CC BY
16Компьютерная биология, медицина и биотехнология 161
Спектры периодичностей как инструмент дифференциации родственных бактериальных геномов
В. Д. Гусев, Л. А. Мирошниченко Институт математики им. С. Л. Соболева Email: luba@math.nsc.ru DOI: 10.24411/9999-017A-2020-10282
Локальными периодичностями в ДНК-последовательностях обычно называют участки, представленные тандемно повторяющимися фрагментами ограниченной длины. Периодичности характеризуются длиной тиражируемого фрагмента, составом элементов и кратностью повторений. Полные спектры периодичностей можно рассматривать в качестве компактного описания геномов достаточно большой длины. Многие периодичности носят неслучайный характер и могут быть использованы в качестве биомаркеров для различения родственных объектов, в частности некоторых бактериальных геномов. Особый интерес в этом плане представляют геномы чумной бактерии (Yersinia pestis) и бактерии псевдотуберкулеза (Yersiniapseudotuberculosis). При близости геномов в целом эти бактерии сильно отличаются по своей патогенности. Получены и охарактеризованы полные спектры периодичностей для достаточно представительных подборок геномов обоих видов. Выявлены периодичности, наиболее информативные в плане дифференциации этих классов объектов.
Работа выполнена при поддержке программы Фундаментальных научных исследований РАН, проект N° 03142019-0015.
BioNet: Моделирование масс-спектров пептидов
Р. Ю. Епифанов\ Д. А. Афонников1,2 1Новосибирский государственный университет 2Институт цитологии и генетики СО РАН Email: ada@bionet.nsc.ru DOI: 10.24411/9999-017A-2020-10365
Важная роль белков в жизнедеятельности организмов привела к развитию методов исследования первичной структуры белка, основанных на масс-спектрометрии. Расшифровка масс-спектров является сложной задачей, так как не в полной мере известны механизмы диссоциации белков в экспериментальных установках, а также влияние совокупности внешних факторов на данный процесс. Поэтому требуется большое количество данных по аннотированным масс-спектрам пептидов с известной последовательностью для совершенствования существующих или разработки новых алгоритмов расшифровки масс-спектров.
В работе рассматривается задача о построение алгоритма in silico моделирования масс-спектра пептидов, решающего проблему учета влияния неканонического аминокислотного состава и посттрансляционных модификаций на процесс диссоциации.
Работа поддержана грантами РФФИ № 17-00-00470 (K), 17-00-00462.
Метод главных координат как способ расчета главных компонент
В. М. Ефимов1,2, Д. А. Полунин2, В. Ю. Ковалева3, К. В. Ефимов4
1Институт цитологии и генетики СО РАН
2Новосибирский государственный университет
3Институт систематики и экологии СО РАН
4Институт высшей нервной деятельности РАН
Email: efimov@bionet.nsc.ru
DOI: 10.24411/9999-017A-2020-10283
При использовании метода главных компонент (ГК, PCA) практически всегда используются матрицы корреляций исходных переменных. Однако более полувека назад Дж. Гауэр [1] предложил метод расчета ГК через матрицу евклидовых расстояний между объектами (PCo).
PCo очень полезен на практике, если число объектов значительно меньше числа признаков или их нет вообще, что становится все более рутинным в биологических исследованиях, особенно молекулярных [2-3].
