Научная статья на тему 'Пространственная структура над+-зависимой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp. C-1 при атомном разрешении'

Пространственная структура над+-зависимой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp. C-1 при атомном разрешении Текст научной статьи по специальности «Нанотехнологии»

CC BY
105
38
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Журнал
Acta Naturae (русскоязычная версия)
WOS
Scopus
ВАК
RSCI
PubMed
Область наук
Ключевые слова
ФОРМИАТДЕГИДРОГЕНАЗА / РЕНТГЕНОСТРУКТУРНЫЙ АНАЛИЗ / АТОМНОЕ РАЗРЕШЕНИЕ / ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ КАТАЛИЗ

Аннотация научной статьи по нанотехнологиям, автор научной работы — Шабалин И. Г., Поляков К. М., Тишков В. И., Попов В. О.

Решена с разрешением 1.1 A кристаллическая структура тройного комплекса НАД+-зависимой формиатдегидрогеназы из метилотрофной бактерии Moraxella sp. С-1 с кофактором (НАД+) и ингибитором (ионом азида), имитирующая структуру переходного состояния ферментативной реакции. Структура уточнена с учетом анизотропии тепловых колебаний неводородных атомов до R -фактора 13.4 %. На основании анализа значений температурных факторов и пиков электронной плотности удалось различить большинство атомов азота, кислорода и углерода, что дало возможность однозначно установить поворотные изомеры боковых цепей остатков гистидина и большинства остатков аспарагина и глютамина. Проведен сравнительный анализ структур тройного комплекса с атомным разрешением и с разрешением 1.95 A. В структуре атомного разрешения обнаружена тенденция к изменению длин ковалентных связей никотинамидной группы кофактора, согласующаяся с данными квантовомеханических расчетов, указывающими на приобретение кофактором характера биполярной формы в переходном состоянии ферментативной реакции.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по нанотехнологиям , автор научной работы — Шабалин И. Г., Поляков К. М., Тишков В. И., Попов В. О.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Текст научной работы на тему «Пространственная структура над+-зависимой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp. C-1 при атомном разрешении»

УДК 577.322.63

Пространственная структура НАД+-зависимой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp. C-1 при атомном разрешении

И.Г. Шабалин1, К.М. Поляков2'1, В.И. Тишков1, В.О. Попов1*

1 Институт биохимии им. А. Н. Баха РАН, 119071, Москва, Ленинский просп., 33

2 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, 119991, Москва, ул. Вавилова, 32

*E-mail: vpopov@inbi.ras.ru

РЕФЕРАТ Решена с разрешением 1.1 Ä кристаллическая структура тройного комплекса НАД+-зависимой формиатдегидрогеназы из метилотрофной бактерии Moraxella sp. С-1 с кофактором (НАД+) и ингибитором (ионом азида), имитирующая структуру переходного состояния ферментативной реакции. Структура уточнена с учетом анизотропии тепловых колебаний неводородных атомов до R-фактора 13.4 %. На основании анализа значений температурных факторов и пиков электронной плотности удалось различить большинство атомов азота, кислорода и углерода, что дало возможность однозначно установить поворотные изомеры боковых цепей остатков гистидина и большинства остатков аспарагина и глютамина. Проведен сравнительный анализ структур тройного комплекса с атомным разрешением и с разрешением 1.95 Ä. В структуре атомного разрешения обнаружена тенденция к изменению длин ковалентных связей никотинамидной группы кофактора, согласующаяся с данными квантовомеханических расчетов, указывающими на приобретение кофактором характера биполярной формы в переходном состоянии ферментативной реакции.

Ключевые слова: формиатдегидрогеназа, рентгеноструктурный анализ, атомное разрешение, ферментативный катализ.

ВВЕДЕНИЕ

Формиатдегидрогеназы катализируют реакцию окисления иона формиата до углекислого газа и представляют собой несколько групп ферментов, отличающихся как по четвертичной структуре, так и по наличию простетических групп и кофакторов. Среди формиатдегидрогеназ наиболее простыми по строению ферментами являются НАД+-зависимые формиатдегидрогеназы (ФДГ, КФ 1.2.1.2), которые окисляют ионы формиата при сопутствующем восстановлении кофермента НАД+ до НАДН [1]:

НСОО- + НАД+ СО2 | + НАДН.

ФДГ принадлежат к большому суперсемейству D-специфичных дегидрогеназ 2-оксикислот [2]. Формиат-дегидрогеназы данного типа не содержат в активном центре ионов металлов или простетических групп и обладают высокой специфичностью как к НАД+, так и к иону формиата. ФДГ из различных организмов (бактерии, дрожжи, растения) функционируют в виде димера, состоящего из двух идентичных субъединиц, имеющих массу от 35 до 50 кДа. Особенностью молекулярного механизма действия ФДГ является прямой перенос гидрид-иона от субстрата на атом С4 никотинамидного кольца НАД+ без дополнительных стадий переноса протона, присутствующих в реакциях, катализируемых другими родственными НАД+-зависимыми

дегидрогеназами. Поэтому реакция, катализируемая ФДГ, является удобной моделью для изучения механизма переноса гидрид-иона в активном центре НАД+-зависимых де-гидрогеназ методами квантовой механики и молекулярной динамики [3—5].

Для изучения молекулярного механизма действия большое значение имеют данные по пространственной структуре исследуемого фермента с высокой точностью определения координат индивидуальных атомов. Дифракционные данные с атомным разрешением дают возможность уточнять структуру белка с учетом анизотропии тепловых колебаний отдельных неводородных атомов, что значительно повышает достоверность структурной информации и позволяет определять координаты атомов с точностью порядка 0.02Ä [6]. При этом проявляются тонкие особенности структурной организации активного центра, которые не могут быть выяснены при более низком разрешении.

В настоящее время в базе данных белковых структур (PDB, http://www.rcsb.org) депонировано 937 структур белков с атомным разрешением, что составляет около 1.6 % общего числа структур. Структуры с атомным разрешением были решены только для трех представителей НАД+-зависимых дегидрогеназ - алкогольдегидрогеназы из печени лошади (5 структур) [7-9], R-специфичной алкогольдегидрогеназы из Lactobacillus brevis (3 структуры) [10] и лактатдегидрогеназы из Plasmodium falciparum (1

структура) [11]. Имеющиеся пространственные структуры ФДГ были решены с разрешением не выше 1.8 Â для холо-формы [12] и 1.55 Â для апо-формы [13]. В данной работе решена с атомным разрешением (1.1 Â) пространственная структура тройного комплекса формиатдегидрогеназы из метилотрофной бактерии Moraxella sp. C-1 (МогФДГ) с кофактором (НАД+) и ингибитором (ионом азида), имитирующая структуру переходного состояния ферментативной реакции.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Кристаллы тройного комплекса МогФДГ-НАД+-азид были выращены методом диффузии растворителя через газовую фазу в висячих каплях. Рекомбинантная полноразмерная МогФДГ была экспрессирована и очищена по методике, описанной в [14]. Чистота фермента составила не мене 97 % согласно электрофоретическому анализу в ПААГ. Для кристаллизации использовали раствор МогФДГ с концентрацией 10.5 мг/мл в 0.1 M калий-фосфатном буфере с pH 7.0, содержащем 5 мМ НАД+ и 5 мМ азида натрия. Противо-раствор состоял из 0.1 М Bis-Tris буфера с рН 6.5 и 2.0 М сульфата аммония. Висячие капли объемом 4 мкл готовили смешиванием равных частей раствора белка и противо-раствора на силиконированном стекле. Стеклом с каплей кристаллизационного раствора герметически закрывали ячейку пластикового планшета Linbro фирмы Hampton Research, в которую предварительно помещали 500 мкл противораствора. Планшеты хранили в термостатируемом шкафу при температуре 20 °С. Кристаллы росли в течение двух месяцев. Средние размеры кристаллов составили 0.6 х 0.3 х 0.2 мм (рис. 1).

Дифракционные данные были собраны на длине волны 0.8166 Â с использованием CCD детектора MAR165 на станции Х11 накопительного кольца DORIS синхротрона DESY

Рис. 1. Фотография кристаллов тройного комплекса MorФДГ-НАД+-азид

0.2 мм

филиала лаборатории EMBL в Гамбурге. Для уменьшения радиационного разрушения кристалла и повышения разрешения за счет уменьшения амплитуд тепловых колебаний атомов кристалл в процессе сбора данных охлаждался азотом при температуре 100 К на криоустановке CryoJet. Перед замораживанием в струе азота кристалл был помещен на 30 с в криораствор, содержащий 0.1 М Bis-Tris буфер с рН 6.5, 2.3 М сульфат аммония и 30 % (по объему) глицерина. Были собраны два набора дифракционных данных с одного кристалла: первый набор с разрешением 201.5 Â с малым временем экспозиции и второй набор с разрешением 20-1.1 Â с большим временем экспозиции. Это позволило избежать потери рефлексов низкого разрешения, интенсивности которых при больших временах экспозиции оказываются переэкспонированными, и измерить с достаточной точностью интенсивности слабых отражений высокого разрешения. Данные обрабатывались программами DENZO и SCALEPACK [15]. Кристаллы принадлежали к пространственной группе С2 с параметрами элементарной ячейки: a = 79.2 Â, b = 66.2 Â, c = 74.2 Â, ß = 103.4 град.

Кристаллы оказались изоморфны кристаллам, использованным для решения структуры тройного комплекса МогФДГ-НАД+-азид с разрешением что позво-

лило использовать в качестве исходной модели уточненную ранее структуру. Кристаллографическое уточнение проводили по программе REFMAC [16]. При уточнении учитывался вклад в рассеивание атомов водорода, координаты которых рассчитывались исходя из стандартной стереохимии аминокислотных остатков и координат соответствующих ковалентно-связанных атомов при каждом цикле уточнения. Для всех неводородных атомов температурные факторы уточнялись в анизотропном приближении. Для визуального контроля за ходом уточнения, внесения изменений в атомную модель структуры и локализации молекул воды использовалась графическая программа COOT [17]. Вносимая корректировка основывалась на анализе разностных синтезов Фурье с коэффициентами (2|FJ - |FJ) и (|F0| - |Fj), где |Fj и |Fj - экспериментальные и рассчитанные модули структурных факторов. Качество белковой модели анализировалось программой PROCHECK [18]. Ошибки координат атомов рассчитывались программой SFCHECK [19]. Статистические характеристики набора дифракционных данных и атомной модели приведены в табл. 1.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Значительным преимуществом атомного разрешения является большое количество дифракционных данных относительно количества уточняемых параметров, что позволяет уточнять температурные факторы неводородных атомов в анизотропном приближении. В изотропном приближении уточняются только три позиционных параметра и изотропный температурный фактор для каждого неводородного атома. Для уточнения в анизотропном приближении вместо одного параметра изотропного температурного фактора необходимо ввести шесть параметров анизотропного температурного фактора - три параметра для ориентации и три параметра для размера главных осей эллипсоида. Такой подход позволяет значительно точнее интерпретировать дифракционные данные. Включение параметров анизотро-

№ 3 2009 | ACTA NATURAE | 99

Рис. 2. Карта электронной плотности с коэффициентами 2^0| — для остатков Тгр310, Gln313 и Рго314. Уровень срезки 1 о (синяя) и 3.5 о(красная)

пии в кристаллографическое уточнение структуры комплекса МогФДГ-НАД+-азид снизило R-фактор на 5.3 %, а Rfree — на 5.2 %. При этом средневзвешенная ошибка координат атомов (DPI) уменьшилась от 0.036 до 0.028 Ä. В ранее опубликованной структуре комплекса МогФДГ-НАД+-азид с разрешением 1.95 Ä эта величина составляет 0.141 Ä [14]. Высокое качество электронной плотности структуры с атомным разрешением иллюстрировано на рис. 2.

Ход полипептидной цепи решенной структуры тройного комплекса МогФДГ-НАД+-азид представлен на рис. 3. В независимой части элементарной ячейки находится одна субъединица фермента. Молекулу МогФДГ образуют две субъединицы, связанные кристаллографической поворотной осью симметрии второго порядка (рис. 3). В структуре были локализованы 399 аминокислотных остатков, 437 молекул воды, одна молекула НАД+, четыре иона азида и шесть молекул глицерина. При этом молекула НАД+ и один ион азида связаны в активном центре фермента, в то время как три иона азида и все молекулы глицерина локализованы на поверхности белковой глобулы. Как и в структуре с разрешением 1.95 Ä, на С-конце полипептидной цепи фермента были локализованы восемь остатков (392-399), которые не удавалось локализовать по картам электронной плотности в ранее решенной структуре холо-формы ФДГ из бактерии Pseudomonas sp. 101 [12]. Тем не менее последние два аминокислотных остатка локализовать не удалось, что скорее всего связано с разу-порядоченностью этих остатков.

Среднеквадратичное отклонение по координатам всех Са атомов структур МогФДГ-НАД+-азид, решенных при разрешениях 1.1 Ä и 1.95 Ä, равно 0.30 Ä, что свидетельствует об их идентичности. При этом максимальное отклонение составляет 1.1 Ä (остаток Ser18). Координаты атомов боковых цепей 18 остатков, локализованных на поверхности белковой глобулы, отличаются более чем на 1 Ä, причем максимальное отличие составляет 9 Ä (остаток Arg26). Эти различия могут быть вызваны как свойствами

Таблица 1. Статистические характеристики набора дифракционных данных и атомной модели. В скобках приведены значения для последнего слоя разрешения (1.11 — 1.10 А)

Разрешение, А 20 - 1.1

Число измеренных рефлексов 586345 (9155)

Число независимых рефлексов 145564(3662)

Мозаичность, град 0.7

Повторяемость 4.0 (2.5)

Полнота набора, % 96.5 (73.8)

R , % 5.1 (52.9)

<I>/<ct(I)> 44 (1.9)

Температурный фактор из графика Вильсона , А2 11.5

Г-фактор/Г{гее, % 13.4/15.9

Среднеквадратичное отклонение длин валентных связей,А 0.015

Среднеквадратичное отклонение валентных углов, град 1.7

Минимальная ошибка в координатах атомов, А 0.014

Средневзвешенная ошибка координат атомов (DPI), А 0.028

Число неводородных атомов в модели: белок вода лиганды 3106 437 84

Средний температурный фактор, А2: всех атомов атомов основной цепи атомов боковых цепей молекул воды атомов лигандов 20.7 18.1 20.1 31.8 24.9

Число остатков на графике Рамачандрана*: в наиболее благоприятных областях в разрешенных областях в запрещенных областях 306 33 1*

* За исключением остатков Gly и Pro. *Ala198 в структуре ФДГ находится в недопустимой конформации на графике Рамачандрана. Исчерпывающее объяснение необычности конформации этого остатка приведено в [12].

самих кристаллов, выращенных в несколько различных кристаллизационных условиях, так и ошибочным моделированием боковых цепей в структуре с более низким разрешением.

Значительным отличием структуры с атомным разрешением является количество локализованных молекул воды, которых в 2.4 раза больше, чем в структуре с разрешением и 181 соответственно). При этом 169 молекул воды имеют практически одинаковые позиции в обеих структурах. Фактически, в структуре с разрешением 1.95 А были локализованы консервативные, высокоупо-рядоченные молекулы воды, находящиеся внутри полостей белковой глобулы и в первом слое растворителя. Структура с атомным разрешением позволила гораздо более четко и достоверно определить структуру растворителя в кристалле комплекса МогФДГ-НАД+-азид.

Благодаря высокой точности дифракционных данных атомное разрешение позволяет более точно идентифицировать альтернативные конформации остатков. В структуре МогФДГ-НАД+-азид с разрешением 1.95 А лишь пять остатков имели две различные конформации. Значительное улучшение качества электронной плотности в структуре с атомным разрешением позволило идентифицировать 10

Рис. 3. Ход полипептидной цепи тройного комплекса МогФДГ-НАД+-азид. Поворотная ось симметрии 2-го порядка, связывающая субъединицы в димере, направлена перпендикулярно плоскости рисунка. Молекула НАД+ показана фиолетовым цветом, ион азида показан красным цветом

таких остатков. Боковые цепи пяти остатков лизина (Lys40, Lys61, Lys231, Lys383 и Lys395) и одного остатка глютами-на ^1и397) были локализованы не полностью, что свидетельствует о наличии нескольких различных конформаций этих остатков. Все остатки с альтернативными конформа-циями и с отсутствующими в модели атомами боковой цепи находятся на поверхности белковой глобулы, что и объясняет их повышенную конформационную подвижность.

Существенным преимуществом атомного разрешения является возможность достоверно различать атомы углерода, кислорода и азота, что позволяет определять поворотные изомеры боковых цепей остатков аспарагина, глютамина и гистидина. Поворотные изомеры этих остатков обычно определяются из анализа водородных связей с окружающими атомами, что не всегда позволяет принять однозначное решение. При атомном разрешении изомеры остатков аспарагина и глютамина можно определить из анализа температурных факторов атомов азота и кислорода боковой цепи. Если в уточняемой модели карбок-

самидная группа аспарагина или глютамина развернута на 180 град относительно реально существующей в белковом кристалле конформации, то В-фактор атома азота будет значительно ниже, а В-фактор атома кислорода значительно выше, чем среднее значение температурных факторов валентно-связанных атомов. Аналогичная картина (более высокий В-фактор атомов азота N6 и № и более низкий В-фактор атомов углерода С6 и Се) наблюдается и для неправильно развернутых боковых цепей остатков гистидина. Кроме того, при атомном разрешении атомы углерода, кислорода и азота могут быть различены на основе анализа карт электронной плотности, поскольку атомы с большим числом электронов имеют более высокие пики электронной плотности (рис. 2). Для проверки поворотных изомеров остатков аспарагина, глютамина и гистидина наряду с анализом электронной плотности проводился отдельный цикл уточнения с модифицированной моделью, в которой боковые цепи этих остатков были развернуты на 180 град. В результате в структуре комплекса МогФДГ-НАД+-азид с разрешением 1.1 А были подтверждены поворотные изомеры большинства остатков, а боковые цепи остатков Gln66 и Asn135 были развернуты относительно их конформаций в структуре с разрешением 1.95 А. Анализ температурных факторов не всегда приводил к однозначному выбору изомера, что свидетельствует о наличии обоих поворотных изомеров в структуре.

Структура активного центра МогФДГ со связанными молекулой НАД + и ионом азида изображена на рис. 4. Подробное описание структуры активного центра ФДГ и роли отдельных аминокислотных остатков в связывании субстратов и катализе приведено в работах [12, 14]. Согласно результатам изучения кинетических изотопных эффектов скорость-лимитирующей стадией ферментативной реакции является перенос гидрид-иона, причем переходное состояние является поздним, т.е. его структура ближе к структуре продуктов реакции [20, 21]. Линейный ион азида изоэлектронен продукту реакции С02, также имеющему линейное строение, и характеризуется чрезвычайно высокой константой связывания с холо-формой ФДГ, на пять порядков превышающей константу связывания иона фор-миата [20]. В связи с этим тройной комплекс ФДГ-НАД+-

ТЫ- 282

а)

Бег 334 Лв

¿Г 1 В,3 р'2,3.3 Л У,

335 ! ^ •

ЛТ 332

Дзп 46 Л О1 /V

о 4° \

б)

Дзр 308

11е 122

. 3.6 AZI

Дгд 284

AZI

Рис. 4. Структура активного центра МогФДГ со связанными молекулой НАД+ и ионом азида: а) связывание никотинамидной части НАД+ и азида остатками активного центра, водородные связи обозначены пунктиром; б) карта электронной плотности с коэффициентами 2^0| - для НАД+ и азида с уровнем срезки 2.0 о и номенклатура атомов никотинамидной части НАД+

№ 3 2009 | АСТА ПАТиИАЕ | 101

азид рассматривается как стабильный аналог переходного состояния ферментативной реакции [20, 22].

Данные структуры с атомным разрешением подтвердили, что в активном центре МогФДГ карбоксамидная группа кофактора зафиксирована водородными связями с остатками активного центра в транс-конформации (атом О7 направлен в сторону атома С4), которая, согласно квантово-механическим расчетам для газовой фазы, на 2 ккал/моль менее выгодна, чем цис-конформация [23]. Кроме того, при анализе уточненной структуры выяснилось, что длина связи С7-О7 карбоксамидной группы кофактора составляет 1.26 А, что на 0.03 А больше стандартной длины двойной С-О связи в карбоксамидной группе (1.23 А) [24]. При этом длина одинарной связи С3-С7 составляет 1.47 А, что на 0.03 А меньше стандартной длины (1.50 А). Поскольку среднеквадратичное отклонение длин валентных связей в структуре составляет 0.015 А, такие изменения длин связей между атомами с относительно низкими температурными факторами (07 - 15.6 А2, С7 - 13.7 А2, С3 - 14.1 А2) в глубине белковой молекулы могут указывать на изменение порядков этих связей. Обнаруженные особенности тройного комплекса МогФДГ-НАД+-азид могут отражать важные детали структурной организации переходного состояния реакции, катализируемой ФДГ.

Ранее расчетными теоретическими методами, сочетающими подходы молекулярной динамики и квантовой механики, было показано, что в переходном состоянии катализируемой ФДГ реакции молекула кофактора, находящаяся в энергетически-возбужденной траис-конформации, может приобретать характер т.н. биполярной формы [4]. Аналогичное положение было высказано и на основании исследования кинетических изотопных эффектов [21]. При этом должно наблюдаться возрастание отрицательного заряда на атоме 07 карбоксамидной группы, а также уменьшение длины связи С3-С7 и увеличение длины связи С7-О7 по сравнению с молекулой кофактора в свободном состоянии. Данные изменения способствуют увеличению

частичного положительного заряда на атоме С4 кофермен-та, повышая его электрофильность и тем самым благоприятствуя скорость-лимитирующему переносу гидрид-иона и протеканию ферментативной реакции.

Высокая точность дифракционных данных атомного разрешения дает возможность ослабить влияние стандартной стереохимии на координаты атомов никотинамидной группы кофактора в процессе кристаллографического уточнения структуры. В результате отдельного цикла уточнения программой ИЕЕМАС с ослабленными ограничениями на длины связей никотинамидной группы (путем увеличения от 0.02 А до 0.20 А стандартного среднеквадратичного отклонения длин этих связей) длина связи С7-О7 составила 1.29 А, что на 0.06 А короче стандартного значения, а длина связи С3-С7 составила 1.43 А, что на 0.07 А длиннее стандартного значения. Эти различия всего в 1.3 раза больше, чем ошибка в определении длин связей, оцененная как сумма двух средневзвешенных ошибок координат атомов (табл. 1). Тем не менее наши экспериментальные данные отражают тенденцию к изменению длин ковалентных связей, соответствующую приобретению никотинамидной группой кофактора характера биполярной формы в переходном состоянии ферментативной реакции.

Таким образом, впервые проведенное исследование структуры ФДГ при атомном разрешении позволяет глубже понять детали молекулярного механизма действия данного фермента и процессов переноса гидрид-иона в активных центрах НАД+-зависимых дегидрогеназ в целом. •

Настоящая работа поддержана Федеральным агентством по науке и инновациям (ГК № 02.512.12.2002) и РФФИ (грант № 08-04-00830-а). Авторы благодарят филиал лаборатории EMBL

в Гамбурге за предоставленное время работы на источнике синхротронного излучения и лично Александра Попова за помощь в сборе дифракционных данных.

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Тишков В.И., Попов В.О. // Биохимия. 2004. Т. 69. № 11. С. 1537.

2. Vinals С., Depiereux Е., Feytmans Е. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993. V. 192. № 1. P. 182.

3. Bandaria J.N., Dutta S., Hill S.E., Kohen A., Cheatum C.M. // J. Am. Chem. Soc. 2008. V. 130. № 1. P. 22.

4. Castillo R., Oliva M., Marti S., Moliner V. // J. Phys. Chem. B. 2008. V. 112. № 32. P. 10012.

5. Torres R.A., Schitt B., Bruice T.C. // J. Am. Chem. Soc. 1999. V. 121. № 36. P. 8164.

6. Dauter Z., Lamzin V.S., Wilson K.S. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1997. V. 7. № 5. P. 681.

7. Rubach J.K., Plapp B.V. // Biochemistry. 2003. V. 42. № 10. P. 2907.

8. Meijers R., Morris R.J., Adolph H.W., Merli A., Lamzin V.S., et al. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. № 12. P. 9316.

9. Meijers R., Adolph H.W., Dauter Z., Wilson K.S., Lamzin V.S., et al. // Biochemistry. 2007. V. 46. № 18. P. 5446.

10. Schlieben N.H., Niefind K., Muller J., Riebel B., Hummel W., et al. // J. Mol. Biol. 2005. V. 349. № 4. P. 801.

11. Cameron A., Read J., Tranter R., Winter V.J., Sessions R.B., et al. // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. № 30. P. 31429.

12. Lamzin V.S., Dauter Z., Popov V.O., Harutyunyan E.H., Wilson K.S. // J. Mol. Biol. 1994. V. 236. № 3. P. 759.

13. Schirwitz K., Schmidt A., Lamzin V.S. // Protein Sci. 2007. V.16. № 6. P. 1146.

14. Shabalin I.G., Filippova E.V., Polyakov K.M., Sadykhov E.G., Safonova T.N., et al. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2009. V. 65. № 12. P. 1315.

15. Otwinowski Z., Minor W. // Methods in enzymology. 1997. V. 276. P. 307.

16. Murshudov G.N., Vagin A.A., Dodson E.J. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1997. V. 53. № 3. P. 240.

17. Emsley P., Cowtan K. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2004. V. 60. № 12. P. 2126.

18. Laskowski R.A., MacArthur M.W., Moss D.S., Thornton J.M. // J. Appl. Cryst. 1993. V. 26. № 2. P. 283.

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

19. Vaguine A.A., Richelle J., Wodak S.J. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 1999. V. 55. № 1. P. 191.

20. Blanchard J.S., Cleland W.W. // Biochemistry. 1980. V. 19. № 15. P. 3543.

21. Rotberg N.S., Cleland W.W. // Biochemistry. 1991. V. 30. № 16. P. 4068.

22. Popov V.O., Lamzin V.S. // Biochem. J. 1994. V. 301. № 3. P. 625.

23. Kahn K., Bruice T.C. // J. Am. Chem. Soc. 2001. V. 123. № 48. P. 11960.

24. Engh R.A., Huber R. // Acta Crystallogr. A Found. Crystallogr. 1991. V. 47. № 4. P. 392.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.