CC BY
4
ОБЗОРЫ
УДК 577.21
Посттранскрипционная регуляция экспрессии генов через непродуктивный сплайсинг
Л. Г. Завилейский1,2, Д. Д. Первушин2*
'Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва, 119192 Россия
2Сколковский институт науки и технологий, Москва, 121205 Россия
*E-mail: d.pervouchine@skoltech.ru
Поступила в редакцию 03.12.2023
Принята к печати 01.03.2024
DOI: 10.32607/actanaturae.27337
РЕФЕРАТ Непродуктивный сплайсинг - это посттранскрипционный механизм контроля экспрессии генов эукариот, при котором в результате регулируемого альтернативного сплайсинга в белоккодирую-щих транскриптах возникают преждевременные стоп-кодоны, что приводит к их деградации по пути нонсенс-опосредованного распада. Этот механизм особенно характерен для генов РНК-связывающих белков, которые контролируют уровни экспрессии друг друга и других генов с помощью множественных авто- и кросс-регуляторных каскадов. Нарушения непродуктивного сплайсинга приводят к развитию различных заболеваний, в том числе опухолей, и потенциально могут служить терапевтическими мишенями. В данном обзоре обсуждаются типы событий непродуктивного сплайсинга, механизмы авто-и кросс-регуляции, избегание нонсенс-опосредованного распада и проблемы идентификации непродуктивных изоформ. Приведены примеры нарушений непродуктивного сплайсинга при заболеваниях и терапевтические стратегии для их коррекции с помощью антисмысловых олигонуклеотидов и малых молекул.
КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА непродуктивный сплайсинг, нонсенс-опосредованный распад, сплайсинг, регуляция, антисмысловые олигонуклеотиды.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ NMD - нонсенс-опосредованный распад (Nonsense Mediated Decay); PTC - преждевременный стоп-кодон (premature termination codon); ЭЭС - экзон-экзонное соединение; АС - альтернативный сплайсинг; РСБ - РНК-связывающий белок; НТО - нетранслируемая область; SSO -переключающий сплайсинг антисмысловой олигонуклеотид (splice-switching antisense oligonucleotide).
ВВЕДЕНИЕ
Экспрессия генов эукариот контролируется большим числом факторов, которые поддерживают баланс между синтезом и деградацией мРНК [1, 2]. Появление нонсенс-мутаций и сдвигающих рамку считывания ошибок сплайсинга приводит к возникновению изоформ мРНК, содержащих преждевременные стоп-кодоны (premature termination codons, PTC). У эукариот существует система селективной деградации таких транскриптов, называемая нонсенс-опосредованным распадом (NMD) [3].
То, каким образом система NMD распознает PTC и отличает их от нормальных, долгое время оставалось неизвестным [4]. Современная модель предполагает, что распознавание PTC происходит в цитоплазме с участием белков, связанных с экзон-экзонными соединениями (ЭЭС), которые депонируются на пре-
мРНК в процессе сплайсинга [5, 6]. Во время первого раунда трансляции белки ЭЭС, находящиеся внутри рамки считывания, вытесняются с пре-мРНК рибосомой (рис. 1А) [7-9]. Поскольку нормальный сайт терминации трансляции обычно находится в последнем экзоне [10], оставшиеся связанными с пре-мРНК белки ЭЭС, находящиеся за пределами рамки считывания, служат сигналом о том, что появился PTC (рис. 1Б). Наличие ЭЭС в 50-55 нуклеотидах или далее в направлении З'-конца от стоп-кодона запускает каскад деградации транскрипта, центральную роль в котором играет белок UPF1, фосфорилированная форма которого привлекает эндонуклеазу SMG6 и другие факторы, вызывающие деаденилирование и удаление 5'-кепа у пре-мРНК, что, в свою очередь, запускает деградацию транскрипта клеточными эк-зонуклеазами [9, 11-13]. Есть и другие модели, в ко-
торых преждевременность стоп-кодона определяется расстоянием от него до поли(А)-хвоста, а также модели, в которых PTC вызывает деградацию мРНК независимо от белков ЭЭС [14-18]. Существование ЭЭС-независимого механизма NMD объясняет наличие большого количества мишеней NMD в дрожжах, несмотря на почти полное отсутствие у них сплайсинга [19, 20].
Ранее считалось, что основная функция NMD состоит в предотвращении трансляции усеченных и поэтому вредоносных белков [21]. Однако в последнее время появляется все больше свидетельств того, что NMD повсеместно используется для регуляции уровня экспрессии генов [22, 23]. Например, многие РНК-связывающие белки (РСБ) используют NMD для подавления собственной экспрессии через петлю отрицательной обратной связи, при которой белковый продукт гена связывается с кодирующей его мРНК и индуцирует в ней альтернативный сплайсинг (АС), приводящий к появлению PTC [24, 25]. Аналогичным образом может происходить кросс-регуляция, причем в большинстве известных случаев факторы сплайсинга регулируют таким способом экспрессию друг друга [26, 27]. Механизм, при котором альтернативный сплайсинг и NMD посттранскрипционно регулируют уровни экспрессии генов, встречается у всех известных эукари-от и часто является эволюционно консервативным [26, 28] и называется регулируемым непродуктивным сплайсингом (regulated unproductive splicing and translation, RUST), или просто непродуктивным сплайсингом [22, 29].
ВИДЫ НЕПРОДУКТИВНОГО СПЛАЙСИНГА
Для регулируемой деградации транскриптов через NMD необходим альтернативный сплайсинг, при котором из пре-мРНК образуются несколько изоформ зрелой мРНК. Из многообразия событий АС обычно выделяют несколько основных типов, таких, как пропуск кассетного экзона, использование альтернативного 5'- или З'-сплайс-сайта, удержание интрона, выбор одного из нескольких взаимоисключающих экзонов, однако существуют и более сложные типы событий АС [30, 31].
АС может приводить к появлению PTC в транскрипте несколькими способами. Наиболее изучены так называемые ядовитые (poison) экзоны, которые в кодирующей изоформе пропускаются, а при включении в транскрипт приводят к образованию PTC (рис. 2А) [29, 32, 33]. Ядовитые экзоны могут содержать стоп-кодон как в составе самого экзона, так и индуцировать PTC в экзонах, расположенных за ними в направлении 3'-конца, за счет сдвига рамки считывания (рис. 2Б). Обратным является слу-
• •
л ^
Б
Рис. 1. ЭЭС-зависимый механизм нонсенс-опосредованного распада. Л - комплексы ЭЭС (оранжевые круги) вытесняются с мРНК рибосомой во время первого раунда трансляции. Б - оставшиеся связанными с мРНК комплексы ЭЭС за пределами рамки считывания служат сигналом о том, что появился PTC
Л
Д
Ж
Рис. 2. Типы непродуктивного сплайсинга. Белок-кодирующие изоформы обозначены синим цветом. Непродуктивные изоформы обозначены красным цветом. PTC обозначены вертикальными красными линиями. Л - ядовитый экзон с PTC. Б - ядовитый эк-зон, вызывающий PTC посредством сдвига рамки. В -необходимый экзон, вызывающий PTC посредством сдвига рамки. Г - необходимый экзон, вызывающий PTC на ЭЭС. Д - альтернативный 5'-сайт сплайсинга, вызывающий PTC за счет удержания интрона. Е -альтернативный 5'-сайт сплайсинга, вызывающий PTC посредством сдвига рамки. Ж - пара взаимоисключающих экзонов
Б
В
Е
чай так называемого необходимого (essential) экзо-на, который в кодирующей изоформе включается и вызывает появление PTC при пропуске (рис. 2В) [24]. Следует отметить, что необходимые экзоны обычно имеют длину, не кратную трем, и вызывают сдвиг рамки считывания, приводящий к образованию PTC в следующих за ними экзонах. Однако длина некоторых необходимых экзонов кратна трем, а PTC образуется на ЭЭС, возникающем на месте их пропуска (рис. 2Г). Активация альтернативных 5'- или З'-сплайс-сайтов также может приводить к образованию PTC как за счет сдвига рамки считывания, так и за счет образования новых ЭЭС (рис. 2Д,Е). Пары взаимоисключающих экзо-нов могут приводить к сдвигу рамки считывания если оба экзона включаются одновременно, или оба пропускаются одновременно (рис. 2Ж). Таким образом, PTC может возникать в результате включения стоп-кодона в транскрипт как на месте самого события АС, так и в экзонах, следующих за ним в направлении 3'-конца.
Отдельный интерес представляют события сплайсинга в 3'-нетранслируемых областях (3'-НТО) генов. Стоп-кодон, предшествующий 3'-НТО, не является преждевременным, но если на расстоянии 50 ну-клеотидов или более от него в направлении 3'-кон-ца имеется интрон, то вырезание такого интрона автоматически создает NMD-мишень. Например, экспрессия AU-богатого РНК-связывающего фактора AUF1 регулируется консервативными альтернативно сплайсируемыми элементами в 3'-НТО [34]. З'-НТО транскриптов, экспрессия которых повышается при инактивации системы NMD, имеют в среднем большую медианную длину и обогащены интронами [35]. При этом большинство мРНК, кодирующих факторы NMD, сами имеют длинные 3'-НТО и служат мишенями NMD, что указывает на то, что их экспрессия является саморегулируемой [35, 36]. Активность сплайсинга в З'-НТО широко распространена в онкогенах, значительно повышена в опухолях и коррелирует с плохим прогнозом [37, 38]. Таким образом, непродуктивный сплайсинг не ограничивается преждевременной терминацией трансляции внутри кодирующей области и обладает значительным регуляторным потенциалом в 3'-НТО.
АННОТАЦИЯ СОБЫТИЙ НЕПРОДУКТИВНОГО СПЛАЙСИНГА
Современные базы данных содержат курируемые вручную или полученные в результате автоматической аннотации списки транскриптов, являющихся NMD-мишенями. Также существуют инструменты для систематической классификации событий АС, приводящих к образованию мишеней NMD [39].
В базах данных ENSEMBL и GENCODE, мишени NMD аннотируются по так называемому 50-ну-клеотидному правилу. Действительно, наличие ЭЭС на расстоянии более 50 нуклеотидов после стоп-кодона обладает наибольшей предсказательной силой среди признаков NMD-транскриптов [40, 41]. Тем не менее значительная часть транс-криптов, отвечающих на инактивацию NMD, не подходит под это правило [40, 42], а некоторые гены, экспрессия которых зависит от NMD, аннотированы как некодирующие. Согласно данным, полученным в экспериментах по инактивации факторов NMD, наличие коротких открытых рамок считывания в 5'-области (upstream open reading frames, uORF) может быть вторым по важности признаком, определяющим чувствительность транскрипта к NMD [40].
Неполнота существующей аннотации NMD-транскриптов объясняется тем, что уровень их экспрессии очень мал, поэтому они не попадают в базы данных. Секвенирование РНК длинными чтениями показало, что многие субстраты NMD очень нестабильны, а заметный уровень их экспрессии появляется только при ингибировании NMD [43]. Существует экспериментальный подход к идентификации низко экспрессируемых NMD-транскриптов, который основан на секвенировании фракции РНК, обогащенной комплексами ЭЭС [44]. Эта фракция содержит частично сплайсированную, но еще не транслированную РНК. С помощью этого метода обнаружено большое число неаннотиро-ванных ранее консервативных ЭЭС, причем 70% экзонов, которые поддерживаются этими данными, не кратны трем, а среди оставшихся многие содержат стоп-кодоны [44].
Неаннотированные события непродуктивного сплайсинга можно обнаружить, опираясь на эволюционный консерватизм нуклеотидных последовательностей интронов. Например, ген BRD3 содержит консервативный интронный участок, который представляет собой криптический ядовитый экзон, причем его экспрессия в тканях человека подтверждается транскриптомными данными [44]. Примечательно то, что его паралог, BRD2, также содержит ядовитый экзон, но в негомологичном ин-троне, причем оба ядовитых экзона окружены и регулируются консервативными структурами РНК [44].
АВТО- И КРОСС-РЕГУЛЯТОРНЫЙ НЕПРОДУКТИВНЫЙ СПЛАЙСИНГ
Стимулом к запуску авторегуляторного непродуктивного сплайсинга часто является накопление белкового продукта гена. Например, белок RBM10
связывается с собственной пре-мРНК и индуцирует пропуск двух необходимых экзонов, что приводит к смещению баланса сплайс-изоформ в сторону образования мишеней NMD, и уровень экспрессии RBM10 снижается [45]. По этому принципу регулируется экспрессия многих генов, задействованных в сплайсинге, например членов семейства серин-аргинин-богатых (SR) белков [46-50], CLK [51, 52], TIAL1 [53], PTB [54, 55], hnRNPD [56], а также некоторых рибосомных белков [57, 58].
При кросс-регуляторном непродуктивном сплайсинге один белок связывается с пре-мРНК другого и способствует образованию или подавлению NMD-изоформ. Такая форма регуляции также распространена среди РСБ из семейства SR [59]. Например, белок SRSF3 наряду с авторегулятор-ным включением ядовитых экзонов в собственную пре-мРНК вызывает включение ядовитых экзо-нов в транскрипты своих паралогов SRSF2, SRSF5 и SRSF7 [48]. Помимо SR-белков таким же образом регулируются и другие пары паралогов, такие, как PTBP1/PTBP2 [60], RBM10/RBM5 [45], RBFOX2/ RBFOX3 [61], hnRNPD/hnRNPDL [56] и hnRNPL/ hnRNPLL [62]. Вообще, кросс-регуляция между па-ралогами - это весьма частое явление для многих РСБ, которое характеризуется быстрой эволюционной динамикой, в частности быстрым возникновением и исчезновением ядовитых экзонов [26].
Кросс-регуляторный непродуктивный сплайсинг имеет важное значение не только для РСБ. Например, он обуславливает тканеспецифическую экспрессию гена MID1, кодирующего ассоциированную с микротрубочками убиквитин-лигазу, дисфункция которой приводит к патологиям эмбрионального развития [27, 63]. Регулируемый непродуктивный сплайсинг важен для многих физиологических процессов, таких, как эмбриональное развитие [64], клеточная дифференцировка [65], ответ на стресс [66-68], патогенез нейродегенератив-ных заболеваний [69, 70] и др.
В регуляции непродуктивного сплайсинга могут участвовать как активаторы, так и репрессоры сплайсинга. Увеличение концентрации репрессора или понижение концентрации активатора включения ядовитого экзона приводят к его пропуску, вследствие чего уровень экспрессии гена-мишени увеличивается (рис. 3A). Аналогично, уменьшение концентрации репрессора или увеличение концентрации активатора включения необходимого экзона подавляют его пропуск, что также приводит к увеличению уровня экспрессии гена-мишени (рис. 3Б). Следует отметить, что некоторые РСБ могут быть как активаторами, так и репрессорами сплайсинга, а выбор между активацией и репрессией зависит
Л Б
Рис. 3. Регуляция непродуктивного сплайсинга. R обозначает репрессор сплайсинга, А - активатор сплайсинга, G - ген-мишень. Цвета экзонов такие же, как на рис. 2. А - увеличение концентрации R или уменьшение концентрации А приводит к пропуску ядовитого экзона, и экспрессия G увеличивается. Б - уменьшение концентрации R или увеличение концентрации А подавляет пропуск необходимого экзона, и экспрессия G также увеличивается
от положения их сайта связывания на мРНК [71]. Например, PTBP1 стимулирует включение ядовитого экзона в гене DCLK2, что приводит к повышению уровня его экспрессии в нейрональных тканях, в которых экспрессия PTBP1 понижена [72]. В то же самое время PTBP1 подавляет включение ядовитого экзона в гене IQGAP1, вследствие чего уровень его экспрессии в мозге снижается.
Многие мишени непродуктивного сплайсинга сами являются РСБ и регулируют уровни включения экзонов в других РСБ, что создает множественные регуляторные петли как с положительными, так и с отрицательными обратными связями. Отрицательные обратные связи обеспечивают механизмы авторегуляции для поддержания гомеостаза, а положительные обратные связи могут создавать бистабильные системы для включения экспрессии [73]. Например, ген Sxl дрозофилы использует оба этих механизма, что приводит к его автоиндукции при малых концентрациях и, одновременно, предотвращает вредоносное перепроизводство белка [74]. Для достижения такой регуляции РСБ могут действовать одновременно как активаторы и репрес-соры сплайсинга, связываясь сразу с несколькими сайтами на пре-мРНК, чем, вероятно, и объясняется высокая эволюционная консервативность нукле-отидных последовательностей вокруг событий непродуктивного сплайсинга [75].
ИЗБЕГАНИЕ NMD
Как было обнаружено, не все PTC, встречающиеся в транскриптах, вызывают NMD. Процесс, называемый избеганием NMD (NMD escape), играет важную роль в патогенезе многих заболеваний [76-78]. Избегание NMD может вызываться сквоз-
ным прочитыванием PTC (readthrough) при трансляции. Частота сквозного прочитывания PTC зависит от типа терминирующих кодонов (UAA, UAG или UGA), а в некоторых популяциях клеток, избегающих NMD, она может достигать 20% [79, 80]. Избегание NMD также может вызываться реини-циацией трансляции [81]. Различие состоит в том, что при сквозном прочитывании образуется полноразмерный белок, а при реинициации трансляции образуются N-концевой усеченный белок и короткий С-концевой пептид.
Интересной особенностью избегания NMD в гене гомеостатического регулятора железа человека (HFE) является координация между NMD и интрон-ным полиаденилированием [82]. Показано, что его мРНК содержит четыре сайта альтернативного по-лиаденилирования, один из которых обеспечивает избегание NMD за счет отрезания фрагмента, содержащего ЭЭС. Альтернативное полиаденилиро-вание может способствовать избеганию NMD, если преждевременная терминация транскрипции отсекает часть нетранслируемой области, содержащую ЭЭС, и PTC превращается в нормальный стоп-кодон (рис. 4). Исследование транскриптомных данных показало, что транскрипты, избегающие NMD с помощью альтернативного полиаденилирования, действительно экспрессируются в тканях человека [83]. Наличие сайта интронного полиаденилирования в гене TAU человека, который связан с болезнью Альцгеймера, также способствует избеганию NMD [84]. Следует отметить, что котранскрипционный сплайсинг может предотвращать преждевременную терминацию транскрипции в сайтах интронного по-лиаденилирования, функциональным результатом которой после трансляции также является образование N-концевого усеченного белка [85].
Эффективность NMD зависит от положения PTC и свойств всего транскрипта в целом. Исследование большой панели опухолевых транскриптомов подтвердило, что каноническая модель ЭЭС является наиболее важным фактором, определяющим эффективность NMD [41]. Длина З'-нетранслируемой области, близость к старт-кодону, расстояние между PTC и нормальным стоп-кодоном, длина экзона, в котором расположен PTC, и многие другие факторы оказывают существенное влияние на эффективность NMD. В том числе структура РНК, которая может изменять эффективные расстояния между ^ис-элементами в транскрипте и сайты связывания белковых факторов, таких, как PABPC1, по-видимому, имеющих эволюционно консервативную функцию по поддержанию правильной терминации трансляции и противодействию активации NMD [86]. Наличие ^ис-регуляторных мотивов многих
Рис. 4. Альтернативное полиаденилирование способствует избеганию NMD, отсекая часть нетранслируе-мой области, содержащую ЭЭС. При этом PTC (вертикальная красная линия) превращается в нормальный стоп-кодон (вертикальная синяя линия)
факторов сплайсинга, таких, как SRSF1, РАВР^, SNRPB2 и АС01, также оказывает влияние на эффективность NMD [41].
NMD зависит от вытеснения белков ЭЭС рибосомой, а значит механизмы контроля трансляции также должны влиять на его активность. Поскольку микроРНК ингибируют трансляцию, они могут способствовать избеганию NMD [87], однако конкретных примеров микроРНК, которые стабилизируют субстраты NMD с помощью этого механизма, в настоящее время не известно. У встречающихся в природе нонсенс-мутантов микроРНК могут, наоборот, подавлять избегание NMD за счет связывания с расширенной 3'-НТО, образующейся за РТС [88]. Интересно также то, что микроРНК могут подавлять активность всего каскада NMD в целом. Например, микроРНК т^-128, уровень экспрессии которой повышается в дифференцирующихся ней-рональных клетках, подавляет экспрессию ПР¥1 и основного компонента комплекса ЭЭС ЫЬЫ51, тем самым ослабляя ответ системы NMD и усиливая экспрессию белков, контролирующих развитие нейронов [89].
ЗАБОЛЕВАНИЯ, СВЯЗАННЫЕ С НЕПРОДУКТИВНЫМ СПЛАЙСИНГОМ И NMD
С работой системы NMD и непродуктивным сплайсингом связаны множество заболеваний (табл. 1). Например, нонсенс-мутации в генах CFTR и Ь,ЕВ.О вызывают муковисцидоз и синдром удлиненного QT-интервала, соответственно, в результате деградации их транскриптов системой NMD [90, 91]. Делеции, вызывающие сдвиг рамки считывания, также вызывают дефицит важных белков. Известным примером является мышечная дистрофия Дюшенна, часто обусловленная делеция-ми в гене DMD, нарушающими рамку считывания [92-94].
Таблица 1. Заболевания, связанные с непродуктивным сплайсингом и NMD
Ген Заболевание Причина, регулятор и терапия Ссылка
SCN1A Синдром Драве и другие эпилепсии Гаплонедостаточность SCN1A из-за мутаций, в том числе в интроне 20, увеличивающих включение ядовитого экзона. SSO для переключения на продуктивную изоформу (в мышиной модели) [95, 96]
SYNGAP1 Аутизм и умственная отсталость Гаплонедостаточность SYNGAP1 из-за мутаций, в том числе в сплайс-сайте. PTBP1/2 способствуют NMD-изоформе. SSO для переключения на продуктивную изоформу (в мышиной модели и органоидах) [96, 97]
HTT Болезнь Хантингтона Экспансия CAG-повторов. Снижение экспрессии HTT за счет увеличения включения ядовитого экзона с помощью SSO или малых молекул перо-рально: бранаплам (NCT05111249), PTC518 (NCT05358717) [98]
DMD Мышечная дистрофия Дюшенна Сдвиг рамки в результате делеции. Этеплирсен, SSO, индуцирующий пропуск экзона 51 для восстановления рамки и экспрессии укороченного, но функционального дистрофина (одобрен FDA) [92, 93]
CFTR Муковисцидоз Нонсенс-мутация в экзоне 23. Увеличение экспрессии CFTR за счет подавления включения экзона с мутацией с помощью SSO [90]
hERG Синдром удлиненного QT-интервала Нонсенс-мутация в предпоследнем экзоне. Увеличение экспрессии hERG за счет удержания последнего интрона с помощью SSO [91]
PCCA Пропионовая ацидемия Мутация в криптическом экзоне. HNRNPA1 в норме подавляет включение ядовитого экзона, но мутация разрушает его сайт связывания и создает энхансер. Увеличение экспрессии PCCA за счет переключения на продуктивную изоформу с помощью SSO [99]
FUS Боковой амиотрофический склероз (ALS) Мутации в сигнале локализации, вызывающие накопление FUS в цитоплазме. В норме FUS подавляет включение необходимого экзона в свою мРНК. Поскольку мутантный FUS локализован в цитоплазме, авторе-гуляторная петля разрушается. SSO на 5'-конец необходимого экзона переключает сплайсинг на непродуктивную изоформу в клеточной линии [100]
SNRPB Церебро-косто-мандибулярный синдром Мутации в ядовитом экзоне увеличивают уровень его включения и снижают экспрессию SNRPB [101]
BRD9 Меланома и другие опухоли Мутантный SF3B1 увеличивает включение ядовитого экзона BRD9 [102]
EZH2 Миелоидный лейкоз Мутантный SRSF2 увеличивает включение ядовитого экзона EZH2 [103]
SRSF1 Опухоли KHDRBS1 переключает сплайсинг SRSF1 на продуктивную изоформу [104]
SRSF3,6,11 Глиобластома Рост уровня METTL3 приводит к включению метки m6A в мРНК SRSF3,6,11 и переключению их сплайсинга на продуктивную изоформу [105]
CYR61 Рак груди Гипоксия [106]
LDHA Рак груди Гипоксия [107]
Мутации в сплайс-сайтах могут вызывать переключение альтернативного сплайсинга на непродуктивную изоформу. Так происходит в гене SYNGAP1, непродуктивный сплайсинг которого регулируется РТВР1/2, что обеспечивает его тка-неспецифичную экспрессию. В результате активации альтернативного З'-сплайс-сайта возникает NMD-изоформа, уровень экспрессии гена падает, что приводит к развитию аутизма и умственной отсталости [96, 97].
Однако не только мутации в кодирующей области и сплайс-сайтах способны создавать мишени
NMD. К патологическим изменениям могут приводить мутации в интронах и некодирующих экзо-нах, причем механизм этих изменений не всегда очевиден. Например, мутации в интроне 20 гена SCN1A увеличивают степень включения ядовитого экзона, что является причиной синдрома Драве [95, 96]. Мутации в ядовитом экзоне гена SNRPB вызывают церебро-косто-мандибулярный синдром [101]. Предположительно, они создают или разрушают сайт связывания РСБ, активирующего или подавляющего включение ядовитого экзона, но какие именно факторы регулируют эти процессы в на-
стоящее время неизвестно. Мутация в криптиче-ском ядовитом экзоне гена PCCA, вызывающая пропионовую ацидемию, - редкий случай, когда известен механизм дерегуляции непродуктивного сплайсинга [99]. Эта мутация находится в сайте связывания фактора HNRNPA, который в норме подавляет включение ядовитого экзона, но мутация разрушает этот сайт и одновременно создает энхансер сплайсинга, в результате чего экспрессия PCCA снижается [99].
Наряду с мутациями вблизи событий непродуктивного сплайсинга к заболеваниям также может приводить неправильная работа РСБ. Точечная мутация в факторе сплайсинга SRSF2, наблюдаемая с высокой частотой у пациентов с острым миелоид-ным лейкозом [103, 108], вызывает включение ядовитого экзона в транскрипты метилазы гистонов EZH2, что ведет к снижению уровня ее экспрессии и, как следствие, к развитию подавляемых ею мие-лоидных новообразований [103]. Мутации в факторе сплайсинга SF3B1, часто наблюдаемые при ми-елодиспластических синдромах [109], увеличивают уровень включения ядовитого экзона в гене BRD9, в результате чего его экспрессия падает, что приводит к ускоренному росту и метастазирова-нию меланом [102]. Метилирование транскриптов SRSF3, SRSF6 и SRSF11 в результате повышенной экспрессии метилтрансферазы METTL3, часто наблюдаемой в глиобластомах, приводит к пропуску ядовитых экзонов и увеличивает уровни экспрессии этих генов [105]. Примечательно, что подавление экспрессии METTL3 в клеточных линиях глиобластомы приводит к снижению пролиферации и миграции клеток отчасти за счет изменения сплайсинга таких мишеней SR-белков, как BCL-X и NCOR2 [105].
В некоторых случаях патологические изменения непродуктивного сплайсинга индуцируются состоянием ткани, хотя конкретный регулятор сплайсинга неизвестен. Так, например, гипоксия, характерная для многих солидных опухолей, приводит к вырезанию интрона 3 из пре-мРНК индуктора ангиогенеза CYR61 - белка, который способствует пролиферации и миграции клеток [110-112]. В физиологических условиях интрон 3 удерживается, что ведет к образованию транскрипта, чувствительного к NMD, но при гипоксии регуляция через непродуктивный сплайсинг нарушается и экспрессия CYR61 увеличивается, способствуя васкуляризации опухоли [106]. Гипоксия также способствует снижению экспрессии альтернативной изоформы гена LDHA за счет непродуктивного сплайсинга, однако физиологический эффект этого снижения пока не вполне ясен [107].
МОДУЛЯЦИЯ НЕПРОДУКТИВНОГО СПЛАЙСИНГА
Модуляция непродуктивного сплайсинга - многообещающая стратегия терапии многих заболеваний. Изменять сплайсинг позволяют переключающие сплайсинг антисмысловые олигонуклеотиды (splice-swithcing antisense oligonucleotides, SSO) [113]. Комплементарно связываясь с последовательностью пре-мРНК, SSO блокируют сайты сплайсинга и/или сайты связывания РСБ, тем самым способствуя выбору нужного события альтернативного сплайсинга
[113].
SSO для изменения непродуктивного сплайсинга можно разделить на три группы: SSO для увеличения экспрессии полноразмерного белка (индукция пропуска ядовитых экзонов), SSO для сохранения экспрессии укороченного белка, когда экспрессия полноразмерного белка невозможна (индукция пропуска части экзонов или удержания интронов) и SSO для снижения экспрессии (индукция включения ядовитых экзонов).
SSO первой группы могут использоваться для лечения заболеваний, вызванных дефицитом функционального белка, например из-за мутаций в генах SYNGAP1, SCN1A, PCCA и SNRPB [95-97, 99, 101]. SSO второй группы необходимы, если в результате нонсенс-мутации или делеции со сдвигом рамки считывания возникает PTC. Они позволяют избежать деградации транскрипта и сохранить экспрессию укороченного белкового продукта. Технически SSO второй группы могут индуцировать пропуск экзона с нонсенс-мутацией (как в гене PCCA) или удержание интрона в направлении З'-конца от PTC (как в гене hERG). Пропуск кодирующих экзонов может быть полезным в случае делеции со сдвигом рамки считывания для того, чтобы восстановить рамку (как в гене DMD). Уже одобрен ряд действующих таким образом препаратов для лечения мышечной дистрофии Дюшенна [94]. SSO третьей группы можно использовать, если необходимо подавить накопление белка. Например, мутации в гене FUS, разрушающие сигнал его ядерной локализации и вызывающие экспорт в цитоплазму, ассоциированы с боковым амиотрофическим склерозом [114, 115]. Поскольку для подавления экспрессии FUS через непродуктивный сплайсинг его белковый продукт должен находиться в ядре, экспорт мутантного белка из ядра разрушает петлю авторегуляции, что усугубляет его накопление в цитоплазме и способствует образованию агрегатов, обладающих ци-тотоксическим эффектом [100, 116-118].
Несмотря на все положительные стороны SSO, их доставка к целевым органам и тканям встречается со множеством трудностей. Необходимость разра-
ботки системы доставки и использование повышенных доз препарата, чтобы достичь его необходимой концентрации, приводят к росту цены и увеличению риска побочных эффектов [119]. Альтернативой являются малые молекулы - модуляторы сплайсинга, обладающие большей биодоступностью, чем SSO.
Известно достаточно много низкомолекулярных соединений, которые связываются с факторами сплайсинга, изменяя сплайсинг многих генов одновременно [119]. Также на сегодняшний день найдено несколько молекул, специфично связывающихся с конкретными РНК [98, 119-122]. Среди них наиболее изучен рисдиплам, который модулирует сплайсинг гена SMN2 и может быть использован для лечения спинальной мышечной атрофии [121]. Бранаплам, сходный по структуре и механизму действия с рисдипламом, способствует включению криптического ядовитого экзона в гене HTT, что снижает его экспрессию и замедляет прогрес-сирование болезни Хантингтона [122]. Аналогичным эффектом обладает молекула PTC518, которая сейчас находится во второй фазе клинических исследований [120].
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В результате взаимодействия между альтернативным сплайсингом и NMD возник эволюционно-консервативный механизм посттранскрипционной регуляции генной экспрессии, называемый непродуктивным сплайсингом. Непродуктивный сплайсинг сложнейшим образом поддерживает баланс уровней экспрессии генов через авто- и кросс-регуляторные петли, содержащие как положительные, так и отрицательные обратные связи. Он тесно связан с множеством других клеточных процессов, таких, как ин-тронное полиаденилирование, регуляция трансляции и взаимодействие с микроРНК. Нарушения в регуляции непродуктивного сплайсинга являются причиной многих заболеваний, многообещающую стратегию лечения которых предлагают переключающие сплайсинг антисмысловые олигонуклеотиды. •
Авторы выражают благодарность Д.А. Скворцову за критические замечания.
Данная работа выполнена при поддержке гранта Российского научного фонда (№ 22-14-00330).
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Borbolis F., Syntichaki P. // Mech. Ageing Dev. 2015. V. 152. P. 32-42.
2. Dassi E. // Front. Mol. Biosci. 2017. V. 4. P. 67.
3. Lykke-Andersen S., Jensen T.H. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2015. V. 16. № 11. P. 665-677.
4. He F., Peltz S.W., Donahue J.L., Rosbash M., Jacobson A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. № 15. P. 7034-7038.
5. Le Hir H., Gatfield D., Izaurralde E., Moore M.J. // EMBO J. 2001. V. 20. № 17. P. 4987-4997.
6. Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. // EMBO J. 2000. V. 19. № 24. P. 6860-6869.
7. Nagy E., Maquat L.E. // Trends Biochem. Sci. 1998. V. 23. № 6. P. 198-199.
8. Karousis E.D., Nasif S., Mühlemann O. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2016. V. 7. № 5. P. 661-682.
9. Popp M.W., Maquat L.E. // Cell. 2016. V. 165. № 6. P. 13191322.
10. Kurosaki T., Popp M.W., Maquat L.E. // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2019. V. 20. № 6. P. 384.
11. Isken O., Maquat L.E. // Genes Dev. 2007. V. 21. № 15. P. 1833-1856.
12. Loh B., Jonas S., Izaurralde E. // Genes Dev. 2013. V. 27. № 19. P. 2125-2138.
13. Unterholzner L., Izaurralde E. // Mol. Cell. 2004. V. 16. № 4. P. 587-596.
14. Fang Y., Bateman J.F., Mercer J.F., Lamande S.R. // J. Cell Sci. 2013. V. 126. Pt 12. P. 2551-2560.
15. Kurosaki T., Maquat L.E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2013. V. 110. № 9. P. 3357-3362.
16. Hogg J.R., Goff S.P. // Cell. 2010. V. 143. № 3. P. 379-389.
17. Hurt J.A., Robertson A.D., Burge C.B. // Genome Res. 2013. V. 23. № 10. P. 1636-1650.
18. Singh G., Rebbapragada I., Lykke-Andersen J. // PLoS Biol. 2008. V. 6. № 4. P. e111.
19. Lopez P.J., Séraphin B. // RNA. 1999. V. 5. № 9. P. 11351137.
20. Malabat C., Feuerbach F., Ma L., Saveanu C., Jacquier A. // Elife. 2015. V. 4. P. e06722.
21. Maquat L.E. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004. V. 5. № 2. P. 89-99.
22. Lewis B.P., Green R.E., Brenner S.E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. № 1. P. 189-192.
23. Lareau L.F., Brooks A.N., Soergel D.A., Meng Q., Brenner S.E. // Adv. Exp. Med. Biol. 2007. V. 623. P. 190-211.
24. Pervouchine D., Popov Y., Berry A., Borsari B., Frankish A., Guigó R. // Nucl. Acids Res. 2019. V. 47. № 10. P. 52935306.
25. Nasif S., Contu L., Mühlemann O. // Semin. Cell Dev. Biol. 2018. V. 75. P. 78-87.
26. Lareau L.F., Brenner S.E. // Mol. Biol. Evol. 2015. V. 32. № 4. P. 1072-1079.
27. García-Moreno J.F., Romao L. // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21. № 24. P. 9424.
28. Kalyna M., Simpson C.G., Syed N.H., Lewandowska D., Marquez Y., Kusenda B., Marshall J., Fuller J., Cardle L., McNicol J., et al. // Nucl. Acids Res. 2012. V. 40. № 6. P. 2454-2469.
29. Lareau L.F., Inada M., Green R.E., Wengrod J.C., Brenner S.E. // Nature. 2007. V. 446. № 7138. P. 926-929.
30. Wang Y., Liu J., Huang B.O., Xu Y.M., Li J., Huang L.F., Lin J., Zhang J., Min Q.H., Yang W.M., Wang X.Z. // Biomed. Rep. 2015. V. 3. № 2. P. 152-158.
31. Nilsen T.W., Graveley B.R. // Nature. 2010. V. 463. № 7280. P. 457-463.
32. Carvill G.L., Mefford H.C. // Curr. Opin. Genet. Dev. 2020. V. 65. P. 98-102.
33. Leclair N.K., Anczuków O. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2022. V. 23. № 12. P. 777.
34. Wilson G.M., Sun Y., Sellers J., Lu H., Penkar N., Dillard
G., Brewer G. // Mol. Cell Biol. 1999. V. 19. № 6. P. 4056-4064.
35. Yepiskoposyan H., Aeschimann F., Nilsson D., Okoniewski M., Mühlemann O. // RNA. 2011. V. 17. № 12. P. 2108-2118.
36. Huang L., Lou C.H., Chan W., Shum E.Y., Shao A., Stone E., Karam R., Song H.W., Wilkinson M.F. // Mol. Cell. 2011. V. 43. № 6. P. 950-961.
37. Chan J.J., Zhang B., Chew X.H., Salhi A., Kwok Z.H., Lim C.Y., Desi N., Subramaniam N., Siemens A., Kinanti T., et al. // Nat. Cell Biol. 2022. V. 24. № 6. P. 928-939.
38. Guo T., You K., Chen X., Sun Y., Wu Y., Wu P., Jiang Y. // Cell Death Discov. 2022. V. 8. № 1. P. 320.
39. Hsu M.K., Lin H.Y., Chen F.C. // PLoS One. 2017. V. 12. № 4. P. e0174798.
40. Colombo M., Karousis E.D., Bourquin J., Bruggmann R., Mühlemann O. // RNA. 2017. V. 23. № 2. P. 189-201.
41. Lindeboom R.G., Supek F., Lehner B. // Nat. Genet. 2016. V. 48. № 10. P. 1112-1118.
42. Tani H., Imamachi N., Salam K.A., Mizutani R., Ijiri K., Irie T., Yada T., Suzuki Y., Akimitsu N. // RNA Biol. 2012. V. 9. № 11. P. 1370-1379.
43. Karousis E.D., Gypas F., Zavolan M., Mühlemann O. // Genome Biol. 2021. V. 22. № 1. P. 223.
44. Kovalak C., Donovan S., Bicknell A.A., Metkar M., Moore M.J. // Genome Biol. 2021. V. 22. № 1. P. 132.
45. Sun Y., Bao Y., Han W., Song F., Shen X., Zhao J., Zuo J., Saffen D., Chen W., Wang Z., et al. // Nucl. Acids Res. 2017. V. 45. № 14. P. 8524-8540.
46. Änkö M.L., Morales L., Henry I., Beyer A., Neugebauer K.M. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. V. 17. № 8. P. 962-970.
47. Sureau A., Gattoni R., Dooghe Y., Stevenin J., Soret J. // EMBO J. 2001. V. 20. № 7. P. 1785-1796.
48. Änkö M.L., Müller-McNicoll M., Brandl H., Curk T., Gorup C., Henry I., Ule J., Neugebauer K.M. // Genome Biol. 2012. V. 13. № 3. P. R17.
49. Sun S., Zhang Z., Sinha R., Karni R., Krainer A.R. // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. V. 17. № 3. P. 306-312.
50. Stoilov P., Daoud R., Nayler O., Stamm S. // Hum. Mol. Genet. 2004. V. 13. № 5. P. 509-524.
51. Hillman R.T., Green R.E., Brenner S.E. // Genome Biol. 2004. V. 5. № 2. P. R8.
52. Duncan P.I., Stojdl D.F., Marius R.M., Bell J.C. // Mol. Cell. Biol. 1997. V. 17. № 10. P. 5996-6001.
53. Le Guiner C., Gesnel M.C., Breathnach R. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. № 12. P. 10465-10476.
54. Wollerton M.C., Gooding C., Wagner E.J., Garcia-Blanco M.A., Smith C.W. // Mol. Cell. 2004. V. 13. № 1. P. 91-100.
55. Rahman L., Bliskovski V., Reinhold W., Zajac-Kaye M. // Genomics. 2002. V. 80. № 3. P. 245-249.
56. Kemmerer K., Fischer S., Weigand J.E. // RNA. 2018. V. 24. № 3. P. 324-331.
57. Takei S., Togo-Ohno M., Suzuki Y., Kuroyanagi H. // Nucl. Acids Res. 2016. V. 44. № 12. P. 5585-5596.
58. Cuccurese M., Russo G., Russo A., Pietropaolo C. // Nucl. Acids Res. 2005. V. 33. № 18. P. 5965-5977.
59. Leclair N.K., Brugiolo M., Urbanski L., Lawson S.C., Thakar K., Yurieva M., George J., Hinson J.T., Cheng A., Graveley B.R., Anczukow O. // Mol. Cell. 2020. V. 80. № 4. P. 648-665.
60. Spellman R., Llorian M., Smith C.W. // Mol. Cell. 2007. V. 27. № 3. P. 420-434.
61. Jangi M., Boutz P.L., Paul P., Sharp P.A. // Genes Dev. 2014. V. 28. № 6. P. 637-651.
62. Rossbach O., Hung L.H., Schreiner S., Grishina I., Heiner M., Hui J., Bindereif A. // Mol. Cell. Biol. 2009. V. 29. № 6.
P. 1442-1451.
63. Winter J., Lehmann T., Krauss S., Trockenbacher A., Kijas Z., Foerster J., Suckow V., Yaspo M.L., Kulozik A., Kalscheuer V., et al. // Hum. Genet. 2004. V. 114. № 6. P. 541-552.
64. McIlwain D.R., Pan Q., Reilly P.T., Elia A.J., McCracken S., Wakeham A.C., Itie-Youten A., Blencowe B.J., Mak T.W. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010. V. 107. № 27. P. 12186-12191.
65. Wong J.J., Ritchie W., Ebner O.A., Selbach M., Wong J.W., Huang Y., Gao D., Pinello N., Gonzalez M., Baidya K., et al. // Cell. 2013. V. 154. № 3. P. 583-595.
66. Karam R., Lou C.H., Kroeger H., Huang L., Lin J.H., Wilkinson M.F. // EMBO Rep. 2015. V. 16. № 5. P. 599-609.
67. Li Z., Vuong J.K., Zhang M., Stork C., Zheng S. // RNA. 2017. V. 23. № 3. P. 378-394.
68. Gardner L.B. // Mol. Cell. Biol. 2008. V. 28. № 11. P. 37293741.
69. Qiu H., Lee S., Shang Y., Wang W.Y., Au K.F., Kamiya S., Barmada S.J., Finkbeiner S., Lui H., Carlton C.E., et al. // J. Clin. Invest. 2014. V. 124. № 3. P. 981-999.
70. Polymenidou M., Lagier-Tourenne C., Hutt K.R., Huelga S.C., Moran J., Liang T.Y., Ling S.C., Sun E., Wancewicz E., Mazur C., et al. // Nat. Neurosci. 2011. V. 14. № 4. P. 459-468.
71. Hamid F.M., Makeyev E.V. // Nucl. Acids Res. 2017. V. 45. № 21. P. 12455-12468.
72. Mironov A., Petrova M., Margasyuk S., Vlasenok M., Mironov A.A., Skvortsov D., Pervouchine D.D. // Nucl. Acids Res. 2023. V. 51. № 7. P. 3055-3066.
73. Müller-McNicoll M., Rossbach O., Hui J., Medenbach J. // J. Mol. Cell. Biol. 2019. V. 11. № 10. P. 930-939.
74. Moschall R., Gaik M., Medenbach J. // FEBS Lett. 2017. V. 591. № 11. P. 1471-1488.
75. Ni J.Z., Grate L., Donohue J.P., Preston C., Nobida N., O'Brien G., Shiue L., Clark T.A., Blume J.E., Ares M. // Genes Dev. 2007. V. 21. № 6. P. 708-718.
76. Litchfield K., Reading J.L., Lim E.L., Xu H., Liu P., Al-Bakir M., Wong Y.N.S., Rowan A., Funt S.A., Merghoub T., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 3800.
77. Dyle M.C., Kolakada D., Cortazar M.A., Jagannathan S. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2020. V. 11. № 1. P. e1560.
78. Cheng M.M., Cao Y.Y. // Yi Chuan. 2020. V. 42. № 4. P. 354-362.
79. Bidou L., Hatin I., Perez N., Allamand V., Panthier J.J., Rousset J.P. // Gene Ther. 2004. V. 11. № 7. P. 619-627.
80. Tate W.P., Poole E.S., Mannering S.A. // Prog. Nucl. Acid. Res. Mol. Biol. 1996. V. 52. P. 293-335.
81. Zhang J., Maquat L.E. // EMBO J. 1997. V. 16. № 4. P. 826-833.
82. Martins R., Proenca D., Silva B., Barbosa C., Silva A.L., Faustino P., Romäo L. // PLoS One. 2012. V. 7. № 4. P. e35461.
83. Gilat R., Shweiki D. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007. V. 353. № 2. P. 487-492.
84. Ngian Z.K., Tan Y.Y., Choo C.T., Lin W.Q., Leow C.Y., Mah S.J., Lai M.K., Chen C.L., Ong C.T. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2022. V. 119. № 37. P. e2204179119.
85. Vlasenok M., Margasyuk S., Pervouchine D. // Nucl. Acids Res. Genom. Bioinform. 2023. V. 5. № 2. P. lqad051.
86. Eberle A.B., Stalder L., Mathys H., Orozco R.Z., Mühlemann O. // PLoS Biol. 2008. V. 6. № 4. P. e92.
87. Choe J., Cho H., Lee H.C., Kim Y.K. // EMBO Rep. 2010. V. 11. № 5. P. 380-386.
88. Zhao Y., Lin J., Xu B., Hu S., Zhang X., Wu L. // Elife. 2014. V. 3. P. e03032.
89. Bruno I.G., Karam R., Huang L., Bhardwaj A., Lou C.H., Shum E.Y., Song H.W., Corbett M.A., Gifford W.D., Gecz J., et al. // Mol. Cell. 2011. V. 42. № 4. P. 500-510.
90. Kim Y.J., Sivetz N., Layne J., Voss D.M., Yang L., Zhang Q., Krainer A.R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2022. V. 119. № 3. e2114858118.
91. Gong Q., Stump M.R., Zhou Z. // J. Mol. Cell. Cardiol. 2011. V. 50. № 1. P. 223-229.
92. Mendell J.R., Rodino-Klapac L.R., Sahenk Z., Roush K., Bird L., Lowes L.P., Alfano L., Gomez A.M., Lewis S., Kota J., et al. // Ann. Neurol. 2013. V. 74. № 5. P. 637-647.
93. McDonald C.M., Shieh P.B., Abdel-Hamid H.Z., Connolly A.M., Ciafaloni E., Wagner K.R., Goemans N., Mercuri E., Khan N., Koenig E., et al. // J. Neuromuscul. Dis. 2021. V. 8. № 6. P. 989-1001.
94. Aartsma-Rus A., Corey D.R. // Nucl. Acid Ther. 2020. V. 30. № 2. P. 67-70.
95. Carvill G.L., Engel K.L., Ramamurthy A., Cochran J.N., Roovers J., Stamberger H., Lim N., Schneider A.L., Hollingsworth G., Holder D.H., et al. // Am. J. Hum. Genet. 2018. V. 103. № 6. P. 1022-1029.
96. Lim K.H., Han Z., Jeon H.Y., Kach J., Jing E., Weyn-Vanhentenryck S., Downs M., Corrionero A., Oh R., Scharner J., et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11. № 1. P. 3501.
97. Yang R., Feng X., Arias-Cavieres A., Mitchell R.M., Polo A., Hu K., Zhong R., Qi C., Zhang R.S., Westneat N., et al. // Neuron. 2023. V. 111. № 10. P. 1637-1650.
98. Keller C.G., Shin Y., Monteys A.M., Renaud N., Beibel M., Teider N., Peters T., Faller T., St-Cyr S., Knehr J., et al. // Nat. Commun. 2022. V. 13. № 1. P. 1150.
99. Spangsberg Petersen U.S., Dembic M., Martinez-Pizarro A., Richard E., Holm L.L., Havelund J.F., Doktor T.K., Larsen M.R., F^rgeman N.J., Desviat L.R., Andresen B.S. // Mol. Ther. Nucl. Acids. 2024. V. 35. № 1. P. 102101.
100. Zhou Y., Liu S., Liu G., Oztürk A., Hicks G.G. // PLoS Genet. 2013. V. 9. № 10. P. e1003895.
101. Lynch D.C., Revil T., Schwartzentruber J., Bhoj E.J., Innes A.M., Lamont R.E., Lemire E.G., Chodirker B.N., Taylor J.P., Zackai E.H., et al. // Nat. Commun. 2014. V. 5. P. 4483.
102. Inoue D., Chew G.L., Liu B., Michel B.C., Pangallo J., D'Avino A.R., Hitchman T., North K., Lee S.C., Bitner L., et al. // Nature. 2019. V. 574. № 7778. P. 432-436.
103. Rahman M.A., Lin K.T., Bradley R.K., Abdel-Wahab O., Krainer A.R. // Genes Dev. 2020. V. 34. № 5-6. P. 413-427.
104. Ghigna C., Giordano S., Shen H., Benvenuto F., Castiglioni F., Comoglio P.M., Green M. R., Riva S., Biamonti
G. // Mol. Cell. 2005. V. 20. № 6. P. 881-890.
105. Li F., Yi Y., Miao Y., Long W., Long T., Chen S., Cheng W., Zou C., Zheng Y., Wu X., et al. // Cancer Res. 2019. V. 79. № 22. P. 5785-5798.
106. Hirschfeld M., zur Hausen A., Bettendorf H., Jäger M., Stickeler E. // Cancer Res. 2009. V. 69. № 5. P. 2082-2090.
107. Han J., Li J., Ho J.C., Chia G.S., Kato H., Jha S., Yang H., Poellinger L., Lee K.L. // Sci. Rep. 2017. V. 7. № 1. P. 4108.
108. Kim E., Ilagan J.O., Liang Y., Daubner G.M., Lee S.C., Ramakrishnan A., Li Y., Chung Y.R., Micol J.B., Murphy M.E., et al. // Cancer Cell. 2015. V. 27. № 5. P. 617-630.
109. Jiang M., Chen M., Liu Q., Jin Z., Yang X., Zhang W. // Front. Oncol. 2023. V. 13. P. 1116438.
110. Chen Y., Du X.Y. // J. Cell. Biochem. 2007. V. 100. № 6. P. 1337-1345.
111. Chen C.C., Mo F.E., Lau L.F. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. № 50. P. 47329-47337.
112. Huang Y.T., Lan Q., Lorusso G., Duffey N., Rüegg C. // Oncotarget. 2017. V. 8. № 6. P. 9200-9215.
113. Bennett C.F. // Annu. Rev. Med. 2019. V. 70. P. 307-321.
114. Kino Y., Washizu C., Aquilanti E., Okuno M., Kurosawa M., Yamada M., Doi H., Nukina N. // Nucl. Acids Res. 2011. V. 39. № 7. P. 2781-2798.
115. Dormann D., Rodde R., Edbauer D., Bentmann E., Fischer I., Hruscha A., Than M.E., Mackenzie I.R., Capell A., Schmid B., et al. // EMBO J. 2010. V. 29. № 16. P. 2841-2857.
116. Maharana S., Wang J., Papadopoulos D.K., Richter D., Pozniakovsky A., Poser I., Bickle M., Rizk S., Guillén-Boixet J., Franzmann T.M., et al. // Science. 2018. V. 360. № 6391.
P. 918-921.
117. Patel A., Lee H. O., Jawerth L., Maharana S., Jahnel M., Hein M.Y., Stoynov S., Mahamid J., Saha S., Franzmann T.M., et al. // Cell. 2015. V. 162. № 5. P. 1066-1077.
118. Sun Z., Diaz Z., Fang X., Hart M.P., Chesi A., Shorter J., Gitler A.D. // PLoS Biol. 2011. V. 9. № 4. P. e1000614.
119. Schneider-Poetsch T., Chhipi-Shrestha J.K., Yoshida M. // J. Antibiot. (Tokyo). 2021. V. 74. № 10. P. 603-616.
120. Estevez-Fraga C., Tabrizi S.J., Wild E.J. // J. Huntingtons Dis. 2022. V. 11. № 4. P. 351-367.
121. Paik J. // CNS Drugs. 2022. V. 36. № 4. P. 401-410.
122. Krach F., Stemick J., Boerstler T., Weiss A., Lingos I., Reischl S., Meixner H., Ploetz S., Farrell M., Hehr U., et al. // Nat. Commun. 2022. V. 13. № 1. P. 6797.
