CC BY
98
3. Goncharov A.I., Tokhov Yu.M., Plotnikova E.P., Artyushina Yu.S. List of species and subspecies of fleas infected by Yersinia pestis in nature. Stavropol': RIO IDNK Publ.; 2013. (in Russian)
4. Platonov M.E., Evseeva V.V., Efremenko D.V., Kuznetsova I.V., Chirkova E.V., Dentovskaya S.V. et al. DFR-typing of Yersinia pestis strains from the CIS natural foci. Problemy osobo opasnykh infektsiy. 2011; 108: 42-5. (in Russian)
5. Onishchenko G.G., Kutyrev V.V., eds. Natural plague foci in the Caucasus, Caspian Sea Region, Central Asia, and Siberia. Moscow: Meditsina; 2004. (in Russian)
6. Anisimov A.P., Dentovskaya S.V., Panfertsev E.A., Svetoch T.E., Kopylov P.Kh., Segelke B.W. et al. Amino acid and structural variability of Yersinia pestis LcrV protein. Infect. Genet. Evol. 2010; 10 (1): 137-45.
7. Anisimov A.P., Lindler L.E., Pier G.B. Intraspecific diversity of Yersinia pestis. Clin. Microbiol. Rev. 2004; 17 (2): 434-64.
8. Bearden S.W., Sexton C., Pare J., Fowler J.M., Arvidson C.G., Yerman L. et al. Attenuated enzootic (pestoides) isolates of Yersinia pestis express active aspartase. Microbiology. 2009; 155 (1): 198-209.
9. Cui Y., Li Y., Gorgé O., Platonov M.E., Yan Y., Guo Z. et al. Insight into microevolution of Yersinia pestis by clustered regularly interspaced short palindromic repeats. PLoS One. 2008; 3 (7): e2652.
10. Cui Y., Yu C., Yan Y., Li D., Li Y., Jombart T. et al. Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013; 110 (2): 577-82.
11. Kiefer D., Dalantai G., Damdindorj T., Riehm J.M., Tomaso H., Zöller L. et al. Phenotypical characterization of Mongolian Ye -rsinia pestis strains. Vector Borne Zoonotic. Dis. 2012; 12 (3): 183-8.
12. Li Y., Cui Y., Hauck Y., PlatonovM.E., Dai E., Song Y. et al. Genotyp-ing and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS One. 2009; 4 (6): e6000.
13. Li Y., Dai E., Cui Y., Li M, Zhang Y., Wu M. et al. Different region analysis for genotyping Yersinia pestis isolates from China. PLoS One. 2008; 3 (5): e2166.
14. Morelli G., Song Y., Mazzoni C.J., Eppinger M., Roumagnac P., Wagner D.M. et al. Yersinia pestis genome sequencing identifies patterns of global phylogenetic diversity. Nat. Genet. 2010; 42 (12): 1140-3.
15. Platonov M.E., Evseeva V.V., Dentovskaya S.V., Anisimov A.P. Molecular typing of Yersinia pestis. Molekulyarnaya genetika, microbi-ologiya i virusologiya. 2013; 28 (2): 41-51. (in Russian)
16. Platonov M.E., Evseeva V.V., Svetoch T.E., Efremenko D.V., Kuznetsova I.V., Dentovskaya S.V. et al. Phylogeography of Yersinia pestis vole strains isolated from natural foci of the Caucasus and
South Caucasus. Molekulyarnaya genetika, microbiologiya i virusologiya. 2012; 27 (3): 108-11. (in Russian)
17. Riehm J.M., Vergnaud G., Kiefer D., Damdindorj T., Dashdavaa O., Khurelsukh T. et al. Yersinia pestis lineages in Mongolia. PLoS One. 2012; 7 (2): e30624.
18. Vavilov N.I. The law of homologous series in variation. J. Genet. 1922; 12 (1): 47-89.
19. Zhou D., Han Y., Song Y., Huang P., Yang R. Comparative and evolutionary genomics of Yersinia pestis. Microb. Infect. 2004; 6 (13): 1226-34.
Reseived 29.04.14
INTRASPECIES BELONGING OF THE RHAMNOSE-FERMENTATION-POSITIVE YERSINIA PESTIS ISOLATES FROM THE MONGOLIAN NATURAL PLAGUE FOCI
M. E. Platonov1, V. V. Evseeva1, D. V. Efremenko2, M. V. Afanas'ev3, D. B. Verzhutski3,1. V. Kuznetsova2, M. Yu. Shestopalov3, S. V. Dentovskaya1, A. N. Kulichenko2, S. V. Balakhonov3, and A. P. Anisimov1
1 State Research Center for Applied Microbiology and Biotechnology, Obolensk, Russia; 2 Stavropol Research Anti-Plague Institute, Stavropol, Russia; 3 Anti-Plague Research Institute for Siberia and the Far East, Irkutsk, Russia
Molecular typing was used for comparison of strains conventionally attributed to the bv. altaica Y. pestis, which were isolated from the Mongolian natural plague foci of Changay mountain system and Sailyugem natural plague focus (Mongolia), the Russian part of which is known as Altai Mountain focus (focus 36), with different rhamnose-fermentation-positive Y. pestis strains isolated in other vole's natural plague foci located at the areas of Xilin Gol Grassland (focus L, China), Qinghai-Tibet Plateau (focus M, China), Gissarian Ridge (focus 34, Tadjikistan and Uzbekistan), and Talassian Ridge (focus 40, Kirghizia). The strains under study combine into united cluster composed of two branches that include phylogenetic groups, (i) talassica (0.PE4?), qinghaiensis (0.PE4ab), xilingolensis (0.PE4cd), and (ii) hissarica (0.PE9), altaica (0.PE1). The genotyping results indicate that a part of Y. pestis isolates from the Mongolian land of Changay group of natural plague foci belongs to biovars qinghaiensis and xilingolensis but not to bv. altaica. Key words: VNTR, MLVA, CRISPR, genotyping, lcrV, aspA, Yersinia pestis
© КОЛЛЕКТИВ АВТОРОВ, 2015 УДК 578.891:578.5].083.2
Мануйлов В.А.1'4, Осипова Л.П.2, Нетесова И.Г.3, Чуб Е.В.4'6, Безуглова Л.В.3, Norder H.5,
Magnius L.O.5, Нетесов С.В.4 6
РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ РАЗЛИЧНЫХ ГЕНОТИПОВ И СУБТИПОВ HBs-АНТИГЕНА ВИРУСА ГЕПАТИТА В В ГРУППАХ КОРЕННОГО НАСЕЛЕНИЯ СИбИРИ
1ООО «Компания Хеликон», 119992, г. Москва, ул. Ленинские горы, МГУ, д. 1, стр. 40; 2ФБУН «Институт цитологии и генетики» СО РАН, 630090, г Новосибирск, пр. Ак. Лаврентьева, д. 10; 3ЗАО «Вектор-Бест», 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово; 4ФБУН «ГНЦ вирусологии и биотехнологии "Вектор"», 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово.; 5Swedish Institute for Infectious Disease Control, Sweden, SE-171 82, Solna, Nobels väg., 18; 6Новосибирский государственный
университет, 630090 Новосибирск, ул. Пирогова, д. 2
В образцах крови коренного населения 5 регионов Сибири (Республика Алтай, Кемеровская область, Иркутская область, Ямало-Ненецкий автономный округ (ЯНАО), Красноярский край; всего 5657 образцов) исследована встречаемость HBsAg, его генотипов, субгенотипов и субтипов. Обнаружены достоверные различия частот встречаемости изученных маркеров в исследуемых образцах из разных территориальных этнических групп населения. Наибольшая частота встречаемости HBsAg зафиксирована в образцах крови алтайцев Республики Алтай
Для корреспонденции: Мануйлов Виктор Александрович, e- mail: [email protected].
(13,4%), долганов и нганасан Красноярского края (13,2%), телеутов Кемеровской области (10,2%); наименьшая - в образцах крови ненцев, селькупов ЯНАО (0,7-1,7%). Изучение нуклеотидных последовательностей вирусной ДНК в 143 ВГВ-положительных образцах, отобранных в 5 регионах Сибири, показало, что 130 (90,9%) из них принадлежали к генотипу D (субтипы HBsAg ayw2, ayw3), 10 (7%) - к генотипу С (субтип HBsAg adrq+), 3 (2,1%) - к генотипу А (субтип HBsAg adw2). 120 из 130 изолятов генотипа D ВГВ были отнесены к субгенотипам D1 (34,3%), D2 (22,4%), D3 (27,3%), в 10 (7%) изо-лятах генотипа D субгенотип не был установлен. Субгенотип D1 (субтип ayw2) превалировал в изолятах групп казахов Республики Алтай (85,7%), телеутов Кемеровской области (60%),
русских Иркутской области (87,5%), долганов, нганасан Красноярского края (68,8%); D2 (ayw3) - в изолятах групп хантов, коми Шурышкарского района (75%) и ненцев Пуровского района (57,1%) ЯНАО; D3 (ayw2) - в группах алтайцев Республики Алтай (76,2%) и бурят Аларского района Иркутской области (50%). Полученные данные говорят в пользу существования нескольких различных источников инфекции ВГВ в популяциях коренного населения Сибири.
Ключевые слова: гепатит, гепатит В, гепаднавирусы, коренное население, субтипы, генотипы
Вирус гепатита В (ВГВ) человека входит в семейство Hep-adnaviridae. Кольцевой геном ВГВ представлен ДНК размером около 3200 н. Различия в структуре поверхностного антигена вируса HBsAg (поверхностный антиген вируса гепатита В, который является основным белковым диагностическим маркером гепатита В) позволяют выделить 9 антигенных субтипов этого белка: ayw1, ayw2, ayw3, ayw4, ауг, adw2, adw4, adrq+, adrq- [16, 20, 28, 29]. Описаны аминокислотные замены, определяющие принадлежность к каждому субтипу [36, 37, 42]. Филогенетическая классификация изолятов ВГВ человека, основанная на различиях в последовательностях геномных ДНК вирусных изолятов, позволяет в настоящее время разделить их на 8 генотипов (А-Н) [14, 33, 36, 38, 39, 43, 48] и не менее 24 субгенотипов ВГВ (А1, А2 и т.д.) [24, 40, 41, 44]. Регулярно публикуются сообщения об открытии новых субгенотипов ВГВ [17, 31, 32, 46, 51], однако, по мнению некоторых экспертов [47], таксономическая принадлежность по крайней мере некоторых из них нуждается в уточнении. Серологическая и филогенетическая классификации ВГВ являются взаимодополняющими инструментами в руках исследователя и применяются в зависимости от того, изучаются ли антигенные характеристики этого патогена (например, применительно к вопросам вакци-нопрофилактики или иммунодиагностики ВГВ), или же генетические (в частности, при исследовании вопросов эволюции ВГВ или расследовании эпидемических цепей при заражении). При этом одному и тому же генотипу ВГВ может соответствовать несколько субтипов [41].
Встречаемость различных генотипов, субгенотипов ВГВ и субтипов HBsAg в разных географических регионах варьирует [19, 20, 41]. Генотип А (субтипы HBsAg ayw1 и adw2) наиболее распространен в странах Северо-Западной Европы, Северной Америки (с преобладанием субгенотипа А1) и Африки (субгенотип А2). Генотипы В (ayw1 и adw2) и С (главным образом, adr, adrq+/-, ауг и adw2) превалируют в Юго-Восточной Азии и Океании. При этом субгенотип В1 наиболее часто встречается в Японии, В2 и В4 - в Китае и Вьетнаме, В3 - в Индонезии и Полинезии, С1 и С2 - в Восточной Азии, С3 и С4 - в Океании, Австралии и Новой Зеландии. Генотип D (ayw2, ayw3 и adw2) наиболее широко распространен в мире и доминирует в странах Средиземноморского бассейна, на Ближнем Востоке, Индии и в России. Генотип Е (ayw4) преобладает в странах Западной Африки, F (ayw4 и adw4) - Центральной и Южной Америки [41, также цит. по 27]. Несколько изолятов генотипа G (adw2) обнаружены в Северной Америке и Западной Европе [48], спорадическая встречаемость генотипа Н (adw4) описана для Центральной Америки и Калифорнии [14].
В Российской Федерации превалирует генотип D (субтипы HBsAg ayw2 и ayw3), к нему отнесены 85% изолятов ВГВ из Москвы [13], 100% изолятов ВГВ из Самары [23], 98% изолятов из Новосибирской области (Кольцово, Новосибирск), Барнаула [2-4], 100% изолятов из ЯНАО [8], 95% изолятов из Иркутской области [9]. Преобладание генотипа D также наблюдается в Белоруссии (до 89%) [45], Эстонии (81%) [49], Узбекистане (от 69 до 87%, по данным разных авторов) [15, 25], Таджикистане (94%) [26]. Субгенотип D2 является доминирующим в России и соседних странах [50], однако субгенотипы D1 и D3 также циркулируют на данной территории [9, 45].
В наших предыдущих работах [8-11, 34] отмечены достоверные различия в частоте встречаемости как HBsAg, так и субтипов HBsAg и субгенотипов ВГВ в разных группах коренного населения Сибири. Исследования молекулярно-генетического разнообразия ВГВ, циркулирующего в относительно изолированных группах коренного населения, в которых возможно существование отдельных уникальных филогенетических ветвей
данного патогена, позволяют выявить эволюционные различия в популяциях ВГВ в Сибири. В настоящей работе приведены обобщенные результаты предыдущих исследований с включением целого ряда новых данных по вновь изученным группам коренного населения, проживающего в удаленных районах севера, юга и востока Сибири.
Материалы и методы
Образцы. Исследовали 5657 образцов плазмы крови (далее образцов), полученных от коренных жителей Сибири в 19932006 г. (табл. 1). Образцы собирали в ходе этногенетических экспедиций в указанных в таблице регионах, с параллельным заполнением и сбором анкет, в которых указывались имя, пол, национальность, национальность родителей (если они различались), место проживания, как описано нами ранее в работе [8]. Все образцы были разделены на группы в соответствии с территориальной и национальной принадлежностью доноров (см. табл. 1, табл. 2). Данные о половозрастном составе групп приведены в табл. 2. Все обследованные лица дали письменное информированное согласие на участие в исследовании. Проведение исследования одобрено этическим комитетом ФБУН ГНЦ ВБ "Вектор".
Иммуноферментный анализ. Для обнаружения HBsAg использовали наборы реагентов производства ЗАО «Вектор-Бест» (п. Кольцово Новосибирской области).
Полимеразная цепная реакция и секвенирование. Выделение суммарных ДНК из 50 мкл плазмы крови проводили, как описано в [2]. Для амплификации участков генома ВГВ, в совокупности перекрывающих область Pre-S1/Pre-S2/S генома ВГВ, с последующим секвенированием полученных фрагментов использовали праймеры hep75b, hep73, hep3, hep33, hep4, hep34, HB2452S, hep38, hep36M [35]. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК выполняли с использованием генетических анализаторов и реагентов производства Applied Biosystems, США.
Анализ последовательностей. Полученные последовательности обрабатывали с использованием программы DNA STAR SeqMan, США (http://www.dnastar.com) и выравнивали с соответствующими регионами прототипных последовательностей, депонированных в базе данных GenBank, используя программу MegAlign того же производителя. Филогенетический анализ выполняли в среде пакета PHYLIP (v. 3.53) [22]. Для построения матрицы генетических расстояний в соответствии с алгоритмом 2-параметрической модели Кимуры использовали программу DNADIST; восстановление топологии филогенетических деревьев осуществляли при помощи метода UPGMA с использованием программы NEIGHBOR.
Причисление исследуемой последовательности ДНК генома ВГВ, полученной при анализе конкретного образца (далее для обозначения такой последовательности в рамках данной работы используется термин «изолят»), к определенному генотипу и субгенотипу выполняли в случае, если этот изолят занимал свое место на ветви филогенетического древа, включающей прототипные изоляты только одного генотипа (субгенотипа) и не включавшей изоляты других генетических групп. Субтип HBsAg изолята определяли по результатам сравнения восстановленной аминокислотной последовательности с описанными для каждого из известных субтипов [36, 37, 42].
Нуклеотидные последовательности, полученные в настоящей работе, депонированы в базе данных GenBank с уникальными шифрами JX090605-JX090724, JX125364-JX125386.
Статистическая обработка данных. Все образцы разделили на 5 групп, соответствующих административным регионам (область, республика, край, округ) проживания доноров, и 12 групп, соответствующих районам (см. табл. 1). Группы сравнивали между собой по 10 параметрам: 1) встречаемость HBsAg (отношение HBsAg-позитивных образцов к числу всех образцов в группе); 2) встречаемость генотипа А; 3) генотипа С; 4) субгенотипа D1; 5) D2; 6) D3; 7) генотипа D неидентифи-цировнных субгенотипов; 8) субтипа HBsAg ayw2; 9) ayw3; 10) других субтипов (в случае 2-10 встречаемость определялась как отношение числа изолятов данного типа в группе к числу всех изолятов группы) (см. табл.1). При этом сравнивали между собой группы регионов (каждую с каждой); группы
районов сравнивали между собой внутри одного региона. Отдельно сравнивали встречаемость HBsAg в половозрастных подгруппах внутри каждой группы (см. табл. 2). Для оценки достоверности различий численных данных, полученных при парных сравнениях, использовали в зависимости от характеристик выборок, точный критерий Фишера или критерий х2 с поправкой Иетса. В качестве порога достоверности отличий использовали значение вероятности p > 0,95. Вычисление индексов статистической поддержки узлов филогенетического древа в тесте bootstrap с 500 репликами осуществляли при помощи программ SEQBOOT и CONSENSE пакета PHYLIP (v. 3.53) [22].
Результаты и обсуждение Данные, полученные при исследовании всех собранных образцов, приведены в табл.1. Частота встречаемости HBsAg во всей группе коренного населения (4,4%), по-видимому, близка к доле хронических носителей ВГВ среди городского населения Сибири [2, 11] и России в целом (4-5%) [1, 6, 13]. При этом выделяются три высокоэндемичных группы по распространенности инфекции ВГВ с высокой частотой встречаемости HBsAg: алтайцы Республики Алтай (13,4%), долганы и нгана-
Таблица 1
Распространенность различных генотипов и субтипов HBsAg в группах населения западной Сибири. Выделены жирным итоговые
данные по каждой группе населения и всем группам в целом
Респу- Коли- Кол-во изоля-тов Генотипы/субгенотипы ВГВ Субтипы HBsAg
блика/ область/ округ/ Район Годы сбора Шифры образцов Основная национсть чество образцов HBSAG (+) A C D1 D2 D3 D* ayw2 ayw3 другие
край
Республика Алтай Кош- Агачский район 19992000 A-ZH Казахи 194 10 5,2% 7 0 0 6 85,7% 0 0 1 14,3% 7 100% 0 0
Усть- Канский район 1993, 1995, 1997 A-MS Алтайцы 231 31 13,4% 21 0 0 4 19,0% 1 4,8% 16 76,2% 0 20 95,2% 1 4,8% 0
Всего по Республике Алтай 425 41 9,6% 28 0 0 10 35,7% 1 3,6% 16 57,1% 1 3,6% 27 96,4% 1 3,6% 0
Кемеровская область Беловский район 2003 Ke-BEK Телеуты 137 14 10,2% 5 0 0 3 60,0% 0 0 2 40,0% 4 80,0% 0 1 20,0%
Всего по Кемеровской области 137 14 10,2% 5 0 0 3 60,0% 0 0 2 40,0% 4 80,0% 0 1 20,0%
Иркутская область Аларский район 2005 I-AL Буряты 487 40 8,2% 24 0 2 8,3% 2 8,3% 5 2 0,8% 12 50,0% 3 12,5% 14 58,3% 7 29,2% 3 12,5%
Нукутский район 2006 I-NU Буряты 654 35 5,4% 11 1 9,1% 1 9,1% 3 27,3% 4 36,4% 2 18,2% 0 3 27,3% 6 54,5% 2 18,2%
Иркутский район 20032005 I-IR Русские 250 9 3,6% 8 0 0 7 87,5% 0 0 1 12,5% 8 100% 0 0
Всего по Иркутской области 1391 84 6,0% 43 1 2,3% 3 7,0% 12 27,9% 9 20,9% 14 32,6% 4 9,3% 25 58,1% 13 30,2% 5 11,6%
ЯНАО Шурыш-карский район 1999, 20002002 Y-SH, Y-SHUR, Y-PIT Ханты, коми 932 27 2,9% 20 0 0 1 5,0% 15 75,0% 2 10,0% 2 10,0% 5 25,0% 14 70,0% 1 5,0%
Приуральский район 20032005 Y-PR Ненцы 1 263 10 0,8% 5 0 0 1 20,0% 1 20,0% 2 40,0% 1 20, % 3 60,0% 1 20,0% 1 20,0%
Красносль- купский район 2006 Y-KR Сулькупы 284 2 0,7% 1 0 1 100% 0 0 0 0 0 0 1 100%
Пуровский район 19921993 Y-SAM Ненцы 704 12 1,7% 7 2 28,65 0 0 4 57,1% 1 14,3% 0 2 28,6% 3 42,9% 2 28,6%
Всего по ЯНАО 3183 51 1,6% 33 2 6,1% 1 3,0% 2 6,1% 20 60,6% 5 15,2% 3 9,1% 18 54,5% 5 15,2%
Красноярский край Дудинский район 2000 Kr-DU Долганы, иганаса-ны 408 54 13,2% 32 0 6 18,8% 22 68,8% 0 4 12,5% 0 5 78,1% 0 7 21,9%
Тархунан-ский район 2000 Kr-TH Кеты 113 7 6,2% 2 0 0 0 2 100% 0 0 0 2 100% 0
Всего АО Красноярскому краю 521 61 11,7% 34 0 6 17,6% 22 64,7% 2 5,9% 4 11,8% 0 25 73,5% 2 5,9% 7 20,6%
Итого 5657 251 4,4% 143 3 2,1% 10 7,0% 49 34,3% 32 22,4% 39 27,3% 10 7,0% 91 63,6% 34 23,8% 18 12,6%
Таблица 2
Носители HBsAg в половозрастных группах
Регион Район Мужчины Женщины < 35 лет > 35 лет Комментарий
Республика Алтай Кош-Агачский район 6/106 5,7% 4/88 4,5% 7/139 5,0% 3/55 5,5% Нет достоверных различий
Усть-Канский 15/85 17,6% 16/146 11,0% 19/114 16,7% 12/117 10,3% То же
район
Всего по Республике Алтай 21/191 11,0% 20/234 8,5% 26/253 10,3% 15/172 8,7% Нет достоверных различий
Кемеровская область Беловский район 4/56 7,1% 10/81 12,3% 1/45 2,2% 13/92 14,1% В группе старше 35 лет инфицированных больше, чем в группе моложе 35 лет (р > 0,95)
Всего по Кеме- 4/56 7,1% 10/81 12,3% 1/45 2,2% 13/92 14,1% То же
ровской области
Иркутская область Аларский район 13/157 8,3% 27/330 8,2% 17/187 9,1% 23/300 7,7% Нет достоверных различий
Нукутский район 11/202 5,4% 24/452 5,3% 15/272 5,5% 20/382 5,2% То же
Иркутский район 2/96 2,1% 7/154 4,5% 6/138 4,3% 3/112 2,7% " "
Всего по Иркутской области 26/455 5,7% 58/936 6,2% 38/597 6,4% 46/794 5,8% Нет достоверных различий
ЯНАО Шурышкарский район 7/245 2,9% 20/687 2,9% 14/425 3,3% 13/507 2,6% Нет достоверных различий
Приуральский 4/482 0,8% 6/781 0,8% 6/845 0,7% 4/418 1,0% То же
район
Красноселькуп- 2/113 1,8% 0/171 0% 1/206 0,5% 1/78 1,3% " "
ский район
Пуровский район 8/269 3,0% 4/435 0,9% 9/427 2,1% 3/277 1,1% " "
Всего по ЯНАО 21/1109 1,9% 30/2074 1,4% 30/1903 1,6% 21/1280 1,6% То же
Красноярский край Дудинский район 23/170 13,5% 31/238 13,0% 37/325 11,4% 17/83 20,5% В группе старше 35 лет инфицированных больше, чем в группе моложе 35 лет (р > 0,95)
Туруханский район 5/54 9,3% 2/59 3,4% 0/63 0% 7/50 14,0% То же (р > 0,99)
Всего по Красно- 28/224 12,5% 33/297 11,1% 37/388 9,5% 24/133 18,0% То же (р > 0,975)
ярскому краю
Итого... 100/2035 4,9% 151/3622 4,2% 132/3186 4,1% 119/2471 4,8% Нет достоверных различий
саны Красноярского края (13,2%), телеуты Кемеровской области (10,2%). При сравнении встречаемости HBsAg в половозрастных группах всех исследованных областей и районов (см. табл. 2), показано, что среди исследуемых лиц уровень инфицирования не связан с полом или возрастом в группе до 35 лет. Для некоторых районов показано увеличение риска инфицирования с возрастом в группе старше 35 лет. Это позволяет предположить, что среди коренного населения действуют пути передачи ВГВ, не связанные с основными факторами риска, характерными для городских сообществ Сибири: внутривенное употребление наркотических средств и рискованное сексуальное поведение [2-4].
Филогенетические отношения между исследованными образцами представлены на рисунке. Среди вируспо-ложительных образцов превалировал генотип Б (см. табл. 1). Среди субгенотипов не было доминирующих: все 3 субгенотипа Б1, Б2 и Б3 были представлены в сходных пропорциях (см. табл. 1). Среди субтипов HBsAg преобладал ауш2, вклад ауш3 также был выраженным (см. табл. 1). Полученная на материале всей обследованной группы картина разнообразия ВГВ не противоречит опубликованным ранее работам, выполненным на территории России [2, 3, 8-11, 23, 34, 49, 50]. При этом соотношение субгенотипов ВГВ и субтипов HBsAg существенным образом различалось в отдельных территориальных группах, вошедших в исследование (см. табл. 1).
Республика Алтай (юго-запад Сибири; казахи, алтайцы)
Встречаемость HBsAg в образцах данной группы составила 9,6%, что свидетельствует о ее принадлежности к высокоэндемичным по распространенности инфекции ВГВ [30]. Доля носителей HBsAg в группе Республики Алтай превышала этот показатель в группах Иркутской области (р > 0,975) и ЯНАО (р
> 0,999), но была сходной со значениями, полученными для высокоэндемичных групп Кемеровской области и Красноярского края (см. табл. 1). Наиболее часто встречающимися субгенотипами ВГВ в изолятах были Б3 (57,1%) и Б1 (35,7%). Частота встречаемости субгенотипа Б3 была более высокой по сравнению с таковой среди изолятов Кемеровской области (р > 0,95), ЯНАО (р > 0,99) и Красноярского края (р > 0,999). Субгенотип Б1 встречался чаще, чем в изолятах ЯНАО (р > 0,99), но реже, чем в изолятах Красноярского края (р > 0,95). Субгенотип Б2 был минорным (3,6%), его встречаемость среди изолятов Республики Алтай была меньшей по сравнению с таковой из ЯНАО (р
> 0,999). Доминирующим субтипом HBsAg в группе образцов Республики Алтай оказался ayw2. Частота его встречаемости составила 96,4%, что было больше, чем в образцах групп Иркутской области (р > 0,995) и ЯНАО (р > 0,999). Обнаруженная встречаемость субтипа HBsAg аулв (3,6%) была ниже, чем в образцах групп Иркутской области (р > 0,975) и ЯНАО (р > 0,999) (см. табл. 1).
Два района Республики Алтай, вошедших в исследование, существенно различались между собой по исследуемым характеристикам. При сравнении групп этих районов (Кош-Агачского и Усть-Канского) обнаружены различия по встречаемости HBsAg (5,2 и 13,4% соответственно; р > 0,99), субгенотипов Б1 (85,7 и 19% соответственно; р > 0,99) и Б3 (0 и 76,2% соответственно; р > 0,999) (см. табл. 1). Эти данные
свидетельствуют о том, что, по всей видимости между группами населения указанных районов отсутствует или практически отсутствует передача ВГВ. С учетом относительной географической близости районов, входящих в одну республику, это может быть объяснено ограниченными контактами между различными этническими группами: донорами образцов в Кош-Агачском районе были казахи, в Усть-Канском -алтайцы.
Кемеровская область (юго-запад Сибири; телеуты)
Небольшая численность данной группы не позволила получить достоверные различия в большинстве сравнений с другими группами. Тем не менее по ряду показателей группа Кемеровской области демонстрировала различия с группой ЯНАО: в образцах Кемеровской области были обнаружены более высокие значения встречаемости HBsAg (10,2%, р > 0,999) и субгенотипа Б1 (60%; р > 0,95). В группе образцов Кемеровской области не обнаружено ДНК субгенотипа Б2 или субтипа ayw3, поэтому доли изолятов этих типов, равные 0%, оказались достоверно ниже аналогичных, полученных для ЯНАО (р > 0,95 в обоих случаях). Встречаемость субгенотипа Б3 в группе Кемеровской области, также равная 0%, была ниже, чем в группе Республики Алтай (р > 0,95; здесь и далее некоторые результаты сравнений дублируются с изложенными выше для удобства читателя) (см. табл. 1).
Иркутская область (юго-восток Сибири; буряты, русские)
Данная группа может быть отнесена к среднеэндемичным по встречаемости ВГВ [30]: доля HBsAg-позитивных носителей в ней составила 6%, что было больше, чем в ЯНАО (р > 0,999), но меньше, чем в Республике Алтай (р > 0,975) и Красноярском крае (р > 0,999) (см. табл. 1). Среди субгенотипов ВГВ в группе Иркутской области не было доминирующего: Б1, Б2 и Б3 были представлены примерно равными долями (см. табл. 1). Встречаемость субгенотипа Б1 (27,9%) была выше, чем в ЯНАО (р
> 0,95), но ниже, чем в Красноярском крае (р > 0,995). Субгенотип Б2 (20,9%) обнаруживался в группе Иркутской области реже, чем в группе ЯНАО (р > 0,999). Встречаемость субгенотипа Б3 (32,6%) не показала значимых различий ни в одном из сравнений группы Иркутской области с группами других областей. Среди субтипов HbsAg в группе Иркутской области превалировал ayw2 - его встречаемость составила 58,1%, что было больше, чем в ЯНАО (р > 0,95), но меньше, чем в группе Республике Алтай (р > 0,995). Доля субтипа ayw3 в группе Иркутской области (30,2%) превышала таковую, полученную для групп Республики Алтай (р > 0,975) и Красноярского края (р > 0,975) (см. табл. 1).
В исследование включены 3 района Иркутской области. Сравнение групп Аларского и Нукутского районов (обе представлены преимущественно этническими бурятами) не выявило между ними достоверных различий ни по одному из исследуемых параметров. Группы Аларского и Иркутского районов (последняя группа состояла из русского населения) отличались по встречаемости HBsAg (8,2 и 3,6% соответственно; р > 0,95). Кроме того, в Аларском районе превалировал субгенотип Б3 (50% против 0% в Иркутском районе, р > 0,95), а в Иркутском -Б1 (87,5% по сравнению с 8,3% в Аларском районе; р > 0,999). При сравнении Нукутского и Иркутского районов различия получены во встречаемости субгенотипа Б1 (27,3 и 87,5% соответственно; р > 0,95), субтипов ayw2 (27,3 и 100% соответственно; р
> 0,99) и ayw3 (54,5 и 0% соответственно; р > 0,95) (см. табл. 1). Заметные отличия параметров инфекции ВГВ в группах, представленных преимущественно бурятами и русскими, очевидно, говорят о том, что передача ВГВ между этими группами редка. Следует отметить, что в группах Аларского и Нукутского района (буряты) обнаружены в том числе 3 изолята ВГВ генотипа С, 1 изолят генотипа А (Нукутский район), в то время как все 8 изо-лятов Иркутского района были генотипа Б (см. рис. 1, табл. 1). Это означает, что группы из Аларского и Нукутского районов имеют другие источники заражения ВГВ в сравнении с жителями Иркутского района.
ЯНАО (северо-запад Сибири; ханты, коми, ненцы, селькупы)
Группа ЯНАО во многом отличалась от всех остальных групп, вошедших в исследование. Как уже отмечалось, в данной группе был обнаружен достоверно более низкий уровень встречаемости HBsAg (1,6%) по сравнению со всеми группами других регионов (см. табл. 1). Низкая (до 2%) встречаемость маркеров ВГВ-инфекции среди ненцев и коми в соседних с ЯНАО регионах была отмечена и другими исследователями [21]. Группа ЯНАО была единственной, в которой превалировали субгенотип Б2 и субтип ayw3. Встречаемость субгенотипа Б2 в ЯНАО (60,6%) была выше, чем в других группах (р > 0,999 для Республики Алтай, Иркутской области и Красноярского края и р > 0,95 для Кемеровской области). Встречаемость субгенотипа Б1 в ЯНАО (6,1%), напротив, была ниже, чем в других группах (р > 0,99 для Республики Алтай, р > 0,95 для Кемеровской и Иркутской областей; р > 0,999 для Красноярского края). Доля субгенотипа Б3 (15,2%) в ЯНАО была меньшей по сравнению с Республикой Алтай (р > 0,995). Субтип ayw3 в ЯНАО встречался чаще (54,5%), чем в группах Республики Алтай (р > 0,999), Кемеровской области (р > 0,95) и Красноярского края (р > 0,999). В то же время субтип ayw2 обнаруживался в ЯНАО реже (30,3%) по сравнению с группами Республики Алтай (р > 0,999), Иркутской области (р > 0,95) и Красноярского края (р > 0,999) (см. табл. 1). Интересно, что единственный исследованный изолят ВГВ из Красноселькупского района имел генотип С.
Группы четырех районов ЯНАО практически не различались между собой по параметрам инфекции ВГВ (см. табл. 1). Исключение составили Шурышкарский и Приуральский районы, в которых зафиксированы отличия в долях HBsAg-позитивных носителей (2,9 и 0,8% соответственно; р > 0,999) и изолятов субгенотипа Б2 (75 и 20% соответственно; р>0,95). Во всех остальных попарных сравнениях районов ЯНАО между собой не выявлено различий по всем исследуемым параметрам. Таким образом, можно предположить, что в ЯНАО, несмотря на различную этническую принадлежность его коренных жителей, значительные размеры округа и низкую плотность населения, существует общая популяция ВГВ, не разделенная эпидемиологическими барьерами. В то же время, вероятно, ЯНАО в целом изолирован от проникновения ВГВ со стороны групп населения других областей, вошедших в исследование.
Красноярский край (север Сибири; долганы, нганасаны, кеты)
Данная группа отнесена к высокоэндемичным в отношении инфекции ВГВ. Частота встречаемости HBsAg в группе составила 11,7%, что было выше, чем в группах Иркутской области (р > 0,999) и ЯНАО (р > 0,999) (см. табл. 1). Ранее столь высоких уровней встречаемости HBsAg в северных районах центральной и западной Сибири зафиксировано не было; авторы некоторых предшествующих работ [8-10, 34] полагали, что встречаемость ВГВ должна уменьшаться с юга на север Сибири. В группе Красноярского края превалировал субгенотип Б1 (64,7%), его доля в этой группе была выше по сравнению с группами Республики Алтай (р > 0,95), Иркутской области (р > 0,995) и ЯНАО (р > 0,999). Встречаемость субгенотипа Б2 в группе Красноярского края (5,9%), как и во всех остальных группах, была ниже, чем в группе ЯНАО (р > 0,999). Доля также минорного для данной группы субгенотипа Б3 (11,8%) была меньшей по сравнению с группой Республики Алтай (р > 0,999). Значительная часть изолятов Красноярского края принадлежала к генотипу С ВГВ (17,6%), в то время как, например, ни в одном из 28 изолятов Республики Алтай ВГВ генотип С не выявлен (см. табл. 1, подробнее см. ниже). Все эти изоляты принадлежали к субгенотипу С1 (субтип adrq+) (см. рис. 1). Как и во всех остальных группах, за исключением ЯНАО, в группе Красноярского края доминировал субтип ayw2 (73,5%; р > 0,999 по сравнению с ЯНАО). Доля субтипа ayw3 (5,9%), в свою очередь, оказалось меньшей, чем в группе ЯНАО (р > 0,999).
Два района Красноярского края, вошедшие в исследование, не различались достоверно ни по одному из определяемых параметров (см. табл. 1). Вероятно, это связано не столько с эпидемиологической однородностью этих районов, сколько с небольшой численностью группы из Туруханского района, не позволившей
Филогенетическое древо исследованных изолятов ВГВ.
Шифры исследованных изолятов (совпадают с обозначениями в табл. 1), выделены жирным шрифтом. Курсивом указана национальность донора, включая метисов. Прямоугольником справа от шифра обозначен субтип HBsAg соответствующего изолята: черный - ayw2, белый - ayw3, для других субтипов приведено буквенное обозначение. Для прототипных последовательностей указан шифр базы данных GenBank и название территории, на которой данный изолят был получен. Ветви генотипов и субгенотипов отмечены соответствующими буквами. Приведены индексы поддержки
узлов, превышающие 60, а также масштаб шкалы генетических расстояний.
осуществить корректный статистический анализ (см. табл. 1). Поэтому основной вклад в описанные выше характеристики группы Красноярского края внесла более многочисленная группа Дудинского района. Так, в ней обнаружены все признаки, характерные для группы Красноярского края в целом: высокая встречаемость HBsAg, доминирование субгенотипа D1 и субтипа ayw2, значительный вклад изолятов генотипа С. Два изолята ВГВ, выделенные из образцов крови кетов Туруханского района, отнесены в субгенотипу D2 и субтипу ayw3, которые не обнаружены в образцах крови долганов и нганасан Дудинского района (см. табл. 1).
Обнаружение на севере Красноярского края (Дудинский район занимает полуостров Таймыр) значительной доли изолятов генотипа С ВГВ (17,6%) в совокупности с данными других исследователей может служить свидетельством существования в настоящем или прошлом пути передачи ВГВ с востока на запад северной Сибири. Так, в соседней Республике Саха (Якутия) зафиксирован высокий уровень встречаемости изолятов ВГВ генотипа С (24,1%) и случаев микст-инфекций генотипами С и D (13,8%) [7], при высокой эндемичности ВГВ в целом (встречаемость HBsAg на уровне 10,8-23,8%) [5], что близко к показателям Дудинского района Красноярского края. Ранее при помощи имму-ноферментного анализа с использованием высокоспецифичных моноклональных антител был установлен субтип HBsAg а<3щ+, генотип С ВГВ в 8 (33%) из 24 образцов крови жителей г. Анадыря, Чукотский АО [12]. Сходная доля изолятов ВГВ генотипа С (25%) в Чукотском АО отмечена в работе других авторов, использовавших для этих целей методы ПЦР и секвенирования ДНК ВГВ [18]. Кроме того, единственный изолят генотипа С, полученный в нашем исследовании в Красноселькупском районе ЯНАО (расположенном южнее и западнее Таймыра), оказался филогенетически схожим с изолятами субгенотипа С1 из Дудинского района Красноярского края (см. рис. 1), что, возможно, говорит о вовлечении в указанный северный путь передачи ВГВ населения и более западных областей Сибири.
Таким образом, результаты настоящей работы по выявлению HBsAg в 5 обследованных регионах Сибири свидетельствуют о наличии 3 высокоэндемичных групп по распространенности инфекции ВГВ: алтайцев Республики Алтай (13,4%), долганов и нганасан Красноярского края (13,2%), телеутов Кемеровской области (10,2%), в которых целесообразно проведение дополнительных массовых мероприятий по профилактике ВГВ-инфекции. Определение генотипов ВГВ в 143 изолятах показало, что 130 (90,9%) из них относятся к генотипу D, 10 (7%) - к генотипу С, и только 3 (2,1%) - к генотипу А. Установлена различная встречаемость субгенотипов ВГВ в изолятах обследованных групп: субгенотип D1 (субтип ayw2) превалировал в изолятах групп казахов Республики Алтай (85,7%), телеутов Кемеровской области (60%), русских Иркутской области (87,5%), долганов, нганасан Красноярского края (68,8%); D2 (ayw3) - в изолятах групп хантов, коми (75%), ненцев Пуровского района (57,1%) ЯНАО; D3 (ayw2) - в изолятах групп алтайцев Республики Алтай (76,2%) и бурят Аларского района Иркутской области (50%). Генотип С (а<!щ+) ВГВ обнаружен в изолятах групп Дудинского района Красноярского края, Аларского и Нукутского районов Иркутской области, Красноселькупского района ЯНАО; генотип А выявлен в изолятах групп Пуровского района ЯНАО и Нукутского района Иркутской области. Полученные данные говорят о существовании в прошлом нескольких различных источников инфицирования ВГВ в популяциях коренного населения Сибири, а также их эпидемиологической обособленности друг от друга.
Благодарности
Исследование проведено при поддержке Программы повышения конкурентоспособности ведущих университетов Российской Федерации среди ведущих мировых научно-образовательных центров, Госконтракта № ГК 4.2247.2011 «Развитие таксономии вирусов на основе изучения их молекулярного разнообразия с применением полученных данных для создания вирусных онколитиков», грантов НШ-4713.2014.4, НШ-2996.2012.4 и НШ-65387.2010.4 по государственной поддержке ведущих научных школ Российской Федерации, гранта МФТИ №00012/00049 «Создание региональной референс-лаборатории
для ПЦР-диагностики вирусных гепатитов», Госконтракта № 02.740.11.0767 «Выявление вирусных возбудителей заболеваний, актуальных для здравоохранения Западной Сибири (гепатиты, гастроэнтериты, серозный менингит), изучение их генетического разнообразия в целях разработки и совершенствования диагностикумов», гранта The Swedish Institute №01543/2006 и гранта РФФИ №05-06-80333.
Авторы выражают благодарность Р.В. Дульбееву, Л.Р. Алексеевой, Ю.Н. Тулугоеву, Ю.К. Булсунаеву, В.Б. Локтеву, Р.Б. Ба-яндину, С.А. Походне, А.В. Шустову, а также K. Tillberg за помощь в проведении исследований.
Сведения об авторах:
Мануйлов Виктор Александрович (Manuilov Victor Aleksandrovich) - зав. отделом.
Общество с ограниченной ответственностью «Компания Хеликон», 119992, г. Москва, ул. Ленинские горы, МГУ, д. 1, стр. 40; e-mail: [email protected]
Осипова Людмила Павловна (Osipova Lyudmila Pavlovna) - зав. лаб. популяционной этногенетики, канд. биол.наук, ФБУН «Институт цитологии и генетики» Сибирского отделения Российской академии наук, 630090,
г. Новосибирск, пр. Ак. Лаврентьева, д. 10; e-mail: ludos@ bionet.nsc.ru
Нетесова Ирина Григорьевна (Netesova Irina Grigoryevna) - нач. отд-ния ИФА гепатита В, канд. биол. наук, ЗАО «Вектор-Бест», 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово. E-mail: [email protected]
Чуб Елена Владимировна (Chub Elena Vladimirovna)
- науч. сотр.
ФБУН «ГНЦ вирусологии и биотехнологии "Вектор"» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово, e-mail: [email protected]
Безуглова Людмила Владимировна (Bezuglova Lyudmila Vladimirovna) - микробиолог отд-ния ИФА гепатита В. ЗАО «Вектор-Бест», 630559, Новосибирская обл., р.п. Кольцово. E-mail: [email protected]
Norder Helene, Head of the Laboratory, Ph.D. Swedish Institute for Infectious Disease Control, Sweden, SE-171 82, Solna, Nobels väg., 18; e-mail: [email protected]
Magnius Lars, Group Leader, Professor. Swedish Institute for Infectious Disease Control, Sweden, SE-171 82, Solna, Nobels väg., 18; e-mail: [email protected]
Нетёсов Сергей Викторович (Netesov Sergey Victorovich)
- проректор по научн. работе и зав. лаб. бионанотехнологий,
д.биол.наук, профессор, член-корр. РАН, Новосибирский государственный университет, 630090, Новосибирск, ул. Пирогова, 2; e-mail: [email protected]
ЛИТЕРАТУРА
1. Асратян А.А., Исаева О.В., Михайлов М.И. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2005; 4: 40-5.
2. Баяндин Р.Б., Шустов А.В., Кочнева Г.В. и др. Инфекционные болезни. 2004; 3: 39-44.
3. Баяндин Р.Б., Шустов А.В., Кочнева Г.В., и др. Инфекционные болезни. 2007; 5: 5-10.
4. Кочнева Г.В., Гражданцева А.А., Сиволобова Г.Ф. и др. Инфекционные болезни. 2005; 1: 26-31.
5. Кузин С.Н., Павлов Н.Н., Семенов С.И. и др. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2004; 1: 18-22.
6. Кузин С. Н., Тленкопачев Р.С., Садикова Н.В. и др. Вопросы вирусологии. 2006; 51: 21-5.
7. Лобзин Ю.В., Слепцова С.С., Алексеева М.Н. и др. Инфекционные болезни. 2004; 2: 13-6.
8. Мануйлов В.А., Нетесова И.Г., Осипова Л.П. и др. Молеулярная генетика, микробиология и вирусол. 2005; 4: 30-4.
9. Мануйлов В.А., Осипова Л.П., Нетесова И.Г. и др. Молекулярная генетика, микробиология и вирусол. 2010; 4: 172-7.
10. Нетесова И.Г., Swenson P.D., Осипова Л.П. и др. Журнал микробиологии и инфекционных болезней. 2001; 1: 29-33.
11.Нетесова И.Г., Swenson P.D., Калашникова Т.В. и др. Вопросы вирусологии. 2004; 49: 17-20.
12. Цой Л.В., Венгерова Я.Д., Иптышева Е.П. и др. Мир вирусных гепатитов. 2009; 3: 49.
13. Abe K., Hayakawa E., Sminov A.V. et al. J. Clin. Virol. 2004; 30: 57-61.
14. Arauz-Ruiz P., Norder H., Robertson B.H., Magnius L.O. J. Gen. Virol. 2002; 83: 2059-73.
15. Avazova D., Kurbanov F., Tanaka Y. et al. J. Med. Virol. 2008; 80: 217-24.
16. Bancroft W.H., Mundon F.K., Russell P.K. J. Immunol. 1972; 109: 842-8.
17. Banerjee A., Datta S., Chandra P.R. et al. World J. Gastroenterol. 2006; 37: 5964-71.
18. Cavinta L., Sun J., May A. et al. J. Med. Virol. 2009; 81: 983-7.
19. Chulanov V., Neverov A., Karandashova I. et al. In: 14th International Symposium on Viral Hepatitis andLiver Disease. 2012: 22.
20. Courouce A.M. Haematol. 1976; 42: 52-7.
21. Courouce A.M., Lee H., Drouet J. et al. Vox. Sang. 1983; 44: 197-211.
22. Dobrodeeva L.K., Kornienko E.B., Petrenya N.N. et al. AsianPac. J. Cancer. Prev. 2005; 6 (3): 342-5.
23. Felstenstein J. PHYLIP: Phylogeni Inference Package; Version 3.52c. Seatle, WA: University of Washington. 1993.
24. Flodgren E., Bengtsson S., Knutsson M. et al. J. Clinic. Microbiol. 2000; 38: 3311-6.
25. Huy T.T., Ushijima H., Quang V.X. et al. J. Gen. Virol. 2004; 85: 283-92.
26. Huy T.T., Ushijima H., Sata T., Abe K. Arch. Virol. 2006; 151 (3): 589-97.
27. Kato H., Ruzibakiev R., Yuldasheva N. et al. J. Med. Virol. 2002; 67: 477-83.
28. Khan A., Kurbanov F., Tanaka Y. et al. J. Med. Virol. 2008; 80. 26876.
29. Kimbi G.., Kramvis A., Kew M.C. J. Gen. Virol. 2004; 85: 1211-20.
30. Kramvis A., Weitzmann L., Owiredu W.K., Kew M. J. Gen. Viml. 2002; 83: 835-9.
31. Kurbanov F, Tanaka Y, Mizokami M. Hepatol. Res. 2010. 40 (1): 14-30.
32. Le Bouvier G.L. J. Infect. Dis. 1971; 123: 671-5.
33. Magnius L., Kaplan L., Vyas G.N., Perkins H.A. Acta Pathol. Microbiol. Scand. B. 1975; 83 (3): 295-7.
34. Margolis H.S., Alter M.J., Hadler S.C. Semin. Liver. Dis. 1991; 11: 84-92.
35. Meldal B.H., Moula N.M., Barnes I.H. et al. J. Gen. Virol. 2009; 90: 1622-8.
36. Mulyanto, Depamede S.N., Wahyono A. et al. J. Med. Virol. 2011; 83 (1): 54-64.
37. Naumann H., Schaefer S., Yoshida C.F. et al. J. Gen. Virol. 1993; 74: 627-32.
38. Netesova I. G., Swenson P. D., Osipova L. P. et al. J. Med. Virol. 2003; 71: 183-7.
39. Norder H., Hammas B., Magnius L.O. J. Med. Virol. 1990; 31: 215-21.
40. Norder H., Hammas B., Losfdahl S. et al. J. Gen. Virol. 1992; 73: 1201-8.
41. Norder H., Courouce A.M., Magnius L.O. J. Gen. Virol. 1992; 73: 3141-5.
42. Norder H., Hammas B., Lee S.D. et al. J. Gen. Virol. 1993; 74: 1341-8.
43. Norder H., Courouce A.M., Magnius L.O. Virology. 1994; 198: 489503.
44. Norder H., Arauz-Ruiz P., Blitz L. et al. J. Gen. Virol. 2003; 84: 2083-7.
45. Norder H., Courouce A.M., Coursaget P. et al. Intervirol. 2004; 47 (6):289-309.
46. Okamoto H., Imai M., Tsuda F. et al. J. Virol. 1987; 61: 3030-34.
47. Okamoto H., Tsuda F., Sakugawa H. et al. J. Gen. Virol. 1988; 69: 2575-83.
48. Olinger C.M., Venard V., Njayou M. et al. J. Gen. Virol. 2006. 87: 1163-73.
49. Olinger C.M., Lazouskaya N.V., Eremin V.F., Muller C.P. Clin. Microbiol. Infect. 2008; 14 (6): 575-81.
50. Sakamoto T., Tanaka Y., Orito E. et al. J. Gen. Virol. 2006; 87: 1873-82.
51. Schaefer S., Magnius L., Norder H. Intervirol. 2009; 52 (6): 323-5.
52. Stuyver L., De Gendt S., Van Geyt C. et al. J. Gen. Virol. 2000; 81: 67-74.
53. Tallo T., Norder H., Tefanova V. et al. J. Med.. Virol. 2004; 74: 221-7.
54. Tallo T., Tefanova V., Priimagi L. et al. J. Gen. Virol. 2008; 89: 1829-39.
55. Utsumi T., Lusida M.I., Yano Y. et al. J. Clin. Microbiol. 2009; 47: 1842-7.
Поступила 04.07.14
PREVALENCE OF HBSAG SUBTYPES AND GENOTYPES IN NATIVE POPULATION GROUPS OF SIBERIA
V. A. Manuilov1, L. P. Osipova2,I. G. Netesova3, E. V. Chub46, L. V. Bezuglova3, H. Norder5, L. O. Magnius5, and S. V. Netesov4,6
1 Helicon Company Ltd., Moscow State University, Moscow, Russia; 2 Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Novosibirsk, Russia; 3 JSC Vector-Best, Koltsovo, Novosibirsk Region, Russia; 4 State Research Center for Virology and Biotechnology "Vector", Koltsovo, Novosibirsk Region, Russia; 5 Swedish Institute for Infectious Disease Control, Solna, Sweden; 6 Novosibirsk State National Research University, Novosibirsk, Russia
The prevalence of HBsAg and its subtypes and genotypes in native population groups of five Siberian regions - Altai Republic, Kemerovo region, Irkutsk Region, Yamalo-Nenetsky Autonomous Region (YNAR), Krasnoyarsk Region (a total of5 657 samples) - was studied. Statistically significant differences were found in these groups for the studied HBV markers and types. HBsAg was the most prevalent in Altaians in Altai Republic (13.4% of samples), Dolgans and Nganasans in Krasnoyarsk region (13.2%), Teleutes in Kemerovo Region (10.2%), and Buryats in Irkutsk region (5.4-8.2%). HBsAg prevalence was substantially lower in Khants, Komi, Nenets, and Selkups in YNAR (0.7-2.9%). The study of the partial HBsAg-gene sequences of 143 HBV isolates from different groups of the 5 Siberian regions revealed that 130 (90.9%) belonged to the genotype D (subtypes ayw2 and ayw3), 10 (7%) - to the genotype C (subtype adrq+), 3 (2.1%) - to the genotype A (subtype adw2). 120 of the 130 genotype D isolates belonged to subgenotypes D1 (34.3%), D2 (22.4%), D3 (27.3%), and the genotype was not determined in 10 (7%) isolates. The subgenotype D1 (HBsAg subtype ayw2) was prevalent in Kazakhs in Altai Republic (85.7 of the strains), Teleuts in Kemerovo Region (60.0%), Russians in Irkutsk region (87.5%), Dolgans and Nganasans in Krasnoyarsk Region (68.8%). The subgenotype D2 (subtype ayw3) was prevalent in khants and komi (75%) and nentsi (57.1%) from YNAR. The subgenotype D3 (subtype ayw2) was prevalent in Altaians in Altai Republic (76.2%) and buryats from Irkutsk region (50%). Significant prevalence of the genotype C (subgenotype C1, 18.8%) was first found in the Far North of Siberia (Taimyr peninsula, Krasnoyarsk Region). On the base of the obtained data, we suggested the existence of several epidemiologically different sources of HBV expansion in native Siberian population groups.
Key words: hepatitis, hepatitis B, Hepadnaviridae, native population, subtype, genotype
