CC BY
14
Материалы II Национального конгресса бактериологов
Инфекция и иммунитет
СОВЕРШЕНСТВОВАНИЕ ВНУТРИВИДОВОЙ КЛАССИФИКАЦИИ YERSINIA PESTIS НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ
А.А. Кисличкина, Л.А. Кадникова, Н.В. Майская, М.Е. Платонов, С.А. Благодатских, Т.Н. Мухина, В.И. Соломенцев, А.Г. Богун, А.П. Анисимов
ФБУНГНЦприкладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора, п. Оболенск, Московская область
Несмотря на давнюю историю изучения Yersinia pestis, возбудителя особо опасной природно-очаго-вой болезни — чумы, до сих пор отсутствует его общепринятая внутривидовая классификация.
Цель работы — совершенствование внутривидовой таксономии Y. pestis на основе данных полногеномного секвенирования.
Полногеномные последовательности 60 штаммов Y. pestis из базы данных NCBI Genome анализировали с помощью программы Wombac 2.0 (http://www. bioinformatics.net.au/software.shtml), позволяющей находить коровые SNP.
Штаммы Y. pestis сформировали пять кластеров, содержащих по одному SNP-типу: 0.PE7, 0.PE2, 0.PE4, 0.PE3, 0.PE5. В первый кластер, ближе всего расположенный к Y. pseudotuberculosis IP32953 (рефе-ренс), вошли штаммы SNP-типа 0.PE7. Во второй кластер вошли штаммы, относящиеся к SNP-типу 0.PE2 (bv. caucasica). В этом кластере выделяются три ветви, соответствующие природным очагам 39, 04 и группе очагов 05—07. Третий кластер представлен всего одним штаммом — Angola (0.PE3). В четвертый кластер вошли штаммы, относящиеся к SNP-типу 0.PE4. Эти штаммы образуют три группы — A, B (bvv. altaica, hissarica, talassica) и C (bvv. xilingolensis, qinghaiensis). В пятый кластер вошли штаммы, относящиеся к SNP-типу 0.PE5 (bv. ulegeica). Еще один кластер сформирован SNP-типами 0.ANT1, 0.ANT2, 0.ANT3, 1.ANT1, 2.ANT1, 2.ANT2, 2.ANT3, 3.ANT1, 3.ANT2, 4.ANT1, 2.MED1, 1.IN2, 1.IN3, 1.ORI1 (bvv. antiqua, medievalis, orientalis). Эти штаммы высоковирулентны и высококонтагиозны для широкого круга млекопитающих. Штаммы остальных SNP-типов циркулируют в популяциях полевок разных видов, как правило, слабовирулентные для морских свинок и людей. Они могут являться причиной редких заболеваний людей, не сопровождающихся передачей инфекции от человека к человеку.
Расположение на дендрограмме филогенетических групп чумного микроба кластера, включающего эпидемиологически значимые штаммы Y. pestis с универсальной вирулентностью, напоминает таковое для всех штаммов возбудителя чумы на дендрограмме SNP-типов его прародителя — Y. pseudotuberculosis. Принципиальным отличием, послужившем основанием для выделения чумного микроба в отдельный вид, были эпидемиологические особенности и несхожесть клинических картин вызываемых ими заболеваний. Мы предлагаем на основании медицинской значимости различий и по аналогии с выделением возбудителя чумы в отдельный вид разделить вид Y. pestis на два подвида subsp. microti и subsp. pestis.
Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (грант 14-15-00599).
