CC BY
0
РОССИЙСКИЙ Willi НШОШЕСКШ 11VII ШГРЕСС 2D23 АЛ I II
Онкогенетика
ОПЫТ ДЕТЕКТИРОВАНИЯ МИКРОСАТЕЛЛИТНОЙ НЕСТАБИЛЬНОСТИ МЕТОДОМ NGS У ПАЦИЕНТОВ С СОЛИДНЫМИ ОПУХОЛЯМИ ПО ОПУХОЛИ И ЖИДКОСТНОЙ БИОПСИИ
A.А. Лебедева1, В.Д. Якушина1,2, Т.В. Григорьева1,3,4, О.А. Кузнецова1,5, Е.В. Белова1,6, А.И. Кавун1, С.И. Алия-рова1, Е.М. Веселовский1, А.А. Трякин5, М.Ю. Федянин4,5,7,
B.А. Милейко1, М.В. Иванов1,8
Место работы: 1. ООО «Онкодиагностика Атлас», Москва, Россия; 2. ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова», Москва, Россия; 3. ГНЦ ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Москва, Россия; 4. ФГАОУ «РНИМУ имени Н.И. Пирогова» Минздрава России, Москва, Россия; 5. ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, Москва, Россия; 6. ФГБОУВО «МГУим. М.В. Ломоносова» Москва, Россия; 7. ММКЦ «Коммунарка» Минздрава России, Москва, Россия; 8. МФТИ (Национальный исследовательский университет), Долгопрудный, Россия Эл. почта: maksim.v.ivanov@phystech.edu
Цель: Ввиду внедрения ингибиторов контрольных точек иммунного ответа (ИКТИО) для лечения широкого спектра солидных опухолей, в том числе всех солидных опухолей при наличии микросателлитной нестабильности (MSI), разработка методов для высокоточного детектирования MSI при помощи секвенирования следующего поколения (NGS) является востребованной задачей прецизионной онкологии.
Материалы и методы: Для разработки метода определения MSI были предварительно отобраны микросателлитные повторы (локусы). Валидация тест-системы проводилась с использованием биологического материала пациентов с различными солидными опухолями: Н-архивный FFPE материал пациентов с известным статусом микросателлитной нестабильности (метод определения — ИГХ/ПЦР); Г2-архивный парный (FFPE/цоДНК) материал пациентов сонкологическими заболеваниями, в которых крайне редко встречается (< 1 %) микросателлитная нестабильность (ИГХ/ПЦР не проводилось); ГЗ-парный (FFPE/цоДНК) материал MSI пациентов. Для всех пациентов (Г1, ГЗ) по FFPE материалу был проведен анализ MSI конвенциональными методами («золотой стандарт»): ИГХ (анализ экспрессии MLH1, MSH2, PMS2, MSH6) и ПЦР (анализ локусов NR-21, BAT-26, BAT-25, NR-24, NR-27). Положительными (MSI) считались случаи, когда по результатам одного из конвенциональных методов анализа (ПЦР или ИГХ) выявлялся MSI статус. Отрицательными (MSI-) считались случаи, при которых по результатам и ИГХ, и ПЦР был MSI- статус. Детектирование MSI в данных секвенирования производилось с помощью анализа представленности k-меров 28 микросателлитных повторов.
Результаты: Всего были проанализированы образцы 109 пациентов: у 43 (39,4%) пациентов был немелкокле-точный рак легкого (НМРЛ), у 30 (27,5%) был колорек-тальный рак (КРР), у 16 (14,7%) был рак молочной железы (РМЖ), у 13 (11,9%) была меланома кожи, у 6 (5,5%) был рак желудка (РЖ), у 1 (0,9%) пациента была опухоль ЖКТ без уточнения. У 13 (12%) пациентов была I стадия заболевания, у 16 (14,8%) была II стадия заболевания, у 18 (16,7%) — III стадия, у 44 (40,7%) пациентов была IV стадия заболевания, для 7 пациентов информация о стадии была недоступна. Суммарно было проанализировано 123 образца: 77 (62,6%) опухолевых образцов и 46 (37,4%) образцов жидкостной биопсии, для 6 (5,5%) пациентов были доступны парные образцы опухоли и жидкостной биопсии. В Г1 было набрано 30 FFPE образцов (25 — КРР, 4 — РЖ, 1 — опухоль ЖКТ без уточнения); в Г2 было отобрано 72 образца (43 — НМРЛ, 13 — РМЖ, 13 — меланома), из которых 41 — FFPE, 31 — материал жидкостной биопсии; в Г3 был набран 21 образец для 6 пациентов (4 КРР, 2 РЖ), из них 6 образцов опухолевой ткани и 15 образцов жидкостной биопсии (в среднем 2,5 образца жидкостной биопсии на 1 пациента, максимальное значение — 4). Уровень согласия (к) между NGS и «золотым стандартом» (ИГХ или ПЦР) в Г1 составил 0,8 (95% ДИ, 0,58-1) [уровень согласия (к) с ПЦР 0,93 (95% ДИ, 0,8-1)], в Г3 — 1. В Г2 для 31 (100%) наблюдался MSS статус по результатам NGS. В Г3 для всех 6 образцов FFPE не было расхождений между результатами конвенциональных методов и NGS. При сравнении результатов анализа MSI «золотым стандартом» и NGS с использованием всего FFPE материала из всех подгрупп уровень согласия (к) составил 0,9 (95% ДИ, 0,880,92). При сравнении результатов анализа конвенциональными методами FFPE образцов была выявлена низкая кон-кордантность между результатами MSI, полученных ИГХ и ПЦР (к = 0,5, 95% ДИ, 0,22-0,78). При сравнении ПЦР и NGS наблюдалась высокая конкордантность результатов MSI (к = 0,94, 95% ДИ, 0,83-1). Однако, конкордантность результатов, полученных ИГХ и NGS, конкордантность была ниже (к = 0,55, 95% ДИ, 0,28-0,83). Чувствительность/специфичность NGS в отношении детектирования MSI при сравнении с ИГХ составила 76,2%/80%. Чувствительность/специфичность NGS в отношении детектирования MSI при сравнении с ПЦР составила 95,5%/100%. Чувствительность/специфичность NGS в отношении детектирования MSI по cfDNA при сравнении сNGS по FFPE составила 100%/100%.
Заключение: При сравнении результатов анализа конвенциональными методами FFPE образцов была выявлена относительно низкая конкордантность между результатами MSI, полученных ИГХ и ПЦР (к = 0,5, 95% ДИ, 0,22-0,78). При сравнении ПЦР и NGS наблюдалась высокая конкор-дантность результатов MSI (к = 0,94, 95% ДИ, 0,83-1), конкордантность результатов, полученных ИГХ и NGS, конкордантность была ниже (к = 0,55, 95% ДИ, 0,28-0,83). Чувствительность детектирования MSI по cfDNA составила 100%. Исследование выполнено за счет гранта Рос-
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том/vol. 13 #3s1 • 2023
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
ТЕЗИСЫ ПОСТЕРНЫХ ДОКЛАДОВ И ПРИНЯТЫЕ К ПУБЛИКАЦИИ
Онкогенетика
сийского научного фонда № 22-75-10154, https://rscf.ru/ project/22-75-10154/
ВЛИЯНИЕ ВЫСОКИХ ДОЗ АПО-ЛАКТОФЕРРИНА НА ЭПИГЕНОМНЫЙ СТАТУС КЛЕТОК НЕЙРОБЛАСТОМЫ IMR-32
И.О. Сучкова, Н.И. Дергачева, Л.К. Сасина, Е.Л. Паткин
Место работы: ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины», Санкт-Петербург, Россия Эл. почта: irsuchkova@mail.ru
Цель: Исследовать влияние апо-формы рекомбинантного LF человека (apo-rhLF) на метилирование ДНК и компакти-зацию хроматина клеток нейробластомы IMR-32. Материалы и методы: IMR-32 культивировали 24 ч до достижения 25-30% конфлюэнтности. В опытные образцы добавляли apo-rhLF (конечные концентрации 1, 5, 10 мг/мл) и продолжали культивирование еще 72 ч. Количественную оценку полногеномного метилирования ДНК по CCGG сайтам проводили с помощью метил-чувствительной рестрикции с последующим анализом электрофореграмм в программе ImageJ. Степень компактизации хроматина определяли с использованием ДНКазы I и ImageJ анализа. Статистическую обработку проводили непараметрическими критериями Крускала-Уоллиса и Данна в GraphPad Prism v 8.0.1. Результаты: Дозы 1 и 5 мг/мл apo-rhLF повысили уровень полногеномного метилирования ДНК (63,4% и 56,2% vs 49,5% в контроле), тогда как доза 10 мг/мл, напротив, понизила метилирование до 42,3% (p < 0,001). При этом все три дозы apo-rhLF (1, 5 и 10 мг/мл) снизили степень компактизации хроматина в IMR-32 (47,2%, 67,2% и 75,1 % vs 88,4% в контроле) (p < 0,001).
Заключение: Apo-rhLF влияет на эпигеном IMR-32. Предполагается, что LF способен модулировать активность генов, изменяя паттерн метилирования ДНК и влияя на структуру хроматина, что может быть одним из молекулярных механизмов его противоопухолевого действия. Работа выполнена в рамках гос. задания № FGWG-2022-0012
СИСТЕМНЫЙ ОТВЕТ НА АДЪЮВАНТНУЮ ЛУЧЕВУЮ ТЕРАПИЮ У БОЛЬНЫХ РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ НОСИТЕЛЕЙ ПОЛИМОРФИЗМА-ЗО8 (G/A) TNF
Т.Ф. Маливанова, Т.А. Астрелина, И.В. Кобзева, Ю.Б. Сучкова, В.А. Никитина, А.И. Головкова, Д.Ю. Усупжанова, В.А. Брунчуков, А.А. Расторгуева, Е.Е. Ломоносова, Е.О. Любаева, А.П. Кирильчев, М.Ю. Сухова, А.С. Самойлов
Место работы: ФГБУ «ГНЦ ФМБЦ имени А.И. Бурназяна» ФМБА
России, Москва, Россия
Эл. почта: tmalivanova@yandex.ru
Цель: Адъювантная лучевая терапия (АДЛТ), действуя не только местно, но и системно, приводит к сдвигу го-меостаза, что отражается в рутинных общеклинических тестах. Фактор некроза опухоли (TNF) это провоспали-тельный цитокин, на продукцию которого способен влиять полиморфизм-308 (G/A) TNF. Аллель -308A гена TNF может входить в наследуемый гаплотип AH8.1 комплекса генов HLA, при этом носительство аллеля-308А вне га-плотипа AH8.1 ассоциировано с плохим прогнозом у больных раком молочной железы (РМЖ). Цель исследования — оценка особенностей системного ответа на курс АДЛТ у носителей TNF-ассоциированных генотипов при РМЖ. Материалы и методы: Образцы венозной крови были получены от 147 больных РМЖ в начале и в конце курса АДЛТ (РОД 2 Гр до СОД 50 Гр). Методом аллель-специфической ПЦР определяли аллели -308 (G/A) TNF и маркерные аллели гаплотипа AH8.1 (HLA-A*01, HLA-B*08 и HLA-DRB1*03). Методом ИФА в 102 образцах плазмы крови была определена концентрация sTNF. Клинико-морфологические характеристики и данные общеклинического анализа крови получали из историй болезни. При статистической обработке данных использовали критерий xi2, ANOVA с поправкой по Тьюки и корреляционный анализ. Для всех к ритериев различия считали достоверными при p < 0,05. Результаты: На основе генотипирования были выделены три TNF-ассоциированные группы: 114 (77,6%) носителей -308GG гена TNF независимо от гаплотипа AH8.1; 23 (15,6%) носителя -308A (AH8.1pos) имели хотя бы один маркерный аллель AH8.1; 10 (6,8%) носителей -308A (AH8.1neg) не имели ни одного маркерного аллеля AH8.1. Группы сравнения не имели достоверных отличий по стадии, степени злокачественности, гистологическому типу, молекулярному подтипу РМЖ и числу пациентов, получавших полихимиотерапию до проведения курса АДЛТ. Средняя концентрация sTNF в группе носителей прогностически неблагоприятного генотипа -308A (AH8.1neg) была достоверно выше в начале и в конце АДЛТ (13,6 и 17,8 пкг/мл, соответственно), по сравнению с носителями -308GG (4,9 пкг/мл в начале и 2,9 пкг/мл в конце АДЛТ) и -308A (AH8.1pos) (6,7 пкг/мл в начале и 1,9 пкг/мл в конце АДЛТ). При проведении курса АДЛТ было отмечено достоверное снижение абсолютных показателей лимфоцитов во всех группах сравнения, тромбоцитов и sTNF — у носителей -308GG и -308A (AH8.1pos). В прогностически неблагоприятной группе -308A (AH8.1neg) выявлены сильные положительные корреляционные связи между sTNF и нейтрофилами (r = 0,70; p = 0,027), sTNF и тромбоцитами (r = 0,67; p = 0,039) только в конце АДЛТ, тогда как в начале АДЛТ корреляционные связи между sTNF и составляющими формулы крови были слабыми (r<0,3) и статистически недостоверными.
Заключение: АДЛТ оказывала угнетающее действие на уровень маркера воспаления sTNF и абсолютные показатели лимфоцитов и тромбоцитов у больных РМЖ носителей двух TNF-ассоциированных генотипов -308GG и -308A (AH8.1pos). Однако у носителей прогностически
ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫЕ ОПУХОЛИ Российское общество клинической онкологии
том/vol. 13 #3s1 • 2023
MALIGNANT TUMOURS
Russian Society of Clinical Oncology
