Научная статья на тему 'СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА GPCR ВИРУСА ЗАРАЗНОГО УЗЕЛКОВОГО ДЕРМАТИТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ'

СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА GPCR ВИРУСА ЗАРАЗНОГО УЗЕЛКОВОГО ДЕРМАТИТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ Текст научной статьи по специальности «Ветеринарные науки»

81
22
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
заразный узелковый дерматит / GPCR / ген / ПЦР / вирус / нуклеотидные последовательности

Аннотация научной статьи по ветеринарным наукам, автор научной работы — Ю В. Салтыков, А А. Колосова, Н Н. Филонова, В А. Федорова

В работе представлены результаты исследования нуклеотидных последовательностей гена GPCR штаммов вируса заразного узелкового дерматита (ЗУД) биоинформатическими методами. В эксперименте использовали образцы ДНК, изолированной из материала крупного рогатого скота (КРС) во время вспышки ЗУД на территории Ершовского района Саратовской области в 2019 г. Приведены результаты множественных выравниваний нуклеотидных последовательностей выявленных штаммов вируса ЗУД и их филогенетический анализ в сравнении с референтными последовательностями штаммов вируса из GenBank.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по ветеринарным наукам , автор научной работы — Ю В. Салтыков, А А. Колосова, Н Н. Филонова, В А. Федорова

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА GPCR ВИРУСА ЗАРАЗНОГО УЗЕЛКОВОГО ДЕРМАТИТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ»

12. Ulianova O.V., Zaytsev S.S., Saltykov Y.V., Lyapina A.M., Filonova N.N., Ulyanov S.S., Feodorova V.A. Speckle-interferometry and speckle-correlometry of GB-speckles // Frontiers in bioscience-Landmark. 2019. Vol. 24. P. 700-711.

СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ГЕНА

GPCR ВИРУСА ЗАРАЗНОГО УЗЕЛКОВОГО ДЕРМАТИТА С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ

Ю.В. Салтыков, A.A. Колосова, H.H. Филонова, В.А. Федорова

Саратовский научно-исследовательский ветеринарный институт - филиал Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный исследовательский центр вирусологии и микробиологии» E-mail: [email protected]

Аннотация: В работе представлены результаты исследования нуклеотидных последовательностей гена GPCR штаммов вируса заразного узелкового дерматита (ЗУД) биоинформатическими методами. В эксперименте использовали образцы ДНК, изолированной из материала крупного рогатого скота (КРС) во время вспышки ЗУД на территории Ершовского района Саратовской области в 2019 г. Приведены результаты множественных выравниваний нуклеотидных последовательностей выявленных штаммов вируса ЗУД и их филогенетический анализ в сравнении с референтными последовательностями штаммов вируса из GenBank.

Ключевые слова: заразный узелковый дерматит, GPCR, ген, ПЦР, вирус, нуклеотидные последовательности.

Заразный узелковый дерматит (ЗУД) или нодулярный дерматит (англ. - lumpy skin disease, LSD) крупного рогатого скота (КРС) -высококонтагиозная трансграничная болезнь вирусной этиологии, характеризующаяся появлением узелков (нодул) на коже и эпителии слизистых оболочек органов пищеварения и дыхания, лихорадкой, поражением глаз и лимфатической системы животных. Возбудителем ЗУД является ДНК-содержащий вирус, принадлежащий к роду Capripoxvirus (семейство Poxviridae) [1, 2]. Согласно Всемирной организации по охране здоровья животных (OIE), болезнь наносит существенный экономический ущерб и подлежит обязательной нотификации [3].

Первая вспышка ЗУД на территории Российской Федерации была зарегистрирована в 2015 г. в республике Дагестан Северо-Кавказского округа, далее болезнь распространилась на Южный, Приволжский, Центральный, Уральский и Сибирский федеральные округа. На территории Саратовской области вспышки болезни впервые зарегистрированы в 2017 г. [4].

Данное исследование проводилось на территории Ершовского района Саратовской области во время вспышки ЗУД КРС в октябре 2019 г. У животного наблюдались характерные для этого заболевания клинические признаки: апатия, потеря аппетита, лихорадка, лимфаденит, поражение кожи и множественные выделения из носа. Биоматериал от КРС (кровь и смыв из носа) был передан в ФИЦВиМ для дальнейшего

22

исследования. После выделения ДНК была проведена ПЦР в режиме реального времени с использованием коммерческого набора «ВЕТСКРИН. Нодулярный дерматит» (Литех, Россия). Исследуемые образцы (blood_1 и nose_1) показали положительный результат на наличие ДНК возбудителя ЗУД. Для идентификации гена GPCR использовали ПЦР с электрофоретической детекцией продуктов амплификации, согласно протоколу, предложенному Le Goff et al. [5]. Секвенирование специфических ампликонов по методу Сэнгера выполняли в компании ЗАО «Евроген» (Москва, Россия).

Сравнение расшифрованных нуклеотидных последовательностей гена GPCR показало их полную гомологию с референтными «вакциноподобными» штаммами вируса ЗУД типа Neethling (тип-N), депонированными ранее в GenBank (AF409138, KX764644, KX764645) (рис. 1).

1 10 20 30 40 50 GO 70 80 90 100 110 120 130 140 150

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

blood_l flTGflflTTRTflCTCTTHGCHCHGTTflGTHGCGCCHCCHTGTHTflHTRGTHGCHGTHHTHTTHQCflCTHTHGCTfiCTHCflflTTHTTflGCflCHHTTCTCHGTHCHHTTTCHHCHHHTCHflHflTHRTGTTHCflflCGCCTTCflflCTTflTGHHflflT nose_l flTGflflTTHTflCTCTTflGCRCflGTTflGTRGCGCCRCCHTGTflTflRTHGTHGCRGTflHTHTTRCCflCTRTflGCTflCTHCñflTTRTTflGCHCHHTTCTCRGTflCRRTTTCHflCHHRTCflflflflTflfiTGTTBCflflCGCCTTCflflCTTflTGHfiflflT KX764645 flTGflflTTRTflCTCTTflGCRCflGTTflGTRGCGCCRCCRTGTRTflRTRGTRGCRGTflRTRTTflCCflCTRTflGCTHCTRCñflTTRTTflGCHCRRTTCTCflGTRCRRTTTCRflCRRRTCflflflflTflfiTGTTfiCflflCGCCTTCflflCTTRTGRfiflflT KX764644 flTGflflTTRTflCTCTTflGCRCflGTTflGTRGCGCCRCCRTGTflTflRTHGTRGCRGTflHTRTTRCCflCTRTflGCTflCTHCñflTTRTTflGCHCHHTTCTCRGTflCRRTTTCRflCHHRTCflflflflTflfiTGTTRCflflCGCCTTCflflCTTflTGHfiflflT RF409138 HTGRflTTRTflCTCTTRGCRCRGTTflGTRGCGCCRCCRTGTRTRRTHGTRGCRGTflHTRTTRCCflCTRTflGCTRCTRCRflTTRTTflGCRCRRTTCTCRGTHCHRTTTCRflCRRRTCRflflflTRRTGTTRCRRCGCCTTCflflCTTflTGRHRflT Consensus flTGRflTTHTflCTCTTHGCRCHGTTflGTHGCGCCRCCHTGTHTRRTHGTRGCHGTflHTRTTRCCflCTHTflGCTRCTHCRflTTHTTflGCRCHHTTCTCHGTHCHRTTTCRflCRRRTCRfiflflTRRTGTTRCflflCGCCTTCflflCTTflTGHRRflT

151 160 170 180 1Э0 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

bloodJL flCGfiCflflCfiflTflTCTflflTTflTflCRflCCGCflTflTflflTflCflflCTTflTTflTflGCGflTGflTTflTGflTGflTTfiTGflflGTGflflTflTflGTCGflTfiTCCCfiCflTTGTGflTGflTGGTGTGGRTflCTflCflflGTTTTGGflCTGRTTflCTTTRTflTTCGflCT noseJL flCGfiCflflCfiflTflTCTflflTTflTflCRflCCGCflTflTflflTflCflflCTTflTTflTflGCGflTGflTTflTGflTGflTTfiTGflflGTGflflTflTflGTCGflTfiTCCCfiCflTTGTGflTGflTGGTGTGGRTflCTflCflflGTTTTGGflCTGRTTflCTTTRTflTTCGflCT KX764645 flCGfiCflflCfiflTflTCTflflTTflTflCRflCCGCflTflTflflTflCflflCTTflTTflTflGCGflTGflTTflTGflTGflTTfiTGflflGTGflflTflTflGTCGflTfiTCCCfiCflTTGTGflTGflTGGTGTGGRTflCTflCflflGTTTTGGflCTGRTTflCTTTRTflTTCGflCT KX764644 flCGfiCnnCfiflTnTCTflnTTflTnCAflCCGCflTnTAflTnCAflCTTflm

RF409138 flCGflCflflCflflTflTCTflflTTflTflCflflCCGCflTflTRflTflCflflCTTRTTflTRGCGflTGflTTflTGflTGflTTflTGflflGTGflflTflTflGTCGflTflTCCCflCflTTGTGflTGflTGGTGTGGRTflCTRCflflGTTTTGGflCTGRTTflCTTTRTflTTCGflCT Consensus flCGflCflflCflflTflTCTflflTTflTflCRflCCGCflTflTRflTflCflflCTTRTTflTRGCGflTGflTTflTGflTGflTTflTGflflGTGflflTflTflGTCGflTflTCCCflCflTTGTGflTGflTGGTGTGGRTflCTRCflflGTTTTGGflCTGRTTflCTTTRTflTTCGflCT

301 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

blood_l flTRTTCTTTCTTGGflTTRTTTGGRflRTRTflflTTGTGTTflflCTGTTCTTCGTRflflTnTfiflGnTfiflflnRCflflTRCflGGRTflTRTTTTTGCTTflRTCTGRCflTTGTCTGRTTTRRTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTRRTTTRTflCGRTflGT nose_l flTRTTCTTTCTTGGflTTRTTTGGRflRTRTflRTTGTGTTRflCTGTTCTTCGTRfiflTRTfiflGRTfiflflRRCflflTRCRGGRTflTRTTTTTGCTTRRTCTGRCflTTGTCTGRTTTRRTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTRRTTTRTflCGRTflGT KX764645 RTRTTCTTTCTTGGRTTRTTTG GRR RTRTHRTTGTGTTRHCTGTTCTTCGTRHHTRTHHGRTHHHRRCHHTRCH G GRTRTRTTTTTGCTTRRTCTGRCRTTGTCTGRTTTRRTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTRBTTTHTH CGRTR G T KX764644 flTRTTCTTTCTTGGflTTRTTTGGRflRTRTflRTTGTGTTflflCTGTTCTTCGTRRflTRTRflGRTRflflRRCflflTRCRGGRTflTRTTTTTGCTTRRTCTGRCflTTGTCTGRTTTRRTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTRRTTTRTflCGRTflGT RF409138 flTflTTCTTTCTTGGflTTflTTTGGRflflTflTflflTTGTGTTRflCTGTTCTTCGTflflflTflTflflGflTflflflflflCflflTflCflGGflTflTflTTTTTGCTTflflTCTGflCflTTGTCTGRTTTRRTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTflRTTTflTflCGflTflGT Consensus flTflTTCTTTCTTGGflTTflTTTGGRflflTflTflflTTGTGTTRflCTGTTCTTCGTflflflTflTflflGflTflflflflflCflflTflCflGGflTflTflTTTTTGCTTflflTCTGflCflTTGTCTGflTTTflflTTTTCGTGTTGGTGTTTCCTTTTflflTTTRTRCGRTflGT

451 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

bloodJL flTCGCTflflflCflflTGGflGTTTflGGRGflTTGTTTGTGTflflRTTCflflflGCTRTGTTTTflCTTTGTTGGTTTTTflCflflTflGTflTGTCflTTTflTflflCflTTGflTGflGTRTCGRTflGflTRCCTflGCTGTflGTTCflCCCflGTflflflflTCflRTGCCGRTfl

noseJL flTCGCTflflflCflflTGGflGTTTflGGRGflTTGTTTGTGTflflRTTCflflflGCTRTGTTTTflCTTTGTTGGTTTTTflCflflTflGTflTGTCflTTTflTflflCflTTGflTGflGTRTCGflTflGflTRCCTflGCTGTRGTTCflCCCflGTRflflflTCflRTGCCGRTfl

KX764645 flTCGCTflflflCflflTGGflGTTTflGGRGflTTGTTTGTGTflflRTTCflflflGCTRTGTTTTflCTTTGTTGGTTTTTflCflflTflGTflTGTCflTTTflTflflCflTTGflTGflGTRTCGflTflGflTRCCTflGCTGTRGTTCflCCCflGTRflflflTCflRTGCCGRTfl

KX764G44 flTCGCTHRflCRRTGGRGTTTHGGRGHTTGTTTGTGTRflRTTCflRflGCTRTGTTTTRCTTTGTTGGTTTTTflCflflTHGTHTGTCflTTTRTHHCflTTGHTGHGTRTCGRTflGHTRCCTflGCTGTRGTTCflCCCflGTRHRRTCHRTGCCGflTfl

RF409138 flTCGCTflRRCRRTGGRGTTTflGGRGflTTGTTTGTGTRRRTTCfiRflGCTRTGTTTTRCTTTGTTGGTTTTTRCflflTRGTflTGTCflTTTflTnRCflTTGRTGnGTRTCGRTflGflTRCCTfiGCTGTflGTTCflCCCflGTflRfiflTCRRTGCCGflTfl

Consensus flTCGCTRRflCnRTGGnGTTTnGGRGnTTGTTTGTGTRfiRTTCfiRflGCTRTGTTTTRCTTTGTTGGTTTTTRCflflTRGTflTGTCflTTTflTnRCflTTGRTGRGTRTCGRTflGflTRCCTfiGCTGTflGTTCflCCCflGTflRfiflTCRRTGCCGflTfl

601 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

blood.l flGGRCRRRRCGRTRTGGRRTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGRTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRflCGTRTTGTCflTGTRTTTTRTRflCGflTRRTGCRRRflRTTTGG nose.l flGGRCRRRRCGRTRTGGRRTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGflTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRflCGTRTTGTCRTGTRTTTTRTflRCGflTflRTGCflflflflflTTTGG KX764645 flGGRCRRRRCGRTRTGGRRTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGflTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRflCGTRTTGTCRTGTRTTTTRTflRCGflTflRTGCflflflflflTTTGG KX764644 flGGflCRRRflCGRTflTGGRflTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGflTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRRCGTRTTGTCflTGTRTTTTRTflRCGflTflRTGCflflflflflTTTGG RF409138 flGGRCRRRRCGRTRTGGRRTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGflTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRflCGTRTTGTCRTGTRTTTTRTflRCGflTflRTGCflflflflflTTTGG Consensus flGGRCRRRRCGRTRTGGRRTTGTRCTTRGTRTGGTGGTTTGGflTTGTTTCRRCTflTTGflflTCCTTTCCflflTRRTGTTRTTTTRTGRRRCRRRRflRRGTflTRTGGRRTRRCGTRTTGTCflTGTRTTTTRTflRCGflTRRTGCRflflflflTTTGG

751 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 8G0 870 880 890 900

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

blood_l flRRTTRTTTflTRRRTTTTGflRRTRflRCRTflTTTGGRRTGflTTRTflCCGCTRflTTRTTTTGCTRTRTTGTTRCTflTRRflflTCTTflflRTflCTTTflflRRRCCTCGCRRRCRRRGRRTRRGRflRGCCRTRRRGRTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC nose_l flRRTTflTTTflTflflRTTTTGflflflTflflflCRTflTTTGGflRTGflTTfiTflCCGCTflRTTRTTTTGCTflTRTTGTTflCTflTRRflflTCTTflflRTRCTTTflflRRRCCTCGCflRRCRRRGRRTflRGflflflGCCflTflRRGflTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC KX764645 flRRTTnTTTflTflflRTTTTGflflflTflflflCRTflTTTGGRRTGflTTfiTflCCGCTflRTTRTTTTGCTflTRTTGTTRCTflTRRflflTCTTflflRTRCTTTflflnRRCCTCGCflRRCRflRGRRTflRGflflflGCCflTflRRGflTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC KX764644 flRRTTRTTTflTflflHTTTTGflflflTflflflCRTflTTTGGflRTGflTTfiTflCCGCTflRTTHTTTTGCTflTRTTGTTflCTflTRRflflTCTTflflflTHCTTTflflRRRCCTCGCflRRCHRRGRRTflRGflflflGCCflTflflRGflTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC RF409138 flHHTTHTTTflTRRRTTTTGflRRTRflRCRTflTTTGGRRTGflTTRTflCCGCTRRTTRTTTTGCTflTRTTGTTRCTflTHHRflTCTTflflRTRCTTTRflHHHCCTCGCflRRCRflRGRRTRRGflflRGCCRTRflRGRTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC Consensus flHHTTHTTTflTHHHTTTTGflHHTHflHCHTflTTTGGHHTGflTTHTflCCGCTHRTTHTTTTGCTHTHTTGTTHCTflTHHHflTCTTflflHTHCTTTHflHHHCCTCGCflHHCHflHGHHTHHGHflHGCCflTHflHGHTGGTGTTTTTGflTTGTTflTC

901 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------1

blood.l TGTTCflGTRTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTflRCTGTRTTTGTTTCflTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTRGTGGRTGTRCGGCflTTflCGñTTTGTCflflCCTTGCRGTTCRTGTRGCTGflRflTTGTGTCTCTflTGTCflTTGTTTTflTT nose.l TGTTCflGTRTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTflRCTGTRTTTGTTTCflTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTRGTGGRTGTflCGGCRTTflCGRTTTGTCRRCCTTGCRGTTCRTGTflGCTGflRflTTGTGTCTCTflTGTCflTTGTTTTflTT KX764645 TGTTCflGTRTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTRRCTGTRTTTGTTTCflTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTRGTGGRTGTflCGGCflTTflCGRTTTGTCflflCCTTGCRGTTCRTGTflGCTGflRflTTGTGTCTCTflTGTCflTTGTTTTflTT KX764G44 TGTTCflGTflTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTRRCTGTRTTTGTTTCflTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTflGTGGflTGTflCGGCflTTflCGflTTTGTCflflCCTTGCRGTTCRTGTflGCTGflflflTTGTGTCTCTflTGTCflTTGTTTTRTT RF409138 TGTTCflGTñTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTflRCTGTRTTTGTTTCRTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTflGTGGñTGTRCGGCRTTflCGñTTTGTCflflCCTTGCRGTTCRTGTflGCTGflRflTTGTGTCTCTflTGTCflTTGTTTTflTT Consensus TGTTCflGTñTTGTTTTTflCTCCCRTTTflGTGTflRCTGTRTTTGTTTCRTCGTTGTflTTTGTTflflflTGTTTTTflGTGGñTGTflCGGCRTTflCGñTTTGTCflflCCTTGCRGTTCRTGTflGCTGflRflTTGTGTCTCTRTGTCflTTGTTTTflTT

1051 1060 1070 1080 ЮЭ0 1100 1110 1120 1130 1140 1146

I--------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+---------+-----1

blood_l flflTCCflCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTRGflGRRTTTRCTflRRflRGCTTTTRCGflTTGCGTflGCflCTRGTRGTGCTGGTflGTRTTflGCRTTGGflTnR nose_l flRTCCRCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTHGHGHRTTTHCTflHHRRGCTTTTHCGflTTGCGTRGCflCTRGTRGTGCTGGTflGTRTTflGCRTTGGRTHH KX764645 flRTCCRCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTHGHGHRTTTHCTflHHRRGCTTTTHCGflTTGCGTRGCflCTRGTflGTGCTGGTflGTRTTflGCRTTGGRTHH KX764644 flRTCCRCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTHGHGHRTTTHCTflHHRRGCTTTTHCGflTTGCGTRGCflCTRGTflGTGCTGGTflGTRTTflGCRTTGGRTHH AF409138 flflTCCflCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTflGflGflRTTTflCTflflflflRGCTTTTflCGflTTGCGTflGCflCTflGTflGTGCTGGTflGTflTTflGCRTTGGRTflfl Consensus flflTCCflCTRflTTTRTGCGTTTTGTflGTflGflGflRTTTflCTflflflflRGCTTTTflCGflTTGCGTflGCflCTflGTflGTGCTGGTflGTflTTflGCRTTGGRTflfl

Рис. 1. Множественное выравнивание нуклеотидных последовательностей гена GPCR вируса ЗУД с применением программы Multalin (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/).

При проведении филогенетического анализа установлено, что обнаруженные у КРС штаммы входили в общий кластер с референтными «вакциноподобными» штаммами вируса ЗУД тип-N из GenBank (рис. 2).

КХ764644 Neethling-Herbivac vaccine

K<764645 Neethling-LSD vaccine-OBP AF409138 Neethling vaccine LW1959

♦ blood 1

♦ nose 1

KX683219 KSGP 0240 ~~

AF325528 Ne ethling-2490 AF409137 Ne ethling Warmbaths LW

KX576657 Goatpox virus strain Gorgan MG000156 Sheeppox virus strain Jaipur

штаммы ЗУД тип-N

полевые (дикие) штаммы ЗУД

0.005

Рис. 2. Филогенетический анализ выделенных изолятов вируса ЗУД на основе последовательностей гена GPCR с применением программы MEGA 7.0 (https://www.megasoftware.net), алгоритм Neighbor Joining.

На основе полученных данных, можно предположить, что штаммы, выделенные на территории Ершовского района Саратовской области в 2019 г., принадлежат к «вакциноподобными» штаммами вируса ЗУД типа Neethling. Кроме того, использованные в данном исследовании биоинформатические методы позволили провести внутривидовую дифференциацию штаммов Capripoxvirus.

Библиографический список

1. Мищенко А.В., Мищенко В.А. и др. Проблема нодулярного дерматита крупного рогатого скота // Ветеринария Кубани. 2015. 5. С.3-6.

2. Tuppurainen E., Alexandrov T., Belträn-Alcrudo D. Lumpy skin disease field manual - A manual for veterinarians // FAO Animal Production and Health Manual. Rome: Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO). 2017. 20:60.

3. World Organisation for Animal Health (OIE). Lumpy skin disease. 2010. www.oie.int

4. Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) https://fsvps.gov.ru

5. Le Goff, C., Lamien, C. E., Fakhfakh, E., Chadeyras, A., Aba-Adulugba, E., Libeau, G., . . . Albina, E. Capripoxvirus G-protein-coupled chemokine receptor: a host-range gene suitable for virus animal origin discrimination // Journal of General Virology. 2009. 90. P.1967-1977.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.