CC BY
3
ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ
Онкогенетика
генами -16, 6%. Нами выявлено, что факторами, определяющими обнаружение химерных генов, является равномерность амплификации в ходе пробоподготовки и степень интактности РНК. Образцы, в которых выявлены перестройки имели соотношение глубин секвенирования для целевых регионов каждого из олигонуклеотидных пулов от 0,64 до 1,72 со средним значением 1,16. Образцы, в которых химерные варианты генов не обнаружены имели соотношение от 0,6 до 3,22 со средним значением 1,76. Также показано, у образцов с выявленными химерными вариантами средняя длина ампликонов не отличается от образцов без фьюжнов (min 91 п. н — max 119 п. н, средняя значение 107 п. н; min 81 п. н — max 121 п. н, средняя значение 107 п. н соответственно).
Всего было 131 драйверное нарушение в ходе секвенирования ДНК и 6 перестроек, включая (EIF3E — RSPO2, TMPRSS2- ERG, WASF2- FGR, MKRN1- BRAF, TBL1XR1- PIK3CA, SND1- BRAF). В 29% случаев обнаружена амплификация генов (включая мишени для таргетных препаратов ALK, EGFR, ERBB2, KRAS, AR); в 45% — мутации в горячих точках мутагенеза; в 26% наблюдались патогенные генетические варианты.
Заключение: С быстрым развитием технологий секвенирования следующего поколения (NGS) все больше исследований используют NGS в качестве рутинной технологии для выявления геномных изменений, включая слияния генов при раке. Проведение комплексного исследования в рамках рутинного теста возможно, выявление потенциальных мишеней в особенности при метастатическом заболевании или в условиях, когда существующие схемы терапии неэффективны позволяет врачу иметь отправные точки для назначения экспериментального лечения.
ТРАНСКРИПЦИОННЫЙ ПРОФИЛЬ ГЕНОВ В РАЗЛИЧНЫХ ГИСТОЛОГИЧЕСКИХ ПОДТИПАХ ПЛОСКОКЛЕТОЧНОГО РАКА ЯЗЫКА
Д. С. Кутилин, А.Э. Данилова
Место работы: ФГБУ «НМИЦ онкологии» Минздрава России,
Ростов-на-Дону, Россия
Эл. почта: k.denees@yandex.ru
Цель: Изучение транскрипционного профиля генов в различных гистологических подтипах плоскоклеточного рака языка
Материалы и методы: Этап скринингового биоинформационного анализа был выполнен с использованием интерактивного веб-сервера анализа данных по экспрессии мРНК из проектов ТССД и вТЕх с применением стандартного конвейера обработки СЕР1Д. Основной (валидационный) этап исследования был выполнен на 200 больных с местно-распространенными злокачественными опухолями языка. Методом количественной ПЦР в режиме реального вре-
мени определяли величины относительной экспрессии генов, выявленных на этапе биоинформационного анализа. Для проведения кластерного анализа использовали скрипты на языке R. Оценку различий проводили с использованием критерия Манна-Уитни, для учета множественного сравнения использовали поправку Бонферрони. Критерий Краскела — Уоллиса использовали для оценки различий между тремя независимыми группами Результаты: Биоинформационный анализ выделил 1400 генов увеличивающих экспрессию и 580 генов снижающих экспрессию при плоскоклеточном раке языка. Из этих генов было выбрано 45 генетических локусов наиболее сильно изменяющих экспрессию в опухолевой ткани относительно нормальной ткани языка. Из них, при валидации методом ПЦР, только 14 изменяли свой транскрипционный профиль в опухолевой ткани относительно нормальной: MMP1, MMP11, CA9, PTHLH, MMP9, LAMC2, MMP3, ANXA1, MT-ND6, CRNN, MAL, TGM3, IL1RN и CLU. При анализе данных ПЦР была выявлена значительная гетерогенность в ряду исследованных биологических образцов. Кластерный анализ позволил разделить общую выборку на 3 группы, отличающиеся по экспрессии генов: кластер 1 (n = 45), кластер 2 (n = 75) и кластер 3 (n = 80), соответствующие ба-залоидному, акантолитическому и обычному гистологическому подтипу.
У пациентов кластера 1 в опухолевой ткани языка была повышена экспрессия генов MMP1, CA9, PTHLH и ISG15, и снижена экспрессия генов ANXA1, MT-ND6 и MAL относительно нормальной ткани. У пациентов кластера 2 была повышена экспрессия MMP1, MMP11, CA9, PTHLH, MMP9, COL1A1, LAMC2, MMP3 и SPP1, и снижена экспрессия KRT13, SPRR3, KRT4, ANXA1, MT-ND6, CNFN, CRNN, MAL, TGM3, IL1RN и CLU. У пациентов кластера 3 была обнаружена повышенная экспрессия MMP1, MMP11, MMP9, MMP3 и SLPI, и сниженная экспрессия CRNN, MAL, TGM3, IL1RN и CLU. Заключение: Таким образом, проведенное исследование позволило выявить ряд молекулярных маркеров плоскоклеточного рака языка — MMP1, MMP11, CA9, PTHLH, MMP9, LAMC2, MMP3, ANXA1, MT-ND6, CRNN, MAL, TGM3, IL1RN и CLU, а также выявить транскрипционные особенности различных гистологических подтипов этого заболевания.
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ
Российское общество клинической онкологии
том I vol. 12 № 3s1 • 2G22
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
