в сырах и колбасах? Так, авторы [16] на основании мониторинговых исследований энтерококков, применяемых в пищевой промышленности, отмечают возможность мигрирования по пищевой цепи генов, ответственных за проявление их антибиотической устойчивости, которые могут, в конечном счёте, попадать в организм человека.
Подобное исследование в регионе проведено впервые. Результаты дают пока предварительную информацию о вариантах ассоциаций видов энтерококков в целом и некоторых генов патогенности этих микроорганизмов, колонизирующих биотопы организма человека. Пла-
нируемые дальнейшие более детальные исследования с целью создания панорамного (объективного) представления о структурной архитектонике видов Enterococcus и их патогенного потенциала помогут решить некоторые поставленные вопросы, а также, возможно, поставят новые.
Выводы
1. Исследуемая популяция энтерококков, собранная из разных биотопов людей, характеризуется большим удельным весом Е. faecium (23,6 %) по сравнению с Е. faecalis (8,6 %). Ассоциация этих видов встречалась в 5,4 % случаев.
2. Ген патогенности asa1, кодирующий ад-гезины, встречался чаще (16,1 %), чем ген cylA, кодирующий цитолизины (11,8 %). Их ассоциация выявлялась в 5,4 % образцов.
3. Изучаемые гены патогенности в 3 раза чаще выявлялись в образцах культур энтерококков, где генетически определялись Е. fae-cium и Е. faecalis по сравнению с остальными образцами энтерококков, где отсутствовали эти два вида, подтверждая известные данные о большем потенциале патогенности у данных видов.
4. Ассоциации видов энтерококков для каждого биотопа имели оригинальные отличия: наиболее полный спектр вариантов (оба вида, один из определяемых видов, другие генетически не идентифицируемые в данной работе, или Enterococcus 8рр.) и их сочетаемость отмечались в кишечном микробиоценозе, наиболее бедный спектр - в вагинальном.
5. В носоглоточном биоценозе определялись энтерококки, отнесённые либо к Е. fae-cium, либо к Е. faecalis. Образцов с неиденти-фицируемыми видами (Enterococcus Брр.^ в носоглотке не выявлено.
6. Удельный вес генов патогенности был выше в образцах культур энтерококков, выделенных из носоглоточного биотопа.
7. Оба гена патогенности чаще встречались среди мужской части исследуемой выборки.
Литература
1. Билимова С. И. Характеристика факторов персистенции энтерококков / С. И. Билимова // Микробиология. - 2000. - № 4. - С. 104-105.
2. Бондаренко В. М. «Острова» патогенности бактерий / В. М. Бондаренко // Микробиология. -2001. - № 4. - С. 67-74.
3. Бондаренко В. М. Ранние этапы развития инфекционного процесса и двойственная роль нормальной микрофлоры / В. М. Бондаренко, В. Г. Петровская // Вестн. РАМН. - 1997. - № 3. - С. 7-10.
4. Бондаренко В. М. Симбиотические энтерококки и проблемы энтерококковой оппортунистической инфекции / В. М. Бондаренко, А. Н. Суворов. - М., 2007. - 30 с.
5. Генетическая идентификация как способ выявления патогенных и симбиотических штаммов энтерококков / А. Е. Вершинин [и др.] // Журн. микроб. эпидем. иммунологии. - 2008. - № 5. -С. 83-87.
6. Кира Е. Ф. Бактериальный вагиноз (клиника, диагностика, лечение) : автореф. дис. ... д-ра мед. наук / Е. Ф. Кира. - СПб., 1995. - 22 с.
7. Методики клинических лабораторных исследований : справ. пособие. Т. 3. Клиническая микробиология. Бактериологические исследования. Микологические исследования. Паразитологические исследования. Инфекционная иммунодиагностика. Молекулярные исследования в диагностике инфекционных заболеваний / под ред. В. В. Меньшикова. -М. : Лабора, 2009. - С. 62-70.
8. Сидоренко С. В. Инфекции в интенсивной терапии / С. В. Сидоренко, С. В. Яковлев. - М. : Бионика, 2003. - 208 с.
9. Сидоренко С. В. Клиническое значение анти-биотикорезистентности грамположительных микроорганизмов / С. В. Сидоренко // Инфекции и антимикробная терапия. - 2003. - № 5. - С. 3-15.
10. Шабанова Н. А. Различия по набору генов патогенности у штаммов Esherichia coli, продуцирующих шига-подобные токсины / Н. А. Шабанова,
B. М. Бондаренко // Журн. микроб. эпидем. иммунологии. - 2009. - № 5. - С. 4-8.
11. Щелкунов С. Н. Генетическая инженерия: учеб.-справ. пособие / С. Н. Щелкунов. - 2-е изд., испр. и доп. - Новосибирск : Сиб. университет. изд-во, 2004. - 496 с.
12. Энтерококки как возбудители инфекционных послеоперационных осложнений / И. Н. Габриэлян [и др.] // Микробиология. - 2007. - № 4. -
C. 50-53.
13. Begley M. The interaction between bacteria and bile / M. Begley, C. G. Gahan, C. Hill // FEMS Microbiol. Rev. - 2005. - N 29. - Р. 625-651.
14. Chenoweth C. The epidemiology of Entero-coccus / C. Chenoweth, C. Schaberg // Eur. J. Gin. Microbiol. - 2005. - N 9. - Р. 80-89.
15. Murray B. E. The life and times of the Entero-coccus / B. E. Murray // J. Clin. Microbiol. - 1990. -N 3. - Р. 46-65
16. Vancomycin resistant enterococci (VRE) in Swedish sewage sludge / L. Sahlstrom [et al.] // Acta Veterinaria Scandinavica. - 2009. - Р. 451-452.
Association of species and genes of pathogenic bacteria genus Enterococcus, isolated from different biotopes to residents of the Irkutsk
S. M. Popkova1, A. S. Volokitina1,2, Yu. P. Dzhioev1, P. A. Medvedeva2,3, L. S. Kozlova2,
U. M. Nemchenko1, , N. M. Shabanova1, E. I. Ivanova1, A. I. Pilueva1, E. B. Rakova1,
P. M. Kurkutova2, A. A. Pristavka3, V. P. Salovarova3, G. V. Yurinova3
1 Institute of Epidemiology and Microbiology, SC PFHHR SB RAMS, Irkutsk
2 Institute of Pediatrics, sC PFHHR SB RAMS, Irkutsk
3 Irkutsk State University, Irkutsk
Abstract. For the first time analyzed the association of pathogenicity genes and species of enterococci isolated from different biotopes of the people living in the city of Irkutsk. Established that on two medically significant species of enterococci (E. faecalis and E. faecium) prevails E. faecium. Greater potential for pathogenicity is concentrated on E. faecalis. Of the analyzed genes of pathogenicity, encoding proteins of adhesion (asal) and cytolysin (cylA), in the studied sample of cultures, microbiological typed the genus Enterococcus, usually a fixed first. Compatibility of the species with other species of enterococci unidentifiable us for each of the studied biotopes (intestinal, vaginal, nasopharyngeal) had original differences with the fullest spectrum of species and their associations in the intestinal. Investigated genes of pathogenicity met in samples from a man's part of sample is more often. Display of studied genes of pathogenicity didn't depend on age.
Keywords: enterococci, pathogenicity gene, polymerase chain reaction, specific diversity of genes, biotopes.
Попкова Софья Марковна
Институт эпидемиологии и микробиологии
НЦ ПЗС РЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 доктор биологических наук, заведующий лабораторией микроэкологии тел. (3952) 33-34-41
Popkova Sofia Markovna
Institute of Epidemiology and Microbiology,
Scientific Centre of Family Health and Human
Reproduction Problems SO RAMS
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025
D. Sc. of Biology, Head of Laboratory
of Microecology
phone: (3952) 33-34-41
Волокитина Анна Степановна Институт эпидемиологии и микробиологии НЦ ПЗС РЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 Институт педиатрии НЦ ПЗС СО РАМН
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16 младший научный сотрудник E-mail: [email protected] тел. (3952) 33-39-52
Volokitina Anna Stepanovna
Institute of Epidemiology and Microbiology, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 3 K. Marx St., Irkutsk, 664025 Institute of Pediatrics, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 16 Timiryazeva St., Irkutsk, 664003 junior research scientist E-mail: [email protected] phone: (3952) 33-39-51
Джиоев Юрий Павлович
Институт эпидемиологии и микробиологии
НЦ ПЗС РЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3
кандидат биологических наук, старший научный
сотрудник
тел. (3952) 33-39-52
E-mail: [email protected]
Козлова Любовь Сергеевна Институт педиатрии НЦПЗСРЧРАМН 664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева,16 кандидат медицинских наук, заведующий лабораторией клинической иммунологии и иммунопрофилактики E-mail: [email protected] тел. (3952) 24-68-21
Dhzioev Yuri Pavlovitch
Institute of Epidemiology and Microbiology,
Scientific Centre of Family Health and Human
Reproduction Problems SO RAMS
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025
Ph. D. in Biology, senior research scientist
phone: (3952) 33-39-51,
E-mail: [email protected]
Kozlova Lubov Sergeevna
Institute of Pediatrics, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 16 Timiryazeva St., Irkutsk, 664003 Ph. D. in Medicine, Head of Laboratory of Clinical Immunology and Immunization E-mail: [email protected] phone: (3952) 24-68-21
Немченко Ульяна Михайловна
Институт эпидемиологии и микробиологии НЦ
ПЗСРЧСО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 младший научный сотрудник тел. (3952) 33-39-52
Ракова Елена Борисовна
Институт эпидемиологии и микробиологии
НЦ ПЗС РЧ СО РАМН
664025 г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 научный сотрудник тел. (3952) 33-34-41
Шабанова Наталья Михайловна
Институт эпидемиологии и микробиологии НЦ
ПЗСРЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 младший научный сотрудник тел. (3952) 33-39-52
Иванова Елена Иннокентьевна
Институт эпидемиологии и микробиологии НЦ
ПЗСРЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 младший научный сотрудник тел. (3952) 33-39-52
Медведева Полина Алексеевна Институт педиатрии НЦ ПЗСРЧ СО РАМН
664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16 младший научный сотрудник тел. (3952) 24-68-21
Пилуева Алена Ивановна
Институт эпидемиологии и микробиологии НЦ ПЗСРЧ СО РАМН
664025, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 3 лаборант
тел. (3952) 33-39-52
Куркутова Полина Михайловна Институт педиатрии НЦ ПЗСРЧ СО РАМН 664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16 младший научный сотрудник тел. (3952) 24-68-21
Nemchenko Ulyana Mikhaylovna
Institute of Epidemiology and Microbiology, Scientific
Centre of Family Health and Human Reproduction
Problems SO RAMS
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025
junior research scientist
phone: (3952) 33-39-52
Rakova Elena Borisovna
Institute of Epidemiology and Microbiology,
Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 3 K. Marx St., Irkutsk, 664025 research scientist phone: (3952) 33-34-41
Shabanova Natalia Mikhaylovna
Institute of Epidemiology and Microbiology, Scientific
Centre of Family Health and Human Reproduction
Problems SO RAMS
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025
junior research scientist
phone: (3952) 33-39-52
Ivanova Elena Innokentyevna
Institute of Epidemiology and Microbiology, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS,
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025 junior research scientist phone: (3952) 33-39-52
Medvedeva Polina Alekseevna Institute of Pediatrics, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 16 Timiryazev St., Irkutsk, 664003 junior research scientist phone: (3952) 24-68-21
Pilueva Alena Ivanovna
Institute of Epidemiology and Microbiology, Scientific
Centre of Family Health and Human Reproduction
Problems SO RAMS
3 K. Marx St., Irkutsk, 664025
laboratorian
phone: (3952) 33-39-52
Kurkutova Polina Mikhaylovna Institute of Pediatrics, Scientific Centre of Family Health and Human Reproduction Problems SO RAMS 16 Timiryazev St., Irkutsk, 664003 junior research scientist phone: (3952) 24-68-21
Саловарова Валентина Петровна Salovarova Valentina Petrovna
Иркутский государственный университет 664003 г. Irkutsk State University
Иркутск, ул. Сухэ-Батора, 5 5 Sukhe-Bator St., Irkutsk, 664003
зав. кафедрой физико-химической биологиЬ D. Sc. of Biology, Prof., Head of Department of Physi-
доктор биологических наук, профессор. cal and Chemical Biology
E-mail: [email protected] E-mail: [email protected]
тел. (3952) 24-18-55 phone: (3952) 24-18-55
Юринова Галина Валерьевна Иркутский государственный университет 664003 г. Иркутск, ул. Сухэ-Батора, 5 кандидат биологических наук, доцент тел. (3952) 24-18-55
Приставка Алексей Александрович Иркутский государственный университет 664003 г. Иркутск, ул. Сухэ-Батора, 5 кандидат биологических наук, доцент тел. (3952) 24-18-55
Yurinova Galina Valeryevna Irkutsk State University 5 Sukhe-Bator St., Irkutsk, 664003 Ph. D. in Biology, ass. prof. phone: (3952) 24-18-55
Pristavka Aleksey Aleksandrovitch Irkutsk State University 5 Sukhe-Bator St., Irkutsk, 664003 Ph. D. in Biology, ass. prof. phone: (3952) 24-18-55
