CC BY
41
Полиморфизм генов, участвующих в сборке клеточной стенки у метициллинорезистентных Staphylococcus aureus со сниженной чувствительностью к ванкомицину
В. В. ГОСТЕВ1, 2, О. С. КАЛИНОГОРСКАЯ1, C. М. ЮДИН3, О. А. ДМИТРЕНКО4, А. В. КУДРЯВЦЕВА5, С. В. СИДОРЕНКО12
1 Детский научно-клинический центр инфекционных болезней, Санкт-Петербург
2 Северо-Западный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова, Санкт-Петербург
3 Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью, Москва
4 Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н. Ф. Гамалеи, Москва
5 Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта РАН, Москва
Cell Wall Biosynthesis Genes Variability in Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus with Reduced Vancomycin Susceptibility
V. V. GOSTEV1, O. S. KALINOGORSKAYA1, S. M. YUDIN2, O. A. DMITRENKO3, A. V. KUDRYAVTSEVA, S. V. SYDORENKO14
1 Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases, St. Petersburg
2 North-West State Medical University named after I. I. Mechnikov, St. Petersburg
3 Center for Strategic Planning and Management of Biomedical Health Risks, Moscow
4 N. F. Gamaleya Federal Research Center for Epidemiology & Microbiology, Moscow
5 Engelhardt Institute of Molecular Biology, Moscow
Проблема формирования и распространения изолятов S.aureus со сниженной чувствительностью к ванкомицину (Vancomycin intermediate S.aureus, VISA) ограничивает использование этого антибиотика для терапии инфекций, вызванных MRSA. Процесс формирования такого фенотипа сложный и связан с накоплением мутаций в генах, участвующих в биосинтезе клеточной стенки. В работе было проведено геномное секвенирование семи изолятов, имеющих разную чувствительность к ванкомицину и относящихся к одной генетической линии: ST8 — t008 — SCCmec IVc. Проведённый популяционный анализ для изолятов со сниженной чувствительностью к ванкомицину не выявил hVISA/VISA фенотипов, при этом PAP/AUC составил 0,53—0,7. Сравнение 83% core — частей геномов изолятов с МПК 1 мкг/мл и МПК 2 мкг/мл, а также контрольных геномов (NCBI GenBank) с известной чувствительностью, выявило разную кластеризацию, при этом изоляты с МПК 2 мкг/мл локализовались в одном кластере. Сравнение нуклеотидного конкатената, составленного из 44 генов, участвующих в сборке клеточной стенки, также показало, что изоляты кластеризуются в один кластер. Были выявлены уникальные мутации для изолятов с МПК 2 мкг/мл в murZ (T353A), rpoB (Y946C) и fdh2 (G446S). Таким образом, изоляты со сниженной чувствительностью к ванкомицину не обладали фенотипом hVISA или VISA. Однако, выявленные мутации в «ключевых» генах биосинтеза пепти-догликана могут свидетельствовать о начальном этапе селекции устойчивости к ванкомицину с формированием pre — hVISA.
Ключевые слова: MRSA, ванкомицин, VISA, hVISA, геномное секвенирование, клеточная стенка.
The problem offormation and spread of S.aureus isolates with reduced sensitivity to vancomycin (Vancomycin intermediate S.aureus, VISA) limits the use of this antibiotic for the treatment ofinfections caused by MRSA. The formation of such a phenotype is complex and is associated with the accumulation of mutations in the genes involved in the biosynthesis of the cell wall. Genomic sequencing of seven isolates with different sensitivity to vancomycin and belonging to the same genetic line was carried out in the study: ST8 — t008 — SCCmec IVc. PAP analysis of isolates with reduced sensitivity to vancomycin did not reveal hVISA/VISA phenotypes, while PAP/AUC was 0.53—0.7. Comparison of 83% of the core parts ofisolates' genomes with MIC = 1 mg/ml and 2 mg/ml, as well as control genomes (NCBI GenBank) with known sensitivity, revealed different clustering, the isolates with MIC=2 mg/ml were localized in one cluster. Comparison of the nucleotide concatenate composed of 44 genes involved in the assembly of the cell wall also showed that the isolates were assembled into one cluster. Unique mutations were identified for isolates with MIC=2 mg/ml in murZ (T353A), rpoB (Y946C), and fdh2 (G446S). Thus, isolates with reduced sensitivity to vancomycin did not have the hVISA or VISA phenotype. However, the identified mutations in the «key» genes ofpeptidoglycan biosynthesis may indicate the initial stage of selection of resistance to vancomycin with the formation ofpre-hVISA.
Keywords: MRSA, vancomycin, VISA, hVISA, genomic sequencing, cell wall.
Введение
Ванкомицин — антибиотик, введённый в клиническую практику ещё в конце 1950 гг., остаётся основным препаратом и в настоящее время для
© Коллектив авторов, 2018
Адрес для корреспонденции: 197022, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д. 9. Детский научно-клинический центр инфекционных болезней
лечения многих форм инфекций, вызванных MRSA (Methicillin — resistant Staphylococcus aureus). В 2002 г. был впервые описан ванкоми-циноустойчивый клинический изолят S.aureus (Vancomycin-resistant S.aureus, VRSA), этот факт послужил тревогой во всем мире, вследствие возможного глобального распространения этого фенотипа [1]. Однако за прошедшие 16 лет в мире
описано только несколько десятков таких стафилококков. Механизм устойчивости VRSA хорошо изучен и связан с изменением мишени действия ванкомицина благодаря горизонтальному переносу генов vanAB в составе мобильных векторов от энтерококков [2]. Основной проблемой является формирование и распространение изолятов S.aureus со сниженной чувствительностью к ван-комицину (Vancomycin intermediate S.aureus, VISA). Процесс формирования такого фенотипа сложный и связан с накоплением мутаций в генах, участвующих в биосинтезе клеточной стенки, что фенотипически проявляется в её утолщении, увеличении свободных терминальных концов D-Ala-D-Ala и увеличении МПК ванкомицина от 2—32 мкг/мл [3]. Важно отметить, что изоляты MRSA с МПК 2 мкг/мл (по всем существующим критериям, это значение МПК является пока «чувствительностью») ассоциированы с высоким риском неудовлетворительной антибиотикотерапией [4—5]. В популяции MRSA c МПК 2 мкг/мл могут формироваться субпопуляции клеток с более высокими значениями МПК — 3—4 мкг/мл (Heteroresistant VISA, hVISA). Процесс формирования VISA включает многоступенчатое накопление мутаций, изменение транскриптомного профиля и связан с выраженной гетерогенностью [6]. По результатам работы группы К. Hiramatsu [3], было предложено выделить ещё два фенотипа: это: pre-hVISA, предшественник hVISA и sVISA (slow VISA). Нестабильный фенотип pre — hVISA характеризуется наличием субпопуляции, имеющей некоторые ключевые мутации, легко реверсирует либо в hVISA, либо в чувствительный вариант. sVISA — это фенотип, проявляющий высокий уровень устойчивости (МПК 8 мкг/мл и выше), но с очень низкой скоростью роста [7—8]. Обнаружение hVISA или VISA стандартными микробиологическими методами остаётся весьма проблематичным. По данным многоцентровых исследований, проведённых в России за последние 5 лет, доля изолятов MRSA c МПК ванкомицина 2 мкг/мл составляет 4—30% [9—11]. Остаётся не изученным, сколько среди таких изолятов потенциально могут быть охарактеризованы как pre-hVISA или hVISA фенотипы.
Цель работы — геномное секвенирование представителей доминирующей в России генетической линии MRSA с разной чувствительностью к ванкомицину для оценки полиморфизмов в генах, участвующих в сборке клеточной стенки.
Материал и методы
Бактериальные изоляты. Семь изолятов были восстановлены из бактериального музея ДНКЦИБ (хранение при -80°С в среде с 30% глицерином) на кровяном агаре с последующей реидентификацией на масс-спектрометре Microflex LT (Bruker Daltonics, Germany). Чувствительность к ванкомицину оценивали методом серийных разведений с использованием реко-
мендаций EUCAST. Все изоляты, включённые в работу, относились к одному генотипу: сиквенс — тип (STS), spa — тип t008 и стафилококковая mec — кассета (SCCmec) IVc типа.
Пoпyляциoнный анализ с oaiiKovinmiiiovi (PAP). Популяци-онный анализ (Population analysis profile, PAP) проводили по методике, описанной в [12]. Для этого из суточных культур, полученных на кровяном агаре, готовили инокулюм с концентрацией клеток ~9x108 KOE/мл. Далее делали разведения инокулюма с шагом в один логарифм. Готовили чашки с разной концентрацией ванкомицина 0—1б мкг/мл. Засевали все разведения инокулюма на чашки с антибиотиком. Подсчёт KOE проводили через 24 и 48 ч. После этого строили график зависимости количества KOE от концентрации антибиотика. Параметр AUC (Area under curve) рассчитывали методом трапеций. Для предсказания фенотипа hetero — VISA или VISA рассчитывали соотношение PAP/AUC относительно рефе-ренсного штамма Mu50 по формуле: AUC (тестируемый штамм) / AUC (референсный штамм). Интерпретацию результатов осушествляли исходя из следуюших критериев: при получении PAP/AUC < 0,9 — оценивали как VSSA фенотип, PAP/AUC > 0,9 — hVISA/VISA.
Пoлнoгeнoмнoe ссквсми|м>вамис. Для выделения геномной ДHK проводили предварительный лизис клеток в присутствии 5 мг/мл лизостафина (Sigma Aldrich, USA) и 100 мг/мл ли-зоцима (Amresco, USA) в трис — ЭДТА буфере в течение б0 мин при 37°С. Далее выделение и очистку ДHK проводили с использованием набора Gene JET Genomic DNA Purification Kit (Thermo Fisher Scientific, Lithuania) по протоколу производителя. Полногеномное секвенирование изолятов SA0274 и SA0422 проводили на платформе Miseq (Illumina, USA). Использовали пул библиотек ДHK, приготовленных с помошью набора Nextera XT с последуюшим получением парноконце-вых ридов размером 2x300 п. н. (ver. 3 Illumina kit). Все этапы секвенирования проводили в соответствии с протоколами производителя. Полногеномное секвенирование изолятов SA0077, SA0518 — SA0521 проводили на приборе «GS Junior» («Roche», Швейцария) с приготовлением Shotgun библиотек со стандартными наборами «GS Junior Titanium Kit» («Roche»). Среднее покрытие геномов составило х30—х70.
Анализ peзyльтaтoв (биoинфopмaциoнный анализ). Сборку геномов осушествляли с помошью SPAdes 3.5.0 [13] после предварительного анализа и редакции ридов в программах FastQC и Trimmomatic [14]. Геномное выравнивание и определение SNP (Single Nucleotide Polymorphism) проводили с использованием Parsnp — harvest [15]. Подготовка нуклео-тидных конкатенатов (concatenate nucleotide sequences), а также проведение выравнивания и построение филогенетических деревьев проводили на платформе Unipro Ugene [1б]. Полученные сиквенсы доступны в NCBI GenBank, изоляты SA0518 — SA0521: JFAY, JFAR, JHBP, JFAU, изоляты SA0077, SA0274 и SA0422 доступны в BioProject: PRJNA325350.
Peзyльтaты и oбcyждeния
Из семи изолятов, включённых в исследование, три изолята (SA0077, SA0274 и SA0422) имели MÜK ванкомицина 2 мкг/мл. Для детекции hVISA, VISA фенотипов был проведён PAP для этих изолятов, кривые зависимостей роста от различной концентрации антибиотика представлены на рис. 1. Исходя из полученных результатов видно, что изоляты с MÜK 2 мкг/мл не обладают hVISA или VISA-фенотипами, и соотношение PAP/AUC не превышало 0,7 (таблица). При этом контрольный штамм ATCC29213 с MПK 1 мкг/мл имел PAP/AUC = 0,б3. Стоит отметить, что в работе [17] было отмечено, что наибольшей долей MRSA со сниженной чувствительностью к
Рис. 1. PAP — анализ для изолятов, имеющих МПК ванкомицина 2 мкг/мл.
ванкомицину характеризуется клональный комплекс 8 (СС8), к числу которыгх, относятся и изучаемые в настоящей работе изоляты.
С целью выявления возможных механизмов, обуславливающих сниженную чувствительность к ванкомицину, бышо проведено геномное секвенирование. Для этого в качестве сравнительной группы были отобраны изоляты с МПК ванкомицина 1 мкг/мл. В анализ быши добавлены сиквен-сы референсных изолятов с хорошо описанными фенотипическими и генотипическими особенностями — это VISA и hVISA штаммы (Mu50, Mu3, JKD6008, Z172, JH9), имеющие МПК 4—8 мкг/мл. Быши включены также изоляты N315 и 16K (МПК < 2 мкг/мл). В качестве референсного штамма для сравнения всех сиквенсов был выбран штамм COL. Выбор этого штамма как референсного продиктован тем, что он был выделен ещё в 1960 годах, до периода массового применения ванкомицина в клинической практике, и таким образом возможные генетические изменения
у этого штамма под влиянием ванкомицина сведены к минимуму.
Исходя из опубликованных данных, а также анализируя биосинтетический путь сборки клеточной стенки S.aureus, при использовании базы данных KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), были отобраны 44 гена, ассоциированные со снижением чувствительности к ванкомицину. Перечень генов включал: функциональные гены: ddl, murA, murB, murZ, murC, murD, murE, murF, muri, murG, pbp2, mecA, pbp4, mprF, mraY, femAB, femX, FtsI12, msrR, sgtA;регуляторные гены: yvqF, vraSR, vraFG, vraT, walKR, graSR, sigB, rpoBC, slel, stpl; гены общего метаболизма: clpP, glnA, mgt, cmk, fdh2, glmU, SACOL2161. Перечисленные гены для каждого анализируемого изоля-та, включая контрольные, были объединены в единый конкатенат размером 59478 тыс. п.н. (около 1,5% от стафилококкового генома). Далее последовательности были выровнены с последующим кластерным анализом. Результаты геномного выравнивания и выравнивания конкатената представлены на рис. 2. Так, при геномном сравнении изучаемые изоляты были сгруппированы в несколько кластеров — A, B, C и D, при этом максимально удалёнными оказались изоляты SA0518, SA0519, SA0521. Core — часть всех сравниваемых геномов — составила 83%. Группа изолятов с МПК 2 мкг/мл была сформирована одним кластером (A), однако также здесь локализовался изолят SA0520 c МПК 1 мкг/мл. Изоляты кластера A отличались между собой на 71—132 SNP, и имели 170—213 SNP по сравнению с изо-лятом SA0520 (кластер B). Максимальное эволюционное расстояние наблюдалось при сравнении с изолятами кластеров D и С, соответственно количество SNP составляло 147—202 и 140—200. При анализе конкатената, топология кластеров
Сравнительная характеристика изолятов MRSA генетической линии ST8-t008-SCCmec IVc с разной чувствительностью к ванкомицину
Изоляты Год МПК ВАН, AUC/PAP** Миссенс-мутации в генах БПГ*
мкг/мл murA murZ murB murF mecA sgtA femX rpoB vraS fdh2
V798A
SA0077 2011 2 0,56 G257D T353A L115R T301I E246G K200R T102A L875S Y946C V91I —
V798A
SA0422 2011 2 0,7 G257D T353A L115R T301I E246G K200R T102A L875S Y946C V91I —
V798A
SA0274 2012 2 0,63 G257D T353A L115R T301I E246G K200R T102A L875S Y946C V91I G446S
SA0518 1998 1 — G257D — L115R T301I E246G K200R T102A V798A M220W L875S — —
SA0519 2005 1 — G257D V258A L115R T301I E246G K200R T102A — V91I —
SA0520 1998 1 — G257D — L115R T301I E246G K200R T102A V798A L875S V91I —
SA0521 1998 1 G257D — L115R T301I E246G K200R T102A V798A L875S V91I —
Примечание. * - БПГ - биосинтез пептидогликана; ** - AUC/PAP был сделан только для изолятов с МПК ванкоми-
цина 2 мкг/мл.
Рис. 2. Результаты выравнивания конкатената, включающего нуклеотидные последовательности 44 генов (слева) и полных геномов (справа), вид — радиальное дерево, кладограмма (пропорциональный масштаб).
Для построения дерева конкатената был использован алгоритм максимального правдоподобия PHyML. Жирным шрифтом выделены Российские изоляты; пунктиром отмечены отдельные кластеры для двух выравниваний. Для конкатената над ветвями указаны количества SNP по сравнению с референсным геномом COL.
на дереве немного менялась. В целом, вся группа анализируемых Российских изолятов была локализована достаточно близко относительно друг друга, но, тем не менее, кластер А оставался в таком же составе. Изоляты с МПК 1 мкг/мл группировались в кластеры B (SA0520, SA0521) и C (SA0518, SA0519).
При детальной оценке распределения мутаций было выявлены гены, в которых выявлялись миссенс-мутации, в частности murA, murZ, murB, murF, mecA, sgtA, femX, rpoB, vraS, fdh2 (см. табл. 1). Уникальные мутации, характерные только для изолятов с МПК 2 мкг/мл были обнаружены в нескольких генах — murZ (T353A), rpoB (Y946C) и fdh2 (G446S). Ген murZ кодирует UDP-N-acetyl-glucosamine 1-carboxyvinyltransferase, фермент участвующий на ранней стадии сборки пептидог-ликана. В недавних экспериментах было установлено, что фенотипы sVISA, полученные при селекции in vitro характеризовались наличием мутаций в этом гене в позициях G10V, T240R, T306I, авторы рассматривают эти мутации как компенсаторные при формировании высокой степени устойчивости у sVISA фенотипов [18]. Мутация в позиции T353A, обнаруженная у Российских изолятов, ранее не описывалась, и возможно является одним из факторов снижения чувствительности к ванкомицину. Также у изолята SA0519 выявлена замена в позиции V258A. Ген rpoB, кодирующий в- субъединицу РНК-полимеразы, является глобальным регулятором и важнейшим переключателем фенотипов VSSA ^ hVISA ^ VISA. Описано около 50 вариантов мутаций в rpoB у
клинических изолятов, проявляющих сниженную чувствительность к ванко-мицину, роль многих из них доказана в экспериментах по мутагенезу [6, 19]. Почти у всех изолятов были обнаружены мис-сенс-мутации в rpoB в позициях V798A и L875S. Отмечается, что такие мутации могут опосредовать формирование гоморезис-тентности к бета-лактам-ным антибиотикам, в частности к оксациллину. Высокий уровень гоморезис-тентности к оксациллину является триггерным механизмом для формирования снижения чувствительности к ванкомицину [3, 20]. Другая мутация Y946C была характерна только для изолятов с МПК 2 мкг/мл. Ранее такой вариант замены не был описан, однако данная позиция находится в локусе, где обнаруживаются мутации характерные для sVISA (H929T G977V) и VISA (L887F, Q1069E, A1085V) [3, 6]. У изолята SA0274 была обнаружена мутация (G446S) в гене fdh2, предположительно кодирующий формиатдегидрагеназу. Мутации в этом гене опосредуют утолщение клеточной стенки и обнаруживаются среди VISA изолятов [6, 21].
Проведённое исследование имеет ряд ограничений: во-первых, в работу были включены изоляты только одной генетической линии, во-вторых количество анализируемых геномов не достаточно для того, что бы сделать выводы о по-пуляционном накоплении изменений в генах биосинтеза пептидогликана, потенциально опосредующих феномен «MIC creep» (феномен сползания МПК), и в-третьих, не была проведена оценка полиморфизмов анализируемых генов в глобальной популяции S.aureus. Для подтверждения роли обнаруженных мутаций необходимо дополнительное проведение опытов по сайт-направленному мутагенезу.
Таким образом, проведённый анализ показал, что изоляты со сниженной чувствительностью к ванкомицину (МПК 2 мкг/мл) не обладают фенотипом hVISA или VISA. Однако выявленные мутации в «ключевых» генах биосинтеза пептидогликана (murZ, rpoB и fdh2) могут свидетельствовать о начальном этапе селекции устойчивости к ванкомицину с формированием pre-hVISA. Также возможным вариантом является формирование одной генетической линии со
сниженной чувствительностью к ванкомицину, которая имеет большее распространение по сравнению с другими генетическими линиями в Российской Федерации. Ранее нами отмечалось, что среди ST8 — t008-SCCmec IVc, доля изолятов с МПК 2 мкг/мл выше по сравнению с другими генетическими линиями [22]. Не смотря на большое количество альтернатив для лечения MRSA-инфекций, в нашей стране ванкомицин остаётся препаратом выбора, а также используется в эмпирической терапии. Полученные данные могут
ЛИТЕРАТУРА
1. Chang S, Sievert D.M., Hageman J.C., Boulton M.L., Tenover F.C., DownesF.P., Shah S, Rudrik J.T., Pupp G.R., Brown W.J. etal. Infection with vancomycin-resistant Staphylococcus aureus containing the vanA resistance gene. N Engl J Med 2003; 348 (14): 1342—1347.
2. Courvalin P. Vancomycin resistance in gram-positive cocci. Clin Infect Dis 2006; 42: Suppl 1: S25—34.
3. Hiramatsu K, Kayayama Y, Matsuo M, Aiba Y, Saito M, Hishinuma T, Iwamoto A. Vancomycin-intermediate resistance in Staphylococcus aureus. J Glob Antimicrob Resist 2014; 2 (4): 213—224.
4. Casapao A.M., Davis S.L., McRoberts J.P., Lagnf A.M., Patel S, Kullar R, Levine D.P., Rybak M.J. Evaluation of vancomycin population susceptibility analysis profile as a predictor of outcomes for patients with infective endocarditis due to methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2014; 58 (8): 4636—4641.
5. van Hal S.J., Lodise T.P., Paterson D.L. The clinical significance of van-comycin minimum inhibitory concentration in Staphylococcus aureus infections: a systematic review and meta-analysis. Clin Infect Dis 2012; 54 (6): 755—771.
6. Hu Q, Peng H, Rao X. Molecular Events for Promotion of Vancomycin Resistance in Vancomycin Intermediate Staphylococcus aureus. Front Microbiol 2016; 7: 1601.
7. Katayama Y, Azechi T, Miyazaki M, Takata T, Sekine M, Matsui H, Hanaki H, Yahara K, Sasano H, Asakura K. et al. Prevalence of Slow-Growth Vancomycin Nonsusceptibility in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2017; 61 (11).
8. Saito M, Katayama Y, Hishinuma T, Iwamoto A., Aiba Y, Kuwahara-Arai K, Cui L, Matsuo M, Aritaka N, Hiramatsu K. «Slow VISA», a novel phenotype of vancomycin resistance, found in vitro in heterogeneous vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus strain Mu3. Antimicrob Agents Chemother 2014; 58 (9): 5024—5035.
9. Сухорукова M.B., CKneenoea Е.Ю., Иванчик HB., Тимохова A.B., Эй-дельштейн M.B., Дехнич A.B., Козлов P.C., Попов Д.А., Астанина M.A., Жданова O.A. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Staphylococcus aureus в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования Марафон в 2011—2012 гг. КМАХ. — 2014. — Т. 16. — № 4. — С. 280—286. / Sukhorukova M. V., Ckleenova E. YU, Ivanchik N. V., Timokhova A. V., Eydel'shteynM.V., DekhnichA.V., KozlovR.S., PopovD.A., Astanina M.A., ZHdanova O.A. et al. Antibiotikorezistentnost' nozokomial'nykh shtam-mov Staphylococcus aureus v statsionarakh Rossii: rezul'taty mnogotsen-trovogo epidemiologicheskogo issledovaniya Marafon v 2011—2012 gg. KMAKH. — 2014. — T. 16. — № 4. — S. 280—286. [in Russian]
10. Гостев B.B, Калиногорская O.C., Попенко Л.Н., Черненькая T.B., На-уменко З.С., Bорошиловa Т.М., Захарова Ю.А., Хохлова O.E., Круглов А.Н., Ершова М.Г., Молчанова HB., Сидоренко C.B. Антибиотикорезистентность метициллинорезистентных штаммов Staphylococcus aureus, циркулирующих в Российской Федерации. Антибиотики и химиотер. — 2015. — 60. — № 1—2. — С. 3—9 /Gostev V.V., Kalinogorskaya O.S., Popenko L.N., Chernenkaya T.V., Naumenko Z.S., Voroshilova T.M., Zakharova Y.A., Khokhlova O.E., Kruglov A.N., Ershova M.G., Molchanova I.V., Sidorenko I.V. et al. Antibiotic Resistance of MRSA in the Russian Federation. Antibiot i Khimioter 2015; 60 (1—2): 3—9. [in Russian]
СВЕДЕНИЯ ОБ АВТОРАХ:
Гостев Бладимир Балерьевич — к. б. н., научный сотрудник отдела медицинской микробиологии и молекулярной эпидемиологии Федерального государственного бюджетного учреждения «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства», Санкт-Петербург; ассистент кафедры медицинской микробилогии Федерального государственного бюджетного образовательного учрежде-
свидетельствовать о начальном этапе селекции устойчивости к ванкомицину. В этой связи, неадекватное и продолжительное использование гликопептидов будет способствовать росту «MIC creep» и увеличению неблагоприятных исходов терапии ванкомицином.
Уведомление: исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда (проект № 1515-00185).
11. Романов А.В., Дехнич А.В., Сухорукова М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В, Эйдельштейн М.В., Козлов Р.С., Попов Д.А. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Staphylococcus aureus в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования Марафон в 2013—2014 гг. КМАХ. — 2017. — Т. 19. — № 1. — С. 57—62. / Romanov A.V., Dekhnich A.V, Sukhorukova M.V., Skleenova E.Yu, Ivanchik N.V., Eydel'shteyn M.V., Kozlov R.S., Popov D.A. Antibiotikorezistentnost' nozokomial'nykh shtammov Staphylococcus aureus v statsionarakh Rossii: rezul'taty mno-gotsentrovogo epidemiologicheskogo issledovaniya Marafon v 20132014 gg. KMAKH 2017; 19 (1): 57—62. [in Russian]
12. Wootton M, Howe R.A., Hillman R, Walsh T.R., Bennett P.M., MacGowan A.P. A modified population analysis profile (PAP) method to detect hetero-resistance to vancomycin in Staphylococcus aureus in a UK hospital. J Antimicrob Chemother 2001; 47 (4): 399—403.
13. Bankevich A., Nurk S, Antipov D, Gurevich A.A., Dvorkin M, Kulikov A.S., Lesin V.M., Nikolenko S.I., Pham S, Prjibelski A.D. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol 2012; 19 (5): 455—477.
14. Bolger A.M., Lohse M, Usadel B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data. Bioinformatics 2014; 30 (15): 2114—2120.
15. Treangen T.J., Ondov B.D., Koren S, PhillippyA.M. The Harvest suite for rapid core-genome alignment and visualization of thousands of intraspe-cific microbial genomes. Genome Biol 2014; 15 (11): 524.
16. Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics 2012; 28 (8): 1166—1167.
17. Holmes N.E., Turnidge J.D., Munckhof W.J, Robinson J.O., Korman T.M, OSullivan M.V, Anderson T.L., Roberts S.A, Warren S.J., Coombs G.W. et al. Genetic and molecular predictors of high vancomycin MIC in Staphylococcus aureus bacteremia isolates. J Clin Microbiol 2014; 52 (9): 3384—3393.
18. Matsuo M., Hishinuma T., Katayama Y., Hiramatsu K. A mutation of RNA polymerase beta' subunit (RpoC) converts heterogeneously van-comycin-intermediate Staphylococcus aureus (hVISA) into «slow VISA». Antimicrob Agents Chemother 2015; 59 (7): 4215—4225.
19. Katayama Y., Sekine M., Hishinuma T., Aiba Y., Hiramatsu K. Complete Reconstitution of the Vancomycin-Intermediate Staphylococcus aureus Phenotype of Strain Mu50 in Vancomycin-Susceptible S.aureus. Antimicrob Agents Chemother 2016; 60 (6): 3730-3742.
20. Aiba Y, Katayama Y, Hishinuma T, Murakami-Kuroda H, Cui L, Hiramatsu K. Mutation of RNA polymerase beta-subunit gene promotes heterogeneous-to-homogeneous conversion of beta-lactam resistance in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2013; 57 (10): 4861—4871.
21. Matsuo M, Cui L, Kim J., Hiramatsu K. Comprehensive identification of mutations responsible for heterogeneous vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (hVISA)-to-VISA conversion in laboratory-generated VISA strains derived from hVISA clinical strain Mu3. Antimicrob Agents Chemother 2013; 57 (12): 5843—5853.
22. Gostev V., Kruglov A., Kalinogorskaya O, Dmitrenko O, Khokhlova O, Yamamoto T., Lobzin Y., Ryabchenko I., Sidorenko S. Molecular epidemiology and antibiotic resistance of methicillin-resistant Staphylococcus aureus circulating in the Russian Federation. Infect Genet Evol 2017; 53: 189—194.
ния высшего образования «Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, Санкт-Петербург
Калиногорская Ольга Серафимовна — к. м. н. , научный сотрудник отдела медицинской микробиологии и молекулярной эпидемиологии Федерального государственного бюджетного учреждения «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства», Санкт-Петербург
Юдин Сергей Михайлович — д. м. н., профессор, директор Федерального государственного бюджетного учреждения Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью, Москва Дмитренко Ольга Александровна — д. б. н., ведущий научный сотрудник, лаборатории молекулярных основ пато-генности (c группой стафилококковых инфекций) отдела бактериальных инфекций Федерального государственного бюджетного учреждения «Федеральный научно-исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почетного академика Н. Ф. Гамалеи», Москва Кудрявцева Анна Викторовна — к. м. н., ведущий научный сотрудник Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта» РАН (ИМБ РАН), Москва
Сидоренко Сергей Владимирович — профессор, д. м. н., ведущий научный сотрудник отдела медицинской микробиологии и молекулярной эпидемиологии Федерального государственного бюджетного учреждения «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства», Санкт-Петербург; профессор кафедры медицинской микробиологии Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «СевероЗападный государственный медицинский университет им. И. И. Мечникова» Министерства здравоохранения Российской федерации, Санкт-Петербург
