ВЛИЯЕТ ЛИ БОТУЛИНОТЕРАПИЯ НА МИКРОБИОМ МОЧИ БОЛЬНЫХ НЕЙРОГЕННЫМ МОЧЕВЫМ ПУЗЫРЁМ? РЕЗУЛЬТАТЫ МЕТАГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ Текст научной статьи по специальности «Клиническая медицина»

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

© Е.С. Филиппова, И.В. Баженов, А.В. Зырянов, 2020 УДК 615.217.34:616.61-008.222:577.2 DOI 10.21886/2308-6424-2020-8-3-85-96 ISSN 2308-6424

Влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырём? Результаты метагеномного секвенирования

Екатерина С. Филиппова 1,z, Игорь В. Баженов1,2, Александр В. Зырянов1,2

1ФГБОУ ВО «Уральский государственный медицинский университет» Минздрава России

620028, Россия, г. Екатеринбург, ул. Репина, д. 3 2ГБУЗ СО «Свердловская областная клиническая больница №1» 620102, Россия, г. Екатеринбург, ул. Волгоградская, д. 185

Введение. Реорганизация микробиома мочи больных нейрогенным мочевым пузырем играет важную роль в патогенезе инфекции мочевыводящих путей (ИМП). Сведения о составе мочевого микробиома при нейрогенной дисфункции нижних мочевыводящих путей (НДНМП) ограничены, в частности, неизвестно, как на него влияют различные виды терапии НДНМП.

Цель исследования. Оценить влияние инъекций ботулинического токсина на микробиом мочи больных НДНМП.

Материалы и методы. Образцы мочи были взяты у шести пациентов с НДНМП (четырёх женщин и двух мужчин) до введения 200 ЕД ботулинического токсина типа А в стенку мочевого пузыря и через 6 недель после. Образцы исследовали методом микроскопии, выполняли посев на микробиологические среды, а также метаге-номное 16S рРНК секвенирование. С использованием платформы Illumina MiSeq получено, в общей сложности, 144 562 16S рДНК прочтений.

Результаты. Результаты посевов мочи коррелировали с данными 16S рРНК секвенирования, однако анализ метагенома позволил выявить и идентифицировать большее количество микроорганизмов. В каждом образце выделено от 2 до 21 рода микроорганизмов. В моче всех больных до ботулинотерапии преобладали Enterobacterales. После ботулинотерапии у трех пациенток, на фоне клинического и уродинамического улучшения, произошла смена микрофлоры с преобладанием Enterobacterales на Lactobacillales. В остальных случаях принципиальных изменений микробиома отмечено не было.

Заключение. Впервые в рамках пилотного исследование проведено сравнение микробиома мочи у больных НДНМП до и после введения ботулинического токсина. Небольшое число участников является существенным ограничением данной работы, однако продемонстрирована возможность положительного влияния ботулинотерапии на микрофлору мочевыводящих путей.

Ключевые слова: нейрогенный мочевой пузырь; инфекция мочевыводящих путей; микробиом мочи;

ботулинический токсин

Финансирование. Исследование не имело спонсорской поддержки. Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов. Информированное согласие. Все пациенты подписали информированное согласие на участие в исследовании.

Вклад авторов: Екатерина С. Филиппова - идея исследования, сбор материала, обработка данных, написание текста статьи; Игорь В. Баженов - организация исследования, сбор материала, редактирование текста статьи; Александр В. Зырянов - разработка дизайна исследования, финальное редактирование.

Поступила в редакцию: 20.05.2020. Принята к публикации: 14.07.2020. Опубликована: 26.09.2020.

Автор для связи: Екатерина Сергеевна Филиппова; тел.: +7 (912) 638-02-86; e-mail: filippova.cat@yandex.ru

Для цитирования: Филиппова Е.С., Баженов И.В., Зырянов А.В. Влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных

нейрогенным мочевым пузырём? Результаты метагеномного секвенирования. Вестник урологии. 2020;8(3):85-96. https://doi.

org/10.21886/2308-6424-2020-8-3-85-96

Does botulinum therapy affect the urine microbiome of patients with neurogenic bladder? Metagenomic sequencing results

Ekaterina S. Philippova1,2, Igor V. Bazhenov1,2, Alexander V. Zyrianov1,2

1Ural State Medical University 620028, Russian Federation, Yekaterinburg, 3 Repina str.

2Sverdlovsk Regional Clinical Hospital No.1 620102, Russian Federation, Yekaterinburg, 185 Volgogradskaya str.

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

Introduction. Reorganization of the urinary microbiome in patients with neurogenic low urinary tract dysfunction (NLUTD) plays an important role in the pathogenesis of urinary tract infections (UTIs). However, we still do not know how the different types of NULTD therapy affect the microbiome.

Purpose of the study. Was to assess the influence of botulinum toxin (BoNT) injections on the urinary microbiome.

Materials and methods. Urine samples were obtained from 6 persons (4 females and 2 males) with NLUTD before BoNT therapy (200 UI) and 6 weeks after. Standard urine analysis, urine culture and 16S rRNA gene sequencing were performed. A total of 144,562 quality-filtered 16S rDNA sequence reads were processed through an Illumina MiSeq platform.

Results. The results of the urine culture correlated with 16S rRNA sequencing results, but the greater number of bacterial taxa were detected. Analysis of the bacterial community in urine samples revealed between 2 and 21 species-level reads per individual. All patients before BoNT demonstrated abnormal urinary microbiome with a predominance of Enterobacteriales. In three cases in females, clinical and urodynamic improvement after botulinum therapy was associated with changing of the microbiome from Enterobacteriaceae to Lactobacillales. In one female and two males, no principal changes had happened.

Conclusions. This is the first report comparing in pilot study the urinary microbiome before and after BoNT injections into the bladder wall. The results are restricted by the small number of participants. However, the promising observation about the influence of botulinum toxin therapy on urinary microbiome was obtained.

Key words: neurogenic bladder; urinary tract infection; urinary microbiome; botulinum toxin

Financing. The study did not have sponsorship. Conflict of interest. Authors have no conflict of interest to declare. Informed consent. All patients signed an informed consent to participate in the study.

Authors contribution: Ekaterina S. Filippova - study idea, obtaining data and analysis of the results, writing the text of the manuscript; Igor V. Bazhenov - study organization process,obtaining data, manuscript editing; Alexander V. Zyrianov - study design development, final editing.

Received: 20.05.2020. Accepted: 14.07.2020. Published: 26.09.2020.

For correspondence: Ekaterina S. Filippova; tel.: +7 (912) 638-02-86; e-mail: filippova.cat@yandex.ru

For citation: Philippova E.S., Bazhenov I.V., Zyrianov A.V. Does botulinum therapy affect the urine microbiome of patients with neurogenic bladder? Metagenomic sequencing results. Urology Herald. 2020;8(3):85-96. (In Russ.). https://doi.org/10.21886/2308-6424-2020-8-3-85-96

Введение

Длительное время считалось, что моча здорового человека стерильна. Однако за последнее десятилетие предо микрофлоре мочевыводящих путей кардинально изменились. В 2010 году D.E. Nelson et al. [1] с помощью секвенирования 16S рРНК обнаружили бактерии в моче здоровых мужчин, а М.И. Коган и соавт. (2010), использовав культу-ральное исследование с расширенным набором сред, показали, что моча здоровых женщин также не стерильна [2]. H. Siddiqui et al. в 2011 году подтвердили эти данные путём метагеномного секвенирования [3]. В дальнейшем рядом учёных был исследован микробиом мочи в норме [4-10] и при некоторых заболеваниях: гиперактивном мочевом пузыре [10, 11], недержании мочи [12], хроническом простатите [13], интерстициальном цистите [14, 15], раке мочевого пузыря [16, 17], раке предстательной железы [18], мочекаменной болезни [19] и других.

Новые знания о микрофлоре мочи побудили урологов изменить взгляд на бессимптомную

бактериурию и вопросы профилактики инфекций мочевыводящих путей (ИМП) [20].

Рецидивирующие ИМП являются одной из ведущих проблем в лечении больных нейрогенным мочевым пузырём. Каждый пациент с НДНМП переносит около 2,5 эпизодов ИМП в год [21], что обусловливает прогрессирование хронической почечной недостаточности [22] и может приводить к серьёзным септическим осложнениям, вплоть до летального исхода [23]. Профилактика ИМП у больных нейрогенным мочевым пузырём основывается, в первую очередь, на коррекции уродинамических нарушении, борьбе с детру-зорной гиперактивностью, пузырно-мочеточни-ковым рефлюксом, правильном выборе способа отведения мочи [24].

Изменения, характерные для микробиома пациентов с нейрогенной дисфункцией мочевы-водящих путей (НДНМП), были продемонстрированы D.E. Fouts et а1. [5] в 2012 году и S.l. Groah et а1. [9] в 2016 году с помощью секвенирования 16S рРНК. В литературе отсутствуют данные о том, как меняется микробиом мочи больных НДНМП на фоне различных видов лечения, в частности, детрузоростабилизирующей терапии.

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

Цель исследования: проанализировать микробиом мочи больных НДНМП при проведении ботулинотерапии.

Материалы и методы

В исследовании участвовали шесть больных НДМП, страдающих частыми рецидивами ИМП. Характеристика пациентов представлена в таблице 1.

Все пациенты дважды прошли обследование, включавшее общеклинические анализы, бактериологическое исследование мочи, ультразвуковое исследование мочевыделительной системы, а также комплексное уродинамическое исследование (КУДИ) до введения ботулотоксина и через 6 недель после.

В момент забора образцов мочи для исследования никто из пациентов не имел клинических симптомов ИМП. Также пациенты были предупреждены о том, что не должны принимать антибактериальные препараты в течение не менее, чем двух недель, до сдачи анализа.

В госпитальных условиях пациентам были

выполнены внутридетрузорные инъекции ботулотоксина. В операционной под внутривенной анестезией пациентам выполняли уретроцисто-скопию, после чего, при наполнении мочевого пузыря до 200 мл по манипуляционному каналу уретроцистоскопа проводили эндоскопическую иглу, через которую вводили в стенку мочевого пузыря внутридетрузорно 200 ЕД онаботулоток-сина типа А (Ботокс, Аллерган) в 20 точках (10 ЕД/ точка) на глубину 2 - 3 - 5 мм в зависимости от толщины его стенки.

Забор образцов мочи для метагеномного сек-венирования выполняли с письменного согласия пациентов до процедуры ботулинотерапии и через 6 недель после неё. Мочу в стерильный контейнер забирал врач путём катетеризации мочевого пузыря одноразовым лубрицированным катетером. Образцы мочи подвергали немедленной заморозке и хранили при температуре -25оС. С соблюдением температурного режима образцы транспортировали в лабораторию.

Выделение и контроль качества ДНК. Выделение ДНК было проведено протоколом с использованием силикатных колонок из 12 об-

Таблица 1. Характеристика пациентов Table 1. Patients* characteristics

к

ГО

Т Ol >■ -Q

U 3 С

ш Г

5 dj

S ^ О о X О

О J

Q. ^ Ю £

О J3

го Р * §

ш = о с

Ci to

s -й x О.

™ s

^ on

CD _

JS £

I— D

G и

го Q.

m 4)

о a

Cû

Ol ■Q ^ С О Ol

I

£<3

E о

I £

и c

-о ^ о

hi- 'С

S

x -i- 3 -D !_ -Q

¡1 £

.S ^

RI 2

с

Ol

IS

Ol

a о

к с а. о z Е £ ¡ö а 2 !

1= о и ш со

ю о

с __^

^ ro s? D

s Cû Ol X 4-.J

О о

et l_

О CD

m X

s 4 1-

с CD

m ^ (J

О О о

m С X

¡3 CD S u

CD с

T s X CD 3 &

^ T Ol

о CD

H

° et

s о.

ю о,

s н

н о

х х

го s

1 ^ s о

^ ^ 1о d- ^ IS 01 tu s о. et

X CD CD ^

CD ш —

' 1 ^ CD

s

8 с .о lia с с

D t?

■ D) С

О С

? D d -J

3 ■Q Ol О

5 a

ï

6

-Q

J2

и и

PN6513 47 М nCMT 17 ИК

QD1117 Male SCI IC

MR7654 22 Ж Spina 22 ИК

FU1690 Female Bifida IC

GC3025 24 Ж Spina 24 ИК

HS1160 Female Bifida IC

GR9877 GV1176 18 М Male nCMT SCI 5 ИК IC

JN3720 20 Ж Spina 20 ИК

MM3401 Female Bifida IC

YG6199 JW4447 28 Ж Female nCMT SCI 4 ИК IC

10

10

1

8

6

2

4

3

4

8

4

7

4

5

6

9

6

8

Примечание: НДНМП — нейрогенная дисфункция нижних мочевыводящих путей; ИМП — инфекция мочевыводящих путей; ПСМТ — позвоночно-спинномозговая травма; ИК — интермитирующая катетеризация

Note: NULTD — neurogenic low urinary tract dysfunction; UTI — urinary tract infection; SCI — spinal cord injury; IC — intermittent catheterization

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

разцов. Контроль качества полученной ДНК был проведён с помощью электрофореза в агароз-ном геле (рис. 1 - 2).

Рисунок 1. Электрофорез ДНК, содержащейся в моче (образцы 1 - 8) Figure 1. Electrophoresis of the DNA contained in the urine (samples 1 - 8)

|l

Рисунок 2. Электрофорез ДНК, содержащейся в моче (образцы 9 - 12) Figure 2. Electrophoresis of the DNA contained in the urine (samples 9 -12)

Для оценки бактериальных геномов и контроля отсутствия ПЦР-ингибиторов была проведена количественная ПЦР с праймерами на вариабельный регион V3 - V4 16S рРНК на приборе Step One Plus (Applied Biosystems).

Подготовка библиотек фрагментов ДНК. Из входящего биоматериала были приготовлены библиотеки ДНК для секвенирования вариабельных регионов V3 - V4 гена 16S рРНК согласно протоколу Illumina [25]. Контроль качества библиотек проведен на приборе LabChip GX Touch 24.

Секвенирование ДНК. Образцы были разведены и секвенированы в соответствии с протоколами Illumina [25]. Исходные данные были получены в формате FASTQ, 250 PE. Для каждого образца получено более 10 000 пар прочтений.

Полученные прочтения были обработаны при помощи следующих программ:

• cutadaptl v2.7 — удаление адаптерных последовательностей и нуклеотидов с низким качеством прочтения;

• FLASH2 v1.2 — объединение парноконце-вых прочтений в цельные последовательности;

• иСН1МЕ3 v4.2 — удаление химерных последовательностей в соответствии с базой данных Greengenes;

• RDPTools4 v2.11 — классификация прочтений в соответствии с базой данных RDP5 v11.5.

Контроль качества прочтений. У исходных прочтений были удалены адаптерные последовательности и нуклеотиды с низким качеством прочтения при помощи инструмента cutadapt1 v2.7. В результате доля нуклеотидов с качеством прочтения не менее 30 (Phred >30) составляет 90 - 95% в каждом образце. Парноконцевые прочтения были объединены в цельные последовательности вариабельных регионов V3 - V4 гена 16S рРНК при помощи инструмента FLASH2 v1.2 (рис. 3). Медианная доля прочтений, объединённых в цельные последовательности, составляет 96%.

Рисунок 3. Схема объединения парноконцевых прочтений в цельные последовательности при

помощи инструмента FLASH Figure 3. Scheme of paired-end reads adjustment using FLASH tool

Химерные последовательности были удалены при помощи инструмента UCHIME3 v4.2. В качестве референса использовали выравнивание последовательностей из базы данных Greengenes, предоставленные ресурсом Broad Institute [26]. В среднем в образцах содержалось 1,4% химерных последовательностей.

В результате для каждого образца было получено более 9 500 пар прочтений хорошего качества (в среднем 12 000 пар прочтений), среди которых отсутствовали химеры.

Прочтения хорошего качества, среди которых отсутствуют химеры, были классифицированы при помощи инструмента RDPTools v2.11. Классификацию прочтений проводили в соответствии с базой данных RDP v11.5, с порогом сходства 90%.

В среднем 94% прочтений в каждом образце было классифицировано до семейства и 85% прочтений в каждом образце было классифицировано до рода.

Статистическую обработку данных осуществляли с помощью программного пакета SPSS 23.0 for Windows. Данные представлены в виде m ± SD, где m — среднее значение, SD — стандартное отклонение. Для оценки достоверности

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

различий средних использовался и-критерий Манна-Уитн. Различия считали достоверными при р <0,05.

Результаты

Все пациенты, участвовавшие в исследовании, имели клиническое и уродинамическое улучшение на фоне лечения (табл. 2). Цистоме-трическая ёмкость мочевого пузыря увеличилась в среднем, на 187,3 ± 79,51 мл. Объём мочевого пузыря, при котором возникало первое непроизвольное сокращение детрузора (эпизод гиперактивности) на 285,5 ± 94,8 мл, максимальное давление детрузора в момент непроизвольного сокращения снизилось на 34,8 ± 25,0 см Н20.

Бактериальный профиль образцов мочи, направленных на метагеномное секвенирование, представлен в таблице 3.

Результаты посевов мочи коррелировали с данными 16S рРНК секвенирования, однако секвенирование позволило выявить и идентифицировать большее количество микроорганизмов.

Среди бактерий, которые никогда не появлялись в посевах мочи, но были обнаружены у ряда больных по данным секвенирования метагено-ма представители семейств: Cellulomonadaceae

(Cellulomonas spp.), Prevotellaceae (Prevotella melaninogenica, Prevotella spp.), Flavobacteriaceae, Bacillales Family X. Incertae Sedis, Gemella (Gemella asaccharolytica), Carnobacteriaceae (Carnobacterium spp.), Veillonellaceae (Veillonella spp.), Peptoniphilaceae (Parvimonas spp.), Sphi-ngomonadaceae (Sphingomonas spp.), Pseu-doalteromonadaceae (Pseudoalteromonas spp.), Moraxellaceae (Acinetobacter spp.), Vibrionaceae (Vibrio spp.).

Образцы HS1160 и YG6199, забранные у пациентов после ботулинотерапии, не дали бактериального роста на питательных средах, но при этом секвенирование позволило идентифицировать в них представителей нормальной микрофлоры. Аналогичную картину имел образец MM3401, но при посеве были выявлены Lactobacillus10*3. В данных трёх образцах низким было и содержание лейкоцитов, не более 1 - 2 в поле зрения.

Во всех образцах концентрация ДНК и количество лейкоцитов через шесть недель после ботулинотерапии были меньше, чем до лечения.

В ходе метагеномного секвенирования проанализировано 144562 16S рДНК прочтений. В каждом образце идентифицировано от 2 до 21 рода микроорганизмов. Наиболее часто встречающимися микроорганизмами были Escherichia,

Таблица 2. Уродинамические параметры пациентов до и после ботулинотерапии Table 2. Clinical und urodynamic results of botulinum toxin injections

T <u >■ -Q

m та

a. ^

ю fc

о ja

га с

* §

е

s

X

та £ а. е

е

X

е о

e

о

n e n

с

n o

о

n

« ? I kg £ >S Э

е

S I

X Ol

(U X

5 ü

ra a

et Ol

(D &

S О

_û m

^ ra

та ci

S о

s S.

* £

™ S

S ^

a n

3 ■Q

S

о a. s

О Q

i a Ts

ï-ë U

-3 с о о

> О

nr

с ^

п О

о m

I- s

о с

m m

X S оо

:(D fi Ю

О

e

— S ¿"5

i I

En -S

S Cû

* а

ra Q

a ï=

ai и

r

H

^ о

■S a

£ с ¡fe. 8

^ fe es

E г

С V

ed

arm

:(D К

e

me

o

£

T S

Ор .

* H

y О о

о

a a a

и .u

0 § & ! О Q X О О ^ s -ï s Q- С ™ s a ^ on Пол Gender До Before После After До Before После After До Before После After До Before После After

1 PN6S13 QD1117 М Male Есть Yes Нет No 10 S 320 S80 480 S80

2 MR76S4 FU1690 Ж Female Есть Yes Есть Yes S0 6 SS 430 3S0 660

3 GC302S HS1160 Ж Female Есть Yes Нет No 60 10 107 460 326 S00

4 GR9877 GV1176 М Male Есть Yes Есть Yes 1S 10 3S0 460 3S0 460

S JN3720 MM3401 Ж Female Есть Yes Нет No 81 14 200 S0S 280 S20

6 YG6199 JW4447 Ж Female Есть Yes Нет No 43 S 160 470 380 S70

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

Таблица 3. Бактериальный профиль образцов мочи Table 3. Bacterial profiles of urinary samples

о:

го ^ го

т <и ^

> -Q ш

5 1 о Q.

& = S ^

О о X о О. ГО 5

Cb -Q

3

с

ГО Ю

J (b m

ro ^ Q. E ю о о lo

с о ■с о

сь ■О ^ с о <и С 1Э

s О з

О. ^ U

С Р

ГО

с О.

i 00 SS

ГО

о it о i □

ш ai)

ь -р с if!

з «

Ö J=

SS

ю

- ^ ш ^

с

а g .с -S

m tï и ^ ч

<

О "3 ш ^

¡2 ° ■Е 0

J -¡а 15 § Ä ^

PN6513 (До / Before)

QD1117 (После / After)

MR7654 (До / Before)

FU1690 (После / After)

GC3025 (До / Before)

HS1160 (После / After)

GR9877 (До / Before)

GV1176 (После / After)

JN3720 (До / Before)

MM3401 (После / After)

JW4447 (До / Before)

YG6199 (После / After)

М Male

Ж Female

Ж Female

М Male

Ж Female

Ж Female

Klebsiella pneumoniae 10*2

Klebsiella pneu-moniae 10*2

Escherichia Coli 10*7

Escherichia Coli 10*6

Escherichia Coli 10*7

Нет роста No growth

Escherichia Coli 10*6

Escherichia Coli 10*5

Escherichia Coli 10*3

Lactobacillus 10*3

Escherichia Coli 10*7

Нет роста No growth

38

3,99

165 333

115

0,87 1,35

22,1

21,3 0,73 5,53 0,34

Escherichia, Klebsiella,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacterales

Escherichia, Klebsiella,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacterales

Prevotella,

Veillonella,

Escherichia,

Gardnerella

Escherichia,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacterales

Escherichia,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacterales

Lactobacillus, Gardnerella

Enterococcus, неклассифицированные / unclassified

Escherichia,

неклассифицированные / unclassified, Enterobacterales Escherichia,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacteriaceae

Lactobacillus, Corynebacterium, Thermicanus Escherichia,

неклассифицированные /

unclassified,

Enterobacteriaceae

Lactobacillus,

Corynebacterium,

cellulomonas

10 - 15

5 - 6

10 - 14

7 - 8

6 - 7

1 - 2

5 - 6

3 - 4

3 - 4

1 - 2

6 - 7

1 - 2

1

2

3

4

5

6

Klebsiella, Lactobacillus and Enterococcus (рис. 4). В целом, в моче больных НДНМП преобладали Enterobacterales.

Наглядно состав микробиома мочи представлен на рисунке 5. Как видно на тепловой карте микробиом мочи женщин после ботулинотера-

пии чаще был представлен лактобактерииями, чем до процедуры. У трех пациенток (случаи №3, №5 и №6) произошла смена микрофлоры с преобладанием ЕП:егоЬайепасеае на Lactobacillales. У мужчин подобных изменений отмечено не было. В случае №1 пациент после инъекций бо-

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

Рисунок 4. Суммарное число прочтений различных видов бактерий, идентифицированных в образцах мочи Figure 4. Sequences counts of bacterial species summarizing all urine samples

Рисунок 5. Различия в относительном распределении долей различных родов бактерий в микробиоме мочи и женщин с

НДНМП до и после внутридетрузорных инъекций ботулотоксина Figure 5. Differences in relative sequences count between males and females before and after botulinum toxin injections

тулотоксина по-прежнему имел в моче в большом количестве представителей рода Klebsiella. У женщины в случае №2 Veillonella заместилась E. Coli. У мужчины в случае №4 бактерии рода Enterococcus сменились представителей Escherichia.

В исследовании не было выявлено корреляции между уродинамическими изменениями и трансформациями микробиома. Так, пациенты №1, №2 и №4 имели функциональные улучшения по данным уродинамического исследования, но позитивных изменений микробиома зарегистрировано не было.

Клинические наблюдение за пациентами в течение последующих 6 месяцев показало, что частота ИМП снизилась во всех случаях (табл. 4).

У мужчин в течение полугода не возникло эпизодов ИМП. У двух пациенток с позитивными изменениями микробиома также не было ИМП в течение указанного периода, третья пациентка с нормофлорой перенесла один эпизод ИМП. Пациентка (случай №2), у которой в моче после инъекций ботулотоксина сохранилось преобладание энтеробактерий, дважды имела ИМП в течение 6 месяцев после процедуры, что является худшим результатом в группе.

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

Таблица 4. Частота рецидивов ИМП до и после ботулинотерапии

Table 4. Urinary tract infections recurrence rate and urinary microbiome status in neurogenic bladder patients before and after botulinum toxin injections

T <u >■ -Q

5 P

О О

X о

ю о

о а. s

Ol -Q

П. J

та g

и ■Q ^ С О Ol

£ ш -SS

m ^ -

i 5 g; ^is

^ (D ^ С _

É s^V^

£ ^ о ? J2 Hg

н s tz ^ с u

S ¡5 О E=gS

XT et ^ С a

о x к c Ор X

ra , ri

<u sg*

о . О

S о x s

(D Ю

x о

(D Q. m s

<3

IE ^

■2 "О

-Q Ü

о а

S c

.y о

(D

-, .û

- H è ils ^ 1?

(J vw VJ

(D J С g n Ol

— ^

О Ol -С

Q. 3 -Ü _ с

<U (U

Sc; ^ fc

01 У С *

го in

H

о н и X

1 PN6513 QD1117 М Male 5 Нет No 0

2 MR7654 FU1690 Ж Female 6 Нет No 2

3 GC3025 HS1160 Ж Female 3 Да Yes 1

4 GR9877 GV1176 М Male 3 Нет No 0

5 JN3720 MM3401 Ж Female 3 Да Yes 0

6 YG6199 JW4447 Ж Female 6 Да Yes 0

Примечание: ИМП — инфекция мочевыводящих путей Note: UTI — urinary tract infection

Обсуждение

Ранее было показано, что эндоскопические инъекции ботулотоксина уменьшают частоту рецидивов ИМП, однако не было известно, сопровождается ли это изменениями микробиома мочевого пузыря [27].

Впервые проведено исследование, сравнивающее микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырём до и после инъекций ботули-нического токсина в стенку мочевого пузыря. Для достижения максимально достоверных результатов использован метод секвенирования 16S рРНК.

D.E. Fouts et al. в 2012 году с помощью ме-тагеномного секвенирвоания сравнили микро-биом мочи здоровых добровольцев и больных нейрогенной дисфункцией нижних мочевыво-дящих путей, использующих различные методы отведения мочи [5]. Преобладающими микроорганизмами в моче пациентов с НДНМп оказались представители Enterobacterales. Как показали авторы, доля энтеробактерий в микробиоме мочи женщин и мужчин с нейрогенной дисфункцией нижних мочевыводящих путей растёт с увеличением длительности НДНМП. Количество лактобактерий при этом пропорционально снижается. В первые месяцы после развития функциональных нарушений мочеиспускания микро-биом пациентов имеет нормальный состав, но

уже к концу первого года заболевания микрофлора оказывается обеднена лактобактериями и обильно населена энтеробактериями [5]. В нашем исследовании все пациенты исходно имели длительность НДНМП 15,3 ± 8,7 лет. Ожидаемо, что в микробиоме мочи методом метагеномного секвенирования были идентифицированы, преимущественно, Enterobacterales.

S.L. Groah et al. в 2016 году подтвердили данные D.E. Fouts et al. о том, что в моче больных НДНМП чаще встречаются Enterococcus faecalis, Proteus mirabilis and Klebsiella pneumonia [9]. Это также соотносится с полученными нами данными.

S. Bank et al. проанализировали образцы мочи 142 пациентов с различными урогениталь-ными заболеваниями (мочекаменной болезнью, ИМП, мочевыми дренажами)с помощью стандартного микробиологического исследования и ПЦР [28]. Авторы обнаружили, что наибольшая бактериальная колонизация характерная для пациентов старшего возраста и тех, кто имеет постоянные дренажи. Чаще всего в посевах мочи катетеризированных больных обнаруживались энтеробактерии.

Наличие лактобактерий в уретре и мочевом пузыре, вероятно, играет протективную роль в отношении инфекций мочевыводящих путей. Бактерии, продуцирующие молочную кислоту способны контролировать рост более вирулентных микроорганизмов, которые не способны

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

существовать в более кислой среде [29]. D.E. Fouts et al. продемонстрировали уменьшение количества лактобактерий в моче женщин с НДНМП, которые мочатся самостоятельно, периодически катетеризируются или имеют постоянный катетер [5]. Это может быть одним из важнейших факторов риска ИМП в популяции больных нейрогенным мочевым пузырем. Потенциальная возможность изменить микробиом обратно в сторону лактобактериальной флоры, воздействуя на мочевой пузырь с помощью бо-тулотоксина, кажется многообещающей. Кроме того, это вносит важный вклад в понимание патогенетических механизмов развития и рециди-вирования ИМП у больных НДНМП.

Мы продемонстрировали, что несмотря на длительность заболевания и использование метода периодической катетеризации на фоне детру-зоростабилизирующей терапии моча у трёх пациенток с НДНМП приобрела микробиом, близкий по составу к нормальному. Взаимосвязь функционального состояния мочевого пузыря и состава микробиома требует дальнейшего изучения.

Патогенетическая связь НДНМП с микрофлорой мочи, вероятно имеет несколько механизмов. С одной стороны, это ишемия стенки мочевого пузыря, связанная как с гиперрефлексией детрузора, так и с его перерастяжением в случае задержки мочи. Как ещё в 1972 году описывали J. Lapides et al. [30] кровоснабжение стенки мочевого пузыря может быть нарушено за счёт высокого внутрипу-зырного давления и/или перерастяжения органа. Ишемия тканей делает возможной колонизацию уротелия грамм-отрицательными представителями кишечной микрофлоры. Избегать повышения давления и перерастяжения — основа профилактики ИМП [31].

Другая проблема, вызванная нарушением питания стенки мочевого пузыря, замещение мышечных волокон соединительной тканью, что приводит к формировании трабекул и уменьшению пластичности мочевого пузыря, что, в свою очередь, усиливает ишемию [32].

Кроме того, высокое внутрипузырное давление обусловливает формирование пузырно-мочеточникового рефлюкса, что также является доказанным фактором риска ИМП у больных нейрогенным мочевым пузырём [21, 32].

ЛИТЕРАТУРА

1. Nelson DE, Van Der Pol B, Dong Q, Revanna KV, Fan B, Easwaran S, Sodergren E, Weinstock GM, Diao L, Fortenberry JD. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection. PLoS One. 2010;5(11):e14116. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014116

В нашем исследовании микробиома путём метагеномного секвенирования было невозможно оценить морфологические изменения в стенке мочевого пузыря, однако снижение вну-трипузырного давления за счёт ботулотоксина, должно было улучшить кровоснабжение стенки мочевого пузыря, уменьшить явления ишемии, а также ретроградный ток мочи, обусловленный пузырно-мочеточниковым рефлюксом.

Проведённое исследование методом метагеномного секвенирования имеет ограничения, связанные с небольшим числом образцов, что обусловлено высокой стоимостью методики. Также важно учитывать, что с целью антибактериальной профилактики пациенты получали однократно 3 г фосфомицина троме-тамола per os, что могла оказать влияние на состав микробиома. Однако в анамнезе всех пациентов отмечалось многократное употребление различных антибактериальных препаратов. после введения ботулотоксина больные не получали антибактериальных препаратов до следующего забора мочи, однако могли использовать растительные препараты, что также могло повлиять на характер микрофлоры мо-чевыводящих путей.

Также необходимо учитывать, что состав ми-кробиоты, вероятно, может подвергаться естественным временным колебаниям. Этот вопрос мало изучен. Как показали Ю.Л. Набока и соавт. [33], существуют незначительные различия в спектре микроорганизмов в моче и уровнях бак-териурии у отдельных индивидуумов в течение дневного времени, однако, в целом, характерный спектр мочи идентифицируется независимо от дневного времени взятия материала для исследования.

Заключение

Пилотное исследование продемонстрировало значимость и перспективность изучения микробиома мочевыводящих путей больных НДНМП в динамике. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы подтвердить положительные изменения видового состава микробиоты мочи на фоне детрузоростабилизирующей терапии и снижение рисков рецидива ИМП.

REFERENCES

1. Nelson DE, Van Der Pol B, Dong Q, Revanna KV, Fan B, Easwaran S, Sodergren E, Weinstock GM, Diao L, Fortenberry JD. Characteristic male urine microbiomes associate with asymptomatic sexually transmitted infection. PLoS One. 2010;5(11):e14116. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014116

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

2. Набока Ю.Л., Гудима И.А., Коган М.И., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин. Урология. 2010;(5):7-10. eLIBRARY ID: 15242297

3. Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. https://doi.org/10.1186/1471-2180-11-244

4. Dong Q, Nelson DE, Toh E, Diao L, Gao X, Fortenberry JD, Van der Pol B. The microbial communities in male first catch urine are highly similar to those in paired urethral swab specimens. PLoS One. 2011;6(5):e19709. https://doi. org/10.1371/journal.pone.0019709

5. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, Huang ST, Ljungberg I, Sprague BM, Lucas SK, Torralba M, Nelson KE, Groah SL. Integrated next-generation sequencing of 16S rDNA and metaproteomics differentiate the healthy urine microbiome from asymptomatic bacteriuria in neuropathic bladder associated with spinal cord injury. J Transl Med. 2012;10:174. https://doi.org/10.1186/1479-5876-10-174

6. Wolfe AJ, Toh E, Shibata N, Rong R, Kenton K, Fitzgerald M, Mueller ER, Schreckenberger P, Dong Q, Nelson DE, Brubak-er L. Evidence of uncultivated bacteria in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2012;50(4):1376-1383. https:// doi.org/10.1128/JCM.05852-11

7. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Mar-chesi JR, Drake MJ. The human urinary microbiome; bacterial DNA in voided urine of asymptomatic adults. Front Cell Infect Microbiol. 2013;3:41. https://doi.org/10.3389/ fcimb.2013.00041

8. Коган М.И., Набока Ю.Л., Ибишев Х.С., Гудима И.А. Нестерильность мочи здорового человека — новая парадигма в медицине. Урология. 2014;(5):48-52. eLIBRARY ID: 22809344

9. Groah SL, Pérez-Losada M, Caldovic L, Ljungberg IH, Sprague BM, castro-Nallar E, chandel NJ, Hsieh MH, Pohl HG. Redefining Healthy Urine: A Cross-Sectional Exploratory Metagenomic Study of People With and Without Bladder Dysfunction. J Urol. 2016;196(2):579-587. https://doi. org/10.1016/j.juro.2016.01.088

10. Karstens L, Asquith M, Davin S, Stauffer P, Fair D, Gregory WT, Rosenbaum JT, McWeeney SK, Nardos R. Does the Urinary Microbiome Play a Role in Urgency Urinary Incontinence and Its Severity? Front Cell Infect Microbiol. 2016;6:78. https://doi.org/10.3389/fcimb.2016.00078

11. Pearce MM, Hilt EE, Rosenfeld AB, Zilliox MJ, Thomas-White K, Fok C, Kliethermes S, Schreckenberger PC, Brubaker L, Gai X, Wolfe AJ. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. mBio. 2014;5(4):e01283-14. https://doi.org/10.1128/mBio.01283-14

12. Govender Y, Gabriel I, Minassian V, Fichorova R. The Current Evidence on the Association Between the Urinary Microbiome and Urinary Incontinence in Women. Front Cell Infect Microbiol. 2019;9:133. https://doi.org/10.3389/ fcimb.2019.00133

13. Коган М.И., Набока Ю.Л., Исмаилов P.C. Микробиота секрета простаты: сравнительный анализ хронического простатита категорий II и IIIA. Урология. 2020;(2):16-22. https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.2.16-22

14. Meriwether KV, Lei Z, Singh R, Gaskins J, Hobson DTG, Jala V. The Vaginal and Urinary Microbiomes in Premenopausal Women With Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome as Compared to Unaffected Controls: A Pilot Cross-Sectional Study. Front Cell Infect Microbiol. 2019;9:92. https://doi. org/10.3389/fcimb.2019.00092

15. Abernethy MG, Rosenfeld A, White JR, Mueller MG, Le-wicky-Gaupp C, Kenton K. Urinary Microbiome and Cy-

2. Naboka Yu.L., Gudima I.A., Kogan M.I., Chernitskaya M.L. Bacterial spectrum of the urine in young healthy women. Urologiia. 2010;(5):7-10. (In Russ.). eLIBRARY ID: 15242297

3. Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. https://doi.org/10.1186/1471-2180-11-244

4. Dong Q, Nelson DE, Toh E, Diao L, Gao X, Fortenberry JD, Van der Pol B. The microbial communities in male first catch urine are highly similar to those in paired urethral swab specimens. PLoS One. 2011;6(5):e19709. https://doi. org/10.1371/journal.pone.0019709

5. Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, Huang ST, Ljungberg I, Sprague BM, Lucas SK, Torralba M, Nelson KE, Groah SL. Integrated next-generation sequencing of 16S rDNA and metaproteomics differentiate the healthy urine microbiome from asymptomatic bacteriuria in neuropathic bladder associated with spinal cord injury. J Transl Med. 2012;10:174. https://doi.org/10.1186/1479-5876-10-174

6. Wolfe AJ, Toh E, Shibata N, Rong R, Kenton K, Fitzgerald M, Mueller ER, Schreckenberger P, Dong Q, Nelson DE, Brubaker L. Evidence of uncultivated bacteria in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2012;50(4):1376-1383. https:// doi.org/10.1128/JcM.05852-11

7. Lewis DA, Brown R, Williams J, White P, Jacobson SK, Mar-chesi JR, Drake MJ. The human urinary microbiome; bacterial DNA in voided urine of asymptomatic adults. Front Cell Infect Microbiol. 2013;3:41. https://doi.org/10.3389/ fcimb.2013.00041

8. Kogan M.I., Naboka Yu.L., Ibishev Kh.S., Gudima I.A. Unsterile urine in health human — new paradigm in medicine. Urologiia.2014;(5):48-52. (In Russ.). eLIBRARY ID: 22809344

9. Groah SL, Pérez-Losada M, Caldovic L, Ljungberg IH, Sprague BM, Castro-Nallar E, Chandel NJ, Hsieh MH, Pohl HG. Redefining Healthy Urine: A Cross-Sectional Exploratory Metagenomic Study of People With and Without Bladder Dysfunction. J Urol. 2016;196(2):579-587. https://doi. org/10.1016/j.juro.2016.01.088

10. Karstens L, Asquith M, Davin S, Stauffer P, Fair D, Gregory WT, Rosenbaum JT, McWeeney SK, Nardos R. Does the Urinary Microbiome Play a Role in Urgency Urinary Incontinence and Its Severity? Front Cell Infect Microbiol. 2016;6:78. https://doi.org/10.3389/fcimb.2016.00078

11. Pearce MM, Hilt EE, Rosenfeld AB, Zilliox MJ, Thomas-White K, Fok C, Kliethermes S, Schreckenberger PC, Brubaker L, Gai X, Wolfe AJ. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence. mBio. 2014;5(4):e01283-14. https://doi.org/10.1128/mBio.01283-14

12. Govender Y, Gabriel I, Minassian V, Fichorova R. The Current Evidence on the Association Between the Urinary Microbiome and Urinary Incontinence in Women. Front Cell Infect Microbiol. 2019;9:133. https://doi.org/10.3389/ fcimb.2019.00133

13. Kogan M.I., Naboka Y.L., Ismailov R.S. Prostatic secretion microbiota: a comparative analysis of the chronical prostatitis II and IIIA category. Urologiia. 2020;(2):16-22. (In Russ.). https://dx.doi.org/10.18565/urology.2020.2.16-22

14. Meriwether KV, Lei Z, Singh R, Gaskins J, Hobson DTG, Jala V. The Vaginal and Urinary Microbiomes in Premenopausal Women With Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome as Compared to Unaffected Controls: A Pilot Cross-Sectional Study. Front Cell Infect Microbiol. 2019;9:92. https://doi. org/10.3389/fcimb.2019.00092

15. Abernethy MG, Rosenfeld A, White JR, Mueller MG, Le-wicky-Gaupp C, Kenton K. Urinary Microbiome and Cy-tokine Levels in Women With Interstitial Cystitis. Obstet

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

tokine Levels in Women With Interstitial Cystitis. Obstet Gynecol. 2017;129(3):500-506. https://doi.org/10.1097/ AOG.0000000000001892

16. Bucevic Popovic V, Situm M, Chow CT, Chan LS, Roje B, Terzic J. The urinary microbiome associated with bladder cancer. Sci Rep. 2018;8(1):12157. https://doi.org/10.1038/s41598-018-29054-w

17. Wu P, Zhang G, Zhao J, Chen J, Chen Y, Huang W, Zhong J, Zeng J. Profiling the Urinary Microbiota in Male Patients With Bladder Cancer in China. Front Cell Infect Microbiol. 2018;8:167. https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00167 Erratum in: Front Cell Infect Microbiol. 2018;8:429. PMID: 29904624.

18. Kirmusaoglu S, Yurdugül S, Metin A, Vehid S. The Effect of Urinary Catheters on Microbial Biofilms and Catheter Associated Urinary Tract Infections. Urol J. 2017;14(2):3028-3034. PMID: 28299769.

19. Mehta M, Goldfarb DS, Nazzal L. The role of the microbiome in kidney stone formation. Int J Surg. 2016;36(Pt D):607-612. https://doi.org/10.1016/j.ijsu.2016.11.024

20. Tornic J, Wöllner J, Leitner L, Mehnert U, Bachmann LM, Kessler TM. The Challenge of Asymptomatic Bacte-riuria and Symptomatic Urinary Tract Infections in Patients with Neurogenic Lower Urinary Tract Dysfunction. J Urol. 2020;203(3):579-584. https://doi.org/10.1097/ JU.0000000000000555

21. Siroky MB. Pathogenesis of bacteriuria and infection in the spinal cord injured patient. Am J Med. 2002;113 Suppl 1A:67S-79S. https://doi.org/10.1016/s0002-9343(02)01061-6

22. Sung BM, Oh DJ, Choi MH, Choi HM. Chronic kidney disease in neurogenic bladder. Nephrology (Carlton). 2018;23(3):231-236. https://doi.org/10.1111/nep.12990

23. Vigil HR, Hickling DR. Urinary tract infection in the neurogenic bladder. Transl Androl Urol. 2016;5(1):72-87. https://doi.org/10.3978/jj.issn.2223-4683.2016.01.06

24. Linsenmeyer TA. Catheter-associated urinary tract infections in persons with neurogenic bladders. J Spinal Cord Med. 2018;41(2):132-141. https://doi.org/10.1080/10790268.2 017.1415419

25. Pichler M, Coskun ÖK, Ortega-Arbulu AS, Conci N, Wörhe-ide G, Vargas S, Orsi WD. A 16S rRNA gene sequencing and analysis protocol for the Illumina MiniSeq platform. Micro-biologyopen. 2018;7(6):e00611. https://doi.org/10.1002/ mbo3.611

26. Microbiome Utilities Portal of the Broad Institute. Доступно по: http://microbiomeutil.sourceforge.net/ Ссылка активна на 03.04.2020.

27. Game X, Castel-Lacanal E, Bentaleb Y, Thiry-Escudie I, De Boissezon X, Malavaud B, Marque P, Rischmann P. Botulinum toxin A detrusor injections in patients with neurogenic detrusor overactivity significantly decrease the incidence of symptomatic urinary tract infections. Eur Urol. 2008;53(3):613-618. https://doi.org/10.1016/j.euru-ro.2007.08.039

28. Bank S, Hansen TM, S0by KM, Lund L, Prag J. Actinobacu-lum schaalii in urological patients, screened with realtime polymerase chain reaction. Scand J Urol Nephrol. 2011;45(6):406-410. https://doi.org/10.3109/00365599.2 011.599333

29. Lee JW, Shim YH, Lee SJ. Lactobacillus colonization status in infants with urinary tract infection. Pediatr Nephrol. 2009;24(1):135-139. https://doi.org/10.1007/s00467-008-0974-z

30. Lapides J, Diokno AC, Silber SJ, Lowe BS. Clean, Intermittent Self-Catheterization in the Treatment of Urinary Tract Disease. J Urol. 2017;197(2S):S122-S124. https://doi. org/10.1016/j.juro.2016.10.097

Gynecol. 2017;129(3):500-506. https://doi.org/10.1097/ AOG.0000000000001892

16. Bucevic Popovic V, Situm M, Chow CT, Chan LS, Roje B, Terzic J. The urinary microbiome associated with bladder cancer. Sci Rep. 2018;8(1):12157. https://doi.org/10.1038/s41598-018-29054-w

17. Wu P, Zhang G, Zhao J, Chen J, Chen Y, Huang W, Zhong J, Zeng J. Profiling the Urinary Microbiota in Male Patients With Bladder Cancer in China. Front Cell Infect Microbiol. 2018;8:167. https://doi.org/10.3389/fcimb.2018.00167 Erratum in: Front Cell Infect Microbiol. 2018;8:429. PMID: 29904624.

18. Kirmusaoglu S, Yurdugül S, Metin A, Vehid S. The Effect of Urinary Catheters on Microbial Biofilms and Catheter Associated Urinary Tract Infections. Urol J. 2017;14(2):3028-3034. PMID: 28299769.

19. Mehta M, Goldfarb DS, Nazzal L. The role of the microbiome in kidney stone formation. Int J Surg. 2016;36(Pt D):607-612. https://doi.org/10.1016/jj.ijsu.2016.11.024

20. Tornic J, Wöllner J, Leitner L, Mehnert U, Bachmann LM, Kessler TM. The Challenge of Asymptomatic Bacte-riuria and Symptomatic Urinary Tract Infections in Patients with Neurogenic Lower Urinary Tract Dysfunction. J Urol. 2020;203(3):579-584. https://doi.org/10.1097/ JU.0000000000000555

21. Siroky MB. Pathogenesis of bacteriuria and infection in the spinal cord injured patient. Am J Med. 2002;113 Suppl 1A:67S-79S. https://doi.org/10.1016/s0002-9343(02)01061-6

22. Sung BM, Oh DJ, Choi MH, Choi HM. Chronic kidney disease in neurogenic bladder. Nephrology (Carlton). 2018;23(3):231-236. https://doi.org/10.1111/nep.12990

23. Vigil HR, Hickling DR. Urinary tract infection in the neurogenic bladder. Transl Androl Urol. 2016;5(1):72-87. https:// doi.org/10.3978/j.issn.2223-4683.2016.01.06

24. Linsenmeyer TA. Catheter-associated urinary tract infections in persons with neurogenic bladders. J Spinal Cord Med. 2018;41(2):132-141. https://doi.org/10.1080/10790 268.2017.1415419

25. Pichler M, Coskun ÖK, Ortega-Arbulu AS, Conci N, Wörhe-ide G, Vargas S, Orsi WD. A 16S rRNA gene sequencing and analysis protocol for the Illumina MiniSeq platform. Micro-biologyopen. 2018;7(6):e00611. https://doi.org/10.1002/ mbo3.611

26. Microbiome Utilities Portal of the Broad Institute. Available at: http://microbiomeutil.sourceforge.net/ Accessed April 3, 2020.

27. Game X, Castel-Lacanal E, Bentaleb Y, Thiry-Escudie I, De Boissezon X, Malavaud B, Marque P, Rischmann P. Botulinum toxin A detrusor injections in patients with neurogenic detrusor overactivity significantly decrease the incidence of symptomatic urinary tract infections. Eur Urol. 2008;53(3):613-618. https://doi.org/10.1016/j.euru-ro.2007.08.039

28. Bank S, Hansen TM, S0by KM, Lund L, Prag J. Actinobaculum schaalii in urological patients, screened with realtime polymerase chain reaction. Scand J Urol Nephrol. 2011;45(6):406-410. https://doi.org/10.3109/00365599.2 011.599333

29. Lee JW, Shim YH, Lee SJ. Lactobacillus colonization status in infants with urinary tract infection. Pediatr Nephrol. 2009;24(1):135-139. https://doi.org/10.1007/s00467-008-0974-z

30. Lapides J, Diokno AC, Silber SJ, Lowe BS. Clean, Intermittent Self-Catheterization in the Treatment of Urinary Tract Disease. J Urol. 2017;197(2S):S122-S124. https://doi. org/10.1016/j.juro.2016.10.097

31. Lapides J, Diokno AC, Silber SJ, Lowe BS. Clean, intermittent self-catheterization in the treatment of urinary tract disease.

Е.С. филиппова, И.В. Баженов, А.В. зырянов ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

влияет ли ботулинотерапия на микробиом мочи больных нейрогенным мочевым пузырем? результаты

МЕТАгЕНоМНого СЕКВЕНИРоВАНИЯ

31. Lapides J, Diokno AC, Silber SJ, Lowe BS. Clean, intermittent self-catheterization in the treatment of urinary tract disease. J Urol. 1972;107(3):458-461. https://doi.org/10.1016/ s0022-5347(17)61055-3

32. Vasudeva P, Madersbacher H. Factors implicated in pathogenesis of urinary tract infections in neurogenic bladders: some revered, few forgotten, others ignored. Neurourol Urodyn. 2014;33(1):95-100. https://doi.org/10.1002/nau.22378

33. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Заруцкий С.А., Джа-лагония К.Т. Есть ли дневные вариации микробиоты мочи у здоровых женщин? Нефрология. 2016;20(5):36-42. eLIBRARY ID: 26727702.

J Urol. 1972;107(3):458-461. https://doi.org/10.1016/ s0022-5347(17)61055-3

32. Vasudeva P, Madersbacher H. Factors implicated in pathogenesis of urinary tract infections in neurogenic bladders: some revered, few forgotten, others ignored. Neurourol Urodyn. 2014;33(1):95-100. https://doi.org/10.1002/nau.22378

33. Naboka Yu.L., Kogan M.I., Gudima I.A., Zarutskiy S.A., Jala-gonia K.T. Does the urine microbiota of healthy women vary during daytime? Nephrology. 2016;20(5):36-42. (In Russ.). eLIBRARY ID: 26727702.

Сведения об авторах

Екатерина Сергеевна Филиппова - к.м.н.; доцент кафедры урологии Уральского государственного медицинского университета; врач-уролог Свердловской областной клинической больницы №1 г. Екатеринбург, Россия ORCID iD 0000-0003-3065-3953 e-mail: filippova.cat@yandex.ru

Игорь Владимирович Баженов - д.м.н., профессор; профессор кафедры урологии Уральского государственного медицинского университета; заведующий 3 урологическим отделением Свердловской областной клинической больницы № 1 г. Екатеринбург, Россия ORCID iD 0000-0003-1745-700X e-mail: biv@okb1.ru

Александр Владимирович Зырянов - д.м.н., профессор; заведующий кафедрой урологии Уральского государственного медицинского университета; руководитель Областного урологического центра Свердловской областной клинической больницы №1 г. Екатеринбург, Россия ORCID iD 0000-0001-8105-7233 e-mail: zav1965@mail.ru

Information about the authors

Ekaterina S. Philippova - M.D., Cand.Sc. (M); Assist. Prof., Dept. of Urology, Ural State Medical University; Urologist, Urological Division No.3, Sverdlovsk Regional Hospital No.1 ORCID ID 0000-0003-3065-3953 e-mail: filippova.cat@yandex.ru

Igor V. Bazhenov - M.D. Dr. Sc. (M), Full Prof.; Prof., Dept. of Urology, Ural State Medical University; Head, Urological Division No.3, Sverdlovsk Regional Hospital No.1 ORCID ID 0000-0003-1745-700X e-mail: biv@okb1.ru

Alexander V. Ziryanov - M.D. Dr. Sc. (M), Full Prof.; Head, Dept. of Urology, Ural State Medical University; Head, Regional Urological Center, Sverdlovsk Regional Hospital No.1 ORCID ID 0000-0001-8105-7233 e-mail: zav1965@mail.ru