CC BY
71
ГЛАВНАЯ ТЕМА
ДЛЯ КОРРЕСПОНДЕНЦИИ
Плавинский Святослав Леонидович — доктор медицинских наук, профессор, декан факультета общественного здравоохранения ГБОУ ВПО «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова Минздравсоцразвития России» Адрес: 195067, г. Санкт-Петербург, Пискаревский пр., д. 47 Телефон: (812) 543-96-09 E-mail: mechnik@westcall.net
С.Л. Плавинский1, В.В. Власов2
Статистический инструментарий для скептического читателя и медицинского исследователя
S.L. Plavinsky1, V.V. Vlasov2
Statistical toolkit for the skeptical reader and the medical researcher
Ф #
1 ГБОУ ВПО «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова Минздравсоцразвития России», Санкт-Петербург
2 ГБОУ ВПО «Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздравсоцразвития России»
1 I.I. Mechnikov North-West State Medical University, St. Petersburg
2 I.M. Sechenov First Moscow State Medical University
Сущности, изучаемые в медицине и биологии, доступны нашему пониманию только как вероятности событий и приблизительные оценки. Поэтому получить адекватное реальности представление о физиологических процессах, течении болезней или результативности лечения можно только, правильно применяя статистические методы.
К сожалению, обучение статистике в процессе медицинского образования проводится в недостаточном объеме, поэтому только самые целеустремленные врачи
постигают основы статистического анализа самостоятельно или находят возможность пройти обучение на специализированных курсах, подобных летней школе по методологии научных исследований в Первом Московском государственном медицинском университете им. И.М. Сеченова.
Необходимость в использовании статистического инструментария возникает не только у исследователя, планирующего работу и анализирующего полученные результаты. Возникает она и у скептического чи-
С.Л. Плавинский, В.В. Власов Статистический инструментарий для скептического читателя
и медицинского исследователя
тателя, каковым по определению является всякий сторонник доказательной медицины. Естественно, что в эпоху широкого распространения компьютеров сложно ожидать, чтобы исследователи складывали и умножали цифры на бумажке. Предполагается, что они будут использовать компьютерные программы, которые не только ускоряют процесс обработки данных, но и предотвращают ряд ошибок связанных с расчетами.
К сожалению, находящиеся под рукой статистические программы не всегда отвечают запросам «доказательного врача». Например, в них нередко отсутствуют расчеты отношения шансов и его доверительного интервала по сгруппированным данным. Подобные упущения постепенно исправляются, но слишком медленно. Поэтому для помощи «доказательным врачам» в Интернете предлагается ряд калькуляторов, привлекательных своей простотой, но не всегда вызывающих особого доверия ввиду их неизвестной реализации.
Проблема с программными комплексами для статистического анализа данных заключается также в том, что их цена обычно оказывается запредельно высокой для индивидуального исследователя. Поэтому в университетах во всем мире все чаще обращают внимание на такую гибкую и мощную систему статистического анализа, как программный комплекс <^»'.
Строго говоря, <^» является единственной бесплатной статистической про-
граммой профессионального уровня. Система свободно доступна для любого заинтересованного исследователя по адресу http://cran.r-project.org и работает в настоящее время под основными операционными системами, встречающимися на персональных компьютерах, — под Linux, различными версиями Windows и MacOS X.
Мощь «R» заключается в том, что оно достаточно легко расширяется. Каждый пользователь может написать функции и предоставить их для использования всем желающим. Будучи один раз загруженной на сайт проекта, функция становится доступной точно так же, как и внутренние команды «R». Группы функций часто объединяются в пакеты, которые устанавливаются на компьютер пользователя и полностью становятся частью системы «R». Таким образом, каждый исследователь может подобрать себе такую конфигурацию «R», которая нужна ему для работы. В настоящий момент уже создано более тысячи различных пакетов и их число растет, поскольку в публикациях по статистике становится хорошим тоном после описания алгоритма приводить его реализацию в «R» (т.е. на языке «S»), а также предлагать для загрузки пакет или набор функций, которые реализуют описанные в статье или книге подходы. «R» получил признание и у производителей коммерческих статистических систем. Такие программы, как SPSS, SAS и Statistica1 включают модуль
1 R — язык программирования для статистической обработки данных и работы с графикой, а также свободная программная среда вычислений с открытым исходным кодом в рамках проекта GNU. Изначально R был разработан сотрудниками статистического факультета Оклендского университета Россом Айхэка (Ross Ihaka) и Робертом Джентльменом (Robert Gentleman) (первая буква их имен — R), на момент 2011 г. язык и среда поддерживаются и развиваются организацией R Foundation. R широко используется как статистическое программное обеспечение для анализа данных и фактически стал стандартом для статистических программ (Fox, Andersen, 2005).
M
#
ГЛАВНАЯ ТЕМА
взаимодействия с «R», т.е. дают возможность использовать функции R изнутри своего программного комплекса.
В свою очередь, другие разработчики начинают интегрировать «R» с электронными таблицами (Excel) и текстовыми редакторами. В «R» появляются графические интерфейсы пользователя, такие, как «R Commander», причем последний обладает хорошей русификацией.
Однако у специалиста доказательной медицины при использовании «R» могут возникнуть некоторые сложности, связанные, например, с тем, что часто стоящие перед ним задачи (такие, как расчет доверительного интервала долей, отношений шанса и их доверительных интервалов, оценка чувствительности и специфичности диагностического теста с учетом влияния выборочной ошибки и ряд других) не реализованы в базовом пакете «R» или даже в одном дополнительном пакете (хотя ряд инструментов есть в пакете epitools). По этой причине Общество специалистов доказательной медицины (ОСДМ) заказало С.Л. Плавинскому разработку ряда функций для облегчения выполнения задач, с которыми часто сталкивается специалист доказательной медицины. В результате был создан набор функций (модуль) «osdm.R», который может использоваться исследователями, желающими облегчить себе простейшую обработку своих данных. Этот модуль включает следующие функции: • Доверительные интервалы относительного риска и отношений шансов — Доверительные интервалы относительного риска: RRn, RRt, RRp, RR.ci
— Доверительные интервалы отношений шансов: ORn, ORt, ORe, ORc, OR.ci
• Доверительные интервалы доли
— Доверительные интервалы долей, рассчитанные разными методами: clopper.ci, agresti.ci, wald.ci, wilson.ci, poisson.ci
— Суммарная оценка доверительных интервалов разными методами: one. freq.ci
• Унивариантный анализ
— Расчет показателей центральной тенденции: central(x)
— Стандартная ошибка: se
— Одновременный расчет t-теста для равной и неравной дисперсии и тест дисперсий: sas.t.test
— Таблица теста Кохрана—Мантеля— Ханзеля для таблиц сопряженности: cmh.SAS
— Прямая стандартизация: adjust.direct
— Непрямая стандартизация: adjust. indirect
— Oценка лет потерянной жизни: YLL
• Суммарный анализ табличных данных
— Построение таблиц сопряженности: CrossTable.Rus
— Анализ таблиц сопряженности: proc. freq
— Расчет чувствительности и специфичности: diagnostic.freq
• Построение простейших таблиц
— Таблица с процентами в строке: table. row.pct
— Таблица с процентами в столбце: table.col.pct
— Расчет таблицы средних и ошибок средних: table.se
1 А такая коммерческая система, как 8-р1ш, вообще говорит на том же языке 8, что и R. (Прим. автора)
м
С.Л. Плавинский, В.В. Власов Статистический инструментарий для скептического читателя
и медицинского исследователя
— Расчет таблицы средних, ошибки, минимума и максимума: se.table.full
— Таблицы средних и доверительных интервалов для количественной переменной: quant.ci.table
— Таблицы доверительных интервалов для качественной переменной: qual. ci.table
— Таблицы доверительных интервалов долей целого table.pct.ci
Таблицы с экспортом в MS Word
— Таблицы доверительных интервалов долей целого table.pct.ci.word
— Таблицы доверительных интервалов для качественной переменной: qual. ci.table.word
— Расчет таблицы средних, ошибки, минимума и максимума: se. table. full. word
— Таблицы средних и доверительных интервалов для количественной переменной: quant.ci.table.word
Графики
— Столбиковые диаграммы с доверительными интервалами: plot.bar
Расчет размера выборки
— Для обеспечения доверительного интервала заданной ширины (нормальная аппроксимация биномиального распределения): ci.prop.ssize
— Для обеспечения доверительного интервала заданной ширины (нормальное распределение): ci.N.ssize
— Оценка размера эффекта для дисперсионного анализа - ES.f
— Оболочка для pwr.anova.test, которая берет количество групп из вектора средних pwr.anova
— Оболочка для pwr.chisq.test, использует только таблицу вероятностей в случае справедливости альтернативной гипотезы pwr.chisq
• Утилиты
— Ввод таблиц Excel в R: fetch.excel
— Прямой ввод данных в таблицу: my. matrix
— Интерпретация отношений шансов: interpret.or
Сам модуль не требует установки, однако для его корректной работы требуется наличие в системе «R» ряда пакетов, которые перечислены в сопровождающей модуль документации. Пакеты загружаются с интернет-сайта и устанавливаются один раз. Модуль загружается либо после каждого старта системы вручную, либо может быть прописан в автозагрузчике (в документации написано, как это сделать).
После того как модуль установлен, исследователь может легко рассчитать, например, доверительный интервал Клоп-пера—Пирсона для доли. Для этого в командной строке «R» надо просто написать «clopper.ci(5, 40)», если в группе из 40 человек исход наступил у 5. Если надо рассчитать интервал Агрести—Коула, потребуется команда:«agresti.ci(5,40)».
Для анализа четырехпольных таблиц надо просто вызвать функцию «proc. freq()», и перед исследователем появится четырехпольная интерактивная таблица, куда надо ввести четыре частоты события и нажать кнопку «ОК». После этого будет построена таблица сопряжения со всеми процентами, представлены результаты тестирования гипотезы о независимости строк и столбцов, рассчитаны отношения шансов и относительный риск и их доверительные интервалы и даже распечатана табличка, облегчающая интерпретацию этих показателей связи. Аналогичным образом команда «diagnostic.freq()» вызовет интерактивную четырехпольную таблицу для заполнения, а затем рассчитает чувствительность и специфичность с довери-
Медицинское образование и профессиональное развитие №1 (7) 2012
м
#
ГЛАВНАЯ ТЕМА
тельными интервалами, положительную и отрицательную предиктивные оценки, а также отношения правдоподобия.
2 утилиты могут оказаться очень полезными для начинающих — «fetch.excel()» позволяет легко вводить в систему «R» данные, которые хранятся в формате Excel, а «my.matrix()» дает возможность интерактивного ввода в систему R табличных данных. Учитывая особенности «R», например, для того чтобы построить мозаичную диаграмму из пакета «vcd» на основании таблицы 3Ч3, можно воспользоваться следующей командой «mosaic(my.matrix(3,3))». Это вызовет интерактивную таблицу для заполнения ячеек, после нажатия на кнопку «ОК», в которой будет построена мозаичная диаграмма. Естественно, что эту функцию можно использовать и для других задач, где требуется ввод суммарных данных.
Ф
Также этот набор функций обеспечивает создание простых таблиц для количественных и качественных переменных, которые можно экспортировать в текстовый редактор Word (функции создают таблицы в формате HTML, который затем можно открыть в текстовом редакторе). Все функции модуля описаны в документации вместе с примерами их использования.
Конечно, все описанные выше задачи можно решить в «R» и другими способами, но тем не менее модуль предлагает простое решение для автоматизации наиболее частых расчетов и облегчения работы исследователя, причем, что немаловажно, использование как «R», так и модуля «osdm. R» совершенно бесплатно и легально.
Модуль, его описание и инструкции доступны на сайте Общества специалистов доказательной медицины www.osdm.org.
м
