CC BY
7
Выделение, генотипирование и анализ полной нуклеотидной последовательности сибирского изолята вируса паротита
A.П. Агафонов1, А.А. Неверов1, С.Н. Каменева1, Д.В. Сараев1, З.И. Гинько2,
B.М. Блинов1, К.М. Чумаков3, Г.М. Игнатьев1, В.В. Зверев4
1 ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, пос. Кольцово, Новосибирская область
2 Новосибирский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями
3 Center for biologics évaluation and research, food and drug administration, USA
4 НИИ вирусных препаратов, Москва
До недавнего времени эпидемический паротит (свинка) был широко распространен в мире: в среднем от 0,1 до 1% (в некоторых странах до 6%) населения переболевало этой болезнью. Она и сегодня остается одной из распространенных вирусных респираторных детских инфекций, и происходит это главным образом потому, что менее 40% стран мира используют вакцину для плановой профилактики данного заболевания. Болезнь регистрируется чаще всего у детей и, хотя и протекает в основном с умеренными клиническими проявлениями, иногда может вызывать осложнения в виде менингита (3 - 6% случаев), энцефалита (около 0,26% случаев, однако 1,4 % из них заканчиваются летальным исходом), панкреатита (3 - 4% случаев) и орхита (20 - 30% случаев у мужского населения) [4, 10, 12].
Возбудитель заболевания - вирус паротита - относится к семейству Paramyxoviridae, роду Rubulavirus, и содержит одноцепочечную отрицательную РНК, кодирующую четыре коровых белка (V/P, L и NP), два поверхностных гликопротеина (HN и F), матриксный белок (M) и SH-белок, который, как предполагают, является мембран-ассоци-ированным [6, 7, 11]. В настоящее время выделяют 11 генотипов вируса паротита. Генотипирование основано на анализе последовательности SH-гена, который отличается наибольшей вариабельностью по сравнению с другими районами генома вируса [2, 16, 17]. Известно, что под «давлением» иммунной системы вирус способен изменять свои антигенные и патогенные характеристики. По этой причине анализ циркулирующих на отдельной территории изолятов может предоставить информацию об изменениях в геноме вируса и возможных путях его эволюции.
В 1994 году при изучении вспышки эпидемического паротита в поселке Кольцово Новосибирской области был выделен изолят вируса паротита, штамм «Драгун» [1]. Штамм относился к генотипу С [5]. Полная нуклеотидная последовательность штамма была расшифрована в 2004 году и находится в базе данных GenBank (№ AY669145, авто-
ры: А.А. Неверов, А.П. Агафонов, С.Н. Каменева, Г.М. Игнатьев, К.М. Чумаков, http://www.ncbi.nlm. nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=5040 4164).
Работа посвящена выделению, генотипирова-нию, изучению иммунобиологических свойств и анализу первичной нуклеотидной и аминокислотной последовательности структурных генов изолята вируса паротита, выделенного в 2003 году в г. Новосибирске.
Материалы и методы
Вирус. В качестве референс-штамма был использован штамм «Эндерс» вируса паротита, полученный из Американской коллекции клеточных культур (ATCC, штамм «Эндерс» № 14D, VR-106,92.02). Штамм прошел три пассажа на культуре клеток Vero.
Культуры клеток и питательные среды.
В соответствии с рекомендациями ВОЗ по культивированию вирусов семейства Paramyxoviridae [18] работа по выделению изолята вируса паротита проводилась на культуре клеток почки обезьяны Vero, полученной из коллекции культур клеток ФГУП ГНЦ ВБ «Вектор» (пос. Кольцово Новосибирской области). Клетки культивировались с использованием среды ДМЭМ производства ФГУП ГНЦ ВБ «Вектор», содержащей 2%-ные сыворотки эмбрионов крупного рогатого скота (Gibco Laboratories, Grand Island, NY), 2 мМ L-глутамина и антибиотики (бензилпенициллин Na - 100 ЕД/мл и стрептомицина сульфат - 100 мкг/мл).
Выделение изолята вируса паротита от больного. У больного с клиническим диагнозом «эпидемический паротит» через семь суток после появления клинических признаков заболевания (повышение температуры, увеличение слюнных желез) забрали носоглоточный смыв. Пробы поместили в 1 мл среды ДМЭМ, фильтровали через фильтры 0,45 мкм (ф. Millipore, США) и вносили в пеницил-
линовые флаконы с монослоем клеток Vero. Флаконы инкубировали при 36 0С в течение шести суток. Для поддержания роста клеток использовали среду ДМЕМ с добавлением 2%-ной сыворотки плодов крупного рогатого скота и антибиотиков. После одного слепого пассажа культуральной вируссодержащей жидкостью (КВЖ) из флакона заражали монослой клеток Vero в культуральных флаконах (25 см2, Sigma, Cat № C017775) и инкубировали при 36 оС, наблюдая за характером изменения монослоя.
Серологические методы. Сыворотки от больного забирали на 7-е, 11-е, 14-е сутки и отдаленную - через 165 дней после появления клинических признаков заболевания. Сыворотки были исследованы на наличие противопаротитных антител в РТГА и ИФА. Анализ сывороток на наличие антител классов IgG и IgM проводили методом ИФА с использованием тест-системы Enzygnost Anti-Parotitis-Virus/IgG и Enzygnost Anti-Parotitis-Virus/IgM (Dade Behring, Германия) в соответствии с инструкцией по применению тест-системы. РТГА проводили по стандартной методике с использованием эритроцитов обезьяны Macaca mulatta.
Диагностическая ОТ-ПЦР (обратно-транс-криптазная полимеразная цепная реакция). Для
молекулярно-биологического подтверждения диагноза «эпидемический паротит» из проб носоглоточного смыва с использованием набора QIAamp DNA Mini Kit (ф. QIAGEN, Германия) выделяли РНК, после этого проводили ПЦР с использованием набора AmpliTaq (ф. Elmer Perkin, США) на амплификаторе Eppendorf (Eppendorf, США), используя праймеры и условия, описанные ранее [1]. Продукты ОТ-ПЦР анализировали в 1,5%-ном агарозном геле.
Определение полной нуклеотидной последовательности структурных белков вируса проводили на автоматическом секвенаторе Applied Biosystems Prism 310 с использованием AB1 prism Big Dye terminator V3.1 cycle набора для сиквенса. Для секвенирования использовали продукты амплификации, как описано ранее [14].
Выравнивание производилось с помощью программы AS [13], графики плотности распределения мутаций были построены в программе MegaGene [3].
Филогенетический анализ осуществлялся с помощью программного обеспечения MEGA3 (методом NJ Neighbor-Joining) [9]. Расчет структуры вариабельности штаммов производили используя новую компьютерную технологию GigaGene [15].
Для удобства анализа и сравнения все известные штаммы вируса паротита, у которых расшифрованы полные последовательности генома, были обозначены в соответствии со следующей кодировкой: 1 - генотип, 2 - страна выделения, 3 - год выделения, 4 - сокращенное название штамма, 5 - номер деривата штамма (если имеется несколько дериватов одного штамма), Х - неизвестно (табл. 1).
Этические нормы. Исследование проводили с соблюдением принципов добровольности и конфиденциальности в соответствии с «Основами законодательства РФ об охране здоровья граждан» (Указ Президента РФ от 24.12.1993 г. № 2288, федеральные законы № 30-Ф3 от 2.03.1998 г., № 214-ФЗ от 20.12.1999 г.). Опрос больного и взятие крови проводили после получения письменного информированного согласия. Порядок проведения исследования одобрен этическим комитетом (IRB00001360).
Результаты и обсуждение
Больной (возраст - 17 лет) поступил в Новосибирский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями (пос. Кольцово Новосибирской области) с клиническим диагнозом «эпидемический паротит средней степени тяжести». Изучение истории больного показало, что заболевание началось с появления насморка, кашля с мокротой, болей в горле и подъема температуры тела до 37,8 оС. Первичный диагноз - ОРВИ. Температура слабо снижалась анальгетиками, и через трое суток больной вновь обратился в поликлинику. В это время уже наблюдалась припухлость слюнных желез. Больной был отправлен для стационарного лечения дома. Еще через трое суток были зарегистрированы резкое увеличение околоушных слюнных желез, озноб, рвота, общая слабость, боли при глотании, головные боли. При осмотре зафиксированы увеличение подчелюстных лимфоузлов до 3 х 3, болезненность околоушных слюнных желез, ригидность затылочных мышц, повышение температуры тела до 39,9 оС. Больной был госпитализирован через семь суток после появления первых признаков заболевания. Основные биохимические показатели крови и мочи не отклонялись от нормы на протяжении всего срока лечения. На третьи сутки лечения наблюдалось увеличение СОЭ до 30 мм/ч. Температура под действием анальгетиков была стабилизирована и не повышалась более 37,0 оС.
После девяти суток нахождения в стационаре больной был выписан в удовлетворительном состоянии.
Изучение его анамнеза не выявило иммуноде-фицитных или хронических заболеваний. Больной был вакцинирован против эпидемического паротита в полтора года.
Образцы носоглоточного смыва и первая сыворотка были получены спустя семь суток после появления клинических признаков заболевания. Полученным от больного образцом была заражена культура клеток Vero. Кроме этого, для подтверждения клинического диагноза «эпидемический паротит» сыворотки были изучены на присутствие специфических антител класса IgM, а из образцов от больного была выделена РНК и проведена реакция ОТ-ПЦР. Антитела к вирусу паротита класса IgM были обнаружены в двух сыворотках из трех, полученных на ранних сроках заболевания (табл. 2).
Таблица 1.
Штаммы с расшифрованными последовательностями полного генома вируса паротита
Штамм Код в генбанке Авторы Источник Обозначение, используемое в статье**
Jeryl Lynn (дериват) AF201473 Clarke D.K., Sidhu M.S., Johnson J.E., Udem S.A. Rescue of mumps virus from cDNA // J. Virol. 74 (10), 4831 - 4838(2000) AUS64Jl1
Jery Lynn (дериват) AF345290 Amexis G., Rubin S., Chizhikov V., Pelloquin F., Carbone K., Chumakov K. Sequence diversity of Jeryl Lynn strain of mumps virus: quantitative mutant analysis for vaccine quality control // Virology 300 (2), 171 - 179(2002) AUS64Jl2
Jeryl Lynn (дериват) AF338106 Amexis G., Rubin S., Chizhikov V., Pelloquin F., Carbone K., Chumakov K. Sequence diversity of Jeryl Lynn strain of mumps virus: quantitative mutant analysis for vaccine quality control // Virology 300 (2), 171 - 179(2002) AUS64Jl3
Miyahara AB040874 Okazaki K., Tanabayashi K., Takeuchi K., Hishiyama M., Okazaki K., Yamada A. Molecular cloning and sequence analysis of the mumps virus gene encoding the L protein and the trailer sequence // Virology 188 (2), 926 - 930 (1992) BJP68Miy
Urabe AM-9 (дериват) AB000388 Mori C., Fujita J., Tooriyama T., Takahara R., Takamizawa A. Complete Nucleotide Sequence of the Mumps Virus Urabe Vaccine Strain Genomic cDNA // Rinsho To Uirusu 23, 341 - 352 (1995) BJP67Ur1
Urabe AM9 (дериват) AF314559 Amexis G., Fineschi N., Chumakov K. Correlation of genetic variability with safety of mumps vaccine Urabe AM9 strain // Virology 287 (1), 234 - 241 (2001) BJP67Ur2
Urabe AM-9-A AB000386 Mori C., Fujita J., Tooriyama T., Takahara R., Takamizawa A. Complete Nucleotide Sequence of the Mumps Virus Urabe Vaccine Strain Genomic cDNA // Rinsho To Uirusu 23, 341- 352 (1995) BJP67Ur3
Urabe AM-9-B AB000387 Mori C., Fujita J., Tooriyama T., Takahara R., Takamizawa A. Complete Nucleotide Sequence of the Mumps Virus Urabe Vaccine Strain Genomic cDNA // Rinsho To Uirusu 23, 341 - 352 (1995) BJP67Ura
87 1004*** AF314560 Amexis G., Fineschi N., Chumakov K. Correlation of genetic variability with safety of mumps vaccine Urabe AM9 strain // Virology 287 (1), 234 - 241 (2001) BXXXX871p
Штамм Код в генбанке Авторы Источник Обозначение, используемое в статье**
87 1005*** AF314562 Amexis G., Fineschi N., Chumakov K. Correlation of genetic variability with safety of mumps vaccine Urabe AM9 strain // Virology 287 (1), 234 - 241 (2001) BXXXX875p
Л-3 AY508995 Neverov A.A., Amexis G., Ivshina A.V., Agafonov A.P., Popov V. F, Taras L.Y, Nechaeva E.A., Chumakov K.M., Ignatyev G.M. н.о.* XRu62L31
Драгун AY669145 Neverov A.A., Agafonov A.P., Kameneva S.N., Ignatyev I.M., Chumakov K.M. Выделение сибирского изолята вируса паротита // Вопр. вирусол., 42 (5), 222 - 226 (1997) CRU94Dra
ПетроНов AY681495 Neverov A.A., Agafonov A.P., Kameneva S.N., Ignatyev I.M., Chumakov K.M. Выделение, генотипирование и анализ полной нуклеотидной последовательности сибирского изолята вируса паротита // Вопр. вирусол., 50 (2005) HRU03Pet
SIPAR 02 AF314558 Amexis G., Fineschi N., Chumakov K. Correlation of genetic variability with safety of mumps vaccine Urabe AM9 strain // Virology 287 (1), 234 - 241 (2001) XXXXXSip
88-1961 AF467767 Amexis G., Rubin S., Chatterjee N., Carbone K., Chumakov K. Identification of a new genotype H wild-type mumps virus strain and its molecular relatedness to other virulent and attenuated strains // J. Med. Virol. 70 (2), 284 - 286(2003) HUSXX881
Glouc1/UK96 AF280799 Jin L., Beard S., Hale A., Knowles W., Brown D.W. The genomic sequence of a contemporary wild-type mumps virus strain // Virus Res. 70 (1 - 2), 75 - 83 (2000) GUk96Glo
Lee J.Y, Na B.K.,
Dg1062/ Korea/98 AY309060 Lee H.D., Chang S.W., Kim K.A., Kim J.H., Cho H.W., Kim J., Kang C. Complete nucleotide sequence of a mumps virus genotype I strain isolated in Korea // Virus Genes 28 (2), 201 - 205 (2004) XKo98Dg1
* н.о. - не опубликовано.
** AUS64JI2 = A - генотип, US - страна выделения (США), 64 - год выделения, Jl - сокращенное название штамма (Jeryl Lynn), 2 - номер
деривата штамма (если несколько дериватов одного штамма), Х - неизвестно. *** После вакцинации штаммом Urabe у вакцинированного зарегистрировано осложнение и выделен этот штамм.
Таблица 2.
История получения и свойства штамма «ПетроНов» вируса паротита
Идентификационный номер Возраст и вакцинальная история Срок забора образцов от появления клинических признаков Образцы Лабораторные исследования Штамм
ПЦР с образцом серологические исследования (титры антител) биологические исследования (посев на культуру клеток Vero) название штамма генотип
IgM IgG появление симпластов ПЦР с культурой клеток
П-04/04 /03 17 лет, в 1,5 года вакцинирован 7 сут Кровь - - 1:280 - - ПетроНов Н
Смыв + + +
11 сут Кровь - + 1:330 - -
Смыв - - -
14 сут Кровь н.и.* + 1:370 - -
Смыв н.и. - -
5,5 мес Кровь н.и. - 1:616 н.и. н.и.
Смыв н.и. н.и. н.и.
н.и. - не исследовалось.
Результаты ПРЦ-анализа подтвердили наличие РНК вируса паротита в смывах с носоглотки больного. Следует отметить также, что антитела класса IgG находились в момент измерения на высоком уровне. После одного пассажа на клетках Vero были отмечены изменения монослоя, характеризующиеся появлением гигантских многоядерных клеток (симпластов). Таким образом, клинический диагноз «эпидемический паротит» был подтвержден лабо-раторно: в сыворотке крови больного были обнаружены антитела класса IgM, содержание антител класса IgG в парных сыворотках возрастало, у больного методом ОТ-ПЦР была обнаружена РНК вируса паротита и от больного выделен вирус этой инфекции.
Для проведения работ по генотипированию выделенного изолята продукт ПЦР из образца носоглоточного смыва был секвенирован. Генотипический анализ показал принадлежность к генотипу Н (рис. 2а). Для изучения возможных изменений в геноме вируса, вызвавших тяжелое течение инфекции и столь длительную циркуляцию вируса в организме больного, из зараженной культуры клеток Vero (3-й пассаж вируса от исходного, выделенного из носоглотки больного) была выделена РНК в достаточном для проведения работ по секвенированию количестве. После секвенирова-ния было произведено нуклеотидное выравнива-
ние и построен график плотности распределения мутаций для 16-ти полных геномов относительно штамма «ПетроНов» (рис. 1). На рисунке 1 четко видно, что изученные геномы распределились по последовательностям на три группы. В первую группу попадает штамм «ПетроНов» и наиболее близкий к нему штамм HUSXX881, другая группа, наиболее далекая по отношению к названным, представлена тремя вакцинными штаммами Jeryl Lynn (AUS64Jl1, AUS64Jl2, AUS64Jl3), остальные 12 штаммов образуют третью, промежуточную группу. Следует отметить, что точки пересечения кривых для этих трех групп отсутствуют, что говорит об отсутствии явных рекомбинационных механизмов для исследованных штаммов вируса паротита.
Филогенетический анализ, как для полных геномов в целом, так и отдельно для каждого гена, показал, что между дикими и вакцинными штаммами явных отличий нет. С незначительными перестановками внутри подгрупп деревья для всех генов были схожи и практически повторяют дерево для полного генома (рис. 2б). Тем не менее интересно отметить, что филогенетическое дерево отдельно для М-гена отличается от деревьев для всех других генов: штамм «ПетроНов» попадает в подгруппу вакцинных штаммов А-генотипа, а описанный ранее авторами штамм «Драгун» по М-гену наиболее близок к вакцинному штамму AUS64Jl2
Рисунок 1.
Электронная микрофотография вируса эпидемического паротита, х250 000
%
11 ..
109 87. 654 3 21 -
_ HUSXX881
_BJP68Miy
_BJP67Ura
XRu62L31 XXXXXSip BXXXX871p BJP67Ur1 „ BJP67Ur2 „ BJP67Ur3 „ BXXXX875p CRU94Dra XKo98Dg 1 _ GUk96GTo
_AUS64JI2
_AUS64J11
_AUS64JI 3
1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 10 000 11 000 1200013000 14000
Рисунок 2.
Филогенетические деревья для изученных последовательностей вируса паротита (а - по SH-гену, б - по полным нуклеотидным последовательностям генома, в - по М-гену)
а
б
в
4Ь О
Эпидемиология и Вакцинопрофилактика № 5 (36)/2007
Таблица 3.
Анализ вариабельности белков штаммов вируса паротита с расшифрованными последовательностями полного генома
Белки вируса (длина в аминокислотах) / количество замен по сравнению со штаммом «ПетроНов» (аминокислот, %)
ИР Р 1 V М БН NN 1 все белки
Штамм (549) (391) (171 *) (224) (375) (538) (57) (582) (226) (5148)
кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен %
Ни5ХХ881 4 0,73 5 1,28 4 2,34 4 1,79 2 0,53 1 0,19 2 3,51 10 1,72 5 0,22 37 0,72
Оик96Э1о 3 0,55 15 3,84 9 5,26 9 4,02 2 0,53 16 2,97 6 10,5 20 3,44 13 0,57 93 1,81
ХИи62Ь31 4 0,73 15 3,84 10 5,85 12 5,36 5 1,33 13 2,42 6 10,5 17 2,92 15 0,66 97 1,88
ВиР68М1у 6 1,09 13 3,32 9 5,26 9 4,02 3 0,8 14 2,6 11 19,3 20 3,44 14 0,62 99 1,92
ВиР67иг1 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 13 0,57 102 1,98
ВиР67ига 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 13 0,57 102 1,98
ВХХХХ871р 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 14 0,62 103 2
СР11940га 8 1,46 13 3,32 10 5,85 10 4,46 4 1,07 14 2,6 10 17,5 22 3,78 13 0,57 104 2,02
ХХХХХар 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 21 3,61 14 0,62 104 2,02
ВиР67иг2 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 22 3,78 14 0,62 105 2,04
ВиР67игЗ 11 2 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 22 3,78 14 0,62 106 2,06
ВХХХХ875р 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 11 19,3 21 3,61 15 0,66 106 2,06
ХКо980д1 4 0,73 17 4,35 10 5,85 10 4,46 3 0,8 19 3,53 8 14 16 2,75 40 1,77 127 2,25
АиБ64Л2 12 2,19 26 6,65 17 9,94 17 7,59 4 1,07 18 3,35 13 22,8 32 5,5 28 1,24 167 3,24
АиЭ64Л1 12 2,19 26 6,65 16 9,36 16 7,14 3 0,8 24 4,46 11 19,3 37 6,36 25 1,11 170 3,3
АиБ64ЛЗ 12 2,19 26 6,65 16 9,36 16 7,14 3 0,8 24 4,46 11 19,3 37 6,36 25 1,11 170 3,3
ОТ
оэ
.1= х
I О =1 "а о
-е-
X
ь и
и
* Для штамма ХКоЭвйд 1 длина 1-белка - 165 аминокислот
(рис. 2в). В настоящее время принято геноти-пировать изоляты вируса паротита по наиболее вариабельному фрагменту генома (см. рис. 1), включающему С-концевую часть гена F и SH-ген. Выделенный нами изолят относился к генотипу Н (см. рис. 2а). Для отнесения выделенного изолята к этому генотипу были использованы референс-штаммы, предложенные в работе Jin L. и соавт. [8].
Филогенетический анализ, отдельно для каждого гена, показал, что нет явных различий между дикими и вакцинными штаммами. С незначительными перестановками внутри подгрупп деревья для всех генов схожи. Только филогенетическое дерево отдельно для М-гена отличается от деревьев для всех других генов. А описываемый авторами ранее штамм «Драгун» по М-гену наиболее близок к штамму AUS64JI2.
При анализе вариабельности различных штаммов вируса паротита было показано, что наиболее редкими для штамма «ПетроНов» являются мутации G на C и С на G (менее 1% от общего количества замен). В наибольшем количестве представлены замены T на С, С на Т (19 - 25%) и А на G, G на А (16 - 19%). Следует отметить факт, что штамм «Драгун» находится на втором месте по общему числу нуклеотидных замен относительно штамма Jeryl Lynn (AUS64JI1), уступая лишь штамму HRU03Pet. Анализ аминокислотных замен показан в таблице 3.
Наиболее близким к штамму «ПетроНов» является штамм HUSXX881 (генотип Н), наибольшие же различия у штамма «ПетроНов» со штаммами AUS64Jl1, AUS64Jl3, AUS64Jl2 и XKo98Dg1. При сравнении всех штаммов, для которых известна полная нуклеотидная последовательность, больше всего аминокислотных замен наблюдается в структурных белках SH, Р и HN (в относительных величинах) и в белке HN (в абсолютных величинах). Найдены уникальные для штамма «ПетроНов» замены: во всех исследованных штаммах в поз. 407 (в том числе и в штамме HUSXX881 -генотип Н) находится аминокислота А, а в штамме «ПетроНов» - Т; во всех исследованных штаммах в поз. 443 (в том числе и в штамме HUSXX881) находится аминокислота G, а в штамме «ПетроНов» - D.
Таким образом, был выделен и первично охарактеризован новый штамм вируса паротита. Он получил название «ПетроНов» и был депонирован в коллекцию микроорганизмов ГНЦ ВБ «Вектор» (пос. Кольцово Новосибирской области, Россия) за номером V-330. Полная нуклеотидная последовательность штамма помещена в базу данных GenBank (№ AY681495).
Авторы выражают благодарность Т.Г. Степановой, Е.А. Колмаковой и Т.В. Малышевой за практическую помощь при проведении данной работы.
Работа выполнена в рамках проекта МНТЦ № 2168. ш
Литература
Агафонов А.П., Игнатьев Г.М., Патрушев Н.А. и др. Выделение сибирского изолята вируса паротита // Вопр. вирусол. 1997. № 5. С. 222 - 226. Afzal M.A., Buchanan J., Heath A.B., Minor P.D. Clustering of mumps virus isolates by SH gene sequence only partially reflects geographical origin // Arch. Virol. 1997. V. 142. № 2. P. 227 - 238.
Blinov V.M., Resenchuk S.M., Denisov S.I. et al. 1999. Megagene: a new computer technology for analyzing complete viral genomes // Abstract Book of XI International Congress of Virology, August 9 - 13, 1999 (Sydney, Australia). Sidney, 1999. № 5147.
Caplan C.E. Mumps in the era of vaccines // CMAJ. 1999. V. 160, № 6. P. 865, 866.
Heider A., Ignatyev G., Gerike E., Schreier E. Genotypic characterization of mumps virus isolated in Russia (Siberia) // Res. Virol. 1997. V. 148. № 6. P. 433 - 435.
Elango N., Varsanyi T.M., Kovamees J., Norrby E. Molecular cloning and characterization of six genes, determination of gene order and intergenic sequences and leader sequence of mumps virus // J. Gen. Virol. 1988. V. 69 (Pt 11). P. 2893 - 2900.
Elliott G.D., Yeo R.P, Afzal M.A. et al. Strain-variable editing during transcription of the P gene of mumps virus may lead to the generation of non-structural proteins NS1 (V) and NS2 // J. Gen. Virol. 1990. V. 71 (Pt 7). P. 1555 - 1560.
Jin L., Rima B., Brown D. et al. Proposal for genetic characterisation of wildtype mumps strains: Preliminary standardisation of the nomenclature // Arch. Virol. 2005. V. 150. № 9. P 1903 - 1909.
Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment briefings in bioinformatics. 2004. V. 5. P 150 - 163.
10. Nussinovitch M., Volovitz B., Varsano I. Complications of mumps requiring hospitalization in children // Eur. J. Pediatr. 1995. V. 154. № 9. P 732 - 724.
11. Paterson R.G., Lamb R.A. RNA editing by G-nucleotide insertion in mumps virus P-gene mRNA transcripts // J. Virol. 1990. V. 64. № 9. P. 4137 - 4145.
12. Phillips C.F. Mumps: epidemic parotitis // Nelson textbook of pediatrics / Ed. Behrman R.E. - Philadelphia. - WB Saunders, 1992. P. 808 - 810.
13. Resenchuk S.M., Blinov V.M. ALIGNMENT SERVICE: creation and processing of alignments of sequences of unlimited length // Comput. Appl. Biosci. 1995. V. 11. № 1. P. 7 - 11.
14. Rubin S.A., Amexis G., Pletnikov M. et.al. Changes in Mumps Virus Gene Sequence Associated with Variability in Neurovirulent Phenotype // J. Virol. 2003. V. 77. № 21. P. 11616 - 11624.
15. Simonov S.A., Pravdin S.S., Denisov S.I. Supercomputer analyses of human genome: physic/mathematic/linguistic/genetic approach «GigaGene» with using technology of informational compression // Abstract Book of International Conference «New information technologies in medicine and ecology», June 1 - 11, 2002 (Kiev, Ukraine). Kiev, 2002. P. 265 - 268.
16. Tecle T., Bottiger B., Orvell C., Johansson B. Characterization of two decades of temporal co-circulation of four mumps virus genotypes in Denmark: identification of a new genotype // J. Gen. Virol. 2001. V. 82 (Pt 11). P. 2675 - 2680.
17. Uchida K., Shinohara M., Shimada S. et al. Characterization of the F gene of contemporary mumps virus strains isolated in Japan // Microbiol. Immunol. 2003. V. 47. № 2. P. 167 - 172.
18. Virology. A practical approach / Ed. B.W.J. Mahy - IRL Press, Oxford, Washington DC, 1985.
1
