CC BY
0Актуальность
Наличие перестроек с участием гена FGFR2 служит основным критерием при назначении таргетных препаратов из класса FGFR-ингибиторов при холангиокарциноме [1]. В то же время некоторые точечные мутации и делеции в гене FGFR2 [2, 3], а также транслокации с участием других генов семейства FGFR, также могут быть связаны с чувствительностью к данным препаратам. Используемые в настоящее время методы тестирования нарушений в генах семейства FGFR (FISH, NGS) отличаются высокой стоимостью анализа и/или невозможностью выявлять все изменения, связанные с чувствительностью к таргетной терапии FGFR-ингибиторами.
Цель
Целью исследования стала разработка эффективного диагностического подхода, позволяющего определять присутствие различных нарушений, затрагивающих гены FGFR1-4, в холангиокарциномах.
Материалы и методы
Для решения поставленной задачи был разработан метод таргетного секвенирования РНК на основе технологии 3'-RACE (быстрая амплификация З'-концов кДНК). При помощи нового метода были изучены образцы различных опухолей билиарного тракта (срезы парафиновых блоков, n=134), включая 70 случаев внутрипеченочной холангиокарциномы, 36 случаев холангиокарциномы внепеченочной локализации, в том числе 7 случаев опухоли Клацкина, а также 29 случаев рака желчного пузыря. В качестве метода сравнения был выбран анализ с использованием набора для подготовки NGS-библиотек TruSight Tumor 170 (Illumina, США). Секвенирование производилось на приборах Illumina MiSeq и NextSeq 550.
Результаты
Применение нового подхода позволило выявить транслокации с участием гена FGFR2 в 10 (14,3%) вну-трипеченочных холангиокарциномах, но ни в одной из опухолей билиарного тракта, локализованных вне печени. Партнерами по перестройкам FGFR2 выступали гены AHCYL1 (в 2 случаях), BICC1 (в 2 случаях), CCDC6, CFAP57, LRRFIP2, SLMAP, SORBS1 и VCL. Точечные замены в гене FGFR2 были обнаружены в 4 опухолях: активирующая мутация C382R была выявлена в одной внутрипеченочной и в одной внепеченоч-ной холангиокарциноме, не описанная ранее мутация R203S — во внутрипеченочной карциноме, а мутация I548V, расположенная внутри киназного домена, — в опухоли с перестройкой FGFR2-BICC1. Нарушений, затрагивающих другие гены семейства FGFR, в исследованных образцах обнаружено не было. Результаты, полученные с использованием набора TruSight Tumor 170 для 24 холангиокарцином внутрипеченочной локализации, полностью соответствовали результатам, полученным при применении нового подхода.
Выводы
Методика таргетного секвенирования РНК, разработанная на основе технологии З'-RACE, отличаясь от аналогов высокой скоростью подготовки NGS-библиотек и низкой себестоимостью, позволяет эффективно выявлять мутации в гене FGFR2 и транслокации с участием этого гена в холангиокарциномах.
Работа выполнена при поддержке гранта РНФ № 22-15-00487.
Список литературы
1. Vogel A, Segatto O, Stenzinger A, Saborowski A . FGFR2 Inhibition in Cholangiocarcinoma // Annu Rev Med . 2023;74:293-
306 . DOI: 10 ,1146/annurev-med-042921-024707 .
2 Cleary JM, Raghavan S, Wu Q et al FGFR2 Extracellular Domain In-Frame Deletions Are Therapeutically Targetable Ge-
nomic Alterations That Function as Oncogenic Drivers in Cholangiocarcinoma // Cancer Discov. 2021;11(10):2488-2505 .
DOI: 10 1158/2159-8290 CD-20-1669
3 Hempel L, Lapa C, Dierks A, et al A new promising oncogenic target (p C382R) for treatment with pemigatinib in patients
with cholangiocarcinoma // Ther Adv Med Oncol . 2022;14:17588359221125096 . DOI: 10 .1177/17588359221125096 .
Определение клинически значимых транлокаций в KRAS-негативных
опухолях поджелудочной железы
Авторы:
(1) Тюрин Владислав Ильич, tyurinvladislav@gmai.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(2) Преображенская Елена Васильевна, chekmarevaev@mail.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(3) Митюшкина Наталья Владимировна, nmmail@inbox.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(4) Романько Александр Андреевич, romanko.aleksandr.a@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(5) Анускина Александра Алексеевна, asokolova98@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(6) Мулкиджан Римма Сергеевна, mulkidzhan17@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(7) Саитова Евгения Станиславовна, zhenya.saitowa2017@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(8) Шевяков Михаил Павлович, shevmihail@icloud.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(9) Алексахина Светлана Николаевна, abyshevasv@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(10) Иевлева Аглая Геннадьевна, aglayai@inbox.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(11) Мартьянов Александр Сергеевич, anna.message19@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(12) Мартыненко Дарья Евгеньевна, martapring14@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(13) Шестакова Анна Дмитриевна, anna.message19@gmail.com, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(14) Янус Григорий Аркадьевич, octavedoctor@yandex.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(15) Имянитов Евгений Наумович, evgeny@imyanitov.spb.ru, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, Санкт-Петербург
Ключевые слова
рак поджелудочной железы, ПЦР, NGS, ALK, KRAS, ROS1, RET, NTRK1-3
Актуальность
Рак поджелудочной жедезы (РПЖ) — одна из самых неблагоприятных форм злокачественных новообразований с ограниченным числом терапевтических подходов [1, 3]. Применение эффективной таргетной терапии ограничено низкой встречаемостью мутаций, опосредующих чувствительность к таргетной терапии в последовательных случаях РПЖ. В литературе описаны единичные случаи РПЖ с перестройками генов ALK, ROS1 и NTRK1-3 [2-6]. В то же время наиболее распространенная форма (~85-95% случаев), протоковая аденокарцинома, с крайне высокой вероятностью содержит KRAS-мутацию (до 90%), являющуюся взаимоисключающим событием для указанных транслокаций [2, 3, 5]. Мы предположили, что, исследовав группу KRAS-негативных РПЖ при помощи отработанных нами раннее методик, мы обнаружим в существенном числе случаев клинически значимые транслокации.
Цель
Исследовать встречаемость транслокаций с участием генов ALK, ROS1, RET, NTRK1-3 в KRAS-негативных опухолях поджелудочной железы.
Материалы и методы
Коллекция из 108 образцов нуклеиновых кислот (ДНК и РНК), выделенных из KRAS-негативных опухолей поджелудочной железы, была протестирована на наличие указанных транслокаций методом обратно-транскрипционной ПЦР (ОТ-ПЦР). Была проведена оценка дисбаланса экспрессии 5'- и 3'- концевых регионов перестраиваемых генов, а также выполнялась мультиплексная вариант-специфическая ПЦР на распространенные варианты транслокаций.
Результаты
В результате тестирования удалось выявить 4 позитивных случая, демонстрирующих дисбаланс экспрессии перестраиваемых генов (2 случая ALK, 1 — RET, 1 — NTRK1). С помощью вариант-специфической ПЦР были определены перестройки EML4-ALK (E13;A20), NCOA4-RET (N7;R12), оставшиеся 2 случая содержали редкие химерные транскрипты, которые были идентифицированы с помощью таргетного NGS-секвенирования: GCC2-ALK (G7;A20), GP2-NTRK1 (G3;N8). Важно заметить, что в протестированных образцах практически не экспрессировался ген ROS1, что дополнительно свидетельствует об отсутствии в нем активирующих мутаций, в том числе и перестроек.
Выводы
Встречаемость перестройки гена ALK составила 1,85%, RET и NTRKl-транслокаций по 0,93%. Таким образом, пациентам с KRAS-негативным раком поджелудочной железы рекомендуется выполнение молеку-лярно-генетического тестирования на клинически значимые транслокации. Обнаружение данных перестроек позволит назначить таргетную терапию, что может существенно улучшить прогноз заболевания.
Работа поддержана грантом РНФ № 17-75-30027.
Список литературы
1. World Health Organization International Agency for Research on Cancer (IARC) . GLOBOCAN 2012: estimated cancer incidence, mortality and prevalence worldwide in 2020 . [cited 2023 Apr 12] . Available from: https://gco . iarc . fr/today/ home
1. Gupta M . et al . Targeting the NTRK fusion gene in pancreatic acinar cell carcinoma: A case report and review of the Literature // Journal of the National Comprehensive Cancer Network . 2021. V. 19 . № . 1. P 10-15 . 1. Luo J . KRAS mutation in pancreatic cancer // Seminars in oncology. WB Saunders, 2021. V 48 . № 1. P. 10-18 . 1. Ou K . et al . ALK rearrangement-positive pancreatic cancer with brain metastasis has remarkable response to ALK inhibitors: A case report // Frontiers in Oncology. 2021. P. 3482. 1 Philip P A et al Molecular characterization of KRAS wild-type tumors in patients with pancreatic adenocarcinoma //Clinical
Cancer Research . 2022 . V. 28 . № 12 . P 2704-2714. 1. Singhi A . D . et al . Identification of targetable ALK rearrangements in pancreatic ductal adenocarcinoma // Journal of the National Comprehensive Cancer Network . 2017 . V 15 . № 5 . P. 555-562 .
Изучение гигантских полиплоидных опухолевых клеток
глиобластом человека
Авторы:
(1) Пиневич Агния Александровна, agniapinevich@gmail.com, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет», Санкт-Петербург
(2) Вартанян Наталья Левоновна, nataly.vartanian@gmail.com, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(3) Крутецкая Ирина Юрьевна, 3136086@mail.ru, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(4) Киселева Любовь Николаевна, luba_kiseleva@mail.ru, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(5) Карташев Артем Владимирович, arxiator@mail.ru, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(6) Макаров Виктор Евгеньевич, makarovve-med@yandex.ru, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России,, Санкт-Петербург
(7) Понежа Тамара Евгеньевна, tamara_ponezha@inbox.ru, ФГБУ «Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, Санкт-Петербург
(8) Самойлович Марина Платоновна, mpsamoylovich@gmail.com, ФГБУ«Российский научный центр радиологии и хирургических технологий им. академика А.М. Гранова» Минздрава России, ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет», Санкт-Петербург
Ключевые слова
глиобластома, гигантские опухолевые клетки, облучение, Гамма-нож
Актуальность
Для большинства глиобластом характерно присутствие гигантских полиплоидных опухолевых клеток, которые становятся одной из причин прогрессии опухолей и метастазирования. Действие химио- и радиотерапии стимулирует образование таких клеток.
Цель
Изучение гигантских полиплоидных опухолевых клеток разных линий глиобластом человека после облучения на аппарате Гамма-нож.
