CC BY
97
22. Hou S., Lei L., Yang Z., Qi M., Liu Q., Zhong G. Chlamydia trachomatis outer membrane complex protein B (OmcB) is processed by the protease CPAF. J. Bacteriol. 2013; 195(5): 951-7.
23. MurthyA.K., Cong Y., Murphey C., GuentzelM.N., Forsthuber T.G., Zhong G. et al. Chlamydial Protease-Like Activity Factor induces protective immunit against genital chlamydial infection in transgenic mice that express the human HLA-DR4 allele. Infect. Immun. 2006; 74 (12): 6722-9.
24. Sharma J., Dong F., Pirbhai M., Zhong G. Inhibition of proteolytic activity of a chlamydial proteasome/protease-like activity factor by antibodies from humans infected with Chlamydia trachomatis. Infect. Immun. 2005; 73: 4414-9.
25. Murthy A.K., Sharma J., Coalson J.J., Zhong G., Arulanandam B.P. Chlamydia trachomatis pulmonary infection induces greater inflammatory pathology in immunoglobulin A deficient mice. Cell. Immunol. 2004; 230: 56-64.
26. Murthy A.K., Chambers J.P., Meier P.A., Zhong G., Arulanandam B.P. Intranasal vaccination with a secreted chlamydial protein enhances resolution of genital Chlamydia muridarum infection, protects against oviduct pathology, and is highly dependent upon endogenous gamma interferon production. Infect. Immun. 2007; 75(2): 666-76.
27. Cong Y., Jupelli M., Guentzel M.N., Zhong G., Murthy A.K., Arulanandam B.P. Intranasal immunization with chlamydial protease-like activity factor and CpG deoxynucleotides enhances protective immunity against genital Chlamydia muridarum infection. Vaccine. 2007; 25(19): 3773-80.
28. Morrison R.P., CaldwellH.D. Immunity to murine chlamydial genital infection. Infect. Immun. 2002; 70(6): 2741-51.
29. Morrison S.G., Su H., Caldwell H.D., Morrison R.P. Immunity to murine Chlamydia trachomatis genital tract reinfection involves B cells and CD4(+) T cells but not CD8(+) T cells. Infect. Immun. 2000; 68(12): 6979-87.
30. Murthy A.K., GuentzelM.N., Zhong G., Arulanandam B.P. Chlamydial protease-like activity factor-insights into immunity and vaccine development. J. Reprod. Immunol. 2009; 83(1-2): 179-84.
31. Brown T.H., David J., Acosta-RamirezE., Moore J.M., Lee S., Zhong G. et al. Comparison of immune responses and protective efficacy of intranasal prime-boost immunization regimens using adenovirus-based and CpG/HH2 adjuvanted-subunit vaccines against genital Chlamydia muridarum infection. Vaccine. 2012; 30(2): 350-60.
Поступила 15.09.13
CHLAMYDIA TRACHOMATIS PROTEASOME PROTEIN AS ONE OF THE SIGNIFICANT PATHOGENICITY FACTORS OF EXCITER
D. Y. Davydova, N. A. Zigangirova
Gamaleya Scientific Research Institute of Epidemiology and Microbiology, Ministry of Health of the Russian Federation, Moscow, Russia
Sex-related infections are a global problem. Such infections may lead to acute or chronic diseases. Chlamydia trachomatis is a dangerous and widespread pathogenicity factor that is not sensitive to conventional drugs and has no obvious symptoms. Protein CPAF is leading factor of pathogenesis. This protein inhibits the signaling pathways of host cell and supports long survival of the pathogen in the host cell. The goal of this work was to review general properties of the proteasome Chlamydia protein CPAF, its functions, and role in pathology. The role of protein CPAF in the anti-chlamydia immune reaction is discussed. The prospects of the development of promising anti-chlamydia vaccine, as well as new effective anti-chlamydia drugs are also discussed.
Key words: proteasome protein CPAF, anti-chlamydia vaccine
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2014 УДК '575.17.08
И.Н. Филиппова, А.В. Хрунин, С.А. Лимборская
анализ делеции гена gstm1 в контексте гаплотипического разнообразия геномного кластера gstm в трех русских популяциях
ФГБУ Институт молекулярной генетики РАН, 123182, Москва, Россия
Во многих популяциях человека от 16 до 60% индивидуумов являются гомозиготами по делеции гена глутатион-Б-трансферазы М1. В настоящей работе нами проведена оценка взаимосвязи делеции гена ОБТМ1 и генетического разнообразия кластера ОБТМ, в составе которого находится данный ген, в трех русских популяциях. Исследование основывалось на сравнении частот встречаемости гаплотипов, составленных из однонуклеотидных полиморфизмов в трех популяциях русского населения, где были выделены 2 группы индивидуумов по наличию делеции. В 1-й группе ген О$ТМ1 отсутствовал вовсе, во второй - имелся хотя бы один его функциональный вариант. Анализ частот встречаемости гаплотипов в выделенных группах не выявил специфики в их распределении ни внутри изучаемых популяций, ни между ними.
Ключевые слова: GSTM; делеционный полиморфизм; га-плотипическое разнообразие.
Система генов ОБТМ кодирует серию ферментов глутатион-Б-трансфераз, относящихся к мю-классу, обладающих способностью катализировать присоединение трипептида глутатиона к электрофильному центру разнообразных соединений, что приводит к потере токсичности и образованию более гидрофильных продуктов [1, 2].
В отличие от других систем GST в GSTM наряду с небольшими по размеру полиморфизмами, имеется протяженная делеция, удаляющая из хромосомы один из генов - GSTM1. Встречаемость такой делеции в популяциях достаточна высока: применительно к европеоидам, до половины населения являются гомозиготами по делеции гена GSTM1 [3-5].
В настоящей работе нами проведено исследование гаплотипического разнообразия в регионе, в котором находятся гены GSTM, включая в том числе GSTM1. Кластер генов GSTM располагается на коротком плече 1-й хромосомы (1p13.3), охватывая регион протяженностью около 85 т.п.н. Есть данные, что возникновение делеции гена GSTM1 связано с существованием с двух сторон от него высокогомологичных повторяющихся участков, рекомбинация которых и приводит к утрате гена [6]. Однако неясно, могут ли соседние геномные регионы благоприятствовать или, напротив, препятствовать данному рекомбинационному событию. Для выяснения этого нами проанализированы данные результатов
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
полногеномного сканирования в выборках русского населения из трех регионов европейской части России (Тверской, Курской и Владимирской областей) и сопоставлены с наличием или отсутствием делеции GSTM1.
Материалы и методы
Материалом для проведения исследования служила геномная ДНК образцов крови индивидуумов русской этнической группы, собранных в Курской, Тверской и Владимирской областях (Муромский район). Выделение и очистку образцов ДНК осуществляли стандартным методом, основанным на использовании протеиназы К с последующей фенол-хлороформной экстракцией [7]. Полученные образцы были генотипированы при помощи микрочипов фирмы Illumina. Генотипирование проводили в эстонском биоцентре (EBC, Тарту, Эстония) [8] с использованием Illumina Human CNV370-Duo (тверская и муромская популяции) и Human 660W-Quad chips (курская популяция) чипов [9]. Исследованный набор полиморфных локусов был определен исходя из границ кластера генов GSTM (Human genome reference assembly GRCh37.p5). Делеционный полиморфизм гена GSTM1 выявляли с использованием мультиплексной ПЦР, включавшей праймеры к последовательностям генов GSTM1 и GTP-циклогидролазы 1 [4].
Генотипирование при помощи ПЦР позволяет отделить гомозигот с нулевым (делеционным) генотипом (0/0) от гомозигот с нормальным генотипом (+/+), а также от гетерозигот с генотипом (+/0) [1, 3]. Наличие гомозигот по нормальному аллелю + определяли по присутствию на электрофореграм-ме продукта амплификации размером 271 п.н. Отсутствие соответствующего фрагмента указывало на гомозиготность индивидуума по делеционному (или нулевому) аллелю. У гетерозигот по делеционной мутации гена GSTM1 (генотип +/0) также имелся фрагмент 271 п.н., и они рассматривались в одной подгруппе с носителями нормального гена GSTM1 [10].
Данные неравновесия по сцеплению в парах полиморфных локусов были получены с использованием программы Haplo-view 4.2. Основываясь на величинах показателей неравновесия по сцеплению между локусами (D' > 0,7) [11], исследованные полиморфизмы были объединены в гаплотипические блоки. Сравнение частот встречаемости гаплотипов в популяциях проводили с использованием программ GraphPad InStat 3.00 и RxC.
Результаты и обсуждение
На рисунке изображены исследованные однону-клеотидные полиморфизмы в составе кластера генов ОБТМ на примере тверской популяции. Расположение полиморфизмов приведено в соответствии с их локализацией относительно генов. Область делеции гена ОБТМ1 находится между локусами ге673151 и ге929166, расположенными в 5-м и 1-м интронах генов ОБТМ2 и ОБТМ5 соответственно, расстояние между которыми составляет около 42 т.п.н. По результатам анализа неравновесия по сцеплению в анализируемом регионе выделены 3 гаплотипиче-ских блока. Локусы, вошедшие в состав гаплобло-ков, выделены жирным шрифтом. Для популяций из Мурома и Курска картины неравновесия по сцеплению в кластере ОБТМ были близки к таковым для тверской популяции.
Применительно к целям исследования в составе каждой популяции были выделены 2 подгруппы индивидуумов, у которых ген ОБТМ1 либо отсутствовал вовсе (подгруппа ОБТМ1 0, гомозиготы по делеции), либо имелся хотя бы один его функциональный вариант (подгруппа ОБТМ1 +, нормальные гомозиготы и гетерозиготы по делеции). Частоты встречаемости гаплотипов в подгруппах ОБТМ1 0 и ОБТМ1 + в каждой из исследованных популяций отображены в табл. 1. С позиций оценки внутрипопуляционного гапло-типического разнообразия полученные данные свидетельствуют о наличии некоторых различий между исследованными популяциями.
Из представленных в табл. 1 данных видно, что в первом гаплоблоке частоты гаплотипов в 3 анализируемых популяциях имеют схожие значения как при сравнении частот в 1-й подгруппе (ОБТМ1 0 - гомозиготы по делеции гена ОБТМХ), так и при сравнении частот во 2-й подгруппе (ОБТМ1 + - гетерозиготы и гомозиготы по гену без делеции). Количество гапло-типов в первом блоке равно трем и одинаково для обеих подгрупп всех популяций, взятых в анализ. По этому гаплоблоку достоверных различий в изучаемых
Таблица 1
частоты гаплотипов в подгруппах индивидуумов, несущих функциональные (0/+ и +/+) и нулевые (0/0) варианты гена GSTM\
№ Тверь Муром Курск
гапло-блока Гаплотип GSTM1 0 2N = 86 GSTM1 + 2N = 106 p* GSTM1 0 2N = 90 GSTM1 + 2N = 102 p* GSTM1 0 2N = 80 GSTM1 + 2N = 106 p*
1 TC 0,326 0,538 0,0120 0,422 0,490 0,0851 0,423 0,566 0,1149
CA 0,558 0,377 0,489 0,343 0,474 0,330
CC 0,116 0,085 0,089 0,167 0,103 0,104
2 AACG 0,337 0,434 0,0009 0,411 0,324 0,0079 0,423 0,346 0,4665
AACA 0,186 0,208 0,122 0,206 0,154 0,240
CACA 0,070 0,198 0,056 0,176 0,115 0,135
CGTA 0,395 0,160 0,411 0,275 0,308 0,279
CGCA 0,012 0 0 0 0 0
AGCG 0 0 0 0,020 0 0
3 AG 0,779 0,628 0,0191 0,811 0,578 0,0006 0,731 0,623 0,0785
GT 0,209 0,377 0,189 0,422 0,256 0,377
GG 0,012 0 0 0 0,013 0
*С учетом поправки на множественность сравнений статистически значимыми являются различия, где р<0,0028.
9
Таблица 2
Сравнение частот встречаемости гаплотипов в парах популяций
Гапло- Тверь-Муром Тверь-Курск Муром-Курск
блок ОБТМ1 0 ОБТМ1 + ОБТМ1 0 ОБТМ1 + ОБТМ1 0 ОБТМ1 +
1 р = 0,4076 р = 0,2179 р = 0,4198 р = 0,7295 р = 0,9733 р = 0,3455
2 р = 0,5776 р = 0,1386 р = 0,4449 р = 0,1052 р = 0,3845 р = 0,6098
3 р = 0,6458 р = 0,5821 р = 0,7813 р = 1,0000 р = 0,3098 р = 0,5745
подгруппах ОБТМ1 0 и GSTM1+ не наблюдается ни в одной из популяций.
Несколько иная ситуация наблюдается при рассмотрении второго гаплоблока. Здесь обращает на себя внимание тот факт, что количество выделенных гаплотипов различается как между анализируемыми популяциями, так и между выделенными подгруппами индивидуумов внутри каждой популяции. В популяции из Твери в подгруппе ОБТМ1 0 выделяется 5 гаплотипов, а в подгруппе ОБТМ1+ - 4 гаплотипа. Определенные различия наблюдаются в частотах гаплотипов: так для 1-й подгруппы выявленный га-плотип с самой большой частотой - CGTA, а для 2-й подгруппы - AACG. Схожая ситуация наблюдается и
при рассмотрении второго гаплоблока в Муромской популяции. Здесь также имеется различное число гаплотипов в обеих подгруппах, с той лишь разницей, что для 1-й подгруппы выявлено 4 гаплотипа, а для 2-й - 5. В обеих подгруппах данной популяции гапло-типами с самыми высокими частотами так же, как и для тверской популяции, являются AACG и CGTA. Для популяции из Курска наблюдается отличная от предыдущих двух случаев ситуация. В обеих подгруппах второй гаплоблок представлен только 4 гаплотипами, причем в обеих подгруппах гаплотип, выявляемый с самой высокой частотой, - AACG. В данном гаплобло-ке статистически значимые различия в подгруппах ОБТМ1 0 и ОБТМ1+ наблюдаются лишь в популяции Твери.
Третий гаплоблок характеризуется разницей по числу гаплотипов. В двух случаях это различие обнаруживается между двумя подгруппами, а именно, в популяции из Твери и Курска в 1-й подгруппе 3 га-плотипа, во 2-й - 2. Во всех случаях гаплотип, выявляемый с самой высокой частотой, - AG, а частоты
СвТМ2
СБТМЗ
1 1 1 1 К II 1 К 1
1
Л Ч1 N СМ
00 (О (О
1— см
со О) г»
л о т— со со О) N о N О)
00 см ю со ^
О) оо 1— 1— см о
о 00 со О) о т-
ю со N см N 1—
СО СО СО О) т— Ч1
И к. и к. (Л к. И к. от к. <л ¡2
со см м гсм 0>
со со
N
(0
«
см
л «
N
о
(О «
ю
см см и
(О
л г» со со
Исследованные однонуклеотидные полиморфизмы генов кластера ОБТМ (на примере тверской популяции). Для передачи стандартной цветовой схемы рисунка, получаемого в программе Haploview, штриховкой обозначены величины D' с LOD > 2, неза-штрихованные - с LOD < 2, а точками те, которые имеют D = 1, но с LOD < 2. Цифрами в ромбах обозначена величина показателя неравновесия по сцеплению ф') между парами локусов. Ромбы, не содержащие никаких цифр, имеют D'=1.
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
третьего гаплотипа (ОО) достаточно малы. Достоверные различия в изучаемых подгруппах наблюдаются лишь в популяции из Мурома.
В целом в данном контексте популяция из Курской области является более гомогенной, в сравнении с популяциями из Тверской и Владимирской областей. В двух последних различия в частотах встречаемости гаплотипов между подгруппами ОБТМ1 0 и ОБТМ1 + сохраняются по отдельным блокам даже после введения поправки на множественность сравнений (р = 0,0028) [12]. Выявленные различия являются популяционно-специфическими, относясь ко второму блоку в случае популяции из Тверской области и третьему в случае популяции из Владимирской области. При этом данные различия никак не проявили себя при межпопуляционном сравнении распределения гаплотипов в каждой из рассматриваемых подгрупп ОБТМ1 0 и ОБТМ1 + (табл. 2). Здесь видно, что во всех случаях попарного сравнения обеих подгрупп между популяциями величины значения p свидетельствуют об отсутствии статистически значимых различий, говорящем в пользу взаимосвязи между делециями гена ОБТМ1 и распределением частот гаплотипов внутри гаплотипи-ческих блоков в изучаемых популяциях.
Полученные результаты нашего исследования сопоставлены с данными международного проекта НарМар [13], в рамках которого получены данные по неравновесию по сцеплению для нескольких миллионов однонуклеотидных полиморфных сайтов. На основе этих данных показано, что кластер генов ОБТМ представляет собой участок хромосомы 1 с набором локусов, между которыми наблюдаются высокие показатели D' в районе локализации генов ОБТМ4, О$,ТМ2, ОБТМ5 и ОБТМ3. Между генами ОБТМ2 и ОБТМ5 располагаются делети-руемый участок и входящий в него ген ОБТМ1, и в данной области практически не обнаруживаются сайты, между которыми наблюдались паттерны неравновесия по сцеплению. Это позволяет предположить, что в изучаемых популяциях отсутствие взаимосвязи данной делеции с генетическим разнообразием геномного региона может быть следствием отсутствия сколько-нибудь выраженных паттернов неравновесия по сцеплению между регионом локализации гена ОБТМ1 и прилегающими к нему участками хромосомы 1. Рассматривавшийся в нашем исследовании гаплоблок 1 входит в состав участка, располагающегося со стороны 5'- конца гена ОБТМ1, а блоки 2 и 3 - со стороны его 3'-конца. Имеющиеся результаты молекулярно-генетического исследования района кластера генов ОБТМ указывают на то, что описанная картина, очевидно, является следствием существования двух высоко гомологичных участков справа и слева от гена ОБТМ1, рекомбинация между которыми и приводит к вырезанию последнего [6].
Таким образом, можно предполагать, что высокая частота встречаемости делеции гена ОБТМ1 в изучаемых популяциях не связана с особенностями строения прилежащих гаплоблоков. Однако по всей видимости делеция препятствует существованию протяженного участка неравновесия по сцеплению в рассматриваемом регионе в целом, нивелируя тем
самым какое-либо влияние ее самой на генетическое разнообразие в прилегающих к ней участках последовательности ДНК (районы локализации генов GSTM4 и GSTM2 и GSTM5 и GSTM3 соответственно).
Работа выполнена при финансовой поддержке ФЦП "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009-2013 гг.", программ "Молекулярная и клеточная биология" и "Фундаментальные науки - медицине" Российской академии наук, программы поддержки ведущих научных школ и Российского фонда фундаментальных исследований.
Сведения об авторах:
Филиппова Ирина Николаевна - аспирант лаб. мол. генетики человека Института молекулярной генетики РАН. Москва, 123182, пл. Академика Курчатова, д. 2; e-mail: [email protected]
Хрунин Андрей Владимирович - канд. биол. наук, ст. науч. сотр. лаб. молекулярной генетики человека Института молекулярной генетики РАН.
Лимборская Светлана Андреевна - д-р биол.наук, проф., зав. отд. мол. основ генетики человека Института молекулярной генетики РАН.
ЛИТЕРАТУРА
1. Bolt H.M., Thier R. // Curr. Drug. Metab. 2006. Vol. 7( 6). P. 613628.
2. Hayes J.D., Flanagan J.U., Jowsey I.R. // Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2005. Vol. 45. P. 51-88.
3. Попова С.Н., Сломинский П.А., Галушкин С.Н. и др. // Генетика. 2002. Т. 38(2). С. 281-284.
4. Хрунин А.В., Хохрин Д.В., Лимборская С.А. // Генетика. 2008. Т. 44(10). С. 1416-1421.
5. Garte S., Gaspari L., Alexandrie A.-K. et al. // Cancer. Epidemiol. Biomarkers. Prev. 2001. Vol. 10(12). P. 1239-1248.
6. Xu S., Wang Y, Roe B, Pearson W.R. // J. Biol. Chem. 1998. Vol. 273(6). P. 3517-3527.
7. Milligan B.G. In: Molecular Genetic Analysis of Populations. Hoe-lzel AR (ed). 1998. P. 29-60.
8. Nelis M, Esko T, Magi R. et al. // PLoS ONE. 2009. Vol. 4(5). P. e5472.
9. Khrunin A.V., Khokhrin D.V., Filippova I.N. et al. // PLoS ONE. 2013. Vol. 8(3). P. e58552.
10. BigattiM.P., SantovitoA. // Генетика. 2007. 43(6). P. 827-830
11. Khrunin A., Mihailov E., Nikopensius T. // Hum Hered. 2009. Vo.l. 68(1). P. 35-44.
12. GlantzS. Primer of biostatistics. 4 th Ed. М.: Praktica; 1999. 105 p.
13. International HapMap Project (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/)
REFERENCES
1. BoltH.M., ThierR. Relevance of the deletion polymorphisms of the glutathione S-transferases GSTT1 and GSTM1 in pharmacology and toxicology. Curr. Drug Metab. 2006; 7( 6): 613-28.
2. Hayes J.D., Flanagan J.U., Jowsey I.R. Glutathione transferases. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2005; 45: 51-88.
3. Popova S.N., Slominskiy P.A., Galushkin S.N., Spitsyn V.A., Guseva I.A., BebyakovaN.A. i dr. Polymorphism of glutathione-S-transferase M1 and T1 some populations Russia Genetika. 2002; 38(2): 281-84 (in Russian).
4. KhruninA.V., KhokhrinD.V., LimborskayaS.A. Gene polymorphism of Glutathione-S-transferase in populations of Russian population of the European part of Russia. Genetika. 2008; 44(10): 1416-21 (in Russian).
5. Garte S., Gaspari L., Alexandrie A.-K., Ambrosone C., Autrup H., Autrup J.L. et al. Metabolic gene polymorphism frequencies in control populations. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2001; 10(12): 1239-48.
6. Xu S., Wang Y., Roe B., Pearson W.R. Characterization of the human
class Mu glutathione S-transferase gene cluster and the GSTM1 deletion. J. Biol. Chem. 1998; 273(6): 3517-27.
7. Milligan B.G., TotalDNA Isolation. In: Hoelzel A.R., ed. Molecular genetic analysis of populations. 1998: 29-60.
8. Nells M., Esko T., Magi R., Zimprich F., Zimprich A., Toncheva D. et al. Genetic structure of Europeans: a view from the North-East. PLoS ONE. 2009; 4(5): e5472.
9. Khrunin A.V., Khokhrin D.V., Filippova I.N., Tonu E., Nelis M., Be-byakova N.A. et al. A genome-wide analysis of populations from European Russia reveals a new pole of genetic diversity in Northern Europe. PLoS ONE. 2013; 8(3): e58552.
10. Bigatti M.P., Santovito A. Glutathione S-transferase T1 (GSTT1) and M1 (GSTM1) polymorphisms in a sample of the population in Northern Italy. Genetika. 2007; 43(6): 827-30
11. Khrunin A., Mihailov E., Nikopensius T., Krjutskov K., Limborska S., Metspalu A. Analysis of allele and haplotype diversity across 25 genomic regions in three Eastern European populations. Hum. Hered. 2009; 68(1): 35-44.
12. GlantzS. Primer of biostatistics. 4 th ed. М.: Praktica; 1999. 105 p.
13. International HapMap Project (http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/)
Поступила 18.09.13
ANALYSIS OF A GSTM1 GENE DELETION IN THE CONTEXT OF THE GSTM GENOMIC CLUSTER DIVERSITY IN THREE RUSSIAN POPULATIONS
I. N. Filippova, A. V. Khrunin, S. A. Limborska Institute of Molecular Genetics, Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
A total of 16 to 60% of individuals in human populations are homozygous with respect to a deletion of the Glutathione-S-transferase Ml gene. In this study, we evaluated the relationship between the GSTM1 gene deletion and genetic diversity of the GSTM cluster, which includes this gene, in three Russian populations. The study was based on the comparison of the haplotype distribution in two groups of individuals subdivided accordingly to the presence of the deletion. The first group included individuals with completely deleted GSTM1 gene, and the second group comprised individuals having at least one functional variant of GSTM1 gene. The analysis of the haplotype frequencies in groups revealed no specificity in their distribution both within the populations and between them. Key words: GSTM, deletion polymorphism, haplotype diversity
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2014 УДК 579.873.21:579.253].083.1
С.Н. Жданова1, О.Б. Огарков1,2, А.А. Лац1, А.Н. Зарбуев3, М.В. Бадлеева4, Л.С. Унтанова3,
Е.Д. Савилов12
ВЫЯВЛЕНИЕ УБИКВИТАРНЫх И эндемичных генотипов MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS НА ТЕРРИТОРИИ РЕСпублики бурятии
1ФГБУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН, 664003, Иркутск; 2Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования, 664079, Иркутск; 'Республиканский клинический противотуберкулезный диспансер им. Г.Д. Дугаровой, 670013, Улан-Удэ; 4Бурятский государственный университет, 670000, Улан-Удэ
Методами MIRU-12 и MIRU-24 генотипирования оценена по-пуляционная структура M. tuberculosis в Бурятии. Исследовано 283 штамма, выделенных от лиц, проходивших лечение в республиканском противотуберкулезном диспансере и медицинских учреждениях пенитенциарной системы республики. Обнаружено превалирование пандемических субтипов Beijing MIT17 и MIT16, а также Beijing MIT642 (24,5%, или 46/188), доминирование которого характерного только для изучаемой территории. Изоляты этого штамма распространены среди всех групп больных туберкулезом легких, с преимущественным формированием множественной лекарственной устойчивости при хроническом течении болезни.
Ключевые слова: M. tuberculosis; эпидемический генотип; эндемичный генотип; субтипы генотипа Beijing; MIT17; MIT16; MIT642.
Туберкулез был и остается одной из актуальных проблем здравоохранения. Подробная идентификация штаммов возбудителя туберкулеза (ТБ) раскрывает возможности более глубокого понимания фундаментальных механизмов патологии этой инфекции. В частности, выявление истории циркуляции различных генотипов патогена позволяет моделировать и прогнозировать дальнейшее развитие эпидемического и инфекционного процессов ТБ [1]. Это в свою очередь может существенным образом способствовать улучшению эпидемиологической и клинической диагностики туберкулеза и формированию алгоритмов прогнозов исхода заболевания [2]. Настоящее исследование является фрагментом изучения современной популяции микобактерий туберкулеза (МБТ), цирку-
лирующей среди больных ТБ легких в Республике Бурятия. Целью настоящей работы стало выявление эпидемических и эндемичных генотипов МБТ, циркулирующих на территории Бурятии.
Материалы и методы
В анализ включена выборка из 283 эпидемически не связанных штаммов МБТ, которые выделены от больных с разными формами ТБ легких, находившихся на лечении в республиканском клиническом противотуберкулезном диспансере (107 изо-лятов) и в учреждениях пенитенциарной системы Республики Бурятия (176 изолятов) в январе 2010 г. - декабре 2012 г. Штаммы выделены от лиц славянской (183 штамма) и бурятской (100 штаммов) национальностей. Подавляющее большинство штаммов - 271 образец - выделено от мужчин. ДНК собранных нами изолятов выделяли и генотипировали методами MIRU-VNTR по 12 (283 штамма) и 24 локусам (31 штамм) и методом делецион-ного анализа по RD 105 и 207, как описано ранее [3, 4]. Статистическую обработку данных проводили в редакторе электронных таблиц MS Excel 7.0 и пакете статистических программ Statistica for Windows (версия 6.0). Значимость различий между параметрами оценивали с помощью непараметрического критерия х2. Различия считали статистически значимыми при р<0,05.
Результаты и обсуждение
Штаммы Восточно-Азиатской генетической линии, имеющие обе делеции - RD105 и RD207 [5], так же, как и в предыдущем исследовании [6], имели преобладающее большинство в изучаемой выборке - 188 (66,4%) из 283 изолятов, остальные 95 (33,6%) были отнесены к другим семействам. Все штаммы геноти-
