CC BY
0
https://doi.org/10.31146/1682-8658-ecg-217-9-195-200
Современные представления о влиянии микробиома кишечника на персистенцию ВИЧ-инфекции
Хрянин А. А.12, Бочарова В. К.3, Пушкарев Е.В.1
1 ФГБОУ ВО «Новосибирский государственный медицинский университет» Минздрава России, (Красный пр., 52, Новосибирск, 630091, Россия)
2 РОО «Ассоциация акушеров-гинекологов и дерматовенерологов», (ул. Ленина, д. 55, Новосибирск, 630004, Россия)
3 Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им. Павлова, (ул. Льва Толстого, д. 6-8, Санкт-Петербург, 197002, Россия)
Для цитирования: Хрянин А. А., Бочарова В. К., Пушкарев Е. В. Современные представления о влиянии микробиома кишечника на персистенцию ВИЧ-инфекции. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2023;217(9): 195-200. РО!: 10.31146/1682-8658-есд-217-9-195-200
Н Для переписки: Хрянин Алексей Алексеевич, д.м.н., профессор кафедры дерматовенерологии и косметологии Хрянин Алексей Бочарова Валентина Константиновна, врач-ординатор кафедры дерматовенерологии с клиникой Алексеевич Пушкарёв Евгений Владимирович, аспирант кафедры дерматовенерологии и косметологии
khryanin@mail.ru
Резюме
В статье обсуждаются современные представления о влиянии ВИЧ-инфекции на микробиом кишечника, микробную транслокацию, системное хроническое воспаление и активацию иммунитета. В свою очередь, микробиом кишечника участвует в системном воспалении и активации иммунной системы, что способствует персистенции ВИЧ-инфекции. Хотя точный патогенез ВИЧ-инфекции и изменений микробиома кишечника (снижение бактериального разнообразия) пока неясен, нормализация микробиома кишечника при ВИЧ-инфекции может уменьшить воспаление, и тем самым привести к уменьшению возможного резервуара для ВИЧ-инфекции.
Авторы статьи представили современные гипотезы о взаимодействии микробиома кишечника с системным воспалением, а также связи кишечного микробиома и персистенции ВИЧ-инфекции. Неспособность современных методов лечения воздействовать на скрытый вирусный резервуар и истощить его является основным препятствием на пути излечения от ВИЧ-инфекции. Обсуждаются предпринимаемые усилия по лечению, направленные на ликвидацию резервуаров ВИЧ-инфекции, с целью достижения стойкой ремиссии и возможности излечения от ВИЧ-инфекции.
Ключевые слова: ВИЧ-инфекция, микробиом кишечика, хроническое системное воспаление, персистенция, АРВТ
Конфликт интересов. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
|(сс)ШЩЯ| https://doi.org/10.31146/1682-86 58-ecg-217-9-195-200
Modern ideas about the influence of the gut microbiome on the persistence of HIV infection
A. A. Khryan¡nu,V. K. Bocharova3, E.V. Pushkarev1
1 Novosibirsk State Medical University, (52, Krasny pr., Novosibirsk, 630091, Russia)
2 Association of obstetrician-gynecologists and dermatologists, (55, Lenina str., Novosibirsk, 630004, Russia)
3 Pavlov First Saint Petersburg State Medical University, (6-8, Lev Tolstoy str., St. Petersburg, 197002, Russia)
For citation: Khryanin A. A., Bocharova V. K., Pushkarev E. V. Modern ideas about the influence of the gut microbiome on the persistence of HIV infection. Experimental and Clinical Gastroenterology. 2023;217(9): 195-200. (In Russ.) DOI: 10.31146/1682-8658-ecg-217-9-195-200
И Corresponding
author: Aleksey A. Khryanin
khryanin@mail.ru
Aleksey A. Khryanin, MD, Professor of the Department of Dermatovenerology and Cosmetology; ORCID: 0000-0001-9248-8303 Valentina K. Bocharova, resident doctor of the Department of Dermatovenerology with clinic; ORCID: 0000-0003-4671-7288 Evgeni V. Pushkarev, postgraduate student of the Department of Dermatovenerology and Cosmetology; ORCID: 0000-0001-9536-1551
Summary
The article discusses current ideas about the impact of HIV infection on the gut microbiome, microbial translocation, chronic inflammation, and immune activation. The gut microbiome is involved in systemic inflammation and immune activation, which contributes to the persistence of HIV infection. Although the exact pathogenesis of HIV infection and changes in the intestinal microbiome in the form of a decrease in bacterial diversity is still unclear, normalization of the intestinal microbiome in HIV infection can reduce inflammation, and thereby lead to a decrease in the possible reservoir for HIV infection.
The authors of the article presented modern hypotheses about the interaction of the intestinal microbiome with systemic inflammation, as well as the relationship between the intestinal microbiome and the persistence of HIV infection. The inability of modern treatment methods to affect the hidden reservoir and deplete it is the main obstacle to the cure of HIV infection. The ongoing treatment efforts aimed at reducing the reservoirs of HIV infection in order to achieve stable remission and the possibility of a cure for HIV infection are discussed.
Keywords: HIV infection, intestinal microbiome, chronic inflammation, persistence, ART Conflict of interests. The authors declare no conflict of interest.
Введение
Ожидаемая продолжительность жизни и показатели здоровья у лиц, инфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), значительно улучшились с появлением комбинированной анти-ретровирусной терапии (АРВТ), которая контролирует репликацию ВИЧ-инфекции и поддерживает неопределяемую вирусную нагрузку в течение многих лет [1]. Однако излечение от ВИЧ-инфекции остается труднодостижимым, в основном из-за способности ВИЧ персистировать в так называемых «вирусных резервуарах». В настоящее время латентная ВИЧ-инфекция не поддается стандартной АРВТ. Понимание процессов, которые способствуют персистенции ВИЧ-инфекции, а также выявление и ликвидация скрытых вирусных резервуаров, имеет решающее значение для достижения ремиссии и излечения от ВИЧ-инфекции [2, 3].
Установлено, что кишечный микробиом и его метаболиты способствуют развитию и поддержанию воспаления, а также активации иммунной системы у ВИЧ-инфицированных взрослых, что,
в свою очередь, способствует сохранению ВИЧ-инфекции во время АРВТ [4, 5]. Предполагается, что данное воспаление возникает в результате прямого воздействия репликации ВИЧ-инфекции в кишечно-ассоциированной лимфоидной ткани (GALT), которое сохраняется даже при многолетней АРВТ [6, 7, 8]. ВИЧ-инфицированные взрослые, получающие АРВТ, имеют постоянный резервуар ВИЧ, который обусловлен воспалением и активацией иммунной системы [9]. В статье обсуждаются современные представления о влиянии ВИЧ-инфекции на микробиом кишечника, микробную транслокацию, системное воспаление и активацию иммунитета.
Кишечная микробиота необходима для иммунного гомеостаза, поэтому, нарушения в составе кишечного микробиома могут спровоцировать хроническое воспаление. Учитывая, что микробное разнообразие нарушается при ВИЧ-инфекции, это также может вносить свой вклад в развитие иммунной дисфункции и хронического воспаления.
Кишечник как резервуар ВИЧ-инфекции
Резервуар для ВИЧ-инфекции - это анатомический участок или тип клеток, в которых существует латентный персистирующий ВИЧ, способный к репликации при благоприятных условиях. Желудочно-кишечный тракт (ЖКТ), наиболее концентрированный участок CD4+ Т-клеток в организме, является жизненно важным местом для ранней репликации ВИЧ-инфекции и, следовательно, его вероятным вирусным резервуаром [10]. Истощение CD4+ Т-клеток в кишечнике приводит к эпителиальной дисфункции и потере клеток "Й17 [11]. Клетки ^17 являются квинтэссенцией гомео-стаза кишечника для поддержания эпителиального барьера и предотвращения попадания микробных антигенов в кишечник и системный кровоток человека [11].
Несколько научных исследований свидетельствуют, что ВИЧ-инфицированные пациенты с вирусной иммунной супрессией имеют пер-систирующую ВИЧ-инфекцию в кишечнике,
ассоциированную с CD4+ Т-клетками памяти [8, 12]. Начало АРВТ на ранних стадиях течения инфекции приводит к уменьшению воспаления и размера резервуара, но не устраняет вирусный резервуар в кишечнике как таковой [13, 14]. Кроме того, было установлено, что кишечно-ассоциированная лим-фоидная ткань (GALT) усиливает виремию после прекращения АРВТ, что свидетельствует о значении кишечника как об источнике персистенции ВИЧ-инфекции [15].
Важно отметить, что в случае пациента из Берлина, единственного на сегодняшний день пациента, который был излечен от ВИЧ-инфекции в результате аллогенной трансплантации гемо-поэтических стволовых клеток от донора с деле-цией CCR5A5, было обнаружено, что ДНК ВИЧ-инфекции сохраняется в прямой кишке спустя пять лет после трансплантации [16]. Это исследование доказывает, что кишечник является важным анатомическим резервуаром для ВИЧ-инфекции.
Другие тканевые резервуары ВИЧ-инфекции
Репродуктивная система также является потенциальным резервуаром ВИЧ-инфекции. ВИЧ обнаруживается как в семенной, так и в цервиковаги-нальной жидкости, несмотря на неопределяемую вирусную нагрузку при использовании АРВТ [17, 18]. Недавний аналитический обзор о влиянии микробиома влагалища на снижение концентрации антиретровирусных препаратов во влагалище свидетельствует о важности изучения вагинального
микробиома при ВИЧ-инфекции [19, 20]. Кроме того, Wong J. K. и Yukl S. A. (2016) рассматривают значение других тканей и органов человека, которые являются потенциальными резервуарами ВИЧ-инфекции (лимфоузлы, селезенка, костный мозг, тимус, печень, гастроинтестинальный тракт, нервная система, легкие, почки и мочевыделитель-ная система, мужская и женская половая система, кожа и жировая ткань) [21].
ВИЧ-ассоциированное нарушение микробиома кишечника, воспаление и активация иммунитета
В последние годы все большее число исследований посвящено изучению изменений в микробиоме кишечника при ВИЧ-инфекции и их связи с системным воспалением [22]. Большинство исследований сходятся во мнении, что у людей с ВИЧ-инфекцией наблюдаются отчетливые изменения в микробиоме кишечника с уменьшением бактериального разнообразия [23, 24, 25].
Многие нарушения иммунного барьера желудочно-кишечного тракта при ВИЧ-инфекции включают дисфункцию клеток, ответственных за регулирование состава кишечной микробиоты. Кроме того, нарушение функции макрофагов может привести к изменению кишечной микробиоты. Обоих этих факторов достаточно, чтобы вызвать местную и системную воспалительную реакцию [26, 27].
Такие наблюдения способствовали появлению новой гипотезы о том, что ВИЧ-инфекция изменяет микробиоту кишечника, которая в свою очередь способствует развитию воспалительной реакции. В когортах людей были проведены многочисленные обзорные научные исследования, сравнивающие состав кишечной микро-биоты ВИЧ-инфицированных с таковым у лиц
неинфицированных ВИЧ [28, 29, 30]. Результаты этих исследований имеют несколько общих закономерностей. Так, у ВИЧ-положительных пациентов было выявлено обогащение Erysipelotrichaceae, Enterobacteriaceae, Desulfovibrionaceaeи Fusobacteria, истощение Lachnospiraceae, Ruminococceae, Bactero-ides и Rikenellaceae.
Большинство научных исследований свидетельствуют об увеличении Prevotella и уменьшении Bacteroides у ВИЧ-инфицированных взрослых людей [24, 31]. При этом установлено, что некоторые штаммы Prevotella усиливают ^17-опосредованное воспаление слизистой оболочки, а некоторые штаммы Bacteroides снижают уровень провоспа-лительных цитокинов [32, 33].
Безусловно, необходимо учитывать дополнительные факторы, влияющие на микробиом кишечника, например, сексуальные предпочтения у ВИЧ-инфицированных людей, режимы АРВТ и др. [34, 35, 36].
Однако результаты подобных исследований ограничены использованием различных методов анализа секвенирования 16S рРНК для характеристики кишечного микробиома и осложнены присутствием множества факторов у пациентов
с ВИЧ-инфекцией, которые также могут влиять на микробиом человека. К ним относятся употребление антибиотиков и медикаментов, сопутствующие инфекции и предпочтения в питании. Эти факторы требуют учета при будущих вмешательствах, направленных на изучение кишечного микробиома у ВИЧ-инфицированных лиц.
Повышенное количество обитающих в кишечнике бактерий, способных непосредственно стимулировать воспалительную реакцию хозяина, представляет собой вероятную механистическую связь между нарушениями микробиоты, ассоциированными с ВИЧ-инфекцией, и повышенной активацией системного иммунитета. Это особенно актуально, учитывая наблюдаемое увеличение численности различных протеобактерий, в частности Enterobacteriaceae, семейства, состоящего из многочисленных жгутиковидных, подвижных представителей, обладающих способностью к транслокации, включая E. coli, Salmonella, Pseudomonas, Yersinia и Klebsiella. Члены этого семейства индуцируют воспаление хозяина при инфекции и способны использовать побочные продукты этого воспаления, а именно активные формы кислорода (АФК) из нейтрофилов и макрофагов, в качестве конечных акцепторов электронов в их дыхательной цепи [37, 38], что позволяет им уникальным образом получать клеточную энергию из источника, который эндогенная кишечная микробиота не
может так легко использовать. Этот признак дает конкурентное преимущество в росте по сравнению с эндогенными бактериями в условиях воспалительных процессов хозяина, включая приток нейтрофилов. Поскольку количество нейтрофилов, способных продуцировать АФК, увеличено в слизистой оболочке кишечника как при острой, так и при длительно существующей ВИЧ-инфекции, можно предположить, что продукция АФК в ВИЧ-инфицированной слизистой оболочке стимулирует увеличение провоспалительных энтеробактерий и что эти бактерии, в свою очередь, усугубляют воспаление кишечника [39]. Представители этой группы бактерий также обладают высокой склонностью к транслокации через кишечный барьер [40], обеспечивая еще один путь, с помощью которого эти бактерии могут способствовать патологической системной воспалительной реакции.
Существует серьезный пробел в знаниях в области микробиома кишечника при перинатальной ВИЧ-инфекции. Bender J. M. и соавт. установили, что изменения в микробиоме кишечника были связаны с олигосахаридами грудного молока матери, которые различались в зависимости от ее ВИЧ-статуса [41]. Это одно из первых научных исследований, в котором освещаются последствия воздействия материнской ВИЧ-инфекции на микробиом кишечника младенца, даже если новорожденный избежал заражения ВИЧ от матери [41, 42, 43].
Потенциальное воздействие бактериального метаболома на ВИЧ-инфекцию
Совсем недавно ученые начали предполагать, что метаболиты и белки, продуцируемые кишечными бактериями, могут иметь большее значение, чем сами кишечные бактерии [44]. В частности, корот-коцепочечные жирные кислоты, такие как пропи-онат, бутират и ацетат, вырабатываются кишечной микробиотой в качестве продуктов ферментации пищевых углеводов [45]. Установлено, что бутират реактивирует латентную ВИЧ-инфекциию in vitro благодаря своему эффекту ингибирования гистондеацетилазы [46]. Также было показано, что ацетат снижает активность гистондеацетилазы и увеличивает интеграцию ВИЧ в ДНК хозяина
[47]. Ингибиторы гистондеацетилазы (HDACi) изучаются у ВИЧ-инфицированных взрослых в качестве агентов, способных ликвидировать латентный резервуар ВИЧ-инфекции [48]. В настоящее время установлено, что НЭАО усиливает транскрипцию ВИЧ, но не приводит к уменьшению резервуаров ВИЧ-инфекции при добавлении к стандартной АРВТ [48]. Эти исследования предполагают сложное взаимодействие между кишечными бактериями и бактериальными метаболитами, которое требует дальнейших исследований, направленных на полное излечение от ВИЧ-инфекции.
Перспективы воздействия на микробиом кишечника в рамках терапии ВИЧ-инфекции
Изменения микробиома кишечника, оказывающих влияние на процессы заболевания, является сложной проблемой, которая была предпринята при нескольких состояниях, в первую очередь при воспалительных заболеваниях кишечника и колите, вызванном Clostridium difficile [49]. Общая идея состоит в том, чтобы обеспечить организм здоровыми бактериями, уменьшить воспаление, восстановить целостность кишечной стенки и предотвратить перемещение микробов. Предположительно, путем восстановления эпителиального барьера можно уменьшить микробную транслокацию и предотвратить системное воспаление, что в совокупности
может привести к уменьшению резервуаров ВИЧ-инфекции.
Трансплантация фекальной микробиоты (ТФМ) является новой терапевтической стратегией для ведения пациентов с колитом, вызванном Clostridium difficile [49]. В одном научном исследовании ТФМ от здоровых взрослых к ВИЧ-инфицированным взрослым не произошло полного приживления микробиома донора, равно как и каких-либо изменений в системном воспалении [50]. Отсутствие изменений в микробиоме до и после ТФМ также наблюдается у приматов-макак [51]. Однако после ТФМ у макак было обнаружено увеличение Th17
происходить некоторые защитные изменения [51]. В этой области требуются дальнейшие исследования и тщательный анализ полученных результатов.
и "й22 в периферической крови, а также снижение активации CD4+ Т-клеток в ткани кишечника, что позволяет предположить, что при ТФМ могут
Заключение
В настоящее время современные исследования в области изучения ВИЧ-инфекции посвящены выявлению взаимосвязи между персистенцией ВИЧ-инфекции и микробиомом кишечника. Зачастую ВИЧ переходит в латентную форму на ранних стадиях инфицирования и не может быть устранен ранним применением АРВТ. Неспособность современных методов лечения воздействовать на скрытый вирусный резервуар и истощить его является
основным препятствием на пути излечения от ВИЧ-инфекции. Таким образом, современные терапевтические стратегии, добавленные к основной антиретровирусной терапии ВИЧ-инфекции и направленные на нормализацию кишечного ми-кробиома и уменьшение системного хронического воспаления, могут повлиять на существование резервуара ВИЧ-инфекции и, тем самым, обеспечить возможность излечения от ВИЧ-инфекции.
Литература | References
1. Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration. Life expectancy of individuals on combination antiretroviral therapy in high-income countries: a collaborative analysis of 14 cohort studies. Lancet. 2008 Jul 26;372(9635):293-299. doi: 10.1016/S0140-6736(08)61113-7
2. Deeks S. G., Lewin S. R., Ross A. L. et al. International AIDS Society global scientific strategy: towards an HIV cure 2016. Nat Med. 2016 Aug;22(8):839-850. doi: 10.1038/ nm.4108
3. Massanella M., Fromentin R., Chomont N. Residual inflammation and viral reservoirs: alliance against an HIV cure. Curr Opin HIV AIDS. 2016 Mar;11(2):234-241. doi: 10.1097/C0H.0000000000000230
4. Zilberman-Schapira G., Zmora N., Itav S. et al. The gut microbiome in human immunodeficiency virus infection. BMC Med. 2016 Jun 3;14(1):83. doi: 10.1186/s12916-016-0625-3
5. Zevin A. S., McKinnon L., Burgener A., Klatt N. R. Microbial translocation and microbiome dysbiosis in HIV-associated immune activation. Curr Opin HIV AIDS. 2016 Mar;11(2):182-190. doi: 10.1097/C0H.0000000000000234
6. Uprety P, Patel K, Karalius B. et al. Pediatric HIV/AIDS Cohort Study (PHACS). Human Immunodeficiency Virus Type 1 DNA Decay Dynamics With Early, Long-term Virologic Control of Perinatal Infection. Clin Infect Dis. 2017 Jun 1;64(11):1471-1478. doi: 10.1093/cid/cix192
7. Persaud D., Patel K., Karalius B. et al. Pediatric HIV/AIDS Cohort Study. Influence of age at virologic control on peripheral blood human immunodeficiency virus reservoir size and serostatus in perinatally infected adolescents. JAMA Pediatr. 2014 Dec;168(12):1138-1146. doi: 10.1001/ jamapediatrics.2014.1560
8. Chun T. W., Nickle D. C., Justement J. S. et al. Persistence of HIV in gut-associated lymphoid tissue despite long-term antiretroviral therapy. J Infect Dis. 2008 Mar 1;197 (5):714-720. doi: 10.1086/527324
9. Chomont N., El-Far M., Ancuta P. et al. HIV reservoir size and persistence are driven by T cell survival and homeo-static proliferation. Nat Med. 2009 Aug;15(8):893-900. doi: 10.1038/nm.1972
10. Brenchley J. M., Schacker T. W., RuffL. E. et al. CD4+ T cell depletion during all stages of HIV disease occurs predominantly in the gastrointestinal tract. J Exp Med. 2004 Sep 20;200(6):749-759. doi: 10.1084/jem.20040874
11. Mudd J. C., Brenchley J. M. Gut Mucosal Barrier Dysfunction, Microbial Dysbiosis, and Their Role in HIV-1 Disease Progression. J Infect Dis. 2016 Oct 1;214 Suppl 2(Suppl 2): S58-66. doi: 10.1093/infdis/jiw258
12. Yukl S. A., Shergill A. K., Ho T. et al. The distribution of HIV DNA and RNA in cell subsets differs in gut and blood of HIV-positive patients on ART: implications for viral persistence. J Infect Dis. 2013 Oct 15;208(8):1212-1220. doi: 10.1093/infdis/jit308
13. Ananworanich J., Chomont N., Eller L. A. et al. RV217 and RV254/SEARCH010 study groups. HIV DNA Set Point is Rapidly Established in Acute HIV Infection and Dramatically Reduced by Early ART. EBioMedicine. 2016 Sep;11:68-72. doi: 10.1016/j.ebiom.2016.07.024
14. Ananworanich J., Sacdalan C. P., Pinyakorn S. et al. Virological and immunological characteristics of HIV-infected individuals at the earliest stage of infection. J Virus Erad. 2016;2(1):43-48. PMID: 26889497; PMCID: PMC4754199
15. Rothenberger M. K., Keele B. F., Wietgrefe S. W. et al. Large number of rebounding/founder HIV variants emerge from multifocal infection in lymphatic tissues after treatment interruption. Proc Natl Acad Sci USA. 2015 Mar 10;112(10): E1126-34. doi: 10.1073/pnas.1414926112
16. Yukl S. A., Boritz E., Busch M. et al. Challenges in detecting HIV persistence during potentially curative interventions: a study of the Berlin patient. PLoS Pathog. 2013;9(5): e1003347. doi: 10.1371/journal.ppat.1003347
17. Gantner P., Assoumou L., Leruez-Ville M. et al. EVARIST ANRS EP 49 Study Group. HIV-1-RNA in seminal plasma correlates with detection of HIV-1-DNA in semen cells, but not with CMV shedding, among MSM on successful antiretroviral regimens. J Antimicrob Chemother. 2016 Nov;71(11):3202-3205. doi: 10.1093/jac/dkw271
18. Mujugira A., Celum C., Coombs R. W. et al. HIV Transmission Risk Persists During the First 6 Months of Antiretroviral Therapy. J Acquir Immune Defic Syndr. 2016 Aug 15;72(5):579-584. doi: 10.1097/ QAI.0000000000001019
19. Klatt N. R., Cheu R., Birse K. et al. Vaginal bacteria modify HIV tenofovir microbicide efficacy in African women. Science. 2017 Jun 2;356(6341):938-945. doi: 10.1126/sci-ence.aai9383
20. Khryanin A. A., Knorring H. Yu., Bocharova V. K. Violation of the vaginal microbiome and the risk of HIV infection in women. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2023;15(1):23-31. (In Russ.) doi: 10.22328/2077-9828-2023-15-1-23-31 Хрянин А. А., Кнорринг Г. Ю., Бочарова В. К. Нарушение вагинального микробиома и риск заражения ВИЧ-инфекцией у женщин. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023;15(1):23-31. doi: 10.22328/2077-9828-2023-15-1-23-31
21. Wong J. K., Yukl S. A. Tissue reservoirs of HIV. Curr Opin HIV AIDS. 2016 Jul;11(4):362-370. doi: 10.1097/ COH.0000000000000293
22. Dillon S. M., Lee E. J., Donovan A. M. et al. Enhancement of HIV-1 infection and intestinal CD4+ T cell depletion ex vivo by gut microbes altered during chronic HIV-1 infection. Retrovirology. 2016 Jan 14;13:5. doi: 10.1186/ s12977-016-0237-1
23. Dubourg G., Lagier J. C., Hüe S. et al. Gut microbiota associated with HIV infection is significantly enriched in bacteria tolerant to oxygen. BMJ Open Gastroenterol. 2016 Jul 28;3(1): e000080. doi: 10.1136/bmjgast-2016-000080
24. Gootenberg D. B., Paer J. M., Luevano J. M., Kwon D. S. HIV-associated changes in the enteric microbial community: potential role in loss of homeostasis and development of systemic inflammation. Curr Opin Infect Dis. 2017 Feb;30(1):31-43. doi: 10.1097/QC0.0000000000000341
25. Villanueva-Millan M.J., Pérez-Matute P., Recio-Fernan-dez E. et al. Differential effects of antiretrovirals on microbial translocation and gut microbiota composition of HIV-infected patients. JInt AIDS Soc. 2017 Mar 9;20(1):21526. doi: 10.7448/IAS.20.1.21526
26. Khryanin A. A., Osipenko M. F., Nemchaninova O. B. et al. Strategies for restoring the intestinal mucosal barrier. Experimental and clinical gastroenterology. 2021;1(6):88-95. (In Russ.) doi.: 10.31146/1682-8658-ecg-190-6-88-95. Хрянин А. А., Осипенко М. Ф., Немчанинова О. Б. и др. Стратегии восстановления слизистого барьера кишечника. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2021;1(6):88-95. doi.: 10.31146/1682-8658-ecg-190-6-88-95.
27. Garrett W. S., Gallini C. A., Yatsunenko T. et al. Entero-bacteriaceae act in concert with the gut microbiota to induce spontaneous and maternally transmitted colitis. Cell Host Microbe. 2010 Sep 16;8(3):292-300. doi: 10.1016/j. chom.2010.08.004
28. Armstrong A. J.S., Shaffer M., Nusbacher N. M. et al. An exploration of Prevotella-rich microbiomes in HIV and men who have sex with men. Microbiome. 2018 Nov 5;6(1):198. doi: 10.1186/s40168-018-0580-7
29. Lu W., Feng Y., Jing F. et al. Association Between Gut Microbiota and CD4 Recovery in HIV-1 Infected Patients. Front Microbiol. 2018 Jul 2;9:1451. doi: 10.3389/ fmicb.2018.01451
Lee S. C., Chua L. L., Yap S. H. et al. Enrichment of gut-derived Fusobacterium is associated with suboptimal immune recovery in HIV-infected individuals. Sci Rep. 2018 Sep 24;8(1):14277. doi: 10.1038/s41598-018-32585-x Ling Z., Jin C., Xie T. et al. Alterations in the Fecal Microbiota of Patients with HIV-1 Infection: An Observational Study in A Chinese Population. Sci Rep. 2016;6:30673. doi: 10.1111/jcmm.13508 Larsen J. M. The immune response to Prevotella bacteria in chronic inflammatory disease. Immunology. 2017 Aug;151(4):363-374. doi: 10.1111/imm.12760. Epub 2017 Jun 20
Jiang F., Meng D., Weng M. et al. The symbiotic bacterial surface factor polysaccharide A on Bacteroides fragilis inhibits IL-1ß-induced inflammation in human fetal en-terocytes via toll receptors 2 and 4. PLoS One. 2017 Mar 9;12(3): e0172738. doi: 10.1371/journal.pone.0172738 Noguera-Julian M., Rocafort M., Guillén Y. et al. Gut Microbiota Linked to Sexual Preference and HIV Infection. EBioMedicine. 2016 Jan 28;5:135-146. doi: 10.1016/j.ebi-om.2016.01.032
35. Pinto-Cardoso S., Lozupone C., Briceno O. et al. Fecal Bacterial Communities in treated HIV infected individuals on two antiretroviral regimens. Sci Rep. 2017 Mar 6;7: 43741. doi: 10.1038/srep43741
31.
32.
33.
36. Nowak R. G., Bentzen S. M., Ravel J. et al. TRUSTRV368 Study Group. Rectal microbiota among HIV-uninfected, untreated HIV, and treated HIV-infected in Nigeria. AIDS. 2017 Mar 27;31(6):857-862. doi: 10.1097/ QAD.0000000000001409
37. Winter S. E., Winter M. G., Xavier M. N. et al. Host-derived nitrate boosts growth of E. coli in the inflamed gut. Science. 2013 Feb 8;339(6120):708-711. doi: 10.1126/ science.1232467
38. Winter S. E., Thiennimitr P., Winter M. G. et al. Gut inflammation provides a respiratory electron acceptor for Salmonella. Nature. 2010 Sep 23;467(7314):426-429. doi: 10.1038/nature09415
39. Deleage C., Schuetz A., Alvord W. G. et al. Impact of early cART in the gut during acute HIV infection. JCI Insight. 2016 Jul 7;1(10): e87065. doi: 10.1172/jci.insight.87065
40. Mahjoub-Messai F., Bidet P., Caro V. et al. Escherichia coli isolates causing bacteremia via gut translocation and urinary tract infection in young infants exhibit different virulence genotypes. J Infect Dis. 2011 Jun 15;203(12):1844-1849. doi: 10.1093/infdis/jir189
41. Bender J. M., Li F., Martelly S. et al. Maternal HIV infection influences the microbiome of HIV-uninfected infants. Sci Transi Med. 2016 Jul 27;8(349):349ra100. doi: 10.1126/ scitranslmed.aaf5103
42. Vesterbacka J., Rivera J., Noyan K. et al. Richer gut microbiota with distinct metabolic profile in HIV infected Elite Controllers. Sci Rep. 2017 Jul 24;7(1):6269. doi: 10.1038/ s41598-017-06675-1
43. Hoenigl M., Pérez-Santiago J., Nakazawa M. et al. (1^3)-ß-d-Glucan: A Biomarker for Microbial Translocation in Individuals with Acute or Early HIV Infection? Front Immunol. 2016 Oct 3;7:404. doi: 10.3389/ fimmu.2016.00404
44. Serrano-Villar S., Rojo D., Martínez-Martínez M. et al. Gut Bacteria Metabolism Impacts Immune Recovery in HIV-infected Individuals. EBioMedicine. 2016 Jun;8:203-216. doi: 10.1016/j.ebiom.2016.04.033
45. Rivière A., Selak M., Lantin D. et al. Bifidobacteria and Butyrate-Producing Colon Bacteria: Importance and Strategies for Their Stimulation in the Human Gut. Front Microbiol. 2016 Jun 28;7:979. doi: 10.3389/ fmicb.2016.00979
46. Imai K., Yamada K., Tamura M. et al. Reactivation of latent HIV-1 by a wide variety of butyric acid-producing bacteria. Cell Mol Life Sci. 2012 Aug;69(15):2583-2592. doi: 10.1007/ s00018-012-0936-2
47. Bolduc J. F., Hany L., Barat C. et al. Epigenetic Metabolite Acetate Inhibits Class I/II Histone Deacetylases, Promotes Histone Acetylation, and Increases HIV-1 Integration in CD4+ T Cells. J Virol. 2017 Jul 27;91(16): e01943-16. doi: 10.1128/JVI.01943-16
48. Rasmussen T. A., Lewin S. R. Shocking HIV out of hiding: where are we with clinical trials of latency reversing agents? Curr Opin HIV AIDS. 2016 Jul;11(4):394-401. doi: 10.1097/COH.0000000000000279
49. Lee C. H., Steiner T., Petrof E. O. et al. Frozen vs Fresh Fecal Microbiota Transplantation and Clinical Resolution of Diarrhea in Patients With Recurrent Clostridium difficile Infection: A Randomized Clinical Trial. JAMA. 2016 Jan 12;315(2):142-149. doi: 10.1001/jama.2015.18098
50. Vujkovic-Cvijin I., Rutishauser R. L., Pao M. et al. Limited engraftment of donor microbiome via one-time fecal microbial transplantation in treated HIV-infected individuals. Gut Microbes. 2017 Sep 3;8(5):440-450. doi: 10.1080/19490976.2017.1334034
51. Hensley-McBain T., Zevin A. S., Manuzak J. et al. Effects of Fecal Microbial Transplantation on Microbiome and Immunity in Simian Immunodeficiency Virus-Infected Macaques. J Virol. 2016 Apr 29;90(10):4981-4989. doi: 10.1128/JVI.00099-16
