CC BY
80
Лавров А. В.1, Смирнихина С. А.1, Адильгереева Э. П.1, Челышева Е. Ю.2, Шухов О. А.2, Туркина А. Г.2, Куцев С. И.1,3*
1 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Медико-генетический научный центр» Российской академии медицинских наук, Москва.
2 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Гематологический научный центр» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва.
3 Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Москва.
* e-mail: kutsev@mail.ru
ПОЛНОЭКЗОМНЫЙ АНАЛИЗ ОПУХОЛЕВЫХ КЛЕТОК ПРИ ХРОНИЧЕСКОМ МИЕЛОИДНОМ ЛЕЙКОЗЕ
Технологии секвенирования следующего поколения (ССП) и ассоциированные с ними методы биоинформационного анализа больших массивов данных нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК на сегодняшний момент являются одними из наиболее перспективных и быстроразвиваю-щихся. ССП и биоинформационный анализ позволяет проводить определение последовательности всей ДНК, включая некодирующие области (полногеномное исследование), только кодирующей части ДНК (полноэкзомное исследование) или секвенирование определенного набора генов (таргетное исследование). Исследования геномов и экзомов пациентов с разными формами миело-идных онкогематологических заболеваний позволили выявить несколько рекуррентных мутаций и оптимизировать составление прогноза для таких пациентов. Кроме того, применение ССП и биоинформационного анализа дало почву для понимания патогенеза этих заболеваний и послужило основой для разработки таргетной терапии. Однако ценность и перспективность исследований патогенеза, оценки эффективности терапии и
разработки таргетной терапии миелоидных онко-гематологических заболеваний с использованием технологии секвенирования нового поколения и методов биоинформационного анализа подтверждены пока еще в единичных исследованиях за последние несколько лет.
Целью настоящего исследования было изучение экзома опухолевых клеток пациентов с впервые выявленным хроническим миелолейкозом (ХМЛ). Диагноз ХМЛ подтвержден цитогенетическим и молекулярно-генетическим методами. Полноэкзомный анализ опухолевой ткани выполнен на платформе Ion Torrent (Life Technologies).
В настоящий момент проанализированы эк-зомы 3 пациентов с ХМЛ. Биоинформационный анализ данных, полученных после полноэкзом-ного секвенирования выявил от 2855 до 3326 несинонимичных однонуклеотидных замен на каждый экзом, среди которых от 774 до 876 являются впервые выявленными (не описанными в базе данных dbSNP129). Дальнейший биоинформаци-онный анализ позволит определить рекурентные мутации, играющие определенную роль в пато-
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ДИАГНОСТИКИ ГЕМОБЛАСТОЗОВ
генезе ХМЛ. Кроме того, выявлено от 159 до 230 однонуклеотидных замен на каждый экзом в генах, кодирующих малые интерферирующие РНК. По последним данным миРНК играют огромную роль в патогенезе опухолевых заболеваний.
Обнаруженные однонуклеотидные замены могут играть ключевую роль в понимании молекулярных механизмов патогенеза ХМЛ и разработке новых прогностических маркеров эффективности терапии ХМЛ.
Лукьянова А. С.1, Зотова Е. В.1, Вальчук М. А.1, Ригер И.2, Котлярчук К. Б.1, Кароль Ю. С.1, Корольчук О. С.1, Лукавецкий Л. М.1, Логинский В. Е.1, Пеньковска-Греля Б.2, Масляк З. В.1
1 ГУ «Институт патологии крови и трансфузионной медицины НАМН Украины», г. Львов.
2 Онкологический центр — Институт им. М. Склодовской-Кюри, г. Варшава.
ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЕ АБЕРРАЦИИ, ПРИВОДЯЩИЕ К УВЕЛИЧЕНИЮ КОЛИЧЕСТВА КОПИЙ ГЕНА BCRJABL ПРИ ХРОНИЧЕСКОМ МИЕЛОЕЙКОЗЕ
Введение. Хронический миелолейкоз (ХМЛ) — клональное миелопролиферативное заболевание, характеризующееся наличием специфической хромосомной аномалии — t(9;22)(q34;q11) — филадельфийской (Ph) хромосомы. Результатом этой транслокации является появление химерного гена BCRJABL, продукт которого вызывает неконтролируемую пролиферацию клеток ми-елоидного ряда. Увеличение количества копий Ph-хромосомы и, как следствие, количества копий химерного гена, является одним из проявлений клональной эволюции и может являться одной из причин резистентности к терапии ингибиторами тирозинкиназы (ИТК).
Цель исследования — проанализировать частоту и характер аномалий, приводивших к увеличению количества копий гена BCRJABL.
Материал и методы. Обследовано 285 больных с клинически и цитогенетически подтвержденным диагнозом ХМЛ. Цитогенетическое исследование клеток костного мозга было проведено по стандартной методике. При проведении метода флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) использована метка BCR/ABL DC DF (Vysis, США). Все FISH-исследования проведены в лаборатории цитогенетики Онкологического центра — Института им. М. Склодовской-Кюри (Варшава, Польша). При кариотипировании анализировали 20 метафазных пластинок, при FISH-исследовании — не менее 200 интерфазных ядер. При анализе и описании кариотипа руководствовались критериями International System for Human Cytogenetic Nomenclature — ISCN, 2009.
Результаты. Из 285 больных ХМЛ клональная эволюция в Ph-позитивных клетках была обнаружена в 50 случаях (17,5 % обследованной группы). Среди этих 50 больных цитогенетические аномалии, приводившие к увеличению количества копий гена BCRJABL, были выявлены у
29 (58 % случаев клональной эволюции). Данная группа из 29 больных была разделена на 2 подгруппы в зависимости от характера аберраций.
В первой подгруппе (25 больных, 86 % больных с увеличением количества копий гена BCRJ ABL) представлены случаи с увеличением количества копий Ph-хромосомы без изменения ее структуры. У 23 больных были обнаружены нормальная и измененная хромосомы 9, нормальная копия хромосомы 22 и от 2 до 5 копий Ph-хромосомы. В 1 случае анализ кариотипа показал наличие двух измененных вследствие транслокации t(9;22)(q34;q11) хромосом 9 и 22 без наличия их нормальных копий. В последнем случае выявлены клетки с нормальными хромосомами 9 и 22 и двумя измененными вследствие транслокации t(9;22)(q34;q11) хромосомами 9 и 22.
К подгруппе 2 (4 больных, 14 %) отнесли случаи, в которых наблюдали изменение структуры производной хромосомы 22. У 3 больных был обнаружен изодериват Ph-хромосомы в количестве 1-2 копий. В 1 случае выявлен изодицен-трический дериват Ph-хромосомы в количестве 1-5 копий.
Во всех случаях наличие и характер выявленных нами аберраций были подтверждены с помощью метода FISH на метафазных пластинках. Количество копий гена BCRJABL в описанных случаях составляло 2-10 копий, в зависимости от характера аберраций.
Из 29 больных с описанными аберрациями терапию ИТК (иматиниб) получали 24. Из них в 2 случаях после обнаружения дополнительных аномалий был назначен нилотиниб, в 1-дазати-ниб. У одного больного (с одной дополнительной копией Ph-хромосомы) после назначения нилоти-ниба был достигнут полный цитогенетический и молекулярный ответ. У двух остальных больных цитогенетический ответ после смены лечения от-
