Мутации генов с-KIT и PDGFRa при гастроинтестинальных стромальных опухолях Текст научной статьи по специальности «Биотехнологии в медицине»

fÊk Мутации генов С-KIT и PDGFRA при гастроинтестинальных стромальных опухолях

Ключевые слова: гастроинтестинальные стромальные опухоли, мутации с-KIT, PDGFRA

Keywords:

gastrointestinal stromal tumors, mutations с-KIT, PDGFRA.

Омельчук Е.П., Гвалдин Д.Ю., Трифанов В.С., Тимошкина Н.Н.

ФГБУ «Ростовский научно-исследовательский онкологический институт» Минздрава России, Ростов-на-Дону, Российская Федерация, ул. 14-я линия, д. 63 E-mail: [email protected]

C-KIT and PDGFRA genes mutations in gastrointestinal stromal tumors

Omelchuk E.P., Gvaldin D.Yu., Trifanov V.S., Timoshkina N.N.

Rostov Research Institute of Oncology (RRIO)

14th line, 63 Rostov-on-Don, 344037, Russian Federation

e-mail: [email protected]

Актуальность. Гастроинтестинальные стромальные опухоли (ГИСО) представляют собой злокачественные мезенхимальные новообразования желудочно-кишечного тракта, берущие начало из интерстициальных клеток Кахаля. Частота встречаемости ГИСО составляет 1,0-1,5 случая на 100 тысяч человек в год. Онкогенез 85% ГИСО обусловлен мутациями в генах с-KIT и PDGFRA.

Целью настоящей работы было молекулярно-генети-ческое генотипирование ГИСО по горячим точкам мутаций генов с-KIT и PDGFRA.

Пациенты и методы. В исследование включены 10 пациентов ФГБУ «РНИОИ» МЗ РФ с иммуногистохимически подтвержденным диагнозом ГИСО. Возраст больных колебался от 49 до 74 лет с медианой в 63,5 года. Распределение по гендерному признаку пациентов составило 50%/50%. Желудочная локализация первичной опухоли была зарегистрирована у 8, кишечная — у 2 пациентов. Выделение геномной ДНК из FFPE блоков было произведено с помощью набора GeneJET FFPE DNA Purification Kit, USA. Анализ на наличие соматических мутаций в 9, 11, 13 и 17 экзонах гена с-KIT и 18 экзоне гена PDGFRA проводился посредством методики секвенирования по Сэнгеру.

Результаты. Активирующие мутации в 11 экзоне, кодирующем внутриклеточный домен гена с-KIT, обнаружены у 5 пациентов. Среди них зарегистрированы одна замена c.1679_1680TT>AG (p.V560E) и четыре делеции: c.1676_1684del9 (p.V559_E561del), c.1653_1664del12 (p.M552_V555delMYEV), c.1670_1675delGGAAGG

(p.W557_V559>F) и c.1671_1676delGAAGGT (p.W557_ V559>C), причем первые три произошли внутри рамки считывания. Все вышеперечисленные мутации нарушают автоингибирующую функцию и запускают лигандне-зависимую активацию рецептора тирозинкиназы, что обуславливает чувствительность к таргетному препарату первой линии терапии иматинибу. Клинически значимые мутации в 9, 13 и 17 экзонах гена с-KIT не были обнаружены ни у одного пациента выборки. Полученные данные согласуются с данными статистики: до 65% случаев мутаций гена с-KIT регистрируют в 11 экзоне.

При секвенировании гена PDGFRA у двух пациентов с желудочной локализацией ГИСО обнаруже-

ны патогенные мутации: делеция c.2527_2538del12 (p.I843_D846delIMHD) и замена c.2524G>T (p.D842Y). Первая обуславливает чувствительность к иматинибу, а вторая — резистентность. Выявленная замена p.D842Y в 18-м экзоне, кодирующем тирозинкиназный домен рецептора, является наиболее распространенной мутацией в гене PDGFRA. По сравнению с другими мутациями гена PDGFRA p.D842V предполагает благоприятный прогноз для пациента: пятилетняя выживаемость без прогресси-рования достигает 75%.

Помимо обнаруженных патогенных мутаций были выявлены нейтральные полиморфизмы и перестройки. В 17 экзоне гена с-KIT у 9 пациентов зафиксирован доброкачественный вариант g.80276T>C (rs1008658), частота которого в европейской популяции составляет в гомозиготном состоянии 43% и 44% в гетерозиготном. В настоящем исследовании 6 пациентов обладали гомозиготным генотипом, а 3 больных — гетерозиготным. В 18 экзоне гена PDGFRA у 3 больных выявлена молчащая мутация c.2472C>T (p.V824V). Также у 3 пациентов обнаружен доброкачественный вариант g.56695_56696insA (rs3830355) в гене PDGFRA, частота которого в европейской популяции составляет 85%. Кроме того, у одной пациентки, не имеющей онкогенных мутаций в генах с-KIT и PDGFRA выявлен новый полиморфизм c.55151917A>T, клиническое значение которого не установлено. Таким образом, в выборке из 10 пациентов у 3 больных не обнаружено известных онкогенных мутаций в генах с-KIT и PDGFRA, ответственных за возникновение ГИСО. Данный факт предполагает проведение дальнейшего молекулярно-генетического тестирования по генам BRAF, KRAS, NRAS, SDH и NF1 для выяснения патогенеза заболевания.

Заключение. Генотипирование клинически значимых экзонов генов с-KIT и PDGFRA в образцах ГИСО выявило активирующие мутации в 11 экзоне с-KIT и в 18 экзоне гена PDGFRA, и одну мутацию резистентности в 18 экзоне гена PDGFRA. Помимо этого полное секвенирование экзонов позволило идентифицировать в 80% случаев носи-тельство доброкачественных полиморфизмов и/или SNP не установленного клинического значения.

Материалы Первого Международного Форума онкологии и радиологии. Москва, 23-27 сентября 2019 г. 207