CC BY
162
Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2022;21(6):3228. doi:10.15829/1728-8800-2022-3228 ISSN 1728-8800 (Print) ISSN 2619-0125 (Online)
Ш
РОПНИЗ
%0j
41 ,
«MHÜ
V9
РОССИЙСКОЕ
КАРДИОЛОГИЧЕСКОЕ
ОБЩЕСТВО
Новый штамм SARS-CoV-2 Омикрон — клиника, лечение, профилактика (обзор литературы)
Вечорко В. И.1, Аверков О. В.1, Зимин А. А.
1, 2
:ГБУЗ "Городская клиническая больница № 15" Департамента здравоохранения Москвы. Москва; 2ФГБНУ "Научный центр неврологии". Москва, Россия
Несмотря на снижение уровня заболеваемости, на сегодняшний день проблема новой коронавирусной инфекции (COVID-19, COronaVIrus Disease 2019) в глобальном масштабе остается актуальной. Среди вариантов вируса SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) на сегодняшний день штамм Омикрон является доминирующим. Отличительными свойствами нового штамма являются более короткий инкубационный период (1-5 сут.), высокая контагиозность, относительно легкое течение заболевания, что связано с наибольшим среди всех вариантов вируса SARS-CoV-2 числом мутаций в геноме. Для нового штамма характерны симптомы поражения верхних дыхательных путей: насморк, выраженная боль в горле, чихание, реже — кашель, головная боль, слабость. Пероральные противовирусные препараты Паксловид и Молнупиравир эффективны для лечения при легкой и среднетяжелой формах COVID-19, в т.ч. на амбулаторном этапе медицинской помощи. При лечении пациентов со среднетяжелыми и тяжелыми случаями COVID-19 по-прежнему эффективны корти-костероиды и блокаторы рецепторов интерлейкина-6, эффективность анти-SARS-CoV-2 моноклональных антител на сегодняшний день полностью не доказана. Вакцинация, особенно с применением бустерных доз, против SARS-CoV-2 является наиболее эффективным методом предотвращения и ликвидации COVID-19. Цель обзора — анализ литературы для определения ключевых аспектов профилактики, клиники и лечения нового варианта вируса SARS-CoV-2 Омикрон. В работе использованы источники из научных баз PubMed, eLibrary, MedRxiv, Google Scholar, опубликованных за пе-
риод с ноября 2021 по 25 февраля 2022гг, посвященных профилактике, диагностике и лечению COVID-19, вызываемой штаммом вируса SARS-CoV-2 Омикрон. В качестве ключевых слов использованы: "Омикрон/Omicron", "SARS-CoV-2", "COVID-19", "Omicron treatment". На основании анализа можно сделать вывод, что COVID-19, вызванная штаммом Омикрон, характеризуется относительно легким течением, однако из-за его высокой контагиозности данный штамм представляет существенную проблему вследствие избыточной нагрузки на амбулаторное и на стационарное звено здравоохранения, включая отделения реанимации и интенсивной терапии.
Ключевые слова: Омикрон, COVID-19, SARS-CoV-2. Отношения и деятельность: нет.
Поступила 28/02-2022 Рецензия получена 02/04-2022 Принята к публикации 10/05-2022
Для цитирования: Вечорко В. И., Аверков О. В., Зимин А. А. Новый штамм SARS-CoV-2 Омикрон — клиника, лечение, профилактика (обзор литературы). Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2022;21(6):3228. (^о1:10.15829/1728-8800-2022-3228. ЕРЫ ОЛРОЛМ
New SARS-CoV-2 Omicron variant — clinical picture, treatment, prevention (literature review)
Vechorko V. I.1, Averkov O. V.1, Zimin A. A.1, 2
1City Clinical Hospital №15. Moscow; 2Research Center of Neurology. Moscow, Russia
Despite the decrease in the incidence rate, today the problem of a co-ronavirus disease 2019 (COVID-19) remains relevant on a global scale. Among the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2) variants, the Omicron is currently dominant. The differentiating properties of the Omicron variant are a shorter incubation period (1-5 days), high contagiousness, and a relatively mild course of the disease, which is associated with the highest number of genome mutations among all SARS-CoV-2 variants. The new variant is characterized by upper respiratory tract symptoms: rhinorrhea, severe sore throat, sneezing, less commonly cough, headache, and weakness. Oral antiviral drugs Paxlovid and Molnupiravir are effective for treating mild to moderate COVID-19, including in outpatients.
*Автор, ответственный за переписку (Corresponding author): e-mail: [email protected] Тел.: +7 (909) 694-98-08
[Вечерко В. И. — к.м.н., доцент, главный врач, ORCID: 0000-0003-3568-5065, Аверков О. В. Зимин А. А.* — к.п.н., аналитик, н.с., ORCID: 0000-0002-9226-2870].
While corticosteroids and interleukin-6 receptor antagonists are still effective in treating patients with moderate to severe COVID-19, the effectiveness of anti-SARS-CoV-2 monoclonal antibodies has not yet been fully proven. Vaccination, especially booster doses, against SARS-CoV-2 is the most effective method of preventing COVID-19. The review purpose was to analyze the literature to determine the key aspects of prevention, clinical picture and treatment of a new SARS-CoV-2 Omicron variant. The work used publications for the period from November 2021 to February 25, 2022, dedicated to the prevention, diagnosis and treatment of COVID-19 caused by the Omicron variant from the following databases: PubMed, eLibrary, MedRxiv, Google Scholar. The following key words were used: "Omicron", "SARS-
- д.м.н., профессор, зам. главного врача по лечебной работе, ORCID: 0000-0002-3010-755X,
CoV-2", "COVID-19", "Omicron treatment". The analysis showed that COVID-19 caused by the Omicron variant is characterized by a relatively mild course. However, due to high contagiousness, this variant poses a significant problem due to the excessive load on outpatient and inpatient healthcare, including intensive care units. Keywords: Omicron, COVID-19, SARS-CoV-2.
'Corresponding author: [email protected]
Received: 28/02-2022 Revision Received: 02/04-2022 Accepted: 10/05-2022
Relationships and Activities: none.
Vechorko V. I . ORCID: 0000-0003-3568-5065, Averkov O. V. ORCID: 0000-0002-3010-755X, Zimin A.A.* ORCID: 0000-0002-9226-2870.
For citation: Vechorko V. I., Averkov O. V., Zimin A. A. New SARS-CoV-2 Omicron variant — clinical picture, treatment, prevention (literature review). Cardiovascular Therapy and Prevention. 2022;21(6):3228. (In Russ.) doi:10.15829/1728-8800-2022-3228. EDN OJFOJM
ВОЗ — Всемирная организация здравоохранения, ДИ — доверительный интервал, ОР — отношение рисков, ОШ — отношение шансов, ОРИТ — отделение реанимации и интенсивной терапии, ПЦР — по-лимеразная цепная реакция, ССЗ — сердечно-сосудистые заболевания, COVID-19 — Coronavirus Disease 2019, MedRxiv — бесплатный онлайн-архив и сервер распространения полных, но неопубликованных статей (препринтов) по медицинским, клиническим и смежным наукам о здоровье, SARS-CoV-2 — Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2.
Ключевые моменты Что известно о предмете исследования?
Вариант Омикрон имеет наибольшее количество мутаций среди идентифицированных на данный момент штаммов вируса SARS-CoV-2, "вызывающих беспокойство" (Variants of Concern). Значительно более короткий (1-5 сут.), чем у других штаммов вируса SARS-CoV-2 инкубационный период и высокая контагиозность — отличительные черты варианта Омикрон.
Что добавляют результаты исследования? Мутации в структуре нового штамма повышают вирулентность возбудителя и способствуют уклонению от иммунитета, сформированного как вследствие перенесенного заболевания, так и в результате вакцинации. У вакцинированных лиц сохраняется риск заболеть COVID-19, вызванной штаммом Омикрон, но в более легкой форме, чем у непривитых.
Key messages What is already known about the subject?
The Omicron has the highest number of mutations among the SARS-CoV-2 variants of concern identified.
Significantly shorter (1-5 days) incubation period and high contagiousness are the hallmarks of the Omicron variant.
What might this study add? Mutations of the Omicron variant increase its virulence and contribute to the immune evasion, formed as a result of the disease, and as a result of vaccination.
Vaccinated individuals remain at risk of COVID-19 caused by the Omicron variant, but in a milder course than those who are not vaccinated.
Введение
С конца 2019г продолжается пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19, COronaVIrus Disease 2019), вызываемой вирусом SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2). За этот период вирус распространился по всему миру с общим числом заболеваний >430 млн и летальными исходами в количестве >5,9 млн случаев (данные на 25 февраля 2022г)'. Благодаря крупномасштабным научным исследованиям, проводимым по всему миру, а также накопленному клиническому опыту, были разработаны подходы к профилактике, диагностике и лечению COVID-19. Эти подходы отражены в международных2 и российских рекомен-
дациях по профилактике, диагностике и лечению данного заболевания3 и нашли свое применение в клинической практике. Заболеваемость СОУГО-19 как в России, так и во всем мире меняется волнообразно. С начала января 2022г отмечается пятая "волна" заболеваемости СОУГО-19, для которой характерен резкий рост с максимальными за весь период пандемии абсолютными значениями числа заболевших. Эту "волну" связывают с распространением нового варианта вируса SARS-CoV-2 Омикрон.
Штамм SARS-Cov-2 Омикрон (В.1.1.529) впервые был выявлен 9 ноября 2021г в ЮАР, а 26 ноября 2021г Всемирная организация здравоохранения
1 COVID-19 Coronavirus pandemic https://www.worldometers.info/ Coronavirus (25.02.2022).
2 Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Treatment guidelines. https://
www.covid19treatmentguidelines.nih.gov (21.01.2022).
3 Временные методические рекомендации по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции. Версия 15. https://minzdrav.gov.ru/news/2022/02/22/18436-minzdrav-rossii-utverdil-novuyu-versiyu-vremennyh-metodicheskih-rekomendatsiy-po-lecheniyu-covid-19 (22.02.2022).
(ВОЗ) причислила его к вариантам вируса, "вызывающим беспокойство"4.
К февралю 2022г штамм Омикрон стал доминирующим в большинстве стран. На 25 февраля 2022г распространенность варианта Омикрон в Европе и Северной Америке составляла 93-99%, в России >70% (рисунок 1)5, 6. Первый случай заражения штаммом B.1.1.529 в России зафиксирован в начале декабря 2021г7.
В настоящее время становится очевидным, что вариант Омикрон существенно отличается от предыдущих вариантов SARS-CoV-2 по ряду ключевых характеристик.
Методологические подходы
Проведен анализ работ из научных баз PubMed, eLibrary, MedRxiv, Google Scholar, за период с ноября 2021 по 25 февраля 2022гг, посвященных изучению диагностики, лечению и профилактике штамма вируса SARS-CoV-2 Омикрон. В качестве ключевых слов использованы: "Омикрон/Omicron", "SARS-CoV-2", "COVID-19", "Omicron treatment".
MedRxiv — бесплатный онлайн-архив и сервер распространения полных, но неопубликованных статей (препринтов) по медицинским, клиническим и смежным наукам о здоровье. Препринты — это предварительные отчеты о работе, не прошедшие экспертную оценку8.
Несмотря на ограничения использования ресурсов, упомянутые на главной странице Medrxiv, материалы, размещенные на этом сервисе, находят широкое применение как для оригинальных исследований, так и для обзоров литературы, систематических обзоров и метаанализов [1-4]. Это может быть объяснено тем, что в период пандемии COVID-19 стремительно изменяется ситуация в методах профилактики, диагностики и лечения заболевания. В связи с острой необходимостью в актуальной информации об эпидемиологии, диагностике, лечении и профилактике нового штамма SARS-CoV-2 Омикрон в данном обзоре значительную часть источников составили статьи, размещенные на сервере MedRxiv.
4 Классификация варианта "омикрон" (B.1.1.529) как варианта вируса SARS-CoV-2, вызывающего обеспокоенность. https://www.who. int/ru/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern (2611.2021).
5 Relative Variant Genome Frequency per Region. https://www.gisaid. org/hcov19-variants (25.02.2022).
6 Daily new confirmed COVID-19 deaths per million people. https:// ourworldindata.org/explorers/coronavirus-data-explorer (25.02.2022).
7 Ворошилов Д. В. В России обнаружили первые случаи заражения омикрон-штаммом. https://www.rbc.ru/society/06/12/2021/61ade6 5b9a794742c0bcc473 (0612.2021).
8 About medRxiv. https://www.medrxiv.org/content/about-medrxiv
(04.02.2022).
—ф— Европа в Северная Америка
—•—Африка Ш Азия
—Южная Америка
Рис. 1 Доля штамма Омикрон в общем числе случаев COVID-19 (Relative Variant Genome Frequency per Region. https://www. gisaid.org/hcov19-variants, с адаптацией). Примечание: цветное изображение доступно в электронной версии журнала.
Возбудитель. Генетические особенности варианта Омикрон
Коронавирусы — это положительные одноцепо-чечные крупные оболочечные рибонуклеиновую кислоту (РНК)-содержащие вирусы [5, 6]. Вариант Омикрон представляет собой не один штамм, а семейство из трех: BA.1, BA.2 и BA.3. Сублинии BA.1, BA.2 и BA.3 различаются между собой настолько же сильно, насколько далеки между собой варианты Альфа, Бета, Гамма и Дельта по параметрам вирулентности, скорости распространения внутри организма и способности подавлять иммунитет (рисунок 2). Штамм BA.1 является наиболее крупной сублинией, обнаруженной в большинстве стран мира, в настоящее время на него приходится 90-99% случаев в Европе и Северной Америке. Сублиния BA.2, в целом, менее распространена в мире, но преобладает в Дании, Непале, на Филиппинах, имеет незначительное присутствие в Индии, Великобритании и некоторых других странах. Третий штамм, BA.3, еще не получил глобального распространения, на его долю приходится не более нескольких сотен случаев4.
По состоянию на 30.11.2021г штамм Омикрон содержит >180 вариантов генома9. Согласно последним
9 Haseltine WA. Birth Of The Omicron Family: BA.1, BA.2, BA.3. Each As Different As Alpha Is From Delta. https://www.forbes.com/sites/ williamhaseltine/2022/01/26/birth-of-the-omicron-family-ba1-ba2-ba3-each-as-different-as-alpha-is-from-delta/?sh=4b65d70f3da9 (26.01.2022).
Октябрь 2020
Юханьский штамм
Сентябрь 2020
Октябрь 2020
Март 2020
Ноябрь 2021
Ноябрь 2021
Февраль 2020
Ноябрь 2021
Ноябрь 2020
Альфа: 13 мутаций Бета: 10 мутаций Гамма: 14 мутаций
Дельта: 15 мутаций ВА.1: 8 мутаций ВА.2: 11 мутаций
BA.3: 1 мутация (много совместных мутаций с ВА.1 и ВА.2)
Февраль 2021
A.30: 18 мутаций
A.23.1: 5 мутаций
Рис. 2 Взаимоотношение между основными вариантами вируса, "вызывающими беспокойство", семейства 8АЕ8-СоУ-2 в процессе эволюции вируса. Для каждого варианта указано количество уникальных мутаций, отличающих сублинии вируса. Адаптировано из [14].
данным, вариант Омикрон имеет >35 уникальных мутаций в области спайкового белка (8-белок) и всего 3 общие мутации с Дельта-вариантом вируса [7]. Таким образом, вариант Омикрон на сегодняшний день имеет наибольшее число мутаций среди всех вариантов вируса 8АКБ-СоУ-2, Наличие этих мутаций повышает вирулентность возбудителя и способствует уклонению от иммунитета10, сформированного как вследствие перенесенного заболевания, так и в результате вакцинации [8]. У нового штамма коронави-руса Омикрон есть несколько отличий:
1. Значительно более короткий, чем у других штаммов вируса 8АКБ-СоУ-2 инкубационный период. По предварительным данным, он составляет от 1 до 5 сут. 6-8 сут. у предыдущих мутаций коронавируса11.
2. Высокая контагиозность. По сравнению с штаммом дельта, Омикрон передается в семь раз бы-стрее12, при этом носитель вируса может быть заразным уже в первые сут. после инфицирования [9].
3. Предположительно более легкое течение заболевания. Однако этот факт может быть частично связан с более молодым средним возрастом пациентов, имеющих, соответственно, меньшую комор-бидность [10].
10 Hodcroft E. Covariants. https://covariants.org (24.02.2022).
11 WHO. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. World Health Organization. https://www.who.int/ news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern (26.11.2021).
12 World Health Organization. Therapeutics and COVID-19: Living guideline. https://www.who. int/publications/i/item/WH0-2019-nCoV-
therapeutics-2022.2 (12.02.2022).
4. Вакцинированные имеют риск заболеть СОУГО-19, вызванной штаммом Омикрон, но предположительно в более легкой форме, чем непривитые — риск попасть в больницу для вакцинированных в пять раз меньше, чем у непривитых [11].
Эпидемиология
По состоянию на 20 января 2022г вариант Омикрон был обнаружен в 171 стране во всех шести регионах ВОЗ.
Штамм Омикрон характеризуется более быстрым распространением по сравнению со штаммом Дельта и быстро вытесняет Дельту по всему миру. Имеются убедительные доказательства способности нового штамма уклоняться от имеющегося иммунитета как после перенесенного заболевания, так и после вакцинации13. Однако требуются дальнейшие исследования относительно способности вируса уклоняться от иммунитета в объяснении динамики передачи инфекции. В то время как линия ВА.1 ранее была самой доминирующей, в последнее время тенденции из Индии, Южной Африки, Соединенного Королевства и Дании предполагают, что ВА.2 увеличивается пропорционально.
Тенденции в эпидемиологии заболевания демонстрируют отсутствие связи между заболеваемостью, госпитализацией и смертностью по сравнению с предыдущими волнами пандемии. Вероятно, это связано с меньшей способностью штамма Омикрон вызывать тяжелый инфекционный процесс в организме человека. В то же время ряд ис-
13 Haseltine WA.
следований показывают, что эффективность имеющихся вакцин в большей степени выражается в защите от развития тяжелого течения болезни, но не от непосредственного заражения вирусом и развития заболевания в легкой форме14' 15.
Предполагается, что если большинство населения в мире будет вакцинировано или перенесет COVID-19 штаммом Омикрон, сменившим вариант Дельта, то вероятно, COVID-19 может постепенно перейти в разряд сезонных инфекций16 [12].
Особенности патогенеза при заражении вариантом Омикрон
Течение COVID-19 представляет собой многоэтапный процесс, началом которого служит проникновение вируса SARS-CoV-2 через слизистую оболочку носа, гортани и бронхиального дерева в организм человека, внедрение вируса или его патогенных элементов внутрь клетки с последующим размножением [13]. При условии достаточной дозы инфицирующего агента и длительности воздействия наблюдается поражение целевых органов — легких, пищеварительного тракта, сердца, почек, т.е. органов, клетки которых активно экспрессиру-ют ангиотензинпревращающий фермент 2.
Главной мишенью вируса SARSCoV-2 являются эпителиоциты легких. Прежде всего, в них происходит внедрение и репликация вируса SARS-CoV-2, высвобождение новых вирионов из инфицированной клетки с последующим поражением выше указанных органов-мишеней. При массивном поражении развивается местный и генерализованный ответ в виде воспалительного (цитокино-вого) "шторма", нарушения коагуляции [6, 14-17].
При этом COVID-19 оказывает существенное влияние на функционирование сердечно-сосудистой системы. В результате воздействия патогенных факторов, обладающих провоспалительным, токсическим, прокоагулянтным и другими эффектами, возможна декомпенсация имеющихся сердечно-сосудистых заболеваний (ССЗ): артериальной гипертонии, ишемической болезни сердца, хронической сердечной недостаточности и других.
Показано, что частота ССЗ и цереброваскуляр-ной патологии была значимо выше среди пациен-
14 UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing: Update on hospitalization and vaccine effectiveness for Omicron VOC-21NOV-01 (B.1.1.529). https://assets.publishing.service.gov. uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/ file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_ update.pdf (31.12.2021).
15 WHO Overview. Enhancing response to Omicron SARS-CoV-2 variant/ 21 January 2022/ https://www.who.int/publications/rn/item/ enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states (21.01.2022).
16 UK Health Security Agency.
тов с COVID-19, чем у пациентов с другими заболеваниями. При этом наличие только ССЗ не связано с более высоким риском заражения COVID-19, однако ассоциировано с большим риском осложнений в случае присоединения инфекции [18].
Дополнительным фактором риска неблагоприятного исхода COVID-19 является пожилой возраст. Было показано, что критическим возрастом больных, при превышении которого существенно повышается риск неблагоприятного исхода COVID-19, является 70 лет [19, 20].
Особенностью нового варианта вируса, отличающей его от всех предыдущих вариантов, является эндосомальный путь проникновения в клетку.
Однако в случае заражения вариантом Омикрон патологический процесс идет по другому сценарию. Экспериментально доказано, что Омикрон по сравнению с вариантом Дельта и так называемым "диким" штаммом (Wuhan-Hu-1) обладает большей тропностью к эпителию носовой полости и бронхов, но более низкой к альвеолоцитам человека. Кроме того, для Омикрона характерно преобладание ускоренной репликации в верхних дыхательных путях, а также снижение способности к слиянию вирусной и клеточной мембран, что, в итоге, объясняет повышенную контагиозность вируса и, в то же время, более легкое течение заболевания17 [21-23].
Исследователями из Гонконгского университета было обнаружено, что вариант Омикрон воспроизводится в бронхах человека в 70 раз быстрее, чем штамм Дельта [24]. Другой особенностью вариантов Дельта и Омикрон вируса SARS-^V-2 является их способность связываться с молекулами порфи-рина и гемоглобина с последующим разрушением гема, что в дальнейшем приводит к респираторному дистресс-синдрому и коагулопатии [25].
Знание этих фаз развития заболевания представляется весьма важным, поскольку фармакологические вмешательства на любой из этих стадий способны замедлить развитие болезни [26].
Клиника
Как показано выше, вариант Омикрон обладает большим количеством мутаций, с этим связаны не только существенные различия в патогенезе, но и в клинической картине заболевания18.
Исследования на животных подтвердили, что при инфицировании Омикроном наблюдается меньше клинических признаков и более легкое течение заболевания [27, 28]. Вирусная нагрузка в тканях легких
17 Brown J, Zhou J, Peacock T, et al. The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows enhanced replication in human primary nasal epithelial cells; https://www.gov.uk/government/publications/imperial-college-london-omicron-vs-delta-replication-19-december-2021/imperial-college-london-omicron-vs-delta-replication-19-december-2021 (19.12.2021).
18 Там же.
также ниже у животных, инфицированных Омикроном, по сравнению с Дельта-штаммом или диким вариантом в обеих моделях животных. Однако при сравнении больных со штаммами Дельта и Омикрон по возрасту, полу, количеству сопутствующих заболеваний и выраженности симптомов на момент постановки диагноза, значимых различий не выявлено [29, 30].
У первых пациентов, у которых в ноябре 2021г в Южной Африке был идентифицирован новый штамм 8АКБ-СоУ-2, отмечались очень легкие симптомы без потребности в кислородной поддержке. Однако не во всех странах развитие заболевания шло аналогичным путем. В США, а также в Великобритании и других европейских странах наблюдается другой сценарий. Возможно, относительно легкое течение СОУТО-19, вызванного штаммом Омикрон, связано с тем, что у большинства населения Южной Африки на момент пика активности нового штамма сохранился высокий уровень активности иммунной системы после первых трех волн заболевания19.
Обобщая данные различных исследований, следует отметить, что при заражении штаммом Омикрон характерными признаками являются симптомы поражения верхних дыхательных путей: насморк, выраженная боль в горле, чихание, реже — кашель, головная боль, слабость. При этом потеря вкуса и обоняния, обладавшая ранее высокой специфичностью, стала менее значимой для клинической диагностики заболевания [31, 32].
Вышеприведенная информация согласуется с результатами крупного исследования, в котором участвовало >52 тыс. пациентов с вариантом Омикрон и ~17 тыс. с вариантом Дельта. Доказано, что новый штамм ассоциируется с более легким течением заболевания. При заражении вариантом Дельта отношение шансов (ОШ) в потребности проведения интенсивной терапии составило 4,6; частоты использования искусственной вентиляции легких — 23,0; количества летальных исходов — 14 в сравнении с вариантом Омикрон [10].
Диссоциация между глобальным количеством госпитализаций и смертельных исходов подтверждает относительно легкое течение заболевания несмотря на высокий уровень обращаемости за медицинской помощью.
Влияние на иммунитет после предшествующей инфекции и вакцинации
В соответствии с технической сводкой ВОЗ, опубликованной 23 декабря 2021г, уклонение от иммунитета после перенесенной инфекции или вакцинации играет важную роль в быстром росте заболеваемости СОУТО-19, вызванной штаммом Омикрон20. Многочисленные исследования позво-
19 WHO Overview.
20 UK Health Security Agency.
ляют сделать вывод, что в 70-80% случаев заражения вариантом 8АЯ8-СоУ-2 Омикрон сохранялся клеточный иммунитет у тех, кто ранее был инфицирован другими штаммами 8АЯ8-Со^2 и/или ранее вакцинирован [33-37]. Активный клеточный иммунитет по отношению к штамму Омикрон снижает риск развития тяжелого течения заболевания и смерти и, вероятно, снижает уровень госпитализации на фоне ранее перенесенной СОУТО-19 [38].
В то же время, метаанализ, проведенный Netzl А, й а1. [39], показал свойство штамма Омикрон нейтрализовать антитела к возбудителю. Более выраженное снижение иммунной защиты наблюдалось в ситуации, когда антитела вырабатывались в результате предшествующей СОУТО-19 (20-кратное снижение) в отличие от случаев, когда иммунитет был инициирован сочетанием перенесенного СОУТО-19, ассоциированного со штаммом Омикрон, с вакцинацией (7-кратное снижение). Снижение титров антител к Омикрону способствовало повышенному риску повторного заражения.
Риск заражения вариантом Омикрон на фоне ранее перенесенного СОУТО-19 оценивается в 5,4 раза выше (95% доверительный интервал (ДИ): 4,876,00) по сравнению с вариантом Дельта21. Относительный риск для невакцинированных составил 6,36 (95% ДИ: 5,23-7,74) и вакцинированных — 5,02 (95% ДИ: 4,47-5,67). В итоге, защита от заражения Омикроном после ранее перенесенной СОУТО-19 составляет 19%22. Таким образом, повышенный риск повторного заражения связан с отсутствием вакцинации. Кроме того, как показано в работах исследователей из Дании, Израиля, Южной Африки бессимптомное течение предшествующей СОУТО-19 было ассоциировано с более высоким риском повторного заражения23, 24, 25. На данный момент нет
21 Ferguson N, Ghani A, Cori A, et al. Growth and immune escape of the Omicron in England. Imperial College London (16-12-2021). doi: 10.25561/93038.
22 WHO Report (2021). Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529). https://www.who.int/publications/rn/item/enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-mem-ber-states (21.01.2022).
23 UK Office for National Statistics. Coronavirus (COVID-19) Infection Survey, characteristics of people testing positive for COVID-19, UK: 19 January 2022; https://www.ons.gov.uk/peoplepopulation-andcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bul-letins/coronaviruscovid19infectionsurveycharacteristicsofpeoplet-estingpositiveforcovid19uk/latest#reinfections-with-covid-19-uk. (19.01.2022).
24 Statens Serum Institut. Re-infections are now part of the Danish State Serum Institute's daily monitoring. https://www.ssi.dk/aktuelt/ nyheder/2021/reinfektioner-indgar-nu-i-statens-serum-instituts-da-glige-overvagning (15.12.2021).
25 I sraeli Ministry of Health. Coronavirus in Israel — general picture.
https://datadashboard.health.gov. il/COVID-19/general?tileName=da ilyReturnSick (22.02.2022).
данных о риске повторного заражения Омикроном после предшествующего заражения Омикроном26. Исследователями из Катара показано, что защита после предшествующей инфекции эффективна в 56% случаев при заражении вариантом Омикрон и в 90% при вариантах Альфа, Бета или Дельта [40].
Профилактика. Вакцинация
Профилактика вакцинами против 8АК5-СоУ-2 является наиболее эффективным методом предотвращения и ликвидации СОУГО-19, что подтверждается более низкой смертностью в странах с высоким уровнем вакцинации [26, 41].
Исследования в Великобритании, Шотландии и Дании выявили снижение эффективности вакцины против инфекции Омикрон, при этом доказана более высокая эффективность вакцинации при использовании бустерных доз [36, 42, 43].
ПЦР (полимеразная цепная реакция)-диагностика
Омикрон не оказывает существенного влияния на диагностическую точность обычно используемых ПЦР и экспресс-тестов для обнаружения антигенов, одобренных ВОЗ для использования в чрезвычайных ситуациях. Однако большинство зарегистрированных вариантов последовательностей в геноме штамма Омикрон включают делецию в гене, кодирующем 8-белок, которая может вызвать ложноотрицательный результат в некоторых анализах ПЦР. Поскольку данное свойство генома штамма Омикрон получает все большее распространение, включая все последовательности подли-нии варианта ВА.2, скрининговые анализы на основе ПЦР требуют настройки и проверки точности исследования и внимания к интерпретации результатов в отношении данного штамма [44-46].
Лечение
Как указано выше, в течении заболевания существует несколько критических точек — попадание возбудителя внутрь организма, контакт вируса с клетками-мишенями больного, процесс репликации вируса, развитие вирусемии, гиперкоагуляции и чрезмерной иммунной реакции в виде "цитоки-нового шторма", что в дальнейшем может привести к поражению органов-мишеней, а при тяжелом течении заболевания — к полиорганной недостаточности. Целью лечения и профилактики является фармакологическое воздействие как можно на большее число из этих этапов [26].
Оценка эффективности применения моно-клональных антител, разработанных против СоУ-2, выявляет противоречивые данные. Эксперименты на животных доказывают защитную и тера-
26 UK Health Security Agency.
певтическую активность в отношении SARS-CoV-2, включая B.1.351 и B.1.1.529, в то время как клинические исследования не представили убедительных данных в отношении штамма Омикрон [47].
В других исследованиях показано, что вариант вируса Омикрон устойчив к сочетанию имдевима-ба и казиривимаба, но чувствителен к сотровимабу, который предотвращает уклонение вируса от иммунной защиты как вышеупомянутого, так и предыдущих штаммов SARS-CoV-2 [48]. Hu YF, et al. также подтвердили эффективность сотровимаба на основании лабораторных данных и клинических показателей [49].
Согласно последним данным, кортикостеро-иды и блокаторы рецепторов интерлейкина-6 по-прежнему эффективны при лечении людей с тяжелыми случаями COVID-1927.
Другой группой препаратов, разработка которых была начата еще до распространения штамма Омикрон, являются противовирусные препараты. В декабре 2021г FDA (Food and Drug Administration, Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США) одобрила противовирусный препарат для перораль-ного применения Паксловид, сочетающий нир-матрелвир и ритонавир. Препарат подавляет репликацию вируса за счет нарушения процессинга его белков [50]. Препарат эффективен для лечения COVID-19 легкой и средней степени тяжести у взрослых и детей >12 лет с массой тела от 40 кг, имеющих высокий риск прогрессирования тяжелой формы COVID-19 и летального исхода [26].
Новым противовирусным препаратом является Молнупиравир. Его применение в дозировке 1600 мг/сут. в течение 6 дней является эффективным и безопасным. Доказано сокращение периода достижения РНК-негативности при использовании Молнупиравира, снижение риска госпитализации и смерти до 50% (р=0,0012) только при легкой и средней степени тяжести COVID-19, при этом отмечается хорошая переносимость препарата и отсутствие клинически значимых побочных эффектов [4, 50].
Риск госпитализации
Несмотря на более легкое течение и относительно небольшую долю госпитализаций на 1 тыс. заболевших, крайне высокая вирулентность варианта Омикрон приводит к многократному росту заболеваемости в абсолютных цифрах, превышающих показатели предыдущих штаммов. В итоге это приводит к избыточной нагрузке на амбулаторное и стационарное звено здравоохранения, включая отделения реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ)28.
27 WHO Overview.
28 UK Health Security Agency.
В то же время в исследованиях, проведенных в конце 2021г, приводятся противоречивые данные относительно уровня госпитализаций. Сообщается, что при заражении вариантом Омикрон наблюдается снижение риска госпитализации на 75% по сравнению с вариантом Дельта. Ранняя оценка риска госпитализации в Южной Африке показала ОШ=0,2 (95% ДИ: 0,1-0,3) для варианта Омикрон по сравнению с вариантом Дельта [51] с поправкой на возраст, пол, реинфекцию, вакцинацию и сопутствующие заболевания. В шотландском исследовании скорректированное ОШ составило 0,32 (95% ДИ: 0,19-0,52)29. Канадское исследование сообщает, что риск госпитализации или смерти был на 65% ниже, отношение рисков (ОР)=0,35 (95% ДИ: 0,26-0,46) [52]. В исследовании, проведенном в Калифорнии, сообщается о скорректированном ОР госпитализации =0,48 (95% ДИ: 0,36-0,64) [11]. В британском исследовании сообщается о скорректированном ОР госпитализации =0,55 (95% ДИ: 0,51-0,59) [53].
Длительность госпитализации
По данным большинства исследователей продолжительность госпитализации в случае заражения вариантом Омикрон (ВА.1) значительно короче, чем при Дельта-штамме (В.1.617.2), средняя разница длительности госпитализации составляет 4 сут. [16, 30].
Степень тяжести и прогноз
В клинических исследованиях показано достоверное и клинически значимое снижение тяжести течения заболевания при заражении вариантом Омикрон. Это было подтверждено в исследованиях, проводимых в различных странах мира: Шотландии30, Великобритании31, 32, Канаде [52], США [11].
В исследовании, включавшем ретроспективный анализ и сравнение >14 тыс. заболевших штаммом Омикрон и >560 тыс. Дельта-вариантом, обнаружено снижение ОР обращения за медицинской помощью в отделения неотложной помощи: ОР=0,3 (95% ДИ: 0,28-0,33), госпитализации: ОР=0,44 (95% ДИ: 0,38-0,52), госпитализации в ОРИТ: ОР=0,16 (95% ДИ: 0,08-0,32).
29 Sheikh A, Kerr S, Woolhouse M, et al. Severity of omicron variant of concern and vaccine effectiveness against symptomatic disease: national cohort with nested test negative design study in Scotland. https://www.research.ed.ac.uk/en/publications/severity-of-omi-cron-variant-of-concern-and-vaccine-effectiveness (22.12.2021).
30 Israeli Ministry of Health.
31 Brown J, Zhou J, Peacock T, et al.
32 WHO Report (2021).
Для анализа исходов заболевания было проведено исследование на выборке >52 тыс. пациентов с подтвержденным штаммом Омикрон и >16 тыс. с Дельта-штаммом [11]. Показана большая вероятность положительных клинических исходов для штамма Омикрон по сравнению со штаммом Дельта. Так, ОР последующей госпитализации составило 0,48 (95% ДИ: 0,36-0,64), госпитализации в ОРИТ: ОР=0,26 (95% ДИ: 0,10-0,73), летального исхода: ОР=0,01 (95% ДИ: 0,01-0,75) для случаев заражения Омикроном по сравнению с вариантом Дельта. Схожие данные получены исследователями из Канады: ОР госпитализации составляет 0,35 (95% ДИ: 0,260,46), смерти — 0,11 (95% ДИ: 0,06-0,19) для штаммов Омикрон и Дельта, соответственно [52].
Несмотря на небольшой риск тяжелого течения заболевания и летального исхода, высокий уровень вирулентности штамма Омикрон, в целом, приводит к значительному росту числа госпитализаций.
Заключение
Таким образом, штамм Омикрон вируса СоУ-2 быстрыми темпами стал доминирующим вариантом. Отличительными свойствами нового штамма являются более короткий инкубационный период (1-5 сут.), высокая контагиозность и относительно легкое течение заболевания. Существенные отличия возбудителя связаны с наибольшим среди всех вариантов вируса 8АКЗ-СоУ-2 числом мутаций в геноме. Течение заболевания при заражении вариантом Омикрон, как правило, протекает значительно легче. В целом для нового штамма характерны симптомы поражения верхних дыхательных путей: насморк, выраженная боль в горле чихание, реже — кашель, головная боль, слабость. Пероральные противовирусные препараты Пак-словид и Молнупиравир целесообразно использовать для лечения СОУГО-19 при легком и среднетя-желом течении заболевания, в т.ч. на амбулаторном этапе медицинской помощи. Согласно последним данным, кортикостероиды и блокаторы рецепторов интерлейкина-6 по-прежнему эффективны при лечении пациентов со среднетяжелыми и тяжелыми случаями СОУГО-19. Целесообразность применения моноклональных антител, разработанных против 8АК5-СоУ-2, на сегодняшний день полностью не доказана. Вакцинация, особенно с применением бустерных доз, против 8АЯЗ-СоУ-2 является наиболее эффективным методом предотвращения и ликвидации СОУГО-19.
Отношения и деятельность: все авторы заявляют об отсутствии потенциального конфликта интересов, требующего раскрытия в данной статье.
Литература/References
1. Namazova-Baranova LS, Sadeki N, Efendieva KE. New Evidence on the Evolution of the COVID-19 Pandemic: A Literature Review. Pediatric pharmacology. 2021;18:314-9. (In Russ.) Намазова-Баранова Л.С., Садеки Н., Эфендиева К. Е. Новые данные по эволюции пандемии COVID-19: обзор литературы. Педиатрическая фармакология. 2021;18:314-9. doi: 10.15690/ pf.v18i4.2299.
2. Raschetti R, Vivanti AJ, Vauloup-Fellous C, et al. Synthesis and systematic review of reported neonatal SARS-CoV-2 infections. Nat Commun. 2020;11:51-64. doi:10.1038/s41467-020-18982-9.
3. Fischer W, Eron JJ, Holman W, et al. Molnupiravir, an Oral Antiviral Treatment for COVID-19. MedRxiv. 2021 (Jun 17, 2021). doi:10.11 01/2021.06.17.21258639.
4. Singh AK, Singh A, Singh R, et al. Molnupiravir in COVID-19: A systematic review of literature. Diabetes Metab Syndr. 2021;15(6):102329. doi:101l016/j.dsx.2021.102329.
5. Zhang L, Liu Y. Potential interventions for novel coronavirus in China: A systematic review. J Med Virol. 2020;92(5):479-90. doi:101002/jmv.25707
6. Shlyakhto EV, Konradi AO, Arutyunov GP, et al. Guidelines for the diagnosis and treatment of diseases of the circulatory system in the context of the COVID-19 pandemic. Russian Journal of Cardiology. 2020;25(3):3801. (In Russ.) Шляхто Е. В., Конради А. О., Арутюнов Г. П. и др. Руководство по диагностике и лечению болезней системы кровообращения в контексте пандемии COVID-19. Российский кардиологический журнал. 2020;25(3):3801. doi:10.15829/1560-4071-2020-3-3801.
7. Chen J, Wang R, Gilby NB, et al. Omicron Variant (B.1.1.529): Infectivity, Vaccine Breakthrough, and Antibody Resistance. J Chem Inf Model. 2022;62(2):412-22. doi:10.1021/acs. jcim.1c01451.
8. Torjesen I. COVID-19: Omicron may be more transmissible than other variants and partly resistant to existing vaccines, scientists fear. BMJ. 2021;375:n2943. doi:10.1136/bmj.n2943.
9. Pearson C, Silal S, Li M, et al. Bounding the levels of trans-missibility & immune evasion of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv. 2021. (December 21, 2021). doi:10.1101/2021.12. 19.21268038.
10. Nyberg T, Ferguson NM, Nash SG, et al. Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study. Lancet. 2022;399:1303-12. doi:101016/ S0140-6736(22)00462-7.
11. Lewnard JA, Hong VX, Patel M, et al. Clinical outcomes among patients infected with Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 variant in southern California. MedRxiv. 2022. doi:1011101/2022.01111.222 69045.
12. Araf Y, Akter F, Tang YD, et al. Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines. J Med Virol. 2022;94(5):1825-32. doi:10.1002/ jmv.27588.
13. Tikhonov DG. How the delta variant of SARS-COV-2 was curbed in Japan. Will Omicron replace it? Siberian Research, 2021;2(6):6-10. (In Russ.) Тихонов Д. Г. Как удалось обуздать дельта-вариант SARS-COV-2 в Японии. Заменит ли ее Омикрон? Сибирские исследования. 2021;2(6):6-10. doi:10.33384/26587 270.2021.06.02.01r.
14. Zhu N, Zhang D, Wang W, et al. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. N Engl J Med. 2020;382(8):727-33. doi:101056/NEJMoa2001017.
15. Guo YR, Cao QD, Hong ZS, et al. The origin, transmission and clinical therapies on coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak — an update on the status. Mil Med Res. 2020;7(1):11. doi:10.1186/s40779-020-00240-0.
16. Jin Y, Yang H, Ji W, et al. Virology, Epidemiology, Pathogenesis, and Control of COVID-19. Viruses. 2020;12(4):E372. doi:10.3390/ V12040372.
17. Lin L, Lu L, Cao W, et al. Hypothesis for potential pathogenesis of SARS-CoV-2 infection-a review of immune changes in patients with viral pneumonia. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):727-32. doi:101080/22221751.2020.1746199.
18. Martsevich SYu, Kutishenko NP, Lukina YuV, et al. Self-monitoring and treatment of chronic noncommunicable diseases during the COVID-19 pandemic. Expert consensus of the National Society for Evidence-Based Pharmacotherapy and the Russian Society for the Prevention of Noncommunicable Diseases. Cardiovascular Therapy and Prevention. 2020;19(3):2567. (In Russ.) Марцевич С. Ю., Кутишенко Н. П., Лукина Ю. В. и др. Самоконтроль и лечение хронических неинфекционных заболеваний в условиях пандемии COVID-19. Консенсус экспертов Национального общества доказательной фармакотерапии и Российского общества профилактики неинфекционных заболеваний. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(3):2567. doi:10.15829/1728-8800-2020-2567.
19. Drapkina OM, Drozdova LYu, Avdeev SN, et al. Provision of outpatient medical care to patients with chronic diseases subject to dispensary observation during the COVID-19 pandemic. Temporary guidelines. Version 2. Cardiovascular Therapy and Prevention. 2021;20(8):3172. (In Russ.) Драпкина О. М., Дроздова Л. Ю., Авдеев С. Н. и др. Оказание амбулаторно-поликлинической медицинской помощи пациентам с хроническими заболеваниями, подлежащим диспансерному наблюдению, в условиях пандемии COVID-19. Временные методические рекомендации. Версия 2. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2021;20(8):3172. doi:1015829/1728-8800-2021-3172.
20. Vechorko VI, Averkov OV, Grishin DV, et al. NEWS2, 4C Mortality Score, COVID-GRAM, Sequential Organ Failure Assessment Quick scales as tools for assessing the outcomes of severe COVID-19 (pilot retrospective cohort study). Cardiovascular Therapy and Prevention. 2022;21(3):3103. (In Russ.) Вечорко В. И., Аверков О. В., Гришин Д. В. и др. Шкалы NEWS2, 4C Mortality Score, COVID-GRAM, Sequential Organ Failure Assessment Quick как инструменты оценки исходов тяжелой формы COVID-19 (пилотное ретроспективное ко-гортное исследование). Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2022;21(3):3103. doi:10.15829/1728-8800-2022-3103.
21. Wong SH, Lui RN, Sung JJ. Covid-19 and the Digestive System. J Gastroenterol Hepatol. 2020;10.1111/jgh.15047. doi:10.1111/ jgh15047.
22. Hui KPY, Ho JCW, Cheung MC, et al. SARS-CoV-2 Omicron variant replication in human bronchus and lung ex vivo. Nature. 2022;603(7902):715-20. doi:10.1038/s41586-022-04479-6.
23. Suzuki R, Yamasoba D, Kimura I, et al. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron variant. Nature. 2022;603(7902):700-5. doi:10.1038/s41586-022-04462-1.
24. Meng B, Ferreira IATM, Abdullahi A, et al. SARS-CoV-2 Omicron spike mediated immune escape, infectivity and cell-cell fusion. BioRxiv. 2021. (January 13, 2022). doi: 10.1101/2021.12.17. 473248.
25. Willet BJ, Grove J, MacLean OA, et al. The hyper-transmissible 39. SARS-CoV-2 Omicron variant exhibits significant antigenic change, vaccine escape and a switch in cell entry mechanism. MedRxiv. 2022. (January 3, 2022). doi:10.1101/2022.01.03.21268111. 40.
26. Wenzhong L, Hualan L. COVID-19: Attacks the 1-beta Chain of Hemoglobin to Disrupt Respiratory Function and Escape Immunity. ChemRxiv. 2022. (January 24, 2022). doi:10.26434/ chemrxiv-2021-dtpv3-v11. 41.
27. Drozdzal S, Rosik J, Lechowicz K, et al. An update on drugs with therapeutic potential for SARS-CoV-2 (COVID-19) treatment. Drug Resistance Updates. 2021;59:100794. doi: 10.1016/j. drup.2021100794. 42.
28. Abdelnabi R, Foo CS, Zhang X, et al. The omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 variant of concern does not readily infect Syrian hamsters. BioRxiv. 2021. (December 26, 2021). doi:10.1101/ 43. 202112.24.474086.
29. Ryan KA, Watson RJ, Bewley KR, et al. Convalescence from prototype SARS-CoV-2 protects Syrian hamsters from disease caused by the Omicron variant. BioRxiv. 2021. (December 26, 44. 2021). doi:101l101/20211l2.24.474081.
30. Cedro-Tanda A, Gomez-Romero L, de Anda-Jauregui G., et al. Early genomic, epidemiological, and clinical description of the 45. SARS-CoV-2 Omicron variant in Mexico City. MedRxiv. 2022. (February 7, 2022). doi:10.1101/2022.02.06.22270482.
31. Bhattacharyya RP, Hanage WP. Challenges in Inferring Intrinsic 46. Severity of the SARSCoV-2 Omicron Variant. N Engl J Med. 2022;386:e14. doi:101056/NEJMp2119682.
32. Pritchard E, House T, Studley R, et al. Omicron-associated changes in SARS-CoV-2 symptoms in the United Kingdom. MedRxiv. 2022. (February 4, 2022). doi: 10.1101/2022.01.18. 22269082. 47.
33. Wolter N, Jassat W, Walaza S, et al. Early assessment of the clinical severity of the SARS-CoV-2 omicron variant in South Africa: a data linkage study. Lancet. 2022;399(10323):437-46. doi:10.1016/S0140-6736(22)00017-4. 48.
34. Ahmed SF, Quadeer AA, McKay MR. SARS-CoV-2 T cell responses are expected to remain robust against Omicron. BioRxiv. 2021. (December 14, 2021). doi:10.1101/2021.12.12. 472315. 49.
35. De Marco L, D'Orso S, Pirronello M, et al. Preserved T cell reactivity to the SARS-CoV-2 Omicron variant indicates continued protection in vaccinated individuals. BioRxiv. 2021. (December 50. 30, 2021). doi:10.1101/202112.30.474453.
36. Keeton R, Tincho MB, Ngomti A, et al. SARS-CoV-2 spike T cell responses induced upon vaccination or infection remain robust against Omicron. MedRxiv. 2021. (December 26, 2021). doi:10. 51. 1101/2021.12.26.21268380.
37. Redd AD, Nardin A, Kared H, et al. Minimal cross-over between mutations associated with Omicron variant of SARS- 52. CoV-2 and CD8+ T cell epitopes identified in COVID-19 convalescent individuals. BioRxiv. 2021. (December 6, 2021). doi:10.1101/202112.06.471446.
38. May DH, Rubin BER, Dalai SC, et al. Immunosequencing and 53. epitope mapping reveal substantial preservation of the T cell immune response to Omicron generated by SARS-CoV-2 vaccines. MedRxiv. 2021. (December 20, 2021) doi:10.1101/2021. 12.20.21267877.
Netzl A, Tureli S, LeGresley E, et al. Analysis of SARS-CoV-2 Omicron Neutralization Data up to 2021-12-22. BioRxiv. 2021. (December 31, 2021). doi:10.1101/2021.12.31.474032. Pulliam J, van Schalkwyk C, Govender N. Increased risk of SARS-CoV-2 reinfection associated with emergence of the Omicron variant in South Africa. MedRxiv. 2021. (December 2, 2021). doi:101l101/2021.11.11.21266068v2.
Altarawneh H, Chemaitelly H, Tang P, et al. Protection afforded by prior infection against SARS-CoV-2 reinfection with the Omicron variant. MedRxiv. 2022. (January 5, 2022). doi:10.1101/2022.01. 05.22268782.
Nesteruk I, Rodionov O. How dangerous is omicron and how effective are vaccinations? MedRxiv. 2022. (January 27, 2022). doi:1011101/2022.01.27.22269909.
Tarke A, Coelho CH, Zhang Z, et al. SARS-CoV-2 vaccination induces immunological memory able to cross-recognize variants from Alpha to Omicron. MedRxiv. 2021. (December 28, 2021). doi:101101/2021.12.28.474333.
Collie S, Champion J, Moultrie H, et al. Effectiveness of BNT162b2 Vaccine against Omicron Variant in South Africa. N Engl J Med. 2022;386:494-6. doi:10.1056/NEJMc2119270. Scott L, Hsiao NY, Moyo S, et al. Track Omicron's spread with molecular data. Science. 2021;374(6574):1454-5. doi:10.1126/ science.abn4543.
Borges V, Sousa C, Menezes L, et al. Tracking SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 dissemination: insights from nationwide spike gene target failure (SGTF) and spike gene late detection (SGTL) data, Portugal, week 49 2020 to week 3 2021. Euro Surveill. 2021;26( 10):2100131. doi:10.2807/1560-7917.ES. 2021.26.10.2100130.
Chen Z, Zhang P, Matsuoka Y, et al. Extremely potent monoclonal antibodies neutralize Omicron and other SARS-CoV-2 variants. MedRxiv. 2022. (January 12, 2022). doi:10.1101/2022. 0112.22269023.
Ikemura N, Hoshino A, Higuchi Y, et al. SARS-CoV-2 Omicron variant escapes neutralization by vaccinated and convalescent sera and therapeutic monoclonal antibodies. MedRxiv. 2021. (December 13, 2021). doi:101101/2021.12.13.21267761. Hu YF, Hu JC, Chu H, et al. In-Silico Analysis of Monoclonal Antibodies against SARS-CoV-2 Omicron. Viruses. 2022;14(2): 390. doi:10.3390/v14020390.
Zinatizadeh MR, Zarandi PK, Zinatizadeh M, et al. Efficacy of mRNA, adenoviral vector, and perfusion protein COVID-19 vaccines. Biomed Pharmacother. 2022; 146:112527. doi:10. 1016/j.biopha.2021112527.
Li P, Wang Y, Lavrijsen M, et al. SARS-CoV-2 Omicron variant is highly sensitive to molnupiravir, nirmatrelvir, and the combination. Cell Res. 2022;1-3. doi:101038/s41422-022-00618-w. Ulloa AC, Buchan SA, Daneman N, et al. Early estimates of SARS-CoV-2 Omicron variant severity based on a matched cohort study, Ontario, Canada Medrxiv. 2021. (December 24, 2021). doi:10. 1101/202112.24.21268382.
Andrews N, Stowe J, Kirsebom F et al., Effectiveness of COVID-19 vaccines against the Omicron (B.1.1.529) variant of concern. MedRxiv. (December 14, 2021). doi:10.1101/20211214.21267615.
