Научная статья на тему 'Полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, csrd247, FCB20 и MAF65 у овец'

Полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, csrd247, FCB20 и MAF65 у овец Текст научной статьи по специальности «Биологические науки»

CC BY
197
28
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.
Ключевые слова
ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ / МИКРОСАТЕЛЛИТЫ / ПОЛИМОРФИЗМ / ОВЦЫ / САЛЬСКАЯ ПОРОДА / OARCP49 / CSRD247 / FCB20 И MAF65 / GENETIC DIVERSITY / MICROSATELLITES / POLYMORPHISM / SHEEP / SALSK BREED / FCB20 AND MAF65

Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Широкова Надежда Васильевна, Гетманцева Любовь Владимировна, Колосов Юрий Анатольевич, Бакоев Некруз Фарходович, Денискова Татьяна Евгеньевна

Одним из важнейших овцеводческих регионов России, располагающих значительным потенциалом племенных овец, является Ростовская область. В результате многолетней работы селекционеров Ростовской области была создана сальская порода овец. Исследования генетического разнообразия отечественных пород овец становится необходимым условием для их сохранения, дальнейшего совершенствования и использования для нужд современного агропромышленного комплекса РФ. В связи с этим, целью работы было изучить полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 у овец сальской породы. Исследования проводили на овцах сальской породы (п = 95, ПЗ «Белозерное», Ростовская обл.). Анализ микросателлитов выполняли на шестнадцатикапиллярном генетическом анализаторе АВ13130х1 Genetic Analyzer. Для оценки полиморфизма локусов учитывали количество аллелей на локус (МА); наблюдаемую (Но) и ожидаемую (Не) гетерозиготность, эффективное число аллелей на локус (Ае). Связь между индивидуальными особями и популяцией в целом определяли на основе индекса фиксации (Fis). Наибольшее количество аллелей (NA=17) и эффективное число аллелей (Ae = 7) у изучаемого поголовья овец было определено по локусу OarCP49. По другим локусам количество аллелей составило 15,12 и 9, эффективное число аллелей 5,56; 5,33 и 3,85 соответственно для CSRD247, FCB20 и MAF65. Дефицит гетерозигот в популяции отмечен по локусам CSRD247 и MAF65. В среднем по четырем локусам индекс фиксации составил 0,094. Результаты представленной работы показали наличие полиморфизма микросателлитных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65 и целесообразность их включения в панель ДНК-маркеров для оценки генетического разнообразия и достоверности происхождения овец сальской породы.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Широкова Надежда Васильевна, Гетманцева Любовь Владимировна, Колосов Юрий Анатольевич, Бакоев Некруз Фарходович, Денискова Татьяна Евгеньевна

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.
i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.

Polymorphism of microsatellite loci OarCP549, CSRD247, FCB20 and MAF65 in sheep

Rostov Region is one of the most important regions of sheep breeding in Russia. The Salsk breed of sheep is created as a result of many years work of breeders in the Rostov region. Studies on the genetic diversity of domestic breeds of sheep are a prerequisite for their conservation, further improvement and use for the needs of the modern agro-industrial complex of the Russian Federation. The aim of the work is to study polymorphism of microsatellite loci OarCP549, CSRD247, FCB20, and MAF65 in sheep of Salsk breed. Studies were carried out on sheep of the Salsk breed (n = 95, PZ «Belozernoe», Rostov Region). Analysis of microsatellites was performed on sixteen-capillary genetic analyzer ABI3130xl Genetic Analyzer. To estimate polymorphism of loci it was taken into account: the Number of Alleles per locus (NA); Observed (Ho) and the Expected (He) Heterozygosity, the Effective Number of Alleles per locus (Ae). The highest Number of Alleles (NA = 17) and the Effective Number of Alleles (Ae = 7) was determined from the locus OarCP49 in the sheep of the Salsk breed. At other loci, the Number of Alleles was 15, 12 and 9, and the Effective Number of Alleles was 5.56, 5.33 and 3.85 respectively for CSRD247, FCB20 and MAF65. The heterozygote deficiency in the population is noted at the loci CSRD247 and MAF65. Average index of fixation for four loci was 0.094. The results of the work showed the polymorphism of microsatellite loci OarCP49, CSRD247, FCB20 and MAF65 and the expediency of their inclusion in the panel of DNA markers for assessing the genetic diversity and authenticity of the origin for the sheep of Salsk breed.

Текст научной работы на тему «Полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, csrd247, FCB20 и MAF65 у овец»

ЗООТЕХНИЯ

УДК 575.22

Полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 у овец

Широкова Надежда Васильевна1, кандидат биол. наук, научный сотрудник, Гетманцева Любовь Владимировна1, кандидат с.-х. наук, зав. лабораторией, Колосов Юрий Анатольевич1, доктор с.-х. наук, профессор, Бакоев Некруз Фарходович1, младший научный сотрудник,

Денискова Татьяна Евгеньевна2, кандидат с.-х. наук, ст. научный сотрудник, Бакоев Сирождин Юсуфович1, кандидат биол. наук, научный сотрудник, Волкова Валерия Владимировна2, кандидат с.-х. наук, ст. научный сотрудник, Романец Тимофей Сергеевич1, младший научный сотрудник ФГБОУ ВО Донской ГАУ, Ростовская область, п. Персиановский, Россия 2ФГБНУ ФНЦ ВИЖ имени Л.К. Эрнста, Московская область, п. Дубровицы, Россия

E-mail: [email protected]

Одним из важнейших овцеводческих регионов России, располагающих значительным потенциалом племенных овец, является Ростовская область. В результате многолетней работы селекционеров Ростовской области была создана сальская порода овец. Исследования генетического разнообразия отечественных пород овец становится необходимым условием для их сохранения, дальнейшего совершенствования и использования для нужд современного агропромышленного комплекса РФ. В связи с этим, целью работы было изучить полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65у овец сальской породы. Исследования проводили на овцах сальской породы (n = 95, ПЗ «Белозерное», Ростовская обл.). Анализ микросателлитов выполняли на шестнадцатикапилляр-ном генетическом анализаторе ABI3130xl Genetic Analyzer. Для оценки полиморфизма локусов учитывали количество аллелей на локус (NA); наблюдаемую (Но) и ожидаемую (Не) гетерозиготность, эффективное число аллелей на локус (Ае). Связь между индивидуальными особями и популяцией в целом определяли на основе индекса фиксации (Fis). Наибольшее количество аллелей (NA=17) и эффективное число аллелей (Ae = 7) у изучаемого поголовья овец было определено по локусу OarCP49. По другим локусам количество аллелей составило 15,12 и 9, эффективное число аллелей 5,56; 5,33 и 3,85 соответственно для CSRD247, FCB20 и MAF65. Дефицит гетерозигот в популяции отмечен по локусам CSRD247 и MAF65. В среднем по четырем локусам индекс фиксации составил 0,094. Результаты представленной работы показали наличие полиморфизма микросателлитных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65 и целесообразность их включения в панель ДНК-маркеров для оценки генетического разнообразия и достоверности происхождения овец сальской породы.

Ключевые слова: генетическое разнообразие, микросателлиты, полиморфизм, овцы, сальская порода, OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65

Изучение и сохранение генетических ресурсов сельскохозяйственных животных приобретают международное значение и тесно связаны с устойчивым развитием сельского хозяйства, решением вопросов продовольственной безопасности, развитием систем производства сельскохозяйственной продукции, а также здоровьем нации и качеством жизни в целом [1, 2]. Основными отраслями животноводства России являются птицеводство, свиноводство, молочное и мясо-молочное скотоводство, коневодство и овцеводство. Одним из важнейших овцеводческих регионов России, располагающих значительным потенциалом племенных овец, является Ростовская область. В результате многолетней работы селекционеров Ростовской области была создана сальская порода овец [3].

В сложившейся ситуации, вызванной структурной перестройкой сельскохозяйственного производства, наблюдается резкое сокращение поголовья овец сальской породы и существует опасность полной деградации популяции [4]. Потеря породного разнообразия связана не только с утратой уникального и бесценного генетического разнообразия, но и сужением генетического потенциала, принципиально ограничивающим возможности селекционной работы и породообразовательный процесс.

В настоящее время в исследованиях генофонда различных пород и популяций, установления их генетической структуры и разнообразия применяют различные подходы, в том числе и молекулярно-генетические методы, основанные на использовании микросателлитных локусов.

Полиморфизм микросателлитных локусов зависит от видовых, породных и индивидуальных особенностей животных. В связи с этим объединенный анализ микросателлитных данных, полученных в независимых исследованиях, крайне желателен, но редко возможен [1, 5]. Поиск локусов, которые бы в большей степени позволяли оценивать разнообразие и своеобразие пород овец, приводит к использованию различных групп маркеров. Для того чтобы стимулировать использование одинаковых маркеров, в настоящее время Продовольственной и сельскохозяйственной организацией ООН (Food and Agriculture Organization, FAO) и Международным обществом генетики животных (ISAG, International Society for Animal Genetics) предложены списки микросателлитных локусов для овец [1, 6].

Исследования генетического разнообразия сальской породы овец на основе вариабельности ядерной ДНК становятся необходимым условием для ее сохранения, дальнейшего совершенствования и использования для нужд современного агропромышленного комплекса.

Цель исследований - изучить полиморфизм микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 у овец сальской породы и оценить целесообразность их включения в панель ДНК-маркеров для оценки генетического разнообразия и достоверности происхождения сальской породы овец.

Материал и методы. Исследования полиморфизма микросателлитных локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 проводили в лаборатории молекулярных основ селекции отдела биотехнологии и молекулярной диагностики животных ВИЖ им. Эрнста. Для получения геномной ДНК были взяты образцы ткани у овец сальской породы (n = 95) (ПЗ «Белозерное», Ростовская обл.). Выделение ДНК проводили набором Экстран 2 (ОАО «Синтол», Россия) согласно рекомендациям производителя. Анализ микросателлитов выполняли на шестнадцатикапиллярном генетическом анализаторе ABI3130xl Genetic Analyzer.

Для оценки полиморфизма локусов OarCP549, CSRD247, FCB20 и MAF65 учитывали количество аллелей на локус (NA), наблюдаемую (Но) и ожидаемую (Не) гетерозиготность, эффективное число аллелей на локус (Ае). Связь между индивидуальными особями и популяцией в целом определяли на основе индекса фиксации (Fis). Все расчеты были выполнены с использованием программы GenAlex.

Результаты и их обсуждение. Развитие ДНК-технологий послужило росту разнообра-

зия молекулярно-генетических маркеров, используемых для изучения сельскохозяйственных животных. Все большую популярность сегодня завоевывают SNP-маркеры, однако для оценки генетического разнообразия большинство исследователей останавливают свой выбор на микоросателлитных локусах [7-9]. Среди списка локусов, предложенных сегодня для изучения генетического разнообразия овец, нами были выбраны локусы OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65, последовательности которых представлены в международной базе данных (GenBank NCBI) под номерами U15702.1, EU009450.1, L20004.1 и M67437.1 соответственно.

Референсная последовательность локуса OarCP49 (GenBank: U15702.1) состоит из 88 пар нуклеотидов (gtggggatga atattccttc ataaggacat gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgcgtttag ttgctaagcc gtgtctgt). Тандемные повторы представлены двумя нуклеотидами gt, расположенными в последовательности в позиции 30 - 62. По данным ISAG [6], общая длина последовательности варьируется от 72 до 132 п.н.

Результаты анализа локуса OarCP49 у овец сальской породы показали наличие ал-лельных вариантов длиной 72-74, 80-96, 100104, 110, 130 и 132 п.н. (табл. 1). В результате были определены 17 аллелей. Однако из них только 7 аллелей имели частоту более 0,05. Число эффективных аллелей по локусу у исследуемой группы овец было равно 7,0; наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность составили 0,850 и 0,842 соответственно (табл. 2).

Исследования, проведенные на различных породах овец, в целом показывают высокую вариабельность аллельных вариантов по локусу OarCP49. На основании анализа девяти турецких пород овец (Cine, Capari, Karya Sakiz, Karyaka, Morkaraman, Tuj, Karaka§, Norduz, Awassi) было определено 36 аллелей, длина которых составляла от 82 до 141 п.н. и эффективное число аллелей достигало 12,3 [10]. Наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность по локусу OarCP49 у турецких пород овец равнялась 0,91 и 0,92 соответственно. При изучении пород овец, разводимых в Словении (Istrian sheep, Krk island sheep, Rab island sheep, Cres island sheep, Lika pramenka sheep, Pag island sheep, Dalmatian pramenka, Dubrovnik ruda sheep, Kupres pramenka, Vlasic/Travnik/Dubska pramenka, Privor pramenka and Hum/Stolac pramenka (STO) sheep) по локусу OarCP49 было определено 25 аллелей и гетерозиготность составила Но = 0,767 и Не = 0,876 [11]. У овец

породы Santa Ines hair sheep (Бразилия) по дан- блюдаемая и ожидаемая гетерозиготность со-ному локусу зафиксировано 12 аллелей и на- ставила 0,877 и 0,866 соответственно [12].

Таблица 1

Аллельные варианты микросателлитных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20, MAF65 у овец сальской породы

Размер (п.н.) Частота аллелей Размер (п.н.) Частота аллелей Размер (п.н.) Частота аллелей Размер (п.н.) Частота аллелей

OarCP49 CSRD247 FCB20 MAF65

72 0,005 217 0,058 90 0,089 119 0,005

74 0,005 219 0,068 92 0,353 121 0,000

76 0,000 221 0,037 94 0,158 123 0,000

78 0,021 223 0,005 96 0,089 125 0,011

80 0,021 225 0,000 98 0,042 127 0,295

82 0,295 227 0,000 100 0,005 129 0,347

84 0,153 229 0,042 102 0,047 131 0,205

86 0,079 231 0,047 104 0,121 133 0,011

88 0,005 233 0,358 106 0,005 135 0,005

90 0,005 235 0,153 108 0,042 137 0,095

92 0,021 237 0,037 110 0,000 139 0,026

94 0,058 239 0,105 112 0,005

96 0,000 241 0,005 114 0,000

98 0,116 243 0,026 116 0,042

100 0,053 245 0,042

102 0,105 247 0,005

104 0,000 249 0,000

106 0,000 251 0,011

108 0,011

110 0,000

112 0,000

114 0,000

116 0,000

118 0,000

120 0,000

122 0,000

124 0,000

126 0,000

128 0,021

130 0,016

132 0,011

Последовательность локуса CSRD247 (GenBank: EU009450.1) состоит из 217 п.н. (ggacttgcca gactctgcaa ttgcctgagc caattcttta cagtaaatct ctttcttctc tttacacaca cacacacaca cacacacaca cacacagtct ttgcctgaac caattcttta cattaaatcc ctgctcttta cacaaacata caaacacaca cagatgcact ctgttggctg tttccctgga gaaccctgac taatgcaaac cacagtg). Тандемные повторы ди-ну-

клеотидов ас расположены в позиции 64-95 п.н. Длина последовательности варьируется от 209 до 261 п.н. [6].

У овец сальской породы по локусу CSRD247 было установлено 15 аллелей, длина которых составила 217-223, 229-247 п.н. Среди них аллели длиной 221, 229, 231, 237, 243, 245 п.н. имели частоту менее 0,05, 223 и 243 п.н. -

менее 0,01 (табл. 1). Результаты оценки наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности, которые составили соответственно 0,684 и 0,820, указывают на дефицит гетерозигот по локусу CSRD247 у овец сальской породы (табл. 2). Число эффективных аллелей по данному локу-су у исследуемого поголовья составило 5,56.

Аналогично нашим результатам, у овец, разводимых в Словении, также наблюдался дефицит гетерозигот по локусу CSRD247

(Не = 0,710 и Но = 0,821; NA = 20) [11]. У овец, разводимых в Испании на Балеар-ских островах (Roja Mallorquina, Mallorquina, Menorquina, Ibicenca, Formentera, Churra, Merino, Segureno, French Merino, Fleischschaf), по локусу CSRD247 было установлено 20 аллелей и число эффективных аллелей составило 7,85 [13]. Наблюдаемая и ожидаемая гете-розиготность в этой популяции была 0,780 и 0,790 соответственно.

Таблица 2

Показатели генетического разнообразия овец сальской породы

Локус Кол-во Эффективное Гетерозиготность Индекс

аллелей число аллелей наблюдаемая (Но) ожидаемая (Не) фиксации (Fis)

OarCP49 17 7,00 0,850 0,842 -0,010

CSRD247 15 5,56 0,684 0,820 0,165

FCB20 12 5,33 0,831 0,812 -0,020

MAF65 9 3,85 0,544 0,740 0,264

Локус FCB20 (GenBank: L20004.1) в базе данных представлен последовательностью из 94 п.н. (ggaaaacccc catatatacc tatacaatgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtat acacaaacac atgtatggaa tcttaaacac attt). Тандемные повторы ди-нуклеотидов gt расположены в позиции 2958 п.н. Длина последовательности варьируется от 92 до 118 п.н. [6].

По локусу FCB20 у овец сальской породы было определено 12 аллелей, длина которых варьировалась в пределах 90-116 п.н. (табл. 1). В представленном диапазоне у изучаемой группы овец отсутствовали аллели длиной 110 и 114 п.н. и только 5 аллелей (90-96 и 104 п.н.) имели частоту больше 0,05. Наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность составила 0,831 и 0,812, эффективное число аллелей - 5,33 (табл. 2).

У овец породы Vembr sheep (Индия) по локусу FCB20 определено 6 аллельных вариантов, длина которых составляла 92-116 п.н. [14] Наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность по локусу составила 0,574 и 0,769 соответственно, а эффективное число аллелей - 4,32. Исследования локуса FCB20 у овец турецких пород позволили установить 19 аллельных вариантов длиной 90-119 п.н., но число эффективных аллелей составило всего 3,95, что обусловлено высоким дефицитом гетерозигот (Но=0,360 и Не = 0,750) [10]. У овец породы Santa Ines hair sheep (Бразилия) по данному локусу определено 13 аллелей и наблюдаемая и ожидаемая гете-

розиготность составила 0,873 и 0,729 соответственно [12].

Последовательность локуса MAF65 ^епВапк: М67437.1) представляют 125 п.н. (ссаСе^сс tgagaatata acatgtttct саШс^ taaaacacca cacacacaca cacacacaca cacacacaca сасасасаС; cctttgaaat ctcctaattg catactctgg ссШ). Тандемные повторы ди-нуклеотидов са расположены в позиции 49-89. Длина последовательности варьируется от 121 до 159 п.н. [6].

У овец сальской породы, в отличие от данных, представленных ISAG, длина последовательности локуса MAF65 составила от 119 до 139 п.н. (табл. 1). При изучении турецких пород овец по локусу MAF65 было установлено 22 аллеля, длина которых 104-142 п.н. [10]. Однако, число эффективных аллелей у турецких пород овец было равно 7,94, что связано с высоким дефицитом гетеро-зигот (Но = 0,390; Не = 0,88). В нашей работе при изучении овец сальской породы установлено 9 аллелей и низкое число эффективных аллелей (3,85), что по аналогии с результатами, полученными на овцах турецких пород, связано с дефицитом гетерозигот (Но = 0,544; Не = 0,740) (табл. 2). При изучении овец, разводимых в Испании на Балеарских островах, по локусу MAF65 определено 11 аллельных вариантов и число эффективных аллелей составило 3,87, но наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность была 0,640 и 0,630 соответственно

[13]. Гетерозиготность локуса MAF65 у овец, разводимых в Словении, составила 0,761 и 0,799 соответственно Но и Не, при общем числе зафиксированных аллелей 12 [11]. Высокая гетерозиготность локуса MAF65 установлена у овец породы Santa Ines hair sheep (Бразилия), которая составила Но = 0,961 и Не = 0,799 [12].

Выводы. Таким образом, изучение ми-кросателлитных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65 у овец сальской породы показало наличие полиморфизма данных локусов. Наибольшее количество аллельных вариантов и эффективных аллелей было определено по локусу OarCP49. Дефицит гетерозигот в популяции отмечен по локусам CSRD247 и MAF65. В среднем по четырем локусам индекс фиксации составил 0,094, что можно рассматривать как тенденцию к повышению гомозиготности в стаде за счет использования родственного спаривания. Однако недостаток гетерозигот в популяции можно интерпретировать и как один из критериев подразделен-ности, характеризующих уровень биологической организации популяции как целого [15]. Для более достоверных выводов о гетерози-готности популяции, а также о генетическом разнообразии сальской породы овец необходимо проводить дальнейшие исследования на основе широкого спектра генетических маркеров. Результаты представленной работы показали наличие полиморфизма микросател-литных локусов OarCP49, CSRD247, FCB20 и MAF65 и целесообразность их включения в панель ДНК-маркеров для оценки генетического разнообразия и достоверности происхождения сальской породы овец.

Список литературы

1. FAO. Guideline for Molecular Genetic Characterisation of Animal Genetic Resources. FAO Animal Production and Health Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture. 2011. № 9. Р. 100.

2. Денискова Т.Е., Селионова М.И., Гладырь Е.А., Доцев А.В. и др. Изменчивость микросателлитов в породах овец, разводимых в России // Сельскохозяйственная биология. 2016. Т.51. №6. С. 801-810.

3. Gorlov I.F., Kolosov Yu.A., Shirokova N.V., Getmantseva L.V. и др. Association of the growth hormone gene polymorphism with growth traits in Salsk

sheep breed. Small Ruminant Research. 2017. №150. Р. 11-14.

4. Колосов Ю.А., Широкова Н.В., Караби-невский А.Н., Приступа В.Н. и др. Повышение эффективности овцеводства // Все о мясе. 2016. №5. С. 52-55.

5. Guang-Xin E., Zhong T., Ma Y.-H., Gao H.-J. и др. Conservation genetics in Chinese sheep: diversity of fourteen indigenous sheep (Ovis aries) using microsatellite markers. Ecology and Evolution. 2016. Vol.6. №3. Р.810-817.

6. ISAG. Applied Genetics in Sheep and Goats Workshop. In: 32th International Conference on Animal Genetics. 2010. URL: http://www.isag.us/Docs/Ap-plied_GeneticsSheepGoats_CT.pdf(дата обращения: 10.07.2017).

7. Kawçcka A., Gurgul A., Miksza-Cybulska A. The use of SNP microarrays for biodiversity studies of sheep - a review. Ann. Anim. Sci. 2016.Vol.16. №4. Р. 975-987.

8. Markin N.V., Usatov A.V., Vasilenko V.N., Klimenko A.I. и др. SSR Analysis of Maternal and Paternal Lines Selected in the Don Region (Russia). American Journal of Agricultural and Biological Science. 2016. Vol.11. №1. Р. 13-18.

9. Kunene N., Ceccobelli S., Di Lorenzo P., Hlo-phe R.S. и др. Genetic diversity in four populations of Nguni (Zulu) sheep assessed by microsatellite analysis. Italian Journal of Animal Science. 2014. Vol. 13. Iss.1. Р. 76-82.

10. Yilmaz O., Cemal I., Karaca O. Genetic diversity in nine native Turkish sheep breeds based on microsatellite analysis. Anim Genet. 2014. Vol.45. №4. P. 604-608.

11. Salamon D., Gutierrez-Gil B., Arranz J.J., Barreta J. и др. Genetic diversity and differentiation of 12 eastern Adriatic and western Dinaric native sheep breeds using microsatellites. Animal. 2014. № 8. Р. 200-207.

12. Souza C. A., Paiva S. R., McManus C. M., Azevedo H. C., Mariante A. S., Grattapaglia D. Genetic diversity and assessment of 23 microsatellite markers for parentage testing of Santa Inês hair sheep in Brazil. Genet. Mol. Res. 2012. №11. Р. 1217-1229.

13. Pons A. L., Landi V., Martinez A., Delgado J.V. The biodiversity and genetic structure of Balearic sheep breeds. J. Anim. Breed. Genet. 2015. №132. Р. 268-276.

14. Pramod S., Kumarasamy P., Chandra A.R.M., Sridevi P., Rahumathulla P.S. Molecular characterization of vembur sheep (Ovis aries) of South India-based on microsatellites. Indian Journal of Science and Technology. 2009. № 2. Р. 55-58.

15. Кузнецов В.М. F-Райта: оценка и интерпретация // Проблемы биологии продуктивных животных. 2014. №4. С. 80-104.

Работа выполнена при поддержке гранта Президента Российской Федерации от 22 февраля 2017 года №14^01.17.1030^^

Polymorphism of microsatellite loci OarCP549, CSRD247, FCB20 and MAF65 in sheep Shirokova N.V.1, PhD in biology, researcher, Getmantseva L.V.1, PhD in agriculture, head of laboratory,

Kolosov Yu.AS DSc in agriculture, professor, Bakoev N.F.1, associate researcher, Deniskova Т.Е.2, PhD in agriculture, senior researcher,

Bakoev S.Yu.1, PhD in biology, researcher, Volkova V.V.2, PhD in agriculture, senior researcher, Romanets T.S.1, associate researcher.

Donskoj State Agrarian University, s. Persianovsky, Rostov region, Russia 2All-Russian Institute of Animal Husbandry, s. Dubrovitsy, Moscow region, Russia

iНе можете найти то, что вам нужно? Попробуйте сервис подбора литературы.

Rostov Region is one of the most important regions of sheep breeding in Russia. The Salsk breed of sheep is created as a result of many years work of breeders in the Rostov region. Studies on the genetic diversity of domestic breeds of sheep are a prerequisite for their conservation, further improvement and use for the needs of the modern agro-industrial complex of the Russian Federation. The aim of the work is to study polymorphism of microsatellite loci OarCP549, CSRD247, FCB20, and MAF65 in sheep of Salsk breed. Studies were carried out on sheep of the Salsk breed (n = 95, PZ «Belozernoe», Rostov Region). Analysis of microsatellites was performed on sixteen-capillary genetic analyzer ABI3130xl Genetic Analyzer. To estimate polymorphism of loci it was taken into account: the Number of Alleles per locus (NA); Observed (Ho) and the Expected (He) Heterozygosity, the Effective Number of Alleles per locus (Ae). The highest Number of Alleles (NA = 17) and the Effective Number of Alleles (Ae = 7) was determined from the locus OarCP49 in the sheep of the Salsk breed. At other loci, the Number of Alleles was 15, 12 and 9, and the Effective Number of Alleles was 5.56, 5.33 and 3.85 respectively for CSRD247, FCB20 and MAF65. The heterozygote deficiency in the population is noted at the loci CSRD247 and MAF65. Average index of fixation for four loci was 0.094. The results of the work showed the polymorphism of microsatellite loci OarCP49, CSRD247, FCB20 and MAF65 and the expediency of their inclusion in the panel of DNA markers for assessing the genetic diversity and authenticity of the origin for the sheep of Salsk breed.

Key words: Genetic diversity, microsatellites, polymorphism, sheep, Salsk breed, OarCP49, CSRD247, FCB20 and MAF65

References

1. FAO. Guideline for Molecular Genetic Characterisation of Animal Genetic Resources. FAO Animal Production and Health Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture. 2011. no. 9. pp.100.

2. Deniskova T.E., Selionova M.I., Gladyr' E.A., Dotsev A.V. e a. Izmenchivost' mikrosatellitov v po-rodakh ovets, razvodimykh v Rossii. [Variability of microsatellite loci in sheep breeds bred in Russia] // Sel'skokhozyaystvennaya biologiya. 2016. Vol. 51. no. 6. pp. 801-810.

3. Gorlov I.F., Kolosov Yu.A., Shirokova N.V., Getmantseva L.V. e a. Association of the growth hormone gene polymorphism with growth traits in Salsk sheep breed. Small Ruminant Research. 2017. no. 150. pp. 11-14.

4. Kolosov Yu.A., Shirokova N.V., Karabinevs-kiy A.N., Pristupa V.N. e a. Povyshenie effektivnosti ovtsevodstva. [Increasing an efficiency in sheep keeping]. Vse o myase. 2016. no. 5. pp. 52-55.

5. Guang-Xin E., Zhong T., Ma Y.-H., Gao H.-J. e a. Conservation genetics in Chinese sheep: diversity of fourteen indigenous sheep (Ovis aries) using microsatellite markers. Ecology and Evolution. 2016. Vol. 6. no. 3. pp. 810-817.

6. ISAG. Applied Genetics in Sheep and Goats Workshop. In: 32th International Conference on Animal Genetics. 2010. Available at: http://www.isag.us/ Docs/Applied_GeneticsSheepGoats_CT.pdf (accessed: 10.07.2017).

7. Kawçcka A., Gurgul A., Miksza-Cybulska A. The use of SNP microarrays for biodiversity studies of sheep - a review. Ann. Anim. Sci. 2016.Vol.16. no. 4. pp. 975-987.

8. Markin N.V., Usatov A.V., Vasilenko V.N., Klimenko A.I. e a. SSR Analysis of Maternal and Paternal Lines Selected in the Don Region (Russia). American Journal of Agricultural and Biological Science. 2016. Vol. 11. no. 1. pp. 13-18.

9. Kunene N., Ceccobelli S., Di Lorenzo P., Hlo-phe R.S., Bezuidenhout C.C., Lasagna E. Genetic diversity in four populations of Nguni (Zulu) sheep assessed by microsatellite analysis. Italian Journal of Animal Science. 2014. Vol. 13. Iss.1. pp. 76-82.

10. Yilmaz O., Cemal I., Karaca O. Genetic diversity in nine native Turkish sheep breeds based on microsatellite analysis. Anim Genet. 2014. Vol.45. no. 4. pp. 604-608.

11. Salamon D., Gutierrez-Gil B., Arranz J.J., Barreta J. e a. Genetic diversity and differentiation of 12 eastern Adriatic and western Dinaric native sheep breeds using microsatellites. Animal. 2014. no. 8. pp. 200-207.

12. Souza C.A., Paiva S.R., McManus C.M., Aze-vedo H.C. e a. Genetic diversity and assessment of 23 microsatellite markers for parentage testing of Santa Ines hair sheep in Brazil. Genet. Mol. Res. 2012. no. 11. pp. 1217-1229.

13. Pons A. L., Landi V, Martinez A., Delgado J.V The biodiversity and genetic structure of Balearic sheep breeds. J. Anim. Breed. Genet. 2015. no. 132. pp. 268-276.

14. Pramod S., Kumarasamy P., Chandra A.R.M., Sridevi P., Rahumathulla P.S. Molecular characterization of vembur sheep (Ovis aries) of South India-based on microsatellites. Indian Journal of Science and Technology. 2009. no. 2. pp. 55-58.

15. Kuznetsov V.M. F-Rayta: otsenka i inter-pretatsiya. [F-Wright: assessment and interpretation]. Problemy biologii produktivny zhivotnykh. 2014. no. 4. pp. 80-104.

i Надоели баннеры? Вы всегда можете отключить рекламу.