CC BY
25
https://dol.org/10.35754/0234-5730-2021-66-2-206-217 ГЙ]
СЕКВЕНИРОВАНИЕ СЛЕДУЮЩЕГО ПОКОЛЕНИЯ В ЯЫ-ТИПИРОВАНИИ БОЛЬНЫХ С ПОКАЗАНИЯМИ К ТРАНСПЛАНТАЦИИ АЛЛОГЕННЫХ ГЕМОПОЭТИЧЕСКИХ СТВОЛОВЫХ КЛЕТОК И ИХ ДОНОРОВ
Хамаганова Е. Г., Абдрахимова А. Р., Леонов Е. А., Хижинский С. П., Гапонова Т. В., Савченко В. Г.
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 125167 Москва, Россия
BY 4.0
Введение. Выживаемость больных после трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК) от неродственного или гаплоидентичного родственного донора повышается, если при HLA-типировании донор и реципиент подобраны с разрешением, позволяющим выявлять различия в некодирующих регионах HLA-генов. Секвенирование следующего поколения (next-generation sequencing — NGS) — метод, позволяющий выявлять замены в некодирующих регионах HLA-генов. Цель — анализ результатов типирования генов HLA методом NGS.
Материалы и методы. Методом NGS с помощью наборов AllType (One Lambda, США) HLA-генотипированы 1056 образцов ДНК больных с показаниями к алло-ТГСК, их родственных доноров и доноров регистра. Параллельно одновременно HLA-типировали 96 образцов ДНК по 8 генам HLA (A/B/C/DRB1/DRB3/DRB4/DRB5/DQB1) с получением результатов в течение одной рабочей недели.
Результаты. Для HLA-генов класса I результаты получены на уровне 4-го поля (отдельного HLA-аллеля). Для HLA-генов класса II результаты получены с разрешением на уровне от 2-го до 4-го полей (от высокого до аллельного). Впервые для русской популяции (657 доноров регистра) получены результаты на уровне 4-го поля по HLA-генам класса I. Установлены наиболее высокочастотные HLA-аллели: для гена HLA-A это А*02:01:01:01 (26,9 %), для HLA-В - B*07:02:01:01 (12,5 %), для HLA-С - C*07:02:01:03 (12,6 %). Среди HLA-генов класса II наиболее частые варианты: DRB1*07:01:01 (14,1 %), DRB3*02:01:01 (18,0 %), DRB4*01:03:01 (18,9 %), DRB5*01:01:01 (13,5 %), DQB1 *03:01P (17,4 %).
Заключение. Использование NGS для HLA-типирования позволило получить результаты на уровне аллельного и высокого разрешения с минимальным количеством неоднозначностей при параллельном секвенировании большого числа образцов. Внедренный метод выявляет генетические полиморфизмы не только в экзонах генов HLA, но и в некодирующих областях и может использоваться для типирования больных с показаниями к алло-ТГСК, родственных доноров и неродственных доноров.
Ключевые слова: HLA-типирование, секвенирование следующего поколения, аллельное разрешение, алло-ТГСК Конфликт интересов: авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов. Финансирование: исследование не имело спонсорской поддержки.
Для цитирования: Хамаганова Е.Г., Абдрахимова А.Р., Леонов Е.А., Хижинский С.П., Гапонова Т.В., Савченко В.Г. Секвенирование следующего
поколения в HfA-типировании больных с показаниями к трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток и их доноров. Гематология и трансфузиология. 2021; 66(2): 206-217. https://dol.org/10.35754/0234-5730-2021-66-2-206-217
Introduction. The patient survival after allogeneic haematopoietic stem cell transplantation (allo-HSCT) from an unrelated or related haploidentical donor is improved in a donor-recipient match resolution at the level of non-coding region identity of HLA genes. Next-generation sequencing (NGS) allows detection of point substitutions in HLA non-coding regions. Aim — assessment of the NGS-based HLA-typing performance.
Materials and methods. An NGS-based HLA-typing of 1,056 DNA samples from allo-HSCT recipients, their related and registry donors was performed with AllTypekit chemistry (OneLambda, USA). A parallel HLA-typing assay of 96 samples by 8 genes (A/B/C/DRB1/DRB3/DRB4/DRB5/DQB1) was accomplished within one working week. Results. HLA class I genes were typed at a 4-field (allelic), and HLA class II genes — 2-4-field (high to allelic) resolution. An allelic-resolution typing of HLA class I genes in a Russian population (657 registry donors) was conducted for the first time. The most frequent HLA alleles have been identified: A*02:01:01:01 in HLA-A (26.9 %), B*07:02:01:01 in HLA-B (12.5 %) and C*07:02:01:03 in HLA-C (12.6 %). The most frequent HLA class II variants were DRB1*07:01:01 (14.1 %), DRB3*02:01:01 (18.0 %), DRB4*01:03:01 (18.9 %), DRB5*01:01:01 (13.5 %), DQB1*03:01P (17.4 %).
Conclusion. An NGS-geared HLA-typing has yielded low-ambiguity allelic and high-level resolution results in a parallel sequencing assay with a large number of samples. The method implemented detects genetic polymorphisms also in non-exonic non-coding regions of HLA genes and facilitates typing in candidate HSCT recipients, related and unrelated donors.
Keywords: HLA-typing, next generation sequencing, allelic resolution, allo-HSCT Conflict of interest: the authors declare no conflict of interest. Financial disclosure: the study had no sponsorship.
For citation: Khamaganova E.G., Abdrakhimova A.R., Leonov E.A., Khizhinskiy S.P., Gaponova T.V., Savchenko V.G. Next generation sequencing HLA-typing of recipients and donors of allogeneic haematopoietic stem cells. Russian Journal of Hematology and Transfusiology (Gematologiya i transfuziologiya). 2020; 66(2): 206-217 (in Russian). https://doi.org/10.35754/0234-5730-2021-66-2-206-217
■ NEXT GENERATION SEQUENCING HLA-TYPING OF RECIPIENTS AND DONORS OF ALLOGENEIC HAEMATOPOIETIC STEM CELLS
Khamaganova E. G., Abdrakhimova A. R., Leonov E. A., Khizhinskiy S. P., Gaponova T. V., Savchenko V. G.
National Research Center for Hematology, 125167, Moscow, Russian Federation
^m ABSTRACT
Введение
Я£Л-типирование при трансплантации аллоген-ных гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК) от неродственного или гаплоидентичного родственного донора проводят, как минимум, на уровне высокого разрешения, т. е. группы аллелей, кодирующих одинаковую аминокислотную последовательность пептид-связывающих доменов молекул НЬА [1—4]. Согласно номенклатуре ИЬА-генов, группу аллелей, кодирующих одинаковую аминокислотную последовательность всей молекулы НЬА, выявляет типирование на уровне 2-го поля, например, НЬА-А*01:01 [4, 5]. Типирование на уровне Р-группы Н£А-аллелей выявляет группу
аллелей, кодирующих одинаковую аминокислотную последовательность пептидсвязывающих доменов: это экзоны 2 и 3 для аллелей класса I и экзон 2 — для аллелей класса II, что соответствует НЬА-типированию с высоким разрешением по стандартам Европейской федерации иммуногенетики (ЕФИ) [4]. Р-группа имеет название по аллелю с наименьшим номером в группе и букву Р. НЬА-А*01:03Р включает аллели А*01:03:01 :01/01:03:01:02/01:03:02/01:315 — все они имеют одинаковую протеиновую последовательность пептидсвязыва-ющих доменов, это наименьший уровень разрешения, требуемый для алло-ТГСК от неродственного донора
[1—4]. HLA-типирование на уровне 3-го поля определяет группу аллелей, кодирующих одинаковую нук-леотидную последовательность всех экзонов гена HLA. HLA-A*02:01:02 отличается от А*02:01:01 синонимичной, не приводящей к замене синтезируемого белка, нук-леотидной заменой. Типирование на уровне G-группы HLA-аллелей подразумевает, что определена группа аллелей, кодирующих одинаковую нуклеотидную последовательность пептидсвязывающих доменов. G-группа имеет название по аллелю с наименьшим номером в группе, три поля и букву G. Например, HLA-A*01:03:01G включает аллели A*01:03:01:01/01:03:01 :02/01:03:02/01:287N/01:31 5. Поскольку G-группы включают нулевые аллели, клиническое использование типирования на уровне G-группы требует дополнительного исключения нулевых аллелей. Только HLA-типирование на уровне 4-го поля позволяет определить конкретный аллель HLA-гена с нуклеотидными заменами не только в кодирующих, но и некодирую-щих регионах гена HLA [5].
HLA-генотипирование доноров и реципиентов при алло-ТГСК от неродственного донора с разрешением, позволяющим выявлять генетические полиморфизмы вне экзонов, кодирующих пептидсвязывающие домены HLA-молекул, увеличивает выживаемость больных после алло-ТГСК [6, 7]. Полиморфизмы в не-кодирующих областях являются маркерами разных HLA-гаплотипов, а выживаемость после алло-ТГСК при совпадении больного и донора по обоим HLA-гаплотипам выше, чем выживаемость при алло-ТГСК от донора, совпадающего с больным только по вариантам HLA-генов [8—11].
Цель настоящего исследования — анализ результатов типирования генов HLA методом секвенирования следующего поколения (next-generation sequencing — NGS).
Материалы и методы
В исследование включены образцы крови больных с показаниями к алло-ТГСК (n = 58), их родственных доноров (n = 77), неродственных доноров с направлением на подтверждающее типирование перед алло-ТГСК (n = 14) и неродственных добровольных безвозмездных доноров гемопоэтических стволовых клеток (n = 905), всего — 1056 образцов, поступивших с 20.12.2019 г. по 20.03.2020 г. Кровь забирали в пробирки с ЭДТА.
ДНК выделяли с помощью наборов OIAamp DNA Blood Mini Kit (Oiagen, Германия) и автоматизированной системы выделения ДНК OIAcube (Oiagen, Германия) в соответствии с рекомендациями производителя. HLA-типирование проводили методом NGS. Одновременно генотипировали 96 образцов ДНК. Библиотеки готовили с помощью набора AllType NGS Amplification Kits (One Lambda, США) в соответствии с рекомендациями производителя. В первый день
постановки на этапе таргетного обогащения одновременно амплифицировали восемь HLA-генов каждого образца ДНК в одной пробирке. Гены класса I — HLA-A/B/C — амплифицировали полностью, гены класса II — HLA-DRB1/DRB3/4/5/DQB1 — от 2-го экзона до 3'UTR (untranslated region — нетранслируемая область). Покрытие генов представлено на рисунке 1.
По завершении амплификации проводили очистку ампликонов с использованием магнитных частиц Agencourt AMPure XP (Beckman Coulter, США) и магнитного штатива (Thermo Fisher Scientific, США). Во второй день постановки проходил этап приготовления библиотек, который включал измерение концентрации ампликонов на флуориметре Oubit 4 с помощью Oubit dsDNA HS Assay Kit (Thermo Fisher Scientific, США), выравнивание концентрации с помощью разведения, энзиматическую фрагментацию полученных ампликонов, лигирование фрагментов с адаптерами, индексирование (присоединение бар-кодов) и репарацию разрывов, селекцию фрагментов по размеру, вторичную амплификацию и последующую очистку. Готовые библиотеки пулировали для получения образца для секвенирования. На третий день постановки образец для секвенирования денатурировали NaOH, 570 мкл образца (20 пмоль) смешивали с 30 мкл (12,5 пмоль) контроля — PhiX Control v3 (Illumina, США). Далее с использованием набора реагентов для секвенирования MiSeq Reagent Kit v2 (300 циклов) (Illumina, Сингапур) проводили секвенирование на платформе MiSeq (Illumina, США). На четвертый день полученные в результате секвенирования последовательности анализировали при помощи компьютерной программы TypeStream Visual Software (TSV) (One Lambda, США), версия 1.3.0.27232, и базы данных IPD-IMGT/HLA 3.37 (июль 2019) [12]. На пятый день два сотрудника лаборатории тканевого типирования независимо проводили просмотр и подтверждение полученных результатов. Полученные результаты HLA-типирования доноров регистра заносили во всероссийскую базу доноров bmds.info [13], а результаты HLA-типирования больных, родственных доноров, как и результаты подтверждающих типирований больных и доноров перед алло-ТГСК, как и результаты подтверждающих типирований больных и доноров перед алло-ТГСК, выдавались в направившие их на HLA-типирование клинические подразделения НМИЦ гематологии. По стандартам ЕФИ [4] и больной и донор перед алло-ТГСК должны быть типированы дважды для исключения «человеческого фактора».
Статистический анализ. При статистической обработке результатов доноров определяли частоты аллелей HLA-генов, HLA-гаплотипов и соответствия наблюдаемого распределения равновесию Харди — Вайнберга с помощью компьютерной
Рисунок 1. Покрытие генов HLA при амплификации с использованием AllType NGS Amplification Kits [https:// www.onelambda.com/en/applications/NGS.html]
Figure 1. HLA gene amplicon coverage with AllType NGS Amplification Kit [https://www.onelambda.com/en/ applications/NGS.html]
программы Arlequin 3.5 методом максимального правдоподобия с использованием алгоритма максимизации ожидания результатов [14].
Результаты
В указанный промежуток времени проведено 12 постановок HLA-генотипирования методом NGS. При первых двух постановках секвенировали по 48 образцов ДНК, в остальные 10 — по 96 образцов ДНК. В каждую постановку включали всех больных (n = x), их родственных доноров (n = y) и повторные образцы больных и доноров с направлением на подтверждающее типирование перед алло-ТГСК (n = z), поступившие в лабораторию тканевого типирования после предыдущей постановки. Оставшуюся часть (при типировании 96 образцов эта часть была равна n = 96 — x — y — z) составляли доноры регистра.
Из 1056 образцов ДНК результаты не были получены у одной больной, находившейся в состоянии агра-нулоцитоза, и 3 доноров с низкой концентрацией ДНК (< 5 нг/мкл), полученной из образцов крови, подвергшихся длительному хранению (в течение нескольких месяцев при —20 °С) при рекомендованной производителем концентрации 25 нг/мкл. У оставшихся образцов результаты получены по всем считающимся значимыми для алло-ТГСК генам HLA-A/B/C/DRB1/DQB1.
Для HLA-генов класса I —A/B/C — результаты типирования были получены в подавляющем большинстве случаев на уровне 4-го поля (отдельного HLA-аллеля). Иногда результат на уровне 4-го поля был представлен двумя вариантами, например HLA-B*18:01:01:02/05. Это имело место в случаях, когда HLA-аллели отличались заменами в нетранслируемых областях (UTR) и не могли быть секвенированы, т. к. из-за строения праймеров не были амплифицированы на этапе тар-гетного обогащения. HLA-B*18:01:01:05 отличается от HLA-B*18:01:01:02 двумя заменами в 3'UTR. При отсутствии вариаций аллелей с заменами в некодируемых областях гена, как например, у аллеля HLA-A*01:01:33, результаты были получены на уровне 3-го поля. Также на уровне 3-го поля результаты типирования были получены при несовпадении (mismatch) выявленных аллелей по последовательностям интронов с представленными в базе данных IPD-IMGT/HLA аллелями, т. е. выявлялись потенциально новые, еще не представленные в базе данных, HLA-аллели. В этих случаях программа TSV указывала наиболее близкие к новому HLA-аллелю аллели из уже представленных в IPD-IMGT/HLA и то, чем они отличались от этого нового аллеля. В одном случае для гена HLA-В был выявлен неизвестный ранее аллель, отличавшийся от имеющегося в IPD-IMGT/HLA аллеля B*13:02:01:01 несинони-
Рисунок 2. Новый аллель гена HLA-B*13, выявленный у донора регистра Figure 2. Novel HLA-B*13 allele identified in a registry donor
мичной заменой в экзоне 1 (T29G), приведший к замене кодона CTC на CGC и, соответственно, к замене аминокислоты Leu на Arg (рис. 2). Этот потенциально новый аллель представлен в GenBank для регистрации (входящий номер MT 316106).
Доноры из Нижнего Новгорода, самоопределившиеся как русские, составляли наиболее многочисленную когорту из 905 неродственных добровольных безвозмездных доноров регистра, типированных методом NGS (n = 657). Частота аллелей HLA-генов класса I у доноров-нижегородцев представлена в таблице 1.
У доноров-нижегородцев в гене HLA-A выявлено 65 аллелей, относящихся к 15 группам аллелей. Наиболее высокочастотным HLA-аллелем являлся A*02:01:01:01 с частотой 27 %. Группа аллелей HLA-A*02 была наиболее распространенной (29,5 %) и наиболее полиморфной (13 выявленных аллелей — вариантов нуклеотидной последовательности). Вариантов группы А*02, имеющих замены в аминокислотной последовательности (т. е. клинически значимых), выявлено восемь: Х*02:01; A*02:02; A*02:05; A*02:06; A*02:07; A*02:17; A*02:30; A*02:704. Два аллеля - A*02:01:04 и A*02:01:09 отличались от A*02:01:01 синонимичными (не приводящими к замене аминокислоты) заменами в экзонах. Среди A*02:01:01 выявлено 4 аллеля с заменами в ин-тронах — A*02:01:01:01, A*02:01:01:05, A*02:01:01:08, и вариант, отличающийся от имеющихся на сегодняшний день в базе IPD-IMGT/HLA аллелей, не выявляемыми ранее заменами в интронах — A*02:01:01:XX. Три аллеля в группе A*02 относились к редким по данным каталога Common and Well-Documented (CWD) аллелей
[15] - А*02:01:09, А*02:17:02, А*02:704. Из групп ИЬА-А-аллелей три группы оказались не полиморфными и были представлены только в одном варианте, это
А*23:01:01:01, А*25:01:01:01 и А*69:01:01:01.
У гена ИЬА-В был выявлен 121 аллель, они относились к 29 группам. Наиболее часто встречаемым аллелем в локусе ИЬА-В являлся В*07:02:01:01, единственный среди В-аллелей, чья частота превышала 10 %. Наиболее полиморфными группами аллелей являлись В*35 и В*44 (в них выявлено по 12 аллелей). 33 ИЬА-В-аллеля имели несоответствия в интронах по сравнению с представленными в 1РО-1МОТ/НЬЛ аллелями и относились потенциально к новым аллелям. Наиболее часто замены в интронах определялись у ИЬА-В*18:01:01-В*18:01:01:ХХ (более 2,7 %). Один аллель гена ИЬА-В отличался несинонимичной заменой в экзоне 1 от представленного в базе 1РО-1ЖОТ/НЬЛ ИЬА-В* 13:02:01:01-ИЬА-В:13пе<м? (рис. 2).
Установлено 77 аллелей гена ИЬА-С, относящихся к 14 группам. Наиболее часто встречающимся ИЬА-С-аллелем у нижегородцев был 0*07:02:01:03, чья распространенность превышала 12 %. Наиболее полиморфными группами аллелей оказались ИЬА-С*07 и -С*15 — в каждую вошли 13 аллелей. С*07 также была наиболее часто встречающейся группой среди ИЬА-С-групп — 26,9 %. 16 аллелей этого локуса имели несоответствие в интронах по сравнению с представленными в 1РО-1ЖОТ/НЬЛ аллелями и относились к потенциально новым аллелям.
Уровень разрешения для результатов типирования генов ИЬА класса II (БЯВ1, БКВ3/4/5, Б0В1) в отличие
Таблица 1. Частота аллелей (в долях) HLA класса 1 у доноров-нижегородцев (2n = 1314) Table 1. The frequency (in shares) of HLA class I alleles in donors from Nizhniy Novgorod (2n = 1314)
HLA-аллели Частота HLA-аллели Частота HLA-аллели Частота
HLA-allele Frequency HLA-allele Frequency HLA-allele Frequency
A*01:01:01:01 0,102 B*18:01:01:01 0,0008 C*01:02:01:01 0,0388
A*01:01:01:03 0,0008 B*18:01:01:02/05 0,0441 C*01:02:01:03 0,0008
A*01:01:01:20 0,0076 B*18:01:01:06 0,0015 C*01:02:01:05 0,0008
A*01:01:01:XX# 0,0015 B*18:01:01:XX# 0,0274 C*02:02:02:01 0,0487
A*01:01:33 0,0008 B*18:03:01:XX# 0,0008 C*02:02:02:03 0,016
A*02:01:01:01 0,2694 B*27:02:01:01 0,0145 C*02:02:02:20 0,0015
A*02:01:01:05 0,0023 B*27:05:01XX# 0,0008 C*02:02:02:XX# 0,0008
A*02:01:01:08 0,0023 B*27:05:02:01 0,0091 C*02:151 0,0023
A*02:01:01:XX# 0,0046 B*27:05:02:05 0,0274 C*03:02:02:01 0,0008
A*02:01:04 0,0008 B*27:05:02:09 0,0029 C*03:02:02:05 0,0031
A*02:01:09 0,0008 B*27:05:02:10 0,0008 C*03:03:01:01 0,0411
A*02:02:01:01 0,0023 B*27:05:02:XX# 0,0038 C*03:03:01:XX# 0,0015
A*02:05:01:01 0,0046 B*27:05:03 0,0008 C*03:04:01:01 0,0464
A*02:06:01:01 0,003 B*27:14 0,0046 C*03:04:01:02/12 0,0145
A*02:07:01 0,0023 B*35:01:01:02 0,0038 C*03:04:01:XX# 0,0015
A*02:17:02 0,0008 B*35:01:01:05 0,0586 C*04:01:01:05 0,0031
A*02:30:01 0,0008 B*35:01:01:14 0,0008 C*04:01:01:06 0,0236
A*02:704 0,0008 B*35:01:01:XX# 0,0084 C*04:01:01:11/14 0,0982
A*03:01:01:01 0,1309 B*35:02:01:02 0,0099 C*04:01:01:XX# 0,0008
A*03:01:01:03 0,0023 B*35:02:01:XX# 0,0008 C*05:01:01:01 0,0015
A*03:01:01:05 0,003 B*35:03:01:01 0,0076 C*05:01:01:02 0,0274
A*03:01:01:08 0,0008 B*35:03:01:03 0,0129 C*05:01:01:XX# 0,0091
A*03:02:01 0,0008 B*35:03:01:XX# 0,003 C*06:02:01:01 0,0989
A*03:20 0,0008 B*35:08:01:01 0,0023 C*06:02:01:02 0,0076
A*03:56 0,0008 B*35:08:01:XX# 0,0008 C*06:02:01:03 0,0023
A*11:01:01:01 0,0639 B*37:01:01:01/04 0,0114 C*06:02:01:10 0,0008
A* 11:01:01:14 0,0008 B*37:01:01:XX# 0,0008 C*06:02:01:XX# 0,0129
A*11:01:01:XX# 0,0008 B*38:01:01:01 0,0335 C*07:01:01:01/16 0,0944
A*11:01:79 0,0023 B*38:01:01:01/02 0,0008 C*07:01:01:06 0,0046
A*23:01:01:01 0,0228 B*38:01:01:XX# 0,0008 C*07:01:01:09 0,0008
A*24:02:01:01 0,0913 B*39:01:01:03 0,0107 C*07:01:02 0,0023
A*24:02:01:04 0,003 B*39:01:01:05 0,0099 C*07:01:08 0,0008
A*24:02:01:05 0,0114 B*39:01:01:XX# 0,0008 C*07:02:01:01 0,0061
A*24:02:01:08 0,0015 B*39:06:02:01 0,0015 C*07:02:01:03 0,1256
A*24:02:01:XX# 0,0008 B*39:24:01 0,0008 C*07:02:01:15 0,0061
A*24:02:13 0,0008 B*40:01:02:01 0,0008 C*07:02:01:26 0,0008
A*24:03:01:01 0,0023 B*40:01:02:01/04 0,0426 C*07:02:01:XX# 0,0038
A*25:01:01:01 0,0533 B*40:01:02:10 0,0008 C*07:04:01:01/03 0,0221
A*26:01:01:01 0,0373 B*40:01:02:XX# 0,0015 C*07:06:01:01 0,0008
A*26:01:01:02 0,0008 B*40:02:01:01 0,0076 C*07:18:01:01 0,0008
A*26:01:01:XX# 0,0023 B*40:02:01:08 0,0091 C*08:01:01:01 0,0023
A* 26:01:40 0,0008 B*40:02:01:XX# 0,003 C*08:01:01:XX# 0,0015
A*26:08:01 0,0008 B*40:06:01:02 0,0008 C*08:02:01:01 0,0137
A*29:01:01:01 0,0061 B*41:01:01:01/02 0,0038 C*08:02:01:04 0,0015
A*29:02:01:01 0,0046 B*41:02:01:01 0,0221 C*08:02:01:02 0,0008
A*29:02:01:02 0,0023 B*41:02:01:02 0,0008 C*08:02:01:XX# 0,0069
A*30:01:01:01 0,019 B*41:02:01:XX# 0,0015 C*08:03:01:01 0,0038
A*30:02:01:01 0,0023 B*42:01:01:01 0,0008 C*08:03:01:XX# 0,0015
A*30:02:01:XX# 0,0008 B*42:05:01 0,0008 C*12:02:02:01 0,0129
A*30:04:01 0,0008 B*44:02:01:01 0,035 C*12:02:02:XX# 0,0076
A*31:01:02:01 0,0266 B*44:02:01:03 0,0053 C*12:03:01:01 0,0822
Продолжение табл. 1 Table 1 (continued)
HLA-аллели Частота HLA-аллели Частота HLA-аллели Частота
HLA-allele Frequency HLA-allele Frequency HLA-allele Frequency
A*31:01:02:04 0,0015 B*44:02:01:XX# 0,003 C*12:03:01:06 0,0008
A*32:01:01:01 0,0304 B*44:03:01:01 0,0053 C*12:03:01:XX# 0,0152
A*32:01:01:XX# 0,0008 B*44:03:01:10/15 0,0008 C*14:02:01:01/04 0,0076
A*33:01:01:01 0,0099 B*44:03:01:19 0,0015 C*15:02:01:01 0,0114
A*33:01:01:XX# 0,0023 B*44:03:01:XX# 0,0145 C*15:02:01:XX# 0,003
A*33:03:01:01 0,0084 B*44:03:02 0,0008 C*15:04:01 0,0015
A*66:01:01:01 0,0046 B*44:05:01 0,0069 C*15:04:01:XX# 0,0008
A*66:01:01:XX# 0,0008 B*44:27:01:01 0,0145 C*15:05:01:01 0,0008
A*68:01:01:02 0,0114 B*44:27:01:XX# 0,0008 C*15:05:02 0,0008
A*68:01:02:01 0,0046 B*44:29 0,0008 C*15:05:02:01 0,0023
A*68:01:02:02 0,0144 B*45:01:01:01 0,0023 C*15:05:02:02 0,0008
A*68:02:01:01 0,003 B*45:01:01:XX# 0,0008 C*15:05:02:XX# 0,0015
A*68:24 0,0015 B*46:01:01:01 0,0023 C*15:06:01 0,0008
A*69:01:01:01 0,0008 B*47:01:01:03 0,0015 C* 15:11 0,0015
B*47:01:01:XX# 0,0008 C*15:13:01:01 0,0008
B*07:02:01:01 0,1256 B*48:01:01:01 0,0076 C*15:13:01:01/02 0,0008
B*07:02:01:13 0,0008 B*48:01:01:XX# 0,0023 C*16:01:01:01 0,0061
B*07:02:01:XX# 0,0061 B*49:01:01:01 0,0114 C*16:02:01 0,0038
B*07:02:0:01 0,0008 B*49:01:01:04 0,003 C*16:04:01:01 0,0015
B*07:05:01:01/03 0,003 B*50:01:01:01 0,0091 C*17:01:01:02 0,0008
B*07:05:01:XX# 0,0015 B*51:01:01:01 0,0046 C*17:01:01:05 0,003
B*07:06:01 0,0008 B*51:01:01:03 0,0029 C*17:03:01:01 0,0221
B*07:07:01 0,0008 B*51:01:01:04 0,0145 C* 17:03:01:01/03 0,0008
B*08:01:01:01 0,0556 B*51:01:01:05/06 0,0091 C*17:03:01:03 0,0008
B*08:01:01:02 0,0008 B*51:01:01:08 0,0008 C*17:03:01:XX# 0,0008
B*08:01:01:XX# 0,0008 B*51:01:01:09 0,0008 C*18:02:01 0,0008
B*13:02:01:01 0,0624 B*51:01:01:10 0,0023
B*13:02:01 :XX# 0,0015 B*51:01:01:11 0,0038
B*13:new? 0,0008 B*51:01:01:XX# 0,0015
B*14:01:01:01 0,0008 B*51:07:01:01 0,0008
B*14:02:01:01 0,0213 B*51:07:01:XX# 0,0008
B*14:02:01:XX# 0,0008 B*51:08:01:01 0,0015
B*15:01:01:01 0,0396 B*52:01:01:01 0,0008
B*15:01:01:04 0,0076 B*52:01:01:02 0,0167
B*15:01:01:XX# 0,0008 B*52:01:01:XX# 0,003
B*15:07:01:02 0,0008 B*53:01:01:01 0,0008
B*15:11:01 0,0008 B*55:01:01:01 0,0091
B*15:16:01:02 0,0008 B*55:02:01:XX# 0,0008
B*15:17:01:01 0,0015 B*55:21 0,0008
B*18:01:01:01 0,0008 B*56:01:01:02 0,0015
B* 18:01:01:02/05 0,0441 B*56:01:01:04 0,0084
B*18:01:01:06 0,0015 B*57:01:01:01 0,0282
B*18:01:01:XX# 0,0274 B*57:01:01:XX# 0,0008
B*18:03:01:XX# 0,0008 B*57:02:01 B*57:03:01:02/03 B*58:01:01:01 B*58:01:01:03 B*73:01:01:01 0,0008 0,0008 0,0008 0,0046 0,0008
Примечание: # — несовпадение в интроне, по сравнению с представленными в базе данных IPD-IMGT/HLA аллелями; подчеркивание разделяет группы аллелей.
Note: # — nucleotide mismatch in intron in comparison with the alleles in IPD-IMGT/HLA, underscore separates groups of alleles.
от генов ИЬЛ класса I варьировал от высокого разрешения до уровня отдельного аллеля в зависимости от группы аллелей. На уровне отдельного аллеля результаты типирования были получены для DRBГ*07:01:01:01 и некоторых других групп аллелей, например, ПОБ1*05
(05:01:01:01; 05:01:01:01:02; 05:01:01:03; 05:01:01:05 и т. д.).
Результаты типирования аллелей группы DQB1*03, напротив, варьировали: высокому разрешению (на уровне Р-группы) соответствовали DQB1*03:01P; В0В1*03:02Р; С-группе — DQB1*03:01:01G■; отдельному аллелю — DQB1*03:03:02:01. Результаты типирования
НЬЛ-генов класса II у доноров-нижегородцев, приведенные к разрешению на уровне 2-го и 3-го полей, представлены в таблице 2. Наиболее часто встречаемым вариантом гена DRB1 являлся DRB1*07:01:01 (встречался только как DRB1*07:01:01:01) — 14,1 %. Самой часто встречающейся группой аллелей гена HLЛ-DRB1 была
DRB1*15 — 14,8 %.
Гены HLЛ-DRB3/4/5 входят только в ограниченное число Н£Л-гаплотипов. В HLЛ-гаплотип может входить только один из этих трех генов, и для большей части Н£Л-гаплотипов характерно их отсутствие [2],
Таблица 2. Частота (в долях) генов HLA класса II у доноров-нижегородцев (2п = 1314) Table 2. The frequency (in shares) of HLA class II genes in donors from Nizhniy Novgorod (2n =1314)
HLA-DRB1 HLA-DRB*3/4/5 HLA- DQB1
Ген Частота Ген Частота Ген Частота
Gene Frequency Gene Frequency Gene Frequency
DRB1 *01:01:01 0,1172 DRB3*01:01:01 0,0008 DQB1 *02:01:01 0,0632
DRB1 *01:02:01 0,0167 DRB3*01:01:02 0,1347 DQB1 *02:02 0,1081
DRB1 *01:03:01 0,0015 DRB3*02:02:01 0,1804 DQB1 *03:01 P 0,1743
DRB1 *03:01:01 0,0616 DRB3*02:11 0,0008 DQB1 *03:01 P/03:276N 0,0282
DRB1 *03:02:01 0,0008 DRB3*02:24 0,0069 DQB1 *03:02P 0,0822
DRB1 *04:01:01 0,0525 DRB3*03:01:01 0,0282 DQB1 *03:03:02 0,051
DRB1 *04:02:01 0,0129 DRB3*abs 0,6484 DQB1 *03:04:01 0,0030
DRB1 *04:03:01 0,0091 DRB4*01:01:01 0,0247 DQB1 *03:05:01 0,0061
DRB1 *04:04:01 0,0259 DRB4*01:02 0,0038 DQB1 *03:30 0,0008
DRB1 *04:05:01 0,0046 DRB4*01:03:01# 0,1887 DQB1 *04:02:01 0,0343
DRB1 *04:06:02 0,0008 DRB4*01:03:01:02N 0,0327 DQB1*05:01:01 0,1438
DRB1 *04:07:01 0,0069 DRB4*01:03:02 0,0221 DQB1 *05:02:01 0,051
DRB1 *04:08:01 0,0038 DRB4*01:03:03 0,0015 DQB1 *05:03:01 0,0206
DRB1 *04:10:01 0,0008 DRB4*abs 0,7268 DQB1 *05:04 0,0023
DRB1 *07:01:01 0,1408 DRB5*01:01:01 0,1347 DQB1 *05:04:01 0,0015
DRB1 *08:01:01 0,0335 DRB5*01:01:02 0,0008 DQB1 *06:01 0,0084
DRB1 *08:03:02 0,0015 DRB5*01:02 0,0137 DQB1 *06:01 P 0,0053
DRB1 *09:01 P 0,0145 DRB5*02:02:01 0,0457 DQB1 *06:02:01 0,1241
DRB1 * 10:01:01 0,0114 DRB5*abs 0,8052 DQB1 *06:03:01 0,0662
DRB1 * 11:01:01 0,0693 DQB1 *06:04:01 0,0221
DRB1 *11:03:01 0,0107 DQB1 *06:09:01 0,0038
DRB1 *11:04:01 0,0449
DRB1 *12:01P 0,016
DRB1 *12:02:01 0,0015
DRB1 *13:01:01 0,0624
DRB1 *13:02:01 0,0266
DRB1 *13:03:01 0,0343
DRB1 *13:05:01 0,0015
DRB1 *14:01:01 0,0069
DRB1 *14:04:01 0,0023
DRB1 * 14:07:01 0,0012
DRB1 *14:54:01 0,0112
DRB1 * 15:01:01 0,1332
DRB1 *15:02P 0,0145
DRB1 * 16:01:01 0,0457
DRB1 *16:02:01 0,0008
Примечание: # — частота экспрессируемых аллелей DRB4*01:03:01, abs — отсутствие гена в HLA-гаплотипе.
Note: # — frequency of expressed alleles DRB4*01:03:01, abs — lack of gene in HLA-haplotype.
что подтвердилось и по нашим данным (табл. 2). Гены HLA-DRB3/4/5 отличаются низкой экспрессией, поэтому они не относятся к тем генам, определение которых считается обязательным для алло-ТГСК [1—4], поэтому результаты типирования этих генов не включаются во всероссийскую базу данных неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток bmds.info [13]. Однако вследствие кумулятивного эффекта несовпадений они могут оказывать влияние на результаты алло-ТГСК в случаях частично-совместимых ал-ло-ТГСК, поэтому их все же рекомендуют принимать во внимание при этих трансплантациях [2—3, 16—17].
Анализ частоты встречаемости HLA-гаплотипов у доноров-нижегородцев показал, что в основном распределение HLA-гаплотипов по частоте совпадает с данными, полученными ранее при типировании русских с низким разрешением [18]. Наиболее частотным HLA-гаплотипом являлся A*01:01:01:01-C*07:01:01:01/16-B *08:01:01:01-DRB1 *03:01:01-DRB3*01:01:02-DQB1 *02:01:01 (3,3 %). Далее следовали: A*03:01:01:01-C*07:02:01:03-B *07:02:01:01-DRB1 *15:01:01-DRB5*01:01:01-DQB1*06:02:01 (3,0 %), A *03:01:01:01- C*04:01:01:11/14-B*35:01:01:05-DRB1 *01:01:01-DQB1 *05:01:01 (2,4 %) и A*02:01:01:01-C *06:02:01:01-B *13:02:01:01-DRB1 *07:01:01-DRB4*01:03:01-DQB1*02:02 (2,1 %). Пятое-шестое место делили A*02:01:01:01-C*07:02:01:03-B*07:02:01:01-DRB1*15:01:01-DRB5*01:01:01-DQB1*06:02:01 и A*25:01:01:01-C * 12:03:01:01-B*18:01:01:02/05-DRB1 *15:01:01-DRB5*01:01:01-DQB1*06:02:01 (по 1,6 % каждый).
Обсуждение
Внедрение NGS в рутинную практику позволило проводить HLA-типирование на аллельном и высоком разрешении с минимальным количеством неоднозначностей при параллельном секвенировании большого числа образцов, что возможно благодаря высокой производительности метода, его способности разрешать аллельные неоднозначности и автоматической обработке результатов. NGS позволяет выявлять генетические полиморфизмы не только в экзонах HLA-генов, но и в некодирующих областях. Данный метод может использоваться как для типирования больных с показаниями к алло-ТГСК и их родственных доноров, так и для неродственных доноров гемопоэтических стволовых клеток, или одновременно для обеих задач.
До внедрения NGS высокое разрешение при HLA-генотипировании больных и доноров для алло-ТГСК ограничивалось только экзонами, кодирующими ан-тигенсвязывающий сайт (пептидсвязывающие домены) молекулы HLA. В настоящее время идет дискуссия о влиянии несовпадений между реципиентом и донором в других регионах HLA-генов на результаты алло-ТГСК [6—7, 19—21]. Проводимые сейчас исследования позволят сделать вывод о роли этих несовпадений. Полиморфизмы вне регионов, кодирующих ан-
тигенсвязывающий сайт НЬА-генов, могут создавать антигенные детерминанты, менять уровень экспрессии НЬА-молекул и тем самым их иммуногенность, а также влиять на связывание НЬА-молекул с другими иммунорецепторами, например, киллерными имму-ноглобулинподобными рецепторами [20, 21]. В пользу подбора донора на уровне 4-го поля свидетельствуют данные о более высокой выживаемости больных после алло-ТГСК от неродственного донора в случаях, когда реципиент и донор совпадали по ультравысокому разрешению, включая полиморфизмы в некодиру-ющих регионах, по сравнению с реципиентами, которые совпадали с донором по высокому разрешению, но имели отличия вне антигенсвязывающего сайта [6—7]. Возможно, что совпадение реципиента и донора не только по кодирующим регионам НЬА-генов, но и по некодирующим областям указывает на их совпадение по НЬА-гаплотипам, что улучшает выживаемость после алло-ТГСК от неродственного донора [8—11].
Дополнительным аргументом в пользу использования NGS при НЬА-генотипировании с исследованием всех регионов НЬА-генов, значимых для алло-ТГСК, является выявление «нулевых» — неэкспрессируе-мых аллелей (обозначаются буквой N в конце названия аллеля), которые могут быть связаны с полиморфизмами в любой области гена. Детекция «нулевых» аллелей важна при алло-ТГСК, так как их неправильная идентификация чревата несовпадением между донором и реципиентом и развитием иммунного ответа. Следовательно, широкое применение НЬА-типирования доноров и реципиентов при алло-ТГСК методом NGS с разрешением, позволяющим выявлять генетические полиморфизмы не только в кодирующих, но и в некодирующих областях, может способствовать повышению выживаемости больных после алло-ТГСК.
На сегодняшний день информация о распределении НЬА-аллелей на уровне 4-го поля в мировых популяциях еще не очень многочисленна, в основном эти исследования проведены в США [22, 23]. Впервые проведенное на уровне 4-го поля НЬА-типирование у русских (доноров-нижегородцев) позволило выявить как схожесть, так и некоторые отличия в частотах НЬА-аллелей у русских по сравнению с американцами европейского происхождения, которые нельзя выявить при рутинном типировании на уровне высокого разрешения. Например, в обеих популяциях НЬА-С*05:01:01:02 встречается чаще, чем НЬА-С*05:01:01:01, а НЬА-С*07:02:01:03 — чаще, чем НЬА-С*07:02:01:01. В обеих популяциях примерно с одинаковой частотой выявляется нулевой аллель — HЬA-DRB4*'01:03:01:02N (3,3 % у нижегородцев против 3,4 % у американцев европейского происхождения [22]). Наиболее распространенный НЬА-гаплотип в обеих популяциях — А*01:01:01:01-С*07:01:01:01/16-
B *08:01:01:01-DRB1 *03:01:01-DRB3*01:01:02-DQB1 *02:01:01
с частотой 3,3 % у нижегородцев против 6,6 % у американцев европейского происхождения. Однако у доноров-нижегородцев наиболее распространенный аллель в группе HLA-B*35 — В*35:01:01:05 (5,9 %), у американцев европейского происхождения — В*35:01:01:02 (5,8 %) [23], в группе С*04: у нижегородцев — 0**04:01:01:11/14 (9,8 %), у американцев — 0*04:01:01:01 (6,9 %) [23].
Литература
1. Howard C.A., Fernandez-Vina M.A., Appelbaum F.R., et al. Recommendations for donor human leukocyte antigen assessment and matching for allogeneic stem cell transplantation: Consensus opinion of the Blood and Marrow Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN). Biol Blood Transplant. 2015; 21(1): 4-7 DOI: 10.1016/j.bbmt.2014.09.017.
2. Tiercy J.M. How to select the best available related or unrelated donor of hematopoietic stem cells? Haematologica. 2016; 101(6): 680-7 DOI: 10.3324/ haematol.2015.141119.
3. Dehn J., Spellman S., Hurley C.K., et al. Selection of unrelated donors and cord blood units for hematopoietic cell transplantation: Guidelines from the NMDP/ CIBMTR. Blood. 2019; 134(12): 924-34. DOI: 10.1182/blood.2019001212.
4. Standards for Histocompatibility and Immunogenetics Testing - Version 8.0: https://efi-web.org/committees/standards-committee.
5. Marsh S.G., Albert E.D., Bodmer W.F., et al. Nomenclature for factors of the HLA system 2010. Tissue Antigens. 2010; 75(4): 291-455. DOI: 10.1111Д1399-0039.2010.01466.x.
6. Mayor N.P., Hayhurst J.D., Turner T.R., et al. Recipients receiving better HLA-matched hematopoietic cell transplantation grafts, uncovered by a novel HLA typing method, have superior survival: A retrospective study. Biol Blood Marrow Transplant. 2019; 25(1): 443-50. DOI: 10.1016/j .bbmt.2018.12.768.
7 Vazirabad I., Chhabra S., Nytes J., et al. Direct HLA genetic comparisons identify highly matched unrelated donor-recipient pairs with improved transplantation outcome. Biol Blood Marrow Transplant. 2019; 25(1): 921-31. DOI: 10.1016/j.bbmt.2018.12.006.
8. Petersdorf E.W., Malkki M., Gooley T.A., et al. MHC haplotype matching for unrelated hematopoietic cell transplantation. PLoS Med. 2007; 4(1): e8. DOI: 10.1371 /journal.pmed.0040008.
9. Morishima S., Ogawa S., Matsubara A., et al. Impact of highly conserved HLA haplotype on acute graft-versus-host disease. Blood. 2010; 115(23): 4664-70. DOI: 10.1182/blood-2009-10-251157.
10. Joris M.M., Lankester A.C., von dem Borne P.A., et al. The impact of frequent HLA haplotypes in high linkage disequilibrium on donor search and clinical outcome after unrelated haematopoietic SCT. Bone Marrow Transplant. 2013; 48(4): 483-90. DOI: 10.1038/bmt.2012.189.
11. Petersdorf E.W., Malkki M., Horowitz M.M., et al. Mapping MHC haplotype effects in unrelated donor hematopoietic cell transplantation. Blood. 2013; 121(10): 1896-1905. DOI: 10.1182/blood-2012-11 -465161.
12. IPD-IMGT/HLA. https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/
13. Алянский А.Л., Макаренко О.А., Иванова Н.Е. и др. Развитие регистра неродственных доноров костного мозга в Российской Федерации: опыт НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой. Российский журнал детской гематологии и онкологии. 2016; 3(2): 68-74. DOI: 10.17650/2311-1267-2016-3-2-68-74.
14. Excoffier L., Lischer H.E. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Re-sour. 2010; 10(3): 564-7. DOI: 10.1111/|.1755-0998.2010.02847.x.
Более широкое внедрение HLA-типирования на уровне 4-го поля в популяционные исследования в Российской Федерации позволит уточнить паттерны распределения вариаций HLA-генов в российских популяциях, биологическое значение этих вариаций, что даст дополнительную информацию при проведении антропологических исследований и при изучении ассоциаций HLA-генов с болезнями.
References
1. Howard C.A., Fernandez-Vina M.A., Appelbaum F.R., et al. Recommendations for donor human leukocyte antigen assessment and matching for allogeneic stem cell transplantation: Consensus opinion of the Blood and Marrow Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN). Biol Blood Transplant. 2015; 21(1): 4-7 DOI: 10.1016/¡.bbmt.2014.09.017
2. Tiercy J.M. How to select the best available related or unrelated donor of hematopoietic stem cells? Haematologica. 2016; 101(6): 680-7. DOI: 10.3324/ haematol.2015.141119.
3. Dehn J., Spellman S., Hurley C.K., et al. Selection of unrelated donors and cord blood units for hematopoietic cell transplantation: Guidelines from the NMDP/ CIBMTR. Blood. 2019; 134(12): 924-34. DOI: 10.1182/blood.2019001212.
4. Standards for Histocompatibility and Immunogenetics Testing - Version 8.0: https://efi-web.org/committees/standards-committee.
5. Marsh S.G., Albert E.D., Bodmer W.F., et al. Nomenclature for factors of the HLA system 2010. Tissue Antigens. 2010; 75(4): 291-455. DOI: 10.1111/¡.1399-0039.2010.01466.x.
6. Mayor N.P., Hayhurst J.D., Turner T.R., et al. Recipients receiving better HLA-matched hematopoietic cell transplantation grafts, uncovered by a novel HLA typing method, have superior survival: A retrospective study. Biol Blood Marrow Transplant. 2019; 25(1): 443-50. DOI: 10.1016/¡.bbmt.2018.12.768.
7 Vazirabad I., Chhabra S., NytesJ., et al. Direct HLA genetic comparisons identify highly matched unrelated donor-recipient pairs with improved transplantation outcome. Biol Blood Marrow Transplant. 2019; 25(1): 921-31. DOI: 10.1016/¡.bbmt.2018.12.006.
8. Petersdorf E.W., Malkki M., Gooley T.A., et al. MHC haplotype matching for unrelated hematopoietic cell transplantation. PLoS Med. 2007; 4(1): e8. DOI: 10.1371/¡ournal.pmed.0040008.
9. Morishima S., Ogawa S., Matsubara A., et al. Impact of highly conserved HLA haplotype on acute graft-versus-host disease. Blood. 2010; 115(23): 4664-70. DOI: 10.1182/blood-2009-10-251157
10. Joris M.M., Lankester A.C., von dem Borne P.A., et al. The impact of frequent HLA haplotypes in high linkage disequilibrium on donor search and clinical outcome after unrelated haematopoietic SCT. Bone Marrow Transplant. 2013; 48(4): 483-90. DOI: 10.1038/bmt.2012.189.
11. Petersdorf E.W., Malkki M., Horowitz M.M., et al. Mapping MHC haplotype effects in unrelated donor hematopoietic cell transplantation. Blood. 2013; 121(10): 1896-1905. DOI: 10.1182/blood-2012-11 -465161.
12. IPD-IMGT/HLA. https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/
13. Alyanskiy A.L., Makarenko O.A., Ivanova N.E., et al. Development of bone marrow donor registry in Russian Federation: an experience of Raisa Gorbacheva Memorial Research Institute for Pediatric Oncology, Hematology and Transplantation. Rossiyskiy Zhurnal detskoy gematologii i onkologii. 2016; 3(2):68-74. DOI: 10.17650/2311-1267-2016-3-2-68-74 (In Russian).
14. Excoffier L., Lischer H.E. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Re-sour. 2010; 10(3): 564-7. DOI: 10.1111/¡.1755-0998.2010.02847x.
15. Sanches-Mazas A., Nunes J.M., Middleton D., et al. Common and well-documented HLA alleles over all of Europe and within European sub-regions: A catalogue from the European Federation for Immunogenetics. HLA. 2017; 89(2): 10413. DOI: 10.1111 /tan.1295.
16. Lee S.J., Klein J., Haagenson M., et al. High resolution donor-recipient HLA matching contributes to the success of unrelated donor marrow transplantation. Blood. 2007; 110(13): 4576 - 83. DOI: 10.1182/blood-2007-06-097386.
17. Fernandez-Vina M.A., Klein J.P., Haagenson M., et al. Multiple mismatches at the low expression HLA loci DP, DQ, and DRB3/4/5 associate with adverse outcomes in hematopoietic stem cell transplantation. Blood. 2013; 121(22): 4603-10. DOI: 10.1182/blood-2013-02-481945.
18. Хамаганова Е.Г., Кузьминова Е.П., Чапова Р.С. и др. HLA-A*/B*C*/DRB1*/ DQB1*-reHbi и гаплотипы у доноров костного мозга регистра ФГБУ ГНЦ МЗ РФ, самоопределившихся как русские. Гематология и трансфузиология. 2017; 62(2): 65-70. DOI: 10.18821/0234-5730-2017-62-2-65-70.
19. Hurley C.K., Ng J. Continue to focus clinical decision-making on the antigen recognition domain for the present. Hum Immunol. 2019; 80(1): 79-84. DOI: 10.1016/j.humimm.201 8.04.010.
20. Petersdorf E.W., O'hUigin C. The MHC in the era of next-generation sequencing: Implications for bridging structure with function. Hum Immunol. 2019; 80(1): 67-78. DOI: 10.1016/j.humimm.2018.10.002.
21. Monos D. Perspective: HLA functional elements outside the antigen recognition domains. Hum Immunol. 2019; 80(1): 1-4. DOI: 10.1016/j.humimm.2018.11.005.
22. Osoegawa K., Mallempati K.C., Gangavarapu S., et al. HLA alleles and haplotypes observed in 263 US families. Hum Immunol. 2019; 80(9): 644-60. DOI: 10.1016/j.humimm.2019.05.018.
23. Creary L.E., Gangavarapu S., Mallempati K.C. Next-generation sequencing reveals new information about HLA allele and haplotype diversity in a large European American population. Hum Immunol. 2019; 80(10): 807-22. DOI: 10.1016/j.humimm.2019.07275.
15. Sanches-Mazas A., Nunes J.M., Middleton D., et al. Common and well-documented HLA alleles over all of Europe and within European sub-regions: A catalogue from the European Federation for Immunogenetics. HLA. 2017; 89(2): 10413. DOI: 10.1111/tan.1295.
16. Lee S.J., Klein J., Haagenson M., et al. High resolution donor-recipient HLA matching contributes to the success of unrelated donor marrow transplantation. Blood. 2007; 110(13): 4576 - 83. DOI: 10.1182/blood-2007-06-097386.
17 Fernandez-Vina M.A., Klein J.P., Haagenson M., et al. Multiple mismatches at the low expression HLA loci DP, DQ, and DRB3/4/5 associate with adverse outcomes in hematopoietic stem cell transplantation. Blood. 2013; 121 (22): 4603-10. DOI: 10.1182/blood-2013-02-481945.
18. Khamaganova E.G., Kuzminova E.P., Chapova R.S., et al. HLA-A*/B*C*/DRB1*/ DQB1* genes and haplotypes in bone marrow donors self-identified as Russian in the registry at National Research Center for Hematology. Gematologiya I Transfusiologiya. 2017; 62(2): 65-70. DOI: 10.18821/0234-5730-2017-62-2-65-70 (In Russian).
19. Hurley C.K., Ng J. Continue to focus clinical decision-making on the antigen recognition domain for the present. Hum Immunol. 2019; 80(1): 79-84. DOI: 10.1016/j.humimm.201 8.04.010.
20. Petersdorf E.W., O'hUigin C. The MHC in the era of next-generation sequencing: Implications for bridging structure with function. Hum Immunol. 2019; 80(1): 67-78. DOI: 10.1016/j.humimm.2018.10.002.
21. Monos D. Perspective: HLA functional elements outside the antigen recognition domains. Hum Immunol. 2019; 80(1): 1-4. DOI: 10.1016/j.humimm.2018.11.005.
22. Osoegawa K., Mallempati K.C., Gangavarapu S., et al. HLA alleles and haplotypes observed in 263 US families. Hum Immunol. 2019; 80(9): 644-60. DOI: 10.1016/j.humimm.2019.05.018.
23. Creary L.E., Gangavarapu S., Mallempati K.C. Next-generation sequencing reveals new information about HLA allele and haplotype diversity in a large European American population. Hum Immunol. 2019; 80(10): 807-22. DOI: 10.1016/j.humimm.2019.07.275.
Информация об авторах
Хамаганова Екатерина Георгиевна*, доктор биологических наук, заведующая лабораторией тканевого типирования, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, e-mail: ekhamag@mail.ru
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0110-3314
Абдрахимова Алена Руслановна, научный сотрудник лаборатории тканевого типирования, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации,
e-mail: Alena0693@yandex.ru
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2840-0888
Леонов Евгений Андреевич, врач клинико-лабораторной диагностики лаборатории тканевого типирования, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, e-mail: leonov.evgeny.kld@mail.ru ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1955-4997
Information about the authors
Ekaterina G. Khamaganova, Dr. Sci. (Biol.), Head of the Laboratory of Tissue Typing, National Research Center for Hematology, e-mail: ekhamag@mail.ru; ORCID: 0000-0002-0110-3314
Alena R. Abdrakhimova, Researcher, Laboratory of Tissue Typing, National Research Center for Hematology, e-mail: Alena0693@yandex.ru ORCID: 0000-0002-2840-0888
Evgeniy A. Leonov, Physician (clinical laboratory diagnostics), Laboratory of Tissue Typing, National Research Center for Hematology, e-mail: leonov.evgeny.kld@mail.ru ORCID: 0000-0003-1955-4997
Хижинский Станислав Павлович, врач клинико-лабораторной диагностики лаборатории тканевого типирования, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, e-mail: khizhinsky.s@blood.ru ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0967-379X
Гапонова Татьяна Владимировна, кандидат медицинских наук, первый заместитель генерального директора, заведующая отделом процессинга клеток крови и криоконсервирования, ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, e-mail: gaponova.tatj@yandex.ru ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9684-5045
Савченко Валерий Григорьевич, доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, Генеральный директор ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации, e-mail: director@blood.ru
ORCID: https://orcid.org/0000-0001-8188-5557
* Автор, ответственный за переписку
Поступила: 15.05.2020 Принята в печать: 15.06.2021
Stanislav P. Khizhinskiy, Physician (clinical laboratory diagnostics), Laboratory of Tissue Typing, National Research Center for Hematology; e-mail: khizhinsky.s@blood.ru ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0967-379X
Tatiana V. Gaponova, Cand. Sci. (Med.), Deputy Director General, Head of the Department of Blood Cell Processing and Cryoconservation, National Research Center for Hematology, e-mail: gaponova.tatj@yandex.ru ORCID: 0000-0002-9684-5045
Valery G. Savchenko, Dr. Sci. (Med.), Professor, Full Member of the Russian Academy of Sciences, Director General, National Research Center for Hema-tology,
e-mail: director@blood.ru ORCID: 0000-0001-8188-5557
* Corresponding author
Received 15.05.2020 Accepted 15.06.2021
