CC BY-ND
12
42
ЗНиСО декабрь №12 (321)
© Сапега, Е.Ю. Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Лапа С.Э., Пережогин А.Н., Щучинов Л.В., Ханхареев С.С., Горяев Д.В., Салчак Л.К., Романова Т.Г., 2019
УДК 001.891:[616.98:578.835.1Enterovirus-036.22(571.1/.5)»2017/2018»
Современные молекулярно-генетические технологии в изучении интенсивности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в ряде субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации
Е.Ю. Сапега1, Л.В. Бутакова1,9, О.Е. Троценко1, С.Э. Лапа2, А.Н. Пережогин3, Л.В. Щучинов4, С.С. Ханхареев5, Д.В. Горяев6, Л.К. Салчак7, Т.Г. Романова8
'ФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора, ул. Шевченко, д. 2, г. Хабаровск, 680610, Российская Федерация ^Управление Роспотребнадзора по Забайкальскому краю, ул. Амурская, д. 109, г. Чита, 672000, Российская Федерация ^Управление Роспотребнадзора по Иркутской области, ул. Карла Маркса, д. 8, г. Иркутск, 664003, Российская Федерация 4Управление Роспотребнадзора по Республике Алтай, пр-т Коммунистический, д.173, г. Горно-Алтайск, 649002, Российская Федерация ^Управление Роспотребнадзора по Республике Бурятия, ул. Ключевская, д. 45 б, г. Улан-Удэ, 670013, Российская Федерация
6Управление Роспотребнадзора по Красноярскому краю, ул. Каратанова, д. 21, г. Красноярск, 660049, Российская Федерация 7Управление Роспотребнадзора по Республике Тыва, ул. Калинина, д. 116, г. Кызыл, 667010, Российская Федерация 8Управление Роспотребнадзора по Республике Хакасия, ул. Маршала Жукова, д. 5 А-1, г. Абакан, 655017, Российская Федерация 9ФГБОУ ВО «Дальневосточный государственный медицинский университет» Минздрава России, ул. Муравьева-Амурского, д. 35, г. Хабаровск, 680610, Российская Федерация
Резюме: Введение. Энтеровирусная инфекция (ЭВИ) широко распространена в мире, имеет разнообразные эпидемиологические и клинические проявления. Однако к настоящему времени информации о закономерностях эпидемического процесса этой инфекции на территории ряда субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации (СФО) накоплено недостаточно. Цель исследования. Были изучены особенности эпидемического процесса ЭВИ в охваченных наблюдением субъектах СФО, в том числе с использованием высокотехнологичных молекулярно-генетических методов исследования. Материалы и методы. Проведен анализ многолетней динамики заболеваемости ЭВИ в анализируемых субъектах СФО. Методом секвенирования определены 237 типов энтеровирусов, циркулировавших в 2017-2018 гг. в изучаемых регионах, проведен филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей возбудителей. Результаты. Эпидемиологическая ситуация в отношении энтеровирусной инфекции в большинстве анализируемых субъектов СФО за последние два года характеризовалась неблагополучием. Значительный подъем заболеваемости наблюдался в Иркутской области, Забайкальском крае и республике Алтай. В регионах Сибири установлены основные проявления эпидемического процесса ЭВИ, к которым относятся: многолетнее превышение среднероссийского уровня заболеваемости с тенденцией роста ежегодных показателей; преобладание герпангины, экзантемы и энтеровирусного менингита в клинической картине заболевания; доминирование среди заболевших лиц детей в возрасте 3-6 лет; превалирование вирусов Коксаки А-6 и Коксаки А-9 в пейзаже циркулирующих на территории ряда субъектов СФО энтеровирусов; регистрация групповых и завозных случаев заболеваний. Обсуждение. Результаты исследования продемонстрировали важность такого компонента эпидемиологического надзора за ЭВИ, как моле-кулярно-генетический мониторинг циркулирующих энтеровирусов, проводимый на современном методическом уровне и позволяющий выявлять возможные эпидемиологические связи случаев заболеваний. Ключевые слова: энтеровирусная инфекция, энтеровирусы, заболеваемость, очаги групповой заболеваемости, молекулярно-генетический анализ, нуклеотидные последовательности, генотип. Для цитирования: Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Лапа С.Э., Пережогин А.Н., Щучинов Л.В., Ханхареев С.С., Горяев Д.В., Салчак Л.К., Романова Т.Г. Современные молекулярно-генетические технологии в изучении интенсивности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в ряде субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации // Здоровье населения и среда обитания. 2019. № 12 (321). С. 42-50. DOI: http://doi.org/10.35627/2219-5238/2019-321-12-42-50
State-of-the-art molecular genetic techniques in surveillance over intensity of enterovirus infection epidemic process in some constituent entities of the Siberian Federal District
of the Russian Federation
E.Yu. Sapega1, L.V. Butakova1,9, O.E. Trotsenko1, S.E. Lapa2, A.N. Perezhogin3, L.V. Shchuchinov4, S.S. Khankhareev5, D.V. Goryaev6, L.K. Salchak7, T.G. Romanova8
Khabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology, 2 Shevchenko Street, Khabarovsk, 680610, Russian Federation 2Zabaikalsy Krai Rospotrebnadzor Régional Office, 109 Amurskaya Street, Chita, 672000, Russian Federation 3Irkutsk Regional Rospotrebnadzor Office, 8 Karl Marx Street, Irkutsk, 664003, Russian Federation 4Altai Republican Rospotrebnadzor Office, 173 Kommunisticheskiy Ave., Gorno-Altaysk, 649002, Russian Federation 5Republic of Buryatia Rospotrebnadzor Regional Office, 45 Kluchevskaya Street, Ulan-Ude, 670013, Russian Federation
декабрь №12 (321) знсо
43
6Krasnoyarsk Regional Rospotrebnadzor Office, 21 Karatanov Street, Krasnoyarsk, 660049, Russian Federation 7Tyva Republican Rospotrebnadzor Office, 116 Kalinin Street, Kyzyl, 667010, Russian Federation 8Khakassia Republican Rospotrebnadzor Office, 5, A-1, Zhukov Street, Abakan, 655017, Russian Federation 'Department of Microbiology, Virology and Immunology, Far Eastern State Medical University, 35 Muravyev-Amursky Street, Khabarovsk, 680610, Russian Federation
Abstract: Background. Enterovirus infection is widely spread around the world. It has different epidemiologic and clinical manifestations. However, to date, the amount of accumulated information on the epidemic process of enterovirus infection in different constituent entities of the Siberian Federal district of the Russian Federation is insufficient. Objectives. Our objectives were to investigate characteristics of the enterovirus infection epidemic process in Siberian constituent entities subjected to surveillance using the innovative molecular genetic analysis. Materials and methods. The analysis of long-term enterovirus infection incidence in the investigated constituent entities of Siberia was performed. The total number of 237 enterovirus strains circulating during 2017-2018 epidemic seasons in the analyzed regions were isolated using sequencing technique. A phylogenetic analysis of the obtained nucleotide sequences was performed. Results. The epidemiologic situation related to enterovirus infection was unfavorable in the majority of the Siberian constituent entities in the past two years. A significant increase in incidence rates was registered in the Irkutsk Region, Zabaykalsky Krai and Altai Republic. We distinguished major manifestations of the enterovirus infection epidemic process including a years-long excess of the national average and a rising trend in the annual incidence rate, prevalence of herpangina, exanthema and enterovirus meningitis in the clinical course of the disease among children aged 3-6. Prevalence of Coxsackievirus A-6 and Coxsackievirus A-9 in the landscape of circulation was revealed in a number of Siberian regions. Group incidence and imported cases were also registered. Discussion. Our results demonstrated the importance of molecular genetic monitoring of circulating enteroviruses as part of the epidemiologic surveillance. This state-of-the-art approach can reveal potential epidemiologic links between cases of the disease.
Key words: enterovirus infection, enteroviruses, incidence, foci of group incidence, molecular genetic analysis, nucleotide sequence, genotype.
For citation: Sapega EYu, Butakova LV, Trotsenko OE, Lapa SE, Perezhogin AN, Shchuchinov LV, Khankhareev SS, Goryaev DV, Salchak LK, Romanova TG. State-of-the-art molecular genetic techniques in surveillance over intensity of enterovirus infection epidemic process in some constituent entities of the Siberian Federal District of the Russian Federation. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2019; 12(321): 42-50. (In Russian) DOI: http://doi.org/10.35627/2219-5238/2019-321-12-42-50
Information about the authors: Sapega E.Yu., https://orcid.org/0000-0003-4438-6913; Butakova L.V., https:// orcid.org/0000-0002-7238-3691; Trotsenko O.E., https://orcid.org/0000-0003-3050-4472; Lapa S.E., https://orcid. org/0000-0002-6895-1000; Perezhogin A.N., https://orcid.org/0000-0003-3537-7564; Shchuchinov L.V., https:// orcid.org/0000-0003-4691-752X; Khankhareev S.S., https://orcid.org/0000-0002-4884-7919; Salchak L.K., https:// orcid.org/0000-0001-6108-7638.
Энтеровирусная инфекция (ЭВИ) широко распространена в мире и имеет разнообразные клинические проявления: от кратковременной лихорадки до тяжелых неврологических поражений [1, 5]. При этом четкой корреляции между клинической формой и типом энтеровируса до сих пор не установлено [13], что затрудняет постановку этиологического диагноза на основе только клинических проявлений заболевания и требует повышения качества эпидемиологической диагностики, основанной на лабораторном подтверждении случаев ЭВИ.
Следует отметить, что официальная регистрация всех форм ЭВИ введена в Российской Федерации (РФ) в 2006 г., однако в некоторых субъектах РФ, например, в Хабаровском и Красноярском краях, отдельные клинические формы ЭВИ фиксировались и ранее [2, 8]. В целом ежегодный мониторинг за заболеваемостью ЭВИ позволяет выявлять «неблагополучные» территории, на которых регулярно формируются очаги групповой заболеваемости, отмечаются случаи этой инфекции не только в характерный для ЭВИ летне-осенний сезон, но и вне сезона, а также у лиц, прибывших из зарубежных поездок.
К настоящему времени в РФ накоплено достаточно сведений об основных закономерностях проявлений эпидемического процесса ЭВИ, которые были получены с помощью эпидемиологических, вирусологических, иммунологических и молекуляр-но-генетических методов исследований [3, 4, 10]. Вместе с тем исследования в данной области в ряде регионов РФ, в том числе в субъектах Сибирского федерального округа (СФО), носят лишь разрозненный характер [6, 7, 9].
В целях совершенствования эпидемиологического надзора за энтеровирусными (не-полио) инфекциями и повышения качества ее диагностики в декабре 2016 г. приказом Роспотребнадзора за Дальневосточным региональным научно-методическим центром по изучению ЭВИ (Центр), функционирующим на базе ФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора, были закреплены семь субъектов СФО РФ (республики Алтай, Тыва, Хакасия и Бурятия, Красноярский и Забайкальский края, Иркутская область).
Произошедшие в последние годы изменения в качестве этиологической диагностики ЭВИ и активное внедрение высокотехнологичных мо-лекулярно-генетических методов исследования диктуют более детальное изучение современной эпидемиологической ситуации по ЭВИ, в частности, в указанных выше субъектах СФО РФ, что и определило направление нашей работы.
Цель исследования — изучить особенности эпидемического процесса ЭВИ в анализируемых субъектах СФО, в том числе с использованием молекулярно-генетических методов исследования неполиомиелитных энтеровирусов, выделенных у заболевших этой инфекцией.
Материалы и методы. Двухлетним наблюдением (2017—2018 гг.) охвачены вышеперечисленные семь субъектов СФО, прикрепленные в качестве зон курации к Дальневосточному региональному научно-методическому центру по изучению ЭВИ. Мониторинг текущей заболеваемости ЭВИ осуществлялся путем сбора и обработки еженедельной информации о числе заболеваний в периоды сезонного подъема заболеваемости. Анализ многолетней динамики инцидентности ЭВИ проведен за весь период
44
ЗНиСО декабрь №12 (321)
официальной регистрации этой инфекции (с 2006 по 2018 г.) в каждом субъекте на основе официальных статистических данных форм отчетности № 1 и № 2 «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях». При этом ежегодный средний показатель рассчитан только для семи регионов СФО, охваченных этим наблюдением. Для оценки интенсивности эпидемического процесса использованы показатели темпов роста/снижения заболеваемости ЭВИ по сравнению со среднемноголетними уровнями и с показателями предшествующего года, отмечено наличие либо отсутствие групповой заболеваемости и случаев импортации ЭВИ из зарубежных стран.
С целью определения генотипа и последующего филогенетического анализа инден-тифицированных энтеровирусов материал поступал из центров гигиены и эпидемиологии субъектов СФО в лабораторию ФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора. В период с 2017 по 2018 г. исследованы 552 пробы материала от больных ЭВИ, контактных лиц, из объектов окружающей среды.
РНК энтеровирусов выявляли методом ОТ-ПЦР с использованием тест-системы «АмплиСенс® Enterovirus-FL» (ЦНИИЭ, Москва). Для амплификации участка VP1 генома энтеровирусов применяли двухраундовое термоциклирование со следующими парами прай-меров: 222 (5'-CICCIGGIGGIAYRWACAT-3') и 224 (5'-GCIATGYTIGGIACICAYRT-3') для первого раунда, AN88 (5'-TACTGGACCAC CTGGNGGNAYRWACAT-3') и AN89 (5'-CCAGCACTGACAGCAGYNGARAYNGG-3') -для второго раунда [19].
Полученные продукты ПЦР определяли методом электрофореза в 2%-м агарозном геле. Нуклеотидные последовательности были получены с помощью автоматического генетического анализатора Applied Biosystems 3500 с использованием набора реагентов BigDye Terminator v.3.1 Cycle Sequencing Kit и прай-меров AN 232 (5'-CCAGCACTGACAGCA-3') и AN 233 (5'-TACTGGACCACCTGG-3').
Реконструкцию филогенетических взаимоотношений осуществляли с использованием методов байесовского моделирования, позволяющих проводить датирование эволю-
ционных событий с достоверностью 95 % [12]. Статистическую обработку данных выполняли при помощи программного обеспечения BEAST v.1.8.4, где автоматически рассчитывается байесовский доверительный интервал (БДИ) [20]. Использованы модель SRD06, Сonstant size model и uncorrelated relaxed clock. Запуск был сделан для 25 млн генераций. В Tracer v1.6 было оценено качество постановки (ESS > 200). Все запуски выполнены в двух повторах. Деревья аннотированы в TreeAnnotator v.1.8.4, первые 10 % были отброшены при построении Maximum Clade Credibility (MCC) деревьев. Для визуализации использовалась FigTree v1.4.3.
Полученные результаты молекулярно-ге-нетических исследований использованы для выявления генетического многообразия энтеровирусов, циркулирующих в изучаемых регионах СФО РФ, и более точного установления эпидемиологической связи регистрируемых случаев заболеваний ЭВИ.
Результаты исследования. При изучении динамики ежегодных показателей заболеваемости ЭВИ, средних для анализируемых регионов СФО, установлено, что в период с 2006 по 2018 г. они варьировали от 5,4 до 23,2 случаев на 100 000 населения в 2013 и 2016 гг. соответственно (рис. 1). Несмотря на волнообразное течение эпидемического процесса ЭВИ, в целом в семи регионах СФО выраженной периодичности подъемов заболеваемости не установлено. Однако в многолетней динамике средних для субъектов СФО показателей заболеваемости ЭВИ отмечена восходящая тенденция с выраженным темпом роста на ряде территорий СФО (в республиках Хакасия и Бурятия +17,9 и +12,1 % соответственно, в Иркутской области +10,5 %, в Забайкальском крае +8,1 %). Следует отметить, что в трех других регионах СФО наблюдалась аналогичная, но менее выраженная направленность эпидемического процесса ЭВИ.
Самое большое количество больных ЭВИ в СФО было отмечено в 2016 г., когда уровень заболеваемости достиг 23,2 случая на 100 000 населения и превысил среднефедеративный в 2,4 раза. Весь период наблюдения, за исключением 2013 г., средний по всем семи субъектам СФО уровень заболеваемости ЭВИ превышал общероссийский показатель.
30
-РФ/ RF
25 20 15 10
• СФО / SFD
y = 0,8033x + 4,6615 R2 = 0,3272
2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018
Год/ Year
Рис. 1. Динамика заболеваемости ЭВИ в СФО в период с 2006 по 2018 г. (указаны средние по анализируемым
регионам СФО показатели в сравнении с показателями, средними по РФ) Fig. 1. Incidence rates of enterovirus infection (EVI) in the Siberian Federal District (SFD) in 2006-2018 (the average rates for the Siberian Federal District compared to the average rates for the Russian Federation are provided)
5
0
декабрь №12 (321) знсо
4Е
Более того, в 2018 г. в четырех из семи ■—■ курируемых Центром субъектов СФО (в республиках Тыва и Алтай, Забайкальском крае и Иркутской области) выявлено превышение ^ среднемноголетних показателей в 1,5 раза и ^^ более, что может свидетельствовать о нестабильной эпидемиологической обстановке по ЭВИ в указанных регионах (табл. 2).
Известно, что интенсивность проявлений эпидемического процесса определяется и степенью тяжести течения заболевания. Одной из наиболее тяжелых клинических форм ЭВИ является энтеровирусный менингит (ЭВМ). В четырех из семи охваченных наблюдением субъектов СФО (в Иркутской области, Забайкальском и Красноярском краях и Республике Бурятия) ЭВМ выявлялся ежегодно на протяжении с 2006 по 2018 г. Эпизодическая регистрация серозного менингита энтеровирусной этиологии отмечена в Республике Хакасия (в 2009, 2011, 2013, 2015—2017 гг.), а в республиках Тыва и Алтай ежегодное выявление ЭВМ зафиксировано в 2015 и 2016 гг. соответственно. Следовательно, с 2016 по 2018 г. заболеваемость ЭВМ диагностировалась среди населения всех семи субъектов СФО.
Динамика заболеваемости ЭВМ среди населения регионов СФО за последние годы наблюдения была разнонаправленной. Так, на фоне общей тенденции снижения суммарного по СФО числа больных ЭВМ в Республике Алтай в 2017 г. зарегистрирован рост заболеваемости ЭВМ (практически в 3,5 раза) по сравнению с 2016 г., а в Красноярском крае два года подряд (в 2017—2018 гг.) показатель заболеваемости ЭВМ в 2,3—1,6 раза превышал средний по РФ уровень.
Кроме того, при анализе распространенности всех зарегистрированных в СФО клинических
форм ЭВИ установлено, что ЭВМ преобладал только в Красноярском крае и его удельный вес составил 52,7 ± 4,5 % и 45,1 ± 3,4 % в 2017 и 2018 гг. соответственно. На других территориях СФО РФ спектр клинических проявлений был иным. Так, в 2018 г. среди манифестных форм ЭВИ в Иркутской области и Республике Бурятия превалировала герпангина, в республиках Хакасия и Алтай — экзантема, в Республике Тыва — кишечные проявления заболевания, в Забайкальском крае — смешанная форма (герпангина и экзантема).
Одной из важных эпидемиологических особенностей ЭВИ является преимущественное поражение детей дошкольного и школьного возрастов. В целом, в семи регионах СФО в возрастной структуре заболевших ЭВИ преобладали дети 3—6 лет, удельный вес которых составил 32,2 ± 1,2 % и 36,5 ± 1,6 % в 2017 и 2018 гг. соответственно.
Для ЭВИ, доминирующей по распространенности у детей, особенно в детских коллективах с обширной реализацией контактно-бытовой передачи возбудителя, естественным проявлением эпидемического процесса является групповая заболеваемость. При этом формирование очагов групповой заболеваемости ЭВИ также свидетельствует о неблагополучной эпидемиологической обстановке по этому заболеванию в субъекте. В 2017 и 2018 гг. на трех из семи территорий СФО (в Иркутской области, Забайкальском и Красноярском краях) было зафиксировано 6 вспышечных очагов ЭВИ по 4 и 2 очага в год с числом пострадавших 25 и 20 человек соответственно (табл. 3).
Особенностью этиологической структуры групповых случаев ЭВИ, зарегистрированных в последние два года, является большая доля энте-ровирусов Коксаки А-6 (4 из 6 вспышечных очагов
Таблица 1. Заболеваемость ЭВИ на территориях СФО в 2017 и 2018 гг. Table 1. The incidence of enterovirus infection in the regions of the Siberian Federal District in 2017—2018
Административная единица/SFD Regions Показатели заболеваемости ЭВИ/EVI incidence rates
2018 2017
Абс./Abs. на 100 000 нас./ per 100,000 Абс./Abs. на 100 000 нас./ per 100,000
Иркутская область/Irkutsk Region 404 16,8 550 22,8
Забайкальский край/Zabaykalsky Krai 267 24,7 182 16,8
Республика Бурятия/The Republic of Buryatia 130 13,2 288 29,3
Красноярский край/Krasnoyarsk Krai 213 7,8 417 14,6
Республика Алтай/Altai Republic 20 9,3 39 18,1
Республика Хакасия/Republic of Khakassia 43 8,0 32 6,0
Республика Тыва/Tyva Republic 62 19,6 70 22,2
Российская Федерация/Russian Federation 14 441 9,8 23 959 16,4
Административная единица/SFD Regions Показатели заболеваемости ЭВИ (на 100 000 нас^/EVI incidence rates (per 100,000)
среднемноголетние/long-term average фактические в 2018 г./observed in 2018
Иркутская область/Irkutsk Region 9,3 16,8
Забайкальский край/Zabaykalsky Krai 7,8 24,7
Республика Бурятия/Republic of Buryatia 12,6 13,2
Красноярский край/Krasnoyarsk Krai 12,3 7,8
Республика Алтай/Altai Republic 2,9 9,3
Республика Хакасия/Republic of Khakassia 6,4 8,0
Республика Тыва/Tyva Republic 13,3 19,6
Таблица 2. Уровни заболеваемости ЭВИ в 2018 г. в сравнении со среднемноголетними показателями
в субъектах СФО, курируемых Центром Table 2. EVI incidence rates in 2018 compared with the long-term average rates in SFD regions
46
декабрь №12 (321)
были обусловлены циркуляцией этого вируса). Причем в Иркутской области вспышки Коксаки А-6-вирусной инфекции регистрировались два года подряд, а в Красноярском и Забайкальском краях — только в 2017 и 2018 гг. соответственно. Очаги групповой заболеваемости, этиологически обусловленные энтеровирусами Коксаки А-6, явились отражением общей эпидемиологической ситуации, характеризующейся сезонным подъемом заболеваемости ЭВИ и эпидемической активностью данного серотипа среди населения указанных субъектов. Результаты исследований подтвердили факт активной циркуляции этого энтеровируса в субъектах Сибирского федерального округа и наличия не иммунной к нему прослойки детского населения.
Два других очага групповой заболеваемости, зафиксированные в детских учреждениях Красноярского края в 2017 г., были преимущественно связаны с энтеровирусами ЕСНО-18 и Коксаки А-9, которые в дальнейшем не получили широкого распространения среди населения Красноярского края. Однако были отмечены единичные находки этих серотипов энтеровирусов на территории других субъектов СФО. Так, энтеровирус Коксаки А-9 был определен у больных в республиках Алтай и Хакасия в 2017 г. и всего в одном случае — в Республике Алтай в 2018 г. Энтеровирус ЕСНО-18 в 2017 г. выявлялся в Иркутской области, республиках Бурятия и Хакасия, тогда как в 2018 г. его циркуляция на территориях СФО не зарегистрирована.
Из многообразия факторов, оказывающих влияние на эпидемический процесс ЭВИ, все большее значение приобретает миграция людей — как внутренняя (в пределах территории РФ), так и внешняя, способствующая завозу из других стран и дальнейшему распространению энтеровирусов (ЭВ) по территории России. В последние годы участились случаи
регистрации ЭВИ у людей, прибывших в РФ из зарубежных туристических поездок. Так, в ;—■ летние сезоны 2017—2018 гг. в лабораторию Центра поступали биологические пробы от больных и контактных с ними лиц из Иркутской ^ области, Красноярского края, прибывших из ^^ Турции, Вьетнама, Туниса и Армении (табл. 4). Клинические проявления у заболевших были разнообразными (экзантема, кишечная форма, герпангина), возникали либо перед окончанием отдыха, либо сразу по приезде в Россию, что укладывалось в 1 инкубационный период, свойственный ЭВИ, и указывало на высокую степень вероятности инфицирования в период пребывания на курортах.
При молекулярно-генетическом типировании 24 проб энтеровирусов, выделенных из биологического материала от больных, прибывших летом 2017 г. из Турции, Вьетнама и Туниса, в большинстве из них (в 83,3 %) идентифицированы вирусы Коксаки А-6. Остальные типы энтеровирусов (Коксаки А-2, Коксаки А-10, энтеровирус А71С1 и энтеровирус С104, впервые выявленный на территории России) определены в единичных случаях.
В 2018 г. продолжилась регистрация случаев ЭВИ у прибывших из-за рубежа; в лабораторию Центра поступили 14 проб от 12 больных, проживающих в Красноярском крае и прибывших из Вьетнама, Турции, Туниса и Армении. При молекулярно-генетическом исследовании получены нуклеотидные последовательности ЭВ, в 85,7 % случаев идентифицированные как вирусы Коксаки А-6, в 7,1 % — Коксаки А-2 и еще в 7,1 % — Коксаки А-16.
Следует отметить, что спектр циркулирующих ЭВ в конкретной местности оказывает определенное влияние на эпидемический процесс ЭВИ. В современных условиях существенное значение для эпидемиологии ЭВИ приобретают вопросы генетической пластичности геномов
Таблица 3. Очаги групповой заболеваемости ЭВИ в курируемых Центром субъектах СФО в 2017 и 2018 гг. Table 3. The foci of EVI group incidence in SFD regions in 2017—2018
Субъект/ SFD regions Детское образовательное учреждение/ Children's educational establishment Диагноз/ Clinical form of EVI Число пострадавших/ Number of cases Год наблюдения/ Year of observation Тип идентифицированных ЭВ (количество полученных штаммов)/Types of identified enteroviruses (the number of obtained strains):
Иркутская область/ Irkutsk Region СОЛ «Орленок»/ Children's summer camp ЭВИ (без уточ-нения)/EVI (unspecified clinical form) 4 2017 Коксаки А-6 /CVA-6 (6)
Красноярский край/ Krasnoyarsk Krai МБОУ «Березовский д/с № 2»/ Rural kindergarten ЭВИ, ЭВМ/ Meningitis 4 2017 ЕСНО-18 (3)
г. Красноярск, МАОУ «Сокол»/Urban children's summer camp ОРВИ/acute respiratory infection 6 2017 Коксаки А-9/ CVA-9 (5) Коксаки В-4/ CVB-4 (1)
г. Красноярск МКДОУ «Елочка»/Urban Kindergarten ЭВИ, экзантемная форма/HFMD 11 2017 Коксаки А-6 / CVA-6 (7); ЕСНО-3 (1)
Забайкальский край/ Zabaykalsky Krai д/с № 85/Kindergarten ЭВИ, герпангина, экзантемная форма/herpangina, HFMD 8 2018 Коксаки А6 / CVA-6 (3)
Иркутская область/ Irkutsk oblast ОГКУЗ «Иркутский областной специализированный дом ребенка № 1»/Orphanage ЭВИ, экзантемная форма/HFMD 12 2018 Коксаки А-6 / CVA-6 (12)
декабрь №12 (321) знсо
47
Таблица 4. Характеристика завозных в СФО случаев ЭВИ в 2017 и 2018 гг. Table 4. Characteristics of EVI imported cases in the SFD in 2017—2018
Год и территория СФО с регистрацией завозных случаев ЭВИ/ Year and region of the SFD with registration of EVI imported cases Страна пребывания на отдыхе/Country of vacation Диагноз /Clinical form of EVI Тип идентифицированных ЭВ (количество полученных штаммов)/Types of identified enteroviruses: (number of obtained strains)
2017 Красноярский край/ Krasnoyarsk Krai Турция/Turkey ЭВИ, острый гастроэнтерит/ acute gastroenteritis Коксаки А-2/CVA^ (1)
Турция/Turkey ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-6/CVA^ (10)
Турция/Turkey ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А10 /CVA-10 (1)
Вьетнам/Vietnam ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-6 /CVA-6(7)
Тунис/Tunisia ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Энтеровирус А71С1/ EV A71 C1 (1)
Тунис/Tunisia ЭВИ, экзантема / HFMD Коксаки А-6 /CVA-6(1)
Иркутская область/ Irkutsk Region Вьетнам/Vietnam ЭВИ, экзантема / HFMD Коксаки А-6/CVA^ (1); Энтеровирус d04/EV C104 (1)
Вьетнам/Vietnam ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-6/CVA^ (1)
2018 Красноярский край/ Krasnoyarsk Krai Армения/Armenia ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-2/CVA^ (1)
Турция/Turkey ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-16/CVA-16 (1)
Вьетнам/Vietnam ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified clinical form) Коксаки А-6 / CVA-6(8)
Тунис/Tunisia ЭВИ (без уточнения) / EVI (unspecified localization) Коксаки А-6/CVA^ (4)
ЭВ, проявляющейся в процессе естественной циркуляции возбудителей [16]. При этом даже незначительные генетические изменения ЭВ могут способствовать возникновению эпидемических вспышек. Учитывая неоднородность популяции энтеровирусов, идентифицированных в регионах СФО в очагах групповой заболеваемости, а также при регистрации случаев завоза возбудителей ЭВИ из других стран, нами проведен молекулярно-генетический мониторинг и спорадических случаев ЭВИ с последующим филогенетическим анализом возбудителей. Важно было установить эндемичную для каждого региона циркуляцию определенных серотипов ЭВ на протяжении последних двух лет наблюдения, а также выявить новые или атипичные штаммы, имеющие эпидемиологическое значение.
Всего в 2017—2018 гг. в материале, поступавшем из регионов СФО, молекуляр-но-генетическим методом типировано 237 нуклеотидных последовательностей неполио-миелитных энтеровирусов 25 типов. При этом в циркуляции преобладали энтеровирусы вида А (Коксаки А-2, 4, 5, 6, 10, 16, ЭВ 71) - 54,4 и 66,3 % в 2017 и 2018 гг. соответственно. На втором месте по частоте выявления находились энтеровирусы вида В (Коксаки А-9, Коксаки В-2, 3, 4, 5, ЕСНО-3, 6, 7, 9, 11, 12, 18, 19, 30, 33) - 44,1 и 29,7 % в 2017 и 2018 гг. соответственно; а энтеровирусы вида С (Коксаки А-1, 19, ЭВ 104) составили 1,5 % в 2017 г. и 3,9 % в 2018 г.
Важно отметить, что последние два года подряд в изучаемых регионах СФО явно лидировал энтеровирус Коксаки А-6, удельный вес которого в структуре протипированных методом секвенирования возбудителей составил 31,6 и 45,5 % в 2017 и 2018 гг. соответственно. Этот вирус получил широкое распростране-
ние практически на всех территориях СФО, охваченных наблюдением. Его доля в 2017 г. оказалась наиболее высокой в Красноярском крае и Иркутской области, в 2018 г. — в тех же субъектах, а также в Забайкальском крае. Кроме того, как было показано выше, энтеровирус Коксаки А-6 стал этиологической причиной групповой заболеваемости в указанных субъектах СФО (табл. 3), а также завозных из Турции, Вьетнама и Туниса случаев ЭВИ (табл. 4). Спорадическая заболеваемость Коксаки-А6-вирусной инфекции регистрировалась у больных, проживающих и в других субъектах СФО (в республиках Бурятия, Алтай, Хакасия, Тыва).
Проведенный нами филогенетический анализ показал принадлежность всех идентифицированных в СФО штаммов Коксаки А-6 к единому генотипу О, широко распространенному в мире [15, 17]. При этом на филограмме сибирские штаммы сформировали 3 группы, имеющие незначительные отличия (процент дивергенции признаков между ними составил от 8 до 15 %), что указывает все же на их близкое генетическое сходство, а следовательно, и на вероятность некоторой их эпидемиологической связи (рис. 2). Несмотря на это, каждая из трех генетических групп Коксаки А-6 представляла определенный научно-практический интерес.
В первую группу вошли штаммы Коксаки А-6, выделенные в 2017 г. в Республике Алтай и Красноярском крае, а также штаммы 2018 г., циркулировавшие в Иркутской области и Красноярском крае. В эту же группу вошли вирусы, выявленные от больных, прибывших в регионы Сибири из Турции в 2017 г., из Вьетнама в 2018 г., и выделенные из очага групповой заболеваемости, зарегистрированного в Иркутской области в 2018 г. В первой группе оказались также вирусы, циркулировавшие в
40
ЗНиСо декабрь №12 (321)
AY421764 Gdula 1949
Турции в 2017 г. Более того, проведенный нами филогенетический анализ указал на то, что возможными предшественниками для первой группы стали вирусы, циркулировавшие ранее (в 2013-2014 гг.) в западной части Российской Федерации и ряде стран Европы. Скорее всего, сибирские штаммы Коксаки А-6 из первой генетической группы имели «европейское» происхождение.
В отличие от первой группы, по данным филогенетического анализа, для штаммов Коксаки А-6 второй группы возможными предшественниками предположительно были определены штаммы, циркулировавшие в 2014 и 2015 гг. на территориях Китая, Вьетнама и Таиланда [18, 21]. Из числа сибирских штаммов во вторую группу вошли вирусы Коксаки А-6, выделенные в 2017 г. от больных ЭВИ Красноярского края и Иркутской области, прибывших из-за рубежа (Турция, Тунис и Вьетнам). Последние имели близкое сходство со штаммами, циркулировавшими в Турции в 2017 г., а также с вирусами, выделенными в 2018 г. в ряде субъектов Дальневосточного федерального округа (ДФО), что также свидетельствует о широком распространении Коксаки А-6 второй генетической группы.
Третью группу вирусов Коксаки А-6 сформировали штаммы, идентифицированные в 2017 г. в Иркутской области, Забайкальском крае и выявленные в 2016 г. в соседней с ним территории — Амурской области ДФО. Для третьей группы энтеровирусов Коксаки А-6 в качестве вероятных предшественников определены таиландские вирусы 2014 г. [21].
Таким образом, штаммы Коксаки А-6, вошедшие во вторую и третью группы, тоже имели широкое распространение, однако результаты филогенетического анализа указали на их наиболее вероятное «азиатское» происхождение. Вместе с тем сходство сибирских штаммов первой и второй генетических групп со штаммами Коксаки А-6, выделенными в Турции в 2017 г., допускает возможность завоза ЭВИ в СФО и из этой страны.
Энтеровирус Коксаки А-9 в 2017 г. по частоте выявляемости оказался на втором месте среди типированных методом секвенирования энтеровирусов в СФО. Его доля в этиологической структуре возбудителей ЭВИ составила 12,5 %. При этом штаммы Коксаки А-9 были идентифицированы у больных, проживающих в республиках Алтай и Хакасия, а также в пробах из очага групповой заболеваемости в Муниципальном оздоровительном учреждении «Сокол» (МАОУ «Сокол») Красноярского края. При филогенетическом анализе указанные сибирские штаммы Коксаки А-9 2017 г.
160 Kliabarovsk 2018 191_Krasiroyarsk/V_2018 143b Irkutsk/outbi 2018 149 Irkutsk/spoi 2018 282_Amur_l-eg_2018 MG640107 TUR 2017 467 Republik oi Altav 2017 MG640101_TUR_2017 4 71_Ki-asiioyarsk_2017 469_Republik_of_Altay_2017 Krasnoyarsk_2017 673_Krasnoyarsk_2017 393 Republik of Altay 2017 MG640096 TUR 2017 602_Krasnoyarsk_2017 L<] Krasnoyarsk_2017 kl POL. RUS 2014
KX212522 Deranaik_2014
KX212520_Spain_2013 212 Yakulya 2018 364_Pryinorsky_reg_2018 241_Kliabarovsk_2017 MG640102 TUR 2017 28 Irkutsk 2017
Ali ml regioii_2018 3_KrasnoYarsk 2017 KX06429 7CHN2015 KX064291 CHN 2014 VNM, THA 2014 AB649246 JPN 2011
17 Irkutsk 2017 102_Ainurskyi_regioii_2017 100_Amurskyi_region_2017 597_Irkutsk_outbreak_201ö
KX212501 Thailand_2014
KX212506 Thailand_2014
530_Irku<sk_2017 634_Traiwbaikal_region_2017 KX212509 Gerinany 2014 —ESP 2008
"" FIN 2008. FRA 2010
JPN 2005, ICE 2007. RUS 2009. FRA 2010 AB114112_JPN_1999 AB114116 JPN 1999
SWE 2005, LVA, FRA 2008
CHN 1992. 2003. 2010. JPN 1996
Рис. 2. Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа частичной
(321 н.о.) нуклеотидной последовательности области VP1 генома штаммов вируса Коксаки А-6, с использованием алгоритма Marcov chain Monte Carlo, представленного в версии Beast v 1.8.1 (Кружочками отмечены узлы апостериорной вероятности выше 0,95) Fig. 2. Phylogenetic tree, based on the analysis of partial VP1 Coxsackievirus A-6 sequences (321 b.p.), using the Marcov chain Monte Carlo algorithm presented in Beast version 1.8.1 (The circles mark the nodes of the posterior probability above 0.95)
разделились на две группы, процент дивергенции между которыми оказался достаточным (16—18 %) для выделения их уже в отдельные генетические линии, свидетельствующие об отсутствии эпидемиологической связи между ними (рис. 3). Первая генетическая линия Коксаки А-9 была представлена штаммами только от больных из очага групповой заболеваемости в Красноярском крае, для которых в качестве возможных ближайших предшественников установлены вирусы, циркулировавшие в Китае в 2012 и 2013 гг. [14].
Вторая генетическая линия включала вирусы Коксаки А-9, выделенные в республиках Алтай и Хакасия, а также в Красноярском крае при спорадической заболеваемости. В эту же линию вошли и дальневосточные штаммы, выявленные в Еврейской автономной области (ЕАО) в 2016 г. Вероятными предками для Коксаки А-9 второй генетической линии определены вирусы, идентифицированные в 2008—2009 гг. на территории ряда городов России, таких как Нижний Новгород, Саранск и др. [11].
Таким образом, результаты филогенетического анализа позволили нам предположить циркуляцию в ряде субъектов СФО в 2017 г. двух не связанных между собой геновариантов энтеровируса Коксаки А-9. Представители первого из них были предположительно завезены на территорию Красноярского края из Китая и привели к вспышечной (групповой) заболеваемости в результате отсутствия достаточной иммунной прослойки населения края к этому возбудителю. Регионами завоза в Красноярский
декабрь №12 (321) знсо
49
ре-
19 = 1-1976
1
г 211 ki :i4iu v ush region Ml"
_Г 212 Krasnoyarsk ITi(i]i 21) 1 ~
. L 2H'1 Krasnoyarsk region 21) 1 ~ KP209434 China 2013 KP290111 China 2013 KC867078 China 2012 JX4734d9_Cliijm_2011 KF2«748_C]iina_2010 L JQ837914_Camdi_2010 JN16901? China 2008
GBR 2010, К LIS 2010, 2013, THA 2012 JFi29322_M0niK0 2009 KFiiiilliil Thailand 2012
JN99i5M United Kingdom 198?
218 Krasnoyarsk region Norilsk 21) 1 ~
219 Krasnoyarsk region Norilsk 21) 1 ~ JAR2016
73J396 Russia 2013 4t>5 Altai Republic 2017 4ti4_Altai_Republic_2017 KJ735397 Russia 2013 * KJ735411_Russia_2013
147 kl.Kll'IHIlk ir^idll 21) 17 S58 The Republic of Khakassia 2017 KU133625_Russia_2013 HQ122428 Russia: Saransk 2009 - JX139794 Russia: NN 2008 GU232777_AustKilia_2006
K¥B6581f_Netherlaiub_201] JXf iSl If Bangladesh 2007 JXi3811« Bangladesh 2007
■if
I- JN996499 United Kingdom 1987
- JN996S01 United Kingdom 1979
- JN996S02 United Kingdom 1962
- GU232781_AustKilin_198?
D00d27_Griggs_19j;
Рис. 3. Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа частичной (340 н.о.) нуклеотидной последовательности области VP1 генома штаммов вируса Коксаки А-9, с использованием алгоритма Marcov chain Monte Carlo, представленного в версии Beast v 1.8.1 (Кружочками отмечены узлы апостериорной вероятности выше 0,95) Fig. 3. Phylogenetic tree, based on the analysis of partial VP1 Coxsackievirus A-9 sequences (340 b.p.) using the Marcov chain Monte Carlo algorithm presented in Beast v 1.8.1. (The circles mark the nodes of the posterior probability above 0.95)
край Коксаки А-9 второго геноварианта, скорее всего, стали другие субъекты России.
Заключение. Исходя из вышеизложенного, можно сделать вывод о том, что эпидемиологическая ситуация в большинстве субъектов СФО РФ, курируемых Дальневосточным региональным научно-методическим центром по изучению ЭВИ, в последние два года была неблагополучной. Значительный подъем заболеваемости наблюдался в Иркутской области, Забайкальском крае и Республике Алтай.
Основными проявлениями ЭВИ в регионах СФО, охваченных данным наблюдением, являются: превышение среднероссийского уровня заболеваемости с тенденцией роста ежегодных показателей, обусловленной большей настороженностью медицинского персонала к лицам с признаками заболевания, повышением качества лабораторного подтверждения случаев ЭВИ, а также с интенсификацией миграционных процессов; явное преобладание в клинической картине основных трех форм ЭВИ в виде герпангины, экзантем и энтеровирусного менингита; доминирование среди заболевших детей в возрасте 3—6 лет; преобладание вирусов Коксаки А-6 и Коксаки А-9 в пейзаже циркулирующих в СФО энтеровирусов; регистрация групповых и завозных случаев заболеваний. При этом местами риска формирования групповой заболеваемости ЭВИ являются детские учреждения дошкольного и школьного образования, а также оздоровительные летние лагеря, а странами эпидемиологически и эти-
ологически подтвержденного завоза случаев ЭВИ в СФО — Турция, Вьетнам, Тунис и Армения.
Результаты исследования продемонстрировали важность такого компонента эпидемиологического надзора за ЭВИ, как молекулярно-генетичес-кий мониторинг циркуляции энтеровирусов, проводимый на высокотехнологичном уровне и позволяющий осуществлять генотипирование, выявлять возможные эпидемиологические связи случаев заболеваний. Несмотря на то что из-за ограниченного срока наблюдений (2017—2018 гг.) в СФО не удалось установить четкую эндемичность циркуляции лидирующих в этиологии заболеваний вирусов Коксаки А-6 и Коксаки А-9, в результате проведенного филогенетического анализа была показана возможность множественного импортирования в Сибирский регион разных типов энтеровирусов, в том числе серотипов, никогда ранее не встречавшихся на территории России, например, энтеровируса С-104. Последний был завезен в Иркутскую область гражданином РФ из Вьетнама. Этот случай не получил дальнейшего распространения благодаря своевременной диагностике заболевания и изоляции больного.
Следовательно, изучение генетической изменчивости ЭВ имеет существенное эпидемиологическое значение. Появление не свойственных для изучаемой местности штаммов ЭВ позволяет предположить завозы возбудителей из других регионов и может являться своеобразным «индикатором» предстоящих изменений в интенсивности течения эпидемического процесса ЭВИ. В связи с этим вопросы обусловленности особенностей проявления эпидемического процесса от появления и широкого распространения эпидемически значимых штаммов ЭВ требуют дальнейшего изучения в СФО. Это позволит расширить имеющийся арсенал объективных показателей прогнозирования заболеваемости ЭВИ.
Список литературы (п. 12-21 см. References)
1. Канаева О.И. Энтеровирусная инфекция: многообразие возбудителей и клинических форм // Инфекция и иммунитет. 2014. Т. 4. № 1. С. 27-36.
2. Кожевникова Н.В., Резник В.И., Воронкова Г.М. и др. Проявления эпидемического процесса энтеровирусных инфекций в Дальневосточном федеральном округе // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2008. № 13 (13). С. 9-17.
3. Мартынова Г.П., Кутищева И.А., Бойцова Е.Б. и др. Энтеровирусная инфекция у детей: клинико-эпиде-миологические особенности на современном этапе. // Детские инфекции. 2016. Т. 15. № 3. С. 15-18.
[0
декабрь №12 (321)
4. Романенкова Н.И., Бичурина М.А., Голицына Л.Н. и др. Неполиомиелитные энтеровирусы, обусловившие подъем заболеваемости энтеровирусной инфекцией на ряде территорий России в 2016 г. // Журнал инфек-тологии. 2017. Т. 9. № 3. С. 98-108.
5. Романенкова Н.И., Канаева О.И., Бичурина М.А., Розаева Н.Р. Детекция неполиомиелитных энтеровирусов у детей с острыми вялыми параличами из организованных коллективов и семей мигрантов // Журнал инфектологии. 2014. Т. 9. № 3. С. 43-48.
6. Севостьянова А.В., Борисова Т.И., Гаврилова Т.А. и др. Этиологическая характеристика энтеровирусной инфекции в Иркутской области на основе молеку-лярно-генетического типирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018. Т. 36. № 2. С. 93-98.
7. Сергеева И.В. Особенности течения энтеровирусной инфекции в Красноярском крае в августе-сентябре 2016 года // Международный академический вестник. 2016. № 5 (17). С. 38-40.
8. Тевеленок О.Г., Королева Г.А., Далматов В.В., Опейки-на Н.Н. Эпидемиологические аспекты энтеровирусной инфекции в Красноярском крае // Здоровье населения и среда обитания. 1999. № 7. С. 21-25.
9. Тихонова Е.П., Андронова Н.В., Кузьмина Т.Ю. и др. Особенности клиники и эпидемиологии энтеровирусной инфекции в сезон 2016 г: в Красноярском крае // Успехи современной науки и образования. 2017. Т. 6. № 2. С. 107-111.
10. Хохлова З.А., Гилёва Р.А., Середа Т.В. и др. Клини-ко-эпидемиологические особенности энтеровирусного менингита в период сезонной вспышки 2015 года // Журнал инфектологии. 2016. Т. 8. № 3. С. 83-91.
11. Фомина С.Г., Голицына Л.Н., Новикова Н.А. и др. Молекулярно-генетическая характеристика энтеровирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Медицинский Альманах. 2009. № 2 (7). С. 121-123.
References
1. Kanaeva OI. Enterovirus infection: variety of etiological factors and clinical manifestations. Russian Journal of Infection and Immunity. 2014; 4(1):27-36 (in Russian).
2. Kozhevnikova NV, Reznik VI, Voronkova GM, et al. Enteroviral epidemic process manifestations in the Far Eastern federal district. The Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2008; 13(13):9-17 (in Russian).
3. Martynova GP, Kutishheva IA, Boykova EB, et al. Enterovirus infection in children: clinical and epidemiological features at the current stage. Detskie infeksii. 2016; 15(3):15-18. (in Russian).
4. Romanenkova NI, Bichurina MA, Golicyna LN, et al. Nonpolio enteroviruses which caused the rise of enterovirus infection on some territories of Russia in 2016. Journal Infectology. 2017; 9(3):98-108 (in Russian).
5. Romanenkova NI, Kanaeva OI, Bichurina MA, et al. Detection of Nonpolio enteroviruses among children with acute flaccid paralysis from institutions and from migrants' families. Journal Infectology. 2014; 9(3):43-48 (in Russian).
6. Sevostyanova AV, Borisova TI, Gavrilova TA, et al. Etiological characteristics of enterovirus infection in Irkutsk region based on molecular-genetic typing. Molecular genetics, microbiology and virology. 2018; 36(2):93-98 (in Russian).
7. Sergeeva IV. Course features enterovirus infection in Krasnoyarsk region in August and September 2016. International Academic Gazette. 2016; 17(5):38-40 (in Russian).
8. Tevelenok OG, Koroleva GA, Dalmatov VV, et al. Epidemiological aspects of enterovirus infection in Krasnoyarsk
region. Zdorov'e naseleniya i sreda obitaniya. 1999; 7:21-25 ^ (in Russian). —
9. Tihonova EP, Andronova NV, Kuzmina TJu, et al. Features CP of clinic and epidemiology enterovirus infection in the 2016 '—; season in Krasnoyarsk region. Success of modern science
and education. 2017; 6(2):107-111 (in Russian).
10. Hohlova ZA, Giljova RA, Sereda TV, etc. Clinical and epidemiological peculiarities of enterovirus meningitis in ^—1
the period of seasonal outbreak in 2015. Journal Infectology. i-
2016; 8(3):83-91 (in Russian).
11. Fomina SG, Golicyna LN, Novikova NA, etc. Molecule-genetic characteristics of human enteroviruses found at children with gastroenteritis in Nizhny Novgorod. Medical Almanac. 2009; 7(2):121-123 (in Russian).
12. Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, etc. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 2012; 29(8):1969-73. DOI: 10.1093/molbev/mss075
13. de Graaf H, Pelosi E, Cooper A, et al. Severe enterovirus infections in hospitalized children in the South of England: clinical phenotypes and causative genotypes. Pediatr Infect Dis J. 2016; 35(7):723-7. DOI: 10.1097/INF.0000000000001093
14. Guo WP, Lin XD, Chen YP, et al. Fourteen types of co-circulating recombinant enterovirus were associated with hand, foot, and mouth disease in children from Wenzhou, China. J Clin Virol. 2015; 70:29-38. DOI: 10.1016/j. jcv.2015.06.093
15. He Y-Q, Chen L, Xu W-B, et al. Emergence, circulation, and spatiotemporal phylogenetic analysis of Coxsackievirus A6- and Coxsackievirus A10-Associated hand, foot, and mouth disease infections from 2008 to 2012 in Shenzhen, China. J Clin Microbiol. 2013; 51(11):3560-6. DOI: 10.1128/ JCM.01231-13
16. Lukashev AN, Shumilina EY, Belalov IS, et al. Recombination strategies and evolutionary dynamics of the human enterovirus A global gene pool. J Gen Virol. 2014; 95(4):868-73. DOI: 10.1099/vir.0.060004-0
17. Mirand A, Henquell C, Archimbaud C, et al. Outbreak of hand, foot and mouth disease/herpangina associated with Coxsackievirus A6 and A10 infections in 2010, France: a large citywide, prospective observational study. Clin Microbiol Infect. 2012; 18(5):E110-8. DOI: 10.1111/j.1469-0691.2012.03789.x
18. Nguyen AT, Tran TT, Hoang VM, et al. Development and evaluation of a non-ribosomal random PCR and next-generation sequencing based assay for detection and sequencing of hand, foot and mouth disease pathogens. J Virol. 2016; 13:125. DOI: 10.1186/s12985-016-0580-9
19. Nix WA, Oberste MS, Pallansch MA. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44(8):2698-704.
20. Shapiro B, Rambaut A, Drummond AJ. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences. Mol Biol Evol. 2006; 23(1):7-9.
21. Puenpa J, Vongpunsawad S, ^terback R, et al. Molecular epidemiology and the evolution of human Сoxsackievirus A6. J Gen Virol. 2016; 97(12):3225-31. DOI: 10.1099/ jgv.0.000619
Контактная информация:
Сапега Елена Юрьевна, кандидат медицинских наук, руководитель Дальневосточного регионального научно-методического центра по изучению энтеровирусной инфекции ФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора e-mail: evi.khv@mail.ru
Corresponding author:
Elena Sapega, Candidate of Medical Sciences, Head of the Khabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology e-mail: evi.khv@mail.ru
CmamhM получена: 29.03.19 Принята в печать: 20.11.19
+ + +
