CC BY
21
чени:
подходов (обзор)
Роль микр
от виог
DOI: 10.17691/stm2023. УДК 616.36:57.088.1:577
Поступила 25.07
/////////
Д.С. Козлов, лаборант научной лаборатории молекулярных биотехнологий НИИ экспериментальной онкологии и биомедицинских технологий1; студент Института биологии и биомедицины2;
С.А. Родимова, младший научный сотрудник научной лаборатории регенеративной медицины1; младший научный сотрудник научной лаборатории молекулярных биотехнологий
ментальной онкологии и биомедицинских технологий1; ,.С. Кузнецова, к.б.н., зав. научной лабораторией молекулярных биотехнологий
......экспериментальной онкологии и биомедицинских технологий1;
зав. НИЛ молекулярно-генетических исследований Института клинической медицины2
приволжский исследовательский медицинский университет, пл. Минина и Пожарского, 10/1, Н. Новгород, 603005;
Национальный исследовательский Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского, пр. Гагарина, 23, Н. Новгород, 603022
Молекулярная диагностика на основе панелей малых некодирующих молекул РНК (микроРНК) является новым направлением в современной биомедицине и считается перспективным методом выявления широчайшего спектра патологий на ранней стадии, оценки клинического фенотипа, а также мониторинга течения заболевания, оценки эффективности терапии и риска рецидива заболевания. В настоящее время в ходе изучения нормальных и патологических процессов установлена роль микроРНК как важнейшего эпигенетического регулятора при прогрессировании онкологических заболеваний. Однако работ, посвященных изучению роли микроРНК в функционировании отдельных органов и тканей, а также разработке возможных терапевтических подходов на основе микроРНК, в настоящее время представлено недостаточно. Огромное количество метаболических процессов, происходящих в печени, контролируются микроРНК, что создает огромный потенциал применения их в качестве диагностического маркера, а также мишени для терапевтического вмешательства при метаболических, онкологических и даже вирусных заболеваниях именно этого органа.
Рассмотрены аспекты биологических функций микроРНК в различных типах клеток печени. Представлены как канонические, так и неканонические пути биогенеза, эпигенетической регуляции, опосредованной микроРНК, показана роль микроРНК в межклеточной коммуникации и течении вирусных заболеваний. Описаны потенциал микроРНК как диагностического маркера различных патологий печени, а также одобренные для клинического применения и находящиеся в разработке терапевтические подходы и препараты на основе микроРНК.
Ключевые слова: микроРНК; гомеостаз печени; биогенез микроРНК; неканонические микроРНК; микроРНК-терапия; микроРНК-диагностика; системы доставки микроРНК.
Как цитировать: Kozlov D.S., Rodimova S.A., Kuznetsova D.S. The role of microRNAs in liver functioning: from biogenesis to therapeutic approaches (review). Sovremennye tehnologii v medicine 2023; 15(5): 54, https://doi.org/10.17691/stm2023.15.5.06
English
The Role of MicroRNAs in Liver Functioning: from Biogenesis to Therapeutic Approaches (Review)
D.S. Kozlov, Laboratory Assistant, Scientific Laboratory of Molecular Biotechnologies, Research Institute of Experimental Oncology and Biomedical Technologies1; Student, Institute of Biology and Biomedicine2;
S.A. Rodimova, Junior Researcher, Laboratory of Regenerative Medicine1; Junior Researcher, Scientific Laboratory of Molecular Biotechnologies, Research Institute of Experimental Oncology and Biomedical Technologies1;
Для контактов: Козлов Дмитрий Сергеевич, e-mail: [email protected]
D.S. Kuznetsova, PhD, Head of the Scientific Laboratory of Molecular Biotechnologies,
Research Institute of Experimental Oncology and Biomedical Technologies1;
Head of the Research Laboratory for Molecular Genetic Researches, Institute of Clinical Medicine2
1Privolzhsky Research Medical University, 10/1 Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005, Russia;
2National Research Lobachevsky State University of Nizhny Novgorod, 23 Prospekt Gagarina, Nizhny Novgorod, 603022, Russia
Molecular diagnostics based on small non-coding RNA molecules (in particular microRNA) is a new direction in modern biomedicine and is considered a promising method for identification of a wide range of pathologies at an early stage, clinical phenotype assessment, as well as monitoring the course of the disease, evaluation of therapy efficacy and the risk of the disease recurrence. Currently, the role of microRNAs as the most important epigenetic regulator in cancer development has been proven within the studies of normal and pathogenic processes. However, currently, there are insignificant studies devoted to studying the role of microRNAs in functioning of other organs and tissues, as well as to development of possible therapeutic approaches based on microRNAs. A huge number of metabolic processes in the liver are controlled by microRNAs, which creates enormous potential for the use of microRNAs as a diagnostic marker and makes it a target for therapeutic intervention in metabolic, oncological, and even viral diseases of this organ.
This review examines various aspects of biological functions of microRNAs in different types of liver cells. Both canonical and non-canonical pathways of biogenesis, epigenetic regulation mediated by microRNAs, as well as the microRNAs role in intercellular communication and the course of viral diseases are shown. The potential of microRNAs as a diagnostic marker for various liver pathologies is described, as well as therapeutic approaches and medicines based on microRNAs, which are approved for clinical use and currently being developed.
Key words: microRNAs; liver homeostasis; microRNAs biogenesis; non-canonical microRNAs; microRNA-based therapy; microRNA-based diagnostics; microRNA delivery systems.
Введение
Печень — один из важнейших органов, отвечающих за контроль гомеостаза в организме млекопитающих. Она участвует в различных физиологических процессах, включающих выработку желчи, синтез белков плазмы, усвоение питательных веществ, де-токсикацию, запасание витаминов. В печени протекают основные реакции углеводного, белкового и липидного метаболизма, она также считается важнейшим иммунологическим органом, способным активировать иммунную систему в ответ на циркулирующие антигены. Помимо большого количества типов клеток, входящих в состав печени, наблюдается высокая функциональная специализация гепа-тоцитов. Функциональной единицей является долька печени. На основании современных представлений о строении дольки гепатоциты располагаются в трех зонах, определенных в соответствии с расположением вдоль порто-центральной оси, которое диктует их функциональный профиль. Недавние исследования на основе высокопроизводительного секвенирова-ния РНК единичных клеток в сочетании с пространственной транскриптомикой и протеомикой подтвердили их высокую зональную гетерогенность. Более того, установлено, что зональная специализация гепатоцитов является очень гибкой и динамичной, изменяющейся в соответствии с множеством физиологических сигналов, что требует активного регулирования экспрессии метаболических генов.
МикроРНК представляют собой короткие РНК-олигонуклеотиды длиной 20-22 основания, участвую-
щие в регуляции экспрессии, по разным оценкам, от 30 до 60% генов человека. В основе огромного регу-ляторного потенциала микроРНК лежит несколько их особенностей: одна молекула микроРНК может иметь от сотни до тысячи потенциальных генов-мишеней [1, 2]; биогенез микроРНК является одним из самых быстрых среди клеточных транскриптов: не менее 40% микроРНК созревают в течение 5 мин [3]. Таким образом, микроРНК создают сложную высоко динамичную контекст-зависимую сеть взаимодействий с таргетны-ми транскриптами. Около 2654 зрелых последовательностей микроРНК в геноме человека были идентифицированы и зарегистрированы в онлайн-базе данных miRbase 22.1 (www.mirbase.org).
Молекулярная диагностика на основе анализа панелей транскриптов, белков и метаболитов считается перспективным методом выявления широчайшего спектра патологий на ранней стадии, оценки клинического фенотипа, а также мониторинга течения заболевания, оценки эффективности терапии и риска рецидива заболевания. Благодаря высокой динамичности пула микроРНК в организме, а также их стабильности в образцах биологических жидкостей и тканей интерес к микроРНК как основе для диагностических тест-систем не угасает в течение полутора десятилетий. В настоящее время активно изучается вклад различных микроРНК в обеспечение гомеостаза печени, развитие патологий, стимуляцию регенерации, ведется разработка терапевтических стратегий для лечения широкого спектра заболеваний печени. Однако при выяснении функции микроРНК или создании терапии на основе микроРНК авторы зачастую рассматривают
их работу в качестве негативных регуляторов трансляции, не принимая во внимание широкий спектр неканонических эффектов микроРНК. На данный момент существует лишь несколько крупных обзоров, посвященных неканоническому функционированию микроРНК [4-7]. Одной из нерешенных на данный момент проблем терапии на основе микроРНК являются нецелевые эффекты, возникающие из-за неспецифической доставки микроРНК либо регуляции нецелевых генов. Таким образом, для создания терапевтических стратегий, основанных на применении микроРНК, необходимо дальнейшее изучение сети взаимодействия микроРНК-мишень в различных клеточных популяциях печени, а также изучение неканонических функций микроРНК в гомеостазе печени.
В данном обзоре рассматриваются биогенез ми-кроРНК, особенности кодирования, транскрипции и созревания, классические и неклассические механизмы работы, а также клинические подходы к лечению и диагностике заболеваний печени.
Биогенез микроРНК
В обзорах [8-11] подробно описано современное представление о путях биогенеза микроРНК. Коротко рассмотрим основные положения.
Особенности кодирования микроРНК
Гены, кодирующие микроРНК, можно разделить на несколько категорий в зависимости от их расположения в геноме и, соответственно, свойств, связанных с кодированием в определенном локусе. Большинство известных в настоящее время микроРНК человека, описанных в базе данных miRBase, закодированы в межгенных областях (68%). Большая часть внутри-генных микроРНК являются интронными (12% всех генов). Остальные гены микроРНК расположены в повторах, длинных некодирующих РНК (IncRNAs), не-транслируемых регионах (UTR) или кодирующих областях генов-хозяев [12]. Источником неканонических микроРНК также могут быть другие некодирующие РНК (тРНК, малые ядрышковые РНК и др.), митохон-дриальные микроРНК, вирусные микроРНК [13, 14]. Роль этих РНК в регуляции клеточных процессов остается мало изученной. Поскольку активность транскрипции микроРНК во многом зависит от геномного контекста, рассмотрим несколько примеров. Роль ми-кроРНК, кодируемых вирусным геномом, будет рассмотрена в отдельной главе.
Гены микроРНК часто располагаются в так называемых кластерах. Кроме того, микроРНК могут быть закодированы внутри генов других клеточных транскриптов, могут котранскрибироваться, что подтверждается хорошей корреляцией их паттернов экспрессии для нескольких генов [15]. При этом интронные микроРНК могут транскрибироваться независимо от их гена-хозяина, а полицистронные транскрипты микроРНК могут подвергаться альтернативному сплайсингу для
получения специфической экспрессии микроРНК [16, 17]. МикроРНК-17-92, один из наиболее хорошо охарактеризованных кластеров микроРНК, хорошо известен своей важной ролью в дифференцировке клеток и онтогенезе млекопитающих. Вопреки представлениям о регуляции экспрессии кластеров микроРНК, члены этого кластера могут экспрессироваться как скоординированно, так и раздельно [18, 19]. В печени дисре-гуляция этого кластера и его отдельных членов может способствовать развитию гепатоцеллюлярной карциномы (ГЦК), а также прогрессированию различных патологий печени. Нарушение экспрессии микроРНК-17 может приводить к развитию стеатоза [20].
Примером совместно регулируемых мРНК и микроРНК, закодированной в интроне, является мик-роРНК-33. У человека микроРНК-33а и микроРНК-33Ь кодируются в интронах генов, которые в свою очередь кодируют белки, связывающие регулятор-ные элементы стерола (SREBP-2 и SREBP-1), в то время как у мышей экспрессируется только одна изоформа микроРНК-33, расположенная в интроне SREBP-2. Транскрипционные факторы SREBP, как и микроРНК-33, служат ключевым регулятором метаболизма и транспорта липидов [21, 22]. Члены семейства микроРНК-33 являются первыми идентифицированными микроРНК, регулирующими гомеостаз липопротеинов [21, 23].
Примечательны микроРНК, закодированные внутри lncRNA. Одним из таких примеров является микроРНК-155, кодирующая регуляторный пептид тнРЕР155 [24]. В отличие от клеток растений, где подобные пептиды регулируют экспрессию микроРНК, которой они были закодированы, тлРЕР155 не влияет на уровень микроРНК-155, однако модулирует презентацию антигена активированными антиген-пре-зентирующими клетками через взаимодействие с бел-ком-шапероном HSC70, что нарушает его функцию переносчика антигена в дендритных клетках [25].
Транскрипция и созревание микроРНК
Созревание микроРНК традиционно разделяется на три этапа: длинный предшественник (при-ми-кроРНК), который, проходя этапы сплайсинга и про-цессинга, направляется в цитоплазму в виде шпильки (пре-микроРНК), дающей начало зрелой микроРНК. Основные этапы биогенеза и функции микроРНК отражены на рис. 1.
Канонические микроРНК у животных транскрибируются РНК-полимеразой II в виде длинных первичных транскриптов микроРНК (при-микроРНК). Структуры шпилек внутри при-микроРНК расщепляются эндонуклеазными комплексами DROSHA и DGCR8 с образованием шпилечных пре-ми-кроРНК. Транспорт пре-микроРНК из ядра в цитоплазму опосредуется экспортином 5 (ХР05) и RAN-GTP, хотя предполагается наличие и других механизмов экспорта [26]. Пре-микроРНК поступает в цитоплазму и расщепляется около терминальной
RNA
Pol II Г"*
ЪО^СУОЪСГЬОЪО*.
Ген микроРНК
Транскрипция
Изменение транскрипции
m л
Ремоделирование Секвестрация
* « * я t«t«
Деградация мРНК
При-микроРНК
I Изменение
сплайсинга
Процессинг при-микроРНК рибонуклеазой DROSHA, DGCR8
AGO2-опосредованное разрезание мРНК
Трансляционная ^ -, репрессия
_
....................IГ * Т Î" IIГII111Г11 _г
Целевая мРНК
Сортировка в клеточные компартменты или внеклеточные везикулы
Ядро Цитоплазма
Процессинг пре-микроРНК рибонуклеазой DICER
Рис. 1. Канонический биогенез и варианты функционирования микроРНК
петли с помощью РНКазы III DICER согласно правилам расщепления, учитывающим расстояние от конца шпильки, закрепленного в домене PAZ, а также различные варианты несоответствий в стебле шпильки [27, 28]. Кроме того, недавние крупномасштабные анализы вариантов пре-микроРНК выявили консервативный мотив GYM (G-спаренный гуанин, Y-спаренный пиримидин, M-неспаренный цитозин или аденин) рядом с сайтом расщепления DICER человека. Мотив GYM распознается дцРНК-связываю-щим доменом (dsRBD) DICER и может игнорировать другие правила расщепления [29].
Дуплекс микроРНК загружается в белки Argonaute (AGO) (AGO1-AGO4 у млекопитающих). Наиболее экспрессированными в ткани печени, как и в других тканях, являются белки AGO1, AGO2 [30, 31]. После загрузки только одна цепь, называемая направляющей цепью, чей 5'-нуклеотид взаимодействует с доменом MID белков AGO, сохраняется для последующего формирования конечного комплекса, называемого РНК-индуцированным комплексом сайлен-синга (RISC) [32].
Происхождение цепи микроРНК из разных плеч шпильки определяет название зрелой формы ми-кроРНК. Цепь 5p возникает от 5'-конца шпильки пре-микроРНК, тогда как цепь 3p происходит от З'-конца. Обе нити, полученные из зрелого дуплекса микроРНК, могут быть загружены в семейство белков Argonaute АТФ-зависимым образом. Для любой микроРНК доля нагруженных AGO нитей 5p или Зр сильно различается в зависимости от типа клетки
или клеточного окружения, варьируя от почти равных пропорций до преимущественно той или другой [33].
Кроме разной длины, обусловленной различными сценариями процессинга пре-микроРНК с помощью DICER, репертуар изоформ микроРНК обогащают внесение концевых модификаций и редактирование оснований A-to-I (аденин на инозин) [34]. Подобные события нередко воспринимаются как артефакты высокопроизводительного секвенирования [35], однако многие изо-микроРНК обнаруживаются в клетках в пропорции, равной или даже превышающей уровень канонической микроРНК, что ставит вопрос об их биологической значимости и роли в развитии патологий. Показано [36], что в клетке изо-микроРНК являются функциональными, а изоформы с модификациями 5' имеют измененный репертуар мишеней за счет сдвига области распознавания мишени в отличие от 3'-изоформ, которые также могут приводить к изменению перечня регулируемых транскриптов [37] и влиять на аффинность к мишени. Так, в работе S. Park с соавт. [38] установлено, что 5'-изоформа микроРНК-21-5р является клинически значимой при развитии и прогрессировании ГЦК за счет подавления экспрессии рецептора гормона роста (GHR). Более подробно биогенез изоформ микроРНК освещен в обзоре [39].
Выяснение механизмов процессинга микроРНК и генерации изоформ микроРНК является ключевым приоритетом для понимания их биологической функции, а также создания систем анализа и терапевтических стратегий [40, 41].
Механизм работы микроРНК
Трансляционная репрессия, опосредованная микроРНК
Подавление синтеза белка на матрице мРНК — трансляционная репрессия, опосредованная микроРНК, может проходить по нескольким независимым путям, конечным итогом которых является разрушение структуры, сближающей 3'- и 5'-концы мРНК. Оба пути могут действовать как независимо, так и совместно.
Направляющая нить и белок AGO образуют минимальный эффекторный комплекс RISC (miRISC). МикроРНК направляет miRISC на специфическое распознавание мРНК и посттранскрипционную регуляцию экспрессии генов. Распознавание происходит с помощью затравочной области микроРНК (seed région). Основания 2-7 или 2-8 микроРНК взаимодействуют посредством уотсон-криковского спаривания оснований с комплементарными последовательностями на мРНК-мишени, называемыми элементами ответа микроРНК (MRE). Появление несоответствий в seed-области, ее низкая аффинность могут потребовать дополнительных участков комплементарности для эффективного сайленсинга [42]. Большинство сайтов связывания микроРНК расположены в 3'-не-транслируемой области (UTR) мРНК-мишени. Однако сайты связывания микроРНК также были обнаружены в последовательностях 5'UTR, в кодирующих и промо-торных областях. Помимо классических сайтов в положениях 2-8 оснований микроРНК существуют альтернативные механизмы распознавания мишени. Для микроРНК-122 количество транскриптов-мишеней, опознаваемых по неклассическому сайту связывания с образованием G-выпуклости, составило 1923. Это 18,7% транскриптов, регулируемых десятью наиболее экспрессированными в печени микроРНК [43].
Степень комплементарности микроРНК к мишени определяет механизм молчания генов. МикроРНК-направленное расщепление мРНК, индуцированное высокой степенью комплементарности последовательностей, катализируется AGO2. Только относительно небольшая часть (<6%) всех микроРНК в клетках млекопитающих восприимчива к этому механизму [44]. Однако несовпадение нуклеотидов в центральной области и положениях 17-21 при спаривании оснований предотвращает активность эндонуклеазы AGO2, но инициирует рекрутирование белков, способствующих распаду мРНК посредством деаденилирования, декэпирования и экзонуклеолитического расщепления [45-47]. Подробный механизм вариантов трансляционной репрессии изложен в обзоре [48]. Рассмотрим основные моменты.
Эффекторный комплекс miRISC может ингибиро-вать инициацию трансляции в несколько последовательных этапов. В большинстве случаев на первом этапе происходит обратимое высвобождение эукариотических факторов инициации 4A (eIF4aI и eIF4aII) из мРНК-белкового комплекса, что препятст-
вует сборке комплекса инициации трансляции eIF4F [49] и предотвращению опознавания сайта инициации трансляции. Такой механизм репрессии трансляции, опосредованной микроРНК, представляет собой секвестрацию мРНК из аппаратов трансляции в ци-топлазматические процессинговые тельца (P-тела), которые являются функциональным сайтом опосредованного микроРНК молчания генов. P-тела лишены какого-либо механизма трансляции и, следовательно, не участвуют в процессе трансляции, однако обеспечивают секвестрацию и быстрое включение в активно транскрибируемый пул мРНК важных регуляторных белков и трансляционных факторов [50, 51].
В дальнейшем происходит необратимая деградация с удалением 3'-поли(А)-хвоста (деаденилирова-ние) и 5'-кэп-структуры (декэпирование) мРНК, что делает ее доступной для воздействия экзо- и эндону-клеаз. Белки TNRC6 (GW182) — партнеры AGO — играют важную роль в репрессии мишени, взаимодействуя с поли(А)-связывающим белком и привлекая деаденилирующие комплексы PAN2-PAN3 и CCR4-NOT к мРНК-мишеням [52, 53]. Декэпирование подвергает 5'-конец мРНК деградации консервативной 5'^3'-цитоплазматической экзонуклеазой XRN1, которая рекрутируется на мРНК-мишень посредством прямого взаимодействия с белком 1 декэппинга (DCP1), что обеспечивает быстрое удаление декэпированных мРНК [54]. Укорочение или удаление поли(А)-хво-ста мРНК может быть сигналом для декэпирования, поскольку способствует привлечению белков Lsm1-Lsm7 и PatL1, активирующих сборку комплекса де-кэпирования [55].
В настоящее время все активнее изучается вопрос взаимодействия нескольких микроРНК с одной мишенью, что может опосредовать конкуренцию ми-кроРНК [56, 57]. Продемонстрировано [58, 59], что сайты связывания микроРНК, разнесенные максимум на 26 нуклеотидов, могут действовать кооперативно. Транскриптом человека обогащен сайтами связывания микроРНК, расположенными на расстоянии, допускающем кооперативность. Неожиданно, но некоторые микроРНК дестабилизируются специфическим взаимодействием с мРНК [60-62]. Эти транскрипты содержат последовательности, которые имеют почти полное совпадение с микроРНК и в свою очередь содержат центральные несовпадения. Этот тип взаимодействия вызывает выгрузку микроРНК из AGO и дестабилизацию 3'-конца микроРНК. Эта посттранскрипционная регуляция микроРНК также называется деградацией микроРНК, направленной на мишень (TDMD). В отличие от расщепления, индуцированного каталитической активностью AGO2, для TDMD необходима полная 3'-комплементарность, делающая микроРНК доступной для ферментов [63].
Для эффективного предсказания мишеней микро-РНК, конструирования искусственных и малых интерферирующих (siRNA) микроРНК, нацеленных на единичные транскрипты вследствие расширенной
зоны комплементарности, необходимо понимание термодинамической стабильности дуплекса ми-кроРНК-мишень, а также строения доменов белков, входящих в комплекс RISC [64]. Спектр мишеней микроРНК, а также механизм трансляционной репрессии будут определяться составом комплекса RISC и взаимодействием между пулом мишеней и микроРНК в клетке [65]. Обзоры [66, 67] содержат описание последних алгоритмов для предсказания мишеней микроРНК и наиболее популярные ресурсы, основанные как на анализе in silico, так и на экспериментальных данных, но при этом каждый эксперимент должен включать этапы контроля нецелевых эффектов и эффективности подавления таргетного транскрипта.
Неклассические механизмы работы микроРНК
Исследования, проведенные в последние 10 лет, демонстрируют значительную роль неканонических механизмов работы микроРНК в регуляции клеточных процессов [4, 7, 68]. Однако эта область в значительной мере остается неисследованной.
Помимо того, что микроРНК, находящиеся в цитоплазме, осуществляют трансляционную репрессию, показана их способность активировать трансляцию при связывании неполиаденилированных мРНК [69, 70]. Обнаружено также, что компоненты miRISC локализованы в нескольких субклеточных компартмен-тах, включающих шероховатый эндоплазматический ретикулум [71], процессинговые P-тела [72], стрессовые гранулы (SG) [73], транс-систему Гольджи, ранние/поздние эндосомы, мультивезикулярные тельца (MVB) (74), лизосомы [75], митохондрии [76, 77]. В 2004 г G. Meister и соавт. [78] обнаружили первую микроРНК (микроРНК-21) в ядре. Около 20% зрелой микроРНК-21, выделенной из клеток Hela, были распределены в ядре. H.W. Hwang c соавт. [79] сообщили, что микроРНК-29Ь человека преимущественно локализована в ядре митотических клеток. Таким образом, как сами микроРНК, так и отдельные компоненты комплекса RISC могут свободно циркулировать между цитоплазмой и ядром, проникая в ядро, связываясь с белками семейства кариоферинов, в частности экс-портином-1 XPO1, импортином-8 IPO8, кариоферином ß KPNB1 и XPO5, при наличии домена ядерной локализации (NLS) и сигнала ядерного экспорта (NES). Компоненты RISC, такие как TNRC6A и DICER, содержат NLS и перемещаются из цитоплазмы в ядро путем связывания с IPO8 и KPNB1 соответственно [80-82]. AGO2 не содержит классической NLS, однако IPO8 локализуется совместно с AGO2 в клетках человека и мыши, при этом в ядро перемещается только загруженный микроРНК AGO2. Попадая в ядро, AGO2 участвует в репарации двунитевых разрывов [83], регулировании работы комплексов ремоделирова-ния хроматина [84, 85]. При попадании в ядро AGO1 связывается с RNAPII и промоторами активно транскрибируемых генов и регулирует экспрессию генов,
которые участвуют в онкогенных путях, таких как протекание клеточного цикла, рост и выживание [86, 87]. AGO1 и AGO2 могут регулировать альтернативный сплайсинг, индуцируя H3K9me3 на вариантных участках генов, что приводит к замедлению RNAPII и рекрутированию сплайсосом [88]. При анализе циркуляции микроРНК между ядром и цитоплазмой было выявлено, что ядерная и цитоплазматическая фракции микроРНК не одинаково обогащены. Продолжительность нахождения микроРНК в ядре коррелирует с количеством предсказанных комплементарных мишеней в нем. При этом эффекторные комплексы микроРНК в ядре обладают существенно меньшей молекулярной массой по сравнению с цитоплазматическими [89].
Далее рассмотрим некоторые примеры функционирования микроРНК в ядре, такие как регуляция гистонового кода, взаимодействие с промоторами и энхансерами, взаимодействие с транскриптами. МикроРНК являются мощными эпигенетическими регуляторами, поскольку управляют большим количеством транскриптов, ответственных за перестройки хроматина [90]. МикроРНК также могут регулировать активность энхансеров путем трансляционной репрессии энхансер-связывающих белов, как это показано для C/EBP а, ß (транскрипционных факторов, являющихся ключевыми регуляторами метаболизма глюкозы и липидов в печени), микроРНК-21 и ми-кроРНК-155 [91, 92]. Примечательно, что микроРНК также непосредственно связываются с энхансерами генов (NamiRNA) и регулируют их, чтобы активировать транскрипцию [93]. Исследованиями на клеточных линиях [94] идентифицировано >300 локусов микроРНК в геномных областях с активными энхан-серными маркерами, такими как гиперчувствительные сайты DNAse I, модификация ацетилирования гистона H3 Lys 27 (H3K27ac) и рекрутирование комплекса коактиваторов p300/CBP. Недавнее исследование [95] показало роль микроРНК-492 в качестве триггера энхансеров при прогрессировании рака поджелудочной железы.
В контексте клеточных популяций печени неканонические функции микроРНК остаются малоизученными. Они могут косвенно участвовать в ремоделировании хроматина за счет трансляционной репрессии ключевых участников этого процесса. Одним из примеров является микроРНК-885-5р, которая признана маркером прогрессирования ГЦК. В исследовании S. Zou с соавт. [96] выявлено увеличение уровня гистона H3K4me3, являющегося маркером транскрипционной доступности хроматина. Авторы связывают эффект с деконденсацией промотора гена TIGAR и увеличением его транскрипции.
Еще одним механизмом регуляции транскрипции с помощью микроРНК является образование в ядре комплекса микроРНК-589-5р с AGO2 и GW182. Комплекс напрямую связывается с промотором цикло-оксигеназы-2 (COX-2), тем самым активируя ее транскрипцию [97] и способствуя развитию фиброза печени
и прогрессированию ГЦК [98-100]. МикроРНК-552 регулирует экспрессию цитохрома P450 (CYP2E1) на уровне транскрипции и трансляции. МикроРНК-552 взаимодействует с крестообразной структурой в про-моторном регионе цитохрома, что препятствует связыванию транскрипционных факторов SMARCE1 и РНК полимеразы II [101].
Связываясь с промотером TATA-Box, микроРНК let-7i может активировать транскрипцию гена IL2, облегчая сборку инициаторного комплекса и присоединяя транскрипционные факторы TFIID, TFIIA, TFIIB, TFIIE и TFIIF [102]. Более того, установлено, что схожим образом происходит регуляция экспрессии FOXP3, ключевого фактора транскрипции для образования и развития T-регуляторных лимфоцитов Treg. Обнаружено, что передача сигнала IL-2/STAT5 повышает экспрессию FOXP3 не только классическим путем, но и за счет усиления экспрессии гена-предшественника микроРНК-4281, которая, связываясь с TATA-Box гена FOXP3, дополнительно активирует его транскрипцию [103]. В работе A.S. Kurt с коллегами [104] показана роль ^-опосредованного привлечения Treg для уменьшения воспалительных повреждений в модели токсического повреждения печени CCl4.
Ядерные микроРНК также могут образовывать функциональную петлю положительной обратной связи при транскрипции своего гена-хозяина. Например, микроРНК-483-5р, закодированная в гене IGF2, может транскрипционно повышать его экспрессию, что приводит к усилению прогрессии ГЦК in vivo [105].
Помимо генов, кодирующих белок, ядерные микроРНК также регулируют биогенез некодирующих РНК на уровне транскрипции. В частности, MALAT-1 представляет собой высококонсервативную IncRNA, которая играет регулирующую роль в регенераторных процессах и в заболеваниях печени, включающих фиброз, стеатоз, рак печени [106]. Сообщалось, что микроРНК-9 может связываться с AGO2 в ядре и регулировать транскрипцию MALAT-1 [107]. Более того, ядерные микроРНК также могут взаимодействовать с другими при-микроРНК и регулировать биогенез соответствующих микроРНК. Например, микроРНК-709 имеет 19 нуклеотидов, полностью комплементарных последовательности при-микроРНК-15а/16-1. МикроРНК-709 подавляет процессинг пре-микроРНК-15а/16-1 из при-микроРНК-15а/16-1 и, наконец, снижает уровень зрелой микроРНК-15a/16-1, что приводит к апоптозу клеток [108].
В исследовании [109] обнаружено, что ми-кроРНК-122 в ядре связывается с 19-нуклеотидным UG-содержащим распознающим элементом в ба-зальной области при-микроРНК-21 и предотвращает преобразование микропроцессором Drosha DGCR8 при-микроРНК-21 в пре-микроРНК-21. Этот механизм имеет важное значение для роста и пролиферации клеток, поскольку микроРНК-21 регулирует белок запрограммированной клеточной гибели 4 (PDCD4), который является опухолевым супрессором. Таким
образом, этот неклассический путь действия ми-кроРНК-122 объясняет ее проапоптотический эффект.
Роль микроРНК в поддержании гомеостаза и развитии патологии печени
В настоящее время существует несколько крупных исследований, направленных на выявление микроРНК, специфично экспрессирующихся в печени. Эти исследования рассматривают разнообразие се-кретируемых и внутриклеточных микроРНК на уровне как органа, так и отдельных клеток.
МикроРНК, регулирующие метаболизм печени
Многочисленные обзоры подчеркивают роль ми-кроРНК в регулировании энергетического метаболизма и детоксикационной функции печени, а также их вклад в развитие различных патологий [110-116]. Недавний обзор B.d.S. Goncalves с соавт. [117] рассматривает влияние дифференциальной экспрессии микроРНК на метаболизм липидов, углеводов и развитие резистентности к инсулину, жировой болезни печени, а также роль микроРНК, происходящих из печени, в развитии сердечно-сосудистых патологий.
Большое количество исследований посвящены поиску специфического для тканей и клеточных типов паттерна микроРНК и выявлению его роли в го-меостазе и развитии патологии. Классическим примером тканеспецифической микроРНК является микроРНК-122, которая составляет более 70% ми-кроРНома (miRNome) печени [118], однако повышенные уровни этой микроРНК также ассоциированы с развитием метаболического синдрома, в частности диабета, и общим риском смертности пациентов с сердечной недостаточностью [119, 120]. Несмотря на то, что микроРНК-122 экспрессируется преимущественно клетками печени, показано, что гиперэкспрессия микроРНК-122 в кардиомиоцитах способствует апоптозу кардиомиоцитов и развитию множественных патологий сердца [121]. Для микроРНК-122 аннотировано более 120 мишеней [122], связанных с широким спектром клеточных процессов. МикроРНК-122 играет ключевую роль в поддержании гомеостаза печени, поскольку модулирует экспрессию белков Cyclin G1, ADAM10, IGF1R, SRF и Wnt1 [123], а также регулирует дифференцировку гепатоцитов посредством нацеливания на компоненты сигнального пути Hippo [124].
Помимо микроРНК-122 профилирование транс-криптома выявило в общей сложности 277 микроРНК, экспрессируемых в печени, 166 из которых экспрес-сировались во всех проанализированных образцах, включая микроРНК-16, микроРНК-27Ь, микроРНК-30d, микроРНК-126 и несколько представителей семейства let-7 [125]. В различных работах также описана роль дифференциально экспрессирующихся микроРНК в развитии патологий. Так, гепатоцит-специфические функции были описаны для микроРНК-155 в контексте
алкогольного заболевания печени и модели частичной гепатэктомии [126, 127], а также для микроРНК-192 при остром повреждении печени и опосредованном вирусом гепатита С фиброгенезе печени [128].
Были выявлены микроРНК, которые участвуют в регуляции работы звездчатых клеток, продуцирующих внеклеточный матрикс печени. Активация пролиферации и синтетической активности звездчатых клеток опосредована микроРНК-130 через репрессию сирту-ина 4 [129], микроРНК-21 — за счет активации
РТЕ№АЮ-сигнапьного пути [130]. Индуцированная TGF-p активация микроРНК-199 и микроРНК-200 косвенно способствует фиброзу печени за счет увеличения экспрессии профибротических генов (например, коллагенов, матриксных металлопротеаз ММР) [131]. Для некоторых микроРНК показан антифибротический эффект за счет подавления активации звездчатых клеток и блокирования экспрессии отдельных компонентов внеклеточного матрикса. Так, микроРНК-29 и микроРНК-19Ь подавляют экспрессию рецептора трансформирующего фактора роста бета II (TGFpRII), тем самым снижая активацию звездчатых клеток [114, 132]. Подобно микроРНК-29, основному регулятору фиброза [133], члены кластера микроРНК-17-92 (включая микроРНК-19Ь [134]) значительно вовлечены в контроль активности звездчатых клеток и регенерацию печени [135].
В отличие от широко изученных микроРНК гепато-цитов и звездчатых клеток данные о специфических функциях микроРНК в клетках Купфера и холангио-цитах немногочисленны. Высказано предположение о том, что микроРНК-155 активируется в инфильтрирующих макрофагах и резидентных макрофагах (клетках Купфера), подвергшихся воздействию алкоголя, что способствует развитию воспаления и фиброза через регуляцию путей TLR4/NF-кB, КеарШгО, и это в конечном итоге приводит к развитию стеатоза, гепатита и цирроза [126, 127, 136]. МикроРНК-223, помимо поддержания липидного гомеостаза, управляет активацией и поляризацией иммунных клеток, что подробно рассмотрено в обзоре [137]. МикроРНК-223 способствует разрешению острого нейтрофильного ответа путем нацеливания на экспрессию !КК-а при ацета-минофен-индуцированном остром токсическом повреждении печени [138].
В целом микроРНК активно регулируют энергетический обмен в клетках печени. Они поддерживают го-меостаз митохондрий, нарушение их регуляции приводит к митохондриальной дисфункции [139]. Сложная регуляторная сеть, образованная микроРНК, поддерживает гомеостаз печени, обеспечивает ответ на стрессовые воздействия и координирует различные молекулярные каскады. Рассмотрим несколько примеров, иллюстрирующих роль микроРНК на различных уровнях регуляции в клетках печени. Сиртуины играют ключевую роль в энергетиче-ском/липидном обмене, окислительном стрессе, воспалительной реакции, митохондриальном гомеостазе,
аутофагии и некроптозе посредством регулирования множественных путей сигнальной трансдукции [140— 143]. Несмотря на большое количество микроРНК, идентифицированных как регуляторы сиртуинов в различных тканях, данных относительно их влияния на сиртуины печени мало. SIRT6, как и SIRT1, преимущественно локализован в ядре, где участвует в регуляции гликолиза и синтеза триглицеридов, а также р-окисления жирных кислот [143]. Показано [144, 145], что группа микроРНК-33а/Ь отрицательно регулирует экспрессию SIRT6 в клетках печени. Интересно, что микроРНК-122 также имеет сайт связывания в 3'-не-кодирующей области SIRT6 и опосредует его негативную регуляцию в адвентициальных фибробластах и печени, где они совместно регулируют окисление жирных кислот [146, 147].
SIRT3, основная деацетилаза в митохондриях, участвует во всех аспектах митохондриального метаболизма, а также в биогенезе и динамике митохондрий, обеспечивая защиту от АФК, регуляцию цикла трикарбоновых кислот Помимо облегчения митохондриального стресса SIRT3 может запускать митофагию, активируя FOXO3a [143]. Установлено, что микроРНК-34а-5р [148, 149] и микроРНК-421 (значительно увеличенная при НАЖБП [150]) могут прямо или косвенно регулировать SIRT3, тем самым подавляя экспрессию его генов и уровень белка в печени. Кроме того, микроРНК-210 нацеливается и подавляет белок сборки железосерного кластера (ISCU), который изменяет соотношение NAD+/NADH, косвенно влияющее на SIRT3 [151].
SIRT1 участвует в многочисленных метаболических путях, таких как глюконеогенез, гликолиз, окисление и синтез жирных кислот, окислительное фосфорилирование или азотный обмен, а также в нескольких фундаментальных и гомеостатических процессах, таких как митохондриальный биогенез, воспаление, апоптоз или онкогенез [142]. SIRT1 регулируется микроРНК-19Ь [152], микроРНК-22 [153], микроРНК 449а [154].
Одной из функций сиртуинов является деаце-тилирование, необходимое для активации белка PGC1a — основного контроллера митохондриально-го биогенеза, который играет жизненно важную роль в регуляции клеточного энергетического метаболизма [155]. PGCIa был идентифицирован как ген-мишень для микроРНК-871-5р [156], микроРНК-29с [157] в гепатоцитах. Показано, что для НАЖБП характерно снижение уровня мРНК и белка PGC1a, а также нарушение его связывания с промоторами ядерных респираторных факторов NRF1 и NRF2 [158], определяющих экспрессию множества ядерных генов, которые кодируют белки, нацеленные на митохондрии, такие как ДНК-полимераза y (POLG), ДНК-хеликаза (Twinkle). Эти белки необходимы для репликации мтДНК и митохондриального фактора транскрипции А (TFAM) [159]. Так, гиперэкспрессия микроРНК-378а-3р подавляла NRF1, способствуя накоплению липидов и
нарушению окисления жирных кислот, что приводило к обострению гепатостеатоза [160, 161].
W. Guo с соавт. [162] продемонстрировали роль ми-кроРНК-199-5р в регуляции гликолиза в клетках ГЦК. Подавление экспрессии микроРНК-199-5р с помощью индуцированного гипоксией фактора-1а способствало прогрессированию опухоли за счет эффекта Варбурга. Прямой мишенью микроРНК-199-5р, микроРНК-885-5р [163] и микроРНК-125Ь [164] в гепатоцитах является гексокиназа 2 (HK2), катализирующая первый необратимый этап гликолиза. Смещению энергетического метаболизма в сторону гликолиза также способствует повышение киназы пируватдегидрогеназы 4 (PDK4) [165, 166], что в свою очередь повышает агрессивность опухоли, однако снижает эффективность регенерации печени в модели частичной гепатэктомии [167, 168]. Регуляция PDK4 в печени опосредована микроРНК-9-5р [169] и микроРНК-129-5р [170], а ми-кроРНК-155 регулирует PDK4 через путь C/EBPp [171].
Изменение окислительно-восстановительного (ре-докс) состояния составляет важную основу многих заболеваний печени. Редокс-состояние меняется в процессе развития воспалительных, метаболических и пролиферативных заболеваний печени. В митохондриях и эндоплазматическом ретикулуме гепатоци-тов производятся активные формы кислорода (АФК) при участии ферментов цитохромов семейства Р450. В соответствующих условиях клетки запускают специфические молекулярные каскады, которые контролируют уровень окислительного стресса и поддерживают баланс между окислительными и антиоксидантными компонентами [172]. Редокс-чувствительный транскрипционный фактор Nrf2 является клеточным окислительно-восстановительным сенсором, который при повышении уровня АФК способствует транскрипции генов, защищающих клетки и ткани от окислительного стресса. Гены, регулируемые NRF2 через элементы антиоксидантного ответа (ARE), включают факторы, связанные с АФК и участвующие в обмене глутатиона, восстановлении тиоловых групп окисленного белка и НАДФН-продуцирующих ферментов, необходимых для ферментов, метаболизирующих лекарственные препараты, и антиоксидантных систем [173]. В контексте патологии печени NRF2-опосредованные ци-топротекторные реакции противодействуют развитию различных заболеваний этого органа, включающих алкогольные и неалкогольные заболевания печени, вирусный гепатит, фиброз и ГЦК. Активность NRF2 регулируется в печени несколькими микроРНК, в частности микроРНК-27а, микроРНК-142-5р, микроРНК-153 и микроРНК128 [174]. Регулирование стабильности NRF2 осуществляется через микроРНК-200а и ми-кроРНК-125Ь-5р, нацеленные на KEAP1, который способствует деградации NRF2 и усилению окислительного дистресса при фиброзе и нарушениях липидного обмена [175, 176]. Кроме того, микроРНК активно вовлечены в регуляцию других компонентов ответа на окислительный стресс в печени [177, 178].
Как и окислительный стресс, стресс эндоплазмати-ческого ретикулума (ЭПР-стресс) служит важной частью патогенеза заболеваний печени [179-181]. Более того, оба состояния неразрывно связаны [182-184]. Так, NRF2, являющийся ключевым участником ответа на окислительный стресс, может способствовать защите от ЭПР-стресса путем активации SIRT3 [185]. Нарушения липидного обмена приводят к окислительному и ЭПР-стрессу. ЭПР-стресс запускает активацию трех трансмембранных сенсоров ЭПР: IRE1a/ß, PERK и ATF6, функции которых заключаются в облегчении адаптации клеток к стрессу [186].
Активированный IRE1a приводит к распаду микроРНК, таких как микроРНК-17, микроРНК-34а, микроРНК-96а и микроРНК-125Ь, которые связаны с защитой клеток в условиях стресса, путем посттранскрипционной деградации регулятора апоптотической гибели клеток каспазы-2, белка, взаимодействующего с тиоредоксином TXNIP и др. [187-189]. Наиболее изученной из указанных микроРНК является микроРНК-34а, расщепление которой приводит к облегчению стеатоза посредством активации ß-окисления, транспорта жирных кислот и апоптоза (подробно рассмотрено в работе [190]). Активация PERK индуцирует экспрессию микроРНК-211, которая в свою очередь нацеливается на промотор chop/gadd153 и ослабляет его экспрессию. Это действие предоставляет клетке возможность восстановить гомеостаз до начала запуска апоптоза [191]. МикроРНК-211 также подавляет трансляцию циркадного регулятора Bmal1, что способствует ингибированию синтеза протеинов, которое необходимо для восстановления клеточного гомеостаза [192]. В настоящее время считается, что сигнальные ветви IRE1 и PERK противопоставлены и обеспечивают решение судьбы клетки в соответствии с тяжестью ЭПР-стресса [193, 194]. Существующий антагонизм обеспечен не только белок-белковым взаимодействием. Предполагается, что микроРНК-30с-2, активируемая PERK в сочетании с воспалительным транскрипционным фактором NF-kB, нацеливается на главный эффектор ветви ^Е1-транскрипционный фактор XBP1, регулирует его оборот и поддерживает баланс между про- и неадаптивными процессами в ЭПР-стрессе [195]. Облегчению ЭПР-стресса в гепатоцитах может способствовать микроРНК-26а [196] за счет нацеливания на эукариотический фактор инциа-ции eIF2a, который также ингибируется при активации PERK. Примечательно, что в моделях неалкогольной жировой болезни печени и в печени пациентов с НАЖБП экспрессия микроРНК-26а является подавленной. Недавнее исследование показало, что ATF6 служит прямой мишенью микроРНК-149 и может облегчить ЭПР-стресс при НАЖБП за счет уменьшения воспалительной реакции и предотвращения активации каспазы 12 [197].
Таким образом, микроРНК обеспечивают регуляцию широкого спектра метаболических процессов в различных клеточных популяциях печени. Изменение
их экспрессии служит адаптивной функцией и также является частью механизма прогрессии патологий.
Межклеточная коммуникация
Современными исследователями внеклеточные везикулы рассматриваются как одни из ключевых медиаторов межклеточной коммуникации, поскольку они осуществляют как локальную ауто- и паракринную регуляцию, так и эндокринную регуляцию. Активно исследуются различные аспекты биогенеза и функционирования внеклеточных везикул в норме и при различных патологиях. В обзорах [198-200] подробно рассмотрены текущие представления о биологии внеклеточных везикул.
В настоящее время не вызывает сомнений, что молекулы, находящиеся во внеклеточных везикулах, отражают патологические процессы, происходящие в клетках [201-204]. С момента открытия в 2007 г. возможности переноса мРНК и микроРНК в везикулах [205] регуляторную роль нуклеиновых кислот начали исследовать наиболее активно. В последние годы появились некоторые базы данных и созданные сообществом каталоги молекул, идентифицированных во внеклеточных везикулах, например Vesiclepedia (H. Kalra с соавт. [206]), Exocarta (S. Mathivanan и R.J. Simpson [207]), exRNA (O.D. Murillo с соавт. [208]) и ExoRBase (h. Lai с соавт. [209]).
В исследовании [210] выявлено, что 210 из 664 (34%) проанализированных микроРНК дифференциально экспрессируются во внеклеточных везикулах, полученных от различных типов клеток, что соответствует представлениям о специфических профилях микроРНК и механизмах их распределения (сортировки), характерных для различных клеток. Авторы также продемонстрировали, что в зависимости от типа клеток определенные микроРНК могут либо преимущественно экспортироваться, либо, наоборот, сохраняться в клетке. В исследовании L. Santangelo с соавт. [211] выявлена система сортировки микроРНК в гепатоци-тах. Белок SYNCRIP опосредует транспорт в везикулы микроРНК, имеющие мотив hEXO (GGCU), который был общим примерно для 60% микроРНК, преимущественно находящихся в экзосомах. Авторы полагают, что этот механизм может работать как независимо, так и синергетически с другими механизмами, например с ранее открытым hnRNPA2B1-GGAG [212].
Для некоторых микроРНК внутриклеточные изменения соответствовали наблюдаемым изменениям концентрациии микроРНК в сыворотке. Активация микроРНК-571 в гепатоцитах и звездчатых клетках сопровождалась повышенным уровнем этой микроРНК в сыворотке крови, что коррелировало со стадией фиброза печени у пациентов, в то время как более низкие уровни микроРНК-652 в сыворотке коррелировали со снижением экспрессии этой микроРНК в моноцитах и отражали степень воспаления печени [213].
Сообщается также об асимметрии сортировки микроРНК-122 в печени при НАЖБП. МикроРНК-122
является ключевым регулятором гомеостаза липи-дов в печени [214], и ее повышение было выявлено при развитии НАЖБП [215, 216]. Авторы [217] обнаружили, что при НАЖБП происходит увеличение уровня внеклеточной микроРНК-122, однако уровень этой же микроРНК в гепатоцитах резко снижается. Это может быть частью регуляторного механизма, описанного T. O'Grady с соавт [218]. Согласно полученным ими результатам, белок HNRNPA2B1 может опосредовать регуляцию клеточного транскриптома, участвуя в упаковке микроРНК, мРНК и IncRNA в везикулы, что позволяет клетке избавиться от нежелательных транс-криптов.
Помимо внеклеточных везикул перенос микроРНК осуществляют альбумины [219], липопротеины высокой плотности (ЛПВП) размером от 5 до 12 нм, липопротеины низкой плотности (ЛПНП) размером от 18 до 25 нм, хиломикроны размером до 1200 нм, которые распространены в кровообращении и, вероятно, представляют собой преобладающий тип частиц в препаратах плазмы [220-223]. ЛПВП и ЛПНП, как и хиломикроны, могут также транспортировать микроРНК и, следовательно, представляют собой важный переносчик микроРНК в кровотоке [224, 225]. С учетом факта, что печень является одним из основных источников липопротеинов в крови, можно сделать вывод: диагностический потенциал микроРНК, переносимых липопротеинами, огромен. Однако сложность проведения экспериментов по выделению и изучению отдельной от внеклеточных везикул фракции липопротеинов делает эти исследования крайне труднодоступными.
J. Wagner с коллегами [226] анализировали микроРНК, переносимые липопротеинами крови. По результатам исследования установлено, что ЛПВП более обогащены микроРНК, чем ЛПНП. При этом авторы предполагают, что 8% (более 10 000 копий/мкг) циркулирующей микроРНК-223 связаны с ЛПВП.
Первые доказательства биологической функциональности микроРНК, переносимой ЛПВП, были представлены в 2011 г. K.C. Vickers с соавт. [227]. Авторы показали, что нативные ЛПВП, нагруженные мимети-ками микроРНК-375 или микроРНК-223-3р, эффективно доставляют эти микроРНК в культивируемые гепатоциты человека с сопутствующим снижением уровней мРНК двух предполагаемых генов-мишеней микроРНК-223-3р. Они установили, что перенос ми-кроРНК, связанной с липопротеинами, в клетки-реципиенты в основном зависит от рецептора-мусорщика класса B типа 1 (SR-BI).
МикроРНК и вирусные заболевания
При вирусной инфекции микроРНК выступают как регуляторы вирусной репликации, антиген-презентации и иммунного ответа. Они могут также вызывать широкий спектр цитотоксических эффектов. Вирусы не только являются причиной аберрантной экспрессии микроРНК хозяина, но и кодируют собственные
микроРНК [228]. Первое сообщение о кодировании микроРНК вирусами относится к 2004 г., когда были найдены первые микроРНК вируса Эпштейна-Барр [229]. В настоящее время известно 44 зрелых ми-кроРНК, кодируемых в геноме вируса Эпштейна-Барр [230, 231]. Недавние исследования показали наличие вирусной микроРНК CoV2-miR-O7a у коро-навируса. Исследователи предполагают, что эта микроРНК регулирует передачу сигнала интерферонов [232-234].
По оценкам ВОЗ, в 2015 г. 257 млн человек (3,5% населения) живут с хронической инфекцией гепатита B (HBV), при этом 2,7 млн из них коинфици-рованы ВИЧ (https://www.who.int/publications/i/item/ 9789241565455).
Инфицирование вирусом HBV является не только причиной гепатита, но и увеличивает риск развития ГЦК в 100 раз [234]. Однако имеющиеся на сегодняшний день данные не позволяют в полной мере описать процессы, лежащие в основе злокачественной трансформации.
Первая микроРНК вируса HBV была идентифицирована относительно недавно, в 2017 г. HBV-miR-3 расположена в нуклеотидах с 373-го по 393-й геном HBV [235]. HBV-miR-3 нацеливается на уникальный участок транскрипта HBV размером 3,5 тыс. пар нук-леотидов. Позднее авторы [236] выявили, что данная микроРНК может усиливать интерферон-опосредованный противовирусный ответ, а также способствовать поляризации макрофагов M1 и усилению секреции IL-6 через прямое ингибирование SOCS5. HBV-miR-3 связывается с 3'-областью мРНК опухолевого супрессора PTEN, подавляя его трансляцию, что способствует уходу опухолевых клеток от апоп-тоза и усилению их пролиферации [237]. Еще одна микроРНК, кодируемая вирусом гепатита В, была открыта в 2022 г. V. Loukachov c соавт. [238]. HBV-miR-6 находится между нуклеотидами 255 и 325 генома HBV. Авторы предполагают ее участие в репликации и выделении вирусных частиц, поскольку уровень мРНК ни одной из 25 предполагаемых мишеней, идентифицированных miRDB, не изменялся при гиперэкспрессии HBV-miR-6, при этом уровень ее экспрессии коррелировал с уровнем ДНК HBV в печени и поверхностного антигена HBsAg в плазме. В отличие от ранее идентифицированной в образцах гепатомы HBV-miR-3, HBV-miR-6 была выявлена на более ранних этапах развития заболевания, что может говорить о переключении экспрессии микроРНК на разных этапах заболевания.
Клеточные микроРНК также могут влиять на репликацию вирусных геномов и регулировать противовирусный ответ. Одним из примеров таких микроРНК является микроРНК-122, которая способствует репликации вируса гепатита С, защищая его от деградации и изменяя конформацию вирусной РНК, делая сайт инициации трансляции (IRES) доступным для ферментов [239-242].
МикроРНК в клинике: диагностические и терапевтические возможности
Диагностика на основе микроРНК
Благодаря большому количеству накопленных знаний о биологической функции микроРНК и изменениях микроРНома при развитии широкого спектра патологий в настоящее время микроРНК активно исследуют в качестве диагностического, прогностического и терапевтического инструмента в клинической практике. На данный момент в базе данных клинических испытаний ClinicalTrials.gov (https://clinicaltrials.gov) по запросу "microRNA" насчитывается 509 результатов, однако только 35 из них содержат ключевые термины, связанные с печенью, при этом подавляющее большинство исследований посвящены диагностике на основе микроРНК. В обзоре T. Kim и C.M. Croce [243] рассматриваются перспективные клинические испытания диагностических панелей и препаратов на основе микроРНК для лечения онкологических заболеваний. Авторы подчеркивают, что плейотропность действия микроРНК служит как препятствием на пути создания микроРНК-терапии за счет неожиданных нецелевых эффектов, так и главным преимуществом, поскольку канцерогенез характеризуется сложными эпигенетическими изменениями, лежащими в его основе. Заболевания печени не являются исключением. В недавнем обзоре X. Zhao с соавт. [244] подробно рассмотрены биологическая функция, участие в патогенезе и диагностический потенциал микроРНК внеклеточных везикул, секретируемых разными типами клеток печени.
МикроРНК могут выступать в качестве новых биомаркеров различных патологий, поскольку они очень стабильны и легко обнаруживаются в периферической крови. Исследования по профилированию экспрессии генов выявили изменения в экспрессии микроРНК при ряде заболеваний человека. Сложность регуляции микроРНК не позволяет использовать только одну микроРНК в качестве маркера определенного заболевания. Огромные усилия направлены на поиск панелей микроРНК, которые могли бы помочь диагностировать заболевание с высокой точностью, отследить его прогрессию и соответствующим образом скорректировать схему лечения. Активно разрабатываются многочисленные панели микроРНК для диагностики ГЦК [245, 246], фиброза [244, 247], стеатоза [190, 248], реакции острого отторжения трансплантата печени [249] и других патологий.
Эксперименты по выявлению микроРНК-биомар-керов обычно состоят из фазы открытия и фазы проверки. На этапе открытия параллельно проводится анализ сотни микроРНК, чтобы идентифицировать кандидатные биомаркеры. Из-за большой стоимости высокопроизводительных экспериментов количество людей, включенных в такие исследования, часто слишком мало, что может легко привести к получению ложноположительных и ложноотрицательных ре-
зультатов. На этапе проверки небольшое количество идентифицированных кандидатов-биомаркеров измеряется в большой выборке опытных и контрольных образцов, как правило, с помощью количественной ПЦР (кПЦР). Хотя кПЦР является чувствительным методом измерения микроРНК в крови, дизайн эксперимента и анализ данных кПЦР остаются слабым местом многих исследований. Пропуск некоторых важных шагов при планировании и анализе эксперимента по количественной ПЦР или их неправильное выполнение могут привести к серьезным систематическим ошибкам. Подробные рекомендации по планированию и проведению экспериментов по выявлению РНК и микроРНК биомаркеров приведены в работах [250-252].
Терапевтические подходы к лечению заболеваний печени, основанные на применении микроРНК
Манипулирование уровнем экспрессии микроРНК может одновременно влиять на широкий спектр клинически важных мишеней, что открывает многообещающие терапевтические возможности. Направления работы по созданию терапии на основе микроРНК можно разделить на две большие группы: заместительная терапия микроРНК (усиление или восстановление экспрессии эндогенных микроРНК, которые действуют как супрессоры патологии) и супрессия микроРНК (снижение экспрессии или функциональ-
ное блокирование микроРНК, которые действуют как драйверы патологии). Способы доставки нуклеиновых кислот и основные терапевтические стратегии с использованием микроРНК представлены на рис. 2.
Для изменения уровня экспрессии микроРНК обычно используются нуклеиновые кислоты, в том числе ингибиторы микроРНК на основе олигонуклеотидов (anti-miR), микроРНК-губки и др., а также агонисты микроРНК: синтетические микроРНК (miRNA mimics), рекомбинантные векторы экспрессии, несущие последовательности, кодирующие микроРНК и т.д. Отдельно стоит выделить терапевтические подходы, основанные на применении биоактивных веществ и лигандов, влияющих на транскрипцию, процессинг и функционирование микроРНК [253]. В обзорной статье A.S. Doghish с соавт. [254] приводятся примеры микроРНК, рассматриваемых в качестве терапевтических мишеней для воздействия ингибиторами или для заместительной терапии при различных заболеваниях печени. В метаанализе Y. Zhu с соавт. [255] представлены 96 исследований, в которых изучали терапевтическое воздействие 56 различных микроРНК на НАЖБП/НАСГ. Авторы отмечают роль микроРНК-34а, микроРНК-21, а также семейства микроРНК-130 и ми-кроРНК-146 в прогрессировании патологий печени.
Снижение активности микроРНК в основном достигается за счет применения губок микроРНК, антисмысловых олигонуклеотидов (ASO), маскирующих
Активация микроРНК
Типы систем, доставки Липидные
Пипосома Липидная липосома наночастица
Эмульсия Полимерные
Подавление микроРНК
Экспрессия при-микроРНК
1ÜJ
iXoalNAc)
(Химически модифицированные микро/микроРНК у
Полимерсома Дендример
ш
Полимерная мицелла Неорганические
II о
Кремниевая Наночастица наночастица оксида железа
ч
Золотая наночастица
Стерическое блокирование микроРНК
МикроРНК v ........v N.
Связывание МикроРНК- микроРНК связывающий сайт
Рис. 2. Способы доставки нуклеиновых кислот и основные терапевтические стратегии с использованием микроРНК
микроРНК, или с помощью антисмысловых олиго-нуклеотидов, нацеленных на микроРНК (AMO) [256]. Технология «микроРНК-губка» заключается в запуске экспрессии молекул мРНК с несколькими сайтами связывания с целевой микроРНК, которые будут действовать как приманка или губка для улавливания таргетных микроРНК. Таким образом, эндогенная мРНК-мишень будет сохранена и сможет нормально функционировать [257]. Подобно эндогенным ми-кроРНК-губкам, вводимые конструкции могут быть лианеризованными и циркулярно-замкнутыми (как эндогенные кольцевые РНК), что повышает их стабильность и уменьшает нецелевые эффекты [258, 259]. Существенным ограничением данной технологии является высокая стоимость. Зачастую также требуется применение вирусных векторов для их доставки в клетку и подбор промоторов, обеспечивающих высокую экспрессию в конкретном типе клеток. Кроме того, для подобных конструкций характерны высокая им-муногенность и цитотоксичность. Однако микроРНК-губки могут нести множество сайтов связывания ми-кроРНК, что позволяет одновременно регулировать большое количество мишеней.
Технология антисмысловых олигонуклеотидов, маскирующих мишени микроРНК (микроРНК-маска (miR-mask), также известная как BlockmiR, протекторы мишени или блокаторы сайтов-мишеней), основана на обратном подходе: вместо блокирования целевой микроРНК эти молекулы защищают мРНК, функцию которой желательно сохранить. Более того, технология miR-mask нацелена на микроРНК геноспецифич-ным образом, т.е. олигонуклеотиды предназначены для защиты конкретных сайтов мРНК и, следовательно, экспрессии интересующего белка. Это позволяет не затрагивать прочие транскрипты, регулируемые микроРНК, что способствует снижению нецелевых эффектов терапии [260]. Одним из возможных препятствий применению miR-mask может стать наличие множественных сайтов связывания seed-области микроРНК в кодирующих и 5'-областях мРНК.
Этот подход можно дополнительно комбинировать с губками микроРНК (технология Sponge miR-mask), чтобы блокировать доступ нескольких членов микроРНК к их сайтам связывания на мРНК, что приводит к активации экспрессии белков. Sponge-miR-mask предназначена для связывания за счет частичной комплементарности с 3'UTR всех целевых мРНК зародышевого сайта семейства микроРНК длиной 8 нук-леотидов. Однако технология Sponge miR-mask имеет плохую генную специфичность, поскольку эти молекулы могут блокировать экспрессию всех генов, связанных с одним и тем же сайтом связывания мишени всего семейства микроРНК [261].
Самый популярный подход к коррекции аберрантной экспрессии микроРНК основан на синтезе антисмысловых олигонуклеотидов с последовательностью, комплементарной микроРНК. Чтобы улучшить биостабильность и аффинность связывания с целе-
вой микроРНК, anti-miR требуют химических модификаций. Модификации включают внесение фос-форотиоатных связей в межнуклеотидные связи, модификацию сахара 2'-0-метил РНК (2'OMe) у antagomiR или введение оснований замкнутых нуклеиновых кислот (LNA) у LNA-anti-miR. Anti-miR с химическими модификациями с более низким сродством, такими как 2'OMe, вызывают деградацию микроРНК, в то время как anti-miR с химическими модификациями, повышающими сродство к мишени, такие как LNA, не индуцируют деградацию микроРНК, но ингибируют целевую микроРНК посредством механизма стерической блокировки [262]. В то время как antagomiR конъюги-рованы с холестерином, что облегчает их клеточное поглощение, LNA-anti-miR имеют фосфоротиоатный остов, обеспечивающий большую стабильность, высокую аффинность связывания и хорошие фарма-кокинетические свойства [263]. Миравирсен (анти-микроРНК-122) представляет собой антисмысловой LNA-олигонуклеотид к микроРНК, который одним из первых был использован в клинических испытаниях как таргетный препарат для лечения гепатита С [264].
Заместительная микроРНК-терапия направлена на восстановление уровня микроРНК, снижение которого способствует прогрессированию патологии. В качестве экзогенных микроРНК могут быть использованы синтетические двуцепочечные микроРНК (miRmimic), несущие различные химические модификации, некоторые из которых будут рассмотрены в следующем разделе. МикроРНК могут быть доставлены в клетку в виде транскрибируемого в ядре вектора, который затем проходит классический путь биогенеза ми-кроРНК от стадии при-микроРНК [265] или пре-ми-кроРНК [266]. Кроме того, малые интерферирующие РНК (миРНК, siRNA), действуя подобно микроРНК с высокой комплементарностью к мишени, обладают более узким репертуаром мишеней по сравнению с канонически спаренными микроРНК за счет комплементарных участков за пределами seed-региона, что также дает возможность AGO2 расщеплять мРНК за счет эндонуклеазной активности, обеспечивая эффективность нокдауна более 80% [267]. Несмотря на простоту дизайна и широкий спектр мишеней миметиков микроРНК, миРНК обладают меньшим количеством нецелевых эффектов, что дает им преимущество в клинических испытаниях.
Следует отметить, что имитаторы двухцепочечной микроРНК потенциально могут индуцировать неспецифический интерфероновый ответ TLR-зависимыми и TLR-независимыми путями [268]. Другой потенциальной проблемой заместительной терапии микроРНК является проблема введения супрафизиологических концентраций микроРНК при попытке восстановить уровень микроРНК, что ведет к поглощению нецелевыми тканями, а также включению в RISC пассажирских цепей, накоплению продуктов модификаций микроРНК. Таким образом, целевая доставка мимети-ков микроРНК в соответствующий тип клеток или тка-
ней будет важна для предотвращения нежелательных побочных эффектов этого терапевтического подхода.
Системы доставки
Для доставки биоактивных молекул в качестве терапевтических агентов применяется как пассивная, так и адресная доставка. Пассивная доставка определяется внутренними свойствами и анатомией ткани или типа клеток. Специфические лиганды или распознающие молекулы для пассивной доставки лекарственного средства не являются необходимыми [269]. Одной из функций мононуклеарной фагоцитарной системы (МФС) является захват и удаление инородных тел, находящихся в системе кровообращения, для защиты организма от вредного воздействия. Следовательно, микроРНК при условии достаточной стабильности имеют тенденцию накапливаться посредством пассивной доставки в печени, селезенке, лимфатических узлах и почках, которые являются фильтрующими органами, принадлежащими МФС [270].
В отличие от большинства других тканей печень не имеет непроницаемой базальной мембраны. Следовательно, в отсутствие препятствий, таких как агрегация или связывание с белками [271], большинство носителей микроРНК демонстрируют быстрое пассивное накопление в печени после системного введения. Пассивное нацеливание на клетки печени в основном определяется диаметром фенестр, образуемых синусоидальными клетками печени, которые обеспечивают селективность в отношении клеток Купфера и синусоидальных клеток (>100 нм), с одной стороны, или гепатоцитов и звездчатых клеток (<100 нм) — с другой стороны. В опухолевых тканях накопление наночастиц может быть значительно облегчено за счет характерной для опухоли негерметичной сосудистой сети и увеличенного расстояния между эндотелиальными клетками сосудов [272].
Несмотря на эффективность пассивного поглощения наночастиц печенью, большое количество нецелевых эффектов, обусловленных накоплением в почках, легких, селезенке и других органах, создают потребность в более специфичной направленной доставке. Существует несколько подходов к активной таргетной доставке микроРНК, включающих конъюгацию, ви-рус-ассоциированную доставку и модифицированные наночастицы. Несмотря на экспериментальное доказательство того, что подходы к доставке микроРНК, ассоциированные с вирусами, эффективны при лечении онкологических заболеваний, соображения безопасности, связанные с использованием вирусов, на данный момент ограничивают их клиническое применение, и другие невирусные системы доставки кажутся более многообещающими [273].
Метод конъюгации, в которой липиды или лиган-ды, нацеленные на клеточные рецепторы, непосредственно связываются с микроРНК, является одним из популярных подходов для доставки микроРНК. Печень активно поглощает широкий спектр высоко-
и низкомолекулярных соединений, что позволяет с высокой эффективностью использовать микроРНК, соединенные с различными лигандами. В качестве специфичного сайта нацеливания в печени может выступать азиалогликопротеиновый рецептор 1 (ASPGR1), представляющий собой трансмембранный белок и экспрессирующийся преимущественно на мембране гепатоцитов [274]. Специфическое связывание N-ацетилгалактозамина (GalNAc) с ASPGR1 приводит к быстрому эндоцитозу. По состоянию на август 2023 г. четыре миРНК, конъюгированные с GalNAc (гивосиран, люмасиран, инклизиран и вутри-сиран), от биофармацевтической компании Alnylam Pharmaceuticals были одобрены для клинического использования. Гивосиран предназначен для подавления печеночной синтазы 5-аминолевулиновой кислоты 1 (ALAS1) для лечения острой печеночной пор-фирии, вызванной нарушением экспрессии ALAS1, которое может привести к накоплению токсичных метаболитов. Лумасиран используется для лечения первичной гипероксалурии 1-го типа путем ингибиро-вания экспрессии оксидазы гидроксикислот 1 (HAO1), что приводит к снижению уровня оксалатов в печени. Инклизиран снижает уровень экспрессии печеночной протеинконвертазы субтилизина/кексина типа 9 (PCSK9), что приводит к снижению уровня холестерина ЛПНП. Это лекарство используется для лечения гиперхолестеринемии, характеризующейся повышенным уровнем холестерина ЛПНП, связанным с сердечно-сосудистым риском. Вутрисиран воздействует на мРНК транстиретина (TTR) и снижает уровень в крови белка TTR, который в первую очередь вырабатывается печенью. Препарат используется для лечения амилоид-транстиретин-опосредованного (ATTR) амилоидоза. J.L.S. Willoughby с соавт. [275] показано: при 50% снижении экспрессии ASPGR сохраняется эффективность поглощения конъюгатов GalNAc-миРНК, что предполагает независимые механизмы интернализации и дает возможность использования для лечения патологий, сопровождающихся снижением ASPGR в печени, включающих застойную сердечную недостаточность, алкогольный цирроз печени, цирроз печени Лаеннека, билиарный цирроз печени, а также новообразования печени и ГЦК. GalNAc может быть также дополнительно связан с другими функциональными группами. Так, компания Arrowhead Pharmaceuticals использовала сочетание GalNAc и карбоксидиметилмалеинового ангидрида для создания «протонной помпы» и выхода миРНК из эндосом, что защищает их от деградации и способствует выходу в цитоплазму [276]. Кроме того, для доставки в печень микроРНК в качестве конъюгатов применяют холестерин, липиды, витамин Е (а-токоферол) и другие вещества, опосредующие преимущественное поглощение определенным типом клеток печени (перечислены в обзорах [272, 277]).
К невирусным носителям для доставки микроРНК относятся липосомы, мицеллы, дендримеры, а также
обзоры
наиболее часто используемые липидные и полимерные наночастицы. Наночастицы обычно включают катионный компонент, который образует комплексы с анионными микроРНК, таким образом защищая их от деградации и обеспечивая взаимодействие с клеточными мембранами для облегчения клеточного поглощения. Наночастицы на основе липидов являются наиболее распространенным классом на-нопрепаратов, одобренных регулирующими органами FDA или EMA. Эти носители имеют множество преимуществ, таких как высокая биосовместимость, простота получения, высокая эффективность инкапсуляции и универсальность, что важно для их применения в клинике. Липосомы были впервые внедрены в клиническую практику в 1990-х годах как контейнеры, нагруженные доксорубицином (Доксил), и имели большой успех в лечении рака [277]. Затем были разработаны наиболее стабильные твердые липидные наночастицы и наноструктурированные липидные носители [278]. Катионные липиды с гидрофильными головками и гидрофобными хвостами формируют комплекс с анионной нуклеиновой кислотой, образуя липоплекс. Катионные липоплексы могут включать вспомогательные липиды, облегчающие нацеливание на определенный тип клеток. Например, модифицированные галактозой ароматические липиды использовались для нацеливания на гепатоциты [279]. Кроме того, липоплексы неиммуно-генны и доступны в виде разнообразных коммерческих продуктов, например Lipofectamine RNAi-MAX, SiPORT (Invitrogen, США), SilentFect™ (Bio-Rad, США) и DharmaFECT (Dharmacon, США). Взаимодействие между катионными липидами липоплекса и анионными липидами эндосом провоцирует активный обмен липидами и образование бреши, через которую нуклеиновые кислоты попадают в цитоплазму [280]. Немодифицированные катионные липоплексы использовали для доставки микроРНК in vivo, но их эффективность была низка [281]. Чтобы обойти эту проблему, было использовано несколько модификаций. Конъюгирование функциональной группы полиэтиленгликоля (ПЭГ) с катионными липидами помогает избежать фагоцитоза и агглютинации с эритроцитами, тем самым улучшая общую эффективность доставки в печень [282, 283]. Кроме того, липоплексы, как и другие наночастицы, могут быть использованы для совместной доставки лекарственных средств. Так, F. Xu с соавт. [284], используя липоплексы DOTAP, осуществили совместную доставку доксорубицина и микроРНК-101 в клетки ГЦК. Основным недостатком катионных липоплексов является их неспецифическое взаимодействие с другими белками, что приводит к побочным эффектам и нестабильности. Эта проблема была решена благодаря использованию нейтральных липоплексов для доставки микроРНК.
На базе липидных наночастиц разрабатываются миРНК-препараты для борьбы с фиброзом.
ND-L02-s0201 имеет в своем составе миРНК, нацеленную на белок теплового шока 47 (HSP47), необходимый для правильного фолдинга проколлагена в эндоплазматическом ретикулуме. Липидные наночастицы несут конъюгированный с ретиноидом таргет-ный агент (ди-ретинамид-ПЭГ-ди-ретинамид), который способствует поглощению наночастиц клетками-мишенями (звездчатыми клетками печени при фиброзе печени или миофибробластами легких при легочном фиброзе) [285].
В методах полимерной доставки часто применяют полиэтиленимины (PEI), в которых положительно заряженные аминогруппы образуют комплекс с анионной нуклеиновой кислотой, тем самым защищая РНК от разрушения и обеспечивая клеточное поглощение. В качестве систем-носителей микроРНК используются как линейные, так и разветвленные PEI с низкой и высокой молекулярной массой [286]. Однако низкая эффективность трансфекции и ци-тотоксичность делают PEI непригодными для клинического применения. Для того чтобы преодолеть данные ограничения, авторы работы [287] использовали фторирование PEI, что снижало его цитоток-сичность и приводило к более эффективному накоплению наночастиц в печени с меньшим нецелевым накоплением в легких. Другие полимеры, такие как полиэтиленгликоль (PEG) или поли-Ь-лизин (PLL), при ковалентном слиянии с PEI помогают улучшить его биосовместимость, делая менее токсичным для клеток [288].
Сополимер полимолочной кислоты (PLA) и поли-гликолевой кислоты, а именно полилактид-ко-глико-лид (PGLA), представляет собой другой одобренный FDA биоразлагаемый полиэфир, используемый для доставки анти-микроРНК [289]. В исследовании [290] было показано, что наночастицы PGLA размером около 270 нм поглощаются преимущественно клетками Купфера. Гидрофобность PGLA снижает эффективность доставки его микроРНК. Дендримеры представляют собой высокоупорядоченный ветвистый полимер, образующий комплекс с нуклеиновыми кислотами на основе ионных взаимодействий. Положительно заряженные синтетические полиаде-ноаминовые (PAMAM) дендримеры биоразлагаемы, обладают более высокой эффективностью трансфек-ции и меньшей цитотоксичностью по сравнению с другими полимерами. В исследовании F. Wang с соавт. [291] внутривенная инъекция дендримеров PAMAM и PEG — нанографеноксида, связанного с анти-ми-кроРНК-21, — была успешно доставлена в целевые опухолевые ткани. Дендримеры PAMAM использовали для доставки коротких активирующих РНК (saRNA) с целью увеличения выработки эндогенного альбумина при одновременном снижении опухолевой нагрузки в печени [292]. Другой подход заключается в использовании полимерных мицелл, состоящих из гидрофильного и гидрофобного полимера. Так, доксорубицин и опухолевый супрессор микроРНК-34а были совместно
доставлены в раковые клетки с использованием этой стратегии [293].
Системы доставки
на основе неорганических соединений
Неорганические соединения, которые используют для разработки носителей микроРНК, в первую очередь включают золото, магнитные наночастицы на основе Fe3O4 и наночастицы на основе кремнезема. Эти наночастицы с функциональными тиоловыми или аминогруппами могут обеспечить более сильное взаимодействие с микроРНК, тем самым облегчая его доставку [294]. В статье X. Li с соавт [287] рассматривается влияние модификации поверхности золотых нанчастиц хитозаном, PEG и PEI на захват различными клетками и выход наночастиц в пространство Диссе печени. Наночастицы кремнезема термостабильны, биосовместимы, имеют большую площадь поверхности и объем пор, что делает их подходящими носителями микроРНК и анти-микроРНК [295]. Преимуществом магнитных наночастиц является возможность их нацеливания с помощью магнитного поля. Различные модификации магнитных наночастиц позволяют предотвратить агрегацию наночастиц в магнитном поле, а также снизить их цитотоксичность. Нанокомплекс, состоящий из наночастиц Fe3O4 и полимеров, а именно полиглутаминовой кислоты и PEI, показал многообещающие результаты при доставке in vivo. У пациентов с ксенотрансплантатами системное введение этого нанокомплекса в сочетании с рутинной химиотерапией доцетакселом подавляло рост опухоли, тем самым улучшая его терапевтический потенциал [296]. Магнитные наночастицы без модификаций покрытия, а также покрытые декстраном, рутином и метокси-ПЭГ-фосфатом демонстрировали преимущественное накопление в печени и селезенке [297].
Исследования, направленные на внедрение микроРНК в клиническую практику, подчиняются общим требованиям к проводимым экспериментам, однако существующая специфика вносит дополнительные этапы контроля, которые необходимы для соблюдения прозрачности эксперимента. Общие положения по проведению экспериментов и возможные методы выявления целевых транскриптов для малых некодирующих РНК приведены в обзоре D.W. Thomson с соавт. [298]. Схема эксперимента с использованием антисмысловых нуклеотидов и дву-цепочечных РНК подробно описана в рекомендациях K.T. Gagnon и D.R. Corey [299]. Приведенные рекомендации не являются исчерпывающими и дополняются различными этапами контроля в зависимости от специфики эксперимента. Тем не менее ключевые этапы создания микроРНК-терапии включают подтверждение перечня регулируемых транскриптов в условиях, максимально близких к необходимым, выявление физиологической реакции клетки на гиперэкспрессию/ нокаут интересующей молекулы, подтверждение эффекта не только с помощью измерения уровня транс-
крипции, но и проведения иммунопреципитационных анализов для выявления изменения уровня интересующих белков. В случае использования носителей различной природы необходимо проанализировать клеточное поглощение, кинетику высвобождения молекул из носителя [300], а также цитотоксичность нагруженного носителя, поскольку не только сам носитель, но и двуцепочечная РНК, как упоминалось ранее, может запустить интерфероновый ответ.
Заключение
В настоящее время накоплено большое количество знаний об изменениях экспрессии микроРНК при различных патологиях, что позволяет создавать диагностические панели на основе микроРНК, однако на пути к терапевтическому применению микроРНК стоит большое количество нерешенных вопросов. Развивающиеся методы высокопроизводительных анализов помогают анализировать взаимодействия между различными микроРНК и их мишенями внутри одной клетки, оценивать изменения протеома, а также создавать модели этих взаимодействий для последующего практического применения. Важнейшая роль микроРНК в регуляции клеточных процессов не вызывает сомнения, более того, большая доля эффектов микроРНК остается неизученной, поскольку они выходят за рамки канонической модели трансляционной репрессии, опосредованной микроРНК. Последние достижения в разработке терапии на основе малых интерферирующих РНК для лечения заболеваний печени открывают широкие перспективы применения микроРНК для лечения более комплексных патологий печени за счет более широкого спектра регулируемых мишеней.
Вклад авторов: Д.С. Козлов — написание текста научной статьи; С.А. Родимова, Д.С. Кузнецова — редактирование обзора; Д.С. Кузнецова — курирование научной статьи.
Финансирование исследования. Работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (проект №23-25-00100).
Конфликт интересов. Авторы подтверждают отсутствие конфликтов интересов.
Литература/References
1. Selbach M., Schwanhäusser B., Thierfelder N., Fang Z., Khanin R., Rajewsky N. Widespread changes in protein synthesis induced by microRNAs. Nature 2008; 455(7209): 58-63, https://doi.org/10.1038/nature07228.
2. Kozomara A., Birgaoanu M., Griffiths-Jones S. miRBase: from microRNA sequences to function. Nucleic Acids Res 2019; 47(D1): D155-D162, https://doi.org/10.1093/nar/gky1141.
3. Reichholf B., Herzog V.A., Fasching N., Manzenreither R.A., Sowemimo I., Ameres S.L. Time-resolved small RNA sequencing unravels the molecular principles of microRNA homeostasis. Mol Cell 2019; 75(4): 756-768.e7, https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.06.018.
4. Stavast C.J., Erkeland S.J. The non-canonical aspects of microRNAs: many roads to gene regulation. Cells 2019; 8(11): 1465, https://doi.org/10.3390/cells8111465.
5. Hill M., Tran N. miRNA interplay: mechanisms and consequences in cancer. Dis Model Mech 2021; 14(4): dmm047662, https://doi.org/10.1242/dmm.047662.
6. Plawgo K., Raczynska K.D. Context-dependent regulation of gene expression by non-canonical small RNAs. Noncoding RNA 2022; 8(3): 29, https://doi.org/10.3390/ ncrna8030029.
7. Santovito D., Weber C. Non-canonical features of microRNAs: paradigms emerging from cardiovascular disease. Nat Rev Cardiol 2022; 19(9): 620-638, https://doi.org/10.1038/ s41569-022-00680-2.
8. Ha M., Kim V.N. Regulation of microRNA biogenesis. Nat Rev Mol Cell Biol 2014; 15(8): 509-524, https://doi. org/10.1038/nrm3838.
9. Treiber T., Treiber N., Meister G. Regulation of microRNA biogenesis and its crosstalk with other cellular pathways. Nat Rev Mol Cell Biol. 2019; 20(1): 5-20, https://doi. org/10.1038/s41580-018-0059-1.
10. Zapletal D., Taborska E., Pasulka J., Malik R., Kubicek K., Zanova M., Much C., Sebesta M., Buccheri V., Horvat F., Jenickova I., Prochazkova M., Prochazka J., Pinkas M., Novacek J., Joseph D.F., Sedlacek R., Bernecky C., O'Carroll D., Stefl R., Svoboda P. Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer. Mol Cell 2022; 82(21): 4064-4079.e13, https://doi.org/10.1016/j. molcel.2022.10.010.
11. Shang R., Lee S., Senavirathne G., Lai E.C. microRNAs in action: biogenesis, function and regulation. Nat Rev Genet 2023, https://doi.org/10.1038/s41576-023-00611-y.
12. Londin E., Loher P., Telonis A.G., Quann K., Clark P., Jing Y., Hatzimichael E., Kirino Y., Honda S., Lally M., Ramratnam B., Comstock C.E., Knudsen K.E., Gomella L., Spaeth G.L., Hark L., Katz L.J., Witkiewicz A., Rostami A., Jimenez S.A., Hollingsworth M.A., Yeh J.J., Shaw C.A., McKenzie S.E., Bray P., Nelson P.T., Zupo S., Van Roosbroeck K., Keating M.J., Calin G.A., Yeo C., Jimbo M., Cozzitorto J., Brody J.R., Delgrosso K., Mattick J.S., Fortina P., Rigoutsos I. Analysis of 13 cell types reveals evidence for the expression of numerous novel primate- and tissue-specific microRNAs. Proc Natl Acad Sci U S A 2015; 112(10): E1106-E1115, https://doi.org/10.1073/pnas.1420955112.
13. Kuscu C., Kumar P., Kiran M., Su Z., Malik A., Dutta A. tRNA fragments (tRFs) guide Ago to regulate gene expression post-transcriptionally in a Dicer-independent manner. RNA 2018; 24(8): 1093-1105, https://doi.org/10.1261/ rna.066126.118.
14. Gowda P., Reddy P.H., Kumar S. Deregulated mitochondrial microRNAs in Alzheimer's disease: focus on synapse and mitochondria. Ageing Res Rev 2022; 73: 101529, https://doi.org/10.1016Zj.arr.2021.101529.
15. Dambal S., Shah M., Mihelich B., Nonn L. The microRNA-183 cluster: the family that plays together stays together. Nucleic Acids Res 2015; 43(15): 7173-7188, https:// doi.org/10.1093/nar/gkv703.
16. Ramalingam P., Palanichamy J.K., Singh A., Das P., Bhagat M., Kassab M.A., Sinha S., Chattopadhyay P. Biogenesis of intronic miRNAs located in clusters by independent transcription and alternative splicing. RNA 2014; 20(1): 76-87, https://doi.org/10.1261/rna.041814.113.
17. Vilimova M., Pfeffer S. Post-transcriptional regulation
of polycistronic microRNAs. Wiley Interdiscip Rev RNA 2023; 14(2): e1749, https://doi.org/10.1002/wrna.1749.
18. Donayo A.O., Johnson R.M., Tseng H.W., Izreig S., Gariepy A., Mayya V.K., Wu E., Alam R., Lussier C., Jones R.G., Duchaine T.F. Oncogenic biogenesis of pri-miR-17~92 reveals hierarchy and competition among polycistronic microRNAs. Mol Cell 2019; 75(2): 340-356.e10, https://doi.org/10.1016/j.molcel.2019.05.033.
19. Ratnadiwakara M., Engel R., Jarde T., McMurrick P.J., Abud H.E., Änkö M.L. SRSF3 confers selective processing of miR-17-92 cluster to promote tumorigenic properties in colorectal cancer. Cell Biology 2019, https://doi. org/10.1101/667295.
20. Gong R., Lv X., Liu F. MiRNA-17 encoded by the miR-17-92 cluster increases the potential for steatosis in hepatoma cells by targeting CYP7A1. Cell Mol Biol Lett 2018; 23: 16, https://doi.org/10.1186/s11658-018-0083-3.
21. Najafi-Shoushtari S.H., Kristo F., Li Y., Shioda T., Cohen D.E., Gerszten R.E., Näär A.M. MicroRNA-33 and the SREBP host genes cooperate to control cholesterol homeostasis. Science 2010; 328(5985): 1566-1569, https:// doi.org/10.1126/science.1189123.
22. Zhang X., Zhao H., Sheng Q., Liu X., You W., Lin H., Liu G. Regulation of microRNA-33, SREBP and ABCA1 genes in a mouse model of high cholesterol. Arch Anim Breed 2021; 64(1): 103-108, https://doi.org/10.5194/aab-64-103-2021.
23. Rayner K.J., Suárez Y., Dávalos A., Parathath S., Fitzgerald M.L., Tamehiro N., Fisher E.A., Moore K.J., Fernández-Hernando C. MiR-33 contributes to the regulation of cholesterol homeostasis. Science 2010; 328(5985): 15701573, https://doi.org/10.1126/science.1189862.
24. Prel A., Dozier C., Combier J.P., Plaza S., Besson A. Evidence that regulation of pri-miRNA/miRNA expression is not a general rule of miPEPs function in humans. Int J Mol Sci 2021; 22(7): 3432, https://doi.org/10.3390/ijms22073432.
25. Niu L., Lou F., Sun Y., Sun L., Cai X., Liu Z., Zhou H., Wang H., Wang Z., Bai J., Yin Q., Zhang J., Chen L., Peng D., Xu Z., Gao Y., Tang S., Fan L., Wang H. A micropeptide encoded by lncRNA MIR155HG suppresses autoimmune inflammation via modulating antigen presentation. Sci Adv 2020; 6(21): eaaz2059, https://doi.org/10.1126/sciadv. aaz2059.
26. Kim Y.K., Kim B., Kim V.N. Re-evaluation of the roles of DROSHA, Exportin 5, and DICER in microRNA biogenesis. Proc Natl Acad Sci U S A 2016; 113(13): E1881-E1889, https:// doi.org/10.1073/pnas.1602532113.
27. Park J.E., Heo I., Tian Y., Simanshu D.K., Chang H., Jee D., Patel D.J., Kim V.N. Dicer recognizes the 5' end of RNA for efficient and accurate processing. Nature 2011; 475(7355): 201-205, https://doi.org/10.1038/nature10198.
28. Gu S., Jin L., Zhang Y., Huang Y., Zhang F., Valdmanis P.N., Kay M.A. The loop position of shRNAs and pre-miRNAs is critical for the accuracy of dicer processing in vivo. Cell 2012; 151(4): 900-911, https://doi.org/10.1016/j. cell.2012.09.042.
29. Lee Y.Y., Kim H., Kim V.N. Sequence determinant of small RNA production by DICER. Nature 2023; 615(7951): 323-330, https://doi.org/10.1038/s41586-023-05722-4.
30. Grimm D., Wang L., Lee J.S., Schürmann N., Gu S., Börner K., Storm T.A., Kay M.A. Argonaute proteins are key determinants of RNAi efficacy, toxicity, and persistence in the adult mouse liver. J Clin Invest 2010; 120(9): 3106-3119, https://doi.org/10.1172/jci43565.
31. Valdmanis P.N., Gu S., Schüermann N., Sethupathy P., Grimm D., Kay M.A. Expression determinants of mammalian argonaute proteins in mediating gene silencing. Nucleic Acids Res 2012; 40(8): 3704-3713, https://doi.org/10.1093/nar/ gkr1274.
32. Wu J., Yang J., Cho W.C., Zheng Y. Argonaute proteins: structural features, functions and emerging roles. J Adv Res 2020; 24: 317-324, https://doi.org/10.1016/jJare.2020.04.017.
33. Meijer H.A., Smith E.M., Bushell M. Regulation of miRNA strand selection: follow the leader? Biochem Soc Trans 2014; 42(4): 1135-1140, https://doi.org/10.1042/bst20140142.
34. Liao Y., Jung S.H., Kim T. A-to-I RNA editing as a tuner of noncoding RNAs in cancer. Cancer Lett 2020; 494: 88-93, https://doi.org/10.1016/j.canlet.2020.08.004.
35. Cloonan N., Wani S., Xu Q., Gu J., Lea K., Heater S., Barbacioru C., Steptoe A.L., Martin H.C., Nourbakhsh E., Krishnan K., Gardiner B., Wang X., Nones K., Steen J.A., Matigian N.A., Wood D.L., Kassahn K.S., Waddell N., Shepherd J., Lee C., Ichikawa J., McKernan K., Bramlett K., Kuersten S., Grimmond S.M. MicroRNAs and their isomiRs function cooperatively to target common biological pathways. Genome Biol 2011; 12(12): R126, https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-12-r126.
36. Tan G.C., Chan E., Molnar A., Sarkar R., Alexieva D., Isa I.M., Robinson S., Zhang S., Ellis P., Langford C.F., Guillot P.V., Chandrashekran A., Fisk N.M., Castellano L., Meister G., Winston R.M., Cui W., Baulcombe D., Dibb N.J. 5' isomiR variation is of functional and evolutionary importance. Nucleic Acids Res 2014; 42(14): 9424-9435, https://doi. org/10.1093/nar/gku656.
37. Dika E., Broseghini E., Porcellini E., Lambertini M., Riefolo M., Durante G., Loher P., Roncarati R., Bassi C., Misciali C., Negrini M., Rigoutsos I., Londin E., Patrizi A., Ferracin M. Unraveling the role of microRNA/isomiR network in multiple primary melanoma pathogenesis. Cell Death Dis 2021; 12(5): 473, https://doi.org/10.1038/s41419-021-03764-y.
38. Park S., Yang H.D., Seo J.W., Nam J.W., Nam S.W. hnRNPC induces isoform shifts in miR-21-5p leading to cancer development. Exp Mol Med 2022; 54(6): 812-824, https://doi. org/10.1038/s12276-022-00792-2.
39. Tomasello L., Distefano R., Nigita G., Croce C.M. The microRNA family gets wider: the isomiRs classification and role. Front Cell Dev Biol 2021; 9: 668648, https://doi. org/10.3389/fcell.2021.668648.
40. Schamberger A., Orban T.I. 3' isomiR species and DNA contamination influence reliable quantification of microRNAs by stem-loop quantitative PCR. PLoS One 2014; 9(8): e106315, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0106315.
41. Zhiyanov A., Nersisyan S., Tonevitsky A. Hairpin sequence and structure is associated with features of isomiR biogenesis. RNA Biol 2021; 18(sup1): 430-438, https://doi.org/ 10.1080/15476286.2021.1952759.
42. McGeary S.E., Bisaria N., Pham T.M., Wang P.Y., Bartel D.P. MicroRNA 3'-compensatory pairing occurs through two binding modes, with affinity shaped by nucleotide identity and position. Elife 2022; 11: e69803, https://doi.org/10.7554/ elife.69803.
43. Luna J.M., Barajas J.M., Teng K.Y., Sun H.L., Moore M.J., Rice C.M., Darnell R.B., Ghoshal K. Argonaute CLIP defines a deregulated miR-122-bound transcriptome that correlates with patient survival in human liver cancer. Mol Cell 2017; 67(3): 400-410.e7, https://doi.org/10.1016/j. molcel.2017.06.025.
44. Ghini F., Rubolino C., Climent M., Simeone I., Marzi M.J., Nicassio F. Endogenous transcripts control miRNA levels and activity in mammalian cells by target-directed miRNA degradation. Nat Commun 2018; 9(1): 3119, https://doi. org/10.1038/s41467-018-05182-9.
45. Rani V., Sengar R.S. Biogenesis and mechanisms of microRNA-mediated gene regulation. Biotechnol Bioeng 2022; 119(3): 685-692, https://doi.org/10.1002/bit.28029.
46. Kilikevicius A., Meister G., Corey D.R. Reexamining assumptions about miRNA-guided gene silencing. Nucleic Acids Res 2022; 50(2): 617-634, https://doi.org/10.1093/nar/ gkab1256.
47. Wahid F., Shehzad A., Khan T., Kim Y.Y. MicroRNAs: synthesis, mechanism, function, and recent clinical trials. Biochim Biophys Acta 2010; 1803(11): 1231-1243, https://doi. org/10.1016/j.bbamcr.2010.06.013.
48. Naeli P., Winter T., Hackett A.P., Alboushi L., Jafarnejad S.M. The intricate balance between microRNA-induced mRNA decay and translational repression. FEBS J 2023; 290(10): 2508-2524, https://doi.org/10.1111/febs.16422.
49. Fukao A., Mishima Y., Takizawa N., Oka S., Imataka H., Pelletier J., Sonenberg N., Thoma C., Fujiwara T. MicroRNAs trigger dissociation of eIF4AI and eIF4AII from target mRNAs in humans. Mol Cell 2014; 56(1): 79-89, https://doi.org/10.1016/j. molcel.2014.09.005.
50. Luo Y., Na Z., Slavoff S.A. P-bodies: composition, properties, and functions. Biochemistry 2018; 57(17): 24242431, https://doi.org/10.1021/acs.biochem.7b01162.
51. Ivanov P., Kedersha N., Anderson P. Stress granules and processing bodies in translational control. Cold Spring Harb Perspect Biol 2019; 11(5): a032813, https://doi. org/10.1101/cshperspect.a032813.
52. Chipman L.B., Pasquinelli A.E. miRNA targeting: growing beyond the seed. Trends Genet 2019; 35(3): 215-222, https://doi.org/10.1016pg.2018.12.005.
53. Baronti L., Guzzetti I., Ebrahimi P., Friebe Sandoz S., Steiner E., Schlagnitweit J., Fromm B., Silva L., Fontana C., Chen A.A., Petzold K. Base-pair conformational switch modulates miR-34a targeting of Sirt1 mRNA. Nature 2020; 583(7814): 139-144, https://doi.org/10.1038/s41586-020-2336-3.
54. Peter D., Ruscica V., Bawankar P., Weber R., Helms S., Valkov E., Igreja C., Izaurralde E. Molecular basis for GIGYF-Me31B complex assembly in 4EHP-mediated translational repression. Genes Dev 2019; 33(19-20): 1355-1360, https:// doi.org/10.1101/gad.329219.119.
55. Chowdhury A., Mukhopadhyay J., Tharun S. The decapping activator Lsm1p-7p-Pat1p complex has the intrinsic ability to distinguish between oligoadenylated and polyadenylated RNAs. RNA 2007; 13(7): 998-1016, https://doi. org/10.1261/rna.502507.
56. Marques T.M., Gama-Carvalho M. Network approaches to study endogenous RNA competition and its impact on tissue-specific microRNA functions. Biomolecules 2022; 12(2): 332, https://doi.org/10.3390/biom12020332.
57. Yu J., Ryan D.G., Getsios S., Oliveira-Fernandes M., Fatima A., Lavker R.M. MicroRNA-184 antagonizes microRNA-205 to maintain SHIP2 levels in epithelia. Proc Natl Acad Sci U S A 2008; 105(49): 19300-19305, https://doi. org/10.1073/pnas.0803992105.
58. Rinck A., Preusse M., Laggerbauer B., Lickert H., Engelhardt S., Theis F.J. The human transcriptome is enriched for miRNA-binding sites located in cooperativity-permitting
обзоры
distance. RNA Biol 2013; 10(7): 1125-1135, https://doi.org/ 10.4161/rna.24955.
59. Briskin D., Wang P.Y., Bartel D.P. The biochemical basis for the cooperative action of microRNAs. Proc Natl Acad Sci U S A 2020; 117(30): 17764-17774, https://doi.org/10.1073/ pnas.1920404117.
60. Sheu-Gruttadauria J., Pawlica P., Klum S.M., Wang S., Yario T.A., Schirle Oakdale N.T., Steitz J.A., MacRae I.J. Structural basis for target-directed microRNA degradation. Mol Cell 2019; 75(6): 1243-1255.e7, https://doi.org/10.1016/j. molcel.2019.06.019.
61. Shi C.Y., Kingston E.R., Kleaveland B., Lin D.H., Stubna M.W., Bartel D.P. The ZSWIM8 ubiquitin ligase mediates target-directed microRNA degradation. Science 2020; 370(6523): eabc9359, https://doi.org/10.1126/science. abc9359.
62. Han J., Mendell J.T. MicroRNA turnover: a tale of tailing, trimming, and targets. Trends Biochem Sci 2023; 48(1): 26-39, https://doi.org/10.1016pbs.2022.06.005.
63. Park J.H., Shin S.Y., Shin C. Non-canonical targets destabilize microRNAs in human Argonautes. Nucleic Acids Res 2017; 45(4): 1569-1583, https://doi.org/10.1093/nar/ gkx029.
64. Becker W.R., Ober-Reynolds B., Jouravleva K., Jolly S.M., Zamore P.D., Greenleaf W.J. High-throughput analysis reveals rules for target RNA binding and cleavage by AGO2. Mol Cell 2019; 75(4): 741-755.e11, https://doi. org/10.1016/j.molcel.2019.06.012.
65. Komatsu S., Kitai H., Suzuki H.I. Network regulation of microRNA biogenesis and target interaction. Cells 2023; 12(2): 306, https://doi.org/10.3390/cells12020306.
66. Khatun S., Alam A., Shoombuatong W., Mollah N.H., Kurata H., Hasan M. Recent development of bioinformatics tools for microRNA target prediction. CMC 2022; 29(5): 865880, https://doi.org/10.2174/0929867328666210804090224.
67. Kariuki D., Asam K., Aouizerat B.E., Lewis K.A., Florez J.C., Flowers E. Review of databases for experimentally validated human microRNA-mRNA interactions. Database (Oxford) 2023; 2023: baad014, https://doi.org/10.1093/ database/baad014.
68. Dragomir M.P., Knutsen E., Calin G.A. Classical and noncanonical functions of miRNAs in cancers. Trends Genet 2022; 38(4): 379-394, https://doi.org/10.1016/j. tig.2021.10.002.
69. Ni W.J., Leng X.M. miRNA-dependent activation of mRNA translation. Microrna 2016; 5(2): 83-86, https://doi.org/ 10.2174/2211536605666160825151201.
70. Wakiyama M., Ogami K., Iwaoka R., Aoki K., Hoshino S. Micro RNP-mediated translational activation of nonadenylated mRNAs in a mammalian cell-free system. Genes Cells 2018; 23(5): 332-344, https://doi.org/10.1111/gtc.12580.
71. Barman B., Bhattacharyya S.N. mRNA targeting to endoplasmic reticulum precedes ago protein interaction and microRNA (miRNA)-mediated translation repression in mammalian cells. J Biol Chem 2015; 290(41): 24650-24656, https://doi.org/10.1074/jbc.c115.661868.
72. Nishi K., Takahashi T., Suzawa M., Miyakawa T., Nagasawa T., Ming Y., Tanokura M., Ui-Tei K. Control of the localization and function of a miRNA silencing component TNRC6A by Argonaute protein. Nucleic Acids Res, 2015; 43(20): 9856-9873, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1026.
73. Detzer A., Engel C., Wünsche W., Sczakiel G. Cell stress is related to re-localization of Argonaute 2 and to
decreased RNA interference in human cells. Nucleic Acids Res 2011; 39(7): 2727-2741, https://doi.org/10.1093/nar/gkq1216.
74. Bose M., Barman B., Goswami A., Bhattacharyya S.N. Spatiotemporal uncoupling of microRNA-mediated translational repression and target RNA degradation controls microRNP recycling in mammalian cells. Mol Cell Biol 2017; 37(4): e00464-16, https://doi.org/10.1128/mcb.00464-16.
75. Gibbings D.J., Ciaudo C., Erhardt M., Voinnet O. Multivesicular bodies associate with components of miRNA effector complexes and modulate miRNA activity. Nat Cell Biol 2009; 11(9): 1143-1149, https://doi.org/10.1038/ncb1929.
76. Bian Z., Li L.M., Tang R., Hou D.X., Chen X., Zhang C.Y., Zen K. Identification of mouse liver mitochondria-associated miRNAs and their potential biological functions. Cell Res 2010; 20(9): 1076-1078, https://doi.org/10.1038/ cr.2010.119.
77. Das S., Ferlito M., Kent O.A., Fox-Talbot K., Wang R., Liu D., Raghavachari N., Yang Y., Wheelan S.J., Murphy E., Steenbergen C. Nuclear miRNA regulates the mitochondrial genome in the heart. Circ Res 2012; 110(12): 1596-1603, https://doi.org/10.1161/circresaha.112.267732.
78. Meister G., Landthaler M., Patkaniowska A., Dorsett Y., Teng G., Tuschl T. Human Argonaute2 mediates RNA cleavage targeted by miRNAs and siRNAs. Mol Cell 2004; 15(2): 185197, https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.07.007.
79. Hwang H.W., Wentzel E.A., Mendell J.T. A hexanucleotide element directs microRNA nuclear import. Science 2007; 315(5808): 97-100, https://doi.org/10.1126/ science.1136235.
80. Doyle M., Badertscher L., Jaskiewicz L., Guttinger S., Jurado S., Hugenschmidt T., Kutay U., Filipowicz W. The double-stranded RNA binding domain of human Dicer functions as a nuclear localization signal. RNA 2013; 19(9): 1238-1252, https://doi.org/10.1261/rna.039255.113.
81. Nishi K., Nishi A., Nagasawa T., Ui-Tei K. Human TNRC6A is an Argonaute-navigator protein for microRNA-mediated gene silencing in the nucleus. RNA 2013; 19(1): 1735, https://doi.org/10.1261/rna.034769.112.
82. Ando Y., Tomaru Y., Morinaga A., Burroughs A.M., Kawaji H., Kubosaki A., Kimura R., Tagata M., Ino Y., Hirano H., Chiba J., Suzuki H., Carninci P., Hayashizaki Y. Nuclear pore complex protein mediated nuclear localization of dicer protein in human cells. PLoS One 2011; 6(8): e23385, https://doi.org/ 10.1371/journal.pone.0023385.
83. Hu X., Li Y., Zhang T., Li L., Chen S., Wu X., Li H., Qi B., Chen Z. Phosphorylation of Ago2 is required for its role in DNA double-strand break repair. J Genet Genomics 2021; 48(4): 333-340, https://doi.org/10.1016/jJgg.2021.03.011.
84. Carissimi C., Laudadio I., Cipolletta E., Gioiosa S., Mihailovich M., Bonaldi T., Macino G., Fulci V. Argonaute2 cooperates with SWI/SNF complex to determine nucleosome occupancy at human Transcription Start Sites. Nucleic Acids Res 2015; 43(3): 1498-1512, https://doi.org/10.1093/nar/ gku1387.
85. Bieluszewski T., Prakash S., Roulé T., Wagner D. The role and activity of SWI/SNF chromatin remodelers. Annu Rev Plant Biol 2023; 74: 139-163, https://doi.org/10.1146/annurev-arplant-102820-093218.
86. Huang V., Zheng J., Qi Z., Wang J., Place R.F., Yu J., Li H., Li L.C. Ago1 interacts with RNA polymerase II and binds to the promoters of actively transcribed genes in human cancer cells. PLoS Genet 2013; 9(9): e1003821, https://doi. org/10.1371/journal.pgen.1003821.
87. Matsui M., Li L., Janowski B.A., Corey D.R. Reduced expression of Argonaute 1, Argonaute 2 and TRBP changes levels and intracellular distribution of RNAi factors. Sci Rep 2015; 5(1): 12855, https://doi.org/10.1038/srep12855.
88. Ameyar-Zazoua M., Rachez C., Souidi M., Robin P., Fritsch L., Young R., Morozova N., Fenouil R., Descostes N., Andrau J.C., Mathieu J., Hamiche A., Ait-Si-Ali S., Muchardt C., Batsche E., Harel-Bellan A. Argonaute proteins couple chromatin silencing to alternative splicing. Nat Struct Mol Biol 2012; 19(10): 998-1004, https://doi.org/10.1038/nsmb.2373.
89. Pitchiaya S., Heinicke L.A., Park J.I., Cameron E.L., Walter N.G. Resolving subcellular miRNA trafficking and turnover at single-molecule resolution. Cell Rep 2017; 19(3): 630-642, https://doi.org/10.1016/j.celrep.2017.03.075.
90. Yao Q., Chen Y., Zhou X. The roles of microRNAs in epigenetic regulation. Curr Opin Chem Biol 2019; 51: 11-17, https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2019.01.024.
91. Zhang T., Yang Z., Kusumanchi P., Han S., Liangpunsakul S. Critical role of microRNA-21 in the pathogenesis of liver diseases. Front Med (Lausanne) 2020; 7: 7, https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00007.
92. Wang B., Majumder S., Nuovo G., Kutay H., Volinia S., Patel T., Schmittgen T.D., Croce C., Ghoshal K., Jacob S.T. Role of microRNA-155 at early stages of hepatocarcinogenesis induced by choline-deficient and amino acid-defined diet in C57BL/6 mice. Hepatology 2009; 50(4): 1152-1161, https://doi. org/10.1002/hep.23100.
93. Liang Y., Lu Q., Li W., Zhang D., Zhang F., Zou Q., Chen L., Tong Y., Liu M., Wang S., Li W., Ren X., Xu P., Yang Z., Dong S., Zhang B., Huang Y., Li D., Wang H., Yu W. Reactivation of tumour suppressor in breast cancer by enhancer switching through NamiRNA network. Nucleic Acids Res 2021; 49(15): 8556-8572, https://doi.org/10.1093/nar/ gkab626.
94. Xiao M., Li J., Li W., Wang Y., Wu F., Xi Y., Zhang L., Ding C., Luo H., Li Y., Peng L., Zhao L., Peng S., Xiao Y., Dong S., Cao J., Yu W. MicroRNAs activate gene transcription epigenetically as an enhancer trigger. RNA Biol 2017; 14(10): 1326-1334, https://doi.org/10.1080/15476286.2015.1112487.
95. Liu S., He X., Di Y., Li Q., Li F., Ma Y., Chen L., Gao Y., Xu J., Yang S., Xu L., Corpe C., Ling Y., Zhang X., Xu J., Yu W., Wang J. NamiRNA-enhancer network of miR-492 activates the NR2C1-TGF-p/Smad3 pathway to promote epithelial-mesenchymal transition of pancreatic cancer. Carcinogenesis 2023; 44(2): 153-165, https://doi.org/10.1093/carcin/bgac102.
96. Zou S., Rao Y., Chen W. miR-885-5p plays an accomplice role in liver cancer by instigating TIGAR expression via targeting its promoter. Biotechnol Appl Biochem 2019; 66(5): 763-771, https://doi.org/10.1002/bab.1767.
97. Matsui M., Chu Y., Zhang H., Gagnon K.T., Shaikh S., Kuchimanchi S., Manoharan M., Corey D.R., Janowski B.A. Promoter RNA links transcriptional regulation of inflammatory pathway genes. Nucleic Acids Res 2013; 41(22): 1008610109, https://doi.org/10.1093/nar/gkt777.
98. Yang H., Xuefeng Y., Shandong W., Jianhua X. COX-2 in liver fibrosis. Clin Chim Acta 2020; 506: 196-203, https://doi. org/10.1016/j.cca.2020.03.024.
99. Martin-Sanz P., Casado M., Bosca L. Cyclooxygenase 2 in liver dysfunction and carcinogenesis: facts and perspectives. World J Gastroenterol 2017; 23(20): 3572-3580, https://doi. org/10.3748/wjg.v23.i20.3572.
100. Liu H., Lei C., He Q., Pan Z., Xiao D., Tao Y. Nuclear functions of mammalian MicroRNAs in gene regulation,
immunity and cancer. Mol Cancer 2018; 17(1): 64, https://doi. org/10.1186/s12943-018-0765-5.
101. Miao L., Yao H., Li C., Pu M., Yao X., Yang H., Qi X., Ren J., Wang Y. A dual inhibition: microRNA-552 suppresses both transcription and translation of cytochrome P450 2E1. Biochim Biophys Acta 2016; 1859(4): 650-662, https://doi. org/10.1016/j.bbagrm.2016.02.016.
102. Zhang Y., Fan M., Zhang X., Huang F., Wu K., Zhang J., Liu J., Huang Z., Luo H., Tao L., Zhang H. Cellular microRNAs up-regulate transcription via interaction with promoter TATA-box motifs. RNA 2014; 20(12): 1878-1889, https://doi.org/10.1261/rna.045633.114.
103. Zhang Y., Liu W., Chen Y., Liu J., Wu K., Su L., Zhang W., Jiang Y., Zhang X., Zhang Y., Liu C., Tao L., Liu B., Zhang H. A cellular microRNA facilitates regulatory T lymphocyte development by targeting the FOXP3 promoter TATA-box motif. J Immunol 2018; 200(3): 1053-1063, https:// doi.org/10.4049/jimmunol.1700196.
104. Kurt A.S., Strobl K., Ruiz P., Osborn G., Chester T., Dawson L., Warwas K.M., Grey E.H., Mastoridis S., Kodela E., Safinia N., Sanchez-Fueyo A., Martinez-Llordella M. IL-2 availability regulates the tissue specific phenotype of murine intra-hepatic Tregs. Front Immunol 2022; 13: 1040031, https:// doi.org/10.3389/fimmu.2022.1040031.
105. Tang S., Chen Y., Feng S., Yi T., Liu X., Li Q., Liu Z., Zhu C., Hu J., Yu X., Wang M., Cao G., Tang H., Bie C., Ma F., Tang H., Du G., Huang J. MiR-483-5p promotes IGF-II transcription and is associated with poor prognosis of hepatocellular carcinoma. Oncotarget 2017; 8(59): 9987199888, https://doi.org/10.18632/oncotarget.21737.
106. Lu J., Guo J., Liu J., Mao X., Xu K. Long non-coding RNA MALAT1: a key player in liver diseases. Front Med (Lausanne) 2022; 8: 734643, https://doi.org/10.3389/ fmed.2021.734643.
107. Leucci E., Patella F., Waage J., Holmstrem K., Lindow M., Porse B., Kauppinen S., Lund A.H. microRNA-9 targets the long non-coding RNA MALAT1 for degradation in the nucleus. Sci Rep 2013; 3: 2535, https://doi.org/10.1038/ srep02535.
108. Tang R., Li L., Zhu D., Hou D., Cao T., Gu H., Zhang J., Chen J., Zhang C.Y., Zen K. Mouse miRNA-709 directly regulates miRNA-15a/16-1 biogenesis at the posttranscriptional level in the nucleus: evidence for a microRNA hierarchy system. Cell Res 2012; 22(3): 504-515, https://doi.org/10.1038/cr.2011.137.
109. Wang D., Sun X., Wei Y., Liang H., Yuan M., Jin F., Chen X., Liu Y., Zhang C.Y., Li L., Zen K. Nuclear miR-122 directly regulates the biogenesis of cell survival oncomiR miR-21 at the posttranscriptional level. Nucleic Acids Res 2018; 46(4): 2012-2029, https://doi.org/10.1093/nar/gkx1254.
110. Chen Y., Xiao J., Zhang X., Bian X. MicroRNAs as key mediators of hepatic detoxification. Toxicology 2016; 368369: 80-90, https://doi.org/10.1016/j.tox.2016.08.005.
111. Dalgaard L.T., S0rensen A.E., Hardikar A.A., Joglekar M.V. The microRNA-29 family: role in metabolism and metabolic disease. Am J Physiol Cell Physiol 2022; 323(2): C367-C377, https://doi.org/10.1152/ajpcell.00051.2022.
112. Agbu P., Carthew R.W. MicroRNA-mediated regulation of glucose and lipid metabolism. Nat Rev Mol Cell Biol 2021; 22(6): 425-438, https://doi.org/10.1038/s41580-021-00354-w.
113. Fang Z., Dou G., Wang L. MicroRNAs in the pathogenesis of nonalcoholic fatty liver disease. Int J Biol Sci 2021; 17(7): 1851-1863, https://doi.org/10.7150/ijbs.59588.
114. Wang X., He Y., Mackowiak B., Gao B. MicroRNAs as regulators, biomarkers and therapeutic targets in liver diseases. Gut 2021; 70(4): 784-795, https://doi.org/10.1136/ gutjnl-2020-322526.
115. Citrin K.M., Fernández-Hernando C., Suárez Y. MicroRNA regulation of cholesterol metabolism. Ann N Y Acad Sci 2021; 1495(1): 55-77, https://doi.org/10.1111/ nyas.14566.
116. Al-Gazally M.E., Khan R., Imran M., Ramírez-Coronel A.A., Alshahrani S.H., Altalbawy F.M.A., Turki Jalil A., Romero-Parra R.M., Zabibah R.S., Shahid Iqbal M., Karampoor S., Mirzaei R. The role and mechanism of action of microRNA-122 in cancer: focusing on the liver. Int Immunopharmacol 2023; 123: 110713, https://doi. org/10.1016/j.intimp.2023.110713.
117. Goncalves B.d.S., Meadows A., Pereira D.G., Puri R., Pillai S.S. Insight into the inter-organ crosstalk and prognostic role of liver-derived micrornas in metabolic disease progression. Biomedicines 2023; 11(6): 1597, https://doi. org/10.3390/biomedicines11061597.
118. Willeit P., Skroblin P., Kiechl S., Fernández-Hernando C., Mayr M. Liver microRNAs: potential mediators and biomarkers for metabolic and cardiovascular disease? Eur Heart J 2016; 37(43): 3260-3266, https://doi.org/10.1093/ eurheartj/ehw146.
119. Stojkovic S., Koller L., Sulzgruber P., Hülsmann M., Huber K., Mayr M., Hengstenberg C., Wojta J., Niessner A. Liver-specific microRNA-122 as prognostic biomarker in patients with chronic systolic heart failure. Int J Cardiol 2020; 303: 80-85, https://doi.org/10.1016/j.ijcard.2019.11.090.
120. Marques F.Z., Vizi D., Khammy O., Mariani J.A., Kaye D.M. The transcardiac gradient of cardio-microRNAs in the failing heart: transcardiac microRNAs in heart failure. Eur J Heart Fail 2016; 18(8): 1000-1008, https://doi.org/10.1002/ ejhf.517.
121. Shi Y., Zhang Z., Yin Q., Fu C., Barszczyk A., Zhang X., Wang J., Yang D. Cardiac-specific overexpression of miR-122 induces mitochondria-dependent cardiomyocyte apoptosis and promotes heart failure by inhibiting Hand2. J Cell Mol Med 2021; 25(11): 5326-5334, https://doi.org/10.1111/ jcmm.16544.
122. van der Meer A.J., Farid W.R., Sonneveld M.J., de Ruiter P.E., Boonstra A., van Vuuren A.J., Verheij J., Hansen B.E., de Knegt R.J., van der Laan L.J., Janssen H.L. Sensitive detection of hepatocellular injury in chronic hepatitis C patients with circulating hepatocyte-derived microRNA-122. J Viral Hepat 2013; 20(3): 158-166, https://doi.org/10.1111/ jvh.12001.
123. Roderburg C., Trautwein C. Cell-specific functions of miRNA in the liver. J Hepatol 2017; 66(3): 655-656, https://doi. org/10.1016/j.jhep.2016.09.015.
124. Zhang Y., Tan Y.Y., Chen P.P., Xu H., Xie S.J., Xu S.J., Li B., Li J.H., Liu S., Yang J.H., Zhou H., Qu L.H. Genome-wide identification of microRNA targets reveals positive regulation of the Hippo pathway by miR-122 during liver development. Cell Death Dis 2021; 12(12): 1161, https://doi.org/10.1038/s41419-021-04436-7.
125. Gamazon E.R., Innocenti F., Wei R., Wang L., Zhang M., Mirkov S., Ramírez J., Huang R.S., Cox N.J., Ratain M.J., Liu W. A genome-wide integrative study of microRNAs in human liver. BMC Genomics 2013; 14(1): 395, https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-395.
126. Torres J.L., Novo-Veleiro I., Manzanedo L., Alvela-
Suarez L., Macias R., Laso F.J., Marcos M. Role of microRNAs in alcohol-induced liver disorders and non-alcoholic fatty liver disease. World J Gastroenterol 2018; 24(36): 4104-4118, https://doi.org/10.3748/wjg.v24.i36.4104.
127. Lin X., Chen L., Li H., Liu Y., Guan Y., Li X., Jia Z., Lin X., Jia J., Sun Y., Xiao D. miR-155 accelerates proliferation of mouse hepatocytes during liver regeneration by directly targeting SOCS1. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 2018; 315(4): G443-G453, https://doi.org/10.1152/ ajpgi.00072.2018.
128. Kim J.H., Lee C.H., Lee S.W. Exosomal transmission of MicroRNA from HCV replicating cells stimulates transdifferentiation in hepatic stellate cells. Mol Ther Nucleic Acids 2019; 14: 483-497, https://doi.org/10.1016/j. omtn.2019.01.006.
129. Wang H., Wang Z., Wang Y., Li X., Yang W., Wei S., Shi C., Qiu J., Ni M., Rao J., Cheng F. miRNA-130b-5p promotes hepatic stellate cell activation and the development of liver fibrosis by suppressing SIRT4 expression. J Cell Mol Med 2021; 25(15): 7381-7394, https://doi.org/10.1111/ jcmm.16766.
130. Wei J., Feng L., Li Z., Xu G., Fan X. MicroRNA-21 activates hepatic stellate cells via PTEN/Akt signaling. Biomed Pharmacother 2013; 67(5): 387-392, https://doi.org/10.1016/j. biopha.2013.03.014.
131. Murakami Y., Toyoda H., Tanaka M., Kuroda M., Harada Y., Matsuda F., Tajima A., Kosaka N., Ochiya T., Shimotohno K. The progression of liver fibrosis is related with overexpression of the miR-199 and 200 families. PLoS One 2011; 6(1): e16081, https://doi.org/10.1371/journal. pone.0016081.
132. Wu J., Huang J., Kuang S., Chen J., Li X., Chen B., Wang J., Cheng D., Shuai X. Synergistic microRNA therapy in liver fibrotic rat using MRI-visible nanocarrier targeting hepatic stellate cells. Adv Sci (Weinh) 2019; 6(5): 1801809, https://doi. org/10.1002/advs.201801809.
133. O'Reilly S. MicroRNAs in fibrosis: opportunities and challenges. Arthritis Res Ther 2016; 18: 11, https://doi. org/10.1186/s13075-016-0929-x.
134. Lakner A.M., Steuerwald N.M., Walling T.L., Ghosh S., Li T., McKillop I.H., Russo M.W., Bonkovsky H.L., Schrum L.W. Inhibitory effects of microRNA 19b in hepatic stellate cell-mediated fibrogenesis. Hepatology 2012; 56(1): 300-310, https://doi.org/10.1002/hep.25613.
135. Zhou Y., Zhang L., Ji H., Lu X., Xia J., Li L., Chen F., Bu H., Shi Y. MiR-17~92 ablation impairs liver regeneration in an estrogen-dependent manner. J Cell Mol Med 2016; 20(5): 939-948, https://doi.org/10.1111/jcmm.12782.
136. Bala S., CsakT., Kodys K., Catalano D., Ambade A., Furi I., Lowe P., Cho Y., Iracheta-Vellve A., Szabo G. Alcohol-induced miR-155 and HDAC11 inhibit negative regulators of the TLR4 pathway and lead to increased LPS responsiveness of Kupffer cells in alcoholic liver disease. J Leukoc Biol 2017; 102(2): 487-498, https://doi.org/10.1189/jlb.3a0716-310r.
137. Ye D., Zhang T., Lou G., Liu Y. Role of miR-223 in the pathophysiology of liver diseases. Exp Mol Med 2018; 50(9): 1-12, https://doi.org/10.1038/s12276-018-0153-7.
138. He Y., Feng D., Li M., Gao Y., Ramirez T., Cao H., Kim S.J., Yang Y., Cai Y., Ju C., Wang H., Li J., Gao B. Hepatic mitochondrial DNA/Toll-like receptor 9/MicroRNA-223 forms a negative feedback loop to limit neutrophil overactivation and acetaminophen hepatotoxicity in mice. Hepatology 2017; 66(1): 220-234, https://doi.org/10.1002/hep.29153.
139. Catanesi M., d'Angelo M., Tupone M.G., Benedetti E., Giordano A., Castelli V., Cimini A. MicroRNAs dysregulation and mitochondrial dysfunction in neurodegenerative diseases. Int J Mol Sci 2020; 21(17): 5986, https://doi.org/10.3390/ ijms21175986.
140. Zhao X., Xue X., Wang C., Wang J., Peng C., Li Y. Emerging roles of Sirtuins in alleviating alcoholic liver disease: a comprehensive review. Int Immunopharmacol 2022; 108: 108712, https://doi.org/10.1016/j.intimp.2022.108712.
141. Zang M., Gao B. SIRT6: therapeutic target for nonalcoholic fatty liver disease. Trends Endocrinol Metab 2022; 33(12): 801-803, https://doi.org/10.1016/j.tem.2022.10.004.
142. de Gregorio E., Colell A., Morales A., Mari M. Relevance of SIRT1-NF-KB axis as therapeutic target to ameliorate inflammation in liver disease. Int J Mol Sci 2020; 21(11): 3858, https://doi.org/10.3390/ijms21113858.
143. Zhang J., Xiang H., Liu J., Chen Y., He R.R., Liu B. Mitochondrial Sirtuin 3: new emerging biological function and therapeutic target. Theranostics 2020; 10(18): 8315-8342, https://doi.org/10.7150/thno.45922.
144. Rottiers V., Najafi-Shoushtari S.H., Kristo F., Gurumurthy S., Zhong L., Li Y., Cohen D.E., Gerszten R.E., Bardeesy N., Mostoslavsky R., Näär A.M. MicroRNAs in metabolism and metabolic diseases. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 2011; 76: 225-233, https://doi.org/10.1101/ sqb.2011.76.011049.
145. Wang L., Sun M., Cao Y., Ma L., Shen Y., Velikanova A.A., Li X., Sun C., Zhao Y. miR-34a regulates lipid metabolism by targeting SIRT1 in non-alcoholic fatty liver disease with iron overload. Arch Biochem Biophys 2020; 695: 108642, https://doi.org/10.1016/j.abb.2020.108642.
146. Song J.J., Yang M., Liu Y., Song J.W., Wang J., Chi H.J., Liu X.Y., Zuo K., Yang X.C., Zhong J.C. MicroRNA-122 aggravates angiotensin II-mediated apoptosis and autophagy imbalance in rat aortic adventitial fibroblasts via the modulation of SIRT6-elabela-ACE2 signaling. Eur J Pharmacol 2020; 883: 173374, https://doi.org/10.1016/j.ejphar.2020.173374.
147. Elhanati S., Ben-Hamo R., Kanfi Y., Varvak A., Glazz R., Lerrer B., Efroni S., Cohen H.Y. Reciprocal regulation between SIRT6 and miR-122 controls liver metabolism and predicts hepatocarcinoma prognosis. Cell Rep 2016; 14(2): 234-242, https://doi.org/10.1016/j.celrep.2015.12.023.
148. Chen F., Feng L., Zheng Y.L., Lu J., Fan S.H., Shan Q., Zheng G.H., Wang Y.J., Wu D.M., Li M.Q., Wang Q.Q., Zhang Z.F. 2, 2', 4, 4'-tetrabromodiphenyl ether (BDE-47) induces mitochondrial dysfunction and related liver injury via eliciting miR-34a-5p-mediated mitophagy impairment. Environ Pollut 2020; 258: 113693, https://doi.org/10.1016/j. envpol.2019.113693.
149. Song L., Chen T.Y., Zhao X.J., Xu Q., Jiao R.Q., Li J.M., Kong L.D. Pterostilbene prevents hepatocyte epithelial-mesenchymal transition in fructose-induced liver fibrosis through suppressing miR-34a/Sirt1/p53 and TGF-ß1/Smads signalling. Br J Pharmacol 2019; 176(11): 1619-1634, https:// doi.org/10.1111/bph.14573.
150. Cheng Y., Mai J., Hou T., Ping J. MicroRNA-421 induces hepatic mitochondrial dysfunction in non-alcoholic fatty liver disease mice by inhibiting sirtuin 3. Biochem Biophys Res Commun 2016; 474(1): 57-63, https://doi.org/10.1016/j. bbrc.2016.04.065.
151. Chan S.Y., Zhang Y.Y., Hemann C., Mahoney C.E., Zweier J.L., Loscalzo J. MicroRNA-210 controls mitochondrial metabolism during hypoxia by repressing the iron-sulfur cluster
assembly proteins ISCU1/2. Cell Metab 2009; 10(4): 273-284, https://doi.org/10.1016/j.cmet.2009.08.015.
152. Liu X., Zhao H., Luo C., Du D., Huang J., Ming Q., Jin F., Wang D., Huang W. Acetaminophen responsive miR-19b modulates SIRT1/Nrf2 signaling pathway in drug-induced hepatotoxicity. Toxicol Sci 2019; 170(2): 476-488, https://doi. org/10.1093/toxsci/kfz095.
153. Yadav A.K., Sata T.N., Verma D., Sah A.K., Mishra A.K., Mrinalini S., Hossain M., Pant K., Venugopal S.K. Free fatty acid-induced miR-22 inhibits gluconeogenesis via SIRT-1-mediated PGC-1a expression in nonalcoholic fatty liver disease. iLIVER 2023; 2(1): 1-9, https://doi.org/10.1016/j. iliver.2023.01.002.
154. Ma S., Zhao Y., Sun J., Mu P., Deng Y. miR449a/ SIRT1/PGC-1a is necessary for mitochondrial biogenesis induced by T-2 toxin. Front Pharmacol 2018; 8: 954, https://doi. org/10.3389/fphar.2017.00954.
155. Jamwal S., Blackburn J.K., Elsworth J.D. ppary/ PGC1a signaling as a potential therapeutic target for mitochondrial biogenesis in neurodegenerative disorders. Pharmacol Ther 2021; 219: 107705, https://doi.org/10.1016/j. pharmthera.2020.107705.
156. Zheng Y., Chen X., Lu T., Lin Z., Liu C., Yuan D., Yuan C. miR-871-5p/PGC1a regulates aging-induced lipid deposition in hepatocytes through fatty acid ß-oxidation. J Gerontol A Biol Sci Med Sci 2023; 2023: glad185, https://doi. org/10.1093/gerona/glad185.
157. Liang J., Liu C., Qiao A., Cui Y., Zhang H., Cui A., Zhang S., Yang Y., Xiao X., Chen Y., Fang F., Chang Y. MicroRNA-29a-c decrease fasting blood glucose levels by negatively regulating hepatic gluconeogenesis. J Hepatol 2013; 58(3): 535-542, https://doi.org/10.1016/jJhep.2012.10.024.
158. Aharoni-Simon M., Hann-Obercyger M., Pen S., Madar Z., Tirosh O. Fatty liver is associated with impaired activity of PPARY-coactivator 1a (PGC1a) and mitochondrial biogenesis in mice. Lab Invest 2011; 91(7): 1018-1028, https:// doi.org/10.1038/labinvest.2011.55.
159. Murphy M.P., Hartley R.C. Mitochondria as a therapeutic target for common pathologies. Nat Rev Drug Discov 2018; 17(12): 865-886, https://doi.org/10.1038/ nrd.2018.174.
160. Jeon T.I., Park J.W., Ahn J., Jung C.H., Ha T.Y. Fisetin protects against hepatosteatosis in mice by inhibiting miR-378. Mol Nutr Food Res 2013; 57(11): 1931-1937, https:// doi.org/10.1002/mnfr.201300071.
161. Zhang T., Zhao X., Steer C.J., Yan G., Song G. A negative feedback loop between microRNA-378 and Nrf1 promotes the development of hepatosteatosis in mice treated with a high fat diet. Metabolism 2018; 85: 183-191, https://doi. org/10.1016/j.metabol.2018.03.023.
162. Guo W., Qiu Z., Wang Z., Wang Q., Tan N., Chen T., Chen Z., Huang S., Gu J., Li J., Yao M., Zhao Y., He X. MiR-199a-5p is negatively associated with malignancies and regulates glycolysis and lactate production by targeting hexokinase 2 in liver cancer. Hepatology 2015; 62(4): 11321144, https://doi.org/10.1002/hep.27929.
163. Xu F., Yan J.J., Gan Y., Chang Y., Wang H.L., He X.X., Zhao Q. miR-885-5p negatively regulates Warburg effect by silencing hexokinase 2 in liver cancer. Mol Ther Nucleic Acids 2019; 18: 308-319, https://doi.org/10.1016/j. omtn.2019.09.002.
164. Jiang J.X., Gao S., Pan Y.Z., Yu C., Sun C.Y. Overexpression of microRNA-125b sensitizes human
hepatocellular carcinoma cells to 5-fluorouracil through inhibition of glycolysis by targeting hexokinase II. Mol Med Rep 2014; 10(2): 995-1002, https://doi.org/10.3892/ mmr.2014.2271.
165. Gray L.R., Tompkins S.C., Taylor E.B. Regulation of pyruvate metabolism and human disease. Cell Mol Life Sci 2014; 71(14): 2577-2604, https://doi.org/10.1007/s00018-013-1539-2.
166. Kaplon J., Zheng L., Meissl K., Chaneton B., Selivanov V.A., Mackay G., van der Burg S.H., Verdegaal E.M., Cascante M., Shlomi T., Gottlieb E., Peeper D.S. A key role for mitochondrial gatekeeper pyruvate dehydrogenase in oncogene-induced senescence. Nature 2013; 498(7452): 109112, https://doi.org/10.1038/nature12154.
167. Zhao Y., Tran M., Wang L., Shin D., Wu J. PDK4-deficiency reprograms intrahepatic glucose and lipid metabolism to facilitate liver regeneration in mice. Hepatol Commun 2020; 4(4): 504-517, https://doi.org/10.1002/ hep4.1484.
168. Rodimova S.A., Kuznetsova D.S., Bobrov N.V., Gulin A.A., Reunov D.G., Karabut M.M., Shcheslavskiy V.I., Vdovina N.V., Zagainov V.E., Zagaynova E.V. Interrogation of the liver during regeneration by fluorescence lifetime imaging and mass spectrometry. IEEE J Select Topics Quantum Electron 2021; 27(4): 1-11, https://doi.org/10.1109/ jstqe.2021.3053336.
169. Si T., Ning X., Zhao H., Zhang M., Huang P., Hu Z., Yang L., Lin L. microRNA-9-5p regulates the mitochondrial function of hepatocellular carcinoma cells through suppressing PDK4. Cancer Gene Ther 2021; 28(6): 706-718, https://doi. org/10.1038/s41417-020-00253-w.
170. Han H., Li W., Shen H., Zhang J., Zhu Y., Li Y. microRNA-129-5p, a c-Myc negative target, affects hepatocellular carcinoma progression by blocking the Warburg effect. J Mol Cell Biol 2016; 8(5): 400-410, https://doi. org/10.1093/jmcb/mjw010.
171. Lin X., Qin Y., Jia J., Lin T., Lin X., Chen L., Zeng H., Han Y., Wu L., Huang S., Wang M., Huang S., Xie R., Liang L., Liu Y., Liu R., Zhang T., Li J., Wang S., Sun P., Huang W., Yao K., Xu K., Du T., Xiao D. MiR-155 enhances insulin sensitivity by coordinated regulation of multiple genes in mice. PLoS Genet 2016; 12(10): e1006308, https://doi.org/10.1371/ journal.pgen.1006308.
172. Cichoz-Lach H. Oxidative stress as a crucial factor in liver diseases. World J Gastroenterol 2014; 20(25): 8082, https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i25.8082.
173. Hayes J.D., Dinkova-Kostova A.T. The Nrf2 regulatory network provides an interface between redox and intermediary metabolism. Trends Biochem Sci 2014; 39(4): 199-218, https:// doi.org/10.1016/j.tibs.2014.02.002.
174. Teimouri M., Hosseini H., Shabani M., Koushki M., Noorbakhsh F., Meshkani R. Inhibiting miR-27a and miR-142-5p attenuate nonalcoholic fatty liver disease by regulating Nrf2 signaling pathway. IUBMB Life 2020; 72(3): 361-372, https:// doi.org/10.1002/iub.2221.
175. Yang J.J., Tao H., Hu W., Liu L.P., Shi K.H., Deng Z.Y., Li J. MicroRNA-200a controls Nrf2 activation by target Keap1 in hepatic stellate cell proliferation and fibrosis. Cell Signal 2014; 26(11): 2381-2389, https://doi.org/10.1016/j. cellsig.2014.07.016.
176. Tao Y.C., Wang Y.H., Wang M.L., Jiang W., Wu D.B., Chen E.Q., Tang H. Upregulation of microRNA-125b-5p alleviates acute liver failure by regulating the Keap1/Nrf2/
HO-1 pathway. Front Immunol 2022; 13: 988668, https://doi. org/10.3389/fimmu.2022.988668.
177. Klieser E., Mayr C., Kiesslich T., Wissniowski T., Fazio P.D., Neureiter D., Ocker M. The crosstalk of miRNA and oxidative stress in the liver: from physiology to pathology and clinical implications. Int J Mol Sci 2019; 20(21): 5266, https:// doi.org/10.3390/ijms20215266.
178. Lu S.C., Mato J.M., Espinosa-Diez C., Lamas S. MicroRNA-mediated regulation of glutathione and methionine metabolism and its relevance for liver disease. Free Radic Biol Med 2016; 100: 66-72, https://doi.org/10.1016/j. freeradbiomed.2016.03.021.
179. Zhang J., Guo J., Yang N., Huang Y., Hu T., Rao C. Endoplasmic reticulum stress-mediated cell death in liver injury. Cell Death Dis 2022; 13(12): 1051, https://doi.org/10.1038/ s41419-022-05444-x.
180. Pu S., Pan Y., Zhang Q., You T., Yue T., Zhang Y., Wang M. Endoplasmic reticulum stress and mitochondrial stress in drug-induced liver injury. Molecules 2023; 28(7): 3160, https://doi.org/10.3390/molecules28073160.
181. Tak J., Kim S.G. Effects of toxicants on endoplasmic reticulum stress and hepatic cell fate determination. Toxicol Res 2023, https://doi.org/10.1007/s43188-023-00201-4.
182. Diaz-Bulnes P., Saiz M.L., Löpez-Larrea C., Rodriguez R.M. Crosstalk between hypoxia and ER stress response: a key regulator of macrophage polarization. Front Immunol 2020; 10: 2951, https://doi.org/10.3389/ fimmu.2019.02951.
183. Victor P., Sarada D., Ramkumar K.M. Crosstalk between endoplasmic reticulum stress and oxidative stress: focus on protein disulfide isomerase and endoplasmic reticulum oxidase 1. Eur J Pharmacol 2021; 892: 173749, https://doi.org/10.1016/j.ejphar.2020.173749.
184. Ashraf N.U., Sheikh T.A. Endoplasmic reticulum stress and oxidative stress in the pathogenesis of non-alcoholic fatty liver disease. Free Radic Res 2015; 49(12): 1405-1418, https://doi.org/10.3109/10715762.2015.1078461.
185. Kim A., Koo J.H., Lee J.M., Joo M.S., Kim T.H., Kim H., Jun D.W., Kim S.G. NRF2-mediated SIRT3 induction protects hepatocytes from ER stress-induced liver injury. FASEB J 2022; 36(3): e22170, https://doi.org/10.1096/fj. 202101470r.
186. Bhattarai K.R., Chaudhary M., Kim H.R., Chae H.J. Endoplasmic reticulum (ER) stress response failure in diseases. Trends Cell Biol 2020; 30(9): 672-675, https://doi. org/10.1016/j.tcb.2020.05.004.
187. Wang J.M., Qiu Y., Yang Z., Kim H., Qian Q., Sun Q., Zhang C., Yin L., Fang D., Back S.H., Kaufman R.J., Yang L., Zhang K. IRE1a prevents hepatic steatosis by processing and promoting the degradation of select microRNAs. Sci Signal 2018; 11(530): eaao4617, https://doi.org/10.1126/scisignal.aao4617.
188. Upton J.P., Wang L., Han D., Wang E.S., Huskey N.E., Lim L., Truitt M., McManus M.T., Ruggero D., Goga A., Papa F.R., Oakes S.A. IRE1a cleaves select microRNAs during ER stress to derepress translation of proapoptotic Caspase-2. Science 2012; 338(6108): 818-822, https://doi.org/10.1126/science.1226191.
189. Yang P., Shen W., Reece E.A., Yang P. 679: the newly determined role of miR17 and its target, Txnip, in the diabetes-induced congenital malformations. Am J Obstet Gynecol 2020; 222(1): S430-S431, https://doi.org/10.1016/j. ajog.2019.11.693.
190. Hochreuter M.Y., Dall M., Treebak J.T., Barres R.
MicroRNAs in non-alcoholic fatty liver disease: progress and perspectives. Mol Metab 2022; 65: 101581, https://doi.org/ 10.1016/j.molmet.2022.101581.
191. Chitnis N.S., Pytel D., Bobrovnikova-Marjon E., Pant D., Zheng H., Maas N.L., Frederick B., Kushner J.A., Chodosh L.A., Koumenis C., Fuchs S.Y., Diehl J.A. miR-211 is a prosurvival microRNA that regulates chop expression in a PERK-dependent manner. Mol Cell 2012; 48(3): 353-364, https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.08.025.
192. Bu Y., Yoshida A., Chitnis N., Altman B.J., Tameire F., Oran A., Gennaro V., Armeson K.E., McMahon S.B., Wertheim G.B., Dang C.V., Ruggero D., Koumenis C., Fuchs S.Y., Diehl J.A. A PERK-miR-211 axis suppresses circadian regulators and protein synthesis to promote cancer cell survival. Nat Cell Biol 2018; 20(1): 104-115, https://doi. org/10.1038/s41556-017-0006-y.
193. Siwecka N., Rozp^dek-Kaminska W., Wawrzynkiewicz A., Pytel D., Diehl J.A., Majsterek I. The structure, activation and signaling of IRE1 and its role in determining cell fate. Biomedicines 2021; 9(2): 156, https://doi. org/10.3390/biomedicines9020156.
194. Jiang J., Qu Y., Liu X., Tang C., Wei P. Antagonistic crosstalk fine-tunes sensitivities of IRE1 and PERK signaling during unfolded protein response. BioRxiv 2020, https://doi. org/10.1101/2020.08.09.243527.
195. Byrd A.E., Aragon I.V., Brewer J.W. MicroRNA-30c-2* limits expression of proadaptive factor XBP1 in the unfolded protein response. J Cell Biol 2012; 196(6): 689-698, https:// doi.org/10.1083/jcb.201201077.
196. Xu H., Tian Y., Tang D., Zou S., Liu G., Song J., Zhang G., Du X., Huang W., He B., Lin W., Jin L., Huang W., Yang J., Fu X. An endoplasmic reticulum stress-microRNA-26a feedback circuit in NAFLD. Hepatology 2021; 73(4): 13271345, https://doi.org/10.1002/hep.31428.
197. Chen Z., Liu Y., Yang L., Liu P., Zhang Y., Wang X. MiR-149 attenuates endoplasmic reticulum stress-induced inflammation and apoptosis in nonalcoholic fatty liver disease by negatively targeting ATF6 pathway. Immunol Lett 2020; 222: 40-48, https://doi.org/10.1016/j.imlet.2020.03.003.
198. De Sousa K.P., Rossi I., Abdullahi M., Ramirez M.I., Stratton D., Inal J.M. Isolation and characterization of extracellular vesicles and future directions in diagnosis and therapy. Wiley Interdiscip Rev Nanomed Nanobiotechnol 2023; 15(1): e1835, https://doi.org/10.1002/wnan.1835.
199. Dixson A.C., Dawson T.R., Di Vizio D., Weaver A.M. Context-specific regulation of extracellular vesicle biogenesis and cargo selection. Nat Rev Mol Cell Biol 2023; 24(7): 454476, https://doi.org/10.1038/s41580-023-00576-0.
200. Jeppesen D.K., Zhang Q., Franklin J.L., Coffey R.J. Extracellular vesicles and nanoparticles: emerging complexities. Trends Cell Biol 2023; 33(8): 667-681, https:// doi.org/10.1016/j.tcb.2023.01.002.
201. Makarova J., Turchinovich A., Shkurnikov M., Tonevitsky A. Extracellular miRNAs and cell-cell communication: problems and prospects. Trends Biochem Sci 2021; 46(8): 640-651, https://doi.org/10.1016pbs. 2021.01.007.
202. Hwang S., Yang Y.M. Exosomal microRNAs as diagnostic and therapeutic biomarkers in non-malignant liver diseases. Arch Pharm Res 2021; 44(6): 574-587, https://doi. org/10.1007/s12272-021-01338-2.
203. Babuta M., Szabo G. Extracellular vesicles in inflammation: focus on the microRNA cargo of EVs
in modulation of liver diseases. J Leukoc Biol 2021; 111(1): 75-92, https://doi.org/10.1002/jlb.3mir0321-156r
204. Mansoori B., Baradaran B., Nazari A., Gaballu F.A., Cho W.C.S., Mansoori B. MicroRNAs in the cancer cell-to-cell communication: an insight into biological vehicles. Biomed Pharmacother 2022; 153: 113449, https://doi.org/10.1016/j. biopha.2022.113449.
205. Valadi H., Ekström K., Bossios A., Sjöstrand M., Lee J.J., Lötvall J.O. Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells. Nat Cell Biol 2007; 9(6): 654-659, https://doi. org/10.1038/ncb1596.
206. Kalra H., Simpson R.J., Ji H., Aikawa E., Altevogt P., Askenase P., Bond V.C., Borras F.E., Breakefield X., Budnik V., Buzas E., Camussi G., Clayton A., Cocucci E., Falcon-Perez J.M., Gabrielsson S., Gho Y.S., Gupta D., Harsha H.C., Hendrix A., Hill A.F., Inal J.M., Jenster G., Krämer-Albers E.M., Lim S.K., Llorente A., Lötvall J., Marcilla A., Mincheva-Nilsson L., Nazarenko I., Nieuwland R., Nolte-'t Hoen E.N., Pandey A., Patel T., Piper M.G., Pluchino S., Prasad T.S., Rajendran L., Raposo G., Record M., Reid G.E., Sánchez-Madrid F., Schiffelers R.M., Siljander P., Stensballe A., Stoorvogel W., Taylor D., Thery C., Valadi H., van Balkom B.W., Vázquez J., Vidal M., Wauben M.H., Yáñez-Mó M., Zoeller M., Mathivanan S. Vesiclepedia: a compendium for extracellular vesicles with continuous community annotation. PLoS Biol 2012; 10(12): e1001450, https://doi.org/10.1371/journal. pbio.1001450.
207. Mathivanan S., Simpson R.J. ExoCarta: a compendium of exosomal proteins and RNA. Proteomics 2009; 9(21): 4997-5000, https://doi.org/10.1002/pmic.200900351.
208. Murillo O.D., Thistlethwaite W., Rozowsky J., Subramanian S.L., Lucero R., Shah N., Jackson A.R., Srinivasan S., Chung A., Laurent C.D., Kitchen R.R., Galeev T., Warrell J., Diao J.A., Welsh J.A., Hanspers K., Riutta A., Burgstaller-Muehlbacher S., Shah R.V., Yeri A., Jenkins L.M., Ahsen M.E., Cordon-Cardo C., Dogra N., Gifford S.M., Smith J.T., Stolovitzky G., Tewari A.K., Wunsch B.H., Yadav K.K., Danielson K.M., Filant J., Moeller C., Nejad P., Paul A., Simonson B., Wong D.K., Zhang X., Balaj L., Gandhi R., Sood A.K., Alexander R.P., Wang L., Wu C., Wong D.T.W., Galas D.J., Van Keuren-Jensen K., Patel T., Jones J.C., Das S., Cheung K.H., Pico A.R., Su A.I., Raffai R.L., Laurent L.C., Roth M.E., Gerstein M.B., Milosavljevic A. exRNA atlas analysis reveals distinct extracellular RNA cargo types and their carriers present across human biofluids. Cell 2019; 177(2): 463-477.e15, https://doi. org/10.1016/j.cell.2019.02.018.
209. Lai H., Li Y., Zhang H., Hu J., Liao J., Su Y., Li Q., Chen B., Li C., Wang Z., Li Y., Wang J., Meng Z., Huang Z., Huang S. exoRBase 2.0: an atlas of mRNA, lncRNA and circRNA in extracellular vesicles from human biofluids. Nucleic Acids Res 2022; 50(D1): D118-D128, https://doi.org/10.1093/ nar/gkab1085.
210. Garcia-Martin R., Wang G., Brandäo B.B., Zanotto T.M., Shah S., Kumar Patel S., Schilling B., Kahn C.R. MicroRNA sequence codes for small extracellular vesicle release and cellular retention. Nature 2022; 601(7893): 446451, https://doi.org/10.1038/s41586-021-04234-3.
211. Santangelo L., Giurato G., Cicchini C., Montaldo C., Mancone C., Tarallo R., Battistelli C., Alonzi T., Weisz A., Tripodi M. The RNA-binding protein SYNCRIP is a component of the hepatocyte exosomal machinery controlling microRNA
sorting. Cell Rep 2016; 17(3): 799-808, https://doi. org/10.1016/j.celrep.2016.09.031.
212. Villarroya-Beltri C., Gutiérrez-Vázquez C., Sánchez-Cabo F., Pérez-Hernández D., Vázquez J., Martin-Cofreces N., Martinez-Herrera D.J., Pascual-Montano A., Mittelbrunn M., Sánchez-Madrid F. Sumoylated hnRNPA2B1 controls the sorting of miRNAs into exosomes through binding to specific motifs. Nat Commun 2013; 4(1): 2980, https://doi.org/10.1038/ ncomms3980.
213. Roderburg C., Mollnow T., Bongaerts B., Elfimova N., Vargas Cardenas D., Berger K., Zimmermann H., Koch A., Vucur M., Luedde M., Hellerbrand C., Odenthal M., Trautwein C., Tacke F., Luedde T. Micro-RNA profiling in human serum reveals compartment-specific roles of miR-571 and miR-652 in liver cirrhosis. PLoS One 2012; 7(3): e32999, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0032999.
214. Jopling C. Liver-specific microRNA-122: biogenesis and function. RNA Biol 2012; 9(2): 137-142, https://doi. org/10.4161/rna.18827.
215. Sendi H., Mead I., Wan M., Mehrab-Mohseni M., Koch K., Atala A., Bonkovsky H.L., Bishop C.E. miR-122 inhibition in a human liver organoid model leads to liver inflammation, necrosis, steatofibrosis and dysregulated insulin signaling. PLoS One 2018; 13(7): e0200847, https://doi. org/10.1371/journal.pone.0200847.
216. Hu Y., Peng X., Du G., Zhang Z., Zhai Y., Xiong X., Luo X. MicroRNA-122-5p inhibition improves inflammation and oxidative stress damage in dietary-induced non-alcoholic fatty liver disease through targeting FOXO3. Front Physiol 2022; 13: 803445, https://doi.org/10.3389/fphys.2022.803445.
217. Yamada H., Ohashi K., Suzuki K., Munetsuna E., Ando Y., Yamazaki M., Ishikawa H., Ichino N., Teradaira R., Hashimoto S. Longitudinal study of circulating miR-122 in a rat model of non-alcoholic fatty liver disease. Clin Chim Acta 2015; 446: 267-271, https://doi.org/10.1016/j.cca.2015.05.002.
218. O'Grady T., Njock M.S., Lion M., Bruyr J., Mariavelle E., Galvan B., Boeckx A., Struman I., Dequiedt F. Sorting and packaging of RNA into extracellular vesicles shape intracellular transcript levels. BMC Biol 2022; 20(1): 72, https:// doi.org/10.1186/s12915-022-01277-4.
219. Botti V., Marrone S., Cannistraro S., Bizzarri A.R. Interaction between miR4749 and human serum albumin as revealed by fluorescence, FRET, atomic force spectroscopy and computational modelling. Int J Mol Sci 2022; 23(3): 1291, https://doi.org/10.3390/ijms23031291.
220. Jeppesen D.K., Fenix A.M., Franklin J.L., Higginbotham J.N., Zhang Q., Zimmerman L.J., Liebler D.C., Ping J., Liu Q., Evans R., Fissell W.H., Patton J.G., Rome L.H., Burnette D.T., Coffey R.J. Reassessment of exosome composition. Cell 2019; 177(2): 428-445.e18, https://doi. org/10.1016/j.cell.2019.02.029.
221. Karimi N., Cvjetkovic A., Jang S.C., Crescitelli R., Hosseinpour Feizi M.A., Nieuwland R., Lötvall J., Lässer C. Detailed analysis of the plasma extracellular vesicle proteome after separation from lipoproteins. Cell Mol Life Sci 2018; 75(15): 2873-2886, https://doi.org/10.1007/s00018-018-2773-4.
222. Sódar B.W., Kittel Á., Pálóczi K., Vukman K.V., Osteikoetxea X., Szabó-Taylor K., Németh A., Sperlágh B., Baranyai T., Giricz Z., Wiener Z., Turiák L., Drahos L., Pállinger É., Vékey K., Ferdinandy P., Falus A., Buzás E.I. Low-density lipoprotein mimics blood plasma-derived exosomes and microvesicles during isolation and detection. Sci Rep 2016; 6(1): 24316, https://doi.org/10.1038/srep24316.
223. Das S.; Extracellular RNA Communication Consortium; Ansel K.M., Bitzer M., Breakefield X.O., Charest A., Galas D.J., Gerstein M.B., Gupta M., Milosavljevic A., McManus M.T., Patel T., Raffai R.L., Rozowsky J., Roth M.E., Saugstad J.A., Van Keuren-Jensen K., Weaver A.M., Laurent L.C. The extracellular RNA communication consortium: establishing foundational knowledge and technologies for extracellular RNA research. Cell 2019; 177(2): 231-242, https://doi.org/10.1016/j. cell.2019.03.023.
224. Lee H., Kim S.I., Shin D., Yoon Y., Choi T.H., Cheon G.J., Kim M. Hepatic siRNA delivery using recombinant human apolipoprotein A-I in mice. Biochem Biophys Res Commun 2009; 378(2): 192-196, https://doi.org/10.1016/j. bbrc.2008.11.029.
225. Niculescu L.S., Simionescu N., Sanda G.M., Carnuta M.G., Stancu C.S., Popescu A.C., Popescu M.R., Vlad A., Dimulescu D.R., Simionescu M., Sima A.V. MiR-486 and miR-92a identified in circulating HDL discriminate between stable and vulnerable coronary PLoS One 2015; 10(10): e0140958, https://doi.org/10.1371/journal. pone.0140958.
226. Wagner J., Riwanto M., Besler C., Knau A., Fichtlscherer S., Röxe T., Zeiher A.M., Landmesser U., Dimmeler S. Characterization of levels and cellular transfer of circulating lipoprotein-bound microRNAs. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2013; 33(6): 1392-1400, https://doi.org/10.1161/ atvbaha.112.300741.
227. Vickers K.C., Palmisano B.T., Shoucri B.M., Shamburek R.D., Remaley A.T. MicroRNAs are transported in plasma and delivered to recipient cells by high-density lipoproteins. Nat Cell Biol 2011; 13(4): 423-433, https://doi. org/10.1038/ncb2210.
228. Li X., Zou X. An overview of RNA virus-encoded microRNAs. ExRNA 2019; 1: 37, https://doi.org/10.1186/ s41544-019-0037-6.
229. Pfeffer S., Zavolan M., Grässer F.A., Chien M., Russo J.J., Ju J., John B., Enright A.J., Marks D., Sander C., Tuschl T. Identification of virus-encoded microRNAs. Science 2004; 304(5671): 734-736, https://doi.org/10.1126/ science.1096781.
230. Thakur A., Kumar M. Integration of human and viral miRNAs in Epstein-Barr virus-associated tumors and implications for drug repurposing. OMICS 2023; 27(3): 93-108, https://doi.org/10.1089/omi.2023.0005.
231. Wei-Ting W., Yun Y., Yang Z., Yi-Ning L., Yu-Lin W., Yi-Yi L., Yan-Jie T. EBV-microRNAs as potential biomarkers in EBV-related fever: a narrative review. Curr Mol Med 2022; 23, https://doi.org/10.2174/1566524023666221118122005.
232. Pawlica P., Yario T.A., White S., Wang J., Moss W.N., Hui P., Vinetz J.M., Steitz J.A. SARS-CoV-2 expresses a microRNA-like small RNA able to selectively repress host genes. Proc Natl Acad Sci U S A 2021; 118(52): e2116668118, https://doi.org/10.1073/pnas.2116668118.
233. Singh M., Chazal M., Quarato P., Bourdon L., Malabat C., Vallet T., Vignuzzi M., van der Werf S., Behillil S., Donati F., Sauvonnet N., Nigro G., Bourgine M., Jouvenet N., Cecere G. A virus-derived microRNA targets immune response genes during SARS-CoV-2 infection. EMBO Rep 2022; 23(2): e54341, https://doi.org/10.15252/embr.202154341.
234. Trepo C., Chan H.L.Y., Lok A. Hepatitis B virus infection. Lancet 2014; 384(9959): 2053-2063, https://doi. org/10.1016/S0140-6736(14)60220-8.
235. Yang X., Li H., Sun H., Fan H., Hu Y., Liu M., Li X., Tang H. Hepatitis B virus-encoded microRNA controls viral replication. J Virol 2017; 91(10): e01919-16, https://doi. org/10.1128/jvi.01919-16.
236. Zhao X., Sun L., Mu T., Yi J., Ma C., Xie H., Liu M., Tang H. An HBV-encoded miRNA activates innate immunity to restrict HBV replication. J Mol Cell Biol 2020; 12(4): 263-276, https://doi.org/10.1093/jmcb/mjz104.
237. Tang J., Xiao X., Jiang Y., Tian Y., Peng Z., Yang M., Xu Z., Gong G. miR-3 encoded by hepatitis B virus downregulates PTEN protein expression and promotes cell proliferation. J Hepatocell Carcinoma 2020; 7: 257-269, https://doi.org/10.2147/jhc.s271091.
238. Loukachov V., van Dort K.A., Jansen L., Reesink H.W., Kootstra N.A. Identification of a Novel HBV encoded miRNA using next generation sequencing. Viruses 2022; 14(6): 1223, https://doi.org/10.3390/v14061223.
239. Nabih H.K. The significance of HCV viral load in the incidence of HCC: a correlation between miR-122 and CCL2. J Gastrointest Canc 2020; 51(2): 412-417, https://doi. org/10.1007/s12029-019-00281-2.
240. Kunden R.D., Khan J.Q., Ghezelbash S., Wilson J.A. The role of the liver-specific microRNA, miRNA-122 in the HCV replication cycle. Int J Mol Sci 2020; 21(16): 5677, https://doi. org/10.3390/ijms21165677.
241. Chahal J., Gebert L.F.R., Camargo C., MacRae I.J., Sagan S.M. miR-122-based therapies select for three distinct resistance mechanisms based on alterations in RNA structure. Proc Natl Acad Sci U S A 2021; 118(33): e2103671118, https:// doi.org/10.1073/pnas.2103671118.
242. Panigrahi M., Palmer M.A., Wilson J.A. MicroRNA-122 regulation of HCV infections: insights from studies of miR-122-independent replication. Pathogens 2022; 11(9): 1005, https://doi.org/10.3390/pathogens11091005.
243. Kim T., Croce C.M. MicroRNA: trends in clinical trials of cancer diagnosis and therapy strategies. Exp Mol Med 2023; 55(7): 1314-1321, https://doi.org/10.1038/s12276-023-01050-9.
244. Zhao X., Xue X., Cui Z., Kwame Amevor F., Wan Y., Fu K., Wang C., Peng C., Li Y. microRNAs-based diagnostic and therapeutic applications in liver fibrosis. Wiley Interdiscip Rev RNA 2023; 14(4): e1773, https://doi.org/10.1002/ wrna.1773.
245. Ratnasari N., Lestari P., Renovaldi D., Raditya Ningsih J., Qoriansas N., Wardana T., Hakim S., Signa Aini Gumilas N., Indrarti F., Triwikatmani C., Bayupurnama P., Setyo Heriyanto D., Astuti I., Mubarika Harjana S. Potential plasma biomarkers: miRNA-29c, miRNA-21, and miRNA-155 in clinical progression of hepatocellular carcinoma patients. PLoS One 2022; 17(2): e0263298, https://doi.org/10.1371/ journal.pone.0263298.
246. Khare S., Khare T., Ramanathan R., Ibdah J.A. Hepatocellular carcinoma: the role of microRNAs. Biomolecules 2022; 12(5): 645, https://doi.org/10.3390/biom12050645.
247. Tadokoro T., Morishita A., Masaki T. Diagnosis and therapeutic management of liver fibrosis by microRNA. Int J Mol Sci 2021; 22(15): 8139, https://doi.org/10.3390/ ijms22158139.
248. Kim T.H., Lee Y., Lee Y.S., Gim J.A., Ko E., Yim S.Y., Jung Y.K., Kang S., Kim M.Y., Kim H., Kim B.H., Kim J.H., Seo Y.S., Yim H.J., Yeon J.E., Um S.H., Byun K.S. Circulating miRNA is a useful diagnostic biomarker for nonalcoholic steatohepatitis in nonalcoholic fatty liver disease. Sci Rep 2021; 11(1): 14639, https://doi.org/10.1038/s41598-021-94115-6.
249. Wang W., Li W., Cao L., Wang B., Liu C., Qin Y., Guo B., Huang C. Serum extracellular vesicle MicroRNAs as candidate biomarkers for acute rejection in patients subjected to liver transplant. Front Genet 2022; 13: 1015049, https://doi. org/10.3389/fgene.2022.1015049.
250. de Ronde M.W.J., Ruijter J.M., Moerland P.D., Creemers E.E., Pinto-Sietsma S.J. Study design and qPCR data analysis guidelines for reliable circulating miRNA biomarker experiments: a review. Clin Chem 2018; 64(9): 1308-1318, https://doi.org/10.1373/clinchem.2017.285288.
251. de Planell-Saguer M., Rodicio M.C. Analytical aspects of microRNA in diagnostics: a review. Anal Chim Acta 2011; 699(2): 134-152, https://doi.org/10.1016/j.aca.2011.05.025.
252. Vanhaverbeke M., Attard R., Bartekova M., Ben-Aicha S., Brandenburger T., de Gonzalo-Calvo D., Emanueli C., Farrugia R., Grillari J., Hackl M., Kalocayova B., Martelli F., Scholz M., Wettinger S.B., Devaux Y. Peripheral blood RNA biomarkers for cardiovascular disease from bench to bedside: a position paper from the EU-CardioRNA COST action CA17129. Cardiovasc Res 2022; 118(16): 3183-3197, https://doi.org/10.1093/cvr/cvab327.
253. Fan R., Xiao C., Wan X., Cha W., Miao Y., Zhou Y., Qin C., Cui T., Su F., Shan X. Small molecules with big roles in microRNA chemical biology and microRNA-targeted therapeutics. RNA Biol 2019; 16(6): 707-718, https://doi.org/10. 1080/15476286.2019.1593094.
254. Doghish A.S., Elballal M.S., Elazazy O., Elesawy A.E., Elrebehy M.A., Shahin R.K., Midan H.M., Sallam A.M. The role of miRNAs in liver diseases: potential therapeutic and clinical applications. Pathol Res Pract 2023; 243: 154375, https://doi.org/10.1016/j.prp.2023.154375.
255. Zhu Y., Tan J.K., Wong S.K., Goon J.A. Therapeutic effects of microRNAs on nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) and nonalcoholic steatohepatitis (NASH): a systematic review and meta-analysis. Int J Mol Sci 2023; 24(11): 9168, https://doi.org/10.3390/ijms24119168.
256. Beavers K.R., Nelson C.E., Duvall C.L. MiRNA inhibition in tissue engineering and regenerative medicine. Adv Drug Deliv Rev 2015; 88: 123-137, https://doi.org/10.1016/j. addr.2014.12.006.
257. Tay F.C., Lim J.K., Zhu H., Hin L.C., Wang S. Using artificial microRNA sponges to achieve microRNA loss-of-function in cancer cells. Adv Drug Deliv Rev 2015; 81: 117127, https://doi.org/10.1016/j.addr.2014.05.010.
258. Li D., Zhang J., Li J. Role of miRNA sponges in hepatocellular carcinoma. Clin Chim Acta 2020; 500: 10-19, https://doi.org/10.1016/j.cca.2019.09.013.
259. Gubu A., Su W., Zhao X., Zhang X., Fan X., Wang J., Wang Q., Tang X. Circular antisense oligonucleotides for specific RNase-H-mediated microRNA inhibition with reduced off-target effects and nonspecific immunostimulation. J Med Chem 2021; 64(21): 16046-16055, https://doi.org/10.1021/ acs.jmedchem.1c01421.
260. Wang Z. The principles of MiRNA-masking antisense oligonucleotides technology. Methods Mol Biol 2011; 676: 4349, https://doi.org/10.1007/978-1-60761-863-8_3.
261. Wang Z. Sponge miR-mask technology. In: MicroRNA interference technologies. Springer Berlin Heidelberg; 2009; p. 167-173, https://doi.org/10.1007/978-3-642-00489-6_11.
262. Yoshioka K., Kunieda T., Asami Y., Guo H., Miyata H., Yoshida-Tanaka K., Sujino Y., Piao W., Kuwahara H., Nishina K., Hara R.I., Nagata T., Wada T., Obika S., Yokota T. Highly efficient silencing of microRNA by heteroduplex
oligonucleotides. Nucleic Acids Res 2019; 47(14): 7321-7332, https://doi.org/10.1093/nar/gkz492.
263. Bernardo B.C., Charchar F.J., Lin R.C., McMullen J.R. A microRNA guide for clinicians and basic scientists: background and experimental techniques. Heart Lung Circ 2012; 21(3): 131-142, https://doi.org/10.1016/j. hlc.2011.11.002.
264. Ottosen S., Parsley T.B., Yang L., Zeh K., van Doorn L.J., van der Veer E., Raney A.K., Hodges M.R., Patick A.K. In vitro antiviral activity and preclinical and clinical resistance profile of miravirsen, a novel anti-hepatitis C virus therapeutic targeting the human factor miR-122. Antimicrob Agents Chemother 2015; 59(1): 599-608, https://doi. org/10.1128/aac.04220-14.
265. van den Berg F.T., Rossi J.J., Arbuthnot P., Weinberg M.S. Design of effective primary microRNA mimics with different basal stem conformations. Mol Ther Nucleic Acids 2016; 5(1): e278, https://doi.org/10.1038/mtna.2015.53.
266. Dickins R.A., Hemann M.T., Zilfou J.T., Simpson D.R., Ibarra I., Hannon G.J., Lowe S.W. Probing tumor phenotypes using stable and regulated synthetic microRNA precursors. Nat Genet 2005; 37(11): 1289-1295, https://doi.org/10.1038/ ng1651.
267. Wittrup A., Lieberman J. Knocking down disease: a progress report on siRNA therapeutics. Nat Rev Genet 2015; 16(9): 543-552, https://doi.org/10.1038/nrg3978.
268. Kaushal A. Innate immune regulations and various siRNA modalities. Drug Deliv Transl Res 2023; 2023: 1-15, https://doi.org/10.1007/s13346-023-01361-4.
269. Ruman U., Fakurazi S., Masarudin M.J., Hussein M.Z. Nanocarrier-based therapeutics and theranostics drug delivery systems for next generation of liver cancer nanodrug modalities. Int J Nanomedicine 2020; 15: 14371456, https://doi.org/10.2147/ijn.s236927.
270. Tang Y., Wang X., Li J., Nie Y., Liao G., Yu Y., Li C. Overcoming the reticuloendothelial system barrier to drug delivery with a "don't-eat-us" strategy. ACS Nano 2019; 13(11): 13015-13026, https://doi.org/10.1021/acsnano.9b05679.
271. Paunovska K., Loughrey D., Dahlman J.E. Drug delivery systems for RNA therapeutics. Nat Rev Genet 2022; 23(5): 265-280, https://doi.org/10.1038/s41576-021-00439-4.
272. Böttger R., Pauli G., Chao P.H., Al Fayez N., Hohenwarter L., Li S.D. Lipid-based nanoparticle technologies for liver targeting. Adv Drug Deliv Rev 2020; 154-155: 79-101, https://doi.org/10.1016/j.addr.2020.06.017.
273. Yang N. An overview of viral and nonviral delivery systems for microRNA. Int J Pharma Investig 2015; 5(4): 179, https://doi.org/10.4103/2230-973x.167646.
274. Hudgin R.L., Pricer W.E. Jr., Ashwell G., Stockert R.J., Morell A.G. The isolation and properties of a rabbit liver binding protein specific for asialoglycoproteins. J Biol Chem 1974; 249(17): 5536-5543, https://doi. org/10.1016/s0021-9258(20)79761-9.
275. Willoughby J.L.S., Chan A., Sehgal A., Butler J.S., Nair J.K., Racie T., Shulga-Morskaya S., Nguyen T., Qian K., Yucius K., Charisse K., van Berkel T.J.C., Manoharan M., Rajeev K.G., Maier M.A., Jadhav V., Zimmermann T.S. Evaluation of GalNAc-siRNA conjugate activity in pre-clinical animal models with reduced asialoglycoprotein receptor expression. Mol Ther 2018; 26(1): 105-114, https://doi. org/10.1016/j.ymthe.2017.08.019.
276. Huang Y. Preclinical and clinical advances of GalNAc-
decorated nucleic acid therapeutics. Mol Ther Nucleic Acids 2017; 6: 116-132, https://doi.org/10.1016/j.omtn.2016.12.003.
277. Tran S., DeGiovanni P.J., Piel B., Rai P. Cancer nanomedicine: a review of recent success in drug delivery. Clin Transl Med 2017; 6(1): e44, https://doi.org/10.1186/s40169-017-0175-0.
278. El Moukhtari S.H., Garbayo E., Amundarain A., Pascual-Gil S., Carrasco-León A., Prosper F., Agirre X., Blanco-Prieto M.J. Lipid nanoparticles for siRNA delivery in cancer treatment. J Control Release 2023; 361: 130-146, https://doi.org/10.1016/jJconrel.2023.07.054.
279. Sakashita M., Mochizuki S., Sakurai K. Hepatocyte-targeting gene delivery using a lipoplex composed of galactose-modified aromatic lipid synthesized with click chemistry. Bioorg Med Chem 2014; 22(19): 5212-5219, https:// doi.org/10.1016/j.bmc.2014.08.012.
280. Avital Y.Y., Gr0nbech-Jensen N., Farago O. The thermodynamics of endosomal escape and DNA release from lipoplexes. Phys Chem Chem Phys 2016; 18(4): 2591-2596, https://doi.org/10.1039/c5cp05778g.
281. Dasgupta I., Chatterjee A. Recent advances in miRNA delivery systems. Methods Protoc 2021; 4(1): 10, https://doi.org/10.3390/mps4010010.
282. Silva B.F.B., Majzoub R.N., Chan C.L., Li Y., Olsson U., Safinya C.R. PEGylated cationic liposome-DNA complexation in brine is pathway-dependent. Biochim Biophys Acta 2014; 1838(1 Pt B): 398-412, https://doi.org/10.1016/j. bbamem.2013.09.008.
283. Hattori Y., Tamaki K., Sakasai S., Ozaki K., Onishi H. Effects of PEG anchors in PEGylated siRNA lipoplexes on in vitro gene-silencing effects and siRNA biodistribution in mice. Mol Med Rep 2020; 22(5): 4183-4196, https://doi.org/10.3892/ mmr.2020.11525.
284. Xu F., Liao J.Z., Xiang G.Y., Zhao P.X., Ye F., Zhao Q., He X.X. MiR-101 and doxorubicin codelivered by liposomes suppressing malignant properties of hepatocellular carcinoma. Cancer Med 2017; 6(3): 651-661, https://doi. org/10.1002/cam4.1016.
285. Liu Y., Liu J., Quimbo A., Xia F., Yao J., Clamme J.P., Zabludoff S., Zhang J., Ying W. Anti-HSP47 siRNA lipid nanoparticle ND-L02-s0201 reverses interstitial pulmonary fibrosis in preclinical rat models. ERJ Open Res 2021; 7(2): 00733-02020, https://doi.org/10.1183/23120541.00733-2020.
286. Jäger M., Schubert S., Ochrimenko S., Fischer D., Schubert U.S. Branched and linear poly(ethylene imine)-based conjugates: synthetic modification, characterization, and application. Chem Soc Rev 2012; 41(13): 4755, https://doi. org/10.1039/c2cs35146c.
287. Li X., Wang B., Zhou S., Chen W., Chen H., Liang S., Zheng L., Yu H., Chu R., Wang M., Chai Z., Feng W. Surface chemistry governs the sub-organ transfer, clearance and toxicity of functional gold nanoparticles in the liver and kidney. J Nanobiotechnology 2020; 18(1): 45, https://doi.org/10.1186/ s12951-020-00599-1.
288. Gao S., Tian H., Guo Y., Li Y., Guo Z., Zhu X., Chen X. miRNA oligonucleotide and sponge for miRNA-21 inhibition mediated by PEI-PLL in breast cancer therapy. Acta Biomater 2015; 25: 184-193, https://doi.org/10.1016/j. actbio.2015.07.020.
289. Cheng C.J., Saltzman W.M. Polymer nanoparticle-mediated delivery of microRNA inhibition and alternative splicing. Mol Pharm 2012; 9(5): 1481-1488, https://doi. org/10.1021/mp300081s.
290. Park J.K., Utsumi T., Seo Y.E., Deng Y., Satoh A., Saltzman W.M., Iwakiri Y. Cellular distribution of injected PLGA-nanoparticles in the liver. Nanomedicine 2016; 12(5) 1365-1374, https://doi.org/10.1016/j.nano.2016.01.013.
291. Wang F., Zhang B., Zhou L., Shi Y., Li Z., Xia Y. Tian J. Imaging dendrimer-grafted graphene oxide mediated anti-miR-21 delivery with an activatable luciferase reporter. ACS Appl Mater Interfaces 2016; 8(14): 9014-9021, https://doi org/10.1021/acsami.6b02662.
292. Reebye V., S^trom P., Mintz P.J., Huang K.W. Swiderski P., Peng L., Liu C., Liu X., Lindkaer-Jensen S. Zacharoulis D., Kostomitsopoulos N., Kasahara N. Nicholls J.P., Jiao L.R., Pai M., Spalding D.R., Mizandari M. Chikovani T., Emara M.M., Haoudi A., Tomalia D.A., Rossi J.J. Habib N.A. Novel RNA oligonucleotide improves liver function and inhibits liver carcinogenesis in vivo. Hepatology 2014 59(1): 216-227, https://doi.org/10.1002/hep.26669.
293. Salzano G., Costa D.F., Sarisozen C., Luther E., Mattheolabakis G., Dhargalkar P.P., Torchilin V.P. Mixed nanosized polymeric micelles as promoter of doxorubicin and miRNA-34a co-delivery triggered by dual stimuli in tumor tissue. Small 2016; 12(35): 4837-4848, https://doi.org/10.1002/ smll.201600925.
294. Bitar A., Ahmad N.M., Fessi H., Elaissari A. Silica-based nanoparticles for biomedical applications. Drug Discov Today 2012; 17(19-20): 1147-1154, https://doi.org/10.1016/j. drudis.2012.06.014.
295. Mamaeva V., Sahlgren C., Linden M. Mesoporous silica nanoparticles in medicine — recent advances. Adv Drug Deliv Rev 2013; 65(5): 689-702, https://doi.org/10.1016/j. addr.2012.07.018.
296. Sun S., Wang Y., Zhou R., Deng Z., Han Y., Han X., Tao W., Yang Z., Shi C., Hong D., Li J., Shi D., Zhang Z. Targeting and regulating of an oncogene via nanovector delivery of microRNA using patient-derived xenografts. Theranostics 2017; 7(3): 677-693, https://doi.org/10.7150/thno.16357.
297. Sharma A., Cornejo C., Mihalic J., Geyh A., Bordelon D.E., Korangath P., Westphal F., Gruettner C., Ivkov R. Physical characterization and in vivo organ distribution of coated iron oxide nanoparticles. Sci Rep 2018; 8(1): 4916, https://doi.org/10.1038/s41598-018-23317-2.
298. Thomson D.W., Bracken C.P., Goodall G.J. Experimental strategies for microRNA target identification. Nucleic Acids Res 2011; 39(16): 6845-6853, https://doi. org/10.1093/nar/gkr330.
299. Gagnon K.T., Corey D.R. Guidelines for experiments using antisense oligonucleotides and double-stranded RNAs. Nucleic Acid Ther 2019; 29(3): 116-122, https://doi. org/10.1089/nat.2018.0772.
300. Hedlund H., Du Rietz H., Johansson J.M., Eriksson H.C., Zedan W., Huang L., Wallin J., Wittrup A. Single-cell quantification and dose-response of cytosolic siRNA delivery. Nat Commun 2023; 14(1): 1075, https://doi. org/10.1038/s41467-023-36752-1.
