РЕЗУЛЬТАТЫ МОНИТОРИНГА ХОЛЕРЫ НА АДМИНИСТРАТИВНЫХ ТЕРРИТОРИЯХ РОССИИ В ПЕРИОД С 2013 ПО 2019 ГОД Текст научной статьи по специальности «История и археология»

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Научная статья

https://doi.org/10.36233/0372-9311-56

Щ Check for updates

Результаты мониторинга холеры на административных территориях России в период с 2013 по 2019 год

Носков А.К.1, Кругликов В.Д.1Н, Лопатин А.А.2, Чемисова О.С.1, Левченко Д.А.1, Иванова С.М.2, Монахова Е.В.1, Архангельская И.В.1, Водопьянов А.С.1, Гаевская Н.Е.1, Подойницына О.А.1, Ежова М.И.1

1Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия; 2Противочумный центр Роспотребнадзора, Москва, Россия

Цель. Проведение динамического сравнительного анализа результатов идентификации изолятов из проб воды и материала от людей, выделенных в ходе мониторинга холеры на всей территории Российской Федерации в 2013-2019 гг.

Материалы и методы. Идентифицировано 385 штаммов Vibrio cholerae серогруппы О1 (один токсиген-ный V. cholerae O1 El Tor Inaba — Ростовская область, 2014 г.) и R-варианта, выделенных из объектов окружающей среды (ООС) на территории 21 субъекта РФ.

Результаты. Установлено, что 91% штаммов выделены в 7 субъектах РФ: Республике Калмыкия, Краснодарском, Забайкальском, Хабаровском, Приморском краях, Ростовской и Иркутской областях. Атипичными по агглютинабельности были 2,3% штаммов, а по фагочувствительности — 75,3%. Фаготипы определены у 13,2% штаммов, изолированных на 11 административных территориях. К фаготипу 11 относилось 48,8% штаммов, выделенных в основном в Забайкальском крае. Идентифицировано 46 не-токсигенных штаммов V. cholerae non01/non0139, изолированных от 43 больных острыми кишечными инфекциями и отитами в 8 субъектах РФ. Проведено ПЦР-типирование 377 нетоксигенных штаммов V. cholerae, выявлена их принадлежность к 13 кластерам и 71 генотипу. Обнаружены штаммы с уникальными генотипами (вероятный занос) и с одинаковыми генотипами, которые встречались в разные годы на территориях многих или одного субъекта РФ, что свидетельствует о распространенности штаммов в ООС на территории страны.

Заключение. Результаты позволили охарактеризовать эпидемиологическую ситуацию по холере в России (по показателю контаминации ООС V. cholerae О1) как неустойчивую, но не претерпевшую существенных изменений за истёкший 7-летний период, что имеет значение при обосновании прогноза её дальнейшего развития.

Ключевые слова: Vibrio cholerae, фено- и генотипирование, мониторинг, субъект РФ, объекты окружающей среды

Источник финансирования. Авторы заявляют об отсутствии внешнего финансирования при проведении исследования.

Конфликт интересов. Авторы декларируют отсутствие явных и потенциальных конфликтов интересов, связанных с публикацией настоящей статьи.

Для цитирования: Носков А.К., Кругликов В.Д., Лопатин А.А., Чемисова О.С., Левченко Д.А., Иванова С.М., Монахова Е.В., Архангельская И.В., Водопьянов А.С., Гаевская Н.Е., Подойницына О.А., Ежова М.И. Результаты мониторинга холеры на административных территориях России в период с 2013 по 2019 год. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98(2): 163-175. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-56

Results of cholera monitoring in administrative territories of Russia from 2013 to 2019

Alexey K. Noskov1, Vladimir D. Kruglikov^, Anton A. Lopatin2, Olga S. Chemisova1, Daria A. Levchenko1, Svetlana M. Ivanova2, Elena V. Monakhova1, Irina V. Arkhangelskaya1, Alexey S. Vodopyanov1, Natalya E. Gayevskaya1, Oksana A. Podoynitsyna1, Maria I. Yezhova1

Аннотация

Original article

https://doi.org/10.36233/0372-9311-56

© Коллектив авторов, 2021

ORIGINAL RESEARCHES

Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia; 2Anti-Plague Center, Moscow, Russia

Abstract

Purpose. A dynamic comparative analysis of the results of identification of Vibrio cholerae (V. cholera) isolates from water and human specimens isolated during the monitoring of cholera throughout the Russian Federation in 2013-2019.

Materials and methods. Total 385 strains of V. cholerae O1 serogroup (including one toxigenic V. cholerae O1 El Tor Inaba — Rostov region, 2014) and the R-variant from environment objects were identified in the territory of 21 regions of the Russian Federation.

Results. It was found that 91% of the strains were isolated in 7 regions of the Russian Federation: Republic of Kalmykia, Krasnodar Krai, Transbaikal Krai, Khabarovsk Krai, Primorsky Krai, Rostov region and Irkutsk region. 2.3% of strains were atypical in their agglutinability, and 75.3% of strains had atypical phagosensitivity. Phagotypes were identified for 13.2% of strains isolated in 11 administrative territories. Phageotype 11 included 48.8% of the strains isolated mainly in the Transbaikal Krai. Non-toxigenic strains of V. cholerae non01/non0139 (n = 46) were isolated from 43 patients with acute intestinal infections and otitis in 8 regions of Russia. PCR-typing of 377 non-toxigenic V. cholerae strains demonstrated that they belong to 13 clusters and 71 genotypes. Strains with unique genotypes (probable cases of importation) and with the same genotypes repeatedly isolated in different years in one or several territories of the Russian Federation were identified, indicating the prevalence of strains in environment throughout the country.

Conclusion. The results allowed us to characterize the epidemiological situation of cholera in Russia (in terms of the environment contamination with V. cholerae O1) as unstable, but not significantly changed over the past 7-year period. These data are important for substantiating the forecast for further development of the epidemiological situation.

Keywords: Vibrio cholerae, pheno- and genotyping, monitoring, subject of the Russian Federation, environment objects

Funding source. This study was not supported by any external sources of funding.

Conflict of interest. The authors declare no apparent or potential conflicts of interest related to the publication of this article.

For citation: Noskov A.K., Kruglikov V.D., Lopatin A.A., Chemisova O.S., Levchenko D.A., Ivanova S.M., Mona-khova E.V., Arkhangelskaya I.V., Vodopyanov A.S., Gaevskaya N.E., Podoynitsyna O.A., Ezhova M.I. Results of cholera monitoring in administrative territories of Russia from 2013 to 2019. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2021; 98(2): 163-175. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-56

Введение

Масштабные эпидемические проявления холеры на территории отдельных государств в период 7-й пандемии, в том числе связанные с чрезвычайными ситуациями природного характера, и, как следствие, завозы болезни в эпидемиологически благополучные страны обусловливают сохраняющиеся риски её распространения, связанные с международной миграцией, и актуальность для национальных систем здравоохранения [1, 2]. В настоящее время эпидемиологическая ситуация по холере на территории России характеризуется имевшими место спорадическими завозами болезни в отдельные административные территории страны без распространения и наличием эпидемиологических рисков новых завозов [3, 4].

Результаты ежегодного мониторинга наличия холерных вибрионов на объектах окружающей среды (ООС) в субъектах РФ свидетельствуют о нерегулярном выделении единичных эпидемически опасных (токсигенных) штаммов V. cholerae О1 El Tor и ежегодном обнаружении десятков нетоксиген-ных штаммов V. cholerae non01/nonO139 V. cholerae О1 серогруппы [5]. Нетоксигенные штаммы, включая штаммы, не имеющие гена холерного токсина (ctxAB), но содержащие ген tcpA, а также штаммы V. cholerae non01/nonO139, которые являются ин-

дикатором наличия условий, способствующих жизнедеятельности V. с^1егае в экологической нише, могут стать причиной спорадических заболеваний (вспышек) острыми кишечными инфекциями (ОКИ) [6-9]. Выявлен широкий спектр стрессоустойчиво-сти водной популяции V. с^1егае Е1 Тог, связанной с наличием приспособительных механизмов, обеспечивающих их выживание в воде поверхностных водоёмов на разных территориях страны [10, 11]. Кроме того, показано, что водоёмы умеренных широт могут рассматриваться как резервуары генов, детерминирующих дополнительные факторы пато-генности и персистенции V. сЫ1егае [12, 13].

Цель работы состояла в проведении динамического сравнительного анализа результатов идентификации изолятов из проб воды и материала от людей, выделенных в ходе мониторинга холеры на всей территории России в 2013-2019 гг.

Материалы и методы

Было исследовано 385 штаммов V. сЫ1егае Е1 Тог, выделенных из ООС, и 46 штаммов V. с^1егае поп01/поп0139 — изолятов от людей. Штаммы V. сЫ1егае О1 были отобраны и охарактеризованы с использованием пополняемой до 2019 г. ГИС «Холера 1989-2014» содержащей информацию о

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Таблица 1. Штаммы V. cholerae O1 и R-варианта, выделенные в России в 2013-2019 гг. Table 1. Strains of V. cholerae O1 and R-variant isolated in the Russian Federation in 2013-2019

№ No. Субъект РФ Subject of the Russian Federation Количество идентифицированных штаммов The number of identified strains Всего Total

2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019

1 Алтайский край / Altai Krai 0 1 0 0 0 0 0 1

2 Забайкальский край / Transbaikal Krai 3 1 7 11 23 0 2 47

3 Краснодарский край / Krasnodar Krai 1 0 98 0 0 0 0 99

4 Приморский край / Primorsky Krai 0 3 0 5 3 0 0 11

5 Ставропольский край / Stavropol Krai 0 0 0 1 0 0 0 1

6 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2 0 0 1 0 7 1 11

7 Республика Бурятия / Republic of Buryatia 1 0 0 1 1 0 0 3

8 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 27 17 8 19 34 26 20 151

9 Республика Коми / Republic of Komi 4 0 0 1 0 0 0 5

10 Республика Крым / Republic of Crimea 0 3 0 1 0 0 1 5

11 Республика Татарстан / Republic of Tatarstan 0 0 0 1 0 0 0 1

12 Иркутская область / Irkutsk region 0 1 1 0 8 1 1 12

13 Калининградская область / Kaliningrad region 0 2 0 0 0 0 0 2

14 Кировская область / Kirov region 0 0 0 0 0 1 0 1

15 Липецкая область / Lipetsk region 0 0 0 0 0 0 1 1

16 Московская область / Moscow region 0 1 0 0 0 0 0 1

17 Псковская область / Pskov region 0 1 0 0 0 1 0 2

18 Ростовская область / Rostov region 7 3 3 7 1 1 1 23

19 Рязанская область / Ryazan region 0 1 0 0 0 0 0 1

20 Свердловская область / Sverdlovsk region 0 0 0 4 1 0 0 5

21 Челябинская область / Chelyabinsk region 0 0 1 1 0 0 0 2

Всего выделено культур Total isolated culture strains 45 34 118 53 71 37 27 385

Количество субъектов РФ, в ООС которых обнаруживались V. cholerae О1 The number of regions of the Russian Federation where V. cholerae O1 was detected in environment objects 7 11 6 12 7 6 7 21

биологических свойствах штаммов V. с^1егае О1 и О139 серогрупп (разной эпидемической опасности), выделенных из ООС на территории России в процессе многолетних мониторинговых исследований, начиная с 1989 г. [14, 15].

Идентификация штаммов проводилась по общепринятым методикам1. Для определения родовой и видовой принадлежности выделенных штаммов применяли метод MALDI-TOF-масс-спектрометрии [16] в соответствии с инструкцией к оборудованию и с использованием программного обеспечения «В^урег 3.1». Видовую идентификацию проводили с использованием базы белковых спектров ком-

1 МУК 4.2.2218-07 «Лабораторная диагностика холеры»; МУК 4.2.2870-11 «Порядок организации и проведения лабораторной диагностики холеры для лабораторий территориального, регионального и федерального уровней».

пании «Bruker». Вероятность соответствия исследуемого спектра к известному таксону определяли с помощью показателя Score. Генотипирование (по 14 генам — детерминантам факторов патогенности) нетоксигенных штаммов V. cholerae О1 проводили методом ПЦР [17].

Кластерный анализ распределения генотипов осуществляли методом невзвешенного попарного среднего. Статистическую обработку полученных результатов проводили с помощью компьютерной программы «Statistica v.6.1.478» («StatSoft Inc.»). Результаты исследований считали достоверными при вероятности достоверности различий р < 0,05 (доверительный интервал — 95%).

Результаты

В 2013-2019 гг. в лабораториях Референс-цен-тра по мониторингу за холерой (Ростовский-на-До-

ORIGINAL RESEARCHES

ну противочумный институт Роспотребнадзора) идентифицировано 385 штаммов V. cholerae серо-группы 01 и R-варианта, выделенных из ООС на территории 21 субъекта РФ (табл. 1).

Характеристика биологических свойств штаммов V. cholerae, изолированных из ООС в РФ за 2013-2019 гг. и подтвержденных в Референс-цен-тре, представлена в табл. 2.

Изучаемые культуры в 51% случаев (по отношению к общему количеству штаммов) относились к серовару Инаба, в 46,7% — к Огава, а в 2,3% принадлежали к R-варианту. Эпидемически неопасные штаммы (нетоксигенные) составили 99,7% всех идентифицированных штаммов. Один (0,3%) эпидемически опасный (токсигенный) штамм V. cholerae El Tor Inaba № 81 был выделен в 2014 г. в Ростове-на-Дону из речной воды. Штамм относился к геновариантам с повышенным эпидемическим потенциалом (генотип cixB7icpACIRS1Wr£rA4VSP-II). Полногеномные последовательности ДНК штамма опубликованы и выложены в GenBank [18].

Изменчивость по признаку фаголизабельности была выявлена у 290 (75,3%) штаммов, а именно: 283 штамма (73,5%) были резистентными к фагам классическому и El Tor, а у 7 штаммов V. cholerae O1 El Tor (1,8%) выявлена чувствительность к классическому фагу. У 51 (13,2%) штамма, выделенного на 11 из 21 субъекта РФ, установлена принадлежность к определенному фаготипу: 4, 11, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19 и 20.

При анализе результатов ПЦР-типирования 377 нетоксигенных штаммов V. cholerae выявлена их принадлежность к 13 кластерам, в которые вошел 71 генотип (рис. 1). Данные по выделению штаммов,

у которых определен генотип, по годам (за 7-летний период) представлены на рис. 2, а по территориям субъектов РФ — на рис. 3. В табл. 3 отражены установленные генотипы, годы и территории, на которых регистрировалось выделение.

За 2013-2019 гг. в Референс-центре были идентифицированы 46 штаммов V. сЫ1егае попО1/ попО139-серогрупп, выделенных от 43 больных ОКИ и отитами в 8 субъектах РФ:

• Тамбовская область (завоз из Таиланда, 2017 г.: 1 штамм, 1 больной ОКИ);

• Магаданская область (завоз из Вьетнама, 2017 г.: 1 штамм, 1 больной ОКИ);

• Челябинская область (завоз из Туниса,

2017 г.: 1 штамм, 1 больной с отитом; не связан с завозом, 2017 г.: 2 штамма, 1 больной с отитом; не связан с завозом, 2019 г.: 1 штамм, 1 больной с отитом);

• Ростовская область (не связаны с завозом,

2014-2015 гг., 2018 г.: 21 штамм, 19 больных ОКИ);

• Республика Крым (не связаны с завозом,

2015-2017 гг.: 11 штаммов, 11 больных ОКИ);

• Москва (результат исследования проб, поступивших с других территорий страны, —

2018 г.: 1 штамм, 1 больной с отитом; 2019 г.: 3 штамма, 3 больных с отитом);

• Республика Калмыкия (не связаны с завозом, 2014 г.: 2 штамма, 1 больной ОКИ; 2015 г., 2018 г.: по 1 штамму, 2 больных ОКИ);

• Волгоградская область (не связан с завозом, 2018 г.: 1 штамм, 1 больной ОКИ).

Все штаммы V. сЫ1егае попО1/поп0139, выделенные от людей, были типичны по родовым и ви-

Таблица 2. Фенотипическая и генотипическая характеристика штаммов V. cholerae серогруппы O1 El Tor и R-вариант, выделенных в России в 2013-2019 гг.

Table 2. Phenotypic and genotypic characteristics of strains of V. cholerae serogroup O1 El Tor and R-variant isolated in the Russian Federation in 2013-2019

Год Year Количество штаммов / Number of strains

О1 в том числе cеровариант including serovariant R-вариант R-variant генотип genotype

Огава / Ogawa Инаба / Inaba ctxAB+tcpA+ ctxAB-tcpA+ ctxAB-tcpA-

2013 45 35 10 0 0 4 41

2014 33 21 12 1 1* 1 32

2015 118 10 108 0 0 6 112

2016 49 30 19 4 0 4 49

2017 70 34 36 1 0 1 70

2018 36 27 9 1 0 1 36

2019 25 23 2 2 0 2 25

Всего Tntal 376 180 196 9 1* 19 365

Примечание. *Штамм, выделенный в Ростове-на-Дону в 2014 г. Note. *Strain isolated in Rostov-on-Don in 2014.

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

A1

-I— 11 ^— I2

-Г" J1

^— J2 K1

г-Г L1 П- L2

-Г L3 L4

- M1

M2 M3 M4 M5

N1 N2 N3

- N4 N5 N6

I- N7 ""I- N8 I- N9 ""I- N10 г N11 L N12

_N13

L N14 г- N15 L N16 г- N17 L N18 г- N19 L N20 г- N21 L N22 .- N23 L N24

Рис. 1. Дендрограмма ПЦР-генотипов нетоксигенных штаммов V. cholerae О1, выделенных из ООС в 2013-2019 гг.

Fig. 1. Dendrogram for determined by PCR genotypes of non-toxigenic strains of V. cholerae O1 isolated from environment objects in 2013-2019.

довым свойствам и определены как нетоксигенные (^А-гсрЛ~).

Обсуждение

В 2013-2019 гг. из воды ООС 21 субъекта РФ выделено 385 штаммов V. с^1егае серогруппы О1 и R-варианта (табл. 1). В среднем за год V. сЫ1егае серогруппы О1 обнаруживались в пробах из ООС на 8 ± 1 (р < 0,05) административных территориях РФ. На субъекты РФ в составе Южного федерального округа (ФО) пришлось 72,2% выделенных культур (278 штаммов); Сибирского ФО (включая Республику Бурятия и Забайкальский край, с 03.11.2018 вошедших в состав Дальневосточного ФО) — 16,4% (63); Дальневосточного ФО — 5,7% (22); Северо-Западного ФО — 2,3% (9); Уральского ФО — 1,8% (7); Центрального ФО — 0,8% (3); Приволжского ФО — 0,5% (2) и Северо-Кавказского ФО — 0,3% (1). Необходимо отметить, что 91% выделенных штаммов (354 культуры) пришлось на 7 субъектов РФ: Республику Калмыкия, Краснодарский, Забайкальский, Хабаровский, Приморский края, Ростовскую и Иркутскую области. Ежегодно в течение 7-летнего периода V. с^1егае выделялись только из ООС Республики Калмыкия (151 штамм) и Ростовской области (23), из ООС Забайкальского края — в течение 6 лет (47 штаммов), Иркутской области — 5 лет (12 штаммов). В течение 4 лет V. сЫ1егае серогруппы О1 выделялись из ООС Хабаровского края (11 штаммов); 3 лет — Республики Крым (5) и Республики Бурятия (3), Приморского края (11); 2 лет — Республики Коми (5), Краснодарского края (99), Псковской (2), Свердловской (5) и Челябинской (2) областей. Однократно штаммы V. сЫ1егае изолированы из ООС Республики Татарстан, Алтайского, Ставропольского краев, Калининградской, Кировской, Липецкой, Московской и Рязанской областей. Наибольшее количество культур V. сЫ1егае (118 штаммов) выделено в 2015 г., что составило 30,7% всех 385 штаммов за анализируемый период, из них 98 идентичных штаммов одного клона (Краснодарский край, р. Агура, 2015 г.) за 3 мес.

Необходимо отметить, что в 2013-2019 гг. из 6 субъектов Южного ФО V. сЫ1егае О1 изолированы в 4. На Республику Калмыкия пришлось 39,2%, Краснодарский край — 25,7%, Ростовскую область — 6,0%, Республику Крым — 1,3% всех штаммов, изолированных в стране.

Из изученных 385 штаммов V. с^1егае атипичными по агглютинабельности оказалось 2,3% ^-вариант), практически подавляющее большинство штаммов было типичным по данному признаку, но 75,3% штаммов отличалось атипич-ностью по фагочувствительности. Всего фаготи-пировался 51 штамм (13,2%), изолированный на 11 из 21 территории. Из этих штаммов к фаготи-пу 11 относилось 20 штаммов (48,8%), большин-

ORIGINAL RESEARCHES

Год Year Генотипы Genotypes

2013 A1 С1 С2 E10 E4 L4 M5 N10 N14 N15 N16

2014 D6 E5 E7 E8 E9 G4 N13 N19 N21 N22 N24 N7

2015 F1 G3 H2 M1 M4 N24 N6 N8 N9

2016 D1 D2 D3 D4 D7 D8 G1 G2 I1 J1 J2 K1 M2 N1 N2

2017 D6 D7 D8 E1 E2 G3 H1 L1 L2 L3 L4 M2 M3 N1 N11 N17 N3 N4 N5

2018 B1 B2 C2 D5 D6 E3 E6 G4 G5 M3 N12 N14 N18 N20 N24 N9

2019 D6 E11 E8 H3 I2 N18 N23 N24 1

Рис. 2. ПЦР-генотипы нетоксигенных штаммов V. cholerae О1, выделенных из ООС в 2013-2019 гг.

Цвет соответствует определённому кластеру

Fig. 2. Determined by PCR genotypes of nontoxigenic strains of V. cholerae O1 isolated from environment

objects in 2013-2019. Each specific cluster is marked by color.

ство из которых было выделено в Забайкальском крае. Штаммы, принадлежащие к фаготипу 15, были изолированы в Забайкальском, Хабаровском краях и в Ростовской области. Единичные штаммы, обнаруженные на разных территориях, относились к фаготипам 12, 16, 17 и 19. Штаммы V. cholerae 01 El Tor, выделенные из ООС в Республиках Крым и Татарстан, Краснодарском крае, Калининградской, Московской, Псковской и Челябинской областях, не типировались фагами. Выявлены фаготипы, не встречавшиеся ранее на территории РФ: фаготип 8 (Хабаровский край, 2016 г.), 12 (Свердловская область, 2016 г.) и 20 (Кировская область, 2018 г.). Таким образом, установлено, что нетоксигенные штаммы V. cholerae О1, выделявшиеся в России из ООС на протяжении 2013-2019 гг., характеризовались устойчивостью к холерным диагностическим фагам (El Tor и классический), что вызывает определенные затруднения в диагностике, а также в своём большинстве фагами не типировались.

Однако среди штаммов, которые типирова-лись фагами, была выявлена принадлежность к новым для территории РФ фаготипам.

За 2013-2019 гг. на территории РФ было изолировано 94,8% штаммов с генетической характеристикой ctxAB-tcpA- и 4,9% с^хАВ ^срА+-штам-мов. В Ростовской области из р. Темерник в 2014 г. был выделен один генетически изменённый эпидемически опасный штамм V. cholerae О1 El Tor Inaba № 81.

При проведении эпидемиологического расследования источник инфекции установить не удалось. Как показали результаты исследований, штамм № 81, как и штамм № 301, изолированный в 2011 г. из морской воды Таганрогского залива (Ростовская область, Азовское море) на фоне эпидемического благополучия [19], имели сходные генотипы. Таким образом, на неэндемичной по холере территории

России на протяжении 7 лет из ООС выделялись в основном только нетоксигенные штаммы, которые не обладают способностью вызывать заболевание холерой, но могут быть этиологической причиной ОКИ. Обнаружение эпидемически опасного штамма V. cholerae О1 El Tor отмечалось на фоне отсутствия эпидемического осложнения по холере.

Наибольшая доля штаммов (54%) V. cholerae non01/nonO139, выделенных от больных ОКИ, выявлена на территории Ростовской области. В течение изучаемого периода наблюдалась ежегодная регистрация заболеваний ОКИ и отитами (внекишечная локализация возбудителя), этиологией которых были вышеуказанные микроорганизмы, на одной или на нескольких административных территориях РФ.

Что касается генотипирования нетоксигенных штаммов V. cholerae О1, то в настоящее время, при отсутствии универсального подхода, существуют несколько методов, которые с успехом применяются в том числе в комплексных исследованиях для определения филогенеза штаммов в соотношении с эпидемиологическими данными: мультилокус-ный анализ вариабельных тандемных повторов, пульс-электрофорез, типирование (вставка/делеция нескольких нуклеотидов), однонуклеотидный полиморфизм [7, 20, 21]. При генотипировании 377 не-токсигенных штаммов V. cholerae О1 в работе был использован метод ПЦР-детекции по 14 генам, детерминирующим их патогенные свойства, для получения унифицированных результатов на момент исследования. В число протестированных не вошли 7 штаммов, определённых как субкультуры.

Интерпретация полученных данных позволила дать общую оценку распространённости штаммов V. cholerae О1 тех или иных генотипов по административным территориям, повторяемости их выделения по годам, наличию новых генотипов (т.е. возможных заносов или переживании в течение нескольких лет).

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Субъект РФ Subject of Russia Генотипы Genotypes

Алтайский край Altai Krai D6

Забайкальский край Transbaikal Krai D2 D3 D6 D8 E11 E2 G3

Иркутская область Irkutsk region D6 G3 I2 L1 L2 L4 N20

Калининградская область Kaliningrad region E8

Кировская область Kirov region D6

Краснодарский край Krasnodar Krai C2 N8

Липецкая область Lipetsk region E11

Московская область Moscow region N13

Приморский край Primorsky Krai D3 D7 E2 E9 N11 N7

Псковская область Pskov region D6

Республика Бурятия Republic of Buryatia D7 N16

Республика Калмыкия Republic of Kalmykia D2 D4 D5 D6 D8 E1 E3 E4 E5 E6 E7 E8 G3 H1 K1

L3 M1 M3 M4 M5 N1 N12 N14 N15 N16 N17 N18 N19 N21 N22

N23 N24 N3 N4 N5 N6 N9

Республика Коми Republic of Komi J2

Республика Крым Republic of Crimea D3 D6 G4

Республика Татарстан Republic of Tatarstan D7

Ростовская область Rostov region A1 C1 D2 D6 D8 E10 E5 E7 F1 G5 H2 I1 L4 N10 N2

Рязанская область Ryazan region D6

Свердловская область Sverdlovsk region D1 D3 G1 M2

Севастополь Sevastopol E8

Ставропольский край Stavropol Krai G2

Хабаровский край Khabarovsk Krai B1 B2 C2 G4 H3 J1

Челябинская область Chelyabinsk region D8 N9

Рис. 3. Субъекты РФ и ПЦР-генотипы нетоксигенных штаммов V. cholerae О1, выделенные из ООС в 2013-2019 гг.

Цвет соответствует определённому кластеру. Fig. 3. Subjects of the Russian Federation and determined by PCR genotypes of nontoxigenic strains of V. cholerae O1 isolated from environment objects in 2013-2019. Each specific cluster is marked by color.

ORIGINAL RESEARCHES

Таблица 3. Генотипы штаммов V. cholerae О1 и R-варианта, выделенных на административных территориях России в 2013-2019 гг.

Table 3. Genotypes of strains of V. cholerae O1 and R-variant isolated in the administrative territories of Russia in 2013-2019

in штамма genotype Административная территория Administrative territory Год выделения Year of isolation Количество штаммов Number of strains

А1 Ростовская область / Rostov region 2013 1

В1 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2018 2

В2 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2018 2

С1 Ростовская область / Rostov region 2013 1

С2 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2018 1

С2 Краснодарский край / Krasnodar Krai 2013 1

D1 Свердловская область / Sverdlovsk region 2016 1

D2 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2016 8

D2 Ростовская область / Rostov region 2016 1

D2 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2016 6

D3 Приморский край / Primorsky Krai 206 4

D3 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2016 2

D3 Республика Крым / Republic of Crimea 2016 1

D3 Свердловская область / Sverdlovsk region 2016 1

D4 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2016

D5 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2018 1

D6 Иркутская область / Irkutsk region 2014 1

D6 Алтайский край / Altai Krai 2011 1

D6 Рязанская область / Ryazan region 2014 1

D6 Республика Крым / Republic of Crimea 2014

D6 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2014 1

D6 Псковская область / Pskov region 2014 1

D6 Иркутская область / Irkutsk region 2017 1

D6 Кировская область / Kirov region 2018 1

D6 Псковская область / Pskov region 2018 1

D6 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2019 1

D6 Ростовская область / Rostov region 2019 1

D6 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2019 1

D7 Приморский край / Primorsky Krai 2016 1

D7 Республика Бурятия / Republic of Buryatia 2016 1

D7 Республика Бурятия / Republic of Buryatia 2017 1

D7 Республика Татарстан / Republic of Tatarstan 2016 1

D8 Ростовская область / Rostov region 2016 4

D8 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2016 3

D8 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 2

D8 Ростовская область / Rostov region 2017 1

D8 Челябинская область / Chelyabinsk region 2016 1

E1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 1

E2 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2019 23

E2 Приморский край / Primorsky Krai 2014 2

E3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2018 1

E4 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2013 1

E5 Ростовская область / Rostov region 2014 1

E5 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2014 3

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Продолжение табл. 3 / Continuation of Table 3

Генотип штамма Strain genotype Административная территория Administrative territory Год выделения Year of isolation Количество штаммов Number of strains

E6 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2018 1

E7 Ростовская область / Rostov region 2014 1

E7 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2015 5

E8 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2014 3

E8 Севастополь / Sevastopol 2019 1

E8 Калининградская область / Kaliningrad region 2014 2

E9 Приморский край / Primorsky Krai 2014 2

E10 Ростовская область / Rostov region 2013 3

E11 Липецкая область / Lipetsk region 2019 1

E11 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2019 1

F1 Ростовская область / Rostov region 2015 1

G1 Свердловская область / Sverdlovsk region 2016 1

G2 Ставропольский край / Stavropol Krai 2016 1

G3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2015 1

G3 Иркутская область / Irkutsk region 2015 1

G3 Забайкальский край / Transbaikal Krai 2015

G3 Иркутская область / Irkutsk region 2017 1

G3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 1

G4 Республика Крым / Republic of Crimea 2014 1

G4 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2018

G5 Ростовская область / Rostov region 2018 1

H1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 1

H2 Ростовская область / Rostov region 2015

H3 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2019 1

I1 Ростовская область / Rostov region 2016 1

I2 Иркутская область / Irkutsk region 2019 1

J1 Хабаровский край / Khabarovsk Krai 2016 1

J2 Республика Коми / Republic of Komi 2016 1

K1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2016

L1 Иркутская область / Irkutsk region 2017 1

L2 Иркутская область / Irkutsk region 2017

L3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 1

L4 Иркутская область / Irkutsk region 2017 1

L4 Ростовская область / Rostov region 2013 1

M1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2015 1

M2 Свердловская область / Sverdlovsk region 2016 1

M2 Свердловская область / Sverdlovsk region 2017 1

M3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017

M3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2018

M4 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2015 1

M5 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2013 1

N1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2016

N1 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 1

N2 Ростовская область / Rostov region 2016 1

N3 Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia 2017 6

ORIGINAL RESEARCHES

Окончание табл. 3 /End of Table 3

Генотип штамма Strain genotype

Административная территория Administrative territory

Год выделения Year of isolation

Количество штаммов Number of strains

N4 N5 N6 N7 N8 N9 N9 N10 N11 N12 N13 N14 N14 N15 N16 N16 N16 N17 N18 N18 N19 N20 N21 N22 N23 N24 N24 N24 N24

Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Приморский край / Primorsky Krai Краснодарский край / Krasnodar Krai Челябинская область / Chelyabinsk region Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Ростовская область / Rostov region Приморский край / Primorsky Krai Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia

Московская область / Moscow region Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Забайкальский край / Transbaikal Krai Республика Бурятия / Republic of Buryatia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia

Иркутская область / Irkutsk region Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia Республика Калмыкия / Republic of Kalmykia

2017

2017 2015

2014

2015 2015

2018

2013

2017

2018

2014 2018 2013 2013 2013 2013

2013

2017

2018 2019

2014 2018 2014 2014 2019

2014

2015 2018 2019

13 1

4 1

98 1 2 1 1 1 1 3 1

5 17 3 1 5 1 2 1

1 1 1 1 3 1

14 16

После принятия 71 определенного генотипа у 377 штаммов за 100% результаты кластеризации выглядели следующим образом (рис. 1): генотипы (в %), входящие в кластер А, составили 1,6%; В — 2,8%; С — 2,8%; D — 11,3%; Е — 15,5%; F — 1,6%; G — 7,0%; Н — 4,1%; I — 2,8%; J — 2,8%; К — 1,6%; L — 5,4%; М — 7,0%; N — 33,7%.

Данные, представленные в табл. 3, свидетельствуют о том, что наибольшее число генотипов (24, 11 и 8) вошли, соответственно, в кластеры N Е и D, причем 98 штаммов, выделенных в Краснодарском крае (2015 г.), имели идентичный генотип — N8, который раньше не встречался у штаммов, выделенных из ООС на территории России. Кроме того, штаммы с уникальными генотипами (А1, С1 и F1) были зарегистрированы в Ростовской области (2013, 2015 г.), С2 — в Хабаровском крае (2018 г.),

D1 — в Свердловской области (2016 г.) и др., что свидетельствует о вероятном заносе.

Вместе с тем были отмечены штаммы с одинаковыми генотипами, которые встречались в разные годы на различных административных территориях, в том числе с повторными выделениями. Например, генотип G3 был установлен у штаммов, выделенных в 3 субъектах РФ (Республика Калмыкия, 2015, 2017 гг.; Иркутская область, 2017 г.; Забайкальский край, 2015 г.); генотип D6 — в 9 субъектах РФ и др. Наряду с этим установлены штаммы, выделенные на различных территориях — N16 (Республика Калмыкия, Забайкальский край, Республика Бурятия) в течение 1 года (2013 г.), или на одной территории в течение ряда лет — N24 (Республика Калмыкия, 2014, 2015, 2018, 2019 гг.). Полученные данные свидетельствуют о распро-

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

странённости и циркуляции штаммов в ООС на территории страны.

Из 12 нетоксигенных штаммов V. ^olerae О1 (ctxA-tcpA+), 4 (N6) вошли в кластер N, наряду со штаммами ctxA-tcpA~. Остальные штаммы, содержащие ген tcpA при отсутствии гена ctxA, имели индивидуальные генотипы, встречавшиеся в течение 1 года на одной территории: J1 (Хабаровский край, 2016 г.), J2 (Республика Коми, 2016 г.), I1 (Ростовская область, 2016 г.), I2 (Иркутская область, 2019 г.), Н1, Н2, Н3 (Республика Калмыкия, 2017 г.; Ростовская область, 2015 г.; Хабаровский край, 2019 г.), которые не повторялись за изученный временной период. Штаммы R-варианта имели разные генотипы (D3, D8, I2, N13, N20) и были выделены в различные годы на нескольких территориях страны, что предполагает их заносное происхождение.

Результаты изучения контаминации ООС штаммами V. ^olerae О1 и их биологических свойств позволяют охарактеризовать ситуацию с позиции происхождения. Занос — касается единичных штаммов, однократно встречавшихся и имевших уникальный генотип. Длительное сохранение в ООС — относится к штаммам с одинаковым генотипом, но повторно выявляемых в разных местах и в разное время. При этом мы не исключаем факт того, что ctxA tcpA-штаммы с разными генотипами, но входящие в крупные кластеры (N, E, D), приобретают свою «уникальность» за счет генетической рекомбинации в водных экосистемах.

Таким образом, была дана динамическая сравнительная характеристика штаммов V. cholerae О1, выделенных из ООС, и V. cholerae non01/nonO139, выделенных от людей, в 2013-2019 гг., по фено- и генотипическим признакам, что позволило дать оценку данным штаммам с позиций распространения и происхождения. Результаты проведённых исследований являются ключевым моментом в оценке эпидемиологической ситуации по холере на территории нашей страны как неустойчивой (по показателю контаминации ООС V. cholerae О1) и не претерпевшей существенных изменений за 7-летний период.

Полученные данные могут быть использованы для совершенствования микробиологической составляющей мониторинга холеры в рамках эпидемиологического надзора за холерой на территории субъектов РФ, а также при обосновании прогноза развития эпидемиологической ситуации по этой инфекции в России на современном этапе 7-й пандемии.

СПИСОК ИСТОЧНИКОВ 1. Москвитина Э.А., Янович Е.Г., Кругликов В.Д., Титова С.В., Куриленко М.Л., Пичурина Н.Л. и др. Прогноз по холере на 2019 г. на основании анализа эпидемиологической обстановки в мире, СНГ и России в 2009-2018 гг. Проблемы особо опасных инфекций. 2019; (1): 64-73. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-1-64-73

2. Seventy-first world health assembly. Cholera prevention and control; 2018. Agenda item 11.2. Avilable at: https://apps.who. int/gb/ebwha/pdf_files/WHA71/A71_R4-en.pdf

3. Миронова Л.В. Современные представления о закономерностях эпидемического процесса при холере: экологические и молекулярно-биологические аспекты. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2018; 23(5): 242-50. https://doi.org/10.18821/1560-9529-2018-23-5-242-250

4. Онищенко Г.Г., Попова А.Ю., Кутырев В.В., Смирнова Н.И., Щербакова С.А., Москвитина Э.А. и др. Актуальные проблемы эпидемиологического надзора, лабораторной диагностики и профилактики холеры в Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 93(1): 89-101.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-1-89-101

5. Смирнова Н.И., Агафонова Е.Ю., Щелканова Е.Ю., Агафонов Д.А., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф. и др. Геномное разнообразие нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae О1, выделенных на территории России и сопредельных стран. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018; 36(2): 76-84.

https://doi.org/10.18821/0208-0613-2018-36-2-76-84

6. Агафонова Е.Ю., Смирнова Н.И., Альхова Ж.В., Краснов Я.М., Ливанова Л.Ф., Лозовский Ю.В. и др. Нетокси-генные штаммы Vibrio cholerae биовара Эль Тор, выделенные на территории России: молекулярно-генетические особенности и патогенные свойства. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2019; 96(2): 13-24. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-2-13-24

7. Миронова Л.В., Бочалгин Н.О., Гладких А.С., Феран-чук С.И., Пономарева А.С., Балахонов С.В. Филогенетическое положение и особенности структуры геномов ctxAB-tcpA+ Vibrio cholerae из поверхностных водоемов на неэндемичной по холере территории. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (1): 115-23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-115-123

8. Monakhova E.V. Phenotypic and molecular characteristics of epidemic and non-epidemic Vibrio cholerae strains isolated in Russia and certain countries of Commonwealth of Independent States (CIS). In: Ramamurthy T., Bhattacharya S.K., eds. Epidemiological and Molecular Aspects on Cholera. New York: Springer Science+Business Media; 2011: 51-78. https://doi.org/10.1007/978-1-60327-265-0_4

9. Монахова Е.В., Архангельская И.В. Холерные вибрионы неО1/неО139 серогрупп в этиологии острых кишечных инфекций: современная ситуация в России и в мире. Проблемы особо опасных инфекций. 2016; (2): 14-23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-2-14-23

10. Крицкий А.А., Заднова С.П., Плеханов Н.А., Челдышо-ва Н.Б., Смирнова Н.И. Адаптационные свойства типичных и генетических измененных штаммов Vibrio cholerae биовара El Tor в условиях недостатка питательных веществ. В кн.: Молекулярная диагностика — 2018. Сборник трудов Международной научно-практической конференции. М.; 2018: 448-9.

11. Кульшань Т.А., Заднова С.П., Челдышева Н.Б., Смирнова Н.И. Оценка функциональных особенностей и стрес-соустойчивости изогенных токсигенных и нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae биовара Эль Тор. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2015; 92(3): 11-7.

12. Faruque S.M., Nair G.B. Molecular ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Immunol. 2002; 46(2): 59-66. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2002.tb02659.x

13. Титова С.В., Монахова Е.В., Архангельская И.В., Писа-нов Р.В., Непомнящая Н.Б. Природные популяции холерных вибрионов как резервуар генов факторов патогенности. Здоровье населения и среда обитания. 2016; (5): 45-7.

14. Левченко Д.А., Кругликов В.Д., Водопьянов А.С., Титова С.В., Архангельская И.В., Непомнящая Н.Б. и др. ГИС:

возможности анализа данных фено- и генотипирования холерных вибрионов О1 Эль Тор, изолированных из водных объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 93(6): 19-25.

15. Зубкова Д.А., Крутиков В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б., Шестиалтынова И.С., Архангельская И.В. и др. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2014621055. Геоинформационная система. Холера 1989-2014; 2014.

16. Левченко Д.А., Крутиков В.Д., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б. Способ идентификации нетоксигенных штаммов холерных вибрионов О1 серогруппы с помощью ПЦР для выделения генетических детерминант. Патент РФ № 2665542; 2018.

17. Балахонов С.В., Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Кулика-лова Е.С., Остяк А.С. MALDI-TOF масс-спектрометриче-ское определение видовой принадлежности патогенов в совершенствовании эпидемиологического надзора за опасными инфекционными болезнями. Бактериология. 2016; 1(1): 88-95. https://doi.org/10.20953/2500-1027-2016-1-88-94

18. Писанов Р.В., Ежова М.И., Монахова Е.В., Черкасов А.В., Краснов Я.М., Водопьянов А.С. и др. Особенности структуры генома токсигенного штамма Vibrio сЬэ1егае El Tor Инаба, выделенного в 2014 г. из открытого водоема в Ростове-на-Дону. Проблемы особо опасных инфекций. 2015; (2): 63-7. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-2-63-67

19. Мазрухо А.Б., Кругликов В.Д., Монахова Е.В., Москви-тина Э.А., Шестиалтынова И.С., Подойницына О.А. и др. Результаты мониторинга за холерными вибрионами в акватории Таганрогского залива Азовского моря в 2011-2012 гг. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2013; (6): 39-42.

20. Бочалгин Н.О., Миронова Л.В., Беляева А.С., Балахонов С.В. Разработка схемы полногеномного мультилокус-ного сиквенс-типирования Vibrio cholerae. В кн.: Холера и патогенные для человека вибрионы: сборник статей Проблемной комиссии (48.04) Координационного совета по санитарной охране территории Российской Федерации. Выпуск 32. Новосибирск: Типография Продвижение; 2019: 162-3.

21. Kumar P., Thulaseedharan A., Chowdhury G., Ramamurthy T., Thomas S. Characterization of novel alleles of toxin co-regulated pilus A gene (tcpA) from environmental isolates of Vibrio cholera. Curr. Microbiol. 2011; 62(3): 758-63. https://doi.org/10.1007/s00284-010-9774-3

REFERENCES

1. Moskvitina E.A., Yanovich E.G., Kruglikov V.D., Titova S.V., Kurilenko M.L., Pichurina N.L., et al. Cholera forecast for the year 2019 based on assessment of epidemiological situation around the world, across CIS and Russia in 2009-2018. Proble-my osobo opasnykh infektsiy. 2019; (1): 64-73. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2019-1-64-73 (in Russian)

2. Seventy-first world health assembly. Cholera prevention and control; 2018. Agenda item 11.2. Avilable at: https://apps.who. int/gb/ebwha/pdf_files/WHA71/A71_R4-en.pdf

3. Mironova L.V. Current conceptions concerning the objective laws of a cholera epidemic process: ecological and molecular biological aspects. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. 2018; 23(5): 242-50. https://doi.org/10.18821/1560-9529-2018-23-5-242-250 (in Russian)

4. Onishchenko G.G., Popova A.Yu., Kutyrev V.V., Smirnova N.I., Shcherbakova S.A., Moskvitina E.A., et al. Actual problems of epidemiologic control, laboratory diagnostics and prophylaxis of cholera in Russian Federation. Zhurnal mikrobiologii, epide-miologii i immunobiologii. 2016; 93(1): 89-101. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2016-1-89-101 (in Russian)

ORIGINAL RESEARCHES

5. Smirnova N.I., Agafonova E.Yu., Shchelkanova E.Yu., Agafon-ov D.A., Krasnov Ya.M., Livanova L.F., et al. Genomic diversity of nontoxigenic Vibrio cholerae O1 strains isolated in the territory of Russia and neighboring states. Molekulyarnaya ge-netika, mikrobiologiya i virusologiya. 2018; 36(2): 76-84. https://doi.org/10.18821/0208-0613-2018-36-2-76-84 (in Russian)

6. Agafonova E.Yu., Smirnova N.I., Al'khova Zh.V., Krasnov Ya.M., Livanova L.F., Lozovskiy Yu.V., et al. Non-toxigen-ic strains of Vibrio cholerae biovar El Tor, isolated in the territory of Russia: molecular-genetic peculiarities and pathogenic properties. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2019; 96(2): 13-24.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-2-13-24 (in Russian)

7. Mironova L.V., Bochalgin N.O., Gladkikh A.S., Feranchuk S.I., Ponomareva A.S., Balakhonov S.V. Phylogenetic affinity and genome structure features of ctxAB- tcpA+ Vibrio cholerae from the surface waterbodies in the territory that is non-endemic as regards cholera. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2020; (1): 115-23.

https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-115-123 (in Russian)

8. Monakhova E.V. Phenotypic and molecular characteristics of epidemic and non-epidemic Vibrio cholerae strains isolated in Russia and certain countries of Commonwealth of Independent States (CIS). In: Ramamurthy T., Bhattacharya S.K., eds. Epidemiological and Molecular Aspects on Cholera. New York: Springer Science+Business Media; 2011: 51-78. https://doi.org/10.1007/978-1-60327-265-0_4

9. Monakhova E.V., Arkhangel'skaya I.V. Cholera vibrios of no-nO1/nonO139 serogroups in etiology of acute intestinal infections: current situation in Russia and around the world. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2016; (2): 14-23. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2016-2-14-23 (in Russian)

10. Kritskiy A.A., Zadnova S.P., Plekhanov N.A., Cheldysho-va N.B., Smirnova N.I. Vibrio cholerae strains of the El Tor biovar under conditions of nutrient deficiency. In: Molecular Diagnostics — 2018. Proceedings of the International Scientific and Practical Conference [Molekulyarnaya diagnostika -2018. Sbornik trudov Mezhdunarodnoy nauchno-prakticheskoy konferentsii]. Moscow; 2018: 448-9. (in Russian)

11. Kul'shan' T.A., Zadnova S.P., Cheldysheva N.B., Smirnova N.I. Evaluation of functional features and stress resistance of isoge-nic toxigenic and non-toxigenic biovar El Tor Vibrio cholerae strains. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 2015; 92(3): 11-7. (in Russian)

12. Faruque S.M., Nair G.B. Molecular ecology of toxigenic Vibrio cholerae. Microbiol. Immunol. 2002; 46(2): 59-66. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2002.tb02659.x

13. Titova S.V., Monakhova E.V., Arkhangel'skaya I.V., Pisa-nov R.V., Nepomnyashchaya N.B. Natural populations of Vibrio cholerae as a reservoir of virulence-associated genes. Zdo-rov'e naseleniya i sreda obitaniya. 2016; (5): 45-7. (in Russian)

14. Levchenko D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Titova S.V., Arkhangel'skaya I.V., Nepomnyashchaya N.B., et al. GIS: capabilities of data analysis of pheno- and genotyping of El Tor O1 serogroup cholera vibrios isolated from aquatic objects of the environment in Russia Federation. Zhurnal mikro-biologii, epidemiologii i immunobiologii. 2016; 93(6): 19-25. (in Russian)

15. Zubkova D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Nepomnyashchaya N.B., Shestialtynova I.S., Arkhangel'skaya I.V., et al. Certificate of state registration of the database No. 2014621055. Geoinformation system. Cholera 1989-2014; 2014. (in Russian)

16. Levchenko D.A., Kruglikov V.D., Vodop'yanov A.S., Nepom-nyashchaya N.B. Method for identification of non-toxigenic strains of cholera vibrions of O1 serogroup using PCR for isolation of genetic determinants. Patent RF № 2665542; 2018. (in Russian)

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

17. Balakhonov S.V., Mironova L.V., Afanas'ev M.V., Kulikalo-va E.S., Ostyak A.S. MALDI-ToF mass-spectrometric detection of pathogen specific belonging in improvement of epidemiological surveillance for dangerous infectious diseases. Bakteri-ologiya. 2016; 1(1): 88-95.

https://doi.org/10.20953/2500-1027-2016-1-88-94 (in Russian)

18. Pisanov R.V., Ezhova M.I., Monakhova E.V., Cherkasov A.V., Krasnov Ya.M., Vodop'yanov A.S., et al. Peculiarities of genome structure of toxigenic Vibrio cholerae El Tor Inaba strain, isolated from a surface water body in the territory of Rostov-on-Don in 2014. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2015; (2): 63-7. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2015-2-63-67 (in Russian)

19. Mazrukho A.B., Kruglikov V.D., Monakhova E.V., Moskviti-na E.A., Shestialtynova I.S., Podoynitsyna O.A., et al. The results of the monitoring of Vibrio cholerae in the Taganrog bay of the Azov sea in 2011-2012. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. 2013; (6): 39-42. (in Russian)

Информация об авторах

Носков Алексей Кимович — к.м.н., директор Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0003-0550-2221 Кругликов Владимир Дмитриевич — д.м.н., г.н.с., зав. лаб. микробиологии холеры Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, vdkru58@mail. ru, https://orcid.org/0000-0002-6540-2778

Лопатин Антон Александрович — к.м.н., директор Противочумного центра Роспотребнадзора, Москва, Москва, https://orcid. org/0000-0002-5426-3311

Чемисова Ольга Сергеевна — к.б.н., в.н.с., зав. отд. «Музей живых культур с Центром патогенных для человека холерных вибрионов» Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0002-4059-2878

Левченко Дарья Александровна — к.м.н., с.н.с. лаб. микробиологии холеры Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0002-4676-0377

Иванова Светлана Михайловна — зам. директора Противочумного центра Роспотребнадзора, Москва, Россия, https://orcid. org/0000-0001-6999-1875

Монахова Елена Владимировна — д.б.н., г.н.с., рук. группы молекулярной биологии лаборатории микробиологии холеры Рос-товского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0002-9216-7777 Архангельская Ирина Викторовна — к.м.н., н.с. лаб. микробиологии холеры Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid. org/0000-0002-7569-8584

Водопьянов Алексей Сергеевич — к.м.н., с.н.с. лаб. диагностики особо опасных инфекций Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https:// orcid.org/0000-0001-8884-968X

Гаевская Наталья Евгеньевна — к.м.н., в.н.с., зав. лаб. бактериофагов Ростовского-на-Дону противочумного института Рос-потребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0002-0762-3628

Подойницына Оксана Андреевна — к.б.н., н.с. лаб. микробиологии холеры Ростовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0002-9996-4189

Ежова Мария Ивановна — н.с. лаб. микробиологии холеры Ро-стовского-на-Дону противочумного института Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Россия, https://orcid.org/0000-0003-4254-3313

Участие авторов. Все авторы внесли существенный вклад в проведение поисково-аналитической работы и подготовку статьи, прочли и одобрили финальную версию до публикации.

Статья поступила в редакцию 11.06.2020; принята к публикации 20.10.2020; опубликована 20.03.2021

20. Bochalgin N.O., Mironova L.V., Belyaeva A.S., Balakhonov S.V. Development of a scheme for full-genome multilocus sequence typing of Vibrio cholerae. In: Cholera and Pathogenic for Humans, Vibrio cholerae: A Collection of Articles of the Commission (48.04) Coordination Council for Sanitary Protection of the Territory of the Russian Federation. Issue 32 [Kholera i patogennye dlya cheloveka vibriony: sbornik sta-tey Problemnoy komissii (48.04) Koordinatsionnogo soveta po sanitarnoy okhrane territorii Rossiyskoy Federatsii. Vypusk 32]. Novosibirsk: Tipografiya Prodvizhenie; 2019: 162-3. (in Russian)

21. Kumar P., Thulaseedharan A., Chowdhury G., Ramamurthy T., Thomas S. Characterization of novel alleles of toxin co-regulated pilus A gene (tcpA) from environmental isolates of Vibrio choleraе. Curr. Microbiol. 2011; 62(3): 758-63. https://doi.org/10.1007/s00284-010-9774-3

Information about the authors

Alexey K. Noskov — Cand. Sci. (Med.), director, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https:// orcid.org/0000-0003-05502221

VladimirD. Krugliko^ — D. Sci. (Med.), chief researcher, Head, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, vdkru58@mail.ru, https://or-cid.org/0000-0002-6540-2778

Anton A. Lopatin — Cand. Sci. (Med.), director, Anti-Plague Center, Moscow, Russia, https://orcid.org/0000-0002-5426-3311

Olga S. Chemisova — Cand. Sci. (Biol.), leading researcher, Head, Museum of live cultures with the Center for Vibrio cholera pathogenic for humans, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-4059-2878 Daria A. Levchenko — Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-4676-0377

Svetlana M. Ivanova — deputy director, Anti-Plague Center, Moscow, Russia, https://orcid.org/0000-0001-6999-1875 Elena V. Monakhova — D. Sci. (Biol.), chief researcher, Head, Molecular biology group, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-9216-7777

Irina V. Arkhangelskaya — Cand. Sci. (Med.), researcher, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-7569-8584

Alexey S. Vodopyanov — Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory for the diagnosis of highly dangerous infections, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0001-8884-968X

Natalya E. Gayevskaya — Cand. Sci. (Med.), leading researcher, Head, Bacteriophage laboratory, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-0762-3628

Oksana A. Podoynitsyna — Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0002-9996-4189

Maria I. Yezhova — researcher, Laboratory of cholera microbiology, Rostov-on-Don Research Institute for Plague Control, Rostov-on-Don, Russia, https://orcid.org/0000-0003-4254-3313 Author contribution. All authors made a substantial contribution to the conception of the work, acquisition, analysis, interpretation of data for the work, drafting and revising the work, final approval of the version to be published.

The article was submitted 11.06.2020; accepted for publication 20.10.2020;

published 20.03.2021